lowQualScore                  :       11   111                                                               11                              1111111      111111                  111111111                                 4444444444444444                              
lowQualScore                  :   4   77   444       2 2  66 22 22     5555555    1   22 222      444444     00   1 1    22  1  1   1 0      9999999 22   000000  1  1 33         222222222     888888888888  1             2222222222222222  8888888       1 2           
lowQualScore                  :   .   ..   ...       . .  .. .. ..     .......    .   .. ...      ......     ..   . .    ..  .  .   . .      ....... ..   ......  .  . ..         .........     ............  .             ................  .......       . .           
lowQualScore                  :   2   00   555       2 0  33 66 44     7777777    7   44 666      444444     55   7 7    33  7  7   7 6      4444444 22   666666  7  7 44         666666666     999999999999  7             0000000000000000  1111111       2 0           
consensus                     : CCTATTTTATACGTAAGATAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTGATTTGTTACGCAAGCGT-G---ATCGTG-------AAATAGCGC-GAGTCATTTAC
Reference ( gi|7 )            : CCCATTACATAGATAAGATAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TTTTG-CCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTGA------GA--ATT-G----AA-GT-A-TTTTTGTTCAT--------TGAAT------------TA-TTGATTTGTTACGTTACCGA-G---ACCATG-------AAATAGCAC-GAGTCATTTAC
gi|1                          : CCTATTTTATACGTAAAATAT-A--------C--ACTTAAATAATACTGA-TAT--TT--AAACTA------TTTTA-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTGA------AA--ATT-A----AA-GT-A-TTTCTATTCTA--------TGAAT------------AC-TTTATTTGTTACACAAGCGT-G---GCCGTG-------AAATAGCGC-AAGTGAATTAC
gi|3                          : CCTATTTTATACATGAGATAT-A-TAATA--C--ATATA-------CTTA-TAA--TT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-G-TTAT--TT-AT-CCA-CTTACTGA------TA--TTT-G-------------TTCTG-ACAC--------TAAAT------------TA-TTGATTTGTTATGCAAGGGT-G---ATCGTG-------AAATAGCAC-AAGTCATTTaacac
gi|12                         : CCTATTTTATACGTAAGATAT----A-TA--C--ACTTA-------ATGA-TAT--TT--AAAATA------TTTAT-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTAA------TA--GTT-A----AA-GT-A-ATTTT-----------------------------------------GTTACGCAAGCGT-G---ATCGTG-------AAATAGTGC-GAGTCATATACtacaacacc
gi|17                         : CCTATTCTATACGCAAGA-AT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAA--TT--AAAGTA------TTTTG-TTTC-A-TTAT--TT-A-------------A------G-----T-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAT--------aacac
gi|5                          :  CTATTTTATAG-TACGATAT-A-TA-----C--AATTA-------CTGA-TGA--TA--AAAGTA------AGTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT-AAA-CGTACTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTGATCTGTTACGCAAGCGT-G---ATTGTG-------AAATAGCGC-GAGTCATTTAcaatgtgaaatagcgcaagtcattttacaatac
gi|4                          : tCTATTTTATACGTAAGATAT-A-TA-AA--C--A--TA-------CTAA-GAT--TT--AAAGTA------ATTTGATCTC-A-TTAT--GT-TT-GCA-CATACTGA------TA--CTT-G----AA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTGATTTCTTAC----CCAA-GCGTATCGTG-------AAA-AGCAC-GAGTCATTTACaaata
gi|8                          :  CTATTTCATACGTAG---AT-A-TA-CA--C--ACTTA-------CTGACTAT--TC--AAAGTA-------TTTG-TCTC-A-------TT-AT-ACA-C-TACTGA------TA--ATT-A----GA-GT-A-ATTT--TTCAC--------TGGAT------------TA-TTGA-TTGTTATGCAAGCGATG---GATATT-------AAATAGCGCTAACTCATTTACaacac
gi|9                          :  CTATTTTATAGGTAAGATAT-A-TA-----C--GCTTA-------CAGA-TAT--TT--AAAGTACATGTATTTTG-TGTC-A-TTAT--TT-AT-ACT-TATATTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TT---------------------T------------TA-TTGATGTGATGGGT-------A---ATCATT-------AAATAGCAT-TAGCCATTTaaaca
gi|21                         :   CATTTTATACGTATGATAT-A-TA-TG--C----TTA-------CTGT-TAT--TT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TT---------------ACACTAA-----------------------------TTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTGATTTGT-----------------------------AAATAGTGC-GAGTCATTTACtatttaacaac
gi|11                         :    ATTCTATACGCAAGATTT-AATA-TA--C--ACTTA-------CTGA-CAT--TT--GAAGTA--------------------CAT--GT-AT-ACA-CATACTG-----------ATT-T----AA--T-A--TTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTAATTTGTTATGAAAGTGT-G---ATGGTG-------AAATAACAC-GAGTTATTTACaacac
gi|2                          :    tTTATATGTA-AAGATATTA-TAATA--C--ACTTA-------CAGA-TAT--TTTAAAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-GT-ACA-CAAACTGA------TA--ACT-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------GA-TTGATTTGTTACGCAAGTGT-G---ATCTTG-------AGATAGTGA-AAGTCGTTTACaaca
gi|10                         :    tTTATACAGA-AGAATAT-A-TA-CA--CTCACTTA-------CTGA-AAT--T---AAAGTA------TTT-G-TCTCCA-TTAT--TT-ATTACA-CA----------------------------GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTAA-TTGTAAAGCAAGCAT-G---AGCCTG-------AAATAACAC-CAGTCATTTACaacac
