lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111 111111111 11111111 111111111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 11111 11 1 1 55555555555555555555555555 111111 1111111111 3333333333333333333 11 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 22222222 111111 11111 22 111111 33333333333333 1 11111 3 55555555555555555 22222222 222 3333333333 222222222222222222222222222 44444 4444444444 11 111111 11111111111 1111111 33333 5555555555555555 111111111111 1111111 444444444444444444444444444 1 333333333333 111111111111111 11111 111111 11111111111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222
lowQualScore : 7777 3 0000 44 2 66 666666666 00000000 2 4 2 22 44444 2 333 4 333333333 333 44444 7 4 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 55 2 5 1 88888888888888888888888 222 88 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 44444 6 8 7 1 9999 22222 3 5 5 0 4 1 00 5 4 2 2 4 3 9 55 3 8 666 3 9 7 00000000000000000000000000 666666 3 9999999999 0 1111111111111111111 6 3 2 11 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 33333333 5 111111 22222 66 5 33 5 9 444444 33333333333333 0 5 5 22222 1 5 0 66666666666666666 0 777 33333333 888 0 55 0000000000 99 555555555555555555555555555 77 2 33333 0 99 8888888888 5 9999 77777 4 44 88 4 000000 4 4 777 77777777777 3 1 999 77 7777 7777 44 0000000 2 2 2 2 2 5 2 33 3 44 44444 555 5555555555555555 3 111111111111 444 2 3333333 555 111111111111111111111111111 33 5555 444 33 33 99999999 33 55 5555 33 2 2 2 2 7 0 555555555555 2 999999999999999 555 44 1 222 22 555555 3 22 333 22 3 555 555 1 33333 333333 4 4 7777777 555 22 22 3 55555555555 2 33 444 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999
lowQualScore : .... . .... .. . .. ......... ........ . . . .. ..... . ... . ......... ... ..... . . .. ......................................................................................... . . . .. . . . ....................... ... .. .. ............................................................ .. ..... . . . . .... ..... . . . . . . .. . . . . . . . .. . . ... . . . .......................... ...... . .......... . ................... . . . .. . ............................................................................................ ... ........ . ...... ..... .. . .. . . ...... .............. . . . ..... . . . ................. . ... ........ ... . .. .......... .. ........................... .. . ..... . .. .......... . .... ..... . .. .. . ...... . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . .. . .. ..... ... ................ . ............ ... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . . ............ . ............... ... .. . ... .. ...... . .. ... .. . ... ... . ..... ...... . . ....... ... .. .. . ........... . .. ... . . ...................................................................... ......
lowQualScore : 1111 3 6666 77 5 55 444444444 11111111 0 6 0 88 88888 0 555 0 666666666 333 88888 5 0 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 7 7 44 9 7 5 22222222222222222222222 999 66 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 77777 4 3 8 9 9999 33333 0 7 0 8 4 1 66 4 4 2 2 0 7 2 00 6 2 444 6 3 3 44444444444444444444444444 777777 4 7777777777 7 0000000000000000000 7 5 5 00 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 11111111 7 000000 77777 00 7 99 0 6 444444 99999999999999 0 0 0 55555 1 0 9 44444444444444444 1 888 11111111 999 7 99 1111111111 44 777777777777777777777777777 99 4 33333 7 66 4444444444 0 2222 88888 4 22 33 4 000000 4 0 000 33333333333 3 0 222 99 1111 1111 66 0000000 9 9 9 9 9 7 9 99 1 22 11111 444 2222222222222222 1 999999999999 777 9 1111111 444 333333333333333333333333333 99 7777 777 77 77 77777777 44 22 3333 44 4 5 5 5 7 1 999999999999 5 111111111111111 000 00 7 999 55 000000 5 44 000 44 3 222 666 7 99999 888888 3 9 5555555 777 66 66 8 88888888888 4 44 888 5 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000000
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---T-CAA-TGAATA-C------T-AGTTGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAG-TT-GGATATT--T-CAA-AT-------------T--------------C------------A----------GT------GGG---ATATTTCA----AA-TA-CCC-AACAGTG-CACA-A-AGGTTC-------AT--GA-ACAAC---AA-T-AAA--GACATTT-GCA--NGAGNAA----TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTTTA-C--TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGG-AATTCAGATT-AAAANA--TC-TCCTTTTTG---AAT-TTTGATTGA-TTT------ACA-AC-TGA-----G-A-TGAGCC---CA-TTCA---C-T-T--GATCACGAG-------------T-----TTG-TAGAACNTCAAAGACACATG--TATG-GAG----C---TC-AA--AA---CAT-------TTAG--A--T--AT----C---A-----ATTT----------------T-------------TT---CTCTCTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---T--GAAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANATTTT-----ACGT-CCTTAG-AA-ATATT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----AAAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTTA--------T-------TCACTAC---GTACAT--------CCAATT-CCAAGTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTT-NTTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGNCAT-CT--GAGTTTTG-GGTT-ATCTACTA-AGC-TTTTA--ATAA--A--AAAAA-ATC-TCCG-CATC-AG-NA---ATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTATATTGTG---TAATGCTA----T--ACTGTTGGATA-TATGAATG-----GA-----AT--TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGG-TTCATCAN-GG--------GGAATTTT-TTT----AA--GTA--A-GATAAAC--AACTCG-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CAT-C-CCCT-CCTN---GGGCCTT-C-GGCCCTCGGAGAG---A---ATG---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACACCATCTC---G--T-TATTTA--T--CCC-TTACNTA--------C-------CCCCTG----A-TGAACCTCANNGACACAAACACAATTGCATTGATCTNAGCCTTTCATATATCCAACTTTGT
Reference ( gi|2 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---C-TAA-TGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAG-TG-GGATATT--T-CAA-AT-------------T--------------C------------A----------GT------GGG---ATATGTCA----AA-TA-CCC-AACAGTG-CACA-A-AGGTT--------AT--AA-A-AAC---AA-T-AAA--GACATTT-GCA--TG-GTAA----TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTTTA-T--TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGG-AATGCAGCTT-AAGATA--TC-TCCTTTTTG---AAT-TTCGATTGA-TT-------ACA-AC-TGA-----G-A-TGAACC---CA-TTCA---C-T-T--GATCACGAG-------------T-----TTG-TAGAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAG----C---------------CAT-------TT----------------C---A-----ATTT----------------T-------------TT---CTCTCTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---T--GAAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATATATT-----ACGT-CCTTAG-AATATATT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----AAAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT---------T-------TCACTAC---GTACAT--------CCAATT-GGAAGTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTT-TTTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACAT-TTAAGAGTTTTG-AGTT-ATCTACTACAGC-TTTTA--ATAA--A--AAAAA-ATA-TCCG-CATC-AG-CA---ATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTA--AGT--ATTGTTGGATA-TATGAATG-----AA-----AT--TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGG-TGCATCAT-GT--------GGAATTTT-TTT----AA--GTA--G-GATAAAC--AACTCG-A---TGA-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CAT-C-CCCT-CCTC---GGGCCTT-C-GGCCCTCGGAAAG---A---ATG---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACACCATATC---G--T-TATTTA--T--CCC-TTACTTA--------T-------CCCATGATA-A-TGAATCTCGTCGATACAAACA-AATT-------TCTCA-CCTTTCATAT-CCCGTCTTTGT
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---T-CAA-TGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAA-TG-GGATATT--T-CAA-ATATCCAACTGTTATT--------------C------------A----------GT------GGG---ATATTTCA----AA-TA-CCC-AACAG----------AGGTTC-------AT--GA-ACAACA--AA-T-AAA--GACATTT-GCA--TGAGTAA----TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGAC
gi|17 : aacTTCAATAACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---T-CCA-TGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACT-G--TTACATGT---A-----ACCAG-TT-GATTATT--T-CAA-ATA------------T--------------CCT----------A----------CT------GT-----TAT-TCATAAGGA-TA-TTTGAACAGTG-CACA-A-AGGTTCATGA---AT--AACA-AAT---AA---AAA--GACATTT-GCA--AGAGAAA----TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAG--ACACAATTTTA-C--TTCtcgatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|25 : TTCGACGACCTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---T-CAA-TGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAG-TG-GGATATT--T-CAA-ATATCCAACTGTTATT--------------C------------A----------GT------GGG---GTATTTCA----AA-TA-CCC-AACAGTG-CACA-A-AGGTTC-------AT--GA-ACAAC---AA-
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GTATTTC--AACTAT---T-CCA-TGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAG-TT-TGATATT--T-CAA-ATA------------T--------------CTAACTTTTATGTA----------GT------GGG---ATGTTT--------------C-AACAGTG-CACG-A-GGGTTC-------AT--GA-ACAACA--AA-T-AAa
gi|19 : acTTCAGTGACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTT-AT-GTATTTT--AACTAT---T-CAC-CCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACT-G--A------A---A-----ATCAG-TT-GAATAT----------------------------------------------------------------------------------TCA----AA-TA-TCC-AACAGTG-CACA-AGACGTTC-------GT--GA-A-CACTGAAA-TAAAA--GACATTT---A--TA-AAAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TTTG-C--TTCCA----
gi|21 : cTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGT----TGTT-AT-GTATTTA--AGC-AT---T-CAC-CCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC-----AACATCC-A---ACT-G--A------A---A-----ATCAG-TT-G-----------AA-AT-------------T--------------C------------A-------------------------------A----AA-TA-TCC-AACAGTGCCACA-AGACGTTC-------GT--GA-A-CACTGAAA-TAAAA--GACATTT---A--TA-AAAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AATTT
gi|7 : cTCGATGACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-G--TTTC--A-------------------A-C------T-AGTGGGA-TA---TTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----TTCAG-TT-GGGTATT--T-CA----------------------------------------------------------------------------------AA-TA-CCC-AACAGTG-CACA-A-AGGTTC-------AT--GA-ACAACA--AA-T-AAA--GACATTT-GCA--TGAGTAA----TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAG--ACACGATTTTA-T--TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGG-AATGCAGGTT-AAGATA--TC-TCATTTTTG---AAT-TTCGATTGA-TTC------AC--AC-TGA-----GAA-TGAGCC---CA-TTCA---CTT-T--GATCATGAG-------------T-----TTG-TAGAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAG----C---------------CAT-------TCAAATAAATACATTCAGC---A-----ATCT----------------TGATCTGGAACTTTTT---CTCTCTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---T--GAGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTAA-CATATTTT-----ACGT-CCTTAGAAATAT-TT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----AAA--ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATTA--------T-------TCACTAT---GTACAgcttc
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATG-TT-TTTGT----TGTACGTTGCATTTTCAAACTAT---T-CAA-TGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACT-GCCT------TGCAA-----ACC-G-TGAGGATATAAAT-CAA-ATAT-----------C--------------C------------AACT-------GTTATTGAGGG---ATATTTCA----AAATAGCCC-AATAGTG-CACATA-ATGTCC-------ATTGAA-C-AAC---AA-A-TAA--GACATTT-ACAAAGA-GTAA----TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCA---TTAGAAATCAAGACA-ACAA-TTTA-C--TT-CA----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTTAAAAAGA--TCTTCCTTTTTGTGTAAT-TTTGA-TGA-TTTCCAACCACT-AT-TGAAGAATA-A-TGAGCA---CA-TACAACCT-T-T--GATCA-GAG-------------TAAAACATG-T-GAACCTCA---ACACA
gi|16 : catcatATAACGTCACCCAT----TG-TTATTTGT----TGT---T-GTATTTCTAAACTGT---T-TAA-TCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAGCTG-----ATT------A-AT-----------------------------------------------------------------------TTA----AA-TA-TCC-AACTGT-----------------------T--AA-A------------AAA--GACATTG-GCA--AGAAAAA----GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTTTG-C--TTTT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAG-AATTCTGATT-AAAA-----G-TTCTTTTTG---AAT-TTTAATTGATTT-------AC--AC-TGA-----GAA-TGAGCC---AT-TTCA---CTT-T--GATTAAGAgttctcacaacattggcccaaataattgagactcttcaaataaatacactatagcaatcttgatctactgaatttttttttcttctcagcgtcaaaaatagattttaggataaaaaacttgagcaattttctcttgtcaatcaaatattttaaaacgttccctagaaatatttctgtcgtagggttccatataaaatcatctgtgtttgtaccaagtttaccctagtcactcgtacattccaattcgaaagtgaaaatcctctgatagttagatacttcttatttcaatatcttcttcaaatcaaatcgatgccatcatgagttttggagtttgtctaagagccttttgataataaaaaatctcatccagaaatgtggtgtcagtcgaggtacagtgtaaggaacctggtgtgagacaggtctgtttttaatgtaaaggcaccagtcccatgtcatgattagggatgttgtgagttagtgctattgtgtaatgctacaagttttatatatgaatgcaaaaaagattatcgttgttaattttacaaagttataaatgaaaggttcaatgtgtccttgaagttaccagggggattttttttttgaaagtaagattaacaaaactcgtatgatatgaattattttttagaagaaaacatgcccct
