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Reference ( gi|4 )            :  CATCACA--ATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA------TA--CA--------T-GTA-TTATA-CACAGGTTCACCTTGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCATA-T-TTCCTGACATAC----------AAG-------AGT-CTGAATT---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G-A-AAATTAACTA-GAT-TTGGTCACCATTGGG-TG-CTTTAAA-GTT-CAATCAT--TGCAGTTC-TTTATACATA-TAG-ATTATATCCCAGCCTCTGTCA-GCTCCATTTGAAATATCTTTTCAGCATT-GCTGG-AAGAT-TCTT-TCTTC--CTGA-CAGATGT---AAACT--GA-A--TGAT-GA-AA---C-TTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---T-AAT-GTAA---TT-CTATG-TGAC--TT--GC---AG--G-ATAT---T-GATA-TTTTCACCAAACGA----T-ACGATA-TT-T------GTTTGCTGAATAATCA--TA-TCTAAC--ATCA-ACATT----TT--A-----TTT-T--------T---GT-CA---AA---GTAA--TT-GA-TCA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCG-TA------A--G-TA-ATCCA-ATT-----G-----T--AA-TCG----AT-T--TA-C---T--GAA------G---AA-A--A----T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--CA----------A-AA---A------C---T----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------G-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----A--------------------TT----TT-GA----GTAATCG-TGGCACA
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gi|3                          : tCATCAAA--ATTTAAAATA-GC--TAAG-A-TGATA------TA--CA--------TCGTA-TTATAGCACA--TTCACTGTGAGT----GTAC--AA-TAA--TT--GAATGGTC-----TG-TTATCAAAA--CC-TA-TGTTCCAGGCATATTAAAGTGTCTAGG-------AGTTCTGAATT---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G-A-AA--TCACTA-TAT-T-GGTCACCATTGGG-TGGTTTTAAA-GTGGCAAGC-T--TG------------GCAT--TAG-AACTTATCCCCGCCT---TCA-GCTCCATTTGAAAAATTGTTTCAGCATT-GCTGGGAAGAA-TCTTCTCTTTGTCTGA-CAGATGCCCCGACTT--GA-A--GAAT-GA-AA---C-TTT--TCAGAAA---AA-A-CCTCGCCTG-----AATGAT---T-AAT-GTAAA--TT-CTA-G-TGACAGTT--G-----------------T-GATAGTTTTCAC-AAACGA----G-ATGATAGTT-T------GTGTTCAAAA-AATTA--AA-TCTAAC--ATCATACATT----TC--A-----TTT-C------------GT-CA---A----GTAAGTCT-GA-TTAGTT--A-ATC-GA-T--T-AGTAC-------AA--------T-------C----C--TCGGTA------A--G-TA-ATGTG-ATT-----G-----T--AA-TCG----AT-T---A-C---T--GAA------G---AA-A--A----TT---G--A-----C-T--------GT-A--A--T-T-GATGT--A-------A-T--A-T-C-GGA-T--TAC-----------------A--CA----------A-AA---A------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-A--TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--TGTA----C-------A----A--------------------TT----TT-GA----GTAATTG-T-GCACAtgcc
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gi|22                         :     tcatgtaaattATATA-GC-CGAAGGA-T-ATA------TA--CATTTGTACAT-GTA-TTATA-AACAGGTTCA-CTTGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAgaattaccagtcataataagtgtgaaggagttctgaattataactcaataaagactgtcttgtggtataattgggtgcgaatgagagtggcagatgacttagcat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                          TT---CAGTCAATGAAACCT-GGTATTGAG-ATAAATTCAC-A-TAT-ATGGTCACCATTAGG-TGTCTTTAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                         -TTGGTCACCAATGGG-TG-CTTCA---GTG-CAAGCAT--TGCAGTTC-TTTATACATA-TAG-ACTCTATTCCAACTTCT-TCA-ATTCCATTTGAAAGGT-TTTTCAGCATT-GCT-----------------------GA-CAAATGC---AGACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTTT--C----AA---AA-A-CT---CATA-----A-TGAT---CAAAT-GTAA---TT-CTATG-TGAC--TT--GC---AGATG-AT-T---T-GATG--TTTCA-CAAACGA----G-ATGATA-TT-T------GTTTGTTCAA-AA---------CTAAC--ATCA-ACATT----TC--A-----TTT-TCTTTTTTAC---GT-CA---AA---GTAA--TC-GA-TTA-CA--G-ATA-GA------A---G-------A------------------------------A------A-----A-ATT---ACT-----G-----T--AA-TCA----AT-TA-TA-C-------AA------A---AA-C--C----C----T--C-----C-TA-------GT-G--A--T-C-AAT-T--A-------T-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--tgagtgtgctttaagcattaatcaagaatcactgtatgtatattgaccaagtatattcgtaggacttattatttccaacctcttcagctctctcattatttgtcaaagaatttatgtggatcagccattgtctttgggtgagagaactatcaatattgcgtagaccagaggacagtagactctgatatgattgaaagctttttcaaggaaacactcctgtgtatagtatttaattgtaaccattctatgactttggcgggaggatttgattatttcaccaaacgagtagtatgatattgtgtttgtatatacaaaaattaaatctcagtaagtaatcgatttggagggggttgcaattcaagcaattttacgtgaaggaaaaaatgacgtgtaaagtgcgattaataatcgatttacacagaaatccctcctatgtaatcgattatctaatcgatatactaaaatttatttagttaccaaacttttgagtaatcgtgcacatccct
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                        a-TTGGTCACCATTAGG-TG-CTTTAAA-GTG-CAAGCAT--TGCAGTTC-TGTATACATA-TAG-ACTATATTCCAACCTCT-TCA-GCTCCATTTGAAAGAT-TTTTCAGCATT-GCTGG-GAGA---ATA-TCATC--GTGA-CAGatcttgagtaaccaagcccatcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GA-CAG---T---AGACTCTGATA--TGATTGA-AAGCTT-TTT--C----AAGGAAACA-CT---CCTGTGT--A-TAGTATTT-AATTGTAACCATT-CTATG---AC--TTTGGCGGGAG--G-AT-T---T-GATT-ATTTCACCAAACGAGTAGT-ATGATA-TTGT------GTTTGT---------A--TA-T---AC--A--A-AAATT----AA--A-----TCT-C--------A---GT------AA---GTAA--TC-GA-T---TTGGA-GGG-GG-T--T-G---C-------A---------------------------------------------ATTCA-A-------G-----C--AA-T-------T-T--TA-CG--T--GAA------GGAAAA-A--A----T----G--A-----CGT--------GT-A--AAGTGC-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-ATT--TAC-----------------A--CA----------G-AA---AT-----C---C----C-TCCTAT---------GTA---A-T-CG-AT-TAT-------------------C-T--A-ATC---G-A--TATA----CT------A----AAATTTATTTAGTTACCAAACTT----TT-GA----GTAATCG-T-GCACA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                      ttcagtcaatgaaacctggtattgagataaattcacatatatggtcaccattaggtgtctttaatgagtgtgctttaagcattaatcaagaatcactgtatgtatattgaccaagtatattcgtaggacttattatttccaacctcttcagctctctcattatttgtcaaagaatttatgtggatcagccattgtctttgggtgagagaactatcaatattgcgtagaccagag-GTAA---TTTCTAT----AA--TT--GC---AG--GGAGAT---T-GATGGTTTTCA--AAAAAA----T-GAGATG--------------------ATA-TCA--T----T------TCA-ACATT----TT---------TT-C--------C---AA-TA---AA---TCGA--TT----TCA-TT--A-ATCCGA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--G-TA-AT--G-ATT-----G-----G--AA-TCG----AT-T---A-C---A--GAA------G---AATA--A----T----G--A-----C-T--------GC-A--AA-T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TGC-----------------A--C-----------A-AA---A------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CT-AA-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----T--------------------AT----TT-GA----GTAATCG-TGtccct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATA-TGAC--TT--GC---AG--G-GGAT---TTGATA-TTT-CAC-AAATTA----G-ATGATA-T-----------------------CA--T----T------TCA-ACATT----TC--G-----TTT-T--------C------CA---A-----TAA--TC-GA-TCA-TT--A-ATC-AA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----C--CA-TCG----AT-T---A-C---A--GAA------G---AATA--A----T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAA-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TGC-----------------A--TA----------A-AA---C------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-AGC---G-A--T-TA----C-------A----T--------------------TT----TT-TA----GTAATCG-TGtccacccct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATA-TGAC--TT--GC---AG--G-AGAT---T-TGTT-GTTTCAC-AAATGA----G-ATGATA-T-----------------------CA--T----T------TCA-ACATT----TC--A-----TTT-T--------C----C-C---------GTAA--AT-GAATTA-TT--A--TC-AA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--AATA-AT--G-ATT-----G-----T--AAATCG----AT-T---A-C---A--GAA------G---AATA--A----T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--AGA-----A-T--A-T-C-G-A-TG-TGC-----------------A--CA----------A-AA----------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C------------A--------------------TT----TT-GA----GTAATCG-TGcccatccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATA-TGAC--TT--GA---AG--G-A--------GAT--------------------T-ACGATA-T---------------------ATTA--T--TTTAAC--ATTT--CATT----TT--CCT---TTT-T--------T---GT-TA---AA---GTAA--TC-GA-TAA-TT--A-ATT-AA-T--T-A---C-------A---------T-------A----C--TCC-CA------A--G-TA-AT-CG-ATT-----G-----T--AA-TCA----A--T--TA-C---A--GAA------G---AATA--A----T----G--A-----C-T--------G---------------------------------------------TAC-----------------A--CA----------A-AA---C------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CT-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----T--------------------TT----TT-TT----GTAATCG-TGcccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-ATGTA-TGAC--TT--GA---AA--G-AAAT---TTGATG-TTTT-AC-AAATGA--------GATA-T-----------------------CA--T----T------TCA-ACATT----TC--G-----CTT-T--------C------CA--------GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATT-AA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--G-TA-ATC-------------------------G----AT-T---A-C---A--GAA------G---AATG--A----T----C--A-----T-T--------AC-A--A--T-C-GAA-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TGC-----------------A--CA----------A-AA----------C---C----C-ATC-GA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATA---G-A--T-TA----C-------G----T--------------------TT----TT-GA----GTAATCG-TGctca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATT-TGAC--TT--GC---AG--G-AGAT---TTGATG-TTT-CACAAGATGA----GGATGATA-TC--------ATTTG---------------------------A-ACATT----TT--A-----TTG-T--------TCCAGT-AATGCGA---GTAT--TC-GA-TCA-----A-ATT-GA----------C-------A---------TG------C----C--TCCCTA------A--G-TA-ATCGA---T-----G-----T--AA-TAG----AT-T---A-C---A--GAA------G---AATAC-A----T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-TTAA-------A-T--AAT-C-G-G-T--TGC-----------------A--CA----------A-AA---A------C---CCGCAC-TCC-AAATACCATATGTA---A-T-CGTAT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-T-------------A----A--------------------TT----TTCGA----GTAATCG-Tcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ---TT-ATATA-TGAC--TT--GT---AG--G-AGAT---TTGATG-TTT-CAC-AAATGA----G-ATGATA-T-----------------------CA--T----T------TCA-ACATT----TT--A-----TTT-T--------C---CT-----------GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-AA-T--T-G---C-------A---------T-------C----G--TCC-TA------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----T--AA-TCG----A--T--TA-C---A--GAA------G---AATA--A----T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TGC-----------------A--CA----------A-AA---C------C---T----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-tgtccatc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -GATA-TT--AATTAAATAA----T--CGATA-CT-TTGGAGGGTTTGTTGTGTAATCGATTA-T-TAA----TCG-ATGTTACAGTA--A-----TTT-T--------T---CTTCA--------GTAA--TC-GA-T-A-C---A-ATC-GA-T--T-A---C-------T---------T-------A----C--GAG-GA------T--G-TA-AT-CG-ATT-----A-----A--AA-TCG----AT-TA-CA-T---T--GAC------G---AA-A--A----T----G--A-----
gi|2                          :                                                                                                                                                                catcaaaatttaatatagcctaaggatatatacaaagtcatgtattatacacattcacttgagtgtgcaaataattgaattctgttattaaaccatatttcccacatataagtggaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtctttgaaaatcactatgattggtccaatgggctgctttaaagttaagcattgcagttcatttatacataatagactatatcccagcatcttagctccatttgaaagattttcagcattgctggaagaatctctcttctctgacagatgcagactgaatgagaaactttcaaaaaactcttgatgattaatgtaattctatgtgacttgcaggagatttgtatttcacaaacgagatgatatttgtttgtcaaaaattaaatctaacatcaacatt--ATCG-ATACT----TT--GGAGGGTTTGT--------T---GT-----------GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-TGTT-A---C-------AGTAAT----T-------T----T--TCT-TC------A--G-TA-ATCGA---T-----A-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAC------G---AG-G--A----T----G--------------------T-A--A--T-C-GAT-T--A-------A----AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--tttaatcgaatttacaattttgagtaatcggtgcacaaccc
gi|18                         :                                                                                                                                                              catcaaaatttaatatagcctaaggatatatacaaagtcatgtattatacacattcacttgagtgtgcaaataattgaattctgttattaaaccatatttcccacatataagtggaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtctttgaaaatcactatgattggtccaatgggctgctttaaagttaagcattgcagttcatttatacataatagactatatcccagcatcttagctccatttgaaagattttcagcattgctggaagaatctctcttctctgacagatgcagactgaatgagaaactttcaaaaaactcttgatgattaatgtaattctatgtgacttgcaggagatttgtatttcacaaacgagatgatatttgtttgtcaaaaattaaatctaacatcaacatttcattttcgtcaaT----TC--A-----TTT-T--------C---GT-CA---AA---GTAA--TC-GA-TTA-TC--A-ATC--------------------------------------------C--TCG-TA------A--G-TA-ATC-------------------------G----AT-T---A-C---T--GAA------G---AA-A--AA---T----G--A-----C-T--------AT-A--A--T-C-GGA-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--CA----------A-AA---A------C---C----C-TCC-AA---------GTA------------------------------------------ATC---G-A--T-TA----C-------A----A--------------------TT----TT-GA----GTAATCG-T-GCACAtatttaattaatatctttaatcgaatttacaattttgagtaatcggtgcacaaccc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TTT-T--------T---GT-----------GTAA--TCCGA-T-A-TT--ACATC-AA-T--T-A---C-------AGTCAA----T-------T----T--TCT-TC------A--G-TA-ATC-G-ATT-----A-----C--AA-TCACATTAC-T--TA-C---C--GAG------G---AT---------T----GT-A-----C-T-----------A--A--T-C-GAT-T--A-------ACT--AAT-CAG-ACT--TACTTG--------------A--CG----------A-AA---t