gi|14                         :   tctattATACGTAAGATAT-A-TA-TATAC--ACTTC-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TTT-G-TTTA-G-TTAT--TT-AT-GCA-CGCACTGA------TA--ATT-G----AA-GT-A-TTTTTGCTCAC--------TGAAT------------TA-TTGATTTGTCACGatgt
gi|29                         :      cctaatttTAAGATAT-A-TA-----C--ACTTA-------C-------------AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTcaagagtgat
gi|13                         :     caattttatgcgGAGAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-CAT--TT--AAAATA------TTT------------------------A-CACACTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TTTTTGTCCAC--------TGAAT------------TA-TTGATTTGTTACGCAAGCAT-G---ATTGTG-------AAATAGTCC-AAGTCATTT
gi|18                         :             ttacgcTAT-T-TA-TA--C--ACATA-------CTGA-TATAATT--AAAGTA------TTTTtacaacac
gi|22                         :    agtattttggtctcatAT-T-TA-TA--C--ACCTG-------CTGA-TAA--TT--AAAGTA------TTTTtgttcactgaattattgacttgttacgcaagcgtgatcgtgaaattgcgggagtcattttacaac
gi|6                          :        attttgtctcataT-A-TA-TA--A--ACTTA-------CTGA-AAT--T----AAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TTAAA-ACAGCATACTGA-----------------------------CTAGCTCAA--------TGAAC------------TATTTGATTTGTTACTTTCCCCA-A---AGCATGATCGTGAAAATAGCGC-AAGTCATTTtgttcagtgaatgattgatttgttacgtaagcttgatcgtgaaatagcgcgagtcatttacaagac
gi|16                         :   cttatttatacgccagcaagc-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TCTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CACACTGA------TA--ATT-A----AA-AT-A--------------------------------------A-TTAATTTGTAACGCAAGTGT-A---ATTGTA-------AAATAGCAC-GAGTCATTTACtacaac
gi|27                         :                        -TA-TA--C--ATATA-------CTGA-TAA--C---AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CTTGCTGA------TA--ATT-aacac
gi|26                         :                          attt--C--ATTTC-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TG-TT-ACA-CA-ACTAA------TA--AGTAA----AA-GT-A-
gi|23                         :                               tt--ACTTA-------CTGA-TAT--TT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTGA------TA--ATT-A----CA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------CGAAT------------TA-TTGAT
gi|20                         :                    ttacactaaaaag--ACTTA-------CTGA-TTT--AT--AAAGTA------TT-------C-G-TTATAGTT-AT-ACA-CATACTGG------TG--ATT-ATCTAAA-GT-AGTTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-ATG
gi|18                         :                                                               AGTA------TTTTGGTCTC-A-TTAT--TT-AT-ACA-CATACTGA------TATAATT-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAC--------TGAAT------------TA-TTGACTTGTTACGCAAGCGT-G---ATCGTG-------AAATTGCGG-GAGTCATTTcaaatgtaatcgtgaaaagcgcgagagtcat
gi|19                         :                                                                GTA------TTTTG-TCTC-AATTAT--TT-AT--CA-CTTGCTGATATTATGA--ATT-A----CATGT-A-TTTTTAT-CAC--------TGAAT------------TA-TTGA-TTGTTACGCAAGCGT-G---ATCGTGA------AAATAACGC-GAGTTATtacaac
gi|22                         :                                                                  A------TTTTG-TCTC-A-TAAT--TT-AT-ACA-CCTGCTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TTTTTGTTCAG--------TGAAT------------GA-TTGATTTGTTACGTAAGCTT-G---ATCGTG-------AAATAGCGC-GAGTCATTTACgcaa
gi|17                         :                                                                                        AT--AT-AT-ACA-CTTACTGA------TA--ATT-A----AA-GT-A-TTTTGTTTCATTATTTAAGTAAAG------------TA-TT--TTTGTT-CATCAATG----------TG-------AAATAGCGC-AAGTCATTTaagac
gi|24                         :                                                                                                    cctattctatacgcaaga--ATT-A----AA-GTTA-GTTTTGCTCAC--------TGAGT------------AA-TTGATTTGTTACCTGTGCGT-G---ATTGTG-------AAATAGtacaatac
gi|25                         :                                                                                                                          ttattctactttaatggtgTGTTCAT--------TGAATCATATAATTATATA-TTTATTTGTTACGTAAGTGT-G---ACCGTG-------AAATAACGC-GAGTCATTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                 CGT-G---ATCTTG-------AAATAGCAG-GAGTTATTTACtacaacac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AATATTTTGTCTCAGTTATTCATTCCGCACTTATCCTGATATTAATTGGTAAAGTCGATTATCTGTCGTTCACTCGATCTATTGCATTATTACGTCCAAGAGTGATCGTTGAAATAAGC
Unaligned ( gi|28 ): CACTGAATAACTTATTTGTTACTCAAGCGTGATCGTGAAATTTATAACACTAGATA






Alignments
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lowQualScore                  :                     2 33 2   2 2  77 22 22     5555555    1    333      444444     3    1 3    22  1  444   1 333      222  666666  222 1 3333  1 44444 1 22  1      3333       0000000000000 1             22 444444     1      1  3         44           
