lowQualScore : 2 111 555555555555555555555555555 2222222222222 222222222222 11 444444 4444444444444444444 111111 4444444 1 1 11
lowQualScore : 0 5 55 000 4 4 4 3 4 555 2 4 0 8888 333333333333333333333333333 4444444444444 55 4 4 222222222222 4 4 4 5 5 44 5 222222 3 2 2 444 5555 55 4444444444444444444 2 2 55 4444 2 22 2 77 888 0 2 22 888888 333 1 6666 1 1 1 1 1 3 333 22 1 3 44 0000000 777 7 555555 3333 1 1 2 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 77 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . . ... . . . .... ........................... ............. .. . . ............ . . . . . .. . ...... . . . ... .... .. ................... . . .. .... . .. . .. ... . . .. ...... ... . .... . . . . . . ... .. . . .. ....... ... . ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . .. . .
lowQualScore : 0 8 55 444 0 0 0 2 0 666 2 0 7 5555 111111111111111111111111111 3333333333333 55 0 4 888888888888 4 3 4 0 0 44 0 999999 2 7 7 444 0000 66 3333333333333333333 2 2 33 5555 1 99 1 00 333 4 0 88 666666 333 9 8888 7 7 7 7 7 6 222 44 7 5 00 7777777 222 2 000000 7777 7 7 4 5 00 5 5 6666 5 5 00 5 00 5 5 00 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGAAGG--ATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGA-TTTATTT----ATTGA-TT----AA-----CATTCACT-----TCAG-----A---T---AC--CCGTG-A-A------------GCG-ACGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAATACTTT---GAGATACCAAAGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGAACA-TA-AAA---CATAT----CC--AA-----GG---T--AA-T--AT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTT-CCCTTTN-TGCGC-GC--GG-CGA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGTAAA----AGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( gi|8 ) : ACGTATTTATATTTGATAGAAAG--ATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGA-TTTATTT----ATTGA-AT----AA-----CA-----T-----TCAG-----A---T---AC--CCGTG-A-A------------GCG-ATGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAATACTTTT-AAAGATACCAAAGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGAACA-TA-AAA---CATAT----CC--AA-----G----T--A--T--AT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTT-CCCTTTT-TGCGC-GC--GG-CGA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGTGTT----AGG---AACTT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGAAAG--ATTTTTA--AAATT-A-T-TTA-TTT----------------TT----ATTGA-CT----AA-----CA-----T-----TCAG-----A---T---AC--CCGTG-A-AGCGACGAACCCGGCG-ACGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAACACTTTTAAAAGATACCAAAAGTTT
gi|6 : CGTATTTATATTTTATAGAAGG--ATTTTTT--AAATT-A--------TT-ATTGAAAAT-TTTATTT----ATTGA-TT----AA-----CATTCACT-----TCAG-----A-------ACTACCGTG-A-A------------GCG-ACGAAG-C--C-GT--TTCAGGTCA-TGAATACTT-----GAATACCAAAGGTTTttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGAAGG--ATTTTTT--AAATT-AATGTTA-TTTTATTGATAGA-TTTATTT----ATTGA-TT----AAACATTCAC----T-----TCAG-----ACCTT---AC--CCGGG-AGA------------GCG-ACGAAG-C-AC-ATG-TTCAGGTCA-TGAATACTT----GAGATACCAAAGGTTTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGAAGG--ATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGATTTTATTT----ATTGA-TT----AA-----CATTCACT-----TCAG-----ACC-T---A---CCGGG-A-A------------GCG-ACGAAG-C-ACAATG-TTCAGGTCA-TGAATACTT----GAGATACCAAAGGTTTttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGAA-G--ATTTTTT--AAATC-A-T-T-A-TT--AT-GATAGA-TT-ATTT----ATTGATCT----AA-----CT-----TCACTATCAG-----A---TCCTAC--CGGGG-A-A------------GCG-ACGAAG-C-AC-ATG--TCAGGTCA-TGAATACTT----GAGATACCAAAGGTTTttatgcattttattactacaacaccgtatctta
gi|10 : ATTTATATTT-------------TTTTT--A--TT-A-T-TTA-TTT-ATCGATAGA-TTTATTT----ATTGA-TTTTAAAA-----GA-----T-----TCAG-----A---T---AC--CTGTG-A-A------------GCG-ATGAAG-tatttgcattttatactaacaaacccgatatcttaattaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacatttaaacatatccaacgtaatgataattgttattgttgggtttcccttttttgcacagcgggcaatatttttaacactggcacagagtgcaatcgcgacttactcccgtacaaaggaaaaatttgggcgggacttaaaacatatggaaccaaatgaaggagatttcttaatgcatttcgcaattgcaaatacca
gi|4 : ATTTATATTTTATAGACGG--ATTTTTTTTAAAT--A-T-T-A-TTT-ATTGATAGA-TCTATTT----ATGGA-TT----AA-----CATTCACT-----TCAGGAGCCA---T---AC--CCGTGAA-A------------GC--ACGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC--AAGA-ACCAAAGGTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatattcaaggtaatacatttatattgttggttttttcctttgtgcgcgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgctgactactctcgtaaaaggaaatttgggcgtatggaccaatgagagtttctaatgcattttgcgattgtaataca
gi|7 : TTTATATTTTATAGAAGG--ATTTTT----AATT-A-T-TTA-TT--ATTGATAGA-TTTATTT----ATTGA-TT----AA-----CATTCACT-----TCAG-----ACC-T---AC--CCGTG-tatatgacattttaatttactaccaacaaccgataccttagaaaagaaaaacaaaaatatcaaataccgtagtagcagatgtgttcactttattctacataacatataaacagttgcgctcaacataacatatccaatgtaaatatatttatattggttgtttttccctttttgcacgcggcgtattataagcgacacctggtacgagtgcaatgcgactactccgttaaaaggaattgggcggactaaaacggtaatggaaccatgagagtttctaatgcatttcgcaatttgctaataca
gi|1 : cgctTCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCA-T-TTAATTT-ATTGATAGA-TTTATCTATGCATTAG-AC----AATT---CACT---T-----TCAA-----C---T---AC--CCATG-A-C------------ACGCACGA---C-AC-GTG--TCAGGTCA-TGAATAC-GTT-GAAGA-ACCAAAGGGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|9 : TATATTT-ATAGAAAG--ATTTTA---AAATT-A-T-TTA-TTT----------------TC----ATTGA-TT----AA-----CA-----T-----TCAG-----A---T---AC--CCGTG-A-A-------------CG-ACGAAA-CGAC-GTG--TCAGGTCAGTGAATAC--TA-AAAGATACCACAGGTTTtttatgcaatttattactacaacactcgcgtaccttcctagtcgattaaagaaaacaaaaatctcgattcaaaataccttagttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcggaacactaaaatgacctattattccaaatcgggtatttatatttatatgtttggtgttttcccttttgacacgcggcgaggtatttatagaacgactggagcgagtttcaaatgcctcgctactactccgtaaaaggaaaatatcggttgtcggactataaaaaagttataggcatcccaatgagtgtgtctatgcatttcgcaatgtggcaa
gi|5 : TCGAACA-TA-AAA---CATAT----CC--AA-----G----GCAA--T--CT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTC-CCTTTTT-TGCGC-GC--AG-AGA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-TAAA----AGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAttaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAACA-TA-AAA---CATAT----AC--AA-----GG---T--AA-T--AT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CGA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGTAAA----AGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAac
gi|10 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAACA-TA-AAA---CATAT----TC--AA-----GG---T--AA-T--AC-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTT-TCCTTTG-TGCGC-GC--GG-AGA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGTAAA----AGG---AAATT------TGGG-----------------C-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACA
gi|2 : atttatattttttttattatttatttatcgatagatttatttattgattttaaaagattcagatacctgtgaagcgatgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAACA-TA-AAA---CATAT----CC--AA-----GG---T--AA-T--AT-A-T--T----TGT-AT--TGTTGGT-TTTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA-TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC---GTA----AAG---GAATT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAA
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAACA-TA-AAA---CGTAT----CC--AA-----GG---T--A-----AT-A-TA-T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTC-CC--TTT-TGCAC-GC--GG-CG---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GTAAA----AGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACa
gi|3 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgTCGAACA-TTTAAA---CATAT----CC--AAC----G----T--AA-TG-AT-A-A--T----TGTTAT--TGTTGGG-TTTC-CCTTTTT-TGCACAGC--GGGCAA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGTACA----AAGGAAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATACta
gi|17 : gtatttatattttatagaagattttttaaatcattattatgatagattatttattgatctaacttcactatcagatcctaccggggaagcgacgaagcacatgtcaggtcatgaatacttgagataccaaaggttttatttgcattttatactaacaaacccgatatcttaattaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgTCGAACA-AA-AAA---TA-AT----CC--AA-----GGTAAT--A--C--AT-G-T--TATTTTAT-AT--TGTTGGC-TTT---CCTTGG-TGCAC-AT--GG-AGC--TA-TTGTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA---TA--A----A--------------AGG---A--------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATca
gi|25 : CAAACA-AT-AAA---CATAT----CC--AA-----GG---T--AA-T--AT-A-T--T----CTT-AT--TGTTGGT-TTTT-TTCATGG-TGTAT-GC--GT-TGC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-taaaa
gi|33 : CAAACA-TA-AAA---C--AT----CC--AAG----G----TA-A--T--AT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-
gi|1 : GAACACTA-AAATGACCTATTATTCC--AAATCGGG----T--A--TTTAT-A-T--T----TAT-AT--GTTTGGTGTTTT-CCCTTTT-GACAC-GC--GG-CGAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGTAAA----AGGA--AAATA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGC-A-ATG-T-
