lowQualScore : 111111 111111 11111 11 111 1111111111 11 44444444444444444 1111111 11 1 111111 1111111 33333333333333333333333333 33333333 11 11111 2 1111111111111 4444444444444444 111111111111 2222 11 2222222
lowQualScore : 5 5 0 0 222222 777 777 4 222222 55555 66 4 6 33 4 111 3 444 3 3 3 44 888888 77 44 3333333333 3 3 3 3 3 3 3 44 3 44 11111111111111111 3 3 3333333 44 44 6 44 11 3 44 2 3 3 888888 77 6 222222 6 3 6 9999 3 3 3 44 3 9 2 2 888 5 6666666 2 77 9 6 66666666666666666666666666 3 6 2 33 2 2 33 2 6 2 11111111 33 2 2 2 00 3 33 8 2 2 66666 2 2 8 2 8 2 8888 5 2 2 5555555555555 2 2 8888 5 3 3 444 6 6 3333333333333333 44 3 2 5 2 2 2 44 0 1 9 1 22 99999999999 555555555555 2 55 2 444 2 33 2 33 5 7 2 3 6666 3 33 4 4 3 4 5555555 3 666 3 55
lowQualScore : . . . . ...... ... ... . ...... ..... .. . . .. . ... . ... . . . .. ...... .. .. .......... . . . . . . . .. . .. ................. . . ....... .. .. . .. .. . .. . . . ...... .. . ...... . . . .... . . . .. . . . . ... . ....... . .. . . .......................... . . . .. . . .. . . . ........ .. . . . .. . .. . . . ..... . . . . . . .... . . . ............. . . .... . . . ... . . ................ .. . . . . . . .. . . . . .. ........... ............ . .. . ... . .. . .. . . . . .... . .. . . . . ....... . ... . ..
lowQualScore : 7 0 1 1 888888 888 888 4 888888 77777 11 4 4 66 0 000 6 999 6 3 1 22 888888 33 22 5555555555 1 1 1 1 1 1 1 66 1 22 55555555555555555 1 1 1111111 22 22 2 22 55 1 22 3 1 1 333333 33 8 444444 2 1 2 6666 1 1 1 66 1 2 9 9 999 3 3333333 7 33 2 2 66666666666666666666666666 1 2 9 99 9 9 99 9 1 9 66666666 55 9 9 9 77 9 99 6 9 9 88888 9 9 6 9 6 9 9999 7 9 9 7777777777777 9 9 9999 7 1 1 777 1 2 8888888888888888 22 1 9 7 7 1 0 88 8 9 5 9 66 00000000000 333333333333 5 99 5 444 5 44 5 44 0 5 7 4 5555 1 22 5 0 7 0 9999999 6 444 6 55
consensus : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AA-TGA-GGGA-TT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-GTCT--TG--AAGGTGGGGTATGT-C--TTG-A-TTG----CTATA--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTTGGTA-TT------GTA-CACCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA--G--TAATT-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AT---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTAT--GAAT-A-GAAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
Reference ( gi|4 ) : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AA-TGA-TGGA-TT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-GTCT--TG--AAGGTGGGGTATGT-C--TTG-A-TTG----CTATA--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTCGGTA-T-------ATA-TACCATGAC-TT-C-AA--GACAGAC--A-AGA-GTTG-CA--G--TAATT-TT-T-ATCTTTA-A-TTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AG---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTAT--G-AT-A-AAGAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|3 : AATACC-CTGATGAATA-TT-GAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTT---GA-TGT--ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AA-TGAATGGA-TT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-GTCT--TG--AAGGTGGGGTATGTTC--TTG-A-TTG----CTATATAAAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TTTA-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTCGGTA-T-------ATA-TACCATGAC-TTTC-AA--GACAGAC--AGAGA-GTTG-CA--GG-TAATT-TTTT-ATCTTTA-A-TTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AG---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AAT-TGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TGTTG-TAACTTTAT--GAAT-A-GAAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCATTTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|6 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTACATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--T--A--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATT--TGTG-T-CAT-AA-TGA--GGA-TT--AAACTATA------------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-GTCT--TG--AAGGTGGGGTATGT-C--TTG-A-TTG----CTATA--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----ATCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--C--TAAGT-AT-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTTGGTA-TT------GTT-TACCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GT-----------AATT-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AG---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTTCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTAT--GAAT-ATAAAAATTTAACA-TGTT-GAAAGCGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TGCAATA
gi|2 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAATTGA----AT---AAC-AGTCAGGTGC--T--GTTA--TT-GTTTCTG---G---ATA-GGATGA-A-TAATCC-ATTATTCATATAAAGGTCGAGTTTT----------ACGA-ATT--TG-G-T-CATTAA-TAG-AGGA-TTTAGAATTATAAA-CTTCA-T-AAT-AG-TTTTTAGTATC--ACT--GGTGTTGTCTCTTG--AAGGTGGGGTATAT-C--TTG-A-TTG----CTATA--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCAAAT-TT-A-CA--AA-A--GCAA-T-ATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGTTAT-T------------------------C-AAAACCCTGATCAA-CT--C-TATTT-GAT--ATC-ACTTTGGTG-TT------GTAACATCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A--GA-GTTG-CA--GGTTAATT-TT-T-GTCTTTA-AGTTA-ATAAG----TT-C-G-ATGCTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AT---------------ATT--T-AC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCATA-A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-T-ACTTTAT--GAAT-A-GAAAAATTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-----TTATG-TTTGTT-AATCA--TACAATA
gi|1 : AATACC-CTGAAGAATAATTTGA-TTCA-------TGGTAAATGAAACTAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATC-GG-T-A-A-CTATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTGCTGTG-TGCAT-AA-TGA-GGGG-T----ACCTATAC-----------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGGTT-GT-T--TG--AAGGTGGGGTATGT-C--TTG-A-TTG----CTATAC-AAAACATTCCCT----GAA-TTG-A----AGCCA-T-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCAAT-CTT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATCT------------------------C-AAA-CCCTGGTAAAACT--T-TATTT-GC---ATC-ACTTTG-TA-TT------GTA-CACCA-GAC-TT-C-A---GACAGGC--A-AGA-GTTGGCA--GG-TAATTCTT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCA-TC-AT-GCAAAA-T--GT-AATGAATAC-AT---------------ATTTCTAAC-T-T-TA-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-TGTTAC--TTGA-----------ACA------------TA--CACTTTCAT--ACACAGA---TGTTTTAATTT-T--ACTGAG-TGCTG-TAACTTTAT--GAAT-AGAAAAATTTAACAGTGTT-GAAAGAGTAAGCTGTCA-TTTTCATCTT------GAA-T---TTATGTTTTGTTAAATCC--AACAATAa
gi|7 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattgAGTACCGCTGATGAATA-TTTGACTTCA------ATG--AAATAG---TATATCGACGAG------GT--TGATTTA--TT-GCTT-TGAGCG---ATACGG-T-A-AATAATCA--TC--TCA------GGT-GA--TTT----------AC-AGATCT-TGTG-T-CAT-AA-TGA-GGGG-----AGATTACAGACGT--ACT-AGTCAG-TTT-------TCAACT--GGTGT-GTCT--TGG-AAGGTGTAGTATGT-TCGTTGGA-TT-----CTATA--CAAGC-TTCC-TCCTTGAA-T-GCAC---AGCCAATATT-A-AA--AA-AA-GCAACT-GTCAAGCCTT-TT-------GATGACA--CCATAAGTGAT-T------------------------C-AAAACCCTGGTTAA-CTGCT-TATTT-GCT--ATC--CTTTGGTATT-------GCA-CACCAGGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GTT--TA--G--TAAAT-TA-T-AT-TTTA-A-TTA-ATAGGT---TT-C-G-ATGTTATTGTTCAGCAATGG-ATAAGGCCAT---TATCATTC-AT-G-AAAATT-AGT-AATGAATAC-AT---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-AT-AATGTGCATCA-T-TTACAGTTGA-----------A-G------------TAT-CATTTCCAT--A-AAGAA---T-CTT--GTTTAT--GCTGAG-TG-T--T-ACTTGAT--G-A
gi|16 : taAATACC-CTGATAAATA-TTTTAATTTA------ATGGTAAATGA---TAG---GAC-AA------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AA-TGA-GGGA-TT--AAACTATA
gi|17 : atcaggttgtgcataataagtgtcacttttgtcttcattgAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-G-TT-TGA-TG---AT---G-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AA-TGA-GGGA-TT--AAggagtttc
gi|5 : tAGTG-TTGGAATTCATAGAATATGGTAAACAT---CAT---GAC--G------GTACT--GCTA--TTTGATA-TGA-TGCAAATA-AG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-AATG-TGTG-T-CAT-AA-TGA-TGGA-TT--AAACTATGAA-AT--A-T-AGT-AGAGTT-------C--ACT--GGTGT-GCTC--TG--AAGGTGGGGTATGT-T--TTG----------CTATA--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------C-AA--CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-G-T--ATC-ACTTCGGTA-T-------ATA-TACCATGAC-TT-C-AA--GACAGAC--A-AGA-GTTG-CAG-G--TAATT-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-AT-AG----TT-C-G-AT-TTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AG---------------ATT--TAAC-T-A-TT-ATTCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACGT-----------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--A-TT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTATTGA-AT-G-AAAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAActtgatgctataaaaacattcctgaatgaagccaattta
gi|9 : CA------ATGGTAATTGA---TAC---GAC-AG------GC--TG-TTTAATTT-G-TT-TGC-TG---ATA-GG-T-ATA-TAATCAGATC--TCA------GG--GA--TTTAACAGCTGTAAC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AATTGA-GGGATTT--AAACTG-A-A-AT--G---AGT-AG-TTT-------C--ACTCAGGTGTGGTCT--TG----GTCTGGGTATGT-C--TTG-A-TTGCGATCTAGA--AAATCATTCC-TCG--GAATT-G-AGTCTAGCCAAA-TT-GTCA--AATGA-GAAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-AT---CC-AAAGT-AT-T------------------------CAAAA-ACCT-GTAAA-CT--CTTATTT-GCTAAATC-ACTTTGGTA-TCTCGTAGACA-TA--ATGAC-TT-CAAA--GACAGGCTTATAGATGTTG-CAGGG--TAATT-TT-T-ATCTTGA-AGTTA-ATAAGTCTTTT-C-GCATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TCTGATGC-ATCG-AAAA-TAAGT-AATGAAT-C-AT---------------ATT--TAACTT-A-TT-A-TCAA-TATA--GATATGCAT-A---ATAC--TTGA-----------ACG------------TATACATTT-CAC--A-AAAGAATTT-TTC--ACTT-TTAACTGAG-TGTTGTTAACTTTAT--ata
