lowQualScore : 1111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555 2 555555555 5555555555555 22222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 333333 11111 33333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888888888888888888888 1111111111111111111111 55 1
lowQualScore : 5555555555555555555555 777 1 44 5 000000000 2 2 99 777777 444 0000000000000 2 2 33 6 33 55 2 11111 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 888888 6 2 888 22 2 6 999999 1 3333 99999 33 555555 1 99999999 00000000000000 2 88 2 22 44 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777777 5 4444 2 33 22 444 444 444444444444444444444444 6 5 1 5 1 2 7 6666666666666666666666 6 55 7
lowQualScore : ...................... ... . .. . ......... . . .. ...... ... ............. . . .. . .. .. . ..... . ........................................................................ . ...... . . ... .. . . ...... . .... ..... .. ...... . ........ .............. . .. . .. .. ........................................................... ...... . .... . .. .. ... ... ........................ . . . . . . . ...................... . .. .
lowQualScore : 0000000000000000000000 555 2 77 0 999999999 7 7 11 222222 111 8888888888888 4 4 22 6 22 66 4 22222 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 333333 7 0 222 88 0 0 222222 9 9999 22222 00 555555 9 55555555 66666666666666 0 99 0 88 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 1 9999 5 44 88 777 777 999999999999999999999999 6 9 3 0 0 2 3 0000000000000000000000 0 00 0
consensus : NNTTTGATATATTTGAATTGAACTTTAAATAATTGTAATNATCAATNAATGATAG--NT-AAAACTAA-GC-T-CAAGA------TTT---TATC-------A--AA-T-A-AAGATTT--CGGTT--CT--AT-TG---AATATA-TA-----G---T--G--CAT------ATAT--A--G---AAATCAAT-TT-----TT-G--TAC-----G----GGAAGACA---A--TAATG-T---AATTTT--G-C-T--NC--TT-CAGA----GCCTCT----GAATAGA-T------TTT-CT----A--ACAC-A-A-TAT--C---A-ATAACA-AA--A-NTTTA--------T---A-----A-A-C-TTACCTTATTTT--T---T------NTC-------GTT------GAAAT-AA-TAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA---CAA-A---AATTTT--CG---ACA---CACCAAANTGAAAGCTGATATTGCTTTAATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
Reference ( gi|2 ) : TATTTGAT---TTTG--CTGAA----AAA-AATTGTAATAATGAATAAATGATAGTTAT-ATAACTAA-GC-T-CAAGA------TTT---TATC-------A--G--T-A-AAGATTT--CAGCT--CT--AT-TA---GATATA-TA-----G---T--G--CAG---G--ATGT--A--G---AAATCAAT-AT-----TT-G--CCT-----G----GGAAAACA---G--TGATG-T---AATTTT--G-C-T--GT--TT-CAGA----GCCTCT----CAATAGA-T------TTT-CT----A--GCAC-A-A-TAT--CA--A-ATAGCA-AA--A-GTTTA--------T---A-----A-A-C-TCACCTTAGTAG--T---T------ATT-------ATT------GAAGT-AA-TAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA---CAA-A---AATCTT--TG---ACATGTCATCAAATTGAAAACTAATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGTACAAT
gi|8 : TTTGATATATTTGAATTGAACTTTAAATAATTATAATTATTGATAAA--AT-----C-AAAACTAA-GA-T-TAAGA------TTT---TATT-------A--AAAT-A-GATATTT--CGATT--CT--AA-TG---AATAAA-TA-----G---------CATTTTA--ATGT--A--A---------------------------------G----GGATGACA---A--TAATG-T---AATTAT--G-C----GCAATT-CAGA----GCCTCT------A-AGA-T------CTT-CT----A--GCACAA-A-TAT---A--A-ATATCA-AA--G-GTTTA--------T---A-----T-A-C-------TAGT-GCCT---T------ATT-------TTT------G--------TAAATCAA-A--ATTTT-TC---GAATCCAA-A---A
gi|20 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatATTATAATCATCAACAAA--AT-----T-AAGACTTA-GT-T-TAAGA------TTT---TACC-------AATA--T-A-AAGCTGT--TGGTT--CT--AT-TG---AATATG-TA------------G--CAT---T--ATAT--A--G---GAATCAGT-TT-----TT-G--tggcag
gi|17 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgTTGTAAGAATCAG-AAATATTAATGAA-A-AATTA--GC-T-CAAGG------TTT----ATC-------A--GAAT-A-AAGAT-------------------G---AATATA-TA-----G---------CAT---T--ATAT--A--T---AAATCAAT-AA-----TT-G--TGT-----G----GGAAGACA---A--TCATG-A---AATACT--G-C-T---TCATT-CAGA----GCCtatg
gi|6 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagttTGTAACA-T-AATCATTGATAACATT-AAAATCAA-GT-T-TAAGA------TTTACTTA---------A--A--TCA-AAGATTT--TGATT--GC--AT-TA---AATATA-AA-----GCATT--A--TAA---ATTATAT--ATTG---AAATCAAT-TA-----TT-G--TAT-----G----GGAAAACA---A--TAGTG-TATAAATTTT--GAT-T--CC--TT-CAAA----ACCTAT----GAAT--G-T------TTT-CT----A--ACGCAA-A-TAT--C---A-GTAACATAAATA-ATTTA--------T-----------------ACCTT--TAT--T---T------TTT-------TCTGTCTTAGAAAT-AA-TAAATAAG-AACATTTT-aa
gi|3 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATCAATGATAGAATT-GGAAGTAA-GA-TGCAA-A------CTT---TATTTCGTGCAA--GA-T-A-TAAATTT--CGGCT--AT--AA-TATAAAATATA-TA-----G---A--G--CA-------ATAC--A--GAAAAAAACAA--AA-----TT-G--TAC-----G----AGATAACA---A--TAAAG-T---AATTTT--C-T-T--GA--TT-CAGA----ACTCCT----AAATAGG-T------TTT-CT--------CAC-A--------CA--A-ATAATA-AA--A-TTTTAAATGCATGT---ACATGTA-C-C-TTATCTTCTT----T---T------ATC-------ATT------GAATT-AG-TAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA---CAA-T---AATTTctgataccaaagcga
gi|7 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaatttgaaaattatattttattacagaaatgaacttttgatagctttgcatagccaATCAATGAAA---AT-AAAACTAA-GT-T-TAAGA------TTT---TATG-------A--AC-T-T-AAGATTT--AGGTT--CT--AT-T-----------TA------------------------------A--G---AGATCAAA-TT-----TT-G--TAC-----A----GGAAAACA---G--TAATGCT---ATTTTT--G-C-T--TCC-TT-CAGA----GCCTTT----GAATAGG-T------TTT-CT----A--ACGC-A-A--A---CAGTA-GTAACA-TA--A-TTTTA--------T---T-----A-A-CTTTACCTT-TTTT--C---T------ATC-------ATT------AAAAT-AG-TAAATCAT-A--AGTTT-CC---AA---TAcaccaaaatgacagt
gi|4 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcaatgaaaatcaaactaagtttaaacattattAATGATAGA-ATGAAAACTAA-GT-T-TAGGA------TTT---TATCT------AC-A--T-A-AATAGTT--TGGTT--CT--AT-T----GATGTA-T----------------------------T--A--G---AA-----T-ATA----TT-G--TAT-----T----GCAAGACA---G--TAATT-T---AATTTT--G-C-T--TTA-TT-CAGA----GCCTCTG---TAAT--A-T------TTT-AT----G--ACTCAA-A-TAT--C---A-ATCCCG-AA--A-CTTTA------------A-----A-A-----ACCTTATT----T---T------ATTTTCTTACATT------GAAAT-AA-CATATCAT-A--ATCTA-AC---AA---GAG-A---TATTTT--CG---Accaaatt
gi|12 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatctttaactgtaaactttcTATTTTT-ATTATTA--GC-T-TATGA------TTT---TATCAA-----A--A--T-A-AAGATTT---GGTT--CT--AT-TG---ATTGTA-TA------------G--CAT---T--ATAT--A--G---AAATatccaaaatgacagc
gi|18 : atatataagcttT-AAAACTAA-GC-T-GAAGA------GTT---T-TC-------A--AAAT-A-AAGATTT--CAGTT--CT--AT-TC---AATATA-TATATATG---TA-G--CAT---T--ATTT--A--G---AAATAAAT-TT-----TT-G--TAC-----A----AGAAGACATTTA--TAATG-T---AATTTT--G-C-TT-GT--TT-CAGA----GCCTCT----TGATAGA-T------TTT-CT----A--ACACAA-A-TAT--C---A-ATGGCA-AA--A-TTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|19 : taaaatT-AAAACTAA-GC-T-GAAGA------GTT---TTTC-------A--AAAT-A-AAGATTT--CAGTT--CTT-AA-TA----ATATA-TA-----A---TATG--TAG---C--ATATTTA--G---AAATAAAT-TT-----TT-G--TAC-----A----AGAAGACATT-A--TAATG-T---AATTT---G-C-TT-GT--TT-CAGA----GCCTCT----TGATCGA-T------TTC-CT----A--ACACAA-A-TAT------A-ATGGCA-AA--A-TTTT
gi|16 : aaaatT-AAAACTAA-GC-T--GAGA------GTT---TTTC-------A-----T-A-AAGATTT--CAG-T--CTTAAT-TAAT-GATATAATA---------T--G--TAG---C--ATATTTA--G---AAATAAAT-TT-----TT-G--TAC-----A----AAGAAGCATT-A--TAATG-T---AATTTT--G-C-TT-GT--TT-CAGA----GCCTCT----TGATCGA-T------TTC-CT----A--ACACAA-A-TAT------A-ATGGCA-AA--A-TTTTA--------
gi|10 : ataaaatAATTAATAC-T--AAGA------TTT---TGTC-------A--AAAT-A-AAGAGTT--TGACT--AT--AT-GA---AAT-TA-TA-----C---T--G--CAG----------------------TCATT-AT-----TT-T--TCTTCCTCA----GGAAAACA---A--CAATA-T---AA--AT--G-CTT--CT--TT-CCG-------------------AGA-T------TTT-CT----G--GAATAA-A-TAT--C---A-ATAACA-AA--ctttcctgagttttgat
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatagtttaaatgtaactctaaccacaatcattgatgaAACCAA-GT-T-CAAGGGTTAGGTTT---TATCAA-----A--G--T-A-TATATTT--CAGTTAGC---AT-TA----ATTTT-TT-----G---T--G--AGG---G--AGGT--A--G---AAGGCAGT-GTAATG-TT-G--CTT-----AATTCAGAAAACtctggatata
gi|5 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatgtaattttcaccattgtcattgatgaaatcaaTAA-GCAT-CAAAA------T------AT--------------T-A-AAGAATT--CAGTT--CT--GT-TG---AATAAA-TA-----A---C-----CAT------ATAT--A--G---AAATCAAT-TT-----TTTG--TAT-----G----GGAAGACC---A--TAATG-T---AATTTT--G-C-T--TCA-TT-CAAA----GCCTC---------AGA----------------------CACTG-A-TAT--TA--A--CAACA-AA--A-GTCTA--------TTAAA-----A-A-C-TTA--TTGGTTT--T---T------GTC-------GTA------GAAAT-AG-TCAATTGC-A--ATTTT-AC---GG---CAA-A---A--CTT--T-----CCTA-CACCAAAATGACAGCTGATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGTgccaaatcaataacaaaagttcatataccttatattattctgaaaccaaaatgccagc
gi|9 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgTAA-GC-T-CAAGA------TTT---AATC-------A--AAAT-C-AAAATTT--CAGTT--CC--AC-TG---AATATA-TA-----T---C--AAACAT---T--ATAT--ACAG---ATATCAAT-TA-----CT-G--AGC-----A----GGAAGACA---A--TGATG-T---AATTTT--G-T-T---TCATT-CAGA----GCTGCT----GAATA------------T-TT----A--ACAC-AGA-TAT--C---A-ATAACA-AA--A-G-TTA--------T---A-----A-------ACCTTA------T---T------TTT-------TTT------CCAAT----TAAATAAC-A--ATATT-GC---AA---CGACA---AAT
gi|13 : tgtatctttaaatagtattatcattatcattgataaaattaaaactaA------TTT---TAGA-------AT-A--T-A-TAGATGA--CAGTT--AC--AT-TG---AATGCA-TG-----G---T--GT-CA--------TTT--A--G---AAATC--T-AC-----TT------T----------------CA---A--TGATG-TG--AATTTT--C-T-T--CC--CT-CAGA----GCCTCT----GGGTAGG-T------TTG-CT----A--ACAT-A-ATTATTCCT--A-AT---A-AA--A-GTTTA--------T---A-----ATA-C-TTAAATT-GT-C--T---T------GTC-------ATT------AAAAC-AT-TAAATCTT-A--G-TTT-AA---AA---CAA-A---AATTCC--CA---A-----TACCAAATTAACAGCTAGCATTGCTTTAaaaaacaaaaatttgacaccaaaac
gi|1 : TT---TATCCAA----A--A--T-ATAAGATCTTACAATT--CT--ATCTG---AATATA-TA-----GCA-T--G--TAT---A--A-AT--A--G---AAATGAAT-TT-----TT-GTACAA-----A----GGAAGACA---AAATTATG-T---AATTTTTGG-CAT--CC--TT-CAAA----ACCTCTTCAGCGAGAGAGT------TTTACT----AATGCA--A-A-TAT--GG--A-GT--TA-AA--ATATTTAA-------T---A-----A-AAC-TTAAATTTTTTT--C---T------ATC-------ATT------GAAAT-AAGTAAATCACCA--ATTTTTAC---AA---CAA-C---AA
gi|15 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatctaattttcaccactatcatttaaaaaaattaaaactattaaacttttacaataTGT--A--A---AAATCATT-TA-----TT-G--TAC-----A----GGATAATA---C--T--T--T---AATTGT--G-C-T--TT--ATACAGACTGAATCTCT----GAATAAA-TCAAGGCTGT-CT----A--GCAT-A-AACAT--CA--T-TTA-CA-TA--A-GTTTA--------T---A-----A-A-CATTATTTT----G--T---T------CTTCC-----ATT-------AGGT-AA-TAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA---AAA-A---AA-AAT--TG---CTA---CACCAAAATAAAACCTAATATTACTTTAAagaattcacaaaaacaaaaagaca
gi|14 : --G---AAATCAATGATGTTAATT-A----T-----G----GGGA----------TGATG-TTC-ATTTTT--G-CCT--CC--TT-CAGA----AGCCCT----GAATAG--T------TGC-CT----A--ACAC-A-A--AT--AC--A-AT-GCA-AA--A-GTTTC--------G---G-----A-A-C-T----TTATT----T---T------TTT-------GT----------GTCAA-T--ATCAC-A--ATTTT-AC---AA---C
gi|25 : tttatT-----TT-G--TAC-----G----GAAAGACA---A--TAATT-T---AATTTT--A-T-T--TA--TT-CAGA----ACCTC-----AAATATC-G------TTT-TT----G--TCAT-A-G-CAA--CA--T-AT-GCA-TA--A-ACTTA--------T---catagagaattctctacacctggaaatatgtattttactttaagcagttcatcaccacgatgaaa
gi|21 : tt----GGAAAACA---A--TCAT----------TC--G-C-TTAATCATT-CAGA----GC---T----GAACAGT-T------TTT-TTTTTTA--ACGC-A-AATGT--TT--A--TAACA-AA--A-CTTTA--------T-------------C-T-ATCTTATTTT--T---TTCTCCTGTC-------ATT------GAAAT-AG-TAAATCAC-A--ATTTT--CTGAAA---CCA-A---AATttctccctcctacaaatattcaat
gi|28 : ATG-T---AATTTT--G-C-T--TTC-TT-CGGA----GCTTCT----AAATAGG-T------TTT-CT----A--ACGC-A-A-gacactttt
gi|22 : gatagaa-T---AATTTT--G-C-T--TCA-TT-CAGA----G----------AATAGA-T------TTT-CT----A--ACAG-A-ATTAT--CA--ATATAACA-AA--C-ATTTT--------T---A------------TACCTTATTTT--TTTCT------GTC-------ATT------GAAAT--A-CAAGTCAC-A--ATTTT-TT---AA---CAC-A---G--CTTCATGGACACATG-CAT-ACATTAAAAataatgatttacagtgtgt
gi|23 : --TC-CGGA----GCCTCT----GAATAAA-C------TTC----------------------------A-ATAACA-AA--C-GTTTG--------T---A-----A-A-C----CTTTTTTTC--T---T-------TC-------GTT------GAAAT-AA-TAAATCAC-A--GTTTC-AC----------A-A---AATTTT--CG---A-----CACCAAAATGAAAGTTGAT
gi|12 : cttcaAGA----ATCTCA----GAAAAGG-T------TTT-CT----A--CCAC-A-A--AC------A-ATAGCA-AA--A-GTTTA--------T---A-----A-A-CCTTATTTTTCT-G--T---C------AT--------ATA------GAAAT-AG-CAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA---CAA-GAACAATTTC--TG---ACA----A-CGAATTGACAGTTGCTGTCGCTTT
gi|29 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataT------GAAAT-GA-TAAATCAC-A--ATTTT-AC---AA------------------------------CATCAAAATGAAAACTGATATT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|26 ): TATCAGTGAGATATTCGCTCTGATTCTGAAAATTTAATTTGTTGTAAAATTGTGCTACTATGATAGTTCTGTTTGTAACTTTAACCAT
Unaligned ( gi|27 ): ACCTTATTTTTTCTGTCATTGAAATGGTAAATCACAATTTTACGAGGACAGCTGATGGTACTCTTGATAATTTGACAGCTTGTTCCTT
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 44444444444 1111 1111111 333333 11111 111111111111111111 5555555555555555555555555555 222222222 11111 1111111111111111111111111 111111111111111111 33333333 2222 22
lowQualScore : 8888 7 44444444444 5 1111 66 66 44 3 9999999 1 1 333333 2 2 2 777 2 33333 666666 777777777777777777 2 2 33 0 33 2 5555 2 2222222222222222222222222222 2 22 2 5555 22 22 22 2 22 333 22 2 333 22 999 1 777 22 1 333333333 1 3333 6666666 555555555555 1 6666 1 44444 55 22 22 1 22 1 8888888888888888888888888 333 2 444444444444444444 2 33 2 2 2 22 55555 4444 333 666666666666666666 77777777 444 1 1 1 5 3 2 2 2 2 3 4444 77 4
