lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 2222 33 11 333333333 1 11 1 2 1 11 1 111111 2222 1111 1 111111 3333333 1 11 222222 2 11 1111 222222 11 22222222 11111 2222222222 222222222222222 2 222222222222 11111 333333333 1 111 111 8888888888888888888888 11111111 11111 11 11111 11111 22 11111 111111 11 11 222 00000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 44444 7 8888 44 88 222222222 6 1 3 88 3 0 3 3 6 7 11 0 555555 1111 8 4444 6 8 8 3 999999 1111111 0 0 8 8 11 99 666666 5 0 33 5 55 5 66 7777 66 333333 33 5 5 22222222 11111 0000000000 333333333333333 0 222222222222 66 4 777 666 3 22222 7777 7 444444444 3 1 666 4 4 55 111 0 2 4444444444444444444444 1 66666666 7777 11111 00 00000 4 11111 1 4 11 55555 4 4 55 3 4 111111 666 3 00 66 99 4 222 11111111111111111111111111111111111111111111 5
lowQualScore : ..... . .... .. .. ......... . . . .. . . . . . . .. . ...... .... . .... . . . . ...... ....... . . . . .. .. ...... . . .. . .. . .. .... .. ...... .. . . ........ ..... .......... ............... . ............ .. . ... ... . ..... .... . ......... . . ... . . .. ... . . ...................... . ........ .... ..... .. ..... . ..... . . .. ..... . . .. . . ...... ... . .. .. .. . ... ............................................ .
lowQualScore : 33333 3 3333 00 33 000000000 7 0 3 33 3 7 3 3 7 3 22 0 000000 2222 0 8888 0 0 0 3 555555 0000000 8 5 0 0 77 22 333333 7 9 66 7 44 0 99 5555 99 222222 88 0 0 44444444 77777 4444444444 222222222222222 8 222222222222 11 4 888 444 6 77777 7777 3 999999999 6 2 222 0 0 55 000 7 8 9999999999999999999999 8 11111111 9999 11111 66 22222 6 11111 8 6 11 66666 4 4 44 7 0 555555 444 6 44 11 88 4 111 99999999999999999999999999999999999999999999 0
consensus : ATAAA-AAA-TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAA-GTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAACAGATT----TT-GTTACC-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CATTT--TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATAC-----AAGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-ATATCATATAT----TAATC-N----TG--TATC---T--T---TACT-GAATCCTCTC---------C--ATCTTGTGAC--TAC-A---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-GA----C--TCT-TTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT-C-----------AT------TATGTAGC--------ACA-G--T-----AT--ATAT----AATTAT-----ACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG--TATATGT-TGCTTTATTGCCAAT-AAA-TGAATTGAATTGAA--ATTG--ATTAAANCATTCAATAATTGCACAAT--TCATT-ATGTGTAAAT
Reference ( gi|4 ) : ATAAA-GAA-TTAGAAATAAAACC----ATATTTAT-TGTCTTCCA--ATTC--CTACA--AATCTGTGCTC-TTACC--TTACAAA-GCTACGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATACTGC-AAT-CCTG-TCATTCC-T--ACAGAAAACAGATT----GT-GTTGCC-ATT-GTAAGAT-TA--TTGCCGTA-GATGAAAAA-CAGTT--TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATAC-----CAGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-ATATCATATAT----TAATC-C----TG--TATC---T--T---TACC-GAATCATCTC---------C--ATCTTGTGAC--TAC-A---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-GA----A--TAT-TTTCAT-C-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGT--------------AT------TATGTAGC--------ACA-G--T-----AT--ATAT----AATTAT-----ACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAG-CACTTG--TATATATTTGCTTTATTGCCAAT-AAA-TAAATTGAATTGAAAAATTGAAATTGAATC--TT--TAATTATATTATTATTATTAATTTGTAAATG
