lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 5555555555 1 55555 555 111 3333333333333 1111 4444444444 3333333333333333333333333333333333 11 333333333333333333 111111111111111 11111 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333 11 11
lowQualScore : 1 77777 66 8 8888888888 1 0 5 3 22222 5 3 5 999 5 777 4444444444444 5 0 5 5 0 888 00 0000 3333333333 66 4 4 4 8 4444444444444444444444444444444444 2 99 66 6666 33 555 2 2 22 77777 888888 2 444444444444444444 888888888888888 33 2 2 2 444 66 5 33333 3 44 00 3 3 5555 6 555 2 1 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 66666 3 33 33
lowQualScore : . ..... .. . .......... . . . . ..... . . . ... . ... ............. . . . . . ... .. .... .......... .. . . . . .................................. . .. .. .... .. ... . . .. ..... ...... . .................. ............... .. . . . ... .. . ..... . .. .. . . .... . ... . . . ............................................................................................................................................................................................................................. . ..... . .. ..
lowQualScore : 0 33333 00 0 8888888888 4 1 0 2 11111 0 4 0 888 0 000 1111111111111 0 1 0 0 8 888 44 6666 2222222222 11 4 4 7 9 9999999999999999999999999999999999 0 55 55 6666 99 000 9 9 55 77777 999999 9 000000000000000000 999999999999999 77 7 7 7 777 33 7 88888 1 22 00 1 1 5555 2 444 0 2 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 22222 2 22 22
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-ANC-CCTAA-TTGTT-TATG--T-GGAAAAACCAAG-AAGATG-----CT-TACCACT-TTTTC---TTTACTT-GT--NAAAAATGTATTC-TA-A-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG----TT-TGCTTTT--AGAA--GA-GTTA-TCTAT-TA--T--TA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TT-GGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAA------A----AA--NTTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AT-TTA---ATTTAATT-T------A-------GTC--AAT-TT-TAAA-A---T---A-GT---A--T-A--C------T-TAT-T-----A-CAT-A-TTTA-------AT-----ACA-T-T--G--T---A-------T------TT-----AN---ATTATATTAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTNATGTT---GTA---TATATATATACA-A--ATAAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( gi|4 ) : TTTTACTTACTGTACCTATATAAATTTAATTTCAATTTAAC-ATC-CCTAAATTGTT-TAT---T--GAACAACCAAG-AAGATGTG--CCT-TACCACT-TTTTCATGTTTACTT-GT--TAAAAATATATTC-TA-A-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG----TT-GGCCTTTG-AGAA--GA-GTTA-TCTAT-TA--T--TA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TT-GGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAA------A----AA--ATTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T--T-CAGA-TAG---AT-TTA---ATTTAATT-TG-----A-------GTC--AAT-TT-TAAA-A---T---A-GT---A--T-A--C------T-TATGT-----A-CAT-A-TTCA-------AT-----ACA-T-T--G--T---A-------T------TA-----AT---ATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTA---TATATATATACA-A--ATAAAAT-ATG-TTCAA
gi|7 : AATTTAACGATC-CCTAA-TTGTT-TGT---G--GAG-AAC-AAG-AAGATG-----CT-TACTACT-TTTC----TTT-CTT-GT--AAAAAAT---TTCGTATA-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG----TT-TGCTTT---AGAA---A-GTT----TAT-TGATT--TA---GTC-A-----A-AAT-AT-----TTTTGCTTTT-GGGG----CATGAA--AATTT---G-AA-TTAT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-A------A----AC--TTTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T--T-TAGC-TA----AT-TTA---ATTAAATT-T--------------GTC--AAT-TTATAAT-A---T-----GT---A--T-A--C------T-TAT-T-----A--AT-A-TT---------AT-----AC--T-T--G--T---A-------T------T------AT----TTATAT
gi|2 : tTTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG--T--GGA-AACCA-G-AAGATG-----CT-TACCACT-TTTTT-TCTTTATTT-GT---AAAAA-GTATTC-TA-A-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG----TT-TGCTT----AAAACCGA-GTTA-TCT-T-TA--T--TA---GAT-A----CATCAC-AC------TTTAC--TT-GGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TG-TTA--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAA------A----CA--ATTTTTTC---T-------CTGCA--GTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGGT-CAAA-TAG---AT-T-----ACTTGATT-TT-----A--------TC--AAC-TT-TAAATAATTT---A-GT---G--TGA--C------T-TAT-T-----ATTAT-ATTTTAAATTATTAT-----ATA-T-T--T--T---C-------T------TATTGGTAT---ATAATAT-AATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN---NNTATATATAC-----ATAAAAT--TGTTTCAAt
gi|5 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaTTGAC-ACA-CCTAA-TTGTT-TATG--T--GGAAAAC-AAG-AAGATG-----CT-TACCTCT-TTTTC---TTTATTT-GT--AAAAAA-GTATTC-TA-A-TG-CAAG-ACAT-GTTTTGTTTG---------------------CTTT--AGAC--GA-GTTA-TCTCT-TA--TTATA---GAC-A----CA-AAT-AC------TTTAC--TT-----------------AAC-T---G-CA--------A---A-ATT-----------------------------TTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TAGA--------------------A-CAG---AT-TT----ACTTGATT-T--------------ATC--AAC-TT-TATA-ATT-T---A-GT---G--CGA--C------T-TAT-T-----A-TAT-A-TTT---------T-----CTA-T-T--GTAT---A-------T------TA-----ATACAATTGTATatc
gi|3 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta-CCTAA-TTGTT-TAT---TTGGAA-AAC-----AAGA-GTG--CCTCTATCCCTGTTTTC---TTTACTT-GT--AAAGAAAATATTC-CA-A-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG----TTTGGCCTTTA-GGAA--GA-GTTAATCTATGTA--T---A---GATCA----CA-TAT-ATA----CTTTGC--TT-TGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCA-TTAACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCA------T----TT--TTTT-------T-------CTGCA--GTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAATG-T-CAGAGTAG---AT-TTA----TTTAATT-GG-----T-------CTC--AAT-TTATAAATA---T---AAGT---A--T-AGAC------TATATTA-----A-CAT-A-ATTA-------AT-----ACA-T-A--G--T---ACATTTGAT------TT-----AT---ATTATATNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTA---TATATA-ATACA-ATCA-AAAAT-ATG--TCAAtcagtttata
gi|1 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagCTGAATTGTTATATGAATCGGAAAAAGCAAGGAAGA-GTGGACCT--ACC-CG-TTTTC-TATT-ACTTTGTAATAAAAAT-TATTC-TA-ACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATT-G--TTTTT-AGAA--GATGTTA-TCTAGATA--A--TAGAGGAT-AATTTCA-AATCGCTTGCTTTTTGC--GC-GGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATT----A-TTGCTAA------A----GA--AATT-------G-------ATGCA--GTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--TG-TACAGA-TAG---AT-TTATCCATTTAATT-T------A-------GTC---AT-TT-TAatc
gi|9 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagcacaAAACAAG-AAGATG-----CC-TACCACT-TTTTC---TTTACCT--T--TGATAA---------A-A-CG-TA----CAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG----TT-TTGCTTT--AGAA--GA-GTTA-TCTAT-TA--T---A---GAT-A-----A-AAT-AC-----TTT-GC--TTTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-A------A----AA--TTTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AT-TTA---ATTGAATTATA-----A-----------------T-TA-----------A-GT---A--T-A--T------T-TATTA-----A-CAT-A-TTTA-------AT-----ACATT-T--G--T---A-------T------TT-----AG---ATTATctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|10 : CAAA-GAGATG-----CC-TACCA-T-TTTTC---TTTACTT-G---TAAAAACGT------------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG----TT-TGCTTT---AGAA--GA-GTTA-TCTAT-TA-----TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TT-GGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TT---TGA---T-ATTA---A-CTG-CAA------A----AA--TTTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AT-TTA---ATTTGAAT-TA---------------T--AA---T-TA-----------A-GT---A--T-A--T------T-TAT-T-----A-CAT-A-TT-A-------AT-----ACATT-T--G--T---A-------T------TT-----AG---ATTAT
gi|13 : aAG-AAGATG-----CC-TACCACT-TTTTC---TTTATCC-GT--AAGAAATATAATA-T----TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG----TT----TTCTGTACAC--GA-GCTA-TCTTT-TA-----TA---G---A----CA-TAT--------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TG-TCA--AGA---------------TG-TAA------A----GAGTATTT-------T-------TTATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|6 : --GA-GTTA-TCTCT-TA--T---A---GAC-A----TT-AAA-AC-----TTTACT--TT-GAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CCG-CAATTTTTT----------TTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AC-TTA---A-TTGATT-T--------------ATC--AAC-TT-TATA-ATT-T---A-GT---A--CGA--C------T-TAT-T-----A-CAT-A-TT-A-------AT-----ACATT-T--G--T---A-------T------TT-----AG---ATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN---NNNNTGTATATACA--ATTAAAT-ATG-TTCAAtt
