lowQualScore : 1 1 1 1 1 1 4 11111 1 1 22222222 1111 222222 3333333333333333 1111 22222 11 22222222 11 33333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 22 2222222222222222222222222 1111111111111111 11 1111111 7777777777777777777777777777777777777777 11111111111111
lowQualScore : 5 6 3 7 2 2 7 7 3 3 0 2 77777 0 6 0 8 99999999 4444 666 3 2 222222 6 4444444444444444 9999 5 22222 66 88 1 1 33 777 66666666 0 1 77 1 5 77 5 33 5 77777777777777777777777777777 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 666 4 666 4 4 00 44 3 6666666666666666666666666 3 3 88888 3 3333333333333333 3 3 555 3 55 2 2 33 6666 888 888888 2 444 0 2222222 2 555 77 555 2 2 9999999999999999999999999999999999999999 2 2 3 33 99999999 2 55555555555555 22 22 88888 55
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ..... . . . . ........ .... ... . . ...... . ................ .... . ..... .. .. . . .. ... ........ . . .. . . .. . .. . ............................. . ............................................................. . . ... . ... . . .. .. . ......................... . . ..... . ................ . . ... . .. . . .. .... ... ...... . ... . ....... . ... .. ... . . ........................................ . . . .. ........ . .............. .. .. ..... ..
lowQualScore : 0 0 7 3 3 0 3 3 3 3 0 2 00000 0 0 0 0 00000000 8888 888 5 5 888888 7 7777777777777777 3333 7 11111 44 77 4 6 66 111 77777777 7 4 99 4 7 99 7 66 7 00000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 000 4 555 0 0 88 66 3 3333333333333333333333333 6 6 33333 1 7777777777777777 1 1 444 1 88 9 9 99 1111 999 222222 7 777 7 1111111 7 000 22 000 9 9 0000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 44 11111111 5 99999999999999 88 88 88888 33
consensus : CTGAACTTAGAATGTGNTCTCAATGCGATTTGATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCAAAATATAACAGTGAAAGGCTACAAC-TTTTAG-AAAGT-A--------TAT-A--A-A-AAATCAATTCAAAA-TTTTCTTTT-AT---A---ACACCC--GCTGAAAAA---C-TAAT-----GTGG-ATTC-TCAACAAT--GAAAA-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTTG-C--TTG-GAA--A-ATTTATTT--TT-----G--AAAACA--G----TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTAATT-----ATATATA-T------TGAAAGTA-CAGCTTG-C--TG--CTTGT-AAT-A-C-TAC-TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TA-TTATT-------TAT---T----TTAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T--CA---A---TAT-A-A---C-TTTGAATTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCA------ATGT-AT---ATGACAN------T-TTTG---TACCT-CA---TCCTG-A-ACTAATG----TT-TA-A--ATATAC-AT-TA----A---TA-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------ACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTT----AATAAA--GAATCTTGTATC
Reference ( gi|2 ) : CTTAACTTGGAATGTGCTCTCAATGCAATTTGATGGAAATTGAAGATGGACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTGGTTCAAAATATAACAGTAAAAGGTTCCAAC-TTCTAG-AAAGT-A--------TAT-A--A-A-AAATCAATTAAAAA-TTTTCTTTT-AT---A---ACAACT--TCTGAAAAA---C-TAAT-----GTGG-ATTC-TCAACAAT--GAAAA-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTTG-C--TTG-GAA--A-ATTTGAAT--TT-----G--AAA-CA--T----TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTAATT-----ATATATA-T------TGAAAGTA-CAGCTTG-CT-TG--CTTGT-AAT-A-C-TAC-TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTC-TT--TA-TTATT-------TAT---T----TTAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T--CA---A---TAT-A-A---C-TTAAAATTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCA------ATGT-AT---ATGACAC------T-TTTG---TACCC-CA---TCCTG-A-ACTCATG----TA-TA-A--ATATGC-ATGTA----A---TG-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------ACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTT----GATAAA--GAATCTTGTATC
gi|1 : CTGAATTTAGAATGTGATCTCAATGCGATTTGATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCAAAATATAACAATGAAAGGCTACAACCTTTTAGTAAAGT-A--------TAT-C--A-A-AATGCAATTCAACACTTTTCTTTTTAT---A---ACACCCGCTTTGAAAAATC-C-TAATTG---GTGGTATT--TCAACAATTTGAAAA-CAAA--G---A-A-TTTTGT--GCTTGGC--TTGCGAA--A-ATTTAAGTGTTT-----G--AAAACA--G----TAAAAG-AACAAAT-------AT-TTAA--------------------------AGTA-CAGCTT------G--CTTGT-AAT-A-T-TAC-TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TA-TTATT-------TAT---T----TTAAG--GTG-C-AT-----T-----------------------TAT-A-A---C-TTTAAATTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCA------ATGT-AT---ATGCCACCTTAGGC-TTTG---TACCT-CA---TCCTG-A-ACTAATGTTTTTA-AA-A--ATATAC-AT-TA----C---TA-T---------------------------------------TGCC------GGCCC--TTGATT--GGTT----AATAAA--GAATCTTG
gi|4 : aaccgtaacaaaaccacaacttgatcatatgctaaatattgaaaagggaagatacacaggacttccccAACTTAGAATGTGTTCTTAATGCAATTTGATAGAG-TTATA-ATGAACTTCATTT-TTTA-CCCTTTTG-TTCAAAATATAACAGTGAAAGGCTACAAC-TATTAG-AAAAT-A--------TAT-C--A-A-AA-TCAATTCAAAC-TTTTCTTTT-AT---A---ACACGT--GCTGAAAAAAAAC-TAAT-----GTGC-ATTT-TCAACAAT--GAAAA-CAAA--GTTCATAGTTTTGT--GCGTG-C--TTG-GAA--A-ATTTATTT--TT-----G--AAAACA--G----TAAAAG-AGCAAAT-------TT-TTATTTT----ATATATA-T------TGAAAAAAACAGCTT------G--CTTGT-AAT-A-T-TAC-TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCTTG-TT--TA-TTA
gi|3 : ctacgttacatttaaaaacaattttggaagagaacactatctcaccattgttaataactttgatcagaggaaaagcataactaaacttcgcatcttggcccatcatctaagtattgaatagggaagaaacacagttaatgGCTCTCAATCCAATT-GATGGAAATTGAAAATA-ACT-CATCTATTTAACTTTTTTG-TCCAAAAAATAACAGCGAAAAGTCACAAC-TTTTAG-AAAGT-AGGCCTATATAT-ATCA-A-AAATCAATTCAAAC-TTTTGCTTT-AT---A---ACACCT--GCTGGTAAA---C-TAAT-----GTGG-ATTC-TCAACAAT--GAAAA-AAAAAAG---A-AGTTTTGT--GCTTG-C--TTG-GAA--A-ATTTATTT--TT-----G--AAAACA--TGCAGTAAAAG-AACAAATTTATAATGT-TTGATT-----ATATACA-TATATACTGAAAGTA-CAGC--G----TG--CTTGT-AATTA-C-TAC-CATG---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TA-TTATT-------TATACAT----TTA-----TG----------TTATAT-GT---T--CA---A---TAT-A-A---C-TTTGAATTCCCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCA------ATGT-AT---ATGAGAG------T-TTTG---TATCT-TC---TCCTG-A-ACT-A-----------------ATGC-ATTTA----A---TT-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------TCAT----------GCCC--TTGATT--GGTT----AATAAA--GAATCTTGT
gi|6 : gCACAATGTCACTGTAAAA---TACTAC-TTTAAT-ATAGTTA--------TATCA--A-A-AAAT-AATTCAATA-CTACCT----------------GCC---CTGAAAAA---CCTTAT-----ATAT-ATTCCTCAACAAT--GAAAAACAAA--A---T-AGTTT-GTAGGCT-G-C--TTT-GAATAA-ATTTTTAT--TT-----GTGAAA-CA--A----TAAAAGGAAC---T-------ATATTGATA-----TTATATA-C------TGTAA-------TTTATCTATA--TTTAG-AAT-A-TGTATGTATAT--CATGTAAG--CATAATGT-TGCCG--TT--TA-T-ATT-------TAT---A----TC-------G-CTAT-----TTATATTGT---T--CA---A---TAT-ATA---C-T---AATT--CCCGTATC-T--T----TTGCGGTATCA------ATGT-AT---A-GACAG------T-TTTGATATACCT-GG---TCCTG-A-GCTAATG----TT-TA-A--AT-TAC-AATTA----AATTTA-TATAT-ATTT--AT--------A-T------------ATAT-CCTTC-GGGGCCC-----ATT--GGAT----GGTAA
gi|9 : T-A--------TAT-A--ATATAAATACATTA-----CTTTCTTTT-ATTTTA---AAACCT--GCTGAAAAA---C-TAAT-----GTGG-A-----------------------------------TTTGT--GCTTG-C--TTG-GAA--A-AGTTATTT--TT-----G--AAAACA--G----TAAAAG-AACAAAT-------GT-TGATTT-----ATATATA-TAT----TGAAAGTA-CAGCTTG-CT-TG------T-AAT-A-T-TAC-TATATA-CATATAAG-GCAAAATGA-TTCCTG-TT--TA-TTATT-------TAT-----------AT--GTT-C-A----------AT-GT---A--CA---A---TGT-A-A---C-TTTGAATTTTCCTGTA-C-A--T----TGGC---ATTA------ATGT-GT---A----------------TG---TACCT-CA---TCCTG-A-ACT-ATG----------------------------------G-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------ACATGCTTTCTGTGGCCC--TTGACT--GCTT----AATAAA--GAATCTTG