lowQualScore : .... . ........... . .... .. .. .. . ....... . . ...... . . . ... . ..... ...... .................. . . .. . .. . .... . ............................ . .. . .... .. .. .. . .. ... .. . ... .. ... . ... .. . ......... . .... ....... ............ . .... . ..... .. .. .. . .. . ......................... ... . .................. . .. . . . .. ..... .... ... .................. ........ ... . . . . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 33333333333 0 6666 99 11 99 1 6666666 0 3 222222 7 7 7 888 5 22222 888888 999999999999999999 2 2 11 6 11 2 8888 2 7777777777777777777777777777 5 88 0 3333 99 88 88 0 88 555 88 0 555 88 000 8 555 55 7 111111111 7 5555 5555555 333333333333 7 1111 7 00000 00 55 55 8 55 0 2222222222222222222222222 777 1 888888888888888888 1 00 1 1 1 99 33333 5555 999 666666666666666666 99999999 777 4 0 0 0 2 5 5 5 5 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--A--A--TTGTAATCATCA-----A-TCAATGATAAT--T-A-A-AACTA---A-GCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--T---AC--GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--G-C-TT---CA-TT-CAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AACG-C-A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTA---TT-TTT---TN------T--C--AT-T-GAAATAG-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATTT-TC-GACA---CACCAAAATGAAAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--A--A--TTGTAATNATCA-----A-TNAATGATAGN--T-A-A-AACTA---A-GCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--T---AC--GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--G-C-TN---C--TT-CAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AACA-C-A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--ANTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTA---TT-TTT---TN------T--C--GT-T-GAAATAA-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATTT-TC-GACA---CACCAAANTGAAAGCTG-ATATTGCTTTAATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|1 : ACTATCA-----T-TTAAAAA-AAT--T-A-A-AACTATTAA-ACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---TAAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--T---ACAAAG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGG-CATC---C--TT-CAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AATG-CAA-A-TATG-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-AC-T--T-AAATTT---TT-TTC---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCA--ATT-----TTTACAAC---AA---C----A-A---AG--AATT-------CA---CA--AAAACAAAA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatctaattttcaccTTTAAA-TGTA--A--CTCTAACCA-CA-----A-TCATTGATG--------A-AATTA---ATACT-----AAGA------TTTTGT------CA-A-A-A----T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----C--------------A-GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTC--AG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AA--AT--G-C-TT---C--TT------------TCC-----G----A--GA-T------TTT-CTGG--AATA---A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--agaca
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatagATTGTCA-------TTGATGA-AAT--C-A-A-AACCA---A-GTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGTT--------------------A-----G---------------CA---T---TA------AT--------T--TTT--T-G--T---GA--GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--G-C-TT---AA-TT-CAGA----A--------------------------------------AACG-C-C-A-AATC-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A--------T-ACCTTA---TA-TTA---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatgtaattttcacc---A-GCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--TATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACCA-C-A-A--A-C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC--------CTTA---TT-TTTC--TG------T--C--ATATAGAAATAG-CAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---GAACAATTT-CT-GACA----A-CGAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----CATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT--------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT--C-T-TC---C--CT-CAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AACA-T-A-ATTATT-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATAC-T--T-AA---A---TTGTCT---TG------T--C--AT-T-AAAACAT-TAA-ATCT-TA--G-T-----TT----AA---AA---C----A-A---A---AATTC-CC-A--A---TACCAAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATT---AT--GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--G-CCTC---C--TT-CAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AACA-C-A-AATA-C-A--A--TG-CA-AA--AGTTTC--------G---GA-AC-T--T-----TA---TT-TTT---TT------G--T--GT-C------AA-TA---TCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---CCATAG-A---G---AATTC-TC---TA---CACC---TGGAAATATGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--T---AC--AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--G-C-TT---T--ATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGCA-T-A-AACATC-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-ACAT--T-ATTTTG---TT-CTT---C----------C--AT-T--AGGTAA-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---A----A-A---A---AAAAT-T--GCTA---CACCAAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : AAT--T-A-A-AACTA---A-GCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--T---AC--AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--G-C-TTG--T--TT-CAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AACA-CAA-A-TAT--A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------AC-T--T-TCCTGA---GT-TTT---
gi|17 : ataa--TTGTAAGAATCAGAAATA-TTAATGA--------A-A-AATTA-----GCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--TATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--T---GT--GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--G-C-TT---CA-TT-CAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagttAAT--T-A-A-AACTA---A-GCT----GAAGA------GTTT-T------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CAT--TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--T---AC--AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--G-CTTG---T--TT-CAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AACA-CAA-A-TATC-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taaAAT--T-A-A-AACTA---A-GCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--T---AC--AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AA-TTT--G-CTTG---T--TT-CAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AACA-CAA-A-TAT--A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----A--A--TTGTAATAATGA-----A-TAAATGATAGT--T-ATATAACTA---A-GCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--GATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--C---CT--GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--G-C-TG---T--TT-CAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGCA-C-A-A-TATCAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--C-ACCTTA---GT-AGT---TA------T--T--AT-T-GAAGTAA-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATCT-TT-GACATGTCATCAAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : ta--A--TTATAATCATCA-----A-CAAA--AT-----T-A-A-GACTT---A-GTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--TATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--T---AT--Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--G-C-TTAATCA-TT-CAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAACG-C-A-AATGTT-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T---------C--T-ATCTTA---TT-TTT---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAATAG-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT-----CTGAAA---C----C-A---A---AAT------GACA---C
gi|22 : -T---AATTTT--G-C-TT---CA-TT-CAGA----G------------AATA--GA-T------TTT-CT----AACA-G-A-ATTATC-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A--------T-ACCTTA---TT-TTTTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CA--ATT-----TT----TT---AA---C----A-C---A---GCTTCATG-GACA---CAtttt
gi|23 : -C-TT---CA-TC-CGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------TC-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA---------ACCTTT---TT-TTC---TT------T--C--GT-T-GAAATAA-TAA-ATCA-CA--GTT-----TC----AC---------------A---A---AATTT-TC-G--A---CACCAAAATGAAAGTTG-ATtgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--T---AC--GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-T-TT---A--TT-CAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT-----A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : ATAG-TAG---CA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-AATTA---AATTT-TCAGA------ATCAGAGCGAAttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgagata-ACCTTA---TT-TTT---TC------TGTC--AT-T-GAAATGG-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---GA---gatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--G-C-TTT--C--TT-CGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AACG-C-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga-T-GAAATGA-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---A-------------------------------A---CATCAAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : ttcaaTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--A--GCTTTGCA-TAGCCA-----AATCAATGATAGAATT-G-G-AAGTA---A-GATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--T---AC--GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT--C-T-TG---A--TT-CAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CACA-C-A--------A--A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-AT-G--T-ACCTTATCTTC-TTT---TA------T--C--AT-T-GAATTAG-TAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---T---AATTT-----------CACCAAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--A--A--CTGTAAACTT---------TCAATGATAGAA-TGA-A-AACTA---A-GTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T---TA--GAATAT-------AT--T------G--T---AT--TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--G-C-TT---TA-TT-CAGA----GCCTCT-----GTAATA-----T------TTT-AT----GACT-C-A-AATATC-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACCT--T-ATTTTA---TT-TTC---TT------A--C--AT-T-GAAATAA-CAT-ATCA-TA--ATC-----TA----AC---AA---G----A-G---A---TATTT-TC-GA-A---T-CCAAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--T---AT--GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--G-C-TT---CA-TT-CAAA----GCCTC-----------A--GA--------------------CA-CTG-A-TATT-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-AC-T--T-A--TTG---GT-TTT---TG------T--C--GT-A-GAAATAG-TCA-ATTG-CA--ATT-----TT----AC---GG---C----A-A---A---ACTTT-CC---TA---CACCAAAATGACAGCTG-ATATTGGTTTA-TTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTGTAA-CAT-A-----A-TCATTGATAACATT-A-A-AATCA---A-GTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATTATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--T---AT--GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GAT-TC---C--TT-CAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AACG-CAA-A-TATC-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-CT-T--T-A--TTT---TT-TTC---TG------T--C--TT-A-GAAATAA-TAA-ATAA-GAACATT-----TT----
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgTGAAAATCAAACT--A--A--GTTTAAACATTATT---A-TCAATGA-AAA--T-A-A-AACTA---A-GTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T-----------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--T---AC--AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--G-C-TT---CC-TT-CAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AACG-C-A-AACAGT-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-AC-T--TTACCTT----TT-TTC---TA------T--C--AT-T-AAAATAG-TAA-ATCA-TA--AGT-----TT----CC---AA---T----ACC---A---AATTctgataccaaagcga
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcaaTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--A--A--TTATAATTATTG-----A-TAAA--AT-----C-A-A-AACTA---A-GAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C-------------------------------------AT--TTTAAT-G--T---AA--GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--G-C--G---CAATT-CAGA----GCCTCT-----A----A--GA-T------CTT-CT----AGCA-CAA-A-TATA-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-AC-TAGT-GCCTTA---TT-TTT----------------------------G-TAA-ATCA-AA--ATT-----TT----TC---GAATCC----A-A---A---A
