lowQualScore                  :                                                          11                                    555555555555555555555555555555555                                    333333333333333                                           
lowQualScore                  :                                      11 1 11 1 1    11   66  2  88  1    44444  2    33333  1  111111111111111111111111111111111  1   3 99  1  9    777777 3 555    555555555555555   4   1  44  3 1 3    1     1 22 1     4  
lowQualScore                  :                                      .. . .. . .    ..   ..  .  ..  .    .....  .    .....  .  .................................  .   . ..  .  .    ...... . ...    ...............   .   .  ..  . . .    .     . .. .     .  
lowQualScore                  :                                      88 3 88 2 2    77   33  5  22  2    77777  4    00000  2  111111111111111111111111111111111  5   1 44  6  0    333333 5 888    000000000000000   5   7  55  1 5 1    5     5 11 6     9  
consensus                     :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-TGG----G---------ACGAG-----TGGA-CTC-AGGAC-CCCTGAC-GTT--G-G---ACGA-GTC-----------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGATG
Reference ( gi|1 )            :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-TGT-CCC-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-TGG----G---------ACGAG-----TAGA-CTC-AGCAC-CCTTGAC-ATT--G-G---ACGA-GTT-----------AGTAGAC-TCG-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGGTG
gi|7                          :                                ATCCTC--A----A-A-CGTC--AGG--GT-CCT-GA-GTCCACTGGAC-TCGT-----GG-CC---------------------ACGAG-----TGGA-CTC-AGGAC-CCCT--C-GTT--GTG---AGGA-G
gi|4                          :                                ATCCCC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG--C--G-TGA----GATCTCGCTCACGAG-----TGGA-CAC-AGGAC-CGCTGAC-GCT--G-
gi|4                          :                         atccacaATCCAC--A-C--A-G-CGTC--AGC-GGT-CCT-GT-GTCC-----AC-TCGT-----GA-GC--G-----------------------------AGATCTC-A-CGC-C------------------ACGA-GT---------------GGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGGGGATGg
gi|6                          :                                ATCCTC--A-C--AGA-CGTC--AGG-GGT-TCCTGA-GTCC-----AC-TGGT-----GG-CCCGG-TGG----GCCCACGCCAACGAG-----TGGA-CTC-AGGACGCCCTGAC-GT
gi|19                         :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-TAG----
gi|13                         :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGC-----GG-CC--A-CAG----G---------ACG
gi|9                          :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AG----------GA-GTC----------CGT-----GG-CC--G-TGG----GAC-------ACGAG-----TGGA-CTCGGGGAC-CCCTGAT-GTT--G-cctgacgttgtgag
gi|9                          :                                ATCCTC--A-C--A-A-CATC--AGG-GGTCCCC-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GT-CC--tgaggatg
gi|16                         : atcctcacaacgtcaggagtccgtggccgtgATCCGC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GCT-CCT-GA-GTCC-----AG-T-GT-----GG-CC---------------------ACGAG-----TGGA-CTC-AGg
gi|12                         :                                ATCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-G-CC-----AC-GCGT-----GG-CC--T-CAG----G---------AC
gi|14                         :         cgtcatctcaacaacgtcagggtATCCTC--A-C--A-A-TGTC--AG----------GA-GTC-------C-TCG-----------------------------------AG-----TGGA-CTC-AAGAC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|10                         :                           cctcaATCC-C--A----A-A-CGTA--GGG-GGT-CCT-GA-GTCA-----AC-TCGT-----GG-CA--G-TGGC---C---------ACGAGGTGGATAGA-Cgga
gi|2                          :                    ctcacaagtcagATCCTC--A-CTGA-G-CGTCCAGGG-AGT-CCT-GAAGTCC-----ACATCG-------G-CC--G-TGG----C----------CGGG-------G---TC-A-CAC--------------G-GTCCACGA-GTT-------------TGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GCCGT-T--g
gi|2                          :                                ATTCTCCAA-C--A-AACGGC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCCAA---AC-TCGT-----GGACC--G-TGT----G---------AC-------------CCC-GGC---------C-A-C--G-G---CCGA--T-------------GTGGACTTCA-GG-A-CTCCCTGGACGC-TCAG-TGAGGAtgttggagaatga
gi|20                         :                                ATCCTC--A-C--A-A-CATC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----ga
gi|18                         :                                ATCCTC--A-C--A-A-CATC--AGG-GGT-CC------TTC-----AT-TCGT-----GG-AC--G-Tggggtg
