lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 3333333333333 3333333333333333 33333333333333333 111111111111111 22222 11111111 222222 1 111 1
lowQualScore : 6 6 2 6 2 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 777777777 33333333 5555 2 0000000000000 1111111111111111 55555555555555555 555 2 777777777777777 77777 11111111 55 111111 66 0 000 0
lowQualScore : . . . . . . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ......... ........ .... . ............. ................ ................. ... . ............... ..... ........ .. ...... .. . ... .
lowQualScore : 0 0 5 0 5 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 222222222 55555555 0000 7 0000000000000 7777777777777777 44444444444444444 000 9 444444444444444 00000 33333333 55 111111 11 0 888 0
consensus : NACGAAACCTATCAANTGAGGGCGTCCTCACAATGTCT-------------TA-ACG---AG-A------GATATGTTATTGTA----AAG--GCAAAAA-AGTAC--TAT---CTTAGG---TAGN--TATAGGG--ACA-CC-------T-TNC-------TATAAAAGTTTATCCANT-----------TA------TC---TTTCGAATTGTG--A--AAAA--AAC----GTT----G--AG---AGAATA-T--ATTAG------CAG---GGACATG--TCCCCNACACCAC-TT-GTCC---CCAC-TAAT------------NT---A-----ATAT-------------C-N-------T-------------TCAC-ATT----------CTGTGGG----TCAC-G----N--TTATGGGGA-C------GTAACTG--------TA----AGGAC-A-GA---NTTTT-GTCCTCATAGTGCAC-T-T-----CTGTCCTCACA------ACG-----CCGGTCAA---AT-G----------GTT--AAAA-TT--GTCCTCACT----T---T--AC-A---CGTTTT--ATCA-GC--TCTCTCTCTC
Reference ( gi|2 ) : GACGAAACCTGTTAAGTAAGGACGTCCGCACAATG-CT-------------TAGACG---AGAA------GACATGTT-TTGTG----AAG--GCATTAA-AGTAC--TAT---CTTAGG---TAGA--TTTGGAG--ATA-CC-------T-TCC-------TATAAAAGTTTATCCATT-----------TA------TC---TTTCGAACCGTG--A--AAAG--AAC----GTT----G--GA---AGAATA-C--ATTAT------TAG---GGACATA--TCACCAACACCAC-TT-GTCC---CTGC-TAAT------------GT---A-----ATAT-------------C-G-------T-------------TCAC-TTT----------CTGTGGG----GCAC-G----A--TTATGGAGG-C------GTAACTG--------TA----AGGAC-A-TA---TTTTTGGTCCTCATTGTGCGC-C-T-----CTGTCCTCACA------ACG-----CCGGTCAA---AT-G----------ATT--AAAA-TG--GTCCTCACT----T---T--AC-A---GGTTTT--ATCA-GC--TCTCGCTCTC
gi|1 : ACGAAACCTATCAATTGAGGGAGTCTTCACAATA-CT-------------TA--C---------------ATATGTTATCGTA----AAG--GCAAAAA-CGTAC--CAT---GTTAGG---TATACCTATAGAG--GCA-CC-------T------------ATAAAAGTTTATCTACTACTCTGTCTCATA------TT---TTTTAA-----G--A--AAAATTGAT----TTT----A--AG---AGACCA-T--ATTAG------CAC---GGGCATT--TC-CCATTACCAC-TT-GTGC---TCAC-TAAT------------CT---A-----ATATTATGTATCTACATC-T-------T-------------TCAC-ATG----------CTCTAGG----GGA--G----G--TAACTGAGGAT------GT--TTG--------TG----AGGAC-G--A---CTTTTCGCCCTCATAATGTAC-TAT-----TCATCCTCATA------TCT-----TCCATCAA---AT-G----------GTT--AAAA-CT--TTCTTAACT----T---T--GC-A---AGTTTT--ATCA-
gi|7 : AAGTGAGGACATCCTCGCAATATCTCAAAAAGAATATATACACGCACAACA------GATATGTTATTGTG----AAGAAGAAAAAA-AA-AT--CAT---CTTGTG---TAGT--TACAGTG--ACA-TC-------T-ACC-------AATAAAAGTATATT--TT-----------TAAAATACTC---CGTCGAATTGTG--ACCAAAA--AACTGTTGTT----G--AA---AGGAAA-T--ATCAG------TAG---GGGCA-AGTTCAC--ATACCAC-TT-ACCC---CTAC-TAATCTAATTTCTTGCGTCT-A-----ATAC-------------C-G-------T-------------TCAC-ATT----------CTGTA--------------------TATGGAGA-C------GTCACTG---------A----AGtcaccatcatctctcttacgtacacaggtaca
gi|3 : TCCTCATATTGTCT-------------AAGA-G---AGAATATACAAACATGTTATTGTA----AAG--ACA--AA-AATGCAGTAT---ACTAAG---GAGC--TATAGGG--ACAACCATAATTTT-TTT-------TATGCAA---TACTTATT-----------C-------TT---TTTCGAATTGTT--A--AAAA--AAT----GTT-------------------C-------------------GGACATG--TCCCCA-CATAAC-TCAGTCC---TTAC-T--T------------AT---A----------------------------------------------------TT----------CTGTGAG----TCAC-ATTTAA--TTATGCGGA-C------GTAAATG--------TA----AG-AT-AGTA---TTTTT-GTCCTCATAGTACAT-T-T-----TTGTCCTCGTATATGAGGCA-----CCGTTTTA---GT-ATTTTTGAGCTATT--GAAA-CACTGTCCTCACT----T---T--AC-A---CGTTTT--ATCAGGC-----CGCTCTtgggctatgcaaga
gi|12 : CACAATG-TC-------------T-----------A------GATATGTCATTGTA----AAG--GCAAAAA-AGTGC--TATAAATTTAAGGTATAGA--TATAGGG--ATA-TC-------TATAC-------TCT-----CTT-TCAATT-------------------TT---TTTTGTTTTGTT--A--AGAG------------------------AGAATA-T--AATAT------AGA---GGACAGG--TC-CCCACACCAC-TT-GTCC---TAAC-TCAT------------CT---A-----ATgtctatctctcta
gi|6 : TGTC-TAGTGGGAAAAT--GTATTAC-AATG---TAT---CTTAGA---TAGT--TTTAGGA--ACA-CC-------T------------ATAAAA---TACCCAATAC---------TG------TC---TTTTGAAATCTT--A--AAAA--AAT----GTT----TCTGA---AG--TAGC--AT----------------GAC--------CCCACACTGC-TT-GTCC---C-AT-TAAT------------ATCC-A-----GTA--------------C-GGAAACTTT-------------TCAC-GTT----------CTGTGGGTTTCATAC-A----T--TTCTTAGGA-C------AAAACTG--------TA----AGGAC-A-AA---AATTT-------------------T-----CTGCCCTCATA------ATA-----CAGGTTAA---AT-G----------GTT--AAAAATA--GTCTTCATT----T---T--AC-A---TGTTTT--ATCA-GC--CCCCCCCCCCcttttgtat
gi|17 : atgttccctcctATTGATAGTAC---AT---CTTAGG---TAAG--CACGGAGGGACA-CC-------T-TGCACATACATACAAAAAATTATCCAAT-----------TC------TC---TTTCAAATAGTGAAA--AAAA--AAT----GTT----G--AG---AAAATA-T--Ac
gi|9 : ctgttaagaacaaaaAA-AGTAC--TAT---CTTAGT---TA------TAGGG--ATA-CC-------C-ATC-------TATAAAAATT--------------------A------TC---TTTCGATTTGTG--A--AAAA--AACCGTTGTT----G--AG---AGAATA-T--ATTACACATAGTAG---GAACATA--TC-CCTATACCAC-TT-GTCC---CCAT-TAAT------------GT---ATACTTGTATGTAACC-------C-C-------T-------------TTAC-ATT----------CTGTGGG----TCAC-G----T--TTATAAGGA-C------GCAACGT--------TA----AGGAC-A-GATTTTTTTTGGTCCTCATATTGCAC-T-T-----TTGTCCTCACA------AC------CCAGTCAA---AT-G----------GTT--AAatgtcttacaacatgaca
gi|4 : aaaGTAC--TAT---CTTAGG---TAG-----T--AA--AAA-CC-------A-TCC-------------AGTTC-TC-----------------------TC---TTTCAAATTGTG--A--AAA---ATT----ATT----G--AG---AGAG------ATTAT------CAGTAAGGACATG--TCCCCA-CAGC-C-TT-GTTT---CCAC-TGAT------------CC---A-----GTAT-------------C-A-------TGTAGCTAAACTTTCCAC-ATT----------CTGTGAG----TCAT-G-------TTAAGGGGA-T------GTAACTG--------TG----AGGAA-A-GA---ATGTTTGTCCTCATAGTGCAC---------CTGTCCTCACT------ATG-----TAGGTCAA---AT-G----------ATA--AAAACCT--GTTCTCATT----T---T--ACTT---GATTTT--ATCc
gi|10 : ATAAAAGTTTAACCAAT-----------AC------TC---TTTCGAATTGTT--A--ACAG----C----TTT----T--GAGATAGA--A-C--ATCAA------CAG---ATAAGTG--CC-CCCACACCAT-GT-CTCCCAACTGCATGAC------------TT---A-----CTGT-------------C-G-------T-------------GTGT-TTTGTACCTAAACCTTT--------CAC------ATTTTGTGGGGA-C------GTGACTG--------TA----TGCAC-A-GA---ATGTCTGTCCTCATAGGGCAC-T-T-----catggctttatcagcccacccatccccttttctctctactatgtacacatgtac
gi|8 : -----------TA------TCAAATTTTGAA--GGG--G--AAAA--AAC----GTTTTAAG--AG---AAAATA-TTAATTAG------TAA---GGAAACA--TCCCCA-CACCCA-AT-GTCC---TCAC-CATT------------CT---A-----ATAT-------------CTG-------T-------------T-AC----------------GTAGA----GTAT-GTTT-AACTTACGGGGG-C------GTAATTG--------TA----CGGA
gi|16 : tctctatttgatacaccc----GTT----GTAAA---AGAGCA-A--ATTAG------TGA---GGACATG--TCCCCA-CACCAC-TT-----------T-TA-------------------A-----ATAT-------------C-T-------G-------------TCAC-ATG----------CTGTAGG----TCGC-G----T--TTATGGGAA-C------GTAACTG--------TG----ATGAC-A-accccccccccctaaccaccaccaccataatacacttgttgtccccatacatgtactatcaaatggtcaaatggttaaaaattgtcttcactgtacacgtttctctctttttccttgctttctctcct
gi|5 : ttatgtaatactcctttccaaatttcataaatctaaatgGACATG--TTCCCG-CACTAC-TT-GTCC---TCAC-TAAT------------CT---A-----ATAT-------------T-T-------T-------------CCCC-ATG----------CTGTAGG----TCAA-G----T--TTATGGGGA-C------GTAATTA--------TG----AGGAC-A-AA---TTTTT-ATCCTCATAAAGAACTT-T-----TTGTCCTCATA------ATT-----TTCGTTGA---AT-T----------GTTA-AAAA-TT--GTCCTCACTAAAGTGAATAAAC-A---CATTCT--ATCA-TC--TCTCTCTat