gi|17 : cTT-CAA-TG---GTA------A-A-TGAT---ATG--ACA------GG--TG--TTT----------A-----TTG-TTTG--------A-TGA-TGTA-AT--AA----T-CA-AT--C-TCAGG-GA-TTTA------C--AAT--TGTGT-GTCA--T---AATGAGGGAT-TAA-C--TTG-A-T-G----CTATA--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-
gi|8 : taataccctgatgaatatttgaaTA-GG---A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTT----------AC-A-ATTG-TGTGGT-CAT-----GA-GGGA-TT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-CTCT--TG--AAGGTGGGGTAGAT-C--TTG-AATGG----CTATA--AAAACATTCC-T----GAAAT-GGA----AGCCAAT-TT-A-CATAAA-AACGCAA-TTATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CCCTAAGT-AT-TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCTC-AAA-CCTTAGTAA--CT--C-TATTT-GCC--ATCCACTTTGGTA-TT------GTA-CACCATGACGTT-C-AA--GACAGGC--A-AGG---TG-CA--GG-TAATT-TT-T-ACCTTTA-G-TTA-ATAAG----TT-CTG-ATGTTA-------------GTATAAGG-CA-----ATCATTC-AT-G-AAA--T-AGTAAATGAATAC-AT---------------ATT--TAAC-TCA-TTTA-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACA-------------AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAAC-TTAT--GAAT-AGAAAAATTTAACA-TGTTGGAAAGATCAAGC-ATCA--------TTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TA
gi|10 : -TAACCA--TC--TCA------GG---A--TTT----------AC-A-ATTG--GT--T-CAT-AA-TGA-GGGA-TT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-GTCT--TGGAAAGGTGGGGTATGT-A--T-G-A-G-G----CTATA--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------C-AAA-CCATGGTAAA-A---C-TATT--GCT--ATC-ACTTTGGTA-T-------TGA-CACCAT-AC-TT-C-AAAGGACAGGC--A-AGA-GTTG-CA--G--TAATT-TT-TTATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TTTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGAT---------------ATT--TAAC-T-AGTT-A-TCAAGGA-A--AATATGCAT-A---TTAC--TTGA-----------ATG------------TAT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTAG--A-AT-A-GAtgtaata
gi|11 : -ATC--TCA------GG---A--TTT----------AC-A-ATTG--GT--T-CAT-AA-TGA-GGGA-TT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-GTCT--TGGAAAGGTGGGGTATGT-A--T-G-A-G-G----CTATA--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------C-AAA-CCATGGTAAA-A---C-TATT--GCT--ATC-ACTTTGGTA-T-------TGA-CACCAT-AC-TT-C-AAAGGACAGGC--A-AGA-GTTG-CA--G--TAATT-TT-TTATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TTTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGAT---------------ATT--TAAC-T-AGTT-A-TCAAGGA-A--AATATGCAT-A---TTAC--TTGA-----------ATG------------TAT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTAG--A-AT-A-GAa
gi|22 : aaccT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-----------------------GT-C--TTG-A-TTG----CTATA--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Ca
gi|21 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-----------------------GT-C--T-G-A-TTG----CTATA--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgcatacggagtcctatt
gi|13 : A-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TTTATATTTGAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTTGGTA-T-------GTA-CACCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA--G--TAATT-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TG-C-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGTAC-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-TAACTTTAT--GAAT-A-GAAAATGTAACA-AGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATgcatacggagtcctatttgt
gi|12 : CAA-T-GTCA---CCT-TTTTATTT-GAT-ATA--CC-TAAGT--T-T------------------------C-AAA-CCCTGGTAAA-CT--C-TATTTTGCT--ATC-ACTTTGGTA-TT------GTA-CACCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA--GG-TAATT-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-A-TC-AGTA-A--AATATGTAC-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-T-ACTTTAT--GAAT-A-GAAAATGTAAAA--GTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAATT---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|19 : T-TT-------GAT-ATA--CCCTCCGT-AC-TTCC---------------------C-CAC-CCCTGGTA---CC--C-TCTTT-GCT--CTC-CCTT-GGTC-T-------TTC-CAC-ATGCC-TT-C-CAC-GCCAGGC--ACAGC-GTTG-CG--G--TCTTT-TT-TTATCTTTACA-GTGTCTACG----TT-C-G-CTGTTA-------------G-CTCCGG-CA----TATCATTC-aa
gi|14 : GGTAAA-CT--C-TATTT-GCT--ATC-ACTTTGGTA-TT------GTA-TACCATGAC-TT-C-AA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CAG-G--TAA-T-TT-T-ATCTTTA-AGTTA-ATAAG-----T-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CATAATTATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGT--ATAAATAC-AT---------------ATT--TAAC-T-A-TT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TTA---TTGA-----------ACA------------TAT-CATTTCCAT--A-CAAGA-----TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TGAATTTATAGA-ATGA-GAAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCGTTTTCATCTGGAA-TTTATTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATAct
gi|23 : -A-TT-A-TCAAGTG-A--A-TATGCAT-ATT-TTAC--TTGA-----------
gi|23 : taT-A-TCAAGTA-A--AATATGCAT-A-T-TCAC--TTGATAATCATAAGTATGATAAGGATAAGCTAT-TATTGCCAT--A-CACGA---T-TTT--ATTC-T--ATTGAG-TG-Tcataagtatgataaggataagctattattgccatacacgattttattctattgagtgt
gi|6 : -TCAAGTA-A--A-TATGCAT-ATT-TTAC--TTGA-----------
gi|5 : taataccctgatgaatatttgaattcaatggtacatgatatgacaggtttattgtttgatgataggtaataatcaatctcagggatttacaatttgtgtcataatgaggattaaactatagtagtttcactggtgtgtcttgaaggtggggtatgtcttgattgctataaaacattcctgaatgaatccaatttacaaaaagcaatgtcacctttgatatactaagtattcaaaccctggtaaactctatttgctatcactttggtattgtttaccatgacttcaagacaggcaagagtaatttttatctttaagttaataagttcgatgttagataaggcatatcattcatgaaaatagtaaatgaatacagatttaactatta-TCAAGTA-A--A-TATGCAT-ATT-TTAC--TTGA-----------Aacgtatcattttcataaaagattttattttactgagtgtgtaactttatgaatataaaaatttaacatgttgaaagcgcaagctatcattttcatctgaaatttatgtttgttaaatcatgcaata
gi|1 : agtgttggaattcatagaatatggtaaacatcatgacggtactgctatttgatatgatgcaaataagtaataatcaatctcagggatttacaaatgtgtgtcataatgatggattaaactatgaaatatagtagagttcactggtgtgctctgaaggtggggtatgttttgctataaaaacattcctgaatgaagccaatttacaaaaagcaatgtcacctttgatatacctaagtattcaaccctggtaaactctatttgtatcacttcggtatatataccatgacttcaagacagacaagagttgcaggtaatttttatctttaagttaatagttcgatttagataaggcatatcattcatgaaaatagtaaatgaatacagatttaactatta-TCAAGTA-A--CATATGCAT-ATT-TTAC--TTGA-----------acgttatcatttccataaaagattttatttactgagtgtgtaactttattgaatgaaaaatttaacatgctgaaagagcaagctatcattttcattttcatctgaaatttatgtttgttaaatcatacaaata
gi|8 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattgaataccctgaagaataatttgattcatggtaaatgaaactatgacaggtgtttattgtttgatgatcggtaactatcaatctcagggatttacaattgctgtgtgcataatgaggggtacctatacgtagtttcactgggttgtttgaaggtggggtatgtcttgattgctatacaaaacattccctgaattgaagccatttacaaaaagcaatgtcaatcttttgatatacctaagtatctcaaaccctggtaaaactttatttgcatcactttgtattgtacaccagacttcagacaggcaagagttggcaggtaattctttatctttaagttaataagttcgatgttagataaggcatatcatcatgcaaaatgtaatgaatacatatttctaactttaa-TCAAGTA-A--A-TATGCAT-ATT-TTAC--TTGA-----------acatacactttcatacacagatgttttaattttactgagtgctgtaactttatgaatagaaaaatttaacagtgttgaaagagtaagctgtcattttcatcttgaatttatgttttgttaaatccaacaata
gi|20 : taggaataatcaatctcagggatttacaattgtgtggtcatgagggattaactatagtagtttcactggtgtctcttgaaggtggggtagatcttgaatggctataaaaacattcctgaaatggaagccaatttacataaaaacgcaattatcacctttgatataccctaagtattattttttataattttattttttctcaaaccttagtaactctatttgccatccactttggtattgtacaccatgacgttcaagacaggcaaggtgcaggtaatttttacctttagttaataagttctgatgttagtataaggcaatcattcatgaaatagtaaatgaatacatatttaactcatttaAGTA-ATAAATATGCAT-A-T-TTAC--TT-A-----------AC-------------TAT-CAT--CCATCCA-AAA-------TTT--ATT-----ACTGAG-TC-TG-TAACTTTA-----AT-A---GAAATTAACA-CCGT-GAAAGAG-AAAC-ATCA-TTT-------CATCTGAAA-T---TTATG-TTacaatcatttccataaaagattttattttactgagtgtgtaacttatgaatagaaaaatttaacatgttggaaagatcaagcatcatttcatctgaaatttatgtttgttaaatcatatgtaata
gi|25 : TACAT-A-T-TTAC--TTGA-----------ACG------------TAT-CATTTCCAT--A-ATAGA---T-TTT--ATTT-------------------ACTTTAT--GAAT-A-GAAAATTTAAgtaaacaaccaaataa
gi|28 : AAAGAGCAAGCTATCA-T------TTTCATCTGAAA-T---TCATG-TTTGTTAAATCATGTACAATA
gi|29 : CATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATTA--TACAAT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCAGTGCGAAAGAGGTGTATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTGTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGTACTTATGTAGTTCCGTTCTTCTGGTTCCAATTTGATATTTAGATAGTGAATAAAACTTTAGTGTGCCTATTCAGGTTACATCCACGGTATTCATAATGCAATGACATTCGATCCGACCTGATCTCCCATCCTACATTATTTGTACAGGACATTAAAATGCACACATTCCCATCC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAATGAGTGAAAAGATCAGGTAATATGTATTGCTCCGATCTCCGGGTTCCAAAATTTGATATTTGTTGATAGTATATAAACATGTTAGTCTGCCATATCTCAGGTTACATGC
Unaligned ( gi|24 ): AGTGCGAAAGATGTGTATTTGTTGAAACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGAACAAAGAGTGAAAGACAGGG
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TATTTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 111 1111111111 2222222222 1111111 11 1 111111 1111111 33333333333333333333333333 11 22 1 1111111111111 333333333333333 11111111111 111111111111 1111111
lowQualScore : 5 4 111111 777 777 4 111111 33333 55 4 66 3 000 3 333 3 3 2 33 888888 66 33 2222222222 2 2 2 2 2 2 2 2 66 7777777777 444444 2 2 2222222 33 33 2 2 33 00 2 6666 1 2 2 4 6666 66 4 000000 2 5 5 8888 2 2 2 44 2 8 2 2 888 5 5555555 2 66 8 5 33333333333333333333333333 5 2 2 33 2 2 33 2 555 66 2 2 22 33 8 2 2 2 00 2 0 2 5555 8 2 2 4444444444444 2 2 5555 2 5 2 2 333 5 5 555555555555555 33 2 2 5 2 2 2 55 2 2 33 11111111111 222222222222 2 2 55 2 444 2 33 2 33 4 7 2 2 555 2 2 5 3 3 9999999 3 555 3 55
lowQualScore : . . ...... ... ... . ...... ..... .. . .. . ... . ... . . . .. ...... .. .. .......... . . . . . . . . .. .......... ...... . . ....... .. .. . . .. .. . .... . . . . .... .. . ...... . . . .... . . . .. . . . . ... . ....... . .. . . .......................... . . . .. . . .. . ... .. . . .. .. . . . . .. . . . .... . . . ............. . . .... . . . . ... . . ............... .. . . . . . . .. . . .. ........... ............ . . .. . ... . .. . .. . . . . ... . . . . . ....... . ... . ..
