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Reference ( gi|13 )           :   TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A-T-T--C--C--T---TA---C---T--T--GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--A---T---G-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------G-TAA-TT---TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--CGAA--CTA----TCAA--T-T-----AACAAGA-ATT--TG-GAA-T------C----TT------------A-AAAA-------AA----A--TG--AC-AA--A-CG-AA--CC-AT-G-A-AA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAC--TA-T-TA-----A--A--GGC-A-T-A-TA---T--A-TGA-T-AT-TA-TTAT-T-CA-G---AG-A-A--T--CA---T-TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TG-----TG-C-T-TTTC---AT-T--TGGT-GGGAGA
gi|12                         :   TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----T--CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TTT--ACAA-T-TTC-C----G--G-ACT-A-A----TC-ACT-T--C--C--T---TA---C---T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----G-----T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------A-TA---T---TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTG-C--G-TA--CGAA--TTA----ATAA--T-TT----AACACCA--TT--TT-CAA-T------C----TT------------A-AAAA-------AG----A--TG--AC-AA--AACG-AA--CTTAG-A-A-AA---CT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--TTA-C--AC--GAC--TA-T-TAC----A--A--GAC-A-T-T-TA---T--A-TGA-T-AT-TA-TTAT-T-TA-G---AG-A-A--T--CA---T-TT-C-AT---T-TT----TAT-GA-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-T-A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-C-T-TTTC---AT-T--TGGT-GGGAG
gi|12                         :   TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----
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gi|3                          :   TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----
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gi|15                         :   TACCG-TCTTCTTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-T----G--G-ACT-A-A----GCAA-T-T--C--C--T---TT---CTG-T--T--GAG-A----TTG-G---T-T------GA-------A--A--A---T---G-T-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--GTC--CT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TTA--A----AA----A-TG--CT-A---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGAA---G-------A-TAA-TT---TT-TC--T-TT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--CGAG--TTA----ACAA--T-TC----AAC--GATATT--TT-CAA-T------C----TT--------------TAAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--GA-AA-GAA-AA---TT-C----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAG--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TA---T--A-T-A-T-CA-TA-TCAT-T-CA-G---AG-A-G--T--T--------------------------T-GC-G-T-----T-AAAA--CC--GAA------A-C-A--TG-CC--TGTT-----A-TT----CCT-------TG-TTT--TATT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGAT-GGG
gi|15                         :  tTACCG-TCTTCCAAAGAA-GA-C-----GGT------A-----
gi|17                         :  tTACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-ACATGTACATAG-TTT--GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-ATC-C----GC-G-ACT-A-A----GC-ACT-T--C--C--T---TT---C---TGTT--GTG-A----TTGCG---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--G----AATG--T---G-A-A--A--T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---T---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------A-TAATTT---TT-TC--C-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-T--G-TA--CGCG--TTA----T----------------------TT--T--CAA-T------C----TT------------A-AAAA-------AC----A--TT--AC-A--------------------A-AA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-T--T-A-C--AC--GAT--TA-T-TAC----A--A--GAC-A-T-T-TA---T--A-TGA-C-AG-TA-TTAC-T-CA-G---AGAA-A--T--CA---T-TT-C-AT---A-TG----TTT-GC-A-A-----T-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CA-CC--CGAT-----A-CT----CTT-------TG-TTT--TG-----Ttacatagttgaagtgatttacaatctctggactaagcaattcctttctgttgagattggttgaaaatgtatgatgtgaaaattgtcctaattcccattggttaaaaatgctattctgtccaaggaagataatttttctttgatctaatttacgtacgagttaacaattcaacgatattttcaatctttaaaaaatgacaaaacgaagaaagaaaattccaattaatggaattgatacacgagtattacaaggcatttatatatcatatcattcagagagtttgcgttaaaaccgaaacatgcctgttattccttgttttatttgcttttctatttgatggg
gi|17                         :   TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----tttgggtttgtt
gi|2                          :   TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA--A-T-A----------GTTT---GAAGTT--G-A--TTTA-ACAA---CTCTC----G--G-ACT-A-A----GC-A-C-T--T--C--C---TA---CCT-T--T--GTGAA----TTG-G---TAA------G--------A--A--AAATT---G-C-A--T-----ATG--T---G-A-A--AA-TCT--GTC--TT-AA--T---T--C---A---C-A--TGG----TT---A----AA----A-TGACCC-G---T-TC---G-T--C--A--A-GGGA---A-------G-TAA-TTC--TT-TC--T-GT-G--T---T--C-TA--A----GTTAGC--G-TA--CGAA--TTA----ACAAT-T-T-----AAC-AGA-ATT--TG-AAATT------C----TTTC----------A-AAAA-------AA----A--TGACAC-AA--A-CG-AA--CC-A--G-A-AA---GT-GCTGCCA-A-T-TCAAT--G--AATT-GAA--T-AGC--CC--GACG-GA-T-TAC----A--A--GGC-A-TGA-TAG--TTGA-TGA-T-ATATA-CTAT-C-AG-G---AGAA-A--T--CA---TCTT-C-AT---TCTT----TAT-GCGG-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CAGCTCACGTTAATTCA-TT----CAT-------TG-TTT--TG------G-C-T-TTTCCT-AT-TTGTGGT-GTGAGAtacatacatgtacatagtttgaagtgatttacaatatccgcgactaagcacttcctttctgttgtgattgcgtagaaaatgcagaatgtgaaattgtcttaattctcattggttaaaatgccgttctgtccaagggagataattttttccgtgatctaatttatgtacgcgttattttcaatcttaaaaaacattacaaaattgcaattaatggaattgttacacgattattacaagacatttatatgacagtattactcagagaaatcatttcatatgtttgcaataaaaccgaaacacacccgatactctttgttttgttttgggtttgtt
gi|2                          :   TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----gga
gi|23                         :   TACCA-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGC------A-----TA-CA-T-A----------G-T------------G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-ACT-T--C--C--T---TT---C---TGTT--GGG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---A-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-CTT--G-TC-C--A--A-GAGA---G-------A-TAA-TT---TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--CGAA--TTA----ACAAT-T-T-----AACACCA-CTT--T--CAA-T------C----TT------------G-AAGA-------AG----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--CC-AA-G-A-AAG--CT-G----CA-G-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--taatagtttgaagttgatttaacaactctcggactaagcacttcctacctttgtgaattggtaagaaaaattgcatatgtgaaaatctgtcttaattcacatggttaaaatgacccgttcgtcaagggaagtaattctttctgtgttctaagttagcgtacgaattaacaatttaacagaatttgaaattctttcaaaaaaaatgacacaaacgaaccagaaagtgctgccaattcaatgaattgaatagcccgacggattacaaggcatgatagttgatgatatatactatcaggagaaatcatcttcattctttatgcggtgaaaaccgaaacacagctcacgttaattcattcattgttttggcttttcctatttgtggtgtgagagga
gi|19                         : gtTACCG-TGTTATGTGGAA-C--C-----GG--------------------------------G-TT---GATA-C--A-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ATT-A-T----GC-ACT-T--T--T--T---TT---C---TGTT--GTG-A----TTT-G---T-AC-----A--------A--A--A---T---A-C-A--T----GAAG--T---G-A-A--AA-T-T--ATC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TTG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-GTT--G-TT-A--A--A-GGGA---A-------G-T-G-TC---AC-TC--T-AT-G--T---T--C-TA--A----CTTG-C--G-TA--TGAA--TTA----ACAA--T-T-----TAC-AGG-ATT--TT-CAA-C------C----TT------------ACGACA-------AA----A--TG--ACAAA--A-TG-AA--GA-AA-G-A-AAT--TT-C----CA-A-T-A-AAT-GA--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAC--TA-T-GAC----G--A--GGC-A-T-T-TA---T--T-TGA------TA-TTAT-T-CA-A---AG-ACA--T--TA---T-CT-C-AT---T-TT----T-T-GA-A-T-----A-AAAA--CA--GGA----------A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TG-----TG-
gi|5                          :  tTACCG-TCTTCCTTGGAA-tc
gi|32                         :  caACCG-TCTTC-TTGGAA-GAAC-----AGTC-----A-----AA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--AC-A-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-ACT-T--C--C--C---TATACT---T--T--GTG-A----TTG-G---T-AAG----A--------A--A--A---T---G-C-A--T----GATG------G-A-A--AA-T-G--TTC--TT-AA--C---T--C---C---C-AT-Ttaacatagtttgaaagtgatttactatctccggactaagtactatcctttctgttgtgattaggttagaaaatcattgatggtgaaaattgttaattccattggtttaagaaatgccattctggtcgcaacgggagataattcattttttgtgatctaatttacgtacgagttaacaattttataaacaagattttctgtaaataaataacaaaatgaaaaaaaaaagaaaaaaaaagaaccaaaaattgcaattaatggaattgatacacaatattacttacaatgcatttatgatgatttacttattatcattatttgcgtttaaaaccggaaataccacccgttaatctttgttttgtttttgattttcctaatttagtgggagag
gi|14                         :     CCG-CCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A-T-TT-C--C--T---AA---C---T--TT-GTG-A----TTG-G---T-G------G--------A--A--A---T---G-C-A--T----G-----T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------G-TAA--T---TT-TC--T-GT-G--T---T--C-TA--A----TTTA-T--G-TA--CGAA--TTA----ACAAT-T-T-----AACAAGA-ATT--T--GAA-T------C----TT------------T-AAAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--CC-AA-A-A-AA---TT-G----AA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-A--AC--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-A-TA---T--A-TGA-T-AT-TA-TTAT-T-CA-G---AGAA-A--T--CA---T-TA-C-AT---T-TT----TTT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CG-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGGT-GGtgg
gi|7                          :     CCGATCTTCTTGGAAA-GG-C-----AGT------ACTAATTA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TT---ACAA-T-CTC-G----G--GGACT-A-A----GC-A-C-T--T--C--TA--TC---T---T--T--GTGGA----TTT-G---T-A------G--------G--ACAA---TA--G-C-A--T----GATT--T---G-A-A--AA-T-TT-GTC--TT-AA--TGC-T--T---C---C-AT-TGG----TA---A----TA----A-TT--GC-G---T--CT--G-TC----A--A-GGGAAG-G-------G-TAA-TT---TTATC--T-GT-G--T---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--CGAA--CTA----ACAA--C-TTTG--AACAAGA-GGT--TT-GAA-T------C----TTCAAAACAAAAAAA-AAAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--AC-A--G-A-AA---TT-G----CA-A-T-TAAATGGG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GGC--TATT-TAC----A--A--GGCAA-T-A-TA---T--A-GGA-T------------------------A-A--T--CA---T-TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--TC--GAG------A-C-A--CG-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGGT-GGG
