lowQualScore                  :                                  1111                                                        11111111111111111                                                                                                                      1111       
lowQualScore                  :      22 44 3 1  44  8 333 1 333  6666 7   33  1 3 3 3    33 33 3333    4444 22 1 33 88888888 00000000000000000  1 22 444 66 1 22  3  55  444   1 55  22  1  1 1  1  4444 1 1 1 5   22 1   2  3  44   11     33 6666 0 444     2     1111 44    
lowQualScore                  :      .. .. . .  ..  . ... . ...  .... .   ..  . . . .    .. .. ....    .... .. . .. ........ .................  . .. ... .. . ..  .  ..  ...   . ..  ..  .  . .  .  .... . . . .   .. .   .  .  ..   ..     .. .... . ...     .     .... ..    
lowQualScore                  :      55 33 6 8  11  3 000 7 000  9999 0   88  6 2 2 2    88 88 4444    3333 11 5 55 00000000 44444444444444444  5 00 111 55 5 00  0  66  111   5 88  11  6  6 6  7  1111 8 8 8 5   66 9   0  2  11   00     44 1111 2 444     7     1111 22    
consensus                     : AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
Reference ( gi|6 )            : AAAAG--T--G-C-GT--CATC---C-A---CA-G--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|3                          : AAAAG--TT-G-C-GT--CACC---C-A---C--T--T-ATG--AC-G-TTC-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---GG-A-C--TA-CGGTTA---AAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-CATTC--TGGAA-AACACAAATGAAGAATGGTTC--ATATTTAACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|7                          : AAAGG--T--GGC-GT--TA-C---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---GTCA-C--TA-CG--TA---GAG-CCTTT--TG-CA---CA-CAG---G-C-C-CCTTC--T-GAA-TA-ACA--TGA-GAATG--TC--ATAT---ATTTTCCTTGT----T--ATTt
gi|14                         : AAGAG--T--G-C-GT--CA-C---C-A---CA-G--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G------AA-T--G--T-G--C--------C-----------------TC-A--C---G--A-CGTTA-CG---A---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CA----G-T-C-C-TC-------A-T---TAAATGTCGTAT---T----TAT---ACTTT-CTTGT----T--AT
gi|2                          : AAAAG--T--G---GT--CACCTGGC-C---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-AGCA--T--G----AAAA----G--T-AACC--------GATGTATCAGAATAAATCTC-A--C---G--G-C--TA-AG--TA---GAG-C--TG--TG-CA-T--A-CAA---G-T-C-A-TTC--T-GA--TA-ACAAATGAAGAATG--TA--TTGT---ACTTT-CTTGT----T--aaa
gi|13                         : AAAAG--TCAG-C-GTTCCACC---C-A---CATA--T-ATGC-AC-G-TAC-ACAAG-T--G----AAAA-A--AGAT-G--CCCACCAACG-----------------TC-A--CC--G--A-C--TT-AG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CACCAG---GCT-C-CATTC--T-GAA-TAatgatttggctt
gi|12                         : AAAAG--T--TTC-GT--CACC---C-A---CA-T--TTATGGAAC-GGT-C--CAA--T--GGGGAAAAA-A--G--T-G--CCCC-----G-----------------TCCA--CCGGG--A-C--TAACGGTTAA--GAG-CC-TC--TGGCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TTCCAT-GAA-TACAgc
gi|4                          :  AAAG--T--G-C-GT--CACT---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAT-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACATAAATGAAGAATG--TC--ATGT---ACTTT-CTTGTTTA-T--ATTTa
gi|9                          :  AAAG--T--G-T-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA-----------AAA-A--A--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-CGCTT--TG-CA-T-CA-CAG---G-C-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--aggc
gi|8                          :  AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T--TG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA----G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-AAG---G---C-C-TTC--T-GAA-TACAC-AATG-TGAATG--TC--ATGT---AC-TT-CTTGTACAAT--ATTTaa
gi|18                         :  AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--G-C--TA-CG--TA---GAA-C--TC--TG-CA-T-CA-AAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAa
gi|11                         :  AGAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-T--G--T-G--C--------A-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC------A-T----------AAAATG--TCATATAT---ACTTT-CTTGT----T--AT
gi|10                         :  AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--TCATG--AC-G-T-C-ACCA--TT-G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---A--G-C--TA-CG--AA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TTCAC--AT-----------------T---ACTTT-CTTGT----T--aaat
gi|5                          :  AAAGCTT--G-C-GTT-CACC---C-A----A-T--T-ATG--AC-G-T-CCACAA--TTTG----AAAA-A--G--TTG--C--------G-----------------TC-A--C---A--G-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CGGAACG-T-CGC-TTC--T-GAATTACAC---------ATG--T------T---ACTTT-CTGGT----T--agatttaggc