gi|7 : -A--A-G-AAATCAATTTTAAA-TTTTCTTTT-AT---ACAAACACCT--GCCGAAAA-----------------GG-TTTC-TCAATACT--GAAAG-CAAA--G---C-GGT-----------A-C------GAAC-A-ATTTATTT--TT-----G--AAAACA--G----TGAAAG-ATCAAAT-------GC-ATAATT-----ATATACAGT------TG----TA-TA-------T-TGAACTTGT-AAT-A-C-TAC-TATA---CATATAAT-ACATTATGT-AGCCTG-GT--TATTTATTTCCTGTGTGT---TTGCATTAAT--GTA-C-AT-----GTATAT-G----C--CA---GTTTTGT-A-ATTGT-TTAAAATATACTGGTG-T-A--T----CT
gi|5 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcCTGAAAAC---C-TAATAATTTGCGC-ATTC-TCA-CATTT-GAA---CAAA--GT--A-AGTTTTGT--GCTTG-CACTTG-GAA--ACATTT--AT--TTTTTGAA--AAA-CAACT----TAAACG-AA-AAGT-------GT-TCTTTT-----TCAGGTA-C------TGA---TA-TATTTAG-CA-TA--TTTAG-GAT-ATC-TAT-TATA---CATGTAAG-GCATA-TGTTGGCCTG-TT--TA-TTTTT-------TTC---T----TTAAT--GCG-C-AT-----TTATAT-GT---TCACA---A---T-T-A-A---CTTTGAATTTTTCCCGTA---ATTT----TTGCTT-ATCA------ATGT-AT----TG-CAA------TGTTTA---AATCC-TACTGTCCTG-AGGGTAATG----AATTA-ATTATATAC-A-ATT----A---TGCT-TGTCGTAT--AA--------A-A------------A-ATGCCTTCTGGGGCTC--TTGA-T--GGTTAACAGAAAAA--GAATCATGTATCaaaaatgccatctgggttccttaattggttaa
gi|12 : acaatattcactgtaaaatactactttaagatagtactcatcaaaatcacttccaatacatgT--TT-----GGAAAA-CA--G----TAAAAG-AACAAAT-------G----AAT----------------------GAAAGTA-CAGCTTG-CC-TG------T-AAC-A-C-TAC-TATA---CATATAAG-GCACAATGT-AACCTG-TT--TA-TTATT-------TAT---T----TTAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T--CA---A---TAT-A-A---C-TTTGCATTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTA------A--------------------------TG---TACCT-CA---TCCGG-A-ACTAATG----TT-TA-A--ATATAC----TA----A------------------AA--------ACA------------ACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTT----AATGAA--GGATCTTGTAttg
gi|11 : tT-------GT-TTAATTTTAATATATATA-T------TGAAAGCA--AGCTTG-C------CTTGTGAAT-A-C--AC-TATAAAACATCAAAGCGCATAA----ATCCTGATTGATA-TCATTG------TAT---TAT--TTAAGCGGTGGC-ATAGTAGTCATAT--------------A---TAT-A-A---C-TTTGAATTTTCCTGTG-CAA--T----TTAC---ATCA------A-GTAATCAAATGAAGT------T-TTTG---TTCCT-TA---T-CTG-A-ACTAATG----TT-TATA--ATATA----GT---------TA-T-TGT-GTGT---A--------A-A------------GCATG-CTTTGGGGGCCC--TTGATTGGGGTA----AATAAAC-GAATCT
gi|13 : A---TATATAAG-ACATAATGT-AGCCTG-TT--TA-TTATT---------------------------G-C-AT-----TTGTAT-GT---T--CA---A---TAT-A-A---C-TTTGAATTTTCCTGTA-C-A--T----TTGT---ATTA------ATGT-AT---ATGACAC------T-CTTG---TACCT-CA---CCCTG-A-ACAAATG----TT-TA-A--ACATAC-ATGCACTATA---TA-T-TGT-GT-TAAAA--------A-A------------ACATGCCTTCTGCGGCCC--TTGATT--GGTG----AAT-------ATCTTGT
gi|14 : -TT--TA-TTATT-------TAT---T----T-AAG--GTG-C-AT-----TTACGA-GTAGGT--CA---A---TATGA-A---C-TTGAA-TTTTCCTGTG-T-A--TAACTTTGC---ATTA------ATGT-AT---ATGACAC------T-TTTG---TACCCTCA---TCCTGAA-ACTAATGTT--TA-TA-A--A----C-CGGTA----C---CA-T-TGT-GT-----A--------A-A------------ACATGCCTTCTTGGG-CC--TTGATT--GGTT----AATAAA--GAATCTTGTAT
gi|20 : tg-TT--TA-TTATT-------TAT---T----TTAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-G--------------------------------AATTTTCCCGTG-C-A--T----TTGC---ATCA------ATGT-AG---ATGACAG------T-TTT
gi|16 : -----TTATAT-GT---T--CA---T---TAC-A-A---G-ATTGAATTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATT-------ATGC-TT---ATAAAAG------T-TTTG---TACTT-TA---TCCTG-A-ACT----------------------------A----A---TA-T-TGT-GTGT--AA--------A-A--------------ATGCCTTCTGGGACCC--TGAATT--GGTT----AGTAAA--GAAT
gi|15 : tcttgtatatataaAT-GT---T--TATTAA---TAT-A-A---T-TTTGAATTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTA------ATGC-AT---ATGACAC------T-TTTG---TACCT-CA---TCCTG-A-GCTAAGG----TT-TA-A--ATACGC--------------TA-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------ACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--AGGT----AATAAA--GAATCTTGTAT
gi|7 : ttattatcttcTTTCCTGTG-T-G--T----TTGC---ATTAATGTACATGT-AT---ATGCCAG------T-TTTG---TA-----A---T------------TG----TT-TA-A--A------ATATA----C---TG-G-TGT-ATCT--AA--------A-A--------------ATGCCATCTGGGTTCC--TTAATT--GGTT----AA
gi|18 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcaagaaatcaattttaaattttcttttatacaaacacctgccgaaaaggtttctcaatactgaaagcaaagcggtacgaacaatttatttttgaaaacagtgaaagatcaaatgcataattatatacagttgtatattgaacttgtaatactactatacatataatacattatgtagcctggttattta---ATTA------ATGT-AT---ATGACAC------T-CTTG---TACCT-CA---CCCTG-A-ACTAATG----T--TA-A-------C-ATTTACT--A---TA-T-TGT-GTGT--AATTTAAAAAA-A------------ACATGCCTTCTGG--------TGA-------------ATAAA--GAATCTTGTA
gi|17 : tGT-AC---ATGAAAC------T-CTTG---TACCT-GA---TCCTA-A-ACTAATG----TT-TA-A--ATATACTATATA----T---TG-T--GT-GTGT--AA--------A-AAAAACCCCAAAAACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GATT----AAAAAA--GAATCTTGTA
gi|22 : --ATAT-T-ATATA----C---TA-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------ACATGCCTTCT--GGTCC----AAT------------AAAAA--GAATCTTGTAT
gi|19 : ----A---TA-T-TGT-GTGT--AA--------A-A------------A--TGTCTTTTTGGGCCC--TTAGTT--GGTT----GATAACTTGTATCTTGTATt
gi|24 : tATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTT----AATAAA--GAATCCTATgcttggcataa
gi|23 : ATGCCTCTCGGGGCCC--TTGATT--GGTA----AATAAA--T-ATCTTGTATC
gi|21 : caATGCCTTCCGGAGCCCAGTTGATC--GGTC----AATAGA--ATATCTTGTATCt
gi|25 : tgttgaaattatgtattC--TTGATT--GGTT----AATTAA--GAATCTTGAATCgtgtgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CTAAGCTACATCTGAAAATCTATGAATAGACAAACAATATCTCTCCTTGTGTAAATTTTGATTAGAGAAAAACATCCTCCTAAACTTAACGCCTTCTGCCATCAGCTACCACGGTAACGTACTGGACTAGGAAAGAATTGGTTTGTAATTTCTTCCTACAATTTAGATTAAGCTCTGAACGTAACTATGGTGGAGATGGAGATTCAAGTTTAACTTTATTTTACTGCTCTCACAAATTTATAGCGCAACGCAAAGATCATACAATAAAGTAATGGAAAATGCACAGTATTAAATCAGTTTCAACTTTTCTTTTATTGCCACCTGCTCAAAAACTA
Unaligned ( gi|10 ): GTATCAAATATCACAACTTCAAACTTTCCTTTTATAAACACTGACTGCTGAAGAAAACTAATATATTTAGTTGATAATGAAATACAAAGACTTTCGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCTTTCTTCGAAAATTTAATTTCTGAGAACAGTACCGAACAATTTATAATTAGATTTATTGATATGTGCAACATGGATTTGATCATTGTTATTGACATGAGACAAAGTCAACCCATTTATTTGTAATGTGCACCAATGTTTATGACAATTAAAAACTCTGAAAACTGGTCTGTATGTTTG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111 11111111111111111111 111 11 11111 111 22222222 11 11 1111111111111111111111111 11111111 3333333 111111111111111 111111111111 111111111 44444444444444 111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2 111111111 3 3 5 0 8 0 8 8 6 77 5 77 5 77777 5 2222 5 5 99999999999999999999 6666 777 4 4 111 777 777 4 11 777 55 55 4 77777 55 555 66 4 666 22222222 1 0 55 4 66 4 00 4 00 55 55 0 9999999 4 0 6666666666666666666666666 22222222 555 0 4444444 3 7 444 88 999 3 3 2 33 3 888888888888888 3 3 777777 0 444444444444 444 33 2 2 33 2 33 6666 888 2 444 0 9999999 2 444 2 444 2 2 2 000000000 0 11111111111111 2 2 2 2 888888888888888888888888 2 22 22 22 4444 55
lowQualScore : . . ......... . . . . . . . . . .. . .. . ..... . .... . . .................... .... ... . . ... ... ... . .. ... .. .. . ..... .. ... .. . ... ........ . . .. . .. . .. . .. .. .. . ....... . . ......................... ........ ... . ....... . . ... .. ... . . . .. . ............... . . ...... . ............ ... .. . . .. . .. .... ... . ... . ....... . ... . ... . . . ......... . .............. . . . . ........................ . .. .. .. .... ..
