lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 333333 33333333333333 11 8888888 2222 11 1 6666666666666666666 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 11 22 00000000000000000 1 1 1 55555555555555555555 11 22222 333333333333 22222 1 1 1 3333333333333333333333333333333333333333333333 1 333 1 5555555555555555 2 22 1 111 33 11 22 0000000000000000000000000000000000000000000 1 666 4 6666666666666666666666666 4 2 55 1 4 1 1 8888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 66666666666666 4 111 1 33333 1 11 2222 000000000000000000000000000000 1 1 4 33 11 222 1111 2222 111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 111 2 3
lowQualScore : 5 66 66 333333 0 11111111111111 5 5 33 6666666 5 77 5 7777 5 5 11 5 0 66 0 0000000000000000000 9 0 1 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 3 2 0 33 00 00000000000000000 0 3 0 8 0 8 8 6 99999999999999999999 33 6 99999 6 8 8 888888888888 2 00000 0 0 0 7 7777777777777777777777777777777777777777777777 66 3 5 3 000 3 0000000000000000 6 3 8 77 3 999 11 6 88 77 1111111111111111111111111111111111111111111 6 7 111 0 7777777777777777777777777 888 0 0 2 77 6 7 0 5 5 3333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999 8 6 22 66666666666666 8 0 1 777 3 22222 3 88 3 55 8888 444444444444444444444444444444 3 7 3 0 99 00 111 2222 5 5 66 6 0000 000 5 0000 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 5 66 5 5 5 333 3 66 0 5 66 5 111 8 0
lowQualScore : . .. .. ...... . .............. . . .. ....... . .. . .... . . .. . . .. . ................... . . . . ....................................................................................................................................................................... . . . . .. .. ................. . . . . . . . . .................... .. . ..... . . . ............ . ..... . . . . .............................................. .. . . . ... . ................ . . . .. . ... .. . .. .. ........................................... . . ... . ......................... ... . . . .. . . . . . ....... .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .... . . .. .............. . . . ... . ..... . .. . .. .... .............................. . . . . .. .. ... .... . . .. . .... ... . .... . ............................................................... .. . .. . . . ... . .. . . .. . ... . .
lowQualScore : 0 99 99 000000 1 66666666666666 7 7 66 9999999 7 99 7 4444 7 0 99 0 0 99 1 7777777777777777777 3 7 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 5 0 88 55 55555555555555555 0 2 0 0 8 0 2 0 44444444444444444444 77 7 33333 7 0 0 444444444444 8 00000 5 0 0 3 5555555555555555555555555555555555555555555555 88 2 0 7 000 3 7777777777777777 7 3 3 77 3 333 00 0 33 55 0000000000000000000000000000000000000000000 0 0 000 0 0000000000000000000000000 555 0 0 5 00 0 0 0 0 0 0000000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 0 7 55 77777777777777 3 0 0 777 3 77777 3 55 0 55 3333 333333333333333333333333333333 3 3 3 0 00 33 888 1111 9 7 99 0 9999 444 0 6666 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 0 99 0 0 0 444 2 99 0 0 11 7 777 2 2
consensus : CATGGCTGTGG-TGT--T--TTCCCT----TTGTTAAAAGTGTA-CA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGTGG-GCG---GA-A--CGCCCATTTGCAT-A--TTA-TTT-TT--A-AA-CTG--TGCTGTG--AA-TAAATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAA-TTTCAA-----------------------AAGG--TCT-N-GGTCA---AAAT-T---CATGAATTGCATA-----A-G----G--C-----G---C-CGTGGT-CAT-GTT-AGTA----TCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCCT--------------GGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GTTGATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAATTCACACA-A-TA-C-TATT--CCCGTG-GTCAT-G-TT--GA-TAT-C-CA--T-T----T--TCGTCTC-----CCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGT--A---TTTCG---TCGC-----GCTT---G---------------TGATAAAAAATAAAATCCCNAT-GGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCAAAT-GAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAANNNCACGGGTCACATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTNAA-GGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA------------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATTGATTGAATGGTTCTTACGAGAATT-NTCTTNG-AAA--CAACAACACG--T--GG-TC---C-GTCAA-TG-AAGAATNGTAAAA-TTTGTA-TACAAGGA-TG-AAT--CTTTTAAAGTTTCTTT-NT-----TA---ATTACA-AAT--CAANA--AA-A-AAA----CGGA----ATAAG-ATTT-----TT----AA-GAACA-T--GGA-CAG-G----CGC-CTACT---TG----T---AAAAACACACG-GGCC---TCGT--------------AA---ATAAT----------------GCTG---TAGGGTGANCACG-T--TG--C-A-NT-TGCT-------ACTTCGCA-AC---AAATAT-NAG-ATTCTCC--NN---CCACGG-CCCGGCCATTCAAT---C-A---TCCGATTGGGCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGT--ATTC---AT-ACATTGAGACCAA-ACTGCCAA-T-CGA-TGAGCTCGCACG--CCTCACT-GAAGNTANANCGTCAT----GCTTTT-TT-GA----ATGNTTCTGT-----TCA--CGATA-AAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAATAGTTATT----GNATA-TTTATTTCGG--TGTATCTT-TGA-T-TTA-TT----TG-GA----CGAAGGGCGGNGA----C----G--T-----GC-------GC-T-CG-G----------TCA--CCGCCCT-TCG--T-C-CAAA-TA--AAATC--AA-GA-TACA--CCGAAATAAA-TA---TACAA-TAACT-ATTA
Reference ( gi|2 ) : CATGGCTGTGG-TGT--T--TTCCTC----TTGTTAAAAGT-TA-CA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGTGGCGTGTTTGA-A--CGCCCATTTGCAT-A--T-A-TTT-TT--A-AA-CTG--TGCTGTG-AAATTAAATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAA-TT-CAA-----------------------AAGG--TCC-G-AATCAG--AAAA-T---AATGAACTGCATA-----A-G----G--C-----G---C-CATGGT-CATCGTT-AGTT----TCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCCT--------------G-ACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAATT--T-CA-ATTA-C-TATT--CCCGTG-TTCAT-G-T---GA-TAT-C-CA--T-T----T--TCGTTCC-----CCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGT--A---TGTCA---TCA------ACTT---G---------------TGATAAAAAATAAAATACCCAT-G-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTAT-CGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAGAATTTCTCT-CG-AAA--CAACAATATG--T--GG-TC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-TA-AAT--CTTTTAAAGCTTC----AT-----TA---ATTACA-AAT--TAAAA--AA-A-AAA----CGGA----ATAAG-ATTT-----T-----AA-GAGCA-T--GG--CAG-G----CACTTTACA---TG----T---AAAAACACATG-G--C---TCGT--------------AA---ATAAT----------------GTTG---TAAGGTGACCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCACG-ACCCAAAATAT-AAATATTCT----GG---CCACAG-CCCGGCCATTCAATC--CAA---TCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGT--AT-----AT-ACATTGTGACCAAGACTACCAA-T-CGA-TGAGCTCGCACT--CTTCACT-GAAGTTAAAACATCAT----GCTTTTGTTGGAT---ATAATTCTGTGTTCGTCA--TGATA-AAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGG--TATATCTT-TGA-T-TTA-TT----TG-GA----TTAAGG-----------C----A--T-----GC-------AC-T-CG-G----------TCA--CCGCCCT-TCG--T-C-CAAA-TA--AAATC--AA-GA-TACA--CCGAAATAAA-TA---TACAAGTAACTAATTA
gi|5 : CATGGCTGTGG-TGT--T--TTCCCT----TTGTTAAAAGCGTA-CA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGTGG-GCG---GA-A--CGCCCATTTGCAT-A--TTA-TTT-TT--A-AA-CTG--TG-------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAA-TTTCAA-----------------------AAGG--GCT-C-GGTCA---AAAT-T---CATGAATTACATA-------G----G--C---------C-TGTGGT-CAT-GTT-AGTA----TCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCCT--------------GGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--G-TGATCAC-CAT-GAAAT-AA-------------AAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAATTCAC-CA-ACTA-T-T-TC--CCCGTG-TTCAT-G-TTGAGA-TAT-C-CA--TGT----TA-TCGTCTC-----CCAATTTAATTA-AAC-AAAATA-ATTCGTCAA---TTTCA---TCGCAC---GCTTACAA---------------TGATAAAAAAT
gi|22 : CATGGCTGTGG-TGT--T--TTCCCT----TTGTTAAAAc
gi|4 : ttTGGCTGTGG-TGT--T--TTCC----------------------------------C-TGGAGATA--CACCAGTGG-GCG---GA-A--CGCCCATTTGCAT-A--TTA-TTT-TT--A-AA-CTG--TGCTGTG-TAAATAAATCA--T-T-GAATACCACTTGACAA-TTTCAA-----------------------AAGG--TCT-C-GGTCA---AAAT-T---CATGAATTGCATA------------------------------GGT-CAT-GTT-AGTA----TCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCCT--------------GGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT------------GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAATT--CACG-A--A-C-TGTTTCCCCGTG-GTCAT-GTT---GA-TAT-C-CACGT-T----A--TCGTCTC-----CCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGT--AATTTGTCAATTTCATCGCATGCTT---G---------------TGAT--AAAATAAAATCCCTATGG-TCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTA-GGTGCCTTTAT--AAAC-GATCC--GACA-TCCACTCTCACCGA--CA
gi|6 : tatTGGCTGTGG-TGTCTT--TTCCT-----TCGTTAAA-GTGTA-TA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGTGG-GCG---GA-A---GCCCATTTGAAT-AATT-AATTT-TT--A-AA-CTG--TGC-GTG-TAAATAAATCA--TCT-GAATACCGCGTGACAT-TT-CAA-----------------------AAGG--TCT-GCGGTCA---AAAT-T---CATGAATTGCATA-----A------G--C---------C-CGTGGTCCATTGTT-AGTA----T-CAC-----GTT-----AT----CG----T-TCCTG-------------G-ATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--G-TGATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAATT--CACA-A--AGC-TATTC-CCCGTG-GTCAT-GTT---GA-T
gi|11 : TGGCTGTGG-TGT--T--TTCCCT----TTGTTAAAAGTGTA-CA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGTGG-GCG---GA-A--CTCCCATTTGCAT-AT-T-A-TTT-TTA-A-AA-CTG--TGCTGTG----T---------------AAACCGCGTGACAATTT-CAA-----------------------AAGG--TCT-A-GGTCA---AAAT-T---CAGGGATTGCATACTATTA-GACCCG--C-----G---G-TGTGGT-CATGTTT-AGTTAGTATCCAA-----GTT-----AT----C
gi|1 : GGCTGTGGCTGT--T--TTCTTCCCCTTTGTTAAAAGTGTA-CA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGTGG---GTCGGA-A--CTCCCATTTGCAT-A--TTA-TTT-TT--A-AAACTG--TGCTGTG----------------T--AAAACCGCGTGACAA-TTTCAA-----------------------AAGG--TCTAG-GGTCA---AAAT-T---CAGGGATTGCATACTATTA-G----A--CCCGCGG---T-TGTGGT-CACTGTTTAGTTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGG-ACC-AGTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCATG--AAT-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAAT--T-CACAAAA-C-TATT--TCCCCG-GTCAT-G-TT--GA-TATTC-CA--T-TGTTAT--CCGTCTG-----CCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGT--A---ATTCG---TCA------ATTT---GCATCGGCACGCGTTGTGATAAAA--TAAAATCCCCAG-GGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGAA-GGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA------------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATTGATTGAATGGTTCTTACGAGAATT-CTCTTCG-AAAAACAACAATACG--T--GGGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAAAGTTCCTTTAAT-----TATTTATTACA-A----TAATA--AA-A-AAA----CG-A----ATAAG-ATTT-----TT----AA-GA-CA-T--GG--CAGTG----CG---TACT---TG----T---AAAA-CACATGGG--CCTTTCGT---------------A---GTAAA----------------TTTGACTCAAA---AACATG-T--TG--T-A-G---GGT-------G------A-ACCCAACGTG------ATTCCTC--GT---CCACGG-CCCG---------------------CGATTGT-CA-TGCTATCGGT-GAAATCGTCGGTTTCAT------T-ATATTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTACG--CCTCACTTGAAAGTAAACGACCAT----GCTTTTGTTAGA----ATGTTTCTGT------CA--TGATA-AA-GCAA-GTTTCTATTGGCTT--GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGG--TGTAGTCT-TGATT-TTA-TT----TG-GAAGCGATAGGGCGGAGAATTT-C----G--T-----GCTCCGCA-AC-T-C--G----------TCA--CCGCCCT-TCG--T-T-CAAA-T----AATC--CC-GA-TACA--CCGAAATAAA-TA---TACAATAAACT-ATTA
gi|9 : tgGGCTGTGG-TGT--T--TTCCGCT---TTGTCAAAAGT-TGTCAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGTGG-GCG---AAGA--CGCTCATTT--ATCA--T-A-TTT-TTAAA-AA-CTAGCTGTTGTA-AA--TAAATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TT-CAA-----------------------AA-G--TC------TCAGTAAAAA-TTCCATTGAA-TGTATC-----ATG----GTTC-----GTGTC-CATGAT-T----TT-AGTA----TCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCT
gi|15 : aTGTGG-TGT--TATTTCCT-----TTGTCAAAAAG-TA-AA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGGGTGG--GA-ATACGTCCATTTGCAT-AC-T-A-TTTATT--ATAATCTG--TGCT
gi|13 : TT-TT--A-AT-CTG--TGCTGTGTAAATAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTT-CAAATAACTCTAAAACCGATCGCGTCAAGGATTCC-A-AATCAA--AAAATT---CACAAACC---T------A-G----A--C-----A---CTCGTGGT-CAT-GTT-GATA----TCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCCt
gi|6 : CA-TTTCAA------AAGGTCTGCGGTCAAAATTCAT-GA-ATTG-CATAAG--CCCGTGGTCCATTG-T---TAGTAT-CACG--T-T----A--TCGTTCCTGGATCAAGTTTAAATT-CAC-AAAATcagct