gi|15 : tgtaccctggttgcctaacggaaacatgttcatcatatttctatgcctcattgtgatcagctgccatattgaacaactttactaatctctctttctctctctcaaattttgaatgaagaaaaACACCAC-TT-GTCCTCACTGT-CATT------------GTTGTATTT--ACAT-------------T-T-------T-------------TCAC-ATG----------TTGTAGG----TCAC-G----A--TTATGGGGG-C------GTAATTG--------TG----TGAAC-A-GA---AGTTT-GTCCTCATAATGTAT-T-TA----TTGTCCTCATA------ACC-----TCTGTCGA---AC-G----------GTT--AAAACTT--GTCC
gi|13 : tgttctcACACCACGTT-CCCC---CT-T-TAAC------------AT---A-----ATGC-------------A-T-------T-------------TTAC-ATT----------CTTTGGG----TCAT-G----T--TTATGGGGA-CATACATGTAACTG--------TT----AGGACAA-TA------TTAGTCTTCTTT-----C-C-T-----CTA-------A------ACA------CAGCCAA---ATAG----------ATA--AAAA-TT--AACCTCACT----T---T--AC-A-------------CACGC--TCTCTCTCTC
gi|11 : ACCTC-TT-GT------TTC-TA---------------T---A-----A-AT-------------C-G-------T-------------TCACATTT----------CTGCCAG-----CACTG----A--TTATGTGGA-T------GTGG--G--------TG----AAGAC-T-GA---GTTTTTGTCCTCGTAGCTCAT-T-T------TGTCCT-GCA------ACT-----CCCGTCAA---AT-A----------GTTC-AAAA-TT--GTCCTCACG----T---T--AC------GTTTT--ATCA-Gtctc
gi|14 : cctcatcacttgtccccactaaactaattttaaAT-------------C-T-------T-------------TCAC-AAT----------CTGTTGG----TCAC-G----T--TTATGG-GA-C------GTAACTGACTAACTGTA----AGGAC-AACA---TTTATTATCTTGACAGTGCAC---TAAGAACTGTCCCCATAC-----ATGTAAAACAGGTCAA---GA-G----------GTT--AAAA-TT--GTCATCACT----G---T--AC-A---CGCTTT--ATCA-AC--TCT
gi|18 : aaTGTAGG----TCTC-A----T--TCATGGGGA-G------GTAACTG--------TA----AGGAC-A------------------AGCGTGCAC-T-T-----CTGTCCTCACA------ATG-----C--ATGAAAATAT-G----------GTTAAAAAA-T---ATCTTCATT----T---T--AC-ACGGGGTTTTCCCCCA-GCCATTTCTCTCTC
gi|20 : TACGGGAA-C------ATAACTG--------CATGCAAGAAC-A-AA---ATTTTTATCCTCATATTGCAC-G-T-----CTGTCCTATCAGTGTACATG-----TAGGTAAA---AT-G----------GTT--Aataca
gi|21 : AACTGCATT----TA----TGGA-----A---CTTTTG-TCCTGATAGTGCAC-T-T-----CTGTCCTCACA------ATG------CAGTCAA---AT-G----------GTTAAAAAA-T---GTCCTCACtagaat
gi|8 : GGTCAA---AT-G----------GTTA-AAAA-TT--GTCTTCACT----G---T--AC-A---CGTTTacacagttt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATCTTGCATACAAGCCTTTTACATTCTTGGGTTATGTTTTACAAGGAACCGTAAATTGATGAGCATAATGTCTTAAATAACTTCTGTTTCCACAACCGGTCAAATGGTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222222222222222222222222222222222222 11111 111 4444444444444444444 2222222222222222222222 2222222222222 1111111 11111111 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 222222222222222222222222222 33333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 1 0 0 22222222222222222222222222222222222222 0 99 44444 777 333 5 66 4 1111111111111111111 6666666666666666666666 666 55 7777 55 55 1111111111111 3333333 0 8888888 22222222 3 5 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555 2 2 33333333 4444 4 6666 88888888 33 666666 4444 4444 111111111111111111111111111 2 1 2 2 9999 88888888888888888888888888 444 88888888888 3 9 99999999 44 999 3 55 5555 4
lowQualScore : . . . ...................................... . .. ..... ... ... . .. . ................... ...................... ... .. .... .. .. ............. ....... . ....... ........ . . . .................................................................................... .... . . ........ .... . .... ........ .. ...... .... .... ........................... . . . . .... .......................... ... ........... . . ........ .. ... . .. .... .
lowQualScore : 0 7 6 66666666666666666666666666666666666666 8 22 33333 888 999 3 11 4 9999999999999999999 6666666666666666666666 444 00 7777 00 00 2222222222222 0000000 2 0000000 00000000 3 0 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 5 5 55555555 3333 4 9999 11111111 11 444444 5555 5555 555555555555555555555555555 4 1 4 4 7777 77777777777777777777777777 444 77777777777 1 2 99999999 66 222 3 00 6666 4
consensus : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GA---------TATGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGNTAT--AGGGACA-CC-------T-T-C-------TATAAAA-GTTTATCCAAT--TN------TC---T--TTCGAATTGT----GA--AA--AA--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCC-ACACCACTT-GTCCCCACTA----------A--------------TCT--A-------AT----------------------AT----CTT-------------TCACAT----T-CTGTGGGT--------CAC-GTTT-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----GTCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---ATGGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
Reference ( family-3355 ) : NACGAAACCTATCAANTGAGGGCGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGA------------------GA---------TATGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGNTAT--AGGGACA-CC-------T-TNC-------TATAAAA-GTTTATCCANT--TA------TC---T--TTCGAATTGT----GA--AA--AA--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GCAG-GGACATGTCCCCNACACCACTT-GTCCCCACTA----------A--------------TNT--A-------AT----------------------AT----CNT-------------TCACAT----T-CTGTGGGT--------CAC-GNTT-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----GTCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---ATGGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
gi|1 : ACGAAACCTATCAATTGAGGGAGTCTTCACAATA-CTTA--C-----------------------A---------TATGTTATCGTAAAG--GCAAAAA-----CGTACCAT---GTTAGGTA-TACCTAT--AGAGGCA-C------------C-------TATAAAA-GTTTATCTACTACTC------TG---T--CTCATATTTTTTAAGA--AA--AATTGAT----T---TT----A--AGAGA-CCAT--ATTA------GCAC-GGGCAT-TTCCCATTACCACTT-GTGCTCACTA----------A--------------TCT--A-------ATATTATGTATCTAC---------AT----CTT-------------TCACAT----G-CTCTAGGG--------GA--GGTA-AC---TGAG--------GA--T------GT--TTG----TG----AGGA-----------C-G-ACT-T-TTC---GCCCTCA-TAATGTAC-TAT----TCATCCTCATA------TCT-----T---------CCATCAA---ATGGTT-----------AAA-A-CTTTCTTAACT----T---T--GCAA---G-TTTT--ATCATCACCATCATCTCTCT
gi|10 : ATAAAA-GTTTAACCAAT--AC------TC---T--TTCGAATTGT----TA--AC--A----------GCTTTT----G--AGATA-GAAC--ATCA------ACAG-ATAAGTG-CCCCCACACCATGT-CTCCCAACTGCATG------A--------------CTT--A-------CT----------------------GT----CGT---------------GTGT----T-TTGTACCTAAACCTTTCAC-ATTTTG----TGGG--------GA--C------GTGACTG----TA----TGCA-----------CAG-AATGT-CT----GTCCTCA-TAGGGCAC-T-T----tacgtacacaggtaca
gi|11 : CATCACTT-GTCCCCACTA----------A--------------ACT--A-------ATTTTAAACCTCTTGTTTCTATAAAT----CGT-------------TCACAT----TTCTGCCAG---------CACTGATT-A----TGTG--------GA--T------GTGG--G----TG----AAGA-----------CTG-AGT-T-TTT---GTCCTCG-TAGCTCAT-T-T-----TGTCCT-GCA------ACT-----C---------CCGTCAA---ATAGTTC----------AAA-A-TTGTCCTCACG----T---T----AC---G-TTTT--ATCAG
gi|12 : cctCACAATGTCT--------A------------------GA---------TATGTCATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTGCTATAAATTTAAGGTATAGATAT--AGGGATA-TC-------TATAC-------TCT-----CTTT---CAAT--T-------TT---T--TTTGTTTTGT----TA--A------------------------G--AGAGA-ATAT--AATA-------TAGAGGACAGGTCCCC-ACACCACTT-GTCCTAACTC----------A--------------TCT--A-------AT----------------------
gi|13 : ACACCACGT-TCCCCCTTTA----------A--------------CAT--A-------AT----------------------GC----ATT-------------TTACAT----T-CTTTGGGT--------CAT-GTTT-A----TGGG--------GA--CATACATGTAACTG----TT----AGGA-----------CAA--------T----AT------TAGT---C-T-T----CTTTCCTCTAA------ACA-----C----------AGCCAA---ATAGAT-----------AAA-AATTAACCTCACT----T---T--ACAC---A-C---------GC----TC-TCTCTCTCcttttgtat
gi|14 : ----------------------AT----CTT-------------TCACAA----T-CTGTTGGT--------CAC-GTTT-A----TGGGACGTAACTGA--C-------TAACTG----TA----AGGA-----------CAACATT-TATT----ATCTTGA-CAGTGCAC-T-AAGAACTGTCCCCATAC-----ATGTAAAAC---------AGGTCAA---GAGGTT-----------AAA-A-TTGTCATCACT----G---T--ACAC---G-CTTT--ATCAAC----TC-tctc
