lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 11111 11 444444444444444444444444 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 222222 11 111111 22222 11111 1 222222222222 222222 1 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333 1 2222222 333333 1 1
lowQualScore : 2 5 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 4 5 77 44444 11 3 0 3 99 5 4 000000000000000000000000 3 88 000000 44 66 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 3 44 3 5 222222 00000 4 55 55 55 8 99999999999999999999999999999999999999999999999 3 1 3 8 3 5 55 222222 3 55 55 777 55 4 222222 66 777 55 5 33333 11111 3 0 4 22 8 1 444444444444 999 44 888888 0 0 33 7 99999999999999999999999999999999999999999999 6 1 3 6666666 4 888888 6 3 4 8 3 6
lowQualScore : . . . ...................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . . .. ..... .. . . . .. . . ........................ . .. ...... .. .. .................................................................................................................... ... . .. . . ...... ..... . .. .. .. . ............................................... . . . . . . .. ...... . .. .. ... .. . ...... .. ... .. . ..... ..... . . . .. . . ............ ... .. ...... . . .. . ............................................ . . . ....... . ...... . . . . . .
lowQualScore : 2 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 1 7 99 66666 66 7 8 5 99 1 0 999999999999999999999999 3 77 777777 66 88 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 3 66 3 9 444444 00000 0 55 55 66 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 6 9 6 9 6 4 00 222222 6 88 55 000 55 4 888888 11 888 33 0 55555 11111 4 1 0 44 0 2 444444444444 222 00 888888 0 0 88 3 33333333333333333333333333333333333333333333 0 0 3 0000000 7 333333 7 3 7 3 3 0
consensus : GTCGAGCATGTCGTCTGCATCTCGGCCCACGGGAA-CCGGTAATTTT---TTTGTCTGTAAT-AGT-A--AGGTCCG----GCGGGGG-TCTATA----C-----A--TACCATCC--CCTA------------CT----TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAGAT-CTA-A-AACCCTACTACCATTA---TTATTACAG-ACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---AC-AAT-CTTTGTTG--CC-A-ATCTCCNTCTCGGACAACATAAAATGCAC-CT--CACTC---G-ATG-CCTAGAGAAGTTGATCTTACCTCTGATGTGGTTAANAT-T-T-C--C--NT---CCAA----ACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAA--T-GCGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA---------TGTACN--TTCAANTT-CTC-GAA-------------GTGAAAAC-AT--GGC-CGACTGACACCTNTAAAGA--AT--ATAC----CTACG-CT--G--TTT-ACA-AT--GAT----A-----GA---AT--ATGAA-----AAGA---TGA-A-TGTT-TAAA-GTTC-AGATTG--TA-C----GAC-TTTGTTAA--TA---AT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG-CAA-TCC-ATTCAAGANTTGGATTA-TTNATCT-TTTTCAGCA-TTGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACATN-------------------A-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTAC-NCA--ANGGAT------TAGGC-GGGNATT-TTAAAATACA
Reference ( gi|3 ) : GTTGAGCCTGTCGTCTGCGTCTC-----------A-CCGGTGATTTG---TGTGTCTGTAAT-AGT-A--AAATCTA----GCAAGGG-TCTATA----C-----A--TACCATCC--TCTA------------CT----TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAGGTACTACATAACCCTATTACCATTAGGCCTATTACAG-ACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTAC-AATTCTTTCTTG--CC-A-ATTTCCATTTTAGACAATTTAAAATGCAC-CT--CATTC---A-ATG-CCCAGAGAAGTTGATCTTACCTTTAATGTGGTTAAAAT-T-T-C--C--TT---CCAA----ATACA-AGGAA-A--T-AATCCAAA--T-ATGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA---------TGTGCA--TTCAAATT-CTT-GAA-ACTT--------GTGAAAAC-AT--GGC-CGACTGACACCTCTAAAGA--AT--ATAC----TTACA-CT--G--TTT-CCA-AT--AAT----A-----GA---AT--ATGAA-----AAGA-GTTGA-A-TGTT-TACA-GATC-ATATTG--TA-A----AAC-TTTGTCGA--TA---AT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG-CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA-TTAATCT-TTTTCAGAA-ATGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACATC-------------------G-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTAT-TCA--AAGGAT------TAGGC-GGGAAAT-TTAAAATATATAT
gi|7 : GTCAAGCATGTCTTCTGCATCTCGGCCCTCATGAA-CCGGT-ATTTTCTTTTTATTTGTAAT-AGC-A--A----CG----GCGGGGGGTCTTTA----C-----A--TACCATCC--CCTG------------CT----
gi|2 : tGTTGAGCATGTTGTCTGAACCTC-----------GGCC----------------TTCGTAAT-AAT-A--A----CA----GTAGGAG-TCTATAGATGT-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCACTCATATTAGAAGG--TGGT-ATGTT---------TAAA-AAGCCAACAAACAGTA---TTATTACAG-ACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA-----------------------A-ACCTCC------GACAACAT-AGATGCAC-CT--CACTC---G-ATG-aaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|19 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTCGAGCATGTCGTCTGCATTTTGGTCCACAGGAA-CCAGTAATATG---T-TGTCTCTAAC-AGTGG--GGGTCT------CAA------TATA----C-----ATGTACCATAC--CCTA------------CT----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|17 : GTCGATCGTGTCGTCTGCATCTCAGCTCACGGGAA-CCGGTAAATT----TTTGTATGTAAT-AGT-A--ACACCC-----GT---GG-TATATA----TAATAAA--TACAA-CC--CCTA------------CT----aaacttttta
gi|15 : TTTT---TGT-TCTGTAATTAGT-ACTAGGTACACAGTGCGGGGT-TCTATA----C-----A--TACCGTCC--TCaaaattattat
gi|5 : aggaaccggtattttt----TTAGGGGA--TGGT-ATGGT-----GTAC-----AACCCTA---CTATTA-----ATTAGAG-GTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAAA--AC-AAAGATTTGT---------ATCCCCGTCTCAGACAATATAAA-TGAAC-CT--CATTC---G-ATT-TCTAAAGAAGTTGATCTTACCTGTGATGTGGTTATCAT-T------A--TTAA-ACAA----ACACA-AAATA-T--T-AATCCGAA--T-GTGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT---------TGTACT--TTCAATTT-CTC-GAA-------------GAGATAAC-AT--GGC-TGACTGGCACCTATAGCAG--TT--ATAC----CTACG-CT--G--TAT-ACA-TT--TAC----G-----TA---AT--TTGAA-----AAGA---TGACC-TGTT-TAAA-GTTC-AGATTGATTA-ACTTTGA--TTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G-AAA-TTCAATTCAAGAATTctgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|4 : acccctta----TTAGGGGGTGTGGT-ATGATATG-GATCCTA-------GTATCACCATTA---TTAT--CGG-ACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCA--TAC--ATTCTTTGTTGATCC-A-ACT--CTTTGTGGA-----TAAAGTGT-C-TT--CTTCT---A-ACA--CCAGAAAAtaat
gi|14 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaata----TTAGGGCTCGTG----TGATATGA----TTACATAATGCT-CTACTATTCAAT-TATTA-AA-ACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---ACAAATGCTGTCTGC--CC-ACATTCCCATCTCAGACAA-ATATAATGCA--TTAACACTC---G-ATG--CTAAAGAAtaacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|6 : catcacgtcataGGTGTGGTTATGATAC-AGA--------AACCTTACTATCATTA------TTATAGGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAAAA-AC-AAT-CTATGTTG--CCCA-ATGTCCATCTCCGACAACATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGA-ATG-CCTAGAGAAGTTGATCTTACCTCTGATGCGGTTAAAA--T-T-C--C--AT---CCTA----ACGCA-ATAAA-ATTT-AATATAAATGT-ATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA---------TGCACT--TTCAATTT-CTT-GAG-------------GTG-AAAC-AT--GAC-CTACTGACACCTCTAAAGA--TT--ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----AA---ATAGATAAATAATTGAGA-TTTGA-A-TATT-TATA-GTTC-AAATTG--TA-T----AAC-TTT
gi|1 : TATTACAG-ACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---AA-AG---------------A-ATCTCC------GACAACATAGA-TGCACGCT--CACTC---GGATGGCCTACAGAAGCTGATCTAACTGCT--TGTGGTTAAAAT-T-C-A--C--TT---CAAA----GCACG-AGCAA-A--T-AATTCCAA--T-GTGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGT-------TTTGTC--TTTTAGTC-GTTAGTT-ACTTTTCGCGAGGCAAAAAC-AT--GGC-CGACTCACAC-TCTAAAGA--A---ATAC----TAACA-CC--GGTTTT-GCA-AT--AAT----A-----GA---GT--------------------GA-A-TATT-TACA-G-TC-AGATTT--TA-C----GAT-TTTGTTAA--TA---AT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CATT-AAGGGCA-CAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTACTTAATCTGTGCTTAACA-ATGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TA-GC-GGGGAATCTTCAAAa