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AGTA--TTATCATTATCA-------TTGATAA-AAT--T-A-A-AACTATA-A-GCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---TATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--A---GC--AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--G-T-TT---CA-TT-CAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AACA-C-AGA-TATC-A--A--TAACA-AA--AGTT-A--------T---AA-AC--------CTTA---TT-TTT---TT------T--CCAAT-T--AAATAA-CAATATTG-CA--ACGACAAATA----AA---AA---C----A-A---A---AATTT----G--A---CACCAAAtggcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 111111111 11111 111111111111111111 5555555555555555555555555555 1111 1 11111111111111111111111111 11111111111 4444444 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 777 6 666666666 1 888 77 77 2 2 777 1 11111 666666 777777777777777777 2 2 33 33 22 5555 2 0000000000000000000000000000 3 22 2 5555 22 22 22 2 22 666 2 333 22 999 1 777 22 1 77777 3333 6666666 33333 555555 1 6666 3333 1 0 55 22 22 1 22 1 88888888888888888888888888 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 2 2 2 22 55555 4444 333 666666666666666666 0000000 444 2 2 4 4 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... . ......... . ... .. .. . . ... . ..... ...... .................. . . .. .. .. .... . ............................ . .. . .... .. .. .. . .. ... . ... .. ... . ... .. . ..... .... ....... ..... ...... . .... .... . . .. .. .. . .. . .......................... . ... ........... .. .. . .. . . . . .. ..... .... ... .................. ....... ... . . . . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 777 4 777777777 3 666 33 33 7 7 888 2 66666 888888 999999999999999999 2 2 11 11 44 8888 2 0000000000000000000000000000 8 88 0 3333 99 88 88 0 88 222 0 555 88 000 8 555 55 7 33333 5555 5555555 44444 000000 7 1111 7777 7 4 00 55 55 8 55 8 22222222222222222222222222 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 5 1 1 99 33333 5555 999 666666666666666666 2222222 777 1 2 0 4 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCT-T---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATTT-TCG-CA---CACCAAAATGANAGC-TG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAATCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCT-T---CATTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATTT-TCGACA---CACCAAAATGAAAGC-TG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---TAAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--TACAA-AG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGGCA-T---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AAT-GCAA-A-TATG-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-A-C-T--T-AAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCA--ATT-----TTTACAAC---AA---C----A-A---AG--AATT------CA---CA--AAAACAAAA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG----------A------TTTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----CA---------------GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTCAG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AAAT----GCT-T---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AAT-A--A-A-TATC-A--A--TAACA-AA--agaca
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--T--A-------------------------------G-----CA---T-T-------A-AT--------T--TTT--T-G--TGA---GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--GCT-T---AATTCAGA----A--------------------------------------AAC-GC-C-A-AATC-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A---------T-ACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--TATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACC-AC-A-A--A-C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C--------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---GAACAATTT-CTGACA----A-CGAATTGACAGT-TG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----CATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT---CT-T---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AAC-AT-A-ATTATT-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATA-C-T--T-AA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TA--G-T-----TT----AA---AA---C----A-A---A---AATTC-CCA--A---TACCAAATTAACAGC-TA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATTAT---GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--GCC-T---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AAC-AC-A-AATA-C-A--A--TG-CA-AA--AGTTTC--------G---GA-A-C-T--T-----TATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-A------TCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---CCATAG-A---G---AATTC-TC--TA---CACC----TGGAAATATGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--TAC---AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--GCT-T---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGC-AT-A-AACATC-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-A-CAT--T-ATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---A----A-A---A---AAAAT-T-GCTA---CACCAAAATAAAACC-TA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--GCT-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT--A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------A-C-T--T-TCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--TATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--TGT---GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--GCT-T---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTT-T------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CAT--TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--GCT-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AAC-ACAA-A-TATC-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AATTT---GCT-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT--A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--GATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--CCT---GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--GCTGT-----TTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGC-AC-A-A-TATCAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--C-ACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A---AATCT-TTGACATGTCATCAAATTGAAAAC-TA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--TATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--TAT---Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--GCT-TAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAAC-GC-A-AATGTT-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T----------C--T-ATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CA--ATT-----TT-----CTGAAA---C----C-A---A---AAT-----GACA---C
gi|22 : -T---AATTTT--GCT-T---CATTCAGA---------------G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-AG-A-ATTATC-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A---------T-ACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CA--ATT-----TT----TT---AA---C----A-C---A---GCTTCATGGACA---CAtttt
gi|23 : CT-T---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------TC-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA----------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CA--GTT-----TC----AC---------------A---A---AATTT-TCG--A---CACCAAAATGAAAGT-TG-ATtgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--TAC---GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-T-T---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT-----A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-AATTA---AATTT-T-----------CAGAATCAGAGC-GA-ATATttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgag-ACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---GA---gatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--GCT-T---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---A------------------------------A---CATCAAAATGAAAAC-TG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--TAC---GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT---CT-T---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CAC-AC-A-A---------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-A-T-G--T-ACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CA--ATT-----TT----AC---AA---C----A-A---T---AATTT----------CACCAAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T---TA--GAATAT-------AT--T------G--TAT---TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--GCT-T---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAAT----A-T------TTT-AT----GAC-TCAA-A-TATC-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACC-T--T-ATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TA--ATC-----TA----AC---AA---G----A-G---A---TATTT-TCGA-A---T-CCAAAATGACAGC-t
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--TAT---GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--GCT-T---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA-C-----------------AC--T-G-A-TATT-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-A-C-T--T-A--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CA--ATT-----TT----AC---GG---C----A-A---A---ACTTT-CC--TA---CACCAAAATGACAGC-TG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAA-CA---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATTATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--TAT---GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GAT-T---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AAC-GCAA-A-TATC-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-C-T-T--T-A--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-ATAA-GAACATT-----TT----
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T-----------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--TAC---AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--GCT-T---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-AACAGT-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-A-C-T--TTACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TA--AGT-----TT----CC---AA---T----ACC---A---AATTctgataccaaagcga
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C-------------------------------------AT--TTTAAT-G--TAA---GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--GCG-C---AATTCAGA----GCCTCT-----A----A--GA-T------CTT-CT----AGC-ACAA-A-TATA-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-A-C-TAGT-GCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AA--ATT-----TT----TC---GAATCC----A-A---A---A
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---TATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--AGC---AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--GTT-T---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AAC-AC-AGA-TATC-A--A--TAACA-AA--AGTT-A--------T---AA-A-C--------CTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CA--ACGACAAATA----AA---AA---C----A-A---A---AATTT---G--A---CACCAAAAtggcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 111111111 11111 111111111111111111 5555555555555555555555555555 1111 11 11111111111111111111111111 11111111111 333333 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 777 22 666666666 1 888 77 77 2 2 777 1 11111 666666 777777777777777777 2 2 33 33 22 5555 2 0000000000000000000000000000 3 22 2 5555 22 22 22 2 22 666 2 333 22 999 1 777 22 44444 3333 6666666 333333 555555 1 6666 2222 1 22 666 22 22 1 22 1 99999999999999999999999999 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 1 2 2 55555 4444 333 66666666 2 444 2 33 777777 555 33 2 4 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... .. ......... . ... .. .. . . ... . ..... ...... .................. . . .. .. .. .... . ............................ . .. . .... .. .. .. . .. ... . ... .. ... . ... .. ..... .... ....... ...... ...... . .... .... . .. ... .. .. . .. . .......................... . ... ........... .. .. . .. . . . . ..... .... ... ........ . ... . .. ...... ... .. . . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 777 66 777777777 3 666 33 33 7 7 888 2 66666 888888 999999999999999999 2 2 11 11 44 8888 2 0000000000000000000000000000 8 88 0 3333 99 88 88 0 88 222 0 555 88 000 8 555 55 44444 5555 5555555 999999 000000 7 1111 0000 7 44 888 55 55 8 55 8 66666666666666666666666666 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 2 1 1 33333 5555 777 22222222 2 111 4 44 444444 000 99 2 4 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A-AAT--TTTCG---A---CACC--AAAATGANAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A-AAT--TTTCG-C-A---CACC--AAAATGANAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---TAAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--TACAA-AG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGGCAT---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AAT-GCAA-A-TAT-G-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-A-C-T--T-AAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCAATT-----TTTACAAC---AA---C----A-A---AGAAT--T-----C-A---CA----AAAACAAAA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG----------A------TTTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----CA---------------GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTCAG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AAAT----GCTT---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AAT-A--A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--agaca