gi|13 : tggctgtggtgtcttttccttcgttaaagtgtataataaactggagataaacaccagtgggcggaagcccatttgaataattaatttttaaactgtgcgtgtaaataaatcatctgaataccgcgtga--CTCGTG-GTCAT-G-TT--GA-TAT-C-CA--T-T----TCATCACTTC-----CCAGCTtgcaattttgtcaatttcatcatattcgaatcctcgtgatcacatgaaataaaaaatgtgcatttaaatatggcaaggtcctctgtcaaaattcacaaagctattccccgtggtcatgttgat
gi|18 : ttttaatctgtgctgtgtaaataagattattgaacaccacgagacaagttcaaataactctaaaaccgatcgcgtcaaggattccaaatcaaaaaattcacaaacctagaca---------------TGAGATAAAATAAAATCCCAAT-GGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAAT-GAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG--
gi|21 : AACCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA
gi|8 : ACGAGAATT-ATTT-GGTAAA--CAACAACACG--T--GG-TCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-TG-AATGGCTTTT-----TTT----ATGACAATA---ATTTAA-GAT--CAAAG--AA-A-AA-----TGGA----ATAAG-ACTTTTTTGT-----AATGTTCACT--GGA-CA--G----CGCGTAAT----TG----T---AAA---ACACG-GACT---TCGTCATAATTTTACTCAAA---AT-AT----------------GCGG---TAGGGTGACCACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-CGTAC----AAT-T-AA--ATTCT----CG----TAAA----CGGCCATTGAATG--CTA----CCGGT--GGCA-T--TGTCGG--
gi|7 : tcgcattgaatggttgttt-AAA--CAACAACATGAATCAGG-TC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATTA-AAT--CTTTGAATATTTCTTTTTT-----TA---AACACAGAAG--TAAAATCAA-ACAAATTACTGGAGTATATAAGAATTG-----T-----AA-AAACC-TGAGG--AAA-G----CGTCCTATATCTTGTTCCT---AGTAACACAGG-G--C---T--T--------------AAG--AGAATTCTACTCAAAAACATAGCTG---TAGGG-GA-TACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACA-ATAACAAATATGGAGTAATCTCCAACT---CCACGGACCCGA--GTTCACTT--CCATATTCCGATT-GGTA-TCCTATCGT--GACAACGTatactg
gi|10 : ggttatcacagaggaatacgtgcggtaa-AAA--CAACAACATG--T--GG-TC---T-GTCAA-TC-AAGACT-G
gi|3 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcattgaatggctgtttacaagaaattctgtcataaactgtgatA-TG-AAT--CTTTTAAAG-TTC----TT-----TA---ATTATC-TATAACAATA--AATA-AAA----CGGA----ATAAG-ATCT-----TTATTAAA-GGACA-T--CGAACAG-AGTGACA---TACT---TG----TTAAAAAAACACATG-GGCC---TTGT--------------AATAAATCAT----------------ATTG---T---TTGAGCACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT----------TAT-CAA-ATTCTC---GGTTCCCAC-G-CCCGGCCATTCA-----------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGT--ATTCATTAT-A-ATTGAGACCAA-ACTGCCAA-TTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTCCT-GAAGT-ACAACGTCATCCATGCTCCT-TTCGATTGAATAATTCTGTTCTC-TTAGGTGGGATAAAGCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATAC-AAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGG--TGTATCTT-TGA-T-TTATTT----TGCGA----CGAAGGGCGGAGACT--C----G--TTCTCCGC-------AC-T-C--G----------TCA--CCGCCCT-TCG--T-C-CAAA-TA--ACATCAGAA-GA-TACAACCCCAAAT-AT-TA---TACAA-TAACT-ATTAggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|16 : CCATTCAATCATGAA---TGCGATTGGACAGTGCTACCGG--ctt
gi|19 : cgcagtatcagatacattaGCTATCGGT-GACATCGTCGGGT--ATTC---ATTACATTGTGACCAA-ACTACCAA-T-CGA-TGAGCTCGCACG--C-TCACT-GAAGttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|20 : ATCAT----GCTTTT-----------TGCTTCT------GTCA--CGATA-CAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|3 : tAAGTAATAGTTATT----GTATA-AT-ATTTGGGGTTGTATCTTCTGA-TGTTA-TT----TG-GA----CGAAGGGCGGTGA----C----GAGT-----GCGGAGA--AC----GAG----------TCT--CCGCCCT-TCG--T-CGCAAA-AT--AAATC--AAAGA-TACA--CCGAAATAAATTATTTTGCAAATAACTACTTag
gi|17 : atgaatcttttaaagttctttaattatctataacaataaataaaacggaataagatctttattaaaggacatcgaacagagtgacatacttgttaaaaaaacacatgggccttgtaataaatcatattgtttgagcacgcttgaccaccgtgccattttgttatcaaattctcggttcccacgcccggccattcattcgattggtcatcctatcggttgacatcgttgggtattcattataattgagaccaaactgccaattcgaatgagctcgcaccgcctttcctgaagtacaacgtcatccatgctcctttcgattgaataattctgttctcttaggtgggataaagcaaagtttctattggccttgatacAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGG--TGCGC-----GA----------------GA----CTCGTG-----------C-------T-----GC-------GCAC-CG-G----------TCA--CCGCCCT-TCG--CAT-CAAA-T---AAATC--AAGGA-TACA--
gi|14 : -AGTTATG----GTATA-TTTATTTTGA--TGTATC-T-TGA-T-TTA-TT----TG-GA----CGAAG
gi|1 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcgacaaagggcttcgcactcgtcaccattTTATT----GTATA-TTTATTTCGG--TGTATCG---GG-A-TTA-TT----TG-AA----CGAAGGG----------CGGTGA--C-----GA-------GT-TGCG-GAGCACGAAATTCT--CCGCCCTATCGCTT-C-CAAA-TA--AAATC--AA-GACTACA--CCGAAATAAA-attacataa
gi|12 : tgggctgtggctgttttcttcccctttgttaaaagtgtacaagtaactggagatacaccagtgggtcggaactcccatttgcatattatttttaaaactgtgctgtgtaaaaccgcgtgacaatttcaaaaggtctagggtcaaaattcagggattgcatactattagacccgcggttgtggtcactgtttagttagtatccaaagggggtttttaaatttcccgtccccccccctccccccttggaccagtttaattcacaaaatgtgcgattcgtcaattttcaatcataaatcaaatcctcgtgatcattcatgaataaaaattgcaatttaaatatgcaatgtcccagtcaaaaattcacaaaactatttccccggtcatgttgatattccattgttatccgtctgccagttttaataacactaaaatatatacgtaattcgtcaatttgcatcggcacgcgttgtgataaaataaaatccccagggtcaatcatatagtttaggtgcccaaattaaaactgatcccagacatccactctcacggaagcatttgggcgggtagtgcgagataaacattgattgacgggaagtggtatgatacccgagtgatcaaagttgaccaaaaaccttgaattttcaattgggagaggtataacgcaagaaccacacgggtcatatgacagttattgcaatttctaattggtgaaggtggaaagcaagtttttaaataatcagcaagaactggtcacatgacaggtattcgtaaggattatgtaagtgttgtggggattttcaatgcaattggtttaccttgttaactcatcggattgattgaatggttcttacgagaattctcttcgaaaaacaacaatacgtgggtccgtcaagtgaagaattgtaaaagcttatatacaaggatagaatcttttaaagttcctttaattatttattacaataataaaaaaacgaataagatttttaagacatggcagtgcgtacttgtaaaacacatgggcctttcgtagtaaatttgactcaaaaacatgttgtagggtgaacccaacgtgattcctcgtccacggcccgcgattgtcatgctatcggtgaaatcgtcggtttcattatatttagaccaaactgccaaatcggtgctgtcgtacgcctcacttgaaagtaaacgaccatgcttttgttagaatgtttctgtcatgataaagcaagtttctattggcttgataacaagtaagtttattgaacTATT----GAATA-TTTATTTCGG--TGTAT-TT-TGA-T-TTA-TT----TG-GA----TGAAAAGCAGATTGACAC----A--T-----GCGCTTTATAC-T-CA------------TCA--CCATCCT-TCG--T-C-CAAATTAATAAATC--AA-AC-TACA--CCactatta
gi|12 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgGG--TGTAG-TT-TGA-T-TTA-TTAATTTG-GA----CGAAGGATGGTGATGAGT----A--TAAA--GC-------GC-A-TGTG----------TCAATCTGCTTT-TCA--T-C-CAAA-TA--AA-TC--AA-AA-TACA--CCGAAATAAA-TA---TTCAAttaatctattactta
gi|14 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgta-----GC-------AC-T-CG------------TCA--CCATTCT-TCG--T-C-CAAA-TA--AA-TC--AA-GA-TACA--TCAAAATAAA-TA---TACCA-TAACT-ATTAttaatctattactta
gi|17 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcgacaaagggcttcCA--CCGAAATAAA-TA---TACAA-TAACT-ATTAcataa
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 777777777777777777777 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 3 111 555555 33 11 1 33333333333 1 1 888888888888888888888888888888888888 1 111 11 1 22222 3333333 1 1 22 1 11 1 11 77777777 1 1 2 55555 11 1 1 11 22 4444 2 11 2 1 22 2 000000000000 222 22 333333333333333333 11111 11111 11111111 11 2222222222222222 111 2222222 11 1111 11 333333333333333333333333333333333 111 222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 222 1 1 1 1 1 1 11 1 1 2222 11 5555555555 555555555555555555 1 1 1 33 1 1111 9999999999999999999999999999999999999999999 11 111 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 6 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 555555555555555555555 5 666666 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 0 444 8 0 8 88 8 8 8 8 0 888888 00 0 11 0 44444444444 1 0 0 3 666666666666666666666666666666666666 0 777 11 1 2 0 55555 2222222 0 0 00 0 33 0 33 99 22222222 4 5 3 2 5 0 00000 4 88 5 5 77 4 77 2222 2 333 0 6 3 1 77 4 0 2 2 5 77 4 0 222222222222 2 333 55 8 1 777777777777777777 66666 88888 8 8 8 33333333 8 8 11 0 1 0000000000000000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 555555555555555555555555555555555 444 222222222 0 9 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 0 1 5 111 0 4 0 0 0 0 0 2 33 3 0 4 1 1 0 1111 33 2222222222 1 333333333333333333 3 3 0 3 2 0 0 44 0 7777 1 88 0 88 8 8 6 99 6 9999999999999999999999999999999999999999999 6 66 6 6 666 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... ..................... . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . ... . . . .. . . . . . ...... .. . .. . ........... . . . . .................................... . ... .. . . . ..... ....... . . .. . .. . .. .. ........ . . . . . . ..... . .. . . .. . .. .... . ... . . . . .. . . . . . .. . . ............ . ... .. . . .................. ..... ..... . . . ........ . . .. . . ................ ... ....... .. . . . .... .. ................................. ... ......... . . . ................................................................................................................................................................................ . . . . ... . . . . . . . . .. . . . . . . .... .. .......... . .................. . . . . . . . .. . .... . .. . .. . . . .. . ........................................... . .. . . ... .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 2 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 888888888888888888888 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 2 444 0 8 0 88 0 0 0 0 8 444444 00 8 00 0 55555555555 0 0 0 2 222222222222222222222222222222222222 0 555 22 0 5 0 00000 5555555 0 0 55 0 88 0 88 22 55555555 0 5 0 5 5 0 00000 0 00 5 5 55 0 55 5555 5 000 7 7 7 0 33 0 0 5 5 5 55 0 0 555555555555 0 333 88 0 0 555555555555555555 00000 44444 0 0 8 22222222 0 0 00 8 0 2222222222222222 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 444444444444444444444444444444444 000 888888888 8 6 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 1 4 0 000 0 0 0 0 0 0 0 5 88 2 0 0 0 0 7 2222 88 5555555555 0 222222222222222222 2 2 0 2 5 0 8 55 0 0000 0 88 8 88 0 0 7 22 7 5555555555555555555555555555555555555555555 7 00 7 7 555 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGATTC-GTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAATAAAAA-T-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGT--A---------TTTCATCG-------------C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTA-GGTGCCC-AAAT-AAAAC-GATCC--GACA-TCCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGC-ATTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAGAA-TTCT--------CTTNG--A--AACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TGAAGAA-TGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAAAGTTCC-TTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTC--C--GTCCACGG-CCCGG--CCA-TTCAAT-----ATNCGATTGGNCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCA-TTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CAC-TGAAG-TAAAACGTCAT----GCT--TTTG--TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AG-TTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-G--AG--A----C----G-T-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----AG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGATTC-GTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GTTGATCAC-CAT-GAAATAAAAA-T-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACACAA-TACTATT--CCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGT--A---------TTTCGTCG-------------C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCNATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTA-GGTGCCC-AAAT-GAAAC-GATCC--GACA-TCCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGT-GGTAT-----GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAANNNCACGGGTCACATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTNA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTC--GTAAGGATTATG-TAA------------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAGAA-TTNT--------CTTNG--A--AACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TGAAGAA-TNGTAAAA-TTTGTA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAAAGTTTC-TTT-NT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACACGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGCTGTAGGGTGANCACG-T--TG--C-A-NT-TGCT-------ACTTCGC---A-AC---AAATAT-NAG-ATTCTC--C--NNCCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATCCGATTGGGCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCA-T-ACA-TTGAGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CAC-TGAAGNTANANCGTCAT----GCT--TTT---TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAATAG-TTATT----GNATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-G--NG--A----C----G-T-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCATACTATTAG----ACCCGCGGT-TGTGGTC-ACTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACCA-GTTTAA-TTCACAAAATGTGCGATTC-GTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