gi|7 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatagttgagcatagttgtctgaaccgcggccttcgtaataatacacagtaggagtctatagatgatatacctccctctaaattcattatcactcatattagaggtggtatcgttttataaacatccaacaaacagta-ATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---GC-AAATCTTTGTTG---C-A-ATT--CTTCTCAGGCGATTTAAgttgagat
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataAAATGCAC-CT--CATTC---A-ATG-CCTAGAGAAGTTGATCTTACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TAT-C---------------------------AA-A--C-AATCCTAA--T-GTGGG-----------A------------------------T----------TCG-----------TTCAGTAAcacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|16 : aacat-ATG-CTTAGAGAAATTGATCCTACCTCGAATGTTGTTAGTTT-T-A-C--C--AA---CTAA----ATACA-AAGAC-G----AATCCAAA--T-GCGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT---------TGTACT--TTTAAtcacggccggctggtacctatggtgattatacaggtctacgctgtttacatattagataaattttgaaaagaaatgaactgtttaaagttcagattgtacatctttgttaataatttgatatgtagacctatgatgttcgattgataactgaattaatttttttttttttaccattgtgcactct
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTCGATGTTGTTAGTTT-T-TAC--C--AA---CTAA----ATACA-AAGAC-G----AATCCAAA--T-GCGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT---------TGTAC---TTTAAA
gi|4 : GTTGATCCAACTCTT--TGTGGATAAAGT-G-T-CTTC--TT---CTAA-----CACC-AGAAA-A--T-AACCCGAA--TTGTGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA-------TGTACT--TTCAATTTTCTC-GAAGACC------------AAAAC-AT--GGCACGACTGACACCGTTAAA-A--ATTAACAC----T-ACATCG--G--TTT-ACA-AT--AAT----A-----GA--------TGAA-----TAG-----------GTT-TACA-GTTCCAGACTG--TA-C----AAC-CTTGTTTA--TA---AT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAAT--GACAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA-TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACATT-------------------ACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTAC-TCA--AAGGAT------TAGGCTGGGAATT-TTAAAATA
gi|10 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttCTTGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-T-A-C--C--TCTTACCAACA--ACACA-ACAAA-A--T-A--TCAAA--T-ATTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA---------TATACG--TTC-AATT-C-T-GA--------------GTG-AAAC-AT---GC-CGATTGACA-CTATAAAGA--Agaaatt
gi|9 : ACCTATA-TCTAATTAAGGTCT-T-C--CGTTT---CCAACGGAANACACAAGAA-A--TCAATGCAAT--T-GCAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT---------TGTACT--TTCGA-TT-CCT------CTCA-------GTCAAAACGAT--GGC-CGACTGGCACCGGTGCATG--AC--ATTC----TT-TG-CT--G--TTT-ACA-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGA-GATAA-ACTGTA-TAAAAGCTG-AGACTA--TACA----AAT-TTTGTTAA--TA---AT--TTGATA-T------T--TTT---GA-agatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|12 : atccttttttaaacaaACCTCTCGCGTGATCAACAT-T-A-C--T--AA---ACAC----ACACA-AGTAA-T--C-AATCCAAA--C-GCGGG-----------AT----------T----------------------------------------AAAAAAAAAAAATATTCTGCC--TTCAA------T-AA-----T---------TGATAAG-AT--G-C-CGACTGACACCT---AAGATGATC-GTAC----CTACG-CT--G--TTT-ACA-ATTAGAT----A-----GA---AT---TAAA-----AAGG-TTTGA-G-TATT-TAAA-GTTC-AGATTG--TA-C----AACTTTTGTTAA--TA---AT--Tatgactgaatagattgggat
gi|11 : AA----ACACA-ACAAA-A--T-AATCCAAA--T-GCGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA---------TGTAC---TTTGAATT-CAT-AGA-A-----------GTGACAAC-AT--GGC-CGATTGACACCTCTAAAGA--TT--ATAC----CTATG-CT--G--CTA-TCACAT--GAT----ATTGATAA---AT--ATGAA-----AAAATATTAA-C-TGTT-TAAA-ATTC-GGATTG--TA-C----TAC-T------G--TA---ATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATTGA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTG
gi|7 : ACA-ATGAACA--T-AATC-AAA--G-GTGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA---------TGTACA--TACAATTT-CTC-GAA-------------GT-AAAAC-AC--TAC-CGACTGACACCTCTAAAGA--AT--ATAC----CTACA-CT--G--TTT-ACA-AT--AAT----A-----GA---a
gi|23 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataa-----------TTCAGTAAA---------T-TAAAACTTTAATTT-CTG-GAA-------------GTGATAAC-ATATGGC-CGATTGACAACCCTAtga
gi|8 : tAATC-AC--GGC-CGGCTGGTACCTATGGTGA--TT--ATACAGGTCTACG-CT--G--TTT-ACATATTAGAT----A-----AA---TT--TTGAA-----AAGA-AATGA-ACTGTT-TAAA-GTTC-AGATTG--TA-C----ATC-TTTGTTAA--TA---AT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATTGA-TAA-CT--------GAATT-AATTT-TT--TTT-TTTTTACCA-TTGT-G-CACTCTtaacggtt
gi|21 : aacataaatgcacctcattcaatgcctagagaagttgatcttacctttaatgtggttagtattatcaaacaatcctaatgtgggattcgttcagtAAC-AT--GAC-CGATTGATACCAATAATGA--AT--ATAC----CTGCG-CT--G--TTT-ACA-ATCAGAT----A-----AA---TT--A-GAA-----AAGA-
gi|13 : aattgtacttccattttcacgaagcgtc---AT--ATTAT-----AAGA-----A-A-GGTTCTA-A-GTTC-AAATTG--TA-C----AAC-TATGTATA--TA---AT--TTAATG-T------T-----------TATC-TAATTGA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA-TCAAATT-CTTTCAGCA-TTGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC-TG-------------------T-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATAT-GAA--AGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATT-TTAAAGTAC
gi|10 : T--ATAAA-----GAAA-G-----A-TGTG-TA-G-GTTC-AGATTG--CA-C----AAC-TTTGTTTA--TA---AT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TAATTC--------------AAGAGCTGGATCA-TTTATCT-TTTCC-GAA-TTGCAG-CATTC--TT------CT-TTTA-C--Aga
gi|2 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacacAGA-GTTGA-A-TATT-TACA-GTTC-AGATTT--TA-C----GAT-TTTGTTAA--TA---AT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA-CAA-TTC-ATTTAAatgtatcacat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GCATCCTGGTCCTACATGTGCACAATAAAAGCAAAAATGTGTTGCCCATCCCCGTCTCCAACAGCGGTAACGAACCTCATCCAATGTCAAGAGATGCTTACTT
Unaligned ( gi|22 ): ATTTTTGCTTATAACTACCGAATCACGGGGCGTATGAACATGTCGAGCATGTCATCTGCATCTCGACCTTCAGCAACCGTTAATTTT
Unaligned ( gi|24 ): CACCATCACTCATATTAGATGATGGTATGCTAAAGAAACCCGCTATCAGTATCATTACAGACCTATAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444444444444444 66666666666666666 1111 33333333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 555555555555555555555555555555 111111 1 111 111111111111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 1111111111 1111 111 11111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 22222 111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 222222 1
lowQualScore : 5 33333333333333333333333333 66 5 5 88888888888888888 0000 11111111111 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 33 6 99999 3 5 777 4 88888 5 4 777 777777777777777777777777777777 3 333333 55 1 5 5 66 222 44 4 9 1 3 999999999999999999999 77 888888 3 44 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000000000 444 1 0 1111111111 5 3 5555 7777777777 77 3 44 4 66666 1111 3 55 55 3 7 666 55555555555555 1 444 99999999 6666666666 3 1 3 44 88 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 66 4 44444 4 111 1 55 1 88 2 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 777 1 1 888888 0 1
lowQualScore : . .......................... .. . . ................. .... ........... .. ......................................................................................... . .. . ..... . . ... . ..... . . ... .............................. . ...... .. . . . .. ... .. . . . . ..................... .. ...... . .. ............................................................. ......... ... . . .......... . . .... .......... .. . .. . ..... .... . .. .. . . ... .............. . ... ........ .......... . . . .. .. . .......... . .. . ...... .. ... .. . ..... . ... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . ... . . ...... . .