gi|3 : tgtaACGCCATTTAT----TG-TCATATGT----TGTA-----TATCTT--AACTAT---T-CAA-TCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCT-G--T------T---A-----AC----------------------------------------------------C------------A----------GT------TGA---ATATTTCA----AA-TA-CCA-AATAGCG-CACA-A-AGGTTTATGAACAAT--GA-A-TAC---AA---AAA--GACATTG-GCA---A-GAGA----TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAATTAAG--ACACGGTTTTG-TGCTTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGA-AATTCGAATT-GAAAGA--TC-TCATTTTGA---AAG-TTTGAT----TT-------AC--AC-TGA----------GAATCGGTCATTTCA---CTT-T--GGTCACaaatatatggtttacaatcactt
gi|28 : ttACGTCATCCAT----TG-TTATTTGT----TGTA-GT-GCATTTC--AACTAT---T-CAA-TGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACT-G--T------T---A-----ACCAA-C-----TGT---------AT-------------T--------------C------------A----------GT------GGG---ATATTTCA----AA-TA-CCC-AACAGTG-CACA-G-AGGTTC-------AT--GA-ACAAC---AA-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|19 : ----TG-TCTTTTAT----TTCA-GT-GT-TCAC--GAACGT---C-TTG-TG--CA-C------T--GTTGGA-TA---TTT----GAATATTC-A---ACT-G--A------T---T-----TTCAG-TT-GGATGTT--T-GAA-ATG------------T--------------CTAACTAGT----A----------AT------GGGTGAATAGTTAA----AA-TA-CAT-AACA-----ACA-A-Aa
gi|7 : cttcagtgacgtcatccattgttaTTTGTGCACTGTT-GG-GTATTTG--AAATAC---C-CAACTGAATA-A------C-AGTTGGA-TA---TTT----AAATATCC-C---ACTAG--T------T---G-----Atttataaaaagaattgtttttctaaaagattgggaatgggcatcagttactccgaatattaagacacgaatttgcttcca
gi|17 : tcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgttTTTGT-----GCA-CT-GT---TC--AAATAT---CCTTA-TGAATA-A------C-AGTAGGA-TA--TTTG----AAATAATC-A---ACTGG--T------T---ACATGTAACAGTTT-GGATATT--T-ggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatattttcaaaagactaaaaaggggggtaaacagttaatttagaaatcaagacacgattttatttccgctgaattcctacgaaagtggaatgcaggttaagatatctcatttttgaatttcgattgattcacactgagaatgagcccattcactttgatcatgagtttgtagaacgtcaaagacacatgtatggagccattcaaataaatacattcagcaatcttgatctggaactttttctctctcagcatcagatatcgattttatgagaagtgcacttcccttgttaacatattttacgtccttagaaatattttctgcgtaggtttccataaaatcatccgtgtttgaccaaattattcactatgtaca
gi|25 : ttcaataacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattccatgaatactaatgggatattttaatcTTTGTGCACTGTT-GG-GTATTTG--AAATAC---C-CCACTGAATA-A------C-AGTTGGA-TA--TTTG----AAATATCC-C---ACT-GG-T------T---A-----AC-AG-TT-GGATATT--T-AAG-AT-------------ggttcatgaataacaaataaaaagacatttgcaagagaaatatgttttcaaaagactaaaaaaaaaaggggggggggggttaaacagttaattagaaattaagacacaattttacttc
gi|5 : aacttcgacgacctcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatactcgtgggat----TGTT-GG-GTATTTG--AAATAT---C-CCACTGAATA-A------C-AGTTGGA-TA--TTTG----AAATATCC-C---ATT-GG-T------T---A-----AC-AG-TT-GGATATT--T-AAA-AT-------------ggttcatgaacaacaaa
gi|15 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatTTTC--AATTATTCCC-CAG-GGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACT-G--T------T---A-----ACC---------------------------------------------------C------------A----------GT------GGG---TTTT----------------C-AACATT--C-CA-A-AGGTTC-------AT--GA-A-CAC---AAAT-AAAAAGACATTTTGCA--AGAGGAA----TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACACA--ATTTTACT--TTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGG-AATTCAGATT-AAAA-AGGTC-TCCTCTCTG---AATTTTTGAATGA-TTTC-----ACA-A--TGA-----GAA-TGAAgaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|7 : A-C------T-GTTGGG--TA--TTTG----AAATACCC-A---ACT-G--AA-----T---A-----AC-AG-TT-GGATATT--T--AA-AT-------------atccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|26 : tcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtttcaactagtgggat-AGTTAGA-TA--TTTG----AAATATCA-A---ACT-GG-T------T---A-----AC-AG-TT-AGATATT--TACAATAT-------------C--------------C------------AACTAGTAATCAT------GGA---ATAGTTGA----AA-TA-CAC-TACA-----ACA-A-A--T------------------AAC---AA-T-GAAT-GACGTgcacaaaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatattttcaaaagactaaaaaggggggtaaacagttaatttagaaatcaagacacgattttatttccgctgaattcctacgaaagtggaatgcaggttaagatatctcatttttgaatttcgattgattcacactgagaatgagcccattcactttgatcatgagtttgtagaacgtcaaagacacatgtatggagccattcaaataaatacattcagcaatcttgatctggaactttttctctctcagcatcagatatcgattttatgagaagtgcacttcccttgttaacatattttacgtccttagaaatattttctgcgtaggtttccataaaatcatccgtgtttgaccaaattattcactatgtaca
gi|16 : acttcgatg-AGTTGGA-TA--TTTA----AATTAATC-A---GCT-GG-T------T---A-----AC-AG-TT-GGATATT--T-AAA-AT-------------tttatgtagtgggatgtttcaacagtgcacgagggttcatgaacaacaaataa
gi|16 : tgtaataacgtcacccattgttatttgttgttgtatttctaaactgtttaatcaatagtagttgggt--T------T---A-----AC-AG-TT-GGATATT--T--AA-AT-------------TAATCAGCTGGTTAAC------------A----------GT------TGG---ATATTTAA----AA-TA-CCC-AACgttaaaaaagacattggcaagaaaaagatatttccgaaagaaagtagggcaacagttactcaaaaatagtcatgatttttgcttttatcccaactaaaacagaattctgattaaaagttctttttgaattttaattgatttacactgagaatgagccatttcactttgattaagaaaatatatggtttacaatcactt
gi|4 : tgtaataacgtcacccattgttatttgttgttgtatttctaaactgtttaatcaatagtaA-T-AAA--GAAATTT-GCA--TGAGTAA----TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATACA--ATTTTA-T--TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGG-AATGCGGGTT-AAGATA--TC-TCATTTTTG---AAT-TTCGATTGA-TT--------CACAC-TGA-----G-AATGAGCC---CA-TTCAA--T-T-T--GATCATGAG-------------T-----TTG-TAGAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAA----CCATTCAAATAAATG-CAT-------TTAGTAATCTTGAT----CTGGA-----ATTT----------------T-------------TT---CTCTCTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---T--GAAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATATTTT-----ACGT-CCTTAG-AA-ATATT-TTCTG-CGTAGGTTTCCATTTAATAAAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATTA--------T-------TCACTAT---GTACATGTGTACATCCAATT-CTAAGTGAAAATT-TCAGAT---------TTTT-TTTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACAT-CT--GAGTTTTG-GATG-ATCTAC---AGC-TTTTA--ATAA--A--AAAAATATC-TCCG-CATC-AG-CA---AAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--C--TATTGTG---TAAAGC------T--ACTGTTGGATA-TATATATG-----AATTGACAT--TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-TG-A-G-TTCATAAT-G---------GGAAT------------------------TAAAC--AACTCG-A---TGA-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CAT---CCCT-CCTC---GGGCCTT-C-GGCCCTCGGAGAG---A-----------TTCTCT--AAAC--TATTC-AACACCATCTC---G--T-CA-TTA--T--GCC-TTACATA--------aaaagacattggcaagaaaaagatatttccgaaagaaagtagggcaacagttactcaaaaatagtcatgatttttgcttttatcccaactaaaacagaattctgattaaaagttctttttgaattttaattgatttacactgagaatgagccatttcactttgattaagaaaatatatggtttacaatcactt
gi|31 : A-C--TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCATC------ATA--TC-TC-TTTTTG---AAT-TTTGATTGA-TTGATTC--ACA-ACGTGA-------A-TGAGTC---AATTTTA---C-T-TC-GGTTACGAG-------------T-----gctgtcgcctttat
gi|24 : T-CCTTAACGAAG-AACGG-AAT-TAGATA-GAAACA--TC-TT-TTTTTA---AAT-AT-AATGGA-TTT------ACT--C-TGA-----G-AACGAACCA--CA-T-CA---C-T-TT-GATCACGAG-------------T-----agtgttttcatattt
gi|32 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccA-CGAA--AACGG-AAT-TAGATA-GAAACA--TC-T--TTTTTA---AAT-AT-AATGGA-TTT------ACA--T-TGA-----G-AACGAACCA--CA-T-CA---C-T-TT-GATCACGAG-------------T-----aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|5 : TT-AAAAGA--TC-TCCTTTTTG---AAT-TTTGATTGA-TTC------ACA-A--TGA-----G-A-TGAACC---CA-TTCA---C-T-TTGGATCAC-AG-------------T-----TTGTTTGAACGTCAAAGACACATGATTATGAGAG----CGCATTCAAATAAATACAT-------TTCGC-------------C---A-----ATTTCTTGATCTGCAATTATT-------------TT---CTCTCTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTC--------ATT------------------------T-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----AAAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATTA--------T-------TCATTAC---GTACAT--------CCAATT-CCAAGTGAAAATT-TCTGAT------GTTTTAT-TTTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACAT-CT--GAGTTTTG-GGTT-AT---CTACAGC-TTTTAATATAA--A--AAAAA-ATC-TCCT-CATC-AA-CA---ATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA--------------------------TG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--C--TATTGCG---TAAAGC------T--ACTGTTGGATA-TATGAATG-----AA-----AT--TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGG-TTCATGAT-GG--------GTAATTTT-TTT----AA--GTA--A-GATAAAC--AACTCG-A---TGaacggtttcacttt
gi|14 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTA--CC-TCCTTTTTG---AAT-TTTGATTGATTT-------AC--AT-TGA-----GAA-TGAGCA---AT-TTCA---C-TGT--GATCACGAGTAGCGATTTCACAT-----TTG-TAGAACCGCAAAGACACGTA--CAT
gi|10 : gattgaacTA-TAGAACCTCAAAGACACATG--CAAG-GAGACCTT---------------CATAACAATCTT----------------C---ATCTGGATTT----------------T-------------TTTCTCTCTCTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---T--GAAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGATTTT-----GCGT--------------TG-T-CTG-CGTAGGTCTCTAT-----AAAA-ACCACCCGTGT------------------------------CACTAC---GTACAT--------CCAATT-CCAAGTCAAAATT-TCTGAT----------TTT-GTTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACAT-CT--GAGTTTTG-GGTT---CT-CTAAAGC-TTTGA--ATAA--A--ACAAA-ATCCTCCG-CATC-AG-AT---ATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGAT--TAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC------T--ACTGTTCGATA-TATGAATG-----AA-----AT--TTA-atcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|1 : atcattataaAT-------TT---------------------------TTT----------------T-------------TT---CT-TCTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGAT--AAAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAG-AA-ATATT-T-CTGTCGTAGGGTTCCAT-----ATAAAATCATCTGTGTTTGTACCAAGTT---------TACCCTAGTCACT-C---GTACATT-------CCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGAT-ACTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCAT-C-ATGAGTTTTGGAGTTTGTCTA--AGAGCCTTTTG--ATAA--T--AAAAA-AT----CT-CATCCAG-AA---ATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAGT--TAGTG--CTAT--TGTG---TAATGCTACAAGT--TTT-----ATA-TATGAATGCAAAAAA-----GA--TTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-TG-AAG-T-TACCAG-GG--------GGATTTTT-TTTTTGAAA--GTA--A-GATTAACAAAACTCGTA---TGA-TA-------T-GAATT--ATTTTTT--AGAAGAAAA---CATGC-CCCT-
gi|3 : catcatgacgaagtcatccacataatgtttttgttgtacgttgcattttcaaactattcaatgaatatagtgggataatttttagatatccattaactgccttgcaaaccgtgaggatataaatcaaatatccaactgttattgagggatatttcaaaatagcccaatagtgcacataatgtccattgaacaacaaataagacatttacaaagagtaatattagaaaaaaagaaaagaaaaaggtaaacagtccattagaaatcaagacaacaatttacttcagtaatatctcttacgaaagtggaaatgcaggttaaaaagatcttcctttttgtgtaattttgatgatttccaaccactattgaagaataatgagcacatacaacctttgatcagagtaaaacatgtgaacctcaacacagttctcacaacattggcccaaataattgagactcttcaaataaatacactatagcaatcttgatctactga---A-----ATTC----------------C-------------TT---CTCCTTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---C--GATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGATTTT-----ATGT-CCTTTG-AAT-TATTGT-TTG-CTTGGATTTCCAT-----AATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTTATCATCAGAT-------TCATTACAATGTACAT--------CCAATT-TAAAGTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTAT-TT--GATCTTTG-GGCT---------TAGC-TTC----GTGT--A--AAATG-TTA-TCTC-AATC-AG-AA---ATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGGT--TAG-G--CTAT--TGTA---TAATG------GT--ACTCTTGGATA-TATGGATT-----GA-----AT--TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-TG-AAG-TTCATCAA-AG--------GGAGTTTT---------------------TAAA----------------G-TGT------T-GAATA--G---CTA--AG-AGAAAA---CAT-
gi|23 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttgga---A-----ATTT----------------T-------------TT---CTCTCTCAACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---T--GAAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATATTTT-----ACGT-GTTTAG-AA-ATATTGT-CTG-CCTAGGTTTCCAC-----AAAAAATCATCCGTGTTTG-ACtta
gi|37 : taagacacaattttacttccaagcatgaaacccttcaaataaatacaatagcaatcttgatatgg-T-CTG-CATAAGTTTCCAT-----AACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTTA--------T-------TCACTAC---GTACAT--------CAAATT-