-TAAAAA-T-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATTCACA-AA--ACTATT--TCCCCGGTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGT--A---------ATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTA-GGTGCCC-AAATTAAAACTGATCCCAGACA-TCCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGT-GGTAT-----GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTC--GTAAGGATTATG-TAA------------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAGAA-TTCT--------CTTCGAAA--AACAACAATACG--TG-GGTC---C-GTCAAGTGAAGAA-TTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAAAGTTCC-TTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC--GA----ATAAGA-TTTTTA----AG-A----CA-T-G-G-CAGTGCG-----TA---CTTG----T----AAAACACATGGGC--------------CTTTCGTAGT--------------AA---ATTTGACTCAAAAACATGTTGTAGGGTGAAC-C---------------------------------C---A-AC-------GT-GA---TTCCT--C--GTCCACGG-CCCG---------------------CGATT-GTCA-TGCTATCGGT-GAAATCGTC-GGT-TTCATT-ATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAGTAAACGACCAT----GCT--TTTG--TTAGA--ATGTTTCTG------TCAT--------GAT-AAAGCAA-GTTTCTATTGG-CTT-GATAACAAGTA--AGTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTA-TTTG-GAAGCGATAGGGCG-G--AG--AATTTC----G-T-----GCTCCGCAA-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-TCAAA-T----AATC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCA-------ATGCGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAATTCTGTCATAAACTGTG--ATAAACAACAACATG--T--GGTC---T-GTCAA-TCAAGAC-TGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCATACTATTAGACCCGC-----GG-TGTGGTC-ATGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGA-TTTA-TTTG-GA--TGA-AAAGCA-GATTGACA----C----A-T-----GC------GCTTTATAC-TC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCTA-AAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CACAAACCTAG----AC-----ACTCGTGGTC-AT------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : -GA--CAA-AGGGC--------------T----T-C-----GC------A-------C-TCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATCATGAATGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAAGA-TTCT--------CTCAT--A--AACAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAG-TTATT----GTATA-TT----------------------TA-TTT------CG---GTGCGCG--AG--A----CTCGTGCT-----GC------G-------CACCGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTA-GGTGTCC-AAAT-GAAAC-AACCT--AACA-TCCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCA-TTACA-TTGTGACCAA-ACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CAC-TGAAG
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAA-TTCAAA-AGGTCCG-A----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCATA-----AG----GC-----GC-CATGGTC-ATC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------T-GACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGATTC-GTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAATAAAAA-T-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTT---CAATTACTATT--CCCGTGTTCATG-T--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGT--A---------TGTCATCA----------------AC-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCAT-GTCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATT-AAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGG--GGGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACA-TGCTTGAAGGG-AGTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACC-AAAACCTTGAATTTTC-ATT--GAGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGC-ATTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN-NNNATGAGAA-TTTC--------TCTCG--A--AACAACAATATG--T--GGTC---C-GTCAA-TGAAGAA-T-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAAAG---C-TTC-AT-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T-G-G-CAG-GCA-CTT-TA---CATG----T---AAAAACACATGG----------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAAGGTGACCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-ACCCAAAATAT-AAATATTCT------GGCCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCA--ATCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-T-ACA-TTGTGACCAAGACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CAC-TGAAGTTAAAACATCAT----GCT--TTTG--TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AG-TTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--TTA-AGG----------------C----A-T-----GC------A-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : TCAT----GCT--TTT---T--------GCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGC-ATTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAAAGTTCT-TTA-AT-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-TCG-AACAGAGTG-A-CATA---CTTG----TTAAAAAAACACATGGGC--------------CTT-----GT--------------AATAAAT---C---------ATATTGT---TTGAGCACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT-------------TAT-CAA-ATTCTCGGT--TCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA--------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCA-TTATAATTGAGACCAA-ACTGCC-AATTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-C-TGAAG-TACAACGTCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTA---G-TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTTTGCGA--CGA-AGGGCG-G--AG--ACT--C----G-TTCTCCGC------A-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA------------------------GGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGATTT-GTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT------------GAAATAAAAA-T-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACG--A--ACTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGT--AATTTGTCAATTTCATCG-------------CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTA-GGTGCCT-TTAT--AAAC-GATCC--GACA-TCCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACATA------G----GC------C-TGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGATTC-GTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAATAAAAA-T-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCAC-CA---ACTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAATA-ATTCGTCAA---------TTTCATCGCA-----------C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGACA-TTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----AG-----C------C-CGTGGTCCATT-----G---TTAGTATC-AC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC--AT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TTCACA-AA--GCTATTC-CCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : TAA--A--AACAACAACATGAATCAGGTC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTT-TT-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-T-GAGGAAA-GCGTC-C-TATATCTTGTTCCT---AGTAACACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACTC-----AA--------------AA---AC---A---------TAGCTGTAGGG-GAT-ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-AC---AAATATGGAGTAATCTC--CAACTCCACGGACCCGAGTTCACTTCCATA----TTCCGATT-GGTA-TCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggATTGAATGGTTGTTTACGAGAA-TTAT---------TTGGT-A--AACAACAACACG--T--GGTCATGCAGTTTA-TGACGCA-TAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTT-ATGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT-G-GACA--GCG-C-G-TA---ATTG----T---AAA---ACACGGAC--------------TTC-----GTCATAATTTTACTCAAA---AT-------------ATGCGGTAGGGTGACCACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTAC---A---AT-TAA-ATTCT---C--GTAAACGG-CC-------------------------ATTGA--A-TGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCTC-A----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATC-----AT----GG-----TT-CGTGTCC-AT------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 888888888888888888888 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 11 333333 111 1 33333333333 1 1 888888888888 1 444444 1 111 11 1 22222 3333333 1 2 1 11 1 11 11 33333333 1 1 22222 1 11 1 1 11 11 2222 1 11 1 1 11 1 00000000000 222 444444444444444 11111 1 1 11 1111111 22222 111 2222222 11 1111 11 333333333333333333333333333333333 111 22222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222 5555555555555555555555 1 1 1 111 1 1 11 11 1 1 2222 111 222222222 66666666666666666 1 1 1 1 111 1111 111 111111 99999999999999999999999999999999999999999 11 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 0 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 5 333333333333333333333 5 666666 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 8 0 99 8 0 8 88 8 8 8 8 0 999999 0 0 0 111 0 44444444444 1 0 0 3 444444444444 0 777777 0 777 11 0 2 0 55555 2222222 0 4 0 3 0 33 0 33 77 55555555 1 5 1 1 5 66666 5 1 88 5 5 77 1 88 4444 1 333 6 3 44 1 5 1 1 5 77 1 5 33333333333 1 333 2 8 8 111111111111111 99 99999 8 88888 8 8 8 0 3 0 0 8 8 11 0 1111111 8 00000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 555555555555555555555555555555555 444 22222222 66 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444 8 8888888888888888888888 77 1 5 1 3 0 1 0 111 0 0 2 33 3 33 0 7 0 1111 777 777777777 1 22222222222222222 5 0 3 2 0 0 999 7777 88 999 111 6 111111 11111111111111111111111111111111111111111 66 6 6 99 66 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... . ..................... . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . . .. . . . .. . . . . . ...... . . . ... . ........... . . . . ............ . ...... . ... .. . . . ..... ....... . . . . . .. . .. .. ........ . . . . . ..... . . .. . . .. . .. .... . ... . . .. . . . . . .. . . ........... . ... . . . ............... .. ..... . ..... . . . . . . . . . .. . ....... . ..... ... ....... .. . . . .... .. ................................. ... ........ .. . . ......................................................................................................................... ........ . ...................... .. . . . . . . . ... . . . .. . .. . . . .... ... ......... . ................. . . . . . . ... .... .. ... ... . ...... ......................................... .. . . .. .. .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 1 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 0 111111111111111111111 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 0 8 44 0 8 0 88 0 0 0 0 8 000000 8 8 8 888 0 55555555555 0 0 0 2 888888888888 0 555555 0 555 22 2 5 0 00000 5555555 0 0 0 2 0 88 0 88 55 55555555 0 5 0 0 5 55555 5 0 00 5 5 55 0 55 0000 0 000 7 3 33 0 0 0 0 5 55 0 5 00000000000 0 333 2 0 0 000000000000000 22 33333 0 44444 0 0 2 0 2 8 0 0 0 00 8 4444444 0 00000 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 444444444444444444444444444444444 000 00000000 44 8 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222 0 0000000000000000000000 33 4 0 0 2 0 0 0 000 0 0 5 88 2 88 0 3 0 2222 555 222222222 0 22222222222222222 5 0 2 5 0 8 555 0000 88 666 888 7 333333 22222222222222222222222222222222222222222 00 7 7 22 33 