lowQualScore : 7 66666666666666666666666666 11 0 0 88888888888888888 6666 66666666666 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 55 1 88888 2 6 888 4 99999 0 4 888 111111111111111111111111111111 6 666666 33 9 5 0 99 222 77 0 5 0 3 999999999999999999999 00 555555 1 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000000000 777 9 5 7777777777 1 1 9999 5555555555 33 1 22 0 99999 4444 6 00 00 6 3 888 00000000000000 5 222 11111111 1111111111 3 2 3 66 22 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 44 4 00000 4 000 0 88 0 33 5 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 555 0 0 888888 0 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCCC-CAGGAACCGGTAATT--TTTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--A---C-CG----GC-GGGGGTC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-AT-CTA-A-AAC--CCTACTAN-CATTA---TTATTACAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-ATCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-C--CNT---CCAA------ACACAANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA---------TGTA---CTTTCA----------ATTT-CTCG--AA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTG--TAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G-CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTA---CGCAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCCCACGGGAACCGGTAATT--TTTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--AGGTC-CG----GC-GGGGGTC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-AT-CTA-A-AAC--CCTACTAC-CATTA---TTATTACAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-ATCTCCNTCTCGGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CACTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TT-C--CNT---CCAA------ACACAANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA---------TGTA---CNTTCA----------ANTT-CTCG--AA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTG--TAC-GAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG-CAA-TCC-ATTCAAGANTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGCAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTA---CNCAANGGAT------TAGGC-GGGNATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC---------------------------T-TCGTAA-T-AATA------CACA----GT-AGGAGTC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG---TGGT-ATCGT-------T-TTATA-AACATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTACAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG------------------A-ATCTCC------GACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-A--CTT---CAAA------GCACGAGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTT-----TGT----CTTTTAGTCGTTAGTTACTT-TTCGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGA--A--ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTT--TAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CATT-AAGGGCA-CAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-C--CTCTTACCAACA----ACACAACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA---------TATA---CGTTCA----------A-TT-CT----GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGA--Agttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTG--CAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA--------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagAA------ACACAACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA---------TGTA---CTTTGA----------ATTC-ATAG--AA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTG--TAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATTGA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-C--TAA---ACAC------ACACAAGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------T----------------------------------------AAAAAAAAAAAATATTCTG---CCTTCA----------AT---------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCT---AAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTG--TAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTG--TAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T--TAT---------C-TAATTGA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATA---TGAAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTG----TGATATGATTAC-ATA-A-TGC--TCTACTATTCA--A---TTATTA-AAACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A--C-AA-A-T-GCTGTCTGC-CC-ACATTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcataGGAACCGGTATTT--TTTTTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTA-CACAGTGC-GGGGTTC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : a---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-C--CAA---CTAA------ATACAAAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT---------TGTA---CTTTTA----------Actgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCTCACGGGAACCGGTAA-A--TTTTT--GT-ATGTAA-T-AGTA--ACACC-C---------GTGGTA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTAC--CAA---CTAA------ATACAAAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT---------TGTA---CTTTAA----------Aaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTCCACAGGAACCAGTAA-T--ATGTT--GT-CTCTAA-C-AGT------------------GGGGGTCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC---------------------------T-TCGTAA-T-AATA--A-----CA----GT-AGGAGTC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAGG--TGGT-ATG---------T-TTA-A-AAAG-CCAACAAA-CAGTA---TTATTACAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA----------------------------A-ACCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTT--TAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA-CAA-TTC-ATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AG-C-AA-A-AATGTGT-TG--CC-C-ATCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT---------TGTA---CTTCCA----------TTTT-CACG--AA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGA--AT-ATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A-----A---ATT--A-GAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTTCAGCAACCGTTAATT--TT
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA---------T-TAAAACTTT-A----------ATTT-CTGG--AA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAA
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATGA--TGGT-ATGCTA-AAG-A--------AAC--CC-GCTAT-CAGTA---TCATTACAGACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC-----------ACCGGTGATT--TGTGT--GT-CTGTAA-T-AGTA--AAATC-TA----GC-AAGGGTC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-GTACTACATAAC--CCTATTAC-CATTAGGCCTATTACAGACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA--C-AA-TTC-TTTCT-TG--CC-A-ATTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-C--CTT---CCAA------ATACAAGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA---------TGTG---CATTCA----------AATT-CTTG--AAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTG--TAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG-CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTA---TTCAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--A---C-CG----GT-GGGGATA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGGGTGTGGT-ATGATATG-G-ATCCTA-G--------TATCAC-CATTA---TTAT--CGGACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A--C-AT-T-C-TTTGT-TGATCC-A-A-CTCTTTGT-GGATAAtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGT-GT-CTTCTT---CTAA-------CACCAGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA-------TGTA---CTTTCA----------ATTTTCTCG--AA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAA--TT-A-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTG--TAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAAT--GACAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTA---CTCAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGGA--TGGT-ATGGTG---------TA-C-AAC--CCTACTA----TTA-----ATTAGAGGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AA-C-AAAG-A-TTTGT----------ATCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-T--TAA---ACAA------ACACAAAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT---------TGTA---CTTTCA----------ATTT-CTCG--AA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAG--TT-ATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATTA---AC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G-AAA-TTCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : GGTGTGGTTATGATAC-AG-A--------AAC--CTTACTAT-CATTA---TTAT-A-GGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---AAAC-AA-T-C-TATGT-TG--CCCA-ATGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAA--TT-C--CAT---CCTA------ACGCAATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA---------TGCA---CTTTCA----------ATTT-CTTG--AG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTG--TAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCCCTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT--AT-TTGTAA-T-AGCA--A-----CG----GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G--CAAA-T-C-TTTGT-TG---C-A-A--TTCTTCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataTTAACA--------CGT---TCAT------AAACAATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA---------TGTA---CATACA----------ATTT-CTCG--AA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-T------AT---C-----------------AA-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT-AA---------T-----------------------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGA--TT-ATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTG--TAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATT----GA-T----------AACTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : ACCTAT-ATCTAATTAAGGTCTT-C--CGTTT-CCAACGGAANACACAA-GAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT---------TGTA---CTTTCG----------ATTC-CTCT--CA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATG--AC-ATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTA--TACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555 44444444444444444 1111 33333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 333333333333333333 555555555555555555555555555555 1 111 2222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111111 1111 111 11111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 22222 111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 222222 1
lowQualScore : 5 222222222222222222222222222 66 5 5 66666666666666666 5 0000 11111111111 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 2 99 6 777 0 777777777777777777 4 777 4 88888 5 4 777 444444444444444444444444444444 4 3 3 55 1 5 5 66 222 44 4 9 1 6 0000000000000000000 77 888888 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 444 444 0 555555555555 3 4 7777777777 77 3 44 4 66666 1111 3 55 55 3 7 666 55555555555555 1 444 99999999 6666666666 3 1 3 3 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 4 4 55555 4 111 2 55 1 88 1 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 1 888888 0
lowQualScore : . ........................... .. . . ................. . .... ........... .. .................................................................................... .. . .. . ... . .................. . ... . ..... . . ... .............................. . . . .. . . . .. ... .. . . . . ................... .. ...... . .. ............................................................. ..... ... ... . ............ . . .......... .. . .. . ..... .... . .. .. . . ... .............. . ... ........ .......... . . . . . .......... . .. . ...... .. ... . . ..... . ... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . .... . ...... .
lowQualScore : 7 000000000000000000000000000 11 0 0 22222222222222222 0 6666 66666666666 99 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 2 88 1 888 8 888888888888888888 4 888 4 99999 0 4 888 333333333333333333333333333333 4 7 0 33 9 5 0 99 222 77 0 5 0 7 9999999999999999999 00 555555 1 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 777 777 5 888888888888 1 0 5555555555 33 1 22 0 99999 4444 6 00 00 6 3 888 00000000000000 5 222 11111111 1111111111 3 2 3 3 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 0 4 99999 4 000 2 88 0 33 0 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 2 888888 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-AT--TA-A-AAC--CCTACTAN-CANTA---TTATTA-C----------------A-GACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CCNN---CCAA------ACACAANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-AT-CTA-A-AAC--CCTACTAN-CATTA---TTATTA-C----------------A-GACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CCNT---CCAA------ACACAANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------C---A-CA-GTAGGAG-TC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG---TGGT-ATCGT-------T-TTATA-AACATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTA-C----------------A-GACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG------------------A-A-TCTCCG------ACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-ACTT---CAAA------GCACGAGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTTTGT----CT---TTTAGTCGTTAGTTACTTTT-CGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGA--A--ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CA-T-TAAGG-GCACAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-CCTCTTACCAACA----ACACAACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA----TATA---CG---TTCAA-------------TT-CT--GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGA--Agttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTGCAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA---------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagAA------ACACAACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA----TGTA---CT---TTGAAT------------TC-ATAGAA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTGTAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATT-GA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-CTAA---ACAC------ACACAAGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------TA-----------A----------AAA-------------AAAAAAA----TATT---CTGCCTTCAAT-------------------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCT---AAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTGTAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T-----------TATC-TAATT-GA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATATG---AAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTG----TGATATGATTAC-ATA-A-TGC--TCTACTATTCA--A---TTATTA------------------A-AACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A--C-AA-A-T-GCTGTCTGC-CC-ACA-TTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcataAGGAACCGGTATTTT--TTTTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTACA---C-AGTGCGGGGT-TC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : ---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-CCAA---CTAA------ATACAAAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTTAActgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCT-CACGGGAACCGGTAA-AT--TTTT--GT-ATGTAA-T-AGTA--------A---CAC---CCGTGG-TA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTACCAA---CTAA------ATACAAAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTAAAaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTC-CACAGGAACCAGTAA-TA--TGTT--GT-CTCTAA-C-AGT--------------------GGGGG-TCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------A---C--A-GTAGGAG-TC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAGG--TGGT-ATG---------T-TTA-A-AAAG-CCAACAAA-CAGTA---TTATTA-C----------------A-GACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA----------------------------A-A-CCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA--CAA-TTC-ATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AG-C-AA-A-AATGTGT-TG--CC-C-A-TCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT----TGTA---CT---TCCATT------------TT-CACGAA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGA--AT-ATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A-----A---ATT--A-GAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTT-CAGCAACCGTTAATTT--T