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--T--A-------------------------------G-----CA---T-T-------A-AT--------T--TTT--T-G--TGA---GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--GCTT---AATTCAGA----A--------------------------------------AAC-GC-C-A-AAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A---------T-ACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--TATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACC-AC-A-A--A--C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C--------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-A---G-AACAATTTCT-G-A---CAAC--GAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----CATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT---CTT---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AAC-AT-A-ATTAT-T-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATA-C-T--T-AA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TAG-T-----TT----AA---AA---C----A-A---A-AAT--TCCCA---A---TACC--AAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATTAT---GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--GCCT---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AAC-AC-A-A--ATAC-A--A--T-GCA-AA--AGTTTC--------G---GA-A-C-T-------TTATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-------ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---CCATAG-A---G-AAT--TCTC--T-A---CACCTGGAAATA-----TGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--TAC---AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--GCTT---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGC-AT-A-AACAT-C-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-A-CAT--T-ATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---A----A-A---A-AAA--ATT-G-CTA---CACC--AAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------A-C-T--T-TCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--TATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--TGT---GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--GCTT---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTT-T------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CAT--TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AAC-ACAA-A-TAT-C-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---TATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AATTT---GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--GATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--CCT---GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--GC-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGC-AC-A-A-TAT-CAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--C-ACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-A---A-AAT--CTTTGAC-ATGTCATC--AAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--TATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--TAT---Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--GCTTAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAAC-GC-A-AATGT-T-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T----------C--T-ATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT-----CTGAAA---C----C-A---A-AAT--
gi|22 : -T---AATTTT--GCTT---CATTCAGA---------------G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-AG-A-ATTAT-C-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A---------T-ACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CAATT-----TT----TT---AA---C----A-gacactttt
gi|23 : CTT---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------T-C-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA----------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CAGTT-----TC----AC---------------A---A-AAT--TTTCG---A---CACC--AAAATGAAAGTTG-ATcagcttcatggacacatgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--TAC---GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-TT---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT------A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-AATTA-AAT--TTT------------C--AGAATCAGAGCGA-ATATttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgag-ACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---GA---gatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--GCTT---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---A------------------------------A---CATC--AAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--TAC---GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT---CTT---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CAC-AC-A-A----------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-A-T-G--T-ACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AA---C----A-A---T-AAT--TT----------CACC--AAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T---TA--GAATAT-------AT--T------G--TAT---TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--GCTT---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAAT----A-T------TTT-AT----GAC-TCAA-A-TAT-C-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACC-T--T-ATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TAATC-----TA----AC---AA---G----A-G---A-TAT--TTTCG-A-A---T-CC--AAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---TATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--TAT---GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA-C-----------------AC--T-G-A-TAT-T-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-A-C-T--T-A--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CAATT-----TT----AC---GG---C----A-A---A-ACT--TTCC--T-A---CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAAC-A---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATTATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--TAT---GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GATT---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AAC-GCAA-A-TAT-C-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-C-T-T--T-A--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-AT----AA----------------------------G-A---A-CAT--TTTCT-G-A---TACC--AAAGCGA
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T-----------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--TAC---AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--GCTT---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-AACAG-T-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-A-C-T--TTACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TAAGT-----TT----CC---AA---T----ACC---A-AAT--T
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C-------------------------------------AT--TTTAAT-G--TAA---GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--GCGC---AATTCAGA----GCCTCT-----A-A-----GA-T------CTT-CT----AGC-AC-A-AATAT-A-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-A-C-TAGT-GCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AAATT-----TT----TC---GAATCC----A-A---A-A
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---TATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--AGC---AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--GTTT---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AAC-AC-AGA-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTT-A--------T---AA-A-C--------CTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CAACGACAAATA----AA---AA---C----A-A---A-AAT--TT--G---A---CACC--AAAAtggcag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 111111111 11111 1111 55555555555555555555555555555 1111 11 22222222222222222222222 11111111111 11111 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 777 22 666666666 1 888 77 77 2 2 777 1 11111 666666 888888888 2 4 8888 2 2 33 33 22 5555 2 00000000000000000000000000000 3 22 2 5555 22 22 22 2 22 666 2 333 22 999 1 777 22 44444 3333 6666666 55555 555555 1 6666 0000 1 44 666 22 22 1 22 1 11111111111111111111111 3 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 1 2 2 55555 4444 333 88888888888888 2 22222 55555 33 2 4 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... .. ......... . ... .. .. . . ... . ..... ...... ......... . . .... . . .. .. .. .... . ............................. . .. . .... .. .. .. . .. ... . ... .. ... . ... .. ..... .... ....... ..... ...... . .... .... . .. ... .. .. . .. . ....................... . . ... ........... .. .. . .. . . . . ..... .... ... .............. . ..... ..... .. . . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 777 66 777777777 3 666 33 33 7 7 888 2 66666 888888 444444444 2 4 1111 2 2 11 11 44 8888 2 00000000000000000000000000000 8 88 0 3333 99 88 88 0 88 222 0 555 88 000 8 555 55 44444 5555 5555555 66666 000000 7 1111 3333 7 22 888 55 55 8 55 8 00000000000000000000000 1 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 2 1 1 33333 5555 777 99999999999999 2 88888 99999 77 1 4 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGANAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---T-AAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--TACAA-AG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGGCAT---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AAT-GCAA-A-TAT-G-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-AC-T--T-AAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCAATT-----TTTACAAC---AAC----A-A---AG--AAT-TC-AC-AA-----AAAC--AAAAAGACA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG----------A------TTTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----CA----------------GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTCAG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AAAT----GCTT---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AAT-A--A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--T--A-------------------------------G-----CA---T--T-------A-AT--------T--TTT--T-G--TGA---GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--GCTT---AATTCAGA----A--------------------------------------AAC-GC-C-A-AAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A--------T-ACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--T-ATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACC-AC-A-A--A--C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC--------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-A---GAACAAT-TT-CT-GA-----CAAC--GAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----C-ATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT---CTT---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AAC-AT-A-ATTAT-T-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATAC-T--T-AA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TAG-T-----TT----AA---AAC----A-A---A---AAT-TC-CC-AA-----TACC--AAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATTAT---GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--GCCT---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AAC-AC-A-A--ATAC-A--A--T-GCA-AA--AGTTTC--------G---GA-AC-T-------TTATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-------ATCA-CAATT-----TT----AC---AACCATAG-A---G---AAT-TC-TC-TA-----CACCTGGAAATA-----TGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--TAC---AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--GCTT---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGC-AT-A-AACAT-C-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-ACAT--T-ATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAA----A-A---A---AAAATT-GC-TA-----CACC--AAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------AC-T--T-TCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--T-ATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--TGT---GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--GCTT---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTT-T------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CA---TTATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AAC-ACAA-A-TAT-C-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AATTT---GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--G-ATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--CCT---GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--GC-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGC-AC-A-A-TAT-CAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--C-ACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-A---A---AAT-CT-TT-GACATGTCATC--AAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--T-ATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--TAT---Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--GCTTAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAAC-GC-A-AATGT-T-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T---------C--T-ATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT-----CTGAAAC----C-A---A---AAT-------GA-----CAC
gi|22 : -T---AATTTT--GCTT---CATTCAGA---------------G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-AG-A-ATTAT-C-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A--------T-ACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CAATT-----TT----TT---AAC----A-C---A---GCT-TCATG-GA-----CACtttt
