lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 777777777777777777777777777777777777 22 111111111 1111111 111111 111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6666 1 33 2222222 777777 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 8 000 2 11 5 6 888888888888888888888888888888888888 3 66 3 3 3 77777 2 555555555 1 0000000 888 2 2 444444 333 2 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 888 5 7777 6666 3 999
lowQualScore : .... . .. ....... ...... . .......................................................... . . ... . .. . . .................................... . .. . . . ..... . ......... . ....... ... . . ...... ... . .. ............................................................................................................................................................................... . ... . .... .... . ...
lowQualScore : 5555 0 99 5555555 777777 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 9 222 9 22 7 4 777777777777777777777777777777777777 6 00 3 3 3 00000 6 555555555 0 4444444 777 9 9 111111 333 9 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 333 3 9999 1111 3 666
consensus : AGATAT----GGA--ATAAA------TAAAA------CTAGC-ACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTAC-AA-A-CG--TA---------N---------TTACACTGCAAATCACATG-TTTATT-G-NTT-TTGGCTTGCTANTCAATG-C--------ATTGTGGACCAGC---CCT--TTGG-ACGAA-TAGGACGTGTC-CTAATTCGCT-CCGT---TAAAAAC-C--ATTGAAT---AG--CAAGC-C-A-A-A---A--CAATAAACATGTGATT-TGCAGTGTA--N-ATAC---G--------T-T--T-G----TA-G-----AT---N-----------T--T--G-TT-T---AGTTG------TA---------GT-----TTT---------------A-------------------TT-----T--T-----TA------T--C-------T-A---TCT-T---AT----GTAAA-CC--TTTTCG
Reference ( gi|7 ) : AGATAT----GAA--ATAAA------GAAAA------CTAGC-ACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTAC-AA-A-CG--TA---------A---------TTACATGGCAAGTCACGTG-TCTATT-G-GTT-TTGGCTTGCTACTCAATGGC--------ACTGTGGACCAGC-GCCCT--TCCG-ACGAA-TAACACGCGTC-CTAATTCGCT-CCGT---TAAAAAC-C--ATGGAAT---AA--CAAGC-C-A-A-A---A--CAATAAACAGGCGATT-TAGAGTGTA--T-ATAC---G--------T-G--T-G----TA-G-----AT---A-----------T--T--G-CT-T---AGT--------TA---------GT-----TTT---------------A-------------------TC-----T--T-----TA------T--C-------T-A---TCT-T---GT----GTAAA-CA--TTTTCG
gi|16 : AGATAT----GGA--ATAAA------TACAA------CTAGC-ACTACATCTAAA-CT--A--TT------CTGC-AA-A---------------------------------GCAAATCACATG-TTTATT-G--TT-TTA-CTTG-TAAGAAATGGC-------------GGACAAGC---CTT--TCGG-ACAAA-TAGGATGTGTC-CTAATTCGCC-TCG----TAAAA
gi|14 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataAGATAC----GGA--ATGAAT-----GAAAA-------TAGC-ACTATAACTACA-CTAAA--T-------CTAC-GA-A-CA--TA---------A---------T------GCAAATCATATG-TTTACT-G-TTG-GTGGC-TGTTAATCAATG-----------CTGTt
gi|8 : aagcaaaaaggtgtttgcatgAGATATATTTGAA--ATAAA-----------------CTTGC-ACTACAACTAAA-CT--AAAT-------GTAC-AA-A-CA--TACAGTCACATAC--------TTACATTGCAAATCACATG-TTTATT-G-TGT-TTGGCTtaatgatcgaattaaggcacgttttgttcgtacaaactgctggtccacaatgcactaagtagcaatga
gi|12 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaatgtttacataagataaAAATAT----GTA---CAAA------TAAGA------CTAGC-ACTA-A-----------A--T-------CCACGAA-A-TG--TA---------T---------CTACACAGCAAATTATATG-TTAATT-A-ATT-TTTGTTTGTTGCT
gi|15 : ttaggataaacagaaaagtttcatgtaagtaAAATAT----GGG--ATCAA------TAAAT------CTAGC-GTTACAACTACA-CG--AAAT-------CTAC-AA-A-CG--TA---------T---------TCACACTGTAAGTCACATG-TTTATattaaataaggtatttaagaagcgaattaggacacattctattcagtattcatccagtgggctgttcccaaaagtgcaaagttataatgggtga
gi|1 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacatAAATAT-----AA--ACAAACAAGACGAAAAATATATCTAGC-ACTACAACTAAA------------------AC------CG--TA---------T---------TTGCACTATAAATCACATG--GTATTGG-GTTATTGGCTTGCAAATCTATG
gi|6 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacgaaaagagttagataatgagatAGATAT----GGA--ATAAT------TAACA------CTAGC-ACTGTAACTAAA-CT--AAGT-------ATAC-AA-A-CG--TA---------ttaaatatagaacgaatgaggatacgccctactcgtccaattagctgatccacaa
gi|25 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGACAC----TAG--ATA--------GAAA--------TAGC-GCTACAACTAAA-CCAAA--T-------TTAC-AA-A-CG--TA---------cat
gi|4 : aaacgaaaagggcttacacaATAT----GCA--GTAAA------TAAAA------CTAGC-TCTAAAACTAAA-CTTAA--T-------CTAC-AA-A-CG--TA---------T---------TTACACTGCAAGTCACATG-TTTA-A-G-GCT-TTGGCTTGCCATTCAATGtatac
gi|2 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgaaaaggtttacataagataaataaaaatgaATTT----GAA--ATAAA-----------------CTTGC-ACTACAACTAAA-CTAAA--T-------GTAC-AA-A-CA--TAC--------AGTCACATACTTACATTGCAAATCACATG-TTTATT-GTGTG-TTTGCTTGCTatcaaaagtggaacaa
gi|5 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaaaaaatgtttaaataagataagatgaATAT----AAATAATAAC------AAACA------CAAACCACTAGAACTAAGGCT--A--TACTAAAGCTAC-AA-A-CT--GA---------G---------TTACACTGCAAGTCACCTG-TGTATT-G-TTT-TGGGCTGGATTATCAAAGTT--------TTCCTGGA--AG---------------CGAATTAGGATGTGTC-CGAATTCGCTCCCGC---CAAAAA--C--ATTGATT---------AGC-C-----A---A--CGA-AAATGTGTGATTGTAAAG-GTG----GTGT---G--------T----T-G----TA-G-----GT---C-----------T--T--G--------AAT--------CA---------TT-----TTTTGTA-----------A-------------------TCTT---T--T-----TA------T--G-------T-A---CATGT---AT----GTATA-CA--TATTCcattatgtatttaagagagcacattaggacacatctattgtctaaaactgtggtcc
gi|20 : caagaaaaacataaaggtttccATAT----GGA--ATGAA------TAAAA------CTAGC-ACTACAA-----------------------AC-AC-A-C--------------------------------TAAATCATATA-TTTATT-G-TGT-TTGGCTTGCTATTCAATGat
gi|3 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaATAT----GGA--ATAAA------TAAAA------CTAGC-ACTACA----------------------------------------------------------TACACTGTAAATCACATG-TTTATT-G-TTT-TTGGCTTGcttattattatggttatcaa
gi|9 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaAA--ACAAA------AAAAA------CTAGC-ACTACAACTTAA-TTAAA--T-------CTGC-AA-A-CG--TA---------T---------ATACATTGAATATCAC-------ATT-G-TTT-TCTACTTACTATTAAATGGt
gi|23 : acaatctgtccctacttcaggacaaacgaaaaggtttacataagacagaagtaaaaaaaTAAA------TAAAA------CTAAC-ACTACAACTAAA-CA--AG-T-------CTAC-AAGA-AGTATA---------G---------TTACACTGTAAATCTCATG-TTTATT-G-GTT-ttattaacggagcgaattaggacacgtcctattcctcaaaatgatagacttaatgcatctcaggcagaaatggtaatcagtggaaaagtcaacat
gi|17 : atacatacgatA-CT--A--T-------CAAC-AA-AACG--TA-------------------TTACATTATAAATC-CATG---TATT-G-ATTAATGGCTTGCgtt
gi|22 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaaaaattatggACATGATTTATA-G-TTT-CTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGATAAATGTGGACTAGC---CCT--TTCGTATGCA-TA----GTGTC-CTAATTTGCT-CCGT---TAATAAG-C--ATTGAAA---AG--CAAaatctattaatagatgaacgaatgagatactcctacctctccaattagctgtatcac