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tcatcaaaatttaaaatagctaagatgatatacatcgtattatagcacattcactgtgagtgtacaataattgaatggtctgttatcaaaacctatgttccaggcatattaaagtgtctaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtcttggaaatcactatattggtcaccattgggtggttttaaagtggcaagcttggcattagaacttatccccgccttcagctccatttgaaaaattgtttcagcattgctgggaagaatcttctctttgtctgacagatgccccgacttgaagaatgaaacttttcagaaaaaacctcgcctgaatgattaatgtaaattctagtgacagttgtgatagttttcacaaacgagatgatagtttgtgttcaaaaaattaaatctaacatcatacatttca-----TTT-T--------T---AT-----------GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------AGTCAT----T-------T----T--TCT-TC------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAC------G---AG-G--A----T----G--------------------T-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------ccctccaagtaatcgatattaatcgatgtacaattttgagtaattgtgcacatccct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aa-----TTT-T--------T---GT-TA---AA---GTAT--TA-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----T--AA-TCG----AT-T---A-C---G--GGA------G---AA-A--AAAAAT-------A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--CA----------A-AA---C------C---T----C-TCC-AA---------GTA---A-T-AA-AT-TA--------------------T-T--A-ATCAAGA-A--T-TG----C-------A----A--------------------cccttcaagtaatcgattattaatcaattacaattttga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattgattcatttcgttttccag-----TTT-T--------T---GT-----------GCAA--CC-GA-TTA-TTTAA-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------G-------T----C--ATG-TATTCTTCT--G-TA-ATCT--ATT-----A-----C---A-TCG----A--T--TA-C---T--TAG------G---GA-GGCA----T----GTCA-----A-T--------TT-G--A--T-C-G------A-------A-T--ACT-C-GCA-T--TACTGGA-------------A--CA----------ATAA---A------A---T----G-TTC-AA---------ATG---A-T-acttaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attctatttgacttgcaggagatttgatgtttcacaagatgaggatgat-----TTT-T--------T---GT-----------GTAA--TC-GA-TTG-TT--A-ATT-GA-T--T-A---C-------AGTCAT----T-------T----T--TCT-TC------A--G-TA-ATCcccgcactccaaataccatatgtaatcgtattattaatcgattaattttcgagtaatcgttgtccatc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aggacgtcTT-T--------T---GT-----------GCAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------T-------T----CATTCG-TC------T--G-TA-ATT-G-ATT-----A-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAG------G---AG-G--A----T----G--------------------T-A--A--T-T-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------ctttcaaagcattcagttattaatcgattacaattttgagtaatcatgctcatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ccaTT-T--------T---GT-----------GCAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------AG--------T-------CATTAT--TCT-TC------T--G-TA-ATC-G-ATT-----A-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAG------G---A----------C----G--A-------T--------GC-A--A--T-T-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--GG----------A-AA---A------cccctccaagtaatcgattattaatcgattacatttttgagtaatcatgcccatccc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttatatatgacttgtaggagatttgatgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacattttaTT-T--------T---GT-----------GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------AGTATTTTTTT-------T----C--TCC-C----------G-TA-AT-CG-ATT-----A-----C--AA-TCG----A--T--TA-C---T--TAG------G---AG-G--A--------------------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-T-A-A--TACTTTA-------------A--CA----------A-AA---A------C---T----cctctccaagtaatcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattgattcatttcgttttccTT-T--------T---GT-----------GCAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GATT--T-G---C-------AG--------T-------CATTAT--TCT-TC------T--G-TA-AT-CG-ATT-----C-----C--AA-TCA-------T--TA-C---T--TAG------G---AG-G--A--------------------T--------GT-A--A--T-CGGAT-T--A-------A-TGAAAT-C-G-A-T--Tcctctccaagtaataaattattaatcaagaattgcaaacttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtaatttctataattgcagggagattgatggttttcaaaaaaatgagatgatatcatttcaacattttttccaataTT-T--------T---GT-----------GCAA--TC-GA-TTA-TT--A-TTC-GA-T--T-----------------------------------------G-TA------A----TG-ATC---ATTCTTCTG-----T--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAG------G---AG-G--A----T----G--------------------T-A--A--T-T-AAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------ccctccaagtaatctaatattaatcgattacatatttgagtaatcgtgtccacccct
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attatgtatgacttgaaagaaatttgatgttttacaaatgagatatcatttcaacatttcgctttccaT-T--------T---GT-----------GTAA--TTCAA-TTA-TT--A-ATC-GA-TAGTAA---C-------AGTAAAT---T-------T----T--TCT-TC------A--G-TA-ATGCG-AT------------T--AATTCG----A--T--TA-C---T--TAC------G---AG-G--A----T----G----------T--------------A--T-C-GAT-T--A-------A-T--Acccatcgagtaatcgattattaatagattacgtttttgagtaatcgtgcccatccc
gi|17                         :                                                                                                                                                      tcatcacataatttaatataagcactaaggaatccataaaatgtacttatacacacatcactgagtgtaccaaaataaacttaaattctgcttataaccataatttccagcaatataagctggaggagttctgaatttaccagtatgaaccactgcttggcaaaaatcacgatattggtcaccattgggggctttaaaagttgcaagcatcgtgcagttcttatacatataggatcatatcccagcctcttcacgctccatttgaaagatttttcagcatttgcggaagaaatctctcttcctgagcagatgcagactgaacatgatgagaactttatcaaaatcctgtattgatattaatgtattttcgatggtgacttgcaggagatctttgatattcacaagcgaggatgatattttgttcaaaaattaaaatctaacgcatcacatttttcattatcgtcaaagtatccgT-CA---AAATTGTAA--TT-GA-TTA-AT--A-ATC-GA-T--T-A---CTTGAAGGG---------T-------T----T--T---TA------T--G-TA-ATC-G-ATT-----A-----TT-AA-TCG----AT-T---A-C----------------------A--G----T----C--A-----T-TTTTCTTCAGT-A--A--T-C-GAT-T--G---------C--AAT-C-G-A-T--TACTT---------------A--CG----------A-GG---A------T-------------------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------cacctccaagtaatcgattaattaatcgttacaattttgagtaatcgtgacatgcc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaT-CA---AAAATGTAA--TC-GA-TTA-AT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------T---------TGGAGGGGT----T--TTG-T----------G-CA-ATC-G-ATT-----A-----TT-AA-TCG----AT-TA-CA-T---T--CA----------------------TTC--G--T-----C-T--------GT-A--A--T-T-GAT-T--A---------C--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TA----------G-GA---G------G--------------AT---------GTA---A-T-TG-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ccaT-CA---AAAT-GTAA--TC-GA-TTA-AT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------T---------TGGAGGG-T----T--TTG-T----------G-CACATCGATATT-----C-----T--AA-TCG----A--T--TA-C--------A------G----T-C--A----T----T--ATTCTTC-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--T-------A-C--AAT-C---A-T--TAgtaatcatgcccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attctatatgacttgcaggagatttgttgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacatttcattttcccgtaaatgaattattatcaattacatcctcctaaaaT-CA---AAAACGTAA--TC-TA-TTA-AT--A-ATC-GA-T--T-A---C---------------------------------TCGATG------G--G-T---T-----TT-----G-----TGCAA-TCG----AT-TATTA-T---T--------------------------C----G--A-----T-T--------GT-A--A--T---GAT-C--ATTCTTCTG-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TA----------G-GA---G------G--------------AT---------GTA---A-T-TA-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------gtaatcgtgcccatccc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attatgtatgacttgaaagaaatttgatgttttacaaatgagatatcatttcaacatttcgctttccaT-CA---AA---GCAT--TC-AG-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------A-------T----T--TTG---------A--G-TA-ATCgtaatcgtgcccatccc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aggacgtcgattactgaagaaaaatgactgtaatcaattaacaatcgattacacaaaaactt---AA---GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCG-TA------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--GAA------G---AA-A--AA---T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--TA----------A-AA---A------C---C----C-TTC-AA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---A-A--T-TA----C-------A----A--------------------TT----TT-GA----atgctcatccc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A---GTAA--TC-GA-TTA-TT--A-ATC-AA-T--T-A---C-------A---------T-------C----C--TCC-TA------A--G-TA-ATC-G-ATT-----G-----T--AA-TCA----AT-T---A-C---A--GAC------G---AA---------T----G--A-----A-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TGC-----------------A--CA----------A-AA---C------C---C----C-TCC-AA---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----T--------------------TT----TT-GA----GTAATCA-TG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ccA---GTAA--TC-AA-TCA-TT--A-ATC-GA-T--T-A---C-------A---------T-------T----T--T---TC------A--G-TA-ATCcccatccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttacagaataaaaatgactgaagtcgattgataatcgattatgtaaaatacctcct---GCAA--TC-GA-TTA-TT--A-TTC-GA-T--T-A---C-------AG--------T-------CATTAT--TCT-TC------T--G-TA-ATC-G-ATG-----G-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TAG------G---AG-G--A----T----G--------------------T-A--A--T-T-GAT-T--A-------A-T--GAT-C-G-A-T--TAT-----------------T--GG----------A-AA---A------C---gtgtccatccc
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     attctatatgacttgcaggggatttgatatttcacaaattagatgatatcatttcaacatttcC-GA-T--T-A---C---------------------------------TCA-AA------ATTG-TA-A--CG-ATT-----AAT---T--AA-TCG----A--T--TA-C---TTGGAG------G---TG-T--T----T----G----------T--------GT-A--AT-T-C-AAT-T--A-------T-T--AAT-C-G-A-TAGTA------------------A--CA----------GTAA---ATTT---T---T----C-TTC--A---------GTA---A-TGCG-AT-TA--------------------A-T-----TC---G-A--T-TA----C-------ataaaacccctccaagtaatcgattattaagcgattacattttttagtaatcgtgcccatccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                   tcatcacataatttaatataagcactaaggaatccataaaatgtacttatacacacatcactgagtgtaccaaaataaacttaaattctgcttataaccataatttccagcaatataagctggaggagttctgaatttaccagtatgaaccactgcttggcaaaaatcacgatattggtcaccattgggggctttaaaagttgcaagcatcgtgcagttcttatacatataggatcatatcccagcctcttcacgctccatttgaaagatttttcagcatttgcggaagaaatctctcttcctgagcagatgcagactgaacatgatgagaactttatcaaaatcctgtattgatattaatgtattttcgatggtgacttgcaggagatctttgatattcacaagcgaggatgatattttgttcaaaaattaaaatctaacgcatcacatttttcattatcgtcaaagtatccgtattaatcgatacatcctcgtaaC-GA-T--T-A---C-------------------------------------TA------A--A-AA-ATGTA-ATC-----GCTTAAT--AA-TCG----AT-T---A-C---TTGGAG------G---GG-T--T----T----T--A-------T--------GC-A--A--T-C-GAT-T--A-------T-T--ATT-C-G-A-T--TAC-----------------AGTCA----------T-TA----------T---T----C-TTC-T----------GTA---A-T-CG-A--TG--------------------G-C--A-ATC---G-A--T-TA----C-------tgacatgcc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attctatatgacttgcaggggatttgatatttcacaaattagatgatatcatttcaacatttcgttttccaataatcgatcattaatcaattacatcctcctaa--G-TA-ATC-G-ATT-----A-----TT-AA-TCG----ATGT--TA-C--------A------G---TA-A--T----T----T--TT----C-TTCA-----GT-A--A--T-C-GAT------------A-C--AAT-C-G-A-T--TACTT---------------A--CG----------A-GG---A------T-------------------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A----A-ATC---G-A--T-TA----C-------A-------------------------------TT-GA----tgcccatccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    catcaaaatttaatatagcctaaggatatatacaaagtcatgtattatacacattcacttgagtgtgcaaataattgaattctgttattaaaccatatttcccacatataagtggaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtctttgaaaatcactatgattggtccaatgggctgctttaaagttaagcattgcagttcatttatacataatagactatatcccagcatcttagctccatttgaaagattttcagcattgctggaagaatctctcttctctgacagatgcagactgaatgagaaactttcaaaaaactcttgatgattaatgtaattctatgtgacttgcaggagatttgtatttcacaaacgagatgatatttgtttgtcaaaaattaaatctaacatcaacatttcattttcg--G-TA-ATT-G-ATT-----A-----C--AA-TCG----AT-T---A-C---T--TGG------G---AG-T--A----T----G--------------------T-A--A--T-T-AAT-T--A-------A-T--TAT-C-G-A-T--TACTTTA-------------A--CA----------A-AA---A------acaacaaaccctccaaagtatcgattatttaattaatatctttaatcgaatttacaattttgagtaatcggtgcacaaccc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     