gi|6                          :     CCG-TATTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TTTC-AAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-TTT-A-A----GC-ACT-T--C--C--T---AA---C---T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-CC-C--A--A-GGGA---G-------G-TAA-
gi|11                         :      CG-CCTTACTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAC-T-CTA-C----G--G-ACT-A-A----GCTC-T-T--C--C--T---AA---C---T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--ATC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------G-TAA-TG---TT-TC--T-AT-G--T---T--C-TA--A----TCTA-C--G-TA--CGAA--TTA----ACAAT-T-T-----AACAAGA-ATT--T--GAA-T------C----TT------------T-AAAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--CC-AA-G-A-AA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-A-TA---T--A-TGA-T-AC-TA-TTAT-T-CA-G---AGAA-A--T--CA---T-TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAC------A-C-A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGGT-GGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaacacgctcgttattctttgttttgtttgcttttctatttggtgggagg
gi|35                         :      CG-TCTTCCTTGGAAAGA-C-----AGT------A-----TA-------------------------------------TTT--ACAA-T-CTC-C----T--G-ACT-A-A----GC-ACT-T--C--C--T---TT---CTG-T--T--GTG-A----TTG-G---T-A------GA-------A--A--A---T---G-C-A--T----GATG--T---A-A-A--AA-T-A--GTC--TT-
gi|21                         :        -TCTTCCTTGG--------------T------------TA-CAGT-A----------G-TC---TAAG-T--GTA--TTT--ACAA-T-CTC-C----G----ACT-T-A----GC-A-T-T--T--C--C---TT---C---TGTT--GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---A-C-A--T----GATA------------------------------------------------C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-T----G-TC-C--A--A-GGGA---G-------A-TAA-TT---TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--C-AG--TTA----ATAAT-T-T-----AACAAGT-TTT--TC-AAT-T------T----TT---------------AAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--GC-AA-GAA-AA---TT-G----CA-A-T-T-AA---G--GATT-G-A----A-C--AT--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TATTCT--A-TTA-T-A--TA-TTATAT-CA-G---AGAA-A--T--CA---T-TT-A-AA---T-CT----TTT-GG-C-T-----T-AAAA--CC--GAA------A-C-G--CA-TT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TG-----T--------------T-T--TGGT-GGGcaa
gi|30                         :          CTTTTTAGGAA-GA-ATTTAAGGT------A-----GA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-T--TTC--ACAT-T-CTC-C----G--G-AAT-T-A----GT-ACT-T--C--C--gtg
gi|5                          : gtcactataaTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TTTG-AAAG-T--G-A--TTT--ACTA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GT-A-C-TATC--C--T---TT---C---TGTT--GTG-A----TTA-GGT-T-A------G--------A--A--A---A---T-C-A--TT---GATGG-T---G-A-A--AA-T-T--GT----T-AA--T---T--C---C-----AT-TGG----TTTAAG----AA----A-TG--CC-A---T-TCT--GGTCGC--A--ACGGGA---G-------A-TAA-TTCATTT-TT--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TA--CGAG--TTA----ACAA--T-TTTATAAACAAGA-TTTTCTGTAAA-TAAATAACAAAATG------------A-AAAA-------AAAAAGA--AA--AA-AA--A-AG-AA--CC-A--A-A-AA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--AA---TA-T-TACTTACA--A--TGC-A-T-T-TA---TG-A-TGA-T--T-TACTTAT-T-------------A--T--CA---T-T----AT---T---------T-GC-GTT-----T-AAAA--CCG-GAA------A-T-AC-CA-CC--CGTT-----A-AT----CTT-------TG-TTT--TGTTTT-TG-A-T-TTTCCTAAT-T--TAGT-GGGAGAgctcttctgtaattccttttatttcattcgtcgaagtgtcgctcatggcgaaggtaattaat
gi|1                          :         caTTCCTTGAAG-GC-C-----GGTTATTTTA-----TA-CA-T-AA---------G-TTTTGGAAG-TT-A-A--TTT--ACAA-TTCTT-C----C--G-ACT-A-A----GCCA-C-T--T--C--C---TA---TCCTT--T--GTG-A----TGG-GGGAT-A------G--------ACCA--A---T---G-CCA--TTTTTGATT--TTTTG-A-ACAAA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TTG----TA---A----AA----A-TG--CC-GGTTT-TCTTAG-TC-CCAA--G-GGGAACCG-------G-TTA-AT---TT-TC--T-GT-G--T---T--C-TA--AATTTTTTA-C--G-TA--CGAAACTTA----ACAA--T-TTA---AACAAGA-GTT--TG-AAA-TT-----C----TTCAAAAAAAA---A-AAAAAAAAAAAAA----A--TGAAAC-AA--A-CG-AA--CCAAA-G-A-AA---TTGG----CA-A-G-TAAAT-GG--AATT-G-ATTT-A-C--ACCGGGC--TA-TACA-----A--G--GGC-A-T-A--A---T--A-TGA-T-ATCCA-TT-T-T----------------T--CA---T-T-----T---T-TT----TAT-GC-G-TTGTGGA-AAAA--TC--GAG------A-C-A--CG-CT--CGTT-----ATTT----CTT-------TGTTTT--TGATTTTTG-C-TGTTTC---AT-T--TGGT-GGGAGg
gi|33                         :    ggtttctTTTCTTGCAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------C-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ACT-A-T----GC-ACT-T--C--C--T---TT---CTG-T--T--ATG-A----TTG-G---T-A------GA-------A--A--A---T---G-G-A--T----GATG--T---G-A-A--AG-T-T--GTC--TT-AA--T---T--C---C---C-AC-TGgggga
gi|34                         :                                GT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----AC-ACT-T--C--C--T---TA---CT--T--T--GTG-A----TTG-G---T-AC-----A--------A--A--A---T---G-C-A--T----GACG--T---G-A-A--AA-T-T--GCC--TT-AA--T---T--C---C---C-AT-TGG----TT---A----Aa
gi|20                         :                                 T------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACA--T-GTC-C----G--T-ACT-A-A----GC-ACT-T--C--C--T---TT---C---T-------------------------------A--------A--A--A---T---A-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T--GTC--TT-AA--T---T--T---A---C-AT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---C-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------A-TAA-TT---TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTG-T--G-TA--CGAG--TTA----ACAA--T-TC----AACAA-C-ATT--TT-CAA-T------C----TT------------A-AAAAT------AA----A--GT--AC-AA--ACCG-AT--CC-AT-GAA-AA---TT-G----CA-A-T-T-GAT-GG--GATT-G-A--T-A-T--AC--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TA---T--G-AAA-T-AT-TA-TTAT-T-CC-G---AGAA-A--T--TA---T-TT-C-AT---T-TT----CTT-GC-G-T-----T-TAAA--CC--AAA------A-C-ATGTA-CC--CATT-----A-TT----CTT-------TA-TTT--TGTT---TGTT-T-TTTC---TT-T--TGGT-GGG
gi|27                         :                                                   -T-A----------G-TT---GAAG-T--A-T--TTC--ACAA-T-CT----------A-AC--A-ACAGTGC-ACT-T--CAAC--T---CT---T---T--T--GTA-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--A-------------------------------------A-T-T--TTC--T--AA--T---T--TATGT---C-AT-TGG----TT---G----AA----A-AG--CT-G---T-TCA--G-TG-C--A--A-AGGA---GGTAGAATG-TAA-TT---TT-TT--G-GT-G--A---T--C-TT--A----T
gi|9                          :                                                     -A----------G-TT---GAAA-TTGA-A--TTTTAACAA-T-CTC-C----G----ACT-A-A----TC-A-T-T--C--T--TCTGTA---C---TATT--GTG-A----TTGAG---T-A------AGA------A--A--A---T---G-C-AAATA---GATT--C---G-A-A--AAAT-T--GTC--GT-AA--T---T--T---CATAC-AT--GC----TT---AGACTAA----A-T---CC-G---TCTTT--G-TC----A--A-GGGA---G-------A-TAA-AT---TT-TCA-T-GT----A---T--C-TA--A----TTTA-C--G-TACCCCAT--CTAGAGGTTAAGTT-T-----AACACAT-ATT--TGTCAA-T------C----TT------------A-AAAA-------AG----A---A--ACAAA--A-CG-AA--AC-TTAG-A-AA---AT-G----CA-A-T-T-AATCTG--AATT-G-A--T-A-C--AC---AC--TA-T-TAC----A--A--GAC-A-T-T-TA---T--A-TAA-T-TT-TA------C-CG-A---AC-ATA--T--CA---A-TT-CTATGCCT-TC----TAT-CC-G-TA----G-GAAATCCC--GGA----------A--CA-GT--C-TT-----A-TT----CTTGCTTCCATT-TTT--CGC----TT-C-T-TTTC---AT-aagatttttaacgacgacggatataat
gi|31                         :                                                                     ---GAAG-T----A--TTT--ACAA-T-CTC-C----GC-G-ACT-A-A-----C-ACT-T--C--CCTT---TC---T---T--T--GTGTA----TT--G---T-A------G--------A--A--A----------------------A--T---G-A-A--AA-T-T---TC--TT-AAC-T---T--C---C---C-AT-TGGAGCTTT---A----AA----A-AT--CC-A---T---T--G-T--C--A--A-GGAG---G-------GTTAA-TT---ccctggaagga
gi|29                         :                                                           taaccgtactccttgAG-T--G-AATTTT--ACAT-T-CTC-CAGGCG--G-ACT-A------GC-A-T-T--C--C--T---TT---T---C--T--GTT-ACTATTTG-G---T-A------GTAAAGGGAA--A--A---C---GTC-A--T----GATGATC---G-AGA--AA-C-T--GTC--TG-AAAAT---T--G---C---C-AT-TGGTGC-TT---AC---AA----A-TG--CC-----T-TAT--A-TC-T--A--A-GTCA-----------A-TAA--T---TG-TC--T-GT-G--A---T--T-----A----TTTA-
gi|4                          :                                                                                 -A--TCT--ACCA-C-CTC-C----GTGGCACTCACA----AC-ACT-T--C--C--TAATCA---C---T--TTCGTG-A----TTG-G---T-ACTCCGTG--------A--C--A---T---C-G-A--C-----ACG--T---GCA-A--AA-T-TCGGCCCTTC-AA--T---T----------C-ATGTGG----TT---AAAG-AA----A-TG--CC-GC--T-TCTTAG-TC-C--ACCG-GGAA---G-------GCTGA-TC---TC-T---T-GT-C--A---TACC-TAGCA----TTTt
gi|26                         :                                                                                      TT--GCAG-T-CTT-C----G--G-ACA-T-T----GC-A-TAT--C--C--TC--TC---C---TG-T--GTG-A----TTG-G---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----GATG--T---G-A-A--AA-T-T-------CT-AA--TCTAT--T---C---T-AT-TAG----TT---G----AA----A-TT--TT-G---T-TCtgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctcaaacgaaagccagaaagatttgcaattactgggcaattgattacacaactattagcaacgagcactatatatgattttattattcagaaaaaaacattacattttatgcgttgaaccgaaacacatcgttattctttttttaatattgcttttcaatttggtagggag