gi|15 : aaTGTTCTC-ACACCACTT-GTCCTCACTGTCATTGTTGTA--------------TTT--A--------C----------------------AT----TTT-------------TCACAT----G-TTGTAGGT--------CAC-GATT-A----TGGG--------GG--C------GTAATTG----TG----TGAA-----------CAG-AAG-T-TT----GTCCTCA-TAATGTAT-T-TA---TTGTCCTCATA------ACC-----T---------CTGTCGA---ACGGTT-----------AAA-ACTTGTCC
gi|16 : ----G---TT----GTAAAAGA-GCAA--ATTA------GTGA-GGACATGTCCCC-ACACCACTT--------TTA------------------------------A-------AT----------------------AT----CTG-------------TCACAT----G-CTGTAGGT--------CGC-GTTT-A----TGGG--------AA--C------GTAACTG----TG----ATGA-----------CA
gi|17 : ttatgtaatactcctttccaaatttcataaatctaaatgTAAGA--ACAAAAATTGATAGTAC-AT---CTTAGG---TAAGCACGGAGGGACA-CC-------T-TGCACATACATACAAAA-AATTATCCAAT--TC------TC---T--TTCAAATAGT----GA--AAAAAA--AAT----G---TT----G--AGAAA-ATAT--Aat
gi|18 : ctgtTGTAGGT--------CTC-ATTC-A----TGGG--------GA--G------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAA-GC--------------------GTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG-----C-----------ATGAAAATATGGTTA----------AAA-A-ATATCTTCATT----T---T--ACACGGGG-TTTTCCCCCAGCCA--TT-TCTCTCTCatgtcttacaacatgaca
gi|19 : ----CTT-------------TTACAT----T-CT-TGGGT--------TAT-GTTTTA----CAAG--------GAACC------GTAAAT-----TG----ATGAG----------CAT-AAT---------GTCTTAAATA----AC-T-T----CTGTTTCCACA------AC----------------CGGTCAA---ATGGTataca
gi|2 : tatcttgcatacaagcACGAAACCTGTTAAGTAAGGACGTCCGCACAATG-CTTAGACGAGAA-----------------GA---------CATGTT-TTGTGAAG--GCATTAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGATTT--GGAGATA-CC-------T-TCC-------TATAAAA-GTTTATCCATT--TA------TC---T--TTCGAACCGT----GA--AA--AG--AAC----G---TT----G--GAAGA-ATAC--ATTA------TTAG-GGACATATCACCAACACCACTT-GTCCCTGCTA----------A--------------TGT--A-------AT----------------------AT----CGT-------------TCACTT----T-CTGTGGGG--------CAC-GATT-A----TGGA--------GG--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAT-ATT-T-TTG---GTCCTCA-TTGTGCGC-C-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---ATGATT-----------AAA-A-TGGTCCTCACT----T---T--ACAG---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCGCTCTCga
gi|20 : gT-A----CGGG--------AA--C------ATAACTG----CATGCAAGAA-----------CAA-AAT-T-TTT---ATCCTCA-TATTGCAC-G-T----CTGTCCTATCAGTGTACATG-----T---------AGGTAAA---ATGGTT-----------A
gi|21 : AACTGCATTTA----TGGA---------------ACT-T-TT----GTCCTGA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG---------------CAGTCAA---ATGGTTA----------AAA-A-ATGTCCTCAC------------ACACA--G-TTTtagaat
gi|3 : TCCTCATATTGTCT-A-A-GAGA------------------GAATATACAAACATGTTATTGTAAAG--ACAAAAA-----TGCAGTAT---ACTAAG---GAGCTAT--AGGGACAACCATAATTTT-TTT-------TATGCAATACTTATTC-------------TT---T--TTCGAATTGT----TA--AA--AA--AAT----G---TT------------------------------C---GGACATGTCCCC-ACATAACTCAGTCCTTACT----------------------------------------T----------------------AT------------------------AT----T-CTGTGAGT--------CAC-ATTT-AATTATGCG--------GA--C------GTAAATG----TA----AG-A-----------TAGTATT-T-TT----GTCCTCA-TAGTACAT-T-T----TTGTCCTCGTATATGAGGCA-----C---------CGTTTTA---GTATTTTTGAGCTATTGAAACA-CTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGG----CC-GCTCTGTC
gi|4 : GTACTAT---CTTAGG---TAG-------------------------------------TAAAA-ACC-ATCCAGT--TC------TC---TCTTTCAAATTGT----GA--AA--AA--T-T----A---TT----G--AGAGAGAT-T--ATCA------GTAA-GGACATGTCCCC-ACAGC-CTT-GTTTCCACTG----------A--------------TCC--A-------GT----------------------AT----CATGTAGCTAAACTTTCCACAT----T-CTGTGAGT--------CAT-G-TT-A----AGGG--------GA--T------GTAACTG----TG----AGGA-----------AAG-AATGT-TT----GTCCTCA-TAGTGCAC--------CTGTCCTCACT------ATG-----T---------AGGTCAA---ATGATA-----------AAA-ACCTGTTCTCATT----T---T--ACTT---GATTTT--ATCtatctctcta
gi|5 : A------GAAA-AGACATGTTCCCG-CACTACTT-GTCCTCACTA----------A--------------TCT--A-------AT----------------------AT----TTT-------------CCCCAT----G-CTGTAGGT--------CAA-GTTT-A----TGGG--------GA--C------GTAATTA----TG----AGGA-----------CAA-ATT-T-TT----ATCCTCA-TAAAGAACTT-T----TTGTCCTCATA------ATT-----T---------TCGTTGA---ATTGTTA----------AAA-A-TTGTCCTCACTAAAGTGAATAAACAC---A-TTCT--ATCATC----TC-TCTCTcatggctttatcagcccacccatccccttttctctctactatgtacacatgtac
gi|6 : tgtaccctggttgcctaacggaaacatgttcatcatatttctatgcctcattgtgatcagctgccatattgaacaactttactaatctctctttctctctctcaaattttgaatgaTAT---CTTAGA---TAGTTTT--AGGAACA-CC-------T------------ATAAAA----TACCCAATACTG------TC---T--TTTGAAATCT----TA--AA--AA--AAT----G---TTTCT-G--A--------------A------GTAG----CATGACCCC-ACACTGCTT-GT-CCCATTA----------A--------------TATCCA-------GTACGGAA----------------AC----TTT-------------TCACGT----T-CTGTGGGTTTCA----TAC-ATTT-C----TTAG--------GA--C------AAAACTG----TA----AGGA-----------CAA-AAA-T-T----------------------T-T----CTGCCCTCATA------ATA-----C---------AGGTTAA---ATGGTTA----------AAA-A-TAGTCTTCATT----T---T--ACAT---G-TTTT--ATCAGC----CC-CCCCCCCC
gi|7 : atgttccctccttgtctagtgggaaaatgtattacaatgAAGTGAGGACATCCTCGCAATATCTCA-AAAAGAATATATACACGCACAACAGA---------TATGTTATTGTGAAGAAGAAAAAA-----AA-ATCAT---CTTGTG---TAGTTAC--AGTGACA-TC-------T-ACC-------AATAAAA-GTATATT--TT--TAAAATACTC---C--GTCGAATTGT----GACCAA--AA--AACTGTTG---TT----G--AAAGG-AAAT--ATCA------GTAG-GGGCAAGTTCAC-ATACCACTT-ACCCCTACTA----------ATCTAATTTCTTGCGTCT--A-------AT----------------------AC----CGT-------------TCACAT----T-CTGTA------------------T-A----TGGA--------GA--C------GTCACTG-----A----AGc
gi|8 : --TA------TCAAAT--TTTGAA--GG----GG--AA--AA--AAC----G---TTTTAAG--AGAAA-ATATTAATTA------GTAA-GGAAACATCCCC-ACACCCAAT-GTCCTCACCA----------T--------------TCT--A-------AT----------------------AT----CTG-------------TTACGTAGAGT-ATGT---T--------TA--ACTT-A----CGGG--------GG--C------GTAATTG----TA----CGGAACCCCCCCCCCCTA-ACC-A-CC----ACCACCA-TAATACAC-T-TG---TTGTCCCCATAC-----ATG-----TACTATCAAATGGTCAA---ATGGTTA----------AAA-A-TTGTCTTCACT----G---T--ACAC---G-TTT--------C----TC-TCTTTTTCtgggctatgcaaga
gi|9 : tctctatttgatacacccAAAAA-----AGTACTAT---CTTAG-------TTAT--AGGGATA-CC-------C-ATC-------TATAAAA----------AT--TA------TC---T--TTCGATTTGT----GA--AA--AA--AACCGTTG---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTACACATAGTAG-GAACATATCCC-TATACCACTT-GTCCCCATTA----------A--------------TGT--ATACTTGTAT----------------------GTAACCCCT-------------TTACAT----T-CTGTGGGT--------CAC-GTTT-A----TAAG--------GA--C------GCAACGT----TA----AGGA-----------CAG-ATT-T-TTTTTGGTCCTCA-TATTGCAC-T-T----TTGTCCTCACA------AC------C---------CAGTCAA---ATGGTT-----------AActtgctttctctcct
Alignments
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888 222222 11111 111 555555555555555555555555 222222222222222222 333333333333333333333333 1111 111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 111111111111111111111111111 33333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 0 777777777777777777777777777 333333 0 99 44444 777 777 111 66 000000000000000000000000 4 111111111111111111 44 1 44 44 9999999 44 333333333333333333333333 1111 44 3 333333333333333333 33 2 2 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 22 111111111 5555 2 6666666 55555 2 4444 88888888 33 666666 4444 4444 999999999999999999999999999 2 2 1 2 2 9999 88888888888888888888888888 444 2 88888888888 3 6 99999999 44 999 3 55 5555 4
lowQualScore : . ........................... ...... . .. ..... ... ... ... .. ........................ . .................. .. . .. .. ....... .. ........................ .... .. . .................. .. . . .... .................................................................. ... .. ......... .... . ....... ..... . .... ........ .. ...... .... .... ........................... . . . . . .... .......................... ... . ........... . . ........ .. ... . .. .... .
