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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atcaccagttatcgtagttC-------ATTA--AG------TAT---------TCATTA--C-A-CA----A-AAT---G-TT----GGCGTCTTA-TGA--TATAT--GAATTT-GT-ATC-AGTT-AAGGCAGATGCTGTCAA-T----TTTCCTGTTTC-AT----G--CG-TTC----T-CAGC----A---G--TAATTTTGAG-GCAGCAA-GTGTAAA-TG-ATAA--A-TAT--GTATATCAT------CGCATTCTT-AT-ATTAACGCA---GTAT------A--AACTG-TC---G-A-C------A--TAA-AC------TGAA-AA--TGTG-----ATA-T-A--T--------A------A--G---GA--------AGT-G-----CT----TCTACTTCA------AT-GT---ATTATTT--T----------T--CA-TTAAGCG-GTGTT-TTATCAT-TAa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tggaatcagcccagctatcgggtttagaaagaagaataattaattcgaatttgaacttaga------TATA-----T--TCATTAAGC-G-CA----ACCAT---T-TTTGTGGA----TTAATGA--TATATTCAAGTa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atcaccaagctctcgtagttagaagaaaaacataattaatgtcgaattgtTA-----T-ATCATTAAGC-G-C----------------------AC-GCTTAATGA--TAT-------TTT-ATCATT-A--A-GCGGTaagttttgtattcatttatggtagatgctgtcgatatttttcttgtttcattaaggcggttgagttaattttgcatccaatgttaatggtacaattttatcacagacggcattttattcattaacagtttcaaaccgtgtttgaccaattaatgcaaaaaaaaaaatttttggggtacccattttaaagcccgtagtgcttctctaacgttaactgatattttttattcattaagcggtttttatcattagaggtt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                              aatttatatcattagcggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttggcgttacgcttaatgagacaatttttatcattaagcgcacttttttcattaacaacaggaaccgtagatagttagtgctataatcA-----T-ATCATTAAGC-G-T-----GTAAC---T-AC-----AC-GCTTAATGA--TATA---AA--TT-AT-AGC-ATTA-ACgttttatcattagaggt
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gi|4                          :                                                                                                                                   aactgacagacagactgataagcattatcaaaatgataaaccctgtttcttatccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgacAC-CGTTAATGA--TATA---AATTTT-AT-ATC-ACTG-Aagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                ataagcattatcaaaatgataaacctgtttcttattccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagacgaccgacatgttcaaaattaatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcatttggttatactgtataccattaagcatagcaatttgacA--TATT---AA-TTT-AT-ATC-ACTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAAGG--CG-T------T-CAAC--------T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTT--A-TGCATAC--A-CAT--TTTTAT-ATTAA--GCGCACTTTTCATCATTA--CC----ACAA------G--AACCGCTA---T-A-T------AGTTAATGCG-----T-AT--A--T-TT-----A-A-TCA--TT-------A------A--G---AT--------A-C-G-----CT----T-------A------ATGA-------------------------------TAAGCG-GTGTT-TTATCAT-TAGAGGTagatcatgtcgagtattttttgttgtttcattaagcgttcaacgtttttttttttaggcgttacacttatgatacaatttttatcattaagcgcacttttacattaacaacaggaacctagatagttaatgctataatttatatcattaagttggt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttatttataacgtaatgtacggttcaagatataaaaAATTT-AT-ATC-ATTA-GCGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-CAAC----G---T--T--TTTT--G-GCGTTAC-GCTT-AA-TG-AGAC--AATTT--TT--ATCATTAA--GCGCACTTTT-TTCATTA--ACA---ACAG------G--AACCG-TA---G-A-T------AGTTAGTGC------T-AT-AA--T-CT-----ATA-TCA--TT------AA------G--C---GC--------A-C-G-----CT----T-------A------ATGAT---A--TTTT--A----------T--CA-TTAAGCG-GTGTT-TTATCAT-TAGAGGTt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C-ATTAA-G--CG-T------TGCAAC----A---T--C--ATTGCAA-A-ATGACCGCTT-AA-TG-ATAC----TAA--TGTAATCATTAG--GTGT--TGTT-A-CATTA--ACGTTTATAC------T--GA----TA---G-A-C------CGTTAATGT------T-ACAAA--T-TT-----GTA-ACA--TT------AA------G--C---GTTGCA----A-CTGCACCTCT----T-------A------AT-GT---A--GTTT--G----------TTACA-TTAAGCG-TAATTGTTA-CAT-TAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatgatataacctgttgctatattggcggtttggactgcaaatatggcttgtaag-GCACTAC-GCTT-AA-TG-ATACCAATTTTGCTTTTATcagt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          atcaccagttatcgtagttagaaagaaataagttgtcgatttaacttgaattatattcattaaccatcacataatggatatggcgctaatgaactataaagtttgtatcattagacggtagatgctgtcgatattttcttgtttcaattaaggctgtatgaggttaatttgcatccggaatgttgtctaattgataaaattttatcatcaacggcgttttttatcattgaacagttcaatgtcgaccTAC-GTTT-AA-TG-ATA------TT--TTTTATCGCG----GTG---TTTT-ATCATTA--tctctactttatatgatatttttaatcacttaagggtgttgtatcattagaa
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatttatatcattagcggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttggcgttaGTTAATGA------T-AT-AAATT-TT-----ATA-TCA--CTGAGTCAAA------ATTG---CT--------A-T-G-----CT----T-------A------ATGGT---A--gtgttttatcattagaggt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aactgacagacagactgataagcattatcaaaatgataaaccctgtttcttatccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtaGTTAATGA------T-AT-AAATT-TT-----ATA-TCA--CTGAGTC-AA------ATTG---CT--------A-T-G-----CT----T-------A------ATGGT---A--ggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataagcattatcaaaatgataaacctgtttcttattccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagacgaccgacatgttcaaaattaatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcatttggttatactgtaTTAATGA------T-A--AA-----------ATA-TCA--TT------AA------G--C---GT--------G-C-G-----CT----T-------A------ATGAT------ATAG--A----------T--TA-Tggtagatcatgtcgagtattttttgttgtttcattaagcgttcaacgtttttttttttaggcgttacacttatgatacaatttttatcattaagcgcacttttacattaacaacaggaacctagatagttaatgctataatttatatcattaagttggt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aatttatatcattagcggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttggcgttacgcttaatgagacaatttttatcattaagcgcacttttttcattaacaacaggaaccgtagatagttagtgctT------AA------A--A---GT--------G-C-G-----CT----T-------A------ATGATAAAA--ATTGT-A----------T--CA-TTAAGTG-gcggtgttttatcattagaggt
