lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 66666 777 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 2 2 2 333333333333 11 22222222222222222
lowQualScore : 6 7 6 77777 6 6 6 6 000 4 4 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 9 0 0 0 4 333333333333 6 33 3 2 1 55555 3 22222222222222222 22222 1 11 333333 2 333 22 111 22 1 1 1 1 1 555 1 1 1 2 1 1
lowQualScore : . . . ..... . . . . ... . . ... ............................................................... . . . . . . ............ . .. . . . ..... . ................. ..... . .. ...... . ... .. ... .. . . . . . ... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 0 00000 0 0 0 0 000 0 0 555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 0 0 0 0 777777777777 7 88 3 1 5 44444 0 33333333333333333 44444 1 66 222222 2 333 55 888 44 1 1 1 1 1 888 1 1 1 2 2 2
consensus : NNGGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTNTCCTNCTAAGTNAACACTTACCGGNCCTTGACNTCTNACNTTCGACCTTCGNAANCAACTTANG-ATCTTCCTTTCNCGTNCACGGT-GATCAATTGTTACCAGGGTTGTTAAGNTANCG-GGTCTGCGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-AC-----AGACGGACGGA-CG---G-AC-G-AC-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG--T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
Reference ( gi|4 ) : CTGGAGCTAATGGTTCA--TTCTGTTTCCTGCCTAC---GTTTTCCTACTAAGTGA-CACT-AC--AACCTTGACCTTTGACTTACAACCTTCAAAAACAA--TACGCGTCTTCCTTTCA---TCATGGT-GATCAACTGT-ACCAAG-TTGT-AAGATCCTGTAGTTTATGGTTCAGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-AC-----AGACGGATGGA-CG---G-AC-A-AC-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCA--T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
gi|7 : GGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTATCCTACTAAGTTA-CACTTACCGATTCTTGACCTT-GACCT-----TTTGGAAAAC----TAC----------TTCA---GCATGGTTGATCAATTG
gi|6 : TTTCCTTCTAAGTAAATATTTAT--GACCT-AACATCTCACATTCGACCTTCACAATCAACTTAGG-ATCTTCCTTTCTCGTTCACGGT-GATCAATTGTTACCAAGGTTGTTAAGATAGTGGAGTTTACGGTTCAG
gi|8 : TGGT-TATCAAATGT-ACCAGG-TTGT-AAGTTACCG--G-----GGTT-----------------GGA----AC------GACAGATG---------------AC-A---C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TT-ACA--T-CT-TT-T-CCG-G-GTGTACAA
gi|13 : TGGTCTGTG-TCCTGCCTACA-AGGCGC-AGATAG-AC-----AGACGGACG---------------AC-A---C-C--A------T-A---T--CA-------------------------CT-TT-G-ACG-G-GTCTATAAtaagatt
gi|11 : agctttTTTGGCCTACG-AGGCC--GGAATG-ACC----AGACGGATGGA-TC---G-AC-A--------C-T--A------T-A---TGGCA---T-AA-T-AG-G-GT-CCG--TCCT-TT-GTCCG-G-GCGTATa
gi|22 : CTACA-AAG-CC-GGAAAG-A------AGA----------------AC-G-AC-G---C-T--A------T-A---C--C----T--A-T-AC-G-AT-CCG--T-CT-CT-G-ACA-G-GCGTATAA
gi|31 : TACA-AGGCCT-GGACAG-AC-----AGATGGA-----------------------------------------------------A-T-AC-G-TC-CAA--T-CT-TT-G-ATG-G-GTGTATAAa
gi|9 : ACACAAGCCC-GGACAG-ACAGGGAAGACGGACGGA-C------AC-G-AC-G---CGT--A------T-A---C--CA---T-AA---ACGG-TC-CCG--T-CTATC-G-ACG-G-GCGa
gi|14 : ACA-AAGCCCTGGACCA-AC-----GCACAGAGAGA-CGT--G-AC-G-ACAG---C-T--G------TTA---C--CA---TTAA-T-AC-G-TC-C----T-CT-TC-G-ACA-G-GCGTATActaataac
gi|16 : ACA-AAGCCT-TGACAG-AC-----A-ACAGAGGGA-CGATCG-AC-GCAC-G---C-T--G------T-A---C--CA---T--A-T-AC-GTTC-CCAT-T-CC-TC-G-ACA-G-
gi|29 : ACA-AAGCCC-GGACAT-AC-----A-AC--AACGA-CA---G-AC-G-AC-C---T-T--A------C-A-------------AG-T-AC-G-TT-CCG--T-CT-Tcat
gi|17 : CA-AAGCCC-GACCAGAAC-----AGAAAGACAGACCA---G-AC-A-GA-G---C-T--A------T-AATGC--CA---T-AA-T-A--G-T--CCG--T-CT-TC-G-ACA-G-ATGTga
gi|19 : A-AGGCCC-GGACAG-AC-----A--------GA-CG---G-AC-G-AC-G---C-TAAA------TAA---C--CA---T-AAGG-AG-G-TC-CGT--C-CT-TC-G-ACG-G-GCG
gi|10 : a-AGGCC---GACGG-AC-----GAACAGACAGA-CG---G-ACAA-AC-C---C-C--A------T-A---C--CC---T-TA-T-AC-G-TA-TCG--T-CT-TT-A-AAG-G-GCGTCTAA
gi|28 : agtcaggacAGTCT-GAACAG-AC-----AGACGGACG---------------AC-G---C-T--A------T-A---C--CA---T---------G-TCTTTA--T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTaa
gi|24 : CCT-GGACAG-AC-----AG-CAGAT---------G-AC-A----------T--A------T-A---T--CA---T--A-T-AA-A-TC-CTG--T-CT-TT-GAACA-G-GCGTATAta
gi|36 : CC-GGACAG-AC-----AGACGGACG---------------AC-G---C-T--A------T-A---C--TA---C-AA-T-AC-G-TT-CCG--T-CT-TC-G-A
gi|20 : CC-AGACAG-AG-----AGACGTACTGA------G-AT-A----------C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TG-CCG--T-CT-TTAG-ACG-GTGTGTATAA
gi|44 : CC-GGACAG-AC-----AGA----TGGA-CG----------AC-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-A
gi|15 : attC-AGACAG-AC-----TGACTGACAGA-TG---G-AT-G-AC-A---C-C--A------T-A---C--TA---T-AT-A-AC-G-TC-CCG--T-CT-TT-C-ACA-G-GCTTAT
gi|26 : ggacagaC-GGACAG-AC-----AGACGGATG---------------AC-G---C-T--A------T-A---TA-CA---T-TA-T-AC-G-TC-CCG--T-CG-TT---ATT-A-GCGTATcaaa
gi|12 : GACAG-AC------GA--GACAGA-CG---G-AC-T-GT-G---C-T--A------T-AAC-C--CA---TAAA-T-AC-T-AC-CCG--T-CT-TT-G-AAG-G-GTGT
gi|18 : gacccagacagatATAG-AC-----AGACATAAATA-CG---G-AC---AC-A---C-T--G------T-G---C--CATTTT-AA-T-AT-G-GT-CCA--T-CT-GT-G-GTG-G-GTGTATAAggata
gi|41 : CAG-AC-----AAACAGATG---------------AC-A---C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TC-CCA--T-CT-TT-A-Aaa
gi|2 : CGG-AC-----GGACGGATAGA-CG---GGAC-GGAC-G---C-T--A--------A---C--CA---T-GA---AC-G-CC-CCCGTT-CT-T----ACA-G-GCGTATAA
gi|1 : agcCGG-AC-----GGACGATTAGA-CG---G-AC---GC-GAGAC-T--A------T-A---C--CA---T-GA-TAAC-G-CC-CCG-----G-TT-G-ACACG-GCGTATAAaaaatcatagcaatatgcaaataaaagtcatgcacaaccactgtctctgattttacatgtaatcaaataataaaggtgcggtagttttgatgtaacaagattgatattactgtatggcacgtacaataaaggctaatttatagaactatttgggcaacattgaagtctggtaggattaaaaatacaatttttgagaacatagagttccacgctatcaaaaacacaggtaaagaggcttcttttgagatctaaagaatgccgatacctgataactgtaatctgttatctaaacattcagacctggaccaatcacacaccacgcgtccctgtagacgtcaatcaagtcttgcattgacaagccggcgtttgctttgcatcaggacacagtaaagttgaggagcgtataacttaaaatttgcacttt