lowQualScore : 0 8 888888888 8 2 0 8 0 8 0 0 7 99 7 99 7 99999 7 1111 7 7 11111111111111111111 9999 999 0 0 000 000 000 4 00 000 55 55 0 22222 66 222 11 4 999 00000000 1 8 55 4 11 4 66 4 66 55 55 8 7777777 0 8 2222222222222222222222222 22222222 111 5 8888888 6 3 555 66 222 3 3 9 99 1 888888888888888 1 1 555555 1 222222222222 777 77 7 7 11 9 99 1111 333 5 444 1 9999999 5 777 7 777 7 7 7 999999999 6 11111111111111 2 2 2 9 444444444444444444444444 2 99 66 66 2222 00
consensus : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------TAT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTT-GC--TTG-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTGAA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
Reference ( family-3564 ) : CTGAACTTAGAATGTGNTCTCAATGCGATT----TG---ATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGC--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------TAT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-AATTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CCGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTT-GC--TTG-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTGAA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
gi|1 : CTGAATTTAGAATGTGATCTCAATGCGATT----TG---ATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AATG-AAAGGC--TACAACC----TTTTAGTAAAGT-A--------TAT-C--A-A--AATGCA--A-TTCAACACTTTTCTTTTTA-T---A---ACAC---CCGCTTTG---A--AAAATCC-TAATTG---GTGGTATT---TCAACAATTT-GAAA-A-CAAA--G---A-A-TTTTGT--GCTTGGC--TTGCGAA--A-ATTT--AAGTGTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------AT-TT------------------------------A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----T-----------------------T--ATA-ACTTTAAA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGCCACCTTAGGC-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTTTTAAA-A--ATATAC-AT----TA-C---TA-T---------------------------------------TGCC------GGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTG
gi|10 : aaccgtaacaaaaccacaacttgatcatatgctaaatattgaaaagggaagatacacaggacttcccc--------TAT-C--A-A--ATATCACAACTTCAA-ACTTTCC-TTTTA-TA--A---ACACTGACTGC--TG---AAGAAAA--C-TAAT-----AT---ATTTAGTTGATAA--T-GAAATA-CAAA--G-----ACTTTCGT--G
gi|10 : gGT--GCTT-TC--TTC-GAA--A-ATTTA-A--TTTCT--GAGAACA----G--T-ACCG-AAC-AAT-------TT-ATA-AT--T-----AGATTTA-T------TG-ATATGTGCAACATG----GATT-T-GATCA-T-TGT--TATT---GACATGAG-ACAAAGT-C-AACCCA-TT--TAT-------T---T--G--TAAT--GTG-C-A------CCA-AT-GT---TTATGACA---ATTAAAA-ACTCTGAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgctttcttcgaaaatttaatttctgagaacagtaccgaacaatttataattagatttattgatatgtgcaacatggatttgatcattgttattgacatgagacaaagtcaacccatttatttgtaatgtgcaccaatgtttatgacaattaaaaactctgaaaactggtctgtatgtttg
gi|11 : gtatcaaatatcacaacttcaaactttccttttataaacactgactgctgaagaaaactaatatatttagttgataatgaaatacaaagactttcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncT-------GT-TTA-AT--TTTAATATATATA-T------TG-A-AAGCA-AGCTTGC----CTTGTGAAT-A-C--AC--TATAAAACATCAAAGCGCATAA----ATCCTGATTGATATCATTGTAT---TATT--TAAGCGGTGGC-ATAGTAGTCATAT-----------------AT--ATA-ACTTTGAA-TTTTCCTGTG-CAA--T----TTAC---ATCAA-GTAATCAAATGAAG------TT-TTTG---TTCC-TTA---T-CTGA-A-CTAATG-TTT----ATA--ATATA--GT-----------TA-T-TGT-GTGT---------------A--------A-AGCATG-CTTTGGGGGCCC--TTGATTGGGGTAAAT----AAAC-GAATCTaactggtctgtatgtttg
gi|12 : --TTTTG--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------G----A-AT------------------------G-A-AAGTACAGCTTGC-C----TGT-AAC-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCACAATGT-AACCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTGCA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAA--------------------------TG---TACC-TCA---TCCGGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TA-A------------------------------AA--------ACAACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----GAA--GGATCTTGTA
gi|13 : A---TATATAAG-ACATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT---------------------G-C-AT-----TTGTAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTGAA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGT---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CAAATG-TTT----A-A--ACATAC-ATGCACTATA---TA-T-TGT-GT-TAA------------AA--------A-AACATGCCTTCTGCGGCCC--TTGATT--GGTGAAT-----------ATCTTGT
gi|14 : TG-TT--TATTATT-TAT---T--T---AAG--GTG-C-AT-----TTACGA-GTAGGT-----CA---AT--ATG-AACTTGAA-TTTTCCTGTG-T-A--TAACTTTGC---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACCCTCA---TCCTGA-AACTAATG-TTT----A-----TAAACCGG----TA-C---CA-T-TGT-GT-----------------A--------A-AACATGCCTTCTTGGGCC---TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|15 : AT-GT---T-----TATTAAT--ATA-ATTTTGAA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAATGC-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-G-CTAAGG-TTT----A-A--ATACGC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--AGGTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|16 : ttattatcttc-----TTATAT-GT---T-----CA---TT--ACA-AGATTGAA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATT-ATGC-TT---ATAAAA------GT-TTTG---TACT-TTA---TCCTGA-A-C-------------------------------TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-A--ATGCCTTCTGGGACCC--TGAATT--GGTTAGT----AAA--GAAT
gi|17 : tcttgtatatataaGT-AC---ATGAAA------CT-CTTG---TACC-TGA---TCCTAA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TATA---TA-T-TGT-GTGTGTAAAAAAAACCCCAA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GATTAAA----AAA--GAATCTTGTA
gi|18 : ---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CTAATG-TT-------A--ACATTT-AC----TA-----TA-T-TGT-GTGT--------------AATTTAAAAAA-AACATGCCTTCTGG------------T--G---AAT----AAA--GAATCTTGTA
gi|19 : t-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AA--TGTCTTTTTGGGCCC--TTAGTT--GGTTGAT----AACTTGTATCTTGTAT
gi|2 : tCTTAACTTGGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGGACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTGGTTCA-AAAT--AT-AAC--AGTA-AAAGGT--TCCAA-C----TTCTAG-AAAGT-A--------TAT-A--A-A--AAATCA--A-TTAAA-AATTTTC-TTTTA-T---A---ACAA---CTTC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTT-GC--TTG-GAA--A-ATTT--G--AATTT--GAAA-CA----T--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-TTGCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTC-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTAAAA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-CCA---TCCTGA-A-CTCATG-TAT----A-A--ATATGC-ATG---TA-A---TG-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTGAT----AAA--GAATCTTGTATCgcttggcataa
gi|20 : -TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-G-----------------------------AA-TTTTCCCGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AG---ATGACA------GT-TTT
gi|21 : T----TG-A---AA-T-TAT-GTAT----------------------------TATGCCTTCCGGAGCCCAGTTGATC--GGTCAAT----AGA--ATATCTTGTATC
gi|22 : tg--ATATAC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGG--TCC----AAT-------AA-----AAA--GAATCTTGTATgtgtgt
gi|23 : atattATGCCTCTCGGGGCCC--TTGATT--GGTAAAT----AAA--T-ATCTTGTATCt
gi|24 : caATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCCTATt
gi|25 : C--TTGATT--GGTTAAT----TAA--GAATCTTGAATC
gi|3 : gggGCTCTCAATCCAATT-----G---ATGGAAATTGAAAAT-AACT-CATCTATTTAACTTTTTTG-TCCA-AAAA--AT-AAC--AGCG-AAAAGT--CACAA-C----TTTTAG-AAAGT-AGGCCTATATAT-ATCA-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTG-CTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---G--TAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-AAAAAAG---A-AGTTTTGT--GCTT-GC--TTG-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACATGCAG--TAAAAG-AACAAATTTATAATGT-TTG-AT--T-----ATATACA-TATATACTG-A-AAGTACAGC--G--T-GCTTGT-AATTA-C-TAC--CATG---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TATACAT--T--TA-----TG----------TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTGAA-TTCCCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGAGA------GT-TTTG---TATC-TTC---TCCTGA-A-CTAATG-C-------------AT----T----TA-A---TT-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-ATCATGCC----------C--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTttgtatta
gi|4 : gTGAACTTAGAATGTGTTCTTAATGCAATT----TG---ATAGA-GTTATA-ATGAACTTCATTT-TTTA-CCCTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGC--TACAA-C----TATTAG-AAAAT-A--------TAT----C-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---GTGC--TGAAAA--AAAA--C-TAAT-----GTGC-ATTT--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--GTTCATAGTTTTGT--GCGT-GC--TTG-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AGCAAAT-------TT-TTATTT--T-----ATATATA-T------TGAA-AAAAACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCTTG-TT--TATTA