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aactgacagacagactgataagcattatcaaaatgataaaccctgtttcttatccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttaT------AA------A--A---GT--------G-C-G-----CT----T-------A------ATGATAAAA--ATTGT-A----------T--CA-TTAAGCG-tcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caactgacagacagagtgataaacattatcaaaataataaaccctgtttcttatccaaacaaagagattggcaaaaatgtataccaaaaaaatatatttttacctgttttgatcaaattgatcgatcaacagacagaccgaccgacggtgttgcaaataactataacctctatctatccaaaagagagactagcatatcattttgggtatataatcattaagtgtatgctacaatttgctcttagtgatataaaatttattcattaacggtagatcatgtcgatattgttgttgttcattaagcgcttcaacgtttatttttttaggtgttaT------AA------A--A---GT--------G-C-G-----CT----T-------A------ATGATAAAA--ATTGT-A----------T--CA--TAAGTG-tcattaagaacaggaaccgtagatacatggagttaatgctataatttatatcattaagcgtgtagttacacgcttaatgatattttatcattaagcggtgttttatcatta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ataagcattatcaaaatgataaacctgtttcttattccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagacgaccgacatgttcaaaattaatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcatttggttatactgtataccattaagcatagcaatttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgagtattttttgttgtttcattaagcgttcaacgtttttttttttaggcgttaT--------A-C-A-----CT----T-------A------ATGAT---ACAATTTTTA----------T--CA-TTAAGCG-CACTT-TTATCAT-TAcattaacaacaggaacctagatagttaatgctataatttatatcattaagttggt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aactgacagacagactgataagcattatcaaaatgataaaccctgtttcttatccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgtT--------A-C-G-----TT----T-------A------ATGAT---A--TTTT-------------T--TA-TC--GCG-GTGTT-TTATCAT-TAGAGGTacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctc--------A-C-G-----TT----T-------G------ATGGG---A--TTTT--A----------T--CA-TTAAGCG-GCGTT-TTATCtgct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atgctacaaaattttagtattaatcgttgcaattgag-C-G-----CT----T-------A------ATGAT---A--AAAT--A----------T--CA-TTAAGCGTGCGCT-TAATGATATAGAT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATCACCAGTAACCGTAGTTAGAAAGAAAATAATCAAAGTACTTGAATTACATCATTAACCACAGAAATGGTTA
Unaligned ( gi|14 ): TACACTGTAGACCGTTAATGTTACTATTTGTAACATTAAGCGTTGCAACTTCACCTCCT
Unaligned ( gi|16 ): ACGCAGTTTGCTACATTAAGCGTAATTGCTACATTAGCTGTTTC
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTATCATTAGAGGTTGCTACAAGGCACT






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Reference ( family-360 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAAG----------------ACCAAGNACAGATTAAGGCAAAANGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TA---ATA--A--CCTCTATCTNATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------ATTT--GG------TATA-----T-ATCATTAAGC-G-CA----ACAAT---T-TTGACNCTTAATGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T---T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA-TATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-AT-AA--TTT-----ATA-TCA--TTAA--A---NGT----------A-C----G-----CT----T-A------ATG--ATA--ATTNA----------T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAACTGACAGACAGAGTGATAAACATTATCAAAA-TA---ATA--AACCCTGTTTCTTATCCAAACAAAGAGATTGGCAAAAATGT-----A-TACC-------A
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAA------------------CAAAG---AGATT--GGCAAAAATGT------ATACCAAAAAAATATATTTTTACCTGTTTTGATCAAATTGATCGATCAACAGACAGACCGACCGACGG---TGTTGCAAA-TAACTATA--A--CCTCTATCT-ATCC-A--AAAGAGA--GAC-T-A--GC-----A-TATC-------ATTTTGGG------TATA-----TAATCATTAAGT-G-TATGCTACAAT---T-T--GCTCTTAGTGA--TATA-AAA-------TTT-AT-T-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTGTTGTTG-TTC-ATTAA-G--CGCT------T-C--AACG---TTTAT--T--TTTTTAG-GTGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAAGA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-TACATGGAGTTAATGC------T-AT-AA--TTT-----ATA-TCA--TTAA--G---CGTGTAGTTAC--A-C----G-----CT----T-A------ATG--ATA--TTTTA----------T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAaaaaaatatatttttacctgttttgatcaaattgatcgatcaacagacagaccgaccgacggtgttgcaaataactataacctctatctatccaaaagagagactagcatatcattttgggtatataatcattaagtgtatgctacaatttgctcttagtgatataaaatttattcattaacggtagatcatgtcgatattgttgttgttcattaagcgcttcaacgtttatttttttaggtgttacgcttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaagaacaggaaccgtagatacatggagttaatgctataatttatatcattaagcgtgtagttacacgcttaatgatattttatcattaagcggtgttttatcatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caactgacagacagagtgatAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-GCGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----G---T--T--TTTT--G-GCGTTAC-GCTTAA-TG-AGACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-T-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-T------AGTTAGTGC------T-AT-AA--TCT-----ATA-TCA--TTAA--G---CGC----------A-C----G-----CT----T-A------ATG--ATA--TTTTA----------T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCA-----------------AAAG----------------A--AAG---AGACT--GGCAAAAATGT------ATACCCAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gatATGC------T-AC-AAAATTT------TA-GTA--TTAA--T---CGTTGCAATTGAGA-C----G-----TT----T-G------ATG--GGA--TTTTA----------T--CA-TTAAGCGGCGTT-TTATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACTG-TA---GA-C------CGTTAATGT------T-AC-TA--TTT-----GTA-ACA--TTAA--G---CGT----------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tacT----------A-C----G-----TT----T-A------ATG--ATA--TTTT-----------T--TA-TC--GCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTtgcaacttcacctcct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctcAACTGACAGACAGACTGATAAGCATTATCAAAA-TG---ATA--AACCCTGTTTCTTATCCAA--AGAAAGA--GACtgct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TA---ATATAA--CCTCTATCTGATCCAA--AA-GAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTTT-GG------TATACTGTAT-ACCATTAAGC-A-TA----GCAAT---T-TTGACTC--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACG---T---T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCA-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-AT-AA--TTT-----ATA-TCA--TTAA--G---TGtggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aactgacagacagactgatT----T-A------ATGCTATA--ATTTA----------TATCA-TTAAGTGGTGTT-TTATCATTgtgttttatcatt
gi|3                          : aactgacagacagactgataagcattatcaaaatgataaaccctgtttcttatccaaagaaagagactggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagAAACATTATCAAAATAATAAACTCTGTTTCTTATCC-----------------AAAG----------------A--AAAT---GACT--GGCAAAATG--TA-----TACCCAGAAA-TATAATTTTGCAAAATTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAAACCGACCGACATGTTCAAAA-TA----TA--A--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------ATTT--GG------TATA-----T-ATCATTAAGC-G-CA----GCAAT---T-TTGACCCTCAGTGA--TATA-AAG-------TTT-ATAT-TA-CTA-ACGGTAGATCAAGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T---T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACATTTTTTTTATCATGAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTATCA---A---CAG---GGACCG-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-AT-AA--TTT-----ATA-TCA--TTAA--A---GGT----------A-C----G-----CT----T-A------ATG--GTA--ATTGA----------T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGATGT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGCATTATCAAAATGATAAACC-TGTTTCTTATTCCAAAGAAAGAGACTGGCAAAG----------------ACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGA-CGACCGACATGTTCAAAATTAAT-ATA--A--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTT--GGTTATACTGTA-----T-ACCATTAAGC-A-TA----GCAA----T-TTGACTC--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGAGTATTTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACGTTTT---T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTT-A-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A--CATTAACA---A---CAG---GAACC--TA---GA-T------AGTTAATGC------T-AT-AA--TTT-----ATA-TCA--TTAA--
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atA--GAAGAAA--AACATAA--TT-----AATGTCGAATTGTACTT--GA-------ATA-----T-ATCATTAATCCA-CA----AAAAT---GGTTG-CGCTTAATGAA-TATA-AAG-------TTTTGTATTCA-TTT-ATGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTTCTTGTTTC-ATTAAGG--CG-G------T-T--GAG----T---TAAT--TTTGCAT-CCA--AT-G-TTAA-TG-GTACA--A-TTTTATCA-CAG--ACGGCA-TTTT-ATTCATTAACA---GTTTCA-----AACCG-TGTTTGACC------AATTAATGCAAAAAAA-AA-AA--TTTTTGGGGTACCCATTTTAA--AGCCCGT----------AGT----G-----CTTCTCT-A------ACG--TTA--ACTGATATTTTTTATT--CA-TTAAGCGGT-TT-TTATCATTAGAGGTgttggt
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atcaccagttatcgtagttC-------ATTA--AG------TAT---------TCATTA--C-A-CA----A-AAT---G-TTGGCGTCTTATGA--TATATGAA-------TTT-GTAT-CAGTTA-A-GGCAGATGCTGTCAA-T----TTTCCTGTTTC-AT----G--CG-T------T-CTCAGC----A---G--TAATTTTGAG-GCAGCAA-GTGTAAATG-ATAAA-TATGTATATCAT------C-GCATTCTT-A-T-ATTAACG-------CAGTATAAACTG-TC---GA-C------A--TAA-AC------TGAA-AA--TGTG----ATA-T-A--T-AAGGA---AGT----------G-CTTCTA-----CT----TCA------ATGT-ATT--ATTTT----------T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAa
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-360 )      :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAA----------------GACCAAATACAGATTAAGGCAAAAAGGTTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TA--A---TAA--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGGCN-CTTAGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-C------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-ATA--NTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caactgacagacagagtgatAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-GCGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----G-T--T--TTTT--G-GCGTTAC-GCTTAA-TG-AGACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-T-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-T------AGTTAGTGC------T-ATAA--T-C--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----C----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-ATA--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