attctatatgacttgaaggagattacgatatattattttaacatttcattttcctA-ATT-----G-----T--AA-TCG----AT-TAATAAC---T--GAATGCTTTG---AA-A--G----TTTTTG----------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--G-------T-T--AAT-T-G-A-T--TAC-----------------A--agaagaataatgactgtacacaaaacccctccaagtaatctattattaatcgattacatttttttgtaatcgtgctca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aggacgtcgattactgaagaaaaatgac-----G-----T--AA-TCG----AT-T---A-CAGATA-GAA------G---AA-A--AA---T----T--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-AAT-T-----------------------------AT-----------------A--CA----------A-AA---A------C---C----C-TCC-TA---------GTG---A-T-CA-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----A--------------------TC----TT-GA----GTAACCttgagtaatcatgctcatccc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attggtcaccaatgggtgcttcagtgcaagcattgcagttctttatacatatagactctattccaacttcttcaattccatttgaaaggtttttcagcattgctgacaaatgcagactgaatgatgaaacttttcaaaaactcataatgatcaaatgtaattctatgtgacttgcagatgatttgatgtttcacaaacgagatgatatttgtttgttcaaaactaacatcaacatttcattttcttttttacgtcaaa-TCG----AT-T---A-C---T--GAA------G---AA-A--AA---T----G--A-----C-T--------GT-A--A--T-C-AAT-T--A-------A-C--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--CA----------A-AA---A------C---T----T-TCA-AA---------GCA---T-T-CA-GT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----A--------------------TT----TT-GA----GTAATCA-TGaagcccatcc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggacgCG----AT-T---A-C---T--AAA------A---AA-------------------------T--------GT-A--A--T-C-GCT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---G----T-TTT-AT---------GCA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-TTC---G-A--T-TA----C-------AGTC-A--------------------TTATTCTT-CT----GTAATCGATGGCActcatccc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attctatatgacttgcaggggatttgatatttcacaaattagatgatatcatttcaacatttcgttttccaataatcgatcattaatcaattacatcctcctaagtaatcgatCG----AT-T---A-C---T--CAA------A---A--------------------------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---T----T-TT-------------GTGCACA-T-CG-ATATT--------------------C-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------AGTC-A--------------------TTATTCTT-CT----GTAATCG-tgcccatccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attctatatgacttgcaggagatttgttgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacatttcattttcccgtaaatgaattattatcaattacatcctcctaaaataatgattgtaaatCG----AT-T---A-C-------AA------A---AA-A--A----T----G--------------------T-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-A-G-A-T--TACTTGGAGGGGTTTTGTGTA--CAGTC-------A-TT---A------T---T----C-TTC--T---------GTA---A-T-TG-AT-TA----------------------C--A-ATC---G-A--T-TA----C---------------------------------TT----GG-GA----GTAtgcccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attctatatgacttgaaggagattacgatatattattttaacatttcattttccttttttgttaaagtaatcgataattaattaattacaCG----AT-T---A-C---T--CAA------A---AA-------------------------C--------GT-A--A--T-C-TAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--CG----------A-TG---G------G---T------TTT-GT---------GCA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-TTC---G-A--T-TG----T-------A----A--------------------Ttgctca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attatgtatgacttgaaagaaatttgatgttttacaaatgagatatcatttcaacatttcgctttccagtaatcgattattaattaattacatcctcctaagtaatcgattacagaagaatgatcCG----AT-T---A-C---T--C--------G---AA-A--A----T-------------------------T-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AATAC-G-A-T--TAC-----------------A--TATGGTATTTGGA-GT---G------CGGGT----T-TTT-GT---------GCA---A-C-CG-AT-TA--------------------T-TTAA-ATC---G-A--T-TA----C-------A----G--------------------Ttgcccatccc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attctatttgacttgcaggagatttgatgtttcacaagatgaggatgatatcatttgaacattttattgttccagtaatgcgagtattcgatcaaattgacatgcctccctaagtaatcgatgtaatagattacagaagaatacatgCG----AT-T---A-C---T--GAA------A---AA-------------------------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--GAT-T-G-A-T--TAC--------------------TA----------G-GAGGTA------T---T----T-TAC-A-----------TA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-C--A-ATC---G-A--C-TT----C-------AGTC-A--------------------TT----TT-ttgtccatc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttacagaata-T--TA-C---T--CAA------A---AA-------------------------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---G----T-TTT-GT---------GCA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----tgtccatccc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ccagtaatcgattattaatcaattacatcctcctaagtaatcgattgtaatcaattacagacgaatgaa-T--TA-C---A--GAAT-----A---AA-A--A----T----G--A-----C-T--------GA-A--G--T-C-GAT-T--G-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAT-----------------G--TA----------A-AAT--A------C--------C-TCC-TA---------GTA---A-T-CA-AT-CA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----T--------------------TT----TT-CA----GTAATCG-TGtcatgcccatccc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---AA-A--A----T---------------T--------GT-AC-A--T-C-GAT-T--A-------A-T---AT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---T----T-TTT-GT---------GTA---A-TCCG-A--TA--------------------T-T--ACATC---A-A--T-TACAGTC-------A----A--------------------TTTTC-TT-CA----GTAATCG-tccatccc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcatcaaaatttaaaatagctaagatgatatacatcgtattatagcacattcactgtgagtgtacaataattgaatggtctgttatcaaaacctatgttccaggcatattaaagtgtctaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtcttggaaatcactatattggtcaccattgggtggttttaaagtggcaagcttggcattagaacttatccccgccttcagctccatttgaaaaattgtttcagcattgctgggaagaatcttctctttgtctgacagatgccccgacttgaagaatgaaacttttcagaaaaaacctcgcctgaatgattaatgtaaattctagtgacagttgtgatagttttcacaaacgagatgatagtttgtgttcaaaaaattaaatctaacatcatacatttcatttcgtcaagtaagtctgattagttaatcgattagtacaatcctcggtaagtaatgtgattgtaat---AA-A--A----T---------------T--------GT-A--A--T-T-GAT-T--A-------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------A-AG---G------G---T----T-TTT-AT---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------AGTC-A--------------------TTTTTCTT-CA----GTAATCG-gagtaattgtgcacatccct
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aagtaatcgattattaatcgattacatcctcgtaagtaatcgattgcaat---AA-A--A----T---------------T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAC-T-G-A-A--TGC-----------------T--TT----------G-AA---A------G---T----T-TTT-GT---------GTA---A-T-CG-AT-TG--------------------T-T--A-ATT---G-A--T-TA----C-------AGTC-A--------------------TTTTTCTT-CA----GTAATCG-ga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aggacgt----G--A-----T-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--AAT-T-G-A-T--CAC-----------------T--AG----------G-AG---G------G---T----T-TTT-GT---------ATA---A-T-TG-AT-TACAGTAATTTTTCTTCTATCTG-T--A-ATC---G-A--T-TA----C----------------------------------T----TT-GAC---GTAAgagtaatcatgctcatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attggtcaccaatgggtgcttcagtgcaagcattgcagttctttatacatatagactctattccaacttcttcaattccatttgaaaggtttttcagcattgctgacaaatgcagactgaatgatgaaacttttcaaaaactcataatgatcaaatgtaattctatgtgacttgcagatgatttgatgtttcacaaacgagatgatatttgtttgttcaaaactaacatcaacatttcattttctttt-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------T-T--AAT-C-A-A-T--TGC-----------------A--------------------------------T----CGTCCTAA---------GTA---A-T-CG-AT-T---------------------G-T--A-ATC---G-A--T-TA----CAGAAG--A----A--------------------TA----AT-GACT--GTAATCG-ttgagtaaccaagcccatcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatatatgacttgtaggagatttgatgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacattttattttc-----C-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A---------C--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TA----------G-GA----------------------CG-AT---------GCA---A-T-TG-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------A----attaataatcgattgcacaaaacctctccaagtaatcg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttatatatgacttgtaggagatttgatgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacattttattttcc-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------T-T--AAT-C-G-A-T--GTT-----------------A--CA----------G-TA---ATTT---T---T----C-TTC--A---------GTA---A-T-CG-AT-----------------------A-C--A-ATC---G-A--T-TA----C---------------------------------TT----AC-GAGGATGTAATCG-aagaataatgactgtaatcgattaataatcgattgcacaaaacctctccaagtaatcg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               catcaaaatttaatatagcctaaggatatatacaaagtcatgtattatacacattcacttgagtgtgcaaataattgaattctgttattaaaccatatttcccacatataagtggaggagttctgaattcagtatgaaaccatgtctttgaaaatcactatgattggtccaatgggctgctttaaagttaagcattgcagttcatttatacataatagactatatcccagcatcttagctccatttgaaagattttcagcattgctggaagaatctctcttctctgacagatgcagactgaatgagaaactttcaaaaaactcttgatgattaatgtaattctatgtgacttgcaggagatttgtatttcacaaacgagatgatatttgtttgtcaaaaattaaatctaacatcaacatttcattttcgtcaatgtaatcgattttaat-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------T-T--AAT-C-G-A-T--TAC--------------------------------A-GT---ATTTTTTT---T----C-TCC--C---------GTA---A-T-CG-AT-TA----------------------C--A-ATC---G-A--T-TA----C---------------------------------TT----AG-GAGGATGTAATCG-caacaaaccctccaaagtatcgattatttaattaatatctttaatcgaatttacaattttgagtaatcggtgcacaaccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tattgattcatttcgttttccagtttttgttaaagtattagattattaat-T--------GT-A--A--T-C-GAT-T--A-------A-T--ATT-A-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---T------TTT-GT---------GCA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-Tcaaaacctctccaagtaataaattattaatcaagaattgcaaacttaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtaatttctataattgcagggagattgatggttttcaaaaaaatgagatgatatcatttcaacattttttccaataaatcgatttcattaatccgattacatcctcctaagtaatgattggaatcgattacagaagaataatgactgca-T--------GC-A--A--C-C-GAT-T--A-------T-TTAAAT-C-G-A-T--TAC-----------------AGTCA----------T-GT---A------T---T----C-TTC--T---------GTA---A-T-CT-AT-TA-------------------------C-ATC---G-A--T-TA----C-------tatttgagtaatcgtgtccacccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 attctatttgacttgcaggagatttgatgtttcacaagatgaggatgatatcatttgaacattttattgttccagtaatgcgagtattcgatcaaattgacatgcctccctaa--------GT-AT-A--T-C-GAT-T--AG------A-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------A--TA----------G-GA---G------GGA-T----T-TCT-GT---------GTA---AAT-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---GCACTT-TA----C-------ACGTCA--------------------TT----TT-caaaaacccgcactccaaataccatatgtaatcgtattattaatcgattaattttcgagtaatcgttgtccatc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttcagtcaatgaaacctggtattgagataaattcacatatatggtcaccattaggtgtctttaatgagtgtgctttaagcattaatcaagaatcactgtatgtatattgaccaagtatattcgtaggacttattatttccaacctcttcagctctctcattatttgtcaaagaatttatgtggatcagccattgtctttgggtgagagaactatcaatattgcgtagaccagaggacagtagactctgatatgattgaaagctttttcaaggaaacactcctgtgtatagtatttaattgtaaccattctatgactttggcgggaggatttgattatttcaccaaacgagtagtatgatattgtgtttgtatatacaaaaattaaatctcagtaagtaatcgatttggagggggttgcaattcaagcaattttacgtgaaggaa-T--AAT-C-G-A-T--TAC-----------------T--TG----------G-AG---G------G---T----T-TTT-GT---------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-TCC---G-A--T-TA----T-------AGTC-A--------------------TTTTTCTT-CA----GTAATCG-taaaatttatttagttaccaaacttttgagtaatcgtgcacatccct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttcattttcgtcaaagtaatcgattatcaatcctcgtaagtaat-C-G-A-T--TAC-----------------T--CA----------A-AA---------------------T--------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------caattttgagtaatcgtgcacat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attctatatgacttgcaggagatttgttgtttcacaaatgagatgatatcatttcaacatttcattttcccgtaaatgaattattatcaattacatcctcctaaaataatgattgtaaatcgattacagaagaataatgactgtaatcgattagaatatcgatgtgcacaaaaccctccaa-C-G-A-T--TAC-----------------T--CA----------A-AT---A------T-------------------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A-T--A-TTA---G-A--T-TA----CTTGGAG-G----G--------------------TT----TT-GT----GCAATCG-tgcccatccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtaatttctataattgcagggagattgatggttttcaaaaaaatgagatgatatcatttcaacattttttccaataaatcgatttcattaatccgattacatcctcctaagtaatgattggaatcgattacagaagaataatgactgcaaatcgattaataat-C-G-A-T--TAC-----------------A--AA----------A-AA---A------T-------------------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A-T--A-ATA---G-A--T-TA----C-------tgtccacccct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attctatatgacttgaaggagattacgatatattattttaacatttcattttccttttttgttaaagtaatcgataattaattaattacatactcccaagtaatcgattgtaatcaattacagaagaataatgactgtacacaaaacccctccaa-C-G-A-T--TAC-----------------T--CA----------A-AA---A------C-------------------------GTA---A-T-CT-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----CTCGATG-G----G--------------------TT----TT-GT----GCAATCG-tgctca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attatgtatgacttgaaagaaatttgatgttttacaaatgagatatcatttcaacatttcgctttccagtaatcgattattaattaattacatcctcctaagtaatcgattacagaagaatgatcattacaatcgaataataat-G-A-T--TAC-----------------T--CA----------A-AA---A------T-------------------------GTA---A-T-CG-AT-TA--------------------A-T--A-ATC---G-A--T-TA----CTTGGAGGG----G--------------------TT----TT-GT----GCAATCG-tgcccatccc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ccagtaatcgattattaatcaattacatcctcctaagtaatcgattgtaatcaattacagacgaatgaatgtaatcgattaataat-AA---------GTA---T-T-AG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------ATC--C--------------------TC----CT-AA----GTAATCG-atgcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattgattcatttcgttttccagtttttgtta---------GCA---A-T-CG-AT-TA--------------------T-T--A-ATC---G-A--T-TA----C-------AGTC-A--------------------TTATTCTT-CT----GTAATCG-attgtaatcgattacgggagaaaaaaaatactgtaatcgattaataatcgattacacaaaacctctccaagtaataaattattaatcaagaattgcaaacttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTCTGATAATCCACCAAAGGGTTATTCAAGAAGACA