gi|3 : ATAAA-AGA-TTAGAAATAAAACC----ATACTTAT--GTCTTCCA--ATTC--CAAGA--AATCTGTGTTC-TTACC--CTATAAA-GCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TATAGA--AAC----AG-GTA---GATATTGT-AAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAACAGATT----TT-GCTACC-ATT-GTAAGAC-TA--T---------------AA-CA-TT--TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--ACAAATA--CAAACATGC-----AAGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----A--ATATCATATAT----TAATC-A----TG--TATC---T--T---TACT-GAATCCTCTC---------C--ATCTTGTGAC--TAC-A---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-GA----C--TCT-TTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCATT-------------------------------C--------ACG-G--TTACAAAT--ATATTTTAGATTATGTAGCACA-GTATAT-----------------ACT-TTTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG--CATATATGTGCTTTATTGCCAAT-AAATTGAATGGAATT
gi|2 : gatgaattagaaaatatcaaaaacacccaatgtggaaaacttttattctatagtacattatttaactatgaggTAAACAAA-TTAGAAA-AAAACCCCATATATATATATGTCTTCCA--ATTC--CTTGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAA-GTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATT-TA-TA--GA--AAC----AG-GCA---GATATTGC-AAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAACAGACT----TT-GGTATC-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTAGAA-AATGAAAAA-CATTG--TT-CGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--GACACATAT-----AAGAAAA--AAG-T-ATTT-AA----AA-ATATCATGAAT----TAAAC-T----TG--TATC---T--T---TACT-GAATCCTCTC---------A--ATCTTGTGAC--TAC-A---AACGAACTT---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-AA----C--TCT-TTTTAT-C-TTA-G-AGA--AG---AAACATTGTTACAGTTATAAAACAT------TATGTAGC--------ACA-G--T-----ATACATAT----AATTAT-----ACATGTATATTT--TGTG----TAA-TACA-TCTATA-TTC------CATGG---CT-
gi|1 : actacatccaaagatgacaataaccttgttttaaaaaatgcattcctggaagatacaaagttgaaaataaaaaatgctgacagagccgtataaagcaattacagagaaagcttgctattacctgtgacacaccaattaaaataggtagttccaacttcatgatttctttgcaaacaaaacgttttgatgaattagaaaaaatcagaaacacccaatatggaaaacgttcatttcatagtacattatataactatgaggacttgAAA-GAAGTTAGAAATAAGACC----ATATTTAAATGTCTTCCACCACTCTCCTAGAGAAAT-TGCGCTCCTTACCGTTCACAAAAGTTA-GGATAGAGTG-ACATCA-CTATAGTAGTA--GACGAGC----TGAGT----GATATTGTTAATGCCTGGTCATTGCGT--AGAGGAA-CAGATT----TTTGTTGCCGATT-GTAAGAC-TAATTTGTTAAA-GATGAAAAAGCATTTG-TTATGCTTGAGTGTGTCTTTTCAG----TA--CCAACAT-C-----AAGAAAA--AAG-T--TTCAAA----A---TATCATATAT----CGATG-A----T---TAT----------------GAATC-TCTC---------C--ATTTAGTGAC--TAC-ACGAAACGAA-TT---TGTACTTTG----ATATTAG----A-GACGTCA--GGTCTTTTAT-A-T-A-G-AAA--CG---A-GCTTGGT--------------AT------T-TGT-GC--------ACATG--T-----AT--ATAT----AATTAT-----ACTTTTAT-TTG--TGT-----T-A-TATC-T-TACA-TCC------TATGG---C---ACAA--ACTTG--TATATATGT-CTTTATTGCCAAT-AAA-TTGATTGAATT
gi|15 : ctatattaacacaaatgatgacaataacggttctgggagtccaaaaatcattcctggaagatagcaaagttttgggctattgaaataaaaaatgttgggcagagccctgttaaatgcaattacaaagaaagctgaagttttacctgtggacaacagttaaactagttagttccaaactatcacgagttctgataacaaaacttgtgatgaattagagaatatatctttaaaacacaccaatgtggaaaactttcttctatagtacatggttatcgaactatgaagggataTATG-TA-TA--GT--AACGTTCAG-GTATGAGATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAACA
gi|19 : -GTA---GATTTGGC-GAT-CCTG-TCATTCTGT--AGAGAAAACtgactttc
gi|5 : caggtCTGATCATTCC-TCAAGAGAAAACAGATTTTGTGT-GTT--C-ATTTGTAAGACCTA--TTGTCGAATGATGAAAAA-CATTT--TT-TGCTTGA-T-TGTCCGTT--A----TA--CAA-CATAC-----AAGAAAA--A-G-T-ATTCAAA----A--ATATCATATAT----TAATC-A----TG--TATC---T--T---TACT-GAATCCTCTC---------C--TTCTTGTGAC--TAC-A---AATGAAATG---TAT-CTTT-----ATATTAG----A-GA----C--TCT-TTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTTACGGATATAAAACAT------TATGTAGC--------ACA-G--T-----AT--ATAT----AATTAT-----ACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG--TATATG--TGTTTTATTGCC-----AA-TAAATTGAATTGAAtatgactttg