gi|11                         :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCA-----------------AAA----------------GA--AAG---AGACT--GGCAAAAATGT------ATACCCAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gatATGC------T-ACAAAAT-T--T------TA-GTATT---AAT--CG----TTGCAATTGAGA-C-G-----TT----TG------A-------TG-GGA--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGCGTT-TTATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTG-TA---GA-C------CGTTAATGT------T-ACTA--T-T--T-----GTA-ACATT---AAG--CG----T----------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tac----T----------A-C-G-----TT----TA------A-------TG-ATA--TTTT----T--TA-TC--GCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTtgcaacttcacctcct
gi|2                          :                                                                                                                                                                          ctcAACTGACAGACAGACTGATAAGCATTATCAAAA-TG--A---TAAACCCTGTTTCTTATCCAA--AGAAAGA--GACtgct
gi|2                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TAATA---TAA--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTTT--GG------TATACTGTATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAAT---TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACG---T-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCA-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG---------------------------------------------------TG-GTG--TTTT--A-T--CA-TTtggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|3                          : aactgacagacagactgatAAACATTATCAAAATAATAAACTCTGTTTCTTATCC-----------------AAA----------------GA--AAAT---GACT--GGCAAAA-TGT------ATACCCAGAAA-TATAATTTTGCAAAATTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAAACCGACCGACATGTTCAAAA-TA------TAA--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGACC-CTCAGTGA--TATA-AAG-------TTT-ATAT-TA-CTA-ACGGTAGATCAAGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACATTTTTTTTATCATGAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTATCA---A---CAG---GGACCG-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAA--GG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-GTA--ATTG--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGATGT
gi|4                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACC-TGTTTCTTATTCCAAAGAAAGAGACTGGCAAA----------------GACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGA-CGACCGACATGTTCAAAATTAATA---TAA--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------A-TTT--GGTTATACTG-----TATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAA----TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGAGTATTTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACGTTTT-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTT-A-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A--CATTAACA---A---CAG---GAACC--TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                         atA--GAAGAAA--AACATAA--TT-----AATGTCGAATTGTA-CTT--GA-------A-----TATA-TCATTAATCCA-CA----AAAAT---GGTTGCG-CTTAATGAA-TATA-AAG-------TTTTGTATTCA-TTT-ATGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTTCTTGTTTC-ATTAAGG--CG-G------T-T--GAG----T-TAAT--TTTGCAT-CCA--AT-G-TTAA-TG-GTACA--A-TTTTATCA-CAG--ACGGCA-TTTT-ATTCATTAACA---GTTTCA-----AACCG-TGTTTGACC------AATTAATGCAAAAAAA-AAAA--T-T--TTTGGGGTACCCATTTTAAAGCCCG----T----------AGT-G-----CTTCTCTA------ACGTTAACTG-ATATTTTTT--ATT--CA-TTAAGCGGT-TT-TTATCATTAGAGGTttggt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                            atcaccaagctctcgtagttAGAAA--GAAATAA--GTTGTCGA-TTTA-------A-CTT--GAAT----TA-----TAT--TCATTAACC-ATCAC---ATAATGGATATGGCG-CT-AATGAACTATA-AAG-------TTT-GTAT-CA-TTAGACGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTC-TTGTTTCAATTAA-GGCTG-TATGAGGT-T--AAT----T-T--G--CATCCGGAATGTT---GTCTAATTG-ATAAA--A-TTTTATCATCAACGGC-GT-TTTTT-A-TCATTG--A---A---CAGTT-CAA-TG-TC---GA-C------CATAAAAGC--------AAAA--T-T--G-----GTA-TCATT---AAG--CG----T----------AGT-G-----CTCTC-TACTTTATA-------TG-ATA--TTTTTAA-T--CACTTAAG-GGTGTT-GTATCATTAGAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                         atcaccagttatcgtagttC-------A-TTA--AG------TA-----T----TCATTA--C-A-CA----A-AAT---GTTGGCGTCTTA-TGA--TATATGAA-------TTT-GTAT-CAGTTA-A-GGCAGATGCTGTCAA-T----TTTCCTGTTTC-AT----G--CG-T------T-CTCAGC----A-G--TAATTTTGAG-GCAGCAA-GTGTAAATG-ATAAAT-ATGTATATCAT------C-GCATTCTT-A-T-ATTAACG-------CAGTATAAACTG-TC---GA-C------A--TAA-AC------TGAAAA--TGTGAT-----ATA-TAAGG---AAG--TGCTTCT----------A-C-------TT----CA------A-------TGTATT--ATTT--T-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAa
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                                        888888888888888888888888888888888888888    8888    88       44  000000     6     0                                                 7    7 1           7  222222   33         2    3 99       99       99  4444444    2222222 0   99  7777777777777   11       7 77777777777   000      77 00 7   99    0   4444444   4    4  4   4                 4  4     1       0     0 55  0 555555 0 55   111111 99999   55  0       0      0  0     55 4         3  55  0  55    0 88     9  3333333  1111      3  444  88888888         55555555 2  99 3 66 444444  3     888   888888888888888888888888888888888888888888888888888  6  6 00    1111 00  6            0              
consensus                     :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAA----------------GACCAAATACAGATTAAGGCAAAAATGTTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TA--A---TAA--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGGCN-CTTAGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-C------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
Reference ( family-360 )      :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAA----------------GACCAAATACAGATTAAGGCAAAAATGTTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TA--A---TAA--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGGCN-CTTAGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-C------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
gi|1                          :                                                                                                                                                                            CAACTGACAGACAGAGTGATAAACATTATCAAAA-TA--A---TAAACCCTGTTTCTTATCCAAACAAAGAGATTGGCAAAAATGT-----A-TACC-------A-
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caactgacagacagagtgatAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-GCGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----G-T--T--TTTT--G-GCGTTAC-GCTTAA-TG-AGACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-T-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-T------AGTTAGTGC------T-ATAA--T-C--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----C----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                          ctcAACTGACAGACAGACTGATAAGCATTATCAAAA-TG--A---TAAACCCTGTTTCTTATCCAA--AGAAAGA--GACtgct
gi|2                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TAATA---TAA--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTTT--GG------TATACTGTATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAAT---TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACG---T-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCA-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG---------------------------------------------------TG-GT-G--TTTT--A-T--CA-TTtggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caactgacagacagagtgatAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-GCGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----G-T--T--TTTT--G-GCGTTAC-GCTTAA-TG-AGACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-T-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-T------AGTTAGTGC------T-ATAA--T-C--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----C----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
gi|11                         :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTATCA-----------------AAA----------------GA--AAG---AGACT--GGCAAAAATGT------ATACCCAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gatATGC------T-ACAAAAT-T--T------TA-GTATT---AAT--CG----TTGCAATTGAGA-C-G-----TT----TG------A-------TG-GG-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGCGTT-TTATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTG-TA---GA-C------CGTTAATGT------T-ACTA--T-T--T-----GTA-ACATT---AAG--CG----T----------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tac----T----------A-C-G-----TT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT----T--TA-TC--GCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTtgcaacttcacctcct
gi|2                          :                                                                                                                                                                          ctcAACTGACAGACAGACTGATAAGCATTATCAAAA-TG--A---TAAACCCTGTTTCTTATCCAA--AGAAAGA--GACtgct
gi|2                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTATCC-----------------AAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TAATA---TAA--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTTT--GG------TATACTGTATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAAT---TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACG---T-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCA-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG---------------------------------------------------TG-GT-G--TTTT--A-T--CA-TTtggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|3                          : aactgacagacagactgatAAACATTATCAAAATAATAAACTCTGTTTCTTATCC-----------------AAA----------------GA--AAAT---GACT--GGCAAAA-TGT------ATACCCAGAAA-TATAATTTTGCAAAATTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAAACCGACCGACATGTTCAAAA-TA------TAA--CCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGACC-CTCAGTGA--TATA-AAG-------TTT-ATAT-TA-CTA-ACGGTAGATCAAGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACATTTTTTTTATCATGAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTATCA---A---CAG---GGACCG-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAA--GG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-GT-A--ATTG--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGATGT
gi|4                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACC-TGTTTCTTATTCCAAAGAAAGAGACTGGCAAA----------------GACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGA-CGACCGACATGTTCAAAATTAATA---TAA--CCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------A-TTT--GGTTATACTG-----TATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAA----TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGAGTATTTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACGTTTT-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTT-A-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A--CATTAACA---A---CAG---GAACC--TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                         atA--GAAGAAA--AACATAA--TT-----AATGTCGAATTGTA-CTT--GA-------A-----TATA-TCATTAATCCA-CA----AAAAT---GGTTGCG-CTTAATGAA-TATA-AAG-------TTTTGTATTCA-TTT-ATGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTTCTTGTTTC-ATTAAGG--CG-G------T-T--GAG----T-TAAT--TTTGCAT-CCA--AT-G-TTAA-TG-GTACA--A-TTTTATCA-CAG--ACGGCA-TTTT-ATTCATTAACA---GTTTCA-----AACCG-TGTTTGACC------AATTAATGCAAAAAAA-AAAA--T-T--TTTGGGGTACCCATTTTAAAGCCCG----T----------AGT-G-----CTTCTCTA------ACGTTAACTG-AT-ATTTTTT--ATT--CA-TTAAGCGGT-TT-TTATCATTAGAGGTttggt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                            atcaccaagctctcgtagttAGAAA--GAAATAA--GTTGTCGA-TTTA-------A-CTT--GAAT----TA-----TAT--TCATTAACC-ATCAC---ATAATGGATATGGCG-CT-AATGAACTATA-AAG-------TTT-GTAT-CA-TTAGACGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTC-TTGTTTCAATTAA-GGCTG-TATGAGGT-T--AAT----T-T--G--CATCCGGAATGTT---GTCTAATTG-ATAAA--A-TTTTATCATCAACGGC-GT-TTTTT-A-TCATTG--A---A---CAGTT-CAA-TG-TC---GA-C------CATAAAAGC--------AAAA--T-T--G-----GTA-TCATT---AAG--CG----T----------AGT-G-----CTCTC-TACTTTATA-------TG-AT-A--TTTTTAA-T--CACTTAAG-GGTGTT-GTATCATTAGAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                         atcaccagttatcgtagttC-------A-TTA--AG------TA-----T----TCATTA--C-A-CA----A-AAT---GTTGGCGTCTTA-TGA--TATATGAA-------TTT-GTAT-CAGTTA-A-GGCAGATGCTGTCAA-T----TTTCCTGTTTC-AT----G--CG-T------T-CTCAGC----A-G--TAATTTTGAG-GCAGCAA-GTGTAAATG-ATAAAT-ATGTATATCAT------C-GCATTCTT-A-T-ATTAACG-------CAGTATAAACTG-TC---GA-C------A--TAA-AC------TGAAAA--TGTGAT-----ATA-TAAGG---AAG--TGCTTCT----------A-C-------TT----CA------A-------TGTATTA--TTTT----T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          tggaatcagcccagctatcgggtttagaaagaagaataattaattcgaatttgaacttagaGA--TATA-AAAATATTAATTT-ATAT-CA-CTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-GG-CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTT-CAG-GCGTTAC-GCTTA--TGCATACAC-ATTTTTAT-ATTAA--GC-GCACTTTTCA-TCATTACCA-------CAA---GAACCGCTA---TA-T------AGTTAATGCG-----T-ATA---T-T--T-----A-A-TCATT---AAG---A----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A-------------------AGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttatttataacgtaatgtacggttcaaC-ATTAA-G--CG-T------TGC--AAC----A-T--C--ATTGCAA-A-ATGACCGCTTAA-TG-ATACT--AATGTAATCATTAG--GT-GT--TGTT-A--CATTAACGTTTA---TA-------CTGATA---GA-C------CGTTAATGT------T-ACAAA-T-T--T-----GTA-ACATT---AAG--CG----TTGCA------A-CTGCACCTCT----TA------A-------TG--T-A--GTTT--G-TTACA-TTAAGCGTAATTGTTA-CATTAGt


blockSeqs                     :                                                        CAAAGAAAGAGACTGGCAAAGAC                    TACA    AA       AT  TACAAA           .                                                                    T  ACTA     AC         T    A .        .        .   TGTCGA     GAATTGT T   .   TTATACTG        A          ATCACAT       GGA      GT TC G   AC    T   ATATTAA   T    T  G   G                 G  T     G       A     G GC  . ATGAGG G TC   GTTTT  AAT     TT  A       C      T  C     TT T         T  CG  G  AC    C TT        GTTT     GTAT      C  TTT  CC               AAAAAAA  T  AA G GA TTGGGG  C     TTA   CCCGTAGTGCTTCTCTAACGTTAAC                            T  T TT    TAA  TA  C            G
blockSeqs                     :                                                        AAAGAAAGAGACTGGCAAAGAC                     TACA    AA       AG  TACAAA           .                                                                    .  ATA      .          G    A .        .        .   AA         .       .   .   TATACTG         A          CACAAA        .        T  TT G   A     .   .         .    .  .   .                 .  .     G       .     . G   . .      . .    GT     TAA     TC  .       .      A  .     T  T         T  .   .  AC    . T         TTTA     GTT       A  .    T                TG       C  A  . .  A       .     .     CGTTGCAATTGAGACGTTTGA                                .  . .     AT   .   .            .