gi|18                         :                                                cataaacctggcgattacatttactagtatatggtttatacagaagctatattacgtcctctagtccttgttaccgtc-T-T--C--C--T---TT---C---TGTT--GTG-A----TTG-A---T-A------G--------A--A--AA--T---G-C-A--T----GATA--T---G-A-A--AA-T-T--GTA--TT-AA--T---C--A---T---C-AT-TGG----TT---G----AA----A-TA--CC-G---T-TCT--G-TT-C--A--A-GGGA---G-------G-TAA-TTA--TT-TC--T-GT-G--A---T--C-TA--A----TTTA-C--A-TA--CGAA--TTA----ACAA--TAT-----AACAAGA-ATT--T--CAA-T------C----AT------------T-AAAA-------AA----A--TG--ACAAA--A-CG-AA--CC-AA-GAA-AA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--TA--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TA---T--A-TGA-T-AT-AC-TTAT-G-CA-G---AGTA-A--T--CA---T-TT-C-AA---T-TT----T-T-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTCTT-----TG-C-T-TTTCT--AA-T--TGGT-GGGAGaacgca
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                    gaagtactgattaccgtgaagacggtaatcagtac---C---C-AT-TGG----TT---A----AA----AATG--CCCG---T-TCT--G-TC-C--A--AAGGGA---A-------G-TAA-TT---TT-TC--T-GT-GTTT---T--T-TC--A----TTTA-C--G-gga
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AA-TT---TT-TC--T-CT-G--A---TATC-TA--A----TTTA-C--G-TA--TGAA--TTA----ACAA--T-T-----AA--------------------------------------------A-AAAA-------AA----T--TG--AC-AA--AACG-AA--CC-AA-G-A-AA---at
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A-TT---TT-TC--T-CTTG--AATAT--C-TA--A----TT-A-C--G-TA--TGAA--TTA----ACAA--T-T-----AAAAAAA-AT------------------------------------A-CAAA-------AA----A--CG--A-----------AA--CC-AA-A-A-AA---T--G----CT-A-----AAA-AG--AATT-G-A--T-A-CTTAC--AAA--TA-T-TA-----ACCA--AGC-A-T-T-TA---T--A-TGC-T-AT-TAATTAT---CA-A---A--A-A--T--CAATGT-TT-C--T---T-TTGCTCTAT-TC---T-----G-AAAA--CCCCGAA--------C-A--CA-CT--CGTT-----A--T----CTT-------TG-TTT--TA-----TT-C-TGCTTC---ATAT--TTGT-GGGAGa
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TA--CGAA--CTA----ACAAT-T-T-----AACAAAA-ATT--T--GAA-T------C----TT------------T-AAAga
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aA--TTA----ACAA--T-TT----AACAAGA-ATT--TG--AA-T------C----TTT-----------A-CAAA-------AA----A--TG--AC-AA--AACG-AA--CC-AA-G-A-AAA--TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAC--TA-A-TAC----A--A--GGC-A-T-A-AA---T--A-TGA-T-AT-CA-TTAT-T-CA-G---AG-A-AA-T--CG---T-TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CG-CT--CGCT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGGC-GGAAG
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-T------C----TT------------A-AAAA-------AA----AAATG--AC-AA--AACG-AA--TC-AG-G-ACAA---TT-G----CA-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--GAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TA---C--A-CGgga
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cC-AA--A-CG-AAAGCC-A--G-A-AAGATTT-G----CA-A-T-T-ACT-GGGCAATT-G-A--TTA-C--AC--AAC--TA-T-TAGC---A--ACGAGC-ACT-A-TA---T--A-TGA-T-TT-TA-TTAT-T-CA-GAA-AA-A-A--A--CA---T-TA-C-A----T-TT----TAT-GC-GTT-----G---AA--CC--GAA------A-C-A--CA--T--CGTT-----A-TT----CTT-------T--TTT--TAATAT-TG-C-T-TTTCA--AT-T--TGGTAGGGAG
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atctaccacctccgtggcactcacaacacttcctaatcactttcgtgattggtactccgtgacatcgacacgtgcaaaattcggcccttcaattcatgtggttaaagaaatgccgcttcttagtccaccgggaaggctgatctcttgtcatacctagcattttgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctAC--TA-T-TAC----A--A--GGC-A-T-T-TA---C--A-TGA-T-AT-CA-TTAT-G-CA-G---AGTA-A--TTTCA---A-TT-T-AT---T-TT----TTTTGC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-C-A--CA-CT--CGTT-----A-TT----CTT-------CC-CTT--TGTT---TG-C-T-TTTCT--AT-T--TGGT-GGGAGA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aattaacaatataacaagaaaatttcagtctttaaaaC-A-T-T-TA---T--A-TGA-T-AT-TA-CTAT-T----------------T--CA---T-T----AT---T-T---------GC-G-T-----T-TAAA--CC--GAA------A-T-A--CA-CC--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTT--TGTT---TG-A-T-TTTCT--AT-T--NNNN-NNNNG
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|42 ): TAAACGCATGGAAGAAAGATGGCGGGCAGACATAAACAAAGTGCAGTCCCAATTAA
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Reference ( family-34 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---NC--T--T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAA--T-T-----AACAAGA-ATTT-N--AA--TCTT----------------A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-NTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCTTGAAG-GC-C-----GGTTATTTTA-----TA-CA-T-AA---------G-TTTTGGAAG-TT-A-A--TTT--ACAA-TTCTT-C----C--G-ACT-A-A----GCCA--CT-TC--C--TA--T---CC--T--TT-GTG-A----TGG-GGGAT-A-G-------ACCA--A--T-G-CCA--TTTTTGAT--T--TTTTG-A-ACAAA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TTG----TA---A----AA----A-TG--CC-GGTTT-TCTTAG-TCC-CA--A-GGGGAACCG-------G-TTA-AT---TT-T--C-T-G-T-G--T---T--C-TA--AATTTTTT--A-CG-TAC--------GAAACTTAACAA--T-TTA---AACAAGA-GTTT-G--AAATTCTTCAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAA-AAA--TGAAACAA-ACG-A---------------------A--CCAAAG-A-AA---TTGG----CAA-G-TAA-AT-GG--AATT-G-ATTT-A-C--ACCGG--GC--TA--T-A-CAAG-GGC-A-T-A-A---T-----A-TGA-T-ATCC-A-TT-T-T---------------T--CA---T--T----T---T-TT----TAT-GC-G-TTGTGGA-AAAA--TC-GAG------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----ATTT----CTT-------TGTTTTTGATTT-T-TGCTGTT-T-C--ATT--TGGT-GGGAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggtttctTACCG-TCTTCCTTGGA--GA-C-----GGT------A-----TA-C--T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---ACT-T--T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-AG-A--T-GCC-A--T----GAT--G--T---G---A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---TC-C---C---CAT-TGG----TT--------AA----A-TG--CC-G-----TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TT---TT-TTGT-T-GTT-G--A---T--CATA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA---TATCAATTT-T-----AACAAGA-ATTT-T--GA--ACTT----------------T-AAAA-AAT--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-ATGAA-AA---TT-G----CAACT-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-TAATA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-TTAT-T-CA-G---AGAA-A-T--CAT--T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------ACC-A-C-A--C---CGTT-----A-TT----CTG-------TG-TTTTG---T-C-TGCTTT----C--ATT--TGGT-GGgggga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-CCTTACTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAC-T-CTA-C----G--G-ACT-A-A----GC-T--CT-TC--C--T---A---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--ATCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TG---TT-T--C-T-A-T-G--T---T--C-TA--A----TCT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAAT-T-T-----AACAAGA-ATTT-G--AA--TCTT----------------T-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-ATA---T-----A-TGA-T-AC-T-A-TTAT-T-CA-G---AGAA-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAC------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----T--CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TTT--ACAA-T-TTC-C----G--G-ACT-A-A----TC-A--CT-TC--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----G-------T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------A-TA---T---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--G-CG-TAC--------GAA--TTAATAA--T-TT----AACACCA-TTTT-C--AA--TCTT----------------A-AAAA-AGA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CT-TAG-A-AAA--CT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--TTA-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GAC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-TTAT-T-TA-G---AG-A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GA-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-T-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C----ATT--TGGT-GGGAG
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-ACATGTACATAG-TTT--GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-ATC-C----GC-G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTGCG---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--G----AAT--G--T---G-A-A--A--T-T--GTCTT--AA--T---T--C---T---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------A-TAATTT---TT-T--C-C-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-TG-TAC--------GCG--TT----A--T----------------TTT-C--AA--TCTT----------------A-AAAA-ACA--TTACA----------------------------------------A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-T--T-A-C--AC--G--AT--TA-TT-A-CAA--GAC-A-T-TTA---T-----A-TGA-C-AG-T-A-TTAC-T-CA-G---AGAA-A-T--CA---T--TTC-AT---A-TG----TTT-GC-A-A-----T-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CC--CGAT-----A-CT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-Tg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -A----GT-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTG-A---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--A--T---G-A-A--AA-T-T--GTATT--AA--T---C--A---T---CAT-TGG----TT---G----AA----A-TA--CC-G---T-TCT--G-T-T-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TTA--TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CA-TAC--------GAA--TTAACAA--TAT-----AACAAGA-ATTT-C--AA--TCAT----------------T-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAA--TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--TA--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-A-C-TTAT-G-CA-G---AGTA-A-T--CA---T--TTC-AA---T-TT----T-T-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTC---T-T-TGCTTTT-C-T--AAT--TGGT-GGGAGtgggtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaagtactgattaccgtgaagacggtaatcTACCG-TGTTATGTGGAA-C--C-----GG--------------------------------G-TT---GATA-C--A-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ATT-A-T----GC-A--CT-TT--T--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTT-G---T-A-C-------AA-A--A--T-A-C-A--T----GAA--G--T---G-A-A--AA-T-T--ATCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TTG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-GTT--G-T-T-AA--A-GGGA----A-------G-T-G-TC---AC-T--C-T-A-T-G--T---T--C-TA--A----CTT--G-CG-TAT--------GAA--TTAACAA--T-T-----TACAGGA-TTTT-C--AA--CCTT----------------ACGACA-AAA--TGACA-AA-ATG-A---------------------A--GA-AAG-A-AAT--TT-C----CAA-T-A-A-AT-GA--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TG-A-CGA--GGC-A-T-TTA---T-----T-TGA------T-A-TTAT-T-CA-A---AG-ACA-T--TA---T--CTC-AT---T-TT----T-T-GA-A-T-----A-AAAA--CA-GGA------A-C-A------CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-gga