gi|8 : ggc--TT-CGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAA------ATTTTAT--TTCT-------T-------CTGCA--GTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T--T-CAGA-TA----AT-TAC---AT---ATT----------------GTC--CA---T-TAAG-A---TATGA-GT---AATT-A--CCTTAATT-TATGC-----A-CATGA-CTCT-------ATAAGTAACA-T-TAAG--TTTGA-------TAAATTATA-----AT---TTTAGATTAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNGTATATATGTAC--A--ATAAAATAATG-TTCAatc
gi|12 : GGA-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T-------------AA--ATTTTATTGTCT-------CTGCA--GTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--TGAT-CAGA-TGA---GTATTA---ACTTAATT-TGTCTGCACATAT--GTCATAATAAT-TAGA-A---T---A-GTACGA--T-A--T------T-CATATTAATCA-AAT-A-TT---------AT-----ACA-T-T--G--T---A-------T------T
gi|18 : GG-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-T-------------AA--ATTT-------TATTGTCACTGCA--GTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-TT--G--T-CAGA-TAATACATATTG---ATCCAGAA-TG-----A-------GTA--GAT-TT-
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTA------A----TT--TTTT-------T-------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AT-TTA---A-TTAATT-T--------------ATC--AAT-TTATAAT-A---T---A-GT---A--T-A--C------T-TAT-T-----A-CAT-G-TT-A-------AT-----ACATT-T--G--T---A-------T------TT-----AG---ATTATA
gi|22 : --CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA------------------TAA------A----TA--TTTT-------T-------CTGCA--ATT-C-A-A---AACT--A-
gi|17 : ----AA--ATTT---------------CTGCA--GTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--TG-T-CAGA-TAG---AT-TTA---ATTT-ATT-TA-----ATTAATTTGTC--AAT-TTATAAT-A---T---A-TT---A--T-A--C------T-TAT-T-----A-CAT-A-TT-A-------AT-----ACA-TCT--G--T---A-------T------TT-----AG---ATTATA
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG
Unaligned ( gi|21 ): ATTCAATTATGACTTGTTTAGAAAAAACATGATCAACACACCTAATTGTTTATGTGGAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 22 111 11 11111111111111 11 2 33333333333333333333333333333333 11 11 222222222222 11111111111111 11111 111 44444444444444444444444444444444444444444 1111111111 11 111111111111111 1 1111111 111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 11
lowQualScore : 8 777 5 5 0000 33 4 4 333 66 2 66 4 777 4 4 5 00 77777777777777 4 4 4 2 777 00 4 4 1 4 4 55 4 4 3 8 99999999999999999999999999999999 22 3333 33 66666 2 11 444 2 444 2 999 555555555555 22222222222222 2 2 2 444 55 5 22222 2 33 888 2 2 33 555 3 000 2 5555 77777777777777777777777777777777777777777 6 555 44 6 44 4444444444 6 3 11 3 999999999999999 3 3 3 3 3 555 0000000 000 1 33333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 11 88 88
lowQualScore : . ... . . .... .. . . ... .. . .. . ... . . . .. .............. . . . . ... .. . . . . . .. . . . . ................................ .. .... .. ..... . .. ... . ... . ... ............ .............. . . . ... .. . ..... . .. ... . . .. ... . ... . .... ......................................... . ... .. . .. .......... . . .. . ............... . . . . . ... ....... ... . ........ ...................................................... . .. .. .. ..
lowQualScore : 0 777 7 7 7777 33 4 4 999 11 0 11 4 888 4 4 3 66 66666666666666 4 4 4 2 888 66 4 4 6 4 4 55 0 0 3 0 99999999999999999999999999999999 33 8888 77 66666 7 77 777 7 777 7 333 222222222222 22222222222222 5 5 5 444 99 3 99999 9 99 222 9 9 99 000 1 888 0 5555 66666666666666666666666666666666666666666 7 888 66 7 66 3333333333 7 3 22 3 555555555555555 3 3 3 3 3 888 8888888 444 0 22222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 44 00 88 88
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-ACC-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCAC--T-TTTTC---T-TTACTT-GTAA--AAAAC---GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG-C-TTT-AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTT---AATT-T-A-----------GT-C--AAT-TT-TAAA-A---T---A-GT---A--T-A--C------T---TAT-T-A--CAT-A-TT---TA-------A-T-AC-A-T-T---GTA-------TT---TAGATTAT--------ATTAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTA---TATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( family-39 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-ANC-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAACCAAG-AAGA-TG---CTT--ACCAC--T-TTTTC---T-TTACTT-GTNA--AAAAT---GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG-CTTTT-AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----NTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTT---AATT-T-A-----------GT-C--AAT-TT-TAAA-A---T---A-GT---A--T-A--C------T---TAT-T-A--CAT-A-TT---TA-------A-T-AC-A-T-T---GTA-------TT---TANATTAT--------ATTAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTNATGTT---GTA---TATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
gi|1 : AA-TTGTTATATGAATCGGAAAAAGCAAGGAAGAGTGGA-CCT--ACC-C--G-TTTTC---TATTACTTTGTAATAAAAAT----TATTCTAACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATTG-TTTTT-AG-AA--GATGTTA-TCTAGATA--ATAGAGGAT-AATTTCA-AATCGCTTGCTTTTTGC--GCGGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATT----A-TTGCTAAA----GA-----AATT------G-------ATGCAGTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--T-G-TACAGA-T--A---GAT-TTATCCATTT---AATT-T-A-----------GT-C---AT-TT-TA
gi|10 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagcacactgCAAA-GAGA-TG---CCT--ACCA---T-TTTTC---T-TTACTT-GT-A--AAAAC---GT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG--T-TTG-C-TTT-AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TT---TGA---T-ATTA---A-CTG-CAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTT---GAAT-T-A--------------T--AA---T-TA-----------A-GT---A--T-A--T------T---TAT-T-A--CAT-A--T---TA-------A-T-AC-ATT-T---GTA-------TT---TAGATTAT--------ctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|12 : aGGA-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T--A----AA-----TTTTATTGTCT-------CTGCAGTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--T-GAT-CAGA-T--G---AGTATTA---ACTT---AATT-T-GTCTGCACATATGT-CATAATAAT-TAGA-A---T---A-GTACGA--T-A--T------TCA-TAT-T-AATCAA-A-TA---TT-------A-T-AC-A-T-T---GTA-------TT---
gi|13 : AG-AAGA-TG---CCT--ACCAC--T-TTTTC---T-TTATCC-GTAA--GAAAT---ATA--ATAT-TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG--T-TTT-C-TGT-AC-AC--GA-GCTA-TCTTT-TA---TA---G---A----CA-TAT-------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TG-TCA--AGA---------------TG-TAAA----GAGTAT-TTTT------T-------ATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTAA----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---A-TT---AATT-T-A------------T-C--AAT-TTATAAT-A---T---A-GT---A--T-A--C------T---TAT-T-A--CAT-G--T---TA-------A-T-AC-ATT-T---GTA-------TT---TAGATTAT--------Att
gi|17 : TT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTT----ATT-T-AATTAATTT---GT-C--AAT-TTATAAT-A---T---A-TT---A--T-A--C------T---TAT-T-A--CAT-A--T---TA-------A-T-AC-A-TCT---GTA-------TT---TAGATTAT--------A
gi|18 : aaaGG-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA------------TTT------TATTGTCACTGCAGTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-T---T-G-T-CAGA-T--A---
gi|2 : TTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG---TGGAAA--CCA-G-AAGA-TG---CTT--ACCACTTT-TTTTC---T-TTATTT-GTAA--AAA-----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG--T-TTG-C--TT-AA-AACCGA-GTTA-TCT-T-TA--TTA---GAT-A----CATCAC-AC------TTTAC--TTGGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TG-TTA--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAAAC---AA-----TTTTTTC---T-------CTGCAGTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGG-T-CAAA-T--A---GAT-T-----ACTT---GATT-T-T-----------AT-C--AAC-TT-TAAATAATTT---A-GT---G--TGA--C------T---TAT-T-AT-TAT-ATTT---TAAATTATTA-T-AT-A-T-TTTCTTA-------TTGG-TATATAAT--------A-TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN---NNTATATATAC---AT--AAAAT--TGTTTCAAatacatattgatccagaatgagtagattt