gi|5 : ctacgttacatttaaaaacaattttggaagagaacactatctcaccattgttaataactttgatcagaggaaaagcataactaaacttcgcatcttggcccatcatctaagtattgaatagggaagaaacacagttaaAAT--ATTCAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAG-ATAGT-A--------C--------------TCA-----TCAA-AAT---C-ACTTC-C---A---ATAC---ATGC--TG---A--AAAC--C-TAATAATTTGCGC-ATTC--TCA-CAT--TTGAA----CAAA--GT--A-AGTTTTGT--GCTT-GCACTTG-GAA--ACATTT--A--TTTTTTGAAAAACA----ACTTAAACG-AA-AAGT-------GT-TCT-TT--T-----TCAGGTA-C------TG-A----TATATTTAGCAT-ATTTAG-GAT-ATC-TAT--TATA---CATGTAAG-GCATA-TGTTGGCCTG-TT--TATTTTT-TTC---T--T--TAAT--GCG-C-AT-----TTATAT-GT---TCA---CA---AT---TA-ACTTTGAATTTTTCCCGTA---ATTT----TTGCTT-ATCAATGT-AT----TG-CA------ATGTTTA---AATC-CTACTGTCCTGAGG-GTAATGAATT----A-ATTATATAC-AA----TT-A---TGCT-TGTCGTAT--------------AA--------A-AA-ATGCCTTCTGGGGCTC--TTGA-T--GGTTAACAGAAAAA--GAATCATGTATC
gi|6 : acCA-CAAT--GT-CAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAT-ATAGTTA--------TATCA--A-A--AAAT-A--A-TTCAA---------------T---A---CTAC---CTGCCCTG---A--AAAA--CCTTAT-----ATAT-ATTCC-TCAACAA--T-GAAA-AACAAA--A---T-AGTTT-GTAGGCT--GC--TTT-GAATAA-ATTTTTA--TTTGT--GAAA-CA----A--TAAAAGGAAC---T-------ATATTG-AT--A-----TTATATA-C------TG-T-AATT-TATCT--A-T-ATTTAG-AAT-A-TGTATG-TATAT--CATGTAAG--CATAATGT-TGCC-G-TT--TAT-ATT-TAT---A--T--C-------G-CTAT-----TTATATTGT---T-----CA---AT--ATATACT---AA-TT--CCCGTATC-T--T----TTGCGGTATCAATGT-AT---A-GACA------GT-TTTGATATACC-TGG---TCCTGA-G-CTAATG-TTT----A-A--AT-TACAAT----TA-AATTTA-TATAT-ATTT--------------AT--------A-TATAT-CCTTC-GGGGCCC-----ATT--GGATGGT----AAttg
gi|7 : -A--A-G--AAATCA--A-TTTTA-AATTTTC-TTTTA-T---ACAAACAC---CTGC--CG---A--AAA----------------GG-TTTC--TCAATAC--T-GAAA-G-CAAA--G---C-GGT------------AC------GAAC-A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TGAAAG-ATCAAAT-------GC-ATA-AT--T-----ATATACAGT------TG------TATA--TTGA---ACTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAT-ACATTATGT-AGCCTG------GTTATT-TAT---T--TCCT-----GTG-T-GT-----TTGCAT----------------------TA-A--------------TGTA-C-A--T-----------------GT-AT---ATGCCA------GT-TTTG---TA-----A---T------------TG-TTTA---A-A--ATATAC--------------TG-G-TGT-ATCT--------------AA--------A-A--ATGCCATCTGGGTTCC--TTAATT--GGTTAA
gi|8 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcAATTTAGATTAAGCTCTGAACGTAACTATGGTGGAGATGGAGATTCAAGTTTAACTTTATTT-T--A-CTGCTCT----CACAAATTTAT-AGCGCAACGCAAAGATCATACAA-TAAAGTAATGG-AAAAT-G--------CAC-A--GTATTAAATCA--G-TTTCA-ACTTTTC-TTTTATT---G---CCAC---CTGC--TC---A--AAAA--C-TA
gi|9 : ctaagctacatctgaaaatctatgaatagacaaacaatatctctccttgtgtaaattttgattagagaaaaacatcctcctaaacttaacgccttctgccatcagctaccacggtaacgtactggactaggaaagaattggtttgtaatttcttcctac--------TAT-A--T-A--ATATAA--A-TACAT-TACTTTC-TTTTA-TTTTA---AAAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATT--------------------------------------TGT--GCTT-GC--TTG-GAA--A-AGTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TGA-TTTAT-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TACTATATA---CATATAAG-GCAAAATGA-TTCCTG-TT--TATTATT-TAT-----------AT--GTT-C-A----------AT-GT---A-----CA---AT--GTA-ACTTTGAA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TGGC---ATTAATGT-GT---A----------------TG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CT-ATG----------------------------------G-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCTTTCTGTGGCCC--TTGACT--GCTTAAT----AAA--GAATCTTG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111 1111111111111111111111 1111111 11 11111 111 22222222 444444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111111111111 11111111 3333333 111111111111111 111111111111 111111111 44444444444444 111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 3 3 5 0 8 0 8 8 6 77 5 77 5 66666 5 2222 5 5 7777777777777777777777 55 4 44 8 2 4 4 2222222 777 11 777 55 55 4 77777 55 555 66 4 666 22222222 1 0 66 888888888888888888888888888 66 11111 4 00 4 66 55 55 0 9999999 4 0 6666666666666666666666666 22222222 555 0 4444444 3 7 444 88 999 3 3 2 33 3 888888888888888 3 3 777777 0 444444444444 444 33 2 33 2 2 2 33 5555 888 2 444 0 9999999 2 444 2 444 2 2 2 000000000 0 11111111111111 2 2 2 2 888888888888888888888888 2 22 22 22 4444 55
lowQualScore : ......... . . . . . . . . . .. . .. . ..... . .... . . ...................... .. . .. . . . . ....... ... .. ... .. .. . ..... .. ... .. . ... ........ . . .. ........................... .. ..... . .. . .. .. .. . ....... . . ......................... ........ ... . ....... . . ... .. ... . . . .. . ............... . . ...... . ............ ... .. . .. . . . .. .... ... . ... . ....... . ... . ... . . . ......... . .............. . . . . ........................ . .. .. .. .... ..
lowQualScore : 888888888 8 2 0 8 0 8 0 0 7 99 7 99 7 00000 7 1111 7 0 7777777777777777777777 55 0 00 0 2 0 0 9999999 000 00 000 55 55 0 22222 66 222 11 4 999 00000000 1 8 11 000000000000000000000000000 11 11111 4 66 4 11 55 55 8 7777777 0 8 2222222222222222222222222 22222222 111 5 8888888 6 3 555 66 222 3 3 9 99 1 888888888888888 1 1 555555 1 222222222222 777 77 7 77 7 7 7 77 7777 333 5 444 1 9999999 5 777 7 777 7 7 7 999999999 6 11111111111111 2 2 2 9 444444444444444444444444 2 99 66 66 2222 00
consensus : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
Reference ( family-3564 ) : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
gi|1 : CTGAATTTAGAATGTGATCTCAATGCGATT----TG---ATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AATG-AAAGGC--TACAACC----TTTTAGTAAAGT-A--------T--AT-C--A-A--AATGCA--A-TTCAACACTTTTCTTTTTA-T---A---ACAC---CCGCTTTG---A--AAAATCC-TAATTG---GTGGTATT---TCAACAATTT-GAAA-A-CAAA--G---A-A-TTTTGT--GCT-------------------------TGGC--TT-----GCGAA--A-ATTT--AAGTGTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------AT-TT------------------------------A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----T-----------------------T--ATA-ACTTTA--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGCCACCTTAGGC-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTTTTAAA-A--ATATAC-AT----TA-C---TA-T---------------------------------------TGCC------GGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTG
gi|10 : aaccgtaacaaaaccacaacttgatcatatgctaaatattgaaaagggaagatacacaggacttcccc--------T--AT-C--A-A--ATATCACAACTTCAA-ACTTTCC-TTTTA-TA--A---ACACTGACTGC--TG---AAGAAAA--C-TAAT-----AT---ATTTAGTTGATAA--T-GAAATA-CAAA--G-----ACTTTCGT--GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGT-GC--TTTCTTCG-AAA--A-TTTA--A--TTTCT--GAGAACA----G--T-ACCG-AAC-AAT-------TT-ATA-AT--T-----AGATTTA-T------TG-ATATGTGCAACATG----GATT-T-GATCA-T-TGT--TATT---GACATGAG-ACAAAGT-C-AACCCA-TT--TAT-------T---T--G--TAAT--GTG-C-A------CCA-AT-GT---TTATGACA---ATTAAAA-ACTCTGAAAA-CTGGTCTGTA-T-G--T----TTG
gi|11 : gT-------GT-TTA-AT--TTTAATATATATA-T------TG-A-AAGCA-AGCTTGC----CTTGTGAAT-A-C--AC--TATAAAACATCAAAGCGCATAA----ATCCTGATTGATATCATTGTAT---TATT--TAAGCGGTGGC-ATAGTAGTCATAT-----------------AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTG-CAA--T----TTAC---ATCAA-GTAATCAAATGAAG------TT-TTTG---TTCC-TTA---T-CTGA-A-CTAATG-TTT----ATA--ATATA--GT-----------TA-T-TGT-GTGT---------------A--------A-AGCATG-CTTTGGGGGCCC--TTGATTGGGGTAAAT----AAAC-GAATCT
gi|12 : --TTTTG--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------G----A-AT------------------------G-A-AAGTACAGCTTGC-C----TGT-AAC-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCACAATGT-AACCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--CA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAA--------------------------TG---TACC-TCA---TCCGGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TA-A------------------------------AA--------ACAACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----GAA--GGATCTTGTA
gi|13 : A---TATATAAG-ACATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT---------------------G-C-AT-----TTGTAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGT---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CAAATG-TTT----A-A--ACATAC-ATGCACTATA---TA-T-TGT-GT-TAA------------AA--------A-AACATGCCTTCTGCGGCCC--TTGATT--GGTGAAT-----------ATCTTGT
gi|14 : TG-TT--TATTATT-TAT---T--T---AAG--GTG-C-AT-----TTACGA-GTAGGT-----CA---AT--ATG-AACTTG--AA-TTTTCCTGTG-T-A--TAACTTTGC---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACCCTCA---TCCTGA-AACTAATG-TTT----A-----TAAACCGG----TA-C---CA-T-TGT-GT-----------------A--------A-AACATGCCTTCTTGGGCC---TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|15 : AT-GT---T-----TATTAAT--ATA-ATTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAATGC-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-G-CTAAGG-TTT----A-A--ATACGC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--AGGTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|16 : ttattatcttc-----TTATAT-GT---T-----CA---TT--ACA-AGATTG--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATT-ATGC-TT---ATAAAA------GT-TTTG---TACT-TTA---TCCTGA-A-C-------------------------------TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-A--ATGCCTTCTGGGACCC--TGAATT--GGTTAGT----AAA--GAAT