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGT--AATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAA--CAACAACACG--T--GG-TC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTA-T-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CT--CGT--------------AA---ATAATGTTG---TAGGGTGANCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-A--C---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAAT-----A-TNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCCAA-T-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGATTT-A-TTTG-GA--CGA-AGGGCGGA--G--A-T--CGT-----GC------G-------C---TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGT--A---------TTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCAAAT-AAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAA--CAACAACACG--T--GG-TC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTA-T-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CT--CGT--------------AA---ATAATGTTG---TAGGGTGANCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-A--C---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAAT-----A-TNCGATTGGNCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCCAA-T-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGATTT-A-TTTG-GA--CGA-AGGGCGGA--G--A----CGT-----GC------G-------C---TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAG----ACCCGCGGT-TGTGGTC-ACTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACCA-GTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-T-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATTCACA-AA--ACTATTTCCCCG--GTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGT--AATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAG-AA-TTCT--------CTTCG--AAAAACAACAATACG--T--GGGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC-G-A----ATAAGA-TTTTTA----AGA-----CA-T-G-G-CAGTGCG-----TA---CTTG----T---AAAA-CACATGGGC--------------CTTTCGT--------------AG----TAAATTTGACTCAAA---AACATG-T--TG--T-A-G---G--------------GT---G-AACC---CAACGT-GA---TTCCTCG--T--CCACGG-CCCG----------------------CGATTG-TCA-TGCTATCGGT-GAAATCGTCGG-T-TTCATTATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAG-TAAA-CGACCAT----GCT---TTTG-TTAGA--ATGTTTCTGT------CAT--------GATAAA-GCAA-GTTTCTATTGGC-TT-GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTA-TTTG-GAAGCGATAGGGCGGA--G--AATTTCGT-----GCTCCGCAA-------C---TCG-TCACCGCCCTTCGT-TCAAA-TA--A--TC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCA-------A-TGCGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAA-TTCTGTCATAAACTGTGATAAA--CAACAACATG--T--GG-TC---T-GTCAA-TC-AAGACTGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAGACCCGC-----GG-TGTGGTC-ATGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGATTT-A-TTTG-GA--TGA-AAAGCAGATTGACA----CAT-----GC------GCTTTATAC---TC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCTA-AAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CAC-AAACCTAG----AC-----ACTCGTGGTC-AT------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : -GA--CAA-AGGGC-------------TTC-----GC------A-------C---TCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATCATGAA-TGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAA-GA-TTCT--------CTCAT--AAA--CAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGGTGC------------------------------GCG-A--G--ACT--CGT-----GCT-----G-------CGCACCGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAAT-GAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGTGACCAA-ACTACCAA-T-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CACT--GAAG-
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAATT-CAAA-AGGTCCG-A----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCAT-A-----AG----GC-----GC-CATGGTC-ATC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TG-ACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTT---CAATTACTATT--CCCGTGTTCATGT---GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGT--A---------TGT-CATCA------AC-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCATG-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNATGAG-AATTTCT--------C-TCG--AAA--CAACAATATG--T--GG-TC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAA-AG---CTTCA-T-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T-G-G-CAG-GCA-CTT-TA---CATG----T---AAAAACACATGG----------------CT--CGT--------------AA---ATAATGTTG---TAAGGTGACCACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-A--CCCAAAATAT-AAATATTCT--G--G--CCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCA--A-TCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-TACA-TTGTGACCAAGACTACCAA-T-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CACT--GAAGTTAAAACA-TCAT----GCT---TTTG-TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGATTT-A-TTTG-GA--TTA-AGG---------------CAT-----GC------A-------C---TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : -TCAT----GCT---TTT----------TGCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCTTTAA-T-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-TCG-AACAGAGTG-A-CATA---CTTG----TTAAAAAAACACATGGGC--------------CT--TGT--------------AATAAATCATATTG---T---TTGAGCACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT---------------TAT-CAA-ATTCTCGG--TTCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA---------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCATTATAATTGAGACCAA-ACTGCCAA-TTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-CT--GAAG-TACAACG-TCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGATTT-ATTTTGCGA--CGA-AGGGCGGA--G--ACT--CGTTCTCCGC------A-------C---TC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------------------------GGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT-GA-----------AAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACG--A--ACTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGT--AATTTGTCAATTT-CATCG---CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTAGG-TGCCTTTAT-AAA-C-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACAT-A------G----GC------C-TGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCAC-C-A--ACTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAATA-ATTCGTCAA---------TTT-CATCGCA-C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGACA-TTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------A----GC------C-CGTGGTCCATT-----G---TTAGTATC-AC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TTCACA-AA--GCTA-TTCCCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : TAA--AAA--CAACAACATGAATCAGG-TC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTTT-T-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-T-GAGGAAA-GCGTC-C-TATATCTTGTTCCT---AGTAACACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACT--CAA--------------AA---ACATAGCTG---TAGGG-GAT-ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-A--C---AAATATGGAGTAATCTCCAACT--CCACGGACCCGAGTTCACTTCCAT-----ATTCCGATTGGT-A-TCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTAT---------TTGGT-AAA--CAACAACACG--T--GG-TCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTTA-TGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT-G-GACAG--CG-C-G-TA---ATTG----T---AAA---ACACGGAC--------------TT--CGTCATAATTTTACTCAAA---AT-ATGCGG---TAGGGTGACCACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTA--C---A---AT-TAA-ATTCT-CG--T--AAACGG-CC--------------------------ATTGA--A-TGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCTC-A----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATCA----T-G----GT------T-CGTGTCC-AT------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 888888888888888888888 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 11 333333 111 1 33333333333 1 1 1 444444 1 111 11 1 22222 3333333 1 1 11 1 11 11 33333333 1 1 22222 1 11 1 1 11 11 2222 1 11 1 1 11 1 00000000000 222 555555555555555 11111 11111 1 1 11 1111111 22222 111 2222222 11 1111 11 333333333333333333333333333333333 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444 1111 1 1 1 1 1 1 11 11 1 1 2222 111 222222222 555555555555555555 1 1 1 111 1111 111111 8888888888888888888888888888888888888 11 111 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 0 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 5 333333333333333333333 5 666666 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 8 0 66 8 0 8 88 8 8 8 8 0 999999 0 0 0 111 0 44444444444 1 0 0 3 3 0 111111 0 777 11 0 2 0 55555 2222222 0 1 777 0 33 0 33 77 55555555 1 5 1 1 5 66666 5 1 88 5 5 77 1 88 4444 1 333 6 3 44 1 5 1 1 5 77 1 5 33333333333 1 333 2 8 8 000000000000000 66666 88888 8 8 8 0 3 0 0 8 8 11 0 1111111 8 00000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 555555555555555555555555555555555 444 222222222 0 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 9999 5 77777777777 3 8888 55 3 0 1 0 0 0 0 0 2 33 3 33 0 7 0 1111 777 777777777 1 333333333333333333 3 3 0 3 2 0 0 999 7777 88 3 88 8 8 6 111111 3333333333333333333333333333333333333 6 66 6 6 666 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... . ..................... . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . . .. . . . .. . . . . . ...... . . . ... . ........... . . . . . . ...... . ... .. . . . ..... ....... . . ... . .. . .. .. ........ . . . . . ..... . . .. . . .. . .. .... . ... . . .. . . . . . .. . . ........... . ... . . . ............... ..... ..... . . . . . . . . . .. . ....... . ..... ... ....... .. . . . .... .. ................................. ... ......... . . . ................................................................................................................................................... . .... . ........... . .... .. . . . . . . . . . .. . .. . . . .... ... ......... . .................. . . . . . . . ... .... .. . .. . . . ...... ..................................... . .. . . ... .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 1 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 0 111111111111111111111 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 0 8 66 0 8 0 88 0 0 0 0 8 000000 8 8 8 888 0 55555555555 0 0 0 2 2 0 222222 0 555 22 2 5 0 00000 5555555 0 0 222 0 88 0 88 55 55555555 0 5 0 0 5 55555 5 0 00 5 5 55 0 55 0000 0 000 7 3 33 0 0 0 0 5 55 0 5 00000000000 0 333 2 0 0 111111111111111 00000 44444 0 0 2 0 2 8 0 0 0 00 8 4444444 0 00000 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 444444444444444444444444444444444 000 888888888 8 8 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 9999 7 44444444444 0 9999 11 2 0 0 0 0 0 0 0 5 88 2 88 0 3 0 2222 555 222222222 0 222222222222222222 2 2 0 2 5 0 8 555 0000 88 2 88 0 0 7 333333 3333333333333333333333333333333333333 7 00 7 7 555 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----A-TNCGATTGGTCA-TGCTACCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAAT-----A-TNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAG----ACCCGCGGT-TGTGGTC-ACTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACCA-GTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-T-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATTCACA-AA--ACTATTTCCCCG--GTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGTAATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAG-AA-TTCT--------CTTCGAAAAACAACAATACG--TG-GGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC--GA----ATAAGA-TTTTTA----AG-A----CA-T-G-G-CAGTGCG-----TA---CTTG----T----AAAACACATGGGC--------------CTTTCGTAGT--------------AA---ATTTGACTCAAAAACATGTTGTAGGGTGAACCCAACG----TG----A-TT-------------CCTCG--------------------------TCC--------ACGG-CCC-G--CGA-TT--GTC----A-TGCTATCGGT--------------GAAATCGTC-GGT-TTCATTATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAG-T-AAACGACCAT----GCT---TTTG-TTAGA--ATGTTTCTG------TCAT--------GAT-AAAGCAA-GTTTCTATTGG-CTT-GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTA-TTTG-GAAGCGATAGGGCG-GA--GAATTT-CGT-----GCTCCGCAA-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-TCAAA-T----AATC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCA-------A-TGCGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAA-TTCTGTCATAAACTGTGATAAACAACAACATG--T--GGTC---T-GTCAA-TC-AAGACTGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAGACCCGC-----GG-TGTGGTC-ATGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGA-TTTA-TTTG-GA--TGA-AAAGCA-GATTGA---CACAT-----GC------GCTTTATAC-TC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCTA-AAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CAC-AAACCTAG----AC-----ACTCGTGGTC-AT------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : -GA--CAA-AGGGCT----------T-CG-------C------A-------C-TCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATCATGAA-TGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAA-GA-TTCT--------CTCAT--AAACAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGGT--------------------------------GCGCGA--GAC--T-CGT-----GCTGC---G-------CACCGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAA-TGAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGTGACCAA-ACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CACT--GAAG-