lowQualScore                  :                     . .. .   . .  .. .. ..     .......    .    ...      ......     .    . .    ..  .  ...   . ...      ...  ......  ... . ....  . ..... . ..  .      ....       ............. .             .. ......     .      .  .         ..           
lowQualScore                  :                     4 22 4   4 1  22 88 55     9999999    8    111      444444     1    5 1    22  6  444   6 444      777  555555  777 5 4444  6 00000 6 88  7      3333       0000000000000 5             22 444444     5      6  2         33           
consensus                     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
Reference ( family-3365 )     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
gi|1                          :     CCTATTTTATACGTAA-A--A-TAT-A--------C--ACTTAAATAATACTGA-TATTT--AAACTA------TTTTA-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---AA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-CTATTC----TATGAAT------------AC-TTTATTTGTTACA--C------AAGCG-TGGCCG-TG-AAATAGCGC--AAGTGAATTAC
gi|10                         :      CTATTTTATACAGAA-G--AATAT-A-TA-CA--CTCACTTA-------CTGA-AATT---AAAGTA------TTT-G-TCTCCA-TTAT--TT-ATT--ACA-C--A--------------------------------G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAA-TTGTAAAG--C------AAGCA-TGAGCC-TG-AAATAACAC--CAGTCATTTACaacac
gi|11                         :      tTATTCTATACGCAA-G--A-TTT-AATA-TA--C--ACTTA-------CTGA-CATTT--GAAGTA--------------------CAT--GT-AT---ACA-C--ATACTGA---T--------T---T-A----A--------T-A--TT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAATTTGTTATG--A------AAGTG-TGATGG-TG-AAATAACAC--GAGTTATTTACatgt
gi|12                         :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT----A-TA--C--ACTTA-------ATGA-TATTT--AAAATA------TTTAT-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTAA---TA------GT---T-A----AA-G-----T---------------------AAT-------------------TTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGTGC--GAGTCATATACaaca
gi|13                         :              TACGCGA-G--A-TAT-A-TA-----C--ACTTA-------CTGA-CATTT--AAAATA------TTT--------------------------A-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTCC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCA-TGATTG-TG-AAATAGTCC--AAGTCATTTaacac
gi|14                         :    tCCTAATTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TATAC--ACTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTT-G-TTTA-G-TTAT--TT-AT---GCA-C--GCACTGA---TA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGCTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTCACG--C------AAGAG-TGATtacaacac
gi|15                         :                                                                     AATA------TTTTG-TCTC-AGTTAT--TC-ATTCCGCA-CTTATCCTGATATTA------ATTGGT-A----AA-GTCGATT-A-TCTGTCGTTC----ACTCGATC-----------TA-TTGCATTATTACGTCC------AAGAG-TGATCGTTG-AAATA
gi|16                         :                                -TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TCTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-A-----T-A-----------------------------------A-TTAATTTGTAACG--C------AAGTG-TAATTG-TA-AAATAGCAC--GAGTCATTTACagc
gi|17                         :     CCTATTCTATACGCAA-G--A--AT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TTTC-A-TTAT--T------------------------TA------AG---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----A-TCAAT-----------------------------------------G-TG--------AAATAGCGC--AAGTCATTTaacac
gi|18                         :                                                                     AGTA------TTTTGGTCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TATA----AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGACTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATTGCGG--GAGTCATTTtacaatac
gi|19                         :                                                                      GTA------TTTTG-TCTC-AATTAT--TT-AT----CA-C--TTGCTGA---TATTATGAAT---T-A----CATG-----T-A-TTT-TTAT-C----ACTGAAT------------TA-TTGATT-GTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TGAAAATAACGC--GAGTTATtacaac
gi|2                          :          TTTATATGTAAAG--A-TATTA-TAATA--C--ACTTA-------CAGA-TATTTTAAAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-GT---ACA-C--AAACTGA---TA------AC---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--C------AAGTG-TGATCT-TG-AGATAGTGA--AAGTCGTTTACgcaa
gi|20                         :                                         --ACTTA-------CTGA-TTTAT--AAAGTA------TT-------C-G-TTATAGTT-AT---ACA-C--ATACTGG---TG------AT---T-ATCTAAA-G-----T-AGTTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-----------ATG--C------AAATG-TAATCG-TG-AAA-AGCGCGAGAGTCATaacac
gi|21                         :        ATTTTATACGTAT-G--A-TAT-A-TA-TG--C----TTA-------CTGT-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-T---------T---ACA-C------------TA------A--------------------------T-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGT-----------------------------AAATAGTGC--GAGTCATTTAC