gi|14 : TTGCTACTTAGTG-C--------ATTGTGGACCAGCAG---T--TTGT-ACGAA-CAAAACGTGCC-TTAATTCGAT--CAT---TAACAG--C--ATTGATT---AA--C-AGC-C-ACC-A---A--CAGTAAACATATGATT------TGCA--T--TAT---G--------T-T--C-G----TA-G-----AT---T-----------T--A--G-TG-T---AGTTA------TA---------GT-----GCT---------------A-------------------TT-----T--T-----CA------T--TCATTCCGT-A---TCT-C---AT----GCAAA-CACCTTTTTG
gi|1 : aagTGTGGATCAGC-----TAATTGG-ACGAG-TAGGGCGTATC-CTCATTCGTT-CTATATTTAA-----C--ATAGATT---TG--CAAGC-C-A-ATA---ACCCAAT-ACCATGTGATT-TATAGTGCA--A-ATAC---GGTTTTAGTT-G--T-AGTGCTA-G-----AT---ATATTTTTCGTCT--T--G-TT-T---GTT--------TA---------TA-----TTT---------------A-------------------TC-----TCAT-----TA------T--C-------T-AAC-TCT-TTTCGT----GTtga
gi|24 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGACCATC---CCT--TTGA-GCAAA-TATGATGCGTC-CTAAATTGCT-CCTT---TAAAA---C--ATTGATT---AG--CAATC-TAA-A-A---A--CAATAAACa
gi|27 : cacacCCT--TTGG-ACGAA-TAGGACGTGTCACTAA-TCACT-CCGT---CCAAAAG-C--AT-AAAC---AA--CTAGC-
gi|9 : tT--TTTG-AGGAA-TAGGACGTGTC-CTAATTCGCT-CCGT---TAATAAC-C--ATTTAAT---AG--TAAGTAG-A-A-A---A--CAAT------GTGATA-TTCAATGTA--T-ATAC---G--------T-T--T-G----CA-G-----ATTTAA-----------T--TAAG-TTGT---AGTGC------TAGTTTTTTTTGT-----TTT---------------T-------------------TT-----T--T-----TACT----T--C-------T-G---TCT-T---AT----GTAAA-CC--TTTTCG
gi|2 : acaatctgtccctacttcaggacaaaG-AC-AA-TAG-ATGTGTC-CTAATGTGCT-CTCT---TAAATAC----AT--AAT---GAG-CAAGC---A-A-ACACA--CAATAAACATGTGATT-TGCAATGTA--A-GTAT---G--------T-GACT-G----TATGTTTGTAC---A-----------T--TTAG-TT-T---AGTTG------TA---------GTGCAAGTTT---------------A-------------------TTTCAAAT--T-----CA------T--CT------T-A---TCT-T---AT----TTAAA-CA--TTTTtgatagacttaatgcatctcaggcagaaatggtaatcagtggaaaagtcaacat
gi|19 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaaG-ACGAA-TAGGACGTGTC-CCAATTCGCT-CTGT---TCAAAACACTGACGGATT---AG--CAtaaaactgtggtcc
gi|12 : tacggagaaaaatagcacggaatttacactaaatctagaaaagtatataatttacactacaattcatgttaGAA-TAGAATGTGTC-CTAATTCGCT-TC-T---TAAATAC-CTTATTTAATAGCAA--CAAAC-A-A-A-A---AT-TAATTAACATATAATT-TGCTGTGTA--G-ATAC---A--------T-T--TCG----TG-G-----AT------------------------T-T---AGTGC------TA---------GT-----CTT---------------A-------------------TT-----T--G-----TA------C--A-------T-A---TTT-T---caaattgttagatttaca
gi|5 : ttaggataaacagaaaagtttcatgtaagtACACATC-CTAATTCGCT-TCCA---GGAAAAC-T--TTG--AT---AATCCAGCC-C-A-A-A---A--CAATACACAGGTGACT-TGCAGTGTA------ACTCAG--------T-T--T-G----TA-GCTTTAGT---A-----------T--A--GCCT-T---AGTTC------TA---------GTGG---TTT---------------G-------------------TG-----T--T-----TG------TTAT-------T-A---TTTAT---AT----GGAAA-CC--TTTagtattcatccagtgggctgttcccaaaagtgcaaagttataatgggtga
gi|20 : caagaaaaacat---TAATAAG-C--ATTGAAT---AG--CAAGC-C-A-A-AC--A--CAATAAATATATGATT-TAGTGTGTT--T-GTA----G--------T-G--C------TA-GTTTT-ATTC-A-----------T--T--C-CA-T---A-T--------TA---------ATA----TTT---------------A-------------------CA-----T--A-----TA------T--C-------T-A---TTT-C---AT----GTAAA-CC--TTTTCGccgaattcgctcccgccaaaaacattgattagccaacgaaaatgtgtgattgtaaaggtggtgtgttgtaggtcttgaatcattttttgtaatctttttatgtacatgtatgtatacatattcat
gi|4 : gtcaaaAT-C--ATTGAAT---GG--CAAGC-C-A-A-A---G--CCTTAAACATGTGACT-TGCAGTGTA--A-ATAC---G--------T-T--T-G----TA-G-----ATTAAG-----------T--TTAG-TT-TTAGAGC--------TA---------GT-----TTTATTTACTGCATATTCA-------------------TT-----T--T-----TA------T--T-------T-A---TCT-T---AT----GTAAA-CC--TTTTCttatggttatcaa
gi|16 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactA--CAAGT---A-A-A---A--CAATAAACATGTGATT-TGCTTTGCA--GAATA---------------G--T-T----TA-G-----AT---G-----------TAGT--G-C--T---AGT--------T----------GTA----TTT---------------A-------------------T------T--C-----CA-----------------T-A---TCT-T---AT----GTATA-CC--TTTCCGcaaaagtggaacaa
gi|3 : ccctaatttaggacaagA--CAAGC-C-A-A-A---AA-CAATAAACATGTGATT-TACAGTGTA-------------------------T-G----TA-G-------------------------T--G-C-----------------TA---------GT-----TTT---------------A--------------------------T--T-----TAT-----T--C-------C-A---TAT-T---CTTTAAGCAAA-CC--TTTTCaagaaatggcggacaagcctttcggacaaataggatgtgtcctaattcgcctcgtaaaat
gi|8 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaAGC-C-A-A-AC--A--CAATAAACATGTGATT-TGCAATGTA--A-GTAT---G--------T-GACT-G----TATGTTTGTAC---A-----------T--TTAG-TT-T---AGTTG------TA---------GTGCAAGTTT---------------A-------------------TT-----T--CAAATATA------T--CTT-----T-A---TCT-T---AT----GTAAA-CA--TTTTTG
gi|23 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaa-A-A---C--CAATAAACATGAGATT-TACAGTGTAACT-ATAC---T--------TCT--T-G----TA-G-----AC---------------T--T--G-TT-T---AGTTG------TA---------GT-----GTT---------------A-------------------GT-----T--T-----TA------T--T-------TAA---TCG-T---AT----GTA
gi|15 : aATAAACATGTGACT-TACAGTGTG--A-ATAC---G--------T-T--T-G----TA-G-----AT---T-----------T--C--G-TG-T---AGTTGTAACGCTA---------GA-----TTT---------------ATTGATCCCATATTTATGTTTC-----T--T-----TATATTTCT--T-------T-A---TCC-T---GT----GTAAA-TA--TTTgtt
gi|25 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtGTA--T-ATAC---G--------T-T--T-G----TA-A-----AT---T-----------T--G--G-TT-T---AGTTG------TA---------GC-----GCT---------------A-------------------TT-----T--C-----TA------T--C-------T-AGTGTCT-T---GT----GTAAGCCC--TTTTCG
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): ACACGAAAAGACGTTACATAATGAGATAAATAAACCAAAGGCGAAAAATATATCTAGTTACTTACCAACTTAAAACCGTATTTTACACCTATAAATCACATGGTATTGGATTATATTGGCTTACAAATCTATGCTTAAATATGGAACGAAATGATGCATACGCCCTTACATCGTCCAATAAGCTGATGCCAAC
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333 1111111 333333333333333 1111111 1111 11111111111111111 3333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111 11111111
lowQualScore : 4 4 66666666666666 4 8888888 4 1 1 0 1 555555555555555 66 3 0 5555 2 33 2 2 2222222 1 1 2 33 2 99999999 4444 33 77777 2 5555 1 99999999999999999 777 2 2 2 2 2 3333333333333333333 2 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 777777 33 6666666 555 88888888 3 77 3
lowQualScore : . . .............. . ....... . . . . . ............... .. . . .... . .. . . ....... . . . .. . ........ .... .. ..... . .... . ................. ... . . . . . ................... . . .................................................................................... ..... ...... .. ....... ... ........ . .. .
