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Reference ( gi|1 ) : GCTTTTGTCGTCCTGCATACAAGTCATACAAATCAAACATTAACTTGAAAAATTGGAGAAGTTTTTCGACTTA--TACAATTTGGATAATTTAGTTTAAATCA-TCCTGTACTGCAGTATT-AGC-AA-TGTGTA--TGT-GGTA-TGTG-TTA----TA-ATC-T-AACTG-T--T-TG-TA---CACAA----TTTTT------------ATTTTC----CTT-----------CCCCCCTTT---TCATT---G-T-TTCT-A----------AC-A-T-TT-----G----A--GCTGT---C----T-T-G----GTTGC-T---GG-A-G-TAC-------AGAGAC-C----------A---CA-A--G-TCT-T---GG-TGCT---AG-TTGTCAACC----A-GAC--TG-TT---A---CAGG--C-AC-CGGTCCCTTAA-TTG-----GT-GCT-C-CC-TG--CAACCGAGTC-A-A-C---AA--T-CAACGATTATG-T------AAAAT--ATGTT---TTCACTTTA-TA---CAAT-TAATTGACAA--TTCTTCTTAA----AT--CA-TCCTTACTG-AGTATT-TAGT-AA-TGTG--AA-T-----GT-GGT-A-T--GT-A----TTAT-ATC-TCA-CTG-CATTG---ATTG-TACAC--A----TTTT-TTCTCTCTCTCTCTC---TCCTCCCCCCTCCCCCCTTT--ATAT---T--CT------A--C-AT-TT---G--AAAGCTG---TC----T-TG----GTTG-CTGT-G------AGTACA-A---GA-C---------CA-A-T--AG-T-CTG-G--TGC-T--AG-CTG-T-C-ACC----A-GAC--T-GTT--AA--CAG-G-----C-A-CCGTCCC-TTG----G-G-GCTC-CC-TG--CGAT----CAAGT-C-AA-C---AAT-TC---AA-CAT------TTG-TTAA-CC-----------CAA-A---TCTT-GT---CAA-CAACGA-CTTTT-TC---AT-A-A---------AT-A------GA-TGTG-TGCA-G----TGCAGA-A---ATG-TG---A---A-CA-GT-AT---TGG-TAA---TTTGTCATAA-TGA-TT-GT----TA--A--------T-T----------T---------T-------T-TT-------TCTCT----TTT-CTC-ATTGTT-ATAAATAATT
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12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|9 : gagAAAATTGA-------TTTCATTCTATACAATT--GATAATTCG--TTAAATCAGTCT-TAATG-G-TATTTAGTTAATGTG-ATGTGGTA-GT--TATATATCGCCACTGC-TTTGTA---CATGATTTTTATTTTCTTCCCCCCCCCTT--TTTT------TTCTCATGTCA---------CATT-TTA--AGCTGTCT--GTTTCTGGG-A-GTACA-AG---CA-A-A--GTC-TGGTGCT--AGTTGTC-ACCAGACTG-TTAA---CATGCACC-GTCCCTT--T-------GTGCTCTCCTGCAACCGAGTC-TATCAAA--T-CAA--ATT-T-GTAAAg
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11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|28 : TGTCATAA-TGA-TT-GTTA--A--------T-T----------T----TTT-----T-TT-------T------------CTCT-TTT-CTC-ATTGTT-ATAAAT---AATTgct
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gi|7 : A-TGTG--AAATGT-GGT-AATGT-A-TTCT-ATC-TCA-CTG-CAATTG----TAACC--A---TTTTTTCTTCTTCTCTCATC----------GCCCCGCCCCCCCTT--GGATCAGT--CTAA-CATTT---G--AAAGCTGC---CTA---T-GG-TTTC-T--G--GAGGTACA-AGA-CC-AA-T--AGCT-CTG-C--TGGTTAAG-CTGCT-C-ACC----A-GACT--GTT--AACAG-G--C-ACC-GTCCCTT-----GG-T-GCTGCCGC-G--C-AAT----CAGGTC-AA-C---AAT-TC---AAC-ATCTTGTTAA-CA-----------CCA-A---TCTTG-T---CAAC-AACGA-CTTTT-TC---AT-A-A---------A-T-AGAATGTG-TGCA-CTGCAAC-A---ATGT-G---A---A-CATGT-AT---TGG-TAAAACTTTGTCATAACTGA-TT-GTCA--A--------T-T----------TCTTCT-------T-TT-------TTTTTCTCTCTCTCTCT-TTT-CTC-ATTGTT-ATAAAT---AATT
gi|8 : A-TGT-GGT-A-TGT-A-TTAT-ATC-TCA-CTG-CA-TTG----TACAT--A---ATTTTTTTT--TCTTTA--------------CTCCTCCCCCCTTC--ATAT---T--CTA--CGTTT---G--TAAGCTAT---CT----T-GG-TTGC-T--G--GGAGTACA-AGA-CC-AA-TGCAG-T-CTG-G--TGCT--AG-CTG-T-C-ACCTTTGA-GACT--GTT--AACAG-G--C-ACA-GTCCCTTGCCTTGG-T-GCTCCC-T-G--C-AAT----CAAGTC-AA-C---AAT-TC---AAC-AT-TTGTTAA-TC-----------CAA-A---TCTTG-T---CAAC-AACGA-GTTTA-TC---AT-ATA---------C-T-AG-ATGTG-TGCA-ATGCAGA-G---ATGT-G---A---A-CA-GT-AT---TGG-TAA---CTTGTCAAAA-TGA-TT-GTTATTA--------TCT----------T----T-------T-TT-------T------------TTCT-TTT-CTC-ATTGTT-ATAAAT---AATT
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