Alignments
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Reference ( family-3631 )     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTATCAA-ACCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AAGC--G---G-GGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G-A-AAATTCACTANATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACAT-ATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-ACT---CCTGT-TATGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGAC--TT--GCAGG-AGA--T---T-GAT-G-T-T--TTCAC-AA-A--CGAG----ATGATATT-T-GTTTGT-------A-AATCATA--T-TAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GA-TT-A---C-A-T-CCTCN-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGATTTAC-TGAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACAC-GA-AA-ACT----CTCC---------GNGTAATCG-ATT-A--------------T-TAATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
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gi|11                         :            TTTAA-ATA-GC-CTAAGGA-T-ATAATACT-----ATAGCCA----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCA--T-TGAGTTGAGGTACG-AAATAA--TTTAGAGCT-TCTCTCTTA-TTATAAAGGCCATGGTTCGAA-T-TACCAGTCATAAT--AAGT--GTGAA-GGAGTTCTGAATTATAACT---CAAT--A-AAGAC---TGTCTTG-------------------TGGT-ATAATTGGG-TG-CGAATGAG--A-GTG-GC---Acccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tcatgtaaattA---TT-ATGTA-TGAC--TT--GAAAG-AAA--T---TTGAT-G-T-T--TT-AC-AA-A--TGAG----AT-------------------------ATCAT-----T------TCA-ACATTT--CG-CT-TTC----CA---GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATT-AA-TT-A---C-A-T-CCTCC-TAAG-TAAT-C-GA------------TTAC-AGAA-G----AATG-A--T-CAT-TAC-A--A--T-CGAA-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC--A-AA-ACC----CATC---------GAGTAATCG-ATT-A--------------T-TAATA---GA--T-TAC-GT--------------------TTTT-GAGTAATCGTGgatgacttagcat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A---TT-CTATA-TGAC--TT--GAAGG-AGA--T---T---------------------A--CGAT----ATATTATT-T------T-------A-A--CAT---T-T--C--ATT-----TTC--CT-TT-TTT--GTTAA-AGTAA-T-C-GATA--A-TT-AATT-AA-TT-A---C-A-T-ACTCC-CAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAA-TTAC-AGAA-G----AATA-A--T-GAC-TG---------------------------------TACAC-AA-AA-CCC----CTCC---------AAGTAATCT-ATT-A--------------T-TAATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-TTGTAATCGTGcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---TT-ATATA-TGAC--TT--GTAGG-AGA--T---TTGAT-G-T-T--T-CAC-AA-A--TGAG----ATGATATC------------------------A--T-T------TCA-ACATTT--TA-TT-TTC--CT-----GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AA-TT-G---C-A-T-CGTCC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTAC-AGAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-AA-AA-CCT----CTCC---------AAGTAATCG-ctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTC--CAGTT-TTT--GTTAA-AGTAT-T-A-GATT--A-TT-AATC-GA-TT-A---C-A-T-CCTCC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTAC-GGGA-GAAAAAA-A-A--T--AC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACAC-AA-AA-CCT----CTCC---------AAGTAATAA-ATT-A--------------T-TAATCAAGAA--T-TGC-AA--------------------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tattgattcatttcgtt-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AA-TT-A---C-A-T-CCTCC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAATT-AC-AGAC-G----AA------T-GAA-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-AA-AA-CCC----CTCC---------AAGTAATCG-ATT-A--------------T-TAATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-GAGTAATCATGacttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ccA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GA-TT-A---C-A-T-CCTCG-TAAG-TAAT-C-GATTGCAA-TCGA-TTAC-TGAA-GA---AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACAT-AA-AA-ACC----CTTC---------AAGTAATCG-ATT-A--------------T-TAATC---AA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAcccatccc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TC-AATC------------------CTCG-TAAG-TAAT-C-GATT------------AC-TGAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TAT-A--A--T-CGGA-T--A--ATAATCG-A-T-TACAC-AA-AA-ACC----CTCC---------AAG----------------------------TAATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                   TTGGTCACCATTAGG-TG-CT--TTAA--A-GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TGTATACAT-ATAG-A-C----TATATTC-----------------CAACCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-GAGAA---T-ATC----ATC--G-T-GA-C-AGt
gi|2                          :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----AGTCAT-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTGC--AAATAA--TT--GAATT--C-----TG-TTATTAA-ACCAT-------A-T-TTCCC-ACAT-AT--AAGT--G---GAGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTT-G-A-AAA-TCACTATGATTGGT--CCAATGGGCTG-CT--TTAA--A-GT---T---AAGCAT--TG--CAG---TT-CATTTATACATAATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCATCT-T-A-GCTCC------ATTTG--AAAGA--T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTCT-C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGA--GA-AA---CTTT--CA---AA---AA-ACT---CTTG---ATGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGAC--TT--GCAGG-AGA--T---T---T-G-TAT--TTCAC-AA-A--CGAG----ATGATATT-T-GTTTGTCAA----A-AATTAAA--TCTAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-TGTAA-T-C-GATT----TT-AATC-GA-TT-A---C-A-T-CCTCG-TAAG-TAAT-C-GATTGT-A-TCGA-TTAC-TGAA-GA---AA-A-A--T-TAC-TGT-AACA--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACAC-AACAA-ACC----CTCCA--------AAGT-ATCG-ATT-ATTTAATTAATATCTT-TAATC---GAATT-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGGTGCACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -TCGATT-AC-TGAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A--ACAATCG-A-T-TACAC-AA-AA-ACT----TTCA---------AAGCATTCA-GTT-A--------------T-TAATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCATGaccc
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gi|22                         :                ATATA-GC-CGAAGGA-T-ATA-TACATTTGTAC----A----T-GTA-TTATA-AACAGGT-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAtccatccc
gi|3                          :  CATCA-A-AATTTAAAATA-GC--TAAG-A-TGATA-TACA----------------TCGTA-TTATAGCACA--T-TCAC-TGTGAGT----GTAC--AA-TAA--TT--GAATGGTC-----TG-TTATCAA-AACCT-------A-TGTTCCAGGCAT-ATTAAAGT--GTCTA-GGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G-A-AA--TCACTATATT-GGTCACCATTGGG-TGGTT--TTAA--A-GTG-GC---AAGC-T--TG------------------GCAT--TAG-AAC----T-TATCC-----------------CCGCCT---TCA-GCTCC------ATTTG--AAAAAT-TGTT-------TCAGC-ATT-GC-------TGGGAAGAA-TCTTCTC----TTTGTC-T-GA-C-AGATG----CCCCGACTT-GA-A--GAAT-GA-AA---CTTT--TCAGAAA---AA-ACCTCGCCTGA--ATGAT---TAA-T-GTAAA--TT-CTA-G-TGACAGTT--G--------------T-GATAG-T-T--TTCAC-AA-A--CGAG----ATGATA-----GTTTGTGTTCAAAA-AATTAAA--TCTAAC--ATCATACATTT--CA-TT-T-C--GTCAA--GTAAGT-CTGATT--AGTT-AATC-GA-TT-AGTAC-AAT-CCTCGGTAAG-TAATGT-GATTGTAA-TCGATT-AC-TGAA-G----AA-A-A--TTGAC-TGT-A--A--T-TGATGT--A--ATA-TCGGA-T-TACAC-AA-AA-ACC----CTCC---------AAGTAATCG-AT--A--------------T-TAATC---GA--TGTAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATTGT-GCACA
gi|4                          : tCATCA-C-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA-TACA----------------T-GTA-TTATA-CACAGGT-TCACCT-TGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT-AA-ACCAT-------A-T-TTCCTGACAT-AC--AAG-----------AGT-CTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G-A-AAATTAACTAGATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTT--C---AATCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACAT-ATAG-A-T----TATATCC-----------------CAGCCTCTGTCA-GCTCC------ATTTG--AAATATCT-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAT-TCT-TTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----TA--AACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-ACT---CCTG---ATGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGAC--TT--GCAGG-ATA--T---T-GAT-A-T-T--TTCACCAA-A--CGAT----ACGATATT-T-GTTTGCTGA----ATAATCATA--TCTAAC--ATCA-ACATTT--TA-TT-TTT--GTCAA-AGTAA-T-T-GATC--A-TT-AATC-GA-TT-A---C-A-T-CCTCG-TAAG-TAAT-CCAATTGTAA-TCGATTTAC-TGAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACAC-AA-AA-ACT----CTCC---------AAGTAATCG-ATT-A--------------G-TAATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACAtccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                               T------T---CAGTCAATGAAACCT-GGTATTGAG-ATAAATTCAC-ATATATGGTCACCATTAGG-TGTCT--TTAATGA-GTGTGCTTTAAGCAT--TAATCAAGAATCAC-TGTATGTAT-ATTG-A-CCAAGTATATTCGTAGGACTTATTATTTCCAACCTCT-TCA-GCTCTCTCATTATTTGTCAAAGAA-T-TTATGTGGATCAGCCATT-GTCTTTGGGTGA-GAGAA--CT-ATCAATATTG--CGTAGA-CCAGAGGACAGTA--GACTCTGATA--TGATTGA-AAGCTTTTT--C----AAGGAAACACT---CCTGTGTATAGTATTTAA-TTGTAACCATT-CTATG---AC--TTTGGCGGG-AGGATT---T-GAT-T-A-T--TTCACCAA-A--CGAGTAGTATGATATTGT-GTTTGT-------A----TATA--C-AAAA--ATTA-A-ATCT--CA---------GT--A-AGTAA-T-C-GATT--T-GG-AGGG-GG-TT-G---CAA-T-TC-----AAG-CAAT----------------TTTACGTGAA-GGAA-AA-A-A--T-GACGTGT-A--AAGTGCGAT-T--A--ATAATCG-ATT-TACACAGA-AA-TCC----CTCCT--------ATGTAATCG-ATT-A--------------TCTAATC---GA--TATACTAAAATTTATTTAGTTACCAAACTTTT-GAGTAATCGT-GCACA
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lowQualScore                  :       777       3   6  6       6 6   6    0000000000000000 6   6     6    8888    6 6     4444    55      99  99     88888888  8    99  111  0 6666666 8 8    222   8  11   111111      0      1111111111    99         6       555555  3 6  888     3             5  0  66    66 5  0000000      77  77   000  5 5 22       5   5 222222 1     00000000000000000        5   5     666666     77      5 5  8888888     5   5  8888888   5     333333333333333333333  5 5     4444  99    55  6 99    6  6  111    2222222  111  222  111    88888 6 1  111   6 5    888  6    55      44     3  3  44     444   3  3 3  3 44   3 0000       4444444444444444444444444444444444444444444   3      33  2  2   77777777777777    2 2 2    3333  2    55   2 444  4 2   2 44    2    4        33    555  33   2 2222  4 2 99 2   2   4 22 55 2    2 22 22       4 2 2       2  33  4444    2  000000000       2   2  2 33333333333333    333  33 4   2  88888888888888888888    2          2     
lowQualScore                  :       ...       .   .  .       . .   .    ................ .   .     .    ....    . .     ....    ..      ..  ..     ........  .    ..  ...  . ....... . .    ...   .  ..   ......      .      ..........    ..         .       ......  . .  ...     .             .  .  ..    .. .  .......      ..  ..   ...  . . ..       .   . ...... .     .................        .   .     ......     ..      . .  .......     .   .  .......   .     .....................  . .     ....  ..    ..  . ..    .  .  ...    .......  ...  ...  ...    ..... . .  ...   . .    ...  .    ..      ..     .  .  ..     ...   .  . .  . ..   . ....       ...........................................   .      ..  .  .   ..............    . . .    ....  .    ..   . ...  . .   . ..    .    .        ..    ...  ..   . ....  . . .. .   .   . .. .. .    . .. ..       . . .       .  ..  ....    .  .........       .   .  . ..............    ...  .. .   .  ....................    .          .     