gi|23 : CTT---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------T-C-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA---------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CAGTT-----TC----AC------------A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGAAAGTTG-ATatgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--TAC---GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-TT---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT------A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-AATTA---AAT-TT-T------------C--AGAATCAGAGCGA-ATATttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgag-ACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---GAgatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--GCTT---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---A---------------------------A-----CATC--AAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA-----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--TAC---GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT---CTT---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CAC-AC-A-A----------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-AT-G--T-ACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----AC---AAC----A-A---T---AAT-TT-----------CACC--AAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T----TA--GAATAT-------AT--T------G--TAT---TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--GCTT---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAATA-----T------TTT-AT----GAC-TC-A-AATAT-C-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACCT--T-ATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TAATC-----TA----AC---AAG----A-G---A---TAT-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--TAT---GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA-C-----------------AC--T-G-A-TAT-T-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-AC-T--T-A--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CAATT-----TT----AC---GGC----A-A---A---ACT-TT-CC-TA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAAC-A---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATT-ATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--TAT---GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GATT---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AAC-GCAA-A-TAT-C-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-CT-T--T-A--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-AT----AA-------------------------G-A---A---CAT-TT-TCTGA-----TACC--AAAGCGA
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T------------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--TAC---AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--GCTT---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-AACAG-T-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-AC-T--TTACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TAAGT-----TT----CC---AAT----ACC---A---AAT-T
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C--------------------------------------AT--TTTAAT-G--TAA---GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--GCGC---AATTCAGA----GCCTCT-----A-A-----GA-T------CTT-CT----AGC-AC-A-AATAT-A-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-AC-TAGT-GCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AAAT------------------------------------T-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGGCAG
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---T-ATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--AGC---AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--GTTT---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AAC-AC-AGA-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AG-TTA--------T---AA---------ACCTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CAACGACAAATA----AA---AAC----A-A---A---AAT-TT----GA-----CACC--AAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 111111111 11111 1111 55555555555555555555555555555 1111 11 22222222222222222222222 11111111111 111111111111111 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 777 22 666666666 1 888 77 77 2 2 777 1 11111 666666 888888888 2 4 8888 2 2 33 33 22 5555 2 00000000000000000000000000000 3 22 2 5555 22 22 22 2 22 666 2 333 22 999 1 777 22 44444 3333 6666666 55555 555555 1 6666 0000 1 44 666 22 22 1 22 1 11111111111111111111111 3 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 1 2 2 55555 4444 222222222222222 2 88888 55555 33 5 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... .. ......... . ... .. .. . . ... . ..... ...... ......... . . .... . . .. .. .. .... . ............................. . .. . .... .. .. .. . .. ... . ... .. ... . ... .. ..... .... ....... ..... ...... . .... .... . .. ... .. .. . .. . ....................... . . ... ........... .. .. . .. . . . . ..... .... ............... . ..... ..... .. . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 777 66 777777777 3 666 33 33 7 7 888 2 66666 888888 444444444 2 4 1111 2 2 11 11 44 8888 2 00000000000000000000000000000 8 88 0 3333 99 88 88 0 88 222 0 555 88 000 8 555 55 44444 5555 5555555 66666 000000 7 1111 3333 7 22 888 55 55 8 55 8 00000000000000000000000 1 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 2 1 1 33333 5555 222222222222222 2 22222 99999 44 0 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---T-AAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--TACAA-AG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGGCAT---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AAT-GCAA-A-TAT-G-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-AC-T--T-AAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCAATT-----TTTACAACAAC----A-A---AG--AAT-TC-AC-AA-----AAAC--AAAAAGACA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG----------A------TTTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----CA----------------GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTCAG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AAAT----GCTT---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AAT-A--A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--T--A-------------------------------G-----CA---T--T-------A-AT--------T--TTT--T-G--TGA---GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--GCTT---AATTCAGA----A--------------------------------------AAC-GC-C-A-AAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A--------T-ACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--T-ATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACC-AC-A-A--A--C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC--------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---GAACAAT-TT-CT-GA-----CAAC--GAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----C-ATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT---CTT---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AAC-AT-A-ATTAT-T-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATAC-T--T-AA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TAG-T-----TT----AAAAC----A-A---A---AAT-TC-CC-AA-----TACC--AAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATTAT---GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--GCCT---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AAC-AC-A-A--ATAC-A--A--T-GCA-AA--AGTTTC--------G---GA-AC-T-------TTATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-------ATCA-CAATT-----TT----ACAACCATAG-A---G---AAT-TC-TC-TA-----CACCTGGAAATA-----TGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--TAC---AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--GCTT---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGC-AT-A-AACAT-C-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-ACAT--T-ATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAA----A-A---A---AAAATT-GC-TA-----CACC--AAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------AC-T--T-TCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--T-ATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--TGT---GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--GCTT---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTT-T------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CA---TTATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AAC-ACAA-A-TAT-C-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AATTT---GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--G-ATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--CCT---GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--GC-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGC-AC-A-A-TAT-CAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--C-ACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-CT-TT-GACATGTCATC--AAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--T-ATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--TAT---Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--GCTTAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAAC-GC-A-AATGT-T-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T---------C--T-ATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAAT---------------------------------T-TT-CT-GA-----AACC--AAAATGACA
gi|22 : -T---AATTTT--GCTT---CATTCAGA---------------G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-AG-A-ATTAT-C-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A--------T-ACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CAATT-----TT----TTAAC----A-C---A---GCT-TCATG-GA-----CACctttt
gi|23 : CTT---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------T-C-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA---------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CAGTT-----TC----AC---------A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGAAAGTTG-ATatgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--TAC---GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-TT---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT------A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CAATT-----TT----ACAAC----A-AATTA---AAT-TT-TC-AG-----AATC--AGAGCGAttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgagatat-ACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACGAgatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--GCTT---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACA---------------------------A-----CATC--AAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA-----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--TAC---GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT---CTT---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CAC-AC-A-A----------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-AT-G--T-ACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---T---AAT-TT-----------CACC--AAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T----TA--GAATAT-------AT--T------G--TAT---TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--GCTT---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAATA-----T------TTT-AT----GAC-TC-A-AATAT-C-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACCT--T-ATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TAATC-----TA----ACAAG----A-G---A---TAT-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--TAT---GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA-C-----------------AC--T-G-A-TAT-T-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-AC-T--T-A--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CAATT-----TT----ACGGC----A-A---A---ACT-TT-CC-TA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAAC-A---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATT-ATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--TAT---GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GATT---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AAC-GCAA-A-TAT-C-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-CT-T--T-A--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-AT----AA----------------------G-A---A---CAT-TT-TCTGA-----TACC--AAAGCGA
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T------------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--TAC---AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--GCTT---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-AACAG-T-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-AC-T--TTACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TAAGT-----TT----CCAAT----ACC---A---AAT-T
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C--------------------------------------AT--TTTAAT-G--TAA---GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--GCGC---AATTCAGA----GCCTCT-----A-A-----GA-T------CTT-CT----AGC-AC-A-AATAT-A-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-AC-TAGT-GCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AAAT---------------------------------T-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGGCAG
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---T-ATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--AGC---AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--GTTT---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AAC-AC-AGA-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AG-TTA--------T---AA---------ACCTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CAACGACAAATA----AAAAC----A-A---A---AAT-TT----GA-----CACC--AAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 111111111 11111 1111 55555555555555555555555555555 1111 11 22222222222222222222222 11111111111 111111111111111 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 777 22 666666666 1 888 77 77 2 2 777 1 11111 666666 888888888 2 4 8888 2 2 33 33 22 5555 2 00000000000000000000000000000 3 22 2 5555 22 22 22 2 22 666 2 333 22 999 1 777 22 44444 3333 6666666 55555 555555 1 6666 0000 1 44 666 22 22 1 22 1 11111111111111111111111 3 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 1 2 2 55555 4444 222222222222222 2 88888 55555 33 5 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... .. ......... . ... .. .. . . ... . ..... ...... ......... . . .... . . .. .. .. .... . ............................. . .. . .... .. .. .. . .. ... . ... .. ... . ... .. ..... .... ....... ..... ...... . .... .... . .. ... .. .. . .. . ....................... . . ... ........... .. .. . .. . . . . ..... .... ............... . ..... ..... .. . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 777 66 777777777 3 666 33 33 7 7 888 2 66666 888888 444444444 2 4 1111 2 2 11 11 44 8888 2 00000000000000000000000000000 8 88 0 3333 99 88 88 0 88 222 0 555 88 000 8 555 55 44444 5555 5555555 66666 000000 7 1111 3333 7 22 888 55 55 8 55 8 00000000000000000000000 1 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 2 1 1 33333 5555 222222222222222 2 22222 99999 44 0 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAATA------TTT-AT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT--ATCTG---AAT-ATATA-----GCA-T-----G-----TA---T-AAATA--GAA-AT---GA--AT--TTT--T-G--TACAA-AG-GA---AGACAAA---ATTATG-T---AATTTTTGGCAT---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AAT-GCAA-A-TAT-G-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------TA--AA-AC-T--T-AAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCAATT-----TTTACAACAAC----A-A---AG--AAT-TC-AC-AA-----AAAC--AAAAAGACA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG----------A------TTTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGAGTT--TGACTAT--AT-GA---AAT--TATA-----C---T-----G-----CA----------------GT---CATTAT--TTT--T-C--TTCCTCAG-GA---AAAC--A---ACAATA-T---AAAT----GCTT---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AAT-A--A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTT----CAAGGGTTAGGTTTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--T--A-------------------------------G-----CA---T--T-------A-AT--------T--TTT--T-G--TGA---GG-GAGGTAGAA--G---GCAGTG-T---AATGTT--GCTT---AATTCAGA----A--------------------------------------AAC-GC-C-A-AAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A--------T-ACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCT----TATGA------TTTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT--AT-TG---ATT-GTATA---------------G-----CAT--T-ATATA--GAA-AT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACC-AC-A-A--A--C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC--------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---GAACAAT-TT-CT-GA-----CAAC--GAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------TTTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC--AT-TG---AAT-GCATG-----G---T-----G-----T----C-ATTTA--GAA-AT---CT--AC--TTT------------------------C--A---ATGATG-TG--AATTTT---CTT---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AAC-AT-A-ATTAT-T-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATAC-T--T-AA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TAG-T-----TT----AAAAC----A-A---A---AAT-TC-CC-AA-----TACC--AAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TAT---GAA-AT---CA--ATGATGT--T-AATTAT---GG-GG---A----------TGATG-TTC-ATTTTT--GCCT---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AAC-AC-A-A--ATAC-A--A--T-GCA-AA--AGTTTC--------G---GA-AC-T-------TTATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-------ATCA-CAATT-----TT----ACAACCATAG-A---G---AAT-TC-TC-TA-----CACCTGGAAATA-----TGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTGTA--AAA-AT---CA--TT--TAT--T-G--TAC---AG-GA------T--A---ATACTT-T---AATTGT--GCTT---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGC-AT-A-AACAT-C-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-ACAT--T-ATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAA----A-A---A---AAAATT-GC-TA-----CACC--AAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT-----GAGA------GTTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT--AA-TT---AATGATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AAAGA---AG-C--ATT-ATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------AC-T--T-TCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCT----CAAGG------TTT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGA-----------------TG---AAT-ATATA---------------G-----CAT--T-ATATA--TAA-AT---CA--AT--AAT--T-G--TGT---GG-GA---AGAC--A---ATCATG-A---AATACT--GCTT---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTT-T------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCT--AT-TC---AAT-ATATATATATG---TA----G-----CA---TTATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATTTATAATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AAC-ACAA-A-TAT-C-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----GAAGA------GTTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAAT------AAT-ATATA-----A---TATGTAG-----CA---T-ATTTA--GAA-AT---AA--AT--TTT--T-G--TAC---AA-GA---AGAC--ATT-ATAATG-T---AATTT---GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AAC-ACAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C----A-G----T-A-AAGATTT--CAGCTCT--AT-TA---GAT-ATATA-----G---T-----G-----CAG--G-ATGTA--GAA-AT---CA--AT--ATT--T-G--CCT---GG-GA---AAAC--A---GTGATG-T---AATTTT--GC-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGC-AC-A-A-TAT-CAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--C-ACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-CT-TT-GACATGTCATC--AAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTT----TAAGA------TTTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT--AT-TG---AAT-ATGTA---------------G-----CAT--T-ATATA--GGA-AT---CA--GT--TTT--T-G--TAT---Gacaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcgG-GA---AAAC--A---ATCAT----------TC--GCTTAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAAC-GC-A-AATGT-T-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T---------C--T-ATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAAT---------------------------------T-TT-CT-GA-----AACC--AAAATGACA
gi|22 : -T---AATTTT--GCTT---CATTCAGA---------------G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-AG-A-ATTAT-C-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A--------T-ACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CAATT-----TT----TTAAC----A-C---A---GCT-TCATG-GA-----CACctttt
gi|23 : CTT---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------T-C-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA---------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CAGTT-----TC----AC---------A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGAAAGTTG-ATatgcatacattaaaa
gi|25 : T--TTT--T-G--TAC---GG-AA---AGAC--A---ATAATT-T---AATTTT--A-TT---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT------A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CAATT-----TT----ACAAC----A-AATTA---AAT-TT-TC-AG-----AATC--AGAGCGAttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgagatat-ACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACGAgatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : AATG-T---AATTTT--GCTT---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACA---------------------------A-----CATC--AAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG---CAA-A------CTTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT--AA-TATAAAAT-ATATA-----G---A-----G-----CA-----ATACA--GAA-AAAAACA--AA--ATT----G--TAC---GA-GA---TAAC--A---ATAAAG-T---AATTTT---CTT---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CAC-AC-A-A----------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-AT-G--T-ACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---T---AAT-TT-----------CACC--AAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTT----TAGGA------TTTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT--AT-TG---A-----------------T-----G-----TA---T----TA--GAATAT-------AT--T------G--TAT---TG-CA---AGAC--A---GTAATT-T---AATTTT--GCTT---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAATA-----T------TTT-AT----GAC-TC-A-AATAT-C-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-ACCT--T-ATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TAATC-----TA----ACAAG----A-G---A---TAT-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT--GT-TG---AAT-AAATA-----A---C-----------CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--TTG--TAT---GG-GA---AGAC--C---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA-C-----------------AC--T-G-A-TAT-T-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-AC-T--T-A--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CAATT-----TT----ACGGC----A-A---A---ACT-TT-CC-TA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAAC-A---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTT----TAAGA------TTTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC--AT-TA---AAT-ATAAA-----GCATT-----A-----TAAATT-ATATATTGAA-AT---CA--AT--TAT--T-G--TAT---GG-GA---AAAC--A---ATAGTG-TATAAATTTT--GATT---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AAC-GCAA-A-TAT-C-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-CT-T--T-A--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-AT----AA----------------------G-A---A---CAT-TT-TCTGA-----TACC--AAAGCGA
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTT----TAAGA------TTTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT--AT-T------------------------------------------TA-A--GAG-AT---CA--AA--TTT--T-G--TAC---AG-GA---AAAC--A---GTAATGCT---ATTTTT--GCTT---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AAC-GC-A-AACAG-T-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-AC-T--TTACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TAAGT-----TT----CCAAT----ACC---A---AAT-T
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGAT----TAAGA------TTTTAT------T--A-A-AA---T-A-GATATTT--CGATTCT--AA-TG---AAT-AAATA-----G---C--------------------------------------AT--TTTAAT-G--TAA---GG-GA---TGAC--A---ATAATG-T---AATTAT--GCGC---AATTCAGA----GCCTCT-----A-A-----GA-T------CTT-CT----AGC-AC-A-AATAT-A-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-AC-TAGT-GCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AAAT---------------------------------T-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGGCAG
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCT----CAAGA------TTTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC--AC-TG---AAT-ATATA-----T---C-----AAACATTA---T-ATACA--GAT-AT---CA--AT--TAC--T-G--AGC---AG-GA---AGAC--A---ATGATG-T---AATTTT--GTTT---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AAC-AC-AGA-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AG-TTA--------T---AA---------ACCTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CAACGACAAATA----AAAAC----A-A---A---AAT-TT----GA-----CACC--AAAA
blockSeqs : AAAT A TATTACA A A C TGT CT GCA CC TTATTA T TGA GA CA T T TA T GC GTTAGG TTCGTGC G T ATAT C . . TA T ATAA G TATATGTAGCATTA A TT T AAAC TT GA AA T AT CTC A GGT . TTT C ATA . AATCA CTGA GT TCGT CAAGGC . TTTT ACA G TT AC AT . T AT G AATGCATGTACATGT C G CTT TTCTCCTG GT CA A AG . G T . ACAAA . CCATAGAG A ATGG CATGT TG T G G C G A TTTC . A
blockSeqs : . A . A A A CT . C CC TCATTA T TGA GA AA . . . C C . CA . G A . . . . T A . GCATTATAAATTA T . . C . . . . . . . . . TT . TC . CT . G GG . . GG ACA . AC CA . . . . G TTAAAAACTT A . . TTCTG . . . G . T . . . . CAAGAAC . TCTG . . .
blockSeqs : T C T . T GA TCAG T T . . . . . C T . CT . . G . . . . T G . ATATGTAGCATA A . . C . . . . . . . . . TT . G . AA . G GG . . . ACA . AT C . . . . G TATACTAGT T . . CTG . . . A . A . . . . CAAATTA . CTG . . .
blockSeqs : C T . G TA TGAA T T . . . . . C C . C . . A . . . . A G . ATATGTAGCATA G . . C . . . . . . . . . . . . . CC . G AA . . . AGC . TT C . . . . G TAATACTT C . . TG . . . G . A . . . . TACCA . CCA . . .
blockSeqs : T . G TC TCAA T T . . . . . C G . C . . A . . . . T T . TCAAACATTATA T . . C . . . . . . . . . . . . . CC . G GA . . . GCA . AT C . . . . G TAAACATT C . . TT . . . G . G . . . . CAAA . TCT . . .
blockSeqs : T . A CC TTGA T T . . . . . C G . A . . A . . . . T G . GTGCAGGA A . . A . . . . . . . . . . . . . TA . T GA . . . GC . AC T . . . . T AAAACCTT T . . TA . . . G . A . . . . AAAA . GCT . . .
blockSeqs : T . G AC CAA T T . . . . . C C . C . . A . . . . T C . GCATTA T . . C . . . . . . . . . . . . . GT . T GA . . . AC . AT C . . . . T TTAACTTT C . . TT . . . G . G . . . . CAAA . TTG . . .
blockSeqs : . . G AC TTG T A . . . . . T T . C . . . . . . . T A . GTGTCA T . . A . . . . . . . . . . . . . CA . T GA . . . AT . T C . . . . T TAAACTC C . . TC . . . G . G . . . . CACA . CTG . .
blockSeqs : . T TT TAA T T . . . . . A T . C . . . . . . . A G . GCATTA G . . A . . . . . . . . . . . . . GT . C GT . . . AC . A T . . . . G TACCTTT C . . TA . . . G . A . . . . CAAT . TCG . .
blockSeqs : . A TT AA . . . . . . . T T . C . . . . . . . T G . GCATTA A . . C . . . . . . . . . . . . . GT . G GA . . . AT . T C . . . . C GGAACT C . . TT . . . G . G . . . . GAGA . TCA . .
blockSeqs : . C T . . . . . . . T T . C . . . . . . . T G . GAGCAA A . . C . . . . . . . . . . . . . GT . G AA . . . AC . T C . . . . A TAAAC T . . TG . . . G . A . . . . CAAA . TCG . .
blockSeqs : . . . . . T T . C . . . . . . . T A . ACCATA A . . C . . . . . . . . . . . . . CA . G GG . . . GC . T C . . . . G ACTT C . . TG . . . G . G . . . . CAAA . CCT . .
blockSeqs : . . . . . A C . C . . . . . . . T G . CTGCA A . . C . . . . . . . . . . . . . CA . A GG . . . AG . T T . . . . A TAT C . . TA . . . G . A . . . . GAA . TCG . .