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACCA-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGC------A-----TA-CA-T-A----------G-T------------G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GGG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---AAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-CTT--G-T-C-CA--A-GAGA----G-------A-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAAT-T-T-----AACACCA-CTTT-C--AA--TCTT----------------G-AAGA-AGA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAG--CT-G----CAG-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--a
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtA-TT---TT-T--C-T-C-TTG--AATAT--C-TA--A----TT---A-CG-TAT--------GAA--TTAACAA--T-T-----AAAAAAA-A--------------T----------------A-CAAA-AAA--CGA----------A---------------------A--CC-AAA-A-AA----T-G----C---T-A-A-AA-AG--AATT-G-A--T-A-CTTAC--A--AA--TA-TTAA-CCA--AGC-A-T-TTA---T-----A-TGC-T-AT-TAA-TTA--T-CA-----AA-A-A-T--CAATGT--TTC--T---T-TTGCTCTAT-TC---T-----G-AAAACCCC-G-A------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A--T----CTT-------TG-TTTTA---T-TCTGC--TT-CAT--ATT--T-GT-GGGAG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A--TTAACAA--T-TT----AACAAGA-ATTT-G--AA--TCTTT---------------A-CAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAA--TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-AT-A-CAA--GGC-A-T-AAA---T-----A-TGA-T-AT-C-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-AAT--CG---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGCT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGC-GGAAGga
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT--GCAG-T-CTT-C----G--G-ACA-T-T----GC-A--TA-TC--C--TC--T---CC--TG-T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T-----CT--AA--TCTAT--T---C---TAT-TAG----TT---G----AA----A-TT--TT-G---T-TCgga
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cataaacctggcgattacatttactagtatatggtttatacagaagctatattacgtcctctagtccttgttaccgtc-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-T--TTC--ACAA-T-CT----------A-AC--A-ACAGTGC-A--CT-TCAAC--T---C---TT--T--T--GTA-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-----------------------------------T-T---TCT---AA--T---T--TATGT---CAT-TGG----TT---G----AA----A-AG--CT-G---T-TCA--G-T-G-CA--A-AGGA----GGTAGAATG-TAA-TT---TT-T--T-G-G-T-G--A---T--C-TT--A----Taacgca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-TGA-T-AT-C-A-TTAT-G-CA-G---AGTA-A-TTTCA---A--TTT-AT---T-TT----TTTTGC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------CC-CTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGAaagatttttaacgacgacggatataat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaacaatataacaagaaaatttcagtctttaaaaAG-T--G-AATTTT--ACAT-T-CTC-CAGGCG--G-ACT-A------GC-A---T-TC--C--T---T---TT--C--T--GTT-ACTATTTG-G---T-A-GTAAAGGGAA-A--A--C-GTC-A--T----GAT--GATC---G-AGA--AA-C-T--GTCTG--AAAAT---T--G---C---CAT-TGGTGC-TT---AC---AA----A-TG--CC-----T-TAT--A-T-C-TA--A-GTCA------------A-TAA--T---TG-T--C-T-G-T-G--A---T--T-----A----TTT--A-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAAGT-CTC-C----G--G-ACT-A-A----G--A--CC-TT--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-GG--T-A-G-------AA-ATAA--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTTT-AA--T---TTCC---C---CAT-TGG----TT---A----AATATAA-TGGACC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------GGTAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----ATTACA-CG-TAC--------GAA--CTATCAAT-T-T-----AACAAGA-ATTTGA--AA--TCTT----------------A-AAAA-AAT--TGACA-AAGACG-A---------------------A---C-ATG-A-AA---TT-G----CCA-TAC-A-AT-GGA-AATT-G-C--T-A-CAAAC--G--AC--TA-TT-A-T-A--GGC-A-T-ATA---T-----AGTGAGT-AT-T-A-TTAT-TACA-GGCAAGAA-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----GCAAAA--GC-GGAAACAACA-C-A-C-G--CT--CGTTG----A-GTGGCACTT-------TG-TTTTG---C-T-TGCTTT----C--ATT--TGGT-GGt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTTTTAGGAA-GA-ATTTAAGGT------A-----GA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-T--TTC--ACAT-T-CTC-C----G--G-AAT-T-A----GT-A--CT-TC--C--G---C---TC--TTCT--GTA-A----TT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtcactataa---GAAG-T----A--TTT--ACAA-T-CTC-C----GC-G-ACT-A-A-----C-A--CT-TC--CCTT---T---CT--T--T--GTGTA----TT--G---T-A-G-------AA-A--A------------------------T---G-A-A--AA-T-T---TCTT--AAC-T---T--C---C---CAT-TGGAGCTTT---A----AA----A-AT--CC-A---T---T--G-T---CA--A-GGAG----G-------GTTAA-TT---ccttttatttcattcgtcgaagtgtcgctcatggcgaaggtaattaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaccgtactccttgACCG-TCTTC-TTGGAA-GAAC-----AGTC-----A-----AA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--AC-A-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--C---TATACT--T--T--GTG-A----TTG-G---TAA-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G------G-A-A--AA-T-G--TTCTT--AA--C---T--C---C---CAT-T
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCTTGCAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------C-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ACT-A-T----GC-A--CT-TC--C--T---T---TCTGT--T--ATG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-G-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AG-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAC-TGtgg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----AC-A--CT-TC--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-C-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAC--G--T---G-A-A--AA-T-T--GCCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----Aa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-TCTTCCTTGGAAAGA-C-----AGT------A-----TA-------------------------------------TTT--ACAA-T-CTC-C----T--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---A-A-A--AA-T-A--GTCTT--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T-A-TTAT-T-CA-G---AGTA-A-T--CA---T--TTC-AA---T-GT----T-T-GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CC--CGAT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TACTTTT-T-T--ATT--TGGT-GGGAGcaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aagaC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-CTAT-T---------------T--CA---T--T---AT---T-T---------GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-T-A-C-A--CC--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGATTTT-C-T--ATT--NNNN-NNNNGgg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --AA--TCTT----------------A-AAAA-AAAAATGACA-AA-ACG-A---------------------A--TC-AGG-ACAA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-CG
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cAA-TT---TT-T--C-T-C-T-G--A---TATC-TA--A----TTT--A-CG-TAT--------GAA--TTAACAA--T-T-----AA--------------------------------------A-AAAA-AAT--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A--TCT--ACCA-C-CTC-C----GTGGCACTCACA----AC-A--CT-TC--C--TAATC---AC--T--TTCGTG-A----TTG-G---T-A-C-------TC-C--G--T-GAC-A--TC---GACACG--T---GCA-A--AA-T-TCGGCCCTTCAA--T---T--C--------ATGTGG----TT---A----AAGAA-A-TG--CC-GC--T-TCTTAG-T-C-CACCG-GGAA----G-------GCTGA-TC---TC-T----T-G-T-C--A---TACC-TAGCA----TTT--a
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AA-ACG-A---------------------AAGCC-A-G-A-AAGATTT-G----CAA-T-T-A-CT-GGGCAATT-G-A--TTA-C--AC--A--AC--TA-TT-AGCAACGAGC-ACT-ATA---T-----A-TGA-T-TT-T-A-TTAT-T-CA-GAA-AA-A-A-A--CA---T--TAC-A----T-TT----TAT-GC-GTT-----G---AA--CC-GAA------A-C-A-C-A---T--CGTT-----A-TT----CTT-------TT-TTTAA---TAT-TGCTTTT-C-A--ATT--TGGTAGGGAGtgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctcaaacgaaagccagaaagatttgcaattactgggcaattgattacacaactattagcaacgagcactatatatgattttattattcagaaaaaaacattacattttatgcgttgaaccgaaacacatcgttattctttttttaatattgcttttcaatttggtagggag
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atctaccacctccgtggcactcacaacacttcctaatcactttcgtgattggtactccgtgacatcgacacgtgcaaaattcggcccttcaattcatgtggttaaagaaatgccgcttcttagtccaccgggaaggctgatctcttgtcatacctagcattttgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctc---C---CAT-TGG----TT---A----AA----AATG--CCCG---T-TCT--G-T-C-CA--AAGGGA----A-------G-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-GTTT---T--T-TC--A----TTT--A-CG-
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGat
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       t-TAC--------GAA--CTAACAA--T-TT----AACAAAA-ATTT-G--AA--TCTT----------------T-AAAgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TTTG-AAAG-T--G-A--TTT--ACTA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GT-A--CTATC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTA-GGT-T-A-G-------AA-A--A--T---C-A--TT---GAT--GG-T---G-A-A--AA-T-T--GT--T--AA--T---T--C---C----AT-TGG----TTTAAG----AA----A-TG--CC-A---T-TCT--GGT-CGCA--ACGGGA----G-------A-TAA-TTCATTT-T--T-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAG--TTAACAA--T-TTTATAAACAAG--ATTT--------TCTG----------------T-AAAT-AAA--TAACA-AA-ATG-AAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAA--CC-AA--A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--AATAT--TACTT-A-CAA--TGC-A-T-TTA---TG----A-TGA-T--T-T-ACTTAT-T-------------A-T--CA---T--T---AT---T---------T-GC-GTT-----T-AAAA--CCGGAA------A-T-ACC-A--CC--CGTT-----A-AT----CTT-------TG-TTTTGTT-T-T-TGATTTT-C-CTAATT--TAGT-GGGAGA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caCCG-TATTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TTTC-AAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-TTT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---A---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-C-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-g