lowQualScore : 4 4 22222222222222 4 8888888 4 0 4 7 0 888888888888888 11 3 4 1111 9 99 9 9 1111111 2 1 9 99 9 33333333 3333 77 00000 7 3333 8 33333333333333333 888 7 7 9 2 9 5555555555555555555 7 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 666666 99 1111111 444 22222222 1 33 1
consensus : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAA-ACGTA---TTACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-AT-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-TTT-GTAG-----ATTTNG------T-T-------TAGT---T---G---TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------TA---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
Reference ( family-3710 ) : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAA-ACGTAN--TTACACTGCAAATCACATG-TTTATTGNTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-AT-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-TTT-GTAG-----ATNTTG------T-T-------TAGT---T---G---TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------TA---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|1 : ---T---T--GTGG-ATCAGC--TAATTGG-A--CGA-GT-A-------GGGCGTATC-C--TCATTCGTT-CTATATT---TAA----C--ATAGA---T-T-TG----CAAGC---C-A--ATA---ACCCAAT---A-CC-ATGTGATT-TATA-GTG-----C-A----------AATACG-GTT-TTAG-----TTGTAG------TGC-------TAGA---T---A---TATTTTTC---------GTCTTG-TTT---------------GTT-----TA-----TA--TT-------TA---T----CTCAT-TATCTAA--C-TCTTTTCG
gi|12 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaTG-C-----ACTTT---T--G-GG-AACAGC--CCACTGG-A--TGA-AT-ACTGAATAGAATGTGTC-C--TAATTCGCT-TC----T---TAAATACCTTATTTA---A-T-AG----CAA-CAAAC-A--A-A---AATTAAT--TA-AC-ATATAATT-TGCT-GTG-----T-A----------GATACA-TTTCGTGG-----A-----------T-T-------TAGT---G---C---TA---------------GT-----CTT---------------ATT-----TG-----TA--CA-------TA---TTTTAC---T-TACATGA--A-ACTTTTC
gi|13 : ttaggataaacaTGGCATCAGC--TTATTGG-A--CGATGT-AA------GGGCGTATG-CATCATTTCGTT-CCA---TATTTAAG---C--ATAGA---T-T-TG----TAAGC---C-A--A-T---A--TAATCCAATACCATGTGATT-TATAGGTG-----TAA----------AATACG-GTT-TTAA-------GTTG------G-TAAGTAACTAGA---T---A---TA---------------TT-----TTTCGC------------CTTTGG--TT-----TA--TT-------TA---T----CTCAT-TATGTAAC-G-TCTTTTCGaagttataatgggtga
gi|14 : acaTTGCTACTTAGTG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--AGTTTGT-A--CGA-AC-A-------AAACGTGCC-T--TAATTCGAT--CA---T---TAACAG-C--ATTGA---T-T-AA----C-AGC---C-AC-C-A---A--CAGT--AA-AC-ATATGATT-TGCA--T---------------------TATG-TTC-GTAG-----ATTTAG------T-G-------TAGT---T---A---TA---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----CA--TTCATTCCGTA---T----C---T-CATGCAAACA-CCTTTTTGac
gi|15 : aagAAATATGGGATCAATA-AATCTAGCGTTACAACTACA-CG--AAAT-------CTACAA-ACGTAT--TCACACTGTAAGTCACATG-TTTATtga
gi|16 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacatAGATATGGAATAAATA-CAACTAGCACTACATCTAAA-CT--A--TT------CTGCAA-A--------------GCAAATCACATG-TTTATTGTTTT--ACTTG-TAAGAAATG------------------GCGG-ACAAGC--CTTTCGG-A--CAA-AT-A-------GGATGTGTC-C--TAATTCGCC-TCG-------TAAAA
gi|17 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataCAGC--TAATTGG-A--GAG-GT-A-------GGA-GTATC----TCATTCGTT-C-------------ATCT--ATT-A---A-T-AGATTGCAAGC---C-ATTA-A---T--CAAT-----AC-ATG-GATT-TATA-ATG-----T-A-----------ATACGTTTT-GTTG-----ATt
gi|19 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaaaaattatggactTTTGG-A--CGA-AT-A-------GGACGTGTC-C--CAATTCGCT-CTG---T---TCAAAA-C--ACTGACGGATT-AG----C-----------------------AT---A-AC-A--TGAAT-TGTA-GTGTAAATT-A----------TATACT-TTT-CTAG-----ATTTAG------T-G-------TAAA---T---T---CC---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----TC--TC-------tatcac
gi|2 : tacgGG-ACCACA--GTTTTAG-A--C-A-AT-A-------G-ATGTGTC-C--TAATGTGCT-CTC---T---TAAATAC---AT--A---A-TGAG----CAAGC-----A--A-ACACA--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-TTT-GTAC-----ATTTAG------T-T-------TAGT---T---G---TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATTTCAAATT-----CA--TCT------TA---T----C---T-TATTTAA--A-CATTTTttgttagatttaca
gi|20 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaa---TAATAAGC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AT-ATATGATT-T--A-GTG-----T-----------------G-TTT-GTAGTGCTAGTTTTA------T-T-------CATTCCAT---AT--TA---------------ATA----TTT---------------ACA-----TA-----TA--TC-------TA---T----T---T-CATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|20 : gtcaaaATATGGAATGAATA-AAACTAGCACTACAA----------------------------AC--------ACACT--AAATCATATA-TTTATTGTGTTTGGCTTGCTATTCAATG-CTTATTA---T---T--ATGG-ttatggttatcaa
gi|22 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaACATGATTTATAGTTTCTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGA---TAAAT--GTGG-ACTAGC--CCTTTCGTA--TGC-AT-A-------G----TGTC-C--TAATTTGCT-CCG---T---TAATAAGC--ATTGA---A-A-AG----CAAttatcaa
gi|23 : GATTAAATA-AAACTAACACTACAACTAAA-CA--AG-T-------CTACAAGAAGTATAGTTACACTGTAAATCTCATG-TTTATTGGTT
gi|24 : atacatacTGG-ACCATC--CCTTTGA-G--CAA-AT-A-------TGATGCGTC-C--TAAATTGCT-CCT---T---TAAAA--C--ATTGA---T-T-AG----CAATC---TAA--A-A---A--CAAT--AA-AC-GTGTGgtt
gi|25 : G-----T-A----------TATACG-TTT-GTAA-----ATTTGG------T-T-------TAGT---T---G---TA---------------GC-----GCT---------------ATT-----TC-----TA--TC-------TAGTGT----C---T-TGTGTAA--GCCCTTTTCG
gi|27 : aaa--CCTTTGG-A--CGA-AT-A-------GGACGTGTCAC--TAA-TCACT-CCG---T---CCAAAAGC--A-TAA---A-C-AA----CTAGC---
gi|3 : t----CAAGC---C-A--A-A---AA-CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TACA-GTG-----T-A-------------------T-GTAG---------TG------C------------------------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TA-----T---TC-------CA---TATTCT---T-TAAGCAA--A-CCTTTTC
gi|3 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACA--------------------------------------TACACTGTAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGt
gi|4 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaATC--ATTGA---A-T-GG----CAAGC---C-A--A-A---G--CCTT--AA-AC-ATGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------AATACG-TTT-GTAG-----ATTAAG------T-T-------TAGT---TTTAGAGCTA---------------GT-----TTTATTTACTGCATATTCATT-----TT-----TA--TT-------TA---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCt
gi|4 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactATATGCAGTAAATA-AAACTAGCTCTAAAACTAAA-CTTAA--T-------CTACAA-ACGTAT--TTACACTGCAAGTCACATG-TTTA-AGGCTTTGGCTTGCCATTCAATG-caaaagtggaacaa
gi|5 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactgaaaaggtttacataagataaataaaaatgaAACAAACACAAAC---CACTAGAACTAAGGCT--A--TACTAAAGCTACAA-ACTGAG--TTACACTGCAAGTCACCTG-TGTATTGTTTTGGGCTGGATTATCAAAG-T-----T---T---T---------------CCT--GG-AAGCGA-ATTA-------GGATGTGTC-C--GAATTCGCTCCCG---C---CAAAAA-C--ATTGA---T-T-AG----C---C----------A---A--CGA---AA-AT-GTGTGATTGTAAA-G-G-----T------------GGTGTG--TT-GTAG-----GTCTTGAATCATT-T-------T--T---T---G---TA---------------AT-----C------------------TT-----TT-----TA--TG-------TA---C----A---TGTATGTAT--A-CATATTCatcaaaagtggaacaa
gi|6 : caagaaaaacataaaggtttccatataaataatAGATATGGAATAATTA-ACACTAGCACTGTAACTAAA-CT--AAGT-------ATACAA-ACGTAat
gi|7 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGATATGAAATAAAGA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAA-ACGTAA--TTACATGGCAAGTCACGTG-TCTATTGGTTTTGGCTTGCTACTCAATGGC-----A---C---T--GTGG-ACCAGCGCCCTTCCG-A--CGA-AT-A-------ACACGCGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATGGA---A-T-AA----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-AGGCGATT-TAGA-GTG-----T-A----------TATACG-TGT-GTAG-----ATATTG------C-T-------TAGT-----------TA---------------GT-----TTT---------------ATC-----TT-----TA--TC-------TA---T----C---T-TGTGTAA--A-CATTTTCGcat
gi|8 : AGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-TTT-GTAC-----ATTTAG------T-T-------TAGT---T---G---TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATT-----TCAAATATA--TCTT-----TA---T----C---T-TATGTAA--A-CATTTTTG
gi|9 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaATG-C-----A---T---TAAGTCT-ATCA------TTTTG-A--GGA-AT-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAATAACC--ATTTA---A-T-AG----TAAGTA--G-A--A-A---A--CA----------ATGTGATA-TTCA-ATG-----T-A----------TATACG-TTT-GCAG-----ATTTAA------T-T-------AAGT---T---G---TAGTGCTAGTTTTTTTTGT-----TTT---------------TTT-----TT-----TACTTC-------TG---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111111 1111 11111111111111111 2222222222222 111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111
lowQualScore : 5 22 0000000000000000000000000000000000 5 3 2 1 666666666666666 66 3 0 99999 2 33 2 2 2222222 1 1 2 33 2 99999999 4444 33 77777 2 5555 1 88888888888888888 666 2 2 2 2 2 66666 3333333333333 444444444444 2 66666 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 66666 33 5555555 2 555 66666666 2 77 3
lowQualScore : . .. .................................. . . . . ............... .. . . ..... . .. . . ....... . . . .. . ........ .... .. ..... . .... . ................. ... . . . . . ..... ............. ............ . ..... . ........................................................................ ..... ..... .. ....... . ... ........ . .. .