gi|22                         :                                                                       cA------TTTTG-TCTC-A-TAAT--TT-AT---ACA-C--CTGCTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----AGTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--T------AAGCT-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTACaacac
gi|23                         :                                         --ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----CA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACCGAAT------------TA-TTGATaagac
gi|24                         :                                                                                                     ttacactaaaaagTAATGG---TG------AT---T-A----AA-G-----TTA-GTT-TTGCTC----ACTGAGT------------AA-TTGATTTGTTACC--T------GTGCG-TGATTG-TG-AAATAG
gi|25                         :                                                                                                                                                      ttattctacttTGTTC----ATTGAATCATATAATTATATA-TTTATTTGTTACG--T------AAGTG-TGACCG-TG-AAATAACGC--GAGTCATTT
gi|26                         :                                      --C--ATTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TG-TT---ACA-C--A-ACTAA---TA------AG---TAA----AA-G-----T-A-tacaacac
gi|27                         :                              tt-TA-TA--C--ATATA-------CTGA-TAAC---AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--TTGCTGA---TA------AT---T-
gi|28                         :                                                                                                                                                                 atttC----ACTGAAT------------AA-CTTATTTGTTACT--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAAT
gi|29                         :        ATTTTATGCGTAA-G--A-T---A-TA-TA--C--ACTTA-------C-----------AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTttataacactagata
gi|3                          :   caCCTATTTTATACATGA-G--A-TAT-A-TAATA--C--ATATA-------CTTA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-G-TTAT--TT-AT---CCA-C--TTACTGA---TA---------------------------------T-TTGTTCTGACACTAAAT------------TA-TTGATTTGTTATG--C------AAGGG-TGATCG-TG-AAATAGCAC--AAGTCATTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                ------AAGCG-TGATCT-TG-AAATAGCAG--GAGTTATTTACtacaacacc
gi|4                          :      CTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-AA--C--A--TA-------CTAA-GATTT--AAAGTA------ATTTGATCTC-A-TTAT--GT-TT---GCA-C--ATACTGA---TA------CT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTCTTACC--C------AAGCG-T-ATCG-TG-AAA-AGCAC--GAGTCATTTACaacac
gi|5                          :      CTATTTTATA-GTAC-G--A-TAT-A-TA-----C--AATTA-------CTGA-TGATA--AAAGTA------AGTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---AAA-C--GTACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATCTGTTACG--C------AAGCG-TGATTG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAaacac
gi|6                          :         tTTTATACGCCA-GCAA-GCT-A-TA-TA--A--ACTTA-------CTGA-AATT----AAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TTAAA---ACAGC--ATACTG------------AC---T-A-----------------------GCTC----AATGAAC------------TATTTGATTTGTTACT--TTCCCCAAAGCA-TGATCG-TGAAAATAGCGC--AAGTCATTTaaata
gi|7                          : cttaCCCATTACATAGATAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-CCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---GA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ATTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--T------TACCG-AGACCA-TG-AAATAGCAC--GAGTCATTTACtacaac
gi|8                          :      CTATTTCATACGTAG-------AT-A-TA-CA--C--ACTTA-------CTGACTATTC--AAAGTA-------TTTG-TCTC-A-------TT-AT---ACA-C---TACTGA---TA------AT---T-A----GA-G-----T-A-ATT-T--TTC----ACTGGAT------------TA-TTGA-TTGTTATG--C------AAGCGATGGATA-TT-AAATAGCGCT-AACTCATTTAC
gi|9                          :      CTATTTTATAGGTAA-G--A-TAT-A-TA-----C--GCTTA-------CAGA-TATTT--AAAGTACATGTATTTTG-TGTC-A-TTAT--TT-AT---ACT-T--ATATTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TT------------------T------------TA-TTGATGTG--------------ATGGG-TAATCA-TT-AAATAGCAT--TAGCCATTTaaaca





Alignments
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lowQualScore                  :                     2 33 2   2 2  77 22 22     5555555    1    333      444444     3    1 3    22  1  444   1 333      222  666666  222 1 3333  1 44444 1 22  1      3333       0000000000000 1             22 444444     1      1  3         44           
lowQualScore                  :                     . .. .   . .  .. .. ..     .......    .    ...      ......     .    . .    ..  .  ...   . ...      ...  ......  ... . ....  . ..... . ..  .      ....       ............. .             .. ......     .      .  .         ..           