gi|10 : ctCC-ATT-GTAAGAT-CA--GTGTTGAA-GATGAAAAA-CAATTGTTT-TAGTTGT-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATAT-----AAGAAAAATAAA-T-ATACAAG----AA-CCA--ATATAA----TAATC-C----TG--AATC---TAATATATACT-AATTCTTCTC---------A--ATCTTGTGTC--TGC-A---AAACAAATT---ATT-CTAT-----A-ATTAG----A-GAC---G--TGT-TTT
gi|7 : AGAG-CA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CATTT--TT-TGCTTGA-T-TTTCCTCT--AAA--TA--CAAACATAC-----AAGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA--TATCATATA---------------------ATC----------------AATCCTCTC---------C--ATCTTGTGAC--TAC-A---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-GA----C--TCT-TTTTAT-G-TTA-G-AAA--CA---AAGCATTGTTACGGATATAAAACAT------TATGTAGC--------ACA-G--T-----AT--ATAT----AATTAT-----ACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CTAAACAA-CACTTGTATATATATTTGCTTTATTGCCAAT-AA---AAATTGAATTGAtg
gi|6 : AAA-CA-TT--TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATAT-----CAGAAAA--AAG-TAATTCAAA----AATAT-TCATATAT----TAATCAA----TT--TA-C---T--T---TACT-GAATCCTCTC---------C--AT-TTGAGAC--TAC-A---AACG-AATG---TGT-CTTT-----ATATTAG----A-GAC---C--TCT-TTTTAT-T-ATATG-AAATCCGC--AAGCATTGTTACA----------ATGCAGTATATATAACATTAGTAGACA-G--T-----AT--ATAT-----AT--T-----ACATGTATATTTG-TGT-----T-ATTACTGTCTACAGTTCCCATTGCATGGCAACT-ACCAACCACTTG--C-TATATGTGCTTTATTGCCAATAAAA-TGAATT
gi|8 : TTG--T-CGTCCTTT--A----TAAACAGACACACAGACATAGAAAATAAAGAT-ATTCAAATTATAA-TTATTCTATATAACATAACT-CATTTTGCATATC---T--T----ACTTGAATC-TCTCACCTATGTGCTGATTTAGTGACGATACCA---AACGAAATTTTATGT-CTCTTTATAATATTAG----ATGA----AACTCT-TTT-ATGT-TTA-GAAAA--CGTATACGCATTTT--------------GT------TACG
gi|9 : TATCATATAA----TAACT-C----TG--TATCCTGT--T---TACT-AAATCCTGTT---------A--ATCTCGTCTC--TAC-A----------TT---TTT-TTTA-----ACATCAA----A-AA----C--TCT-TTACAC-C-ATA-G-AAA--CA---AAGGCTTAT--------------AA------TAT--------------CA----T-----ATG-ACAC----AAT-GT-----ACATGCAT------TCT-----C-A-TAA-----ACA-CTG------CGTGT---CT-AACAA-CAC------ATA-AT--GCAGTGGTGCCAAT-AAA--GAATTAAATctgatatac
gi|17 : GAAATT---TGT-CTTT-----ATACCAGCTATA-GA----G--ACT-TTTTAT-G-TTA-T-AAA--CG---AAGCATTGT--------------
gi|12 : AATT---TGT-TTTG-----ATATAAA----ACGA----A--CAT-TTT-AT-AGTTA-T-AAA-----------ACT-T--------------AT-------ATGTAGC--------ACA-G--T-----AT--GTA--------------------GTGTATTT--TGTATTAAT-A-TACT-TTTATA-TTC------CATGG---C--AACAtac
gi|11 : tcatagattttttaaaatttttttttttcaattacataaagtgtaactttatATTGTT-------------ATAAA---TATGTAGC--------ACA-AACT-----GT--ATAT----AATTAT--------------TTTG-TGT-----T-G-TACT-TTTATG-TTC------CATGG---CT-AACAA-GACTTG--CATATG--TGTTTAATTGCCAAT-AAA--GAATTTAATTT----ATTG---TTAAATT--TCAATAATTGCACAAT--TCATT-ATGTGTAAATaact
gi|14 : cattataTATG-TTC------CATGA---CT-AACAA-CACTTG--TATATGTT--CTTAATTGCCAAT-GAA--GAATTG-ATTG----ATTG--ATTAAAGCATTT--TAATa
gi|18 : ---CT-AACAA-CACTTG--TATATG--TGCTTAATTGCCAAT-TAA--AAATTGAATTG-AAAATTGgacttcatctcaat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTGTTAAAATTCCAGACACTCTTTAAACCTTAGAAACAAAGGCTTTTTACAAGTACTGTATAATATCTTGTAATACAATGTATATGTATTTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATATTTATTTCCCGATTTATTTATTTAATTTTTTTATGGTGTTGTTTTGTATATTCTCCTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTCTGTGATAAGATATGATAATTATTGATTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 2222 1 11111 11 1 11 1 1 11 11 1111 111 1 1111 11111 11 111111 1111111111 111111111 11111 111 77777777777777777777777 11111111 11 11111 111111 22222 22 3333 222 3333 1 222 11 2