gi|21 : gcAG-AC-----AGACAAATAGA-CA---G-ACTC-AC-A---C-T---------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG--T-CT-TT-G-ACG-G-GCATATGAaaaaatcatacaaatattgcaaataaagtctgcaacgcatgtcctgattttaacatgtatcaaataataggtgcggagttgatgtaacaaattgataatactaaaattgtcgttatatgaatttataactgtaatcgcacgtaaataaaggcaattatatgagactttttgcaacatttgaagtctggtagataaaataacatagttgatgaacaagaggagttcacgcttatcaaaaccaggtaaagagggggcttctttgagatctaaaaatgcgatactgataactgtaattgttatcaaaacaccatactggaaatcaacgcccacggccactgtgacgtcatcaagtttgcttgacaagcggctttggctttgatcggacactaggtaaaatttgaggcgttctaacgttaaaattggcacttta
gi|27 : t-AC-----AAACAGGCAGA-CA---G-AC-G-AC-G---C-C--A------T-A---C--TA---T-TG-T-AC---TA-CAA--T-CT-TT-A-ACG-G-GCGTAT
gi|35 : ACAGATCAG-TA---G-AT-G-AC-----C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG--T-CT-TT-G-ACA-G-
gi|30 : GACAGA-CG---G-AC-A-GA-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AG-T-TC-CCG--T-CT-TT-G-AAA-G-ATGTATAAg
gi|25 : GAAGGA-CA---G-AC-A-GA-G---G-C--A------T-A---C--GA---T-AA-T-AT-G-TC-TCA--T-CT-TT-G-ATG-T-GCATATAAaa
gi|33 : aGA-CA---G-AC-A-AT-A---T-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-CC-ATG--T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTACAAaaa
gi|32 : GA-CA---G-AC-A-GA-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-TGT--C-CT-TC-G-ACA-G-ATGTATAAaa
gi|23 : acaGA-TG---G-AT-A-AA-G---C-T--ACATGTAT-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG--T-CT-TT-G-ACA-G-ATGTAaa
gi|38 : atggtcaG---G-AC-A-AT-G---C-C--A------T-A---C--CA---T-A-----T-G-TC-CTG--T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTATAA
gi|42 : t---G-AC-AGAC-G---C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-TTG--T-CT-TT-G-AC--G-GCGTaag
gi|40 : ta---C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CAA--T-CT-TT-G-AC--G-GCACATAA
gi|37 : ------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CTG--T-CT-TT-G-ACA-G-GCATATAAaaactgtt
gi|43 : caggtgatgcct-A---C--CA---A-AA-T-AT-G-TC-CCA--T-CT-TT-G-ACG-G-GCTTATAAa
gi|45 : ---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG--T-CT-TC-G-ACG-G-GCTTATAAaaac
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGGTACAAATATGAAAACGATACTAATTAATAGGGACTTTTTTGCGAACATTTGAAGTATGGTGATGTAAAAATACAAGTTGGTGAAACAAGAGAGTTCCACGCTATCAAAACCCAGGTAAAGAGGGCTTCTTCTTCGAGATCTTAAAGAAATGCCGATTACTGATAACTGTAATGTGTTATATAACATCCACACCACAGTCCTTGCAGGCGTCATCAAGTTTGATTGACAAGCGGGCTTTGCTTTGATCAGGAACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTCAACT
Unaligned ( gi|5 ): CTGTAATTGTTATCAAAACATCATACCTCGACAATCGCACACCACAGTCCCCGCAGACGTCAATCAAGTTTGATTGACAAGCGGCTTTGCTTTGATCAGGACACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTAACTTAAAATTGGGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCAGGACACAGGTAAAATTTGATGGCGTTAACTTAAAATTGGGTTTT
Unaligned ( gi|39 ): CCCTCTTATCATAGTGATCAAATGATCCTGGAGATTACATCTCATTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 111 3333 1 11 2 22222 2 2 2 111
lowQualScore : 4 77 2 111 1 1 555 7 1111 7 1 2 1 1 00 11 1 6 1 0 22222 4 3 0 3 3 1 11 444 0 11 6 4 3 33 1 222 55555 44 3 1 5555 555555 2 4444444444 1 11 333333 2 333 22 111 1 1 1 1 2 1 1 3 1 1 2 1 1
lowQualScore : . .. . ... . . ... . .... . . . . . .. .. . . . . ..... . . . . . . .. ... . .. . . . .. . ... ..... .. . . .... ...... . .......... . .. ...... . ... .. ... . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55 5 000 0 0 777 3 7777 3 0 0 0 0 33 77 0 7 0 0 55555 7 7 7 3 7 0 77 000 7 33 7 2 6 33 9 999 66666 22 5 2 1111 444444 2 1111111111 1 55 111111 1 222 44 888 0 0 0 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
consensus : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTAC--GACCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCGTCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTGT-ACCAAG-TTGT-AAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
Reference ( family-3536 ) : NNGGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTNTCCTNCTAAGTNAACACTTACCGGNCCTTGACNTCTNACNTTCGACCTTCGNAANCAACTTANG-ATCTTCCTTTCNCGTNCACGGTGATCAATTGTTACCAGGGTTGTTAAGNTANCG-G-GTCTGCGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
gi|1 : CC-GGACGG-A---C-----GATTA-GACGGA-CG-----C------G-AG-A--------C-T--A------T-A---C--CA---T-GA-TAAC-G-CC-CCG----G-TT-G-ACACG-GCGTATAA
gi|10 : gAGTCA-GGACAG-G---C-----CGACG-GACGAA-CA---GACA-----G-AC-GGACAAACCC-C--A------T-A---C--CC---T-TA-T-AC-G-TA-TCG-T-CT-TT-A-AAG-G-GCGTCTAAaaaaatcatacaaatattgcaaataaagtctgcaacgcatgtcctgattttaacatgtatcaaataataggtgcggagttgatgtaacaaattgataatactaaaattgtcgttatatgaatttataactgtaatcgcacgtaaataaaggcaattatatgagactttttgcaacatttgaagtctggtagataaaataacatagttgatgaacaagaggagttcacgcttatcaaaaccaggtaaagagggggcttctttgagatctaaaaatgcgatactgataactgtaattgttatcaaaacaccatactggaaatcaacgcccacggccactgtgacgtcatcaagtttgcttgacaagcggctttggctttgatcggacactaggtaaaatttgaggcgttctaacgttaaaattggcacttta
gi|11 : TTTGGCCTACG-AGGCC--GGAATG-A---CC----AGACG-GATGGA-T------C------G-AC-A--------C-T--A------T-A---TGGCA---T-AA-T-AG-G-GT-CCG-TCCT-TT-GTCCG-G-GCGTATaa
gi|12 : CCC-AGACAG-ATGAC-----AGACGAGACAGA-CG---GAC------T-GT-G--------C-T--A------T-AAC-C--CA---T-AAAT-AC-T-AC-CCG-T-CT-TT-G-AAG-G-GTGT
gi|13 : ga-G-GTCTGTG-TCCTGCCTACA-AGGCGC-AGATAG-A---C-----AGACG-GACG-------------------AC-A--------C-C--A------T-A---T--CA------------------------CT-TT-G-ACG-G-GTCTATAAggata
gi|14 : agcttttACA-AAGCCCTGGACCA-A---C-----GCACA-GAGAGA-CGT--GAC------G-ACAG--------C-T--G------TTA---C--CA---TTAA-T-AC-G-TC-C---T-CT-TC-G-ACA-G-GCGTATAa