lowQualScore : 0 4 555555 000 000 0 555555 22222 55 0 00 6 000 3 777 3 1 9 99 222222 88 99 5555555555 9 9 9 9 9 9 9 9 88 0000000000 888888 9 9 1111111 99 99 9 9 99 77 9 2222 4 9 9 9 1111 88 9 999999 9 7 7 9999 9 9 9 22 9 6 7 7 333 0 3333333 5 99 6 7 44444444444444444444444444 7 9 7 77 7 7 77 7 555 33 7 7 77 77 0 7 7 7 77 7 7 7 7777 0 7 7 7777777777777 7 7 7777 7 3 9 9 777 0 7 777777777777777 99 9 9 7 7 7 5 99 4 4 22 22222222222 111111111111 4 4 66 4 111 4 22 4 22 7 1 5 6 222 9 9 7 6 6 2222222 3 888 3 00
consensus : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-GG-TAATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
Reference ( family-3569 ) : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-G--TAATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|1 : AATACC-CTGAAGAATAATTTGA-TTCA-------TGGTAAATGAAACTAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATC-GG-T-A-A-CTATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTGCTGTG-TGCAT-AAT-GAG-GGGT----ACCTATAC-----------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGGTT-G-T-T--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----AC-AAAACATTCCCT----GAA-TTG-A----AGCCA-T-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCAAT-CTT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATCT------------------------CAAA-C-CCTGGTAAAACT--TT-ATTT-GC-A--TC-ACTTTG-TATT--GTA--CACCA-GAC-TT-CA---GACAGGC--A-AGA-GTTGGCA-GG-TAATTCTTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCA-TC-AT-GCAAAA-T--GT-AATGAATAC-A---------------TATTTCTAAC-T-T-TA-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-ATGTTAC--TTGA-----------ACA------------T-A--CACTTTCAT--ACACAGA---TGTTTTAATTT-T--ACTGAG-TGCTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACAGTGTT-GAAAGAGTAAGCTGTCA-TTTTCATCTT------GAA-T---TTATGTTTTGTTAAATCC--AACAATA
gi|10 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattg-TAACCA--TC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGTAAA-A---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-G--TAATT-TTTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|11 : -ATC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGTAAA-A---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-G--TAATT-TTTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|12 : aaccCAA-T-GTCA---CCT-TTTTATTT-GAT-ATA--CC-TAAGT--T-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTTTGCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-GG-TAATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------T-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CA-GTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAAAA--GTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAATT---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|13 : A-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TTTATATTTGAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTAT---GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CA-G--TAATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TG-C-G-ATGTTA-------------T-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAACA-AGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATaa
gi|14 : GGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTTG-CAGG--TAA-T-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG-----T-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-ATAATT-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGT--ATAAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTA---TTGA-----------ACA------------T-AT-CATTTCCAT--A-CAAGA-----TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TGAATTTA-TAGAATGA-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCGTTTTCATCTGGAA-TTTATTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|16 : AATACC-CTGATAAATA-TTTTAATTTA------ATGGTAAATGA---TAG---GAC-AA------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATA
gi|17 : atcaggttgtgcataataagtgtcacttttgtcttcattgAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-G-TT-TGA-TG---AT---G-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAggagtttc
gi|17 : tTT-CAA-TG---GTA------A-A-TGAT---ATG--ACA------GG--TG--TTTA---------------TTG-TTTG----AT-GAT-G-------T--AA--TAATCA-AT--C-TCAGG-GA-TTTA------C--AAT--TGTGT-G-TCA--T---AATGAG-GGAT-TAA-C--TTG-A-T-GCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-cttgatgctataaaaacattcctgaatgaagccaattta
gi|19 : taataccctgatgaatatttgaaT-TT-------GAT-ATA--CCCTCCGT-AC-TTCC---------------------CCAC-C-CCTGGTA---CC--CT-CTTT-GCTC--TC--CCTTGGTCTT---TC--CAC-ATGCC-TT-CCAC-GCCAGGC--ACAGC-GTTG-CG-G--TCTTT-TTTTATCTTTACAGTGTCTACG----TT-C-G-CTGTTA-------------G-CTCCGGC-A----T-ATCATTC-
gi|2 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAATTGA----AT---AAC-AGTCAGGTGC--T--GTTA--TT-GTTTCTG---G---ATA-GGATGA-A-TAATCC-ATTATTCATATAAAGGTCGAGTTTTA----------CGA-ATT--TG-G-T-CATTAAT-AGA-GGATTTAGAATTATAAA-CTTCA-T-AAT-AG-TTTTTAGTATC--ACT--GGTGTTG-TCTCTTG--AAGGTG-GGGTATAT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCAAAT-TT-A-CA--AA-A--GCAA-T-ATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGTTAT-T------------------------CAAAAC-CCTGATCAA-CT--CT-ATTT-GATA--TC-ACTTTGGTGTT--GTAA-CATCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A--GA-GTTG-CA-GGTTAATT-TTT-GTCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGCTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TA-C-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCATA-A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAAATTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-----TTATG-TTTGTT-AATCA--TACAATAct
gi|20 : AGTA-ATAAATATGCAT-AT-TTAC--TT-A-----------AC-------------T-AT-CAT--CCATCCA-AAA-------TTT--ATT-----ACTGAG-TC-TG-TAACTTTA-----AT-A-G-AAA--TTAACA-CCGT-GAAAGAG-AAAC-ATCA-TTT-------CATCTGAAA-T---TTATG-TTa
gi|21 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT---------------------------G-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgtaaacaaccaaataa
gi|22 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--A------------------------TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgcatacggagtcctatttgt
gi|23 : T-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TCAC--TTGATAATCATAAGTATGATAAGGATAAGCT-AT-TATTGCCAT--A-CACGA---T-TTT--ATTC-T--ATTGAG-TG-Tgcatacggagtcctatt
gi|25 : TACAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-ATAGA---T-TTT--ATTT-------------------ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAA
gi|28 : AAAGAGCAAGCTATCA-T------TTTCATCTGAAA-T---TCATG-TTTGTTAAATCATGTACAATA
gi|29 : CATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATTA--TACAAT
gi|3 : AATACC-CTGATGAATA-TT-GAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTT---GA-TGT--ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAATGGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGTTC--TTG-A-TTGCTAT----ATAAAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TTTA-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TTTCAA--GACAGAC--AGAGA-GTTG-CA-GG-TAATT-TTTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AAT-TGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TGTTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCATTTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|4 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTA-T--ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTTG-CA-G--TAATT-TTT-ATCTTTA-A-TTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-G-AT-A-A-AGAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|5 : AGTG-TTGGAATTCATAGAATATGGTAAACAT---CAT---GAC--G------GTACT--GCTA--TTTGATA-TGA-TGCAAATA-AG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-AATG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATGAA-AT--A-T-AGT-AGAGTT-------C--ACT--GGTGT-G-CTC--TG--AAGGTG-GGGTATGT-T--TTG------CTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAA--C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-G-TA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTTG-CA-GG-TAATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATA-G----TT-C-G-AT-TTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-ATTCAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------TTAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--A-TT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTATT-GAAT-G-A-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|6 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTACATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--T--A--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATT--TGTG-T-CAT-AAT-GAG-G-ATT--AAACTATA------------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----ATCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--C--TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGTAAA-CT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTT--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GT----------AATT-TTT-ATCTTTA-AGTTAATAAG----TT-C-G-ATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-ATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTTCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-ATA-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGCGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TGCAATAata
