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gi|9 : g-GGGGGGGGGG-GTTGC--AAC-CCCGTAACC-CCCCACCC-CC---TCTAGATCCGCCAATGGACatgcccgactaaaagg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AAGACCAAATAATCAACCAGAGTAAGGGTGTTCAACGCCATCCCTCTTCTAGGTCCGTCACTGA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): AAGACCAAATAATCAACCAGAGTAAGGGTGTTCAACGCCATCCCTCTTCTAGGTCCGTCACTGA
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Reference ( family-3759 ) : AGTGGCGGA-TCCAGAAAATTTTC--A-A--AGG--G--G--GG----TGG--G--------G-------T-----------C----CAAGTTTGTACCTTTT----------C---CG--------CCA-AA--GAA--GGGGG--------GGGGGGTTGAAGACCCCA--AAATGG-C--A-----AAA-----T-----ACC-TT-----T----T----AAA-A----NCCACATTCAATCA-GGGGGGGGGG-GNTGCA-AAC-CCCGTAACT-C----CCC-CC---TCTAGATCCGCCACTGNAC
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gi|9 : g-GGGGGGGGGG-GTTGC--AAC-CCCGTAACC-CCCCACCC-CC---TCTAGATCCGCCAATGGACatgcccgactaaaagg
blockSeqs : A CA T TA TG TT TG AATA TC GTGGTTTTGCTACC CAGATCCCTTT T TTG TCGGAAGAGAG T C A AC ACATTTTT TTTGCCATCTTTGTTAC T ATGCTCCAC T T AG T A AC A G CCCCCCA CCCCA T
blockSeqs : . . . . . . . . . TCGGCTGTGTCT TTAGCT . C GGGGGTGGG T G C G GCCAA ACTGACCTTTTTTGTT . AACAAA T T A . T A T . CCAC ACC T
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTTGCGTTC CCGT . G AATTGGGTT T G C . GTCG AATTGTATTTCTAT . CCCACA T T A . G A C . ATC CT G
blockSeqs : . . . . . . . . . TGTCGACA CCAT . G GAGGTAGGA T T A . GCA TGACCATTTTGTTA . TCCATC G T G . G A A . CTC AC
blockSeqs : . . . . . . . . . TTGTAACC CCA . A GGGGAGGGG T T C . ACA TGACCTTTT . TGTCCA G C A . T A T . CTC CT
blockSeqs : . . . . . . . . . TTTAACC TCG . A AGGGGGG A G A . ACA TACCTTT . ATA . T G . T A A . CCC CT
blockSeqs : . . . . . . . . . ATAACC GTG . G GAGGGT T G T . TCA ACCTTTT . G C . G A A . TC CC
blockSeqs : . . . . . . . . . GTCA CCG . G AAG . . C . GTA TA . G . C . A . CC CC
blockSeqs : . . . . . . . . . ACC CCA . T C . . G . . G . G . A . . CC
blockSeqs : . . . . . . . . . ACC CCG . A . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTT CCA . . . T .
blockSeqs : . . . . . . ATC CCG
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blockSeqs : . GT .
blockSeqCons : ** GTC****************************** CCG********************* GGGGGGG************ TGACCTTTT*********************** TNCACA**** CC****
originalCons : AGTGGCGGA-TCCAGAAAATTTTC--A-A--AGG--G--G--GG----TGG--G--------G-------T-----------C----CAAGTTTGTACCTTTT----------C---CG--------CCA-AA--GAA--GGGGG--------GGGGGGTTGAAGACCCCA--AAATGG-C--A-----AAA-----T-----ACC-TT-----T----T----AAA-A----NCCACATTCAATCA-GGGGGGGGGG-GNTGCA-AAC-CCCGTAACT-C----CCC-CC---TCTAGATCCGCCACTGNAC
finalCons : AGTGGCGGA-TCCAGAAAATTTTC--A-A--AGG--G--G--GG----TGG--GGTC------------------------------CAAGTTTGTACCTTTTCCG---------------------CCA-AA--GAAGGGGGGG------------GGTTGAAGACCCCA--AAATGG-C--A-----AAATGACCTTTT-----------------------AAA-ATNCACA----TTCAATCA-GGGGGGGGGG-GNTGCA-AAC-CCCGTAACT-C----CCCCC----TCTAGATCCGCCACTGNAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CAAACGCCAAAAAATTACCATTTTGTTAAAAATGTCCATCGCAAGCAAAGACGGTTTTGCCACTCCATAACCCCTATACTCTCCCACTGTTAATTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGACCAAATAATCAACCAGAGTAAGGGTGTTCAACGCCATCCCTCTTCTAGGTCCGTCACTGA
Unaligned ( gi|23 ): TAGACTTCTGGATTTTATTAGGGTAAATAATGAAACAAAATCCAATTATTTAT
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lowQualScore : . .. . .. .. .. .. .... .. ................................. ....................................................... ......... . .... . ... .. .. ... .. .. ... ............................... . .. . . . .. . . ........ . ... .