gi|11 : tcatattttatagatagcgatttttcaaattcatttaatttattgatagatttatctatgcattagacaattcactttcaactacccatgacacgcacgacacgtgtcaggtcatgaatacgttgaagaaccaaagggtttttatgcaatttattactacaacactcgcgtaccttcctagtcgattaaagaaaacaaaaatctcgattcaaaataccttagttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcgAATA-TA-ATA---TATTT----TC--AA-----A-------A--T--ATTA-T--T----TAT-ATATTGTTGGT-TTT--CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-AGC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCATAAA----AGG---AA-TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAAggcaa
gi|4 : AACA-TA-A-----CATAT----CC--AAT----G----T--AAAT--AT-A-T--T----TAT-AT--TGGTTGT-TTTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CG---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCC---GTTAAA-AGG---AA--T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACAac
gi|16 : atttatattttatagacggattttttttaaatattatttattgatagatctatttatggattaacattcacttcaggagccatacccgtgaaagcacgaagacacgtgtttcagttcatgaatacttgcaagaaccaaaggttttatatgacattttaatttactaccaacaaccgataccttagaaaagaaaaacaaaaatatcaaataccgtagtagcagatgtgttcactttattctacataacatataaacagttgcgctcAACA-TA-AAA---CATAT----CCC-AACG---G----T--A-----AT-AAT--T----TAT-AT--TGTT-GT-TTTT-CCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C----TATTTATA-----ACA--CCT--------GAG-T-T-CAG-------------T-A--CCCATAAA----AAGTA-AAATT------T-GG----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-C-A-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAA
gi|13 : aACA-TA-AAA---CATAT----CCCAAG-----G----T--AA-T--AT-A-T--T----TGT-AT--TGTTGGT-TTT--CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GTAAA----AGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAa
gi|9 : A-CA-AAA---CATAC----TC--AA-----G----C--A--T--AT-A-T--T----TAT-AT--TGTTGGT-TTTC-CCCTTTT--GCAC-GC--GG-AGA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTTA------AGG---AAATT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAA
gi|21 : tatatttatagaaagattttaaaattatttattttcattgattaacattcagatacccgtgaacgacgaaacgacgtgtcaggtcagtgaatactaaaagataccacaggtttttaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA---CATAT----CC--AA-----GG---T--AA-T--GT-A-T--T----TGT-AT--TGTTGGT-TTTT-TCCTTGG-TGCGT-TT--GG-TGT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGTAAA----AGG---AAATG------TGGac
gi|15 : ----CT--AA-----G----TT-A--T--AT-A-TCAT----TAT------GTTGGA-ATT--CCCTTGA-TGCA--AT--AG-AAAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGTAAA----AGG---AAATTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-cagggc
gi|19 : -A-T--T----TAT-AT--TGTTGGA-TATT-CCCTTAG-TGTGA-GA--TG-AGC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCATAAA----AGG---AAATT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttccat
gi|20 : ----TAT-AT--AGTTGGT-TT---CCCTTGG-TGCAC-AC-----------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCATAAA----ATA---AAACC------TGGA----CGG-ACT-TG-AAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAac
gi|12 : TT-CCCTTGA-TGCGC-GT--GT-AAC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGTAAA----AGG---AAAAT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|18 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaT-CCCTTTGATGCGC-AT--GT-AAAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGTAAA----AGG---AAAAT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ttccat
gi|24 : aaatctacatgtatcatgtagggagA--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTATAAA----AGA---AAGTT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTttc
gi|23 : aTGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCC---TTTAAAAGG---AAATT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAA
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGTAAA----AGG---AAATT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAa
gi|26 : --AC-T-ATTCCCATAAA----AGG---AAATT------TGAG----TAG-TCA-T-AAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATACta
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : AAAA-G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|30 : t-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAA
gi|32 : aa-G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAA
gi|31 : -G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAAa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 33333333333333333 222222222222 2222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111 1111111
lowQualScore : 3 44 55 3 7 88 7 3 3 1111 3 3 00000000000000000 55 3 4 4 000000000000 4 4 4 55 4 1111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5 444 5555 5555 4 6666 4 0000000000000000 2 333 333 2 2 6 888 1 22 6666666 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . .... . . ................. .. . . . ............ . . . .. . ....... ...................................................................................................... . . ... .... .... . .... . ................ . ... ... . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 88 00 6 3 00 3 6 6 4444 6 6 22222222222222222 00 6 0 0 555555555555 0 0 0 88 0 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 0 111 0000 0000 7 9999 4 1111111111111111 0 555 555 0 0 0 000 9 66 5555555 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 0 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTTTAAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAG-----A-C-TAC--CCGTG-A-AGCG-A------------CGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTACCAACAACCGATACCTTAGAAAAGAAAAACAAAAATATCAAATACCGTAGTAGCAGATGTGTTCACTTTATTCTACATNNTCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----CC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTTTAAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAG-----A---TAC--CCGTG-A-AGCG-A------------CGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----CC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGA--TTTTTCAAATTCAT-TTAATTTATTGATAGA-TTTATCTATGCAT-T----AGACAATTCACT-TTCAA-----C---TAC--CCATG-A-CACGCA------------CGA---C-AC-GTG-T-CAGGTCA-TGAATACGT-T---GAAGAACCAAAGGGTT
gi|1 : GAACACTA-AAATGACC----TATTATTCC-AAATCGGGTATTTATAT------T---------TAT-AT---GTTTG---G-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GC--GG-C-GAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-Ttttatgcaatttattactacaacactcgcgtaccttcctagtcgattaaagaaaacaaaaatctcgattcaaaataccttagttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcggaacactaaaatgacctattattccaaatcgggtatttatatttatatgtttggtgttttcccttttgacacgcggcgaggtatttatagaacgactggagcgagtttcaaatgcctcgctactactccgtaaaaggaaaatatcggttgtcggactataaaaaagttataggcatcccaatgagtgtgtctatgcatttcgcaatgtggcaa
gi|10 : tcatattttatagatagcgatttttcaaattcatttaatttattgatagatttatctatgcattagacaattcactttcaactacccatgacacgcacgacacgtgtcaggtcatgaatacgttgaagaaccaaagggtttttatgcaatttattactacaacactcgcgtaccttcctagtcgattaaagaaaacaaaaatctcgattcaaaataccttagttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcgATTTATATTTT---------------TTTTA--TT-AT-TTA-TTTATCGATAGA-TTTATTTATTGAT-TTTAAA-AGA-TTCA-------G-----A---TAC--CTGTG-A-AGCG-A------------TGAAG-N-NN-NNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----TC-AA----GGTAAT-ACAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CG----------------T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAgtggcaa
gi|11 : AATA-TA-ATA---TA----TTT----TC-AA----AATATT-ATTT------A---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GT--GT-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AAA---CA----TAT----CCCAA----GGTAAT-ATAT------T---------TGT-AT---TGTTG---G-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTTTAAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAG-----ACC-TA---CCGGG-A-AGCG-A------------CGAAG-C-ACAATG-TTCAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTT
gi|15 : A----AGTTAT-ATATCA----T---------TAT-------GTTG---G-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--AT--AG-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-ttatgcattttattactacaacaccgtatctta
gi|16 : ctAACA-TA-AAA---CA----TAT----CCCAAC---GGTAAT-A-AT------T---------TAT-AT---TGTTG-----T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C-----TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : aTCGAACA-AA-AAA---TA-----AT----CC-AA----GGTAAT-ACATGTTATTT---------TAT-AT---TGTTG---G-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-AT--GG-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-AT--GT-A-AAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GA--TG-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTTTAAATTAATGTTATTTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-TA---A-ACA-TTCACT-T-CAG-----ACCTTAC--CCGGG-AGAGCG-A------------CGAAG-C-AC-ATG-TTCAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTac
gi|2 : TCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----CC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------TGT-AT---TGTTG---GTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---------TAT-AT---AGTTG---G-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : AA---CA----TAT----CC-AA----GGTAAT-GTAT------T---------TGT-AT---TGTTG---G-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TT--GG-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : A--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : aCAAACA-AT-AAA---CA----TAT----CC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------CTT-AT---TGTTG---G-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GC--GT-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-A--GA--TTTTTTAAATC-A--TTA--TTA-TGATAGA--TTATTTATTGATCT----A-AC--TTCACTAT-CAG-----ATCCTAC--CGGGG-A-AGCG-A------------CGAAG-C-AC-ATG--TCAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTT
gi|3 : TCGAACA-TTTAAA---CA----TAT----CC-AA----CGTAATGATAA------T---------TGTTAT---TGTTG---G-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGC--GGGC-AA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATACtatttgcattttatactaacaaacccgatatcttaattaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacatttaaacatatccaacgtaatgataattgttattgttgggtttcccttttttgcacagcgggcaatatttttaacactggcacagagtgcaatcgcgacttactcccgtacaaaggaaaaatttgggcgggacttaaaacatatggaaccaaatgaaggagatttcttaatgcatttcgcaattgcaaatacca
gi|30 : gtatttatattttatagaagattttttaaatcattattatgatagattatttattgatctaacttcactatcagatcctaccggggaagcgacgaagcacatgtcaggtcatgaatacttgagataccaaaggttttatttgcattttatactaacaaacccgatatcttaattaaagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcg-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : CAAACA-TA-AAA---CA----T------CC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAA-T-A--TTA-TTTATTGATAGA-TCTATTTATGGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAGGAGCCA---TAC--CCGTGAA-AGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC---AAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTACCAACAACCGATACCTTAGAAAAGAAAAACAAAAATATCAAATACCGTAGTAGCAGATGTGTTCACTTTATTCTACAT-----AACA-TATAAA---CAGTTGCGC----TC-AA----CATAAC-ATAT------CCAATGTAAATAT-ATTTATATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GA--TTTTTAAAATT-AT-TTA-TTT---------------TTATTGAC-T----A-ACA-TTCA-------G-----A---TAC--CCGTG-A-AGCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAACACTT-TTAAAAGATACCAAAAGTTT
gi|5 : TCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----CC-AA----GGCAAT-CTAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GC--AG-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTTTAAATT-A-------TTATTGAAAAT-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAG-----A----ACTACCGTG-A-AGCG-A------------CGAAG-C--C-GT--TTCAGGTCA-TGAATAC-T-T---GA-ATACCAAAGGTTTac
gi|6 : TCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----AC-AA----GGTAAT-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GA--TTTTT--AATT-AT-TTA-TT-ATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-T-CAG-----ACC-TAC--CCGTG-
gi|7 : cgctTCGAACA-TA-AAA---CG----TAT----CC-AA----GGTAAT-ATAT------T----------AT-AT---TGTTG---G-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GC--GG-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GA--TTTTTTAAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAA-T----A-ACA-TTCA-------G-----A---TAC--CCGTG-A-AGCG-A------------TGAAG-C-AC-GTG-TTCAGGTCA-TGAATACTT-TTA-AAGATACCAAAGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGAACA-TA-AAA---CA----TAT----CC-AA----G-TA-T-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GA--TTTTA-AAATT-AT-TTA-TTT---------------TCATTGAT-T----A-ACA-TTCA-------G-----A---TAC--CCGTG-A-A-CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG--TCAGGTCAGTGAATACTA-A---AAGATACCACAGGTTT
gi|9 : A-CA-AAA---CA----TAC----TC-AA----GC--AT-ATAT------T---------TAT-AT---TGTTG---G-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAttaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 333333 222222222222 2222222 1 1 22 1 11 333333333333333333 222222 33333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 3 3 888 7 3 4 7 2 1 3 3 1111 3 3 777 3 555555 4 4 4 000000000000 4 4 4 55 4 1111111 1 8 55 4 666 11 111111111111111111 6 1 333333 1 99999999999999999999999999999 555 2 2 444 5555 4 6666 2 4 888888 2 2 2 6 888 1 22 6666666 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . .... . . ... . ...... . . . ............ . . . .. . ....... . . .. . ... .. .................. . . ...... . ............................. ... . . ... .... . .... . . ...... . . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 666 3 6 4 3 1 2 6 6 4444 6 6 111 6 555555 0 0 0 555555555555 0 0 0 88 0 2222222 6 8 22 5 888 77 666666666666666666 8 8 000000 6 11111111111111111111111111111 000 5 5 111 0000 7 9999 2 4 999999 0 0 0 0 000 9 66 5555555 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 0 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTATATG-CATTTTA--TTACTANCAACANCCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAGTAGCAGATGTGTTCACTTTATTCTACATAA-------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTACCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAGTAGCAGATGTGTTCACTTTATTCTACATNN-------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCAT-TTAATTTATTGATAGA-TTTATCTATGCAT-T----AGACAATTCACT-TTCA-A---C--TACCCATGA-C-ACGCA------------CGA---C-AC-GTGT--CAGGTCA-TGAATACGT-T---GAAGAACCAAAGGGTTTTTATG-CAATTTA--TTACTA-CAACACTCGCGTACCTTCCT------AGTCGATTAAAG-AAAACAAAAATCTCGATTCAAAATACCTTAGT
gi|1 : G---AACACTA-AAATGACCTATTATTCC-AAATCGGGT-ATTTATAT------TTAT-ATGTTTGG-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GC--GG-C-GAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-Ttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcggaacactaaaatgacctattattccaaatcgggtatttatatttatatgtttggtgttttcccttttgacacgcggcgaggtatttatagaacgactggagcgagtttcaaatgcctcgctactactccgtaaaaggaaaatatcggttgtcggactataaaaaagttataggcatcccaatgagtgtgtctatgcatttcgcaatgtggcaa
gi|10 : tcatattttatagatagcgatttttcaaattcatttaatttattgatagatttatctatgcattagacaattcactttcaactacccatgacacgcacgacacgtgtcaggtcatgaatacgttgaagaaccaaagggtttttatgcaatttattactacaacactcgcgtaccttcctagtcgattaaagaaaacaaaaatctcgattcaaaataccttagttatcaatttctgttgtcacactctttcttcagacaagacataatagcaacatgttagcgaggttcgATTTATATTTT-------------TTTT--A--TT-AT-TTA-TTTATCGATAGA-TTTATTTATTGAT-TTTAAA-AGA-TTCA------G-A------TACCTGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-N-NN-NNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNNN-N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----TC-AA----GGT-AAT-ACAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CG----------------T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAgtggcaa
gi|11 : ---AATA-TA-ATA---TATTT----TC-AA----AAT-ATT-ATTT------ATAT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GT--GT-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AAA---CATAT----CCCAA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TA-CCGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-ACAATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-CATTTTA--TTACTA-CAAC-ACCG--TATCT---T------A---
gi|15 : A----AGT-TAT-ATATCA----TTAT----GTTGG-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--AT--AG-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-
gi|16 : ct---AACA-TA-AAA---CATAT----CCCAAC---GGT-AAT-A-AT------TTAT-ATTGTTG--T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C-----TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : a-------------T-------------CG---AACA-AA-AAA---TA-AT----CC-AA----GGT-AAT-ACATGTTATTTTAT-ATTGTTGG-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-AT--GG-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-AT--GT-A-AAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------TTAT-ATTGTTGG-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GA--TG-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATTAATGTTATTTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-TA---A-ACA-TTCACT-TCAG-A---CCTTACCCGGGAGA-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATGac
gi|2 : -------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGGTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATAGTTGG-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : AA---CATAT----CC-AA----GGT-AAT-GTAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TT--GG-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : A--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : a-------------CA---AACA-AT-AAA---CATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TCTT-ATTGTTGG-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GC--GT-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-AG--ATTTTTT--AAATC-AT-T-A-TT-AT-GATAGA-TT-ATTTATTGATCT----A-AC--TTCACTATCAG-ATC-C--TACCGGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGT--CAGGTCA-TGAATACTT-----GAGATACCAAAGGTTTTATTTG-CATTTTA---TACTAACAA-ACCCG-ATATCT---TAATTAAA---GA--AANNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGT-------------CG---AACA-TTTAAA---CATAT----CC-AA----CGT-AATGATAA------TTGTTATTGTTGG-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGC--GGGC-AA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATAC
gi|30 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : -------------CA---AACA-TA-AAA---CAT------CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAAT--AT-T-A-TTTATTGATAGA-TCTATTTATGGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-GAGCCA-TACCCGTGA-AAGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC---AAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTACCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAGTAGCAGATGTGTTCACTTTATTCTACATAA-------------CATATAAACAGTTGCGCTCAACA-T---AA---CATAT----CC-AA----TGTAAAT-ATAT------TTAT-ATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GATTTTTA--AAATT-AT-TTA-TTT---------------TTATTGAC-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAACACTT-TTAAAAGATACCAAAAGTTTT
gi|5 : -------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----CC-AA----GGC-AAT-CTAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GC--AG-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-T------ATTGAAAAT-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAGAA---C--TA-CCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C--C-GT-TT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GA-ATACCAAAGGTTTTac
gi|6 : -------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----AC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTT----AATT-AT-TTA-TT-ATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TACCCGTG
gi|7 : cgct-------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CGTAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------T-AT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GC--GG-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAA-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-TTA-AAGATACCAAAGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------T-------------CG---AACA-TA-AAA---CATAT----CC-AA----G-T-A-T-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GATTTTA---AAATT-AT-TTA-TTT---------------TCATTGAT-T----A-ACA------T-TCAG-A------TACCCGTGA-A--CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG-T-CAGGTCAGTGAATACTA-A---AAGATACCACAGGTTTT
gi|9 : A-CA-AAA---CATAC----TC-AA----GC---AT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAtaatgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 333333 222222222222 2222222 1 11 1 11 33333333333333 11 222222 1 1111 2222 777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111111
lowQualScore : 3 3 000 7 3 4 7 2 1 3 3 1111 3 3 3 3 3 555555 4 4 4 000000000000 4 4 4 66 4 3333333 3 5 11 2 6 2 8 33 77777777777777 33 8 1 888888 1 0 1 7777 1 1111 8 333333333333333333333333333333333333333333 55555555 2 2 444 5555 4 6666 2 4 888888 2 2 2 6 888 1 22 6666666 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . .... . . . . . ...... . . . ............ . . . .. . ....... . . .. . . . . .. .............. .. . . ...... . . . .... . .... . .......................................... ........ . . ... .... . .... . . ...... . . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 888 3 6 4 3 1 2 6 6 4444 6 6 6 6 6 555555 0 0 0 555555555555 0 4 4 33 4 2222222 9 7 00 8 6 2 8 88 00000000000000 88 2 0 888888 0 0 8 8888 8 2222 2 777777777777777777777777777777777777777777 44444444 5 5 111 0000 7 9999 2 4 999999 0 0 0 0 000 9 66 5555555 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 0 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-CAACACCCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTATATG-CATTTTA--TTACTANCAACANCCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TAGCAGA--TGTGTT----CACTTTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCAT-TTAATTTATTGATAGA-TTTATCTATGCAT-T----AGACAATTCACT-TTCA-A---C--TACCCATGA-C-ACGCA------------CGA---C-AC-GTGT--CAGGTCA-TGAATACGT-T---GAAGAACCAAAGGGTTTTTATG-CAATTTA--TTACTA-CAACACTCGCGTACCTTCCT------AGTCGATTAAAG-AAAACAAAAATCTCGATTCAAAATACCTTAGTTATCA-ATTTCTGTTGTCACACTCT-TTCTTCAGACAAGACATAA-------------TAGCAACATGTTAGCGAGGTTCGGAACACTA-AAATGACCTATTATTCC-AAATCGGGT-ATTTATAT------TTAT-ATGTTTGG-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GC--GG-C-GAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-T
gi|10 : ATTTATATTTT-----------TTTT------ATT-AT-TTA-TTTATCGATAGA-TTTATTTATTGAT-TTTAAA-AGA------T-TCAG-A------TACCTGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-gtggcaa
gi|10 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----TC-AA----GGT-AAT-ACAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG-----------------C-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatattcaaggtaatacatttatattgttggttttttcctttgtgcgcgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgctgactactctcgtaaaaggaaatttgggcgtatggaccaatgagagtttctaatgcattttgcgattgtaataca
gi|11 : atttatattttttttattatttatttatcgatagatttatttattgattttaaaagattcagatacctgtgaagcgatgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------AATA-TA-AT---ATATTT----TC-AA----AAT-ATT-ATTT------ATAT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GT--GT-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AA---ACATAT----CCCAA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TA-CCGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-ACAATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-CATTTTA--TTACTA-CAACA-CCG--TATCT---T------A---
gi|15 : A----AGT-TAT-ATATCA----TTAT----GTTGG-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--AT--AG-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-
gi|16 : ct--------AACA-TA-AA---ACATAT----CCCAAC---GGT-AAT-A-AT------TTAT-ATTGTTG--T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C-----TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : a-------------T-------------CG--------AACA-AA-AA---ATA-AT----CC-AA----GGT-AAT-ACATGTTATTTTAT-ATTGTTGG-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-AT--GG-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-AT--GT-A-AAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------TTAT-ATTGTTGG-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GA--TG-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATTAATGTTATTTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-TA---A-ACA-TTCACT-TCAG-A---CCTTACCCGGGAGA-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-ac
gi|2 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGGTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATAGTTGG-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : A---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-GTAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TT--GG-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : A--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : a-------------CA--------AACA-AT-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TCTT-ATTGTTGG-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GC--GT-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-AG--ATTTTTT--AAATC-AT-T-A-TT-AT-GATAGA-TT-ATTTATTGATCT----A-AC--TTCACTATCAG-ATC-C--TACCGGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGT--CAGGTCA-TGAATACTT-----GAGATACCAAAGGTTTTATTTG-CATTTTA--T-ACTAACAA-ACCCG-ATATCT---TAATTAAA---GA--AANNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNGCGT-------------CG--------AACA-TTTAA---ACATAT----CC-AA----CGT-AATGATAA------TTGTTATTGTTGG-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGC--GGGC-AA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATAC
gi|30 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : -------------CA--------AACA-TA-AA---ACAT------CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAAT--AT-T-A-TTTATTGATAGA-TCTATTTATGGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-GAGCCA-TACCCGTGA-AAGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC---AAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTACCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAG-TAGCAGA--TGTGTT----CACTTTATTCT---------ACATAA-------------CATATAAACAGTTGCGCTC-----AACA-T---A---ACATAT----CC-AA----TGTAAAT-ATAT------TTAT-ATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GATTTTTA--AAATT-AT-TTA-TTT---------------TTATTGAC-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAACACTT-TTAAAAGATACCAAAAGTTTT
