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gi|35 : gtCTCC-CTAT--CAG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-------A--CA-C-A----
gi|36 : ctaC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-Gaaa
gi|4 : CCC-CTAA--AAG-T-AATG-CCCCAGCATTTA-CC-TC-A--CA-C-A----GGGA---GC-G--CCCA---CCA--TAAG-C--A---C---CTAA--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-ATAttgc
gi|5 : tgCC-CTAAATCCG-TTA-TG-CCCATCC--TTA-CCACC-A--CA-A-AA---GGCA---GC-G--CC-A---CCAC-TTAA-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---------T-C-T-GAC--Ga
gi|6 : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CTCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAG-C--A---C---CT-G--T-ATT-T---C-----T-C-C-GAC--GC-GTAgccggt
gi|7 : tGCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CTCCAGC--T-A-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAG-CA-A---C---CT-G--T-ATT-T---C-----T-C-C-GACG-GC-GTAa
gi|8 : tGCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----TGCA---AC-G--CC-A---CCGG-TAAA-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----A-C-T-GAC--GC-GTA
gi|9 : CCC-CTAC--ACA-T-A-TG-CCTCAGT--TTA-CC-CCCA--CA-C-A----GACA---GC-G--CC-A---CCGG-CTAG-T--G---C---CT-A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAC--GC-GCAa
blockSeqs : . AT . T A G AT CC A C AA T C AAAT TGT A . C . GTTA T AAA GCA A CT C G . CTCCT C T G GG A
blockSeqs : . . . . . . . CC . . . . A A . G . . . GTT . AA . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTA . G . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . ACA . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GTT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . GTT . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . GTA . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . CTT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . GTT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GTT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . GTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . GCT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . TA . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : C* ** *** GTA* A***** *** **
originalCons : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTA
finalCons : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTAC-C-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGGTA-AG-CA-----C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1 1 1 1 11 44 1 1 11 1 2 3333 222 3 11 1 222 5555 1 444444 222 1 22 1 1 222 33333 1 1 1 77 1
lowQualScore : . .. . . . . .. .. . . .. . . .... ... . .. . ... .... . ...... ... . .. . . ... ..... . . . .. .
lowQualScore : 2 77 2 2 2 2 66 00 1 1 66 1 3 6666 111 6 77 5 666 6666 5 333333 666 5 00 5 5 666 77777 5 5 6 99 8
consensus : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTA
Reference ( family-363 ) : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTA
gi|1 : GCCCCATTCA--CCGGT-A-TA-CCC-AGC--TTAACC-CC-A--CA-C-A----GCCA---GCTGCCCC-ACCTCCGG-T-AG-C--AAACC---CT-A--T-GAT-TACGC-----T-C-T-GACTGGC-GTA
gi|10 : gctCCC-CTAC--CCG-T-A-TG-CCCTAGC--TAA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAG-C--G---C---CC-A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAA--GC-GTAagt
gi|11 : aGCCCC-CTAA--ACG-T-A-TG-CCCCATC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---TCGG-TAAA-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTAa
gi|12 : CCC-CTAA--ACG-T-A-TG-CCCCATC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A-----GCA---GCAG--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---G---CA-ACTT-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-
gi|13 : CCCC-CTAC--CCG-T-A-TG-CCC-AGC--CTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCAG-TTAG-C--G---C---CT-A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAC--CC-GTa
gi|14 : aCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCTCACA--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGA-CATG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GACG-GC-GTg