gi|7 : tAGTACCGCTGATGAATA-TTTGACTTCA------ATG--AAATAG---TATATCGACGAG------GT--TGATTTA--TT-GCTT-TGAGCG---ATACGG-T-A-AATAATCA--TC--TCA------GGT-GA--TTTA----------C-AGATCT-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGG----AGATTACAGACGT--ACT-AGTCAG-TTT-------TCAACT--GGTGT-G-TCT--TGG-AAGGTG-TAGTATGT-TCGTTGGA-TT-CTAT----A--CAAGC-TTCC-TCCTTGAA-T-GCAC---AGCCAATATT-A-AA--AA-AA-GCAACT-GTCAAGCCTT-TT-------GATGACA--CCATAAGTGAT-T------------------------CAAAAC-CCTGGTTAA-CTGCTT-ATTT-GCTA--TC--CTTTGGTATT--GCA--CACCAGGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT--TA-G--TAAAT-TAT-AT-TTTA-A-TTAATAGG----TTTC-G-ATGTTATTGTTCAGCAATGG-ATAAGGCCA----TTATCATTC-AT-G-AAAATT-AGT-AATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-AT-AATGTGCATCAT-TTACAGTTGA-----------A-G------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAGAA---T-CTT--GTTTAT--GCTGAG-TG-T--T-ACTTGA-T-GA
gi|8 : taTA-GG---A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTGGT-CAT-----GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-C-TCT--TG--AAGGTG-GGGTAGAT-C--TTG-AATGGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAAAT-GGA----AGCCAAT-TT-A-CATAAA-AACGCAA-TTATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CCCTAAGT-AT-TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCTCAAA-C-CTTAGTAA--CT--CT-ATTT-GCCA--TCCACTTTGGTATT--GTA--CACCATGACGTT-CAA--GACAGGC--A-AGG---TG-CA-GG-TAATT-TTT-ACCTTTA--GTTAATAAG----TT-CTG-ATGTTA-------------GTATAAGGC-A------ATCATTC-AT-G-AAA--T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-TCA-TTTAT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACA--------------AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAAC-TTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACA-TGTTGGAAAGATCAAGC-ATCA--------TTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TA
gi|9 : CA------ATGGTAATTGA---TAC---GAC-AG------GC--TG-TTTAATTT-GTTT--GC-TG---ATA-GG-T-ATA-TAATCAGATC--TCA------GG--GA--TTTAACAGCTGTAAC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AATTGAG-GGATTT-AAACTG-A-A-AT--G---AGT-AG-TTT-------C--ACTCAGGTGT-GGTCT--TG-----GTCTGGGTATGT-C--TTG-A-TTGCGATCTAGA--AAATCATTCC-TCG--GAA-TTG-AGTCTAGCCAAA-TT-GTCA--AATGA-GAAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-AT---CC-AAAGT-AT-T------------------------CAAA-AACCTG-TAAA-CT--CTTATTT-GCTAAATC-ACTTTGGTATCTCGTAGACATAATGAC-TT-CAAA-GACAGGCTTATAGATGTTG-CA-GGGTAATT-TTT-ATCTTGA-AGTTAATAAGTCTTTT-C-GCATGTTA-------------G-ATAAGGC-A----T-CTGATGC-ATCG-AAAA-TAAGT-AATGAAT-C-A---------------TATT--TAACTT-A-TT-AT-CAA-TATA--GATATGCAT-A--ATAC--TTGA-----------ACG------------T-ATACATTT-CAC--A-AAAGAATTT-TTC--ACTT-TTAACTGAG-TGTTGTTAACTTTA-T-tgtaata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCAGTGCGAAAGAGGTGTATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTGTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGTACTTATGTAGTTCCGTTCTTCTGGTTCCAATTTGATATTTAGATAGTGAATAAAACTTTAGTGTGCCTATTCAGGTTACATCCACGGTATTCATAATGCAATGACATTCGATCCGACCTGATCTCCCATCCTACATTATTTGTACAGGACATTAAAATGCACACATTCCCATCC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAATGAGTGAAAAGATCAGGTAATATGTATTGCTCCGATCTCCGGGTTCCAAAATTTGATATTTGTTGATAGTATATAAACATGTTAGTCTGCCATATCTCAGGTTACATGC
Unaligned ( gi|24 ): AGTGCGAAAGATGTGTATTTGTTGAAACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGAACAAAGAGTGAAAGACAGGG
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TATTTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 111 1111111111 2222222222 1111111 11 1 111111 1111111 33333333333333333333333333 11 1111 1111111111111 333333333333333 11111111111 111111111111 1111111
lowQualScore : 5 4 111111 777 777 4 111111 33333 55 4 66 3 000 3 333 3 3 2 33 888888 66 33 2222222222 2 2 2 2 2 2 2 2 66 7777777777 444444 2 2 2222222 33 33 2 2 33 00 2 6666 1 2 2 4 6666 66 4 000000 2 5 5 8888 2 2 2 44 2 8 2 2 888 5 5555555 2 66 8 5 33333333333333333333333333 5 2 2 33 2 2 33 2 555 66 2 2 22 33 8 2 2 777 8 2 2 3333 2 2 4444444444444 2 2 8888 5 2 2 333 5 5 555555555555555 33 2 2 5 2 2 2 55 2 2 33 11111111111 222222222222 2 2 55 2 444 2 33 2 33 4 7 2 2 555 2 2 5 3 3 9999999 3 555 3 55
lowQualScore : . . ...... ... ... . ...... ..... .. . .. . ... . ... . . . .. ...... .. .. .......... . . . . . . . . .. .......... ...... . . ....... .. .. . . .. .. . .... . . . . .... .. . ...... . . . .... . . . .. . . . . ... . ....... . .. . . .......................... . . . .. . . .. . ... .. . . .. .. . . . ... . . . .... . . ............. . . .... . . . ... . . ............... .. . . . . . . .. . . .. ........... ............ . . .. . ... . .. . .. . . . . ... . . . . . ....... . ... . ..
lowQualScore : 0 4 555555 000 000 0 555555 22222 55 0 00 6 000 3 777 3 1 9 99 222222 88 99 5555555555 9 9 9 9 9 9 9 9 88 0000000000 888888 9 9 1111111 99 99 9 9 99 77 9 2222 4 9 9 9 1111 88 9 999999 9 7 7 9999 9 9 9 22 9 6 7 7 333 0 3333333 5 99 6 7 44444444444444444444444444 7 9 7 77 7 7 77 7 555 33 7 7 77 77 0 7 7 000 0 7 7 7777 7 7 7777777777777 7 7 3333 3 9 9 777 0 7 777777777777777 99 9 9 7 7 7 5 99 4 4 22 22222222222 111111111111 4 4 66 4 111 4 22 4 22 7 1 5 6 222 9 9 7 6 6 2222222 3 888 3 00
consensus : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
Reference ( family-3569 ) : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|1 : AATACC-CTGAAGAATAATTTGA-TTCA-------TGGTAAATGAAACTAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATC-GG-T-A-A-CTATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTGCTGTG-TGCAT-AAT-GAG-GGGT----ACCTATAC-----------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGGTT-G-T-T--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----AC-AAAACATTCCCT----GAA-TTG-A----AGCCA-T-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCAAT-CTT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATCT------------------------CAAA-C-CCTGGTAAAACT--TT-ATTT-GC-A--TC-ACTTT-GTATT--GTA--CACCA-GAC-TT-C-A--GACAGGC--A-AGA-GTTGGCAGG-TAA-TTCTTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCA-TC-AT-GCAAAA-T--GT-AATGAATAC-A---------------TATTTCTAAC-T-T-TA-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-ATGTTAC--TTGA-----------ACA------------T-A--CACTTTCAT--ACACAGA---TGTTTTAATTT-T--ACTGAG-TGCTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACAGTGTT-GAAAGAGTAAGCTGTCA-TTTTCATCTT------GAA-T---TTATGTTTTGTTAAATCC--AACAATA
gi|10 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattg-TAACCA--TC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|11 : -ATC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|12 : aaccCAA-T-GTCA---CCT-TTTTATTT-GAT-ATA--CC-TAAGT--T-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTTTGCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CA-GTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAAAA--GTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAATT---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|13 : A-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TTTATATTTGAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTAT---GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAG--TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TGC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAACA-AGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATaa
gi|14 : GGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA--T-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG-----TC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CATAATTATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGT--ATAAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTA---TTGA-----------ACA------------T-AT-CATTTCCAT--A-CAAGA-----TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TGAATTTA-TAGAATGA-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCGTTTTCATCTGGAA-TTTATTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|16 : AATACC-CTGATAAATA-TTTTAATTTA------ATGGTAAATGA---TAG---GAC-AA------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATA
gi|17 : atcaggttgtgcataataagtgtcacttttgtcttcattgAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-G-TT-TGA-TG---AT---G-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAggagtttc
gi|17 : tTT-CAA-TG---GTA------A-A-TGAT---ATG--ACA------GG--TG--TTTA---------------TTG-TTTG----AT-GAT-G-------T--AA--TAATCA-AT--C-TCAGG-GA-TTTA------C--AAT--TGTGT-G-TCA--T---AATGAG-GGAT-TAA-C--TTG-A-T-GCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-cttgatgctataaaaacattcctgaatgaagccaattta
gi|19 : taataccctgatgaatatttgaaT-TT-------GAT-ATA--CCCTCCGT-AC-TTCC---------------------CCAC-C-CCTGGT-A--CC--CT-CTTT-GCTC--TC--CCTTGGTCTT---TC--CAC-ATGCC-TT-CCAC-GCCAGGC--ACAGC-GTT-GCGGT-CTT-TT-TTTATCTTTACAGTGTCTACG----TTC-G-CTGTTA-------------G-CTCCGG-CA----TATCATTC-