gi|20                         :  AAAG--T--G-T-GT--CATC---C-----CA----T-ATG--ACTG-T-CGATAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A------A--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC---G-CA-TACA-CA----G-T-C-C-TTatatttt
gi|17                         :  AAAG--T--G-C-G---CGCC---C-AGAACA-G--TTATG--AC-AAT-C-ACAACAT--G----AAAA-AATG--T-G--C--------G-----------------TC-AAGC---GC-A-C--TA-CT--TACGCAAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-TCC-C-TTC--T-tcttgagata
gi|15                         :   AAG--T--G-C-GT--CACC---CCA---CA-T--T-ATG--AC-G-T-T-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TA-CA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TA-----------AA-----C--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--
gi|19                         :   AAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---TA-T--T-ATG--AC-G-C-C-ACAA--T--G----GAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-C-T------------------TGAAGAATG--TC--ATGT---Attag
gi|1                          :    AG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-CAA-TACACA
gi|16                         :    AA--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA----AA-C--TC--TG-CA-T-CA-CAT---G-T-C------------------CAAATGAAG--------------------TT-CTTGT----T--ATTTttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaatgccatgtactttcttgtttaatttaggc
gi|21                         :    AG--T--G-T-GT--CACC---C-A---AA-T--T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAAGA--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GA--C--TCTGTG-CATT-CA-CAG---G-T-C-C-TTagg
gi|23                         :     G--T--G-CCGT--TACC---C-A---CA-T--T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-GC-C--------G-----------------TC-A--C---GT-A-C--TA-CG--TT---TAGCC--TT--TG-CA---CA-CAG---tg
gi|25                         :     g--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA-AATT-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--T----GAAA-A--G--G-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--ACC--TACCG--TA---G
gi|28                         :              acT--CACC---C-A---TA-A--TTATG--AC-G-T-C-A-AA--T--G----AAAA----G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TA-CGA-TA----AG-C--TC--T
gi|27                         :                                         TG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TT-TG--TA----------TC--TG-TA-T-
gi|26                         :                          acatttcccacttttTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TC-A--C---G--A-C--TT-TG--TA----------TC--TG-TA-T-
gi|22                         :                                                       acatttcccacttttAA-A--G--T-G--C--------G-----------------TA-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAC-C--GC--TG-CG-T-CA-TAA---G-C-C-C-TAC--T-GAA-TACACAAATAAAGAATG--TC----AT---ACTTT-CT
gi|24                         :                                                                                  --C--------G-----------------TT-A--C---G--A-C--TA-CG--TA---GAG-C--TC--TG-CA-T-CA-CAG---G-T-C-T-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGCAT
gi|29                         :                                                                                                                                                                       ataaaactttctC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTGT-CTTGT----
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                     GAAGAATG--CC--ATGT---ACTTT-CTTGT----TTAATTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111                                                                                                                          1111       
lowQualScore                  :                                                                                                                            22 44 3 1  44    222 1 222  66 1 1   33  3 3 1 3    33 33 3333    3333 22 1 555 55555555 00000000000000000 1  22 555 44 1 22 1 1 1 33 22 222   3 44  22 1   1 1  1  3333 1 1 1 5   22 1   1  2  22          33 4444   444     2     0000 33    
lowQualScore                  :                                                                                                                            .. .. . .  ..    ... . ...  .. . .   ..  . . . .    .. .. ....    .... .. . ... ........ ................. .  .. ... .. . .. . . . .. .. ...   . ..  .. .   . .  .  .... . . . .   .. .   .  .  ..          .. ....   ...     .     .... ..    