lowQualScore                  :       000       5   7  7       7 7   7    5555555555555555 7   7     7    5555    7 7     2222    88      22  22     66666666  0    00  888  8 0000000 0 0    000   0  00   222222      8      8888888888    22         7       888888  2 7  000     2             0  0  99    99 0  1111111      99  99   000  7 7 77       7   7 444444 4     00000000000000000        7   7     444444     99      7 7  6666666     7   7  6666666   7     111111111111111111111  7 7     2222  22    88  7 22    7  7  777    7777777  777  555  777    33333 7 0  777   7 7    555  2    00      22     1  1  22     111   4  3 3  3 66   3 4444       3333333333333333333333333333333333333333333   1      77  7  7   66666666666666    4 4 4    9999  4    77   4 111  7 4   4 11    4    7        22    444  11   1 4444  7 1 22 1   1   2 99 88 1    1 99 99       2 1 1       1  44  5555    1  555555555       1   2  2 11111111111111    999  11 4   2  11111111111111111111    4          5     
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Reference ( family-3631 )     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AAG-TGT--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCA-C-AA-A--CGA-G----ATGATATC-T-GTTTG-T-------AAAT-CAA---T------TAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC-------GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCGATTTACN-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
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gi|11                         :            TTTAA-ATA-GC-CTAAGGA-T-ATAATACT-----ATAGCCA----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCA--T-TGAGTTGAGGTACG-AAATAA--TTTAGAGCT-TCTCTCTTA-TTAT--AAAGGCCATGGTTCGAA-T-TACCAGTCATAAT--AAG-TGTGAAGGAGTTCTGAATTATAACT---CAAT--A-AAGAC---TGTCTTG---------------------TGGT-ATAATTGGG-TG-CGAATGAG--A-GTG-GC---Acccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tcatgtaaattA---TT-ATGTA-TGACTT--GAAAG-AA-AT--TTGAT-G-TTTT-A-C-AA-A--TGA-G----AT-------------------------AT-CA----T------T------TCA-ACATTT--CG-CT-TTC---------CA---GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGA------------TTACA-GAA-G----AATG-A--T-CAT-TAC-A--A--T-CGAA-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CATC-GA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATA---GA--T-TAC-GT--------------------TTTT-GAGTAATCGTGgatgacttagcat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATA-TGACTT--GAAGG-AG-AT--Tcccatccc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTA-ACATTT--CA-TT-TTCCTTTTTTGTTAA-AGTAA-T-C-GATA--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-ACT-CC-CAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCAA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TG---------------------------------TACACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-TTGTAATCGTGacgatatattattttaacatttcattttccttttttgttaaagtaatcgataattaattaattacatactcccaagtaatcgattgtaatcaattacagaagaataatgactgtacacaaaacccctccaagtaatctattattaatcgattacatttttttgtaatcgtgctca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attctatatgacttgaaggagattacgatatattatt---TT-ATATA-TGACTT--GTAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTT-CA-C-AA-A--TGA-G----ATGATATC------------------------A---T------T------TCA-ACATTT--TA-TT-TTC-------CT-----GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-G---CA-T-CGT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCGA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTC--CAGTT-TTT-------GTTAA-AGTAT-T-A-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCGA-TTACG-GGA-GAAAAAA-A-A--T--AC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATAA-ATT-AT-T--------------AATCAAGAA--T-TGC-AA--------------------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tattgattcatttcgtt-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCAATT-ACA-GAC-G----AA------T-GAA-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-GAGTAATCATGacttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ccA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CGATTGCAA-TCGA-TTACT-GAA-GA---AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACATAA-AAA-CC----CTTC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---AA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAcccatccc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TT--CA-TT-TTC-------GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TC-AATC----------------CT-CG-TAAG-TAAT-CGATT------------ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TAT-A--A--T-CGGA-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------G--------------T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                     TTGGTCACCATTAGG-TG-CT--TTAA--A-GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TGTATACATA-TAG-A-C----TATATTC-----------------CAACCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-GAGAA---T-ATC----ATC--G-T-GA-C-AGt
gi|2                          :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----AGTCAT-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTGC--AAATAA--TT--GAATT--C-----TG-TTATT-AAA--CCAT-------A-T-TTCCC-ACAT-AT--AAG-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTT-G--A-AAAT-CA-CTATGATTGGTC--CAATGGGCTG-CT--TTAA--A-GT---T---AAGCAT--TG--CAG---TT-CATTTATACATAATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCATCT-T-A-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT--------CAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTCT-C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGA--GA-AA---CTTT--C----AA---AA-AACT---CTTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTG-T-A-TTT-CA-C-AA-A--CGA-G----ATGATATT-T-GTTTG-TCAA----AAAT-TAAAT-C------TAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC-------GTCAA-TGTAA-T-C-GATT----TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CGATTGTA--TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-TAC-TGT-A--ACAT-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAACAAA-CC----CTCC-AAA--------GTA-TCG-ATT-AT-TTAATTAATATCTTTAATC---GAATT-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGGTGCACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A--ACAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----TTCA-AA---------GCATTCA-GTT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCATGaccc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aggacgTTACA-GAATA----AA-A-A--T-GAC-TGA-A--G--T-CGAT-T--G--ATAATCG-A-T-TATGTAA-AAT-AC----CTCC-TA---------GTAATCA-ATC-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-CAGTAATCGTGctcatccc
gi|22                         :                ATATA-GC-CGAAGGA-T-ATA-TACATTTGTAC----A----T-GTA-TTATA-AACAGGT-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAtccatccc
gi|3                          :  CATCA-A-AATTTAAAATA-GC--TAAG-A-TGATA-TACA----------------TCGTA-TTATAGCACA--T-TCAC-TGTGAGT----GTAC--AA-TAA--TT--GAATGGTC-----TG-TTATCAAAA--CC-T-------A-TGTTCCAGGCAT-ATTAAAG-TGTCTAGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AA-T-CA-CTATATT-GGTCACCATTGGG-TGGTT--TTAA--A-GTG-GC---AAGC-T--TG------------------GCAT--TAG-AAC----T-TATCC-----------------CCGCCT---TCA-GCTCC------ATTTG--AAAAAT-TGTT-------TCAGC-ATT-GC-------TGGGAAGAA-TCTTCTC----TTTGTC-T-GA-C-AGATG----CCCCGACTT-GA-A--GAAT-GA-AA---CTTT--TCAGAAA---AA-A-CCTCGCCTG-----AATGAT---TAA-T-GTAAA--TT-CTA-G-TGAC----------AG-TT--GTGATAG-TTTTCA-C-AA-A--CGA-G----ATGATA-----GTTTG-TGTTCAAAAAAT-TAAAT-C------TAAC--ATCATACATTT--CA-TT-T-C-------GTCAA--GTAAGT-CTGATT--AGTT-AATC-GATT-AGTACAAT-CCT-CGGTAAG-TAATGTGATTGTAA-TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-A--TTGAC-TGT-A--A--T-TGATGT--A--ATA-TCGGA-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-A-T-AT-T--------------AATC---GA--TGTAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATTGT-GCACA
gi|4                          : tCATCA-C-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA-TACA----------------T-GTA-TTATA-CACAGGT-TCACCT-TGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCTGACAT-AC--AAG---------AGT-CTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G--A-AAAT-TAACTAGATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTT--C---AATCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-T----TATATCC-----------------CAGCCTCTGTCA-GCTCC------ATTTG--AAATATCT-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAT-TCT-TTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----TA--AACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AT-A---TTGAT-A-TTTTCACC-AA-A--CGA-T----ACGATATT-T-GTTTGCT-------GAAT--AA---TCATATCTAAC--ATCA-ACATTT--TA-TT-TTT-------GTCAA-AGTAA-T-T-GATC--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAATCCAATTGTAA-TCGATTTACT-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AG-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACAtccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                               T------T---CAGTCAATGAAACCT-GGTATTGAG--ATAAATTCA-C-ATATATGGTCACCATTAGG-TGTCT--TTAATGA-GTGTGCTTTAAGCAT--TAATCAAGAATCAC-TGTATGTATA-TTG-A-CCAAGTATATTCGTAGGACTTATTATTTCCAACCTCT-TCA-GCTCTCTCATTATTTGTCAAAGAA-T-TTATGTGGATCAGCCATT-GTCTTTGGGTGA-GAGAA--CT-ATCAATATTG--CGTAGA-CCAGAGGACAGTA--GACTCTGATA--TGATTGA-AAGCTTTTT--C----AAGGAAACA-CT---CCTGTGT--A-TAGTATTTAA-TTGTAACCATT-CTATG---ACTTTGGCGGG-AGGAT--TTGAT-T-ATTTCA-CCAA-A--CGA-GTAGTATGATATTGT-GTTTG-T-------ATATACAA-----------AA---ATTA-A-ATCT--CA--------------GT--A-AGTAA-T-C-GATT--T-GG-AGGG-GGTT-G---CAAT-TC------AAG-CAAT---------------TTTACGTGAA-GGAA-AA-A-A--T-GACGTGT-A--AAGTGCGAT-T--A--ATAATCG-ATT-TACACAG-AAATCC----CTCCTAT---------GTAATCG-ATT-ATCT--------------AATC---GA--TATACTAAAATTTATTTAGTTACCAAACTTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                     TTGGTCACCAATGGG-TG-CT--TCA-----GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TCTATTC-----------------CAACTTCT-TCA-ATTCC------ATTTG--AAAGGT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TG-----------------------------A-C-AAATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTTT-C----AA---AA-A-CT---CATA-----A-TGAT---CAAAT-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGA-TG-AT--TTGAT-G-TTT-CA-C-AA-A--CGA-G----ATGATATT-T-GTTTG-T----------T-CAAAA-C------TAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC-------------------------TT----TT--------TT-A---CG-T-CA------AAG-TAAT-CGATTACA----GAT----A-GAA-GA---AA-A-A--T-TAC-TG----------------------TAATCA-A-T-TATACAA-AAA-CC----CTCC-TA---------GTGATCA-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TCTT-GAGTAACCtccct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aA---TT-CTATT-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G--TTTCA-C-AAGA--TGAGG----ATGATATC---ATTTG------------------------------------A-ACATTT--TA-TTGTTC---------C---AGTAA-TGC-GAGT--A-TTCGATCAAATTGA---CA-TGCCTCCC-TAAG-TAAT-CGA-TGTAA-TAGA-TTACA-GAA-G----AATACA--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-TTAA--ATAATCG-G-T-TGCACAA-AAA-CCCGCACTCC-AAATACCATATGTAATCGTATT-AT-T--------------AATC---GA--T-T---AA--------------------TTTTCGAGTAATCGTaagcccatcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -GTAA---TTTCTAT----AATT--GCAGGGAG-AT--T-GAT-GGTTTTCA-A-AA-AAATGA-G----ATGATATC------------------------A---T------T------TCA-ACATTT------T-TTC---------CAATA--AA-T-C-GATTTCA-TT-AATCCGATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT--GATTGGAA-TCGA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGCAA--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-AAT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------ATTT-GAGTAATCGTGtgtccatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---TT-CTATA-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGTT-G-TTT-CA-C-AA-A--TGA-G----ATGATATC------------------------A---T------T------TCA-ACATTT--CA-TT-TTCCC-----GT--A-AATGA------ATT--A-TT-A-TC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAAATAAT--GATTGTAAATCGATT-ACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--AGAATA-TCG-A-TGTGCACAA-AA--CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC--A--------------------TTTT-GAGTAATCGTGtccacccct
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lowQualScore                  :       111                                 6666666666666666                1111            1111    11                 22222222       11  111    2222222                 11  111111111             2222222222                       111111                                1              2222222               111                     111111       44444444444444444                  111111                  1111111            1111111         222222222222222222222          1111        11                111    2222222  111  111  111    22222      111                                                      1                          333333333333333333333333333333333333333333333333                     111111111                                                                       111         1111  1                                                                       111111111                11111111111111                   11111111111111111111                     
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lowQualScore                  :       ...       .   .  .       . .   .    ................ .   .     .    ....    . .     ....    ..      ..  ..     ........  .    ..  ...  . ....... . .    ...   .  ..  .........      .      ..........    ..         .       ......  . .  ...     .             .  .  ..    .. .  .......      ..  ..   ...  . . ..       .   . ...... .     .................        .   .     ......     ..      . .  .......     .   .  .......   .     .....................  . .     ....  ..    ..  . ..    .  .  ...    .......  ...  ...  ...    ..... . .  ...   . .    ...  .    ..      ..     .  .  .. .   ...   .   .  . ..   . ....       ................................................   .      ..  .  .   .........    . . .    ....  .    ..   . ...  . .   . ..    .    ...       ..    ...  ..   . ....  . . .. .   .   . .. .. .    . .. ..       . . .       .  ..  ....    .  .........       .   .  . ..............    ...  .. .   .  ....................    .          .     