gi|17 : tcttgtatatataaGT-AC---ATGAAA------CT-CTTG---TACC-TGA---TCCTAA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TATA---TA-T-TGT-GTGTGTAAAAAAAACCCCAA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GATTAAA----AAA--GAATCTTGTA
gi|18 : ---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CTAATG-TT-------A--ACATTT-AC----TA-----TA-T-TGT-GTGT--------------AATTTAAAAAA-AACATGCCTTCTGG------------T--G---AAT----AAA--GAATCTTGTA
gi|19 : t-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AA--TGTCTTTTTGGGCCC--TTAGTT--GGTTGAT----AACTTGTATCTTGTAT
gi|2 : tCTTAACTTGGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGGACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTGGTTCA-AAAT--AT-AAC--AGTA-AAAGGT--TCCAA-C----TTCTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTAAA-AATTTTC-TTTTA-T---A---ACAA---CTTC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--G--AATTT--GAAA-CA----T--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-TTGCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTC-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTAA--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-CCA---TCCTGA-A-CTCATG-TAT----A-A--ATATGC-ATG---TA-A---TG-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTGAT----AAA--GAATCTTGTATCgcttggcataa
gi|20 : -TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-G-------------------------------AA-TTTTCCCGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AG---ATGACA------GT-TTT
gi|21 : T----TG-A---AA-T-TAT-GTAT----------------------------TATGCCTTCCGGAGCCCAGTTGATC--GGTCAAT----AGA--ATATCTTGTATC
gi|22 : tg--ATATAC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGG--TCC----AAT-------AA-----AAA--GAATCTTGTATgtgtgt
gi|23 : atattATGCCTCTCGGGGCCC--TTGATT--GGTAAAT----AAA--T-ATCTTGTATCt
gi|24 : caATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCCTATt
gi|25 : C--TTGATT--GGTTAAT----TAA--GAATCTTGAATC
gi|3 : gggGCTCTCAATCCAATT-----G---ATGGAAATTGAAAAT-AACT-CATCTATTTAACTTTTTTG-TCCA-AAAA--AT-AAC--AGCG-AAAAGT--CACAA-C----TTTTAG-AAAGT-AGGCCTATAT--AT-ATCA-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTG-CTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---G--TAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-AAAAAAG---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACATGCAG--TAAAAG-AACAAATTTATAATGT-TTG-AT--T-----ATATACA-TATATACTG-A-AAGTACAGC--G--T-GCTTGT-AATTA-C-TAC--CATG---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TATACAT--T--TA-----TG----------TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTCCCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGAGA------GT-TTTG---TATC-TTC---TCCTGA-A-CTAATG-C-------------AT----T----TA-A---TT-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-ATCATGCC----------C--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTttgtatta
gi|4 : gTGAACTTAGAATGTGTTCTTAATGCAATT----TG---ATAGAG-TTATA-ATGAACTTCATTT-TTTA-CCCTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGC--TACAA-C----TATTAG-AAAAT-A--------T--AT----C-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---GTGC--TGAAAA--AAAA--C-TAAT-----GTGC-ATTT--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--GTTCATAGTTTTGT--GCG-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AGCAAAT-------TT-TTATTT--T-----ATATATA-T------TGAA-AAAAACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCTTG-TT--TATTA
gi|5 : ctacgttacatttaaaaacaattttggaagagaacactatctcaccattgttaataactttgatcagaggaaaagcataactaaacttcgcatcttggcccatcatctaagtattgaatagggaagaaacacagttaaAAT--ATTCAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAG-ATAGT-A--------CTCAT-C--A-A--AA-TCA--C-TTC-----------------C---A---ATAC---ATGC--TG---A--AAAC--C-TAATAATTTGCGC-ATTC--TCA-CAT--TTGAA----CAAA--GT--A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GCACTT-----G-GAA--ACATTT--A--TTTTTTGAAAAACA----ACTTAAACG-AA-AAGT-------GT-TCT-TT--T-----TCAGGTA-C------TG-A----TATATTTAGCAT-ATTTAG-GAT-ATC-TAT--TATA---CATGTAAG-GCATA-TGTTGGCCTG-TT--TATTTTT-TTC---T--T--TAAT--GCG-C-AT-----TTATAT-GT---TCA---CA---AT---TA-ACTTTG--AATTTTTCCCGTA---ATTT----TTGCTT-ATCAATGT-AT----TG-CA------ATGTTTA---AATC-CTACTGTCCTGAGG-GTAATGAATT----A-ATTATATAC-AA----TT-A---TGCT-TGTCGTAT--------------AA--------A-AA-ATGCCTTCTGGGGCTC--TTGA-T--GGTTAACAGAAAAA--GAATCATGTATC
gi|6 : acCA-CAAT--GT-CAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAT-ATAGTTA--------T--ATCA--A-A--AAAT-A--A-TTCAATACT---------------------AC---CTGCCCTG---A--AAAA--CCTTAT-----ATAT-ATTCC-TCAACAA--T-GAAA-AACAAA--A---T-AGTTT-GTAGGCT---------------------------GC--TT-----T-GAATAA-ATTTTTA--TTTGT--GAAA-CA----A--TAAAAGGAAC---T-------ATATTG-AT--A-----TTATATA-C------TG-T-AATT-TATCT--A-T-ATTTAG-AAT-A-TGTATG-TATAT--CATGTAAG--CATAATGT-TGCC-G-TT--TAT-ATT-TAT---A--T--C-------G-CTAT-----TTATATTGT---T-----CA---AT--ATATACT-----AA-TT--CCCGTATC-T--T----TTGCGGTATCAATGT-AT---A-GACA------GT-TTTGATATACC-TGG---TCCTGA-G-CTAATG-TTT----A-A--AT-TACAAT----TA-AATTTA-TATAT-ATTT--------------AT--------A-TATAT-CCTTC-GGGGCCC-----ATT--GGATGGT----AAttg
gi|7 : -A--A-G--AAATCA--A-TTTTA-AATTTTC-TTTTA-T---ACAAACAC---CTGC--CG---A--AAA----------------GG-TTTC--TCAATAC--T-GAAA-G-CAAA--G---C-GGT-------------------------------------AC-----------GAAC-A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TGAAAG-ATCAAAT-------GC-ATA-AT--T-----ATATACAGT------TG------TATA--TTGA---ACTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAT-ACATTATGT-AGCCTG------GTTATT-TAT---T--TCCT-----GTG-T-GT-----TTGCAT----------------------TA-A----------------TGTA-C--------------------ATGT-AT---ATGCCA------GT-TTTG---TA-----A---T------------TG-TTTA---A-A--ATATAC--------------TG-G-TGT-ATCT--------------AA--------A-A--ATGCCATCTGGGTTCC--TTAATT--GGTTAA
gi|8 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcAATTTAGATTAAGCTCTGAACGTAACTATGGTGGAGATGGAGATTCAAGTTTAACTTTATTT-T--A-CTGCTCT----CACAAATTTAT-AGCGCAACGCAAAGATCATACAA-TAAAGTAATGG-AAAAT-G--------C--AC-A--GTATTAAATCA--G-TTTCA-ACTTTTC-TTTTATT---G---CCAC---CTGC--TC---A--AAAA--C-TA
gi|9 : ctaagctacatctgaaaatctatgaatagacaaacaatatctctccttgtgtaaattttgattagagaaaaacatcctcctaaacttaacgccttctgccatcagctaccacggtaacgtactggactaggaaagaattggtttgtaatttcttcctacT-A--------T--AT-A--ATAT-AAATAC--A-TT----ACTTT-C-TTTTA-TTTTA---AAAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATT--------------------------------------TGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-AGTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TGA-TTTAT-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TACTATATA---CATATAAG-GCAAAATGA-TTCCTG-TT--TATTATT-TAT-----------AT--GTT-C-A----------AT-GT---A-----CA---AT--GTA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TGGC---ATTAATGT-GT---A----------------TG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CT-ATG----------------------------------G-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCTTTCTGTGGCCC--TTGACT--GCTTAAT----AAA--GAATCTTG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111 1111111111111111111111 1111111 11 11111 111 22222222 444444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111111111111 11111111 3333333 111111111111111 111111111111 111111111 44444444444444 111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 3 3 5 0 8 0 8 8 6 77 5 77 5 66666 5 2222 5 5 7777777777777777777777 55 4 44 8 2 4 4 2222222 777 11 777 55 55 4 77777 55 555 66 4 666 22222222 1 0 66 888888888888888888888888888 66 11111 4 00 4 66 55 55 0 9999999 4 0 6666666666666666666666666 22222222 555 0 4444444 3 7 444 88 999 3 3 2 33 3 888888888888888 3 3 777777 0 444444444444 444 33 2 33 2 2 2 33 5555 888 2 444 0 9999999 2 444 2 444 2 2 2 000000000 0 11111111111111 2 2 2 2 888888888888888888888888 2 22 22 22 4444 55
lowQualScore : ......... . . . . . . . . . .. . .. . ..... . .... . . ...................... .. . .. . . . . ....... ... .. ... .. .. . ..... .. ... .. . ... ........ . . .. ........................... .. ..... . .. . .. .. .. . ....... . . ......................... ........ ... . ....... . . ... .. ... . . . .. . ............... . . ...... . ............ ... .. . .. . . . .. .... ... . ... . ....... . ... . ... . . . ......... . .............. . . . . ........................ . .. .. .. .... ..
