lowQualScore : 999999 1 55555 11 111 555555555555555555555555 1 222 1 11 1 1 11 1111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 111 1 111 111111111 111
lowQualScore : 0 111111 5 3 11111 33 444 999999999999999999999999 2 333 0 33 2 0 8 2 55 7 7 2 9999999 3 3 1 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 9999999999999 33 2 5555 111 555 9999999 5 5 111 222222222 444 555 66 77
lowQualScore : . ...... . . ..... .. ... ........................ . ... . .. . . . . .. . . . ....... . . . . .................................................................................................. . ............. .. . .... ... ... ....... . . ... ......... ... ... .. ..
lowQualScore : 8 888888 0 5 88888 88 000 888888888888888888888888 8 888 0 88 5 0 8 3 77 5 2 0 5555555 3 2 4 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 1111111111111 77 7 7777 000 000 0000000 2 0 111 666666666 444 111 22 00
consensus : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----TGTACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCA-CTTTAACGCAA---TTT------------------C-AT--TGCGCTTTTGTTTTCACT--ACG-TTA--TNTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAATTCAAAGATTCACAG----T-AACAA-TTTTAGAAGCAAAATGTTTCCAAAC-CGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----AT----G------GTTTAAACTGATT---A--AGT--TC---ATTA-TT---TGTTTTTGTC-AGA-CTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----T-GGCC---AT------CATCGGACGCCATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TGTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCGAACCTGAT
Reference ( gi|1 ) : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATACATGTATACCTTATCGTTGCCGTCACGCATTTTAACGCATATATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCA-TTTTAACGCAA---TTT------------------C-AT--TGCGCGTTTGTTTTCACT--TCG-TTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTCTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGAAAACTTTGGAGAAAATTTTAATTCAAAGATTCACAG----T-TACAA-TTTTAGAAACAAAATGTTTTCAAAC-CGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----AT----G------GTTTAAATTGACT---A--GGT--TT---ATTT-TT-T-TGTTTTTGTC-A-A-CTC----GATGTTA--A-TAACAGTC----T-AACC---AT------TATCGGATGCCATCTTTTCCCC--TGT---TC----A---TGTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCGCCATGCGTTTTATTAAACCTGAT
gi|4 : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA------TACCTTATCCTCGCCGTCACGCACTTAAACACATAT----ACCGTGTCCTTGCAATCACGCA-CTTTAACGCAA---TTT------------------C-AT--TGCGCTTTTGTTTTCACT--GCG-TTA--TCTCG-TTAATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|13 : caTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----TGTACCCTATCCTC-CCGTCACGCATTTTAACGCATAT----ACCGTGTCCTCGAAATCACGCC-ATTTAACGCAA---TTCATTGTCTCTTTGTTTCAAC-AT--TGCGCTTTTGTTTTCACT--ACG-TTA--TATCA-TTGATACtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaattttaattca
gi|26 : TCCTCGTCGTCACGCATTTTAACGCA------TGTACCGTTTCCTCGCAATCACGCACTTTAACACA
gi|28 : ccccaTCCTTGCAATCAGGCAATTTAACACATAC------ACCTTATCTTTGatttcattg
gi|2 : ccgCTCGCAATCACTCATTTTAACGCATA------TACCTTATCCCCGCCGTAACGCATTTTAACGCATATA----CCGTGTCCTAGCAATCACGCA-CTTTAACGCAA---TTT------------------C--T--TGCGCTTTTGTTTTCACT--ACG-TTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|26 : CCCCATCCTCGTCGTCACGCATTTTAACGCATGTA----CCGTTTCCTCGCAATCACGCA-CTTTAACACAA---TTT------------------C-AT--TGtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcacagactgtacaaattttagacgtaaaatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaagttcattatttttttttcagacccaagattaataacagtctaccatcatcagatgtcaacttgtcaccttctcctttatgtataaataataagttcagctagagccccat
gi|19 : ATATACCGATTGCCCACAATCAAGCACTTTTAATGCAAGAGTTT------------------CAATAGTGTGCATTTGATTCCACTTATTGCTTAATTATCGATTAATACTGTGAAAAGTGATAATTT
gi|28 : tgcacttaactgaagGTCCTTGCAATCAGGCA-ATTTAACACA
gi|3 : ccATACAGCGAAAATTCTTAATTTTTTtacaccttatctttg
gi|6 : ttATGAAAACTCAGTAGAAAAATTTCATTCAGAGATTCACAG----T--ACAA-TTTTAGAAGCAAAATGTTTTCAAAC-TGCCAA-------------AT----------------TG--T---A-----AT----G------GTTTAAACTGATTTAAA--AGT--TC---ATTA-TT----GTTTTTGTC-AGA-CTT----GAGATTC--A-TAACAGTC----T-GGCC---AT------TATCAGATGCCATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TGTATGAATAATAAGTTCAGATAAAGCCCAATGCAATTTATTGAAACTTATttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaattgactataagtttattattgtttttgtcaaactcgatgttaataacaatctaaccataattggatgccatcttgtcccttatgcatgtataaataataagtttaggtaaagccccatgtgttttattaaacctaatttat
gi|7 : accaATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAATTCAATGATTCATAG----T-AACGA-ATTTAGAAGCAAAATGTTTCCAAAC-TGCCAATGGTAAGATGCGTGT----------------TG--G---CTCT--GT----A------GTTTAAACTGGTC---A--AGT--TC---A--C-AA-T-TGTTTTTGTC-AGA-CTC----AAGGTTA--C-TAACAGTC----T-G----------------------GCCTTCTTGTCCCT--TGT---AC----A---TATATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGTCCAATGCATTCTACAAAACC
gi|8 : aATGATAACT--GAAGAAAATTT-GATTCAAAGATTCACAG----T-AACAA-TCTTAGAAACAAAATGTTTCCAAAC-CGCCAA-------------AC------------------------------------G------GT---AAT--------A--TGT--TT---ATTGGTT-C-TGTAGTT-TA-A-A-CT-----GA----A--A-TAACAGTC----T-GGCA---AT------CATCAGACATCATCTTGTCCCT--TGT---AC----A---TGTATAAATGATAAGTTCAAGTAAAGCTCAATGTATTTTTCCAATCCT