gi|2 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAATTGA----AT---AAC-AGTCAGGTGC--T--GTTA--TT-GTTTCTG---G---ATA-GGATGA-A-TAATCC-ATTATTCATATAAAGGTCGAGTTTTA----------CGA-ATT--TG-G-T-CATTAAT-AGA-GGATTTAGAATTATAAA-CTTCA-T-AAT-AG-TTTTTAGTATC--ACT--GGTGTTG-TCTCTTG--AAGGTG-GGGTATAT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCAAAT-TT-A-CA--AA-A--GCAA-T-ATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGTTAT-T------------------------CAAAAC-CCTGAT-CAACT--CT-ATTT-GATA--TC-ACTTTGGTGTT--GTAA-CATCATGAC-TT-CAA--GACAGGC----AGA-GTT-GCAGGTTAA-TT-TTTGTCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGCTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--T-AC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCATA-A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAAATTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-----TTATG-TTTGTT-AATCA--TACAATAct
gi|20 : AGTA-ATAAATATGCAT-AT-TTAC--TT-A-----------AC-------------T-AT-CAT--CCATCCA-AAA-------TTT--ATT-----ACTGAG-TC-TG-TAACTTTA-----AT-A-G-AAA--TTAACA-CCGT-GAAAGAG-AAAC-ATCA-TTT-------CATCTGAAA-T---TTATG-TTa
gi|21 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT---------------------------G-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgtaaacaaccaaataa
gi|22 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--A------------------------TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgcatacggagtcctatttgt
gi|23 : T-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TCAC--TTGATAATCATAAGTATGATAAGGATAAGCT-AT-TATTGCCAT--A-CACGA---T-TTT--ATTC-T--ATTGAG-TG-Tgcatacggagtcctatt
gi|25 : TACAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-ATAGA---T-TTT--ATTT-------------------ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAA
gi|28 : AAAGAGCAAGCTATCA-T------TTTCATCTGAAA-T---TCATG-TTTGTTAAATCATGTACAATA
gi|29 : CATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATTA--TACAAT
gi|3 : AATACC-CTGATGAATA-TT-GAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTT---GA-TGT--ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAATGGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGTTC--TTG-A-TTGCTAT----ATAAAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TTTA-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TTTCAA--GACAGAC--AGAGA-GTT-GCAGG-TAATTT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AAT-TGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TGTTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCATTTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|4 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTA-T--ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAA-TT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-G-AT-A-A-AGAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|5 : AGTG-TTGGAATTCATAGAATATGGTAAACAT---CAT---GAC--G------GTACT--GCTA--TTTGATA-TGA-TGCAAATA-AG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-AATG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATGAA-AT--A-T-AGT-AGAGTT-------C--ACT--GGTGT-G-CTC--TG--AAGGTG-GGGTATGT-T--TTG------CTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAA--C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-G-TA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATA-G----TTC-G-AT-TTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-ATTCAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------TTAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--A-TT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTATT-GAAT-G-A-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|6 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTACATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--T--A--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATT--TGTG-T-CAT-AAT-GAG-G-ATT--AAACTATA------------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----ATCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--C--TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTT--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GT---------AA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTTCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-ATA-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGCGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TGCAATAata
gi|7 : tAGTACCGCTGATGAATA-TTTGACTTCA------ATG--AAATAG---TATATCGACGAG------GT--TGATTTA--TT-GCTT-TGAGCG---ATACGG-T-A-AATAATCA--TC--TCA------GGT-GA--TTTA----------C-AGATCT-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGG----AGATTACAGACGT--ACT-AGTCAG-TTT-------TCAACT--GGTGT-G-TCT--TGG-AAGGTG-TAGTATGT-TCGTTGGA-TT-CTAT----A--CAAGC-TTCC-TCCTTGAA-T-GCAC---AGCCAATATT-A-AA--AA-AA-GCAACT-GTCAAGCCTT-TT-------GATGACA--CCATAAGTGAT-T------------------------CAAAAC-CCTGGT-TAACTGCTT-ATTT-GCTA--TC--CTTTGGTATT--GCA--CACCAGGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT--TA-G-TAA-AT-TATAT-TTTA-A-TTAATAGGT---TTC-G-ATGTTATTGTTCAGCAATGG-ATAAGGCCAT---TATCATTC-AT-G-AAAATT-AGT-AATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-AT-AATGTGCATCAT-TTACAGTTGA-----------A-G------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAGAA---T-CTT--GTTTAT--GCTGAG-TG-T--T-ACTTGA-T-GA
gi|8 : taTA-GG---A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTGGT-CAT-----GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-C-TCT--TG--AAGGTG-GGGTAGAT-C--TTG-AATGGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAAAT-GGA----AGCCAAT-TT-A-CATAAA-AACGCAA-TTATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CCCTAAGT-AT-TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCTCAAA-C-CTTAGT-AA-CT--CT-ATTT-GCCA--TCCACTTTGGTATT--GTA--CACCATGACGTT-CAA--GACAGGC--A-AGG---T-GCAGG-TAA-TT-TTTACCTTTA--GTTAATAAG----TTCTG-ATGTTA-------------GTATAAGG-CA-----ATCATTC-AT-G-AAA--T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-TCA-TTTAT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACA--------------AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAAC-TTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACA-TGTTGGAAAGATCAAGC-ATCA--------TTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TA
gi|9 : CA------ATGGTAATTGA---TAC---GAC-AG------GC--TG-TTTAATTT-GTTT--GC-TG---ATA-GG-T-ATA-TAATCAGATC--TCA------GG--GA--TTTAACAGCTGTAAC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AATTGAG-GGATTT-AAACTG-A-A-AT--G---AGT-AG-TTT-------C--ACTCAGGTGT-GGTCT--TG-----GTCTGGGTATGT-C--TTG-A-TTGCGATCTAGA--AAATCATTCC-TCG--GAA-TTG-AGTCTAGCCAAA-TT-GTCA--AATGA-GAAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-AT---CC-AAAGT-AT-T------------------------CAAA-AACCTG-T-AAACT--CTTATTT-GCTAAATC-ACTTTGGTATCTCGTAGACATAATGAC-TT-CAAA-GACAGGCTTATAGATGTT-GCAGGGTAA-TT-TTTATCTTGA-AGTTAATAAGTCTTTTC-GCATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TCTGATGC-ATCG-AAAA-TAAGT-AATGAAT-C-A---------------TATT--TAACTT-A-TT-AT-CAA-TATA--GATATGCAT-A--ATAC--TTGA-----------ACG------------T-ATACATTT-CAC--A-AAAGAATTT-TTC--ACTT-TTAACTGAG-TGTTGTTAACTTTA-T-tgtaata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCAGTGCGAAAGAGGTGTATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTGTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGTACTTATGTAGTTCCGTTCTTCTGGTTCCAATTTGATATTTAGATAGTGAATAAAACTTTAGTGTGCCTATTCAGGTTACATCCACGGTATTCATAATGCAATGACATTCGATCCGACCTGATCTCCCATCCTACATTATTTGTACAGGACATTAAAATGCACACATTCCCATCC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAATGAGTGAAAAGATCAGGTAATATGTATTGCTCCGATCTCCGGGTTCCAAAATTTGATATTTGTTGATAGTATATAAACATGTTAGTCTGCCATATCTCAGGTTACATGC
Unaligned ( gi|24 ): AGTGCGAAAGATGTGTATTTGTTGAAACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGAACAAAGAGTGAAAGACAGGG
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TATTTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 111 1111111111 2222222222 1111111 11 1 111111 1111111 33333333333333333333333333 11 1111 1111111111111 333333333333333 11111111111 111111111111 1111111
lowQualScore : 5 4 111111 777 777 4 111111 33333 55 4 66 3 000 3 333 3 3 2 33 888888 66 33 2222222222 2 2 2 2 2 2 2 2 66 7777777777 444444 2 2 2222222 33 33 2 2 33 00 2 6666 1 2 2 4 6666 66 4 000000 2 5 5 8888 2 2 2 44 2 8 2 2 888 5 5555555 2 66 8 5 33333333333333333333333333 5 2 2 33 2 2 33 2 555 66 2 2 22 33 8 2 2 777 8 2 2 3333 2 2 4444444444444 2 2 8888 5 2 2 333 5 5 555555555555555 33 2 2 5 2 2 2 55 2 2 33 11111111111 222222222222 2 2 55 2 444 2 33 2 33 4 7 2 2 555 2 2 5 3 3 9999999 3 555 3 55
lowQualScore : . . ...... ... ... . ...... ..... .. . .. . ... . ... . . . .. ...... .. .. .......... . . . . . . . . .. .......... ...... . . ....... .. .. . . .. .. . .... . . . . .... .. . ...... . . . .... . . . .. . . . . ... . ....... . .. . . .......................... . . . .. . . .. . ... .. . . .. .. . . . ... . . . .... . . ............. . . .... . . . ... . . ............... .. . . . . . . .. . . .. ........... ............ . . .. . ... . .. . .. . . . . ... . . . . . ....... . ... . ..