lowQualScore                  :       000       5   7  7       7 7   7    5555555555555555 7   7     7    5555    7 7     2222    88      22  22     66666666  0    00  888  8 0000000 0 0    000   0  00  666666666      8      8888888888    22         7       888888  2 7  000     2             0  0  99    99 0  1111111      99  99   000  7 7 77       7   7 444444 4     00000000000000000        7   7     444444     99      7 7  6666666     7   7  6666666   7     111111111111111111111  7 7     2222  22    88  7 22    7  7  777    7777777  777  555  777    33333 7 0  777   7 7    555  2    00      22     1  1  22 3   999   5   2  1 22   1 6666       222222222222222222222222222222222222222222222222   1      33  7  7   999999999    4 4 4    9999  4    77   4 111  7 4   4 11    4    555       22    333  11   1 4444  7 1 22 1   1   1 99 99 1    1 99 99       2 1 1       1  44  5555    1  555555555       1   2  2 11111111111111    999  11 4   2  11111111111111111111    4          5     
consensus                     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AA--G-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCAC-AA-A--CGA-G----ATGATATC-TGTTTGT------AT-CA-A----------T-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGATTTACN-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
Reference ( family-3631 )     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AA--G-TGN--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCAC-AA-A--CGA-G----ATGATATC-TGTTTGT------AT-CA-A----------T-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGATTTACN-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
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gi|11                         :            TTTAA-ATA-GC-CTAAGGA-T-ATAATACT-----ATAGCCA----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCA--T-TGAGTTGAGGTACG-AAATAA--TTTAGAGCT-TCTCTCTTA-TTAT--AAAGGCCATGGTTCGAA-T-TACCAGTCATAAT--AAGTG-TGA--AGGAGTTCTGAATTATAACT---CAAT--A-AAGAC---TGTCTTG---------------------TGGT-ATAATTGGG-TG-CGAATGAG--A-GTG-GC---Acccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcatgtaaattA---TT-ATGTA-TGACTT--GAAAG-AA-AT--TTGAT-G-TTTT-AC-AA-A--TGA-G----AT--------------------AT-CA------------T-T-------------TCA-ACATTT--CG-CT-TTC----CA---GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GA------------TTACA-GAA-G----AATG-A--T-CAT-TAC-A--A--T-CGAA-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CATC-GA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATA---GA--T-TAC-GT--------------------TTTT-GAGTAATCGTGgatgacttagcat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A---TT-CTATA-TGACTT--GAAGG-AG-AT--T------------------------------ACGATATA-T-----T------AT-T-------------T-TAA---------CATTT--CATTTTCCT-TT-TTT--GTTAA-AGTAA-T-C-GATA--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-ACT-CC-CAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TG---------------------------------TACACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-TTGTAATCGTGcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---TT-ATATA-TGACTT--GTAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTT-CAC-AA-A--TGA-G----ATGATATC--------------------A----------T-T-------------TCA-ACATTT--TA-TT-TTC--CT-----GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-G---CA-T-CGT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTC--CAGTT-TTT--GTTAA-AGTAT-T-A-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTACG-GGA-GAAAAAA-A-A--T--AC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATAA-ATT-AT-T--------------AATCAAGAA--T-TGC-AA--------------------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgattcatttcgtt-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAATT-ACA-GAC-G----AA------T-GAA-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-GAGTAATCATGacttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-C-GATTGCAA-TCGA-TTACT-GAA-GA---AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACATAA-AAA-CC----CTTC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---AA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAcccatccc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TC-AATC----------------CT-CG-TAAG-TAAT-C-GATT------------ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TAT-A--A--T-CGGA-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------G--------------T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                       TTGGTCACCATTAGG-TG-CT--TTAA--A-GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TGTATACATA-TAG-A-C----TATATTC-----------------CAACCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-GAGAA---T-ATC----ATC--G-T-GA-C-AGt
gi|2                          :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----AGTCAT-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTGC--AAATAA--TT--GAATT--C-----TG-TTATT-AAA--CCAT-------A-T-TTCCC-ACAT-AT--AA--G-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTT-G--A-AAAT-CA-CTATGATTGGTC--CAATGGGCTG-CT--TTAA--A-GT---T---AAGCAT--TG--CAG---TT-CATTTATACATAATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCATCT-T-A-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT--------CAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTCT-C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGA--GA-AA---CTTT--C----AA---AA-AACT---CTTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTG-T-A-TTT-CAC-AA-A--CGA-G----ATGATATT-TGTTTGTCAAAA-AT-TA-AAT--------C-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-TGTAA-T-C-GATT----TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-C-GATTGTA--TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-TAC-TGT-A--ACAT-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAACAAA-CC----CTCC-AAA--------GTA-TCG-ATT-AT-TTAATTAATATCTTTAATC---GAATT-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGGTGCACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A--ACAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----TTCA-AA---------GCATTCA-GTT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCATGaccc
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gi|4                          : tCATCA-C-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA-TACA----------------T-GTA-TTATA-CACAGGT-TCACCT-TGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCTGACAT-AC--AA--G---------AGT-CTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G--A-AAAT-TAACTAGATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTT--C---AATCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-T----TATATCC-----------------CAGCCTCTGTCA-GCTCC------ATTTG--AAATATCT-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAT-TCT-TTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----TA--AACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AT-AT--T-GAT-A-TTTTCACCAA-A--CGA-T----ACGATATT-TGTTTGCTGAATAAT-CATA----------TCTAA---------CATCA-ACATTT--TA-TT-TTT--GTCAA-AGTAA-T-T-GATC--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CCAATTGTAA-TCGATTTACT-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AG-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACAtccct
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lowQualScore                  :       111                                 6666666666666666                1111            1111    11                 22222222       11  111    2222222                 11  111111111             2222222222                       111111                                1              2222222               111                     111111       44444444444444444                  111111                  1111111            1111111         222222222222222222222          1111        11                111    2222222  111  111  111    22222      111                                                      1                          333333333333333333333333333333333333333333333333                     111111111                                                                       111         1111  1                                                                       111111111                11111111111111                   11111111111111111111                     
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lowQualScore                  :       ...       .   .  .       . .   .    ................ .   .     .    ....    . .     ....    ..      ..  ..     ........  .    ..  ...  . ....... . .    ...   .  ..  .........      .      ..........    ..         .       ......  . .  ...     .             .  .  ..    .. .  .......      ..  ..   ...  . . ..       .   . ...... .     .................        .   .     ......     ..      . .  .......     .   .  .......   .     .....................  . .     ....  ..    ..  . ..    .  .  ...    .......  ...  ...  ...    ..... . .  ...   . .    ...  .    ..      ..     .  .  .. .   ...   .   .  . ..   . ....       ................................................   .      ..  .  .   .........    . . .    ....  .    ..   . ...  . .   . ..    .    ...       ..    ...  ..   . ....  . . .. .   .   . .. .. .    . .. ..       . . .       .  ..  ....    .  .........       .   .  . ..............    ...  .. .   .  ....................    .          .     
lowQualScore                  :       000       5   7  7       7 7   7    5555555555555555 7   7     7    5555    7 7     2222    88      22  22     66666666  0    00  888  8 0000000 0 0    000   0  00  000000000      8      8888888888    22         7       888888  2 7  000     2             0  0  99    99 0  1111111      99  99   000  7 7 77       7   7 444444 4     00000000000000000        7   7     444444     99      7 7  6666666     7   7  6666666   7     111111111111111111111  7 7     2222  22    88  7 22    7  7  777    7777777  777  555  777    33333 7 0  777   7 7    555  2    00      22     1  1  22 3   999   5   2  1 22   1 6666       222222222222222222222222222222222222222222222222   1      33  7  7   999999999    4 4 4    9999  4    77   4 111  7 4   4 11    4    555       22    333  11   1 4444  7 1 22 1   1   1 99 99 1    1 99 99       2 1 1       1  44  5555    1  555555555       1   2  2 11111111111111    999  11 4   2  11111111111111111111    4          5     
consensus                     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AA--G-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCAC-AA-A--CGA-G----ATGATATC-TGTTTGT------AT-CA-A----------T-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGATTTACN-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
Reference ( family-3631 )     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----A----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AA--G-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTG-GC---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCAC-AA-A--CGA-G----ATGATATC-TGTTTGT------AT-CA-A----------T-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGATTTACN-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
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gi|11                         :            TTTAA-ATA-GC-CTAAGGA-T-ATAATACT-----ATAGCCA----T-GTA-TTATA-CACA--T-TCA--T-TGAGTTGAGGTACG-AAATAA--TTTAGAGCT-TCTCTCTTA-TTAT--AAAGGCCATGGTTCGAA-T-TACCAGTCATAAT--AAGTG-TGA--AGGAGTTCTGAATTATAACT---CAAT--A-AAGAC---TGTCTTG---------------------TGGT-ATAATTGGG-TG-CGAATGAG--A-GTG-GC---Acccatccc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tcatgtaaattA---TT-ATGTA-TGACTT--GAAAG-AA-AT--TTGAT-G-TTTT-AC-AA-A--TGA-G----AT--------------------AT-CA------------T-T-------------TCA-ACATTT--CG-CT-TTC----CA---GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GA------------TTACA-GAA-G----AATG-A--T-CAT-TAC-A--A--T-CGAA-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CATC-GA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATA---GA--T-TAC-GT--------------------TTTT-GAGTAATCGTGgatgacttagcat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A---TT-CTATA-TGACTT--GAAGG-AG-AT--T------------------------------ACGATATA-T-----T------AT-T-------------T-TAA---------CATTT--CATTTTCCT-TT-TTT--GTTAA-AGTAA-T-C-GATA--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-ACT-CC-CAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TG---------------------------------TACACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-TTGTAATCGTGcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---TT-ATATA-TGACTT--GTAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTT-CAC-AA-A--TGA-G----ATGATATC--------------------A----------T-T-------------TCA-ACATTT--TA-TT-TTC--CT-----GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-G---CA-T-CGT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTC--CAGTT-TTT--GTTAA-AGTAT-T-A-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCGA-TTACG-GGA-GAAAAAA-A-A--T--AC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATAA-ATT-AT-T--------------AATCAAGAA--T-TGC-AA--------------------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tattgattcatttcgtt-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-C-GATTGTAA-TCAATT-ACA-GAC-G----AA------T-GAA-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-GAGTAATCATGacttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-C-GATTGCAA-TCGA-TTACT-GAA-GA---AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACATAA-AAA-CC----CTTC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---AA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAcccatccc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TC-AATC----------------CT-CG-TAAG-TAAT-C-GATT------------ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TAT-A--A--T-CGGA-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------G--------------T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                       TTGGTCACCATTAGG-TG-CT--TTAA--A-GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TGTATACATA-TAG-A-C----TATATTC-----------------CAACCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-GAGAA---T-ATC----ATC--G-T-GA-C-AGt