lowQualScore : 7 44 5555555555555555555555555555555555 7 2 5 0 444444444444444 11 3 4 11111 9 99 9 9 1111111 2 1 9 99 9 33333333 3333 77 00000 7 3333 8 22222222222222222 888 5 5 7 5 7 22222 1111111111111 555555555555 5 22222 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333 77777 77 0000000 9 000 22222222 9 33 1
consensus : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAG-----ATTTAG------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
Reference ( family-3710 ) : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAG-----ATTTNG------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|1 : ---T---T--GTGG-ATCAGC--TAATTGG-A--CGA-G-TA-------GGGCGTATC-C--TCATTCGTT-CTATATT---TAA----C--ATAGA---T-T-TG----CAAGC---C-A--ATA---ACCCAAT---A-CC-ATGTGATT-TATA-GTG-----C-A----------AATACG-G----------TT-TTAG-----TTGTAG------TG-----CTAGA---T---A---T-ATTTTTC---------GTCTTG-TTT---------------GTT-----TA-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATCTAA--C-TCTTTTCG
gi|12 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaTG-C-----ACTTT---T--G-GG-AACAGC--CCACTGG-A--TGA-A-TACTGAATAGAATGTGTC-C--TAATTCGCT-TC----T---TAAATACCTTATTTA---A-T-AG----CAA-CAAAC-A--A-A---AATTAAT--TA-AC-ATATAATT-TGCT-GTG-----T-A----------GATACA-T----------TTCGTGG-----ATTTAG------T---------GC-----------T-A---------------GT-----CTT---------------ATT-----TG-----TA--CA-------T-A---TTTTAC---T-TACATGA--A-ACTTTTC
gi|13 : ttaggataaacaTGGCATCAGC--TTATTGG-A--CGATG-TAA------GGGCGTATG-CATCATTTCGTT-CCA---TATTTAAG---C--ATAGA---T-T-TG----TAAGC---C-A--A-T---A--TAATCCAATACCATGTGATT-TATAGGTG-----TAA----------AATACG-G----------TT-TTA------AGTTGG------TAAGTAACTAGA---T---A---T-A---------------TT-----TTTCGC------------CTTTGG--TT-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATGTAAC-G-TCTTTTCGaagttataatgggtga
gi|14 : acaTTGCTACTTAGTG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--AGTTTGT-A--CGA-A-CA-------AAACGTGCC-T--TAATTCGAT--CA---T---TAACAG-C--ATTGA---T-T-AA----C-AGC---C-AC-C-A---A--CAGT--AA-AC-ATATGATT-TGCA--T---------------------TATG-T----------TC-GTAG-----ATTTAG------T------GTAGT---T---A---T-A---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----CA--TTCATTCCGT-A---T----C---T-CATGCAAACA-CCTTTTTGac
gi|15 : aagAAATATGGGATCAATA-AATCTAGCGTTACAACTACA-CGAAA--T-------CTACAAAC-GTA-TTCACACTGTAAGTCACATG-TTTATtga
gi|16 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacatAGATATGGAATAAATA-CAACTAGCACTACATCTAAA-CT--A--TT------CTGCAAA--------------GCAAATCACATG-TTTATTGTTTT--ACTTG-TAAGAAATG------------------GCGG-ACAAGC--CTTTCGG-A--CAA-A-TA-------GGATGTGTC-C--TAATTCGCC-TCG-------TAAAA
gi|17 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataCAGC--TAATTGG-A--GAG-G-TA-------GGA-GTATC----TCATTCGTT-C-------------ATCT--ATT-A---A-T-AGATTGCAAGC---C-ATTA-A---T--CAAT-----AC-ATG-GATT-TATA-ATG-----T-A-----------ATACGTT----------TT-GTTG-----ATt
gi|19 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaaaaattatggactTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--CAATTCGCT-CTG---T---TCAAAA-C--ACTGACGGATT-AG----C-----------------------AT---A-AC-A--TGAAT-TGTA-GTGTAAATT-A----------TATACT-T----------TT-CTAG-----ATTTAG------T------GTAAA---T---T---C-C---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----TC--TC-------tatcac
gi|2 : tacgGG-ACCACA--GTTTTAG-A--C-A-A-TA-------G-ATGTGTC-C--TAATGTGCT-CTC---T---TAAATAC---AT--A---A-TGAG----CAAGC-----A--A-ACACA--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-A----------AGTATG-TGACTGTATGTTT-GTAC-----ATTTAG------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GTGCAAGTTT---------------ATTTCAAATT-----CA--TCT------T-A---T----C---T-TATTTAA--A-CATTTTttgttagatttaca
gi|20 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaa---TAATAAGC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AT-ATATGATT-T--A-GTG-----T-----------------G-T----------TT-GTAGTGCTAGTTTTA------T------TCATTCCAT---A---TTA---------------ATA----TTT---------------ACA-----TA-----TA--TC-------T-A---T----T---T-CATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|20 : gtcaaaATATGGAATGAATA-AAACTAGCACTACAA---------------------------AC--------ACACT--AAATCATATA-TTTATTGTGTTTGGCTTGCTATTCAATG-CTTATTA---T---T--ATGG-ttatggttatcaa
gi|22 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaACATGATTTATAGTTTCTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGA---TAAAT--GTGG-ACTAGC--CCTTTCGTA--TGC-A-TA-------G----TGTC-C--TAATTTGCT-CCG---T---TAATAAGC--ATTGA---A-A-AG----CAAttatcaa
gi|23 : --A-A---C--CAAT--AA-AC-ATGAGATT-TACA-GTG-----T-AAC--------TATACT-TC---------TT-GTAG-----ACTT-G------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GT-----GTT---------------AGT-----TT-----TA--TT-------TAA---T----C---G-TATGTA
gi|24 : aTGG-ACCATC--CCTTTGA-G--CAA-A-TA-------TGATGCGTC-C--TAAATTGCT-CCT---T---TAAAA--C--ATTGA---T-T-AG----CAATC---TAA--A-A---A--CAAT--AA-AC-GTGTGgtt
gi|25 : G-----T-A----------TATACG-T----------TT-GTAA-----ATTTGG------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GC-----GCT---------------ATT-----TC-----TA--TC-------T-AGTGT----C---T-TGTGTAA--GCCCTTTTCG
gi|27 : aaa--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTCAC--TAA-TCACT-CCG---T---CCAAAAGC--A-TAA---A-C-AA----CTAGC---
gi|3 : t----CAAGC---C-A--A-A---AA-CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TACA-GTG-----T-A-----------------------------T-GTAG--------------------------------T---GC--T-A---------------GT-----TTT---------------ATT-----TA-----T---TC-------C-A---TATTCT---T-TAAGCAA--A-CCTTTTC
gi|3 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACA------------------------------------T-ACACTGTAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGt
gi|4 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaATC--ATTGA---A-T-GG----CAAGC---C-A--A-A---G--CCTT--AA-AC-ATGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------AATACG-T----------TT-GTAG-----ATTAAG------T------TTAGT---TTTAGAGCT-A---------------GT-----TTTATTTACTGCATATTCATT-----TT-----TA--TT-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCt
gi|5 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactAACAAACACAAAC---CACTAGAACTAAGGCT--A--TACTAAAGCTACAAACTGAG-TT-ACACTGCAAGTCACCTG-TGTATTGTTTTGGGCTGGATTATCAAAG-T-----T---T---T--------CC---------TGG-AAGCGA-ATTA-------GGATGTGTC-C--GAATTCGCTCCCG---C---CAAAAA-C--ATTGA---T-T-AG----C---C----------A---A--CGA---AA-AT-GTGTGATTGTAAA-G-G-----T------------GGTGTG------------TT-GTAG-----GTCTTGAATCATT------TT--T---T---G---T-A---------------AT-----C------------------TT-----TT-----TA--TG-------T-A---C----A---TGTATGTAT--A-CATATTCcaaaagtggaacaa
gi|6 : caagaaaaacataaaggtttccatataaataatAGATATGGAATAATTA-ACACTAGCACTGTAACTAAA-CT--AAGT-------ATACAAAC-GTA-at
gi|7 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGATATGAAATAAAGA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTAATT-ACATGGCAAGTCACGTG-TCTATTGGTTTTGGCTTGCTACTCAATGGC-----A---C---T--GTGG-ACCAGCGCCCTTCCG-A--CGA-A-TA-------ACACGCGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATGGA---A-T-AA----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-AGGCGATT-TAGA-GTG-----T-A----------TATACG-T----------GT-GTAG-----ATATTG------C------TTAGT-----------T-A---------------GT-----TTT---------------ATC-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TGTGTAA--A-CATTTTCGcat
gi|8 : AGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-T----------TT-GTAC-----ATTTAG------T------TTAGT---T---G---T-A---------------GTGCAAGTTT---------------ATT-----TCAAATATA--TCTT-----T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CATTTTTG
gi|9 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaATG-C-----A---T---TAAGTCT-ATCA------TTTTG-A--GGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAATAACC--ATTTA---A-T-AG----TAAGTA--G-A--A-A---A--CA----------ATGTGATA-TTCA-ATG-----T-A----------TATACG-T----------TT-GCAG-----ATTTAA------T------TAAGT---T---G---T-AGTGCTAGTTTTTTTTGT-----TTT---------------TTT-----TT-----TACTTC-------T-G---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111111 1111 11111111111111111 2222222222222 111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111
lowQualScore : 5 22 0000000000000000000000000000000000 5 3 2 1 666666666666666 66 3 0 99999 2 33 2 2 2222222 1 1 2 33 2 99999999 4444 33 77777 2 5555 1 88888888888888888 666 2 2 2 2 2 66666 3333333333333 444444444444 2 888888888 2 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 66666 33 5555555 2 555 66666666 2 77 3
lowQualScore : . .. .................................. . . . . ............... .. . . ..... . .. . . ....... . . . .. . ........ .... .. ..... . .... . ................. ... . . . . . ..... ............. ............ . ......... . ... ....................................................... ..... ..... .. ....... . ... ........ . .. .