lowQualScore                  :                                                                                                                            44 11 5 7  00    777 5 777  77 5 5   77  1 1 5 1    77 77 3333    8888 00 5 999 22222222 00000000000000000 4  00 444 88 4 00 4 4 4 44 00 555   0 11  00 5   5 5  7  5555 7 7 7 2   55 8   9  5  99          22 6666   111     5     3333 99    
consensus                     :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
Reference ( family-362 )      :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|1                          :                                                                                                                          AG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-CAA-TACACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAGAATG--CC--ATGT---ACTTT-CTTGT----TTAATTTttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaatgccatgtactttcttgtttaatttaggc
gi|10                         : agtgcgtcacccacattatgacgtcacaatgaaaaagtgcgtcacgactacgtagagctctgcatcacaagtccttctcaatacacattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-TCATG--AC-G-T-C-ACCA--TT-G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--A--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TTCAC--AT-----------------T---ACTTT-CTTGT----T--aggc
gi|11                         :                                                                                                                        AGAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-T--G--T-G---C--------A-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC------A-T----------AAAATG--TCATATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATagatttaggc
gi|12                         :                                                                                                                       AAAAG--T--TTC-GT--CACC---C-A---CAT-T-T-ATGGAACGG-T-C--CAA--T--GGGGAAAAA-A--G--T-GCCCC--------G-----------------TCCA--CCGGG--A-C--TAA-CGG--TTAA---GAGCC--TC--TGGCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TTCCAT-GAA-TACAaaat
gi|13                         :                                                                                                                       AAAAG--TCAG-C-GTTCCACC---C-A---CA--TAT-ATGC-AC-G-TAC-ACAAG-T--G----AAAA-A--AGAT-G---CCCACCAACG-----------------T-CA--CC--G--A-C--T-T-A-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CACCAG---GCT-C-CATTC--T-GAA-TAa
gi|14                         :                                                                                                                       AAGAG--T--G-C-GT--CACC-----A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G------AA-T--G--T-G---C--------C-----------------T-CA--C---G--A-CGTT-A-C-G-----A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TC-------A-T---TAAATGTCGTAT---T----TAT---ACTTT-CTTGT----T--ATgc
gi|15                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---CCA---CA--T-T-ATG--AC-G-T-T-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-ACA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TA-----------AA-----C--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--aaa
gi|16                         :                                                                                                                          AA--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A----AA-C--TC--T-GCA-T-CA-CAT---G-T-C------------------CAAATGAAG--------------------TT-CTTGT----T--ATTTttag
gi|17                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-G---CGCC---C-AGAACAG-T-T-ATG--AC-AAT-C-ACAACAT--G----AAAA-AATG--T-G---C--------G-----------------T-CAAGC---GC-A-C--T-A-C-T--T--ACGCAAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-TCC-C-TTC--T-agg
gi|18                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--G-C--T-A-C-G--T--A---GAA-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAA
gi|19                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---TA--T-T-ATG--AC-G-C-C-ACAA--T--G----GAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-T------------------TGAAGAATG--TC--ATGT---A
gi|2                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G---GT--CACCTGGC-C---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-AGCA--T--G----AAAA----G--T-AAC-C--------GATGTATCAGAATAAATCT-CA--C---G--G-C--T-A-A-G--T--A---GAG-C--TG--T-GCA-T--A-CAA---G-T-C-A-TTC--T-GA--TA-ACAAATGAAGAATG--TA--TTGT---ACTTT-CTTGT----T--
gi|20                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CATC---C-----CA--T---ATG--ACTG-T-CGATAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA------A--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC----GCA-TACA-CA----G-T-C-C-TTatgatttggctt
gi|21                         :                                                                                                                          AG--T--G-T-GT--CACC---C-A---AA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAAGA--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GA--C--TCTGT-GCATT-CA-CAG---G-T-C-C-TTtcttgagata