gi|21 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaAC-ACA-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAatc
gi|22 : attcaattatgacttgtttagaaaaaacatgatca--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-A--------------AA----TA-----TTTT------T-------CTGCAATT-C-A-A---AACT--A-
gi|3 : -CCTAA-TTGTT-TATT---TGGAAAA--CAAG-AG---TG---CCTCTATCCC--TGTTTTC---T-TTACTT-GTAA--AGAAA---ATATTCCAA-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG--T-TTGGCCTTT-AGGAA--GA-GTTAATCTATGTA--T-A---GATCA----CA-TAT-ATA----CTTTGC--TTTGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCA-TTAACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCAT----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAAT-G-T-CAGAGT--A---GAT-TTA----TTT---AATT---G-----------GT-CTCAAT-TTATAAATA---T---AAGT---A--T-AGAC------TA--TAT-T-AA-CAT-A-AT---TA-------A-T-AC-A-T-A---GTACATTTGATT---TATATTAT--------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTA---TATATA-ATAC--AATCAAAAAT-ATG--TCAA
gi|4 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagAATTTAAC-ATC-CCTAAATTGTT-TAT----TG-AACAACCAAG-AAGA-TGTGCCTT--ACCAC--T-TTTTCATGT-TTACTT-GTTA--AAAAT---ATATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TGG-CCTTTGAG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----ATTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T---T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTT---AATT-TGA-----------GT-C--AAT-TT-TAAA-A---T---A-GT---A--T-A--C------T---TATGT-A--CAT-A-TT---CA-------A-T-AC-A-T-T---GTA-------TT---AATATTAT--------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTA---TATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAAatc
gi|5 : ttttacttactgtacctatataaatttaatttcTTGAC-ACA-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACCTC--T-TTTTC---T-TTATTT-GTAA--AAAA----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTT---------------TTG--T-TTG-CTTT--AG-AC--GA-GTTA-TCTCT-TA--TTA-----------------T-A-------------------G-A--CACAAA--TACTT---------TA--C--------TTA---A-CTG-CAAA----AT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TAGA---------A--------CAGA-TTTACTTGAT-TTATCAACTTTATAATT-T-A-----------GTGC--GAC-TT------A---T---T-AT---A--T-A--T------TTTCTAT-T-G--TAT-A--T---TA-------A-T-ACAA-T-T---GTA-------TT---CAGTTTAT--------A
gi|6 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta--GA-GTTA-TCTCT-TA--T-A---GAC-A----TT-AAA-AC-----TTTACT--TTGAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CCG-C-------AATTTTTTTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAC-TTA---A-TT---GATT-T-A------------T-C--AAC-TT-TATA-ATT-T---A-GT---A--CGA--C------T---TAT-T-A--CAT-A--T---TA-------A-T-AC-ATT-T---GTA-------TT---TAGATTAT--------ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNN---NNNNTGTATATACAAT--TAAAT-ATG-TTCAA
gi|7 : ggcAATTTAACGATC-CCTAA-TTGTT-T--G---TGGAGAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACTAC--T-TTT-C---T-TT-CTT-GTAA--AAAATTTCGTAT----A-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG--T-TTG-C-TTT-AG-AA---A-GTT----TAT-TGATTTA---GTC-A-----A-AAT-AT-----TTTTGCTTTTGGGG----CATGAA--AATTT---G-AA-TTAT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-AA----AC-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T---T-TAGC-T--A----AT-TTA---ATTA---AATT-T-------------GT-C--AA--TT-TATA-A---T---ATGT---A--T-A--C------T---TAT-T-A---AT-A-TT------------A-T-AC---T-T---GTA--------T---TAT-TTAT--------ATTatc
gi|8 : t--TTCGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAAATTTTAT-----TTCT------T-------CTGCAGTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T---T-CAGA-T--A----AT-TAC---AT------ATT---------------GT-C--CA---T-TAAG-A---TATGA-GT---AATT-A--CCTTAATT---TATGC-A--CATGA-CTCTATA-------AGTAAC-A-T-T---AAG-------TTTGATAAATTATAATTTTAGATTAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNGTATATATGTAC--AAT--AAAATAATG-TTCA
gi|9 : AAACAAG-AAGA-TG---CCT--ACCAC--T-TTTTC---T-TTACCT-TTGAT-AAAAC---GT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTGT-T-TTG-C-TTT-AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-TTA---ATTG---AATTAT-A-----------AT-T--A-------------------A-GT---A--T-A--T------T---TAT-TAA--CAT-A-TT---TA-------A-T-AC-ATT-T---GTA-------TT---TAGATTAT--------
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111 22 111 1111 11 11 33333333333333333333333333333333 11 11 22222222222 11111111111111 11111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444 1 111 111 11 1 1 11111111111111111 2222 4444444444444444444444444444444444444444 111 22 11
lowQualScore : 6 88 5 5 0000 00 4 4 333 66 2 4 66 777 4 4 1 8 9999 1 999999 4 4 4 2 777 00 4 00 66 4 55 4 4 3 8 99999999999999999999999999999999 22 3333 33 66666 2 11 444 2 444 2 999 33333333333 22222222222222 2 2 2 444 55 5 22222 2 33 888 2 2 33 555 3 555 7777777777 777777 3 3 88888888888888888888888888888888888888 0 555 222 44 777 999 6 11 555 3 44 3 3 3 99999999999999999 3 0000 5555555555555555555555555555555555555555 444 0 0 33 11 88 88
lowQualScore : . .. . . .... .. . . ... .. . . .. ... . . . . .... . ...... . . . . ... .. . .. .. . .. . . . . ................................ .. .... .. ..... . .. ... . ... . ... ........... .............. . . . ... .. . ..... . .. ... . . .. ... . ... .......... ...... . . ...................................... . ... ... .. ... ... . .. ... . .. . . . ................. . .... ........................................ ... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 7 22 7 7 7777 44 4 4 999 11 0 4 11 888 4 4 0 9 0000 9 111111 4 4 4 2 888 66 4 66 11 4 55 0 0 3 0 99999999999999999999999999999999 33 8888 77 66666 7 77 777 7 777 7 333 33333333333 22222222222222 5 5 5 444 99 3 99999 9 99 222 9 9 99 000 1 444 2222222222 888888 1 1 11111111111111111111111111111111111111 0 888 555 66 111 222 7 22 888 6 66 3 3 3 88888888888888888 6 8888 0000000000000000000000000000000000000000 000 8 8 44 00 88 88
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-ACN-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( family-39 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-ACC-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
gi|1 : C-ACA-CTGAA-TTGTTATATGAATCGGAAAAAGCAAGGAAGAGTGGA-CCT--ACC-CG-TTTT--C---TATTACTTTGTAATAAAA---ATTATTCTAACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATTGT-TTTT--AG-AA--GATGTTA-TCTAGATA--ATAGAGGAT-AATTTCA-AATCGCTTGCTTTTTGC--GCGGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATT----A-TTGCTAAA----GA-----AATT------G-------ATGCAGTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--T-G-TACAGA-T--A---GAT-T---TATCCAT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C---AT-T---T-TA
gi|10 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagA-CAAA-GAGA-TG---CCT--ACCA-T-TTTT--C---T-TTACTT-GT-A-AAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TT---TGA---T-ATTA---A-CTG-CAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---G--AA-T-T-A--------------T--AA------T-TA--------A-GT---AT---A--TT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|12 : GGA-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T--A----AA-----TTTTATTGTCT-------CTGCAGTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--T-GAT-CAGA-T--G---AGTAT---TA---AC-----TT---A--AT-T-T-GTCTGCACATATGT-CATAATAA---T-TAGA-A---TA-GTACGAT---A--TTCA-TAT---T-AATCAA---ATAT--TATAC-A-T-TGTA-------T---------T
gi|13 : AG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTATCC-GTAA-GAAA-----TATAATAT-TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG--T-TTT--CTGT--AC-AC--GA-GCTA-TCTTT-TA---TA---G---A----CA-TAT-------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TG-TCA--AGA---------------TG-TAAA----GAGTAT-TTTT------T-------ATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTAA----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---A------TT---A--AT-T-T-A------------T-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---G-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAtt
gi|17 : TT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT------AT-T-T-AATTAATTT---GT-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-TT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-A-TCTGTA-------T---------TTAGA-TTATA
gi|18 : aaaGG-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA------------TTT------TATTGTCACTGCAGTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-T---T-G-T-CAGA-T--A---
gi|2 : TTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG---TGGAAA---CCAG-AAGA-TG---CTT--ACCACT-TTTTTTC---T-TTATTT-GTAA-AAA-----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--C-TT--AA-AACCGA-GTTA-TCT-T-TA--TTA---GAT-A----CATCAC-AC------TTTAC--TTGGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TG-TTA--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAAAC---AA-----TTTTTTC---T-------CTGCAGTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGG-T-CAAA-T--A---GAT-T--------AC-----TT---G--AT-T-T-T-----------AT-C--AAC-T---T-TAAATAATTTA-GT---GTG--A--CT---TAT---T-AT-TAT---ATTTTAAAT-T-A-T-TATA-------TATTTTCTTATTGG---TATATAATATAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTATATATAC---AT--AAAAT--TGTTTCAAatacatattgatccagaatgagtagattt
gi|21 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaAC-ACA-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAatc
gi|22 : attcaattatgacttgtttagaaaaaacatgatca--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-A--------------AA----TA-----TTTT------T-------CTGCAATT-C-A-A---AACT--A-
gi|3 : -CCTAA-TTGTT-TATT---TGGAAAA--CAAG-AG---TG---CCTCTATCCCTGTTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AGAA---AATATTCCAA-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG--T-TTGGCCTTT--AGGAA--GA-GTTAATCTATGTA--T-A---GATCA----CA-TAT-ATA----CTTTGC--TTTGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCA-TTAACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCAT----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAAT-G-T-CAGAGT--A---GAT-T---TA----T-----TT---A--AT-T---G-----------GT-CTCAAT-T---TATAAATA---TAAGT---AT---AGACTA--TAT---T-AA-CAT---AATT--AATAC-A-T-AGTACATTTGAT---------TTATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTATATATA-ATAC--AATCAAAAAT-ATG--TCAA
gi|4 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagAATTTAAC-ATC-CCTAAATTGTT-TAT----TGAACAAC-CAAG-AAGA-TGTGCCTT--ACCACT-TTTT--CATGT-TTACTT-GTTA-AAAA---TATATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TGG--CCTTTGAG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----ATTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T---T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-TGA-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TATG--T-A--CAT---ATTC--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TAATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAAatc
gi|5 : ttttacttactgtacctatataaatttaatttcTTGAC-ACA-CCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACCTCT-TTTT--C---T-TTATTT-GTAA-AAAA----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTT---------------TTG--T-TTG--CTTT--AG-AC--GA-GTTA-TCTCT-TA--TTA-----------------T-A-------------------G-A--CACAAA--TACTT---------TA--C--------TTA---A-CTG-CAAA----AT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TAGA---------A--------CAGA-TTTACTTGAT-T---TATCAAC-----TTTATA--AT-T-T-A-----------GTGC--GAC-T---T------A---TT-AT---AT---A--TTTTCTAT---T-G--TAT---A-TT--AATACAA-T-TGTA-------T---------TCAGT-TTATA
gi|6 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta--GA-GTTA-TCTCT-TA--T-A---GAC-A----TT-AAA-AC-----TTTACT--TTGAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CCG-C-------AATTTTTTTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAC-T---TA---A------TT---G--AT-T-T-A------------T-C--AAC-T---T-TATA-ATT-TA-GT---ACG--A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNTGTATATACAAT--TAAAT-ATG-TTCAA
gi|7 : ggcAATTTAACGATC-CCTAA-TTGTT-T--G---TGGAGAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACTAC--TTTT--C---T-TT-CTT-GTAA-AAAATTTCGTAT----A-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA---A-GTT----TAT-TGATTTA---GTC-A-----A-AAT-AT-----TTTTGCTTTTGGGG----CATGAA--AATTT---G-AA-TTAT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-AA----AC-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T---T-TAGC-T--A----AT-T---TA---AT-----TA---A--AT-T-T-------------GT-C--AA--T---T-TATA-A---TATGT---AT---A--CT---TAT---T-A---AT---ATT----ATAC---T-TGTA-------T---------T---ATTTATAT----Tatc
gi|8 : t--TTCGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAAATTTTAT-----TTCT------T-------CTGCAGTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T---T-CAGA-T--A----AT-TACATA---TTGTCCATT---AAGATAT-G-A-----------GT----AAT-TACCT-TAAT-T---TATGC---ACATGA--CTC--TATAAGTAA--CATTAAGTTT--GATAA-A-T-TATAAT-----T---------TTAGA-TTA-ATA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GTATATATGTAC----AAT--AAAATAATG-TTCA
gi|9 : AAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACCT-TTGATAAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTGT-T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TG---A--AT-TAT-A-----------AT-T--A-------------------A-GT---AT---A--TT---TAT---TAA--CAT---ATTT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111 22 111 1111 11 11 33333333333333333333333333333333 11 11 22222222222 11111111111111 11111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444 1 111 111 11 1 1 11111111111111111 2222 4444444444444444444444444444444444444444 111 22 11
lowQualScore : 6 6 1 5 5 0000 00 4 4 333 66 2 4 66 777 4 4 1 8 9999 1 999999 4 4 4 2 777 00 4 00 66 4 55 4 4 3 8 99999999999999999999999999999999 22 3333 33 66666 2 11 444 2 444 2 999 33333333333 22222222222222 2 2 2 444 55 5 22222 2 33 888 2 2 33 555 3 555 7777777777 777777 3 3 88888888888888888888888888888888888888 0 555 222 44 777 999 6 11 555 3 44 3 3 3 99999999999999999 3 0000 5555555555555555555555555555555555555555 444 0 0 33 11 88 88
lowQualScore : . . . . . .... .. . . ... .. . . .. ... . . . . .... . ...... . . . . ... .. . .. .. . .. . . . . ................................ .. .... .. ..... . .. ... . ... . ... ........... .............. . . . ... .. . ..... . .. ... . . .. ... . ... .......... ...... . . ...................................... . ... ... .. ... ... . .. ... . .. . . . ................. . .... ........................................ ... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 7 7 0 7 7 7777 44 4 4 999 11 0 4 11 888 4 4 0 9 0000 9 111111 4 4 4 2 888 66 4 66 11 4 55 0 0 3 0 99999999999999999999999999999999 33 8888 77 66666 7 77 777 7 777 7 333 33333333333 22222222222222 5 5 5 444 99 3 99999 9 99 222 9 9 99 000 1 444 2222222222 888888 1 1 11111111111111111111111111111111111111 0 888 555 66 111 222 7 22 888 6 66 3 3 3 88888888888888888 6 8888 0000000000000000000000000000000000000000 000 8 8 44 00 88 88
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( family-39 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CNCCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
gi|1 : C-A-CACTGAA-TTGTTATATGAATCGGAAAAAGCAAGGAAGAGTGGA-CCT--ACC-CG-TTTT--C---TATTACTTTGTAATAAAA---ATTATTCTAACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATTGT-TTTT--AG-AA--GATGTTA-TCTAGATA--ATAGAGGAT-AATTTCA-AATCGCTTGCTTTTTGC--GCGGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATT----A-TTGCTAAA----GA-----AATT------G-------ATGCAGTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--T-G-TACAGA-T--A---GAT-T---TATCCAT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C---AT-T---T-TA
gi|10 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagA-CAAA-GAGA-TG---CCT--ACCA-T-TTTT--C---T-TTACTT-GT-A-AAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TT---TGA---T-ATTA---A-CTG-CAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---G--AA-T-T-A--------------T--AA------T-TA--------A-GT---AT---A--TT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|12 : GGA-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T--A----AA-----TTTTATTGTCT-------CTGCAGTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--T-GAT-CAGA-T--G---AGTAT---TA---AC-----TT---A--AT-T-T-GTCTGCACATATGT-CATAATAA---T-TAGA-A---TA-GTACGAT---A--TTCA-TAT---T-AATCAA---ATAT--TATAC-A-T-TGTA-------T---------T