gi|15 : C-AGACAG-A---C-----TGACT-GACAGA-TG---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--TA---T-AT-A-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-C-ACA-G-GCTTAT
gi|16 : ggacagaACA-AAGCCT-TGACAG-A---C-----A-ACA-GAGGGA-CGATCGAC------GCAC-G--------C-T--G------T-A---C--CA---T--A-T-AC-GTTC-CCATT-CC-TC-G-ACA-G-caaa
gi|17 : CA-AAGCCC-GACCAGAA---C-----AGAAA-GACAGACCA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-AATGC--CA---T-AA-T-A--G-T--CCG-T-CT-TC-G-ACA-G-ATGTcat
gi|18 : ATAG-A---C-----AGACA-TAAATA-CG---GAC--------AC-A--------C-T--G------T-G---C--CATTTT-AA-T-AT-G-GT-CCA-T-CT-GT-G-GTG-G-GTGTATAA
gi|19 : A-AGGCCC-GGACAG-A---C-----A---------GA-CG---GAC------G-AC-G--------C-TAAA------TAA---C--CA---T-AA-G-GA-G-GT-CCG-TCCT-TC-G-ACG-G-GCGaa
gi|2 : aAG-C---C-----GGACG-GACGGA-TA---GACGGGACGG-AC-G--------C-T--A--------A---C--CA---T-GA---AC-GCCC-CCG-T-TC-TT---ACA-G-GCGTATAA
gi|20 : CAG-A---C-----AGAGA-GACGTA-CT---GA-------G-AT-A--------C----A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TG-CCG-T-CT-TTAG-ACG-GTGTGTATAAaaaatcatagcaatatgcaaataaaagtcatgcacaaccactgtctctgattttacatgtaatcaaataataaaggtgcggtagttttgatgtaacaagattgatattactgtatggcacgtacaataaaggctaatttatagaactatttgggcaacattgaagtctggtaggattaaaaatacaatttttgagaacatagagttccacgctatcaaaaacacaggtaaagaggcttcttttgagatctaaagaatgccgatacctgataactgtaatctgttatctaaacattcagacctggaccaatcacacaccacgcgtccctgtagacgtcaatcaagtcttgcattgacaagccggcgtttgctttgcatcaggacacagtaaagttgaggagcgtataacttaaaatttgcacttt
gi|21 : cAG-A---C-----AGACA-AATAGA-CA---GAC------TCAC-A--------C-T---------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCATATGA
gi|22 : tCTACA-AAGCC--GGAAAG-A---------AGA----------------AC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--C----T-A--T-AC-G-AT-CCG-T-CT-CT-G-ACA-G-GCGTATAA
gi|23 : ATG-GTCAGA-TG---GAT------A-AA-G--------C-T--ACATGTAT-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-ATGTAa
gi|24 : CCT-GGACAG-A---C-----AG-----------CA---GAT------G-AC-A----------T--A------T-A---T--CA---T--A-T-AA-A-TC-CTG-T-CT-TT-GAACA-G-GCGTATA
gi|25 : -----AGAAG-GACAGA-CA---GA-------G-GC---------------A------T-A---C--GA---T-AA-T-AT-G-TC-TCA-T-CT-TT-G-ATG-T-GCATATAA
gi|26 : ---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAT------G-AC-G--------C-T--A------T-A---TA-CA---T-TA-T-AC-G-TC-CCG-T-CG-TT---ATT-A-GCGTATaaa
gi|27 : -A---C-----AAACA-GGCAGA-CA---GAC------G-AC-G--------C-C--A------T-A---C--TA---T-TG-T-AC---TA-CAA-T-CT-TT-A-ACG-G-GCGTAT
gi|28 : ACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T---------G-TCTTTA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGT
gi|29 : agtctgaACA-AAGCCC-GGACAT-A---C-----A-AC--AAC-GA-CA---GAC------G-AC-C--------T-T--A------C-A-------------AG-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-Tta
gi|30 : -GACAGA-CG---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AG-T-TC-CCG-T-CT-TT-G-AAA-G-ATGTATAAga
gi|31 : TACA-AGGCCT-GGACAG-A---C-----AGATG-GA--------------------------------------------------------------A-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-ATG-G-GTGTATAAaa
gi|32 : ACAGA-CA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-T--CTG-TCCT-TC-G-ACA-G-ATGTATAAa
gi|33 : GA-CA---GAC------A-AT-A--------T-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-CC-ATG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTACAAaa
gi|35 : ---GAT------G-AC----------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-aa
gi|36 : acagatcagta---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--TA---C-AA-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-TC-G-Ag
gi|37 : c-CA---GGT------G-AT-G--------C-C--T------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ACA-G-GCATATAA
gi|38 : G---GAC------A-AT-G--------C-C--A------T-A---C--CA---T-A-----T-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTATAAa
gi|4 : tGGAGCTAATGGTTCA--TTCTGTTTCCTGCCTAC---GTTTTCCTACTAAGTGA-CACT-AC--AACCTTGACCTTTGACTTACAACCTTCAAAAACAA--TACGCGTCTTCCTTTCA---TCATGGTGATCAACTGT-ACCAAG-TTGT-AAGATCCTGTA-GTTTATGGTTCAGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GATGGA-CG---GAC------A-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAAaag
gi|40 : ct--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-AC--G-GCACATAA
gi|41 : CA-GACAAA-CA---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TC-CCA-T-CT-TT-A-Aaaactgtt
gi|42 : ---GACA-----G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-TTG-T-CT-TT-G-AC--G-GCGT
gi|43 : ta-A---C--CA---A-AA-T-AT-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|44 : ---C-----GGACA-GACAGA-TG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-Aaaac
gi|45 : attc---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TC-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|6 : TTTCCTTCTAAGTAAATATTTAT--GACCT-AACATCTCACATTCGACCTTCACAATCAACTTAGG-ATCTTCCTTTCTCGTTCACGGTGATCAATTGTTACCAAGGTTGTTAAGATAGTG-GAGTTTACGGTTCAGa
gi|7 : GGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTATCCTACTAAGTT-ACACTTACCGATTCTTGACCT-TGACCTT-----TTGGAAAACTACTT
gi|8 : GGTTATCAAATGT-ACCAGG-TTGT-AAGTTACCG-G-Gcagcatggttgatcaattg
gi|8 : tGA-CA---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TT-ACA-T-CT-TT-T-CCG-G-GTGTACAAgttggaacgacagatgacaccataccataatacattacatcttttccgggtgtacaataagatt
gi|9 : tggttatcaaatgtaccaggttgtaagttaccggggttggaacACACAAGCCC-GGACAG-A---CAGGGAAGACG-GACGGA-C-----AC------G-AC-G--------CGT--A------T-A---C--CA---T-AA---ACGG-TC-CCG-T-CTATC-G-ACG-G-GCGtaagatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGGTACAAATATGAAAACGATACTAATTAATAGGGACTTTTTTGCGAACATTTGAAGTATGGTGATGTAAAAATACAAGTTGGTGAAACAAGAGAGTTCCACGCTATCAAAACCCAGGTAAAGAGGGCTTCTTCTTCGAGATCTTAAAGAAATGCCGATTACTGATAACTGTAATGTGTTATATAACATCCACACCACAGTCCTTGCAGGCGTCATCAAGTTTGATTGACAAGCGGGCTTTGCTTTGATCAGGAACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTCAACT
Unaligned ( gi|5 ): CTGTAATTGTTATCAAAACATCATACCTCGACAATCGCACACCACAGTCCCCGCAGACGTCAATCAAGTTTGATTGACAAGCGGCTTTGCTTTGATCAGGACACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTAACTTAAAATTGGGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCAGGACACAGGTAAAATTTGATGGCGTTAACTTAAAATTGGGTTTT
Unaligned ( gi|39 ): CCCTCTTATCATAGTGATCAAATGATCCTGGAGATTACATCTCATTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 111 1 1 1 11 2222 1 1 1 2222
lowQualScore : 1 77 2 111 555 7 3 3 7 2 1 00 0 6 1 77 1111 1 3 3 3 0 8888 3 99 3 44 1 222 55555 44 3 1 5555 555555 2 4444444444 1 11 333333 2 333 22 111 1 1 1 1 2 1 1 3 1 1 2 1 1
lowQualScore : . .. . ... ... . . . . . . .. . . . .. .... . . . . . .... . .. . .. . ... ..... .. . . .... ...... . .......... . .. ...... . ... .. ... . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55 5 000 777 3 3 3 3 0 0 33 7 7 0 33 5555 0 3 3 3 7 7777 7 66 3 00 8 888 44444 55 9 2 3333 444444 2 1111111111 1 55 111111 1 222 44 888 0 0 0 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
consensus : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
Reference ( family-3536 ) : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCGTCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
gi|1 : CC-GGACGG-A---C-----GATTA-GACGGA-CG-----C------G-AG-A--------C-T--A------T-A---C--CA---T-GA-TAAC-G-CC-CCG----G-TT-G-ACACG-GCGTATAA
gi|10 : gAGTCA-GGACAG-G---C-----CGACG-GACGAA-CA---GACA-----G-AC-GGACAAACCC-C--A------T-A---C--CC---T-TA-T-AC-G-TA-TCG-T-CT-TT-A-AAG-G-GCGTCTAAaaaaatcatacaaatattgcaaataaagtctgcaacgcatgtcctgattttaacatgtatcaaataataggtgcggagttgatgtaacaaattgataatactaaaattgtcgttatatgaatttataactgtaatcgcacgtaaataaaggcaattatatgagactttttgcaacatttgaagtctggtagataaaataacatagttgatgaacaagaggagttcacgcttatcaaaaccaggtaaagagggggcttctttgagatctaaaaatgcgatactgataactgtaattgttatcaaaacaccatactggaaatcaacgcccacggccactgtgacgtcatcaagtttgcttgacaagcggctttggctttgatcggacactaggtaaaatttgaggcgttctaacgttaaaattggcacttta
gi|11 : TTTGGCCTACG-AGGCC--GGAATG-A---CC----AGACG-GATGGA-T------C------G-AC-A--------C-T--A------T-A---TGGCA---T-AA-T-AG-G-GT-CCG-TCCT-TT-GTCCG-G-GCGTATaa
gi|12 : CCC-AGACAG-ATGAC-----AGACGAGACAGA-CG---GAC------T-GT-G--------C-T--A------T-AAC-C--CA---T-AAAT-AC-T-AC-CCG-T-CT-TT-G-AAG-G-GTGT
gi|13 : gaGTCCTGCCTACA-AGGCGC-AGATAG-A---C-----AGACG-GACG-------------------AC-A--------C-C--A------T-A---T--CA------------------------CT-TT-G-ACG-G-GTCTATAAggata
gi|14 : agcttttggtctgtACA-AAGCCCTGGACCA-A---C-----GCACA-GAGAGA-CGT--GAC------G-ACAG--------C-T--G------TTA---C--CA---TTAA-T-AC-G-TC-C---T-CT-TC-G-ACA-G-GCGTATAa
gi|15 : C-AGACAG-A---C-----TGACT-GACAGA-TG---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--TA---T-AT-A-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-C-ACA-G-GCTTAT
gi|16 : ggacagaACA-AAGCCT-TGACAG-A---C-----A-ACA-GAGGGA-CGATCGAC------GCAC-G--------C-T--G------T-A---C--CA---T--A-T-AC-GTTC-CCATT-CC-TC-G-ACA-G-caaa
gi|17 : CA-AAGCCC-GACCAGAA---C-----AGAAA-GACAGACCA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-AATGC--CA---T-AA-T-A--G-T--CCG-T-CT-TC-G-ACA-G-ATGTcat
gi|18 : ATAG-A---C-----AGACA-TAAATA-CG---GAC--------AC-A--------C-T--G------T-G---C--CATTTT-AA-T-AT-G-GT-CCA-T-CT-GT-G-GTG-G-GTGTATAA
gi|19 : A-AGGCCC-GGACAG-A---C-----A---------GA-CG---GAC------G-AC-G--------C-TAAA------TAA---C--CA---T-AA-G-GA-G-GT-CCG-TCCT-TC-G-ACG-G-GCGaa
gi|2 : aAG-C---C-----GGACG-GACGGA-TA---GACGGGACGG-AC-G--------C-T--A--------A---C--CA---T-GA---AC-GCCC-CCG-T-TC-TT---ACA-G-GCGTATAA
gi|20 : CAG-A---C-----AGAGA-GACGTA-CT---GA-------G-AT-A--------C----A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TG-CCG-T-CT-TTAG-ACG-GTGTGTATAAaaaatcatagcaatatgcaaataaaagtcatgcacaaccactgtctctgattttacatgtaatcaaataataaaggtgcggtagttttgatgtaacaagattgatattactgtatggcacgtacaataaaggctaatttatagaactatttgggcaacattgaagtctggtaggattaaaaatacaatttttgagaacatagagttccacgctatcaaaaacacaggtaaagaggcttcttttgagatctaaagaatgccgatacctgataactgtaatctgttatctaaacattcagacctggaccaatcacacaccacgcgtccctgtagacgtcaatcaagtcttgcattgacaagccggcgtttgctttgcatcaggacacagtaaagttgaggagcgtataacttaaaatttgcacttt
gi|21 : cAG-A---C-----AGACA-AATAGA-CA---GAC------TCAC-A--------C-T---------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCATATGA
gi|22 : tCTACA-AAGCC--GGAAAG-A---------AGA----------------AC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--C----T-A--T-AC-G-AT-CCG-T-CT-CT-G-ACA-G-GCGTATAA
gi|23 : ATG-GTCAGA-TG---GAT------A-AA-G--------C-T--ACATGTAT-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-ATGTAa
gi|24 : CCT-GGACAG-A---C-----AG-----------CA---GAT------G-AC-A----------T--A------T-A---T--CA---T--A-T-AA-A-TC-CTG-T-CT-TT-GAACA-G-GCGTATA
gi|25 : -----AGAAG-GACAGA-CA---GA-------G-GC---------------A------T-A---C--GA---T-AA-T-AT-G-TC-TCA-T-CT-TT-G-ATG-T-GCATATAA
gi|26 : ---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAT------G-AC-G--------C-T--A------T-A---TA-CA---T-TA-T-AC-G-TC-CCG-T-CG-TT---ATT-A-GCGTATaaa
gi|27 : -A---C-----AAACA-GGCAGA-CA---GAC------G-AC-G--------C-C--A------T-A---C--TA---T-TG-T-AC---TA-CAA-T-CT-TT-A-ACG-G-GCGTAT
gi|28 : ACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T---------G-TCTTTA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGT
gi|29 : agtctgaACA-AAGCCC-GGACAT-A---C-----A-AC--AAC-GA-CA---GAC------G-AC-C--------T-T--A------C-A-------------AG-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-Tta