gi|5 : aATGATAACT--GAAGAAAATTTCAATTCAAAAACTCACAG----T-GACAA-TTTTAGGAGTAAAATGTTTCCAGAC-TGCTAA-------------AT-----------------G--G---T-----AA----G------ATGCCTGTTGGCT---G--TGTAGTTGAGATTG-TT-AATGTATTTGTG-A-G-ATC----GAGGTAA--AATAACTGTC----T-GGCC---AT------CATCAGACGCTATCTTGTCCT---TGTGCATC----AGCATGTATAAATAATAAGTTCAGGCAAAGCCCAATGCATTTTACCAAACCTG
gi|12 : gATGACAACTCTGAAGAAAAATTTAATGTAAAGATTCACAG----T-AACAA-TCTTGGAAGCAAAATGTTTCCCAAC-CACTAA-------------A-----------------TG--G---TAAAAGAT----GCCTCAAGTTTAAACTGATT---A--AGT--TC---A--T-TA-T-TGTTTTTGTCAA-A-CTCTTGAAAGGTTA--A-TAACAGTC----T-ctttt
gi|17 : caATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAATTCAAAGATTCACAG----T-AACAA-TTTTAGAAGCAAAATGTTTCCAAAC-TGCC-T-------------GT----------------TC--GCTTC-----AT----A------GTATAAACTGATTGAAA--GGT--
gi|18 : aaaaccaGAAAAATTTACTTCAAGGATTCACAGTATTT-TTTTT-TTTTAGATGCAAAATGTTTCCAAAG-CGCCAT-------------TT----------------TG--G---T-----Acatggccattgctctgt
gi|9 : AAACTTTGAA---GAAGATTCATAG----T-AACAA-TTTTAGAAACAAAAGGTTTCCAAAC-CGTAAA-------------AT----------------TGTGA---T-----AT----G------GTT-AAGCTGA-T---A--AGT--TT---A--------------------G-A-CTT----GGGGTTATAA-TAACAGTC----T-GGCC---AT------TATCAGATGCCATCGTGTTCCT--TGT---GC----A---TGTATAAATAATAAGATCAGGTAAAGCCCGATGTATTTTATagatgtctgttagatctgtgtttaaaactgattactgtggaatttaggaaaaaaaa
gi|2 : aatgaataattTTCACAGAC--TGTACAAATTTTAGACGTAAAATGTTTTCAAAC-CGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----AT----G------GTTTAAA-------------GT--TC---ATTA-TT-T-T-TTTT--TC-AGA-CCC----AAGATTA--A-TAACAGTC----T--ACC---AT------CATCAGATGTCAACTTGTCACC--TTC---TCCTTTA---TGTATAAATAATAAGTTCAGCTAGAGCCCCATaga
gi|10 : ctcgcaatcactcattttaacgcatataccttatccccgccgtaacgcattttaacgcatataccgtgtcctagcaatcacgcactttaacgcaatttcttgcgcttttgttttcactacgttatctcgttgatacagcgaaaattgttgatttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCACAG----T-AACAA-CTTTAGTAGCGAAAAGTCTTCAAAAGCGTCAA-------------ATAATAAGATACCTG---TG--G---T-----GTCTGTA------GTTTAAACT---C---A--AGT--TC---ATAA-TT----ATTTTTATC-AGA-CTC----G-TGGT-----TAACAGTC----T-GGCC---AT------CATCAGATTCCATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TGTATAAATAATAAGTTTAGGTA
gi|11 : aaCACAG----T-AACAA-TTTTAGAAACAAAATGTTTCCGAAC-TGCCAA-------------ATAGTAAGATATGCCTATTG--G---CTC---AT----G--------TAAAACTTATC---A--AGT--TC---ATTA-TT----GCTTTTGTC-AGA-CT---------------------ATC----T-GGCC---AT------TATCGGACGCCATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TATATAAATAAAAAGTTAAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGATtttaccaaaaatgata
gi|20 : CACAG----T-CACAA-TTTTAGAATCAAAATGTTTCCAAA
gi|3 : ATGTTTTCAAAC-CGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----AT----G------GTTTAAATTGACT---ATAAGT--TT---ATTA-TT----GTTTTTGTC-A-AACTC----GATGTTA--A-TAACAATC----T-AACC---AT------AATTGGATGCCATCTTGTCCCT--TAT---GC----A---TGTATAAATAATAAGTTTAGGTAAAGCCCCATGTGTTTTATTAAACCTAATgtctgttaaaggtacgtgtaagatgcttgttggctccgtagtttaaactgaacaattataagacttaactgcggtctgtccataat
gi|16 : ttatacagcgaaaattcttaattttttttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT----A------GTTTAAATTGATC---C--AGT--TC---ATTA-TT----GTTTT-GTC-GGA-ATC----AAGACTA--A-TTACCATG----T-AAT----GT------TATCCGACGCCATGCTGTCCTCATCGT---T----------ATATAAATGATAAATTCATGCAAAGTTTAATATATTTTAACGAACCCGATttat
gi|14 : tggttttgAAACTTATC---A--AGT--TC---ATTA-TT----GCTTTTGTC-AGA-CTT----AAGGTTG--A-TAACAATC----T-GGCC---AT------CATCGGATGCCATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TATATAAATAATAAGTTAAGGTAAAGCCCAATTTATTTTACCAAACCTGctt
gi|21 : gcctattggctctataT---A--AGT--TA---ATAG-TTAT-TGTTTTTGTT-AGA-TTC----TAAGCTA--A-AAACAGTC----TGAATCTGAATATTATATATCCAATGCAATTTTGTCCCT--CAT---GC----T---TATATGAATAnnn
gi|15 : cagT-TA-T-TGTTTTTGTC-AGA-GTC----TAGGTTA--A-GAACAGTC----T-GGCC---AT------CATCAGACACTATCTTGTCCCT--TGT---GC----A---TGTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCATACCTGA
gi|23 : tgtagtacaatgattggtgtttgagacaTGTC-AGA-CT-----GAGGTAA--A-TAACAGTCAGTAT-GACC---AT------CACCAGCCGTTATCTTGTCACT----T---TT----A---TGCATatt
gi|25 : ataattggttcgtg------TATCCGACGCCATGCTGTCCTCA-TCT---TT----A---T--ATAAATGATAAGTTCATGCAAAgtgt
gi|24 : ACGCCATTTTGTCTCT--CAT---GC----A---TGTAAAAATGCTAAGTACAGGTCAAGCCCCACATACTTGACCGAACCTGATatttaatatattttaactaacccg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATGATAACTCTTGGAACAAATTTAAATTTCAAAATCACCCATAACAATTATAGAAGCAAAGGTTTCCAAACCACAAATGTAAGATACCTG
Unaligned ( gi|27 ): ACAGTAAAAACCAAAATAATTGTGAAAAAAAATTTTATTTGAAGATTCACAATAACAATATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 3333 111 5555555555555555555 1111 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 2222 1111111111111
lowQualScore : 9999999 6 3333 6 111 6 99 1111111111111111111 1 7777 2 11 1 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 1 55 2 5555 5555 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5555555555 33 444 0 5555 33 77777 33 2 5555 3333333333333 4 2 5555 66 444 666666 2
lowQualScore : ....... . .... . ... . .. ................... . .... . .. . . ...................................................................................................... . . .. . .... .... . ............................................................. . .......... .. ... . .... .. ..... .. . .... ............. . . .... .. ... ...... .