gi|7                          :                        atcctcacaTCCTC--A-C--A-A-CG----AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC--A-CGA----G---------TCCAG-----TGGA-CTC-AGGAC-CC-TGAC-GTT--T-G---AGGA-
gi|5                          :                                aTCCTC--A-T--A-A-CGTT--CGG-ATT-CCT-GA-GTTC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-CAG----G---------AC-------------------CAC-----GAC-C----------ACGA-GT---------------GGAC-TCG-GG-A-C-CCTT-GACGT-T--G-TGAGGg
gi|5                          :                                 TCCTC--A-C--A-A-CGTC--AAG-GGT-CCC-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-TC--G-TGGTCCTGCGGCC----ACGAG-----TGAA-CTC-AGa
gi|11                         :             tcctcataacgttcggattcTTCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-C-------------------CGT-----GG-CC--G-TGG----GAC-------ACGAG-----TGGA-CTCGGGGAC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|15                         :                                gTCCTC--C-C--A-A-CGTC--AGG-GGC-CCT-GA-AACC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-T--------------------G-----T--A-CTC-AGGAC-CCCTGtgag
gi|3                          :                                  CCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CCG-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC--G-TGG----G---------AC---------ATC-CTC-A-CAA-CGT---C-AGG--G-G---CCCG-G-------------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGC-T--A-TGAG
gi|8                          :                                  CCCC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CTT-GA-GTGC-----AC-TCAT-----GG-CC--G-TGG----G---------ACGAG-----TGCA-CTC-ATGAC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|14                         :                             ccagaCCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CTT-GA-GTCC-----AC-TCGA-----GG-
gi|3                          :                                   CTC--A-T--A-G-CGTC--AGG-GGT-CCT-GA-GTCC-----AC-T-----------CC--G---G----G--------------------------------C-CCCTGAC-GTT--GTG---AGGATGTCCCACGGCCACGAGTGGAC-TCC-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGactcctgacattgtgaggatgga
gi|13                         :                                   CTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-CGT-CC------------------TGT-----GG-CC--G-------------------CGAG-----TGGA-CTC-AGGAC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|11                         :                            atcctcaCTC--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGTCCCC-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GT-CC-----------C---------ACG---------GC-CAC-GG-AC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|12                         :                            gttctcaCTC--AAC--A-A-CGTC--AGGGTGT-CCT-GA-GGCC-----AC-GCGT-----GG---------------------------------------CTC-AGGAC-CCCTGAC-GTT--G-
gi|10                         :                             cgtcatCTC--A-C--A-A--GTC--AGG-TCT--------ATCC-----ACCTCGT-----GG-CC--ACTGC----C---------ACGAG-----TTGA-CTC-AGGAC-CCCCTAC-GTTTGG-G---ATGtgaggat
gi|17                         :                                   CTC--A-C--A-A-TGTC--AGG-GGT-CCC-GA--TCT-----AC-TCGT-----GG-CC--A--GG----A---------AC
gi|8                          :                                  tcag--A-C--A-A-CGTC--AGG-GGT-CAT-GA-GTGC-----AC-TCGTCCCACGG-CC---------------------ATGAG-----TGCA-CTC-AAGAC-CCCTGAC-GTT--G-aga
gi|6                          :                                          ccag-A-CGTC--AGGGCGT-CCT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----TG-GC--G-TGG----G---------CC-------------------CAC-C------------G-G---GCCA--CC-----------AGTGGAC-TCA-GG-AAC-CCCT-GACGTCT--G-TGAGGAtgggg
gi|16                         :                                                                CT-GA-GTCC-----AC-TCGT-----GG-CC---------------------AC-AC-----TGGA-CTC-AGGAG-CCCTGAC-GTT--G-
gi|17                         :                                                                          atccgca-TCCT-----GG-CC---------------------ACGAG-----TAGA--TC-GGGAC-CCCTGAC-ATT--G-
gi|19                         :                                                                                                      tcaggt---------ACGAG-----TGGA-CTC-AGGAC-CCCTGAC-GTT--G-tgagaga
gi|8                          :                                                                                                                                 ctacggccGCAC-TCATGGCCGTG--G-G---ACGA-GT-------------GCA--C-TCA-TG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-Ttgaggat