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A--CT-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaacacgctcgttattctttgttttgtttgcttttctatttggtgggagg
gi|7                          : ccgtattccttggaagacggtatacatagtttcaaagtgatttacaatctccggtttaagcacttcctaactttgtgattggtagaaaatgcatgatgtgaaaattgtcttaattcccattggttaaaatgccgttctgcccaagggaggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGATCTTCTTGGAAA-GG-C-----AGT------ACTAATTA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TT---ACAA-T-CTC-G----G--GGACT-A-A----GC-A--CT-TC--T--A---T---CT--T--T--GTGGA----TTT-G---T-A-G-------GACA--A--TAG-C-A--T----GAT--T--T---G-A-A--AA-T-TT-GTCTT--AA--TGC-T--T---C---CAT-TGG----TA---A----TA----A-TT--GC-G---T--CT--G-T-C--A--A-GGGAAG--G-------G-TAA-TT---TTAT--C-T-G-T-G--T---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--CTAACAA--C-TTTG--AACAAGAGGTTT-G--AA--TCTTCAAAACAAAAAA----A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--AC--AG-A-AA---TT-G----CAA-T-TAA-ATGGG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--GC--TATTT-A-CAA--GGCAA-T-ATA---T-----A-GGA-T-------------------------A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--TC-GAG------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGg
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Reference ( family-34 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---NC--T--T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAA--T-T-----AACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTT----------------A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-NTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----G-----------------------------------------AAG-T--G-A--TCT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--C---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTC--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TTT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAC-TT---TT-T--T-C-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACGAT-T-T-----AACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTT----------------T-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAGAA-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-A--AT--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-ATA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-T--T-T-CA-G---GA-A-A-T--C----TCATTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA---C-GAA------A-T-A---A--CT--CGTTAA---A-TT----C-T-------TG--TTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAG
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TCTTCCTTGG--------------T------------TA-CAGT-A----------G-TC---TAAG-T--GTA--TTT--ACAA-T-CTC-C----G----ACT-T-A----GC-A--TT-TC--C--T---T---CTG-T--T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-A-C-A--T----GAT--A-----------------------------------------------CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-T----G-T-C-CA--A-GGGA----G-------A-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC---------AG--TTAATAAT-T-T-----AACAAGT-T-TTT-C--AA--TTTT------------------TAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--GC-AAGAA-AA---TT-G----CAA-T-T-A-A---G--GATT-G-A----A-C--AT--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTATTCT-----A-TTA-T-A--T-A-TTATAT-CA-G---AGAA-A-T--CA---T--TTA-AA---T-CT----TTT-GG-C-T-----T-AAAA--CC-GAA------A-C-G-C-A--TT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTTCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---A---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---C--C---C---CAT-TGG----TT---C----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--T-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TT---CT-T--C-T-G-T-G--T---T--C-TA--A----CTT--A-CG-TGC--------GAA--TTAACAAT-T-T-----AACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTTA---------------A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAGAA-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--C-A-C--AT--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGT-A-T-ATA---T-----A-TGA------T-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-A-tggtggggtg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACCA-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGC------A-----TA-CA-T-A----------G-T------------G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GGG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---AAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-CTT--G-T-C-CA--A-GAGA----G-------A-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAAT-T-T-----AACACCA-C-TTT-C--AA--TCTT----------------G-AAGA-AGA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAG--CT-G----CAG-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--a
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT--GCAG-T-CTT-C----G--G-ACA-T-T----GC-A--TA-TC--C--TC--T---CC--TG-T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T-----CT--AA--TCTAT--T---C---TAT-TAG----TT---G----AA----A-TT--TT-G---T-TCgga
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cataaacctggcgattacatttactagtatatggtttatacagaagctatattacgtcctctagtccttgttaccgtc-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-T--TTC--ACAA-T-CT----------A-AC--A-ACAGTGC-A--CT-TCAAC--T---C---TT--T--T--GTA-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-----------------------------------T-T---TCT---AA--T---T--TATGT---CAT-TGG----TT---G----AA----A-AG--CT-G---T-TCA--G-T-G-CA--A-AGGA----GGTAGAATG-TAA-TT---TT-T--T-G-G-T-G--A---T--C-TT--A----Taacgca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-TGA-T-AT-C-A-TTAT-G-CA-G---AGTA-A-TTTCA---A--TTT-AT---T-TT----TTTTGC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------CC-CTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGAaagatttttaacgacgacggatataat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaacaatataacaagaaaatttcagtctttaaaaAG-T--G-AATTTT--ACAT-T-CTC-CAGGCG--G-ACT-A------GC-A---T-TC--C--T---T---TT--C--T--GTT-ACTATTTG-G---T-A-GTAAAGGGAA-A--A--C-GTC-A--T----GAT--GATC---G-AGA--AA-C-T--GTCTG--AAAAT---T--G---C---CAT-TGGTGC-TT---AC---AA----A-TG--CC-----T-TAT--A-T-C-TA--A-GTCA------------A-TAA--T---TG-T--C-T-G-T-G--A---T--T-----A----TTT--A-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAAGT-CTC-C----G--G-ACT-A-A----G--A--CC-TT--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-GG--T-A-G-------AA-ATAA--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTTT-AA--T---TTCC---C---CAT-TGG----TT---A----AATATAA-TGGACC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------GGTAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----ATTACA-CG-TAC--------GAA--CTATCAAT-T-T-----AACAAGA-A-TTT-GA-AA--TCTT----------------A-AAAA-AAT--TGACA-AAGACG-A---------------------A---C-ATG-A-AA---TT-G----CCA-TAC-A-AT-GGA-AATT-G-C--T-A-CAAAC--G--AC--TA-TT-A-T-A--GGC-A-T-ATA---T-----AGTGAGT-AT-T-A-TTAT-TACA-GGCAAGAA-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----GCAAAA--GC-GGAAACAACA-C-A-C-G--CT--CGTTG----A-GTGGCACTT-------TG-TTTTG---C-T-TGCTTT----C--ATT--TGGT-GGt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTTTTAGGAA-GA-ATTTAAGGT------A-----GA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-T--TTC--ACAT-T-CTC-C----G--G-AAT-T-A----GT-A--CT-TC--C--G---C---TC--TTCT--GTA-A----TT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtcactataa---GAAG-T----A--TTT--ACAA-T-CTC-C----GC-G-ACT-A-A-----C-A--CT-TC--CCTT---T---CT--T--T--GTGTA----TT--G---T-A-G-------AA-A--A------------------------T---G-A-A--AA-T-T---TCTT--AAC-T---T--C---C---CAT-TGGAGCTTT---A----AA----A-AT--CC-A---T---T--G-T---CA--A-GGAG----G-------GTTAA-TT---ccttttatttcattcgtcgaagtgtcgctcatggcgaaggtaattaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaccgtactccttgACCG-TCTTC-TTGGAA-GAAC-----AGTC-----A-----AA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--AC-A-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--C---TATACT--T--T--GTG-A----TTG-G---TAA-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G------G-A-A--AA-T-G--TTCTT--AA--C---T--C---C---CAT-T
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCTTGCAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------C-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ACT-A-T----GC-A--CT-TC--C--T---T---TCTGT--T--ATG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-G-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AG-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAC-TGtgg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----AC-A--CT-TC--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-C-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAC--G--T---G-A-A--AA-T-T--GCCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----Aa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-TCTTCCTTGGAAAGA-C-----AGT------A-----TA-------------------------------------TTT--ACAA-T-CTC-C----T--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---A-A-A--AA-T-A--GTCTT--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -T-A-TTAT-T-CA-G---AGTA-A-T--CA---T--TTC-AA---T-GT----T-T-GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CC--CGAT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TACTTTT-T-T--ATT--TGGT-GGGAGcaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aagaC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-CTAT-T---------------T--CA---T--T---AT---T-T---------GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-T-A-C-A--CC--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGATTTT-C-T--ATT--NNNN-NNNNGgg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AA--TCTT----------------A-AAAA-AAAAATGACA-AA-ACG-A---------------------A--TC-AGG-ACAA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-CG
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cAA-TT---TT-T--C-T-C-T-G--A---TATC-TA--A----TTT--A-CG-TAT--------GAA--TTAACAA--T-T-----AA---------------------------------------A-AAAA-AAT--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AA-ACG-A---------------------AAGCC-A-G-A-AAGATTT-G----CAA-T-T-A-CT-GGGCAATT-G-A--TTA-C--AC--A--AC--TA-TT-AGCAACGAGC-ACT-ATA---T-----A-TGA-T-TT-T-A-TTAT-T-CA-GAA-AA-A-A-A--CA---T--TAC-A----T-TT----TAT-GC-GTT-----G---AA--CC-GAA------A-C-A-C-A---T--CGTT-----A-TT----CTT-------TT-TTTAA---TAT-TGCTTTT-C-A--ATT--TGGTAGGGAGtgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctcaaacgaaagccagaaagatttgcaattactgggcaattgattacacaactattagcaacgagcactatatatgattttattattcagaaaaaaacattacattttatgcgttgaaccgaaacacatcgttattctttttttaatattgcttttcaatttggtagggag
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gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGat
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       t-TAC--------GAA--CTAACAA--T-TT----AACAAAA-A-TTT-G--AA--TCTT----------------T-AAAgg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TTTG-AAAG-T--G-A--TTT--ACTA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GT-A--CTATC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTA-GGT-T-A-G-------AA-A--A--T---C-A--TT---GAT--GG-T---G-A-A--AA-T-T--GT--T--AA--T---T--C---C----AT-TGG----TTTAAG----AA----A-TG--CC-A---T-TCT--GGT-CGCA--ACGGGA----G-------A-TAA-TTCATTT-T--T-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAG--TTAACAA--T-TTTATAAACAAG--A-TTT--------TCTG----------------T-AAAT-AAA--TAACA-AA-ATG-AAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAA--CC-AA--A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--AATAT--TACTT-A-CAA--TGC-A-T-TTA---TG----A-TGA-T--T-T-ACTTAT-T-------------A-T--CA---T--T---AT---T---------T-GC-GTT-----T-AAAA--CCGGAA------A-T-ACC-A--CC--CGTT-----A-AT----CTT-------TG-TTTTGTT-T-T-TGATTTT-C-CTAATT--TAGT-GGGAGA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caCCG-TATTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TTTC-AAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-TTT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---A---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-C-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-g
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A--CT-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaacacgctcgttattctttgttttgtttgcttttctatttggtgggagg
gi|7                          : ccgtattccttggaagacggtatacatagtttcaaagtgatttacaatctccggtttaagcacttcctaactttgtgattggtagaaaatgcatgatgtgaaaattgtcttaattcccattggttaaaatgccgttctgcccaagggaggtaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGATCTTCTTGGAAA-GG-C-----AGT------ACTAATTA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TT---ACAA-T-CTC-G----G--GGACT-A-A----GC-A--CT-TC--T--A---T---CT--T--T--GTGGA----TTT-G---T-A-G-------GACA--A--TAG-C-A--T----GAT--T--T---G-A-A--AA-T-TT-GTCTT--AA--TGC-T--T---C---CAT-TGG----TA---A----TA----A-TT--GC-G---T--CT--G-T-C--A--A-GGGAAG--G-------G-TAA-TT---TTAT--C-T-G-T-G--T---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--CTAACAA--C-TTTG--AACAAGAGG-TTT-G--AA--TCTTCAAAACAAAAAA----A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--AC--AG-A-AA---TT-G----CAA-T-TAA-ATGGG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--GC--TATTT-A-CAA--GGCAA-T-ATA---T-----A-GGA-T-------------------------A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--TC-GAG------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTC-TTGGAA----C-----GGTT-----A-----TA-CA-TTA----------G-TTT--GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G----ACT-A------GC-A--CT-TC--C--T---A---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-A-------GA-A--A--T-G-C-A--T----AAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGATT--TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-CACA--A-GGAAC---G-------G-TAA-TT---CT-T--C-TGG-T-G--T---T--C-TA--AC---TTT--A-CATTAC--------GAA--TTAACAA--T--------ACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTT----------------A-CAAA-AAA--TGAC--AA-ACGAA---------------------A--CC-AAGAA-AA---TT-GA---CA----T-ATAT-GG--AATTAG-G--C-A-C--AC--G--ACTATA-TT-A-CAA--GGC-A-T-ATA---T-----A-TGA-TGAT-T-A-TTAT-T-CAGG---AGAA-A-T--CAT--T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AACA--CC-GAA------A-CAA-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TATTG---T-T-TGCTTTG-C-T--ATT--TGGT-GG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A----------G-TT---GAAA-TTGA-A--TTTTAACAA-T-CTC-C----G----ACT-A-A----TC-ATTCT-TC--T--G---T---AC--TATT--GTG-A----TTGAG---T-AAG-------AA-A--A--T-G-C-AAATA---GAT--T--C---G-A-A--AAAT-T--GTCGT--AA--T---T--T---CATACAT--GC----TT---AGACTAA----A-T---CC-G---TCTTT--G-T-C--A--A-GGGA----G-------A-TAA-AT---TT-T--CAT-G-T----A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TACCCCATCTAGAGG-TTAA-GT--T-T-----AACACAT-A-TTT-GTCAA--TCTT----------------A-AAAA-AGA---AACA-AA-ACGAA---------------------A--CT-TAG-A-AA---AT-G----CAA-T-T-A-ATCTG--AATT-G-A--T-A-C--AC-----AC--TA-TT-A-CAA--GAC-A-T-TTA---T-----A-TAA-T-TT-T-A------C-CG-A---AC-ATA-T--CA---A--TTCTATGCCT-TC----TAT-CC-G-TA----G-GAAATCCC-GGA------A-C-A---G---T--C-TT-----A-TT----CTTGCTTCCATT-TTTCG---C-T-T-CTTTT-C-
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TAAAATTATGGTGGATCTAGCCAGGGGTGGGGAAACACCTAGAGCTCCTCTTGTGGCTT
Unaligned ( gi|42 ): TAAACGCATGGAAGAAAGATGGCGGGCAGACATAAACAAAGTGCAGTCCCAATTAA
Unaligned ( gi|44 ): TAACTCGTCCTTCCCTGAAAACGGTAAATACCACCTTTGAAACTGAACCATT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTATGTGGATCTATTACAGGGTGGTCTTAACACTTAGA






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Reference ( family-34 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---NC--T--T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------G-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAA--TTAACAA--T-T-----AACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTT----------------A-AAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-NTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGA
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaagtactgattaccgtgaagacggtaatcTACCG-TGTTATGTGGAA-C--C-----GG--------------------------------G-TT---GATA-C--A-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ATT-A-T----GC-A--CT-TT--T--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTT-G---T-A-C-------AA-A--A--T-A-C-A--T----GAA--G--T---G-A-A--AA-T-T--ATCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TTG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-GTT--G-T-T-AA--A-GGGA----A-------G-T-G-TC---AC-T--C-T-A-T-G--T---T--C-TA--A----CTT--G-CG-TAT--------GAA--TTAACAA--T-T-----TACAGGA-T-TTT-C--AA--CCTT----------------ACGACA-AAA--TGACA-AA-ATG-A---------------------A--GA-AAG-A-AAT--TT-C----CAA-T-A-A-AT-GA--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-TG-A-CGA--GGC-A-T-TTA---T-----T-TGA------T-A-TTAT-T-CA-A---AG-ACA-T--TA---T--CTC-AT---T-TT----T-T-GA-A-T-----A-AAAA--CA-GGA------A-C-A------CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-gga
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA--A-T-A----------GTTT---GAAGTT--G-A--TTTA-ACAA---CTCTC----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---A---CCT-T--T--GTGAA----TTG-G---TAA-G-------AA-A--AATT-G-C-A--T-----AT--G--T---G-A-A--AA-TCT--GTCTT--AA--T---T--C---A---CA--TGG----TT---A----AA----A-TGACCC-G---T-TC---G-T---CA--A-GGGA----A-------G-TAA-TTC--TT-T--C-T-G-T-G--T---T--C-TA--A----GTT--AGCG-TAC--------GAA--TTAACAAT-T-T-----AAC-AGA-A-TTT-G--AAATTCTTTC--------------A-AAAA-AAA--TGACACAA-ACG-A---------------------A--CC--AG-A-AA---GT-GCTGCCAA-T-TCA-AT--G--AATT-GAA--T-AGC--CC--G--ACG-GA-TT-A-CAA--GGC-A-T-G-A---TAGTTGA-TGA-T-ATAT-A-CTAT-C-AG-G---AGAA-A-T--CA---TC-TTC-AT---TCTT----TAT-GCGG-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-CAG--CTCACGTTAATTCA-TT----CAT-------TG-TTTTG--------GCTTTTCC-T--ATTTGTGGT-GTGAGAgtc
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A--TTAACAA--T-TT----AACAAGA-A-TTT-G--AA--TCTTT---------------A-CAAA-AAA--TGACA-AA-ACG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAA--TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC--TA-AT-A-CAA--GGC-A-T-AAA---T-----A-TGA-T-AT-C-A-TTAT-T-CA-G---AG-A-AAT--CG---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-G--CT--CGCT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGC-GGAAGga
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT--GCAG-T-CTT-C----G--G-ACA-T-T----GC-A--TA-TC--C--TC--T---CC--TG-T--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T-----CT--AA--TCTAT--T---C---TAT-TAG----TT---G----AA----A-TT--TT-G---T-TCgga
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cataaacctggcgattacatttactagtatatggtttatacagaagctatattacgtcctctagtccttgttaccgtc-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-T--TTC--ACAA-T-CT----------A-AC--A-ACAGTGC-A--CT-TCAAC--T---C---TT--T--T--GTA-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-----------------------------------T-T---TCT---AA--T---T--TATGT---CAT-TGG----TT---G----AA----A-AG--CT-G---T-TCA--G-T-G-CA--A-AGGA----GGTAGAATG-TAA-TT---TT-T--T-G-G-T-G--A---T--C-TT--A----Taacgca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --AC--TA-TT-A-CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-TGA-T-AT-C-A-TTAT-G-CA-G---AGTA-A-TTTCA---A--TTT-AT---T-TT----TTTTGC-G-T-----G-AAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------CC-CTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGAaagatttttaacgacgacggatataat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaacaatataacaagaaaatttcagtctttaaaaAG-T--G-AATTTT--ACAT-T-CTC-CAGGCG--G-ACT-A------GC-A---T-TC--C--T---T---TT--C--T--GTT-ACTATTTG-G---T-A-GTAAAGGGAA-A--A--C-GTC-A--T----GAT--GATC---G-AGA--AA-C-T--GTCTG--AAAAT---T--G---C---CAT-TGGTGC-TT---AC---AA----A-TG--CC-----T-TAT--A-T-C-TA--A-GTCA------------A-TAA--T---TG-T--C-T-G-T-G--A---T--T-----A----TTT--A-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAAGT-CTC-C----G--G-ACT-A-A----G--A--CC-TT--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-GG--T-A-G-------AA-ATAA--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTTT-AA--T---TTCC---C---CAT-TGG----TT---A----AATATAA-TGGACC-G---T-TCT--G-T-C-CA--A-GGGA----G-------GGTAA-TT---TT-T--C-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----ATTACA-CG-TAC--------GAA--CTATCAAT-T-T-----AACAAGA-A-TTT-GA-AA--TCTT----------------A-AAAA-AAT--TGACA-AAGACG-A---------------------A---C-ATG-A-AA---TT-G----CCA-TAC-A-AT-GGA-AATT-G-C--T-A-CAAAC--G--AC--TA-TT-A-T-A--GGC-A-T-ATA---T-----AGTGAGT-AT-T-A-TTAT-TACA-GGCAAGAA-A-T--CA---T--TTC-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----GCAAAA--GC-GGAAACAACA-C-A-C-G--CT--CGTTG----A-GTGGCACTT-------TG-TTTTG---C-T-TGCTTT----C--ATT--TGGT-GGt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTTTTAGGAA-GA-ATTTAAGGT------A-----GA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-T--TTC--ACAT-T-CTC-C----G--G-AAT-T-A----GT-A--CT-TC--C--G---C---TC--TTCT--GTA-A----TT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtcactataa---GAAG-T----A--TTT--ACAA-T-CTC-C----GC-G-ACT-A-A-----C-A--CT-TC--CCTT---T---CT--T--T--GTGTA----TT--G---T-A-G-------AA-A--A------------------------T---G-A-A--AA-T-T---TCTT--AAC-T---T--C---C---CAT-TGGAGCTTT---A----AA----A-AT--CC-A---T---T--G-T---CA--A-GGAG----G-------GTTAA-TT---ccttttatttcattcgtcgaagtgtcgctcatggcgaaggtaattaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaccgtactccttgACCG-TCTTC-TTGGAA-GAAC-----AGTC-----A-----AA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--AC-A-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--C---TATACT--T--T--GTG-A----TTG-G---TAA-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G------G-A-A--AA-T-G--TTCTT--AA--C---T--C---C---CAT-T
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCTTGCAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------C-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ACT-A-T----GC-A--CT-TC--C--T---T---TCTGT--T--ATG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-G-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AG-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAC-TGtgg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----AC-A--CT-TC--C--T---T---AC--T--TT-GTG-A----TTG-G---T-A-C-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAC--G--T---G-A-A--AA-T-T--GCCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----Aa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-TCTTCCTTGGAAAGA-C-----AGT------A-----TA-------------------------------------TTT--ACAA-T-CTC-C----T--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---A-A-A--AA-T-A--GTCTT--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -T-A-TTAT-T-CA-G---AGTA-A-T--CA---T--TTC-AA---T-GT----T-T-GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-C-A-C-A--CC--CGAT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TACTTTT-T-T--ATT--TGGT-GGGAGcaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aagaC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-T-A-CTAT-T---------------T--CA---T--T---AT---T-T---------GC-G-T-----T-TAAA--CC-GAA------A-T-A-C-A--CC--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGATTTT-C-T--ATT--NNNN-NNNNGgg
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AA-ACG-A---------------------AAGCC-A-G-A-AAGATTT-G----CAA-T-T-A-CT-GGGCAATT-G-A--TTA-C--AC--A--AC--TA-TT-AGCAACGAGC-ACT-ATA---T-----A-TGA-T-TT-T-A-TTAT-T-CA-GAA-AA-A-A-A--CA---T--TAC-A----T-TT----TAT-GC-GTT-----G---AA--CC-GAA------A-C-A-C-A---T--CGTT-----A-TT----CTT-------TT-TTTAA---TAT-TGCTTTT-C-A--ATT--TGGTAGGGAGtgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctcaaacgaaagccagaaagatttgcaattactgggcaattgattacacaactattagcaacgagcactatatatgattttattattcagaaaaaaacattacattttatgcgttgaaccgaaacacatcgttattctttttttaatattgcttttcaatttggtagggag
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atctaccacctccgtggcactcacaacacttcctaatcactttcgtgattggtactccgtgacatcgacacgtgcaaaattcggcccttcaattcatgtggttaaagaaatgccgcttcttagtccaccgggaaggctgatctcttgtcatacctagcattttgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctc---C---CAT-TGG----TT---A----AA----AATG--CCCG---T-TCT--G-T-C-CA--AAGGGA----A-------G-TAA-TT---TT-T--C-T-G-T-GTTT---T--T-TC--A----TTT--A-CG-
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GAA------A-C-A-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGat
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TTTG-AAAG-T--G-A--TTT--ACTA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GT-A--CTATC--C--T---T---TC--TGTT--GTG-A----TTA-GGT-T-A-G-------AA-A--A--T---C-A--TT---GAT--GG-T---G-A-A--AA-T-T--GT--T--AA--T---T--C---C----AT-TGG----TTTAAG----AA----A-TG--CC-A---T-TCT--GGT-CGCA--ACGGGA----G-------A-TAA-TTCATTT-T--T-T-G-T-G--A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TAC--------GAG--TTAACAA--T-TTTATAAACAAG--A-TTT--------TCTG----------------T-AAAT-AAA--TAACA-AA-ATG-AAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAA--CC-AA--A-AA---TT-G----CAA-T-T-A-AT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--AATAT--TACTT-A-CAA--TGC-A-T-TTA---TG----A-TGA-T--T-T-ACTTAT-T-------------A-T--CA---T--T---AT---T---------T-GC-GTT-----T-AAAA--CCGGAA------A-T-ACC-A--CC--CGTT-----A-AT----CTT-------TG-TTTTGTT-T-T-TGATTTT-C-CTAATT--TAGT-GGGAGA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A----------G-TT---GAAA-TTGA-A--TTTTAACAA-T-CTC-C----G----ACT-A-A----TC-ATTCT-TC--T--G---T---AC--TATT--GTG-A----TTGAG---T-AAG-------AA-A--A--T-G-C-AAATA---GAT--T--C---G-A-A--AAAT-T--GTCGT--AA--T---T--T---CATACAT--GC----TT---AGACTAA----A-T---CC-G---TCTTT--G-T-C--A--A-GGGA----G-------A-TAA-AT---TT-T--CAT-G-T----A---T--C-TA--A----TTT--A-CG-TACCCCATCTAGAGG-TTAA-GT--T-T-----AACACAT-A-TTT-GTCAA--TCTT----------------A-AAAA-AGA---AACA-AA-ACGAA---------------------A--CT-TAG-A-AA---AT-G----CAA-T-T-A-ATCTG--AATT-G-A--T-A-C--AC-----AC--TA-TT-A-CAA--GAC-A-T-TTA---T-----A-TAA-T-TT-T-A------C-CG-A---AC-ATA-T--CA---A--TTCTATGCCT-TC----TAT-CC-G-TA----G-GAAATCCC-GGA------A-C-A---G---T--C-TT-----A-TT----CTTGCTTCCATT-TTTCG---C-T-T-CTTTT-C-


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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TAAAATTATGGTGGATCTAGCCAGGGGTGGGGAAACACCTAGAGCTCCTCTTGTGGCTT
Unaligned ( gi|42 ): TAAACGCATGGAAGAAAGATGGCGGGCAGACATAAACAAAGTGCAGTCCCAATTAA
Unaligned ( gi|44 ): TAACTCGTCCTTCCCTGAAAACGGTAAATACCACCTTTGAAACTGAACCATT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTATGTGGATCTATTACAGGGTGGTCTTAACACTTAGA






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Reference ( family-34 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C-T---TNCT-T-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------G-T-----------------AA-TT---TT-T--C-TG-T-G--A---T--C-TA--A-TTTA-C--GT-AC--------GA-A--TTAACAA-TTT----AACAAG--A-A-TTT-G--AA--TCTT------------NA-AA----------------A-AAA--TGACA-AA-A--CG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC-TA-T--TA--CAA--GGC-A-T-NTA---T-----A-TGA-T-AT-TA-TTAT-T-CAG---AG-A-A-T--CA---T--TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-CA-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-CCTTACTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAC-T-CTA-C----G--G-ACT-A-A----GC-T--CT-TC--C-T---AACT-T-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--ATCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------G-T-----------------AA-TG---TT-T--C-TA-T-G--T---T--C-TA--A-TCTA-C--GT-AC--------GA-A--TTAACAA-TTT----AACAAG--A-A-TTT-G--AA--TCTT------------TA-AA----------------A-AAA--TGACA-AA-A--CG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---TT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC-TA-T--TA--CAA--GGC-A-T-ATA---T-----A-TGA-T-AC-TA-TTAT-T-CAG---AGAA-A-T--CA---T--TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAC------A-CA-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----T--CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-A--TTT--ACAA-T-TTC-C----G--G-ACT-A-A----TC-A--CT-TC--C-T---TACT-T-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----G-------T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------A-T-----------------A---T---TT-T--C-TG-T-G--A---T--C-TA--A-TTTG-C--GT-AC--------GA-A--TTAATAA-TTT----AACACC--A-T-TTT-C--AA--TCTT------------AA-AA----------------A-AGA--TGACA-AA-A--CG-A---------------------A--CT-TAG-A-AAA--CT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--TTA-C--AC--G--AC-TA-T--TA--CAA--GAC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-TA-TTAT-T-TAG---AG-A-A-T--CA---T--TT-C-AT---T-TT----TAT-GA-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-TA-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C----ATT--TGGT-GGGAG
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -A----GT-A--CT-TC--C-T---TTCTGT-T-GTG-A----TTG-A---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--A--T---G-A-A--AA-T-T--GTATT--AA--T---C--A---T---CAT-TGG----TT---G----AA----A-TA--CC-G---T-TCT--G-TT-C--A--A-GGGA---G-------G-T-----------------AA-TTA--TT-T--C-TG-T-G--A---T--C-TA--A-TTTA-C--AT-AC--------GA-A--TTAACAA-TAT----AACAAG--A-A-TTT-C--AA--TCAT------------TA-AA----------------A-AAA--TGACA-AA-A--CG-A---------------------A--CC-AAG-A-AAA--TT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--TA--G--AC-TA-T--TA--CAA--GGC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-AC-TTAT-G-CAG---AGTA-A-T--CA---T--TT-C-AA---T-TT----T-T-GC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-CA-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTC---T-T-TGCTTTT-C-T--AAT--TGGT-GGGAGtgggtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaagtactgattaccgtgaagacggtaatcTACCG-TGTTATGTGGAA-C--C-----GG--------------------------------G-TT---GATA-C--A-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ATT-A-T----GC-A--CT-TT--T-T---TTCTGT-T-GTG-A----TTT-G---T-A-C-------AA-A--A--T-A-C-A--T----GAA--G--T---G-A-A--AA-T-T--ATCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TTG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-GTT--G-TT-A--A--A-GGGA---A-------G-T-----------------G--TC---AC-T--C-TA-T-G--T---T--C-TA--A-CTTG-C--GT-AT--------GA-A--TTAACAA-TTT----A-CAGG--A-T-TTT-C--AA--CCTT------------AC-GAC---------------A-AAA--TGACA-AA-A--TG-A---------------------A--GA-AAG-A-AA---TT-T----CCA-A-T-A-AAT-GA--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC-TA-T--GA--CGA--GGC-A-T-TTA---T-----T-TGA------TA-TTAT-T-CAA---AG-ACA-T--TA---T--CT-C-AT---T-TT----T-T-GA-A-T-----A-AAAA--CA--GGA------A-CA------CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-gga