lowQualScore : 6666666 7 8888 7 777 7 22 7777777777777777777 0 0000 2 00 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 55 7 7777 7777 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2222222222 77 111 2 9999 44 77777 44 5 3333 1111111111111 2 4 0000 55 111 888888 8
consensus : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----T-TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT----GTT--TTTGTCAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
Reference ( family-340 ) : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----TGTACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TNTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--T-GTT--TTTGTCAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCGAACCTGAT
gi|1 : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATACATGTATACCTTATCGTTGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCATT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCGTTTGTTTTCAC----TTCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTCTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGAAAACTTTGGAGAAAATTTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TT----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---A--GGTTTAT---TTTT--TTGTT--TTTGTCA-ACTC----GATGTTA--A-TAACAGTC----TAACCATT------------ATCGGATGCCATCTTTTC-C----C--CTGTTC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCGCCATGCGTTTTATTAAACCTGAT
gi|10 : TCACA-G----TA----ACAACTTTAGTAGCGAAAAGTCTTCAAAAGCGTCAA-------------ATAATAAGATACCTG---TG--G---T-----G---TCTGTA------GTTTAAACT-------C---A--AGTTCAT---AATT----ATT--TTTATCAGACTC----GTGGTTA--A----CAGTC----TGGCCATC------------ATCAGATTCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTA
gi|11 : aaCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTCCGAACTGCCAA-------------ATAGTAAGATATGCCTATTG--G---CTC---A---T----G--------TAAAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT----GCT--TTTGTCAGACT---------------------ATC----TGGCCATT------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAAAAAGTTAAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGATtttaccaaaaatgata
gi|12 : ATGACAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TGTAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTGGAAGCAAAATGT-TTCCCAACCACTAA-------------A-----------------TG--G---TAAAAGA---T----GCCTCAAGTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TA-T--T-GTT--TTTGTCAAACTCTTGAAAGGTTA--A-TAACAGTC----T
gi|13 : caTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----TGTACCCTATCCTC-CCGTCACGCATTTTAAC-GCATAT----ACCGTGTCCTCGAAATCACGCCAT-TTAACGCAA----TTC-AT--TGTCTCTTTGTTTCAACATTGCGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TATCA-TTGATAC
gi|14 : AAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT----GCT--TTTGTCAGACTT----AAGGTTG--A-TAACAATC----TGGCCATC------------ATCGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAATAAGTTAAGGTAAAGCCCAATTTATTTTACCAAACCTG
gi|15 : gcctattggctctataCAT---TATT----GTT--TTTGTCAGAGTC----TAGGTTA--A-GAACAGTC----TGGCCATC------------ATCAGACACTATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCATACCTGAnnn
gi|16 : tgtagtacaatgattggtgtttgaga---T----A------GTTTAAATTG----ATC---C--AGTTCAT---TATT----GTT--TT-GTCGGAATC----AAGACTA--A-TTACCATG----TAAT-GTT------------ATCCGACGCCATGCTGTC-C----TCATCGT------T------ATATAAATGATAAATTCATGCAAAGTTTAATATATTTTAACGAACCCGATatt
gi|17 : tggttttgATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCC-T-------------GT----------------TC--GCTTC-----A---T----A------GTATAAACTG----ATTGA-A--AGGTCAT---ctt
gi|18 : aaaaccaGAAAAATTTAC--TTCAAGGATTCACA-G----TATTTTTTTTTTTTAGATGCAAAATGT-TTCCAAAGCGCCAT-------------TT----------------TG--G---T-----A---ggccattgctctgt
gi|19 : TTAACTGAAGATAT--ACCGATTGCCCACAATCAAGCACTTTTAATGCAAGAGTTTCAATAGTG-------------------TGCATTTGATTCCACTTATTGC-TTAATTATCGATTAATACTGTGAAAAGTGATAATTTagatgtctgttagatctgtgtttaaaactgattactgtggaatttaggaaaaaaaa
gi|2 : tgcacCTCGCAATCACTCATTTTAACGCATA----T--ACCTTATCCCCGCCGTAACGCATTTTAAC-GCATATA----CCGTGTCCTAGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC--T--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|2 : TTCACA-GACTGTA----CAAATTTTAGACGTAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTA---------------A--AGTTCAT---TATT--T--TT--TTT-TCAGACCC----AAGATTA--A-TAACAGTC----T-ACCATC------------ATCAGATGTCAACTTGTCAC----C--TTCTCCTTTAT------GTATAAATAATAAGTTCAGCTAGAGCCCCATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcacagactgtacaaattttagacgtaaaatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaagttcattatttttttttcagacccaagattaataacagtctaccatcatcagatgtcaacttgtcaccttctcctttatgtataaataataagttcagctagagccccat
gi|20 : ctcgcaatcactcattttaacgcatataccttatccccgccgtaacgcattttaacgcatataccgtgtcctagcaatcacgcactttaacgcaatttcttgcgcttttgttttcactacgttatctcgttgatacagcgaaaattgttgatttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACA-G----TC----ACAATTTTAGAATCAAAATGT-TTCCAAA
gi|21 : T---A--AGTTAATAGTTATT----GTT--TTTGTTAGATTC----TAAGCTA--A-AAACAGTC----TGA--ATCTGAATATTATATATCCAATGCAATTTTGTC-C----C--TCATGC---TT------ATATGAATAgtctgttaaaggtacgtgtaagatgcttgttggctccgtagtttaaactgaacaattataagacttaactgcggtctgtccataat
gi|22 : cagATGATAACTCTTGGAACAAATTTAAATTTCAAAA--TCACCCA----TA----ACAATTATAGAAGCAAAG-GT-TTCCAAACCA-CAA-------------AT----------------
gi|23 : AT---AATT--G-GTTCGTGTGTCAGACT-----GAGGTAA--A-TAACAGTCAGTATGACCATC------------ACCAGCCGTTATCTTGTC-A----CTTTTATGC---AT------GTGTgtaagatacctg
gi|24 : ACGCCATTTTGTC-T----C--TCATGC---AT------GTAAAAATGCTAAGTACAGGTCAAGCCCCACATACTTGACCGAACCTGAT
gi|25 : ggt------------ATCCGACGCCATGCTGTC-CTCATC--TT--------T------ATATAAATGATAAGTTCATGCAAAATTTAATATATTTTAACTAACCCGt
gi|26 : tCCCCATCCTCGTCGTCACGCATTTTAAC-GCATGTA----CCGTTTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACACAA---TTTC-AT--TG-------------------
gi|27 : ATAATTGTGAAAAAAAATTTTA--TTTGAAGATTCACA-A----TA----ACAATATT
gi|28 : acagtaaaaaccaaaTCCTTGCAATCAGGCAATTTAACACATA------CACCTTATCTTTG
gi|3 : ccgATACAGCGAAAATTCTTAATTTTTT
gi|3 : ttATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---ATAAGTTTAT---TATT----GTT--TTTGTCAAACTC----GATGTTA--A-TAACAATC----TAACCATA------------ATTGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTATGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTAAAGCCCCATGTGTTTTATTAAACCTAATttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaattgactataagtttattattgtttttgtcaaactcgatgttaataacaatctaaccataattggatgccatcttgtcccttatgcatgtataaataataagtttaggtaaagccccatgtgttttattaaacctaatttat
