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lowQualScore                  :         2  4    1 1  777 2 888 1 777 99 99 2 3 11 1  2  2  777  1 1  88 99  22 99 1    88   88 0  0 0  0  0  9999999 88 88 0 888888 0  0 0 88 88 555  0 88 88  0 0 0  2222222     0 000 0 0 88 0  0 88 0    22 0 555 6666666   888888 0   0 0 0 555  22222222  0 88 88 88   0 0 0 555 0 0 0  55   88888  222 0 0 555  88 0   0  0 0  0  0   0      555 0 0 555555 88 0  0 2222 22222222 0 0  00  2  2 1  2  1 9999  222222222   1 2 99  00  1   1 1  777   1 1   1 1  1 5555  11  2 33333   2 55555 1   5555 1      
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Reference ( gi|17 )           :   CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-G-CA-GA-GG----T--C--C--A-T------A-CA-T-C--G--C---AG-A--C--TG-G-C-TC-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-G-C---A-A-G-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-AG-C-CT-CT-GGA-ATTGGA---T-C-T------A--A-TT-C----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-AC-C----AA---C--AC-CCA-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
gi|16                         :   CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-G-CA-GA-GG----T--C--C--A-TG-----A-CA-T-C--G--C---AG-A--C--TG-G-C-TC-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G-------TTT------A-TAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-G-C---A-A-G-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-AG-C-CT-CT-GGA-ATTGGA---T-C-TA-----A--A-TT-C----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-AC-CA---AA---C--A--CCA-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-------GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
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gi|1                          :    TGTTT-TA-GGCT-C-TT---A-T---T-T---C--T--ATC-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AAT-G--A-TTTTG-GCA--T-TT-G-CA-GA-GG----T-----C--A-T------A-CA-T-T--C--C---AGTA--C--TG-GAC-TC-------GTTGGACACAA-T-C--C-AC-AGGT-CTTT--C-T---G--TATCGCTT------A-CAA-CAC-T---TTATAACTCCTGTT--G--C--AGT-T---C---A-A-G-CC--ATCCTATGAA---A-TGC---TAAGG-GAA-AG---CT-CG-GTATATTAGG---A-C-TCATTGAA--A-TT-C----T--------T-A-GT--TA----A-GC-AC-CCA--AA---A--AA-CCA-CAC--ATA-CCAAACAT-GC---CAT---CCA-TAGT-C----AGC-TT-GCGCCCAAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGAG
gi|18                         :     GTTT-TT-AGCT----T-----T---T-T---T--T--A-C-A--T-TC-AC------TT-G-TT--T--AAA-G--AGTTTT--GCA--T-TT-G-CA-GA-TG-------C--C--A-T------A-C--T-C--G--C---AG-A--C--TG-G-C-T---------TTTG-C---A-T-CATC-CT-A--TGCTTT--CCT---G--T----TTA------C-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GGC---A-AAG-CC--ACC-----AA---A-T-----TA--G--CA-AGGC-CT-CT-GGA-ATT-GA---T-C-TA-----A--A-TT-C----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-ACAA----AA---C--AA-CCA-C-C--AT--CC-AAC-T-TCAAACAT-C-CCA-T--T-C----AG--TT-G-----GAC-------T-GGT--ACA-TAAGGGgc
gi|9                          :     gTTT-TT-A-CT-A-TT---AAT---T-T---C--T--A-CGA--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-G-CA-GA-GG----T--C--C--A-T------A-CA-T-C-----C---AG-A--CTTTG-G-CTTC-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTTTCC-T---G--T----TTT------ATCAA-C-C-T---TT--------TG-TG-G--C--AGT-T-G-C---C-A-G-CC--ACC-----AA---A-T-C---TT--A-GCA-AG-C-CT-CT-GGA-TTCGGA---T-C-T------A--A-TTCC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-AC-CA---AA---CA-AC-TCA---C--AT--C---AC-TATC---AAT-T-CCA-T-GT-C----AG--TTGG-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
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Reference ( family-3890 )     :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
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gi|21                         :                                                                                    tctgct--GCA--T-TTTGC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CAAT-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-CT------GTTTG-C---A-T-C--C-AC----T-CTTTTGC-T---GAAC----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------GG-T--G--C--AGT-G-GC---A-AG-C---AC-------A---A---C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT--GA-ATTGG-----AG--T-C-T-A-AATTC----A--------T-T-AA--TA-TC-G-GC-A-AC---C-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---C-T-C-CCA-T-GT-C----AG---T-G-----GAC-A-----TGGGT--A-ATTAAGGt