lowQualScore : 6 666666666666666666666666666 000000 8 22 33333 888 888 444 11 222222222222222222222222 0 111111111111111111 66 0 22 22 7777777 22 777777777777777777777777 9999 22 3 222222222222222222 66 7 7 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 66 000000000 0000 4 7777777 66666 2 7777 11111111 11 444444 5555 5555 111111111111111111111111111 4 4 1 4 4 7777 77777777777777777777777777 444 5 77777777777 1 2 99999999 66 222 3 00 6666 4
consensus : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACA-CC--------T-T-------C-TA-TAAAAGTTTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--A-----AA---A--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
Reference ( family-3355 ) : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACA-CC--------T-T-------C-TA-TAAAAGTTTATC---C----A--AT--TNTCT--TT--CGAATTGT----G--A--A-----AA---A--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
gi|1 : ACGAAACCTATCAATTGAGGGAGTCTTCACAATA-CTTA--C-----------------------ATA------TGTTATCGTAAAG--GCAAAAA-----CGTACCAT---GTTAGG---TATACCTAT--AGAGGCA-CC--------T------------A-TAAAAGTTTATC---T----ACTAC--TCTGT--CT--CATATTTTTTAAG--A--A-----AA---ATTGAT----T---TT----A--AGAGA-CCAT--ATTA------GCAC-GGGCATTTCCCAT-TACCACTT-GTGCTCAC----TA----------ATCTA-------ATATTATGTATCTAC---------AT----C-------------TT---TCACATG-CTCTA--------GGG----GAG-G-T-----A-----A-C----TGAG--------GA--T------GT--TTG----TG----AGGA-----------C-G-ACT-T-TTC---G-CCCTCA-TAATGTAC-TAT----TCATCCTCATA------TCT-----T---------CCATCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-CTTTCTTAACT----T---T--GCAA---G-TTTT--ATCATCACCATCATCTCTCT
gi|10 : A-TAAAAGTTTAAC---C----A--AT--ACTCT--TT--CGAATTGT----T--A--A-----CA-------------GCTTTT----G--AGATA-GAAC--ATCA------ACAG-ATAAGTGCCCCCA-CACCATGT-CTCCCAACTGCATG----------ACTTA-------CT----------------------GT----C-------------GT-----GTGTT-TTGTACCTAAACCTTT----CAC-ATT-----T-----T-G----TGGG--------GA--C------GTGACTG----TA----TGCA-----------CAG-AATGT-CT----G-TCCTCA-TAGGGCAC-T-T----tacgtacacaggtaca
gi|11 : CCT-CATCACTT-GTCCCCAC----TA----------AACTA-------ATTTTAAACCTCTTGTTTCTATAAAT----C-------------GT---TCACATTTCTGCC--------AG-----CACTG-A-----T-----T-A----TGTG--------GA--T------GTGG--G----TG----AAGA-----------CTG-AGT-T-TTT---G-TCCTCG-TAGCTCAT-T-T-----TGTCCT-GCA------ACT-----C---------CCGTCAA---AT-AGTTC----------AAA-A-TTGTCCTCACG----T---T----AC---G-TTTT--ATCAG
gi|12 : CACAATGTCT---------A-----------------GATA------TGTCATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTGCTATAAATTTAAGGTATAGA--TAT--AGGGATA-------------T-------C-TA-TA-----CTCTCTTTC----A--AT--TTTTT--TT---GTTTTGT----T--A--A------------------------------G--AGAGA-ATAT--AATA-------TAGAGGACAGGTCCCCA-CACCACTT-GTCCTAAC----TC----------ATCTA-------------------------------AT----C-------------TT---T
gi|13 : A-CACCACGT-TCCCCCTT----TA----------ACATA-------AT----------------------GC----A-------------TT---TTACATT-CTTTG--------GGT----CAT-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--CATACATGTAACTG----TT----AGGA-----------CAA--------T----A-T------TAGT---C-T-T----CTTTCCTCTAA------ACA---------------CAGCCAA---ATAGATA-----------AAA-A-TTAACCTCACT----T---T--ACAC---A-C---------GC----TC-TCTCTCTCtgtat
gi|14 : ----------------------AT----C-------------TT---TCACAAT-CTGTT--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGGACGTAACTGA--C-------TAACTG----TA----AGGA-----------CAACATT-TATT----A-TCTTGA-CAGTGCAC-T-AAGAACTGTCCCCATAC-----ATGTAAAAC---------AGGTCAA---GA-GGTT-----------AAA-A-TTGTCATCACT----G---T--ACAC---G-CTTT--ATCAAC----TC-tctc
gi|15 : aaTGTTCTCA-CACCACTT-GTCCTCAC----TGTCATTGTTGTATTT--------AC----------------------AT----T-------------TT---TCACATG-TTGTA--------GGT----CAC-G-A-----T-----T-A----TGGG--------GG--C------GTAATTG----TG----TGAA-----------CAG-AAG-T-TT----G-TCCTCA-TAATGTAT-T-TA---TTGTCCTCATA------ACC-----T---------CTGTCGA---AC-GGTT-----------AAA-ACTTGTCC
gi|16 : TTATG---T----A--AT--ACTCC--TTTCCAAATTTC----A--T--A-----AATCTA--AAT----GG--TT----GTAAAAGA-GCAA--ATTA------GTGA-GGACATGTCCCCA-CACCACTT--------T----TA--------------A-------AT----------------------AT----C-------------TG---TCACATG-CTGTA--------GGT----CGC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------AA--C------GTAACTG----TG----ATGA-----------CA
gi|17 : TAAGA--ACAAAAATTGATAGTAC-AT---CTTAGG---TAAG--CACGGAGGGACA-CC--------T-TGCACATACATA-CAAAAAATTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CAAATAGT----GAAA--A-----AA---A--AAT----G---TT----G--AGAAA-ATAT--Aat
gi|18 : ctgtTGTA--------GGT----CTC-A-T-----T-----C-A----TGGG--------GA--G------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAA-GC---------------------GTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG-----C-----------ATGAAAATAT-GGTTA----------AAA-A-ATATCTTCATT----T---T--ACACGGGG-TTTTCCCCCAGCCA--TT-TCTCTCTCatgtcttacaacatgaca
gi|19 : ----C-------------TT---TTACATT-CT-TG--------GGT----TAT-G-T-----T-----TTA----CAAG--------GAACC------GTAAAT-----TG----ATGAG----------CAT-AAT---------G-TCTTAAATA----AC-T-T----CTGTTTCCACA------AC----------------CGGTCAA---AT-GGTataca
gi|2 : tatcttgcatacaagcACGAAACCTGTTAAGTAAGGACGTCCGCACAATG-CTTAGACGAGAA-----------------GACA------TGTT-TTGTGAAG--GCATTAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGA--TTT--GGAGATA-CC--------T-T-------CCTA-TAAAAGTTTATC---C----A--TT--TATCT--TT--CGAACCGT----G--A--A-----AA---G--AAC----G---TT----G--GAAGA-ATAC--ATTA------TTAG-GGACATATCACCAACACCACTT-GTCCCTGC----TA----------ATGTA-------AT----------------------AT----C-------------GT---TCACTTT-CTGTG--------GGG----CAC-G-A-----T-----T-A----TGGA--------GG--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAT-ATT-T-TT----GGTCCTCA-TTGTGCGC-C-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GATT-----------AAA-A-TGGTCCTCACT----T---T--ACAG---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCGCTCTCga
gi|20 : g-----T-A----CGGG--------AA--C------ATAACTG----CATGCAAGAA-----------CAA-AAT-T-TTT---A-TCCTCA-TATTGCAC-G-T----CTGTCCTATCAGTGTACATG-----T---------AGGTAAA---AT-GGTT-----------A
gi|21 : AACTGCATTTA----TGGA---------------ACT-T-TT----G-TCCTGA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG---------------CAGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-ATGTCCTCAC------------ACACA--G-TTTtagaat
gi|3 : TCCTCATATTGTCTAA-GAGAGAA-----------------TATACAAACATGTTATTGTAAAG--ACAAAAA-----TGCAGTAT---ACTAAG---GAGC--TAT--AGGGACAACCATAATTTTT-T-------T-TA-TGCAA---TA-C---T----T--AT--TCTTT--TT--CGAATTGT----T--A--A-----AA---A--AAT----G---TT----C-----------------------------GGACATGTCCCCA-CATAACTCAGTCCTTAC----T------------------------T----------------------AT---------------------------ATT-CTGTG--------AGT----CAC-A-T-----T-----T-AATTATGCG--------GA--C------GTAAATG----TA----AG-A-----------TAGTATT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTACAT-T-T----TTGTCCTCGTATATGAGGCA-----C---------CGTTTTA---GT-ATTTTTGAGCTATTGAAACA-CTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGG----CC-GCTCTGTC
gi|4 : GTACTAT---CTTAGG---TAG-----------------------------------------TAAAAACC-ATC---C----A--GT--TCTCTCTTT--CAAATTGT----G--A--A-----AA---A--T-T----A---TT----G--AGAGAGAT-T--ATCA------GTAA-GGACATGTCCCCA-CAGC-CTT-GTTTCCAC----TG----------ATCCA-------GT----------------------AT----CATGTAGCTAAACTTT---CCACATT-CTGTG--------AGT----CAT-G-------T-----T-A----AGGG--------GA--T------GTAACTG----TG----AGGA-----------AAG-AATGT-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC--------CTGTCCTCACT------ATG-----T---------AGGTCAA---AT-GATA-----------AAA-ACCTGTTCTCATT----T---T--ACTT---GATTTT--ATCtatctctcta