gi|30 : -GACAGA-CG---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AG-T-TC-CCG-T-CT-TT-G-AAA-G-ATGTATAAga
gi|31 : TACA-AGGCCT-GGACAG-A---C-----AGATG-GA--------------------------------------------------------------A-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-ATG-G-GTGTATAAaa
gi|32 : ACAGA-CA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-T--CTG-TCCT-TC-G-ACA-G-ATGTATAAa
gi|33 : GA-CA---GAC------A-AT-A--------T-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-CC-ATG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTACAAaa
gi|35 : ---GAT------G-AC----------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-aa
gi|36 : acagatcagta---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--TA---C-AA-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-TC-G-Ag
gi|37 : c-CA---GGT------G-AT-G--------C-C--T------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ACA-G-GCATATAA
gi|38 : G---GAC------A-AT-G--------C-C--A------T-A---C--CA---T-A-----T-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTATAAa
gi|4 : tGGAGCTAATGGTTCA--TTCTGTTTCCTGCCTAC---GTTTTCCTACTAAGTGA-CACT-A-CAA-CCTTGACCTTTGACTTACAACCTTCAAAAACAA--TACGCGTCTTCCTTTCA---TCATGGTGATCAACTG-TACCAA-GTTG-TAAGATCCTGTA-GTTTATGGTTCAGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GATGGA-CG---GAC------A-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAAaag
gi|40 : ct--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-AC--G-GCACATAA
gi|41 : CA-GACAAA-CA---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TC-CCA-T-CT-TT-A-Aaaactgtt
gi|42 : ---GACA-----G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-TTG-T-CT-TT-G-AC--G-GCGT
gi|43 : ta-A---C--CA---A-AA-T-AT-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|44 : ---C-----GGACA-GACAGA-TG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-Aaaac
gi|45 : attc---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TC-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|6 : TTTCCTTCTAAGTAAATATTTA-TGA-CCT-AACATCTCACATTCGACCTTCACAATCAACTTAGG-ATCTTCCTTTCTCGTTCACGGTGATCAATTGTTACCAAGGTTGTTAAGATAGTG-GAGTTTACGGTTCAGa
gi|7 : GGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTATCCTACTAAGTT-ACACTTACCGATTCTTGACCT-TGACCTT-----TTGGAAAACTACTTCAGCAT
gi|8 : GGTTATCAAATG-TACCAG-GTTG-TAAGTTACCG-G-------GGTT-----------------GGAACG-A---C-----AGA-----------------T------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TT-ACA-T-CT-TT-T-CCG-G-GTGTACAAggttgatcaattg
gi|9 : tACACAAGCCC-GGACAG-A---CAGGGAAGACG-GACGGA-C-----AC------G-AC-G--------CGT--A------T-A---C--CA---T-AA---ACGG-TC-CCG-T-CTATC-G-ACG-G-GCGtaagatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGGTACAAATATGAAAACGATACTAATTAATAGGGACTTTTTTGCGAACATTTGAAGTATGGTGATGTAAAAATACAAGTTGGTGAAACAAGAGAGTTCCACGCTATCAAAACCCAGGTAAAGAGGGCTTCTTCTTCGAGATCTTAAAGAAATGCCGATTACTGATAACTGTAATGTGTTATATAACATCCACACCACAGTCCTTGCAGGCGTCATCAAGTTTGATTGACAAGCGGGCTTTGCTTTGATCAGGAACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTCAACT
Unaligned ( gi|5 ): CTGTAATTGTTATCAAAACATCATACCTCGACAATCGCACACCACAGTCCCCGCAGACGTCAATCAAGTTTGATTGACAAGCGGCTTTGCTTTGATCAGGACACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTAACTTAAAATTGGGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCAGGACACAGGTAAAATTTGATGGCGTTAACTTAAAATTGGGTTTT
Unaligned ( gi|39 ): CCCTCTTATCATAGTGATCAAATGATCCTGGAGATTACATCTCATTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 111 1 1 1 11 2222 1 1 1 2222
lowQualScore : 1 77 2 111 555 7 3 3 7 2 1 00 0 6 1 6 1111 1 3 3 3 0 8888 3 99 3 44 1 222 55555 44 3 1 5555 555555 2 4444444444 1 11 333333 2 333 22 111 1 1 1 1 2 1 1 3 1 1 2 1 1
lowQualScore : . .. . ... ... . . . . . . .. . . . . .... . . . . . .... . .. . .. . ... ..... .. . . .... ...... . .......... . .. ...... . ... .. ... . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55 5 000 777 3 3 3 3 0 0 33 7 7 0 7 5555 0 3 3 3 7 7777 7 66 3 00 8 888 44444 55 9 2 3333 444444 2 1111111111 1 55 111111 1 222 44 888 0 0 0 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
consensus : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
Reference ( family-3536 ) : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
gi|1 : CC-GGACGG-A---C-----GATTA-GACGGA-CG-----C------G-AG-A--------C-T--A------T-A---C--CA---T-GA-TAAC-G-CC-CCG----G-TT-G-ACACG-GCGTATAA
gi|10 : gAGTCA-GGACAG-G---C-----CGACG-GACGAA-CA---GACA-----G-AC-GGACAAACCC-C--A------T-A---C--CC---T-TA-T-AC-G-TA-TCG-T-CT-TT-A-AAG-G-GCGTCTAAaaaaatcatacaaatattgcaaataaagtctgcaacgcatgtcctgattttaacatgtatcaaataataggtgcggagttgatgtaacaaattgataatactaaaattgtcgttatatgaatttataactgtaatcgcacgtaaataaaggcaattatatgagactttttgcaacatttgaagtctggtagataaaataacatagttgatgaacaagaggagttcacgcttatcaaaaccaggtaaagagggggcttctttgagatctaaaaatgcgatactgataactgtaattgttatcaaaacaccatactggaaatcaacgcccacggccactgtgacgtcatcaagtttgcttgacaagcggctttggctttgatcggacactaggtaaaatttgaggcgttctaacgttaaaattggcacttta
gi|11 : TTTGGCCTACG-AGGCC--GGAATG-A---CC----AGACG-GATGGA-T------C------G-AC-A--------C-T--A------T-A---TGGCA---T-AA-T-AG-G-GT-CCG-TCCT-TT-GTCCG-G-GCGTATaa
gi|12 : CCC-AGACAG-ATGAC-----AGACGAGACAGA-CG---GAC------T-GT-G--------C-T--A------T-AAC-C--CA---T-AAAT-AC-T-AC-CCG-T-CT-TT-G-AAG-G-GTGT
gi|13 : gaGTCCTGCCTACA-AGGCGC-AGATAG-A---C-----AGACG-GACG-------------------AC-A--------C-C--A------T-A---T--CA------------------------CT-TT-G-ACG-G-GTCTATAAggata
gi|14 : agcttttggtctgtACA-AAGCCCTGGACCA-A---C-----GCACA-GAGAGA-CGT--GAC------G-ACAG--------C-T--G------TTA---C--CA---TTAA-T-AC-G-TC-C---T-CT-TC-G-ACA-G-GCGTATAa
gi|15 : C-AGACAG-A---C-----TGACT-GACAGA-TG---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--TA---T-AT-A-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-C-ACA-G-GCTTAT