lowQualScore : 888888888 8 2 0 8 0 8 0 0 7 99 7 99 7 00000 7 1111 7 0 7777777777777777777777 55 0 00 0 2 0 0 9999999 000 00 000 55 55 0 22222 66 222 11 4 999 00000000 1 8 11 000000000000000000000000000 11 11111 4 66 4 11 55 55 8 7777777 0 8 2222222222222222222222222 22222222 111 5 8888888 6 3 555 66 222 3 3 9 99 1 888888888888888 1 1 555555 1 222222222222 777 77 7 77 7 7 7 77 7777 333 5 444 1 9999999 5 777 7 777 7 7 7 999999999 6 11111111111111 2 2 2 9 444444444444444444444444 2 99 66 66 2222 00
consensus : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
Reference ( family-3564 ) : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
gi|1 : CTGAATTTAGAATGTGATCTCAATGCGATT----TG---ATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AATG-AAAGGC--TACAACC----TTTTAGTAAAGT-A--------T--AT-C--A-A--AATGCA--A-TTCAACACTTTTCTTTTTA-T---A---ACAC---CCGCTTTG---A--AAAATCC-TAATTG---GTGGTATT---TCAACAATTT-GAAA-A-CAAA--G---A-A-TTTTGT--GCT-------------------------TGGC--TT-----GCGAA--A-ATTT--AAGTGTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------AT-TT------------------------------A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----T-----------------------T--ATA-ACTTTA--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGCCACCTTAGGC-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTTTTAAA-A--ATATAC-AT----TA-C---TA-T---------------------------------------TGCC------GGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTG
gi|10 : aaccgtaacaaaaccacaacttgatcatatgctaaatattgaaaagggaagatacacaggacttcccc--------T--AT-C--A-A--ATATCACAACTTCAA-ACTTTCC-TTTTA-TA--A---ACACTGACTGC--TG---AAGAAAA--C-TAAT-----AT---ATTTAGTTGATAA--T-GAAATA-CAAA--G-----ACTTTCGT--GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGT-GC--TTTCTTCG-AAA--A-TTTA--A--TTTCT--GAGAACA----G--T-ACCG-AAC-AAT-------TT-ATA-AT--T-----AGATTTA-T------TG-ATATGTGCAACATG----GATT-T-GATCA-T-TGT--TATT---GACATGAG-ACAAAGT-C-AACCCA-TT--TAT-------T---T--G--TAAT--GTG-C-A------CCA-AT-GT---TTATGACA---ATTAAAA-ACTCTGAAAA-CTGGTCTGTA-T-G--T----TTG
gi|11 : gT-------GT-TTA-AT--TTTAATATATATA-T------TG-A-AAGCA-AGCTTGC----CTTGTGAAT-A-C--AC--TATAAAACATCAAAGCGCATAA----ATCCTGATTGATATCATTGTAT---TATT--TAAGCGGTGGC-ATAGTAGTCATAT-----------------AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTG-CAA--T----TTAC---ATCAA-GTAATCAAATGAAG------TT-TTTG---TTCC-TTA---T-CTGA-A-CTAATG-TTT----ATA--ATATA--GT-----------TA-T-TGT-GTGT---------------A--------A-AGCATG-CTTTGGGGGCCC--TTGATTGGGGTAAAT----AAAC-GAATCT
gi|12 : --TTTTG--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------G----A-AT------------------------G-A-AAGTACAGCTTGC-C----TGT-AAC-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCACAATGT-AACCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--CA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAA--------------------------TG---TACC-TCA---TCCGGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TA-A------------------------------AA--------ACAACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----GAA--GGATCTTGTA
gi|13 : A---TATATAAG-ACATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT---------------------G-C-AT-----TTGTAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGT---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CAAATG-TTT----A-A--ACATAC-ATGCACTATA---TA-T-TGT-GT-TAA------------AA--------A-AACATGCCTTCTGCGGCCC--TTGATT--GGTGAAT-----------ATCTTGT
gi|14 : TG-TT--TATTATT-TAT---T--T---AAG--GTG-C-AT-----TTACGA-GTAGGT-----CA---AT--ATG-AACTTG--AA-TTTTCCTGTG-T-A--TAACTTTGC---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACCCTCA---TCCTGA-AACTAATG-TTT----A-----TAAACCGG----TA-C---CA-T-TGT-GT-----------------A--------A-AACATGCCTTCTTGGGCC---TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|15 : AT-GT---T-----TATTAAT--ATA-ATTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAATGC-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-G-CTAAGG-TTT----A-A--ATACGC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--AGGTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|16 : ttattatcttc-----TTATAT-GT---T-----CA---TT--ACA-AGATTG--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATT-ATGC-TT---ATAAAA------GT-TTTG---TACT-TTA---TCCTGA-A-C-------------------------------TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-A--ATGCCTTCTGGGACCC--TGAATT--GGTTAGT----AAA--GAAT
gi|17 : tcttgtatatataaGT-AC---ATGAAA------CT-CTTG---TACC-TGA---TCCTAA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-------TATA---TA-T-TGT-GTGTGTAAAAAAAACCCCAA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GATTAAA----AAA--GAATCTTGTA
gi|18 : ---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CTAATG-TT-------A--ACATTT-AC----TA-----TA-T-TGT-GTGT--------------AATTTAAAAAA-AACATGCCTTCTGG------------T--G---AAT----AAA--GAATCTTGTA
gi|19 : t-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AA--TGTCTTTTTGGGCCC--TTAGTT--GGTTGAT----AACTTGTATCTTGTAT
gi|2 : tCTTAACTTGGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGGACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTGGTTCA-AAAT--AT-AAC--AGTA-AAAGGT--TCCAA-C----TTCTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTAAA-AATTTTC-TTTTA-T---A---ACAA---CTTC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--G--AATTT--GAAA-CA----T--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-TTGCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTC-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTAA--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-CCA---TCCTGA-A-CTCATG-TAT----A-A--ATATGC-ATG---TA-A---TG-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTGAT----AAA--GAATCTTGTATCgcttggcataa
gi|20 : -TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-G-------------------------------AA-TTTTCCCGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AG---ATGACA------GT-TTT
gi|21 : T----TG-A---AA-T-TAT-GTAT----------------------------TATGCCTTCCGGAGCCCAGTTGATC--GGTCAAT----AGA--ATATCTTGTATC
gi|22 : tg--ATATAC--------------TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGG--TCC----AAT-------AA-----AAA--GAATCTTGTATgtgtgt
gi|23 : atattATGCCTCTCGGGGCCC--TTGATT--GGTAAAT----AAA--T-ATCTTGTATCt
gi|24 : caATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCCTATt
gi|25 : C--TTGATT--GGTTAAT----TAA--GAATCTTGAATC
gi|3 : gggGCTCTCAATCCAATT-----G---ATGGAAATTGAAAAT-AACT-CATCTATTTAACTTTTTTG-TCCA-AAAA--AT-AAC--AGCG-AAAAGT--CACAA-C----TTTTAG-AAAGT-AGGCCTATAT--AT-ATCA-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTG-CTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---G--TAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-AAAAAAG---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACATGCAG--TAAAAG-AACAAATTTATAATGT-TTG-AT--T-----ATATACA-TATATACTG-A-AAGTACAGC--G--T-GCTTGT-AATTA-C-TAC--CATG---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TATACAT--T--TA-----TG----------TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTCCCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGAGA------GT-TTTG---TATC-TTC---TCCTGA-A-CTAATG-C-------------AT----T----TA-A---TT-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-ATCATGCC----------C--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTttgtatta
gi|4 : gTGAACTTAGAATGTGTTCTTAATGCAATT----TG---ATAGAG-TTATA-ATGAACTTCATTT-TTTA-CCCTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGC--TACAA-C----TATTAG-AAAAT-A--------T--AT----C-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---GTGC--TGAAAA--AAAA--C-TAAT-----GTGC-ATTT--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--GTTCATAGTTTTGT--GCG-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AGCAAAT-------TT-TTATTT--T-----ATATATA-T------TGAA-AAAAACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCTTG-TT--TATTA
gi|5 : ctacgttacatttaaaaacaattttggaagagaacactatctcaccattgttaataactttgatcagaggaaaagcataactaaacttcgcatcttggcccatcatctaagtattgaatagggaagaaacacagttaaAAT--ATTCAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAG-ATAGT-A--------CTCAT-C--A-A--AA-TCA--C-TTC-----------------C---A---ATAC---ATGC--TG---A--AAAC--C-TAATAATTTGCGC-ATTC--TCA-CAT--TTGAA----CAAA--GT--A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GCACTT-----G-GAA--ACATTT--A--TTTTTTGAAAAACA----ACTTAAACG-AA-AAGT-------GT-TCT-TT--T-----TCAGGTA-C------TG-A----TATATTTAGCAT-ATTTAG-GAT-ATC-TAT--TATA---CATGTAAG-GCATA-TGTTGGCCTG-TT--TATTTTT-TTC---T--T--TAAT--GCG-C-AT-----TTATAT-GT---TCA---CA---AT---TA-ACTTTG--AATTTTTCCCGTA---ATTT----TTGCTT-ATCAATGT-AT----TG-CA------ATGTTTA---AATC-CTACTGTCCTGAGG-GTAATGAATT----A-ATTATATAC-AA----TT-A---TGCT-TGTCGTAT--------------AA--------A-AA-ATGCCTTCTGGGGCTC--TTGA-T--GGTTAACAGAAAAA--GAATCATGTATC
gi|6 : acCA-CAAT--GT-CAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAT-ATAGTTA--------T--ATCA--A-A--AAAT-A--A-TTCAATACT---------------------AC---CTGCCCTG---A--AAAA--CCTTAT-----ATAT-ATTCC-TCAACAA--T-GAAA-AACAAA--A---T-AGTTT-GTAGGCT---------------------------GC--TT-----T-GAATAA-ATTTTTA--TTTGT--GAAA-CA----A--TAAAAGGAAC---T-------ATATTG-AT--A-----TTATATA-C------TG-T-AATT-TATCT--A-T-ATTTAG-AAT-A-TGTATG-TATAT--CATGTAAG--CATAATGT-TGCC-G-TT--TAT-ATT-TAT---A--T--C-------G-CTAT-----TTATATTGT---T-----CA---AT--ATATACT-----AA-TT--CCCGTATC-T--T----TTGCGGTATCAATGT-AT---A-GACA------GT-TTTGATATACC-TGG---TCCTGA-G-CTAATG-TTT----A-A--AT-TACAAT----TA-AATTTA-TATAT-ATTT--------------AT--------A-TATAT-CCTTC-GGGGCCC-----ATT--GGATGGT----AAttg
gi|7 : -A--A-G--AAATCA--A-TTTTA-AATTTTC-TTTTA-T---ACAAACAC---CTGC--CG---A--AAA----------------GG-TTTC--TCAATAC--T-GAAA-G-CAAA--G---C-GGT-------------------------------------AC-----------GAAC-A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TGAAAG-ATCAAAT-------GC-ATA-AT--T-----ATATACAGT------TG------TATA--TTGA---ACTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAT-ACATTATGT-AGCCTG------GTTATT-TAT---T--TCCT-----GTG-T-GT-----TTGCAT----------------------TA-A----------------TGTA-C--------------------ATGT-AT---ATGCCA------GT-TTTG---TA-----A---T------------TG-TTTA---A-A--ATATAC--------------TG-G-TGT-ATCT--------------AA--------A-A--ATGCCATCTGGGTTCC--TTAATT--GGTTAA
gi|8 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcAATTTAGATTAAGCTCTGAACGTAACTATGGTGGAGATGGAGATTCAAGTTTAACTTTATTT-T--A-CTGCTCT----CACAAATTTAT-AGCGCAACGCAAAGATCATACAA-TAAAGTAATGG-AAAAT-G--------C--AC-A--GTATTAAATCA--G-TTTCA-ACTTTTC-TTTTATT---G---CCAC---CTGC--TC---A--AAAA--C-TA
gi|9 : ctaagctacatctgaaaatctatgaatagacaaacaatatctctccttgtgtaaattttgattagagaaaaacatcctcctaaacttaacgccttctgccatcagctaccacggtaacgtactggactaggaaagaattggtttgtaatttcttcctacT-A--------T--AT-A--ATAT-AAATAC--A-TT----ACTTT-C-TTTTA-TTTTA---AAAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATT--------------------------------------TGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-AGTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TGA-TTTAT-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCT----T-GCTTGT-AAT-A-T-TACTATATA---CATATAAG-GCAAAATGA-TTCCTG-TT--TATTATT-TAT-----------AT--GTT-C-A----------AT-GT---A-----CA---AT--GTA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TGGC---ATTAATGT-GT---A----------------TG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CT-ATG----------------------------------G-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCTTTCTGTGGCCC--TTGACT--GCTTAAT----AAA--GAATCTTG
blockSeqs : ATGGTGGAG A G G A A G C TT T GC C GATCA . AAAG . T GGCCTATATATATCAA CA C CA T C . T ACAA TGA CC AAA AG . C AATTT G TAG . T TA GTTCAT C AG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGT AC TCTTC . TA C TT . TG TGCAG G TTATAATGTTTGATTA TATATAC AT TGCTTG G C TC TA AAA C T A GA G TATTTAAGCG G T TAGTAG GTTTATGA TTA TA T AA T T A TT AACT GGT A CAA T G ATA C CTG G A A AATT ATGCACTATA C A C G GTAAAAAAAACCCCAA C GC AG GG AGAA TT
blockSeqs : TG A A G . . . . . . . . GGT . . . . CACAGTATT . . AA . T . . TTTA . . . . . . . G CC . . AA AAGA G . T . . . C . . . . ACT . GTTTAATTTTAATA GT AA AGCATA . T TG G T . . . . . ACATTTA . . T GTAGGT . . . . . . . . . TT . . C . . . . . . . ATA AATTAAATT . . . G AATTTAAAAA . AC . . . C
blockSeqs : TG A G T . . . . . . . . AGT . . . . CTCATCAA . . CA . T . . AA . . . . . . . C C . . A GTA G . T . . . . . . . . G . GTTGATTTATA T A TGCC . . T . . . . . . . TGTAAT . . T GTTCA . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . AAA CGGTAC . . . G AAAA . AC . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . GGC . . . . TATAATAT . . CA . T . . A . . . . . . . C C . . A GA G . T . . . . . . . . G . TTTTATTTTA T A TGAA . . C . . . . . . . TTTAAG . . T TGTT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . AA ATGTAA . . . G AA . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TATCAAA . . CA . T . . A . . . . . . . T T . . A AT G . T . . . . . . . . T . ATATTGATAT T A TGG . . C . . . . . . . TTTAAG . . T GTT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . AA AATTA . . . G AA . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATCAA . . TT . T . . A . . . . . . . G C . . G GC G . T . . . . . . . . G . TTATAATTA T A TGC . . C . . . . . . . TTTAAG . . T GTT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . AA TATA . . . G AA . AC . . . .