lowQualScore : 7 44 5555555555555555555555555555555555 7 2 5 0 444444444444444 11 3 4 11111 9 99 9 9 1111111 2 1 9 99 9 33333333 3333 77 00000 7 3333 8 22222222222222222 888 5 5 7 5 7 22222 1111111111111 555555555555 5 777777777 5 333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333 77777 77 0000000 9 000 22222222 9 33 1
consensus : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
Reference ( family-3710 ) : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|1 : ---T---T--GTGG-ATCAGC--TAATTGG-A--CGA-G-TA-------GGGCGTATC-C--TCATTCGTT-CTATATT---TAA----C--ATAGA---T-T-TG----CAAGC---C-A--ATA---ACCCAAT---A-CC-ATGTGATT-TATA-GTG-----C-A----------AATACG-G----------TT-TTAGTT------G--T-AGTG-CTAGAT---A---------TATTTTTC---------GTCTTG-TTT---------------GTT-----TA-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATCTAA--C-TCTTTTCG
gi|12 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaTG-C-----ACTTT---T--G-GG-AACAGC--CCACTGG-A--TGA-A-TACTGAATAGAATGTGTC-C--TAATTCGCT-TC----T---TAAATACCTTATTTA---A-T-AG----CAA-CAAAC-A--A-A---AATTAAT--TA-AC-ATATAATT-TGCT-GTG-----T-A----------GATACA-T----------TTCGTGGAT------T--T-AGT-----GC--------------TA---------------GT-----CTT---------------ATT-----TG-----TA--CA-------T-A---TTTTAC---T-TACATGA--A-ACTTTTC
gi|13 : ttaggataaacaTGGCATCAGC--TTATTGG-A--CGATG-TAA------GGGCGTATG-CATCATTTCGTT-CCA---TATTTAAG---C--ATAGA---T-T-TG----TAAGC---C-A--A-T---A--TAATCCAATACCATGTGATT-TATAGGTG-----TAA----------AATACG-G----------TT-TTAAGT------TGGTAAGTAACTAGAT---A---------TA---------------TT-----TTTCGC------------CTTTGG--TT-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATGTAAC-G-TCTTTTCGaagttataatgggtga
gi|14 : acaTTGCTACTTAGTG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--AGTTTGT-A--CGA-A-CA-------AAACGTGCC-T--TAATTCGAT--CA---T---TAACAG-C--ATTGA---T-T-AA----C-AGC---C-AC-C-A---A--CAGT--AA-AC-ATATGATT-TGCA--T---------------------TATG-T----------TC-GTAGAT------T--T-AGT--GTAGTT---A---------TA---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----CA--TTCATTCCGT-A---T----C---T-CATGCAAACA-CCTTTTTGac
gi|15 : aagAAATATGGGATCAATA-AATCTAGCGTTACAACTACA-CGAAA--T-------CTACAAAC-GTA-TTCACACTGTAAGTCACATG-TTTATtga
gi|16 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacatAGATATGGAATAAATA-CAACTAGCACTACATCTAAA-CT--A--TT------CTGCAAA--------------GCAAATCACATG-TTTATTGTTTT--ACTTG-TAAGAAATG------------------GCGG-ACAAGC--CTTTCGG-A--CAA-A-TA-------GGATGTGTC-C--TAATTCGCC-TCG-------TAAAA
gi|17 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataCAGC--TAATTGG-A--GAG-G-TA-------GGA-GTATC----TCATTCGTT-C-------------ATCT--ATT-A---A-T-AGATTGCAAGC---C-ATTA-A---T--CAAT-----AC-ATG-GATT-TATA-ATG-----T-A-----------ATACGTT----------TT-GTTGA----------T-AGT--CCA----------------TA---------------AT-----TTT---------------t
gi|19 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--CAATTCGCT-CTG---T---TCAAAA-C--ACTGACGGATT-AG----C-----------------------AT---A-AC-A--TGAAT-TGTA-GTGTAAATT-A----------TATACT-T----------TT-CTAGAT------T--T-AGT--GTAAAT---T---------CC---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----TC--TC-------tatcac
gi|2 : tacgGG-ACCACA--GTTTTAG-A--C-A-A-TA-------G-ATGTGTC-C--TAATGTGCT-CTC---T---TAAATAC---AT--A---A-TGAG----CAAGC-----A--A-ACACA--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-A----------AGTATG-TGACTGTATGTTT-GTACAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATTTCAAATT-----CA--TCT------T-A---T----C---T-TATTTAA--A-CATTTTttgttagatttaca
gi|20 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaa---TAATAAGC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AT-ATATGATT-T--A-GTG-----T-----------------G-T----------TT-GTAGTG------C--T-AGT--TTTATT---CATTCCATATTA---------------ATA----TTT---------------ACA-----TA-----TA--TC-------T-A---T----T---T-CATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|20 : gtcaaaATATGGAATGAATA-AAACTAGCACTACAA---------------------------AC--------ACACT--AAATCATATA-TTTATTGTGTTTGGCTTGCTATTCAATG-CTTATTA---T---T--ATGG-ttatggttatcaa
gi|22 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaACATGATTTATAGTTTCTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGA---TAAAT--GTGG-ACTAGC--CCTTTCGTA--TGC-A-TA-------G----TGTC-C--TAATTTGCT-CCG---T---TAATAAGC--ATTGA---A-A-AG----CAAttatcaa
gi|23 : --A-A---C--CAAT--AA-AC-ATGAGATT-TACA-GTG-----T-AAC--------TATACT-TC---------TT-GTAGAC------T--T--GT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----GTT---------------AGT-----TT-----TA--TT-------TAA---T----C---G-TATGTA
gi|24 : aTGG-ACCATC--CCTTTGA-G--CAA-A-TA-------TGATGCGTC-C--TAAATTGCT-CCT---T---TAAAA--C--ATTGA---T-T-AG----CAATC---TAA--A-A---A--CAAT--AA-AC-GTGTGgtt
gi|25 : G-----T-A----------TATACG-T----------TT-GTAAAT------T--T-GGT--TTAGTT---G---------TA---------------GC-----GCT---------------ATT-----TC-----TA--TC-------T-AGTGT----C---T-TGTGTAA--GCCCTTTTCG
gi|27 : aaa--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTCAC--TAA-TCACT-CCG---T---CCAAAAGC--A-TAA---A-C-AA----CTAGC---
gi|3 : t----CAAGC---C-A--A-A---AA-CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TACA-GTG-----T-A-----------------------------T-GTAG-----------------------T---GC--------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TA-----T---TC-------C-A---TATTCT---T-TAAGCAA--A-CCTTTTC
gi|3 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACA------------------------------------T-ACACTGTAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGt
gi|4 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaATC--ATTGA---A-T-GG----CAAGC---C-A--A-A---G--CCTT--AA-AC-ATGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------AATACG-T----------TT-GTAGAT------T--A-AGT--TTAGTTTTAGAGC------TA---------------GT-----TTTATTTACTGCATATTCATT-----TT-----TA--TT-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCt
gi|5 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactAACAAACACAAAC---CACTAGAACTAAGGCT--A--TACTAAAGCTACAAACTGAG-TT-ACACTGCAAGTCACCTG-TGTATTGTTTTGGGCTGGATTATCAAAG-T-----T---T---T--------CC---------TGG-AAGCGA-ATTA-------GGATGTGTC-C--GAATTCGCTCCCG---C---CAAAAA-C--ATTGA---T-T-AG----C---C----------A---A--CGA---AA-AT-GTGTGATTGTAAA-G-G-----T------------GGTGTG------------TT-GTAGGTCTTGAAT--C-ATT--TT--TT---G---------TA---------------AT-----C------------------TT-----TT-----TA--TG-------T-A---C----A---TGTATGTAT--A-CATATTCcaaaagtggaacaa
gi|6 : caagaaaaacataaaggtttccatataaataatAGATATGGAATAATTA-ACACTAGCACTGTAACTAAA-CT--AAGT-------ATACAAAC-GTA-at
gi|7 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGATATGAAATAAAGA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTAATT-ACATGGCAAGTCACGTG-TCTATTGGTTTTGGCTTGCTACTCAATGGC-----A---C---T--GTGG-ACCAGCGCCCTTCCG-A--CGA-A-TA-------ACACGCGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATGGA---A-T-AA----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-AGGCGATT-TAGA-GTG-----T-A----------TATACG-T----------GT-GTAGAT------A--T-TGC--TTAGT--------------TA---------------GT-----TTT---------------ATC-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TGTGTAA--A-CATTTTCGcat
gi|8 : AGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-T----------TT-GTACAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATT-----TCAAATATA--TCTT-----T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CATTTTTG
gi|9 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaATG-C-----A---T---TAAGTCT-ATCA------TTTTG-A--GGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAATAACC--ATTTA---A-T-AG----TAAGTA--G-A--A-A---A--CA----------ATGTGATA-TTCA-ATG-----T-A----------TATACG-T----------TT-GCAGAT------T--T-AAT--TAAGTT---G---------TAGTGCTAGTTTTTTTTGT-----TTT---------------TTT-----TT-----TACTTC-------T-G---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666 333333333333333 1111111 1111 11111111111111111 2222222222222 111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1111111 11111111
lowQualScore : 5 22 0000000000000000000000000000000000 5 3 2 1 666666666666666 66 3 0 99999 2 33 2 2 2222222 1 1 2 33 2 99999999 4444 33 77777 2 5555 1 88888888888888888 666 2 2 2 2 2 66666 3333333333333 444444444444 2 888888888 2 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 66666 33 5555555 2 555 66666666 2 77 3
lowQualScore : . .. .................................. . . . . ............... .. . . ..... . .. . . ....... . . . .. . ........ .... .. ..... . .... . ................. ... . . . . . ..... ............. ............ . ......... . ... ....................................................... ..... ..... .. ....... . ... ........ . .. .