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA----T-TAAAACT---TT-AAT------------TT-CTGGAA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAA
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATGA--TGGT-ATGCTA-AAG-A--------AAC--CC-GCTAT-CAGTA---TCATTA-C----------------A-GACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC------------ACCGGTGATTT--GTGT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------AAATC-TA-GCAAGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGGGCGTGGT-ATGATACGAG-GTACTACATAAC--CCTATTAC-CATTAGGCCTATTA-C----------------A-GACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA--C-AA-TTC-TTTCT-TG--CC-A-A-TTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-CCTT---CCAA------ATACAAGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTG---CA---TTCAAA------------TT-CTTGAAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTGTAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG--CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTATT---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--------A---C-CG-GTGGGGA-TA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGGGTGTGGT-ATGATATG-G-AT------------CCTAGTAT-CACCA---TTATTATC----------------G-GACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A--C-AT-T-C-TTTGT-TGATCC-A-ACTCTTTGTtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGTGTC-TTCT---TCTA------ACACCAGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA--TGTA---CT---TTCAAT------------TTTCTCGAA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAA--TT-A-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTGTAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAATG-A--CAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTACT---CAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAggataaagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGGA--TGGT-ATGGTG---------TA-C-AAC--CCTACTA----TTA-----ATTA-G----------------A-GGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AA-C-AAAG-A-TTTGT----------A-TCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-TTAA---ACAA------ACACAAAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAG--TT-ATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATT-AAC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--AAA-TTCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : GGTGTGGTTATGATAC-AG-A--------AAC--CTTACTAT-CATTA---TTAT-A------------------G-GACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---AAAC-AA-T-C-TATGT-TG--CCCA-A-TGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAAT-T--CCAT---CCTA------ACGCAATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA----TGCA---CT---TTCAAT------------TT-CTTGAG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTGTAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCC-CTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT--AT-TTGTAA-T-AGCA--------A---C--G-GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tC--CCTGCTAA-AATTA---TTATCA-CCCATGCATATGTGCTCATAATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G--CAAA-T-C-TTTGT-TG--CA-A-T-TCT---TCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcTTAACA------CGT---TCAT------AAACAATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA----TGTA---CA---TACAAT------------TT-CTCGAA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TA-TC-----------------------AA-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT----------------------AAT---------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGA--TT-ATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATT-G----A-T----------AACTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : ACCTAT-ATCTAATTAAGGTCTT-CCGTTT-CCAACGGAANACACAA-GAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT----TGTA---CT---TTCGAT------------TC-CTCTCA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATG--AC-ATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTATACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555 44444444444444444 1111 33333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 88888888888888888 111111 11 555555555555555555555555555555 1 111 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111111 1111 111 11111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 22222 111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 222222 1
lowQualScore : 5 222222222222222222222222222 66 5 5 66666666666666666 5 0000 11111111111 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444 77777 5 1 77777777777777777 3 66 222222 2 00 777 4 88888 5 4 777 444444444444444444444444444444 4 3 3 55 1 5 5 66 222 44 4 6 1 3 333333333 44 3 44 888888 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 444 444 0 555555555555 3 4 7777777777 77 3 44 4 66666 1111 3 55 55 3 7 666 55555555555555 1 444 99999999 6666666666 3 1 3 3 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 4 4 55555 4 111 2 55 1 88 1 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 1 888888 0
lowQualScore : . ........................... .. . . ................. . .... ........... .. ................................................. ..... . . ................. . .. ...... . .. ... . ..... . . ... .............................. . . . .. . . . .. ... .. . . . . ......... .. . .. ...... . .. ............................................................. ..... ... ... . ............ . . .......... .. . .. . ..... .... . .. .. . . ... .............. . ... ........ .......... . . . . . .......... . .. . ...... .. ... . . ..... . ... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . .... . ...... .
lowQualScore : 7 000000000000000000000000000 11 0 0 22222222222222222 0 6666 66666666666 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 0 0 00000000000000000 6 00 444444 0 66 888 4 99999 0 4 888 333333333333333333333333333333 4 7 0 33 9 5 0 99 222 77 0 4 0 3 222222222 22 1 00 555555 1 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 777 777 5 888888888888 1 0 5555555555 33 1 22 0 99999 4444 6 00 00 6 3 888 00000000000000 5 222 11111111 1111111111 3 2 3 3 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 0 4 99999 4 000 2 88 0 33 0 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 2 888888 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CCAN---CCAA--ACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GCGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAN-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CCNN---CCAA--ACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------C---A-CA-GTAGGAG-TC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG-----TGGT-ATCGT-TTTA-----TA-A-ACATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG------------------A-A-TCTCCG------ACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-ACTT---CAAA--GCACG-AGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTTTGT----CT---TTTAGTCGTTAGTTACTTTT-CGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGA--A--ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CA-T-TAAGG-GCACAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-CCTCTTACCAACAACACA-ACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA----TATA---CG---TTCAA-------------TT-CT--GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGA--Agttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTGCAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA---------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagAA--ACACA-ACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA----TGTA---CT---TTGAAT------------TC-ATAGAA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTGTAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATT-GA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-CTAA---ACAC--ACACA-AGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------TA-----------A----------AAA-------------AAAAAAA----TATT---CTGCCTTCAAT-------------------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCT---AAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTGTAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T-----------TATC-TAATT-GA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATATG---AAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTGTGAT-ATGATTACA------TA-A-T-GCTCTACTATTCA--A---TTATTA--AAACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A--C-AA-A-T-GCTGTCTGC-CC-ACA-TTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcataAGGAACCGGTATTTT--TTTTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTACA---C-AGTGCGGGGT-TC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : ---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-CCAA---CTAA--ATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTTAActgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCT-CACGGGAACCGGTAA-AT--TTTT--GT-ATGTAA-T-AGTA--------A---CAC---CCGTGG-TA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTACCAA---CTAA--ATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTAAAaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTC-CACAGGAACCAGTAA-TA--TGTT--GT-CTCTAA-C-AGT--------------------GGGGG-TCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------A---C--A-GTAGGAG-TC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAG--G--TGGT-ATGTT-------T--AA-A-A-AGCCAACAAA-CAGTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA----------------------------A-A-CCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA--CAA-TTC-ATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AG-C-AA-A-AATGTGT-TG--CC-C-A-TCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT----TGTA---CT---TCCATT------------TT-CACGAA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGA--AT-ATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A-----A---ATT--A-GAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTT-CAGCAACCGTTAATTT--T
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA----T-TAAAACT---TT-AAT------------TT-CTGGAA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAA
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATG--A--TGGT-ATGCT-A-AAGA--------A-ACCC-GCTAT-CAGTA---TCATTA-CAGACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC------------ACCGGTGATTT--GTGT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------AAATC-TA-GCAAGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GCGTGGT-ATGAT-ACGAGGTACTACATA-ACCCTATTAC-CATTAGGCCTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA--C-AA-TTC-TTTCT-TG--CC-A-A-TTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-CCTT---CCAA--ATACA-AGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTG---CA---TTCAAA------------TT-CTTGAAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTGTAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG--CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTATT---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--------A---C-CG-GTGGGGA-TA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ATG-GAT-----------CCTAGTAT-CACCA---TTATTATCGGACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A--C-AT-T-C-TTTGT-TGATCC-A-ACTCTTTGTtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGTGTC-TTCT---TCTA--ACACC-AGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA--TGTA---CT---TTCAAT------------TTTCTCGAA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAA--TT-A-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTGTAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAATG-A--CAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTACT---CAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAggataaagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGG--A--TGGT-ATGGT-G--------TA-C-A-ACCCTACTAT-TA--------ATTA-GAGGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AA-C-AAAG-A-TTTGT----------A-TCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-TTAA---ACAA--ACACA-AAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAG--TT-ATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATT-AAC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--AAA-TTCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : G--GTGTGGTTATGAT-AC-AGA--------A-ACCTTACTAT-CATTA---TTAT-A--GGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---AAAC-AA-T-C-TATGT-TG--CCCA-A-TGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAAT-T--CCAT---CCTA--ACGCA-ATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA----TGCA---CT---TTCAAT------------TT-CTTGAG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTGTAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCC-CTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT--AT-TTGTAA-T-AGCA--------A---C--G-GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G--CAAA-T-C-TTTGT-TG--CA-A-T-TCT---TCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataTTAACA------CGT---TCAT--AAACA-ATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA----TGTA---CA---TACAAT------------TT-CTCGAA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TA-TC--------------------AA-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT----------------------AAT---------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGA--TT-ATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATT-G----A-T----------AACTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : T-TT-CCAA---CGGA--ANACACAAGAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT----TGTA---CT---TTCGAT------------TC-CTCTCA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATG--AC-ATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTATACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555 44444444444444444 1111 33333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888 88888888888888888 111111 11 555555555555555555555555555555 1 111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111111 1111 111 11111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 22222 111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 222222 1
lowQualScore : 5 222222222222222222222222222 66 5 5 66666666666666666 5 0000 11111111111 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444 777 9 5 1 77777777777777777 3 5 222222 2 00 777 4 88888 5 4 777 444444444444444444444444444444 4 3 3 55 1 5 5 66 222 44 4 6 1 3 88 2222222222 3 44 888888 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 444 444 0 555555555555 3 4 7777777777 77 3 44 4 66666 1111 3 55 55 3 7 666 55555555555555 1 444 99999999 6666666666 3 1 3 3 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 4 4 55555 4 111 2 55 1 88 1 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 1 888888 0
lowQualScore : . ........................... .. . . ................. . .... ........... .. ................................................. ... . . . ................. . . ...... . .. ... . ..... . . ... .............................. . . . .. . . . .. ... .. . . . . .. .......... . .. ...... . .. ............................................................. ..... ... ... . ............ . . .......... .. . .. . ..... .... . .. .. . . ... .............. . ... ........ .......... . . . . . .......... . .. . ...... .. ... . . ..... . ... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . .... . ...... .