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAATT-CAAA-AGGTCCG-A----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCAT-A-----AG----GC-----GC-CATGGTC-ATC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TG-ACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTT---CAATTACTATT--CCCGTGTTCATGT---GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGTATGTCATCAA----------------C-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCATG-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNATGAG-AATTTCT--------C-TCG--AAACAACAATATG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAA-AG---CTTC-AT-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T-G-G-CAG-GCA-CTT-TA---CATG----T---AAAAACACATGG----------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAAGGTGACC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-ACCCAAAATAT-AAATATTCT--G--G--CCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCA--A-TCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-TACA-TTGTGACCAAGACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CACT--GAAGTTAAAACA-TCAT----GCT---TTTG-TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--TTA-AGG---------------CAT-----GC------A-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : -TCAT----GCT---TTT----------TGCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCTTTA-AT-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-TCG-AACAGAGTG-A-CATA---CTTG----TTAAAAAAACACATGGGC--------------CTT-----GT--------------AATAAAT---C---------ATATTGT---TTGAGC---ACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT-------------TAT-CAA-ATTCTCGG--TTCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA---------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCATTATAATTGAGACCAA-ACTGCC-AATTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-CT--GAAG-TACAACG-TCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTTTGCGA--CGA-AGGGCG-GA--GAC--T-CGTTCTCCGC------A-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------------------------GGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT-GA-----------AAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACG--A--ACTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGTAATTTGTCAATTT-CATCG---CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTAGG-TGCCTTTAT--AAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACAT-A------G----GC------C-TGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCAC-C-A--ACTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAA--------TAATTCGTCAATTT-CATCGCA-C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGACA-TTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------A----GC------C-CGTGGTCCATT-----G---TTAGTATC-AC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TTCACA-AA--GCTA-TTCCCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : TAA--AAACAACAACATGAATCAGGTC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTT-TT-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-T-GAGGAAA-GCGTC-C-TATATCTTGTTCCT---AGTAACACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACTC-----AA--------------AA---AC---A---------TAGCTGTAGGG-GAT----ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-AC---AAATATGGAGTAATCTCCAACT--CCACGGACCCGAGTTCACTTCCAT-----ATTCCGATTGGT-A-TCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTAT---------TTGGT-AAACAACAACACG--T--GGTCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTT-ATGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT-G-GACAG--CG-C-G-TA---ATTG----T---AAA---ACACGGAC--------------TTC-----GTCATAATTTTACTCAAA---AT-------------ATGCGGTAGGGTGACC---ACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTAC---A---AT-TAA-ATTCT-CG--T--AAACGG-CC--------------------------ATTGA--A-TGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCTC-A----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATCA----T-G----GT------T-CGTGTCC-AT------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 888888888888888888888 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 11 333333 111 1 33333333333 1 1 1 444444 1 111 11 1 22222 3333333 1 1 11 1 11 11 33333333 1 1 22222 1 11 1 1 11 11 2222 1 11 1 1 11 1 00000000000 222 555555555555555 11111 11111 1 1 11 1111111 22222 111 2222222 11 1111 11 333333333333333333333333333333333 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444 1111 1 1 1 1 1 1 11 11 1 1 2222 111 222222222 555555555555555555 1 1 1 111 1111 111111 8888888888888888888888888888888888888 11 111 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 0 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 5 333333333333333333333 5 666666 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 8 0 66 8 0 8 88 8 8 8 8 0 999999 0 0 0 111 0 44444444444 1 0 0 3 3 0 111111 0 777 11 0 2 0 55555 2222222 0 1 777 0 33 0 33 77 55555555 1 5 1 1 5 66666 5 1 88 5 5 77 1 88 4444 1 333 6 3 44 1 5 1 1 5 77 1 5 33333333333 1 333 2 8 8 000000000000000 66666 88888 8 8 8 0 3 0 0 8 8 11 0 1111111 8 00000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 555555555555555555555555555555555 444 222222222 0 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 9999 5 222222222222 8888 5 3 0 1 0 0 0 0 0 2 33 3 33 0 7 0 1111 777 777777777 1 333333333333333333 3 3 0 3 2 0 0 999 7777 88 3 88 8 8 6 111111 3333333333333333333333333333333333333 6 66 6 6 666 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... . ..................... . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . . .. . . . .. . . . . . ...... . . . ... . ........... . . . . . . ...... . ... .. . . . ..... ....... . . ... . .. . .. .. ........ . . . . . ..... . . .. . . .. . .. .... . ... . . .. . . . . . .. . . ........... . ... . . . ............... ..... ..... . . . . . . . . . .. . ....... . ..... ... ....... .. . . . .... .. ................................. ... ......... . . . ................................................................................................................................................... . .... . ............ .... . . . . . . . . . . .. . .. . . . .... ... ......... . .................. . . . . . . . ... .... .. . .. . . . ...... ..................................... . .. . . ... .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 1 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 0 111111111111111111111 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 0 8 66 0 8 0 88 0 0 0 0 8 000000 8 8 8 888 0 55555555555 0 0 0 2 2 0 222222 0 555 22 2 5 0 00000 5555555 0 0 222 0 88 0 88 55 55555555 0 5 0 0 5 55555 5 0 00 5 5 55 0 55 0000 0 000 7 3 33 0 0 0 0 5 55 0 5 00000000000 0 333 2 0 0 111111111111111 00000 44444 0 0 2 0 2 8 0 0 0 00 8 4444444 0 00000 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 444444444444444444444444444444444 000 888888888 8 8 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 9999 7 777777777777 7777 0 2 0 0 0 0 0 0 0 5 88 2 88 0 3 0 2222 555 222222222 0 222222222222222222 2 2 0 2 5 0 8 555 0000 88 2 88 0 0 7 333333 3333333333333333333333333333333333333 7 00 7 7 555 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGTCA-TGCTACCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAG----ACCCGCGGT-TGTGGTC-ACTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACCA-GTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-T-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATTCACA-AA--ACTATTTCCCCG--GTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGTAATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAG-AA-TTCT--------CTTCGAAAAACAACAATACG--TG-GGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC--GA----ATAAGA-TTTTTA----AG-A----CA-T-G-G-CAGTGCG-----TA---CTTG----T----AAAACACATGGGC--------------CTTTCGTAGT--------------AA---ATTTGACTCAAAAACATGTTGTAGGGTGAACCCAACG----TG----A-TT-------------CCTCG--------------------------TCC--------ACGG-CCC-G--CGA-TT--GTC----AT-------------GCTATCGGT-GAAATCGTC-GGT-TTCATTATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAG-T-AAACGACCAT----GCT---TTTG-TTAGA--ATGTTTCTG------TCAT--------GAT-AAAGCAA-GTTTCTATTGG-CTT-GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTA-TTTG-GAAGCGATAGGGCG-GA--GAATTT-CGT-----GCTCCGCAA-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-TCAAA-T----AATC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCAAT-------GCGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAA-TTCTGTCATAAACTGTGATAAACAACAACATG--T--GGTC---T-GTCAA-TC-AAGACTGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAGACCCGC-----GG-TGTGGTC-ATGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGA-TTTA-TTTG-GA--TGA-AAAGCA-GATTGA---CACAT-----GC------GCTTTATAC-TC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCTA-AAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CAC-AAACCTAG----AC-----ACTCGTGGTC-AT------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : -GA--CAA-AGGGCT----------T-CG-------C------A-------C-TCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATCATGAATGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAA-GA-TTCT--------CTCAT--AAACAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGGT--------------------------------GCGCGA--GAC--T-CGT-----GCTGC---G-------CACCGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAA-TGAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGTGACCAA-ACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CACT--GAAG-
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAATT-CAAA-AGGTCCG-A----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCAT-A-----AG----GC-----GC-CATGGTC-ATC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TG-ACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTT---CAATTACTATT--CCCGTGTTCATGT---GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGTATGTCATCAA----------------C-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCATG-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNATGAG-AATTTCT--------C-TCG--AAACAACAATATG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAA-AG---CTTC-AT-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T-G-G-CAG-GCA-CTT-TA---CATG----T---AAAAACACATGG----------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAAGGTGACC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-ACCCAAAATAT-AAATATTCT--G--G--CCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCA--ATCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-TACA-TTGTGACCAAGACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CACT--GAAGTTAAAACA-TCAT----GCT---TTTG-TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--TTA-AGG---------------CAT-----GC------A-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : -TCAT----GCT---TTT----------TGCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCTTTA-AT-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-TCG-AACAGAGTG-A-CATA---CTTG----TTAAAAAAACACATGGGC--------------CTT-----GT--------------AATAAAT---C---------ATATTGT---TTGAGC---ACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT-------------TAT-CAA-ATTCTCGG--TTCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA--------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCATTATAATTGAGACCAA-ACTGCC-AATTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-CT--GAAG-TACAACG-TCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTTTGCGA--CGA-AGGGCG-GA--GAC--T-CGTTCTCCGC------A-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------------------------GGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT-GA-----------AAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACG--A--ACTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGTAATTTGTCAATTT-CATCG---CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTAGG-TGCCTTTAT--AAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACAT-A------G----GC------C-TGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCAC-C-A--ACTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAA--------TAATTCGTCAATTT-CATCGCA-C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGACA-TTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------A----GC------C-CGTGGTCCATT-----G---TTAGTATC-AC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TTCACA-AA--GCTA-TTCCCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : TAA--AAACAACAACATGAATCAGGTC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTT-TT-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-T-GAGGAAA-GCGTC-C-TATATCTTGTTCCT---AGTAACACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACTC-----AA--------------AA---AC---A---------TAGCTGTAGGG-GAT----ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-AC---AAATATGGAGTAATCTCCAACT--CCACGGACCCGAGTTCACTTCCATA----TTCCGATTGGT-A-TCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTAT---------TTGGT-AAACAACAACACG--T--GGTCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTT-ATGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT-G-GACAG--CG-C-G-TA---ATTG----T---AAA---ACACGGAC--------------TTC-----GTCATAATTTTACTCAAA---AT-------------ATGCGGTAGGGTGACC---ACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTAC---A---AT-TAA-ATTCT-CG--T--AAACGG-CC-------------------------ATTGA--A-TGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCTC-A----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATCA----T-G----GT------T-CGTGTCC-AT------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 