lowQualScore : 0 33 3 1111 5 88888 33 2 0 33 0 3 0 2 3 8 8 11 11 7777 6 111 6 0 6 5 5 5 66 77 5 1 5 8 6 6 6 5 77 1 5 5 5 5 5 5 4 4 66 5555 66 11111 22 4 4 7 9999 33 4 99999 4 66 111111 0 8888888888 4 4 666666666 55 4 777 2 555 3 11111 999999 555 3 3 77777777 8888 7 3 55 000 22222222222222222222222 0 44444444 7777 99 55 3 0 3 99 88888 4 4 4 3 000000 555 3 55 4 88888 4 4 33 2222 111 6666 2 3 333 88 0 2
lowQualScore : . .. . .... . ..... .. . . .. . . . . . . . .. .. .... . ... . . . . . . .. .. . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. .... .. ..... .. . . . .... .. . ..... . .. ...... . .......... . . ......... .. . ... . ... . ..... ...... ... . . ........ .... . . .. ... ....................... . ........ .... .. .. . . . .. ..... . . . . ...... ... . .. . ..... . . .. .... ... .... . . ... .. . .
lowQualScore : 0 88 2 2222 5 55555 88 5 0 88 0 2 0 5 2 0 0 00 00 0000 7 777 7 7 7 7 7 7 11 99 7 4 7 0 7 7 7 7 99 7 7 0 0 0 0 0 4 4 11 6666 11 11111 22 4 4 3 4444 99 0 66666 0 44 666666 8 5555555555 0 0 000000000 55 0 000 1 888 3 77777 666666 888 3 3 77777777 5555 3 6 00 000 11111111111111111111111 8 55555555 7777 55 55 2 7 2 00 00000 0 0 0 6 555555 888 3 00 0 22222 0 0 55 6666 111 3333 0 7 333 33 0 5
consensus : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--A--TTCCT--AGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTAC-AAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTG-CGAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-CTTTGT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTGA-AAATTG--ATTAAATC--TTCAATAATTNCA---CAAT--TCATTAATNTGTAAAT
Reference ( family-3327 ) : ATAAA-AAA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--A--TTCCT--AGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTAC-AAAGTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTG-CGAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-TTTTGT-TAC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-NT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG--AAATTG--ATTAAANCA-TTCAATAATTGCA---CAAT--TCATT-ATGTGTAAAT
gi|1 : ATAAA-AGAAGTTAGAAATAAGACC----ATATTTAAATGTCTTCCACCACTCTCCTAGAGAAAT-TGCGCTCCTTACCGTTCACAAAAGTT-AGGATAGAGTG-ACATC-ACTATAGTAGTA--GACGAGC----TGAGT----GATATTGTTAATGCCTGG-TCATTGCG-T--AGAG-GAAC-A-GATTTTTGT-TGC-CGATT-GTAAGAC-TAATTTGTTAAA-GATGAAAAAGCA-TT-TGTTATGCTTGAGTGTGTCTTTTCAG----TA--CCAACAT-CA-----AGAAAA--AAG-T--TTC--A----AAATA-TCATATAT----CGA-TG-AT------TA----------------TGAAT--CTCTCC---------ATTTAGTGAC--TA-CACGAAACG-AATT---TGTACTTTG----ATAT------TA---GA-GA-CGTCAGGTCTTTTAT-A--TA-G-AAA--CG----AGC-TTGGT--------------AT------T-TGT-GC--------ACATG--TAT--ATAT--AATTATACTTTTAT-TTG--TGT-----T-A-TA-T-CTTACA-TCC------TATGG---C---ACAA--ACTTG-TATATA---T-GTCTTTATTGCCAA-T-AAA-TTGATTGAATT
gi|10 : ctatattaacacaaatgatgacaataacggttctgggagtccaaaaatcattcctggaagatagcaaagttttgggctattgaaataaaaaatgttgggcagagccctgttaaatgcaattacaaagaaagctgaagttttacctgtggacaacagttaaactagttagttccaaactatcacgagttctgataacaaaacttgtgatgaattagagaatatatctttaaaacacaccaatgtggaaaactttcttctatagtacatggttatcgaactatgaagggC-C-ATT-GTAAGAT-CA--GTGTTGAA-GATGAAAAA-CAATTGT-TT-TAGTTGT-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATA-----AGAAAAATAAA-T-ATACAAG----AACCA---ATATAA----TAA-TC-CT-----GAATC---TAATATATAC-TAATTC-TTCTCA---------ATCTTGTGTC--TG-C---AAAACAAATT---ATT-CTAT-----A-AT------TA---GA-GA-CGTG----TTTTT