gi|16 : ggacagaACA-AAGCCT-TGACAG-A---C-----A-ACA-GAGGGA-CGATCGAC------GCAC-G--------C-T--G------T-A---C--CA---T--A-T-AC-GTTC-CCATT-CC-TC-G-ACA-G-caaa
gi|17 : CA-AAGCCC-GACCAGAA---C-----AGAAA-GACAGACCA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-AATGC--CA---T-AA-T-A--G-T--CCG-T-CT-TC-G-ACA-G-ATGTcat
gi|18 : ATAG-A---C-----AGACA-TAAATA-CG---GAC--------AC-A--------C-T--G------T-G---C--CATTTT-AA-T-AT-G-GT-CCA-T-CT-GT-G-GTG-G-GTGTATAA
gi|19 : A-AGGCCC-GGACAG-A---C-----A---------GA-CG---GAC------G-AC-G--------C-TAAA------TAA---C--CA---T-AA-G-GA-G-GT-CCG-TCCT-TC-G-ACG-G-GCGaa
gi|2 : aAG-C---C-----GGACG-GACGGA-TA---GACGGGACGG-AC-G--------C-T--A--------A---C--CA---T-GA---AC-GCCC-CCG-T-TC-TT---ACA-G-GCGTATAA
gi|20 : CAG-A---C-----AGAGA-GACGTA-CT---GA-------G-AT-A--------C----A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TG-CCG-T-CT-TTAG-ACG-GTGTGTATAAaaaatcatagcaatatgcaaataaaagtcatgcacaaccactgtctctgattttacatgtaatcaaataataaaggtgcggtagttttgatgtaacaagattgatattactgtatggcacgtacaataaaggctaatttatagaactatttgggcaacattgaagtctggtaggattaaaaatacaatttttgagaacatagagttccacgctatcaaaaacacaggtaaagaggcttcttttgagatctaaagaatgccgatacctgataactgtaatctgttatctaaacattcagacctggaccaatcacacaccacgcgtccctgtagacgtcaatcaagtcttgcattgacaagccggcgtttgctttgcatcaggacacagtaaagttgaggagcgtataacttaaaatttgcacttt
gi|21 : cAG-A---C-----AGACA-AATAGA-CA---GAC------TCAC-A--------C-T---------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCATATGA
gi|22 : tCTACA-AAGCC--GGAAAG-A---------AGA----------------AC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--C----T-A--T-AC-G-AT-CCG-T-CT-CT-G-ACA-G-GCGTATAA
gi|23 : ATG-GTCAGA-TG---GAT------A-AA-G--------C-T--ACATGTAT-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-ATGTAa
gi|24 : CCT-GGACAG-A---C-----AG-----------CA---GAT------G-AC-A----------T--A------T-A---T--CA---T--A-T-AA-A-TC-CTG-T-CT-TT-GAACA-G-GCGTATA
gi|25 : -----AGAAG-GACAGA-CA---GA-------G-GC---------------A------T-A---C--GA---T-AA-T-AT-G-TC-TCA-T-CT-TT-G-ATG-T-GCATATAA
gi|26 : ---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAT------G-AC-G--------C-T--A------T-A---TA-CA---T-TA-T-AC-G-TC-CCG-T-CG-TT---ATT-A-GCGTATaaa
gi|27 : -A---C-----AAACA-GGCAGA-CA---GAC------G-AC-G--------C-C--A------T-A---C--TA---T-TG-T-AC---TA-CAA-T-CT-TT-A-ACG-G-GCGTAT
gi|28 : ACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T---------G-TCTTTA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGT
gi|29 : agtctgaACA-AAGCCC-GGACAT-A---C-----A-AC--AAC-GA-CA---GAC------G-AC-C--------T-T--A------C-A-------------AG-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-Tta
gi|30 : -GACAGA-CG---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AG-T-TC-CCG-T-CT-TT-G-AAA-G-ATGTATAAga
gi|31 : TACA-AGGCCT-GGACAG-A---C-----AGATG-GA--------------------------------------------------------------A-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-ATG-G-GTGTATAAaa
gi|32 : ACAGA-CA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-T--CTG-TCCT-TC-G-ACA-G-ATGTATAAa
gi|33 : GA-CA---GAC------A-AT-A--------T-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-CC-ATG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTACAAaa
gi|35 : ---GAT------G-AC----------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-aa
gi|36 : acagatcagta---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--TA---C-AA-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-TC-G-Ag
gi|37 : c-CA---GGT------G-AT-G--------C-C--T------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ACA-G-GCATATAA
gi|38 : G---GAC------A-AT-G--------C-C--A------T-A---C--CA---T-A-----T-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTATAAa
gi|4 : tGGAGCTAATGGTTCA--TTCTGTTTCCTGCCTAC---GTTTTCCTACTAAGTGA-CACT-A-CAA-CCTTGACCTTTGACTTACAACCTTCAAAAACAA--TACGCGTCTTCCTTTCA---TCATGGTGATCAACTG-TACCAA-GTTG-TAAGATCCTGTA-GTTTATGGTTCAGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GATGGA-CG---GAC------A-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAAaag
gi|40 : ct--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-AC--G-GCACATAA
gi|41 : CA-GACAAA-CA---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TC-CCA-T-CT-TT-A-Aaaactgtt
gi|42 : ---GACA-----G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-TTG-T-CT-TT-G-AC--G-GCGT
gi|43 : ta-A---C--CA---A-AA-T-AT-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|44 : ---C-----GGACA-GACAGA-TG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-Aaaac
gi|45 : attc---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TC-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|6 : TTTCCTTCTAAGTAAATATTTA-TGA-CCT-AACATCTCACATTCGACCTTCACAATCAACTTAGG-ATCTTCCTTTCTCGTTCACGGTGATCAATTGTTACCAAGGTTGTTAAGATAGTG-GAGTTTACGGTTCAGa
gi|7 : GGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTATCCTACTAAGTT-ACACTTACCGATTCTTGACCT-TGACCTT-----TTGGAAAACTACTTCAGCAT
gi|8 : GGTTATCAAATG-TACCAG-GTTG-TAAGTTACCG-G-------GGTT-----------------GGAACG-A---C-----AGA-----------------T------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TT-ACA-T-CT-TT-T-CCG-G-GTGTACAAggttgatcaattg
gi|9 : tACACAAGCCC-GGACAG-A---CAGGGAAGACG-GACGGA-C-----AC------G-AC-G--------CGT--A------T-A---C--CA---T-AA---ACGG-TC-CCG-T-CTATC-G-ACG-G-GCGtaagatt
blockSeqs : T GG G CAT AAA T C T T C A CG C G C TCGT T T G T GAG C CT C CT A TGA AGGGA GA G C GATC GGGACG C GGACAAACC G AA CATGTA T ATG GG TTT T A . G T T T C A A T . T
blockSeqs : TA T . . . . C . C A . A . . . G . CA . A . . C G G . GT A C AG . . . A AC A . . . . . C . . C . . A . .
blockSeqs : CA . C . . . G A . A A . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . C . . . G G . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . A A . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . T A . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . A G . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . A A . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . A A . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . G G . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . A G . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . A A . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . G A . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G A . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A A . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A A . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A G . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G A . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
finalCons : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGGTACAAATATGAAAACGATACTAATTAATAGGGACTTTTTTGCGAACATTTGAAGTATGGTGATGTAAAAATACAAGTTGGTGAAACAAGAGAGTTCCACGCTATCAAAACCCAGGTAAAGAGGGCTTCTTCTTCGAGATCTTAAAGAAATGCCGATTACTGATAACTGTAATGTGTTATATAACATCCACACCACAGTCCTTGCAGGCGTCATCAAGTTTGATTGACAAGCGGGCTTTGCTTTGATCAGGAACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTCAACT
Unaligned ( gi|5 ): CTGTAATTGTTATCAAAACATCATACCTCGACAATCGCACACCACAGTCCCCGCAGACGTCAATCAAGTTTGATTGACAAGCGGCTTTGCTTTGATCAGGACACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTAACTTAAAATTGGGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCAGGACACAGGTAAAATTTGATGGCGTTAACTTAAAATTGGGTTTT
Unaligned ( gi|39 ): CCCTCTTATCATAGTGATCAAATGATCCTGGAGATTACATCTCATTG
Alignments
lowQualScore : 11 222 111 1 1 1 11 2222 1 1 1 2222
lowQualScore : 1 77 2 111 555 7 3 3 7 2 1 00 0 6 1 6 1111 1 3 3 3 0 8888 3 99 3 44 1 222 55555 44 3 1 5555 555555 2 4444444444 1 11 333333 2 333 22 111 1 1 1 1 2 1 1 3 1 1 2 1 1
lowQualScore : . .. . ... ... . . . . . . .. . . . . .... . . . . . .... . .. . .. . ... ..... .. . . .... ...... . .......... . .. ...... . ... .. ... . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 55 5 000 777 3 3 3 3 0 0 33 7 7 0 7 5555 0 3 3 3 7 7777 7 66 3 00 8 888 44444 55 9 2 3333 444444 2 1111111111 1 55 111111 1 222 44 888 0 0 0 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
consensus : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
Reference ( family-3536 ) : NNGGAGCTNACGGTTCAGGTCGTGTTCCCTGCCTACCATGTTTTCCTACTAAGTNAACACTTA-CGA-CCTTGACCTCTGACNTTCGACCTTCGAAAACAACTTANGCATCTTCCTTTCNCGTTCACGGTGATCAANTG-TACCAA-GTTG-TAAGATACCG-G-GTTTACGGTTCGGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GACGGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAA
gi|1 : CC-GGACGG-A---C-----GATTA-GACGGA-CG-----C------G-AG-A--------C-T--A------T-A---C--CA---T-GA-TAAC-G-CC-CCG----G-TT-G-ACACG-GCGTATAA
gi|10 : gAGTCA-GGACAG-G---C-----CGACG-GACGAA-CA---GACA-----G-AC-GGACAAACCC-C--A------T-A---C--CC---T-TA-T-AC-G-TA-TCG-T-CT-TT-A-AAG-G-GCGTCTAAaaaaatcatacaaatattgcaaataaagtctgcaacgcatgtcctgattttaacatgtatcaaataataggtgcggagttgatgtaacaaattgataatactaaaattgtcgttatatgaatttataactgtaatcgcacgtaaataaaggcaattatatgagactttttgcaacatttgaagtctggtagataaaataacatagttgatgaacaagaggagttcacgcttatcaaaaccaggtaaagagggggcttctttgagatctaaaaatgcgatactgataactgtaattgttatcaaaacaccatactggaaatcaacgcccacggccactgtgacgtcatcaagtttgcttgacaagcggctttggctttgatcggacactaggtaaaatttgaggcgttctaacgttaaaattggcacttta
gi|11 : TTTGGCCTACG-AGGCC--GGAATG-A---CC----AGACG-GATGGA-T------C------G-AC-A--------C-T--A------T-A---TGGCA---T-AA-T-AG-G-GT-CCG-TCCT-TT-GTCCG-G-GCGTATaa
gi|12 : CCC-AGACAG-ATGAC-----AGACGAGACAGA-CG---GAC------T-GT-G--------C-T--A------T-AAC-C--CA---T-AAAT-AC-T-AC-CCG-T-CT-TT-G-AAG-G-GTGT
gi|13 : gaGTCCTGCCTACA-AGGCGC-AGATAG-A---C-----AGACG-GACG-------------------AC-A--------C-C--A------T-A---T--CA------------------------CT-TT-G-ACG-G-GTCTATAAggata
gi|14 : agcttttggtctgtACA-AAGCCCTGGACCA-A---C-----GCACA-GAGAGA-CGT--GAC------G-ACAG--------C-T--G------TTA---C--CA---TTAA-T-AC-G-TC-C---T-CT-TC-G-ACA-G-GCGTATAa
gi|15 : C-AGACAG-A---C-----TGACT-GACAGA-TG---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--TA---T-AT-A-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-C-ACA-G-GCTTAT
gi|16 : ggacagaACA-AAGCCT-TGACAG-A---C-----A-ACA-GAGGGA-CGATCGAC------GCAC-G--------C-T--G------T-A---C--CA---T--A-T-AC-GTTC-CCATT-CC-TC-G-ACA-G-caaa
gi|17 : CA-AAGCCC-GACCAGAA---C-----AGAAA-GACAGACCA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-AATGC--CA---T-AA-T-A--G-T--CCG-T-CT-TC-G-ACA-G-ATGTcat
gi|18 : ATAG-A---C-----AGACA-TAAATA-CG---GAC--------AC-A--------C-T--G------T-G---C--CATTTT-AA-T-AT-G-GT-CCA-T-CT-GT-G-GTG-G-GTGTATAA
gi|19 : A-AGGCCC-GGACAG-A---C-----A---------GA-CG---GAC------G-AC-G--------C-TAAA------TAA---C--CA---T-AA-G-GA-G-GT-CCG-TCCT-TC-G-ACG-G-GCGaa
gi|2 : aAG-C---C-----GGACG-GACGGA-TA---GACGGGACGG-AC-G--------C-T--A--------A---C--CA---T-GA---AC-GCCC-CCG-T-TC-TT---ACA-G-GCGTATAA