gi|2                          :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA-TACA-----A-----AGTCAT-GTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTGC--AAATAA--TT--GAATT--C-----TG-TTATT-AAA--CCAT-------A-T-TTCCC-ACAT-AT--AA--G-TGG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTT-G--A-AAAT-CA-CTATGATTGGTC--CAATGGGCTG-CT--TTAA--A-GT---T---AAGCAT--TG--CAG---TT-CATTTATACATAATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCATCT-T-A-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT--------CAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-CTC----TTCT-C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGA--GA-AA---CTTT--C----AA---AA-AACT---CTTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTG-T-A-TTT-CAC-AA-A--CGA-G----ATGATATT-TGTTTGTCAAAA-AT-TA-AAT--------C-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-TGTAA-T-C-GATT----TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-C-GATTGTA--TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-TAC-TGT-A--ACAT-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAACAAA-CC----CTCC-AAA--------GTA-TCG-ATT-AT-TTAATTAATATCTTTAATC---GAATT-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGGTGCACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A--ACAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----TTCA-AA---------GCATTCA-GTT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCATGaccc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggacgTTACA-GAATA----AA-A-A--T-GAC-TGA-A--G--T-CGAT-T--G--ATAATCG-A-T-TATGTAA-AAT-AC----CTCC-TA---------GTAATCA-ATC-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-CAGTAATCGTGctcatccc
gi|22                         :                ATATA-GC-CGAAGGA-T-ATA-TACATTTGTAC----A----T-GTA-TTATA-AACAGGT-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAtccatccc
gi|3                          :  CATCA-A-AATTTAAAATA-GC--TAAG-A-TGATA-TACA----------------TCGTA-TTATAGCACA--T-TCAC-TGTGAGT----GTAC--AA-TAA--TT--GAATGGTC-----TG-TTATCAAAA--CC-T-------A-TGTTCCAGGCAT-ATTAAA--G-TGTCTAGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AA-T-CA-CTATATT-GGTCACCATTGGG-TGGTT--TTAA--A-GTG-GC---AAGC-T--TG------------------GCAT--TAG-AAC----T-TATCC-----------------CCGCCT---TCA-GCTCC------ATTTG--AAAAAT-TGTT-------TCAGC-ATT-GC-------TGGGAAGAA-TCTTCTC----TTTGTC-T-GA-C-AGATG----CCCCGACTT-GA-A--GAAT-GA-AA---CTTT--TCAGAAA---AA-A-CCTCGCCTG-----AATGAT---TAA-T-GTAAA--TT-CTA-G-TGAC----------AG-TT--GTGATAG-TTTTCAC-AA-A--CGA-G----ATGATA----GTTTGT------GTTCA-AAAAATTAAATC-TAA---------CATCATACATTT--CA-TT-T-C--GTCAA--GTAAGT-CTGATT--AGTT-AATC-GATT-AGTACAAT-CCT-CGGTAAG-TAATGT-GATTGTAA-TCGATT-ACT-GAA-G----AA-A-A--TTGAC-TGT-A--A--T-TGATGT--A--ATA-TCGGA-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-A-T-AT-T--------------AATC---GA--TGTAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATTGT-GCACA
gi|4                          : tCATCA-C-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA-TACA----------------T-GTA-TTATA-CACAGGT-TCACCT-TGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCTGACAT-AC--AA--G---------AGT-CTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G--A-AAAT-TAACTAGATTTGGTCACCATTGGG-TG-CT--TTAA--A-GTT--C---AATCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-T----TATATCC-----------------CAGCCTCTGTCA-GCTCC------ATTTG--AAATATCT-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAT-TCT-TTC----TTC--C-T-GA-C-AGATG----TA--AACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AT-AT--T-GAT-A-TTTTCACCAA-A--CGA-T----ACGATATT-TGTTTGCTGAATAAT-CATA----------TCTAA---------CATCA-ACATTT--TA-TT-TTT--GTCAA-AGTAA-T-T-GATC--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CCAATTGTAA-TCGATTTACT-GAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AG-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACAtccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                 T------T---CAGTCAATGAAACCT-GGTATTGAG--ATAAATTCA-C-ATATATGGTCACCATTAGG-TGTCT--TTAATGA-GTGTGCTTTAAGCAT--TAATCAAGAATCAC-TGTATGTATA-TTG-A-CCAAGTATATTCGTAGGACTTATTATTTCCAACCTCT-TCA-GCTCTCTCATTATTTGTCAAAGAA-T-TTATGTGGATCAGCCATT-GTCTTTGGGTGA-GAGAA--CT-ATCAATATTG--CGTAGA-CCAGAGGACAGTA--GACTCTGATA--TGATTGA-AAGCTTTTT--C----AAGGAAACA-CT---CCTGTGT--A-TAGTATTTAA-TTGTAACCATT-CTATG---ACTTTGGCGGG-AGGAT--TTGAT-T-ATTTCACCAA-A--CGA-GTAGTATGATATTGTGTTTGT------AT-AT-A----------C-AAA---------AATTA-A-ATCT--CA---------GT--A-AGTAA-T-C-GATT--T-GG-AGGG-GGTT-G---CAAT-TC------AAG-CAAT----------------TTTACGTGAA-GGAA-AA-A-A--T-GACGTGT-A--AAGTGCGAT-T--A--ATAATCG-ATT-TACACAG-AAATCC----CTCCTAT---------GTAATCG-ATT-ATCT--------------AATC---GA--TATACTAAAATTTATTTAGTTACCAAACTTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                       TTGGTCACCAATGGG-TG-CT--TCA-----GTG--C---AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TCTATTC-----------------CAACTTCT-TCA-ATTCC------ATTTG--AAAGGT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TG-----------------------------A-C-AAATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTTT-C----AA---AA-A-CT---CATA-----A-TGAT---CAAAT-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGA-TG-AT--TTGAT-G-TTT-CAC-AA-A--CGA-G----ATGATATT-TGTTTGT-------T-CA-AAA--------C-TAA---------CATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--------------------TT----TT--------TT-A---CG-T-CA------AAG-TAAT-C-GATTACA----GAT----A-GAA-GA---AA-A-A--T-TAC-TG----------------------TAATCA-A-T-TATACAA-AAA-CC----CTCC-TA---------GTGATCA-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TCTT-GAGTAACCtccct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aA---TT-CTATT-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G--TTTCAC-AAGA--TGAGG----ATGATATC--ATTTG------------------------------------------A-ACATTT--TA-TTGTTC----C---AGTAA-TGC-GAGT--A-TTCGATCAAATTGA---CA-TGCCTCCC-TAAG-TAAT-C-GA-TGTAA-TAGA-TTACA-GAA-G----AATACA--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-TTAA--ATAATCG-G-T-TGCACAA-AAA-CCCGCACTCC-AAATACCATATGTAATCGTATT-AT-T--------------AATC---GA--T-T---AA--------------------TTTTCGAGTAATCGTaagcccatcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GTAA---TTTCTAT----AATT--GCAGGGAG-AT--T-GAT-GGTTTTCAA-AA-AAATGA-G----ATGATATC--------------------A----------T-T-------------TCA-ACATTT------T-TTC----CAATA--AA-T-C-GATTTCA-TT-AATCCGATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT---GATTGGAA-TCGATT-ACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGC-A--AA-T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-AAT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------ATTT-GAGTAATCGTGtgtccatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A---TT-CTATA-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGTT-G-TTT-CAC-AA-A--TGA-G----ATGATATC--------------------A----------T-T-------------TCA-ACATTT--CA-TT-TTCCCGT--A-AATGA------ATT--A-TT-A-TC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAAATAAT---GATTGTAAATCGATT-ACA-GAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--AGAATA-TCG-A-TGTGCACAA-AA--CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC--A--------------------TTTT-GAGTAATCGTGtccacccct


blockSeqs                     :       A         T   .  .       . G   A    TTTGTACA         C   .     G    GGT     C G     TGAG    G       .   TA     TCTCTCT   .    CA  AGG    GGTTCGA . G    AGT   A  TA  GTGTGA                TATAACT       CA         .       AGAT    A T  ACT     T             C  G  AA    TG .  GTGCTTT      .   AT   GAA  A A GT       A   . CCAAG  A     GTAGGACTTATTATTTC        G   .     CTCATT     TC      C G  ATGTGGA     C   .  CTTTGGG   G     CTATCAATATTGCGTA       . C     ACAG  CC    CT  T .     T  .  GCT    TCAGA    GGA  AA   TCG    TGT   A G  ATT   A T    CCA  T    A       TG     G  G  .  T   AG    T   C  G AA   G TAGT       GTTTGTGTTCAAAAAATTAAATCTAACA                       T      TC  G  G   GTTAAA       G G T    TCA   C    AA   G GTA  A G   C GG    A    GT        AA    TTT  GT   T AAAA  T C A  T   G   . .  CA G    G TA GA       G T G       C  AT  CGCA    T  ATACCATAT       T   .  C TAATTAATATCTTT    AAG  AT G   T  AATTTATTTAGTTACCAAAC    C          G
blockSeqs                     :       A         T   .  .       . .   .    ATAGCCA          .   .     .    GGT     . .     .       .       .   .      GTC       .    T   A      .       . .    AGG   .  .   GTGTCT                T             .          .       GA      A .  CT      T             .  T  .     .  .  GGC          .   .    .    . . TT       .   . AC     A     .                        .   .     .          .       . .  .           .   .  .         .     TCTTCTCTTTGTCT         . .     .     .     T   . .     .  .  .      TC       .    CA   .      .     . G  .     . .    A    .    A       .      .  .  .  T   GG    T   C  . .    . .          TTGTTTGCTGAATAATCATATCTAACA                        .      .   .  .   GTTAAA       . . .    AG    .    CG   . .    A .   . C     .    CC        A     TTT  A    . GAA   T . A  .   .   . .  AG .    . .  .        . . .       .  C   .       .  A               .   .  . .                 .    .  A   .  .                       .          G
blockSeqs                     :       C         A   .  .       . .   .    AAGTCA           .   .     .    T       . .     .       .       .   .      TC        .    .   A      .       . .    TGA   .  .   GTGG                  T             .          .       GA      A .  CT      T             .  .  .     .  .  GGC          .   .    .    . . TT       .   . C      A     .                        .   .     .          .       . .  .           .   .  .         .     TCTCTCTTCTCT           . .     .     .     .   . .     .  .  .      C        .    A    .      .     . G  .     . .    .    .    A       .      .  .  .  T   A     T   .  . .    . .          TTGTTTGTCAAAAATTAAATCTAACA                         .      .   .  .   GTCAAA       . . .    A     .    A    . .    . .   . C     .    C         A     TT   A    . A     T . A  .   .   . .  A  .    . .  .        . . .       .  A   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          G
blockSeqs                     :                 T   .  .       . .   .    .                .   .     .    T       . .     .       .       .   .      C         .    .   A      .       . .    CA    .  .   G                     T             .          .       GA      . .  C       T             .  .  .     .  .  GC           .   .    .    . . GT       .   . C      A     .                        .   .     .          .       . .  .           .   .  .         .     TCTTTCTTCCT            . .     .     .     .   . .     .  .  .      C        .    A    .      .     . A  .     . .    .    .    A       .      .  .  .  T   G     T   .  . .    . .          TGTGTTTGTATATACAAAAA                               .      .   .  .   GTCAAT       . . .    A     .    A    . .    . .   . C     .    C         A     TT   A    . A     T . .  .   .   . .  .  .    . .  .        . . .       .  C   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          G
blockSeqs                     :                 .   .  .       . .   .    .                .   .     .    T       . .     .       .       .   .                                                                                  T             .          .       .       . .  .       T             .  .  .     .  .  TC           .   .    .    . . TT       .   . T      C     .                        .   .     .          .       . .  .           .   .  .         .     TATCATCGT              . .     .     .     .   . .     .  .  .      C        .    A    .      .     . G  .     . .    .    .    G       .      .  .  .  T   G     T   .  . .    . .          TTGTTTGTTCAAAACTAACA                               .      .   .  .   GTCAAA       . . .    A     .    A    . .    . .   . C     .    C         A     TT   A    . .     T . .  .   .   . .  .  .    . .  .        . . .       .  C   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                        T             .  .  .     .  .  GC           .   .    .    . . .        .   . C      .     .                        .   .     .          .       . .  .           .   .  .         .     .                      . .                                                                                       .    .    .    G       .      .  .  .  T   A     T   .  . .    . .          ATTATTTTAACA                                       .      .   .  .   CCGTAA       . . .    A     .    A    . .    . .   . C     .    C         A     TT   G    . .     T . .  .   .   . .  .  .    . .  .        . . .       .  C   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          G
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                        .             .  .  .     .  .  T                                                                                                                                                                                                                                                                              .    .    G       .      .  .  .  T   A     .   .  . .    . .          ATCATT                                             .      .   .  .   GTCAA        . . .    A     .    G    . .    . .   . C     .    C         A     TT   A    . .     T . .  .   .   . .  .  .    . .  .        . . .       .  C   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          G
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .    .    G       .      .  .  .  T   G     .   .  . .    . .          CATT                                               .      .   .  .   GTAA         . . .    A     .    G    . .    . .   . G     .    C         A     TT   T    . .     . . .  .   .   . .  .  .    . .  .        . . .       .  A   .       .  .               .   .  . .                 .    .  .   .  .                       .          G
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lowQualScore                  :       ...       .   .  .       . .   ....    ........    .     .    ....    . .     ....    ..      ..  ..     ........  .    ..  ...  . ....... . .    ...   .  ..   .......      .      ..........    ..         .       . .. .  . .  . .     .             .  .      ..  .. ........      ..  ..   ...  . . ..       .   . ...... .     .................        .   .     ......     ..      . .  .......     .   .  .......   .     .......................  . .     ....  ..    ..  . ..    .  .  ...    .......  ...  ...  ...    ..... . .  ...   . .    ...  .    ..      ..     .  .  ..     ....  .  . .  . ..   ......      . ....................................................   .      ..  .  .   .........    . . .    ....  .    ..   . ...  . .   . ..    .    ..        .   . .    .   . ....  ...... .   .   . .. .. .    . .. ..       . . .       .  ..  ....    .  .........       .   .  . ..............    ...  .. .   .  ....................    .          .     