gi|7                          :                                                                                                                                                          ccag---ACGA-GTCC----------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CC-T-GACGT-T----TGAGGAactcaagacccctgacgttgtgggg
gi|8                          :                                                                                                                                                                         -----------AGTGCAC-TCA-AG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGGGGggccacgagtggactcaggacccctcgttgtgaggag
gi|7                          :                                                                                                                            ccagacaacgtcaggggtcatgagtgcactcgtcccacggccatg-----------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT---CGT-T--G-TGAGG
gi|19                         :                                                                                                                            atcctcaaacgtcagggtcctgagtccactggactcgtggccacg-----------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGAag
gi|13                         :                                                                                                                                                              ctacggccacg-----------AGTGGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                         -----------AGTGGAC-TCG-GGGA-C-CCCT-GATGT-T--G-TGAGGATGcgcggccacaggacgcctgacgttgtgag
gi|11                         :                                                                                                                                   atcctcacaacgtcaggagtccgtggccgtgggacacg-----------AGTGGAC-TCG-GGGA-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAG
gi|15                         :                                                                                                                                   gttctcacaacgtcaggggtccgtggccgtgggacacg-----------AGTGGTT-TCA-GG-G-C-CCCT-GACGT-T--G-GGAGG
gi|14                         :                                                                                                                                                                        t-----------AGTGGAC-TCA-AG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGcgtggccgtgtactcaggacccctg
gi|17                         :                                                                                                                                                                         -----------AGTAGA--TCG-GG-A-C-CCCT-GACAT-T--G-TGAGAGcgaggactcctgacattgtgaggatgga
gi|12                         :                                                                                                                                                                    tcaggttcctggccacgGTGGCC-TCA-GG-A-CACCCT-GACGT-T--GTTGAGa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                cgtcatTGGAC-TCA-GG-A-G-CCCT-GACGT-T--G-TGCGGAgcgtggctcaggacccctgacgttgtgaggat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                        GGC-TCA-GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGGAgtgtggccacgagtggactcag
gi|20                         :                                                                                                                                                cgtcatctcaacaacgtcagggtgtcctgaggccacgcgtGAC-TCA-GG-A-C-CCCT-GATGT-T--G-TGAGGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                        gAC-TCGAGG-A-C-TCCT-GACAT-T--G-TGAGGATGgggtg
gi|9                          :                                                                                                                                                                    cctcacaacgtcaggggtcttgagtcc-GG-A-C-TCCT-GACGT-T--G-TGAGGAga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                               -GG-A-C-CCCT-GACGT-T--G-TGAGgtggccgtgggacacgagtggactcggggacccctgatgttgtgaggatg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                            gtt-GG-A-C-CCCT-GATGT-T--G-TGAGGAgtggccgtgggacacgagtggactcggggacccctgacgttgtgag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GGACACGAGAGACTCAGGACCGACATTGTGAGG






Alignments
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lowQualScore                  :                    22 2     2    2  2     2      4        000000000000000000000   0  22    5     5          444444    11111                     0    33       
lowQualScore                  :                    .. .     .    .  .     .      .        .....................   .  ..    .     .          ......    .....                     .    ..       