lowQualScore : 7 000000000000000000000000000 11 0 0 22222222222222222 0 6666 66666666666 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111 4 0 0 00000000000000000 6 0 444444 0 66 888 4 99999 0 4 888 333333333333333333333333333333 4 7 0 33 9 5 0 99 222 77 0 4 0 6 22 4444444444 1 00 555555 1 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 777 777 5 888888888888 1 0 5555555555 33 1 22 0 99999 4444 6 00 00 6 3 888 00000000000000 5 222 11111111 1111111111 3 2 3 3 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 0 4 99999 4 000 2 88 0 33 0 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 2 888888 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------C---A-CA-GTAGGAG-TC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG-----TGGT-ATCGT-TTTA-----TA-A-ACATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG------------------A-A-TCTCCG------ACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-AC----TTCAA-AGCACG-AGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTTTGT----CT---TTTAGTCGTTAGTTACTTTT-CGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGA--A--ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CA-T-TAAGG-GCACAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-CCTCTTACCAACAACACA-ACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA----TATA---CG---TTCAA-------------TT-CT--GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGA--Agttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTGCAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA---------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagA-AACACA-ACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA----TGTA---CT---TTGAAT------------TC-ATAGAA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTGTAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATT-GA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-CT----AAACA-CACACA-AGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------TA-----------A----------AAA-------------AAAAAAA----TATT---CTGCCTTCAAT-------------------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCT---AAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTGTAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T-----------TATC-TAATT-GA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATATG---AAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTGTGAT-ATGATTACA------TA-A-T-GCTCTACTATTCA--A---TTATTA--AAACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A--C-AA-A-T-GCTGTCTGC-CC-ACA-TTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcataAGGAACCGGTATTTT--TTTTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTACA---C-AGTGCGGGGT-TC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : ---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-CC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTTAActgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCT-CACGGGAACCGGTAA-AT--TTTT--GT-ATGTAA-T-AGTA--------A---CAC---CCGTGG-TA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTACC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTAAAaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTC-CACAGGAACCAGTAA-TA--TGTT--GT-CTCTAA-C-AGT--------------------GGGGG-TCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------A---C--A-GTAGGAG-TC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAG--GTG--GT-ATGTT-------T--AA-A-A-AGCCAACAAA-CAGTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA----------------------------A-A-CCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA--CAA-TTC-ATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AG-C-AA-A-AATGTGT-TG--CC-C-A-TCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT----TGTA---CT---TCCATT------------TT-CACGAA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGA--AT-ATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A-----A---ATT--A-GAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTT-CAGCAACCGTTAATTT--T
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA----T-TAAAACT---TT-AAT------------TT-CTGGAA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAA
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATG--ATG--GT-ATGCT-A-AAGA--------A-ACCC-GCTAT-CAGTA---TCATTA-CAGACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC------------ACCGGTGATTT--GTGT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------AAATC-TA-GCAAGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GCGTGGT-ATGAT-ACGAGGTACTACATA-ACCCTATTAC-CATTAGGCCTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA--C-AA-TTC-TTTCT-TG--CC-A-A-TTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-CC----TTCCA-AATACA-AGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTG---CA---TTCAAA------------TT-CTTGAAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTGTAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG--CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTATT---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--------A---C-CG-GTGGGGA-TA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ATG-GAT-----------CCTAGTAT-CACCA---TTATTATCGGACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A--C-AT-T-C-TTTGT-TGATCC-A-ACTCTTTGTtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGTGTC-TT----CTTCT-AACACC-AGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA--TGTA---CT---TTCAAT------------TTTCTCGAA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAA--TT-A-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTGTAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAATG-A--CAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTACT---CAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAggataaagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGG--ATG--GT-ATGGT-G--------TA-C-A-ACCCTACTAT-TA--------ATTA-GAGGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AA-C-AAAG-A-TTTGT----------A-TCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-TT----AAACA-AACACA-AAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAG--TT-ATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATT-AAC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--AAA-TTCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : G--GTGTGGTTATGAT-AC-AGA--------A-ACCTTACTAT-CATTA---TTAT-A--GGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---AAAC-AA-T-C-TATGT-TG--CCCA-A-TGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAAT-T--CC----ATCCT-AACGCA-ATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA----TGCA---CT---TTCAAT------------TT-CTTGAG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTGTAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCC-CTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT--AT-TTGTAA-T-AGCA--------A---C--G-GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G--CAAA-T-C-TTTGT-TG--CA-A-T-TCT---TCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataACA-ATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA----TGTA---CA---TACAAT------------TT-CTCGAA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TA-TC----A----------------A-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT----------------------AAT---------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGA--TT-ATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATT-G----A-T----------AACTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : T-TT-CC----AACGG-AANACACAAGAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT----TGTA---CT---TTCGAT------------TC-CTCTCA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATG--AC-ATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTATACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555 44444444444444444 1111 33333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888 88888888888888888 111111 11 555555555555555555555555555555 1 111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111111 1111 111 11111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 22222 111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 222222 1
lowQualScore : 5 222222222222222222222222222 66 5 5 66666666666666666 5 0000 11111111111 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444 777 9 5 1 77777777777777777 3 5 222222 2 00 777 4 88888 5 4 777 444444444444444444444444444444 4 3 3 55 1 5 5 66 222 44 4 6 1 3 88 2222222222 3 44 888888 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 444 444 0 555555555555 3 4 7777777777 77 3 44 4 66666 1111 3 55 55 3 7 666 55555555555555 1 444 99999999 6666666666 3 1 3 3 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 4 4 55555 4 111 2 55 1 88 1 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 1 888888 0
lowQualScore : . ........................... .. . . ................. . .... ........... .. ................................................. ... . . . ................. . . ...... . .. ... . ..... . . ... .............................. . . . .. . . . .. ... .. . . . . .. .......... . .. ...... . .. ............................................................. ..... ... ... . ............ . . .......... .. . .. . ..... .... . .. .. . . ... .............. . ... ........ .......... . . . . . .......... . .. . ...... .. ... . . ..... . ... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . .... . ...... .
lowQualScore : 7 000000000000000000000000000 11 0 0 22222222222222222 0 6666 66666666666 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111 4 0 0 00000000000000000 6 0 444444 0 66 888 4 99999 0 4 888 333333333333333333333333333333 4 7 0 33 9 5 0 99 222 77 0 4 0 6 22 4444444444 1 00 555555 1 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 777 777 5 888888888888 1 0 5555555555 33 1 22 0 99999 4444 6 00 00 6 3 888 00000000000000 5 222 11111111 1111111111 3 2 3 3 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 0 4 99999 4 000 2 88 0 33 0 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 2 888888 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------C---A-CA-GTAGGAG-TC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG-----TGGT-ATCGT-TTTA-----TA-A-ACATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG------------------A-A-TCTCCG------ACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-AC----TTCAA-AGCACG-AGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTTTGT----CT---TTTAGTCGTTAGTTACTTTT-CGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGA--A--ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CA-T-TAAGG-GCACAA-TTC-ATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-CCTCTTACCAACAACACA-ACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA----TATA---CG---TTCAA-------------TT-CT--GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGA--Agttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTGCAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA---------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagA-AACACA-ACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA----TGTA---CT---TTGAAT------------TC-ATAGAA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTGTAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATT-GA-TAA-TCA-ATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-CT----AAACA-CACACA-AGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------TA-----------A----------AAA-------------AAAAAAA----TATT---CTGCCTTCAAT-------------------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCT---AAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTGTAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T-----------TATC-TAATT-GA-AAA-TCA-ATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATATG---AAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTGTGAT-ATGATTACA------TA-A-T-GCTCTACTATTCA--A---TTATTA--AAACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A--C-AA-A-T-GCTGTCTGC-CC-ACA-TTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcataAGGAACCGGTATTTT--TTTTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTACA---C-AGTGCGGGGT-TC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : ---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-CC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTTAActgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCT-CACGGGAACCGGTAA-AT--TTTT--GT-ATGTAA-T-AGTA--------A---CAC---CCGTGG-TA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTACC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTAAAaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTC-CACAGGAACCAGTAA-TA--TGTT--GT-CTCTAA-C-AGT--------------------GGGGG-TCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------A---C--A-GTAGGAG-TC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAG--GTG--GT-ATGTT-------T--AA-A-A-AGCCAACAAA-CAGTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA----------------------------A-A-CCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTCA--CAA-TTC-ATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AG-C-AA-A-AATGTGT-TG--CC-C-A-TCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT----TGTA---CT---TCCATT------------TT-CACGAA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGA--AT-ATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A-----A---ATT--A-GAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTT-CAGCAACCGTTAATTT--T