blockSeqs : . . . . . C . . T . . . . . . . A G . TGTAT A . . C . . . . . . . . . . . . . TA . A GA . . . GC . C C . . . . T TCT C . . TT . . . A . G . . . . AA . G . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . C . . GCAT A . . C . . . . . . . . . . . . . TC . A GG . . . AC . T T . . . . C TAT . . . T . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . G GA . . . TC . T A . . . . G TAA . . . C . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . G A . . . GC . T C . . . . A TAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . A G . . . AC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CC . G G . . . AC . . . . . . . G
blockSeqs : . . . CC . . . . . . A . . . . . . . G
blockSeqs : . . . AA . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : CA . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TCAA***** T** *** T**** C******** ** T* GCATTA*********************** *** ** ** G****** GA*** AC** ** TAAACTT**************** **** CAAA***********
originalCons : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCT----CAAGA------TTTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATA-----G---T-----G-----CA---T-ATATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AAC-GC-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-AC-T--T-ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
finalCons : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCATCAA-----TCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCTT----AAGA------TTTTATC--------A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT--AT-TG---AAT-ATATAGCATTA-----------------------TATA--GAA-AT---CA--AT--TTT--T-G--TAC---GG-GA---AGAC--A---ATAATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCTG------AATAGA---T------TTT-CT----AACAC--A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTATAAACTT----------------ACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAACAAA-----------AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTAGCTCTAAATCTAAAATTTTATTTTGTTGTAGAAATGTGCTGTTATGATAGTTTTGTATGTAACATTAAATAAGAATTCAAACGAAGTTTTAAGATTTCATCAAAATGAAGA
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA
Alignments
lowQualScore : 2222 4444444 11111111111 111111111111111111 11111111111 1 11 2222222222222222222222 11111111111 111111111111111 2222 11
lowQualScore : 8888 7 3333333 7 1 5 7777 55 666 44 66666666666 0 999 66 66 2 2 777 1 888 666666 2 777777777777777777 2 2 3333 0 999999999999999999999999 22222222222 555 99999999999 333 22 22 2 22 555555 2 333 999 22 1 777 22 44444 3333 7777777 666666666666 1 6666 1 2 1 22 666 22 22 1 22 1 2222222222222222222222 3 2 333 22222222222 22 22 2 33 2 1 2 2 55555 4444 222222222222222 2 88888 55555 33 5 0 1 1 1 1 1 4444 88 1
lowQualScore : .... . ....... . . . .... .. ... .. ........... . ... .. .. . . ... . ... ...... . .................. . . .... . ........................ ........... ... ........... ... .. .. . .. ...... . ... ... .. . ... .. ..... .... ....... ............ . .... . . . .. ... .. .. . .. . ...................... . . ... ........... .. .. . .. . . . . ..... .... ............... . ..... ..... .. . . . . . . . .... .. .
lowQualScore : 3333 3 3333333 3 0 0 0000 00 333 77 99999999999 5 222 99 99 5 5 444 5 666 444444 2 111111111111111111 1 1 4444 6 777777777777777777777777 99999999999 444 33333333333 555 99 88 0 88 000000 0 555 000 66 8 555 55 44444 5555 6666666 444444444444 7 1111 7 2 7 44 888 55 55 8 55 8 7777777777777777777777 1 1 777 55555555555 99 99 1 00 1 2 1 1 33333 5555 222222222222222 2 22222 99999 44 0 8 0 0 0 0 0 0000 55 0
consensus : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCTT--AAGA------T-TTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT-------A-T-TG---A-------ATATATA--------G--CAT-TATA-------TA--GAAAT---CA--AT--TTTT-G--TAC---G--G-GA---AGACA---ATA--ATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AACG-C-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--TACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
Reference ( family-3793 ) : NNTTTGA----TATATTT-------GAANTGAACTTTAAA-T--AA--TTG--TAACCA---TCA--ATCAATGAT--A--A--TTA-A-AACTA---AGCTT--AAGA------T-TTTAT------C--A-A-A----T-A-AAGATTT--CGGTTCT-------A-T-TG---A-------ATATATA--------G--CAT-TATA-------TA--GAAAT---CA--AT--TTTT-G--TAC---G--G-GA---AGACA---ATA--ATG-T---AATTTT--GCTT---CNTTCAGA----GCCTCT-----G-AATA--GA-T------TTT-CT----AACA-C-A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--TACCTTATT-TT---T---TN------T--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGCTTTAATTATNANGNTCAANGNCCACCATTTCACTCCAGAAATTTAGNATGT
gi|1 : -T--AA--TTT--TCACCACTATCA--TTTAAAAA---A--A--TTA-A-AACTATTAAACTTTTACAA------TATTTAT------CCAA-A-A----T-ATAAGATCTTACAATTCT-------A-TCTG---A-------ATATATA--------G--CATGTATAAA-----TA--GAAAT---GA--AT--TTTT-G--TAC---AAAG-GA---AGACA---AAATTATG-T---AATTTTTGGCAT---CCTTCAAA----ACCTCTTCAGCG-AG-A--GAGT------TTTACT----AATG-C-A-AATAT-G-G--AGTTAA-A-AT--ATTTAA--------T---AA-AAC-T--TAAATTTTT-TT---C---TA------T--C--AT-T-GAAATAAGTAA-ATCACCAATT-----TTTACAACAAC----A-A---AG--AAT-TC-AC-AA-----AAAC--AAAAAGACA
gi|10 : ctgaaaattttatcatgccctgtaaaaaattgctttctttcataatagttttctatcTTTAAA-TGTAA--CTC--TAACCA----CA--ATCATTGATGAA--A--TTA-A-TACTA---AG--------A------T-TTTGT------C--A-A-AA---T-A-AAGA-------GTT-------------TG---A-------CTATATG--------A--AAT-TATA-------CT--GCAGT---CATTAT--TTTT-C--TTCCTCA--G-GA---AAACA---ACA--ATA-T---AAAT----GCTT---CTTTCCGA----G-------------------A-T------TTT-CTGG--AATA---A-A-TAT-C-A--A--TAACA-AA--
gi|11 : gcactattaaaatctgaaaattttatttcggtgtaataagtgtgctattatgatag-T--AA--TTT--TCACCA---TTG---TCATTGATGAA--A--TCA-A-AACCA---AGTTC--AAGGGTTAGGT-TTTAT------C--A-A-AG---T-A-TATATTT--CAGT--------------------------------TA--------G--CAT-TA-A-------T----------------T--TTTT-G--TGA---G--G-GAGGTAGAAG---GCA--GTG-T---AATGTT--GCTT---AATTCAGA----A--------------------------------------AACG-C-C-A-AAT-C-A--A--TAACA-AA--AGTTCA--------T---A---------TACCTTATA-TT---A---T-------T--C-----T-GAAAtctggatata
gi|12 : tgtaaagatgtgcttttatgataattgtgtatg---AGCTT--ATGA------T-TTTAT------CA-A-A-A----T-A-AAGATTT---GGTTCT-------A-T-TG---A-------TTGTATA--------G--CAT-TATA-------TA--GAAAT---ccaaaatgccagc
gi|12 : atatataagctttatttttattattAGA----ATCTCA-----G-AAAA--GG-T------TTT-CT----ACCA-C-A-A--A--C-A--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-------CTTATT-TT---TC--TG------T--C--ATATAGAAAT-AGCAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---GAACAAT-TT-CT-GA-----CAAC--GAATTGACAGTTG-CTGTCGCTTTaagaatctcagaaaaggttttctaccacaaacaatagcaaaagtttataaaccttatttttctgtcatatagaaatagcaaatcacaattttacaacaagaacaatttctgacaacgaattgacagttgctgtcgcttt
gi|13 : atatataagctttatttttattattagcttatgattttatcaaaataaagatttggttctattgattgtatagcattatatagaaataA------T-TTTAG------A--A-T-A----T-A-TAGATGA--CAGTTAC-------A-T-TG---A-------ATGCATG--------G--TGT-CATT-------TA--GAAAT---CT--AC--TTT------------------------CA---ATG--ATG-TG--AATTTT---CTT---CCCTCAGA----GCCTCT-----G-GGTA--GG-T------TTG-CT----AACA-T-A-ATTAT-T-C--C--TAATA-AA--AGTTTA--------T---AATA-C-T--TAA---ATTGTC---T---TG------T--C--AT-T-AAAAC-ATTAA-ATCT-TAG-T-----TT----AAAAC----A-A---A---AAT-TC-CC-AA-----TACC--AAATTAACAGCTA-GCATTGCTTTA
gi|14 : TA-------T---GAAAT---CA--ATGATGTT-AATTAT---G--G-GG---A--------TG--ATG-TTC-ATTTTT--GCCT---CCTTCAGA----AGCCCT-----G-AATA--G--T------TGC-CT----AACA-C-A-A--ATAC-A--A--T-GCA-AA--AGTTTC--------G---GA-A-C-T------TTATT-TT---T---TT------G--T--GT-C---AAT-------ATCA-CAATT-----TT----ACAACCATAG-A---G---AAT-TC-TC-TA-----CACCTGGAAATA-----TGTATTTTACTTTAA
gi|15 : ttTG-------TA--AAAAT---CA--TT--TATT-G--TAC---A--G-GA------TA---ATA--CTT-T---AATTGT--GCTT---TATACAGACTGAATCTCT-----G-AATA--AA-TCAAGGCTGT-CT----AGCA-T-A-AACAT-C-A--T--TTACA-TA--AGTTTA--------T---AA-A-CAT--TATTTTGTT-CT---T---C----------C--AT-T--AGGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAA----A-A---A---AAAATT-GC-TA-----CACC--AAAATAAAACCTA-ATATTACTTTAAgcagttcatcaccacgatgaaa