888888888888888888888 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 11 333333 111 1 33333333333 1 1 1 444444 1 111 11 1 22222 3333333 1 1 11 1 11 11 33333333 1 1 22222 1 11 1 1 11 11 2222 1 11 1 1 11 1 00000000000 222 555555555555555 11111 11111 1 1 11 1111111 22222 111 2222222 11 1111 11 333333333333333333333333333333333 111 222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444444444 1111 1 1 1 1 1 1 11 11 1 1 2222 111 222222222 555555555555555555 1 1 1 111 1111 111111 8888888888888888888888888888888888888 11 111 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 0 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 5 333333333333333333333 5 666666 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 8 0 66 8 0 8 88 8 8 8 8 0 999999 0 0 0 111 0 44444444444 1 0 0 3 3 0 111111 0 777 11 0 2 0 55555 2222222 0 1 777 0 33 0 33 77 55555555 1 5 1 1 5 66666 5 1 88 5 5 77 1 88 4444 1 333 6 3 44 1 5 1 1 5 77 1 5 33333333333 1 333 2 8 8 000000000000000 66666 88888 8 8 8 0 3 0 0 8 8 11 0 1111111 8 00000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 555555555555555555555555555555555 444 222222222 0 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 9999 5 222222222222 8888 5 3 0 1 0 0 0 0 0 2 33 3 33 0 7 0 1111 777 777777777 1 333333333333333333 3 3 0 3 2 0 0 999 7777 88 3 88 8 8 6 111111 3333333333333333333333333333333333333 6 66 6 6 666 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... . ..................... . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . . .. . . . .. . . . . . ...... . . . ... . ........... . . . . . . ...... . ... .. . . . ..... ....... . . ... . .. . .. .. ........ . . . . . ..... . . .. . . .. . .. .... . ... . . .. . . . . . .. . . ........... . ... . . . ............... ..... ..... . . . . . . . . . .. . ....... . ..... ... ....... .. . . . .... .. ................................. ... ......... . . . ................................................................................................................................................... . .... . ............ .... . . . . . . . . . . .. . .. . . . .... ... ......... . .................. . . . . . . . ... .... .. . .. . . . ...... ..................................... . .. . . ... .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 1 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 0 111111111111111111111 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 0 8 66 0 8 0 88 0 0 0 0 8 000000 8 8 8 888 0 55555555555 0 0 0 2 2 0 222222 0 555 22 2 5 0 00000 5555555 0 0 222 0 88 0 88 55 55555555 0 5 0 0 5 55555 5 0 00 5 5 55 0 55 0000 0 000 7 3 33 0 0 0 0 5 55 0 5 00000000000 0 333 2 0 0 111111111111111 00000 44444 0 0 2 0 2 8 0 0 0 00 8 4444444 0 00000 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 444444444444444444444444444444444 000 888888888 8 8 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 9999 7 777777777777 7777 0 2 0 0 0 0 0 0 0 5 88 2 88 0 3 0 2222 555 222222222 0 222222222222222222 2 2 0 2 5 0 8 555 0000 88 2 88 0 0 7 333333 3333333333333333333333333333333333333 7 00 7 7 555 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAG----ACCCGCGGT-TGTGGTC-ACTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACCA-GTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-T-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATTCACA-AA--ACTATTTCCCCG--GTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGTAATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAG-AA-TTCT--------CTTCGAAAAACAACAATACG--TG-GGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC--GA----ATAAGA-TTTTTA----AG-A----CA-T-G-G-CAGTGCG-----TA---CTTG----T----AAAACACATGGGC--------------CTTTCGTAGT--------------AA---ATTTGACTCAAAAACATGTTGTAGGGTGAACCCAACG----TG----A-TT-------------CCTCG--------------------------TCC--------ACGG-CCC-G--CGA-TT--GTC----AT-------------GCTATCGGT-GAAATCGTC-GGT-TTCATTATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAG-T-AAACGACCAT----GCT---TTTG-TTAGA--ATGTTTCTG------TCAT--------GAT-AAAGCAA-GTTTCTATTGG-CTT-GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTA-TTTG-GAAGCGATAGGGCG-GA--GAATTT-CGT-----GCTCCGCAA-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-TCAAA-T----AATC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCAAT-------GCGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAA-TTCTGTCATAAACTGTGATAAACAACAACATG--T--GGTC---T-GTCAA-TC-AAGACTGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTA-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCAT-ACTATTAGACCCGC-----GG-TGTGGTC-ATGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGA-TTTA-TTTG-GA--TGA-AAAGCA-GATTGA---CACAT-----GC------GCTTTATAC-TC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCTA-AAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CAC-AAACCTAG----AC-----ACTCGTGGTC-AT------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : -GA--CAA-AGGGCT----------T-CG-------C------A-------C-TCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATCATGAATGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAA-GA-TTCT--------CTCAT--AAACAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGGT--------------------------------GCGCGA--GAC--T-CGT-----GCTGC---G-------CACCGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAA-TGAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGTGACCAA-ACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CACT--GAAG-
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAATT-CAAA-AGGTCCG-A----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCAT-A-----AG----GC-----GC-CATGGTC-ATC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TG-ACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTT---CAATTACTATT--CCCGTGTTCATGT---GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGTATGTCATCAA----------------C-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCATG-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNATGAG-AATTTCT--------C-TCG--AAACAACAATATG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAA-AG---CTTC-AT-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T-G-G-CAG-GCA-CTT-TA---CATG----T---AAAAACACATGG----------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAAGGTGACC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-ACCCAAAATAT-AAATATTCT--G--G--CCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCA--ATCCGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-TACA-TTGTGACCAAGACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CACT--GAAGTTAAAACA-TCAT----GCT---TTTG-TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--TTA-AGG---------------CAT-----GC------A-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : -TCAT----GCT---TTT----------TGCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCTTTA-AT-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-TCG-AACAGAGTG-A-CATA---CTTG----TTAAAAAAACACATGGGC--------------CTT-----GT--------------AATAAAT---C---------ATATTGT---TTGAGC---ACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT-------------TAT-CAA-ATTCTCGG--TTCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA--------TTCGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCATTATAATTGAGACCAA-ACTGCC-AATTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-CT--GAAG-TACAACG-TCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTTTGCGA--CGA-AGGGCG-GA--GAC--T-CGTTCTCCGC------A-------C-TC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------------------------GGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT-GA-----------AAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACG--A--ACTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGTAATTTGTCAATTT-CATCG---CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTAGG-TGCCTTTAT--AAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCTC-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACAT-A------G----GC------C-TGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCAC-C-A--ACTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAA--------TAATTCGTCAATTT-CATCGCA-C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGACA-TTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A------A----GC------C-CGTGGTCCATT-----G---TTAGTATC-AC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TTCACA-AA--GCTA-TTCCCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : TAA--AAACAACAACATGAATCAGGTC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTT-TT-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-T-GAGGAAA-GCGTC-C-TATATCTTGTTCCT---AGTAACACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACTC-----AA--------------AA---AC---A---------TAGCTGTAGGG-GAT----ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-AC---AAATATGGAGTAATCTCCAACT--CCACGGACCCGAGTTCACTTCCATA----TTCCGATTGGT-A-TCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTAT---------TTGGT-AAACAACAACACG--T--GGTCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTT-ATGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT-G-GACAG--CG-C-G-TA---ATTG----T---AAA---ACACGGAC--------------TTC-----GTCATAATTTTACTCAAA---AT-------------ATGCGGTAGGGTGACC---ACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTAC---A---AT-TAA-ATTCT-CG--T--AAACGG-CC-------------------------ATTGA--A-TGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCTC-A----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATCA----T-G----GT------T-CGTGTCC-AT------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg
blockSeqs : . C A . G TT AAAA G A T AA A C . TTT G ATA T A A A A T T GC G TAAA G ACTTA C T AAAACCGATCGC . G G C CAA TCAAA C CTATTAGACCCGCGG C GTTTA ATT . . . AAAT T . A T . A CA T T A A GT . G T . CAATT TGA . CGTTA G . . T T . CAT . ACA AA G . GTGGA AAATCAT G A TTA . . T . . AGAACAAT T . C A . GTACA A A . . . . T TA AATC G AAC C . TT T C A T . GG T A TNNNNNNNNNN C CAT G A T GTCATAAACTGTGAT AATCA ATGCA . A G . T T T . GG TATTTCT . GACAA . AGAAGTA AT A T T GTAT CT TTAAAGGACATCGAACAGAGTGACA TAT TTCCTA T G TTAAGAGAATTCTACTCAAAAACATAGCTGTAGGGGATACGTGCTATTTTGCTTTTACAATAACAAATATGGAGTAATCTCCAACT A GAGT C CAATCATGAATG TCAG T T A T G . T A C C TT A . T A . CCAT CCT GTTGGAT A TTCTCTTAGGTGG A A A T C A C TAG TGCA AA G TC . T C TGA AGATTGACACATGCGCTTTATA A GG A T AAT AG G AC A GT A
blockSeqs : . . . . . T ACA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AAAT . TCT A . GCG . . . . . TT . AACCTAGACACT . C . . . . A C . . . . T . . C . . T . . . . AAA T . TGTTA T . . T T . CAC . . AA G . . . . T TG . . . . . . N . G . . CTCAT T T . . G . T . . . . AGTTCT . . . . AT T . . . T GTAATGTTCACTGGACAGCGCG . TTAAA T G TTCGTCATAATTTTACTCAAAATATGCGGTAGGGTGACCACGTAATGTTGCTTACGAAAACTTCCGTACAATTAAATTCTCGT . AG . CAATCCAATC ACAG . T . T . . . . . C . A . . A . . . GATTGA C TGTTCGTCAT A A . T C . T AG . A A TC . . . CAA GGAGACTCGTTCTCCGCA . GG . . A . . . A T .
blockSeqs : . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAA . TT T . AG . . . . . G . AGGCGC . T . . . . . C . . . . T . . . . . T . . . . GA T . TTT T . . . . . . . . AA . . . . . T T . . . . N . . TTGGT T C . . A . . . . . . AGC . . . . AT A . . . A AAAACCTGAGGAAAGCGTCC . TA C A CTCGTAAATAATGTTGTAAGGTGACCACGTTGCATTTGCTACTTCACGACCCAAAATATAAATATTCTGG . GG . CCATATTC GCA . . . A . . . . . . . . . . . . . . A TCAC A . . . C . . . . A G T . . . TTA GCGAGACTCGTGCTGCG . A . . A . . . . T .
blockSeqs : . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . TT T . GA . . . . . T . TGGTT . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . CA . . G . . CTCG T T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGAGCATGGCAGGCACTT . TA . . CTTGTAATAAATCATATTGTTTGAGCACGCTTGACCACCGTGCCATTTTGTTATCAAATTCTCGGTTC . GG . CAATG TCA . . A . . . . . CGA TTCGCA . G . . A . . .