gi|11 : ATTGTT--------------ATAAA---TATGTAGC--------ACA-AACTGT--ATAT--AATTAT---------TTTG-TGT-----T-G-TACT-TTTATG-TTC------CATGG---CT-AACAA-GACTTG-CATATG-----TGTTTAATTGCCAA-T-AAA--GAATTTAATTT----ATTG---TTAAAT---TTCAATAATTGCA---CAAT--TCATT-ATGTGTAAATg
gi|12 : cattataAATT---TGT-TTTG-----ATAT------AA---AACGA-A--C----ATTTTAT-AGTTATA-AAA--C-------------T------------T-AT-------ATGTAGC--------ACA-G--TAT--GTA-------------GTGTATTT--TGTATTAAT-A-TACT-TTTATA-TTC------CATGG---C--AACAA--ACTa
gi|14 : tcatagattttttaaaatttttttttttcaattacataaagtgtaactttatTATG-TTC------CATGA---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-T-CTTAATTGCCAA-T-GAA--GAATTG-ATTG----ATTG--ATTAAAGCATTTTAATGACTTCATCTCAAT--
gi|15 : TATG-TA-TA--GT--AACGTTCAG-GTATGAGATATTG-CGAT-CCT-G-TCATT-CT-T--AGAGAAAAC-ATGA-CTTT
gi|17 : GAAATT---TGT-CTTT-----ATACCAGCTATA---GA-GA-C-T------TTTTAT-G-TTA-T-AAA--CG---AAGCATTGTT------------c
gi|18 : ---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGCTTAATTGCCAATT-AAA---AATTGAATTGA-AAATTG--ac
gi|19 : -GTA---GATTTGG-CGAT-CCT-G-TCATT-CTGT--AGAGAAAACTATGA-CTTTGg
gi|2 : caggtTAAACAAA--TTAGAAA-AAAACCCCATATATATATATGTCTTCCA--A--TTCCT--TGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTAC-AAAGTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATT-TA-TA--GA--AAC----AG-GCA---GATATTG-CAAT-CCT-G-TCATT-CT-T--AGAGAAAAC-A-GA-CTTTGG-TAT-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTAGAA-AATGAAAAA-CA-TT-G-TT-CGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--GACACATATA-----AGAAAA--AAG-T-ATTT-AA----AAATA-TCATGAAT----TAA-AC-TT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCA---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAACTT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-AA-C-TC----TTTTTAT-C-TTA-G-AGA--AG---AAACATTGTTACAGTTATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TATACATAT--AATTATACATGTATATTT--TGTG----TAA-TACA-TCTATA-TTC------CATGG---CT-
gi|3 : actacatccaaagatgacaataaccttgttttaaaaaatgcattcctggaagatacaaagttgaaaataaaaaatgctgacagagccgtataaagcaattacagagaaagcttgctattacctgtgacacaccaattaaaataggtagttccaacttcatgatttctttgcaaacaaaacgttttgatgaattagaaaaaatcagaaacacccaatatggaaaacgttcatttcatagtacattatataactatgaggacttgATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATACTTAT--GTCTTCCA--A--TTCCA--AGAAATCTGTGTT-CTTACC--CTAT-AAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TATAGA--AAC----AG-GTA---GATATTG-TAAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-TTTTGC-TAC-C-ATT-GTAAGAC-TA--T---------------AA-CA-TT-T-TT--GCTTGA-T-TGTCCTTT--ACAAATA--CAAACATGCA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCA---TT------------C-AC------GGT-TA-C--------A-A-A--TAT--ATTTTAGATTATGTA-GCACA------GTA----T-A-TACT-TTTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-CATATA---TGTGCTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATGGAATT
gi|4 : gatgaattagaaaatatcaaaaacacccaatgtggaaaacttttattctatagtacattatttaactatgaggATAAA-GAA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTAT-TGTCTTCCA--A--TTCCT--ACAAATCTGTGCT-CTTACC--TTAC-AAAGCTACGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATACTG-CAAT-CCT-G-TCATT-CC-T--ACAGAAAAC-A-GA-TTGTGT-TGC-C-ATT-GTAAGAT-TA--TTGCCGTA-GATGAAAAA-CA-GT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACC-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-CT-----GTATC---T--T---TAC-CGAATC-ATCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-A-TA----TTTTCAT-C-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGT---------------AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAG-CACTTG-TATATAT--T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TAAATTGAATTGAAAAATTGAAATTGAATC--TT---TAATTATA---TTATTATTATTAATTTGTAAAT