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT--GCAG-T-CTT-C----G--G-ACA-T-T----GC-A--TA-TC--C-TC--TCCT-G-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T-----CT--AA--TCTAT--T---C---TAT-TAG----TT---G----AA----A-TT--TT-G---T-TCgga
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cataaacctggcgattacatttactagtatatggtttatacagaagctatattacgtcctctagtccttgttaccgtc-T-A----------G-TT---GAAG-T--A-T--TTC--ACAA-T-CT----------A-AC--A-ACAGTGC-A--CT-TCAAC-T---CT-T-T-T-GTA-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-----------------------------------T-T---TCT---AA--T---T--TATGT---CAT-TGG----TT---G----AA----A-AG--CT-G---T-TCA--G-TG-C--A--A-AGGA---GGTAGAATG-T-----------------AA-TT---TT-T--T-GG-T-G--A---T--C-TT--A-Taacgca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A-A--TTAACAA-TAT----AACAAGAAA-A-TTT-C--AG--TCTT------------TA-AA----------------A-Aaagatttttaacgacgacggatataat
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --AC-TA-T--TA--CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-TGA-T-AT-CA-TTAT-G-CAG---AGTA-A-TTTCA---A--TT-T-AT---T-TT----TTTTGC-G-T-----G-AAAA--CC--GAA------A-CA-C-A--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------CC-CTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGActattacaaggcatttacatgatatcattatgcagagtaatttcaatttattttttttgcgtgaaaaccgaaacacactcgttattcttccctttgtttgcttttctatttggtgggaga
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aattaacaatataacaagaaaatttcagtctttaaaaAG-T--G-AATTTT--ACAT-T-CTC-CAGGCG--G-ACT-A------GC-A---T-TC--C-T---TT-T-C-T-GTT-ACTATTTG-G---T-A-GTAAAGGGAA-A--A--C-GTC-A--T----GAT--GATC---G-AGA--AA-C-T--GTCTG--AAAAT---T--G---C---CAT-TGGTGC-TT---AC---AA----A-TG--CC-----T-TAT--A-TC-T--A--A-GTCA-----------A-T-----------------AA--T---TG-T--C-TG-T-G--A---T--T-----A-TTTA-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACCG-TCTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAAGT-CTC-C----G--G-ACT-A-A----G--A--CC-TT--C-T---TACT-T-T-GTG-A----TTG-GG--T-A-G-------AA-ATAA--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTTT-AA--T---TTCC---C---CAT-TGG----TT---A----AATATAA-TGGACC-G---T-TCT--G-TC-C--A--A-GGGA---G-------GGT-----------------AA-TT---TT-T--C-TG-T-G--A---T--C-TA--A-ATTA-CACGT-AC--------GA-A--CTATCAA-TTT----AACAAG--A-A-TTT-GA-AA--TCTT------------AA-AA----------------A-AAT--TGACA-AAGA--CG-A---------------------A---C-ATG-A-AA---TT-G----C-C-A-TAC-AAT-GGA-AATT-G-C--T-A-CAAAC--G--AC-TA-T--TA--T-A--GGC-A-T-ATA---T-----AGTGAGT-AT-TA-TTAT-TACAGGCAAGAA-A-T--CA---T--TT-C-AT---T-TT----TAT-GC-G-T-----GCAAAA--GC--GGAAACAACA-CA-C-G--CT--CGTTG----A-GTGGCACTT-------TG-TTTTG---C-T-TGCTTT----C--ATT--TGGT-GGt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTTTTTAGGAA-GA-ATTTAAGGT------A-----GA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-T--TTC--ACAT-T-CTC-C----G--G-AAT-T-A----GT-A--CT-TC--C-G---CTCT-TCT-GTA-A----TT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtcactataa---GAAG-T----A--TTT--ACAA-T-CTC-C----GC-G-ACT-A-A-----C-A--CT-TC--CCT---TTCT-T-T-GTGTA----TTG-----T-A-G-------AA-A--A------------------------T---G-A-A--AA-T-T---TCTT--AAC-T---T--C---C---CAT-TGGAGCTTT---A----AA----A-AT--CC-A---T---T--G-T--C--A--A-GGAG---G-------GTT-----------------AA-TT---ccttttatttcattcgtcgaagtgtcgctcatggcgaaggtaattaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaccgtactccttgACCG-TCTTC-TTGGAA-GAAC-----AGTC-----A-----AA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--AC-A-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C-CTA-TACT-T-T-GTG-A----TTG-G---TAA-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G------G-A-A--AA-T-G--TTCTT--AA--C---T--C---C---CAT-T
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTCTTGCAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------C-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTT-C----G--G-ACT-A-T----GC-A--CT-TC--C-T---TTCTGT-T-ATG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-G-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AG-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAC-TGtgg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GT------A-----TA-CA-T-A----------G-TT---GAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----AC-A--CT-TC--C-T---TACT-T-T-GTG-A----TTG-G---T-A-C-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAC--G--T---G-A-A--AA-T-T--GCCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----Aa
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CG-TCTTCCTTGGAAAGA-C-----AGT------A-----TA-------------------------------------TTT--ACAA-T-CTC-C----T--G-ACT-A-A----GC-A--CT-TC--C-T---TTCTGT-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---A-A-A--AA-T-A--GTCTT--
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TA-TTAT-T-CAG---AGTA-A-T--CA---T--TT-C-AA---T-GT----T-T-GC-G-T-----T-TAAA--CC--GAA------A-CA-C-A--CC--CGAT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TACTTTT-T-T--ATT--TGGT-GGGAGcaa
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aagaC-A-T-TTA---T-----A-TGA-T-AT-TA-CTAT-T--------------T--CA---T--T----AT---T-T---------GC-G-T-----T-TAAA--CC--GAA------A-TA-C-A--CC--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGATTTT-C-T--ATT--NNNN-NNNNGgg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AA--TCTT------------AA-AA----------------A-AAAAATGACA-AA-A--CG-A---------------------A--TC-AGG-ACAA---TT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--G--AC-TA-T--TA--CAA--GGC-A-T-TTA---C-----A-CG
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             c-----------------AA-TT---TT-T--C-TC-T-G--A---TATC-TA--A-TTTA-C--GT-AT--------GA-A--TTAACAA-TTA----AA--------------------------------------A-AA----------------A-AAT--TGACA-AA-A--CG-A---------------------A--CC-AAG-A-AA---
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -A--TCT--ACCA-C-CTC-C----GTGGCACTCACA----AC-A--CT-TC--C-TAATCACT-T-TCGTG-A----TTG-G---T-A-C-------TC-C--G--T-GAC-A--TC---GACACG--T---GCA-A--AA-T-TCGGCCCTTCAA--T---T--C--------ATGTGG----TT---A----AAGAA-A-TG--CC-GC--T-TCTTAG-TC-C--ACCG-GGAA---G-------GCT-----------------GA-TC---TC-T----TG-T-C--A---TACC-TAGCA-TTTa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -AA-A--CG-A---------------------AAGCC-A-G-A-AAGATTT-G----C-A-A-T-T-ACT-GGGCAATT-G-A--TTA-C--AC--A--AC-TA-T--TAG-CAACGAGC-ACT-ATA---T-----A-TGA-T-TT-TA-TTAT-T-CAGAA-AA-A-A-A--CA---T--TA-C-A----T-TT----TAT-GC-GTT-----G---AA--CC--GAA------A-CA-C-A---T--CGTT-----A-TT----CTT-------TT-TTTAA---TAT-TGCTTTT-C-A--ATT--TGGTAGGGAGtgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctcaaacgaaagccagaaagatttgcaattactgggcaattgattacacaactattagcaacgagcactatatatgattttattattcagaaaaaaacattacattttatgcgttgaaccgaaacacatcgttattctttttttaatattgcttttcaatttggtagggag
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atctaccacctccgtggcactcacaacacttcctaatcactttcgtgattggtactccgtgacatcgacacgtgcaaaattcggcccttcaattcatgtggttaaagaaatgccgcttcttagtccaccgggaaggctgatctcttgtcatacctagcattttgctattctctttatatgttttcattacatgtgtctcctctccatcgatagaaattcggaactatatgaacggagttcctc---C---CAT-TGG----TT---A----AA----AATG--CCCG---T-TCT--G-TC-C--A--AAGGGA---A-------G-T-----------------AA-TT---TT-T--C-TG-T-GTTT---T--T-TC--A-TTTA-C--G
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --GAA------A-CA-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGat
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aTTCCAAGGAA-GA-C-----GGT------A-----TAACA-T-A----------G-TTTG-AAAG-T--G-A--TTT--ACTA-T-CTC-C----G--G-ACT-A-A----GT-A--CTATC--C-T---TTCTGT-T-GTG-A----TTA-GGT-T-A-G-------AA-A--A--T---C-A--TT---GAT--GG-T---G-A-A--AA-T-T--GT--T--AA--T---T--C---C----AT-TGG----TTTAAG----AA----A-TG--CC-A---T-TCT--GGTCGC--A--ACGGGA---G-------A-T-----------------AA-TTCATTT-T--T-TG-T-G--A---T--C-TA--A-TTTA-C--GT-AC--------GA-G--TTAACAA-TTTTATAAACAAG----A-TTT--------TCTG------------TA-AA----------------T-AAA--TAACA-AA-A--TG-AAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAA--CC-AA--A-AA---TT-G----C-A-A-T-T-AAT-GG--AATT-G-A--T-A-C--AC--AATAT-TACT--TA--CAA--TGC-A-T-TTA---TG----A-TGA-T--T-TACTTAT-T------------A-T--CA---T--T----AT---T---------T-GC-GTT-----T-AAAA--CCG-GAA------A-TACC-A--CC--CGTT-----A-AT----CTT-------TG-TTTTGTT-T-T-TGATTTT-C-CTAATT--TAGT-GGGAGA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    caCCG-TATTCCTTGGAA-GA-C-----GGT------A-----TA-CA-T-A----------G-TTTC-AAAG-T--G-A--TTT--ACAA-T-CTC-C----G--G-TTT-A-A----GC-A--CT-TC--C-T---AACT-T-T-GTG-A----TTG-G---T-A-G-------AA-A--A--T-G-C-A--T----GAT--G--T---G-A-A--AA-T-T--GTCTT--AA--T---T--C---C---CAT-TGG----TT---A----AA----A-TG--CC-G---T-TCT--G-CC-C--A--A-GGGA---G-------G-T-----------------AA-g
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A--CT--GAA------A-CA-C-G--CT--CGTT-----A-TT----CTT-------TG-TTTTG---T-T-TGCTTTT-C-T--ATT--TGGT-GGGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgaaacacgctcgttattctttgttttgtttgcttttctatttggtgggagg
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TAAAATTATGGTGGATCTAGCCAGGGGTGGGGAAACACCTAGAGCTCCTCTTGTGGCTT
Unaligned ( gi|42 ): TAAACGCATGGAAGAAAGATGGCGGGCAGACATAAACAAAGTGCAGTCCCAATTAA
Unaligned ( gi|44 ): TAACTCGTCCTTCCCTGAAAACGGTAAATACCACCTTTGAAACTGAACCATT
Unaligned ( gi|45 ): CTATTATGTGGATCTATTACAGGGTGGTCTTAACACTTAGA