gi|3                          :        TTT-TT-AGCT-A-TT---AAT---T-T---CGCT--A-CGA--T-TCTAT-CT---TTTG-TT--T--GAATG--A-TTTT--GCACAT-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-G-T--CAGT-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTC-CCCCA-T-C--CTAC-A--T--TTT--C-T---G--T----TTTT-----A-CAA-C-C-T---TT--------TG-TT-G--C--AGT-T-GTGCAA-AG-CC--ATC-----AATGCA-T-C---TA--G-GCA-A-GCTCT-CT-TTG-ATTGG-----A---T-C-T-A-ACTTCT---A--------T-A--G--TA-TC-G-GC-A-CA---A-AAAAC-ATAC-C-A-G-C--AT--CC-AA--T-TC---CAT-CTCCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GACTA-----T-GGT------TAAGGG
gi|4                          :   gtCTGTTT-TTTAGCT-A-ATCTAA-T---C-T---C--T--A-C-A--T-TC-AA-GC---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--C-TT-GC-A-GA-GG-T--T--CCG------A-T-A--CA-T-CAGG--C---AG-A--CC--G-G-CT-C-------GTTTG-CT--A-T-C--C-CC-G--A-TTTC--G-T---G--T----TTTTTAGACA-CAA-C-T-TG--TT--------TGCT--G--C--AGT-T-GC---ACAG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----G---A-C-T-A-AATTC----A--------TGA-AG--TA-TCTG-GC-A-CC-----AA--C---AC-C-A-C-CATAT--CC-ACT-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TTGG-----GAC-A-----T-GGT--A-A-GAAGGG
gi|5                          :      TGTTT-TT-A-CT-A-CT---A-TATTT-T---C--T--A-C-AA-T-TC-AT-CTATTTT-G-GTGAT--AA--AGAA-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG----C--C--------A-T-AA-CA-T-C--G--C---AG-AA-CT--GAG-CT-T-------G---G-C---AAT-C--C-AC-A--T-CTTTTCC-T---G--T----TTA------A-CAA-C-CCT---TT--------TGCT--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCATA-GC-CT-CT-GGA-ATTG------A---T-C-G-A-AATTCCATTA--------T-A-GA--CA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--CGA-AC-CTA-CAC--AT--C--AAC-T--C---CATTC-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAATGGc
gi|6                          :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-TTCCC--T--AAC-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-TCC--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-----A-T-C--C-ACAA--T-CTTT--C-T---GT-T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GCT--ACAG-CCATACC-----AA---A-T-C---TA--ATGCA-A-GC-CT-C--GGA-ATTGG-----A---T-CAT-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CCA--A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TA---CAT-C-CCA-T-GT-C----AAGTTT-G-----GACAA-----T-GGTTAA-A-TAAG
gi|7                          :         TT-TT-AGCTTA-TT---A-T---TAT---C--TTAA-C-AA-T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--A---G--A-TTGT--GCA--TCTT-GC-C-G--TG-T--C--C----------T-A--CA-T-C--GACC---AG-A---T--G-G-CT-C-------TTTGG-C-----T-C--C-AC-AA-T-CATT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--GG-C--AGT-TTGC---G-AG-CCCAACC-----AA---A-TTC---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-C-A-AATTC----A--------T-A-AG--TACTCGG-GC-A-CC---A-AA--C-ACAC-C---C-C--AT--CC-AAC-T-TC-----T-C-CCACT-GT-CAGGTAG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--ATA-TAAAGG
gi|8                          :    gCTGTTT-T--AGCT-A-TT---A-T---T-----C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--TTTAA--G--A-TTT---GCA--T-TT-G--A-GA-GG-T--C--CC-------A-TTA--CA-T-C--GA-C---AG-A--CT--G-GGCT-C-------GTT-G-C---A-TTC--C-ACCA--TTCTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--GTGC--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA----GC--A-GC-CT-CTGGGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-ACAGT-TA-TC---GC-A-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC---GC---CAT-C-CCA-T-GTCC----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGG--T-A-TAAGGG