gi|16 : --A--A--TTA-A-AACTA---AGCT---GAGA------G-TTTTT------C--A--------T-A-AAGATTT--CAGTCTT-------AAT-TA---ATGATATAATATGTA--------G--CAT--ATT-------TA--GAAAT---AA--AT--TTTT-G--TAC---A--AAGA---AG-CATT-ATA--ATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AACA-CAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT----------------A-C-T--TTCCTGAGT-TT---T---
gi|17 : ataa--TTG--TAAGAA---TCA--G-AAATATT--A--A--TGA-A-AAATT---AGCTC--AAGG------T-TT-AT------C--AGA-A----T-A-AAGAT-----------------------G---A-------ATATATA--------G--CAT-TATA-------TA--TAAAT---CA--AT--AATT-G--TGT---G--G-GA---AGACA---ATC--ATG-A---AATACT--GCTT---CATTCAGA----GCCgat
gi|18 : atattaactctaaagcttgatggtgtaaaatgtagtatcattatagtt--A--A--TTA-A-AACTA---AGCTG--AAGA------G-TTT-T------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCT-------A-T-TC---A-------ATATATATATATGTAG--CAT-TATT-------TA--GAAAT---AA--AT--TTTT-G--TAC---A--A-GA---AGACATTTATA--ATG-T---AATTTT--GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATA--GA-T------TTT-CT----AACA-CAA-A-TAT-C-A--A--TGGCA-AA--ATTTTaa
gi|19 : taa--A--A--TTA-A-AACTA---AGCTG--AAGA------G-TTTTT------C--A-A-AA---T-A-AAGATTT--CAGTTCTTAATAATA-T-AT---A-------ATATGTA--------G--CAT--ATT-------TA--GAAAT---AA--AT--TTTT-G--TAC---A--A-GA---AGACATT-ATA--ATG-T---AATTT---GCTT---GTTTCAGA----GCCTCT-----T-GATC--GA-T------TTC-CT----AACA-CAA-A-TAT---A--A--TGGCA-AA--ATTTT
gi|2 : aaTTTGA----T---TTT-------G--CTGAA----AAA----AA--TTG--TAATAA---TGA--ATAAATGAT--A--G--TTATATAACTA---AGCTC--AAGA------T-TTTAT------C--A-G------T-A-AAGATTT--CAGCTCT-------A-T-TA---G-------ATATATA--------GTGCAG-GATG-------TA--GAAAT---CA--AT--ATTT-G--CCT---G--G-GA---AAACA---GTG--ATG-T---AATTTT--GC-T---GTTTCAGA----GCCTCT-----C-AATA--GA-T------TTT-CT----AGCA-C-A-A-TAT-CAA--A--TAGCA-AA--AGTTTA--------T---AA-A-C-T--CACCTTAGT-AG---T---TA------T--T--AT-T-GAAGT-AATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---A---AAT-CT-TT-GACATGTCATC--AAATTGAAAACTA-ATATTACTTTAATTATTATGATTAATGCTTACTA----ACTTCAGAAATTTAGTATGT
gi|20 : taA--TTA--TAATCA---TCA--A-CAA------A--A--TTA-A-GACTT---AGTTT--AAGA------T-TTTAC------C--A-ATA----T-A-AAGCTGT--TGGTTCT-------A-T-TG---A-------ATATGTA--------G--CAT-TATA-------TA--GGAAT---CA--GT--TTTT-G--TAT---G--acaat
gi|21 : gtagtatttgtcctaaatctgaaaattttatttgctgtaaaatatgtacctatgatggtttcg--G-GA---AAACA---ATC--AT----------TC--GCTTAATCATTCAGA----GC---T-----G-AACA--GT-T------TTT-TTTTTTAACG-C-A-AATGT-T-T--A--TAACA-AA--ACTTTA--------T----------C--TATCTTATT-TT---T---TTCTCCTGT--C--AT-T-GAAAT-AGTAA-ATCA-CAAT---------------------------------T-TT-CT-GA-----AACC--AAAATGACA
gi|22 : -T---AATTTT--GCTT---CATTCAGA----G------------AATA--GA-T------TTT-CT----AACA-G-A-ATTAT-C-AATA--TAACA-AA--CATTTT--------T---A---------TACCTTATT-TT---TTTCTG------T--C--AT-T-GAAAT-A-CAA-GTCA-CAATT-----TT----TTAAC----A-C---A---GCT-TCATG-GA-----CACctttt
gi|23 : CTT---CATCCGGA----GCCTCT-----G-AATA--AA-C------T----------------------T-C-A--A--TAACA-AA--CGTTTG--------T---AA---------ACCTTTTT-TT---C---TT------T--C--GT-T-GAAAT-AATAA-ATCA-CAGTT-----TC----AC---------A---A---AAT-TT-TC-GA-----CACC--AAAATGAAAGTTG-ATatgcatacattaaaa
gi|24 : TG--TAAC-A---TTA--A---ATAAG--A--A--TTC-A-AACGA---AGTTTT-AAGA------T-TTCAT------CA-A-A-A----T-G-AAGA
gi|25 : ttagctctaaatctaaaattttattttgttgtagaaatgtgctgttatgatagttttgtaT--TTTT-G--TAC---G--G-AA---AGACA---ATA--ATT-T---AATTTT--A-TT---TATTCAGA----ACCTC------A-AATATCGT-T------TTT-GT----CATAGC-A-A-CAT------A--T-GCA-TA--AACTTA--------T---
gi|26 : AT-AGTAG---CA-CAATT-----TT----ACAAC----A-AATTA---AAT-TT-TC-AG-----AATC--AGAGCGAttctccctcctacaaatattcaat
gi|27 : tatcagtgagatatACCTTATT-TT---T---TC------TGTC--AT-T-GAAAT-GGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACGAgatagttctgtttgtaactttaaccat
gi|28 : A--ATG-T---AATTTT--GCTT---TCTTCGGA----GCTTCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----AACG-C-A-A-ggacagctgatggtactcttgataatttgacagcttgttcctt
gi|29 : gataga------T--C--AA-T-GAAAT-GATAA-ATCA-CAATT-----TT----ACA---------------------------A-----CATC--AAAATGAAAACTG-ATATTataatgatttacagtgtgt
gi|3 : tTTTGAAAATTATATTTTATTACAGAAATGAACTTTTGA-T--AGCTTTGCATAGCCA-----A--ATCAATGAT--AGAA--TTG-G-AAGTA---AGATG--CAAA------C-TTTATTTCGTGC--A-AGA----T-A-TAAATTT--CGGCTAT-------A-A-TATAAA-------ATATATA--------GAGCA---ATA-------CA--GAAAAAAACA--AA--ATT--G--TAC---G--A-GA---TAACA---ATA--AAG-T---AATTTT---CTT---GATTCAGA----ACTCCT-----A-AATA--GG-T------TTT-CT----CACA-C-A-A----------A--TAATA-AA--ATTTTAAATGCATGT---AC-A-T-G--TACCTTATC-TTCTTT---TA------T--C--AT-T-GAATT-AGTAA-ATCA-CAATT-----TT----ACAAC----A-A---T---AAT-TT-----------CACC--AAAATGACAG
gi|4 : gtatctttataaagcaatatcaacattgaa-T--AA--CTG--TAAACT---T-----TCAATGAT--AGAA--TGA-A-AACTA---AGTTT--AGGA------T-TTTAT------CT-A-C-A----T-A-AATAGTT--TGGTTCT-------A-T-TG---AT------GTAT-TA--------G---A---ATA-------TA--------------------TT-G--TAT---T--G-CA---AGACA---GTA--ATT-T---AATTTT--GCTT---TATTCAGA----GCCTCT-----GTAATA-----T------TTT-AT----GACT-C-A-AATAT-C-A--A--TCCCG-AA--ACTTTA--------A---AA-A-CCT--TATTTTATT-TT---C---TT------A--C--AT-T-GAAAT-AACAT-ATCA-TAATC-----TA----ACAAG----A-G---A---TAT-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGACAGCt
gi|5 : aatattttataaatagtattaccaattttaaagcaatattagctatacacctgaaaatttcattcacgataatttagcatatatcttAT------C--A-A-AATATT-A-AAGAATT--CAGTTCT-------G-T-TG---A-------ATAAATA--------A--CCA-TATA-------TA--GAAAT---CA--AT--TTTTTG--TAT---G--G-GA---AGACC---ATA--ATG-T---AATTTT--GCTT---CATTCAAA----GCCTC-----------A--GA--------------------CA-CTG-A-TAT-T-A--A--CAACA-AA--AGTCTA--------TTAAAA-A-C-T--TA--TTGGT-TT---T---TG------T--C--GT-A-GAAAT-AGTCA-ATTG-CAATT-----TT----ACGGC----A-A---A---ACT-TT-CC-TA-----CACC--AAAATGACAGCTG-ATATTGGTTT-ATTATGAGGCTCAAGGACCATCATTTCACTCCAGAAA--TAGAATGT
gi|6 : tatgcatttatatacatagtacagtacattgtcagtataacatagtacagttcattgtaagcTG--TAAC-A---T-A--ATCATTGAT--A--ACATTA-A-AATCA---AGTTT--AAGA------T-TTACT------T--A-A-A----TCA-AAGATTT--TGATTGC-------A-T-TA---A-------ATATAAA--------G--CAT-TATAAATTATATATTGAAAT---CA--AT--TATT-G--TAT---G--G-GA---AAACA---ATA--GTG-TATAAATTTT--GATT---CCTTCAAA----ACCTAT-----G-AAT----G-T------TTT-CT----AACG-CAA-A-TAT-C-A--G--TAACATAAATAATTTA--------T---AC-C-T-T--TA--TTTTT-TT---C---TG------T--C--TT-A-GAAAT-AATAA-AT----AA----------------------G-A---A---CAT-TT-TCTGA-----TACC--AAAGCGA
gi|7 : ttagtcatacatttaattctgaaaatttatattttgttgttaaaattgtcttattatgattagttttgtgAATGAAAATCAAACT--AA--GTT--TAAACA---TTATTATCAATGAA--A--A--T-A-A-AACTA---AGTTT--AAGA------T-TTTAT------G--A-A-C----T-T-AAGATTT--AGGTTCT-------A-T-T------------------------------------TA--------A--GAGAT---CA--AA--TTTT-G--TAC---A--G-GA---AAACA---GTA--ATGCT---ATTTTT--GCTT---CCTTCAGA----GCCTTT-----G-AATA--GG-T------TTT-CT----AACG-CAA-A-CAG-T-A--G--TAACA-TA--ATTTTA--------T---TA-A-CTT--TACCTT-TT-TT---C---TA------T--C--AT-T-AAAAT-AGTAA-ATCA-TAAGT-----TT----CCAAT----ACC---A---AAT-T
gi|8 : atctgaaaatattgttttgttgcgaaaatgtgcttttgtgacaattatgtacatgcgtgtaattttaaccattattatcTTTGA----TATATTT-------GAATTGAACTTTAAA-T--AA--TTA--TAATTA---TTG--AT-AA------A--A--TCA-A-AACTA---AGATT--AAGA------T-TTTAT------TA-A-A-A----T-A-GATATTT--CGATTCT-------A-A-TG---A-------ATAAATA--------G--CAT-T------------------T---TA--A------T-G--TAA---G--G-GA---TGACA---ATA--ATG-T---AATTAT--GCGC---AATTCAGA----GCCTCT-----A----A--GA-T------CTT-CT----AGCA-CAA-A-TAT-A-A--A--TATCA-AA--GGTTTA--------T---AT-A-C-TAGTGCCTTATT-TT---T-----------------------------GTAA-ATCA-AAAT---------------------------------T-TT-TC-GA-----ATCC--AAAATGGCAG
gi|9 : gtatcttatcaaaacattactaaatgtactggctataaatctgaaaataatgttatgttgttgcagaattatgcgatCTTTAAA-T--AG--T------ATTA---TCATTATCATTGAT--A--AAATTA-A-AACTATA-AGCTC--AAGA------T-TTAAT------C--A-A-AA---T-C-AAAATTT--CAGTTCC-------A-C-TG---A-------ATATATATCAA----A--CAT-TATA-------TACAGATAT---CA--AT--TACT-G--AGC---A--G-GA---AGACA---ATG--ATG-T---AATTTT--GTTT---CATTCAGA----GCTGCT-----G-AATA--------------T-TT----AACA-C-AGA-TAT-C-A--A--TAACA-AA--AG-TTA--------T---AA---------ACCTTATT-TT---T---TT------T--CCAAT-T--AAAT-AACAATATTG-CAACGACAAATA----AAAAC----A-A---A---AAT-TT----GA-----CACC--AAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATTATGATTTTTCAGATATCCTTTTCAATAGAGATTTAGCTGTAGAA
Unaligned ( gi|31 ): CTAATAAATGTATTACTTTAAACTAAAGTAATACTTA