gi|20 : CAG-A---C-----AGAGA-GACGTA-CT---GA-------G-AT-A--------C----A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TG-CCG-T-CT-TTAG-ACG-GTGTGTATAAaaaatcatagcaatatgcaaataaaagtcatgcacaaccactgtctctgattttacatgtaatcaaataataaaggtgcggtagttttgatgtaacaagattgatattactgtatggcacgtacaataaaggctaatttatagaactatttgggcaacattgaagtctggtaggattaaaaatacaatttttgagaacatagagttccacgctatcaaaaacacaggtaaagaggcttcttttgagatctaaagaatgccgatacctgataactgtaatctgttatctaaacattcagacctggaccaatcacacaccacgcgtccctgtagacgtcaatcaagtcttgcattgacaagccggcgtttgctttgcatcaggacacagtaaagttgaggagcgtataacttaaaatttgcacttt
gi|21 : cAG-A---C-----AGACA-AATAGA-CA---GAC------TCAC-A--------C-T---------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACG-G-GCATATGA
gi|22 : tCTACA-AAGCC--GGAAAG-A---------AGA----------------AC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--C----T-A--T-AC-G-AT-CCG-T-CT-CT-G-ACA-G-GCGTATAA
gi|23 : ATG-GTCAGA-TG---GAT------A-AA-G--------C-T--ACATGTAT-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-ATGTAa
gi|24 : CCT-GGACAG-A---C-----AG-----------CA---GAT------G-AC-A----------T--A------T-A---T--CA---T--A-T-AA-A-TC-CTG-T-CT-TT-GAACA-G-GCGTATA
gi|25 : -----AGAAG-GACAGA-CA---GA-------G-GC---------------A------T-A---C--GA---T-AA-T-AT-G-TC-TCA-T-CT-TT-G-ATG-T-GCATATAA
gi|26 : ---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAT------G-AC-G--------C-T--A------T-A---TA-CA---T-TA-T-AC-G-TC-CCG-T-CG-TT---ATT-A-GCGTATaaa
gi|27 : -A---C-----AAACA-GGCAGA-CA---GAC------G-AC-G--------C-C--A------T-A---C--TA---T-TG-T-AC---TA-CAA-T-CT-TT-A-ACG-G-GCGTAT
gi|28 : ACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T---------G-TCTTTA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGT
gi|29 : agtctgaACA-AAGCCC-GGACAT-A---C-----A-AC--AAC-GA-CA---GAC------G-AC-C--------T-T--A------C-A-------------AG-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-Tta
gi|30 : -GACAGA-CG---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AG-T-TC-CCG-T-CT-TT-G-AAA-G-ATGTATAAga
gi|31 : TACA-AGGCCT-GGACAG-A---C-----AGATG-GA--------------------------------------------------------------A-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-ATG-G-GTGTATAAaa
gi|32 : ACAGA-CA---GAC------A-GA-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-T--CTG-TCCT-TC-G-ACA-G-ATGTATAAa
gi|33 : GA-CA---GAC------A-AT-A--------T-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-CC-ATG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTACAAaa
gi|35 : ---GAT------G-AC----------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TT-G-ACA-G-aa
gi|36 : acagatcagta---C-----GGACA-GACAGA-CG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--TA---C-AA-T-AC-G-TT-CCG-T-CT-TC-G-Ag
gi|37 : c-CA---GGT------G-AT-G--------C-C--T------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ACA-G-GCATATAA
gi|38 : G---GAC------A-AT-G--------C-C--A------T-A---C--CA---T-A-----T-G-TC-CTG-T-CT-TT-G-ATG-G-GCGTATAAa
gi|4 : tGGAGCTAATGGTTCA--TTCTGTTTCCTGCCTAC---GTTTTCCTACTAAGTGA-CACT-A-CAA-CCTTGACCTTTGACTTACAACCTTCAAAAACAA--TACGCGTCTTCCTTTCA---TCATGGTGATCAACTG-TACCAA-GTTG-TAAGATCCTGTA-GTTTATGGTTCAGCCTACA-AAGCCC-GGACAG-A---C-----AGACG-GATGGA-CG---GAC------A-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCGTATAAaag
gi|40 : ct--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CAA-T-CT-TT-G-AC--G-GCACATAA
gi|41 : CA-GACAAA-CA---GAT------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TC-CCA-T-CT-TT-A-Aaaactgtt
gi|42 : ---GACA-----G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AT-G-TC-TTG-T-CT-TT-G-AC--G-GCGT
gi|43 : ta-A---C--CA---A-AA-T-AT-G-TC-CCA-T-CT-TT-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|44 : ---C-----GGACA-GACAGA-TG---GAC------G-AC-G--------C-T--A------T-A---C--CA---T-AA-T-Aaaac
gi|45 : attc---C--CA---T-AA-T-AC-G-TC-CCG-T-CT-TC-G-ACG-G-GCTTATAA
gi|6 : TTTCCTTCTAAGTAAATATTTA-TGA-CCT-AACATCTCACATTCGACCTTCACAATCAACTTAGG-ATCTTCCTTTCTCGTTCACGGTGATCAATTGTTACCAAGGTTGTTAAGATAGTG-GAGTTTACGGTTCAGa
gi|7 : GGAGTTTACGGTTCAGGTCGTATTCCTTGTCTACCATGTTATCCTACTAAGTT-ACACTTACCGATTCTTGACCT-TGACCTT-----TTGGAAAACTACTTCAGCAT
gi|8 : GGTTATCAAATG-TACCAG-GTTG-TAAGTTACCG-G-------GGTT-----------------GGAACG-A---C-----AGA-----------------T------G-AC-A--------C-C--A------T-A---C--CA---T-AA-T-AC-A-TT-ACA-T-CT-TT-T-CCG-G-GTGTACAAggttgatcaattg
gi|9 : tACACAAGCCC-GGACAG-A---CAGGGAAGACG-GACGGA-C-----AC------G-AC-G--------CGT--A------T-A---C--CA---T-AA---ACGG-TC-CCG-T-CTATC-G-ACG-G-GCGtaagatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGGTACAAATATGAAAACGATACTAATTAATAGGGACTTTTTTGCGAACATTTGAAGTATGGTGATGTAAAAATACAAGTTGGTGAAACAAGAGAGTTCCACGCTATCAAAACCCAGGTAAAGAGGGCTTCTTCTTCGAGATCTTAAAGAAATGCCGATTACTGATAACTGTAATGTGTTATATAACATCCACACCACAGTCCTTGCAGGCGTCATCAAGTTTGATTGACAAGCGGGCTTTGCTTTGATCAGGAACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTCAACT
Unaligned ( gi|5 ): CTGTAATTGTTATCAAAACATCATACCTCGACAATCGCACACCACAGTCCCCGCAGACGTCAATCAAGTTTGATTGACAAGCGGCTTTGCTTTGATCAGGACACAGGTAAAATTTGAGGGCGTTAACTTAAAATTGGGT
Unaligned ( gi|34 ): TGATCAGGACACAGGTAAAATTTGATGGCGTTAACTTAAAATTGGGTTTT
Unaligned ( gi|39 ): CCCTCTTATCATAGTGATCAAATGATCCTGGAGATTACATCTCATTG