blockSeqs : . TATAAA . . TC . . . . A . . . . . . . G C . . . G G . . . . . . . . . . A . GTTTAATTA C A GTG . . C . . . . . . . TTTAAT . . T GTT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . AA ACTA . . . G AA . AC . . . .
blockSeqs : TATCA . . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . GTTCTTTTT C T ATA . . T . . . . . . . TTAAG . . T GTT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . AA TTAA . . . A AA . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . GCATAATTA T A TG . . C . . . . . . . TTCCT . . T GTT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . AA TAA . . . G AA . AC . . . .
blockSeqs : GAAT . . TG . . T . . . . . . . ATC . . . GTT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A TAA . . . G AA . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . GTA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A GT . . . A AA . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T AT . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . C AA . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G AA . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** ** ***** G* C** ** T************************** ** GTTTAATTA**************** T******* TG***** GTT********* N****** AA******* TAA*********** AA********************** AC
originalCons : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTACAGCTTGC-T-GCTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATATAC-AT----TA-A---TA-T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
finalCons : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCTT--------------------------GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAATGTTTAATTA----------------TATATAT-------TG-A-AAGTACAGCTTG-----CTTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATATGTT---------CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACAN------T-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTTAA-------ATATACTAA-----------TA-T-TGT-GTGTAA----------------------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111 1111 1111111111111111111111 1111111 11 11111 111 22222222 444444444444444444444444444 11111 11 1111111111111111111111111 11111111 111111111111111 111111111111 111111111 222222222222222 111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 3 3 5 0 8 0 8 8 6 77 5 77 5 66666 5 2222 5 5 7777777777777777777777 55 4 44 8 2 4 4 2222222 777 11 777 55 55 4 77777 55 555 66 4 666 22222222 1 0 66 888888888888888888888888888 66 11111 4 00 4 66 55 55 0 9999999 4 0 6666666666666666666666666 22222222 555 0 55 3 7777 55 3 3 7 444 88 999 3 3 2 33 3 888888888888888 3 3 777777 0 444444444444 444 33 2 33 2 2 2 33 5555 888 2 444 0 9999999 2 444 2 444 444 2 000000000 1 777777 999999999999999 2 2 2 888888888888888888888888 2 22 22 22 4444 55
lowQualScore : ......... . . . . . . . . . .. . .. . ..... . .... . . ...................... .. . .. . . . . ....... ... .. ... .. .. . ..... .. ... .. . ... ........ . . .. ........................... .. ..... . .. . .. .. .. . ....... . . ......................... ........ ... . .. . .... .. . . . ... .. ... . . . .. . ............... . . ...... . ............ ... .. . .. . . . .. .... ... . ... . ....... . ... . ... ... . ......... . ...... ............... . . . ........................ . .. .. .. .... ..
lowQualScore : 888888888 8 2 0 8 0 8 0 0 7 99 7 99 7 00000 7 1111 7 0 7777777777777777777777 55 0 00 0 2 0 0 9999999 000 00 000 55 55 0 22222 66 222 11 4 999 00000000 1 8 11 000000000000000000000000000 11 11111 4 66 4 11 55 55 8 7777777 0 8 2222222222222222222222222 22222222 111 5 00 6 7777 00 6 6 3 555 66 222 3 3 9 99 1 888888888888888 1 1 555555 1 222222222222 777 77 7 77 7 7 7 77 7777 333 5 444 1 9999999 5 777 7 777 222 7 999999999 8 222222 000000000000000 2 2 9 444444444444444444444444 2 99 66 66 2222 00
consensus : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTAC--AGCT-T----G--C-TTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATAT------AC---TA-A---TA---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
Reference ( family-3564 ) : CTGAACTTAGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGT--TACAA-C----TTTTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTAC--AGCT-T----G--C-TTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------NT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATAT------AC---TA-A---TA---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTATC
gi|1 : CTGAATTTAGAATGTGATCTCAATGCGATT----TG---ATGGAAGTTGAAGATGAACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AATG-AAAGGC--TACAACC----TTTTAGTAAAGT-A--------T--AT-C--A-A--AATGCA--A-TTCAACACTTTTCTTTTTA-T---A---ACAC---CCGCTTTG---A--AAAATCC-TAATTG---GTGGTATT---TCAACAATTT-GAAA-A-CAAA--G---A-A-TTTTGT--GCT-------------------------TGGC--TT-----GCGAA--A-ATTT--AAGTGTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------AT-TT------------------------------A-AAGTAC--AGCT-T----G--C-TTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----T-----------------------T--ATA-ACTTTA--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGCCACCTTAGGC-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CTAATG-TTTTTAAA-A--ATAT------AC----A-T---TA---C-TAT-----------------------------------TGCC------GGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTG
gi|10 : aaccgtaacaaaaccacaacttgatcatatgctaaatattgaaaagggaagatacacaggacttcccc--------T--AT-C--A-A--ATATCACAACTTCAA-ACTTTCC-TTTTA-TA--A---ACACTGACTGC--TG---AAGAAAA--C-TAAT-----AT---ATTTAGTTGATAA--T-GAAATA-CAAA--G-----ACTTTCGT--GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGT-GC--TTTCTTCG-AAA--A-TTTA--A--TTTCT--GAGAACA----G--T-ACCG-AAC-AAT-------TT-ATA-AT--T-----AGATTTA-T------TG-ATATGTGC--AACA-T----G--G-ATTT-GATCA-T-TGT--TATT---GACATGAG-ACAAAGT-C-AACCCA-TT--TAT-------T---T--G--TAAT--GTG-C-A------CCA-AT-GT---TTATGACA---ATTAAAA-ACTCTGAAAA-CTGGTCTGTA-T-G--T----TTG
gi|11 : gT-------GT-TTA-AT--TTTAATATATATA-T------TG-A-AAGCA---AGCT-T----G--CCTTGTGAAT-A-C--AC--TATAAAACATCAAAGCGCATAA----ATCCTGATTGATATCATTGTAT---TATT--TAAGCGGTGGC-ATAGTAGTCATAT-----------------AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTG-CAA--T----TTAC---ATCAA-GTAATCAAATGAAG------TT-TTTG---TTCC-TTA---T-CTGA-A-CTAATG-TTT----ATA--ATAT------AG---T------TA---T-TGT-GTGT---------------A--------A-AGCATG-CTTTGGGGGCCC--TTGATTGGGGTAAAT----AAAC-GAATCT
gi|12 : --TTTTG--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------G----A-AT------------------------G-A-AAGTAC--AGCT-T----G--C-CTGT-AAC-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCACAATGT-AACCTG-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--CA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAA--------------------------TG---TACC-TCA---TCCGGA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATAT------AC---TA-A--------------------------------AA--------ACAACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----GAA--GGATCTTGTA
gi|13 : A---TATATAAG-ACATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT---------------------G-C-AT-----TTGTAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGT---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CAAATG-TTT----A-A--ACATACATGCAC---TATA---TA---T-TGT-GT-TAA------------AA--------A-AACATGCCTTCTGCGGCCC--TTGATT--GGTGAAT-----------ATCTTGT