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consensus                     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGACCCCTGACG-TTGT--GAGGATG
Reference ( family-3695 )     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTC---AGTGGACTCAGGACCCCTGACG-TTGT--GAGGATG
gi|1                          :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGT-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTAGACTC-AGCAC-CCTTGACATT--GGACGAGTT---AGTAGACTCGGGACCCCTGACG-TTGT--GAGGGTG
gi|10                         :               CTCAC--A-A-GTC-AGG-----TCTA---TCCACCTCGTGGCC--ACTGC----C---------ACGAGTTGACTC-AGGAC-CCCCTACGTTTGGGATG
gi|11                         :             TTCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGACGTT--G
gi|12                         :           gATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-G-CCAC-GCGTGGC-------------------------------CTC-AGGACACCCTGACGTT--Gtgag
gi|13                         : cgtcatctcaaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGCGGCC--A-----------------------------C-AGGAC-GCCTGACGTT--G
gi|14                         :            ATCCTCAC--A-ATGTC-AGGA-GT-CCT----------------------------------------CGAGTGGACTC-AAGAC-CCCTGACGTT--Gtgag
gi|15                         :        cctcaTCCTCCC--A-ACGTC-AGGG-GC-CCTGA-AACCAC-TCGTGGCC--G-TG--------------------T--ACTC-AGGAC-CCCTGgga
gi|16                         :            ATCCGCAC--A-ACGTC-AGGG-CT-CCTGA-GTCCAG-T-GTGGCC---------------------ACGAGTGGACTC-AG
gi|17                         :               CTCAC--A-ATGTC-AGGG-GT-CCCGA--TCTAC-TCGTGGCC--A--GG----A---------AC
gi|18                         :        tcagATCCTCAC--A-ACATC-AGGG-GT-CC-----TTCAT-TCGTGGAC--G-Taga
gi|19                         :   atcctcacaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TAG----
gi|2                          :            ATCCTCACTGA-GCGTCCAGGGAGT-CCTGAAGTCCACATCG--GCC--G-TGG------------------------CC-GGGGT-CAC--ACGGT--CCACGAGTT-----TGGACTCAGGACCCCTGCCGTTTGTTGGAGAATG
gi|20                         :                                                                                                                              GGACTCAGGACCCCTGATG-TTGT--GAGGATGa
gi|21                         :              CCTCAC--A-ATGTC----G-GT-CCTGA-GTCT-C-TCGTGTCC--gggtg
gi|3                          :              CCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCGGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACA-------TC-----C-TCACAACGTC--AG--GGGCCCGGAGTGGACTCAGGACCCCTGACG-CTAT--GAG
gi|4                          :            ATCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGG-C--G-TGA----GATCTCGCTCACGAGTGGACAC-AGGAC-CGCTGACGCT--G
gi|5                          :      atccacaTCCTCAC--A-ACGTC-AAGG-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGTC--G-TGGTCCTGCGGCC----ACGAGTGAACTC-AGGAA-TCCGAACGTT----ATGAGg
gi|6                          :          tcATCCTCAC--AGACGTC-AGGG-GTTCCTGA-GTCCAC-TGGTGGCCCGG-TGG----GCCCACGCCAACGAGTGGACTC-AGGACGCCCTGACGT
gi|7                          :             TCCTCAC--A-ACG---AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--A-CGA----G---------TCCAGTGGACTC-AGGA--CCCTGACGTT--TGAGGA
gi|8                          :             aCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CTTGA-GTGCAC-TCATGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGCACTC-ATGAC-CCCTGACGTT--Gg
gi|9                          :       ccagaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGA-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGATGTT--G





Alignments
lowQualScore                  :                                                           444444444444444444444                                        3333                           11       
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lowQualScore                  :                    .. .     .    .  .     .      .        .....................   .  ..    .     .          ......     ....             .        .    ..       