gi|15 : gCCC-CTAA--ACG-T-A-TG-CCACATC--TTA-TT-CC-A--CA-C-A----GGCA---AC-A--CC-A---CTGG-TAAG-C--A---C---TT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--TC-GT
gi|16 : tCCC-CTAA--CCG-T-A-TA-CCCCAGC--T-A-CC-CC-A--CA-C-A----G-CA---GC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-TGGAC--GC-GT
gi|17 : gCCCC-CTAC--CAG-T-A-TG-CCCCAGC--TT------T-A--CA-C-AAAATGGCA---GC-T--CC-A---CCG--------------C---CA-A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAC--GT-GTA
gi|18 : aCCCC-CTAC--CAG-T-A-TG-TCCCAGC--TTA-AC-AC-A--AA-A-A----GGCA---GC-G--CC-A---TCG--------------C---CA-A--T-GTC-C---A-----T-C-T-GAC--GC-GTag
gi|19 : taCCC-CTAC--CAG-T-A-TA-CCCCAGC--TTA-AC-AC-A--TA-A-A----GGCA---GC-G--CC-A---TCG--------------C---CA-A--T-GTC-C---C-----T-C-T-GAC--GC-GTAga
gi|2 : aCG-T-A-TGGCCCCATC--TTA-GC-CT-AAACA-CCA----GACATGTGC-G--CC-A---CCGG-TAAGTC--A---CGCACT-A--T-GCTGT---C-----T-CTT-GACGGGC-GTAag
gi|20 : cctagagaCCC-CTAC--CAG-T-T-TG-CCTCAGC--TTA-AC-AC-A--TA-A-A----GGCA---GC-A--CC-A---CCG--------------C---CA-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-GTag
gi|21 : aCCCC-CTAA--AAC-T-A-TG-CCCCATC--TT-----CC-A--CATC-A----GGCA---GC-G--C--A---C--G-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-ATgag
gi|22 : CCCC-CTAC--CAG-T-A-TA-CCCCAGC--TTA-------A--CA-CAA----AACG---GC-G---C-A---CCG--------------C---CA-A--T-GTT-C---T-----T-C-T-GAC--GC-GTA
gi|23 : ctaGCCCC-CTTA--ACG-T-A-TG-TCCCATC--TTA-TC-CC-A--CA-C-A----GGCA---AA-G--CC-A---CTGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----C-C-ag
gi|24 : tGCCCC-CTTA--ACG-T-A-TG-TCCCATC--TTA-TC-C--A--CA-C-A----G-CA---AA-G--C--A---CTGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----
gi|25 : ctCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAC-C--G---C------A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAC--
gi|26 : tC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GA-G--CC-A---ACGG-TTAG-C--G---G---CT-A--T-ATT-C---CCTCCTT-C-T-GAC--GT-GTA
gi|27 : tC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTACCC-CC-A--CA-C-G----GACA---GC-G--ag
gi|28 : gctgtC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTACCC-CC-A--CA-C-G----GACA---GC-G--
gi|29 : gctgtGCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TC--TC-CC-A--CA-C-A----TGCA---AC-G--C
gi|3 : ctGCCCC-ATAA--CGG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GCGG--CC-A---CCGGTTAGG-CAAA---C---AT-A--TCGTT-T---C-----TCC-T-GAC--GCAGTA
gi|30 : ctGCCCC-CTAA--CCA-T-A-TG-CGCCAGC--TTA-GC-CC-A--CA-C-A----GACA---GC-G--a
gi|31 : ctGCCAC-CTAA--ACG-T-A-TG-CCCCATC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--
gi|32 : tCCC-CTAA--ACG-T-A-TG-CCCCATC--TTA-CC-C-----CA-C-A----GGCA---GC-G--
gi|33 : tgCCC-CTTA--CCG-T-A-TG-CCTCAGC--TTA-TC-CC-A--CA-C-A----G
gi|34 : gctgCC-CTAA--ACA-T-A-TG-CTCCATC--TTA-CC-CC-A--CA-T-A----GGCA---
gi|35 : gtCTCC-CTAT--CAG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-------A--CA-C-A----
gi|36 : ctaC-G--CC-A---CCGG-TAAG-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----T-C-T-Gaaa
gi|4 : CCC-CTAA--AAG-T-AATG-CCCCAGCATTTA-CC-TC-A--CA-C-A----GGGA---GC-G--CCCA---CCA--TAAG-C--A---C---CTAA--T-GTT-T---C-----T-C-T-GAC--GC-ATAttgc
gi|5 : tgCC-CTAAATCCG-TTA-TG-CCCATCC--TTA-CCACC-A--CA-A-AA---GGCA---GC-G--CC-A---CCAC-TTAA-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---------T-C-T-GAC--Ga
gi|6 : GCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CTCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAG-C--A---C---CT-G--T-ATT-T---C-----T-C-C-GAC--GC-GTAgccggt
gi|7 : tGCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CTCCAGC--T-A-CC-CC-A--CA-C-A----GGCA---GC-G--CC-A---CCGG-TTAG-CA-A---C---CT-G--T-ATT-T---C-----T-C-C-GACG-GC-GTAa
gi|8 : tGCCCC-CTAA--CCG-T-A-TG-CCCCAGC--TTA-CC-CC-A--CA-C-A----TGCA---AC-G--CC-A---CCGG-TAAA-C--A---C---CT-A--T-GTT-T---C-----A-C-T-GAC--GC-GTA
gi|9 : CCC-CTAC--ACA-T-A-TG-CCTCAGT--TTA-CC-CCCA--CA-C-A----GACA---GC-G--CC-A---CCGG-CTAG-T--G---C---CT-A--T-GTT-C---C-----T-C-T-GAC--GC-GCAa