gi|13 : -------TCACTCT---GTACAT--------ATAAAT-CCAAGACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTT-CTTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTATTAAT--TTTTG-GCGT-CTCCAAT---GT-TTTGA--GTAA--ACAAAAAA-ATC-TTTC-CATC-AG-AA---ATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAGT--TAC-G--CTCT--TGTA---TA---TTG--A-T--GTTGTTGTGTA-TATGAATT-----GG-----AT--TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-TG-AGG-TTCATCA------------GGAATTctaag
gi|9 : tata---GTACAT--------CCAATT-CCAAGTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTT-TTTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCAT-CT--GACTTTTG-GGTT-ATCTAC---AGC-TTTTA--ATAATAA--AAAAA-ATC-TCCG-CATC-AG-CA---ACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--C--TATTGTG---TAAAGC------T--ACTGTTGGATA-TATGAATG-----GA-----AT--TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-GGG-TTCATCAT-GG--------GGATTTTT-TTT----AA--GTA--A-GATAAAT--TACTCA-A---TGA-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CAT-C-ATCT-Cgt
gi|6 : tacttT-GTCTTCTA-AGC-TT--G--ATAA--A--AAGT---TA-CCTC-AATC-AGACATGCATGTG-TGTCAG----GGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGGT--TAG-G--CCAT--TGTG---TAATGCCA--GG---GTGGTCGGGT---------------------------TA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-TG-AGG-ATCATCAG-AG--------GGAATTTA-TTT----AA--GTA--A-GATAAAC--AACACC-A---TGG-TGT------T-GAAAA--G---TTT--AG-AAAAAA---CAT-C-CCCT-CCTG---AGGCCTT-C-TGCCCTTGGGGGGAGAA---ATG--------TCT--AAAC--AATTC-AACACC---TT---G--T-TATTTA--T--ACC-attatttatccctaacataaatgtttg
gi|8 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaA--ATGA--G--AATGA-A-A-TCCGGCATC-AT-GA---AAGCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTAC--TGTG---TAATGCTA-------------------TATGAATG-----AA-----AT--CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC-------AAG--------------------GGGATTTT-TAT----AA--GTA--AAGCTAAAC--AA-TCG-A---TGA-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CAT-C-C--------------CCTT-C-GGCACT-GGAGAG---A---ATGTT-TTTTCTCT--AAAC--T-TTC-AACACT---TC---G--T-TATTTA--T--CTC-TTACATA--------C-------CTCaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|11 : tctgaatttttgaatgatttcacGTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGGT--TAG-G--C-A-ATTG-A---TAATGCTG--------CTGTTGATTT-TAGGG--------------------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-TG-ATG-TTCATCAG-AG--------GGAATTTTATTT---------------------T--AACTTG-A---TGA-TGTAATTGTT-GTATA--G---TTT--AG-AGAAAA---CATGC-CCCT-C-----------TT-C-GACCCTCAGAGGG---A---ATG---TTTTCTCT--AAAT--TATTC--GCACCATCTC---T--T-TATTCA--T--CCC-TTCCCTA--------gcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|38 : gaaatgcatacG-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGGT--aattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|29 : c-TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AG
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCCG--TAA-G--TTCTATTGTGGTCTAAAACTA--AGTGCAT-----AATAATAT-AATG-----AA-----AACATTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACA-CATTGTCAATAGGGGGGACCTT-TTT----AAAAGTA--A-GATAAAC--AACTCG-A---TGA-TGT------T-GAATATTT---TTT--TG-AGAAAA---CAT-T-CCCTCCCTC---GGGCCTTCC-GGCCCTCAG------------TA---GTTTCTCTTGTAAC--AATTCTAACATCATCTC---G--TGTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGG-GGCCT---TTGCA---TGATGCCA--------CCATTGGATA-TTTGAATG-----GG-----AT--ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C---G-ATG-TTCA--AT-GGA-------GGAAATTT-TT------A--ATA--A-GATAAGT--AACTCA-A---gatcacactacattaacatgttcaaag
gi|3 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTGTT--AGGT--TCG-G--CTAT--TGTA---CAATG--A--A----ACGGCTGGACA-TATGAAAG-----GA-----AT--GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-
gi|22 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtaA-----AT--GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-TG-AGG-TTCATCA--GG--------GGAATTTC-TTT----AG--GTA--A-GATAAAC--AATTCG-C---TGA-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-GAAAAA---CAT-CTCTCT-CGTT---G----TT-C-ATCCCTattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCTG-AGC-T---TCAC-AG--------GGA--TTT-TTT----AA----A--A-GTTAAA------TCG-----TGAGTGT------T-GAATA--A---TTT--AG-AGAAAA---CGT-C-CCCtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|39 : AAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TT-AGG-Tctcatctctcagaga
gi|20 : tgtat--TCA-AT----GC--GTC-CT-TG-AGG-TTCATCAG-GG--------GGGATTAT-TTT----AA--ATA--A-GATAAAT--AACTCG-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---TGT-C-CCCT-CTTC---GGGCCTT-C-GGCCCTCGGAAAG---A-----G---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACACCATTTC---G--T-TATTTA--T--CCC-TTACATA--------
gi|27 : aaaatccgccaC-CA-TG-AGG-TTCATCAG-GT--------GGAATTGT-T-----------TA--A-GATAAAC--AAATCG-A---CGA-----------------------TTC--AG-----------------CCT---TC---GG----------CCCTCGGAGAC---A---ATG---TTTTCTTT--TAAC--TATTC-AACACCATCTC---G--T-TATCTA--T--CCC-TTACATA--------ctgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|27 : T-TCT----AT--GTAAGG-GATAGAT--AACGAG-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTA--AA-AGAAAA---CAT-T-GTCT-CCGA---GGGCCgaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|11 : ccatgaggttcatcaggtggaattgtttaagataaacaaatcgacgattcagccttc-TTT----AG--GGAAGG-GATGAAT--AAAGAG-A---TGG-TGC--------GAATA--A---TTT--AG-AGAAAA---CAT-T-CCCT-CTGA---GGG------------TCGAAGAG---GGGCATG---TTTTCTCT--AAAC--TATAC-AACAtattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|8 : gaaatgcatacgtcaaggttctagtaaggcaaggtgcgagacctgtcggttttacaaggacattagagtctagtccatgtatgattggggcgttcgggttaggcaattgataatgctgctgttgattttagggtatactattgtgttttataaagttgaatatatgaaagattcaatatgtttcctgatgttcatcagagggaattttattttaacttgatgatgtaatT----AA--G----A-GATAAAT--AAC--G-A---AG--TGT------T-GAA-A--G---TTT--AG-AGAAAAAA-CAT-T-CTCT-CC-A---GTGCC------------GAAGGG---G---ATG---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACATC--ATC---GA-T-TGTTTA-----GCT-TTACTTA--------TAAAAATCCCCTTGACACATTGAGCCTT-TC-ATATAAACACAATTGCATTGATTTCA----TTCATAT-ttgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|20 : tctgaatttttgaatgatttcacaatgagaatgaaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaatagtggtgagaatcaagttttgtaaagcgccaggtccatgtagataggggtgttcgggttaggctactgtgtaatgctT----AA--G----G-GATAAAT--AACGAA-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAAAA---C---T-CTTT-CCGA---GGGCCGA-A-GGCCCGAAGAGGG---G---ACA---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACACCATCGA---G--T-TATTTA--T----C-TTATTTAAAATAATCC-------CCCCTG----A-TGAACCTCcatacctcgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|33 : aaaatccgccatcaatgcgtcctt--G-AATAAAT--AACGAG-A---TGG-TGT------T-GAATA--A---TTT--GGTAAAAAA---AAT-C-TC-T-CTGA---AGGCCGA-A-AGCCCGAGGAGAG---G---ATG---TTTTCTCcatactgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|6 : ATAAAT--AAC----A---AGG-TGT------T-GAATT--G---TTT--AG-A--------CAT-T-TCTC-CCCCCAAGGGCAGA-A-GGCCTCAGGAGGG---G---ATG---TTTTTTCT--AAAC--TTTTC-AACACCATGGT---G--T-TGTTTA--T----C-TTACTTA--------ctt
gi|34 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactatgtcttctaagcttgataaaaagttacctcaatcagacatgcatgtgtgtcagggtacatgtaagaaatggtgttagcatctgttttacaagagcactagtcaatgtttgataggggtggttgggttaggccattgtgtaatgccagggtggtcgggttaggccattgtgtaatgcttttgtaggatatatgaaaagcttaattactgtgcccttgaggatcatcagagggaatttattATAAAC--A----G-AGATTGG-TGT------TTGAATA--G---TTT--AG-AGAAAAAACCAT-T-CTCT-CCaccaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|4 : ccctcctcgggcctccgtccttG-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTT--AG-AGAA---------T-CTCT-CCGA---GGGCCGA-A-GGCCCGAGGAGGG---A----TG---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACATCATCGA---G--T-TGTTTAATT--CCCATTAttatggcctttatt
gi|12 : ataaagaaatttgcatgagtaatatataaaaggggtaaacagttaatttagaaatcaagatacaattttatttccactgaattcttacgaaagtggaatgcgggttaagatatctcatttttgaatttcgattgattcacactgagaatgagcccattcaatttgatcatgagtttgtagaacgtcaaagacacatgtatggaaccattcaaataaatgcatttagtaatcttgatctggaattttttctctctcagcatcaaaaaattgattttatgaaaagtgcattttccttgtcatcatattttacgtccttagaaatattttctgcgtaggtttccatttaataaaaatcatccgtgtttgaccaaattattcactatgtacatgtgtacatccaattctaagtgaaaatttcagatttttttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttggatgatctacagcttttaataaaaaaaatatctccgcatcagcaaagtgtgtcagtcgaggtacatgtaaggaatggtgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgtgtaaagctactgttggatatatatatgaattgacattttttctattgtgttttacaaagttgatatatgaaaggctcagtgtccttgagttcaG-A---TGA-TGT------TAGAATT--G---TTACAAG-AGAAA------------CT-ACTGA--GGGCCGG-AAGGCCCGAGGGAGGG--A---ATG---TTTTCTCA--AAAAAATATTC-AACATCATCGA---G--T-TGTTTA--T----C-TTACTTtcgtcattatgccttacatagctgtcgcctttat
gi|36 : accagtccacgtatcgataggggtgttcgccgtaagttctattgtggtctaaaactaagtgcataataatataatgaaaacattattaaaatagctattagggcgctggaatataataaaagagattataggatatacaatagtatgaaaggctcagtggtccttggaggatacacattgtcaataggggggacctttttaa-A---TGG-TGT------T-GAATA--G---TTT--GG-AGAAAA---CAT-T-CTCT-CTGA---GGGCCGA-A-AGCCCGAGGAGAG---G---ATG---TTTGCTCT--AAAA--TATCC-AACtcgtgtatgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|36 : GT------T-GGATA--T---TTT--AG-AGCAAA---CAT-C-CTCT-CCTC---GGGCTTT-C-GGCCCTCAGAGAG---A---ATG---TTTTCTCC--AAAC--TATTC-AACACCAT
gi|33 : G-AGAAAA---CAT-C-CTCT-CCTC---GGGCTTT-C-GGCCTTCAGAGAG---A---TTT---TTTTTACC--AAAT--TATTC-AACACCATCTC---G--T-TATTTA--T--TCC-TT
gi|34 : -CCCT-CCTC---GGGCCTC-C--GTCCTTGGAGAG---A---ATGGTTTTTTCTCT--AAAC--TATTCAAACACCA-ATCTCTGT-T-TATTTA--TGGCCT-TTATT
gi|9 : GAGAT---G---ATG---TTTTCTCT--AAAC--TATTC-AACATCATTGA---G--T-AATTTA--T----C-TTACTTAAAAAAAATC-------CCCATG----A-TGAACCCCAAGGACACA-----------------CTGAGCCTTTCATATATCCAACTTTGT
gi|22 : tacttgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatggttttttttttctttcttattcaatatctttcaattcactatcgatggcatctgacttttgggttatctacagcttttaataataaaaaaaatctccgcatcagcaacgtgtgtcagtcgaggtacatgtaaggaacggtgttagcttctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgtgtaaagctactgttggatatatgaatggaatttatgctattgtgttttaagcttGAGAG---AG--ATG---TTTTTCCT--AAAC--TATTC-AACATC--AGC---GAAT-TGTTTA--T----C-TTACCTAAAGAAAT-T-------CCCCTG----A-TGAACCTCattatttatccctaacataaatgtttg
gi|30 : aatgtatgctactgtgttttacaatgttggatatatgaaagcctcaatgtgtgcttG---G---ACG---TTTTCTCT--AAAT--TATTC-AACAC----TC---A--C-GATTTA--A--CTT-TTAgttgttcatcccttacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|3 : ttacaaaattgaaattaaatgagttcaagtgttcctctgagcttcacagggattttt---A---ATG---TTTTCTCT--TAGC--TATTC-AACACccctcatctctcagaga
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Unaligned ( gi|42 ): TGCATGGAGCCATTCAAATAAATACATTCAGCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 11 2222222222222222222222222 1111 222 222222222 2222222 1 11 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 1111 11111 1111111 22222 11 11 11111111111 22222 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 1 111111111111 111 22222222 333 333333333333333333 444444
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 5 3 44 6666 555 3 44 555 888888 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 3 3 3 6 3 000 99999999 00 3 3 1 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 3333 4 444 5 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 6 1 3 6 555 3 7777 0 33 666666666 7777777 3 8888 3 666 4 3 22 6666666666666666666 77 1 77 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 9999 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 9999 0 00000 6666666 66 1 5 66 99999 11111 4 1 00 55 7 3 3 11 3 1 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 33 2 33 88888 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 444 7777777777 0 2 0 2 111111111111 2 33 444 2 55 777777 444444 2 5 2 2 3 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 777 1 00000000 2 555 22 888888888888888888 999999
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . . .. .... ... . .. ... ...... . ........................................................................ . .. . . . . . ... ........ .. . . . . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . . . . ... . .... . .. ......... ....... . .... . ... . . .. ................... .. . .. . ....................................................... . .... . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. .... . ..... ....... .. . . .. ..... ..... . . .. .. . . . .. . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . .. . .. ..... ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . ... .......... . . . . ............ . .. ... . .. ...... ...... . . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... . ........ . ... .. .................. ......