lowQualScore                  :                    88 0     0    0  0     0      0        888888888888888888888   1  33    0     3          333333     7777             0        0    00       
consensus                     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
Reference ( family-3695 )     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
gi|1                          :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGT-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTAGACTC-AGCAC-CCTTGACATT--GGACGAGTT---AGTAGACTCGGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGGTG
gi|10                         :               CTCAC--A-A-GTC-AGG-----TCTA---TCCACCTCGTGGCC--ACTGC----C---------ACGAGTTGACTC-AGGAC-CCCCTACGTTTGGGATG
gi|11                         :             TTCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGACGTT--G
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gi|12                         :         cgtATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-G-CCAC-GCGTGGC-------------------------------CTC-AGGACACCCTGACGTT--Ggcgtggctcaggacccctgacgttgtgaggat
gi|13                         : cgtcatctcaaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGCGGCC--A-----------------------------C-AGGAC-GCCTGACGTT--G
gi|14                         :            ATCCTCAC--A-ATGTC-AGGA-GT-CCT----------------------------------------CGAGTGGACTC-AAGAC-CCCTGACGTT--Gtgag
gi|15                         :        cctcaTCCTCCC--A-ACGTC-AGGG-GC-CCTGA-AACCAC-TCGTGGCC--G-TG--------------------T--ACTC-AGGAC-CCCTGgga
gi|16                         :            ATCCGCAC--A-ACGTC-AGGG-CT-CCTGA-GTCCAG-T-GTGGCC---------------------ACGAGTGGACTC-AG
gi|17                         :               CTCAC--A-ATGTC-AGGG-GT-CCCGA--TCTAC-TCGTGGCC--A--GG----A---------AC
gi|18                         :        tcagATCCTCAC--A-ACATC-AGGG-GT-CC-----TTCAT-TCGTGGAC--G-Taga
gi|19                         :   atcctcacaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TAG----
gi|2                          :            ATCCTCACTGA-GCGTCCAGGGAGT-CCTGAAGTCCACATCG--GCC--G-TGG------------------------CC-GGGGT-CAC--ACGGT--CCACGAGTT-----TGGACTCAGGAC-CCCTGCCGTTTGTTGGAGAATG
gi|20                         :                                                                                                                              GGACTCAGGAC-CCCTGATG-TTGT--GAGGATGa
gi|21                         :              CCTCAC--A-ATGTC----G-GT-CCTGA-GTCT-C-TCGTGTCC--gggtg
gi|3                          :              CCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCGGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACA-------TC-----C-TCACAACGTC--AG--GGGCCCGGAGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-CTAT--GAG
gi|4                          :            ATCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGG-C--G-TGA----GATCTCGCTCACGAGTGGACAC-AGGAC-CGCTGACGCT--G
gi|5                          :      atccacaTCCTCAC--A-ACGTC-AAGG-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGTC--G-TGGTCCTGCGGCC----ACGAGTGAACTC-AGGAA-TCCGAACGTT----ATGAGg
gi|6                          :          tcATCCTCAC--AGACGTC-AGGG-GTTCCTGA-GTCCAC-TGGTGGCCCGG-TGG----GCCCACGCCAACGAGTGGACTC-AGGACGCCCTGACGT
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gi|9                          :       ccagaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGA-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGATGTT--G





Alignments
lowQualScore                  :                                                           444444444444444444444                                        3333                           11       
lowQualScore                  :                    22 2     2    2  2     2      4        000000000000000000000   0  22    5     5          444444     0000             8        8    11       
lowQualScore                  :                    .. .     .    .  .     .      .        .....................   .  ..    .     .          ......     ....             .        .    ..       