gi|4 : ttatacagcgaaaattcttaattttttttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA----T--ACCTTATCCTCGCCGTCACGCACTTAAAC-ACATATA----CCGTGTCCTTGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTAATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTttat
gi|5 : caATGATAACT--GAAGAAAATTTCAA--TTCAAAAACTCACA-G----TG----ACAATTTTAGGAGTAAAATGT-TTCCAGACTGCTAA-------------AT-----------------G--G---T-----AAGAT----GCCT---GTT--GGCTGTGTAGTT---G--AG---AT---TGTTAAT-GTA--TTTGTGAGA-TC----GAGGTAA--AATAACTGTC----TGGCCATC------------ATCAGACGCTATCTTGTC-C-------TTGTGC---ATCAGCATGTATAAATAATAAGTTCAGGCAAAGCCCAATGCATTTTACCAAACCTGtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaattttaattca
gi|6 : gATGAAAACTCAGTAGAAAAATTTCA--TTCAGAGATTCACA-G----TA-----CAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTTCAAACTGCCAA-------------AT----------------TG--T---A-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATTTAAA--AGTTCAT---TATT----GTT--TTTGTCAGACTT----GAGATTC--A-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATGAATAATAAGTTCAGATAAAGCCCAATGCAATTTATTGAAACTTATctttt
gi|7 : accaATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAATGATTCATA-G----TA----ACGAATTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCCAATGGTAAGATGCGTGT----------------TG--G---CTCT--G---T----A------GTTTAAACTG----GTC---A--AGTTCA----CAAT--T-GTT--TTTGTCAGACTC----AAGGTTA--C-TAACAGTC----TGGCC-T------------------------TCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------ATATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGTCCAATGCATTCTACAAAACC
gi|8 : aATGATAACT--GAAGAAAA-TTTGA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTAGAAACAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------ACGG--------------TA--A---T-----A---T----G-------TTTA--TTG--------------GTTCTG---TA------GTT--T-----AAACT-----GA----A--A-TAACAGTC----TGGCAATC------------ATCAGACATCATCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------GTATAAATGATAAGTTCAAGTAAAGCTCAATGTATTTTTCCAATCCT
gi|9 : aAAGATTCATA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAAGGT-TTCCAAACCGTAAA-------------AT----------------TGTGA---T-----A---T----G------GTT-AAGCTG----AT----A--AGTTTA------------------------GACTT----GGGGTTATAA-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCGTGTT-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGATCAGGTAAAGCCCGATGTATTTTA
Alignments
lowQualScore : 4444444 3333 111 5555555555555555555 1111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 5555555 6 3333 6 111 6 99 1111111111111111111 1 7777 1 11 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 1 55 2 5555 5555 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22222222222 33 888 33 5555 77777 33 2 5555 3333333333333 4 2 5555 66 444 666666
lowQualScore : ....... . .... . ... . .. ................... . .... . .. . ............................................................................................... . . .. . .... .... . ............................................................. . ........... .. ... .. .... ..... .. . .... ............. . . .... .. ... ......
lowQualScore : 4444444 7 8888 7 777 7 22 7777777777777777777 0 0000 4 00 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 55 7 7777 7777 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66666666666 77 888 44 3333 77777 44 5 3333 1111111111111 2 4 0000 55 111 888888
consensus : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT-----TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
Reference ( family-340 ) : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT-----TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
gi|1 : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATACATGTATACCTTATCGTTGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCATT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCGTTTGTTTTCAC----TTCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTCTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGAAAACTTTGGAGAAAATTTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TT----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---A--GGTTTAT---TTTTTTGTTTTTGT----CA-ACTC----GATGTTA--A-TAACAGTC----TAACCATT------------ATCGGATGCCATCTTTTC-C----C--CTGTTC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCGCCATGCGTTTTATTAAACCTGAT
gi|10 : TCACA-G----TA----ACAACTTTAGTAGCGAAAAGTCTTCAAAAGCGTCAA-------------ATAATAAGATACCTG---TG--G---T-----G---TCTGTA------GTTTAAACT-------C---A--AGTTCAT---AATT--ATTTTTAT----CAGACTC----GTGGTTA--A----CAGTC----TGGCCATC------------ATCAGATTCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTA-------------TTTACCAAAAATGAT
gi|11 : aaCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTCCGAACTGCCAA-------------ATAGTAAGATATGCCTATTG--G---CTC---A---T----G--------TAAAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACT---------------------ATC----TGGCCATT------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAAAAAGTTAAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGATa
gi|12 : ATGACAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TGTAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTGGAAGCAAAATGT-TTCCCAACCACTAA-------------A-----------------TG--G---TAAAAGA---T----GCCTCAAGTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTCTTGAAAGGTTA--A-TAACAGTC----T
gi|13 : caTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATG----TACCCTATCCTC-CCGTCACGCATTTTAAC-GCATAT----ACCGTGTCCTCGAAATCACGCCAT-TTAACGCAA----TTC-AT--TGTCTCTTTGTTTCAACATTGCGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TATCA-TTGATAC
gi|14 : AAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACTT----AAGGTTG--A-TAACAATC----TGGCCATC------------ATCGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAATAAGTTAAGGTAAAGCCCAATTTATTTTACCAAACCTG
gi|15 : gcctattggctctataCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGAGTC----TAGGTTA--A-GAACAGTC----TGGCCATC------------ATCAGACACTATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCATACCTGAnnn
gi|16 : tgtagtacaatgattggtgtttgaga---T----A------GTTTAAATTG----ATC---C--AGTTCAT---TATT--GTTTT-GT----CGGAATC----AAGACTA--A-TTACCATG----TAAT-GTT------------ATCCGACGCCATGCTGTC-C----TCATCGT------T------ATATAAATGATAAATTCATGCAAAGTTTAATATATTTTAACGAACCCGATatt