gi|13 : AG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTATCC-GTAA-GAAA-----TATAATAT-TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG--T-TTT--CTGT--AC-AC--GA-GCTA-TCTTT-TA---TA---G---A----CA-TAT-------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TG-TCA--AGA---------------TG-TAAA----GAGTAT-TTTT------T-------ATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTAA----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---A------TT---A--AT-T-T-A------------T-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---G-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAtt
gi|17 : TT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT------AT-T-T-AATTAATTT---GT-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-TT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-A-TCTGTA-------T---------TTAGA-TTATA
gi|18 : aaaGG-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA------------TTT------TATTGTCACTGCAGTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-T---T-G-T-CAGA-T--A---
gi|2 : TTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG---TGGAAA---CCAG-AAGA-TG---CTT--ACCACT-TTTTTTC---T-TTATTT-GTAA-AAA-----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--C-TT--AA-AACCGA-GTTA-TCT-T-TA--TTA---GAT-A----CATCAC-AC------TTTAC--TTGGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TG-TTA--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAAAC---AA-----TTTTTTC---T-------CTGCAGTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGG-T-CAAA-T--A---GAT-T--------AC-----TT---G--AT-T-T-T-----------AT-C--AAC-T---T-TAAATAATTTA-GT---GTG--A--CT---TAT---T-AT-TAT---ATTTTAAAT-T-A-T-TATA-------TATTTTCTTATTGG---TATATAATATAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTATATATAC---AT--AAAAT--TGTTTCAAatacatattgatccagaatgagtagattt
gi|21 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAatc
gi|22 : attcaattatgacttgtttagaaaaaacatgatca--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-A--------------AA----TA-----TTTT------T-------CTGCAATT-C-A-A---AACT--A-
gi|3 : CCTAA-TTGTT-TATT---TGGAAAA--CAAG-AG---TG---CCTCTATCCCTGTTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AGAA---AATATTCCAA-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG--T-TTGGCCTTT--AGGAA--GA-GTTAATCTATGTA--T-A---GATCA----CA-TAT-ATA----CTTTGC--TTTGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCA-TTAACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCAT----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAAT-G-T-CAGAGT--A---GAT-T---TA----T-----TT---A--AT-T---G-----------GT-CTCAAT-T---TATAAATA---TAAGT---AT---AGACTA--TAT---T-AA-CAT---AATT--AATAC-A-T-AGTACATTTGAT---------TTATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTATATATA-ATAC--AATCAAAAAT-ATG--TCAA
gi|4 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagAATTTAAC-A-TCCCTAAATTGTT-TAT----TGAACAAC-CAAG-AAGA-TGTGCCTT--ACCACT-TTTT--CATGT-TTACTT-GTTA-AAAA---TATATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TGG--CCTTTGAG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----ATTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T---T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-TGA-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TATG--T-A--CAT---ATTC--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TAATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAAatc
gi|5 : ttttacttactgtacctatataaatttaatttcTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACCTCT-TTTT--C---T-TTATTT-GTAA-AAAA----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTT---------------TTG--T-TTG--CTTT--AG-AC--GA-GTTA-TCTCT-TA--TTA-----------------T-A-------------------G-A--CACAAA--TACTT---------TA--C--------TTA---A-CTG-CAAA----AT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TAGA---------A--------CAGA-TTTACTTGAT-T---TATCAAC-----TTTATA--AT-T-T-A-----------GTGC--GAC-T---T------A---TT-AT---AT---A--TTTTCTAT---T-G--TAT---A-TT--AATACAA-T-TGTA-------T---------TCAGT-TTATA
gi|6 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta--GA-GTTA-TCTCT-TA--T-A---GAC-A----TT-AAA-AC-----TTTACT--TTGAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CCG-C-------AATTTTTTTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAC-T---TA---A------TT---G--AT-T-T-A------------T-C--AAC-T---T-TATA-ATT-TA-GT---ACG--A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNTGTATATACAAT--TAAAT-ATG-TTCAA
gi|7 : ggcAATTTAACGA-TCCCTAA-TTGTT-T--G---TGGAGAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACTAC--TTTT--C---T-TT-CTT-GTAA-AAAATTTCGTAT----A-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA---A-GTT----TAT-TGATTTA---GTC-A-----A-AAT-AT-----TTTTGCTTTTGGGG----CATGAA--AATTT---G-AA-TTAT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-AA----AC-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T---T-TAGC-T--A----AT-T---TA---AT-----TA---A--AT-T-T-------------GT-C--AA--T---T-TATA-A---TATGT---AT---A--CT---TAT---T-A---AT---ATT----ATAC---T-TGTA-------T---------T---ATTTATAT----Tatc
gi|8 : t--TTCGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAAATTTTAT-----TTCT------T-------CTGCAGTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T---T-CAGA-T--A----AT-TACATA---TTGTCCATT---AAGATAT-G-A-----------GT----AAT-TACCT-TAAT-T---TATGC---ACATGA--CTC--TATAAGTAA--CATTAAGTTT--GATAA-A-T-TATAAT-----T---------TTAGA-TTA-ATA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GTATATATGTAC----AAT--AAAATAATG-TTCA
gi|9 : AAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACCT-TTGATAAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTGT-T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TG---A--AT-TAT-A-----------AT-T--A-------------------A-GT---AT---A--TT---TAT---TAA--CAT---ATTT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111 22 111 1111 11 11 33333333333333333333333333333333 11 11 22222222222 11111111111111 11111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444 1 111 111 11 1 1 11111111111111111 2222 4444444444444444444444444444444444444444 111 22 11
lowQualScore : 6 6 5 5 0000 00 4 4 333 66 2 4 66 777 4 4 1 8 9999 1 999999 4 4 4 2 777 00 4 00 66 4 55 4 4 3 8 99999999999999999999999999999999 22 3333 33 66666 2 11 444 2 444 2 999 33333333333 22222222222222 2 2 2 444 55 5 22222 2 33 888 2 2 33 555 3 555 7777777777 777777 3 3 88888888888888888888888888888888888888 0 555 222 44 777 999 6 11 555 3 44 3 3 3 99999999999999999 3 0000 5555555555555555555555555555555555555555 444 0 0 33 11 88 88
lowQualScore : . . . . .... .. . . ... .. . . .. ... . . . . .... . ...... . . . . ... .. . .. .. . .. . . . . ................................ .. .... .. ..... . .. ... . ... . ... ........... .............. . . . ... .. . ..... . .. ... . . .. ... . ... .......... ...... . . ...................................... . ... ... .. ... ... . .. ... . .. . . . ................. . .... ........................................ ... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 7777 44 4 4 999 11 0 4 11 888 4 4 0 9 0000 9 111111 4 4 4 2 888 66 4 66 11 4 55 0 0 3 0 99999999999999999999999999999999 33 8888 77 66666 7 77 777 7 777 7 333 33333333333 22222222222222 5 5 5 444 99 3 99999 9 99 222 9 9 99 000 1 444 2222222222 888888 1 1 11111111111111111111111111111111111111 0 888 555 66 111 222 7 22 888 6 66 3 3 3 88888888888888888 6 8888 0000000000000000000000000000000000000000 000 8 8 44 00 88 88
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( family-39 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
gi|1 : C-A-CACTGAA-TTGTTATATGAATCGGAAAAAGCAAGGAAGAGTGGA-CCT--ACC-CG-TTTT--C---TATTACTTTGTAATAAAA---ATTATTCTAACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATTGT-TTTT--AG-AA--GATGTTA-TCTAGATA--ATAGAGGAT-AATTTCA-AATCGCTTGCTTTTTGC--GCGGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATT----A-TTGCTAAA----GA-----AATT------G-------ATGCAGTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--T-G-TACAGA-T--A---GAT-T---TATCCAT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C---AT-T---T-TA