gi|5 : --TCTCT--CT--CAAATTTT----G--A--A-------------------------T----G--A-AGA-AAA-------------------GACATGTTCCCG-CACTACTT-GTCCTCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----T-------------TT---CCCCATG-CTGTA--------GGT----CAA-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAATTA----TG----AGGA-----------CAA-ATT-T-TT----A-TCCTCA-TAAAGAACTT-T----TTGTCCTCATA------ATT-----T---------TCGTTGA---AT-TGTTA----------AAA-A-TTGTCCTCACTAAAGTGAATAAACAC---A-TTCT--ATCATC----TC-TCTCTcatggctttatcagcccacccatccccttttctctctactatgtacacatgtac
gi|6 : tgtaccctggttgcctaacggaaacatgttcatcatatttctatgcctcattgtgatcagctgccatattgaacaactttactaatctctctttcTAT---CTTAGA---TAGT--TTT--AGGAACA-CC--------T------------A-TAAAA---TACC---C----A--ATACTGTCT--TT--TGAAATCT----T--A--A-----AA---A--AAT----G---TTTCT-G--A--------------A------GTAG----CATGACCCCA-CACTGCTT-GT-CCCAT----TAAT--------ATCCA-------GTACGGAA----------------AC----T-------------TT---TCACGTT-CTGTG--------GGTTTCATAC-A-T-----T-----T-C----TTAG--------GA--C------AAAACTG----TA----AGGA-----------CAA-AAA-T-T-----------------------T-T----CTGCCCTCATA------ATA-----C---------AGGTTAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TAGTCTTCATT----T---T--ACAT---G-TTTT--ATCAGC----CC-CCCCCCCC
gi|7 : atgttccctccttgtctagtgggaaaatgtattacaatgAAGTGAGGACATCCTCGCAATATCTCA-AAAAGAATATATACACGCACAACAGATA------TGTTATTGTGAAGAAGAAAAAA-----AA-ATCAT---CTTGTG---TAGT--TAC--AGTGACA-TC--------T-A-------C-CAATAAAAGTATATT---TTTAAA--AT--ACTCC--GT--CGAATTGT----G--ACCA-----AA---A--AACTGTTG---TT----G--AAAGG-AAAT--ATCA------GTAG-GGGCAAGTTCACA-TACCACTT-ACCCCTAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------TT----C-------------TTGCGTCTAATA-CCGT-----------T----CAC-A-T-----TCTGTAT-A----TGGA--------GA--C------GTCACTG-----A----AGc
gi|8 : CT--AT--CAAATTTT----G--A--AGGGGAAA---A--AAC----G---TTTTAAG--AGAAA-ATATTAATTA------GTAA-GGAAACATCCCCA-CACCCAAT-GTCCTCAC----CA----------TTCTA-------AT----------------------AT----C-------------TG---TTAC------GTA--------GAG----TAT-G-TTTAACT-----T-A----CGGG--------GG--C------GTAATTG----TA----CGGAACCCCCCCCCCCTA-ACC-A-CC----A-CCACCA-TAATACAC-T-TG---TTGTCCCCATAC-----ATG-----TACTATCAAATGGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TTGTCTTCACT----G---T--ACAC---G-TTT--------C----TC-TCTTTTTCtgggctatgcaaga
gi|9 : tctctatttgatacaccAAAAA-----AGTACTAT---CTTAG-------T--TAT--AGGGATA-CC--------CAT-------C-TA-TAAAA------------------AT--TATCT--TT--CGATTTGT----G--A--A-----AA---A--AACCGTTG---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTACACATAGTAG-GAACATATCCCTA-TACCACTT-GTCCCCAT----TA----------ATGTATACTTGTAT----------------------GTAACCC-------------CT---TTACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TAAG--------GA--C------GCAACGT----TA----AGGA-----------CAG-ATT-T-TTTTTGG-TCCTCA-TATTGCAC-T-T----TTGTCCTCACA------AC------C---------CAGTCAA---AT-GGTT-----------AActtgctttctctcct
Alignments
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888 222222 11111 111 555555555555555555555555 222222222222222222 333333333333333333333333 1111 111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 111111111111111111111111111 33333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 0 777777777777777777777777777 333333 0 99 44444 777 777 111 66 000000000000000000000000 4 111111111111111111 44 44 44 9999999 44 333333333333333333333333 1111 44 3 333333333333333333 33 2 2 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 22 111111111 5555 2 6666666 55555 2 4444 88888888 33 666666 4444 4444 999999999999999999999999999 2 2 1 2 2 9999 88888888888888888888888888 444 2 88888888888 3 6 99999999 44 999 3 55 5555 4
lowQualScore : . ........................... ...... . .. ..... ... ... ... .. ........................ . .................. .. .. .. ....... .. ........................ .... .. . .................. .. . . .... .................................................................. ... .. ......... .... . ....... ..... . .... ........ .. ...... .... .... ........................... . . . . . .... .......................... ... . ........... . . ........ .. ... . .. .... .
lowQualScore : 6 666666666666666666666666666 000000 8 22 33333 888 888 444 11 222222222222222222222222 0 111111111111111111 66 22 22 7777777 22 777777777777777777777777 9999 22 3 222222222222222222 66 7 7 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 66 000000000 0000 4 7777777 66666 2 7777 11111111 11 444444 5555 5555 111111111111111111111111111 4 4 1 4 4 7777 77777777777777777777777777 444 5 77777777777 1 2 99999999 66 222 3 00 6666 4
consensus : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACA-CC--------T-T-------C-TA-TAAAAGTTTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--A-----AA---A--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
Reference ( family-3355 ) : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACA-CC--------T-T-------C-TA-TAAAAGTTTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--A-----AA---A--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
gi|1 : ACGAAACCTATCAATTGAGGGAGTCTTCACAATA-CTTA--C-----------------------ATA------TGTTATCGTAAAG--GCAAAAA-----CGTACCAT---GTTAGG---TATACCTAT--AGAGGCA-CC--------T------------A-TAAAAGTTTATC---T----ACTAC--TCTGT--CT--CATATTTTTTAAG--A--A-----AA---ATTGAT----T---TT----A--AGAGA-CCAT--ATTA------GCAC-GGGCATTTCCCAT-TACCACTT-GTGCTCAC----TA----------ATCTA-------ATATTATGTATCTAC---------AT----C-------------TT---TCACATG-CTCTA--------GGG----GAG-G-T-----A-----A-C----TGAG--------GA--T------GT--TTG----TG----AGGA-----------C-G-ACT-T-TTC---G-CCCTCA-TAATGTAC-TAT----TCATCCTCATA------TCT-----T---------CCATCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-CTTTCTTAACT----T---T--GCAA---G-TTTT--ATCATCACCATCATCTCTCT
gi|10 : A-TAAAAGTTTAAC---C----A--AT--ACTCT--TT--CGAATTGT----T--A--A-----CA-------------GCTTTT----G--AGATA-GAAC--ATCA------ACAG-ATAAGTGCCCCCA-CACCATGT-CTCCCAACTGCATG----------ACTTA-------CT----------------------GT----C-------------GT-----GTGTT-TTGTACCTAAACCTTT----CAC-ATT-----T-----T-G----TGGG--------GA--C------GTGACTG----TA----TGCA-----------CAG-AATGT-CT----G-TCCTCA-TAGGGCAC-T-T----tacgtacacaggtaca
gi|11 : CCT-CATCACTT-GTCCCCAC----TA----------AACTA-------ATTTTAAACCTCTTGTTTCTATAAAT----C-------------GT---TCACATTTCTGCC--------AG-----CACTG-A-----T-----T-A----TGTG--------GA--T------GTGG--G----TG----AAGA-----------CTG-AGT-T-TTT---G-TCCTCG-TAGCTCAT-T-T-----TGTCCT-GCA------ACT-----C---------CCGTCAA---AT-AGTTC----------AAA-A-TTGTCCTCACG----T---T----AC---G-TTTT--ATCAG
gi|12 : CACAATGTCT---------A-----------------GATA------TGTCATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTGCTATAAATTTAAGGTATAGA--TAT--AGGGATA-------------T-------C-TA-TA-----CTCTCTTTC----A--AT--TTTTT--TT---GTTTTGT----T--A--A------------------------------G--AGAGA-ATAT--AATA-------TAGAGGACAGGTCCCCA-CACCACTT-GTCCTAAC----TC----------ATCTA-------------------------------AT----C-------------TT---T
gi|13 : A-CACCACGT-TCCCCCTT----TA----------ACATA-------AT----------------------GC----A-------------TT---TTACATT-CTTTG--------GGT----CAT-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--CATACATGTAACTG----TT----AGGA-----------CAA--------T----A-T------TAGT---C-T-T----CTTTCCTCTAA------ACA---------------CAGCCAA---ATAGATA-----------AAA-A-TTAACCTCACT----T---T--ACAC---A-C---------GC----TC-TCTCTCTCtgtat