lowQualScore                  :                     4 22 4   4 1  22 88 55     9999999    8    111      444444     1    5 1    22  6  444   6 444      777  555555  777 5 4444  6 00000 6 88  7      3333       0000000000000 5             22 444444     5      6  2         33           
consensus                     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
Reference ( family-3365 )     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
gi|1                          :     CCTATTTTATACGTAA-A--A-TAT-A--------C--ACTTAAATAATACTGA-TATTT--AAACTA------TTTTA-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---AA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-CTATTC----TATGAAT------------AC-TTTATTTGTTACA--C------AAGCG-TGGCCG-TG-AAATAGCGC--AAGTGAATTAC
gi|10                         :      CTATTTTATACAGAA-G--AATAT-A-TA-CA--CTCACTTA-------CTGA-AATT---AAAGTA------TTT-G-TCTCCA-TTAT--TT-ATT--ACA-C--A--------------------------------G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAA-TTGTAAAG--C------AAGCA-TGAGCC-TG-AAATAACAC--CAGTCATTTACaacac
gi|11                         :      tTATTCTATACGCAA-G--A-TTT-AATA-TA--C--ACTTA-------CTGA-CATTT--GAAGTA--------------------CAT--GT-AT---ACA-C--ATACTGA---T--------T---T-A----A--------T-A--TT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAATTTGTTATG--A------AAGTG-TGATGG-TG-AAATAACAC--GAGTTATTTACatgt
gi|12                         :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT----A-TA--C--ACTTA-------ATGA-TATTT--AAAATA------TTTAT-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTAA---TA------GT---T-A----AA-G-----T---------------------AAT-------------------TTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGTGC--GAGTCATATACaaca
gi|13                         :              TACGCGA-G--A-TAT-A-TA-----C--ACTTA-------CTGA-CATTT--AAAATA------TTT--------------------------A-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTCC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCA-TGATTG-TG-AAATAGTCC--AAGTCATTTaacac
gi|14                         :    tCCTAATTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TATAC--ACTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTT-G-TTTA-G-TTAT--TT-AT---GCA-C--GCACTGA---TA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGCTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTCACG--C------AAGAG-TGATtacaacac
gi|15                         :                                                                     AATA------TTTTG-TCTC-AGTTAT--TC-ATTCCGCA-CTTATCCTGATATTA------ATTGGT-A----AA-GTCGATT-A-TCTGTCGTTC----ACTCGATC-----------TA-TTGCATTATTACGTCC------AAGAG-TGATCGTTG-AAATA
gi|16                         :                                -TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TCTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-A-----T-A-----------------------------------A-TTAATTTGTAACG--C------AAGTG-TAATTG-TA-AAATAGCAC--GAGTCATTTACagc
gi|17                         :     CCTATTCTATACGCAA-G--A--AT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TTTC-A-TTAT--T------------------------TA------AG---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----A-TCAAT-----------------------------------------G-TG--------AAATAGCGC--AAGTCATTTaacac
gi|18                         :                                                                     AGTA------TTTTGGTCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TATA----AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGACTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATTGCGG--GAGTCATTTtacaatac
gi|19                         :                                                                      GTA------TTTTG-TCTC-AATTAT--TT-AT----CA-C--TTGCTGA---TATTATGAAT---T-A----CATG-----T-A-TTT-TTAT-C----ACTGAAT------------TA-TTGATT-GTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TGAAAATAACGC--GAGTTATtacaac
gi|2                          :          TTTATATGTAAAG--A-TATTA-TAATA--C--ACTTA-------CAGA-TATTTTAAAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-GT---ACA-C--AAACTGA---TA------AC---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--C------AAGTG-TGATCT-TG-AGATAGTGA--AAGTCGTTTACgcaa
gi|20                         :                                         --ACTTA-------CTGA-TTTAT--AAAGTA------TT-------C-G-TTATAGTT-AT---ACA-C--ATACTGG---TG------AT---T-ATCTAAA-G-----T-AGTTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-----------ATG--C------AAATG-TAATCG-TG-AAA-AGCGCGAGAGTCATaacac
gi|21                         :        ATTTTATACGTAT-G--A-TAT-A-TA-TG--C----TTA-------CTGT-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-T---------T---ACA-C------------TA------A--------------------------T-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGT-----------------------------AAATAGTGC--GAGTCATTTAC
gi|22                         :                                                                       cA------TTTTG-TCTC-A-TAAT--TT-AT---ACA-C--CTGCTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----AGTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--T------AAGCT-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTACaacac
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gi|24                         :                                                                                                     ttacactaaaaagTAATGG---TG------AT---T-A----AA-G-----TTA-GTT-TTGCTC----ACTGAGT------------AA-TTGATTTGTTACC--T------GTGCG-TGATTG-TG-AAATAG