blockSeqs                     :                                                        AAAGA                                      A       .        AG  .                .                                                                    .  ATA      .          T    A .        .        .   A          .       .   .   ATTA            A          ATAGC         .        C  TT G   .     .   .         .    .  .   .                 .  .     G       .     . .   . .      . .    G      T       TT  .       .      .  .     C  T         G  .   .  AC    . T         A        G         .  .    C                GT       C  .  . .  G       .     .     CGTAGTGCTCTCTACTTTATA                                .  . .     A    .   .            .
blockSeqs                     :                                                        AAAGA                                      T       .        T   .                .                                                                    .  A        .          G    . .        .        .   T          .       .   .   TA              A          GCAGC         .        T  T  A   .     .   .         .    .  .   .                 .  .     G       .     . .   . .      . .    T      T       GC  .       .      .  .     .  T         T  .   .  AC    . T         A        G         .  .    T                T        T  .  . .  A       .     .     CGTTGCAACTGCACCTCTTAA                                .  . .     A    .   .            .
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-360 )      :                    AAACATTATCAAAATAATAAACCCTGTTTCTTAT-CCAAAGA-----------------CAAATA--GATTAAGGCAAAAATGT------ATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TAA-TATAACCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-A-CA----ACAAT---TTTGGCN-CTTAGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCG-TA---GA-C------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--CG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGT
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACTG-TA---GA-C------CGTTAATGT------T-ACTA--T-T--T-----GTA-ACATT---AAG--CG----T----------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tac----T----------A-C-G-----TT----TA------A-------TG-AT-A--TTTT----T--TA-TC--GCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTtgcaacttcacctcct
gi|2                          :                                                                                                                                                          ctcAACTGACAGACAGACTGATAAGCATTATCAAAA-TGA-TAAACCCTGTTTCTTATCCAA--AGAAAGA--GACtgct
gi|2                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACCCTGTTTCTTAT-CCAAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGACCGACCGACATGTTCAAAA-TAA-TATAACCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------ATTTT--GG------TATACTGTATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAAT---TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACG---T-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTTAA-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTAACA---A---CAG---GAACCA-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG---------------------------------------------------TG-GT-G--TTTT--A-T--CA-TTtggcaaagaccaaatacagattaagataaaaagattacaaaataccaaaaaatataattttgccagttttgatcaaattgattgaccaacagacagacagaccgaccgacatgttcaaaataatataacctctatctgatccaaaagagagacataagtttatcattttggtatactgtataccattaagcatagcaattttgactcagtgatataaaatttatatcattaacggtagatcatgtcgatatttttgttgtttcattaagcgttcaacgttttttttaggcgttacacttaatgatacaatttttatcattaagcgcacttttatcattaacaacaggaaccatagatagttaatgctataatttatatcattaagtggtgttttatcatt