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 8 1 22 5555 444 1 22 444 888888 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 44 1 1 1 2 1 000 88888888 00 6 6 0 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 3333 9 666 7 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 7 0 3 7 888 3 1111 8 44 777777777 2222222 3 1111 6 444 5 6 33 6666666666666666666 44 0 99 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4444 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 4444 1 00000 2222222 99 0 0 99 00000 00000 4 7 00 00 3 6 6 00 6 0 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 77 9 99 44444 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 111 4444444444 2 4 7 5 000000000000 5 44 777 5 44 777777 999999 5 0 5 7 2 2 1 3 888 3 444 66 7 3 6 6 6 111 0 77777777 5 000 00 000000000000000000 000000
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A---GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T-A----AA--GACATTT-GC-AAGAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGG-AATTCAGATT-AAAANATC-TCCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-ACAAC------TGA-----GAA-TGAGCC-CA-TTC-A---C-T-T--GATCACGAG-------------T-----TTGTA-GAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAG---C----TCAAATAAATACA-------TTTN-----G---AT-T----ATCTG-AATT-TTT----TCTCTCTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC----TTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GCTTTTAATA--AA--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-AGAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGGTT---CA--TC------AGGG-GGAATTTT-T-TT----AA--GTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTACATA--------CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACA-AATT-------TCTCA-CCTTTCATAT-CCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTTGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A---GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T-A----AA--GACATTT-GC-ANGAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGG-AATTCAGATT-AAAANATC-TCCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-ACAAC------TGA-----G-A-TGAGCC-CA-TTC-A---C-T-T--GATCACGAG-------------T-----TTGTA-GAACNTCAAAGACACATG--TATG-GAG---C----TCAAA-----ACA-------TTTA-----G---AT------ATC---AATT-TTT----TCTCTCTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC----TTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGNCATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTACTA-A-GCTTTTAATA--AA--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-AGNAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTATATTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGGTT---CA--TC------ANGG-GGAATTTT-T-TT----AA--GTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATG-GTGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTNGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTACNTA--------CCCCCTG---ATGAACCTCANNGACACAAACACAATTGCATTGATCTNAGCCTTTCATATATCCAACTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTTAG----ATATCCATTAA-CTGCCTTGCAA------ACC-GTGAGGATATAAATCAAATAT-----------CC------------AACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A-T----AA--GACATTT-ACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCA---TTAGAAATCAAGACA-ACAA-TT--TACTT--CA----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTTAAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGA-TGATTT-CCAACCACTATTGAAGAATA-A-TGAGCA-CA-TAC-AACCT-T-T--GATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCA---ACACA-G--T-T--------C----TCACA-----ACA-------TT
gi|1 : catcatTT-TTT----TCT-TCTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC----TTATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAAGA-G-CCTTTTGATA--AT--AA-AAA-ATC-TC---ATCCAGAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAGT--TAGTG--CTAT--TGTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-TG-AAGTT----A--CC------AGGG-GGATTTTT-T-TTTTGAAA--GTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATG-ATA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-ggcccaaataattgagactcttcaaataaatacactatagcaatcttgatctactgaatttttttttcttctcagcgtcaaaaatagattttaggataaaaaacttgagcaattttctcttgtcaatcaaatattttaaaacgttccctagaaatatttctgtcgtagggttccatataaaatcatctgtgtttgtaccaagtttaccctagtcactcgtacattccaattcgaaagtgaaaatcctctgatagttagatacttcttatttcaatatcttcttcaaatcaaatcgatgccatcatgagttttggagtttgtctaagagccttttgataataaaaaatctcatccagaaatgtggtgtcagtcgaggtacagtgtaaggaacctggtgtgagacaggtctgtttttaatgtaaaggcaccagtcccatgtcatgattagggatgttgtgagttagtgctattgtgtaatgctacaagttttatatatgaatgcaaaaaagattatcgttgttaattttacaaagttataaatgaaaggttcaatgtgtccttgaagttaccagggggattttttttttgaaagtaagattaacaaaactcgtatgatatgaattattttttagaagaaaacatgcccct
gi|10 : catcatgacgaagtcatccacataatgtttttgttgtacgttgcattttcaaactattcaatgaatatagtgggataatttttagatatccattaactgccttgcaaaccgtgaggatataaatcaaatatccaactgttattgagggatatttcaaaatagcccaatagtgcacataatgtccattgaacaacaaataagacatttacaaagagtaatattagaaaaaaagaaaagaaaaaggtaaacagtccattagaaatcaagacaacaatttacttcagtaatatctcttacgaaagtggaaatgcaggttaaaaagatcttcctttttgtgtaattttgatgatttccaaccactattgaagaataatgagcacatacaacctttgatcagagtaaaacatgtgaacctcaacacagttctcacaacattggcccaaataattgagactcttcaaataaatacactatagcaatcttgatctactgaatttTATA-GAACCTCAAAGACACATG--CAAG-GAGACCT----TCATA-----ACAATCTTCATCTG-----G---AT------TT------TT-TTC----TCTCTCTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC----T---------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GCTTTGAATA--AA--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-AGATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGAT--TAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataaGAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGGT--TAG-G--C-A-ATTG-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-TG-ATGTT---CA--TC------AGAG-GGAATTTTAT-TT---------------------T--AACTTG-ATG-ATGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTTCCCTA--------
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCCG--TAA-G--TTCTATTGTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACA--TTGTCAATAGGG-GGGACCTT-T-TT----AAAAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATG-ATGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGC-TT-TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCT-CCA-ATGTTTTGAGTA--AACAAA-AAA-ATC-TTTCCATC-AGAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAGT--TAC-G--CTCT--TGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-TG-AGGTT---CA--TC------A----GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACTACC-TCCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGA-----GAA-TGAGCA-AT-TTC-A---C-TGT--GATCACGAGTAGCGATTTCACAT-----TTGTA-GAACCGCAAAGACACGTA--CATgt
gi|14 : A-----ACA-------TTTAATCTTG---AT------CTG---AATT-TTTTTTTTCGTCCTCAACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTTAG----ATATC-A---A-CTG--TT---A------ACC----------------------------------C------------A---GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-T-A----AAAAGACATTTTGC-AAGAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACAC--AATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGG-AATTCAGATTAAAAAGGTC-TCCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGA-----GAA-TGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--AG--AATGAA-ATC--CGGCATC-ATGAAAGCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGCT-G---ATT----AA----------------------------------------------------------TTTAAA-TA-TCCAACTGTT-AAAA-A-AG---------ACA-----------------------TTG-GC-AAGAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGCTT-TT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAG-AATTCTGATT-AAAAG----TTCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGA-----GAA-TGAGCC-AT-TTC-A---CTT-T--GATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCA---AACTG--TT---ACATGTAACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A---CT------GTTATTCATAAGGATATTTGAA----------CAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAAC---AAAT-A----AAAAGACATTT-GC-AAGAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TACTT-Caaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGG-GGCCT---TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C---G-ATGTT---CA----------ATGGAGGAAATTT-T-T------A--ATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTCAA----ACATCCA---A-CTG--AA---A------ATCAGTT-GAATA------------------------------------------------------------------TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TAA----AA--GACATTT-AT-AAAAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-CCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A---GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T-A----AA--GACATTT-GC-ATG-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TATTT-CCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGG-AATGCAGCTT-AAGATATC-TCCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGA-----G-A-TGAACC-CA-TTC-A---C-T-T--GATCACGAG-------------T-----TTGTA-GAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAG---C---------------CA-------TTT--------------------C---AATT-TTT----TCTCTCTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC----TTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GCTTTTAATA--AA--AA-AAA-ATA-TCCGCATC-AGCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGGTG---CA--TC------ATGT-GGAATTTT-T-TT----AA--GTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTACTTA--------TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACA-AATT-------TCTCA-CCTTTCATAT-CCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-TG-AGGTT---CA--TC------AGGG-GGGATTAT-T-TT----AA--ATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATG-GTGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTACATA--------C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-TA-ATTTT---CAATTC------A-GG-GCCATATT-CAGT----AT--GTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATG-GTGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTCAA-----CATCCA---A-CTG--AA---A------ATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A-------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TAA----AA--GACATTT-AT-AAAAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-Cgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-TG-AGGTT---CA--TC------A-GG-GGAATTTC-T-TT----AG--GTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : A-------TCTT-----G---AT------ATGG--AATT-TTT----TCTCTCTCAACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttccaagcatgaaacccttcaaataaatacaatagcaT-CCTTAACGAAG-AACGG-AATT-AGATA-GAAACATC-TT-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGA-----G-AACGAACCACA-T-C-A---C-T-TT-GATCACGAG-------------T-----
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A---GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGTAA----ATATCTA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA---GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T-A----Aa
gi|27 : acC-CA-TG-AGGTT---CA--TC------AGGT-GGAATTGT-T------------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACG-------------------A---TTCAG------------------CCTTCGGC--------CCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTACATA--------
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAACT-G--T---------AT-------------TC------------A---GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTCAA----ATATTCA---C-CTG--TT---A------ACCAGTT-GAATATT--TCAAAT----------------------------------------------------------------A-CCAAATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T-ACAAAAA--GACATTG-GC-AAGAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGCTT-CCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGA-AATTCGAATT-GAAAGATC-TCATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGA-----GAA-TCGGTC-AT-TTC-A---CTT-T--GGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGGT--TCG-G--CTAT--TGTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtaA-------TTTG-----G---A-------------AATT-CCT----TCTCCTTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC----TCAAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG---------CTT-A-GCTTCGTGTA--AA--AT-GTT-ATC-TCA--ATC-AGAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGGT--TAG-G--CTAT--TGTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-TG-AAGTT---CA--TC------AAAG-GGAGTTTT----------------------TAAA--------------GTGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttg------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCTG-AGCTT---CA---C------A--G-GGA--TTT-T-TT----AA----AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : ACTT-CCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---TATC-TC-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAACG-----TGA-------A-TGAGTC-AATTTT-A---C-T-TC-GGTTACGAG-------------T-----ctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGG-AATT-AGATA-GAAACATC-T--TTTTTA---AA--T----ATAATGGATTT-AC-AT------TGA-----GAA-CGAACCACA--TC-A---CTT-T--GATCACGAG-------------T-----agtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGGT--
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TT-AGGT
gi|4 : tgtatA-T-A----AA--GAAATTT-GC-ATGAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TATTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGG-AATGCGGGTT-AAGATATC-TCATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGA-----GAA-TGAGCC-CA-TTCAA---T-T-T--GATCATGAG-------------T-----TTGTA-GAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAA---CCAT-TCAAATAAATGCA-------TTTA-----GTA-ATCTTG--ATCTGGAATT-TTT----TCTCTCTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC----TTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GCTTTTAATA--AA--AA-AAATATC-TCCGCATC-AGCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--C--TATTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-TG-A-GTT---CA--T-------AATG-GGAAT-------------------------TAAAC--AACTCG-ATG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTACATA--------
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A---GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T-A----AA--GACATTT-GC-ATGAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCGgctgtcgcctttat
gi|5 : aacTT-AAAAGATC-TCCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGA-----G-A-TGAACC-CA-TTC-A---C-T-TTGGATCAC-AG-------------T-----TTGTTTGAACGTCAAAGACACATGATTATGAGAG---CGCATTCAAATAAATACA-------TTTC-----GCCAATTTCTTGATCTGCAATTATTT----TCTCTCTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC----TTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC---A-GCTTTTAATATAAA--AA-AAA-ATC-TCCTCATC-AACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTAT--TGCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-AGGTT---CA--TG------ATGG-GTAATTTT-T-TT----AA--GTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATG-atattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GCTT--GATA--AA--AA-GTT-ACC-TCA--ATC-AGACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGGT--TAG-G--CCAT--TGTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-TG-AGGAT---CA--TC------AGAG-GGAATTTA-T-TT----AA--GTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATG-GTGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-AA----ATATCCA---A-CTG--TT---A----------------------------T-------------TC------------A---GT------T----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT-A----AA--GACATTT-GC-ATGAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TATTT-CCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGG-AATGCAGGTT-AAGATATC-TCATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGA-----GAA-TGAGCC-CA-TTC-A---CTT-T--GATCATGAG-------------T-----TTGTA-GAACGTCAAAGACACATG--TATG-GAG---CCAT-TCAAATAAATACA-------TTCA-----GCA-ATCTTG--ATCTGGAACT-TTT----TCTCTCTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--AG--AATGAA-ATC--CGGCATC-ATGAAAGCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--CTAC--TGTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGG-GGA-TTTT-T-AT----AA--GTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTACATA--------CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTCTTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC---A-GCTTTTAATAATAA--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-AGCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGGT--TAG-G--C--TATTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-TG-GGGTT---CA--TC------ATGG-GGATTTTT-T-TT----AA--GTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATG-ATGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Unaligned ( gi|42 ): TGCATGGAGCCATTCAAATAAATACATTCAGCAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 2222222222222222222222222 222 222222222 11111 11 22222222222222222222 111 11111 1111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 11111 11111111111 1 11111 2222222222222222 22222222 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 6666666 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 7777 4 33 333333333 7777 8888 2 00000 3 99 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 9999999999 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 777 66 9999 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 22222222222 4 2 4 4 44444 4 4 4 1 8888888888888888 777 00000000 1 4 5 11111111 1 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 0 55 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . .... . .. ......... .... .... . ..... . .. .................... .. . ... ..... . .. .......... . ................................................................ . ... .. .... . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... ........... . . . . ..... . . . . ................ ... ........ . . . ........ . .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . .. . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 1111111 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 666 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 1111 9 44 333333333 1111 1111 3 22222 6 55 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 9999999999 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 888 11 4444 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 77777777777 4 0 0 0 00000 0 0 4 1 8888888888888888 000 66666666 9 4 0 66666666 9 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 2 00 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA---C-T-TT-GATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG-GAG----CCAT-TCA-AATAAATACA-------TT---------TNG---AT-CT----ATCT-G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTAC---GTACAT--------CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA--AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA---C-T-T--GATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG----C----TCA-AATAAATACA-------TT---------TNG---AT-T-----ATCT-G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTAC---GTACAT--------CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA--AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AAGACA-TTTACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---AC-TTC-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCT-T-T--GATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT-GAGACTCT----TCA-AATAAATACA-------CTATAGCAATCTTG---ATCT-----A-CT-G--AATT-TTTT---TTTCTT----CTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-T-CTGTCGTAGGGTTCCAT-----ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT-C---GTACATT-------CCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA--AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG-GAGACC-T----TCATAACAA------------TC---------T------T-C-----ATCT-G--GATT-TTTTTCTCTC--T----CTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-T-CTG-CGTAGGTCTCTAT-----A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTAC---GTACAT--------CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA--ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTCT---GTACAT--------ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA--AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA---C-TGT--GATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATgt
gi|14 : ACA-------TT---------TA----AT-CTTG--ATCT-G--AATT-TTTT---TTT--TCGTCCTCAACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGT-CTA-CTTAGGTTTCCGT-----A-ATA-ATCATatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-TAAA----AAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACA--CAATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA--AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AAGACA-TTGGCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGC-TTTT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA---CTT-T--GATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AAGACA-TTTGCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TAC-TTCaaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TAT-TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA---C-T-T--GATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG----C----------------CA-------TT---------TC---------------------AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTAC---GTACAT--------CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA--AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG-AAA----CCCT-TCA-AATAAATACAATAGCAATC---------TTG---AT-------ATG--G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGT-CTG-CCTAGGTTTCCACA----A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA---C-T-TT-GATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAAGACA-TTGGCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGC-TTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA---CTT-T--GGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgta-AACAATTA-A-------TC---------TTG---AT-T--------T-GGAAATT-CCTT---CTC--C----TTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGT-TTG-CTTGGATTTCCAT-----A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTACAATGTACAT--------CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT--AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacct------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : AC-TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA---C-T-TC-GGTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA---C-T-TT-GATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -T-CTG-CATAAGTTTCCAT-----A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTAC---GTACAT--------CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AAGAAA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATAC--AATTT--TAT-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCAA--T-T-T--GATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAA----CCAT-TCA-AATAAATGCA-------TT---------TAGTA-AT-CTTG--ATCT-GG-AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TTCTG-CGTAGGTTTCCATTTAATA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTAT---GTACATGTGTACATCCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGAT---------TTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC-A---GC-TTTTAATA--A--A--AA-A-AATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG-GAG----CCAT-TCA-AATAAATACA-------TT---------CAG---gctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCGcaa
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA---C-T-TTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGAGAG----CGCATTCA-AATAAATACA-------TT---------TCGCCAAT-TTCTTGATCT-GC-AATTATTTT---CTC--T----CTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-----A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTAC---GTACAT--------CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA--AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT--AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TAT-TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA---C-T-TT-GATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG----CCAT-TCA-AATAAATACA-------TT---------CAGCA-AT-CTTG--ATCTGG--AACT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-T-CTG-CGTAGGTTTCCAT-------AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTAT---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA--AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT--------CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA--AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 2222222222222222222222222 222 111111 222222222 22222222222222222222 111 11111 1111111111 7777777777777777777777777 1111 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 6666666 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 33 333333333 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 5 5 5 0 0 4444444444444444444444444 6666 4 777 66 9999 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... .. ......... .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... . . . . . ......................... .... . ... .. .... . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 1111111 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 444 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 44 333333333 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 0 0 0 1 1 5555555555555555555555555 7777 4 888 11 4444 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT---------TAG---ATCTTG--ATCT-G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT---------TNG---ATCT----ATCT-G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AAGACA-TTTACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---AC-TTC-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT-GAGAC-TCTTCAAATAAATACACTATAGCAATCTTG---ATCT----A-CT-G--AATT-TTTT---TTTCTT----CTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG-GAG-A-CCTTCA--TAA---CA-----------------ATCTTC--ATCT-G--GATT-TTTTTCTCTC--T----CTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATgt
gi|14 : ACATT---------TA----ATCTTG--ATCT-G--AATT-TTTT---TTT--TCGTCCTCAACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-TAAA----AAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACA--CAATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AAGACA-TTGGCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGC-TTTT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AAGACA-TTTGCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TAC-TTCaaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TAT-TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG-C-CATT--------------------------------------TC-----AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG-AAA-C-CCTTCAAATAAATACAAT----------AGCA-ATCTTG--ATAT-GG-AATT-TTTT---CTC--T----CTCAACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAAGACA-TTGGCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGC-TTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtaACAAT---------TA----ATCTTG--ATTT-GGAAATT-CCTT---CTC--C----TTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT-AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaaccta------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : AC-TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AAGAAA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TAT-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAA-C-CATTCAAATAAATGCATT---------TAGTA-ATCTTG--ATCTGG--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT---------CAG---gctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCGcaa
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGAGAG-CGCATTCAAATAAATACATT---------TCGCCAATTTCTTGATCT-GC-AATTATTTT---CTC--T----CTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA-AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT-AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TAT-TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT---------CAGCA-ATCTTG--ATCTGG--AACT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 111111111 2222222222222222222222222 222 111111 222222222 22222222222222222222 111 11111 1111111111 444444444 222222 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 555 3 44 555 888888 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 6 3 0 000 222222222 55 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 33 333333333 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 5 5 5 6 0 0 000000000 66 444444 4 777 66 9999 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... ... . .. ... ...... . ................................................................................... . . . . . ... ......... .. . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... .. ......... .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... . . . . . . ......... .. ...... . ... .. .... . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 444 1 22 444 888888 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 2 1 4 000 444444444 00 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 444 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 44 333333333 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 0 0 0 1 1 1 777777777 11 444444 4 888 11 4444 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT-TAGCA-AT--CTTGATCT---G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT-TAG---AT--CTTGATCT---G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTTAG----ATATCCATTAA-CTGCCTTGCAA------ACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AA--GACA-TTTACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---AC-TTC-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT-GAGAC-TCTTCAAATAAATACACTATAGCA-AT--CTTGATCTACTG--AATT-TTTT---TTTCTT----CTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG-GAG-A-CCTTCA--TAA---CA---------AT--CTTCATCT---G--GATT-TTTTTCTCTC--T----CTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATgt
gi|14 : ACATT-TA----AT--CTTGATCT---G--AATT-TTTT---TTT--TCGTCCTCAACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTTAG----ATATC-A---A-CTG--TT---A------ACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-TAAA----AA--GACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACA--CAATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AA--GACA-TTGGCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGC-TTTT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCA---AACTG--TT---ACATGTAACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTTGAA----------CAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAAC---AAAT--A----AAAAGACA-TTTGCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TAC-TTCaaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTCAA----ACATCCA---A-CTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AA--GACA-TTTGCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TAT-TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG-C-C--------------------------------ATTT---C--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTCAA-----CATCCA---A-CTG--AA---A------ATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG-AAA-C-CCTTCAAATAAATACAAT--AGCA-AT--CTTGATAT---GG-AATT-TTTT---CTC--T----CTCAACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGTAA----ATATCTA---A-CTG--TT---A------ACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTCAA----ATATTCA---C-CTG--TT---A------ACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAA--GACA-TTGGCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGC-TTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtaACAAT-TA----AT--CTTGATTT---GGAAATT-CCTT---CTC--C----TTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT-AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaaccta------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : AC-TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AA--GAAA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TAT-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAA-C-CATTCAAATAAATGCATT-TAGTA-AT--CTTGATCTG--G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT-CAG---gctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTTAA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------ACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AA--GACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCGcaa
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGAGAG-CGCATTCAAATAAATACATT-TCGCCAATTTCTTGATCT---GC-AATTATTTT---CTC--T----CTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA-AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT-AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-AA----ATATCCA---A-CTG--TT---A------TTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AA--GACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TAT-TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG-GAG-C-CATTCAAATAAATACATT-CAGCA-AT--CTTGATCTG--G--AACT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 2222222222222222222222222 222 111111 222222222 22222222222222222222 111 11111 1111111111 11 222222 2222222 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 6666666 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 33 333333333 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 00 4 555 4 777 44 0 3 66 444444 4 777 66 9999 0 3333333 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... .. ......... .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... .. . ... . ... .. . . .. ...... . ... .. .... . ....... . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 1111111 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 444 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 44 333333333 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 66 4 222 4 888 44 7 6 11 444444 4 888 11 4444 7 0000000 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCT---G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AAGACA-TTTACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---AC-TTC-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT--GAGAC-TCT-TCAAAT---AAATACACTATAGC-AAT--CTTGATCTACTG--AATT-TTTT---TTTCTT----CTCAGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG--GAG-A-CCT-TCA----------------TAAC-AAT--CTTCATCT---G--GATT-TTTTTCTCTC--T----CTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AA----------------ACG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GT--CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATATCAAT-C-TATGTAAAACACAAAATAAATT-CAAC-AAgt