lowQualScore : 0 4 555555 000 000 0 555555 22222 55 0 00 6 000 3 777 3 1 9 99 222222 88 99 5555555555 9 9 9 9 9 9 9 9 88 0000000000 888888 9 9 1111111 99 99 9 9 99 77 9 2222 4 9 9 9 1111 88 9 999999 9 7 7 9999 9 9 9 22 9 6 7 7 333 0 3333333 5 99 6 7 44444444444444444444444444 7 9 7 77 7 7 77 7 555 33 7 7 77 77 0 7 7 000 0 7 7 7777 7 7 7777777777777 7 7 3333 3 9 9 777 0 7 777777777777777 99 9 9 7 7 7 5 99 4 4 22 22222222222 111111111111 4 4 66 4 111 4 22 4 22 7 1 5 6 222 9 9 7 6 6 2222222 3 888 3 00
consensus : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
Reference ( family-3569 ) : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|1 : AATACC-CTGAAGAATAATTTGA-TTCA-------TGGTAAATGAAACTAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATC-GG-T-A-A-CTATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTGCTGTG-TGCAT-AAT-GAG-GGGT----ACCTATAC-----------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGGTT-G-T-T--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----AC-AAAACATTCCCT----GAA-TTG-A----AGCCA-T-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCAAT-CTT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATCT------------------------CAAA-C-CCTGGTAAAACT--TT-ATTT-GC-A--TC-ACTTT-GTATT--GTA--CACCA-GAC-TT-C-A--GACAGGC--A-AGA-GTTGGCAGG-TAA-TTCTTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCA-TC-AT-GCAAAA-T--GT-AATGAATAC-A---------------TATTTCTAAC-T-T-TA-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-ATGTTAC--TTGA-----------ACA------------T-A--CACTTTCAT--ACACAGA---TGTTTTAATTT-T--ACTGAG-TGCTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACAGTGTT-GAAAGAGTAAGCTGTCA-TTTTCATCTT------GAA-T---TTATGTTTTGTTAAATCC--AACAATA
gi|10 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattg-TAACCA--TC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|11 : -ATC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|12 : aaccCAA-T-GTCA---CCT-TTTTATTT-GAT-ATA--CC-TAAGT--T-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTTTGCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CA-GTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAAAA--GTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAATT---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|13 : A-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TTTATATTTGAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTAT---GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAG--TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TGC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAACA-AGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATaa
gi|14 : GGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA--T-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG-----TC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CATAATTATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGT--ATAAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTA---TTGA-----------ACA------------T-AT-CATTTCCAT--A-CAAGA-----TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TGAATTTA-TAGAATGA-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCGTTTTCATCTGGAA-TTTATTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|16 : AATACC-CTGATAAATA-TTTTAATTTA------ATGGTAAATGA---TAG---GAC-AA------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATA
gi|17 : atcaggttgtgcataataagtgtcacttttgtcttcattgAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-G-TT-TGA-TG---AT---G-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAggagtttc
gi|17 : tTT-CAA-TG---GTA------A-A-TGAT---ATG--ACA------GG--TG--TTTA---------------TTG-TTTG----AT-GAT-G-------T--AA--TAATCA-AT--C-TCAGG-GA-TTTA------C--AAT--TGTGT-G-TCA--T---AATGAG-GGAT-TAA-C--TTG-A-T-GCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-cttgatgctataaaaacattcctgaatgaagccaattta
gi|19 : taataccctgatgaatatttgaaT-TT-------GAT-ATA--CCCTCCGT-AC-TTCC---------------------CCAC-C-CCTGGT-A--CC--CT-CTTT-GCTC--TC--CCTTGGTCTT---TC--CAC-ATGCC-TT-CCAC-GCCAGGC--ACAGC-GTT-GCGGT-CTT-TT-TTTATCTTTACAGTGTCTACG----TTC-G-CTGTTA-------------G-CTCCGG-CA----TATCATTC-
gi|2 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAATTGA----AT---AAC-AGTCAGGTGC--T--GTTA--TT-GTTTCTG---G---ATA-GGATGA-A-TAATCC-ATTATTCATATAAAGGTCGAGTTTTA----------CGA-ATT--TG-G-T-CATTAAT-AGA-GGATTTAGAATTATAAA-CTTCA-T-AAT-AG-TTTTTAGTATC--ACT--GGTGTTG-TCTCTTG--AAGGTG-GGGTATAT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCAAAT-TT-A-CA--AA-A--GCAA-T-ATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGTTAT-T------------------------CAAAAC-CCTGAT-CAACT--CT-ATTT-GATA--TC-ACTTTGGTGTT--GTAA-CATCATGAC-TT-CAA--GACAGGC----AGA-GTT-GCAGGTTAA-TT-TTTGTCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGCTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--T-AC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCATA-A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAAATTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-----TTATG-TTTGTT-AATCA--TACAATAct
gi|20 : AGTA-ATAAATATGCAT-AT-TTAC--TT-A-----------AC-------------T-AT-CAT--CCATCCA-AAA-------TTT--ATT-----ACTGAG-TC-TG-TAACTTTA-----AT-A-G-AAA--TTAACA-CCGT-GAAAGAG-AAAC-ATCA-TTT-------CATCTGAAA-T---TTATG-TTa
gi|21 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT---------------------------G-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgtaaacaaccaaataa
gi|22 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--A------------------------TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgcatacggagtcctatttgt
gi|23 : T-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TCAC--TTGATAATCATAAGTATGATAAGGATAAGCT-AT-TATTGCCAT--A-CACGA---T-TTT--ATTC-T--ATTGAG-TG-Tgcatacggagtcctatt
gi|25 : TACAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-ATAGA---T-TTT--ATTT-------------------ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAA
gi|28 : AAAGAGCAAGCTATCA-T------TTTCATCTGAAA-T---TCATG-TTTGTTAAATCATGTACAATA
gi|29 : CATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATTA--TACAAT
gi|3 : AATACC-CTGATGAATA-TT-GAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTT---GA-TGT--ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAATGGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGTTC--TTG-A-TTGCTAT----ATAAAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TTTA-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TTTCAA--GACAGAC--AGAGA-GTT-GCAGG-TAATTT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AAT-TGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TGTTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCATTTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|4 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTA-T--ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAA-TT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-G-AT-A-A-AGAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|5 : AGTG-TTGGAATTCATAGAATATGGTAAACAT---CAT---GAC--G------GTACT--GCTA--TTTGATA-TGA-TGCAAATA-AG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-AATG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATGAA-AT--A-T-AGT-AGAGTT-------C--ACT--GGTGT-G-CTC--TG--AAGGTG-GGGTATGT-T--TTG------CTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAA--C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-G-TA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATA-G----TTC-G-AT-TTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-ATTCAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------TTAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--A-TT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTATT-GAAT-G-A-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|6 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTACATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--T--A--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATT--TGTG-T-CAT-AAT-GAG-G-ATT--AAACTATA------------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----ATCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--C--TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTT--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GT---------AA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTTCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-ATA-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGCGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TGCAATAata
gi|7 : tAGTACCGCTGATGAATA-TTTGACTTCA------ATG--AAATAG---TATATCGACGAG------GT--TGATTTA--TT-GCTT-TGAGCG---ATACGG-T-A-AATAATCA--TC--TCA------GGT-GA--TTTA----------C-AGATCT-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGG----AGATTACAGACGT--ACT-AGTCAG-TTT-------TCAACT--GGTGT-G-TCT--TGG-AAGGTG-TAGTATGT-TCGTTGGA-TT-CTAT----A--CAAGC-TTCC-TCCTTGAA-T-GCAC---AGCCAATATT-A-AA--AA-AA-GCAACT-GTCAAGCCTT-TT-------GATGACA--CCATAAGTGAT-T------------------------CAAAAC-CCTGGT-TAACTGCTT-ATTT-GCTA--TC--CTTTGGTATT--GCA--CACCAGGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT--TA-G-TAA-AT-TATAT-TTTA-A-TTAATAGGT---TTC-G-ATGTTATTGTTCAGCAATGG-ATAAGGCCAT---TATCATTC-AT-G-AAAATT-AGT-AATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-AT-AATGTGCATCAT-TTACAGTTGA-----------A-G------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAGAA---T-CTT--GTTTAT--GCTGAG-TG-T--T-ACTTGA-T-GA
gi|8 : taTA-GG---A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTGGT-CAT-----GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-C-TCT--TG--AAGGTG-GGGTAGAT-C--TTG-AATGGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAAAT-GGA----AGCCAAT-TT-A-CATAAA-AACGCAA-TTATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CCCTAAGT-AT-TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCTCAAA-C-CTTAGT-AA-CT--CT-ATTT-GCCA--TCCACTTTGGTATT--GTA--CACCATGACGTT-CAA--GACAGGC--A-AGG---T-GCAGG-TAA-TT-TTTACCTTTA--GTTAATAAG----TTCTG-ATGTTA-------------GTATAAGG-CA-----ATCATTC-AT-G-AAA--T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-TCA-TTTAT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACA--------------AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAAC-TTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACA-TGTTGGAAAGATCAAGC-ATCA--------TTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TA