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gi|26                         :                                      --C--ATTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TG-TT---ACA-C--A-ACTAA---TA------AG---TAA----AA-G-----T-A-tacaacac
gi|27                         :                              tt-TA-TA--C--ATATA-------CTGA-TAAC---AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--TTGCTGA---TA------AT---T-
gi|28                         :                                                                                                                                                                 atttC----ACTGAAT------------AA-CTTATTTGTTACT--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAAT
gi|29                         :        ATTTTATGCGTAA-G--A-T---A-TA-TA--C--ACTTA-------C-----------AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTttataacactagata
gi|3                          :   caCCTATTTTATACATGA-G--A-TAT-A-TAATA--C--ATATA-------CTTA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-G-TTAT--TT-AT---CCA-C--TTACTGA---TA---------------------------------T-TTGTTCTGACACTAAAT------------TA-TTGATTTGTTATG--C------AAGGG-TGATCG-TG-AAATAGCAC--AAGTCATTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                ------AAGCG-TGATCT-TG-AAATAGCAG--GAGTTATTTACtacaacacc
gi|4                          :      CTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-AA--C--A--TA-------CTAA-GATTT--AAAGTA------ATTTGATCTC-A-TTAT--GT-TT---GCA-C--ATACTGA---TA------CT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTCTTACC--C------AAGCG-T-ATCG-TG-AAA-AGCAC--GAGTCATTTACaacac
gi|5                          :      CTATTTTATA-GTAC-G--A-TAT-A-TA-----C--AATTA-------CTGA-TGATA--AAAGTA------AGTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---AAA-C--GTACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATCTGTTACG--C------AAGCG-TGATTG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAaacac
gi|6                          :         tTTTATACGCCA-GCAA-GCT-A-TA-TA--A--ACTTA-------CTGA-AATT----AAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TTAAA---ACAGC--ATACTG------------AC---T-A-----------------------GCTC----AATGAAC------------TATTTGATTTGTTACT--TTCCCCAAAGCA-TGATCG-TGAAAATAGCGC--AAGTCATTTaaata
gi|7                          : cttaCCCATTACATAGATAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-CCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---GA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ATTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--T------TACCG-AGACCA-TG-AAATAGCAC--GAGTCATTTACtacaac
gi|8                          :      CTATTTCATACGTAG-------AT-A-TA-CA--C--ACTTA-------CTGACTATTC--AAAGTA-------TTTG-TCTC-A-------TT-AT---ACA-C---TACTGA---TA------AT---T-A----GA-G-----T-A-ATT-T--TTC----ACTGGAT------------TA-TTGA-TTGTTATG--C------AAGCGATGGATA-TT-AAATAGCGCT-AACTCATTTAC
gi|9                          :      CTATTTTATAGGTAA-G--A-TAT-A-TA-----C--GCTTA-------CAGA-TATTT--AAAGTACATGTATTTTG-TGTC-A-TTAT--TT-AT---ACT-T--ATATTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TT------------------T------------TA-TTGATGTG--------------ATGGG-TAATCA-TT-AAATAGCAT--TAGCCATTTaaaca


blockSeqs                     :                     A CA A   T A  AT TA TC     .          C    TTA      CATGTA     G    C G    AG  A  TCC   G TTA      TAT  TTATGA  TGG A TCTA  T TCGAT T GT  G      TGAC       CATATAATTATAT T             TC TCCCCA     A      T  A         GA
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  AT .  .      .          .    T        .          A    . A    .   .  T     . A        .    TA      .   . .     . .     . T   .      .          CT            .             .  .          .      .  A         T 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  C  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . G        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . T        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          G             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  A  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . C        .    .       .   . .     . .     . G   .      .          G             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  T  .  .      .          .    A        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          A             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  C  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . T        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          A             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                     . .  .   . .  .  .  .      .          .    C        .          .    . .    .   .  .     . T        .    .       .   . .     . .     . A   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                .  .  .  .      .          .    T        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . T   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                .  .  .  .      .          .    .        .          .    . .    .   .  .     . G        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                      .  .      .          .    .        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                         .      .          .    .        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                         .      .          .    .        .          .    . .    .   .  .     . A        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          T             .             .  .          .      .  .         . 