blockSeqs : . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . TT T . CG . . . . . T . GGCC . . . . . . . C . T . . CATT TA . . . CATGCA . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT T . CG . . . . . T . AGCC . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** A***** AA**** TT**** AGCC***************** ****** ***** ***** **** ************* ** T* C* NA**** AA NTCGT********** T**** *** AT ANAACATGGANAGCGCG**************** TTA****** GG** NCAG A* CGA*** GGAGACCGTGCTTCGCA******************** A**
originalCons : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-A----TAG----GC-----GC-CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACGCAA--ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT--------CTTNG--AAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T-G-GACAG-GCG-C-C-TA---CTTG----T---AAAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGTCA-TGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---T-CGT-----GC------G-------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
finalCons : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACAA-----T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGAA----TAA-ATCATT----GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCTN-G----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCAT-AAGCC-----------------CGTGGTC-AT------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACCA-GTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TTCACNA----ACTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCTNTCGT----------AAACAACAACACGT----GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTAANAACATGGANAGCGCG----------------TA---CTTGTTA------AAAACACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC----ATNCGATTGGNCAGTGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTA-TTTG-GACGA---AGGGCGGAGACCGTGCTTCGCA--------------------C-TCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11 222222 111111 2222222222222 111111 7777777777777777777777777777777777 333333 11111 11111 1111 1111 3333333333333 11 11 11 1 111 1 33333333333 1 1 1 444444 1 111 11 1 22222 3333333 1 1 11 1 11 11 33333333 1 1 22222 1 11 1 1 11 11 2222 1 11 1 1 11 1 00000000000 222 4444444444444 11111 11111 1 1 11 1111111 22222 111 2222222 11 1111 11 2222222222222222222222222 1111 111 222222 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333 22222 1 1 1 1 1 1 11 11 1 1 2222 111 222222222 555555555555555555 1 1 1 111 1111 4444444444444444444444444444444 11 111 111 1
lowQualScore : 4 4 4 9999 4 77 0 444444 5 5 5 11 5 5 5 888 5 888 5 5 5 4 4 4 8 66 4 666666 5 00 000000 2 0 5 3333333333333 5 5 5 5 888 222222 1111111111111111111111111111111111 5 5 111111 888 22222 22222 0000 7777 3 6666666666666 8 0 8 11 99 11 8 0 99 8 0 8 88 8 8 8 8 8 1 6 0 0 0 111 0 44444444444 1 0 0 3 3 0 111111 0 777 11 0 2 0 55555 2222222 0 1 777 0 33 0 33 77 55555555 1 5 1 1 5 66666 5 1 88 5 5 77 1 88 4444 1 333 6 3 44 1 5 1 1 5 77 1 5 33333333333 1 333 2 8 8 99 5555555555555 66666 88888 8 8 8 0 3 0 0 8 8 11 0 1111111 8 00000 444 6666666 11 8 8 8 7777 44 8888888888888888888888888 7777 444 666666 11 66 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 9999 5 77777777777777 0 00000 5 3 0 1 0 0 0 0 0 2 33 3 33 0 7 0 1111 777 777777777 1 333333333333333333 3 3 0 3 2 0 0 999 7777 88 3 88 8 6666666666666666666666666666666 2 4 6 66 6 6 666 99 6 99 0 3 111 0
lowQualScore : . . . .... . .. . ...... . . . .. . . . ... . ... . . . . . . . .. . ...... . .. ...... . . . ............. . . . . ... ...... .................................. . . ...... ... ..... ..... .... .... . ............. . . . .. .. .. . . .. . . . .. . . . . . . . . . . ... . ........... . . . . . . ...... . ... .. . . . ..... ....... . . ... . .. . .. .. ........ . . . . . ..... . . .. . . .. . .. .... . ... . . .. . . . . . .. . . ........... . ... . . . .. ............. ..... ..... . . . . . . . . . .. . ....... . ..... ... ....... .. . . . .... .. ......................... .... ... ...... .. .. . ................................................................................................................................................... . .... . .............. . ..... . . . . . . . . . . .. . .. . . . .... ... ......... . .................. . . . . . . . ... .... .. . .. . ............................... . . . .. . . ... .. . .. . . ... .
lowQualScore : 4 4 4 4444 4 00 1 666666 0 0 0 99 0 0 0 888 0 888 0 0 0 4 4 4 9 11 4 999999 0 44 999999 1 1 0 9999999999999 0 0 0 0 888 666666 5555555555555555555555555555555555 0 0 999999 888 55555 55555 6666 9999 0 7777777777777 0 8 0 00 44 00 0 8 44 0 8 0 88 0 0 0 0 0 0 0 8 8 8 888 0 55555555555 0 0 0 2 2 0 222222 0 555 22 2 5 0 00000 5555555 0 0 222 0 88 0 88 55 55555555 0 5 0 0 5 55555 5 0 00 5 5 55 0 55 0000 0 000 7 3 33 0 0 0 0 5 55 0 5 00000000000 0 333 2 0 0 00 4444444444444 00000 44444 0 0 2 0 2 8 0 0 0 00 8 4444444 0 00000 000 0000000 22 8 0 0 0000 00 2222222222222222222222222 2222 000 000000 00 44 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 9999 7 11111111111111 7 33333 0 2 0 0 0 0 0 0 0 5 88 2 88 0 3 0 2222 555 222222222 0 222222222222222222 2 2 0 2 5 0 8 555 0000 88 2 88 0 2222222222222222222222222222222 5 0 7 00 7 7 555 22 7 22 2 2 000 0
consensus : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCT-CG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----A--G-C-C--------C-----G------TGGT-CA-T------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAT-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TT-CACNAA-CTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT-CTC----------G-TAAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----AGAA----CA-T--GGAA---AGCG-C-GTA---CTTGT---TAAAAA--CACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC--ATN----CGATTGGTCAGTGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTT-G-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---CT--CGTGCTCCGC-ACTCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
Reference ( family-3381 ) : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCT-NG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----A--G-C-C--------C-----G------TGGT-CA-T------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TT-CACNAA-CTATTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCA--T-T----T-TCGTCTCCCAGTTTAANTA-CAC-AAAATATATACGTAATTCGTCAATTT-CATCG---C--GC-TT---GTGATAAAAAATAAAATCCCCATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGCCCNAATTAAAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGGCGGGTAGTGCGAAGAACAATGATNAACATTGNTTGANGGGAAGTGGGTACATGTAGATACCCGAGNGATCAAAGCTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGNGGTTAATAAAATCCGNAAGAANNNCACGGGTCATATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-NGGTGGGAAGCAAGTTTTTNAATAATCACGCAAGAANTGNTCACATGACAGGTATTCGGGTNAGGATTATGATAAT----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGNATT---GATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTCT-NTC----------G-TAAACAACAACACG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAATGGTAAAA-TTTATA-TACAAGGA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTT-AT-----TA---ATTAC-------AAATCAANAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA-TTTTTA----ANAA----CA-T--GGAN---AGCG-C-GTA---CTTGT---TAAAAA--CACATGGGC--------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAGGGTGANC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCGC---G-AC---AAATAT-NAATATTCTCCG--T--CCACGG-CCCGG--CCA-TTCAATC--ATN----CGATTGGNCAGTGCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGNGACCAA-ACTGCC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-GCCT--CACT--GAAG-TAAAACG-TCAT----GCT---TTTG-TT-GA--ATGNTTCTGT-----TCAC--------GATAAAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATANCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTT-G-GA--CGA-AGGGCG-GA--GA---C---CGTGCTTCGC-ACTCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-T-AACT-ATTA
gi|1 : GGCTGTGGCTGT-T-TTCTTCCC-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--AG--T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-GTCG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AAACTG--TGC-TGTG------TAA-A-------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCT-AG----------GGTCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCATACTATTA--GAC-C--------C-----GCGGTTGTGGT-CA-CTGTTTAG---TTAGTATCCAAAGGGGGTTTTTAAATTTCCCG----TCCCCCCCCCTCCCCCCTTGGACC-AGTTTAA-TTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTTCAATCATAAATCAAATCCTC--GT-GATCATTCAT-GAA-T-AAAAAT-TGCAATTTAAATAT-GCAATGTCC-CAGTCAAAAATT-CACAAAACTATTTCCCCG--GTCATGTT--GATATTCCA--T-TGTTAT-CCGTCTGCCAGTTTTAATAACACTAAAATATATACGTAATTCGTCAATTTGCATCGGCAC--GCGTT---GTGATAAAA--TAAAATCCCCAGGGTCAATC-----ATA-------TAGTTTAGG-TGCCCAAATTAAAACTGATCCCAGACAT-CCACTCTCACGGAAGCATTTGGGCGGGTAGTGCGA--------GATAAACATTGATTGACGGGAAGTGG-----TAT-GATACCCGAGTGATCAAAGTTGACCAAAAACCTTGAATTTTCAATTGGGAGAGGT--ATAA----CGCAAGAACCACACGGGTCATATGACAGTTATTGCAATTTCTAATTGGTGA-AGGTGGAAAGCAAGTTTTTAAATAATCA-GCAAGAACTGGTCACATGACAGGTATTCG--TAAGGATTATG-TAA-----------GTGTTGTGGGGATTTTCAATGCAATTGGTTTACCTTGTTAACTCATCGGATT---GATTGAATGGTT-CTTACGAG-AA-TTCTCTTC----------GAAAAACAACAATACG--TG-GGTC---C-GTCAAGTG-AAGAATTGTAAAAGCTTATA-TACAAGGA-TAGAAT--CTTTTAA-AGTTCCTTTAAT-----TATTTATTAC-------AA--TAATAAA-AAAAC--GA----ATAAGA-TTTTTA----AG-A----CA-T--GG-C---AGTG-C-GTA---CTTGT-----AAAA--CACATGGGC--------------CTTTCGTAGT--------------AA---ATTTGACTCAAAAACATGTTGTAGGGTGAACCCAACG----TG----A-TT-------------CCTCG--------------------------TCC--------ACGG-CCC-G--CGA-TT--GTC--ATG----C-------------TATCGGT-GAAATCGTC-GGT-TTCATTATA-TTTAGACCAA-ACTGCCAAAT-CGG-TGCTGTCGTAC-GCCT--CACTTGAAAG-T-AAACGACCAT----GCT---TTTG-TTAGA--ATGTTTCTG------TCAT--------GAT-AAAGCAA-GTTTCTATTGG-CTT-GATAACAAGTAA-GTTTATT----GAAC--TTTATTTCGGTGTAGTCTTGATTTTATTT-G-GAAGCGATAGGGCG-GA--GAATTT---CGTGCTCCGCAACTC-GTCACCGCCCTTCGT-TCAAA-T----AATC--CC-GATACA--CCGAAATAAATATACAA-TAAACT-ATTA