gi|17 : tggttttgATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCC-T-------------GT----------------TC--GCTTC-----A---T----A------GTATAAACTG----ATTGA-A--AGGTCATGGCCATT--GCTCTctt
gi|18 : aaaaccaGAAAAATTTAC--TTCAAGGATTCACA-G----TATTTTTTTTTTTTAGATGCAAAATGT-TTCCAAAGCGCCAT-------------TT----------------TG--G---T-----A---gt
gi|19 : TTAACTGAAGATAT--ACCGATTGCCCACAATCAAGCACTTTTAATGCAAGAGTTTCAATAGTG-------------------TGCATTTGATTCCACTTATTGC-TTAATTATCGATTAATACTGTGAAAAGTGATAATTTagatgtctgttagatctgtgtttaaaactgattactgtggaatttaggaaaaaaaa
gi|2 : tgcacCTCGCAATCACTCATTTTAACGCATAT------ACCTTATCCCCGCCGTAACGCATTTTAAC-GCATATA----CCGTGTCCTAGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC--T--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|2 : TTCACA-GACTGTA----CAAATTTTAGACGTAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTA---------------A--AGTTCAT---TATT---TTTTTTT----CAGACCC----AAGATTA--A-TAACAGTC----T-ACCATC------------ATCAGATGTCAACTTGTCAC----C--TTCTCCTTTAT------GTATAAATAATAAGTTCAGCTAGAGCCCCATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcacagactgtacaaattttagacgtaaaatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaagttcattatttttttttcagacccaagattaataacagtctaccatcatcagatgtcaacttgtcaccttctcctttatgtataaataataagttcagctagagccccat
gi|20 : ctcgcaatcactcattttaacgcatataccttatccccgccgtaacgcattttaacgcatataccgtgtcctagcaatcacgcactttaacgcaatttcttgcgcttttgttttcactacgttatctcgttgatacagcgaaaattgttgatttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACA-G----TC----ACAATTTTAGAATCAAAATGT-TTCCAAA
gi|21 : T---A--AGTTAATAGTTATT--GTTTTTGT----TAGATTC----TAAGCTA--A-AAACAGTC----TGA--ATCTGAATATTATATATCCAATGCAATTTTGTC-C----C--TCATGC---TT------ATATGAATAgtctgttaaaggtacgtgtaagatgcttgttggctccgtagtttaaactgaacaattataagacttaactgcggtctgtccataat
gi|22 : cagATGATAACTCTTGGAACAAATTTAAATTTCAAAA--TCACCCA----TA----ACAATTATAGAAGCAAAG-GT-TTCCAAACCA-CAA-------------AT----------------
gi|23 : TGT----CAGACT-----GAGGTAA--A-TAACAGTCAGTATGACCATC------------ACCAGCCGTTATCTTGTC-A----CTTTTATGC---AT------GTGTgtaagatacctg
gi|24 : ataattggttcgtgACGCCATTTTGTC-T----C--TCATGC---AT------GTAAAAATGCTAAGTACAGGTCAAGCCCCACATACTTGACCGAACCTGAT
gi|25 : ggt------------ATCCGACGCCATGCTGTC-CTCATC--TT--------T------ATATAAATGATAAGTTCATGCAAAATTTAATATATTTTAACTAACCCGt
gi|26 : tCCCCATCCTCGTCGTCACGCATTTTAAC-GCATGTA----CCGTTTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACACAA---TTTC-AT--TG-------------------
gi|27 : CCAAAATAATTGTGAAAAAAAATTTTA--TTTGAAGATTCACA-A----TA----ACAATATT
gi|28 : acagtaaaaaTCCTTGCAATCAGGCAATTTAACACATA------CACCTTATCTTTG
gi|3 : ccgATACAGCGAAAATTCTTAATTTTTT
gi|3 : ttATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---ATAAGTTTAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTC----GATGTTA--A-TAACAATC----TAACCATA------------ATTGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTATGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTAAAGCCCCATGTGTTTTATTAAACCTAATttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaattgactataagtttattattgtttttgtcaaactcgatgttaataacaatctaaccataattggatgccatcttgtcccttatgcatgtataaataataagtttaggtaaagccccatgtgttttattaaacctaatttat
gi|4 : ttatacagcgaaaattcttaattttttttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT------ACCTTATCCTCGCCGTCACGCACTTAAAC-ACATATA----CCGTGTCCTTGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTAATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTttat
gi|5 : caATGATAACT--GAAGAAAATTTCAA--TTCAAAAACTCACA-G----TG----ACAATTTTAGGAGTAAAATGT-TTCCAGACTGCTAA-------------AT-----------------G--G---T-----AAGAT----GCCT---GTT--GGCTGTGTAGTT---G--AGATTGT---TAAT--GTATTTGT----GAGA-TC----GAGGTAA--AATAACTGTC----TGGCCATC------------ATCAGACGCTATCTTGTC-C-------TTGTGC---ATCAGCATGTATAAATAATAAGTTCAGGCAAAGCCCAATGCATTTTACCAAACCTGtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaattttaattca
gi|6 : gATGAAAACTCAGTAGAAAAATTTCA--TTCAGAGATTCACA-G----TA-----CAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTTCAAACTGCCAA-------------AT----------------TG--T---A-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATTTAAA--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTT----GAGATTC--A-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATGAATAATAAGTTCAGATAAAGCCCAATGCAATTTATTGAAACTTATctttt
gi|7 : accaATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAATGATTCATA-G----TA----ACGAATTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCCAATGGTAAGATGCGTGT----------------TG--G---CTCT--G---T----A------GTTTAAACTG----GTC---A--AGTTCAC---AATT--GTTTTTGT----CAGACTC----AAGGTTA--C-TAACAGTC----TGGCC-T------------------------TCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------ATATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGTCCAATGCATTCTACAAAACC
gi|8 : aATGATAACT--GAAGAAAA-TTTGA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTAGAAACAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AC---------------------------------------G------GT---AA---------T---A--TGTT------TATT--GGTTCTGTAGTTTAAACT-----GA----A--A-TAACAGTC----TGGCAATC------------ATCAGACATCATCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------GTATAAATGATAAGTTCAAGTAAAGCTCAATGTATTTTTCCAATCCT
gi|9 : aAAGATTCATA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAAGGT-TTCCAAACCGTAAA-------------AT----------------TGTGA---T-----A---T----G------GTT-AAGCTG----AT----A--AGTTTA------------------------GACTT----GGGGTTATAA-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCGTGTT-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGATCAGGTAAAGCCCGATGTATTTTA
Alignments
lowQualScore : 4444444 3333 111 5555555555555555555 1111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 5555555 6 3333 6 111 6 99 1111111111111111111 1 7777 1 11 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 1 55 2 5555 5555 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22222222222 33 888 33 5555 77777 33 2 5555 3333333333333 4 2 5555 66 444 666666
lowQualScore : ....... . .... . ... . .. ................... . .... . .. . ............................................................................................... . . .. . .... .... . ............................................................. . ........... .. ... .. .... ..... .. . .... ............. . . .... .. ... ......
