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lowQualScore                  :         . .    .   .  ..  ..   ... .   ..    . ..    .  .        
lowQualScore                  :         7 7    7   5  44  33   888 5   44    5 88    5  5        
consensus                     :   ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
Reference ( gi|10 )           :   ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
gi|6                          :   ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTTCT-T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
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Alignments
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lowQualScore                  :          . .    .   .  ..  ..   ... .   ..    . ..    .  .        
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Reference ( family-3885 )     :    ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
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Alignments
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lowQualScore                  :          . .    .   .  ..  ..   ... .   ..    . ..    .  .        
lowQualScore                  :          5 5    5   1  22  44   444 4   22    4 99    4  4        
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Reference ( family-3885 )     :    ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
gi|1                          :    ATTAAAAT-GCCG-TTA-GA--AGT-TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATCGGG-ACCAGACT
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blockSeqs                     :          . .    .   C  .   AC   CT  .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   A  .   GT   .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   T    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . A     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . .     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . .     .  .
blockSeqs                     :          . .    .   .  .   .    .   .   .     . .     .  .
blockSeqs                     :                     .  .   .    .   .   .     . .     .  .


blockSeqCons                  :                            **
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Alignments
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lowQualScore                  :          5 5    5   1  22  44   444 4   22    4 99    4  4        
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Reference ( family-3885 )     :    ATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
gi|1                          :    ATTAAAAT-GCCG-TTA-GA--AGT-TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATCGGG-ACCAGACT
gi|10                         :  taATTAAA-T-GCCG-TTA-GA--AG--TTT---T-TTT--ATTG-T-AAATC-GG-ACCAGACT
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