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            AA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-AA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAC-C--GC--T-GCG-T-CA-TAA---G-C-C-C-TAC--T-GAA-TACACAAATAAAGAATG--TC----AT---ACTTT-CTtg
gi|23                         :                                                                                                                           G--T--G-CCGT--TACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-GC--C--------G-----------------T-CA--C---GT-A-C--T-A-C-G--T--T---TAGCC--TT--T-GCA---CA-CAG---
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                       g---C--------G-----------------T-TA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-T-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGCAT
gi|25                         :                                                                                                                ataaaactttct--T--G-C-GT--CACC---C-A---CAAAT-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--T----GAAA-A--G--G-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--ACC--T-ACC-G--T--A---G
gi|26                         :                                                                                                                                         acCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|27                         :                                                                                                                                     acatttCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|28                         :                                                                                                                                acatttT--CACC---C-A---TAA-T-T-ATG--AC-G-T-C-A-AA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-GA-T--A----AG-C--TC--T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTGT-CTTGT----
gi|3                          :                                                                                                                       AAAAG--TT-G-C-GT--CACC---C-A---C---T-T-ATG--AC-GTT-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--CG--G--A-C--T-A-C-GGTT--A---AAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-CATTC--TGGAA-AACACAAATGAAGAATGGTTC--ATATTTAACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|4                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACT---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAT-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACATAAATGAAGAATG--TC--ATGT---ACTTT-CTTGTTTA-T--ATTTt
gi|5                          :                                                                                                                        AAAGCTT--G-C-GTT-CACC---C-A----A--T-T-ATG--AC-G-T-CCACAA--TTTG----AAAA-A--G--TTG---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CGGAACG-T-CGC-TTC--T-GAATTACAC---------ATG--T------T---ACTTT-CTGGT----T--aggc
gi|6                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CATC---C-A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTTatatttt
gi|7                          :                                                                                                                       AAAGG--T--GGC-GT--TACC-----A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---GTCA-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CCTTT--T-GCA---CA-CAG---G-C-C-CCTTC--T-GAA-TA-ACA--TGA-GAATG--TC--ATAT---ATTTTCCTTGT----T--ATT
gi|8                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T--TG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G---C-C-TTC--T-GAA-TACAC-AATG-TGAATG--TC--ATGT---AC-TT-CTTGTACAAT--ATTT
gi|9                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA-----------AAA-A--A--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CGCTT--T-GCA-T-CA-CAG---G-C-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111                                                                                                                          1111       
lowQualScore                  :                                                                                                                            22 44 3 1  44    222 1 222  66 1 1   33  3 3 1 3    33 33 3333    3333 22 1 555 55555555 00000000000000000 1  22 555 44 1 22 1 1 1 33 22 222   3 44  22 1   1 1  1  3333 1 1 1 5   22 1   1  2  22          33 4444   444     2     0000 33    
lowQualScore                  :                                                                                                                            .. .. . .  ..    ... . ...  .. . .   ..  . . . .    .. .. ....    .... .. . ... ........ ................. .  .. ... .. . .. . . . .. .. ...   . ..  .. .   . .  .  .... . . . .   .. .   .  .  ..          .. ....   ...     .     .... ..    