gi|5 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGC-AAT-CTAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GC--AG-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-T------ATTGAAAAT-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAGAA---C--TA-CCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C--C-GT-TT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GA-ATACCAAAGGTTTTac
gi|6 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----AC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTT----AATT-AT-TTA-TT-ATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TACCCGTG
gi|7 : cgct-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACGTAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------T-AT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GC--GG-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAA-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-TTA-AAGATACCAAAGGTTTNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNN----------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----G-T-A-T-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GATTTTA---AAATT-AT-TTA-TTT---------------TCATTGAT-T----A-ACA------T-TCAG-A------TACCCGTGA-A--CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG-T-CAGGTCAGTGAATACTA-A---AAGATACCACAGGTTTTTAATG-C
gi|9 : A-CA-AA---ACATAC----TC-AA----GC---AT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 333333 222222222222 2222222 1 11 33333333333333 11 222222 1 1111 2222 777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111111
lowQualScore : 3 3 000 7 3 4 7 2 1 3 3 1111 3 3 3 3 3 555555 4 4 4 000000000000 4 4 4 66 4 3333333 2 5 11 2 888 2 2 8 77777777777777 33 8 1 888888 1 0 1 7777 1 1111 8 555555555555555555555555555555555555555555 55555555 2 2 444 5555 4 6666 2 4 888888 2 2 2 6 888 1 22 6666666 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . .... . . . . . ...... . . . ............ . . . .. . ....... . . .. . ... . . . .............. .. . . ...... . . . .... . .... . .......................................... ........ . . ... .... . .... . . ...... . . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 888 3 6 4 3 1 2 6 6 4444 6 6 6 6 6 555555 0 0 0 555555555555 0 4 4 33 4 2222222 1 7 00 8 222 2 2 0 00000000000000 88 2 0 888888 0 0 0 8888 0 2222 2 222222222222222222222222222222222222222222 44444444 5 5 111 0000 7 9999 2 4 999999 0 0 0 0 000 9 66 5555555 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 0 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCAT-TTAATTTATTGATAGA-TTTATCTATGCAT-T----AGACAATTCACT-TTCA-A---C--TACCCATGA-C-ACGCA------------CGA---C-AC-GTGT--CAGGTCA-TGAATACGT-T---GAAGAACCAAAGGGTTTTTATG-CAATTTA--TTACTA-C-AACACTCGCGTACCTTCCT------AGTCGATTAAAG-AAAACAAAAATCTCGATTCAAAATACCTTAGTTATCA-ATTTCTGTTGTCACACTCT-TTCTTCAGACAAGACATAA-------------TAGCAACATGTTAGCGAGGTTCGGAACACTA-AAATGACCTATTATTCC-AAATCGGGT-ATTTATAT------TTAT-ATGTTTGG-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GC--GG-C-GAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-T
gi|10 : ATTTATATTTT-----------TTTT------ATT-AT-TTA-TTTATCGATAGA-TTTATTTATTGAT-TTTAAA-AGA------T-TCAG-A------TACCTGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-gtggcaa
gi|10 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----TC-AA----GGT-AAT-ACAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG-----------------C-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatattcaaggtaatacatttatattgttggttttttcctttgtgcgcgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgctgactactctcgtaaaaggaaatttgggcgtatggaccaatgagagtttctaatgcattttgcgattgtaataca
gi|11 : atttatattttttttattatttatttatcgatagatttatttattgattttaaaagattcagatacctgtgaagcgatgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------AATA-TA-AT---ATATTT----TC-AA----AAT-ATT-ATTT------ATAT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GT--GT-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AA---ACATAT----CCCAA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TA-CCGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-ACAATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACC---GTATCT---T------A---
gi|15 : A----AGT-TAT-ATATCA----TTAT----GTTGG-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--AT--AG-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-
gi|16 : ct--------AACA-TA-AA---ACATAT----CCCAAC---GGT-AAT-A-AT------TTAT-ATTGTTG--T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C-----TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : a-------------T-------------CG--------AACA-AA-AA---ATA-AT----CC-AA----GGT-AAT-ACATGTTATTTTAT-ATTGTTGG-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-AT--GG-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-AT--GT-A-AAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------TTAT-ATTGTTGG-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GA--TG-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATTAATGTTATTTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-TA---A-ACA-TTCACT-TCAG-A---CCTTACCCGGGAGA-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-ac
gi|2 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGGTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATAGTTGG-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : A---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-GTAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TT--GG-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : A--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : a-------------CA--------AACA-AT-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TCTT-ATTGTTGG-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GC--GT-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-AG--ATTTTTT--AAATC-AT-T-A-TT-AT-GATAGA-TT-ATTTATTGATCT----A-AC--TTCACTATCAG-ATC-C--TACCGGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGT--CAGGTCA-TGAATACTT-----GAGATACCAAAGGTTTTATTTG-CATTTTA--T-ACTAAC-AA-ACCCG-ATATCT---TAATTAAA---GA--AANNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNGCGT-------------CG--------AACA-TTTAA---ACATAT----CC-AA----CGT-AATGATAA------TTGTTATTGTTGG-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGC--GGGC-AA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATAC
gi|30 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : -------------CA--------AACA-TA-AA---ACAT------CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAAT--AT-T-A-TTTATTGATAGA-TCTATTTATGGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-GAGCCA-TACCCGTGA-AAGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC---AAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTA-CCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAG-TAGCAGA--TGTGTT----CACTTTATTCT---------ACATAA-------------CATATAAACAGTTGCGCTC-----AACA-T---A---ACATAT----CC-AA----TGTAAAT-ATAT------TTAT-ATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GATTTTTA--AAATT-AT-TTA-TTT---------------TTATTGAC-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAACACTT-TTAAAAGATACCAAAAGTTTT
gi|5 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGC-AAT-CTAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GC--AG-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-T------ATTGAAAAT-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAGAA---C--TA-CCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C--C-GT-TT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GA-ATACCAAAGGTTTTac
gi|6 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----AC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTT----AATT-AT-TTA-TT-ATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TACCCGTG
gi|7 : cgct-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACGTAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------T-AT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GC--GG-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAA-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-TTA-AAGATACCAAAGGTTTNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN-N-NNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNN---------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----G-T-A-T-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GATTTTA---AAATT-AT-TTA-TTT---------------TCATTGAT-T----A-ACA------T-TCAG-A------TACCCGTGA-A--CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG-T-CAGGTCAGTGAATACTA-A---AAGATACCACAGGTTTTTAATG-C