lowQualScore                  :       000       5   7  7       7 7   2222    55555555    7     7    5555    7 7     2222    88      22  22     66666666  0    00  888  8 0000000 0 0    000   0  00   8888888      8      8888888888    22         7       7 00 0  8 0  0 6     0             7  4      99  99 33333333      99  99   000  7 7 77       7   7 444444 4     00000000000000000        7   7     444444     99      7 7  6666666     7   7  6666666   7     11111111111111111111111  7 7     2222  22    88  7 22    7  7  777    7777777  777  555  777    33333 7 0  777   7 7    555  2    00      22     1  1  22     3333  8  1 1  1 22   333333      1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111   1      33  7  7   222222222    4 4 4    9999  4    77   4 111  7 4   4 66    4    44        2   2 1    0   1 5555  999999 1   1   2 99 88 1    1 99 99       2 1 1       1  44  5555    1  555555555       1   2  2 11111111111111    999  11 4   2  11111111111111111111    4          5     
consensus                     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA----TACA---GT-CATGTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AAGT--GT--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CTTTAA--AG--TG-C-----AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-T-C----TTC----C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCA-C-AA-A--CGA-G----ATGATA-TC-T-GT----------T---TG-----------A----------CTAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCG-A-TTACNGAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
Reference ( family-3631 )     :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA----TACA---GT-CATGTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCAGNCAT-AT--AAGT--G---AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AAAT-CA-CTATATTTGGTCACCATTGGG-TG-CTTTAA--AG--TG-C-----AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCT-T-C----TTC----C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTTTCA-C-AA-A--CGA-G----ATGATA-TC-T-GT----------T---TG-----------A----------CTAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCG-A-TTACNGAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tcatgtaaattA---TT-ATGTA-TGACTT--GAAAG-AA-AT--TTGAT-G-TTTT-A-C-AA-A--TGA--------GATA-TC---AT----------T-----------------------------------TCA-ACATTT--CG-CT-TTC----C---AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAA------------GTAA-TCG-A-TTACAGAA-G----AATG-A--T-CAT-TAC-A--A--T-CGAA-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CATC-GA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATA---GA--T-TAC-GT--------------------TTTT-GAGTAATCGTGtggtataattgggtgcgaatgagagtggcagatgacttagcat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A---TT-CTATA-TGACTT--GAAGG-AG-AT--T-------------------A--CGA-------T-ATA-T--T-AT----------T---T------------------------TAAC--ATTT--CATTTTCCT-TT-TTT--GTTAA-AGTAA-T-C-GATA--A-TT-AATT-AATT-A---CA-T-ACT-CC-CAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCA-A-TTACAGAA-G----AATA-A--T-GAC-TG---------------------------------TACACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-TTGTAATCGTGcccatccc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---TT-ATATA-TGACTT--GTAGG-AG-AT--TTGAT-G-TTT-CA-C-AA-A--TGA-G----ATGATA-TC--------------------------------A----------TT------TCA-ACATTT--TA-TT-TTC--CT-----GTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-G---CA-T-CGT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCG-A-TTACAGAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ctca
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTC--CAGTT-TTT--GTTAA-AGTAT-T-A-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCG-A-TTACGGGA-GAAAAAA-A-A--T--AC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAC-CT----CTCC-AA---------GTAATAA-ATT-AT-T--------------AATCAAGAA--T-TGC-AA--------------------
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattgattcatttcgtt-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT-CGATTGTAA-TCA-A-TTACAGAC-G----AA------T-GAA-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCACAA-AAC-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-GAGTAATCATGacttaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ccA-AGTAA-T-C-GATT--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CGATTGCAA-TCG-A-TTACTGAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACATAA-AAA-CC----CTTC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---AA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAcccatccc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT--CA-TT-TTC--GTCAA-AGTAA-T-C-GATT--A-TC-AATC----------------CT-C-----G-TAA-------GTAA-TCG-A-TTACTGAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TAT-A--A--T-CGGA-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------G--------------T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                TTGGTCACCATTAGG-TG-CTTTAA--AG--TG-C-----AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TGTATACATA-TAG-A-C----TATATTC-----------------CAACCTCT-TCA-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-GAGAA-TA--T-C----ATC----G-T-GA-C-AGt
gi|2                          :  CATCA-A-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ATA----TACAAA-GT-CATGTA-TTATA-CACA--T-TCAC-T-TGAGT----GTGC--AAATAA--TT--GAATT--C-----TG-TTATT-AAA--CCAT-------A-T-TTCCC-ACAT-AT--AAGT--GG--AGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTT-G--A-AAAT-CA-CTATGATTGGTC--CAATGGGCTG-CTTTAA--AG--T--T-----AAGCAT--TG--CAG---TT-CATTTATACATAATAG-A-C----TATATCC-----------------CAGCATCT-T-A-GCTCC------ATTTG--AAAGAT-T-TT--------CAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAA-TCTCT-C----TTCT---C-T-GA-C-AGATG----CA--GACT--GA-A--TGA--GA-AA---CTTT--C----AA---AA-AACT---CTTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTG-T-A-TTT-CA-C-AA-A--CGA-G----ATGATA-TT-T-GT----------T---TGTCAAAAATTAAAT---------CTAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--GTCAA-TGTAA-T-C-GATT----TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAAT-CGATTGTA--TCG-A-TTACTGAA-G----AA-A-AA-T-TAC-TGT-A--ACAT-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAACAAA-CC----CTCC-AAA--------GTA-TCG-ATT-AT-TTAATTAATATCTTTAATC---GAATT-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGGTGCACA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TCG-A-TTACTGAA-G----AA-A-AA-T-GAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A--ACAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----TTCA-AA---------GCATTCA-GTT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCATGaccc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aggacg-TTACAGAATA----AA-A-A--T-GAC-TGA-A--G--T-CGAT-T--G--ATAATCG-A-T-TATGTAA-AAT-AC----CTCC-TA---------GTAATCA-ATC-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------TTTT-CAGTAATCGTGctcatccc
gi|22                         :                ATATA-GC-CGAAGGA-T-ATA----TACATTTGTACATGTA-TTATA-AACAGGT-TCAC-T-TGAGT----GTAC--AAATAA--TT--GAtccatccc
gi|3                          :  CATCA-A-AATTTAAAATA-GC--TAAG-A-TGATA----TACA----T-C--GTA-TTATAGCACA--T-TCAC-TGTGAGT----GTAC--AA-TAA--TT--GAATGGTC-----TG-TTATCAAAA--CC-T-------A-TGTTCCAGGCAT-ATTAAAGT--GTCTAGGAGTTCTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTCTTG-G--A-AA-T-CA-CTATATT-GGTCACCATTGGG-TGGTTTTAA--AG--TGGC-----AAGC-T--TG------------------GCAT--TAG-AAC----T-TATCC-----------------CCGCCT---TCA-GCTCC------ATTTG--AAAAAT-TGTT-------TCAGC-ATT-GC-------TGGGAAGAA-TCT-T-C----TCTTTGTC-T-GA-C-AGATG----CCCCGACTT-GA-A--GAAT-GA-AA---CTTT--TCAGAAA---AA-A-CCTCGCCTG-----AATGAT---TAA-T-GTAAA--TT-CTA-G-TGAC----------AG-TT--GTGATAG-TTTTCA-C-AA-A--CGA-G----ATGATAGTT-T-GTGTTCAAAAAAT---TA-----------AAT--------CTAAC--ATCATACATTT--CA-TT-T-C--GTCAA--GTAAGT-CTGATT--AGTT-AATC-GATT-AGTACAAT-CCT-CGGTAAG-TAATGTGATTGTAA-TCG-A-TTACTGAA-G----AA-A-A--TTGAC-TGT-A--A--T-TGATGT--A--ATA-TCGGA-T-TACACAA-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCG-A-T-AT-T--------------AATC---GA--TGTAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATTGT-GCACA
gi|4                          : tCATCA-C-AATTTAATATA-GC-CTAAGGA-T-ACA----TACA--------TGTA-TTATA-CACAGGT-TCACCT-TGAGT----ATAC--AAATAA--TT--GAATT-TC-----TG-TTAT--AAA--CCAT-------A-T-TTCCTGACAT-AC--AAG----------AGT-CTGAAT------T---CAGT--ATGAAACCA-TGTATTG-G--A-AAAT-TAACTAGATTTGGTCACCATTGGG-TG-CTTTAA--AG--TT-C-----AATCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-T----TATATCC-----------------CAGCCTCTGTCA-GCTCC------ATTTG--AAATATCT-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TGG-AAGAT-TCT-TTC----TTC----C-T-GA-C-AGATG----TA--AACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTT--C----AA---AA-A-CT---CCTG-----A-TGAT---TAA-T-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGG-AT-A---TTGAT-A-TTTTCACC-AA-A--CGA-T----ACGATA-TT-T-GT----------TTGCTG-----------AATAATCATATCTAAC--ATCA-ACATTT--TA-TT-TTT--GTCAA-AGTAA-T-T-GATC--A-TT-AATC-GATT-A---CA-T-CCT-CG-TAAG-TAATCCAATTGTAA-TCG-ATTTACTGAA-G----AA-A-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TACACAA-AAA-CT----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AG-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TTTT-GAGTAATCGTGGCACAtccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                          T------T---CAGTCAATGAAACCT-GGTATTGAG--ATAAATTCA-C-ATATATGGTCACCATTAGG-TGTCTTTAATGAG--TG-TGCTTTAAGCAT--TAATCAAGAATCAC-TGTATGTATA-TTG-A-CCAAGTATATTCGTAGGACTTATTATTTCCAACCTCT-TCA-GCTCTCTCATTATTTGTCAAAGAA-T-TTATGTGGATCAGCCATT-GTCTTTGGGTGA-GAGAA-CTA-T-CAATATTG----CGTAGA-CCAGAGGACAGTA--GACTCTGATA--TGATTGA-AAGCTTTTT--C----AAGGAAACA-CT---CCTGTGT--A-TAGTATTTAA-TTGTAACCATT-CTATG---ACTTTGGCGGG-AGGAT--TTGAT-T-ATTTCA-CCAA-A--CGA-GTAGTATGATA-TTGT-GT----------T---TGTATAT------A----------CAAAA--ATTA-A-ATCT--CA---------GT--A-AGTAA-T-C-GATT--T-GG-AGGG-GGTT-G---CAAT-TC------AAG-CAAT----TT-TA---CG---TGAAGGAA------AA-A-A--T-GACGTGT-A--AAGTGCGAT-T--A--ATAATCG-ATT-TACACAG-AAATCC----CTCCTAT---------GTAATCG-ATT-ATCT--------------AATC---GA--TATACTAAAATTTATTTAGTTACCAAACTTTT-GAGTAATCGT-GCACA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                TTGGTCACCAATGGG-TG-CTTCA----G--TG-C-----AAGCAT--TG--CAG---TT-C-TTTATACATA-TAG-A-C----TCTATTC-----------------CAACTTCT-TCA-ATTCC------ATTTG--AAAGGT-T-TT-------TCAGC-ATT-GC-------TG-------------------------------A-C-AAATG----CA--GACT--GA-A--TGAT-GA-AA---CTTTT-C----AA---AA-A-CT---CATA-----A-TGAT---CAAAT-GTAA---TT-CTATG-TGACTT--GCAGA-TG-AT--TTGAT-G-TTT-CA-C-AA-A--CGA-G----ATGATA-TT-T-GT----------T---TGTTCAAA-----A----------CTAAC--ATCA-ACATTT--CA-TT-TTC--------------------TT----TT--------TT-A---CG-T-CA------AAG-TAAT-CGATTACA----G-A-T---AGAA-G----AA-A-AA-T-TAC-TGT-A--A--T-CAAT-T--A----------------TACAA-AAA-CC----CTCC-TA---------GTGATCA-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AA--------------------TCTT-GAGTAACCtccct
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aA---TT-CTATT-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGAT-G--TTTCA-C-AAGA--TGAGG----ATGATA-TC---AT----------T---TG--------------------------------A-ACATTT--TA-TTGTTC----C---AGTAA-TGC-GAGT--A-TTCGATCAAATTGA---CA-TGCCTCCC-TAAG-TAAT-CGA-TGTAA-TAG-A-TTACAGAA-G----AATACA--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-TTAA--ATAATCG-G-T-TGCACAA-AAA-CCCGCACTCC-AAATACCATATGTAATCGTATT-AT-T--------------AATC---GA--T-T---AA--------------------TTTTCGAGTAATCGTaagcccatcc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -GTAA---TTTCTAT----AATT--GCAGGGAG-AT--T-GAT-GGTTTTCA-A-AA-AAATGA-G----ATGATA-TC--------------------------------A----------TT------TCA-ACATTT------T-TTC----CAATA--AA-T-C-GATTTCA-TT-AATCCGATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAG-TAAT--GATTGGAA-TCG-A-TTACAGAA-G----AATA-A--T-GAC-TGCAA--A--T-CGAT-T--A--ATAATCG-A-T-TGCAC-A-AAA-CC----CTCC-AA---------GTAATCT-AAT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC-AT--------------------ATTT-GAGTAATCGTGtgtccatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A---TT-CTATA-TGACTT--GCAGG-AG-AT--TTGTT-G-TTT-CA-C-AA-A--TGA-G----ATGATA-TC--------------------------------A----------TT------TCA-ACATTT--CA-TT-TTCCCGT--A-AATGA------ATT--A-TT-A-TC-AATT-A---CA-T-CCT-CC-TAAAATAAT--GATTGTAAATCG-A-TTACAGAA-G----AATA-A--T-GAC-TGT-A--A--T-CGAT-T--AGAATA-TCG-A-TGTGCACAA-AA--CC----CTCC-AA---------GTAATCG-ATT-AT-T--------------AATC---GA--T-TAC--A--------------------TTTT-GAGTAATCGTGtccacccct
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTTCTGATAATCCACCAAAGGGTTATTCAAGAAGACA