blockSeqs                     :                                                                         .          .    . .    .   .  .     . .        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          T             .             .  .          .      .  .           
blockSeqs                     :                                                                         .          .    . .    .   .  .     . .        .    .       .   . .     . .     . .   .      .          .             .             .  .          .      .  .           
blockSeqs                     :                                                                         .          .    . .    .   .  .     . .        .    .       .   . .     . .     .            .          .             .             .  .          .      .  .           
blockSeqs                     :                                                                         .          .    . .                            .    .       .   .                            .          .             .                .          .                     


blockSeqCons                  :                                   T*           *******
originalCons                  :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
finalCons                     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TAT-A--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC





Alignments
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lowQualScore                  :                     2 33 2   2 2  77 22 22     5555555    1    333      444444     3    1 3    22  1  444   1 333      222  666666  222 1 3333  1 44444 1 22  1      3333       0000000000000 1             22 444444     1      1  3         44           
lowQualScore                  :                     . .. .   . .  .. .. ..     .......    .    ...      ......     .    . .    ..  .  ...   . ...      ...  ......  ... . ....  . ..... . ..  .      ....       ............. .             .. ......     .      .  .         ..           
lowQualScore                  :                     4 22 4   4 1  22 88 55     9999999    8    111      444444     1    5 1    22  6  444   6 444      777  555555  777 5 4444  6 00000 6 88  7      3333       0000000000000 5             22 444444     5      6  2         33           
consensus                     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
Reference ( family-3365 )     :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAC
gi|1                          :     CCTATTTTATACGTAA-A--A-TAT-A--------C--ACTTAAATAATACTGA-TATTT--AAACTA------TTTTA-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---AA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-CTATTC----TATGAAT------------AC-TTTATTTGTTACA--C------AAGCG-TGGCCG-TG-AAATAGCGC--AAGTGAATTAC
gi|10                         :      CTATTTTATACAGAA-G--AATAT-A-TA-CA--CTCACTTA-------CTGA-AATT---AAAGTA------TTT-G-TCTCCA-TTAT--TT-ATT--ACA-C--A--------------------------------G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAA-TTGTAAAG--C------AAGCA-TGAGCC-TG-AAATAACAC--CAGTCATTTACaacac
gi|11                         :      tTATTCTATACGCAA-G--A-TTT-AATA-TA--C--ACTTA-------CTGA-CATTT--GAAGTA--------------------CAT--GT-AT---ACA-C--ATACTGA---T--------T---T-A----A--------T-A--TT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTAATTTGTTATG--A------AAGTG-TGATGG-TG-AAATAACAC--GAGTTATTTACatgt
gi|12                         :     CCTATTTTATACGTAA-G--A-TAT----A-TA--C--ACTTA-------ATGA-TATTT--AAAATA------TTTAT-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTAA---TA------GT---T-A----AA-G-----T---------------------AAT-------------------TTTGTTACG--C------AAGCG-TGATCG-TG-AAATAGTGC--GAGTCATATACaaca
gi|13                         :              TACGCGA-G--A-TAT-A-TA-----C--ACTTA-------CTGA-CATTT--AAAATA------TTT--------------------------A-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTCC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--C------AAGCA-TGATTG-TG-AAATAGTCC--AAGTCATTTaacac
gi|14                         :    tCCTAATTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-TATAC--ACTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTT-G-TTTA-G-TTAT--TT-AT---GCA-C--GCACTGA---TA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGCTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGTCACG--C------AAGAG-TGATtacaacac
gi|15                         :                                                                     AATA------TTTTG-TCTC-AGTTAT--TC-ATTCCGCA-CTTATCCTGATATTA------ATTGGT-A----AA-GTCGATT-A-TCTGTCGTTC----ACTCGATC-----------TA-TTGCATTATTACGTCC------AAGAG-TGATCGTTG-AAATA