lowQualScore                  :                                                                                                                            44 11 5 7  00    777 5 777  77 5 5   77  1 1 5 1    77 77 3333    8888 00 5 999 22222222 00000000000000000 4  00 444 88 4 00 4 4 4 44 00 555   0 11  00 5   5 5  7  5555 7 7 7 2   55 8   9  5  99          22 6666   111     5     3333 99    
consensus                     :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
Reference ( family-362 )      :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|1                          :                                                                                                                          AG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-CAA-TACACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAGAATG--CC--ATGT---ACTTT-CTTGT----TTAATTTttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaatgccatgtactttcttgtttaatttaggc
gi|10                         : agtgcgtcacccacattatgacgtcacaatgaaaaagtgcgtcacgactacgtagagctctgcatcacaagtccttctcaatacacattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-TCATG--AC-G-T-C-ACCA--TT-G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--A--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TTCAC--AT-----------------T---ACTTT-CTTGT----T--aggc
gi|11                         :                                                                                                                        AGAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-T--G--T-G---C--------A-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC------A-T----------AAAATG--TCATATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATagatttaggc
gi|12                         :                                                                                                                       AAAAG--T--TTC-GT--CACC---C-A---CAT-T-T-ATGGAACGG-T-C--CAA--T--GGGGAAAAA-A--G--T-GCCCC--------G-----------------TCCA--CCGGG--A-C--TAA-CGG--TTAA---GAGCC--TC--TGGCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TTCCAT-GAA-TACAaaat
gi|13                         :                                                                                                                       AAAAG--TCAG-C-GTTCCACC---C-A---CA--TAT-ATGC-AC-G-TAC-ACAAG-T--G----AAAA-A--AGAT-G---CCCACCAACG-----------------T-CA--CC--G--A-C--T-T-A-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CACCAG---GCT-C-CATTC--T-GAA-TAa
gi|14                         :                                                                                                                       AAGAG--T--G-C-GT--CACC-----A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G------AA-T--G--T-G---C--------C-----------------T-CA--C---G--A-CGTT-A-C-G-----A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TC-------A-T---TAAATGTCGTAT---T----TAT---ACTTT-CTTGT----T--ATgc
gi|15                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---CCA---CA--T-T-ATG--AC-G-T-T-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-ACA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TA-----------AA-----C--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--aaa
gi|16                         :                                                                                                                          AA--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A----AA-C--TC--T-GCA-T-CA-CAT---G-T-C------------------CAAATGAAG--------------------TT-CTTGT----T--ATTTttag
gi|17                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-G---CGCC---C-AGAACAG-T-T-ATG--AC-AAT-C-ACAACAT--G----AAAA-AATG--T-G---C--------G-----------------T-CAAGC---GC-A-C--T-A-C-T--T--ACGCAAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-TCC-C-TTC--T-agg
gi|18                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--G-C--T-A-C-G--T--A---GAA-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAA
gi|19                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---TA--T-T-ATG--AC-G-C-C-ACAA--T--G----GAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-T------------------TGAAGAATG--TC--ATGT---A
gi|2                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G---GT--CACCTGGC-C---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-AGCA--T--G----AAAA----G--T-AAC-C--------GATGTATCAGAATAAATCT-CA--C---G--G-C--T-A-A-G--T--A---GAG-C--TG--T-GCA-T--A-CAA---G-T-C-A-TTC--T-GA--TA-ACAAATGAAGAATG--TA--TTGT---ACTTT-CTTGT----T--
gi|20                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CATC---C-----CA--T---ATG--ACTG-T-CGATAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA------A--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC----GCA-TACA-CA----G-T-C-C-TTatgatttggctt
gi|21                         :                                                                                                                          AG--T--G-T-GT--CACC---C-A---AA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAAGA--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GA--C--TCTGT-GCATT-CA-CAG---G-T-C-C-TTtcttgagata
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            AA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-AA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAC-C--GC--T-GCG-T-CA-TAA---G-C-C-C-TAC--T-GAA-TACACAAATAAAGAATG--TC----AT---ACTTT-CTtg
gi|23                         :                                                                                                                           G--T--G-CCGT--TACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-GC--C--------G-----------------T-CA--C---GT-A-C--T-A-C-G--T--T---TAGCC--TT--T-GCA---CA-CAG---
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                       g---C--------G-----------------T-TA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-T-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGCAT
gi|25                         :                                                                                                                ataaaactttct--T--G-C-GT--CACC---C-A---CAAAT-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--T----GAAA-A--G--G-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--ACC--T-ACC-G--T--A---G
gi|26                         :                                                                                                                                         acCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|27                         :                                                                                                                                     acatttCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|28                         :                                                                                                                                acatttT--CACC---C-A---TAA-T-T-ATG--AC-G-T-C-A-AA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-GA-T--A----AG-C--TC--T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTGT-CTTGT----