gi|10 : tgCAG--CCA-TTCAAT-----G----CGATTGGTCAGTGCTGCAGGT-GGTAT-GTTGGGTACT
gi|10 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacATTGAATGGCTGTTTACAAGAAA-TTCT-GTCATAAACTGTGA-TAAACAACAACATG--T--GGTC---T-GTCAA-TC-AAGACTGGtttacaagaaattctgtcataaactgtgataaacaacaacatgtggtctgtcaatcaagactgggcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|11 : tattcctacatggacaagagctttcatttgtatcaaacacagtacccaacataccacctgcagcactgaccaatcgcTGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-TGTACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CTCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TTAA-AA-CTG--TGC-TGTG------TAA---------------ACCGCGTGACAATTTCAAA-AGGTCT-AG----------G-TCA-A-AATT-C---A-G----GGATTGCATACTATTA--GAC-C--------CGCGGTG------TGGT-CA-TGTTTA-G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----Cgcctagtaaagtaaaataggaaatgaacaattttttcattatgat
gi|12 : TATT----GAATA-TTTATTTCGGTGTAT-TTTGA-TTTATTT-G-GA--TGA-AAAGCA-GATTGA---CACATGCGCTTTAT-ACTC-ATCACCATCCTTCGT-CCAAATTAATAAATC--AA-ACTACA--CC
gi|13 : ttctaattggtcaaaatgcagttaacgTT-TT-A-AT-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAAGATTA--T-T-GAACACCACGAGACAAGTTCAAATAACTCT-AAAACCGATCGCG-TCA-AGGATT-CCAAA-TCAAAAAATT-CACA-----A--A-C-CTAGACACTC-----G------TGGT-CA-T------G---TTGATATCCAT-----TTC-----AT----CA----CTTCC-------------ttaatctattactta
gi|14 : GCTTCGC-ACTCG-TCACCATTCTTCGT-CCAAA-TA--AA-TC--AA-GATACA--TCAAAATAAATATACCA-T-AACT-ATTAcagct
gi|15 : tcgcaaaatcatttacgtgtacatataagtaagctatcgacaaaggTGTGG-TGT-TATTT----C-CTTTGTCAAAAA--GTAAA--AAAATGAA-C-TGTAGACT--CACCAGTAGG-G-TG---GG-AATACGTCCATTTG-CATA-CTA-TTTATT-ATAATCTG--TGC-Tcataa
gi|16 : --CCA-TTCAATC--ATGAATGCGATTGGACAGTGCTACCGGT-AAt
gi|16 : cgcagtatcagatacaATCGCATTCATGATTGAATGGTTGTTTACCAA-GA-TTCT-CTC----------A-TAAACAGCAACACA--T--Gttgtttaccaagattctctcataaacagcaacacatgc
gi|17 : cgcagtatcagatacattaccggtagcactgtccaAAGTAATAGTTATT----GTATA-TTTATTTCGGT--------------------------------GCGCGA--GA---CT--CGTGCTGCGC-AC-CGGTCACCGCCCTTCGCATCAAA-T---AAATC--AAGGATACA--c
gi|18 : TGAGATAAAATAAAATCCCAATGGTCA-TC-----ATA-------CAGTTTAGG-TGTCCAAA-TGAAAC-AACCT--AACAT-CCACTCTCACCGA--CATTTGGG
gi|19 : GCTATCGGT-GACATCGTCGGGTATTCATTACA-TTGTGACCAA-ACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-G-CT--CACT--GAAG-
gi|2 : CATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-TCTTGTTAAAAG-T-TACA--A---T-AA-C-TGGAGATA--CACCAGT-GGCG-TGTTTGA-A---CGCCCATTTG-CATA-T-A-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTG--AAATTAA-ATCA--T-T-GAAAACCGCGTGACAATT-CAAA-AGGTCC-GA----------A-TCAGA-AAAT-A---A-T----GAACTGCATA-----A--GGCGC--------C-----A------TGGT-CA-TC-----G---TTAGTTTCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TG-ACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAA-TCGAATCCTCCAGTTGATCAT-CATAGAAAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAAGTCC-CAGTCAAAA-TTTCAATTA-CTATT--CCCGTGTTCATGT---GATAT-CCA--T-T----T-TCGTTCCCCAGTTTAAGTA-CAC-AAAATATATACGTATGTCATCAA----------------C-TT---GTGATAAAAAATAAAATACCCATG-TCA-TC-----ATA-------TAGTTTAGGGTGCCCTAATTAAAAC-GATCT--GACATTCCACTCTCATCGA--CATTTGGG--GGTAGTGCGAAGAACAATGATTAACAT-GCTTGAAGGGA-GTGGGTACATGTAGATACCCAAGAGATCAA--CTGACCAAAA-CCTTGAATTTTCA-TTG--AGTAGTTAATAAAATCCAGAAGAAAACCACGGGTCATATGA-AGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCATTGGTGGGAAGCAAGTTTTTTAATAATCACGCAAGAAATGTTCACATGACAGGTA-TCGGGTTAGGATTATGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNATGAG-AATTTCT-CTC----------G--AAACAACAATATG--T--GGTC---C-GTCAA-TG-AAGAAT-GTAAAA-TTTATA-TACAAGAA-T-AAAT--CTTTTAA-AG---CTTC-AT-----TA---ATTAC-------AAATTAAAAAA-AAAAC-GGA----ATAAGA--TTTTA----AGAG----CA-T--GGCA---GGCA-CTTTA---CATG----TAAAAA--CACATGG----------------CTC-----GT--------------AA---AT---A---------ATGTTGTAAGGTGACC---ACG-T--TG--C-A-TT-TGCT-------ACTTCAC---G-ACCCAAAATAT-AAATATTCT--G--G--CCACAG-CCCGG--CCA-TTCAATCCAATC----CGATTGGGCA-TGCTATCGG--GACATCGTCGGGTAT--A-TACA-TTGTGACCAAGACTACC-AAT-CGA-TGAGCTCGCAC-TCTT--CACT--GAAGTTAAAACA-TCAT----GCT---TTTG-TT-GGATATAATTCTGTGTTCGTCAT--------GATAAAAGCAA-GTTTC-ATTGGCCTTAGATACCAAGTAG-AGTTATT----GAATA-TTTATTTCGGTATATCTTTGA-TTTATTT-G-GA--TTA-AGG-----------------CAT-----GC-ACTCGGTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--AAATC--AA-GATACA--CCGAAATAAATATACAAGT-AACTAATTA
gi|20 : -TCAT----GCT---TTT----------TGCTTCTGT------CAC--------GATACAAGCAA-GTTTCTATTGGCCTT-GATATCAA
gi|21 : taCACGGATCACATGACAGTTATTGCA-TTTCTAATTGGTCA-ag
gi|22 : aacCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAA
gi|3 : ttA-T-GAAT--CTTTTAA-AGTTCTTTA-AT-----TA---TCTAT-------AA--CAATAAATAAAAC-GGA----ATAAGA-TCTTTATTAAAGGA----CA-T--CGAACAGAGTGAC-ATA---CTTGT---TAAAAAAACACATGGGC--------------CTT-----GT--------------AATAAAT---C---------ATATTGT---TTGAGC---ACGCT--TGACC-A-CCGTGCC-------ATTTTGT-------------TAT-CAA-ATTCTCGG--TTCCCACG--CCCGG--CCA-TTCA------TT----CGATTGGTCA-TCCTATCGGTTGACATCGTTGGGTATTCATTATAATTGAGACCAA-ACTGCC-AATTCGAATGAGCTCGCACCGCCTTTC-CT--GAAG-TACAACG-TCATCCATGCTCCTTTCGATT-GA--ATAATTCTGT-----TCTCTTAGGTGGGATAAA-GCAAAGTTTCTATTGGCCTT-GATA-CAAGTAG---TTATTTGCAAAATAATTTATTTCGGTGTATCTTTGA-TTTATTTTGCGA--CGA-AGGGCG-GA--GA---CT--CGTTCTCCGC-ACTC-GTCACCGCCCTTCGT-CCAAA-TA--ACATCAGAA-GATACAACCCCAAAT-ATTATACAA-T-AACT-ATTA
gi|4 : TGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CT-------------------------------GGAGATA--CACCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TGC-TGTGTAAA--TAA-ATCA--T-T-GAATACCACTTGACAATTTCAAA-AGGTCT-CG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----------------------------------GGT-CA-T------G---TTAGTATCCAA-----GTT-----AT----CG----TCTCC-------------TGGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTTGTCAATTTC--ACCAGAT-TCGAACCCTC--GT-GA-----------AAT-AAAAAT-TGCA-TTTAAATAT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TT-CACGAA-CTGTTTCCCCGTGGTCATGTT--GATAT-CCACGT-T----A-TCGTCTCCCAGTTTAATTA-CAC-AAAATATATACGTAATTTGTCAATTT-CATCG---CATGC-TT---GTGATAAAA--TAAAATCCCTATGGTCA-TCGTGGAATAAAATCATCAGTTTAGG-TGCCTTTAT--AAAC-GATCC--GACAT-CCACTCTCACCGA--CActt
gi|5 : tatCATGGCTGTGG-TGT-T-TTC----C-CTTTGTTAAAAG-CGTACA--A---T-AA-C-TGGA--------CCAGT-GG-G-CG---GA-A---CGCCCATTTG-CATA-TTA-TTT-TT-A-AA-CTG--TG----------------ATCA--T-T-GAATGCCGCGTGACAATTTCAAA-AGGGCT-CG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTACATA-----G--G-C-C--------T-----G------TGGT-CA-T------G---TTAGTATCCAA-----ATT-----AT----CCAAATTATCC-------------TGGACC-AGTTTAAATTCACAAAATGTGCGA-TTCGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCAC-CAT-GAAAT-AAAAAT-------------AT-GCAAGGTCC-CAGTCAAAA-TT-CACCAA-CTATTTCCCCGTGTTCATGTTGAGATAT-CCA--TGT----TATCGTCTCCCAATTTAATTA-AAC-AAAA--------TAATTCGTCAATTT-CATCGCA-C--GC-TTACAATGATAAAAAAT
gi|6 : TGGCTGTGG-TGTCT-TTT----C-CTTCGTTAAA-G-TGTATA--A---T-AAAC-TGGAGATAAACACCAGT-GG-G-CG---GA-A----GCCCATTTG-AATAATTAATTT-TT-A-AA-CTG--TGCGTGTA--AA--TAA-ATCA--TCT-GAATACCGCGTGAC-ATTTCAAA-AGGTCTGCG----------G-TCA-A-AATT-C---A-T----GAATTGCATA-----A--G-C-C--------C-----G------TGGTCCATT------G---TTAGTAT-CAC-----GTT-----AT----CG----T-TCC-------------TGGATCAAGTTTAAATTCACAAAAT-TGCAATTTTGTCAATTTC--ATCATAT-TCGAATCCTC--GT-GATCA--CAT-GAAATAAAAAATGTGCA-TTTAAATATGGCAAGGTCCTCTGTCAAAA-TT-CACAAAGCTA-TTCCCCGTGGTCATGTT--GATc
gi|7 : AAACAACAACATGAATCAGGTC---T-GTCAA-TGAAAAAATGGCGAAA-TTTGTATTACAAGGATT-AAAT--CTTTGAATATTTCTTTT-TT-----TA---AACACAGAAGTAAAATCAAACAA-ATTACTGGAGTATATAAGA-ATTGTA----AAAA----CC-TGAGGAA---AGCGTC-CTATATCTTGTTCCTAGTAA--CACA-GGGCTTAAGAGAATTCTACTC-----AA--------------AA---AC---A---------TAGCTGTAGGG-GAT----ACG----TG--CTATTT-TGCT---------TTTACAATA-AC---AAATATGGAGTAATCTCCAACT--CCACGGACCCGAGTTCACTTCCATA--TTC----CGATTGGT--ATCCTATC-GT-GACAACGT
gi|8 : ggttatcacagaggaatacgtgcggtaaATTGAATGGTTGTTTACGAG-AA-TTAT-TTG----------G-TAAACAACAACACG--T--GGTCATGCAGTTTA-TG-ACGCATAGTAGAA-T----------AAAA-T-GAATGGCTTTT---------TTT-ATGACAATA---ATTTA-------AGATCAA-AGA-AAAAT-GGA----ATAAGACTTTTTT----GTAATGTTCACT--GGAC---AGCG-C-GTA---ATTGT-----AAAA--CAC--GGAC--------------TTC-----GTCATAATTTTACTCAAA---AT-------------ATGCGGTAGGGTGACC---ACG-TAATG-------T-TGCTTACGAAAACTTC-C---GTAC---A---AT-TAA-ATTCT-CG--T--AAACGG-CC---------------------------ATTG---AATGCTACCGGT-GGCATTGTCGGATACT
gi|9 : tcgcGGCTGTGG-TGT-T-TTC----CGCTTTGTCAAAAGTTGT-CAACA---T-AA-CTTAAAGATAT-CACCAGT-GG-G-CG---AAGA---CGCTCATTTATCATA-TT--TTT-AA-A-AA-CTAGCTGT-TGTA--AA--TAA-ATTAACT-TAGAATAACGC-T-ACAA-TTCAAA-A-GTCT-CA----------G-TAA-A-AATTCC---ATT----GAA-TGTATC-----ATGG-T-T--------C-----G------TGTC-CA-T------GATTTTAGTATCCAG-----TTT-----AT----CGA---TCTg