gi|16                         :                                -TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TCTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ACACTGA---TA------AT---T-A----AA-A-----T-A-----------------------------------A-TTAATTTGTAACG--C------AAGTG-TAATTG-TA-AAATAGCAC--GAGTCATTTACagc
gi|17                         :     CCTATTCTATACGCAA-G--A--AT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TTTC-A-TTAT--T------------------------TA------AG---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----A-TCAAT-----------------------------------------G-TG--------AAATAGCGC--AAGTCATTTaacac
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gi|2                          :          TTTATATGTAAAG--A-TATTA-TAATA--C--ACTTA-------CAGA-TATTTTAAAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-GT---ACA-C--AAACTGA---TA------AC---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--C------AAGTG-TGATCT-TG-AGATAGTGA--AAGTCGTTTACgcaa
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gi|21                         :        ATTTTATACGTAT-G--A-TAT-A-TA-TG--C----TTA-------CTGT-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-T---------T---ACA-C------------TA------A--------------------------T-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTGT-----------------------------AAATAGTGC--GAGTCATTTAC
gi|22                         :                                                                       cA------TTTTG-TCTC-A-TAAT--TT-AT---ACA-C--CTGCTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----AGTGAAT------------GA-TTGATTTGTTACG--T------AAGCT-TGATCG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTACaacac
gi|23                         :                                         --ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---TA------AT---T-A----CA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACCGAAT------------TA-TTGATaagac
gi|24                         :                                                                                                     ttacactaaaaagTAATGG---TG------AT---T-A----AA-G-----TTA-GTT-TTGCTC----ACTGAGT------------AA-TTGATTTGTTACC--T------GTGCG-TGATTG-TG-AAATAG
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gi|26                         :                                      --C--ATTTC-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TG-TT---ACA-C--A-ACTAA---TA------AG---TAA----AA-G-----T-A-tacaacac
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gi|29                         :        ATTTTATGCGTAA-G--A-T---A-TA-TA--C--ACTTA-------C-----------AAAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTttataacactagata
gi|3                          :   caCCTATTTTATACATGA-G--A-TAT-A-TAATA--C--ATATA-------CTTA-TAATT--AAAGTA------TTTTG-TCTC-G-TTAT--TT-AT---CCA-C--TTACTGA---TA---------------------------------T-TTGTTCTGACACTAAAT------------TA-TTGATTTGTTATG--C------AAGGG-TGATCG-TG-AAATAGCAC--AAGTCATTT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                ------AAGCG-TGATCT-TG-AAATAGCAG--GAGTTATTTACtacaacacc
gi|4                          :      CTATTTTATACGTAA-G--A-TAT-A-TA-AA--C--A--TA-------CTAA-GATTT--AAAGTA------ATTTGATCTC-A-TTAT--GT-TT---GCA-C--ATACTGA---TA------CT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATTTCTTACC--C------AAGCG-T-ATCG-TG-AAA-AGCAC--GAGTCATTTACaacac
gi|5                          :      CTATTTTATA-GTAC-G--A-TAT-A-TA-----C--AATTA-------CTGA-TGATA--AAAGTA------AGTTG-TCTC-A-TTAT--TT-AT---AAA-C--GTACTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ACTGAAT------------TA-TTGATCTGTTACG--C------AAGCG-TGATTG-TG-AAATAGCGC--GAGTCATTTAaacac
gi|6                          :         tTTTATACGCCA-GCAA-GCT-A-TA-TA--A--ACTTA-------CTGA-AATT----AAGTA------TTTTG-TCTC-A-TTAT--TTAAA---ACAGC--ATACTG------------AC---T-A-----------------------GCTC----AATGAAC------------TATTTGATTTGTTACT--TTCCCCAAAGCA-TGATCG-TGAAAATAGCGC--AAGTCATTTaaata
gi|7                          : cttaCCCATTACATAGATAA-G--A-TAT-A-TA-TA--C--ACTTA-------CTGA-TATTT--AAAGTA------TTTTG-CCTC-A-TTAT--TT-AT---ACA-C--ATACTGA---GA------AT---T-G----AA-G-----T-A-TTT-TTGTTC----ATTGAAT------------TA-TTGATTTGTTACG--T------TACCG-AGACCA-TG-AAATAGCAC--GAGTCATTTACtacaac
gi|8                          :      CTATTTCATACGTAG-------AT-A-TA-CA--C--ACTTA-------CTGACTATTC--AAAGTA-------TTTG-TCTC-A-------TT-AT---ACA-C---TACTGA---TA------AT---T-A----GA-G-----T-A-ATT-T--TTC----ACTGGAT------------TA-TTGA-TTGTTATG--C------AAGCGATGGATA-TT-AAATAGCGCT-AACTCATTTAC
gi|9                          :      CTATTTTATAGGTAA-G--A-TAT-A-TA-----C--GCTTA-------CAGA-TATTT--AAAGTACATGTATTTTG-TGTC-A-TTAT--TT-AT---ACT-T--ATATTGA---TA------AT---T-A----AA-G-----T-A-TT------------------T------------TA-TTGATGTG--------------ATGGG-TAATCA-TT-AAATAGCAT--TAGCCATTTaaaca