lowQualScore : 7 44 5555555555555555555555555555555555 7 2 5 0 444444444444444 11 3 4 11111 9 99 9 9 1111111 2 1 9 99 9 33333333 3333 77 00000 7 3333 8 22222222222222222 888 5 5 7 5 7 22222 1111111111111 555555555555 5 777777777 5 333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333 77777 77 0000000 9 000 22222222 9 33 1
consensus : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
Reference ( family-3710 ) : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|1 : ---T---T--GTGG-ATCAGC--TAATTGG-A--CGA-G-TA-------GGGCGTATC-C--TCATTCGTT-CTATATT---TAA----C--ATAGA---T-T-TG----CAAGC---C-A--ATA---ACCCAAT---A-CC-ATGTGATT-TATA-GTG-----C-A----------AATACG-G----------TT-TTAGTT------G--T-AGTG-CTAGAT---A---------TATTTTTC---------GTCTTG-TTT---------------GTT-----TA-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATCTAA--C-TCTTTTCG
gi|12 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaTG-C-----ACTTT---T--G-GG-AACAGC--CCACTGG-A--TGA-A-TACTGAATAGAATGTGTC-C--TAATTCGCT-TC----T---TAAATACCTTATTTA---A-T-AG----CAA-CAAAC-A--A-A---AATTAAT--TA-AC-ATATAATT-TGCT-GTG-----T-A----------GATACA-T----------TTCGTGGAT------T--T-AGT-----GC--------------TA---------------GT-----CTT---------------ATT-----TG-----TA--CA-------T-A---TTTTAC---T-TACATGA--A-ACTTTTC
gi|13 : ttaggataaacaTGGCATCAGC--TTATTGG-A--CGATG-TAA------GGGCGTATG-CATCATTTCGTT-CCA---TATTTAAG---C--ATAGA---T-T-TG----TAAGC---C-A--A-T---A--TAATCCAATACCATGTGATT-TATAGGTG-----TAA----------AATACG-G----------TT-TTAAGT------TGGTAAGTAACTAGAT---A---------TA---------------TT-----TTTCGC------------CTTTGG--TT-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATGTAAC-G-TCTTTTCGaagttataatgggtga
gi|14 : acaTTGCTACTTAGTG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--AGTTTGT-A--CGA-A-CA-------AAACGTGCC-T--TAATTCGAT--CA---T---TAACAG-C--ATTGA---T-T-AA----C-AGC---C-AC-C-A---A--CAGT--AA-AC-ATATGATT-TGCA--T---------------------TATG-T----------TC-GTAGAT------T--T-AGT--GTAGTT---A---------TA---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----CA--TTCATTCCGT-A---T----C---T-CATGCAAACA-CCTTTTTGac
gi|15 : aagAAATATGGGATCAATA-AATCTAGCGTTACAACTACA-CGAAA--T-------CTACAAAC-GTA-TTCACACTGTAAGTCACATG-TTTATtga
gi|16 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacatAGATATGGAATAAATA-CAACTAGCACTACATCTAAA-CT--A--TT------CTGCAAA--------------GCAAATCACATG-TTTATTGTTTT--ACTTG-TAAGAAATG------------------GCGG-ACAAGC--CTTTCGG-A--CAA-A-TA-------GGATGTGTC-C--TAATTCGCC-TCG-------TAAAA
gi|17 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataCAGC--TAATTGG-A--GAG-G-TA-------GGA-GTATC----TCATTCGTT-C-------------ATCT--ATT-A---A-T-AGATTGCAAGC---C-ATTA-A---T--CAAT-----AC-ATG-GATT-TATA-ATG-----T-A-----------ATACGTT----------TT-GTTGA----------T-AGT--CCA----------------TA---------------AT-----TTT---------------t
gi|19 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--CAATTCGCT-CTG---T---TCAAAA-C--ACTGACGGATT-AG----C-----------------------AT---A-AC-A--TGAAT-TGTA-GTGTAAATT-A----------TATACT-T----------TT-CTAGAT------T--T-AGT--GTAAAT---T---------CC---------------GT-----GCT---------------ATT-----TT-----TC--TC-------tatcac
gi|2 : tacgGG-ACCACA--GTTTTAG-A--C-A-A-TA-------G-ATGTGTC-C--TAATGTGCT-CTC---T---TAAATAC---AT--A---A-TGAG----CAAGC-----A--A-ACACA--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-A----------AGTATG-TGACTGTATGTTT-GTACAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATTTCAAATT-----CA--TCT------T-A---T----C---T-TATTTAA--A-CATTTTttgttagatttaca
gi|20 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaa---TAATAAGC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AT-ATATGATT-T--A-GTG-----T-----------------G-T----------TT-GTAGTG------C--T-AGT--TTTATT---CATTCCATATTA---------------ATA----TTT---------------ACA-----TA-----TA--TC-------T-A---T----T---T-CATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|20 : gtcaaaATATGGAATGAATA-AAACTAGCACTACAA---------------------------AC--------ACACT--AAATCATATA-TTTATTGTGTTTGGCTTGCTATTCAATG-CTTATTA---T---T--ATGG-ttatggttatcaa
gi|22 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaACATGATTTATAGTTTCTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGA---TAAAT--GTGG-ACTAGC--CCTTTCGTA--TGC-A-TA-------G----TGTC-C--TAATTTGCT-CCG---T---TAATAAGC--ATTGA---A-A-AG----CAAttatcaa
gi|23 : --A-A---C--CAAT--AA-AC-ATGAGATT-TACA-GTG-----T-AAC--------TATACT-TC---------TT-GTAGAC------T--T--GT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----GTT---------------AGT-----TT-----TA--TT-------TAA---T----C---G-TATGTA
gi|24 : aTGG-ACCATC--CCTTTGA-G--CAA-A-TA-------TGATGCGTC-C--TAAATTGCT-CCT---T---TAAAA--C--ATTGA---T-T-AG----CAATC---TAA--A-A---A--CAAT--AA-AC-GTGTGgtt
gi|25 : G-----T-A----------TATACG-T----------TT-GTAAAT------T--T-GGT--TTAGTT---G---------TA---------------GC-----GCT---------------ATT-----TC-----TA--TC-------T-AGTGT----C---T-TGTGTAA--GCCCTTTTCG
gi|27 : aaa--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTCAC--TAA-TCACT-CCG---T---CCAAAAGC--A-TAA---A-C-AA----CTAGC---
gi|3 : t----CAAGC---C-A--A-A---AA-CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TACA-GTG-----T-A-----------------------------T-GTAG-----------------------T---GC--------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TA-----T---TC-------C-A---TATTCT---T-TAAGCAA--A-CCTTTTC
gi|3 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACA------------------------------------T-ACACTGTAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGt
gi|4 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaATC--ATTGA---A-T-GG----CAAGC---C-A--A-A---G--CCTT--AA-AC-ATGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------AATACG-T----------TT-GTAGAT------T--A-AGT--TTAGTTTTAGAGC------TA---------------GT-----TTTATTTACTGCATATTCATT-----TT-----TA--TT-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCt
gi|5 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactAACAAACACAAAC---CACTAGAACTAAGGCT--A--TACTAAAGCTACAAACTGAG-TT-ACACTGCAAGTCACCTG-TGTATTGTTTTGGGCTGGATTATCAAAG-T-----T---T---T--------CC---------TGG-AAGCGA-ATTA-------GGATGTGTC-C--GAATTCGCTCCCG---C---CAAAAA-C--ATTGA---T-T-AG----C---C----------A---A--CGA---AA-AT-GTGTGATTGTAAA-G-G-----T------------GGTGTG------------TT-GTAGGTCTTGAAT--C-ATT--TT--TT---G---------TA---------------AT-----C------------------TT-----TT-----TA--TG-------T-A---C----A---TGTATGTAT--A-CATATTCcaaaagtggaacaa
gi|6 : caagaaaaacataaaggtttccatataaataatAGATATGGAATAATTA-ACACTAGCACTGTAACTAAA-CT--AAGT-------ATACAAAC-GTA-at
gi|7 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGATATGAAATAAAGA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTAATT-ACATGGCAAGTCACGTG-TCTATTGGTTTTGGCTTGCTACTCAATGGC-----A---C---T--GTGG-ACCAGCGCCCTTCCG-A--CGA-A-TA-------ACACGCGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATGGA---A-T-AA----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-AGGCGATT-TAGA-GTG-----T-A----------TATACG-T----------GT-GTAGAT------A--T-TGC--TTAGT--------------TA---------------GT-----TTT---------------ATC-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TGTGTAA--A-CATTTTCGcat
gi|8 : AGC---C-A--A-AC--A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-T----------TT-GTACAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GTGCAAGTTT---------------ATT-----TCAAATATA--TCTT-----T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CATTTTTG
gi|9 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaATG-C-----A---T---TAAGTCT-ATCA------TTTTG-A--GGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAATAACC--ATTTA---A-T-AG----TAAGTA--G-A--A-A---A--CA----------ATGTGATA-TTCA-ATG-----T-A----------TATACG-T----------TT-GCAGAT------T--T-AAT--TAAGTT---G---------TAGTGCTAGTTTTTTTTGT-----TTT---------------TTT-----TT-----TACTTC-------T-G---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
blockSeqs : C TC AGGCTATACTAAAGCTACAAACTGAGTT A T C A CTTATGATAAA AA C GCCCT T AG T T CTGAATA A T A AT C ATATT ATAC TT CGGAT G ATTG A AAACAAAAAT CCA T C G G G TAAAT AAGTATGTGACT TGACTGTATGT C CTTGAAT A AAC TTAGAGCTAGTTTTATTTACTGCATATTC TCAAA AAATA CT CATTCCG A GTG TTTAC G AC C
blockSeqs : . AC AACTATCTACAAACGTAATT . T C T CTTATTAT . . CCA . . . . A G C . . . AT ATAC . A . . A CATTAAT T . . . A . . AACT TT . TGG . G GTAGTGCTAGTTTTTTTTGTTTT TGG . . TT . . ATTCT . C .