gi|3                          :                                                                                                                       AAAAG--TT-G-C-GT--CACC---C-A---C---T-T-ATG--AC-GTT-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--CG--G--A-C--T-A-C-GGTT--A---AAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-CATTC--TGGAA-AACACAAATGAAGAATGGTTC--ATATTTAACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|4                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACT---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAT-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACATAAATGAAGAATG--TC--ATGT---ACTTT-CTTGTTTA-T--ATTTt
gi|5                          :                                                                                                                        AAAGCTT--G-C-GTT-CACC---C-A----A--T-T-ATG--AC-G-T-CCACAA--TTTG----AAAA-A--G--TTG---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CGGAACG-T-CGC-TTC--T-GAATTACAC---------ATG--T------T---ACTTT-CTGGT----T--aggc
gi|6                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CATC---C-A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTTatatttt
gi|7                          :                                                                                                                       AAAGG--T--GGC-GT--TACC-----A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---GTCA-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CCTTT--T-GCA---CA-CAG---G-C-C-CCTTC--T-GAA-TA-ACA--TGA-GAATG--TC--ATAT---ATTTTCCTTGT----T--ATT
gi|8                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T--TG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G---C-C-TTC--T-GAA-TACAC-AATG-TGAATG--TC--ATGT---AC-TT-CTTGTACAAT--ATTT
gi|9                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA-----------AAA-A--A--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CGCTT--T-GCA-T-CA-CAG---G-C-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--a


blockSeqs                     :                                                                                                                            CT CA T C  TC    TGG C GAA  AA A C   GA  G A A G    CA TT GGGA    AAT  GA T CCC CCACCAAC ATGTATCAGAATAAATC C  AG CGG TC C GT A C G GT TA CGC   C CT  TG G   T A  C  GAAC C C G A   CA G   T  C  AA          GT CATA   TTA     C     ACAA . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  T  G .  T     .   . .    T  . .   C   T T . C    G  T  .       GA   .  . AC  .        .                 .  .  C   C  . .  . . . A  .  .     C GC  .  .   . .  .  A    . . . A   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     TTA  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    G  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . C   .        .                 .  .  G   T  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . C   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    A  . .   .   . . . .    .  .  .       T    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  AT     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  T    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       T    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  A    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  C  AA          .  CA     .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  A    . . . .   .  .   .  C  A           .  C      .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .  A           .  .      .       .     .    . 
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       T    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .  .           .  .      .       .     .      
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .  .           .  .      .       .            
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  A    . . . .   .  .   .  .  .           .  .      .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .  .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .  .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  G    . . . .   .  .   .                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  .    . . . .   .  .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                            .  .  . .  .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       T    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  .    . . . .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                       .     .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       A    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .  .  .                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       .    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .   . .    .  . .   .   . . . .    .  .  .       .    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .   . .                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .    .  . .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .     . .   .  .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                        .   .        .                 .  .  .   .  . .  . . . .  .  .                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AA                                       **
originalCons                  :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
finalCons                     :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111                                                                                                                          1111       
lowQualScore                  :                                                                                                                            22 44 3 1  44    222 1 222  66 1 1   33  3 3 1 3    33 33 3333    3333 22 1 555 55555555 00000000000000000 1  22 555 44 1 22 1 1 1 33 22 222   3 44  22 1   1 1  1  3333 1 1 1 5   22 1   1  2  22          33 4444   444     2     0000 33    
lowQualScore                  :                                                                                                                            .. .. . .  ..    ... . ...  .. . .   ..  . . . .    .. .. ....    .... .. . ... ........ ................. .  .. ... .. . .. . . . .. .. ...   . ..  .. .   . .  .  .... . . . .   .. .   .  .  ..          .. ....   ...     .     .... ..    