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lowQualScore                  :           1  2    0 0  555 0 555 0 555 88 55 0 0 88 0  0  0  555  0 0  55 88  88 88 0    33   55 9  8  9 9  8  9 55 66 44444444 9 8 44  8 9 66 55 111  9 55  66 9 7  9 7777777     7 666 9 9 66 9  8 44 8    99 9 333 55 0000   444444 8   7 8 9 222  99999999  6 55 33 55   9 8  111 7  9  22   44444  999 9 8 333  66 8   9 9  9  9  8   9     88888 222 9 9 9 9     9999 99999999 9 9  88  0  0 0  0 0  88888  88 444  0 0 0 0 88  88  0   0 0  555   0 0   0 0  0 2222  88  0 00000   0 00000 0   8888 0      
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Reference ( family-3890 )     :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
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gi|10                         :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---T--G-TT--T--AAA-G--A-TTTTT-GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-AA-CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G-------TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---ACT-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA--C-G-GC-A-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--ATCGCC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AGT-TT-G-----GAC-AT----T-GGT--A-A-TAAGGGgc
gi|11                         :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT-----T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-ATGCT---TT-GGTT--T--AA--G--A-TTT----CA--T-TTTGC-A-GAAGG-T--C--C--------A-T-A--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-TCT-----GTTTG-C---A-T-C----AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAAAC-C-T---TT--------TG-T--GG-C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT--T-GGA-ATTGG-----A---T-C-T-C-AATTCC---A--------T-A-AG--TA-TC-G-GCCA-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-------GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAAGGc
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gi|16                         :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-TGA--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TT-------A-TAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--C---AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-------GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
gi|17                         :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-T---AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CC-----AA--C-A-CC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGGc
gi|18                         :       GTTT-TT-AGCT----T-----T---T-T---T--T--A-C-A--T-TC-AC------TT-G-TT--T--AAA-G--AGTTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-TG----C--C--------A-T-A--C--T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT----------TTTG-C---A-T-CATC-CT-A--TGCTTT--CCT---G--T----TTA------C-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-TGGCA--A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-----TA----GCA-AGGC-CT-CT-GGA-ATT-G-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CA---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TCAAACAT-C-CCA-T--T-C----AG--TT-G-----GAC-------T-GGT--ACA-TAAGGG
gi|19                         :    gCTGTTT-TT-AG-T-A-TT---A-T---T-T---C--T--A-C-A--T-TC-ATTCT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C-----------A-T-A--CA-T-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C-----T-C--C-AC-A--T--TTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-T-T---TA--------TG-T--G--C--AGT-T-G----A-AG-C----------------A-T-C----A--G-G-A-A-GC--T-CT-GGA--TTG------A---T-C-T-A-AATTC----AAACACCAAT-A-AG--TG--C-G-GC-A--------AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC----AT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG
gi|2                          :                GCT---TT---A-T---T-T---C--T--A-C-AGGT-TT--T-CT---TT-T-TTAAT--AA--G--A-TTT---GCT--T-GT-GCCA-GACGG-T--T--CTTTCATTTA-T-AAACA-T-A--C--C---AG-C--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTC--T-G---G--T----TTT------A-CAA-C-C-TATGTT--------TGTT--G--CCAAGT-G-GC---ATAG-CC--ACTTA---AA---A-T-CATATA--GCGCA-A-GC-CTACT--GA-ATTGG-----A---TAC-TAA-AATTC----A--------A-A-AGGTCA-TC-GAGC-A-CCAAAA-AA--CAA-AC-C-ATC-C--AT--CC-AAA-C-TT---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----G-C-ACCGATT-GGT--T-A-TAAGGG