blockSeqs : . AC AACTATTCTGCAAA . T A T GCAC . . TTA . . . . . A C . . . GT TAAG . T . . A AAACACA A . . . G . . AAA TC . T . C CATTCCATATTAATATTT . . . T . . CTCA . . .
blockSeqs : . AC AC . G C A CAT . . AGT . . . . . G T . . . CT TAAG . T . . A CACCAA A . . . A . . AG T . T . G GTAGTGCAAGTTT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . A T . T . C TTT . . CTT . . . . . G C . . . GT AAAG . A . . A CAAACA A . . . G . . AT G . T . T GTAGTGCAAGTTT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . CAT . . TAA . . . . . G T . . . TT AAAC . A . . A TAAAAA A . . . G . . AA T . T . T ATATTTTTCGC . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . GTT . . . . . G T . . . GT TAAC . A . . A CAAAAA A . . . A . . AT T . C . T GCTAGTTTT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . CCT . . . . . G C . . . GC CAG . A . . T CAAACA A . . . A . . AA T . T . T ATAGTGCT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . CCT . . . . . G T . . . GT ATC . T . . A AGAAAA A . . . G . . AT T . T . T TCCGTGCT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . CCT . . . . . C C . . . GT AAA . A . . A CAATA A . . . A . . AT T . T . T GTAGTGTT . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . . . G C . . . T AAA . A . . A CAAAG A . . . A . . A T . A . T GTAGCGCT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G AA . T . . A CAAAA A . . . G . . A T . T . T TAGTCTT . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . A . . . AA . . . . T . . G T . T . T TAATTTT . . . . . . C .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TAGTTTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GTAATC
blockSeqCons : AGCTATCTGCAAAT******************** CAT************ GT****** NAAC CAAAAA*********** A** T** C*******
originalCons : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CT--A--T-------CTACAAAC-GTA-TT-ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCG---T---TAAAAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGC---C-A--A-A---A--CAAT--AA-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGT--TTAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
finalCons : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAGCTATCTGCAAAT--------------------ACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATGCAT------------T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-TA-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-CCGT------TAANAACC--ATTGA---A-T-AG----CAAGCCAAAAA-----------CAATA--A-AC-ATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T----------TT-GTAGAT------T--T-AGTT--TAGTT---G---------TA---------------GT-----TTT---------------ATT-----TT-----TA--TC-------T-A---TC-------T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999 333333333333333 11111 1111111 1111 11111 3333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111 11111111
lowQualScore : 6 7777777777777777777777777777777777 0 6 1 0 1 666666666666666 55 3 11111 2 33 2 2 2 1111111 0 0 2 33 2 444 2 888 4444 33 00000 2 2 2 555555555555555 33 2 1 2 55555 0000000000000 2 2 2 666666666 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 7777777 33 44444444 2 444 33333333 5 66 2
lowQualScore : . .................................. . . . . . ............... .. . ..... . .. . . . ....... . . . .. . ... . ... .... .. ..... . . . ............... .. . . . ..... ............. . . . ......... . ................................................................. ..... ....... .. ........ . ... ........ . .. .
lowQualScore : 7 2222222222222222222222222222222222 6 7 4 7 0 777777777777777 55 1 66666 7 77 7 7 7 3333333 5 3 7 77 7 777 6 888 7777 44 66666 5 4 6 888888888888888 22 4 9 4 66666 2222222222222 2 2 2 777777777 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 0000000 22 88888888 5 444 99999999 0 88 9
consensus : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CTA--T-------CTACAAAC-----TACACTGCAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-T-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-C---CGT---TAAAAA-C--ATTGA---A-T-AG-CAAGC---CA-A-A-A-A--C--AATAAACATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T-TT-GTAGAT------T--T-AGT------TTAGTT------G---TA---------------GT-----TT-T---------------ATT-----T-T-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
Reference ( family-3710 ) : AGATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACAACTAAG-CTA--T-------CTGCAAA------TACACTGCAAGTCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGCTANTCAATG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--CCTTTGG-A--CGA-A-T-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-C---CGT---TAANAACC--ATTGA---A-T-AG-CAAGC---CA-A-A-A-A--C--AATAAACATGTGATT-TGCA-GTG-----T-A----------NATACG-T-TT-GTAGAT------T--T-AGT------TTAGTT------G---TA---------------GT-----TT-T---------------ATT-----T-T-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|1 : ---T---T--GTGG-ATCAGC--TAATTGG-A--CGA-G-T-A-------GGGCGTATC-C--TCATTCGTT-C---TATATTTAA----C--ATAGA---T-T-TG-CAAGC---CA-A-T-A-A--CCCAATAC-CATGTGATT-TATA-GTG-----C-A----------AATACG-G-TT-TTAGTT------G--T-AGTG-----CTAGAT------A---TATTTTTC---------GTCTTG-TT-T---------------GTT-----T-A-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATCTAA--C-TCTTTTCG
gi|12 : cagctaacgcttaagcgctttaaaaagcactatgttccagcaacactcggtacctataagtgtcggatccactatgtggatgcaaggccaaatccaaaagttatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaTG-C-----ACTTT---T--G-GG-AACAGC--CCACTGG-A--TGA-A-T-ACTGAATAGAATGTGTC-C--TAATTCGCT-T---C-T---TAAATACCTTATTTA---A-T-AG-CAA-CAAACA-A-A-A-AT-T--AATTAACATATAATT-TGCT-GTG-----T-A----------GATACA-T-TTCGTGGAT------T--T-AGT---------GC-----------TA---------------GT-----CT-T---------------ATT-----T-G-----TA--CA-------T-A---TTTTAC---T-TACATGA--A-ACTTTTC
gi|13 : ttaggataaacaTGGCATCAGC--TTATTGG-A--CGATG-T-AA------GGGCGTATG-CATCATTTCGTT-C---CATATTTAAG---C--ATAGA---T-T-TG-TAAGC---CA-ATATA-ATCC--AATAC-CATGTGATT-TATAGGTG-----TAA----------AATACG-G-TT-TTAAGT------TGGTAAGTAA----CTAGAT------A---TA---------------TT-----TT-TCGC------------CTTTGG--T-T-----TA--TT-------T-A---T----CTCAT-TATGTAAC-G-TCTTTTCGaagttataatgggtga
gi|14 : acaTTGCTACTTAGTG-C-----A---T---T--GTGG-ACCAGC--AGTTTGT-A--CGA-A-C-A-------AAACGTGCC-T--TAATTCGAT-----CAT---TAACAG-C--ATTGA---T-T-AA-C-AGC---CA-C-C-A-A--C--AGTAAACATATGATT-TGCA--T---------------------TATG-T-TC-GTAGAT------T--T-AGT------GTAGTT------A---TA---------------GT-----GC-T---------------ATT-----T-T-----CA--TTCATTCCGT-A---T----C---T-CATGCAAACA-CCTTTTTGac
gi|15 : aagATAAACATGTGACT-TACA-GTG-----T-G----------AATACG-T-TT-GTAGAT------T--T-CGT------GTAGTT------G---TA---------------AC-----GC-T---------------AGA-----T-T-----TA--TT-------G-A---T----C---C-CATATtga
gi|16 : aaaatgaccaacgacacaaaatttccagacacgaccggtcccttcatgacaaatgtaaatatttacacaggataaagaaatataaagaaacataaAGATATGGAATAAATA-CAACTAGCACTACATCTAAA-CTA--TT------CTGCAAA------------GCAAATCACATG-TTTATTGTTTT--ACTTG-TAAGAAATG------------------GCGG-ACAAGC--CTTTCGG-A--CAA-A-T-A-------GGATGTGTC-C--TAATTCGCC-T---CGT---AAA