gi|9 : A-CA-AA---ACATAC----TC-AA----GC---AT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 333333 222222222222 2222222 1 11 33333333333333 11 222222 1 1111 2222 777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111111
lowQualScore : 3 3 000 7 3 4 7 2 1 3 3 1111 3 3 3 3 3 555555 4 4 4 000000000000 4 4 4 66 4 3333333 2 5 11 2 888 2 2 8 77777777777777 33 8 1 888888 1 0 1 7777 1 1111 8 555555555555555555555555555555555555555555 55555555 2 2 444 5555 4 6666 2 4 888888 2 2 2 6 888 1 22 6666666 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . .... . . . . . ...... . . . ............ . . . .. . ....... . . .. . ... . . . .............. .. . . ...... . . . .... . .... . .......................................... ........ . . ... .... . .... . . ...... . . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 888 3 6 4 3 1 2 6 6 4444 6 6 6 6 6 555555 0 0 0 555555555555 0 4 4 33 4 2222222 1 7 00 8 222 2 2 0 00000000000000 88 2 0 888888 0 0 0 8888 0 2222 2 222222222222222222222222222222222222222222 44444444 5 5 111 0000 7 9999 2 4 999999 0 0 0 0 000 9 66 5555555 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 0 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCAT-TTAATTTATTGATAGA-TTTATCTATGCAT-T----AGACAATTCACT-TTCA-A---C--TACCCATGA-C-ACGCA------------CGA---C-AC-GTGT--CAGGTCA-TGAATACGT-T---GAAGAACCAAAGGGTTTTTATG-CAATTTA--TTACTA-C-AACACTCGCGTACCTTCCT------AGTCGATTAAAG-AAAACAAAAATCTCGATTCAAAATACCTTAGTTATCA-ATTTCTGTTGTCACACTCT-TTCTTCAGACAAGACATAA-------------TAGCAACATGTTAGCGAGGTTCGGAACACTA-AAATGACCTATTATTCC-AAATCGGGT-ATTTATAT------TTAT-ATGTTTGG-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GC--GG-C-GAGGTATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-T
gi|10 : ATTTATATTTT-----------TTTT------ATT-AT-TTA-TTTATCGATAGA-TTTATTTATTGAT-TTTAAA-AGA------T-TCAG-A------TACCTGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-gtggcaa
gi|10 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----TC-AA----GGT-AAT-ACAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG-----------------C-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatattcaaggtaatacatttatattgttggttttttcctttgtgcgcgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgctgactactctcgtaaaaggaaatttgggcgtatggaccaatgagagtttctaatgcattttgcgattgtaataca
gi|11 : atttatattttttttattatttatttatcgatagatttatttattgattttaaaagattcagatacctgtgaagcgatgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------AATA-TA-AT---ATATTT----TC-AA----AAT-ATT-ATTT------ATAT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GT--GG-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GT--GT-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-T-AAAC-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AA---ACATAT----CCCAA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TA-CCGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-ACAATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACC---GTATCT---T------A---
gi|15 : A----AGT-TAT-ATATCA----TTAT----GTTGG-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--AT--AG-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-
gi|16 : ct--------AACA-TA-AA---ACATAT----CCCAAC---GGT-AAT-A-AT------TTAT-ATTGTTG--T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCTAGG-C-----TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : a-------------T-------------CG--------AACA-AA-AA---ATA-AT----CC-AA----GGT-AAT-ACATGTTATTTTAT-ATTGTTGG-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-AT--GG-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-AT--GT-A-AAC-TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------TTAT-ATTGTTGG-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GA--TG-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATTAATGTTATTTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-TA---A-ACA-TTCACT-TCAG-A---CCTTACCCGGGAGA-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GAGATACCAAAGGTTTT-TATG-ac
gi|2 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGGTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-CAAA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATAGTTGG-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : A---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-GTAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TT--GG-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : A--TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : a-------------CA--------AACA-AT-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TCTT-ATTGTTGG-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GC--GT-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-AG--ATTTTTT--AAATC-AT-T-A-TT-AT-GATAGA-TT-ATTTATTGATCT----A-AC--TTCACTATCAG-ATC-C--TACCGGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGT--CAGGTCA-TGAATACTT-----GAGATACCAAAGGTTTTATTTG-CATTTTA--T-ACTAAC-AA-ACCCG-ATATCT---TAATTAAA---GA--AANNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNGCGT-------------CG--------AACA-TTTAA---ACATAT----CC-AA----CGT-AATGATAA------TTGTTATTGTTGG-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGC--GGGC-AA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATAC
gi|30 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : -------------CA--------AACA-TA-AA---ACAT------CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAAT--AT-T-A-TTTATTGATAGA-TCTATTTATGGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-GAGCCA-TACCCGTGA-AAGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATACTTGC---AAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTA-CCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAG-TAGCAGA--TGTGTT----CACTTTATTCT---------ACATAA-------------CATATAAACAGTTGCGCTC-----AACA-T---A---ACATAT----CC-AA----TGTAAAT-ATAT------TTAT-ATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GATTTTTA--AAATT-AT-TTA-TTT---------------TTATTGAC-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAACACTT-TTAAAAGATACCAAAAGTTTT
gi|5 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGC-AAT-CTAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GC--AG-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-T------ATTGAAAAT-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAGAA---C--TA-CCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C--C-GT-TT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T---GA-ATACCAAAGGTTTTac
gi|6 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----AC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GC--GG-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTT----AATT-AT-TTA-TT-ATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-AC--C--TACCCGTG
gi|7 : cgct-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACGTAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------T-AT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GC--GG-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAA-T----A-ACA-TTCA------G-A------TACCCGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-TTA-AAGATACCAAAGGTTTNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN-N-NNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNN---------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----G-T-A-T-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GATTTTA---AAATT-AT-TTA-TTT---------------TCATTGAT-T----A-ACA------T-TCAG-A------TACCCGTGA-A--CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG-T-CAGGTCAGTGAATACTA-A---AAGATACCACAGGTTTTTAATG-C
gi|9 : A-CA-AA---ACATAC----TC-AA----GC---AT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GC--GG-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
blockSeqs : . . TTT A G T T T C T C TTAA . . C A A AGCCA G A . CGAACCCGGCGA A G A TT G TTTTAA A A AT T AC C C . TAATTAAA . N N . N . N NN N . N NNNNNNNNNNNNNNNNGCGT CTC . T . . C C A G GTTATT T T . T TGA A TA AAAAC AGC . CA C A A . A G C . A T C T C TA AA TGCCAA . G . A G . A A A A A AG A AA T C T C A