gi|14 : TG-TT--TATTATT-TAT---T--T---AAG--GTG-C-AT-----TTACGA-GTAGGT-----CA---AT--ATG-AACTTG--AA-TTTTCCTGTG-T-A--TAACTTTGC---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACCCTCA---TCCTGA-AACTAATG-TTT----A-----TAA------ACCGGTA-C---CA---T-TGT-GT-----------------A--------A-AACATGCCTTCTTGGGCC---TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|15 : AT-GT---T-----TATTAAT--ATA-ATTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATTAATGC-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-TCA---TCCTGA-G-CTAAGG-TTT----A-A--ATAC------GC----------TA---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--AGGTAAT----AAA--GAATCTTGTAT
gi|16 : ttattatcttc-----TTATAT-GT---T-----CA---TT--ACA-AGATTG--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATT-ATGC-TT---ATAAAA------GT-TTTG---TACT-TTA---TCCTGA--------------------------------AC---TA-A---TA---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-A--ATGCCTTCTGGGACCC--TGAATT--GGTTAGT----AAA--GAAT
gi|17 : tcttgtatatataaGT-AC---ATGAAA------CT-CTTG---TACC-TGA---TCCTAA-A-CTAATG-TTT----A-A--ATAT------AC---TATA---TA---T-TGT-GTGTGTAAAAAAAACCCCAA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GATTAAA----AAA--GAATCTTGTA
gi|18 : ---ATTAATGT-AT---ATGACA------CT-CTTG---TACC-TCA---CCCTGA-A-CTAATG-TTA----A-C--ATTT------AC---TA-----TA---T-TGT-GTGT--------------AATTTAAAAAA-AACATGCCTTCTGG------------T--G---AAT----AAA--GAATCTTGTA
gi|19 : t-A---TA---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AA--TGTCTTTTTGGGCCC--TTAGTT--GGTTGAT----AACTTGTATCTTGTAT
gi|2 : tCTTAACTTGGAATGTGCTCTCAATGCAATT----TG---ATGGAAATTGAAGATGGACTTCATTT-TTTA-CTTTTTTGGTTCA-AAAT--AT-AAC--AGTA-AAAGGT--TCCAA-C----TTCTAG-AAAGT-A--------T--AT-A--A-A--AAATCA--A-TTAAA-AATTTTC-TTTTA-T---A---ACAA---CTTC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--G---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--G--AATTT--GAAA-CA----T--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TTA-AT--T-----ATATATA-T------TG-A-AAGTAC--AGCT-TGCTTG--C-TTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTC-TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTAA--AA-TTTTCCTGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGACA------CT-TTTG---TACC-CCA---TCCTGA-A-CTCATG-TAT----A-A--ATAT------GCATGTA-A---TG---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTGAT----AAA--GAATCTTGTATCgcttggcataa
gi|20 : -TT--TATTATT-TAT---T--T--TAAG--GTG-C-AT-----TTATAT-G-------------------------------AA-TTTTCCCGTG-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AG---ATGACA------GT-TTT
gi|21 : A---T-TAT-GTAT----------------------------TATGCCTTCCGGAGCCCAGTTGATC--GGTCAAT----AGA--ATATCTTGTATC
gi|22 : tgttgaa--ATAT------AC---TA----------T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCCTTCTGG--TCC----AAT-------AA-----AAA--GAATCTTGTATgtgtgt
gi|23 : atattATGCCTCTCGGGGCCC--TTGATT--GGTAAAT----AAA--T-ATCTTGTATCt
gi|24 : caATGCCTTCTGGGGCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCCTATt
gi|25 : C--TTGATT--GGTTAAT----TAA--GAATCTTGAATC
gi|3 : gggGCTCTCAATCCAATT-----G---ATGGAAATTGAAAAT-AACT-CATCTATTTAACTTTTTTG-TCCA-AAAA--AT-AAC--AGCG-AAAAGT--CACAA-C----TTTTAG-AAAGT-AGGCCTATAT--AT-ATCA-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTG-CTTTA-T---A---ACAC---CTGC--TG---G--TAAA--C-TAAT-----GTGG-ATTC--TCAACAA--T-GAAA-A-AAAAAAG---A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACATGCAG--TAAAAG-AACAAATTTATAATGT-TTG-AT--T-----ATATACA-TATATACTG-A-AAGTAC--AGCG-T----G--C-TTGT-AATTA-C-TAC--CATG---CATATAAG-GCATAATGT-AGCCTG-TT--TATTATT-TATACAT--T--TA-----TG----------TTATAT-GT---T-----CA---AT--ATA-ACTTTG--AA-TTCCCCTGTA-C-A--T----TTGC---ATCAATGT-AT---ATGAGA------GT-TTTG---TATC-TTC---TCCTGA-A-CTAATG-C-----------AT---------T---TA-A---TT---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-ATCAT----------GCCC--TTGATT--GGTTAAT----AAA--GAATCTTGTttgtatta
gi|4 : gTGAACTTAGAATGTGTTCTTAATGCAATT----TG---ATAGAG-TTATA-ATGAACTTCATTT-TTTA-CCCTTTTG-TTCA-AAAT--AT-AAC--AGTG-AAAGGC--TACAA-C----TATTAG-AAAAT-A--------T--AT----C-A--AAATCA--A-TTCAA-ACTTTTC-TTTTA-T---A---ACAC---GTGC--TGAAAA--AAAA--C-TAAT-----GTGC-ATTT--TCAACAA--T-GAAA-A-CAAA--GTTCATAGTTTTGT--GCG-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AGCAAAT-------TT-TTATTT--T-----ATATATA-T------TGAA-AAAAAC--AGCT-T----G--C-TTGT-AAT-A-T-TAC--TATA---CATATAAG-GCATAATGT-AGCTTG-TT--TATTA
gi|5 : ctacgttacatttaaaaacaattttggaagagaacactatctcaccattgttaataactttgatcagaggaaaagcataactaaacttcgcatcttggcccatcatctaagtattgaatagggaagaaacacagttaaAAT--ATTCAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAG-ATAGT-A--------CTCAT-C--A-A--AA-TCA--C-TTC-----------------C---A---ATAC---ATGC--TG---A--AAAC--C-TAATAATTTGCGC-ATTC--TCA-CAT--TTGAA----CAAA--GT--A-AGTTTTGT--GCT-------------------------T-GCACTT-----G-GAA--ACATTT--A--TTTTTTGAAAAACA----ACTTAAACG-AA-AAGT-------GT-TCT-TT--T-----TCAGGTA-C------TG-A-TA-TATTTAGCA-T----A--T-TTAG-GAT-ATC-TAT--TATA---CATGTAAG-GCATA-TGTTGGCCTG-TT--TATTTTT-TTC---T--T--TAAT--GCG-C-AT-----TTATAT-GT---TCA---CA---AT---TA-ACTTTG--AATTTTTCCCGTA---ATTT----TTGCTT-ATCAATGT-AT----TG-CA------ATGTTTA---AATC-CTACTGTCCTGAGG-GTAATGAATT----A-ATTATAT------AC---AA-T---TATGCT-TGTCGTAT--------------AA--------A-AA-ATGCCTTCTGGGGCTC--TTGA-T--GGTTAACAGAAAAA--GAATCATGTATC
gi|6 : acCA-CAAT--GT-CAC--TGTA-AAA-----TACTA-C----TTTAAT-ATAGTTA--------T--ATCA--A-A--AAAT-A--A-TTCAATACT---------------------AC---CTGCCCTG---A--AAAA--CCTTAT-----ATAT-ATTCC-TCAACAA--T-GAAA-AACAAA--A---T-AGTTT-GTAGGCT---------------------------GC--TT-----T-GAATAA-ATTTTTA--TTTGT--GAAA-CA----A--TAAAAGGAAC---T-------ATATTG-AT--A-----TTATATA-C------TG-T-AATT-T--ATCTAT----A--T-TTAG-AAT-A-TGTATG-TATAT--CATGTAAG--CATAATGT-TGCC-G-TT--TAT-ATT-TAT---A--T--C-------G-CTAT-----TTATATTGT---T-----CA---AT--ATATACT-----AA-TT--CCCGTATC-T--T----TTGCGGTATCAATGT-AT---A-GACA------GT-TTTGATATACC-TGG---TCCTGA-G-CTAATG-TTT----A-A--AT-T------ACAATTA-AATTTA---TATAT-ATTT--------------AT--------A-TATAT-CCTTC-GGGGCCC-----ATT--GGATGGT----AAttg
gi|7 : -A--A-G--AAATCA--A-TTTTA-AATTTTC-TTTTA-T---ACAAACAC---CTGC--CG---A--AAA----------------GG-TTTC--TCAATAC--T-GAAA-G-CAAA--G---C-GGT-------------------------------------AC-----------GAAC-A-ATTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TGAAAG-ATCAAAT-------GC-ATA-AT--T-----ATATACAGT------TG------TAT--A--T-T----GAAC-TTGT-AAT-A-C-TAC--TATA---CATATAAT-ACATTATGT-AGCCTG------GTTATT-TAT---T--TCCT-----GTG-T-GT-----TTGCAT----------------------TA-A----------------TGTA-C--------------------ATGT-AT---ATGCCA------GT-TTTG---TA-----A---T------------TG-TTTA---A-A--ATAT------AC---TG-G----------TGT-ATCT--------------AA--------A-A--ATGCCATCTGGGTTCC--TTAATT--GGTTAA
gi|8 : ttccaaatgtcacgaggggatcaataattgtaacaataggggtcAATTTAGATTAAGCTCTGAACGTAACTATGGTGGAGATGGAGATTCAAGTTTAACTTTATTT-T--A-CTGCTCT----CACAAATTTAT-AGCGCAACGCAAAGATCATACAA-TAAAGTAATGG-AAAAT-G--------C--AC-A--GTATTAAATCA--G-TTTCA-ACTTTTC-TTTTATT---G---CCAC---CTGC--TC---A--AAAA--C-TA
gi|9 : ctaagctacatctgaaaatctatgaatagacaaacaatatctctccttgtgtaaattttgattagagaaaaacatcctcctaaacttaacgccttctgccatcagctaccacggtaacgtactggactaggaaagaattggtttgtaatttcttcctacT-A--------T--AT-A--ATAT-AAATAC--A-TT----ACTTT-C-TTTTA-TTTTA---AAAC---CTGC--TG---A--AAAA--C-TAAT-----GTGG-ATT--------------------------------------TGT--GCT-------------------------T-GC--TT-----G-GAA--A-AGTT--A--TTTTT--GAAAACA----G--TAAAAG-AACAAAT-------GT-TGA-TTTAT-----ATATATA-T------TG-A-AAGTAC--AGCT-T----G--C-TTGT-AAT-A-T-TACTATATA---CATATAAG-GCAAAATGA-TTCCTG-TT--TATTATT-TAT-----------AT--GTT-C-A----------AT-GT---A-----CA---AT--GTA-ACTTTG--AA-TTTTCCTGTA-C-A--T----TGGC---ATTAATGT-GT---A----------------TG---TACC-TCA---TCCTGA-A-CT-ATG------------------------------------G---T-TGT-GTGT--------------AA--------A-AACATGCTTTCTGTGGCCC--TTGACT--GCTTAAT----AAA--GAATCTTG