gi|17 : ccctaatttaggacaagcggaaaggtatacataCAGC--TAATTGG-A--GAG-G-T-A-------GGA-GTATC----TCATTCGTT-CATCTAT---TAATAG----ATTG-----------CAAGC---CATT-A-A-T--C--AAT--ACATG-GATT-TATA-ATG-----T-A-----------ATACGTT-TT-GTTGA----------T-AGT------CCA-------------TA---------------AT-----TT-T---------------at
gi|19 : acacgaaagaaataattacataattaacaaaatgaacaacaaggcaaTTTGG-A--CGA-A-T-A-------GGACGTGTC-C--CAATTCGCT-C---TGT---TCAAAA-C--ACTGACGGATT-AG-C-----------------------AT-AACA--TGAAT-TGTA-GTGTAAATT-A----------TATACT-T-TT-CTAGAT------T--T-AGT------GTAAAT------T---CC---------------GT-----GC-T---------------ATT-----T-T-----TC--TC-------tatcac
gi|2 : tacgGG-ACCACA--GTTTTAG-A--C-A-A-T-A-------G-ATGTGTC-C--TAATGTGCT-C---TCT---TAAATAC---AT--A---A-TGAG-CAAGC---AA-A-C-ACA--C--AATAAACATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-T-TT-GTACAT------T--T-AGT------TTAGTT------G---TA---------------GTGCAAGTT-T---------------ATTTCAAAT-T-----CA--TCT------T-A---T----C---T-TATTTAA--A-CATTTTttgttagatttaca
gi|20 : gtaaatttatcaagaaaacaaatgtcagccaaaaaacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatttacaagcactaaaatgacctatgatgcaaacaattttaaaaaaatttgtcaaattttgagcaactgtccttcttacggacaaacaa---TAATAAGC--ATTGA---A-T-AG-CAAGC---CA-A-A-C-A--C--AATAAATATATGATT-T--A-GTG-----T-----------------G-T-TT-GTAGTG------C--T-AGT------TTTATTCATTCCA---TA---------------TTAATA-TT-T---------------ACA-----T-A-----TA--TC-------T-A---T----T---T-CATGTAA--A-CCTTTTCG
gi|20 : gtcaaaATATGGAATGAATA-AAACTAGCACTACAA-------------------------A------CACACT--AAATCATATA-TTTATTGTGTTTGGCTTGCTATTCAATG-CTTATTA---T---T--ATGG-ttatggttatcaa
gi|22 : gtcaaacgaaaaggtttacatgaaatagatatatgtaaatattaACATGATTTATAGTTTCTGGCTTGCTCTTCAATG-CTTATGA---TAAAT--GTGG-ACTAGC--CCTTTCGTA--TGC-A-T-A-------G----TGTC-C--TAATTTGCT-C---CGT---TAATAAGC--ATTGA---A-A-AG-CAAttatcaa
gi|23 : -A-A-C--C--AATAAACATGAGATT-TACA-GTG-----T-AAC--------TATACT-TCTT-GTAGAC------T--T--GT------TTAGTT------G---TA---------------GT-----GT-T---------------AGT-----T-T-----TA--TT-------TAA---T----C---G-TATGTA
gi|24 : aTGG-ACCATC--CCTTTGA-G--CAA-A-T-A-------TGATGCGTC-C--TAAATTGCT-C---CTT---TAAAA--C--ATTGA---T-T-AG-CAATC---TA-A-A-A-A--C--AATAAACGTGTGgtt
gi|25 : G-----T-A----------TATACG-T-TT-GTAAAT------T--T-GGT------TTAGTT------G---TA---------------GC-----GC-T---------------ATT-----T-C-----TA--TC-------T-AGTGT----C---T-TGTGTAA--GCCCTTTTCG
gi|27 : aaa--CCTTTGG-A--CGA-A-T-A-------GGACGTGTCAC--TAA-TCACT-C---CGT---CCAAAAGC--A-TAA---A-C-AA-CTAGC---
gi|3 : t-CAAGC---CA-A-A-A-A--C--AATAAACATGTGATT-TACA-GTG-----T-A--------------------T-GTAG---------------------------T------GC--TA---------------GT-----TT-T---------------ATT-----T-A-----T---TC-------C-A---TATTCT---T-TAAGCAA--A-CCTTTTC
gi|3 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgaATATGGAATAAATA-AAACTAGCACTACA---------------------------------TACACTGTAAATCACATG-TTTATTGTTTTTGGCTTGt
gi|4 : agaccaagtgtggtccacttataaaggtaatatatttcaacttctgaacatcacagaaaattctcaagttccttgtacatgtatatgagcactaaattccaacaactcccaatacctatcagtgtcggatccacaaagcggatgcaatctcaaacagacgactaaaatgaccaacgacacgaattattttcgggacgacatgtcccatcatcaggacaaacgagaaaaggtttgcttaaagaATC--ATTGA---A-T-GG-CAAGC---CA-A-A-G-C--C--T-TAAACATGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------AATACG-T-TT-GTAGAT------T--A-AGT------TTAGTTTTA---GAGCTA---------------GT-----TT-TATTTACTGCATATTCATT-----T-T-----TA--TT-------T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCt
gi|5 : aaacaacgcccgatacctatcagtgtcggatcaacaatgttgatgcaaggtcaaacaaataaaagtatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaactTTTTCGTTGGCTAATCAATG-T---------T---T--TTGG---CGG--------GA-G--CGA-A-TTC-------GGACACATC-C--TAATTCGCT-T---CCA---GGAAAACT---TTGA-----T-AATCCAGC---CC-A-A-A-A--C--AATACACAGGTGACT-TGCA-GTG-----T-A----------ACTCAG-T-TT-GTAGCT------T--T-AGTATAGCCTTAGTTCTA---G---TG---------------GT-----TTGT---------------GTT-----TGT-----TA--T--------T-A---T----T---TATATGGAA--A-CCTTTcaaaagtggaacaa
gi|5 : caagaaaaacatAACAAACACAAAC---CACTAGAACTAAGGCTA--TACTAAAGCTACAAACTGAGTTACACTGCAAGTCACCTG-TGTATTGTTTTGGGCTGGATTATCAAAG-T-----T---T---T--------CC---------TGG-AAGCGA-ATT-A-------GGATGTGTC-C--GAATTCGCTCC---CGC---CAAAAA-C--ATTGA---T-T-AG-C---C----------A-A--C--GA-AAATGTGTGATTGTAAA-G-G-----T------------GGTGTG---TT-GTAGGTCTTGAAT--C-ATT------TT--TT------G---TA---------------AT-----C-------------------TT-----T-T-----TA--TG-------T-A---C----A---TGTATGTAT--A-CATATTCtgtgtgattgtaaaggtggtgtgttgtaggtcttgaatcattttttgtaatctttttatgtacatgtatgtatacatattcat
gi|6 : caagaaaaacataaaggtttccatataaataatAGATATGGAATAATTA-ACACTAGCACTGTAACTAAA-CTAAGT-------ATACAAACG----TACAat
gi|7 : gatattttgaaattgaaatttgttcaaaccttatgtaaaagcattaaaatccaacaacacccggtgtacctatcagtgtcggatccatataacggatgcaaggccaaacagaagaattatacaaaatactaaaaacgagaaacgacacgaactatttttgggtcgacccatcccttcttcagaacaaggtttacatacgatagacatacataAGATATGAAATAAAGA-AAACTAGCACTACAACTAAA-CTA--T-------CTACAAACGTAATTACATGGCAAGTCACGTG-TCTATTGGTTTTGGCTTGCTACTCAATGGC-----A---C---T--GTGG-ACCAGCGCCCTTCCG-A--CGA-A-T-A-------ACACGCGTC-C--TAATTCGCT-C---CGT---TAAAAACC--ATGGA---A-T-AA-CAAGC---C--A-A-A-A--C--AATAAACAGGCGATT-TAGA-GTG-----T-A----------TATACG-T-GT-GTAGAT------A--T-TGC------TTAGT-----------TA---------------GT-----TT-T---------------ATC-----T-T-----TA--TC-------T-A---T----C---T-TGTGTAA--A-CATTTTCGt
gi|8 : AGC---CA-A-A-C-A--C--AATAAACATGTGATT-TGCA-ATG-----T-AAGTATGTGACTGTATG-T-TT-GTACAT------T--T-AGT------TTAGTT------G---TA---------------GTGCAAGTT-T---------------ATT-----T-CAAATATA--TCTT-----T-A---T----C---T-TATGTAA--A-CATTTTTG
gi|9 : aacacccgatacctatcagtgtcaggtccacaaagtggatacaaggtcaaacacaattatacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaATG-C-----A---T---TAAGTCT-ATCA------TTTTG-A--GGA-A-T-A-------GGACGTGTC-C--TAATTCGCT-C---CGT---TAATAACC--ATTTA---A-T-AG-TAAGT---AG-A-A-A-A--C--A------ATGTGATA-TTCA-ATG-----T-A----------TATACG-T-TT-GCAGAT------T--T-AAT------TAAGTT------G---TAGTGCTAGTTTTTTTTGT-----TT-T---------------TTT-----T-T-----TACTTC-------T-G---T----C---T-TATGTAA--A-CCTTTTCG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCAGATCAAAAATGACAGTTGGTTTAAACAGATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTTAACATAAAAATA
Unaligned ( gi|11 ): TAGATCAAAATGATGCAGTTGGTTTAAACAGTATATAAAAGCACCATGCTCCAACAACACCCGATACTTATCAATGTCGGATCAACAAAGTGGATTCAAGGTCAAACAGAAGCACAAAGGTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACGAAAAGGTTAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTATAAGAACTATATTGCTTTTGATTCTATACATAAAATAAAAGTCCATGGTACAGTATATTAGGAAATATTCCAACAACACCGAATCATGCACTTGTTAGTGTCGGATCCACGATAACGGAGAAGGTTTAACAGAAGAATCACACATGATTTATAGTTTCTGG
Unaligned ( gi|21 ): CTGATATTTTAAAACATAACATTAGAAATAATCTTTAGTATTATAATTCCAATAACATCCAATACCTATCAGTGTCGAATCCACAAAACGGATGCAAGGTCAAATAGAAGAAT
Unaligned ( gi|26 ): AAAATGACCAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG
Unaligned ( gi|28 ): GATAACTATCAGTCTCGGATCCACAACGTAGATACAATGTCAAATAC