gi|10 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagA-CAAA-GAGA-TG---CCT--ACCA-T-TTTT--C---T-TTACTT-GT-A-AAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TT---TGA---T-ATTA---A-CTG-CAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---G--AA-T-T-A--------------T--AA------T-TA--------A-GT---AT---A--TT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|12 : GGA-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T--A----AA-----TTTTATTGTCT-------CTGCAGTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--T-GAT-CAGA-T--G---AGTAT---TA---AC-----TT---A--AT-T-T-GTCTGCACATATGT-CATAATAA---T-TAGA-A---TA-GTACGAT---A--TTCA-TAT---T-AATCAA---ATAT--TATAC-A-T-TGTA-------T---------T
gi|13 : AG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTATCC-GTAA-GAAA-----TATAATAT-TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG--T-TTT--CTGT--AC-AC--GA-GCTA-TCTTT-TA---TA---G---A----CA-TAT-------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TG-TCA--AGA---------------TG-TAAA----GAGTAT-TTTT------T-------ATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTAA----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---A------TT---A--AT-T-T-A------------T-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---G-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAtt
gi|17 : TT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT------AT-T-T-AATTAATTT---GT-C--AAT-T---TATAAT-A---TA-TT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-A-TCTGTA-------T---------TTAGA-TTATA
gi|18 : aaaGG-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA------------TTT------TATTGTCACTGCAGTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-T---T-G-T-CAGA-T--A---
gi|2 : TTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG---TGGAAA---CCAG-AAGA-TG---CTT--ACCACT-TTTTTTC---T-TTATTT-GTAA-AAA-----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--C-TT--AA-AACCGA-GTTA-TCT-T-TA--TTA---GAT-A----CATCAC-AC------TTTAC--TTGGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TG-TTA--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAAAC---AA-----TTTTTTC---T-------CTGCAGTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGG-T-CAAA-T--A---GAT-T--------AC-----TT---G--AT-T-T-T-----------AT-C--AAC-T---T-TAAATAATTTA-GT---GTG--A--CT---TAT---T-AT-TAT---ATTTTAAAT-T-A-T-TATA-------TATTTTCTTATTGG---TATATAATATAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTATATATAC---AT--AAAAT--TGTTTCAAatacatattgatccagaatgagtagattt
gi|21 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAatc
gi|22 : attcaattatgacttgtttagaaaaaacatgatca--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-A--------------AA----TA-----TTTT------T-------CTGCAATT-C-A-A---AACT--A-
gi|3 : CCTAA-TTGTT-TATT---TGGAAAA--CAAG-AG---TG---CCTCTATCCCTGTTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AGAA---AATATTCCAA-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG--T-TTGGCCTTT--AGGAA--GA-GTTAATCTATGTA--T-A---GATCA----CA-TAT-ATA----CTTTGC--TTTGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCA-TTAACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCAT----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAAT-G-T-CAGAGT--A---GAT-T---TA----T-----TT---A--AT-T---G-----------GT-CTCAAT-T---TATAAATA---TAAGT---AT---AGACTA--TAT---T-AA-CAT---AATT--AATAC-A-T-AGTACATTTGAT---------TTATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTATATATA-ATAC--AATCAAAAAT-ATG--TCAA
gi|4 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagAATTTAAC-A-TCCCTAAATTGTT-TAT----TGAACAAC-CAAG-AAGA-TGTGCCTT--ACCACT-TTTT--CATGT-TTACTT-GTTA-AAAA---TATATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TGG--CCTTTGAG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CA-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----ATTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T---T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-TGA-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TATG--T-A--CAT---ATTC--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TAATA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAAatc
gi|5 : ttttacttactgtacctatataaatttaatttcTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACCTCT-TTTT--C---T-TTATTT-GTAA-AAAA----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTT---------------TTG--T-TTG--CTTT--AG-AC--GA-GTTA-TCTCT-TA--TTA-----------------T-A-------------------G-A--CACAAA--TACTT---------TA--C--------TTA---A-CTG-CAAA----AT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TAGA---------A--------CAGA-TTTACTTGAT-T---TATCAAC-----TTTATA--AT-T-T-A-----------GTGC--GAC-T---T------A---TT-AT---AT---A--TTTTCTAT---T-G--TAT---A-TT--AATACAA-T-TGTA-------T---------TCAGT-TTATA
gi|6 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta--GA-GTTA-TCTCT-TA--T-A---GAC-A----TT-AAA-AC-----TTTACT--TTGAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CCG-C-------AATTTTTTTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAC-T---TA---A------TT---G--AT-T-T-A------------T-C--AAC-T---T-TATA-ATT-TA-GT---ACG--A--CT---TAT---T-A--CAT---A-TT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNTGTATATACAAT--TAAAT-ATG-TTCAA
gi|7 : ggcAATTTAACGA-TCCCTAA-TTGTT-T--G---TGGAGAA--CAAG-AAGA-TG---CTT--ACTAC--TTTT--C---T-TT-CTT-GTAA-AAAATTTCGTAT----A-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA---A-GTT----TAT-TGATTTA---GTC-A-----A-AAT-AT-----TTTTGCTTTTGGGG----CATGAA--AATTT---G-AA-TTAT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-AA----AC-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T---T-TAGC-T--A----AT-T---TA---AT-----TA---A--AT-T-T-------------GT-C--AA--T---T-TATA-A---TATGT---AT---A--CT---TAT---T-A---AT---ATT----ATAC---T-TGTA-------T---------T---ATTTATAT----Tatc
gi|8 : t--TTCGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CA-TTAT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAAATTTTAT-----TTCT------T-------CTGCAGTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T---T-CAGA-T--A----AT-TACATA---TTGTCCATT---AAGATAT-G-A-----------GT----AAT-TACCT-TAAT-T---TATGC---ACATGA--CTC--TATAAGTAA--CATTAAGTTT--GATAA-A-T-TATAAT-----T---------TTAGA-TTA-ATA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GTATATATGTAC----AAT--AAAATAATG-TTCA
gi|9 : AAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACCT-TTGATAAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTGT-T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA---TA---GAT-A-----A-AAT-AC------TTTGCT-TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CG-TTA--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TG---A--AT-TAT-A-----------AT-T--A-------------------A-GT---AT---A--TT---TAT---TAA--CAT---ATTT--AATAC-ATT-TGTA-------T---------TTAGA-TTAT
blockSeqs : G A A . G A . . TGC CT A G TT ATG . . A T TTTC A AATAT G . . A . T . GC TG G CC . A A G TAGATCACATATATAC TT GTT . GG . AC AAA . GAG T CA AATTTTT TATTGTCA A T T GTT CA G TCAGT A AA GA . G TT CTT A ACA TTGTCCA TATA A A GTCTGCACATATGTCATAATAATTAGAA A ACG ATG GA TTC AAG A AT TAA T TA A T C TATTTTCTTA T A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG TGC AC CA AA T
blockSeqs : . . . . G C . . . . A . . . . . A . C A TCTAA . . . T . . . . . . . . . T . ATTTAGTCAAAATATT T AA . A . T . . . . TA GAGTAT ATTGTCT . . . . T . C . . GG . . . . . . TCAAC AAG . . AATTAATTTGTCAATTTATAATA T . G . CA G A T . T . . T . CATTTGAT . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . A T
blockSeqs : . . . . T A . . . . A . . . . . A . A A TCCAA . . . T . . . . . . . . . A . TTAGATACATCACAC T A . G . T . . . . TT TTTTAT TTCT . . . . . . . . . G . . . . . . AT G . . TATCAACTTTAAATAATT T . G . A . . A . A . . T . ATT . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . A T
blockSeqs : . . . . G . . . . . C . . . . . T . T A TCTAA . . . A . . . . . . . . . A . TTAGATACAAATACT . A . T . T . . . . TA CAA T . . . . . . . . . G . . . . . . AC A . . GGTCTCAATTTATAAATA . . . . C . . . . T . . . . T . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT . . . A .