blockSeqs : . . T . . T . T T . . A . . C . . CCT . . . . . . . T . TTTTA A . . T CC C C . TA . A A . G . G GA G . A ACATAACATATAAACAGTTG . . . . . C . . . CA . . . T TG . . AAAC . . . . . . . . G T . . C C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T T . . . . . C . . TCC . . . . . . . T . TTGC N . . N C N N . TA . N N . N . N NN N . N NNNNNNNNNNT . . . . . . . . . . . . . T GG . . CAAA . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T T . . . . . C . . CC . . . . . . . T . TAA T . . . N . . . NN . . . . . . . . . . . . . T GA . . GCAA . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . T . T T . . . . . C . . CC . . . . . . . T . TT . . . . . . . . . . . . . . . T TT . . AGA . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T T . . . . . C . . C . . . . . . . T . TT . . . . . . . . . . . . . . . T GA . . AGC . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T T . . . . . . . . . . . . . . . . T . TT . . . . . . . . . . . . . T GG . . AAC . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . T GG . . CAA . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AG . . AGC . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TT . . AGC . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C GG . . TGT . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T GG . . TGC . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T GG . . AGA . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C TT . . CGA . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TT . . CGA . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TT . . AGA . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TT . . CG . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . CG . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C . . . . . . . . . C . . . C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CC**** T* TT***** C** TA************ ******** *** **** **** AGN**** C** ** ** **** ** ****
originalCons : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-A---C--TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-T---GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GG-C-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
finalCons : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AT-TTA-TTTATTGATAGA-TTTATTTATTGAT-T----A-ACA-TTCACT-TCAG-ACC----TACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATACTT-----GAGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTAC--AACACCCG-GTACCTTA------------GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GC--GGAGN----TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA
Alignments
lowQualScore : 111 22222 222222222222 1111111 1 11 33333333333333 11 222222 1 1111 2222 777777777777777777777777777777777777777777 11111111
lowQualScore : 3 3 000 3 3 3 2 3 3 1 3 3 7777 3 3 3 77 3 44444 3 4 4 4 000000000000 4 4 4 1 4 4 4 4 8888888 2 5 11 2 888 2 2 8 77777777777777 33 8 1 888888 1 0 1 7777 1 1111 8 555555555555555555555555555555555555555555 55555555 2 2 444 5555 4 6666 2 4 888888 2 2 2 6 888 1 44 9999999 333 1 22 1 1 1 1 1 3 222 22 1 3 1 0 1 1 44 22 444444 3333 1 1 1 22 1 1 4444 1 1 22 1 22 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . ... . . . . . . . . . .... . . . .. . ..... . . . . ............ . . . . . . . . ....... . . .. . ... . . . .............. .. . . ...... . . . .... . .... . .......................................... ........ . . ... .... . .... . . ...... . . . . ... . .. ....... ... . .. . . . . . . ... .. . . . . . . .. .. ...... .... . . . .. . . .... . . .. . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 888 6 6 6 1 6 6 2 6 6 7777 6 6 6 33 6 11111 6 0 0 0 555555555555 0 4 4 9 4 4 4 4 7777777 1 7 00 8 222 2 2 0 00000000000000 88 2 0 888888 0 0 0 8888 0 2222 2 222222222222222222222222222222222222222222 44444444 5 5 111 0000 7 9999 2 4 999999 0 0 0 0 000 9 55 2222222 222 8 55 7 7 7 7 7 5 666 33 7 3 8 2 7 7 00 33 888888 5555 7 6 4 00 4 4 5555 4 4 00 4 00 4 4 5 5 5
consensus : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGATTT-ATTTATTGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGA--CC-T-ACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--AGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GCG--G-A-GN--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
Reference ( family-3715 ) : ACGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGATTT-ATTTATTGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGA--CC-T-ACCCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--AGATACCAAAGGTTTTNTATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACCCG-GTACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATNTC------AAATACCNTAG-TANCAGA--TNTGTT----CACTCTATTCT---------ACATAA-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTN-TGCGC-GCG--G-A-GN--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACAA
gi|1 : TCATATTTTATAGATAGCGATTTTTC--AAATTCA-T-TTAATTT-ATTGATAGATTT-ATCTATGCAT-T----AGA-CAATTCACTT-TCAA----C-T-ACCCATGA-C-ACGCA------------CGA---C-AC-GTG-T-CAGGTCA-TGAATACGT-T----G--AAGAACCAAAGGGTTTTTATG-CAATTTA--TTACTA-C-AACACTCGCGTACCTTCCT------AGTCGATTAAAG-AAAACAAAAATCTCGATTCAAAATACCTTAGTTATCA-ATTTCTGTTGTCACACTCT-TTCTTCAGACAAGACATAA-------------TAGCAACATGTTAGCGAGGTTCGGAACACTA-AAATGACCTATTATTCC-AAATCGGGT-ATTTATAT------TTAT-ATGTTTGG-TGTTTTCCCTTTT-GACAC-GCGGCG-A-GG--TATTTATA---GAACG--ACTGG-AG-C-GAGTT-T-CAAATGCCTCGCTAC-T-ACT-CCGT-A-AAAGGA-AAA--TA------TCGGTTGTCGG-ACTATAAAAA-AGTT-ATA-GGCATCC-CAA-TGA--GTG-T--GTCT--ATGCAT-TTCGCAA-T
gi|10 : ATTTATATTTT-----------TTTT------ATT-A-T-TTA-TTT-ATCGATAGATTT-ATTTATTGAT-TTTAAA-A-G-A------T-TCAGA-----T-ACCTGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-gtggcaa
gi|10 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----TC-AA----GGT-AAT-ACAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTTG-TGCGC-GCG--G-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCTCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG-----------------C-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTTGCGA-TTG-T-AATACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatattcaaggtaatacatttatattgttggttttttcctttgtgcgcgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgctgactactctcgtaaaaggaaatttgggcgtatggaccaatgagagtttctaatgcattttgcgattgtaataca
gi|11 : atttatattttttttattatttatttatcgatagatttatttattgattttaaaagattcagatacctgtgaagcgatgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--------AATA-TA-AT---ATATTT----TC-AA----AAT-ATT-ATTT------ATAT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTGG-TGCAT-GTG--G-A-GC--TATTTATA---G-ACT--CCTAA-TAAC-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAAGG--AA---TT------TGGG----CGG-ACT-TAAATC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-ATTGTAT-TTCGCAA-TCG-T-AATACAA
gi|12 : TTCCCTTGA-TGCGC-GTG--T-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--AC-T-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-ac
gi|13 : acatggcgaagttaaatctacatgtatcatgtagggaACA-TA-AA---ACATAT----CCCAA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTTT-TGCAC-GCG--G-C-AA--TATT-ATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-C-AATAttccat
gi|14 : GTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGATTTTATTTATTGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGA--CC-T-A-CCGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-ACAATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--AGATACCAAAGGTTTT-TATG-CATTTTA--TTACTA-C-AACACC---GTATCT---T------A---
gi|15 : A----AGT-TAT-ATATCA----TTAT----GTTGG-A-ATT-CCCTTGA-TGCA--ATA--G-A-AAACTATTTATA---G-ACG--CCTAA-CA-C-AAG-CAG-CAAATGT--TG--AT-T-ACTCCTGT-A-AAAGG--AAA--TTTGCCAATGGA----CAG-ACT-T-AAGC-G--T-ATG-GA----T-TAG-TAC--GAG-T--TACC-CTTGCAT-TTTACAA-TCG-T-
gi|16 : ct--------AACA-TA-AA---ACATAT----CCCAAC---GGT-AAT-A-AT------TTAT-ATTGTTG--T-TTTTCCCTTGG-TGTGC-GCT--A-G-GC--TATTTATA-----ACA--CCTGA--------G-T-T-CAG-------------T-AC--CCAT-A-AAAAGTAAAA--TT------TGG-----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-TAG-GA----C-CA--TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTCACAA-TTG-T-AATTCAAttccat
gi|17 : a-------------T-------------CG--------AACA-AA-AA---ATA-AT----CC-AA----GGT-AAT-ACATGTTATTTTAT-ATTGTTGG-C-TTT--CCTTGG-TGCAC-ATG--G-A-GC--TATT-GTA---G-AGG--CCTAA-CA-C-AAG-T-G-TAAATA-------------------T-A-AAAGG--A----------------------G-ACT-TAAAAG-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAT-TTCGAAA-TTG-C-AATa
gi|18 : TCCCTTTGATGCGC-ATGT-A-A-AC--TACCTTTA---G-ATG--CCTAA-CA-C-GAG-C-GGCAAATGT--TG--ACAT-ATTACCGT-A-AAAGG--AAA--AT------TAGG----TGG-AAT-TAAA-C-G--T-ATG-CA----T-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-GTTGCAT-TTCGCAA-TCG-T-taaaa
gi|19 : aaatctacatgtatcatgtagggagAT------TTAT-ATTGTTGG-A-TATTCCCTTAG-TGTGA-GAT--G-A-GC--TATTCATA---G-ACT--CCTAA-CA-T-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AT-T-ACTTCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------AGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAT-TTATCAA-CTG-T-AATACAAttc
gi|2 : CGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-AATGTTA-TTTTATTGATAGATTT-ATTTATTGAT-T----A-AAC-ATTCAC-T-TCAGA--CC-TTACCCGGGAGA-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--AGATACCAAAGGTTTT-TATG-ac