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Reference ( family-3759 ) : AGTGGCGGA-TCCAGAAAATTTTC--A-A--AGG--G--G--GG----TGG--G--------G-------T-----------C----CAAGTTTGTACCTTTT----------C---CG--------CCA---AA---GA----------A--G-G--GG--G-GGGGTTGAAGACCCCA--AAATGGC---AAA--A--TG--ACC--TT--T---T------A-AAATN------CACAT---TC--AATCA-GGGGGGGGGG-GNTGCA-AAC-CCCGTAACT-C----CCC-CC---TCTAGATCCGCCACTGNAC
gi|1 : TGGAGGA-TCCAGGATGCTTTC--A-A--AGG--G--GT-GG----TAG--G--------G-------TGTGTAGCAAC-C----CAAGTTTGTACCTTTTTCACCCCCCCC---CC--------CCA---AA---AAGGGGGGAGTTG--G-G--GG--G-GGGGGTGAATACCCCA--ATATTGCAAAAAA--A--AG--ACC--TT--T---TCA----A-AAATG-------AC-T---TC--AACCA--AAGGGGTCT-CTTACG-ACC-CCTATAAGT-------TC-CC---TCTAGATCC
gi|10 : ---AAA--A--TA--ACA--TT--T---T------T-AAATAAAAAAACAAAT---TT--GATCA-AAGGAGGAGG-GATGTACAACGCCCGTAA-T-C----CTC-CT---TCTAGATCCGCCACTGtta
gi|11 : aagattcaGTGGCAGA-TCCAGAAAATTATC--G-G--GGGTGG--G--GG----TGG--GT-------G-------T-----------CGACATAAATTGGTACCTTT-------------------------CTA---AG---CA----------A--A-G--GG--G-GG--TTCAATACCTCA--AAATGGC---AAA--A--atgt
gi|13 : GGGGGA-TCTAGATAACTTTC--A-A--GGG--G--GTGGG----TGG--ATT------G-------TAAC--------C----CATGTTTGTACCTCTT----------C---CGT-------CCA---AA---GA----------A--G-A--GG--G-TTG-TTGAAGACCCC
gi|14 : gcta---AAA--A--TT--ACCATTT--T---TGTTA--A-AAATG------C-------TC--AACTA-AAGGTGA-----TTGGA-ATC-CCTGTAAAT-C----CC-------TTTAGATCCGCCATTGG
gi|15 : caGGCGGA-TCCACAAAAACTTC--A-A--A-G--G--G--GA----TGC--G--------A-------C-----------C----CATGTTTGTACTTTTT----------C---AGATCCCTTTCCA---AA---GA----------A--A-A--AG--G-tcattaaataa
gi|16 : ggGGTGGA-TCCAGAAAATTTTC--A-A--A-A--G--G--GG----TGG--GTCGGCTGTG-------T-----------CT---CAAGCTT-TAACTTTT----------C---CA--------Cttggaagagc
gi|17 : ATCAAGGGGGGGGGG-GGTGCA-ACC-ACCGTAACCAC----CCC-CCCCATCTATATCCGCacaccccaccccc
gi|18 : ttttttgtttcacaaaacAGTGGCGGA-ATCAGACAATTTTTCAA-A--AGG--G--G--GG----AGG--G--------GGTTGCGTT-----------C----TAAGTTTGTGCCTTTT----------T---CG--------CC
gi|19 : AATGGCGGA-TCCAGGAATTTTTT--A-ATAAGA--G--G--GT----TGA--A--------A-------C-----------C----CAAGTTTGTACCTTTT----------G---TG--------CCca
gi|2 : cacGGGGGA-TACATAAGATTTTC--A-G--AGG--A--G--GA----TCATCG--------G-------T-----------T----CAATTTTATATTTTTT----------C---CG--------CCC---AA---AA----------A--G-G--GG--GTGGGGATGAAGACCCAAACAAATGAC---AAA--AACTG--ACC--TT--T---TTTGTTAA-AAATG------CTCCA---CC--AA-AA-AGGGGGAGGG-GGTGC--AAC-CCCATAAC--C----TAC-AC---TATAGATCCACCACTGTccaaga
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gi|9 : g-GGGGGGGGGG-GTTGC--AAC-CCCGTAACC-CCCCACCC-CC---TCTAGATCCGCCAATGGACccgactaaaagg
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