gi|20                         : ttagtcgTTT-TT-AGCT-A-TT---A-TC--T-T---C--TTCA-CCA--TCTC-AT-CT---TT-G-CT--T--TA--A--A-TTTTTGGCAA-T-TT-GC-AAGA-GGAT--CGTC--------ACT-A--CA-T-T--G--CGTCAG-AGCCT--G-GGCT-CCGTGTTGGTTCG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTT--C-CTTCG--T----TTT------A-CAATC-C-T---TC--------TG-TCTG--CC-AGTGT-TC---A-AGTCC--ACC-----AAT--A-T-C---TA--G--CA-A-GC-CT-CT-GGA-ACTGG-----ATTCT-T-T-ATTATTC----A--------T-A-A
gi|21                         :                                                                                    tctgct--GCA--T-TTTGC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CAAT-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-CT------GTTTG-C---A-T-C--C-AC----T-CTTTTGC-T---GAAC----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------GG-T--G--C--AGT-G-GC---A-AG-C---AC-------A---A---C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT--GA-ATTGG-----AG--T-C-T-A-AATTC----A--------T-T-AA--TA-TC-G-GC-A-AC---C-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TC---C-T-C-CCA-T-GT-C----AG---T-G-----GAC-A-----TGGGT--A-ATTAAGGt
gi|3                          :        TTT-TT-AGCT-A-TT---AAT---T-T---CGCT--A-CGA--T-TCTAT-CT---TTTG-TT--T--GAATG--A-TTTT--GCACAT-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-G-T--CAGT-C--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTC-CCCCA-T-C--CTAC-A--T--TTT--C-T---G--T----TTTT-----A-CAA-C-C-T---TT--------TG-TT-G--C--AGT-T-GTGCAA-AG-CC--ATC-----AATGCA-T-C---TA--G-GCA-A-GCTCT-CT-TTG-ATTGG-----A---T-C-T-A-ACTTCT---A--------T-A--G--TA-TC-G-GC-A-CA---A-AAAAC-ATAC-C-A-G-C--AT--CC-AA--T-TC---CAT-CTCCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GACTA-----T-GGT------TAAGGG
gi|4                          :   gtCTGTTT-TTTAGCT-A-ATCTAA-T---C-T---C--T--A-C-A--T-TC-AA-GC---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--C-TT-GC-A-GA-GG-T--T--CCG------A-T-A--CA-T-CAGG--C---AG-A--CC--G-G-CT-C-------GTTTG-CT--A-T-C--C-CC-G--A-TTTC--G-T---G--T----TTTTTAGACA-CAA-C-T-TG--TT--------TGCT--G--C--AGT-T-GC---ACAG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----G---A-C-T-A-AATTC----A--------TGA-AG--TA-TCTG-GC-A-CC-----AA--C---AC-C-A-C-CATAT--CC-ACT-T-TC---CAT-C-CCA-T-GT-C----AG--TTGG-----GAC-A-----T-GGT--A-A-GAAGGG
gi|5                          :      TGTTT-TT-A-CT-A-CT---A-TATTT-T---C--T--A-C-AA-T-TC-AT-CTATTTT-G-GTGAT--AA--AGAA-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG----C--C--------A-T-AA-CA-T-C--G--C---AG-AA-CT--GAG-CT-T-------G---G-C---AAT-C--C-AC-A--T-CTTTTCC-T---G--T----TTA------A-CAA-C-CCT---TT--------TGCT--G--C--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA--G-GCATA-GC-CT-CT-GGA-ATTG------A---T-C-G-A-AATTCCATTA--------T-A-GA--CA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--CGA-AC-CTA-CAC--AT--C--AAC-T--C---CATTC-CCA-T-GT-C----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAATGGc
gi|6                          :     CTGTTT-TT-AGCT-A-TT---A-T---T-TTCCC--T--AAC-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-TCC--G--C---AG-A--CT--G-G-CT-C-------GTTTG-----A-T-C--C-ACAA--T-CTTT--C-T---GT-T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--G--C--AGT-T-GCT--ACAG-CCATACC-----AA---A-T-C---TA--ATGCA-A-GC-CT-C--GGA-ATTGG-----A---T-CAT-A-AATTC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CCA--A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC-T-TA---CAT-C-CCA-T-GT-C----AAGTTT-G-----GACAA-----T-GGTTAA-A-TAAG
gi|7                          :         TT-TT-AGCTTA-TT---A-T---TAT---C--TTAA-C-AA-T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--A---G--A-TTGT--GCA--TCTT-GC-C-G--TG-T--C--C----------T-A--CA-T-C--GACC---AG-A---T--G-G-CT-C-------TTTGG-C-----T-C--C-AC-AA-T-CATT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--GG-C--AGT-TTGC---G-AG-CCCAACC-----AA---A-TTC---TA--G-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-ATTGG-----A---T-C-C-A-AATTC----A--------T-A-AG--TACTCGG-GC-A-CC---A-AA--C-ACAC-C---C-C--AT--CC-AAC-T-TC-----T-C-CCACT-GT-CAGGTAG--TT-G-----GAC-A-----T-GGT--ATA-TAAAGG