blockSeqs : . . . . G . . . . . A . . . . . A . C A TCTAA . . . A . . . . . . . . . C . TAGACATTAAAACT . C . G . . . . . . CA AA T . . . . . . . . . G . . . . . . AT A . . AGTAATTACCTTAATT . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . A . . A A . . . A . . . . . . . . . C . TAGATAAAATAC . A . G . . . . . . TC AA T . . . . . . . . . G . . . . . . AC G . . GAGTCAATTTTAAAA . . . . . . . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . A . TAGATAAAATAC . A . A . . . . . . TA TT T . . . . . . . . . G . . . . . . AT A . . ATCAACTTTATAATT . . . . . . . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . TAGACATAT . A . G . . . . . . CA TA T . . . . . . . . . G . . . . . . AT A . . ATCAATTTATAATA . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . TTATA . A . G . . . . . . TA TT T . . . . . . . . . G . . . . . . AT G . . GTCAATTTATAA . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . A . A . . . . . . T AA T . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . AGTGCGACTTA . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : A . G . . . . . . C AT T . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . AATTA . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : A . G . . . . . . T AC T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . C AA T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqCons : G*** ** *** TCTAA* *** ** ** TAGATAAAATAC******************** ** G**** TA* ***** AT******** ATCAATTTATAATA************************ **** A* T*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAAA-CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TA--TTA---GAT-A----CA-AAT-AC-----TTTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TA---AT-----TT---A--AT-T-T-A-----------GT-C--AAT-T---T-TAAA-A---TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--CAAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TCTAT-TATAGATAAAATAC--------------------TTTGC--TTGGGG-A--CATGAA--AACTTG----CG-TTA--TGA---T-ATTA---A-CTGTA-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-T--A---GAT-T---TAAT--------TT---A--AT-T-TATCAATTTATAATA------------------------TA-GT---AT---A--CT---TAT---T-A--CAT---ATTT--AATAC-A-T-TGTA-------T---------TTAGA-TTATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAATA-TGT-TCAA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1111 11 11 3333333333333333 11 11111111 11 22222222222 11111111111111 11111 222222222222222222222222222 1 1111 111111111111111 1 11111111111111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444 111 22 11
lowQualScore : 6 6 5 5 0000 66 5 4 4 333 66 2 4 66 777 4 4 1 8 9999 1 999999 4 4 4 2 777 00 4 66 00 4 55 4 4 777 666 4 4 4 1111111111111111 4 4 22 66666666 5555 33 44444 2 11 444 2 0 88888 999 33333333333 22222222222222 2 2 2 444 55 5 22222 2 33 888 2 2 3 555 666666666666666666666666666 33 44 6666 555 44 3 99999 555 3 3 666 3 555 0 44 0000 3 3 6 555 555555555555555 3 3 99999999999999999 3 3 7777 2 2 5555555555555555555555555555555555555555 444 0 0 33 11 88 88
lowQualScore : . . . . .... .. . . . ... .. . . .. ... . . . . .... . ...... . . . . ... .. . .. .. . .. . . ... ... . . . ................ . . .. ........ .... .. ..... . .. ... . . ..... ... ........... .............. . . . ... .. . ..... . .. ... . . . ... ........................... .. .. .... ... .. . ..... ... . . ... . ... . .. .... . . . ... ............... . . ................. . . .... . . ........................................ ... . . .. .. .. ..
lowQualScore : 7 7 7 7 7777 11 0 4 4 999 11 0 4 11 888 4 4 0 9 0000 9 111111 4 4 4 2 888 66 4 11 66 4 55 0 0 000 444 0 0 0 5555555555555555 0 0 33 88888888 5555 77 99999 7 77 777 7 7 00000 333 33333333333 22222222222222 5 5 5 444 99 3 99999 9 99 222 9 9 1 444 666666666666666666666666666 66 22 6666 444 22 1 33333 444 3 3 222 3 888 0 66 4444 3 3 7 888 222222222222222 3 3 88888888888888888 6 6 9999 0 0 0000000000000000000000000000000000000000 000 8 8 44 00 88 88
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--C-AAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TC---TA--T-TA-T-AGA---TA--A-----A--ATA-CTTT-GC--TT-------GGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CGTT-A--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------AT--------T----------TAA-TT--T--A-T---C--A-A-T---TT---ATA-A-TA--TA-G---TAT-A--CT----TAT-T-A-CAT---ATT-------T--A--ATACA-T-TGTA-------T---------TTAGA-TT-ATAT----TANTGTNTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
Reference ( family-39 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--C-AAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AAAA---CGTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TC---TA--T-TA-T-AGA---TA--A-----A--ATA-CTTT-GC--TT-------GGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CGTT-A--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------AT--------T----------TAA-TT--T--A-T---C--A-A-T---TT---ATA-A-TA--TA-G---TAT-A--CT----TAT-T-A-CAT---ATT-------T--A--ATACA-T-TGTA-------T---------TTAGA-TT-ATAT----TAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAA
gi|1 : C-A-CACTGAA-TTGTTATATGAATCGGAAAAAGC-AAGGAAGAGTGGA-CCT--ACC-CG-TTTT--C---TATTACTTTGTAATAAAA---ATTATTCTAACTG-CAATTACATTGTTATGTTTGAACTCAAATTGAATATTG--TTTTT-AG-AA--GATGTTA-TC---TAGAT-AA-T-AGAGGATA--ATTTCAA--ATC-GCTT-GC--TTTTTGCGCGGCA-A--CATGAAGGAACTTCGGG-CATTTA--TGA---TGATTA-----TTGCTAAA----GA-----AATT------G-------ATGCAGTT-C-A-A---AACT--AGTATAG----TC-TA--T-G-TACAGA-TAGAT-T---TATCC---AT--------T----------TAA-TT--T--AGT---C--A-T-T---TT---A
gi|10 : aatagtgtcaaaaatagcactgctccaaagcatttccaactttcaagttttttgggggcctcagttaacataattattctgaaacacaagctggaggcataattgaatgtattaagagttctcatgacttgtttagaaaaaactagtattacgagA--C-AAA-GAGA-TG---CCT--ACCA-T-TTTT--C---T-TTACTT-GT-A-AAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TC---TA--T-TA-T-AGA---TA--A-----A--ATA-CTTT-GCT-TT-------GGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CGTT----TGA---T-ATTA---A-CTG-CAAA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-ATTA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------AT--------T----------TGA-AT--T--A-T------A-A-----TT---A----------A-G---TAT-A--TT----TAT-T-A-CAT---A-T-------T--A--ATACATT-TGTA-------T---------TTAGA-TT-ATctagggtatgatggttttatactgtgaattaccata
gi|12 : GGA-A--CATGAA--AACTT---G-CATT-AT-TGA---T-ATTA---A-CTG-T--A----AA-----TTTTATTGTCT-------CTGCAGTT-C-ATAGTTAACTCAA-TATA-----TCATA--T-GAT-CAGA-TGAGTAT---TA------AC--------T----------TAA-TT--T--G-TCTGC--ACA-TATGTC---ATA-A-TAATTA-G---AAT-A--GTACGATAT-T---CAT---ATTAATCAAAT--ATTATACA-T-TGTA-------T---------T
gi|13 : AG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTATCC-GTAA-GAAA-----TATAATAT-TG-AAAG-ACAT-ATCTTGTTTGA---TATATAG--T-TTT--CTGT--AC-AC--GA-GCTA-TC---TT--T-TA-T-AGA---C------------ATA-T------------------GGG-C--CATG-A--AACTT---T-TGTC-A--AGA---------------TG-TAAA----GAGTAT-TTTT------T-------ATGATGTT-C-A-A---AACT--