lowQualScore                  :                    88 0     0    0  0     0      0        888888888888888888888   1  33    0     3          333333     7777             0        0    00       
consensus                     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
Reference ( family-3695 )     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
gi|1                          :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGT-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTAGACTC-AGCAC-CCTTGACATT--GGACGAGTT---AGTAGACTCGGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGGTG
gi|10                         :               CTCAC--A-A-GTC-AGG-----TCTA---TCCACCTCGTGGCC--ACTGC----C---------ACGAGTTGACTC-AGGAC-CCCCTACGTTTGGGATG
gi|11                         :             TTCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGACGTT--G
gi|12                         :                                                                                                                           gGTGGCCTCAGGACACCCTGACG-TTGT--TGAGATGtgag
gi|12                         :         cgtATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-G-CCAC-GCGTGGC-------------------------------CTC-AGGACACCCTGACGTT--Ggcgtggctcaggacccctgacgttgtgaggat
gi|13                         : cgtcatctcaaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGCGGCC--A-----------------------------C-AGGAC-GCCTGACGTT--G
gi|14                         :            ATCCTCAC--A-ATGTC-AGGA-GT-CCT----------------------------------------CGAGTGGACTC-AAGAC-CCCTGACGTT--Gtgag
gi|15                         :        cctcaTCCTCCC--A-ACGTC-AGGG-GC-CCTGA-AACCAC-TCGTGGCC--G-TG--------------------T--ACTC-AGGAC-CCCTGgga
gi|16                         :            ATCCGCAC--A-ACGTC-AGGG-CT-CCTGA-GTCCAG-T-GTGGCC---------------------ACGAGTGGACTC-AG
gi|17                         :               CTCAC--A-ATGTC-AGGG-GT-CCCGA--TCTAC-TCGTGGCC--A--GG----A---------AC
gi|18                         :        tcagATCCTCAC--A-ACATC-AGGG-GT-CC-----TTCAT-TCGTGGAC--G-Taga
gi|19                         :   atcctcacaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TAG----
gi|2                          :            ATCCTCACTGA-GCGTCCAGGGAGT-CCTGAAGTCCACATCG--GCC--G-TGG------------------------CC-GGGGT-CAC--ACGGT--CCACGAGTT-----TGGACTCAGGAC-CCCTGCCGTTTGTTGGAGAATG
gi|20                         :                                                                                                                              GGACTCAGGAC-CCCTGATG-TTGT--GAGGATGa
gi|21                         :              CCTCAC--A-ATGTC----G-GT-CCTGA-GTCT-C-TCGTGTCC--gggtg
gi|3                          :              CCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCGGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACA-------TC-----C-TCACAACGTC--AG--GGGCCCGGAGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-CTAT--GAG
gi|4                          :            ATCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGG-C--G-TGA----GATCTCGCTCACGAGTGGACAC-AGGAC-CGCTGACGCT--G
gi|5                          :      atccacaTCCTCAC--A-ACGTC-AAGG-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGTC--G-TGGTCCTGCGGCC----ACGAGTGAACTC-AGGAA-TCCGAACGTT----ATGAGg
gi|6                          :          tcATCCTCAC--AGACGTC-AGGG-GTTCCTGA-GTCCAC-TGGTGGCCCGG-TGG----GCCCACGCCAACGAGTGGACTC-AGGACGCCCTGACGT
gi|7                          :             TCCTCAC--A-ACG---AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--A-CGA----G---------TCCAGTGGACTC-AGGA--CCCTGACGTT--TGAGGA
gi|8                          :             aCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CTTGA-GTGCAC-TCATGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGCACTC-ATGAC-CCCTGACGTT--Gg
gi|9                          :       ccagaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGA-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGATGTT--G


blockSeqs                     :                    TG G     C    A  T     A      C        CGGTGGGCCCACGCCA           TG    G     A          TGGGAT     CGGA             A        T    TG
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      A        GTGAGATCTCGCTC             GG    G     G          CCAC       .                .        .    . 
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGGTCCTGCGGCC             GG    .     .          TGAG                        .        .    . 
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGGGAC                    GG    .     .          AG                          .        .    . 