gi|5 : CT-GATCATT-CC-TCAAGAGAAAAC-A-GA-TTTTGTGTGTTC-ATTTGTAAGACCTA--TTGTCGAATGATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCGTT--A----TA--CAA-CATACA-----AGAAAA--A-G-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------TTCTTGTGAC--TA-C---AAATGAAATG---TAT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGTTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATTGAAg
gi|6 : ctAAA-CA-TT-T-T--TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATC-----AGAAAA--AAG-TAATTC-AA----AAATATTCATATAT----TAA-TCAAT-----TTA-C---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------AT-TTGAGAC--TA-C---AAACG-AATG---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GACC-TC----TTTTTAT-T-ATATG-AAATCCGC--AAGCATTGTTA-----------CAATGCAGTATATATAACATTAGTAGACA-G--TAT--ATAT---AT--TACATGTATATTTG-TGT-----T-ATTACTGTCTACAGTTCCCATTGCATGGCAACT-ACCAACCACTTGCTATATG-----TGCTTTATTGCCAA-TAAAA-TGAATT
gi|7 : AGAG-CA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TTTCCTCT--AAA--TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-TA-TCATATA---------------------ATC----------------AATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CA---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CTAAACAA-CACTTG-TATATATATT-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA---AATTGAATTG--A
gi|8 : TTG--T-CGTCCTTT--A----TAAACAGACACACAGACATAGAAAATAAAGAT-ATTCAAATTATAATTA-TTCTATATAACATAACTC-ATTTTGCATATC------T---TACTTGAATCTCTCACCTATGTGCTGATTTAGTGACGATACC---AAACGAAATTTTATGT-CTCTTTATAATAT------TAGATGA-AA-C-TC-----TTTTATGT-TTA-GAAAA--CGTATACGCATT
gi|9 : TA-TCATATAA----TAA-CT-CT-----GTATCCTGT--T---TAC-TAAATC-CTGTTA---------ATCTCGTCTC--TA-C---A-------TT---TTT-TTTA-----ACAT------CA---AA-AA-C-TC----TTTACAC-C-ATA-G-AAA--CA---AAG----GCT------------T-AT------AATAT------------CA----TATG-ACAC--AAT-GTACATGCAT------TCT-----C-A-TAA-----ACA-CTG------CGTGT---CT-AACAA-CAC-------ATA---A-TGCAGTGGTGCCAA-T-AAA--GAATTAAATttgttacgctgatatac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTGTTAAAATTCCAGACACTCTTTAAACCTTAGAAACAAAGGCTTTTTACAAGTACTGTATAATATCTTGTAATACAATGTATATGTATTTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATATTTATTTCCCGATTTATTTATTTAATTTTTTTATGGTGTTGTTTTGTATATTCTCCTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTCTGTGATAAGATATGATAATTATTGATTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 2222 1 11 11 11 1 11 1 11 11 1111 111 1 1 1 1111 11111 11 1111111 111111111 1111111111 111111111 11111 111 77777777777777777777777 11111111 11 11111 111111 22222 22 2222 222 222 222 1 1
lowQualScore : 0 33 3 1111 5 33 33 33 2 0 33 0 0 2 3 8 8 11 11 7777 6 111 77 6 1 1 77 5 1 5 8 6 6 6 5 77 1 5 5 5 5 5 5 4 4 66 5555 66 11111 22 4 4 1 2222222 4 99999 4 222222222 8888888888 4 4 666666666 55 4 777 555 3 11111 999999 555 3 3 77777777 888 7 3 55 000 22222222222222222222222 0 44444444 7777 99 55 3 0 3 99 88888 4 4 4 2 3 000000 555 3 55 4 88888 4 4 33 4444 111 555 0 4 1 333 5 5 1
lowQualScore : . .. . .... . .. .. .. . . .. . . . . . . .. .. .... . ... .. . . . .. . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. .... .. ..... .. . . . ....... . ..... . ......... .......... . . ......... .. . ... ... . ..... ...... ... . . ........ ... . . .. ... ....................... . ........ .... .. .. . . . .. ..... . . . . . ...... ... . .. . ..... . . .. .... ... ... . . . ... . . .