gi|3                          : aactgacagacagactgatAAACATTATCAAAATAATAAACTCTGTTTCTTAT-CCAAAGA------------------AAAT---GACT--GGCAAAA-TGT------ATACCCAGAAA-TATAATTTTGCAAAATTTGATCAAATTGATCGACCAACAGACAGACAAACCGACCGACATGTTCAAAA-TA----TAACCTCTATCTTATCCAA--AAAGAGA--GACATAA--GT-----A-TATC-------A-TTT--GG------TA-----TATA-TCATTAAGC-G-CA----GCAAT---TTTGACC-CTCAGTGA--TATA-AAG-------TTT-ATAT-TA-CTA-ACGGTAGATCAAGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTTTCAG-GCGTTAC-GCTTAA-TG-ATACATTTTTTTTATCATGAA--GC-GCACTTTT-A-TCATTATCA---A---CAG---GGACCG-TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAA--GG----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-GT-A--ATTG--A-T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAGATGT
gi|4                          :                    AAGCATTATCAAAATGATAAACC-TGTTTCTTATTCCAAAGAAAGAGACTGGCAAAGACCAAATACAGATTAAGATAAAAAGATTACAAAATACCAAAAAA-TATAATTTTGCCAGTTTTGATCAAATTGATTGACCAACAGACAGACAGA-CGACCGACATGTTCAAAATTAA-TATAACCTCTATCTGATCC-A--AAAGAGA--GACATAA--GT-----T-TATC-------A-TTT--GGTTATACTG-----TATA-CCATTAAGC-A-TA----GCAA----TTTGACT-C--AGTGA--TATA-AAA-------TTT-ATAT-CA-TTA-ACGGTAGATCATGTCGAGTATTTTTTGTTGTTTC-ATTAA-G--CG-T------T-C--AACGTTTT-T--T--TTTTTAG-GCGTTAC-ACTT-A-TG-ATACA--ATTTTTATCATTAA--GC-GCACTTTT-A--CATTAACA---A---CAG---GAACC--TA---GA-T------AGTTAATGC------T-ATAA--T-T--T-----ATA-TCATT---AAG--
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                     atA--GAAGAAA--AACATAA--TT-----AATGTCGAATTGTA-CTT--GA-------A-----TATA-TCATTAATCCA-CA----AAAAT---GGTTGCG-CTTAATGAA-TATA-AAG-------TTTTGTATTCA-TTT-ATGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTTCTTGTTTC-ATTAAGG--CG-G------T-T--GAG----T-TAAT--TTTGCAT-CCA--AT-G-TTAA-TG-GTACA--A-TTTTATCA-CAG--ACGGCA-TTTT-ATTCATTAACA---GTTTCA-----AACCG-TGTTTGACC------AATTAATGCAAAAAAA-AAAA--T-T--TTTGGGGTACCCATTTTAAAGCCCG----T----------AGT-G-----CTTCTCTA------ACGTTAACTG-AT-ATTTTTT--ATT--CA-TTAAGCGGT-TT-TTATCATTAGAGGTttggt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                        atcaccaagctctcgtagttAGAAA--GAAATAA--GTTGTCGA-TTTA-------A-CTT--GAAT----TA-----TAT--TCATTAACC-ATCAC---ATAATGGATATGGCG-CT-AATGAACTATA-AAG-------TTT-GTAT-CA-TTAGACGGTAGATGCTGTCGA-TA-TTTTC-TTGTTTCAATTAA-GGCTG-TATGAGGT-T--AAT----T-T--G--CATCCGGAATGTT---GTCTAATTG-ATAAA--A-TTTTATCATCAACGGC-GT-TTTTT-A-TCATTG--A---A---CAGTT-CAA-TG-TC---GA-C------CATAAAAGC--------AAAA--T-T--G-----GTA-TCATT---AAG--CG----T----------AGT-G-----CTCTC-TACTTTATA-------TG-AT-A--TTTTTAA-T--CACTTAAG-GGTGTT-GTATCATTAGAt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                     atcaccagttatcgtagttC-------A-TTA--AG------TA-----T----TCATTA--C-A-CA----A-AAT---GTTGGCGTCTTA-TGA--TATATGAA-------TTT-GTAT-CAGTTA-A-GGCAGATGCTGTCAA-T----TTTCCTGTTTC-AT----G--CG-T------T-CTCAGC----A-G--TAATTTTGAG-GCAGCAA-GTGTAAATG-ATAAAT-ATGTATATCAT------C-GCATTCTT-A-T-ATTAACG-------CAGTATAAACTG-TC---GA-C------A--TAA-AC------TGAAAA--TGTGAT-----ATA-TAAGG---AAG--TGCTTCT----------A-C-------TT----CA------A-------TGTATTA--TTTT----T--CA-TTAAGCGGTGTT-TTATCATTAa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      tggaatcagcccagctatcgggtttagaaagaagaataattaattcgaatttgaacttagaGA--TATA-AAAATATTAATTT-ATAT-CA-CTA-ACGGTAGATCATGTCGA-TA-TTTTTGTTGTTTC-ATTAA-GG-CG-T------T-C--AAC----T-T--T--TTT-CAG-GCGTTAC-GCTTA--TGCATACAC-ATTTTTAT-ATTAA--GC-GCACTTTTCA-TCATTACCA-------CAA---GAACCGCTA---TA-T------AGTTAATGCG-----T-ATA---T-T--T-----A-A-TCATT---AAG---A----T----------A-C-G-----CT----TA------A-------TG-AT-A-------------------AGCGGTGTT-TTATCATTAGAGGTa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttatttataacgtaatgtacggttcaaC-ATTAA-G--CG-T------TGC--AAC----A-T--C--ATTGCAA-A-ATGACCGCTTAA-TG-ATACT--AATGTAATCATTAG--GT-GT--TGTT-A--CATTAACGTTTA---TA-------CTGATA---GA-C------CGTTAATGT------T-ACAAA-T-T--T-----GTA-ACATT---AAG--CG----TTGCA------A-CTGCACCTCT----TA------A-------TG--T-A--GTTT--G-TTACA-TTAAGCGTAATTGTTA-CATTAGt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): ATCACCAGTAACCGTAGTTAGAAAGAAAATAATCAAAGTACTTGAATTACATCATTAACCACAGAAATGGTTA
Unaligned ( gi|16 ): ACGCAGTTTGCTACATTAAGCGTAATTGCTACATTAGCTGTTTC
Unaligned ( gi|17 ): TGTTTTATCATTAGAGGTTGCTACAAGGCACT