gi|14 : ----------------------AT----C-------------TT---TCACAAT-CTGTT--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGGACGTAACTGA--C-------TAACTG----TA----AGGA-----------CAACATT-TATT----A-TCTTGA-CAGTGCAC-T-AAGAACTGTCCCCATAC-----ATGTAAAAC---------AGGTCAA---GA-GGTT-----------AAA-A-TTGTCATCACT----G---T--ACAC---G-CTTT--ATCAAC----TC-tctc
gi|15 : aaTGTTCTCA-CACCACTT-GTCCTCAC----TGTCATTGTTGTATTT--------AC----------------------AT----T-------------TT---TCACATG-TTGTA--------GGT----CAC-G-A-----T-----T-A----TGGG--------GG--C------GTAATTG----TG----TGAA-----------CAG-AAG-T-TT----G-TCCTCA-TAATGTAT-T-TA---TTGTCCTCATA------ACC-----T---------CTGTCGA---AC-GGTT-----------AAA-ACTTGTCC
gi|16 : TTATG---T----A--AT--ACTCC--TTTCCAAATTTC----A--T--A-----AATCTA--AAT----GG--TT----GTAAAAGA-GCAA--ATTA------GTGA-GGACATGTCCCCA-CACCACTT--------T----TA--------------A-------AT----------------------AT----C-------------TG---TCACATG-CTGTA--------GGT----CGC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------AA--C------GTAACTG----TG----ATGA-----------CA
gi|17 : TAAGA--ACAAAAATTGATAGTAC-AT---CTTAGG---TAAG--CACGGAGGGACA-CC--------T-TGCACATACATA-CAAAAAATTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CAAATAGT----GAAA--A-----AA---A--AAT----G---TT----G--AGAAA-ATAT--Aat
gi|18 : ctgtTGTA--------GGT----CTC-A-T-----T-----C-A----TGGG--------GA--G------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAA-GC---------------------GTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG-----C-----------ATGAAAATAT-GGTTA----------AAA-A-ATATCTTCATT----T---T--ACACGGGG-TTTTCCCCCAGCCA--TT-TCTCTCTCatgtcttacaacatgaca
gi|19 : ----C-------------TT---TTACATT-CT-TG--------GGT----TAT-G-T-----T-----TTA----CAAG--------GAACC------GTAAAT-----TG----ATGAG----------CAT-AAT---------G-TCTTAAATA----AC-T-T----CTGTTTCCACA------AC----------------CGGTCAA---AT-GGTataca
gi|2 : tatcttgcatacaagcACGAAACCTGTTAAGTAAGGACGTCCGCACAATG-CTTAGACGAGAA-----------------GACA------TGTT-TTGTGAAG--GCATTAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGA--TTT--GGAGATA-CC--------T-T-------CCTA-TAAAAGTTTATC---C----A--TT--TATCT--TT--CGAACCGT----G--A--A-----AA---G--AAC----G---TT----G--GAAGA-ATAC--ATTA------TTAG-GGACATATCACCAACACCACTT-GTCCCTGC----TA----------ATGTA-------AT----------------------AT----C-------------GT---TCACTTT-CTGTG--------GGG----CAC-G-A-----T-----T-A----TGGA--------GG--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAT-ATT-T-TT----GGTCCTCA-TTGTGCGC-C-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GATT-----------AAA-A-TGGTCCTCACT----T---T--ACAG---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCGCTCTCga
gi|20 : g-----T-A----CGGG--------AA--C------ATAACTG----CATGCAAGAA-----------CAA-AAT-T-TTT---A-TCCTCA-TATTGCAC-G-T----CTGTCCTATCAGTGTACATG-----T---------AGGTAAA---AT-GGTT-----------A
gi|21 : AACTGCATTTA----TGGA---------------ACT-T-TT----G-TCCTGA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG---------------CAGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-ATGTCCTCAC------------ACACA--G-TTTtagaat
gi|3 : TCCTCATATTGTCTAA-GAGAGAA-----------------TATACAAACATGTTATTGTAAAG--ACAAAAA-----TGCAGTAT---ACTAAG---GAGC--TAT--AGGGACAACCATAATTTTT-T-------T-TA-TGCAA---TA-C---T----T--AT--TCTTT--TT--CGAATTGT----T--A--A-----AA---A--AAT----G---TT----C-----------------------------GGACATGTCCCCA-CATAACTCAGTCCTTAC----T------------------------T----------------------AT---------------------------ATT-CTGTG--------AGT----CAC-A-T-----T-----T-AATTATGCG--------GA--C------GTAAATG----TA----AG-A-----------TAGTATT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTACAT-T-T----TTGTCCTCGTATATGAGGCA-----C---------CGTTTTA---GT-ATTTTTGAGCTATTGAAACA-CTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGG----CC-GCTCTGTC
gi|4 : GTACTAT---CTTAGG---TAG-----------------------------------------TAAAAACC-ATC---C----A--GT--TCTCTCTTT--CAAATTGT----G--A--A-----AA---A--T-T----A---TT----G--AGAGAGAT-T--ATCA------GTAA-GGACATGTCCCCA-CAGC-CTT-GTTTCCAC----TG----------ATCCA-------GT----------------------AT----CATGTAGCTAAACTTT---CCACATT-CTGTG--------AGT----CAT-G-------T-----T-A----AGGG--------GA--T------GTAACTG----TG----AGGA-----------AAG-AATGT-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC--------CTGTCCTCACT------ATG-----T---------AGGTCAA---AT-GATA-----------AAA-ACCTGTTCTCATT----T---T--ACTT---GATTTT--ATCtatctctcta
gi|5 : --TCTCT--CT--CAAATTTT----G--A--A-------------------------T----G--A-AGA-AAA-------------------GACATGTTCCCG-CACTACTT-GTCCTCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----T-------------TT---CCCCATG-CTGTA--------GGT----CAA-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAATTA----TG----AGGA-----------CAA-ATT-T-TT----A-TCCTCA-TAAAGAACTT-T----TTGTCCTCATA------ATT-----T---------TCGTTGA---AT-TGTTA----------AAA-A-TTGTCCTCACTAAAGTGAATAAACAC---A-TTCT--ATCATC----TC-TCTCTcatggctttatcagcccacccatccccttttctctctactatgtacacatgtac
gi|6 : tgtaccctggttgcctaacggaaacatgttcatcatatttctatgcctcattgtgatcagctgccatattgaacaactttactaatctctctttcTAT---CTTAGA---TAGT--TTT--AGGAACA-CC--------T------------A-TAAAA---TACC---C----A--ATACTGTCT--TT--TGAAATCT----T--A--A-----AA---A--AAT----G---TTTCT-G--A--------------A------GTAG----CATGACCCCA-CACTGCTT-GT-CCCAT----TAAT--------ATCCA-------GTACGGAA----------------AC----T-------------TT---TCACGTT-CTGTG--------GGTTTCATAC-A-T-----T-----T-C----TTAG--------GA--C------AAAACTG----TA----AGGA-----------CAA-AAA-T-T-----------------------T-T----CTGCCCTCATA------ATA-----C---------AGGTTAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TAGTCTTCATT----T---T--ACAT---G-TTTT--ATCAGC----CC-CCCCCCCC
gi|7 : atgttccctccttgtctagtgggaaaatgtattacaatgAAGTGAGGACATCCTCGCAATATCTCA-AAAAGAATATATACACGCACAACAGATA------TGTTATTGTGAAGAAGAAAAAA-----AA-ATCAT---CTTGTG---TAGT--TAC--AGTGACA-TC--------T-A-------C-CAATAAAAGTATATT---TTTAAA--AT--ACTCC--GT--CGAATTGT----G--ACCA-----AA---A--AACTGTTG---TT----G--AAAGG-AAAT--ATCA------GTAG-GGGCAAGTTCACA-TACCACTT-ACCCCTAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------TT----C-------------TTGCGTCTAATA-CCGT-----------T----CAC-A-T-----TCTGTAT-A----TGGA--------GA--C------GTCACTG-----A----AGc
gi|8 : CCCT--AT--CAAATTTT----G--A--AGGGGAAA---A--AAC----G---TTTTAAG--AGAAA-ATATTAATTA------GTAA-GGAAACATCCCCA-CACCCAAT-GTCCTCAC----CA----------TTCTA-------AT----------------------AT----C-------------TG---TTAC------GTA--------GAG----TAT-G-TTTAACT-----T-A----CGGG--------GG--C------GTAATTG----TA----CGGAACCCCCCCCCCCTA-ACC-A-CC----A-CCACCA-TAATACAC-T-TG---TTGTCCCCATAC-----ATG-----TACTATCAAATGGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TTGTCTTCACT----G---T--ACAC---G-TTT--------C----TC-TCTTTTTCtgggctatgcaaga
gi|9 : tctctatttgatacaAAAAA-----AGTACTAT---CTTAG-------T--TAT--AGGGATA-CC--------CAT-------C-TA-TAAAA------------------AT--TATCT--TT--CGATTTGT----G--A--A-----AA---A--AACCGTTG---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTACACATAGTAG-GAACATATCCCTA-TACCACTT-GTCCCCAT----TA----------ATGTATACTTGTAT----------------------GTAACCC-------------CT---TTACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TAAG--------GA--C------GCAACGT----TA----AGGA-----------CAG-ATT-T-TTTTTGG-TCCTCA-TATTGCAC-T-T----TTGTCCTCACA------AC------C---------CAGTCAA---AT-GGTT-----------AActtgctttctctcct
blockSeqs : T CAAAAAGAATATATACACGCACAACA CAAACA AA TTGAT AAA GTA A GG ACCATAATTTTTTTT A GTATATTTTTAAA AC CT TC GAA CC GGGGAAAAAACG TTAA TA G ATATATTACACATAG GA A A TGCA AACTAATTTTAAACCTCTTGTTTCTATAAATC GCG TT ACCTAAACC TTCA T TTTAAC CTGTA T ATTA ACGTAACT AC ATACAT CATT TGCA ACCCCCCCCCCCTAACCACC G A G T . AGAA CATGTACTATCAAATG AAT A TTGAGCTATTG C C AAAGTGAA AA GGG A CC CA .
blockSeqs : T TAGACGAGAA . . . . . G . CCTTGCACATACAT . CTCTCTTTCA . . . T . AATCTAAATGG TCT . G ATATTAATTAG G . . . ATCCAGTATCATGTAGCTAAACT . T C . . TT . . . . . . . . CAGATTTTTTTTG . . G . . A CATGTAAAACAG . . C . C T . A . . . .
blockSeqs : T AAGAGAGAA . . . . . A . CCTTCCT . GTTTAACCA . . . T . AAAAACTGTTG . . A GAACATCAA A . . . ATGTATACTTGTATGTAACCC . T G . . A . . . . . . . . CAACATTTATT . . G . . G GTGTACATGTAG . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . C . CCCATCT . AATTATCCA . . . A . AAAAACCGTTG . . G GCAAATTAG G . . . TCATTGTTGTATTTACATT . T T . . T . . . . . . . . CAGAATGTCT . . G . . . TATGAGGCACCG . . A . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . TCTACC . GTTTATCCA . . . G . AAAAATG . . A ATACATTAT A . . . ATATCCAGTACGGAAACT . G A . . T . . . . . . . . CTGAGTTTTT . . A . . . ACTCCC . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T . TCT . ACCATCCA . . . T . AAGAACG . . G GATTATCAG G . . . ACTTACTGTC . G A . . A . . . . . . . . CAAAATTTTT . . G . . . ACCTCT . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . T . CCT . TACCCA . . . G . AAAAATG . . A AAATATCAG G . . . ACATAATGCA . T A . . T . . . . . . . . TAGTATTTTT . . G . . . ACGCCG . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TACTT . . . G . AAAAATG . . G ATATAATA A . . . ATGTAATATC . T G . . T . . . . . . . . AAGAATGTTT . . T . . . ATGTAG . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . CAGCTT . . G AAA G . . . ATCTAATATT . T G . . T . . . . . . . . CAGAAGTTT . . G . . . ATTTTC . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . G . AAATTA . . . AG . . . . ATCTAATTTC . T G . . A . . . . . . . . CATATTTTT . . G . . . ATACAG . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . TTCTAATATC . G G . . T . . . . . . . . CAAATTTTT . . G . . . ACACA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . ATCTAATC . T A . . T . . . . . . . . CAAAAATT . . A . . . ATGCA . . . . .
blockSeqs : . . . AATATC . A G . . T . . . . . . . . GCATAAT . . A . . . ACCCA . . .
blockSeqs : . . . TAT . T A . . T . . . . . . . . ACTTTT . . T . . . ATGC . . .
blockSeqs : . . G . . T . . . . . . . . CAAGC . . . . . . ACCG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CAAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CAGAGAGAA****************** N** CCCATCT***************** GTCTATCCA********* G****** AAAAATG***************** CAGAATTTTT***************** ****
originalCons : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTTA-ACGAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACA-CC--------T-T-------C-TA-TAAAAGTTTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--A-----AA---A--AAC----G---TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGA-----------CAG-ANT-T-TT----G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
finalCons : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTCAGAGAGAA------------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACACCCATCT-----------------A-TAAAAGTCTATCCA---------AT--TCTCT--TT--CGAATTGTG------A--AAAAAATG-----------------TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCAC----TA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTG--------GGT----CAC-G-T-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTG----TA----AGGACAGAATTTTT-----------------G-TCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888 222222 11111 111 555555555555555555 222222222222222 222222222222 1111 111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 1111111111 33333333333333333333333333 22222222222 1111
lowQualScore : 3 222222222222222222222222222 333333 0 99 44444 777 777 111 66 2 333333333333333333 000000000000000 44 44 44 44 9999999 44 0 111111111111 3 1111 44 3 333333333333333333 33 2 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 22 2 33333333 2 55555 55555 4 4444 88888888 33 666666 4444 2222222222 4 66666666 2 1 2 2 9999 88888888888888888888888888 444 2 88888888888 3 6 99999999 44 999 3 55 5555 4
lowQualScore : . ........................... ...... . .. ..... ... ... ... .. . .................. ............... .. .. .. .. ....... .. . ............ . .... .. . .................. .. . . .................................................................. ... .. . ........ . ..... ..... . .... ........ .. ...... .... .......... . ........ . . . . .... .......................... ... . ........... . . ........ .. ... . .. .... .
lowQualScore : 8 000000000000000000000000000 000000 8 22 33333 888 888 444 11 9 333333333333333333 888888888888888 66 22 22 22 7777777 22 4 666666666666 1 9999 22 3 222222222222222222 66 7 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 66 5 55555555 4 99999 66666 4 7777 11111111 11 444444 7777 6666666666 1 22222222 4 1 4 4 7777 77777777777777777777777777 444 5 77777777777 1 2 99999999 66 222 3 00 6666 4
consensus : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCT-AGA-GAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACACC-----CAT--------C-TATAAAAGTCTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--AAA---A--AA----TG-TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCACTA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTGGGT--------CAC-GT-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTGTA----AGGA----------CAGAATTT-TT---GTCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
Reference ( family-3355 ) : NACGAAACCTGTCAAGTGAGGACGTCCTCACAATGTCTCAGA-GAGAA-----------------GATA------TGTTATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGN--TAT--AGGGACACC-----CAT--------C-TATAAAAGTCTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CGAATTGT----G--A--AAA---A--AA----TG-TT----G--AGAGA-ATAT--ATTA------GTAG-GGACATGTCCCCA-CACCACTT-GTCCCCACTA----------ATCTA-------AT----------------------AT----C-------------TT---TCACATT-CTGTGGGT--------CAC-GT-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAACTGTA----AGGA----------CAGAATTT-TT---GTCCTCA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-TTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCTCTCTC
gi|1 : ACGAAACCTATCAATTGAGGGAGTCTTCACAATACTT---------A-----------------CATA------TGTTATCGTAAAG--GCAAAAA-----CGTACCAT---GTTAGG---TATACCTAT--AGAGGCACC------------------TATAAAAGTTTATC---T----ACTAC--TCTGT--CT--CATATTTTTTAAG--A--AAA---ATTGA----TT-TT----A--AGAGA-CCAT--ATTA------GCAC-GGGCATTTCCCAT-TACCACTT-GTGCTCACTA----------ATCTA-------ATATTATGTATCTAC---------AT----C-------------TT---TCACATG-CTCTAGGG--------GAG-GT-----A-----A-C----TGAG--------GA--T------GT--TTGTG----AGGA----------C-GACTTT-TC---GCCCTCA-TAATGTAC-TAT----TCATCCTCATA------TCT-----T---------CCATCAA---AT-GGTT-----------AAA-A-CTTTCTTAACT----T---T--GCAA---G-TTTT--ATCATCACCATCATCTCTCT
gi|10 : ATAAAAGTTTAAC---C----A--AT--ACTCT--TT--CGAATTGT----T--A--ACA---G--C-----TT-TT----G--AGATA-GAAC--ATCA------ACAG-ATAAGTGCCCCCA-CACCATGT-CTCCCAACTGCATG------ACTTA-------CT----------------------GT----C-------------GT-----GTGTT-TTGTACCTAAACCTTTCAC-AT-----T-----TTG----TGGG--------GA--C------GTGACTGTA----TGCA----------CAGAATGT-CT---GTCCTCA-TAGGGCAC-T-T----tacgtacacaggtaca
gi|11 : CCT-CATCACTT-GTCCCCACTA----------AACTA-------ATTTTAAACCTCTTGTTTCTATAAAT----C-------------GT---TCACATTTCTGCCAG---------CACTGA-----T-----T-A----TGTG--------GA--T------GTGG--GTG----AAGA----------CTGAGTTT-TT---GTCCTCG-TAGCTCA--T-T----TTGTCCT-GCA------ACT-----C---------CCGTCAA---AT-AGTTC----------AAA-A-TTGTCCTCACG----T---T----AC---G-TTTT--ATCAG