lowQualScore : 4444444 7 8888 7 777 7 22 7777777777777777777 0 0000 4 00 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 55 7 7777 7777 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66666666666 77 888 44 3333 77777 44 5 3333 1111111111111 2 4 0000 55 111 888888
consensus : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT-----TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
Reference ( family-340 ) : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT-----TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
gi|1 : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATACATGTATACCTTATCGTTGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCATT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCGTTTGTTTTCAC----TTCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTCTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGAAAACTTTGGAGAAAATTTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TT----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---A--GGTTTAT---TTTTTTGTTTTTGT----CA-ACTC----GATGTTA--A-TAACAGTC----TAACCATT------------ATCGGATGCCATCTTTTC-C----C--CTGTTC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCGCCATGCGTTTTATTAAACCTGAT
gi|10 : TCACA-G----TA----ACAACTTTAGTAGCGAAAAGTCTTCAAAAGCGTCAA-------------ATAATAAGATACCTG---TG--G---T-----G---TCTGTA------GTTTAAACT-------C---A--AGTTCAT---AATT--ATTTTTAT----CAGACTC----GTGGTTA--A----CAGTC----TGGCCATC------------ATCAGATTCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTA-------------TTTACCAAAAATGAT
gi|11 : aaCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTCCGAACTGCCAA-------------ATAGTAAGATATGCCTATTG--G---CTC---A---T----G--------TAAAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACT---------------------ATC----TGGCCATT------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAAAAAGTTAAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGATa
gi|12 : ATGACAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TGTAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTGGAAGCAAAATGT-TTCCCAACCACTAA-------------A-----------------TG--G---TAAAAGA---T----GCCTCAAGTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTCTTGAAAGGTTA--A-TAACAGTC----T
gi|13 : caTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATG----TACCCTATCCTC-CCGTCACGCATTTTAAC-GCATAT----ACCGTGTCCTCGAAATCACGCCAT-TTAACGCAA----TTC-AT--TGTCTCTTTGTTTCAACATTGCGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TATCA-TTGATAC
gi|14 : AAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACTT----AAGGTTG--A-TAACAATC----TGGCCATC------------ATCGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAATAAGTTAAGGTAAAGCCCAATTTATTTTACCAAACCTG
gi|15 : gcctattggctctataCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGAGTC----TAGGTTA--A-GAACAGTC----TGGCCATC------------ATCAGACACTATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCATACCTGAnnn
gi|16 : tgtagtacaatgattggtgtttgaga---T----A------GTTTAAATTG----ATC---C--AGTTCAT---TATT--GTTTT-GT----CGGAATC----AAGACTA--A-TTACCATG----TAAT-GTT------------ATCCGACGCCATGCTGTC-C----TCATCGT------T------ATATAAATGATAAATTCATGCAAAGTTTAATATATTTTAACGAACCCGATatt
gi|17 : tggttttgATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCC-T-------------GT----------------TC--GCTTC-----A---T----A------GTATAAACTG----ATTGA-A--AGGTCATGGCCATT--GCTCTctt
gi|18 : aaaaccaGAAAAATTTAC--TTCAAGGATTCACA-G----TATTTTTTTTTTTTAGATGCAAAATGT-TTCCAAAGCGCCAT-------------TT----------------TG--G---T-----A---gt
gi|19 : TTAACTGAAGATAT--ACCGATTGCCCACAATCAAGCACTTTTAATGCAAGAGTTTCAATAGTG-------------------TGCATTTGATTCCACTTATTGC-TTAATTATCGATTAATACTGTGAAAAGTGATAATTTagatgtctgttagatctgtgtttaaaactgattactgtggaatttaggaaaaaaaa
gi|2 : tgcacCTCGCAATCACTCATTTTAACGCATAT------ACCTTATCCCCGCCGTAACGCATTTTAAC-GCATATA----CCGTGTCCTAGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC--T--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|2 : TTCACA-GACTGTA----CAAATTTTAGACGTAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTA---------------A--AGTTCAT---TATT---TTTTTTT----CAGACCC----AAGATTA--A-TAACAGTC----T-ACCATC------------ATCAGATGTCAACTTGTCAC----C--TTCTCCTTTAT------GTATAAATAATAAGTTCAGCTAGAGCCCCATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcacagactgtacaaattttagacgtaaaatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaagttcattatttttttttcagacccaagattaataacagtctaccatcatcagatgtcaacttgtcaccttctcctttatgtataaataataagttcagctagagccccat
gi|20 : ctcgcaatcactcattttaacgcatataccttatccccgccgtaacgcattttaacgcatataccgtgtcctagcaatcacgcactttaacgcaatttcttgcgcttttgttttcactacgttatctcgttgatacagcgaaaattgttgatttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACA-G----TC----ACAATTTTAGAATCAAAATGT-TTCCAAA
gi|21 : T---A--AGTTAATAGTTATT--GTTTTTGT----TAGATTC----TAAGCTA--A-AAACAGTC----TGA--ATCTGAATATTATATATCCAATGCAATTTTGTC-C----C--TCATGC---TT------ATATGAATAgtctgttaaaggtacgtgtaagatgcttgttggctccgtagtttaaactgaacaattataagacttaactgcggtctgtccataat
gi|22 : cagATGATAACTCTTGGAACAAATTTAAATTTCAAAA--TCACCCA----TA----ACAATTATAGAAGCAAAG-GT-TTCCAAACCA-CAA-------------AT----------------
gi|23 : TGT----CAGACT-----GAGGTAA--A-TAACAGTCAGTATGACCATC------------ACCAGCCGTTATCTTGTC-A----CTTTTATGC---AT------GTGTgtaagatacctg
gi|24 : ataattggttcgtgACGCCATTTTGTC-T----C--TCATGC---AT------GTAAAAATGCTAAGTACAGGTCAAGCCCCACATACTTGACCGAACCTGAT
gi|25 : ggt------------ATCCGACGCCATGCTGTC-CTCATC--TT--------T------ATATAAATGATAAGTTCATGCAAAATTTAATATATTTTAACTAACCCGt
gi|26 : tCCCCATCCTCGTCGTCACGCATTTTAAC-GCATGTA----CCGTTTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACACAA---TTTC-AT--TG-------------------
gi|27 : CCAAAATAATTGTGAAAAAAAATTTTA--TTTGAAGATTCACA-A----TA----ACAATATT
gi|28 : acagtaaaaaTCCTTGCAATCAGGCAATTTAACACATA------CACCTTATCTTTG
gi|3 : ccgATACAGCGAAAATTCTTAATTTTTT
gi|3 : ttATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---ATAAGTTTAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTC----GATGTTA--A-TAACAATC----TAACCATA------------ATTGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTATGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTAAAGCCCCATGTGTTTTATTAAACCTAATttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaattgactataagtttattattgtttttgtcaaactcgatgttaataacaatctaaccataattggatgccatcttgtcccttatgcatgtataaataataagtttaggtaaagccccatgtgttttattaaacctaatttat
gi|4 : ttatacagcgaaaattcttaattttttttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT------ACCTTATCCTCGCCGTCACGCACTTAAAC-ACATATA----CCGTGTCCTTGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTAATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTttat
gi|5 : caATGATAACT--GAAGAAAATTTCAA--TTCAAAAACTCACA-G----TG----ACAATTTTAGGAGTAAAATGT-TTCCAGACTGCTAA-------------AT-----------------G--G---T-----AAGAT----GCCT---GTT--GGCTGTGTAGTT---G--AGATTGT---TAAT--GTATTTGT----GAGA-TC----GAGGTAA--AATAACTGTC----TGGCCATC------------ATCAGACGCTATCTTGTC-C-------TTGTGC---ATCAGCATGTATAAATAATAAGTTCAGGCAAAGCCCAATGCATTTTACCAAACCTGtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaattttaattca
gi|6 : gATGAAAACTCAGTAGAAAAATTTCA--TTCAGAGATTCACA-G----TA-----CAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTTCAAACTGCCAA-------------AT----------------TG--T---A-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATTTAAA--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTT----GAGATTC--A-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATGAATAATAAGTTCAGATAAAGCCCAATGCAATTTATTGAAACTTATctttt
gi|7 : accaATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAATGATTCATA-G----TA----ACGAATTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCCAATGGTAAGATGCGTGT----------------TG--G---CTCT--G---T----A------GTTTAAACTG----GTC---A--AGTTCAC---AATT--GTTTTTGT----CAGACTC----AAGGTTA--C-TAACAGTC----TGGCC-T------------------------TCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------ATATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGTCCAATGCATTCTACAAAACC
gi|8 : aATGATAACT--GAAGAAAA-TTTGA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTAGAAACAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AC---------------------------------------G------GT---AA---------T---A--TGTT------TATT--GGTTCTGTAGTTTAAACT-----GA----A--A-TAACAGTC----TGGCAATC------------ATCAGACATCATCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------GTATAAATGATAAGTTCAAGTAAAGCTCAATGTATTTTTCCAATCCT
gi|9 : aAAGATTCATA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAAGGT-TTCCAAACCGTAAA-------------AT----------------TGTGA---T-----A---T----G------GTT-AAGCTG----AT----A--AGTTTA------------------------GACTT----GGGGTTATAA-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCGTGTT-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGATCAGGTAAAGCCCGATGTATTTTA
blockSeqs : TGT T TA T GAG A AG TCTCTTTGTTTCAACATTG T TTAT A AT A C A AT C ACTG TTTT C ATAGTAAGATATGCCTATTGGCTCATG T GTGTAGTT TA GGC . AGTT CTTGA TA A AGTA CTGAATATTATAT A A TCAT CA TTT CAGCAT
blockSeqs : T . A . . . . . A . G . . T A . . . . . ATAATAAGATACCTGTGGTGTCTGTA A GATTTAA . AGT . . C . . . C G . . TT . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . A . . C A . . . . . TGGTAAGATGCGTGTTGGCTCTGTA T GATTGA . . . . T . . . T G . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . T . G . . G A . . . . . ATGGTAAAAGATGCCTCAA T TATC . . . . C . . . C A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C A . . . . . ATGGTAAGATGCCT T GATT . . . . C . . . C C . . . . .