gi|2 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTGT-ATTGTTGGTT-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GCG--GCA-AA--TATTTATA---G-ACGCACCTGGCCA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AA--G--GAA--TT------TGGG----CGG-ATT-TAAAAC-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGGCA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggtaatatatttgtattgttggttttttccctttttgcacgcggcaaatatttatagacgcacctggccacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaggaatttgggcggatttaaaacatatggaccaatgagagtttctaatgcatttcggcattgcaatacaaa
gi|20 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattaatgttattttattgatagatttatttattgattaaacattcacttcagaccttacccgggagagcgacgaagcacatgttcaggtcatgaatacttgagataccaaaggtttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT-ATAGTTGG-T-TT--CCCTTGG-TGCAC-AC------------------A---G-ATG--CATAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTCCCAT-A-AAATA--AAA--CC------TGGA----CGG-ACT-T-GAAC-G--T-GTG-GA----C-CAG-TGA--GAG-T--TTCT-GATGTAT-TTTGCTA-TTG-T-AATTCAAa
gi|21 : A---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-GTAT------TTGT-ATTGTTGG-T-TTTTTCCTTGG-TGCGT-TTG--G-T-GT--TATTTATA---G-ACA--CCTGA-TA-C-GAG-T-G-CAGATGT--TG--AG-T-ACTCGCGT-A-AAAGG--AAA--TG------TGGac
gi|22 : TAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ATTCCCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CAG-AGT-T-AAAC-T--T-ATG-GA----C-CAA-TTG--GAG-TAATTCT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-C-AATACAcagggc
gi|23 : TGA-CA-C-AAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-ACTTCCTTTA-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CA--TGA--GAA-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-GTG-T-AATACAAta
gi|24 : --TATTTACA---T-ACG--CCTAA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGT--TG--AC-T-CCTCCTAT-A-AAAGA--AAG--TT------TGGG----CGG-ACT-TATAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCC-AATGTAA-TTa
gi|25 : aa-------------CA--------AACA-AT-AA---ACATAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TCTT-ATTGTTGG-T-TTTTTTCATGG-TGTAT-GCG--T-T-GC--TATTGATA---G-AAG--CCTAA-CA-C-GAG-T-
gi|26 : --AC-T-ATTCCCAT-A-AAAGG--AAA--TT------TGAG----TAG-TCA-TAAA-C-A--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTAA-TTTGCAA-TTG-T-AATAC
gi|28 : G----CGG-AGT-TAAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGTTT-TTCGCGA-TAG-T-AATTCAAt
gi|29 : -TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TG---TAA-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAac
gi|3 : GTATTTATATTTTATAGA-AG--ATTTTTT--AAATC-A-T-T-A-TT--AT-GATAGATT--ATTTATTGATCT----A-A-C--TTCAC-TATCAGAT-CC-T-ACCGGGGA-A-GCG-A------------CGAAG-C-AC-ATGT--CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--AGATACCAAAGGTTTTATTTG-CATTTTA--T-ACTAAC-AA-ACCCG-ATATCT---TAATTAAA---GA--AANNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNGCGT-------------CG--------AACA-TTTAA---ACATAT----CC-AA----CGT-AATGATAA------TTGTTATTGTTGG-G-TTTCCCTTTTT-TGCACAGCG--G-GCAA--TATTTTTA-----ACA--C-TGG-CA-CAGAG-T-G-CAATCGC---G--AC-TTACTCCCGT-ACAAAGG--AAAAATT------TGGG----CGGGACT-TAAAAC-A--T-ATG-GAA---C-CAAATGAAGGAGAT--TTCTTAATGCAT-TTCGCAA-TTG-CAAATAC
gi|30 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTGT-AATGTAT-TTTGCAA-TTG-T-AATGCAAca
gi|31 : aa-G--T-ATG-GA----C-AAA-TGA--CAG-C--TTCT-AATGCAT-TTTGCAA-TTA-T-AATTCAA
gi|32 : -G--T-ATG-GA----C-CAA-TAA--GAG-T--TTCT-AATGTAG-TTTGCAA-TTG-T-AATTCAAac
gi|33 : -------------CA--------AACA-TA-AA---ACAT------CC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-a
gi|4 : ATTTATATTTTATAGA-CG-GATTTTTTTTAAAT--A-T-T-A-TTT-ATTGATAGATCT-ATTTATGGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGGAGCCAT-ACCCGTGA-AAGC--A------------CGAAGAC-AC-GTGTTTCAGTTCA-TGAATAC-T-T----GCAAGA-ACCAAAGGTTTTATATGACATTTTAATTTACTA-CCAACAACCG-ATACCT---T------A---GA--AAAGAAAAACAAAAATATC------AAATACCGTAG-TAGCAGA--TGTGTT----CACTTTATTCT---------ACATAA-------------CATATAAACAGTTGCGCTC-----AACA-T---A---ACATAT----CC-AA----TGTAAAT-ATAT------TTAT-ATTGGTTG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GCG--G-C-G---TA-TTATAAGCG-ACA--CCTGG-TA-C-GAG-T-G-C-AATGC---G--AC-T-ACTCCGTT-A-AAAGG--AA----T------TGGG----CGG-AC--TAAAACGG--TAATG-GA----A-CCA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAATTTGCT-AATACA
gi|5 : ACATCTTTATATTTTATAGA-AA-GATTTTTA--AAATT-A-T-TTA-TTT----------------TTATTGAC-T----A-A-C-ATTCA-------GA-----T-ACCCGTGA-A-GCG-ACGAACCCGGCGACGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAACAC-T-TTTAAA--AGATACCAAAAGTTTT
gi|5 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----GGC-AAT-CTAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCTTTTT-TGCGC-GCA--G-A-GA--TATTTATA---G-AT---CCTGA-CA-C-GAA-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCC-T-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-TTG-T-AATACGAtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatccaaggcaatctatttatattgttggttttcccttttttgcgcgcagagatatttatagatcctgacacgaatgcaaatgctgactactccctaaaaggaaatttgggcggacttgaaacgtatggaccaatgagagtttctaatgcatttcgcaattgtaatacgaac
gi|6 : acatctttatattttatagaaagatttttaaaattatttatttttattgactaacattcagatacccgtgaagcgacgaacccggcgacgaagcacgtgttcaggtcatgaacacttttaaaagataccaaaagtttttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTATTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTTT--AAATT-A--------TT-ATTGAAAATTTT-ATTTATTGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGA--AC-T-A-CCGTGA-A-GCG-A------------CGAAG-C--C-GT-TT-CAGGTCA-TGAATAC-T-T----G--A-ATACCAAAGGTTTTac
gi|6 : -------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----AC-AA----GGT-AAT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCAC-GCG--G-C-GA--T-TTTATA---G-ACA--CCTGG-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACT-CCGT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAA--G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCA--TTCGCAA-TTG-C-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgaacataaaacatatacaaggtaatatatttatattgttggtttttccctttttgcacgcggcgattttatagacacctggcacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaagtatggaccaatgagagtttctaatgcattcgcaattgcaatacaa
gi|7 : cgtatttatattttatagaaggattttttaaattattattgaaaattttatttattgattaacattcacttcagaactaccgtgaagcgacgaagccgtttcaggtcatgaatacttgaataccaaaggttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATATTTTATAGA-AG-GATTTTT----AATT-A-T-TTA-TT--ATTGATAGATTT-ATTTATTGAT-T----A-A-C-ATTCAC-T-TCAGA--CC-T-ACCCGTG
gi|7 : cgct-------------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACGTAT----CC-AA----GGT-AAT-ATAT------T-AT-ATTGTTGG-T-TTT-CCCTTT--TGCAC-GCG--G-C-G---TATTTATA---G-ACA--CCTG--TA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCC-GT-A-AAAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-ACT-TAAAAC-G--T-ATG-GA------CAA--GA--GA--T--TTCT-AATGCATCTTCGCAA-TTG-C-AATACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtcgaacataaaacgtatccaaggtaatatattatattgttggttttcccttttgcacgcggcgtatttatagacacctgtacgagtgcaaatgctgactactccgtaaaaggaaatttgggcggacttaaaacgtatggacaagagatttctaatgcatcttcgcaattgcaatacta
gi|8 : cgcttttatattttatagaaggatttttaattatttattattgatagatttatttattgattaacattcacttcagacctacccgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgACGTATTTATATTTGATAGA-AA-GATTTTTT--AAATT-A-T-TTA-TTT-ATTGATAGATTT-ATTTATTGAA-T----A-A-C-ATTCA-------GA-----T-ACCCGTGA-A-GCG-A------------TGAAG-C-AC-GTGTT-CAGGTCA-TGAATAC-T-TTTA-A--AGATACCAAAGGTTTNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN-N-NNNNNNNN-NNNNNN---N------N---NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNN---------T-------------CG--------AACA-TA-AA---ACATAT----CC-AA----G-T-A-T-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTTCCCTTTT-TGCGC-GCG--G-C-GA--TATTTATA---G-ATG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--TG--AC-T-ACTCCCGT-G-TTAGG--AAC--TT------TGGG----CGG-ACT-TGAAAC-G--T-ATG-GA----C-CAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCGCAA-ATG-T-AATACAAta
gi|9 : TATATTT-ATAGA-AA-GATTTTA---AAATT-A-T-TTA-TTT----------------TCATTGAT-T----A-A-C-A------T-TCAGA-----T-ACCCGTGA-A--CG-A------------CGAAA-CGAC-GTG-T-CAGGTCAGTGAATAC-TAA----A--AGATACCACAGGTTTTTAATG-C
gi|9 : A-CA-AA---ACATAC----TC-AA----GC---AT-ATAT------TTAT-ATTGTTGG-T-TTTCCCCTTT--TGCAC-GCG--G-A-GA--TATTTATA---G-ACG--CCTGA-CA-C-GAG-T-G-CAAATGC--C---AC-TCACTCCCTT----AAGG--AAA--TT------TGGG----CGG-A-T-TAAAAC-G--T-ATGAGA----CACAA-TGA--GAG-T--TTCT-AATGCAT-TTCACAA-TTG-T-AATACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaacatactcaagcatatatttatattgttggttttccccttttgcacgcggagatatttatagacgcctgacacgagtgcaaatgccactcactcccttaaggaaatttgggcggattaaaacgtatgagacacaatgagagtttctaatgcatttcacaattgtaatacaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGA