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lowQualScore                  :            33 33 999   4444     6  77777777777777777 11    5 1   77       5 1 222           6 6   88888888  7           3333    44       2222222     3       
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Reference ( gi|8 )            :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--A-TCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|3                          :   ACAATTGAA--T--T---TCT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--T-TCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|5                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TAAA-AACGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--A-TCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATGattaa
gi|4                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------CAA--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-A-C--------CC-GCCCACTTTCT--A-TCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATG
gi|6                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-CAA---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CCGGGCCACTTTCT--A-TCG---CGATTTG-------AGTTG-TTATATGatga
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gi|25                         : taACAATTGAA--G--T---TCT----TTGATAAT---------------A-A--TACA-A-CAA--GA------------------GATTC-T-AAT--------CC-ACCCACTTTCT--T-TCGaattttcccccca
gi|15                         :   gCAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAG-TTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AG---------CC-GCCCACTTTCT--A-TCGC--CGATTTG-------AGTTG--TATAT
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gi|22                         :     AATTGAA--C--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TA-------G--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CT-GCCCACTTTCT--T-TCAC--AGATCTG-------A
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Alignments
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Reference ( family-3714 )     :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--NTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
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Alignments
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Reference ( family-3714 )     :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|1                          :   ACAATTGAA--TAAT---TTTAGAATTAAT-GT---------------C-AGATATA-AACGA--GAGTTTT-T-ACAGTTTGCCGATTCGCAAGC--------CC-G-CCAC-TTCT--ATCGCCTCGATTTGACGATGTAGTTT-TTGTATG
gi|10                         :   gCAATTGAACAT--T---AGT----ATCAC-GC---------------A-A--TACA-A-CAA--GAATATT-C-A---TTGGCTGATTT-C-GGTATTATTTGCC-GCCCACTTTCT--CGCGC--GTATTT
gi|11                         :   ACAATTAAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGGCGATTC-C-AGC--------CC-GCTCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTGTtgg
gi|12                         :     gATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TTCA-A-CGA--GAGTTTT-CCA---ATGGCCGATTT-C-AGC--------CC-GTCCACTTTCT--TTCAC--CGATTTG-------AGTTG-TAAT
gi|13                         : atACAAGTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATT--C-AGC--------CG-TCCCAC-TTCTAGATCG---CGATCTG-------AGTTG-TTA
gi|14                         :    CAAT-GAA--T--T---TGT----T-AAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GACGTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCTA-TTCGC--CGA-TTG-------AGTT--TTATATGat
gi|15                         :    CAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAG-TTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AG---------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTG--TATAT
gi|16                         :    CATTTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TACA-A-CGA--GAATTTT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCA--TTCGC--CGATTTG-------AGT
gi|17                         :     AATTGAA--T--T---TGT----TTCAT-AA---------------A-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGT--GGATTAG-------AGT
gi|18                         :    CAACTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GTAA-------------C-A--TACATA-------AGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCTC--TGATTTG-------AGT
gi|19                         :   ACAATTTGA--T--T---TG-------AAC-CA---------------G-A--TAGA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TAGGCCAATTT-C-AGC--------CC-GCCCACTTTAT--TTTGC--CGATTTG-------
gi|2                          :   ACAATTGAA--T--CATGTGT----TTGAT-GTAAAAAAAAAAAAACCC-A--AACA-A--GATCGAATTTT-C-A---TTGTCCGATTC-C-AGT--------CT-GCCCACTTTTT--CTCAT--GGATTTG-------tg
gi|20                         :  gACAGCTGAA--C--T---TGT----TTGAC-GT---------------A-A--TAAA-A-TGA--GGGTTTT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGT--------CC-GCCCACTTTCT--TTCAG--CAATg
gi|21                         :           g--T--T---TGT----TTAAT-G-----------------------CA-A-CGA--G---TGT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGA--------CC-GCCCACTCTCG--TTCGC--CGATTTA-------AGTTG-
gi|22                         :     AATTGAA--C--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TA-------G--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CT-GCCCACTTTCT--TTCAC--AGATCTG-------Aaataat
gi|23                         :                      GT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAG--TT-C-A----TGGCAAATCC-A-AGC--------CC-G-CCAC-TTCT--ATCGC--CGA-ATG-------AG-TG-TTATATG
gi|24                         :                                                    -A--TACA-A-CGGT-GAGTTTT-CAA---TTGGCCG-TTC-C-AGC--------CT-A-CCACTTTCT--TTTGC--CGATTTG-------AGTTG--TATAa
gi|25                         :  aACAATTGAA--G--T---TCT----TTGATAAT---------------A-A--TACA-A-CAA--GA------------------GATTC-T-AAT--------CC-ACCCACTTTCT--TTCGatg
gi|26                         :  gACAGTTGAA--C--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TAAA-A-TGA--GGGTTTT-C-A---TCGAC
gi|27                         : taACAATTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TACA-A-CCA--GAGTTTT-C-T---TTCGCCGATTT-C-AGC--------aattttcccccca
gi|3                          :  gACAATTGAA--T--T---TCT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|4                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------CAA--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-A-C--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATGattaa
gi|5                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TAAA-AACGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATGatga
gi|6                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-CAA---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CCGGGCCACTTTCT--ATCG---CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|7                          :    CAATTGAA--T--T---TGT----TTTTT-GT---------------C-A--GACA-A-CGA--GAGTTTTTC-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCTAGATCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATa
gi|8                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATGga
gi|9                          :   ACAATAGAA--G--T---TGT----TTGAT-AT---------------A-A--TACA-A-CAA--GAGTTT--C-A---TAGGCTGATTC-T-AGC--------CC-ACCCACTTTCT--TTTGT--CGATATG-------AGTTG-TAAAATG


blockSeqs                     :            CA .  ATG   .        A  AAAAAAAAAAAAACCC  .     T A   TC       T C .             . .   ATTATTTG  G           AGA    .        .           T
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  AAC               .     . .   T        . A .             . .   .         .           AGA    .        .           T
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  CA                .     . .   .        . A .             . .   .         .           AT     .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           C      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  G                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           C      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .           .
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .        .            
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .                     
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  C                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           A      .                     
blockSeqs                     :            .  .  .     .        .  A                 .     . .   .        . . .             . .   .         .           T                            
blockSeqs                     :                        .        .  .                 .     . .   .        . . .             . .   .                                                  
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blockSeqCons                  :               **       ****                          **                       ***                                              **       *******
originalCons                  :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
finalCons                     :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG





Alignments
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consensus                     :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
Reference ( family-3714 )     :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|1                          :   ACAATTGAA--TAAT---TTTAGAATTAAT-GT---------------C-AGATATA-AACGA--GAGTTTT-T-ACAGTTTGCCGATTCGCAAGC--------CC-G-CCAC-TTCT--ATCGCCTCGATTTGACGATGTAGTTT-TTGTATG
gi|10                         :   gCAATTGAACAT--T---AGT----ATCAC-GC---------------A-A--TACA-A-CAA--GAATATT-C-A---TTGGCTGATTT-C-GGTATTATTTGCC-GCCCACTTTCT--CGCGC--GTATTT
gi|11                         :   ACAATTAAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGGCGATTC-C-AGC--------CC-GCTCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTGTtgg
gi|12                         :     gATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TTCA-A-CGA--GAGTTTT-CCA---ATGGCCGATTT-C-AGC--------CC-GTCCACTTTCT--TTCAC--CGATTTG-------AGTTG-TAAT
gi|13                         : atACAAGTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATT--C-AGC--------CG-TCCCAC-TTCTAGATCG---CGATCTG-------AGTTG-TTA
gi|14                         :    CAAT-GAA--T--T---TGT----T-AAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GACGTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCTA-TTCGC--CGA-TTG-------AGTT--TTATATGat
gi|15                         :    CAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAG-TTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AG---------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTG--TATAT
gi|16                         :    CATTTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TACA-A-CGA--GAATTTT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCA--TTCGC--CGATTTG-------AGT
gi|17                         :     AATTGAA--T--T---TGT----TTCAT-AA---------------A-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGT--GGATTAG-------AGT
gi|18                         :    CAACTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GTAA-------------C-A--TACATA-------AGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCTC--TGATTTG-------AGT
gi|19                         :   ACAATTTGA--T--T---TG-------AAC-CA---------------G-A--TAGA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TAGGCCAATTT-C-AGC--------CC-GCCCACTTTAT--TTTGC--CGATTTG-------
gi|2                          :   ACAATTGAA--T--CATGTGT----TTGAT-GTAAAAAAAAAAAAACCC-A--AACA-A--GATCGAATTTT-C-A---TTGTCCGATTC-C-AGT--------CT-GCCCACTTTTT--CTCAT--GGATTTG-------tg
gi|20                         :  gACAGCTGAA--C--T---TGT----TTGAC-GT---------------A-A--TAAA-A-TGA--GGGTTTT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGT--------CC-GCCCACTTTCT--TTCAG--CAATg
gi|21                         :           g--T--T---TGT----TTAAT-G-----------------------CA-A-CGA--G---TGT-C-A---TTGGCTGATTC-C-AGA--------CC-GCCCACTCTCG--TTCGC--CGATTTA-------AGTTG-
gi|22                         :     AATTGAA--C--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TA-------G--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CT-GCCCACTTTCT--TTCAC--AGATCTG-------Aaataat
gi|23                         :                      GT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAG--TT-C-A----TGGCAAATCC-A-AGC--------CC-G-CCAC-TTCT--ATCGC--CGA-ATG-------AG-TG-TTATATG
gi|24                         :                                                    -A--TACA-A-CGGT-GAGTTTT-CAA---TTGGCCG-TTC-C-AGC--------CT-A-CCACTTTCT--TTTGC--CGATTTG-------AGTTG--TATAa
gi|25                         :  aACAATTGAA--G--T---TCT----TTGATAAT---------------A-A--TACA-A-CAA--GA------------------GATTC-T-AAT--------CC-ACCCACTTTCT--TTCGatg
gi|26                         :  gACAGTTGAA--C--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TAAA-A-TGA--GGGTTTT-C-A---TCGAC
gi|27                         : taACAATTGAA--T--T---TGT----TTGAT-GT---------------A-A--TACA-A-CCA--GAGTTTT-C-T---TTCGCCGATTT-C-AGC--------aattttcccccca
gi|3                          :  gACAATTGAA--T--T---TCT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--TTCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|4                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------CAA--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-A-C--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATGattaa
gi|5                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TAAA-AACGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCAATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTGTTTATATGatga
gi|6                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-CAA---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CCGGGCCACTTTCT--ATCG---CGATTTG-------AGTTG-TTATATG
gi|7                          :    CAATTGAA--T--T---TGT----TTTTT-GT---------------C-A--GACA-A-CGA--GAGTTTTTC-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCTAGATCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATa
gi|8                          :   ACAATTGAA--T--T---TGT----TTAAT-GT---------------C-A--TACA-A-CGA--GAGTTTT-C-A---TTGGCCGATTC-C-AGC--------CC-GCCCACTTTCT--ATCGC--CGATTTG-------AGTTG-TTATATGga
gi|9                          :   ACAATAGAA--G--T---TGT----TTGAT-AT---------------A-A--TACA-A-CAA--GAGTTT--C-A---TAGGCTGATTC-T-AGC--------CC-ACCCACTTTCT--TTTGT--CGATATG-------AGTTG-TAAAATG