blockSeqs : T T . . . . . GTTCGCTTCATA T TATC . . . . C . . . T A . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . ATTGTGATATG T GATC . . . . C . . . C C . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . ATTGGCATG T GACT . . . . C . . . C A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ATTGGCATG T GGTC . . . . C . . . A C . . . . .
blockSeqs : . . . . ATTGTAATG . GAT . . . . T . . . C G . . . . .
blockSeqs : . . . . ACG . C . . . . C . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . T . . . C A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : T****** **** **
originalCons : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT-----TACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA---ACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
finalCons : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATAT------ACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAAC-GCATATA----CCGTGTCCTCGCAATCACGCACT-TTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
Alignments
lowQualScore : 222222222 1111 111 5555555555555555555 1111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 888888888 4444 6 111 6 99 1111111111111111111 1 7777 1 11 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 1 55 2 5555 5555 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22222222222 33 888 33 5555 77777 33 2 5555 3333333333333 4 2 5555 66 444 666666
lowQualScore : ......... .... . ... . .. ................... . .... . .. . ............................................................................................... . . .. . .... .... . ............................................................. . ........... .. ... .. .... ..... .. . .... ............. . . .... .. ... ......
lowQualScore : 000000000 2222 7 777 7 22 7777777777777777777 0 0000 4 00 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 55 7 7777 7777 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66666666666 77 888 44 3333 77777 44 5 3333 1111111111111 2 4 0000 55 111 888888
consensus : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA------T--ACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATA----CCGTGTCCTCGCAATCACGCAC-TTTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
Reference ( family-340 ) : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA------T--ACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATA----CCGTGTCCTCGCAATCACGCAC-TTTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGATAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTC----GAGGTTA--A-TAACAGTC----TGGCCATC------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGAT
gi|1 : TCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATACATGTAT--ACCTTATCGTTGCCGTCACGCATTTTAACGCATATATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCAT-TTTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCGTTTGTTTTCAC----TTCGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTCTTGATTTTTTGAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATGAAAACTTTGGAGAAAATTTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TT----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---A--GGTTTAT---TTTTTTGTTTTTGT----CA-ACTC----GATGTTA--A-TAACAGTC----TAACCATT------------ATCGGATGCCATCTTTTC-C----C--CTGTTC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCGCCATGCGTTTTATTAAACCTGAT
gi|10 : TCACA-G----TA----ACAACTTTAGTAGCGAAAAGTCTTCAAAAGCGTCAA-------------ATAATAAGATACCTG---TG--G---T-----G---TCTGTA------GTTTAAACT-------C---A--AGTTCAT---AATT--ATTTTTAT----CAGACTC----GTGGTTA--A----CAGTC----TGGCCATC------------ATCAGATTCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTA-------------TTTACCAAAAATGAT
gi|11 : aaCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAATGT-TTCCGAACTGCCAA-------------ATAGTAAGATATGCCTATTG--G---CTC---A---T----G--------TAAAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACT---------------------ATC----TGGCCATT------------ATCGGACGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAAAAAGTTAAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCAAACCTGATa
gi|12 : ATGACAACTCTGAAGAAAAATTTAA--TGTAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTGGAAGCAAAATGT-TTCCCAACCACTAA-------------A-----------------TG--G---TAAAAGA---T----GCCTCAAGTTTAAACTG----ATT---A--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTCTTGAAAGGTTA--A-TAACAGTC----T
gi|13 : caTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA------TGTACCCTATCCTC-CCGTCACGCATTTTAACGCATATA----CCGTGTCCTCGAAATCACGCCA-TTTAACGCAA----TTC-AT--TGTCTCTTTGTTTCAACATTGCGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TATCA-TTGATAC
gi|14 : AAACTT----ATC---A--AGTTCAT---TATT--GCTTTTGT----CAGACTT----AAGGTTG--A-TAACAATC----TGGCCATC------------ATCGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------ATATAAATAATAAGTTAAGGTAAAGCCCAATTTATTTTACCAAACCTG
gi|15 : gcctattggctctataCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGAGTC----TAGGTTA--A-GAACAGTC----TGGCCATC------------ATCAGACACTATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGCCCAATGTATTTTACCATACCTGAnnn
gi|16 : tgtagtacaatgattggtgtttgaga---T----A------GTTTAAATTG----ATC---C--AGTTCAT---TATT--GTTTT-GT----CGGAATC----AAGACTA--A-TTACCATG----TAAT-GTT------------ATCCGACGCCATGCTGTC-C----TCATCGT------T------ATATAAATGATAAATTCATGCAAAGTTTAATATATTTTAACGAACCCGATatt