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA----T-TAAAACT---TT-AAT------------TT-CTGGAA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAA
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATG--ATG--GT-ATGCT-A-AAGA--------A-ACCC-GCTAT-CAGTA---TCATTA-CAGACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC------------ACCGGTGATTT--GTGT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------AAATC-TA-GCAAGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GCGTGGT-ATGAT-ACGAGGTACTACATA-ACCCTATTAC-CATTAGGCCTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA--C-AA-TTC-TTTCT-TG--CC-A-A-TTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-CC----TTCCA-AATACA-AGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTG---CA---TTCAAA------------TT-CTTGAAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTGTAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTCG--CAA-TTC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTATT---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--------A---C-CG-GTGGGGA-TA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ATG-GAT-----------CCTAGTAT-CACCA---TTATTATCGGACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A--C-AT-T-C-TTTGT-TGATCC-A-ACTCTTTGTtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGTGTC-TT----CTTCT-AACACC-AGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA--TGTA---CT---TTCAAT------------TTTCTCGAA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAA--TT-A-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTGTAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAATG-A--CAAGTCC-ATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTACT---CAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAggataaagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGG--ATG--GT-ATGGT-G--------TA-C-A-ACCCTACTAT-TA--------ATTA-GAGGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AA-C-AAAG-A-TTTGT----------A-TCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-TT----AAACA-AACACA-AAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAG--TT-ATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATT-AAC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--AAA-TTCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : G--GTGTGGTTATGAT-AC-AGA--------A-ACCTTACTAT-CATTA---TTAT-A--GGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---AAAC-AA-T-C-TATGT-TG--CCCA-A-TGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAAT-T--CC----ATCCT-AACGCA-ATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA----TGCA---CT---TTCAAT------------TT-CTTGAG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGA--TT-ATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTGTAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCC-CTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT--AT-TTGTAA-T-AGCA--------A---C--G-GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G--CAAA-T-C-TTTGT-TG--CA-A-T-TCT---TCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataACA-ATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA----TGTA---CA---TACAAT------------TT-CTCGAA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGA--AT-ATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TA-TC----A----------------A-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT----------------------AAT---------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGA--TT-ATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATT-G----A-T----------AACTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : T-TT-CC----AACGG-AANACACAAGAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT----TGTA---CT---TTCGAT------------TC-CTCTCA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATG--AC-ATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTATACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-
blockSeqs : . CTCATGAACCGGTATTTTCTTTTT TC A T CTAGGTACACAGT G TCAA TAATAA TG ACTAAACAATATTCTCATGAATA TCG T T A ACGAGGTACTACATA T T TTAGGC T TC GTC A TCC A T TGG TTTACAATTCTTTCTTGCCA C A A CG A A . AA GGA C A A A G TA TCTTACCAAC C CA ATTT T TA CTTTTTTATCAATTTTTCA AAA AAA GCC . T A ACTTGTGAA AT A AC A TGATC AGGT T AC . A C TAG ATTGATA A AGA TAATTG TATTAAC A A C A T ATTTGTCAAT T TC T GTAGAC TA . C G GAT G TCA G AT T T A A A . G T TATGTG . . CA ATTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTAT . G G TACTGG T
blockSeqs : . CACGGGAACCGGTAAATTTTT A . . AAATCTA . . GATGT . CTAAAATCATTATCACTCATA G T . T TACATAAT A . GTA T C . . ATC . . . ACAAATGCTGTCTGCCCAC . G C C A A . . . T . C C . A AAACA . CA CAT . . ATTTTTCAACATTTTTTCT A . . . . C GACCAA G . . C TT A . . . . T CAG AAAAAA A A AAG AATGAAC . A . . . . A . . . . . . . GAA . CA T . A C C . . . C A . . . . ATCG . T A . .
blockSeqs : . CACAGGAACCAGTAATATGTT C . . ACAC . . C . ACT A T . C AAAGAA T . GTA C C . . T . . . TACATTCTTTGTTGATCCA . A A T A A . . . C . A T . A AACTA . GT ATC . . ATTTATCAACAGTTCTTCA A . . . . G GTGAC . . . A AT . . . . . . TAG GGATA A A A TTTGAG . A . . . . T . . . . . . . CAC . CA A . A T A . . . C C . . . . TGT . T A . .
blockSeqs : . ACCGGTGATTTGTGT T . . ACCG . . C . ACT G T . A ATGGAT T . CCA T C . . T . . . AAACAATCTATGTTGCCCA . G A T A A . . . T . G T . A AACTA . AG AT . . ATTTTCGACAAATATTTA A . . . . T TTGAT . . . A AT . . . . . . G AG T A A GTTGAA . A . . . . A . . . . . . . CGC . TC G . T T G . . . C T . . . .
blockSeqs : . . C . . ACA . . C . ATA G . . A ACAGAA T . TTA T G . . T . . . AGCAAAAATGTGTTGCCC . G C C A . . . . C . A A . T TTCCA . AG AT . . ATATTTCAACACTCTTCA T . . . . C GCGTC . . . C TT . . . . . . A AA A A A TTTGAA . C . . . . G . . . . . . . AC . TC G . T . C . . . . C
blockSeqs : . T . . ACG . . C . ACT A . . G TAAAA T . A T . . . T . . . GCAAATCTTTGTTGCAA . A A T A . . . . C . T A . C CTTCT . GG TC . . TATTCAACACTCTTCA T . . . . C GTGAT . . . T TT . . . . . . A AG A T A TGACC . C . . . . T . . . . . . . GA . CC A
blockSeqs : . . . . . C . GCT G . . A GTACA . . . . . . . . . . . AACAAAGATTTGT . . . C . . . . . . . G C . A AAACA . GA AT . . GTTTACATTTTC T . . . . T GAGAT . . . A TT . . . . . . T AG A T G TAAAC . C . . . . A . . . . . . . G . . A
blockSeqs : A . . . . A . . . . . . G A . A ATCCT . AA AT . . ATTTTTCT A . . . . C GTCAA . . . C AT . . . . . . A GT T T A TGAA . A . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A T . T AACGG . TA TT . . ATTAAAAA A . . . . C GTGA . . . C TT . . . . . . A AG A . A TG . T . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . A . TG AC . . ATTTTTCA T . . . . . GTGA . . . A AC . . . . . . T AA . . T AA . A . . . . . .
blockSeqs : . AG G . . TTTCTTCA A . . . . . GTAA . . . G A . . A . . .
blockSeqs : . . G . . ATTCG A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : T . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CCAGAACCGGTAATTTGTT******** C********** ACT********************************************** G** ATAGAA*********** ACAAATNTTTGTTGCCA************* *** C* A**** ************ NT*** ** N** A******* TGAA****** *** GAC** ** T*
originalCons : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CAGGAACCGGTAATTT--TTTT--GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT-ACGAGAT--TA-A-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A--C-AA-T-C-TTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGA--AT-ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATT-G--CAA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
finalCons : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCCCCAGAACCGGTAATTTGTT--------GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATAC----------A--TACCATCCCCTACT----------------------------------------------TTAGGGGG--TGTGGT-ATGATATAGAA-----------ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAAACAAATNTTTGTTGCCA-------------A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATGC-CTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGANT---ATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AATN--TGAAA-------AGATGAA------TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTGAC--AA-TCC-ATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCTT-TTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 666666666666666666666666666 44444444444444444 1111 33333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 111111 11 444444444444444444444444444 1 111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111111 1111 1111111111111111111 111 2222222222 1111111111 111111 11 222222 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 2222 222222 1
lowQualScore : 5 999999999999999999999999999 66 5 5 66666666666666666 5 0000 11111111111 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444 777 9 5 1 000000000000 77777 3 5 222222 2 00 777 4 88888 5 4 777 333333333333333333333333333 4 3 3 55 1 5 5 66 222 44 4 6 1 3 88 2222222222 3 44 888888 3 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000 444 444 0 555555555555 3 4 7777777777 77 3 44 1 1 1111 3 55 55 3 7 8888888888888888888 444 99999999 6666666666 3 1 3 3 3 5555555555 1 55 4 111111 55 777 66 4 1 4 1 8888 3 55 1 88 1 6 6 6 2 1 333333 8 8 11 6666666666666666666666666666666666666666666666 0 0000 1 888888 0
lowQualScore : . ........................... .. . . ................. . .... ........... .. ................................................. ... . . . ............ ..... . . ...... . .. ... . ..... . . ... ........................... . . . .. . . . .. ... .. . . . . .. .......... . .. ...... . .. ............................................................. ..... ... ... . ............ . . .......... .. . .. . . .... . .. .. . . ................... ... ........ .......... . . . . . .......... . .. . ...... .. ... .. . . . . .... . .. . .. . . . . . . ...... . . .. .............................................. . .... . ...... .