gi|14 : ACATT-TA----AT--CTTGATCT---G--AATT-TTTT---TTT--TCGTCCTCAACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-TAAA----AAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACA--CAATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AAGACA-TTGGCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGC-TTTT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AAGACA-TTTGCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TAC-TTCaaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TAT-TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-------------------CATT-T---------------C-------AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG--AAA-C-CCT-TCAAAT---AAATACAAT--AGC-AAT--CTTGATATG--G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAACATC-------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAAGACA-TTGGCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGC-TTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgta-AAT--CTTGATTT---GGAAATT-CCTT---CTC--C----TTCAACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT-AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaatt------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : AC-TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AAGAAA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TAT-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAA-C-CAT-TCAAAT---AAATGCATT-TAGT-AAT--CTTGATCTG--G--AATT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAgctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCG
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGA-GAG-CGCAT-TCAAAT---AAATACATT-TCGCCAATTTCTTGATCT---GC-AATTATTTT---CTC--T----CTCAGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA-AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT-AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TAT-TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAT--CTTGATCTG--G--AACT-TTTT---CTC--T----CTCAGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 2222222222222222222222222 222 111111 222222222 22222222222222222222 111 11111 1111111111 11 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 1111111 55 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 33 333333333 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 00 4 555 4 777 44 0 3 66 666 4 4 66 9999 66 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... .. . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... .. ......... .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... .. . ... . ... .. . . .. ... . . .. .... .. . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 5555555 00 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 666 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 44 333333333 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 66 4 222 4 888 44 7 6 11 222 4 4 11 4444 11 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AA--GACATTT-ACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---ACTT-C-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT--GAGAC-TCT-TCAAAT---AAATACACTATAGC-AAT--CTTGATCTACTGAA-TT-TTTTTTTCTT----CTC--AGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG--GAG-A-CCT-TCA----------------TAAC-AAT--CTTCATCTG--GAT-TT-TTTTCTC--T----CTCTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATATCAAT-C-TATGTAAAACACAAAATAAATT-CAAC-AAgt
gi|14 : ACATT-TA----AT--CTTGATCT---GAA-TT-TTTTTTT--TCGTCCTC--AACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-T--A----AAAAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACAC--AATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AA--GACATTG-GCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGCTT-TT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AA--GACATTT-GCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TACTT-Caaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACATTT-ATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-CCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TATTT-CCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-------------------CATT-T---------------C-----AA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACATTT-ATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-Cgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG--AAA-C-CCT-TCAAAT---AAATACAAT--AGC-AAT--CTTGATATG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAA--GACATTG-GCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGCTT-CCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgta-AAT--CTTGATTTG--GAAATT-CCTTCTC--C----TTC--AACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT-AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaatt------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : ACTT-CCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AA--GAAATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TATTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAA-C-CAT-TCAAAT---AAATGCATT-TAGT-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAgctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AA--GACATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCG
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGA-GAG-CGCAT-TCAAAT---AAATACATT-TCGCCAATTTCTTGATCTG--CAA-TTATTTTCTC--T----CTC--AGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA-AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT-AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AA--GACATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TATTT-CCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-CT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 2222222222222222222222222 222 111111 222222222 22222222222222222222 111 11111 1111111111 11 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 222222 11 11111111111 1 222222222 11111 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 1111111 55 3 44 4 7 99999 77 1111111111111111111111111 4 55 8888 4 444 0 55 3 99999 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 33 333333333 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 00 4 555 4 777 44 0 3 66 666 4 4 66 9999 66 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 5 66 66 5 777777 4 1 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 33 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 444 9 555 0 444444444 6666 2 2 00000 2 2222222 555 777777777777777777777777777 33 5555 444 33 33 99999999 33 33 4444 33 2 2 2 0 2 88888888 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... .. . .. . . ..... .. ......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... .. ......... .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... .. . ... . ... .. . . .. ... . . .. .... .. . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. .. . ...... . . .. ..... . . . .. . . . .. . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... . ......... .... . . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 5555555 00 6 11 5 3 11111 77 2222222222222222222222222 3 00 8888 9 666 8 55 6 77777 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 44 333333333 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 66 4 222 4 888 44 7 6 11 222 4 4 11 4444 11 7 44444444 4 888 11 66666 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 99 99 4 000000 4 7 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 44 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 7 777 9 99 555 0 000 3 000000000 1111 9 7 33333 7 1111111 000 888888888888888888888888888 77 3333 444 44 44 11111111 11 55 7777 11 1 2 2 1 2 11111111 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AA--GACATTT-ACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAGAAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---ACTT-C-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTT-CCAACCACTATTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT--GAGAC-TCT-TCAAAT---AAATACACTATAGC-AAT--CTTGATCTACTGAA-TT-TTTTTTTCTT----CTC--AGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTAA-G-A-GCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-AT-CTC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TAATGCTA--CAA-GTTTT----ATA-TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG--GAG-A-CCT-TCA----------------TAAC-AAT--CTTCATCTG--GAT-TT-TTTTCTC--T----CTCTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTA--A-A-GC-TTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TAATGC----TACTGTTCG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TAATGCTG----CTGTTGA----TTT-TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTAAAACTA---AGTGCATA----ATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC-A-ATGT-TTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-AT-CTTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TATTG--A--TGTTGTTGT----GTA-TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT-AC-AT------TGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATATCAAT-C-TATGTAAAACACAAAATAAATT-CAAC-AAgt
gi|14 : ACATT-TA----AT--CTTGATCT---GAA-TT-TTTTTTT--TCGTCCTC--AACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-T--A----AAAAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGACG----AAACA---GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACAC--AATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTCACAA-------TGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctctctgaatttttgaatgatttcacATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AA--GACATTG-GCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAG-------AAAGTAGGG-----------CAACAGT--T-AC--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGCTT-TT----------AT-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AA--GACATTT-GCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TACTT-Caaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TGATGCCA----CCATTGG----ATA-TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACATTT-ATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-CCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TATTT-CCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT--ACAAC------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-------------------CATT-T---------------C-----AA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-ATCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TAAAGCTAAGTATTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AA--GACATTT-ATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGAATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGCTT-Cgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG--AAA-C-CCT-TCAAAT---AAATACAAT--AGC-AAT--CTTGATATG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACT-C------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|3 : ACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAA--GACATTG-GCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC-----------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGCTT-CCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT-AC-AC------TGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CAATG--A--AACGGCTGG----ACA-TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgta-AAT--CTTGATTTG--GAAATT-CCTTCTC--C----TTC--AACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT---TA------GC-TTCGTGTA--A--A--AT-GTT-AT-CTCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TAATG--G--TACTCTTGG----ATA-TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaatt------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : ACTT-CCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC-ACAAC-------GTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT-ACA-T------TGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AA--GAAATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----AT-------------------AAAAGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TATTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-AC-AC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAA-C-CAT-TCAAAT---AAATGCATT-TAGT-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAATAT-CTCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGGATATATA-TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAgctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AA--GACATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----ATT----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCG
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC-ACAA-------TGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGA-GAG-CGCAT-TCAAAT---AAATACATT-TCGCCAATTTCTTGATCTG--CAA-TTATTTTCTC--T----CTC--AGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATATAA--A--AA-AAA-AT-CTCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TAAAGCTA----CTGTTGG----ATA-TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTGTCTTCTA-A-GC-TT--GATA--A--A--AA-GTT-AC-CTCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TAATGCCA---------GG----GT-----GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactaTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AA--GACATTT-GCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAAAGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TATTT-CCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC-ACA-C------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-CT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : AATG--A--G--AATGAA-AT-C-CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TAATGCTA--TA-----------------TGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : tctgaatttttgaatgatttcac---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC-A---GC-TTTTAATA--ATAA--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TAAAGC----TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
blockSeqs : . T . . TA CCC CCACACG G G . AATC A . TTACATGT GGGATATTTCAAATATCCAACTGTTATTCAGTGGGGTATTTCAAATAC C . G . TGA A ACAAA AA T A G T . CC CTAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGT A AC GTAA T CAC TG T ACAGC . . A TT A . A T CC . T TTGATT TC AAC . ACA T . G TAGCGATTTCACATT TT . . . . ATT TC . GCA G ACA T C TT G A A . CGTC TC AGAATTCA C . GA T T . A G . . CCTTAGAATATA G . ATTTA A . T . A ATCATCAGAT TGTACATGT . C . . GGAGGAGG AG AGC TCTTATTC GAAAGCT . A . AA . C CTACA . G TA ACA T T C CG . T T A . GTT TGTAAAGAA G AAT G CGGT . TG TTAGAGT C G . . C G . CAA . TT ATA T GTC CTAAGTATT ATAT A C CA G TAAAATA AGG ATCATAACTATCATTTGAACT CC GAGA ATA AT AC CAATAGTA AA AG TACT AG T C G A ACACATTG AT G A TTAAAAG A GG T . G AATTGT TTT . G T C C T AGA A GTT TG T A T T G GGC TTAAA ATC C . AG