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGGGAC                    GG    .     .          AT                                          
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        ACTGCC                     GA    .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGGG                      GG    .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        ACGAG                      GG    .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGGG                      GC    .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        AGGA                       GG    .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTGG                       .     .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        GTG                        .     .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        A                          .     .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        .                          .     .     .                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        .                          .     .                                                            
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .        .                                                                                             
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .                                                                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .                                                                                                      
blockSeqs                     :                    .  .     .    .  .     .      .                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                           GTGGG****************
originalCons                  :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
finalCons                     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCCGTGGG----------------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG





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lowQualScore                  :                                                           444444444444444444444                                        3333                           11       
lowQualScore                  :                    22 2     2    2  2     2      4        000000000000000000000   0  22    5     5          444444     0000             8        8    11       
lowQualScore                  :                    .. .     .    .  .     .      .        .....................   .  ..    .     .          ......     ....             .        .    ..       
lowQualScore                  :                    88 0     0    0  0     0      0        888888888888888888888   1  33    0     3          333333     7777             0        0    00       
consensus                     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
Reference ( family-3695 )     :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGGACTC-AGGAC-CCCTGACGTT--GGACGAGTT---AGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGATG
gi|1                          :            ATCCTCAC--A-ACGTC-AGGT-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTAGACTC-AGCAC-CCTTGACATT--GGACGAGTT---AGTAGACTCGGGAC-CCCTGACG-TTGT--GAGGGTG
gi|10                         :               CTCAC--A-A-GTC-AGG-----TCTA---TCCACCTCGTGGCC--ACTGC----C---------ACGAGTTGACTC-AGGAC-CCCCTACGTTTGGGATG
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gi|16                         :            ATCCGCAC--A-ACGTC-AGGG-CT-CCTGA-GTCCAG-T-GTGGCC---------------------ACGAGTGGACTC-AG
gi|17                         :               CTCAC--A-ATGTC-AGGG-GT-CCCGA--TCTAC-TCGTGGCC--A--GG----A---------AC
gi|18                         :        tcagATCCTCAC--A-ACATC-AGGG-GT-CC-----TTCAT-TCGTGGAC--G-Taga
gi|19                         :   atcctcacaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TAG----
gi|2                          :            ATCCTCACTGA-GCGTCCAGGGAGT-CCTGAAGTCCACATCG--GCC--G-TGG------------------------CC-GGGGT-CAC--ACGGT--CCACGAGTT-----TGGACTCAGGAC-CCCTGCCGTTTGTTGGAGAATG
gi|20                         :                                                                                                                              GGACTCAGGAC-CCCTGATG-TTGT--GAGGATGa
gi|21                         :              CCTCAC--A-ATGTC----G-GT-CCTGA-GTCT-C-TCGTGTCC--gggtg
gi|3                          :              CCTCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCGGA-GTCCAC-TCGTGGCC--G-TGG----G---------ACA-------TC-----C-TCACAACGTC--AG--GGGCCCGGAGTGGACTCAGGAC-CCCTGACG-CTAT--GAG
gi|4                          :            ATCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGG-C--G-TGA----GATCTCGCTCACGAGTGGACAC-AGGAC-CGCTGACGCT--G
gi|5                          :      atccacaTCCTCAC--A-ACGTC-AAGG-GT-CCCGA-GTCCAC-TCGTGGTC--G-TGGTCCTGCGGCC----ACGAGTGAACTC-AGGAA-TCCGAACGTT----ATGAGg
gi|6                          :          tcATCCTCAC--AGACGTC-AGGG-GTTCCTGA-GTCCAC-TGGTGGCCCGG-TGG----GCCCACGCCAACGAGTGGACTC-AGGACGCCCTGACGT
gi|7                          :             TCCTCAC--A-ACG---AGGG-GT-CCTGA-GTCCAC-TCGTGGCC--A-CGA----G---------TCCAGTGGACTC-AGGA--CCCTGACGTT--TGAGGA
gi|8                          :             aCCCCAC--A-ACGTC-AGGG-GT-CTTGA-GTGCAC-TCATGGCC--G-TGG----G---------ACGAGTGCACTC-ATGAC-CCCTGACGTT--Gg
gi|9                          :       ccagaATCCTCAC--A-ACGTC-AGGA-GT-C-------------CGTGGCC--G-TGG----GAC-------ACGAGTGGACTCGGGGAC-CCCTGATGTT--G