lowQualScore : 7 888888888888888888888888888 11 0 0 22222222222222222 0 6666 66666666666 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111 4 0 0 999999999999 55555 6 0 444444 0 66 888 4 99999 0 4 888 666666666666666666666666666 4 7 0 33 9 5 0 99 222 77 0 4 0 6 22 4444444444 1 00 555555 1 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666 777 777 5 888888888888 1 0 5555555555 33 1 22 0 0 4444 6 00 00 6 3 3333333333333333333 444 11111111 1111111111 3 2 3 3 3 9999999999 6 00 0 555555 55 000 44 4 8 4 9 3333 4 88 0 33 0 7 7 7 5 0 000000 0 0 00 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0000 2 888888 0
consensus : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CA-G-AACCGGTAATTTNT-T---GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT---A--------TANA-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A-CA-AATCTTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGANTATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--NTGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTG-ACAA-TCCATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
Reference ( family-334 ) : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATCTCGGCC-C-CA-G-AACCGGTAATTTGT-T---GT-CTGTAA-T-AGTA--------A---C-CG-GCGGGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT---A--------TAGA-A-ACCCTACTAT-CANTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-GCAGA---ATGAA---A-CA-AATNTTTGT-TG--CC-A-A-TCTCCGTCTCAGACAAC-ATAAAATGCAC-CT--CATTCG---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGTGGTTAANAT-TN-CC----ANCCA-AACACA-ANGAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTNTAAAGANTATAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-AT--GAT----A-----G---AAT--NTGAA-----A--AGA--TG--A-A-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AAC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTG-ACAA-TCCATTCAAGAGTTGGATTA--TTNATCT-TTTTCAGNAT-TGC-G-CACTNTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TNA-----------------------TCTGTTAATCGCTAC-TTACG---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAATTTTAAAATACA
gi|1 : GTTGAGCATAGTTGTCTGAACCGCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------C---A-CA-GTAGGAG-TC----TATAGATGAT-----A--TACCTCCCTCT--------------AAATTCATTATCACTCATA----------------TTAGAGG-----TGGT-ATCGTTTTA--------TAAA-C-ATCCAACAAA-CAGTA---T-ATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT--CAGA---ATGGA---A--A-AG---------------A-A-TCTCCG------ACAAC-ATAGA-TGCACGCT--CACTCGG--ATGGCCTACAGAAGCTGATCT-AACTGCT--TGTGGTTAAAAT-TC-AC----TTCAA-AGCACG-AGCAA-A--T-AATTCCAAT-G--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------T--------------TCAACACAGTTTTGT----CT---TTTAGTCGTTAGTTACTTTT-CGCGAG----G-CAAAAAC--ATGGC-CGACTCACA--C-TCTAAAGAA-ATAC----TAACA-CC--GGTTTTGC-A-AT--AAT----A-----G---AGT---------------------G--A-A-TAT-TTACAGT-C-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------T--TATATGAA-CA-T-TAAGGGCACAA-TTCATTTA--ACTTGCATTAC-TTAATCTGTGCTTAACAA-TGT-GAGACTATTTT------TTGTTTACC--ATGACATCCATTTGCTGTAACTGGCTGA-----------------------TCTGTTAATCGTCACGTTACGCCACGATGGAT------TAGCG-GGGAATCTTCAAA
gi|10 : aggacactgtagtcataaaagcattatgatccccagctttcctttttcaacttggttatcaatgtaacaattttgatatatataactgtcttgataatctttcttaacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataCT-TGCCTCTAATGTGAT-AAAAT-TA-CCTCTTACCAACAACACA-ACAAA-A--T-A--TCAAAT-A--TTGG-----------AT----------TT-----------T----------TCT-----------TTCAGCAAA----TATA---CG---TTCAA-------------TT-CT--GA----G-TG-AAAC--AT-GC-CGATTGACA---CTATAAAGAgttgagat
gi|10 : A-----A--AGA--TG------TGT----AGGTTC-AGATTGCAC-AAC-TTTG----------TTTATAAT--TTGATG-C------T--AAG---GA--ATT-TA-------------ATTCAAGAGCTGGATCA--TTTATCT-TTTCC-GAAT-TGCAG-CA--TTCTT------CT-TTTA-C--Aaagatgtgtaggttcagattgcacaactttgtttataatttgatgctaaggaatttaattcaagagctggatcatttatcttttccgaattgcagcattcttcttttacaatgtatcacat
gi|11 : cttgcctctaatgtgataaaattacctcttaccaacaacacaacaaaatatcaaatattggatttttctttcagcaaatatacgttcaattctgagtgaaacatgccgattgacactataaagA-AACACA-ACAAA-A--T-AATCCAAAT-G--CGTG-----------AT----------TT-----------TCGACAAATATTTA-----------TTCAGCAAA----TGTA---CT---TTGAAT------------TC-ATAGAA----G-TGACAAC--ATGGC-CGATTGACA--CCTCTAAAGATTATAC----CTATG-CT--G--CTATC-ACAT--GAT----ATTGATA---AAT--ATGAA-----A--AAA--TATTA-ACTGT-TTAAAATTC-GGATTGTAC-TAC-T----------------GTAATTCTTAGTGTT------T--TAT---GA-TATT-TGATTG-ATAA-TCAATTCAAGATTTGatgtatcacat
gi|12 : ACCTCTCGCGTGATCAACAT-TA-CT----AAACA-CACACA-AGTAA-T--C-AATCCAAAC-G--CGGG-----------AT----------TA-----------A----------AAA-------------AAAAAAA----TATT---CTGCCTTCAAT-------------------AA----T-TGATAAG--ATG-C-CGACTGACA--CCTAAGATGATCGTAC----CTACG-CT--G--TTTAC-A-ATTAGAT----A-----G---AAT---TAAA-----A--AGGTTTG--A-G-TAT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-AACTTTTG----------TTAATAAT--Ta
gi|13 : AT--ATTAT-----A--AGA------A-A-GGT-TCTAAGTTC-AAATTGTAC-AAC-TATG----------TATATAAT--TTAATG-T------T--TAT---------C-TAATTG-AAAA-TCAATTGAAGAATTAGATTA--TCAAATT-CTTTCAGCAT-TGC-A-CAGTATTTTTATGTGCT-GTTC-C--TTGGC--------------------TGT-----------------------TTTGATAATTGCTAC-ATATG---AAAGGGATTACTGGTAGGC-AGGTATTTTAAAGTACA
gi|14 : --------------------TTAGGGCTCGTGTGAT-ATGATT--A--------CATA-ATGCTCTACTATTCA--A---TTATTA--AAACT----GTGAT--T--CGGCACGAACGTTTTGCAGA---ATGAA---A-CA-AATG-CTGTCTGC-CC-ACA-TTCCCATCTCAGACAA--ATATAATGCA--TTAACACTCG---ATG--CTAAAGAAga
gi|15 : catcacgtcata-G-AACCGGTATTTTTT-TTTTGTTCTGTAA-TTAGTACTAGGTACA---C-AGTGCGGGGT-TC----TATA-----C-----A--TACCGTCCTC
gi|16 : ag---ATG-CTTAGAGAAATTGATCC-TACCTCGAATGTTGTTAGTTT-TA-CC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGG-----------ATATTTCAACACTC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTTAActgagggactccaatttgcaaattatcatcacgtcatattagggctcgt
gi|17 : GTCGATCGT-GTCGTCTGCATCTCAGCT-CACG-GGAACCGGTAAATTTT-T---GT-ATGTAA-T-AGTA--------A---CAC---CCGTGG-TA----TATA-----TAATAAA--TACAA-CCCCT--------------A------------CT--------------------
gi|18 : AGAGAAATTGATCCATCCCTC-GATGTTGTTAGTTT-TTACC----AACTA-AATACA-AAGAC-G----AATCCAAAT-G--CGGATATTCAAC---AC----------TC-----------T----------TCA-----------TTTAGTAAT----TGTA---CT---TTAAAaaaattattat
gi|19 : GTCGAGCAT-GTCGTCTGCATTTTGGTC-CACAGG-AACCAGTAATATGT-T---GT-CTCTAA-C-AGT--------------------GGGGG-TCTCAATATA-----C-----ATGTACCATACCCT--------------A------------CT--------------------
gi|2 : GTTGAGCAT-GTTGTCTGAACCTCGGCC----------------------------T-TCGTAA-T-AATA--------A---C--A-GTAGGAG-TC----TATAGATG-T-----A--TACCATCCCTTCTAAAATCATTATCA------------CTCATA----------------TTAGAAG--GTG--GT-ATGTT------------TAAA-A-AGCCAACAAA-CAGTA---TTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-CGAGCGTTT-TCAGA---ATGAA-------------------------A-A-CCTCC------GACAAC-AT-AGATGCAC-CT--CACTCG---ATG-aaacttttta
gi|2 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----G--AGT--TG--A-A-TAT-TTACAGTTC-AGATTTTAC-GAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATG-T------TTATAT---GA-CATT-TAATTC-ACAA-TTCATTTAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagagttgaatatttacagttcagattttacgattttgttaataatttgatgtttatatgacatttaattcacaattcatttaa