gi|12 : CACAATGTCT---------A-----------------GATA------TGTCATTGTAAAG--GCAAAAA-----AGTGCTATAAATTTAAGGTATAGA--TAT--AGGGATA---------T--------C-TATA-----CTCTCTTTC----A--AT--TTTTT--TT---GTTTTGT----T--A--A-----------------------G--AGAGA-ATAT--AATA-------TAGAGGACAGGTCCCCA-CACCACTT-GTCCTAACTC----------ATCTA-------------------------------AT----C-------------TT---T
gi|13 : A-CACCACGT-TCCCCCTTTA----------ACATA-------AT----------------------GC----A-------------TT---TTACATT-CTTTGGGT--------CAT-GT-----T-----T-A----TGGG--------GA--CATACATGTAACTGTT----AGGA----------CAATAT----------------TAGT---C-T-T----CTTTCCTCTAA------ACA---------------CAGCCAA---ATAGATA-----------AAA-A-TTAACCTCACT----T---T--ACAC---A-C---------GC----TC-TCTCTCTCtgtat
gi|14 : ----------------------AT----C-------------TT---TCACAAT-CTGTTGGT--------CAC-GT-----T-----T-A----TGGGACGTAACTGA--C-------TAACTGTA----AGGA----------CAACATTTATT---ATCTTGA-CAGTGCAC-T-AAGAACTGTCCCCATAC-----ATGTAAAAC---------AGGTCAA---GA-GGTT-----------AAA-A-TTGTCATCACT----G---T--ACAC---G-CTTT--ATCAAC----TC-tctc
gi|15 : aaTGTTCTCA-CACCACTT-GTCCTCACTGTCATTGTTGTATTT--------AC----------------------AT----T-------------TT---TCACATG-TTGTAGGT--------CAC-GA-----T-----T-A----TGGG--------GG--C------GTAATTGTG----TGAA----------CAGAA-GT-TT---GTCCTCA-TAATGTAT-T-TA---TTGTCCTCATA------ACC-----T---------CTGTCGA---AC-GGTT-----------AAA-ACTTGTCC
gi|16 : TATG---T----A--AT--ACTCC--TTTCCAAATTTC----A--T--AAATCTA--AA----TGGTT----GTAAAAGA-GCAA--ATTA------GTGA-GGACATGTCCCCA-CACCACTT--------TTA--------------A-------AT----------------------AT----C-------------TG---TCACATG-CTGTAGGT--------CGC-GT-----T-----T-A----TGGG--------AA--C------GTAACTGTG----ATGA----------CA
gi|17 : tTAAGA--ACAAAAATTGATAGTAC-AT---CTTAGG---TAAG--CACGGAGGGACACCTTGCACATA-------CATACAAAAAATTATC---C----A--AT--TCTCT--TT--CAAATAGT----GAAA--AAA---A--AA----TG-TT----G--AGAAA-ATAT--Aat
gi|18 : ctgtTGTAGGT--------CTC-AT-----T-----C-A----TGGG--------GA--G------GTAACTGTA----AGGA----------CA------------------A-GCGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG-----C-----------ATGAAAATAT-GGTTA----------AAA-A-ATATCTTCATT----T---T--ACACGGGG-TTTTCCCCCAGCCA--TT-TCTCTCTCatgtcttacaacatgaca
gi|19 : ----C-------------TT---TTACATT-CT-TGGGT--------TAT-GT-----T-----TTA----CAAG--------GAACC------GTAAAT-TG----ATGAG---------CATAAT--------GTCTTAAATA----AC-T-T----CTGTTTCCACA------AC----------------CGGTCAA---AT-GGTataca
gi|2 : tatcttgcatacaagcACGAAACCTGTTAAGTAAGGACGTCCGCACAATG-CTTAGACGAGAA-----------------GACA------TGTT-TTGTGAAG--GCATTAA-----AGTACTAT---CTTAGG---TAGA--TTT--GGAGATACC-----TTC--------C-TATAAAAGTTTATC---C----A--TT--TATCT--TT--CGAACCGT----G--A--AAA---G--AA----CG-TT----G--GAAGA-ATAC--ATTA------TTAG-GGACATATCACCAACACCACTT-GTCCCTGCTA----------ATGTA-------AT----------------------AT----C-------------GT---TCACTTT-CTGTGGGG--------CAC-GA-----T-----T-A----TGGA--------GG--C------GTAACTGTA----AGGA----------CATATTTT-TG---GTCCTCA-TTGTGCGC-C-T----CTGTCCTCACA------ACG-----C---------CGGTCAA---AT-GATT-----------AAA-A-TGGTCCTCACT----T---T--ACAG---G-TTTT--ATCAGC----TC-TCGCTCTCga
gi|20 : g-----T-A----CGGG--------AA--C------ATAACTGCATGCAAGAA----------CAAAATTT-TT---ATCCTCA-TATTGCAC-G-T----CTGTCCTATCAGTGTACATG-----T---------AGGTAAA---AT-GGTT-----------A
gi|21 : GAACTT-TT---GTCCTGA-TAGTGCAC-T-T----CTGTCCTCACA------ATG---------------CAGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-ATGTCCTCAC------------ACACA--G-TTTtagaat
gi|3 : aactgcatttatgTCCTCATATTGTCTAAGA-GAGAA-----------------TATACAAACATGTTATTGTAAAG--ACAAAAA-----TGCAGTAT---ACTAAG---GAGC--TAT--AGGGACAAC-----CATAATTTTTTT-TATGCAA---TA-C---T----T--AT--TCTTT--TT--CGAATTGT----T--A--AAA---A--AA----TG-TT----C-----------------------------GGACATGTCCCCA-CATAACTCAGTCCTTACT------------------------T----------------------AT---------------------------ATT-CTGTGAGT--------CAC-AT-----T-----T-AATTATGCG--------GA--C------GTAAATGTA----AG-A----------TAGTATTT-TT---GTCCTCA-TAGTACAT-T-T----TTGTCCTCGTATATGAGGCA-----C---------CGTTTTA---GT-ATTTTTGAGCTATTGAAACA-CTGTCCTCACT----T---T--ACAC---G-TTTT--ATCAGG----CC-GCTCTGTC
gi|4 : GTACTAT---CTTAGG---TAG-------------------------------------TAAAAACC-ATC---C----A--GT--TCTCTCTTT--CAAATTGT----G--A--AAA---A--T-----TA-TT----G--AGAGAGAT-T--ATCA------GTAA-GGACATGTCCCCA-CAGC-CTT-GTTTCCACTG----------ATCCA-------GT----------------------AT----CATGTAGCTAAACTTT---CCACATT-CTGTGAGT--------CAT-GT-----T-----A-A-----GGG--------GA--T------GTAACTGTG----AGGA----------AAGAATGT-TT---GTCCTCA-TAGTGCAC--------CTGTCCTCACT------ATG-----T---------AGGTCAA---AT-GATA-----------AAA-ACCTGTTCTCATT----T---T--ACTT---GATTTT--ATCtatctctcta
gi|5 : --TCTCT--CT--CAAATTTT----G--A--A------------------T----G--A-AGA-AAA-------------------GACATGTTCCCG-CACTACTT-GTCCTCACTA----------ATCTA-------AT----------------------AT----T-------------TT---CCCCATG-CTGTAGGT--------CAA-GT-----T-----T-A----TGGG--------GA--C------GTAATTATG----AGGA----------CA-AATTT-TT---ATCCTCA-TAAAGAACTT-T----TTGTCCTCATA------ATT-----T---------TCGTTGA---AT-TGTTA----------AAA-A-TTGTCCTCACTAAAGTGAATAAACAC---A-TTCT--ATCATC----TC-TCTCTcatggctttatcagcccacccatccccttttctctctactatgtacacatgtac
gi|6 : tgtaccctggttgcctaacggaaacatgttcatcatatttctatgcctcattgtgatcagctgccatattgaacaactttactaatctctctttcTAT---CTTAGA---TAGT--TTT--AGGAACACC------------------TATAAAA---TACC---C----A--ATACTGTCT--TT--TGAAATCT----T--A--AAA---A--AA----TG-TTTCT-G--A--------------A------GTAG----CATGACCCCA-CACTGCTT-GT-CCCATTAAT--------ATCCA-------GTACGGAA----------------AC----T-------------TT---TCACGTT-CTGTGGGTTTCA----TAC-AT-----T-----T-C----TTAG--------GA--C------AAAACTGTA----AGGA----------CAAAAATT-----------------------T-T----CTGCCCTCATA------ATA-----C---------AGGTTAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TAGTCTTCATT----T---T--ACAT---G-TTTT--ATCAGC----CC-CCCCCCCC
gi|7 : atgttccctccttgtctagtgggaaaatgtattacaatgAAGTGAGGACATCCTCGCAATATCTCAAA-AAGAATATATACACGCACAACAGATA------TGTTATTGTGAAGAAGAAAAAA-----AA-ATCAT---CTTGTG---TAGT--TAC--AGTGACATC-----TAC--------C-AATAAAAGTATATT---TTTAAA--AT--ACTCC--GT--CGAATTGT----G--ACCAAA---A--AACTGTTG-TT----G--AAAGG-AAAT--ATCA------GTAG-GGGCAAGTTCACA-TACCACTT-ACCCCTACTA----------ATCTA-------AT----------------------TT----C-------------TTGCGTCTAATA-CCGT---T--------CAC-AT-----TCTGTAT-A----TGGA--------GA--C------GTCACTG-A----AGc
gi|8 : CTATC---A----A--AT--TTT---------GAA--GG----G--G--AAA---A--AA----CG-TTTTAAG--AGAAA-ATATTAATTA------GTAA-GGAAACATCCCCA-CACCCAAT-GTCCTCACCA----------TTCTA-------AT----------------------AT----C-------------TG---TTAC------GTAGAG--------TAT-GTTTAACT-----T-A----CGGG--------GG--C------GTAATTGTA----CGGAACCCCCCCCCCCTAACCA-CC---ACCACCA-TAATACAC-T-TG---TTGTCCCCATAC-----ATG-----TACTATCAAATGGTCAA---AT-GGTTA----------AAA-A-TTGTCTTCACT----G---T--ACAC---G-TTT--------C----TC-TCTTTTTCtgggctatgcaaga
gi|9 : tctctatttgatacaccAAAAA-----AGTACTAT---CTTAG-------T--TAT--AGGGATACC-----CAT--------C-TATAAAA------------------AT--TATCT--TT--CGATTTGT----G--A--AAA---A--AACCGTTG-TT----G--AGAGA-ATAT--ATTACACATAGTAG-GAACATATCCCTA-TACCACTT-GTCCCCATTA----------ATGTATACTTGTAT----------------------GTAACCC-------------CT---TTACATT-CTGTGGGT--------CAC-GT-----T-----T-A----TAAG--------GA--C------GCAACGTTA----AGGA----------CAGATTTT-TTTTGGTCCTCA-TATTGCAC-T-T----TTGTCCTCACA------AC------C---------CAGTCAA---AT-GGTT-----------AActtgctttctctcct