lowQualScore                  :                                                                                                                            44 11 5 7  00    777 5 777  77 5 5   77  1 1 5 1    77 77 3333    8888 00 5 999 22222222 00000000000000000 4  00 444 88 4 00 4 4 4 44 00 555   0 11  00 5   5 5  7  5555 7 7 7 2   55 8   9  5  99          22 6666   111     5     3333 99    
consensus                     :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
Reference ( family-362 )      :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|1                          :                                                                                                                          AG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-CAA-TACACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAGAATG--CC--ATGT---ACTTT-CTTGT----TTAATTTttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaagaatgccatgtactttcttgtttaatttaggc
gi|10                         : agtgcgtcacccacattatgacgtcacaatgaaaaagtgcgtcacgactacgtagagctctgcatcacaagtccttctcaatacacattttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-TCATG--AC-G-T-C-ACCA--TT-G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--A--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TTCAC--AT-----------------T---ACTTT-CTTGT----T--aggc
gi|11                         :                                                                                                                        AGAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-T--G--T-G---C--------A-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC------A-T----------AAAATG--TCATATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATagatttaggc
gi|12                         :                                                                                                                       AAAAG--T--TTC-GT--CACC---C-A---CAT-T-T-ATGGAACGG-T-C--CAA--T--GGGGAAAAA-A--G--T-GCCCC--------G-----------------TCCA--CCGGG--A-C--TAA-CGG--TTAA---GAGCC--TC--TGGCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TTCCAT-GAA-TACAaaat
gi|13                         :                                                                                                                       AAAAG--TCAG-C-GTTCCACC---C-A---CA--TAT-ATGC-AC-G-TAC-ACAAG-T--G----AAAA-A--AGAT-G---CCCACCAACG-----------------T-CA--CC--G--A-C--T-T-A-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CACCAG---GCT-C-CATTC--T-GAA-TAa
gi|14                         :                                                                                                                       AAGAG--T--G-C-GT--CACC-----A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G------AA-T--G--T-G---C--------C-----------------T-CA--C---G--A-CGTT-A-C-G-----A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CA----G-T-C-C-TC-------A-T---TAAATGTCGTAT---T----TAT---ACTTT-CTTGT----T--ATgc
gi|15                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---CCA---CA--T-T-ATG--AC-G-T-T-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-ACA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TA-----------AA-----C--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--aaa
gi|16                         :                                                                                                                          AA--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A----AA-C--TC--T-GCA-T-CA-CAT---G-T-C------------------CAAATGAAG--------------------TT-CTTGT----T--ATTTttag
gi|17                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-G---CGCC---C-AGAACAG-T-T-ATG--AC-AAT-C-ACAACAT--G----AAAA-AATG--T-G---C--------G-----------------T-CAAGC---GC-A-C--T-A-C-T--T--ACGCAAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-TCC-C-TTC--T-agg
gi|18                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T-------AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--G-C--T-A-C-G--T--A---GAA-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAA
gi|19                         :                                                                                                                         AAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---TA--T-T-ATG--AC-G-C-C-ACAA--T--G----GAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-T------------------TGAAGAATG--TC--ATGT---A
gi|2                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G---GT--CACCTGGC-C---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-AGCA--T--G----AAAA----G--T-AAC-C--------GATGTATCAGAATAAATCT-CA--C---G--G-C--T-A-A-G--T--A---GAG-C--TG--T-GCA-T--A-CAA---G-T-C-A-TTC--T-GA--TA-ACAAATGAAGAATG--TA--TTGT---ACTTT-CTTGT----T--
gi|20                         :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CATC---C-----CA--T---ATG--ACTG-T-CGATAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA------A--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC----GCA-TACA-CA----G-T-C-C-TTatgatttggctt