gi|20 : aagacactgtagctcaataacaagcattatgaccccagctttccttttcaaacttggttctcaatgtaaacaatattgatatatataaactgtctttgattaatctttatggacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgagcatgttgtctgaacctcggccttcgtaataataacagtaggagtctatagatgtataccatcccttctaaaatcattatcactcatattagaaggtggtatgtttaaaaagccaacaaacagtattattacagacttgtgctcggccgagcgttttcagaatgaaaacctccgacaacatagatgcacctcactcgatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntT-GCACA---ATAAA---AGCA-AAAATGTGT-TG--CC-C-A-TCCCCGTCTCCAACAGCGGT--AACGAAC-CT--CATCCA---ATG-TCAAGAGA---TG--CT-TACTT
gi|21 : gcatcctggtcctacatgAAT----TGTA---CT---TCCATT------------TT-CACGAA----G-CGTCAAC--ATGAC-CGATTGATA--CCAATAATGAATATAC----CTGCG-CT--G--TTTAC-A-ATCAGAT----A---------AAT--TAGAA-----A--AGA--
gi|22 : GTCGAGCAT-GTCATCTGCATCTCGACCTT-CA-GCAACCGTTAATTT
gi|23 : atttttgcttataactaccgaatcacggggcgtatgaacat-----------TTCAGTAAA----T-TAAAACT---TT-AAT------------TT-CTGGAA----G-TGATAACATATGGC-CGATTGACAACCCTATAAt
gi|24 : tACCATCACTC--------------A------------TA--------------------TTAGATG--ATG--GT-ATGCT---A--------AAGA-A-ACCC-GCTAT-CAGTA---TCATTA-CAGACCT---ATA-C--cggtt
gi|3 : cGTTGAGCCT-GTCGTCTGCGTCTC-------------ACCGGTGATTTGTGT---GT-CTGTAA-T-AGTA--------AAATC-TA-GCAAGGG-TC----TATA-----C-----A--TACCATCCTCT--------------A------------CT--------------------TTAGGGG--GCGTGGT-ATGAT---ACGAGGTACTACATA-ACCCTATTAC-CATTAGGCCTATTA-CAGACTT---GTG-C--T--CGGC-TGAGCGTTT-GCAGA---ATGAATTTA-CA-ATTCTTTCT-TG--CC-A-A-TTTCCATTTTAGACAAT-TTAAAATGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCCAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAAAAT-TT-CC----TTCCA-AATACA-AGGAA-A--T-AATCCAAAT-A--TGGG-----------AT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAA----TGTG---CA---TTCAAA------------TT-CTTGAAACTTG-TGAAAAC--ATGGC-CGACTGACA--CCTCTAAAGAATATAC----TTACA-CT--G--TTTCC-A-AT--AAT----A-----G---AAT--ATGAA-----A--AGAGTTG--A-A-TGT-TTACAGATC-ATATTGTAA-AAC-TTTG----------TCGATAAT--TTGATG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTC-GCAA-TTCATTCAAGAGTTGGATTA--TTAATCT-TTTTCAGAAA-TGC-G-CACTCTTTT------CT-TTTA-C--ATGACA-------------------TCG-----------------------TCTGTTAACCGTTAC-TTATT---CAAAGGAT------TAGGC-GGGAAATTTAAAATATA
gi|4 : TGTAAAT-AATA--------A---C-CG-GTGGGGA-TA----TATA-----C-----A--TACT-TTCCAT--------------A------------CTAAACAATATTCTCATGAATATTAGGGG--GTGTGGT-ATGAT---A--------TGG----ATCCTAGTAT-CACCA---TTATTATCGGACTTGTCGTG-C--TCCCGGC-CGGGCGTAT-G-AGC---ATGCAT--A-C--ATTCTTTGT-TGATCC-A-ACTCTTTGTtat
gi|4 : tctGTTGATCC--AACTCTT-TGTGGATAAAGTGTC-TT----CTTCT-AACACC-AGAAA-A--T-AACCCGAATTG--TGGGCTTTTTTATCAAT----------TT-----------T----------TCA-----------TTCAGTAAAAA--TGTA---CT---TTCAAT------------TTTCTCGAA----GACCAAAAC--ATGGCACGACTGACA--CCGTTAAAAATTA-ACA---CTACATCG--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---A-----TGAA-----T--AG------------GT-TTACAGTTCCAGACTGTAC-AAC-CTTG----------TTTATAAT--TAAATG-T------T--TAT---TACTATTGTAA-TG-ACAAGTCCATTCAAGAGTTGATCTA--TTTATCT------AGGATACGC-G-CACTTTTTC------CT-TTTA-CCAATGACA-------------------TTACATAAGCTATTCTTTTTGGCTATTCTGTTAATCACTAA-TTACT---CAAAGGAT------TAGGCTGGGAATTTTAAAATAggataaagtgtcttcttctaacaccagaaaataacccgaattgtgggcttttttatcaatttttcattcagtaaaaatgtactttcaattttctcgaagaccaaaacatggcacgactgacaccgttaaaaattaacactacatcggtttacaataatagatgaataggtttacagttccagactgtacaaccttgtttataattaaatgtttattactattgtaatgacaagtccattcaagagttgatctatttatctaggatacgcgcactttttccttttaccaatgacattacataagctattctttttggctattctgttaatcactaattactcaaaggattaggctgggaattttaaaatagaaatt
gi|5 : tcttgtaaataataaccggtggggatatatacatactttccatactaaacaatattctcatgaatattagggggtgtggtatgatatggatcctagtatcaccattattatcggacttgtcgtgctcccggccgggcgtatgagcatgcatacattctttACCCCTT--------------A----------------------------------TTAGGGG--ATG--GT-ATGGT---G--------TACA-A--CCCTACTAT-TA--------ATTA-GAGGTTC---GTG-CATC--CGGC-CTCACGTGT-GCAAA---ATGAA---AACA-AAGATTTGT----------A-TCCCCGTCTCAGACAAT-ATAAA-TGAAC-CT--CATTCG---ATT-TCTAAAGAAGTTGATCT-TACCTGTGATGTGGTTATCAT-TA-TT----AAACA-AACACA-AAATA-T--T-AATCCGAAT-G--TGGT-----------TT----------TC-----------T----------TCA-----------TTCGGTAAT----TGTA---CT---TTCAAT------------TT-CTCGAA----G-AGATAAC--ATGGC-TGACTGGCA--CCTATAGCAGTTATAC----CTACG-CT--G--TATAC-A-TT--TAC----G-----T---AAT--TTGAA-----A--AGA--TG--ACC-TGT-TTAAAGTTC-AGATTGATT-AAC-TTTGATTTGTCAATTTAATTAT--TTGTTG-T------T--TAT---GA-TATT-TAATTG-AAAT-TCAATTCAAGAATTgaaatt
gi|6 : G--GTGTGGTTATGAT---A--------CAGA-A-ACCTTACTAT-CATTA---TTAT-A--GGACTT---GT--------------------TT-GCAGA---ATGAA---A-AACAATCTATGT-TG--CCCA-A-TGTCCATCTCCGACAAC-ATAAA-TGCAT-TT--CATTCGGGAATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTCTGATGCGGTTAAAAT-T--CC----ATCCT-AACGCA-ATAAA-ATTT-AATATAAAT-GTATATG-----------AT----------TT-----------T----------TCAACATTTTTTCTCTCAGCAAA----TGCA---CT---TTCAAT------------TT-CTTGAG----G-TG-AAAC--ATGAC-CTACTGACA--CCTCTAAAGATTATAA----CTACA-CTACA--TTTACAA-AT--AATAAAAA-----A---AATAGATAAATAATTG--AGATTTG--A-A-TAT-TTATAGTTC-AAATTGTAT-AAC-TTTtaat
gi|7 : GTCAAGCAT-GTCTTCTGCATCTCGGCC-CTCATG-AACCGGTATTTTCT-TTTTAT-TTGTAA-T-AGCA--------A---C--G-GCGGGGGGTC----TTTA-----C-----A--TACCATCCCCT--------------G------------CT--------------------a
gi|7 : tATTT---GTG-C--T--CGGT-CGAGCTTCT-GCAGATGGGGGAA---G-CA-AATCTTTGT-TG--CA-A-T-TCT---TCTCAGGCGAT-TTAAaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|7 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataACA-ATGAACA--T-AATC-AAAG-G--TGGA-----------GT----------TTACATT------T----------TC------------TTCAGTAAA----TGTA---CA---TACAAT------------TT-CTCGAA----G-T-AAAAC--ACTAC-CGACTGACA--CCTCTAAAGAATATAC----CTACA-CT--G--TTTAC-A-AT--AAT----A-----G---Acacgttcataaacaatgaacataatcaaaggtggagtttacattttcttcagtaaatgtacatacaatttctcgaagtaaaacactaccgactgacacctctaaagaatatacctacactgtttacaataatagatga
gi|8 : tgtcaagcatgtcttctgcatctcggccctcatgaaccggtattttctttttatttgtaatagcaacggcggggggtctttacataccatcccctgctaaaattattatcacccatgcatatgtgctcataatttgtgctcggtcgagcttctgcagatgggggaagcaaatctttgttgcaattcttctcaggcgatttaacacgttcataaAAC-ATAAA-TGCAC-CT--CATTCA---ATG-CCTAGAGAAGTTGATCT-TACCTTTAATGTGGTTAGTAT-TA-TC----A----------------A-A--C-AATCCTAAT-G--TGGG-----------AT----------T------------------------CG-----------TTCAGT----------------------AAT---------------------------------C--ACGGC-CGGCTGGTA--CCTATGGTGATTATACAGGTCTACG-CT--G--TTTAC-ATATTAGAT----A-----A---ATT--TTGAA-----A--AGAAATG--A-ACTGT-TTAAAGTTC-AGATTGTAC-ATC-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-TGTAGACC--TAT---GA-TGTT-CGATTG-ATAA-------------CTGAATTAATTTTTTTT-TTTTTACCAT-TGT-G-CACTCTtga
gi|9 : T-TT-CC----AACGG-AANACACAAGAA-A--TCAATGCAATT-G--CAGG-----------AT----------TTATCAACAGTTCT----------TCA-----------TTCAATAAT----TGTA---CT---TTCGAT------------TC-CTCTCA----G-TCAAAACG-ATGGC-CGACTGGCA--CCGGTGCATGACATTC----TT-TG-CT--G--TTTAC-A-AT--TAT----G-----GATAAAT--TTCAA-----AAGAGA--TA--A-ACTGTATAAAAGCTG-AGACTATACAAAT-TTTG----------TTAATAAT--TTGATA-T------T--TTT---GA-