gi|8                          :    gCTGTTT-T--AGCT-A-TT---A-T---T-----C--T--A-C-A--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--TTTAA--G--A-TTT---GCA--T-TT-G--A-GA-GG-T--C--CC-------A-TTA--CA-T-C--GA-C---AG-A--CT--G-GGCT-C-------GTT-G-C---A-TTC--C-ACCA--TTCTTT--C-T---G--T----TTT------A-CAA-C-C-T---TT--------TG-T--GTGC--AGT-T-GC---A-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TA----GC--A-GC-CT-CTGGGA-ATTGG-----A---T-C-T-A-AATTC----A--------T-ACAGT-TA-TC---GC-A-CC---A-AA--C-A-AC-C-A-C-C--AT--CC-AAC---GC---CAT-C-CCA-T-GTCC----AG--TT-G-----GAC-A-----T-GGG--T-A-TAAGGG
gi|9                          :       tTTT-TT-A-CT-A-TT---AAT---T-T---C--T--A-CGA--T-TC-AT-CT---TT-G-TT--T--AA--G--A-TTTT--GCA--T-TT-GC-A-GA-GG-T--C--C--------A-T-A--CA-T-C-----C---AG-A--CTTTG-G-CTTC-------GTTTG-C---A-T-C--C-AC-A--T-CTTTTCC-T---G--T----TTT------ATCAA-C-C-T---TT--------TG-T--GG-C--AGT-T-GC---C-AG-CC--ACC-----AA---A-T-C---TT--A-GCA-A-GC-CT-CT-GGA-TTCGG-----A---T-C-T-A-ATTCC----A--------T-A-AG--TA-TC-G-GC-A-CC---A-AA--C-A-ACTC-A---C--AT--C---AC-TATC---AAT-T-CCA-T-GT-C----AG--TTGG-----GAC-A-----T-GGT--A-A-TAAGGG


blockSeqs                     :           A  C    T C  CTA A ATT A TCC GC TC A C GG C  T  G  ATT  T G  AA TT  AT GA G    TG   CA C  T  C A  A  A TT GT TTTCATTT C G AA  A C AG AC GTC  . GC  TT A G  T CGTGTTG     C CCC A T AT T  A A  G    TG C TTC AA .      TTAGAC A   A T C ATG  .         T CT TG CA   G G  GCA T  T  AT   TA     TGC C T ATA  .  C   T G  T  A  G   .     .     TTC A A A T     CATT AACACCAA G C  GT  C  T A  C C  AAAA   AA AA   T T T A AT  CG  .   . A  AAA   T T   C .  C AGGT  GT  G .       T CCGAT G   TAA  T
blockSeqs                     :           .  T    . .  .   A C   . .   .  TA . G A  .  T  T  .    . .  GA .   A  .  .    T    A  .  T  . .  C  . T  .  CG       . T A   G . .  A  C    . A   .  . G  . CT          G T   . . .  .  C A  T    TC . .   T  .      T      T   C . . G    .         C T  G  C    . T  A   C  .  CA   .      CA  . . .    .  T   . .  .  .  G   .     .     G   . . . .     C    .        . .  T   C  G .  . .  AC     .  AT   . . . A .   C   .   . .  .     . .   . .  . .     T   G .       A T     .   AA   .
blockSeqs                     :           .  .    . .  .   . .   . .   .  T  . G A  .  .  .  .    . .  .  .   A  .  .    T    .  .  .  . .  .  . .  .  C        . . A   . . .  .  C    . .   .  . .  . T           . .   . . .  .  . .  .    TC . .   .  .      .      .   T . . .    .         C .  G  .    . .  T   C  .  .    .      T   . . .    .  .   . .  .  .  .   .     .     .   . . . .     T    .        . .  .   .  . .  . .  AA     .  GA   . . . . .   .   .   . .  .     . .   . .  . .     .   . .       . T     .   AC   .
blockSeqs                     :           .  .    . .  .   . .   . .   .  .  . . .  .  .  .  .    . .  .  .   .  .  .    .    .  .  .  . .  .  . .  .  .        . . .   . . .  .  .    . .   .  . .  . .           . .   . . .  .  . .  .    .  . .   .  .      .      .   . . . .    .         . .  G  .    . .  .   .  .  .    .      .   . . .    .  .   . .  .  .  .   .     .     .   . . . .     .    .        . .  .   .  . .  . .  A      .  AC   . . . . .   .   .   . .  .     . .   . .  . .     .   . .       . .     .   AT   .
blockSeqs                     :           .  .    . .  .   . .   . .   .  .  . . .  .  .  .  .    . .  .  .   .  .  .    .    .  .  .  . .  .  . .  .  .        . . .   . . .  .  .    . .   .  . .  . .           . .   . . .  .  . .  .    .  . .   .  .      .      .   . . . .    .         . .  .  .    . .  .   .  .  .    .      .   . . .    .  .   . .  .  .  .   .     .     .   . . . .     .    .        . .  .   .  . .  . .  A      .  A    . . . . .   .   .   . .  .     . .   . .  . .     .   . .       . .     .   A    .
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