gi|15 : -A--CATGAA--AACTT---G-CGTT-A--TGA---T-ATTA---A-CTG-TTAA----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------A---------T----------TAA-TT--T--A-T---C--A-A-T---TT---ATA-A-TA--TA-G---TAT-A--CT----TAT-T-A-CAT---G-T-------T--A--ATACATT-TGTA-------T---------TTAGA-TT-ATAtt
gi|17 : TT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------ATTTATTTAAT----------TAA-TT--T--G-T---C--A-A-T---TT---ATA-A-TA--TA-T---TAT-A--CT----TAT-T-A-CAT---A-T-------T--A--ATACA-TCTGTA-------T---------TTAGA-TT-ATA
gi|18 : aaaGG-A--C-TGAA--AACTT---G-CATT-A--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA------------TTT------TATTGTCACTGCAGTT-C-T-A---AACT--A-TATAC----TC-T---T-G-T-CAGA-TA
gi|2 : TTGAC-AACACCTA--TTGTT-TATG---TGGAAAC--C-A-G-AAGA-TG---CTT--ACCACT-TTTTTTC---T-TTATTT-GTAA-AAA-----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAC-GTTTTGTTTGA---CAAATTG--T-TTG--C-TT--AA-AACCGA-GTTA-TC---T---T-TATT-AGA---TA--C-----ATCACA-CTTT-AC--TT-------GGGGAA--CATGAA--AACCT---A-TGTT-A--TGT---T-GTTA---ATCTG-CAAAC---AA-----TTTTTTC---T-------CTGCAGTT-C---A---AACT--A-CATA-----TG-TA--TGG-T-CAAA-TAGAT-T-----------AC--------T----------TGATTT--T--A-T---C--A-A-C---TTTAAATA-A-TT--TA-G---TGTGA--CT----TAT-T-ATTAT---ATT-------TTAA--AT-TA-T-TATA-------TATTTTCTTATTGG---T-ATATAATATAATGTTTTCAGTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNTATATATAC---AT--AAAAT--TGTTTCAAatacatattgatccagaatgagtagattt
gi|21 : ataaatattctccaaccaaagctgaggcataattgatcctaaattatgacttgtatagaaaaaaacatttaAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--atc
gi|22 : attcaattatgacttgtttagaaaaaacatgatca--CATGAA--AACTT---G-CGTT-A--TGA---T-A--------------AA----TA-----TTTT------T-------CTGCAATT-C-A-A---AACT--A-
gi|3 : CCTAA-TTGTT-TATT---TGGAAAA--C-AAG-AG---TG---CCTCTATCCCTGTTTT--C---T-TTACTT-GTAA-AGAA---AATATTCCAA-TGGCAAG-AC-T-GT-ATGTTTGA---CAAATTG--T-TTGGCCTTT--AGGAA--GA-GTTAATC---TA--TGTA-T-AGA---TC--ACAT--AT-ATA-CTTT-GC--TT-------TGGG-GTTCATGAA--A-CTT---GGCATT-AACTGAAAAT-ATTAGAGA-CTG-TCAT----TT-----TTTT------T-------CTGCAGTTAC-A-A---AACTT-A-TTTA-----TC-TAAAT-G-T-CAGAGTAGAT-T---TA-------T--------T----------TAA-TTGGT--C-T---C--A-A-T---TT---ATA-AATA--TAAG---TAT-AGACTA---TAT-T-AACAT---AAT-------T--A--ATACA-T-AGTACATTTGAT---------TTATA-TT-ATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-ATGTTTGCGTATATATA-ATAC--AATCAAAAAT-ATG--TCAA
gi|4 : taacttatgaacttgtttcagaaaaaattatcgaacaaccatagAATTTAAC-A-TCCCTAAATTGTT-TAT----TGAACAA--CCAAG-AAGA-TGTGCCTT--ACCACT-TTTT--CATGT-TTACTT-GTTA-AAAA---TATATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTTATGTTTGA---CAAATTG--T-TGG--CCTTTGAG-AA--GA-GTTA-TC---TA--T-TA-TTAGA---TAC-A-----A--ATA-CTTTTGC--TT-------GGGG-A--CATGAA--AACTT---G-CATT-A--TGA---T-ATTA---A-CTG-TAAA----AA-----ATTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T---T-CAGA-TAGAT-T---TA------AT--------T----------TAA-TT--TGAG-T---C--A-A-T---TT----TA-A-AA--TA-G---TAT-A--CT----TATGT-A-CAT---ATT-------C--A--ATACA-T-TGTA-------T---------TAATA-TT-ATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTT---GTATATATATATACA-AAT--AAAAT-ATG-TTCAAatc
gi|5 : ttttacttactgtacctatataaatttaatttcTTGAC-A-CACCTAA-TTGTT-TATG---TGGAAAA--C-AAG-AAGA-TG---CTT--ACCTCT-TTTT--C---T-TTATTT-GTAA-AAAA----GTATTCTAA-TG-CAAG-ACAT-GTT---------------TTG--T-TTG--CTTT--AG-AC--GA-GTTA-TCTCTTA--T-TA-T-AGA---CAC-A-----A--ATA-CTTT-AC--TT-----------------------AACT---------------------------------G-CAAA----AT-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TAGA---------------------A-CAGAT-T---T-------AC--------T----------TGA-TT--T--A-T---C--A-ACT---TT---ATA-A-TT--TA-G---TGCGA--CT----TAT-T-A-TAT---ATT-------T------TCTA-T-TGTA-------T-------------A-TTAATAC----AATTGTATTCAGTTTAT
gi|6 : attatcccacaaagctgaggcataattgtatcttaaattatgacttgtatagaaaaaacatta--GA-GTTA-TC---TC--T-TA-T-AGA---CATTA-----A--A-A-CTTT-AC--TTT------GAAG-A--CATGAA--AACTT---A-CGTT-A--TGA---T-ATTA---A-CCG-C-------AATTTTTTTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATATCAGTTC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAC-T---TA------A---------T----------TGA-TT--T--A-T---C--A-ACT---TT---ATA-A-TT--TA-G---TACGA--CT----TAT-T-A-CAT---A-T-------T--A--ATACATT-TGTA-------T---------TTAGA-TT-ATAT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNTGTATATACAAT--TAAAT-ATG-TTCAAa
gi|7 : ggcAATTTAACGA-TCCCTAA-TTGTT-T--G---TGGAGAA--C-AAG-AAGA-TG---CTT--ACTAC--TTTT--C---T-TT-CTT-GTAA-AAAATTTCGTAT----A-TG-CAAG-ACAT-TTTATGTTTGA---C--ATTG--T-TTG--CTTT--AG-AA--AG-TTTA-TT---GA--T-T--T-AGT---CA--A-----A--ATATTTTT-GCTTTT-------GGGG----CATGAA--AATTT---G-AATT-AT-TGA---T-TTTC---A-CTG-T-AA----AC-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---TATT--A--GT------TC-TA--T---T-TAGC-TA-AT-T---TA------AT--------T----------AAA-TT--T--G-T---C--A-A-T---TT---ATA-A-TA--T--G---TAT-A--CT----TAT-T-A--AT---ATT-------------ATAC--T-TGTA-------T---------T---ATTT-ATAT----Tatc
gi|8 : t--TT-------CGGA-A--C-TGAA--AACTT---G-CATT-AT-TGA---T-A-TA---A-CTG-TAAATTTTAT-----TTCT------T-------CTGCAGTT-CTA-A---AACT--AGTATA------C-CA--T---T-CAGA-TA-AT-TACATATTGTCCAT--------TAAGATATGAGTAA--T--T--A-C---CTTA-A-T---TT---ATGCA-CA--TG-ACTCTAT-A--AG----TA----A-CATTAAGTT-------T--G--ATAAA-T-TATAAT-----T---------TTAGA-TT-A-ATA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GTATATATGTAC----AAT--AAAATAATG-TTCA
gi|9 : AAA--C-AAG-AAGA-TG---CCT--ACCACT-TTTT--C---T-TTACCT-TTGATAAAA---CGT----------------ACAT-GTTATGTTTGA---TAAATTGT-T-TTG--CTTT--AG-AA--GA-GTTA-TC---TA--T-TA-T-AGA---TA--A-----A--ATA-CTTT-GCT-TT-------GGGG-A--CATGAA--AACTT---A-CGTT-A--TGT---T-ATTA---C-TTG-C-AA----AA-----TTTT------T-------CTGCAGTT-C-A-A---AACT--A-TATA-----TC-TA--T-G-T-CAGA-TAGAT-T---TA------AT--------T----------GAA-------------------------TT---ATA-A-TT--AA-G---TAT-A--TT----TAT-TAA-CAT---ATT-------T--A--ATACATT-TGTA-------T---------TTAGA-TT-AT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAATAGATTTACTTGAAGTTATCAACTTTATAATTTATTATAAGTTATTACACTTCCGCTTTCGTATATTAATACAATTGCATTTAAATTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTCTTGTATACTACTACAATAAAATCGCTCAAATCA
Unaligned ( gi|14 ): CGTCATTCACAAGCCAAAAATTGAAGACCTAAATCTTTTCAGATTTTGTTCATAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACGCCTGTTAAATATAATTCACACAAAGTTGAGGCACGATGGTATCTTAAATTATGACTTAATGTACAGG
Unaligned ( gi|16 ): GTCAATCAGTCAATTTAGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTGGAAAACGCCAGTTAAATATTATTCAAACATGAGGCATAATTGTGTATTAAATTATGGCTTG
Unaligned ( gi|19 ): CAAGAAGCACTGCTCCCAAGCATTCCAAAACCCTGTTAAATATAATTCACACAAGTTTGAGGCACGATGGTATCTACAATTATTGACTT
Unaligned ( gi|20 ): GTCAATCAGTCAATTTCGAAGAAGCATATCTAATATTGTCAAAAATAGCACTGCTCCAAAGCATTTCAATTTTG