gi|9 : CA------ATGGTAATTGA---TAC---GAC-AG------GC--TG-TTTAATTT-GTTT--GC-TG---ATA-GG-T-ATA-TAATCAGATC--TCA------GG--GA--TTTAACAGCTGTAAC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AATTGAG-GGATTT-AAACTG-A-A-AT--G---AGT-AG-TTT-------C--ACTCAGGTGT-GGTCT--TG-----GTCTGGGTATGT-C--TTG-A-TTGCGATCTAGA--AAATCATTCC-TCG--GAA-TTG-AGTCTAGCCAAA-TT-GTCA--AATGA-GAAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-AT---CC-AAAGT-AT-T------------------------CAAA-AACCTG-T-AAACT--CTTATTT-GCTAAATC-ACTTTGGTATCTCGTAGACATAATGAC-TT-CAAA-GACAGGCTTATAGATGTT-GCAGGGTAA-TT-TTTATCTTGA-AGTTAATAAGTCTTTTC-GCATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TCTGATGC-ATCG-AAAA-TAAGT-AATGAAT-C-A---------------TATT--TAACTT-A-TT-AT-CAA-TATA--GATATGCAT-A--ATAC--TTGA-----------ACG------------T-ATACATTT-CAC--A-AAAGAATTT-TTC--ACTT-TTAACTGAG-TGTTGTTAACTTTA-T-tgtaata
blockSeqs : G . TAGAAT . ATC G TCAGGT ACT AT T CT G CAA C ATG T A G AT TATAAA TC GT ACAGCTGTAA G G . G . T T T TA ATTACAGACG TCAT C A TTAGTAT CA CA T G CT GA T TCG T G A T CTAG TA A TCCTT A T C GTCT A T T TA T C C T AGC G TATATTT G AG C T TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCT A A . GC T T AA C CTC GA G T AG TT C T . GGT T . C TCTT T C TTGTTCAGCAATG T C TAAT G C . TT A G GTGCATATACGTGCA . T C G T T T TA C . AG TAATCATAAGT ATAAGGATAAGC T A CC . ATT . . A TA T T T A TA G T A . G TCATTTT T TTA . TG
blockSeqs : . . . . . . . TGA . . T . T . T . . . . . T . . . . . . . . . . T ATTATAAAC CTC . . A . . . . . GA . TC T . . T . . A TCG . . G C . . . . . C . . . G TTATTT . AG A G TTCC A . . . . . . . T A . . AG . G . . GGG T . . T . . . . . T G . . TA A G GTGCATATACGTGCA . . . G . . . T . . . . . . . A . . . . . . T T . A TT . . . . . TCATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TG . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTATACAA ACT . . . . . . . . G . A T . . T . . A T . . . . . . . . . C . . . . . . . C . T . . . . . . . . T . . . C . T . . GG T . . T . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . TCATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTATACAA AT . . . . . . . . . . A T . . T . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . A . . . . GG . . . T . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . TCATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTATGAAA AT . . . . . . . . . . C T . . T . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . TCATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATCAA AT . . . . . . . . . . C T . . T . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . TCAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTGAAA AT . . . . . . . . . . C T . . T . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . TCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTATA AT . . . . . . . . . . T T . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT . . . . . . . . . . C T . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** T* ACTATACAA* AT**** ** T***** *** T************************* ** ** TCATTT*
originalCons : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
finalCons : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTTT-GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACAA-TAT----AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCCT-----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATT-------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCATTT-TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCAGTGCGAAAGAGGTGTATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTGTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGTACTTATGTAGTTCCGTTCTTCTGGTTCCAATTTGATATTTAGATAGTGAATAAAACTTTAGTGTGCCTATTCAGGTTACATCCACGGTATTCATAATGCAATGACATTCGATCCGACCTGATCTCCCATCCTACATTATTTGTACAGGACATTAAAATGCACACATTCCCATCC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAATGAGTGAAAAGATCAGGTAATATGTATTGCTCCGATCTCCGGGTTCCAAAATTTGATATTTGTTGATAGTATATAAACATGTTAGTCTGCCATATCTCAGGTTACATGC
Unaligned ( gi|24 ): AGTGCGAAAGATGTGTATTTGTTGAAACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGAACAAAGAGTGAAAGACAGGG
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TATTTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 111 1111111111 2222222222 1111111 11 1 111111 1111111 33333333333333333333333333 11 1111 1111111111111 333333333333333 11111111111 111111111111 1111111
lowQualScore : 5 4 111111 777 777 4 111111 33333 55 4 66 3 000 3 333 3 3 2 33 888888 66 33 2222222222 2 2 2 2 2 2 2 2 66 7777777777 444444 2 2 2222222 33 33 2 2 33 00 2 6666 1 2 2 4 6666 66 4 000000 2 5 5 8888 2 2 2 44 2 8 2 2 888 5 5555555 2 66 8 5 33333333333333333333333333 5 2 2 33 2 2 33 2 555 66 2 2 22 33 8 2 2 777 8 2 2 3333 2 2 4444444444444 2 2 8888 5 2 2 333 5 5 555555555555555 33 2 2 5 2 2 2 55 2 2 33 11111111111 222222222222 2 2 55 2 444 2 33 2 33 4 7 2 2 555 2 2 5 3 3 9999999 3 555 3 55
lowQualScore : . . ...... ... ... . ...... ..... .. . .. . ... . ... . . . .. ...... .. .. .......... . . . . . . . . .. .......... ...... . . ....... .. .. . . .. .. . .... . . . . .... .. . ...... . . . .... . . . .. . . . . ... . ....... . .. . . .......................... . . . .. . . .. . ... .. . . .. .. . . . ... . . . .... . . ............. . . .... . . . ... . . ............... .. . . . . . . .. . . .. ........... ............ . . .. . ... . .. . .. . . . . ... . . . . . ....... . ... . ..
lowQualScore : 0 4 555555 000 000 0 555555 22222 55 0 00 6 000 3 777 3 1 9 99 222222 88 99 5555555555 9 9 9 9 9 9 9 9 88 0000000000 888888 9 9 1111111 99 99 9 9 99 77 9 2222 4 9 9 9 1111 88 9 999999 9 7 7 9999 9 9 9 22 9 6 7 7 333 0 3333333 5 99 6 7 44444444444444444444444444 7 9 7 77 7 7 77 7 555 33 7 7 77 77 0 7 7 000 0 7 7 7777 7 7 7777777777777 7 7 3333 3 9 9 777 0 7 777777777777777 99 9 9 7 7 7 5 99 4 4 22 22222222222 111111111111 4 4 66 4 111 4 22 4 22 7 1 5 6 222 9 9 7 6 6 2222222 3 888 3 00
consensus : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
Reference ( family-3569 ) : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|1 : AATACC-CTGAAGAATAATTTGA-TTCA-------TGGTAAATGAAACTAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATC-GG-T-A-A-CTATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTGCTGTG-TGCAT-AAT-GAG-GGGT----ACCTATAC-----------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGGTT-G-T-T--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----AC-AAAACATTCCCT----GAA-TTG-A----AGCCA-T-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCAAT-CTT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-ATCT------------------------CAAA-C-CCTGGTAAAACT--TT-ATTT-GC-A--TC-ACTTT-GTATT--GTA--CACCA-GAC-TT-C-A--GACAGGC--A-AGA-GTTGGCAGG-TAA-TTCTTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCA-TC-AT-GCAAAA-T--GT-AATGAATAC-A---------------TATTTCTAAC-T-T-TA-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-ATGTTAC--TTGA-----------ACA------------T-A--CACTTTCAT--ACACAGA---TGTTTTAATTT-T--ACTGAG-TGCTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACAGTGTT-GAAAGAGTAAGCTGTCA-TTTTCATCTT------GAA-T---TTATGTTTTGTTAAATCC--AACAATA
gi|10 : cagcgcttaaagagtgtaattgttgacaatcaaaatgcaaaatgtacaattttgttggacaaagagtgaagcaggtaatatgtagttccgtctttcttgtttcaatttgatatttgtgatagttataaacattgtggtgcctttcagggttatatgctggtgtattataattccatgacatctcaatcgcctgatctcccactttacagctttgacaagacattaaaatgcacacatttcatcccgaaagaagtggcgtttgtgagatctaacaatatcagttgtgtgtaataagtcgtcatttgggttggattcatcggctgtcattg-TAACCA--TC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|11 : -ATC--TCA------GG---A--TTTA----------C-A-ATTG--GT--T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-T---------C--AC---GGTGT-G-TCT--TGGAAAGGTG-GGGTATGT-A--T-G-A-G-GCTAT----A--AAA-CATTCC------GAA-G-G-A----AGCCAAT-TT-A-CC--AA-AACGCAA-T--TCA---CCTGTT-------GAT-ATAAGCC-TAAGT-AT--------------------------CAAA-C-CATGGT-AAAA---CT-ATT--GCTA--TC-ACTTTGGTATT--G-A--CACCAT-AC-TT-CAAAGGACAGGC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAATTT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAGT---TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTCGAT-G-AAAA---AGTAAATGAATACGA---------------TATT--TAAC-T-AGTT-AT-CAAGGA-A--AATATGCAT-A--TTAC--TTGA-----------ATG------------T-AT-C-------------AAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAGTTG-TG-TAAATTTA---GAAT-A-G-AA
gi|12 : aaccCAA-T-GTCA---CCT-TTTTATTT-GAT-ATA--CC-TAAGT--T-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTTTGCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CA-GTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAAAA--GTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAATT---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|13 : A-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TTTATATTTGAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTAT---GTA--CACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAG--TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TGC-G-ATGTTA-------------T-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-AGTGCATATACGTGCATATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGTAC-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAA-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATGTAACA-AGTT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATaa
gi|14 : GGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA--T-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG-----TC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CATAATTATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGT--ATAAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTA---TTGA-----------ACA------------T-AT-CATTTCCAT--A-CAAGA-----TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TGAATTTA-TAGAATGA-G-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCGTTTTCATCTGGAA-TTTATTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|16 : AATACC-CTGATAAATA-TTTTAATTTA------ATGGTAAATGA---TAG---GAC-AA------GT--G--TTTA--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAACTATA
gi|17 : atcaggttgtgcataataagtgtcacttttgtcttcattgAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--G--TTTA--TT-G-TT-TGA-TG---AT---G-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGATT--AAggagtttc
gi|17 : tTT-CAA-TG---GTA------A-A-TGAT---ATG--ACA------GG--TG--TTTA---------------TTG-TTTG----AT-GAT-G-------T--AA--TAATCA-AT--C-TCAGG-GA-TTTA------C--AAT--TGTGT-G-TCA--T---AATGAG-GGAT-TAA-C--TTG-A-T-GCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-cttgatgctataaaaacattcctgaatgaagccaattta
gi|19 : taataccctgatgaatatttgaaT-TT-------GAT-ATA--CCCTCCGT-AC-TTCC---------------------CCAC-C-CCTGGT-A--CC--CT-CTTT-GCTC--TC--CCTTGGTCTT---TC--CAC-ATGCC-TT-CCAC-GCCAGGC--ACAGC-GTT-GCGGT-CTT-TT-TTTATCTTTACAGTGTCTACG----TTC-G-CTGTTA-------------G-CTCCGG-CA----TATCATTC-
gi|2 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAATTGA----AT---AAC-AGTCAGGTGC--T--GTTA--TT-GTTTCTG---G---ATA-GGATGA-A-TAATCC-ATTATTCATATAAAGGTCGAGTTTTA----------CGA-ATT--TG-G-T-CATTAAT-AGA-GGATTTAGAATTATAAA-CTTCA-T-AAT-AG-TTTTTAGTATC--ACT--GGTGTTG-TCTCTTG--AAGGTG-GGGTATAT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCAAAT-TT-A-CA--AA-A--GCAA-T-ATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGTTAT-T------------------------CAAAAC-CCTGAT-CAACT--CT-ATTT-GATA--TC-ACTTTGGTGTT--GTAA-CATCATGAC-TT-CAA--GACAGGC----AGA-GTT-GCAGGTTAA-TT-TTTGTCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGCTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--T-AC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCATA-A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-T-ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAAATTAACA-TGTT-GAAAGAGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-----TTATG-TTTGTT-AATCA--TACAATAct
gi|20 : AGTA-ATAAATATGCAT-AT-TTAC--TT-A-----------AC-------------T-AT-CAT--CCATCCA-AAA-------TTT--ATT-----ACTGAG-TC-TG-TAACTTTA-----AT-A-G-AAA--TTAACA-CCGT-GAAAGAG-AAAC-ATCA-TTT-------CATCTGAAA-T---TTATG-TTa
gi|21 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT---------------------------G-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgtaaacaaccaaataa
gi|22 : T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--A------------------------TTGCTAT----A--AAA-CATTCA-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-CA-GCAA-T-GT-A-----T-TA-------GGT-ATA--Cgcatacggagtcctatttgt
gi|23 : T-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TCAC--TTGATAATCATAAGTATGATAAGGATAAGCT-AT-TATTGCCAT--A-CACGA---T-TTT--ATTC-T--ATTGAG-TG-Tgcatacggagtcctatt
gi|25 : TACAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-ATAGA---T-TTT--ATTT-------------------ACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAA
gi|28 : AAAGAGCAAGCTATCA-T------TTTCATCTGAAA-T---TCATG-TTTGTTAAATCATGTACAATA
gi|29 : CATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATTA--TACAAT
gi|3 : AATACC-CTGATGAATA-TT-GAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTT---GA-TGT--ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAATGGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGTTC--TTG-A-TTGCTAT----ATAAAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TTTA-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TTTCAA--GACAGAC--AGAGA-GTT-GCAGG-TAATTT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AAT-TGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TGTTG-TAACTTTA-T-GAAT-A-G-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCATTTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|4 : tAATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTAAATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--TTTA--TT-GTTT-TGA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATACA-AT--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTCGGTA-T--ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCA-G-TAA-TT-TTTATCTTTA-A-TTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-G-AT-A-A-AGAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAATA
gi|5 : AGTG-TTGGAATTCATAGAATATGGTAAACAT---CAT---GAC--G------GTACT--GCTA--TTTGATA-TGA-TGCAAATA-AG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-AATG-TGTG-T-CAT-AAT-GAT-GGATT--AAACTATGAA-AT--A-T-AGT-AGAGTT-------C--ACT--GGTGT-G-CTC--TG--AAGGTG-GGGTATGT-T--TTG------CTAT----A--AAAACATTCC-T----GAA-T-G-A----AGCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CC-TAAGT-AT-T------------------------CAA--C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-G-TA--TC-ACTTCGGTAT---ATA--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGAC--A-AGA-GTT-GCAGG-TAA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATA-G----TTC-G-AT-TTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-ATTCAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------TTAT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--A-TT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTATT-GAAT-G-A-AAAATTTAACA-TGCT-GAAAGAGCAAGCTATCA-TTTTCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TACAA
gi|6 : AATACC-CTGATGAATA-TTTGAATTCA------ATGGTACATGA---TAT---GAC-AG------GT--T--T--A--TT-GTTT--GA-TG---ATA-GG-T-A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATT--TGTG-T-CAT-AAT-GAG-G-ATT--AAACTATA------------GT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-G-TCT--TG--AAGGTG-GGGTATGT-C--TTG-A-TTGCTAT----A--AAA-CATTCC-T----GAA-T-G-A----ATCCAAT-TT-A-CA--AA-AA-GCAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-ATA--C--TAAGT-AT-T------------------------CAAA-C-CCTGGT-AAACT--CT-ATTT-GCTA--TC-ACTTTGGTATT--GTT--TACCATGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GT---------AA-TT-TTTATCTTTA-AGTTAATAAG----TTC-G-ATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TATCATTC-AT-G-AAAA-T-AGTAAATGAATAC-A---------------GATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACG------------T-AT-CATTTTCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAACTTTA-T-GAAT-ATA-AAAATTTAACA-TGTT-GAAAGCGCAAGCTA-------TCATTTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TGCAATAata
gi|7 : tAGTACCGCTGATGAATA-TTTGACTTCA------ATG--AAATAG---TATATCGACGAG------GT--TGATTTA--TT-GCTT-TGAGCG---ATACGG-T-A-AATAATCA--TC--TCA------GGT-GA--TTTA----------C-AGATCT-TGTG-T-CAT-AAT-GAG-GGG----AGATTACAGACGT--ACT-AGTCAG-TTT-------TCAACT--GGTGT-G-TCT--TGG-AAGGTG-TAGTATGT-TCGTTGGA-TT-CTAT----A--CAAGC-TTCC-TCCTTGAA-T-GCAC---AGCCAATATT-A-AA--AA-AA-GCAACT-GTCAAGCCTT-TT-------GATGACA--CCATAAGTGAT-T------------------------CAAAAC-CCTGGT-TAACTGCTT-ATTT-GCTA--TC--CTTTGGTATT--GCA--CACCAGGAC-TT-CAA--GACAGGC--A-AGA-GTT--TA-G-TAA-AT-TATAT-TTTA-A-TTAATAGGT---TTC-G-ATGTTATTGTTCAGCAATGG-ATAAGGCCAT---TATCATTC-AT-G-AAAATT-AGT-AATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-T-A-TT-AT-CAAGTA-AT-AATGTGCATCAT-TTACAGTTGA-----------A-G------------T-AT-CATTTCCAT--A-AAGAA---T-CTT--GTTTAT--GCTGAG-TG-T--T-ACTTGA-T-GA
gi|8 : taTA-GG---A-A-TAATCA-ATC--TCA------GG--GA--TTTA----------C-A-ATTG-TGTGGT-CAT-----GAG-GGATT--AA------C---T--A-T-AGT-AG-TTT-------C--ACT--GGTGT-C-TCT--TG--AAGGTG-GGGTAGAT-C--TTG-AATGGCTAT----A--AAAACATTCC-T----GAAAT-GGA----AGCCAAT-TT-A-CATAAA-AACGCAA-TTATCA---CCT-TT-------GAT-ATA--CCCTAAGT-AT-TATTTTTTATAATTTTATTTTTTCTCAAA-C-CTTAGT-AA-CT--CT-ATTT-GCCA--TCCACTTTGGTATT--GTA--CACCATGACGTT-CAA--GACAGGC--A-AGG---T-GCAGG-TAA-TT-TTTACCTTTA--GTTAATAAG----TTCTG-ATGTTA-------------GTATAAGG-CA-----ATCATTC-AT-G-AAA--T-AGTAAATGAATAC-A---------------TATT--TAAC-TCA-TTTAT-CAAGTA-A--AATATGCAT-AT-TTAC--TTGA-----------ACA--------------AT-CATTTCCAT--A-AAAGA---T-TTT--ATTT-T--ACTGAG-TG-TG-TAAC-TTA-T-GAAT-A-GAAAAATTTAACA-TGTTGGAAAGATCAAGC-ATCA--------TTTCATCTGAAA-T---TTATG-TTTGTTAAATCA--TA
gi|9 : CA------ATGGTAATTGA---TAC---GAC-AG------GC--TG-TTTAATTT-GTTT--GC-TG---ATA-GG-T-ATA-TAATCAGATC--TCA------GG--GA--TTTAACAGCTGTAAC-A-ATTG-TGTG-T-CAT-AATTGAG-GGATTT-AAACTG-A-A-AT--G---AGT-AG-TTT-------C--ACTCAGGTGT-GGTCT--TG-----GTCTGGGTATGT-C--TTG-A-TTGCGATCTAGA--AAATCATTCC-TCG--GAA-TTG-AGTCTAGCCAAA-TT-GTCA--AATGA-GAAA-T-GTCA---CCT-TT-------GAT-AT---CC-AAAGT-AT-T------------------------CAAA-AACCTG-T-AAACT--CTTATTT-GCTAAATC-ACTTTGGTATCTCGTAGACATAATGAC-TT-CAAA-GACAGGCTTATAGATGTT-GCAGGGTAA-TT-TTTATCTTGA-AGTTAATAAGTCTTTTC-GCATGTTA-------------G-ATAAGG-CA----TCTGATGC-ATCG-AAAA-TAAGT-AATGAAT-C-A---------------TATT--TAACTT-A-TT-AT-CAA-TATA--GATATGCAT-A--ATAC--TTGA-----------ACG------------T-ATACATTT-CAC--A-AAAGAATTT-TTC--ACTT-TTAACTGAG-TGTTGTTAACTTTA-T-tgtaata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCAGTGCGAAAGAGGTGTATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTGTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGTACTTATGTAGTTCCGTTCTTCTGGTTCCAATTTGATATTTAGATAGTGAATAAAACTTTAGTGTGCCTATTCAGGTTACATCCACGGTATTCATAATGCAATGACATTCGATCCGACCTGATCTCCCATCCTACATTATTTGTACAGGACATTAAAATGCACACATTCCCATCC
Unaligned ( gi|18 ): ATTCTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAATGAGTGAAAAGATCAGGTAATATGTATTGCTCCGATCTCCGGGTTCCAAAATTTGATATTTGTTGATAGTATATAAACATGTTAGTCTGCCATATCTCAGGTTACATGC
Unaligned ( gi|24 ): AGTGCGAAAGATGTGTATTTGTTGAAACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGAACAAAGAGTGAAAGACAGGG
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGGACAAAGAGTGAAAGACAGGT
Unaligned ( gi|27 ): TATTTGTTGACACCAAAATGCAGCGTACATTTTGTGACAAAGAGTGAAAGACAGGT