blockSeqs : . . . . . . AC . . . . . . TT GGGATATTTCAAATATCCAACTGTTATTCAGTGGGATATTTCAAATAC . . G . TGA . AAA . . A A T . TC TTGGGAATGGGCA C . AC T TG . . C . . . G G . . G CC . . TT T AAC . AAT T . . TT A . . . . C A . CC . . C . . G . . . . . AA . . . C T . . G . . CCTTAGAAATAT G . . . . . . G ATA CAAT . C . . TGG G . AAACCAA . . T . . . G CAAT . G . TAA T . . TC . T T A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . CTAAGT . . . . . . . TGGAATA . . . . . . . A . . . . . . . . G . TTAAG . . C . . . G . . . . . . . A TT . A . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . TT TGATTATTTCAAATATCCTACTGTTATTCATAAGGATATTT . . . . A . AA . . A A . . CT CTAAAAAAGGGGG A . CT C CG . . T . . . . A . . G TC . . TT T AT . ACA T . . TT A . . . . C . . TA . . T . . G . . . . . AA . . . A A . . T . . CCTTAGAAATAT G . . . . . . G AT C . G . . TGG C . ATTC . . A . . . A CTAA . T . A . . . GG . . T C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . CTACT . . . . . . . AATGCTT . . . . . . . G . . . . . . . . G . TTAAA . . T . . . G . . . . . . . A . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . TT TTGATATTTCAAATATCTAACTTTTATGTAGTGGGATGTTT . . . . A . AA . . A G . . TC TTGGGAATGGGCA A . AT T CG . . T . . . . A . . T CC . . TT T AA . AT T . . TT A . . . . T . . CC . . T . . G . . . . . TA . . . T T . . T . . GTTTAGAAATA . . . . . . . A AT T . A . . GA T . ATTC . . G . . . A AA . G . G . . . CG . . T A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . CTGCT . . . . . . . TTTAAGC . . . . . . . G . . . . . . . . T . GTATG . . C . . . G . . . . . . . T . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . AA GGGATATTTCAAATTCAGTGGGATATGTCAAATAC . . . . G . A . . T T . . CT CTAAAAAGGGGGG A . AT T CG . . C . . . . T . . C CA . . TC T AC . AT T . . TT A . . . . C . . CA . . T . . G . . . . . A . . . G T . . G . . CCTTTGAATTA . . . . . . . A AT C . T . . TG T . ATTC . . A . . . A CA . T . A . . . CG . . T G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . ATGTT . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . G . TTAGG . . T . . . G . . . . . . . A . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . TT TGTATTCAGTGGGATATTTCAAATAC . . . . A . A . . A G . . CC ACGAAATACGGC A . AT C CG . . C . . . . A . . G CA . . TC C TC . CA T . . A . . . . T . . CA . . C . . G . . . . . A . . . A G . . T . . CTA . . . . . . . A AT C . T . . T T . TTG . . A . . . G CA . T . A . . . CT . . A A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT T . CCACC . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . G . TTAAG . . T . . . G . . . . . . . A . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . TT AAAATCAGTTGAATATTCAAATAT . . . . . . A . . A T . . TC CGAAACAGGG A . AT C C . . . . . . . G . . T CC . . TT T AC . AT T . . . . C . . CA . . T . . . . . . . . A . . . A C . . T . . . . . . . . . . . T C . C . . . T . . . . G . . . A CA . T . A . . . GG . . T G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . AAACG . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . G . TTAAG . . C . . . G . . . . . . . A . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . TT TGAATATTTCAAATACCA . . . . . . A . . T T . . . AAAGTAGGG . . A C C . . . . . G . . C CA . . TC C AT . CA T . . . T . . . . . C . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . . . . A . . . CG . . T G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . GTACT . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . A . ATAAG . . C . . . A . . . . . . . A . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . TT TGATTAATTTAAATAT . . . . . . A . . T T . . . AAAAGGGG . . C . C . . . . . . . T T . . T C AC . CA . . . . . . . . . . . . A . . . A . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CTACT . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . G . TTAAG . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . TT TGGGTATTTCAAATAC . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . G C . . T C AA . CA . . . . . G . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . CTACT . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . A . TTAA . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . TT TGAAATTCAAAATAT . . . . . . A . T . . . . . AC . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . CTATA . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . T . TT . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . CAGTGGGTTTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . CTACT . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . G . AA . . C . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . CCA . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . T . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** ** C******* ** *** TT*********** A* ***** CC CTGAAAANGGGGG************ N* CC* *** AC******* **** ** TT****************** A* *** ***** ** C********* T* G** ** AA****** *** N**** T* ** *** AT************** TGG***** ATTC******** ** ** CA**** CG A* A********** *** ** **** CTACT**** ***** ******* TTAAG**** C** G*****
originalCons : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----AAAAAAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAAC------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC-A-A-GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTA--TACTGTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
finalCons : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATAC-------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTGTT-----------AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AA--GACATTT-GCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACTGAAAANGGGGG------------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TACTT-CCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCTCC-TTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT-ACAC-------TGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAGTT------------------TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GC---------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATTT-AGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCAA------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAN----GTGCAT-TTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTTAT--------------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATGG-----TTTTTTN-TTTC---TTATTC--------AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTACA----GC-TTTTAATA--A--A--AA-AAA-AT-CTCCGCATC-A-GAAATGCA-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGAA----------TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TAATGCTACT----GTTGG----ATA-TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTTAAG----TAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATAG-----TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1111111 33333333333333333333333333 1111 222 11111 111111 1111111 22222222222222222222 111 11111 1111111111 11 11111111 11111 11111111111111 1 11111 2222222222222222 111111111111 22222222 111111111111 1111111 111111111111 11 11111111111 1 1111111 333333333333333333333333333 111111111 111 11111 111 222
lowQualScore : 7777 3 3 3 88 555 00000000 3 3 44 6666 3 555 0000000000000 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 6 3 0 333 2 6666666 3 44 4 7 99999 77 55555555555555555555555555 2 55 3333 4 444 0 55 3 22222 5 4 4 99 3 4 0 3 44 666 555 3 000000 3333333 3 33 7777 8888 2 55 3 55555555555555555555 77 0 000 44444 5 66 7777777777 00 4 555 4 777 44 0 3 66 666 4 4 66 9999 66 0 99999999 4 777 66 00000 55 4 8 2 66 777 44444444444444 2 4 00000 4 4 4 4 1 8888888888888888 888888888888 4 1 4 5 44444444 66 888 555555555555 6666666 66 1 4 55 66666 000000000000 33 55 66666 7 3 3 11 3 6 2 3 0 3 666 44444444444 3 0 888 77 6666 6666 44 9999999 2 2 2 2 2 5 2 444 2 33 666 7 444 33 9999999 5555 5555 2 99999 2 1111111 444 444444444444444444444444444 33 5555 444 33 33 88888888 22 33 4444 22 2 2 2 2 77777777 33 3 0 2 000000000 2 33 444 2 2 777777 555555 2 5 2 2 0 3 3 555 3 000 44 6 3 3 3 3 555 44444 000 1 111 22
lowQualScore : .... . . . .. ... ........ . . .. .... . ... ............. . ................................................................................... . . . . . ... . ....... . .. . . ..... .. .......................... . .. .... . ... . .. . ..... . . . .. . . . . .. ... ... . ...... ....... . .. .... .... . .. . .................... .. . ... ..... . .. .......... .. . ... . ... .. . . .. ... . . .. .... .. . ........ . ... .. ..... .. . . . .. ... .............. . . ..... . . . . . ................ ............ . . . . ........ .. ... ............ ....... .. . . .. ..... ............ .. .. ..... . . . .. . . . . . . ... ........... . . ... .. .... .... .. ....... . . . . . . . ... . .. ... . ... .. ....... .... .... . ..... . ....... ... ........................... .. .... ... .. .. ........ .. .. .... .. . . . . ........ .. . . . ......... . .. ... . . ...... ...... . . . . . . . ... . ... .. . . . . . ... ..... ... . ... ..
lowQualScore : 1111 3 3 3 55 444 22222222 1 1 22 5555 1 444 1111111111111 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 1 4 111 9 1111111 6 11 5 3 11111 77 00000000000000000000000000 1 00 3333 9 444 8 55 6 88888 0 4 0 55 9 0 6 3 33 888 888 3 666666 0000000 3 66 1111 1111 3 00 6 11111111111111111111 44 7 000 33333 0 11 7777777777 66 4 222 4 888 44 7 6 11 222 4 4 11 4444 11 7 44444444 4 888 11 44444 33 4 9 6 11 888 22222222222222 0 0 00000 0 0 0 4 1 8888888888888888 444444444444 4 9 4 0 66666666 00 888 222222222222 2222222 99 0 0 55 99999 777777777777 66 00 11111 3 6 6 00 6 7 6 3 4 6 444 99999999999 1 2 555 33 5555 5555 22 3333333 7 7 7 7 7 3 5 444 7 77 333 1 777 77 8888888 3333 3333 5 77777 5 3333333 777 777777777777777777777777777 44 0000 111 22 22 55555555 99 66 5555 99 0 1 1 1 66666666 22 1 8 5 000000000 5 44 777 5 9 777777 555555 5 0 5 7 8 1 3 888 3 444 66 2 1 3 3 3 555 33333 000 0 555 00
consensus : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----GAAA-ANGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT------AC-A-CTGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC---A--G---CTTTTAATA--A--A--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-A-GAAATGCG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TA--ATGCTA----CT-GTTGG----ATA----TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
Reference ( family-339 ) : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-GGATATT--TCAAATA------------TC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAA-GAGNAA-TAT-----ATTTCCAAAAGACT----GAAA-ANGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACGCAATTT--TAC-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGCGGAA-TTCAGATT-AAAAN-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTT------AC-A-CTGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-TAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCGTCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAN----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCANAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTN-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTGTCTAC---A--G---CTTTTAATA--A--A--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-A-GAAATGCA-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-TTGTG---TA--ATGCTA----CT-GTTGG----ATA----TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---CCCCNTGATAATGAACCTCGNNGACGCAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|1 : GACGAAGTCATCCACATAATGTT--TTTGTTGTACGTTGCATTTTCAAACTATTC---AATGAATA--------T-AGTGGGA-TAATTTTT----AGATATCC-ATTAACTGCCT------TGCAAACC-GTGAGGATATAAATCAAATA------------TCCA----------ACTGTTATTGAG----------GGATATTTCAAAATAGCCCAATAGTG-CACATA-ATGTCCATTGAACAAC---AA-A--T----AAGACA-TTTACAAAGAGTAA-TATTAGAAA-----AAAAGA------AAAG-AAAAAGG--------TAAACAGT--CCAT--T-AGAAATCAAGACA-ACAATTT---AC-TTC-A----GTAATATCTCTTA-CGAA--AGTGGAAATGCAGGTT-AAAAAGATCTTCCTTTTTGTGTAA-TT----TTGAT-GATTTCCAACCACTA-TTGAAGAATAATGAGCA-CA-TACAACCTTTG-ATCA-GAG-------------TAAAACATGT--GAACCTCAACACAGTTCTCACAACATTGG--CCCAAATAATT--GAGAC-TCT-TCAAAT---AAATACACTATAGC-AAT--CTTGATCTACTGAA-TT-TTTTTTTCTT----CTC--AGCGTCA------A-AAATAGA-TTTTAGGATA--AAAAACTTGAGCAATTTTCTCTTGTCAATCAAATATTTTAAAACGTTCCCTAGAA-ATA-TT-TCTGTCGTAGGGTTCC-----AT-ATAAA-ATCATCTGTGTTTGTACCAAGTTTACCCTAG--------TCACT---------C---GTACATTCCAATTCGAAAGTGAAAATCCTCTGATA-----GTTAGATA-CTTC---TT----ATTTC---AAT-------ATCTTCTTCAAATCAA-ATCGATGCCATCAT--GAGTTTTGGAGTTTGTCTA----A--GAGCCTTTTGATA--A--T--AA-AAA-ATC-TC---ATCCA-GAAATGTGGTGTCAGTCGAGGTACAGTGT---AAGGA--------ACCTGGTG-TGAGA--CAGGTCTGT----TTTTAATGT--AAAGGCA-------CC-AG-TCCCATGTCAT-GATTAGGGATGTTGTGAG---TTAGTG--CTAT-T-GTG---TA--ATGCTA----CAAGTTTT----ATA----TATGAATGCA-AAAAAGATTA-TC------GTTGTT---A-AT--------------------T------TT--ACAAAG----TT-----A--TAA--A--------TGAAAGGT--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------T-A--CCAGGGGGATTTTT-TTTTTGAAAGTAA-G--ATTAACAAAACTCGTATGA-TA-------TGAATT--ATTTTTTAGAAGAAAACATGC-CCCT-
gi|10 : catcat-----TATA-GAACCTCAA---AG-----ACA-CAT--G--C-------AAG--GAG-A-CCT-TCA----------------TAAC-AAT--CTTCATCTG--GAT-TT-TTTTCTC--T----CTCTCAACGTCAGAATTCAGAAATAGA-TTTCA---TG--AAAT----GTGCA-TTTCC-CTTGTCA-TCAGAT--TTTG---CGT--------------TG-TCTG-CGTAGGTCTCT-----AT-A-AAA-ACCACCCGTGT-----------------------------CACTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTCAAAATT-TCTGAT----------TTTG-TTTC---T-------------------------CTT--TCAAATCACTATCAATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTCTCTAA---A--G---CTTTGAATA--A--A--AC-AAA-ATCCTCCGCATC-A-GATATGCA-TGTCAGTCAAGGTACT-TGT---TAGGA--------G--TGGTG-TAAG---CAG--CTGT----CTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-GTC-ATAT-AT-GAC-A--GGTGTT-CGGA---TTAG-T--CT-T-TTGTA---TA--ATGCTA----CT-GTTCG----ATA----TATGAATGAA-AT-----TTA-
gi|11 : atcattataa-GAAATGCA-TAC--GTCAAGGTTCT-AGT---AAGGC--------A--AGGTG-CGAG----AC--CTGTCGGTTTT----AC--AAGGACATTAGAGTCT-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-TGGGGCGTT-CGGG---TTAG-G--CAAT-T-G-A---TA--ATGCTG----CT-GTTGA----TTT----TA-----GGG---------TA-T-------ACTATT---GTGT--------------------T------TT--ATAAAG----TT---GAA--TAT--A--------TGAAAGAT--TCA-AT----AT--GTTTCC-T-GATG-T--------TCA--TCAGAGGGAATTTTATTT-------------------T--AACTTG-ATGA-TGTAATTGTTGTATA--G---TTTAG-AGAAAACATGC-CCCT-C--------TT-CGACCCTCAG-AGGG---AATG---TTTTCTCT--AAATTATTC--GCACC-ATCTC-T-T-TATTCAT--CCCTT
gi|12 : A-------CC-AG-TCC-ACGT-ATCGAT-AGGGGTGTT-CGCC---GTAA-GTTCTAT-T-GTGGTCTA--AAACTA-------AGTGC----ATAATAATAT-AATGAA-AACA---TTA-TTAAAATAGCTATTAGGGCGC--------------------TGGAATATA--ATAAAAGAGATTATAGGA--TAT--ACAATAGTATGAAAGGC--TCA-GT----G---GTC-CT-TGGAGGATACACATTGTCA--ATAGGGGGGACCTT-TTTAA--AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATATTT---TTTTG-AGAAAACAT-T-CCCTCCCTCGGGCCTTCCGGCCCTCAGTAG-------------TTTCTCTTGTAACAATTCTAACATC-ATCTC-G-TGTATccctaaattgtaaatattggaatcatgaacaggtcaaacaatacattttgataaggtgtatatatata
gi|13 : T------ATA-------TCACTC--------T---GTACAT-ATAAATCCAA-GACAACATT--CTGA-G-----ATGTTTTC-TTTCAGCTT-----TT-G---AATGAAAGCTATTAT--TCAAAACACTATTGATATCTTA-T--TAATTTTTGG--C-GTCTCC---AATG---TTTTGAGTA--A--ACAAA-AAA-ATC-TTTCCATC-A-GAAATGCC-TGTCTGTCAAGGTACA-TGT---AAA----------------CG-T-AC---CCG--ATGG----TAT----GC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATGT-TT-AAT-AGGGTTCTT-CAAG---TTAC-G--CT-C-TTGTA---TA--TTGATG----TT-GTTGT----GTA----TATGAATTGG-AT-----TTT-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ATACA-----TG---GGG--TAT--------------------------T----AT--GTC--T-T-GAGG-T--------TCA--TCA---GGAATTgatcacactacattaacatgttcaaag
gi|14 : GATT-GAACT-ACCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTT------AC-A-TTGAG----AATGAGCA-AT-TTCA--CTGTG-ATCACGAGTAGCGATTTCACATT-----TGTA-GAACCGCAA---AG-----ACA-CGT--A--C-------ATATCAAT-C-TATGTAAAACACAAAATAAATT-CAAC-AAgt
gi|14 : TGTT-CGGG---TTCG-G--CTA--TTGTA---TATTATGGTT----TT-GTT---------------------GA-AT-----TTA-T---------T-TT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----AT---TGA--TAT--G--------T-------------AC----GT--GTC-TT-T-GCGG-T--------TCaaccataatatacaatagccgaacccgaacatttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|14 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtaACATT-TA----AT--CTTGATCT---GAA-TT-TTTTTTT--TCGTCCTC--AACGTC-------AGAAACAGA-TTCTA---CA--AAAC----GT--------------TCA-ATAG-------A---CAT-C---------TA-TTGTCTA-CTTAGGTTTCC-----GT-A-ATA-ATCATtttaatcttgatctgaattttttttttcgtcctcaacgtcagaaacagattctacaaaacgttcaatagacatctattgtctacttaggtttccgtaataatcatatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : gattgaactacctcctttttgaattttgattgatttacattgagaatgagcaatttcactgtgatcacgagtagcgatttcacatttgtagaaccgcaaagacacgtacatatcaatctatgtaaaacacaaaataaattcaacaaaaccataatatacaatagccgaacccgaTTTC--AATTATTCCCCAGGGAATAAC------TGAGTGGGAGTA--TTTT----AGATATC--A---ACTG--T------T---AACC----------------------------------C------------A--GT------G----------GG---TTTT---------CAACATT--C-CA-A-AGGTTCAT-GAACACA---AA-TAAA----AAGACATTTTGCAA-GAGGAA-TAT-----ATTT---AAAGAC-----GAAA-CA--GGG--------TAAACAGTACTAGTAATTGGAGAT-AAGACA--CAATTT--TACTTTCCAACAGCTGA-AT-TCTTA-CTAATTA-TGGAA-TTCAGATTAAAAAG-GTCT-CCTCTCTG---AATTT----TTGAATGATTTC-----AC-A-ATGAG----AATGAatgattaaaaagtatatatatactagggccatggtacagcca
gi|15 : TC-T--GAATTTTTGA--ATGATTTC---A----------CAATG--A--G--AATGAA-ATC--CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCGaatccggcatcatgaaagcatgtcagtcgtttacatatgttatggaa
gi|16 : tttcaattattccccagggaataactgagtgggagtattttagatatcaactgttaacccagtgggttttcaacattccaaaggttcatgaacacaaataaaaagacattttgcaagaggaatatatttaaagacgaaacagggtaaacagtactagtaattggagataagacacaattttactttccaacagctgaattcttactaattatggaattcagattaaaaaggtctcctcATAACGTCACCCAT----TGTT-ATTTGTTGT---T-GTATTTCTAAACTGTTT---AATCAATA-G------T-AGTTGGG-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGCT-G--------------A------------TT------------A-------------------------ATTT-AAA-TA-TCCAACTGT----------------T-AAA-------------A----AAGACA-TTGGCAA-GAAAAA-GAT-----ATTTCCGAAAGA---------A-AGTAGGG--------CAA-CAGT--TA-C--TCAAAAAT--AGTCATG-ATTTT--TGC-TTTTA----------T-CCCAA-CTAA--AACAGAA-TTCTGATT-AAAAG----T-TCTTTTTG---AA-TT----TTAATTGATTT------AC-A-CTGAG----AATGAGCC-AT-TTCA--CTTTG-ATTAAGAtttacatatgttatggaa
gi|17 : tgtaTTCAATAACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGAATA-C------T-AATGGGA-TA--TTTTAATCAAATATCCAA---ACTG--TTACATGT---AACCAGTT-GATTATT--TCAAATA------------TCCT----------A--CT------GTTATTCATAAGGATATTT----------GAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAATAACA--AA-TAAA----AAGACA-TTTGCAA-GAGAAA-TAT-----GTTTTCAAAAGACTAAAAAAAA-AAGGGGGGGGGGGGTTAAACAGT--TAA---TTAGAAATTAAGACA--CAATTT--TAC-TTCaaatatatggtttacaatcactt
gi|18 : -AG-TCC-CTGA-AT-AAA-AGGGGTGTT-CAGACAATGGG-G--CC-T-TTGCA---TG--ATGCCA----CC-ATTGG----ATA----TTTGAATGGG-AT-----ATAGT-------ATTGCT---GTGTATCATAACTATCATTTGAACT------TTCCACACAG----CT---GGA--TAT--A--------TGAATGGG--CCA-GT----GCAGGTT-C----GATG-T--------TCA--ATGGAGGAAATTTT-T-------AATAA-G--ATAAGT--AACTCA-A
gi|19 : gaaatggtgtgtttttcaactagtgtttcacaaactcccttaattaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTT-AT-GTATTTT--AACTATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AAACATCC-A---ACTG---------------------------------AAA-A------------TC------------A--GT------T----------GAATA-TTCAAA-TA-TCCAACAGTG-CACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGA-ATGGGCA--------T---CAGT--TACT--CCGAATATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCCA----