gi|17 : tggttttgATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCC-T-------------GT----------------TC--GCTTC-----A---T----A------GTATAAACTG----ATTGA-A--AGGTCATGGCCATT--GCTCTctt
gi|18 : aaaaccaGAAAAATTTAC--TTCAAGGATTCACA-G----TATTTTTTTTTTTTAGATGCAAAATGT-TTCCAAAGCGCCAT-------------TT----------------TG--G---T-----A---gt
gi|19 : ATATA----CCGATTGCCCACAATCAAGCACTTTTAATGCAAGAGTTTCAATAGTG-------------------TGCATTTGATTCCACTTATTGC-TTAATTATCGATTAATACTGTGAAAAGTGATAATTTagatgtctgttagatctgtgtttaaaactgattactgtggaatttaggaaaaaaaa
gi|2 : tgcacttaactgaagCTCGCAATCACTCATTTTAACGCATA------T--ACCTTATCCCCGCCGTAACGCATTTTAACGCATATA----CCGTGTCCTAGCAATCACGCAC-TTTAACGCAA---TTTC--T--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TACGTTA--TCTCG-TTGATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTT
gi|2 : TTCACA-GACTGTA----CAAATTTTAGACGTAAAATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTA---------------A--AGTTCAT---TATT---TTTTTTT----CAGACCC----AAGATTA--A-TAACAGTC----T-ACCATC------------ATCAGATGTCAACTTGTCAC----C--TTCTCCTTTAT------GTATAAATAATAAGTTCAGCTAGAGCCCCATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcacagactgtacaaattttagacgtaaaatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaagttcattatttttttttcagacccaagattaataacagtctaccatcatcagatgtcaacttgtcaccttctcctttatgtataaataataagttcagctagagccccat
gi|20 : ctcgcaatcactcattttaacgcatataccttatccccgccgtaacgcattttaacgcatataccgtgtcctagcaatcacgcactttaacgcaatttcttgcgcttttgttttcactacgttatctcgttgatacagcgaaaattgttgatttttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACA-G----TC----ACAATTTTAGAATCAAAATGT-TTCCAAA
gi|21 : T---A--AGTTAATAGTTATT--GTTTTTGT----TAGATTC----TAAGCTA--A-AAACAGTC----TGA--ATCTGAATATTATATATCCAATGCAATTTTGTC-C----C--TCATGC---TT------ATATGAATAgtctgttaaaggtacgtgtaagatgcttgttggctccgtagtttaaactgaacaattataagacttaactgcggtctgtccataat
gi|22 : cagATGATAACTCTTGGAACAAATTTAAATTTCAAAA--TCACCCA----TA----ACAATTATAGAAGCAAAG-GT-TTCCAAACCA-CAA-------------AT----------------
gi|23 : TGT----CAGACT-----GAGGTAA--A-TAACAGTCAGTATGACCATC------------ACCAGCCGTTATCTTGTC-A----CTTTTATGC---AT------GTGTgtaagatacctg
gi|24 : ataattggttcgtgACGCCATTTTGTC-T----C--TCATGC---AT------GTAAAAATGCTAAGTACAGGTCAAGCCCCACATACTTGACCGAACCTGAT
gi|25 : ggt------------ATCCGACGCCATGCTGTC-CTCATC--TT--------T------ATATAAATGATAAGTTCATGCAAAATTTAATATATTTTAACTAACCCGt
gi|26 : tCCCCATCCTCGTCGTCACGCATTTTAACGCATGTA----CCGTTTCCTCGCAATCACGCAC-TTTAACACAA---TTTC-AT--TG-------------------
gi|27 : CCAAAATAATTGTGAAAAAAAATTTTA--TTTGAAGATTCACA-A----TA----ACAATATT
gi|28 : acagtaaaaaTCCTTGCAATCAGGCAATTTAACACATA------C--ACCTTATCTTTG
gi|3 : ccgATACAGCGAAAATTCTTAATTTTTT
gi|3 : ttATGT-TTTCAAACCGCCAA-------------AT----------------TG--G---C-----A---T----G------GTTTAAATTG----ACT---ATAAGTTTAT---TATT--GTTTTTGT----CAAACTC----GATGTTA--A-TAACAATC----TAACCATA------------ATTGGATGCCATCTTGTC-C----C--TTATGC---AT------GTATAAATAATAAGTTTAGGTAAAGCCCCATGTGTTTTATTAAACCTAATttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgttttcaaaccgccaaattggcatggtttaaattgactataagtttattattgtttttgtcaaactcgatgttaataacaatctaaccataattggatgccatcttgtcccttatgcatgtataaataataagtttaggtaaagccccatgtgttttattaaacctaatttat
gi|4 : ttatacagcgaaaattcttaattttttttaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATA------T--ACCTTATCCTCGCCGTCACGCACTTAAACACATATA----CCGTGTCCTTGCAATCACGCAC-TTTAACGCAA---TTTC-AT--TG-------------------CGCTTTTGTTTTCAC----TGCGTTA--TCTCG-TTAATACAGCGAAAATTGTTGATTTTTTttat
gi|5 : caATGATAACT--GAAGAAAATTTCAA--TTCAAAAACTCACA-G----TG----ACAATTTTAGGAGTAAAATGT-TTCCAGACTGCTAA-------------AT-----------------G--G---T-----AAGAT----GCCT---GTT--GGCTGTGTAGTT---G--AGATTGT---TAAT--GTATTTGT----GAGA-TC----GAGGTAA--AATAACTGTC----TGGCCATC------------ATCAGACGCTATCTTGTC-C-------TTGTGC---ATCAGCATGTATAAATAATAAGTTCAGGCAAAGCCCAATGCATTTTACCAAACCTGtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaattttaattca
gi|6 : gATGAAAACTCAGTAGAAAAATTTCA--TTCAGAGATTCACA-G----TA-----CAATTTTAGAAGCAAAATGT-TTTCAAACTGCCAA-------------AT----------------TG--T---A-----A---T----G------GTTTAAACTG----ATTTAAA--AGTTCAT---TATT--GTTTTTGT----CAGACTT----GAGATTC--A-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCTTGTC-C----C--TTGTGC---AT------GTATGAATAATAAGTTCAGATAAAGCCCAATGCAATTTATTGAAACTTATctttt
gi|7 : accaATGATAACTTTGAAGAAAAATTTAA--TTCAATGATTCATA-G----TA----ACGAATTTAGAAGCAAAATGT-TTCCAAACTGCCAATGGTAAGATGCGTGT----------------TG--G---CTCT--G---T----A------GTTTAAACTG----GTC---A--AGTTCAC---AATT--GTTTTTGT----CAGACTC----AAGGTTA--C-TAACAGTC----TGGCC-T------------------------TCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------ATATAAATAATAAGTTCAGGTAAAGTCCAATGCATTCTACAAAACC
gi|8 : aATGATAACT--GAAGAAAA-TTTGA--TTCAAAGATTCACA-G----TA----ACAATCTTAGAAACAAAATGT-TTCCAAACCGCCAA-------------AC---------------------------------------G------GT---AA---------T---A--TGTT------TATT--GGTTCTGTAGTTTAAACT-----GA----A--A-TAACAGTC----TGGCAATC------------ATCAGACATCATCTTGTC-C----C--TTGTAC---AT------GTATAAATGATAAGTTCAAGTAAAGCTCAATGTATTTTTCCAATCCT
gi|9 : aAAGATTCATA-G----TA----ACAATTTTAGAAACAAAAGGT-TTCCAAACCGTAAA-------------AT----------------TGTGA---T-----A---T----G------GTT-AAGCTG----AT----A--AGTTTA------------------------GACTT----GGGGTTATAA-TAACAGTC----TGGCCATT------------ATCAGATGCCATCGTGTT-C----C--TTGTGC---AT------GTATAAATAATAAGATCAGGTAAAGCCCGATGTATTTTA