gi|21                         :                                                                                                                          AG--T--G-T-GT--CACC---C-A---AA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAAGA--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GA--C--TCTGT-GCATT-CA-CAG---G-T-C-C-TTtcttgagata
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            AA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-AA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAC-C--GC--T-GCG-T-CA-TAA---G-C-C-C-TAC--T-GAA-TACACAAATAAAGAATG--TC----AT---ACTTT-CTtg
gi|23                         :                                                                                                                           G--T--G-CCGT--TACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-GC--C--------G-----------------T-CA--C---GT-A-C--T-A-C-G--T--T---TAGCC--TT--T-GCA---CA-CAG---
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                       g---C--------G-----------------T-TA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-T-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGCAT
gi|25                         :                                                                                                                ataaaactttct--T--G-C-GT--CACC---C-A---CAAAT-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--T----GAAA-A--G--G-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--ACC--T-ACC-G--T--A---G
gi|26                         :                                                                                                                                         acCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|27                         :                                                                                                                                     acatttCC---C-A---CT--T-T-TTG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-T-T-G--T--A----------TC--T-GTA-T-
gi|28                         :                                                                                                                                acatttT--CACC---C-A---TAA-T-T-ATG--AC-G-T-C-A-AA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-GA-T--A----AG-C--TC--T-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTGT-CTTGT----
gi|3                          :                                                                                                                       AAAAG--TT-G-C-GT--CACC---C-A---C---T-T-ATG--AC-GTT-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--CG--G--A-C--T-A-C-GGTT--A---AAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-CATTC--TGGAA-AACACAAATGAAGAATGGTTC--ATATTTAACTTT-CTTGT----T--ATTT
gi|4                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACT---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAT-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAA---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACATAAATGAAGAATG--TC--ATGT---ACTTT-CTTGTTTA-T--ATTTt
gi|5                          :                                                                                                                        AAAGCTT--G-C-GTT-CACC---C-A----A--T-T-ATG--AC-G-T-CCACAA--TTTG----AAAA-A--G--TTG---C--------G-----------------T-CA--C---A--G-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CGGAACG-T-CGC-TTC--T-GAATTACAC---------ATG--T------T---ACTTT-CTGGT----T--aggc
gi|6                          :                                                                                                                       AAAAG--T--G-C-GT--CATC---C-A---CA--G-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA-A--G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-CAG---G-T-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--ATTTatatttt
gi|7                          :                                                                                                                       AAAGG--T--GGC-GT--TACC-----A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C--CAA--T--G----AAAA-T--T--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---GTCA-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CCTTT--T-GCA---CA-CAG---G-C-C-CCTTC--T-GAA-TA-ACA--TGA-GAATG--TC--ATAT---ATTTTCCTTGT----T--ATT
gi|8                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-C-GT--CACC---C-A---CA--T-T--TG--AC-G-T-C-ACAA--T--G----AAAA----G--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-C--TC--T-GCA-T-CA-AAG---G---C-C-TTC--T-GAA-TACAC-AATG-TGAATG--TC--ATGT---AC-TT-CTTGTACAAT--ATTT
gi|9                          :                                                                                                                        AAAG--T--G-T-GT--CACC---C-A---CA--T-T-ATG--AC-G-T-C-ACAA-----------AAA-A--A--T-G---C--------G-----------------T-CA--C---G--A-C--T-A-C-G--T--A---GAG-CGCTT--T-GCA-T-CA-CAG---G-C-C-C-TTC--T-GAA-TACACAAATGAAGAATG--TC--ATAT---ACTTT-CTTGT----T--a