gi|2 : cTTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATCT---AATGAATA-C------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAAT-------------TC------------A--GT------G----------GGATATGTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTT-AT-AAA-AAC---AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-G-GTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAA-AAGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACACAATTT--TAT-TTCCA----CTAA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGCTT-AAGAT-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TCGATTGATT-------AC-AACTGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTT-G-ATCACGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-------------------CATT-T---------------C-----AA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AGAAATAGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCAATCATAT--ATTA---CGT-CCTTAGAATATA-TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAATATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT-------T--------TCACTA--------C---GTACAT-CCAATTGGAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATT-TAAGAGTTTTGAG--TTATCTACTACA--G---CTTTTAATA--A--A--AA-AAA-ATA-TCCGCATC-A-GCAATGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTATATTGTG---TA--AAGCTAAGTATT-GTTGG----ATA----TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------GCA--TCATGTGGAATTTT-TTT----AAGTAG-G--ATAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---AATG---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATATC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----TTA---TCCCATGATAATGAATCTCGTCGATACAAACAAATTTCTCACCTTTCATATCCCGTCTTTGT
gi|20 : --TCA-AT----GC--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGGGGGATTAT-TTT----AAATAA-G--ATAAAT--AACTCG-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAATGT-C-CCCT-CTTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AAAG---A--G---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATTTC-G-T-TATTTAT--CCCTTAC-----ATA---C
gi|20 : aaaatccgccaAAGAT--CCA-GT----GG--GT---T-T-AATT-T--------TCAATTCAGGGCCATATTC-AGT----ATGTAA-GGGATAAAT--AACGAA-ATGG-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAAC---T-CTTT-CCGAGGGCCGA-AGGCCCGAAG-AGGG---GACA---TTTTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCGA-G-T-TATTTAT----CTTATTTAAAATAATCCCCCCTG---ATGAACCTCAAGGACGCAtgaatatggccctgaattgaaaattaaacccactggatcttgttgcaaatatac
gi|21 : aaaatccgccatcaaTTCAGTGACGTCATCCAT----TGTTTATTTGTTGTT-AT-GTATTTA--AGC-ATTC---ACCCATTA-C------T-AGTTAGA-CA--TTTC----AA-CATCC-A---ACTG--A------A---AATCAGTT-G----------AAAT-------------TC------------A------------------------------AAA-TA-TCCAACAGTGCCACA-AGACGTTCGT-GAAC-ACTGAAA-TA-A----AAGACA-TTTATAA-AAAGAATTGT-----TTTTCTAAAAGATT----GGGA-ATGGGCA--------T---CAGT--TA----CTCGAAATTAAGACACG-AA-TT--TGC-TTCgttgcaaatatac
gi|22 : cA-AT-----GTA-T-------GCTACT---GTGT--------------------T------TT--ACAATG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGCC--TCA-AT----GT--GTG-CT-T-GAGG-T--------TCA--TCA-GGGGAATTTC-TTT----AGGTAA-G--ATAAAC--AATTCG-CTGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-GAAAAACAT-CTCTCT-CGTTG----TT-CATCCCT
gi|23 : -CAA--G--C-------ATG--AAA-C-CCT-TCAAAT---AAATACAAT--AGC-AAT--CTTGATATG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AACATCA-------GAAATAGA-TTTTA---TG--AAAT----GTGCA-ATTTC-GTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-GTTTAGAA-ATA-TTGTCTG-CCTAGGTTTCC-----ACAA-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACtacttaacgttatgtttgactaggactctacattaattcactttacctgaattccacaatcatttca
gi|24 : taagacacaattttacttcT-CCTTAACGAAG-AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT-T-TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT------AC-T-CTGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------T
gi|25 : atgtctttgaaaggaagtcggggccattgtgaagatgttatatacatgtaccTTCGACGACCTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-C------T-CGTGGGA-TA--TCTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAGTG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGGTATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-aacggtttcactttttctctttgaagatatattccttcctgt
gi|26 : aacTTCGATGACGTCATTCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---CATGATTA-C------T-AGTTGGA-TA--TTGT----AAATATCT-A---ACTG--T------T---AACCAGTT-TGATATT--TCAAATA------------TCTAACTTTTATGTA--GT------G----------GGATGTTT----------CAACAGTG-CACG-A-GGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----Aa
gi|27 : acC-CA-T-GAGG-T--------TCA--TCAGGTGGAATTGT-T---------TAA-G--ATAAAC--AAATCG-ACGA----------------------TTCAG--------------CCT---TCGG---------CCCTCGG-AGAC---AATG---TTTTCTTT--TAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATCTAT--CCCTTAC-----ATA---
gi|28 : ACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GCATTTC--AACTATTC---AATGAACA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAACT-G--TATT----------------------C------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAGTG-CACA-G-AGGTTCAT-GAACAAC---AA-gaatattgaatatagggtctggctgaagttaa
gi|29 : -TGAG---CGG--CAAT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGa
gi|29 : TGCTA----CT-GTTGG----ATA----TATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgctactgttggatatatg
gi|3 : tgagcggcaattttgtaaaggcaccagtccatgtatgatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACGCCATTTAT----TGTC-ATATGTTGTA-----TATCTT--AACTATTC---AATCAATA-CCACACGT-ATTTGGA-TA--TTTC----AAATATTC-A---CCTG--T------T---AACCAGTT-GAATATT--TCAAATA------------CC------------A----------------------------------------AATAGCG-CACA-A-AGGTTTAT-GAACAATG--AA-T--ACAAAAAGACA-TTGGCAA-GAG--A-TGT-----ATTTCCAAAAGAAC----GAAATACGGC------------AACAGT--TA-C--TCAAAAATTAAGACACG--GTTTTGTGC-TTCCA----TTGA-AT-TTGAA-CTAA--AACGAAA-TTCGAATT-GAAAG-ATCT-CATTTTGA---AA-GT--------TTGATTT------AC-A-CTGAG----AATCGGTC-AT-TTCA--CTTTG-GTCAC
gi|3 : ttTGTT--AGG---TTCG-G--CTAT-T-GTA---CA--ATGAAA----CG-GCTGG----ACA----TATGAAAGGA-AT-----GTA-T-------GTGATT---GTGT--------------------T------TT--ACATAG----CT---GGA--TATACA--------CGAAAAGCAATGA-AT----GT--GTC-acgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaattaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|3 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgta-AAT--CTTGATTTG--GAAATT-CCTTCTC--C----TTC--AACATCA-------GAAATAGA-TCCTA---CG--ATAG----GTGCA-TTATC-CTTTTTA-TTAGAT--TTTA---TGT-CCTTTGAA-TTA-TTGTTTG-CTTGGATTTCC-----AT-A-ATA-ATCATCTGTGTTTG-ACCAAGTT------ATCATCAGATTCATTA--------CAATGTACAT-CCAATTTAAA-GTCAAAATT-CTTGGGGAGGAGGTCTTTCAGCTTC---TC----AAA-CCAAAAT-------ATCAT--TCAAAACACTGTCGATGGTATT-T--GATCTTTGGG--CT-----T---A--G---CTTCGTGTA--A--A--AT-GTT-ATC-TCA--ATC-A-GAAATACA-TGT--GTCAAGGTGCA-TGT---AAAGATGTAAAGAA--TTGTG-TAAG---TAG--CTGT----TTT----AC--AAGGACA-------CT-AG-TCC-ATTT-AT-GAC-AGGGGCGTT-TTGG---TTAG-G--CTAT-T-GTA---TA--ATGGTA----CT-CTTGG----ATA----TATGGATTGA-AT-----TTA-T-------GCTGTT---GTGT--------------------T------TT--ATAACC----TT---GGC--TAT--A--------TGAAAAGC--TCA-AT----GT--GTC-CT-T-GAAG-T--------TCA--TCAAAGGGAGTTTT-------------------TAAA-------------G-TGT------TGAATA--G---CTAAG-AGAAAACAT-attaatcttgatttggaaattccttctccttcaacatcagaaatagatcctacgataggtgcattatcctttttattagattttatgtcctttgaattattgtttgcttggatttccataataatcatctgtgtttgaccaagttatcatcagattcattacaatgtacatccaatttaaagtcaaaattcttggggaggaggtctttcagcttctcaaaccaaaatatcattcaaaacactgtcgatggtatttgatctttgggcttagcttcgtgtaaaatgttatctcaatcagaaatacatgtgtcaaggtgcatgtaaagatgtaaagaattgtgtaagtagctgttttacaaggacactagtccatttatgacaggggcgttttggttaggctattgtataatggtactcttggatatatggattgaatttatgctgttgtgttttataaccttggctatatgaaaagctcaatgtgtccttgaagttcatcaaagggagtttttaaagtgttgaatagctaagagaaaacattta
gi|30 : ttacgccatttattgtcatatgttgtatatcttaactattcaatcaataccacacgtatttggatatttcaaatattcacctgttaaccagttgaatatttcaaataccaaatagcgcacaaaggtttatgaacaatgaatacaaaaagacattggcaagagatgtatttccaaaagaacgaaatacggcaacagttactcaaaaattaagacacggttttgtgcttccattgaatttgaactaaaacgaaattcgaattgaaagatctcattttgaaagtttgatttacactgagaatcggtcatttcactttggtcacacgtagtggtttcacatttgtagacacattcattgcttttcgtgtatatccagctatgtaaaacacaatcacatacattcctttcatatgtccagccgtttcattgtacaatagccgaacctaacaatt------TT--ACAAAA----TT---GAAATTAA--A--------TGA---GT--TCAAGT----GT---TC-CTCT-GAGC-T--------TCA---CAGGGA----TTT-TTT----AA--AA-G--TTAAA------TCG--TGAGTGT------TGAATA--A---TTTAG-AGAAAACGT-C-CCCtta
gi|31 : AC-TTCCA----TTAA-GT-TTTAA-CTAA--ATT-----TTCA--TC-A---T-ATCT-C-TTTTTG---AA-TTTTGATTGATTGATTC------AC-A-ACGTG----AATGAGTC-AATTTTA--CTTCG-GTTACGAG-------------Tctcatctctcagaga
gi|32 : A-CGAA--AACGGAA-TT-AGATA-GAAAC-ATCT---TTTTTA---AA-TA----T-AATGGATTT------AC-A-TTGAG----AACGAACCACA-T-CA--CTTTG-ATCACGAG-------------Tagtgttttcatattt
gi|33 : G-AGAAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCTTCAG-AGAG---ATTT---TTTTTACC--AAATTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-TATTTAT--TCCTTaacggtttcacttt
gi|34 : -CCCT-CCTCGGGCCTC-CG-TCCTTGG-AGAG---AATGGTTTTTTCTCT--AAACTATTCAAACACCAATCTCTGTT-TATTTATGGCCTTTA
gi|36 : GT------TGGATA--T---TTTAG-AGCAAACAT-C-CTCT-CCTCGGGCTTT-CGGCCCTCAG-AGAG---AATG---TTTTCTCC--AAACTATTC-AACACC-ATtt
gi|37 : -TCTG-CATAAGTTTCC-----AT-A-ACA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAGTT------AT--------TCACTA--------C---GTACAT-CAAATTCTAA-G
gi|38 : G-TGAG---CGGG-CAAT----TTT----GTTGAAAGGCA-------CCCAG-TCC-ATGT-AT-GATGAGGGGTGTC-CGGG---T
gi|39 : cAAG----TT---GGG--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-TAGG-T--------
gi|4 : tgtatA-T--A----AAGAAA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----AT----AAAA----------------GGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGATA--CAATTT--TAT-TTCCA----CTGA-AT-TCTTA-CGAA--AGTGGAA-TGCGGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC------AC-A-CTGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--ATTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAA-C-CAT-TCAAAT---AAATGCATT-TAGT-AAT--CTTGATCTG--GAA-TT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATCA------AAAAATTGA-TTTTA---TG--AAAA----GTGCA-TTTTC-CTTGTCA-TCATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCCATTTAAT-A-AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTATGTACATGT---GTACAT-CCAATTCTAA-GTGAAAATT-TCAGA---------TTTTTT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGA--TGATCTAC---A--G---CTTTTAATA--A--A--AA-AAATATC-TCCGCATC-A-GCAAAGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--TGGTG-TGAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TA--AAGCTA----CT-GTTGGATATATA----TATGAATTGACAT-----TTT-T-------TCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT----GA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-------GT--GTC-CT-T-GA-G-T--------TCA--T-AATGGGAAT----------------------TAAAC--AACTCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT---CCCT-CCTCGGGCCTT-CGGCCCTCGG-AGAG---A--------TTCTCT--AAACTATTC-AACACC-ATCTC-G-T-CA-TTAT--GCCTTAC-----ATA---
gi|42 : T--G--C-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAgctgtcgcctttat
gi|5 : TTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GTATTTC--AACTATTC---AATGAATA-T------T-AGTGGGA-TA--TTTT----AAATATCC-A---ACTG--T------T---AACCAATG-GGATATT--TCAAATATCCAACTGTTATTC------------A--GT------G----------GGATATTTCAAA-TA-CCCAACAG----------AGGTTCAT-GAACAACA--AA-T--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATT-----------------------------------TAAACAGT--TAAT--CTAGAAATCAAGACTCG
gi|5 : aacTT-AAAAG-ATCT-CCTTTTTG---AA-TT----TTGATTGATTC------AC-A-ATGAG----A-TGAACC-CA-TTCA--CTTTGGATCAC-AG-------------TT-----TGTTTGAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--GATT-------ATGA-GAG-CGCAT-TCAAAT---AAATACATT-TCGCCAATTTCTTGATCTG--CAA-TTATTTTCTC--T----CTC--AGCATCT------AGAAATAGACTTTTA---TAGAAAAA----GTGCA-GTTTC-CCTGTCA-T-------------------------------TT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT-A-AAA-ATCATCCCTGTTTG-GTCAAATT------AT--------TCATTA--------C---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG------TTTTATT-TTTC---TT----ATT-C---AAT-------ATCTT--TCAAATCACTATCGATGACATC-T--GAGTTTTGGG--TTATCTAC---A--G---CTTTTAATATAA--A--AA-AAA-ATC-TCCTCATC-A-ACAATGTG-CGTCAGTCGAGGTACA-TGT--------------------------GAG---CAG--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAT-T-GCG---TA--AAGCTA----CT-GTTGG----ATA----TATGAATGAA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------T------TT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GAGG-T--------TCA--TGATGGGTAATTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACTCG-ATGatattatgttaaaagatctcctttttgaattttgattgattcacaatgagatgaacccattcactttggatcacagtttgtttgaacgtcaaagacacatgattatgagagcgcattcaaataaatacatttcgccaatttcttgatctgcaattattttctctctcagcatctagaaatagacttttatagaaaaagtgcagtttccctgtcattttctgcgtaggtttccataaaaatcatccctgtttggtcaaattattcattacgtacatccaattccaagtgaaaatttctgatgttttatttttcttattcaatatctttcaaatcactatcgatgacatctgagttttgggttatctacagcttttaatataaaaaaaaatctcctcatcaacaatgtgcgtcagtcgaggtacatgtgagcagctgttttgtaaaggcaccagtccatgtatgataggggtgttcgggttaggctattgcgtaaagctactgttggatatatgaatgaaatttatgctattgtgttttacaaagttggatatatgaaaggctcagtgtgtccttgaggttcatgatgggtaatttttttaagtaagataaacaactcgatg
gi|6 : aacttcgatgacgtcatccattgttatttgttgtagtgtatttcaactattcaatgaatattagtgggatattttaaatatccaactgttaaccaatgggatatttcaaatatccaactgttattcagtgggatatttcaaatacccaacagaggttcatgaacaacaaataaagacatttgcatgagtaatatatttaaacagttaatctagaaatcaagactcgatattatgTCTA----A--G---CTT--GATA--A--A--AA-GTT-ACC-TCA--ATC-A-GACATGCA-TGTGTGTCAGGGTACA-TGT---AAGAA--------A--TGGTG-TTAG---CAT--CTGT----TTT----AC--AAGAGCA-------CT-AG-TCA-ATGT-TT-GAT-AGGGGTGGT-TGGG---TTAG-G--CCAT-T-GTG---TA--ATGCCA----------GG----GT--------GGTCGGG--------TTA-G-------GCCATT---GTGTAATGCT--------------T------TT-------G----TA---GGA--TAT--A--------TGAAAAGC--TTA-ATTACTGT--GCC-CT-T-GAGG-A--------TCA--TCAGAGGGAATTTA-TTT----AAGTAA-G--ATAAAC--AACACC-ATGG-TGT------TGAAAA--G---TTTAG-AAAAAACAT-C-CCCT-CCTGAGGCCTT-CTGCCCTTGG-GGGGAGAAATG--------TCT--AAACAATTC-AACAC----CTT-G-T-TATTTAT--ACC
gi|7 : atcatttctgtcaccacggttacctcttgtttaagcatacccaaatttccgcccatcactgtatccatccctgaaaacaaacaaaaagatgctctgaatcacttatttcttttagattctaaatccaaaatatgcagaacactatgtctTCGATGACGTCATCCAT----TGTT-ATTTGTTGTA-GT-GT------------TTC---AA-------C------T-AGTGGGA-TA--TTT-----AAATATCC-A---ACTG--T------T---ATTCAGTT-GGGTATT--TCAAATA----------------------------------------------------------------CCCAACAGTG-CACA-A-AGGTTCAT-GAACAAC---AAAT--A----AAGACA-TTTGCAT-GAGTAA-TAT-----ATTTTCAAAAGACT----AAAA-AGGGGGG--------TAAACAGT--TAAT--TTAGAAATCAAGACACG--ATTT--TAT-TTCCG----CTGA-AT-TCCTA-CGAA--AGTGGAA-TGCAGGTT-AAGAT-ATCT-CATTTTTG---AA-TT----TCGATTGATTC------AC-A-CTGAG----AATGAGCC-CA-TTCA--CTTTG-ATCATGAG-------------TT-----TGTA-GAACGTCAA---AG-----ACA-CAT--G--T-------ATG--GAG-C-CAT-TCAAAT---AAATACATT-CAGC-AAT--CTTGATCTG--GAA-CT-TTTTCTC--T----CTC--AGCATC-------AGATATCGA-TTTTA---TG--AGAA----GTGCA-CTTCC-CTTGTTA-ACATAT--TTTA---CGT-CCTTAGAA-ATATTT-TCTG-CGTAGGTTTCC-----AT---AAA-ATCATCCGTGTTTG-ACCAAATT------AT--------TCACTA--------T---GTACAaataaatgtaagtcattttcaaaaatggtgtttgtgtacaatattttatgaatatggtacatttttcttt
gi|8 : TC-T--GAATTTTTGA--ATGATTTC---A----------CAATG--A--G--AATGAA-ATC--CGGCATC-ATGAAA-GCA-TGTCAGTCG-TTTACA-TATGTTATGGA--------A--TAGTGGTGAGAATCAA----GT----TTT----GT--AAAG-CG-------CC-AGGTCC-ATGT-A--GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTAC-T-GTG---TA--ATGCTA-----------------------TATGAATGAA-AT-----CAA-T-------GCAATT---GTGT--------------------T------T------------------------AT--A--------TGAAAGGC--TCA-AT----GT--GTC---------------------------AAGGGGA-TTTT-TAT----AAGTAAAG--CTAAAC--AA-TCG-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-C-----------CCTT-CGGCACT-GG-AGAG---AATGTT-TTTTCTCT--AAACT-TTC-AACAC----TTC-G-T-TATTTAT--CTCTTAC-----ATA---CCTC
gi|9 : ---GTACAT-CCAATTCCAA-GTGAAAATT-TCTGATG-----GTTTTTTT-TTTC---TTTCTTATT-C---AAT-------ATCTT--TCAATTCACTATCGATGGCATC-T--GACTTTTGGG--TTATCTAC---A--G---CTTTTAATA--ATAA--AA-AAA-ATC-TCCGCATC-A-GCAACGTG-TGTCAGTCGAGGTACA-TGT---AAGGA--------A--CGGTG-TTAG---CTT--CTGT----TTT----GT--AAAGGCA-------CC-AG-TCC-ATGT-AT-GAT-AGGGGTGTT-CGGG---TTAG-G--CTA--TTGTG---TA--AAGCTA----CT-GTTGG----ATA----TATGAATGGA-AT-----TTA-T-------GCTATT---GTGT--------------------TTTAAGCTT--ACAAAG----TT---GGA--TAT--A--------TGAAAGGC--TCA-GT----GT--GTC-CT-T-GGGG-T--------TCA--TCATGGGGATTTTT-TTT----AAGTAA-G--ATAAAT--TACTCA-ATGA-TGT------TGAATA--G---TTTAG-AGAAAACAT-C-ATCT-Cgcaactttttcacaaaatccctgtaatattcttcatacttcacttattattggtacaaaaaatgataaatttcatatgataaatattatctattgtataattattttgttcagcag
gi|9 : tactt-AACATC-ATCTC-A-T-TATTTAT--CCCTAAC-----ATA---attatttatccctaacataaatgtttg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): TTAAATAGCCAAATGTATGCATATTTCGATATCAAACAGTCATTGTGAGATATTTTTCATATCCAACCGAGGTCATACAGAAC
Unaligned ( gi|40 ): AAATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTC
Unaligned ( gi|41 ): AATGAACATAACTGTCCTAAGTGAAGAAATATCAATTTCA