lowQualScore : 0 88 2 2222 5 88 88 88 5 0 88 2 0 5 2 0 0 00 00 0000 7 777 33 7 4 4 99 7 4 7 0 7 7 7 7 99 7 7 0 0 0 0 0 4 4 11 6666 11 11111 22 4 4 9 4444444 0 66666 0 222222222 5555555555 0 0 000000000 55 0 000 888 3 77777 666666 888 3 3 77777777 333 3 6 00 000 11111111111111111111111 8 55555555 7777 55 55 2 7 2 00 00000 0 0 0 3 6 555555 888 3 00 0 22222 0 0 55 6666 111 000 7 7 0 333 0 5 0
consensus : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
Reference ( family-3327 ) : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTCAATAATTNCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
gi|1 : ATAAA-AGAAGTTAGAAATAAGACC----ATATTTAAATGTCTTCCACCACTCTCCTAGAGAAAT-TGCGCTCCTTACCGTTCACAAAAGTTAGGATAGAGTG-ACATCA-CTATAGTAGTA--GACGAGC----TGAGT----GATATTGTTAATGCCTGGTCATTGCGT--AGAGGAA-C-A-GATTTTTGT-TGC-CGATT-GTAAGAC-TAATTTGTTAAA-GATGAAAAAGCA-TT-TGTTATGCTTGAGTGTGTCTTTTCAG----TA--CCAACAT-CA-----AGAAAA--AAG-T--TTCAAA----A--TA-TCATATAT----CGA-TG-AT--------------------TA--TGAATC--TCTCC---------ATTTAGTGAC--TA-CACGAAACGAA-TT---TGTACTTTG----ATAT------TA---GA-GA-CGTCAGGTCTTTTAT-A-T-A-G-AAA--CG---A-GC-TTGGT--------------AT------T-TGT-GC--------ACATG--TAT--ATAT--AATTATACTTTTAT-TTG--TGT-----T-A-TATC-T-TACA-TCC------TATGG---C---ACAA--ACTTG-TATATA---T-GTCTTTATTGCCAA-T-AAA-TTGATTGAATT
gi|10 : ctatattaacacaaatgatgacaataacggttctgggagtccaaaaatcattcctggaagatagcaaagttttgggctattgaaataaaaaatgttgggcagagccctgttaaatgcaattacaaagaaagctgaagttttacctgtggacaacagttaaactagttagttccaaactatcacgagttctgataacaaaacttgtgatgaattagagaatatatctttaaaacacaccaatgtggaaaactttcttctatagtacatggttatcgaactatgaagggC-C-ATT-GTAAGAT-CA--GTGTTGAA-GATGAAAAA-CAATTGT-TT-TAGTTGT-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATA-----AGAAAAATAAA-T-ATACAAG----AACCA---ATATAA----TAA-TC-CT-----GAATC---TAATATATAC-TAATTC-TTCTCA---------ATCTTGTGTC--TG-CA---AAACAAATT---ATT-CTAT-----A-AT------TA---GA-GA-CGTG----TTTTT
gi|11 : ATTGTT--------------ATAAA---TATGTAGC--------ACA-AACTGT--ATAT--AATTAT---------TTTG-TGT-----T-G-TACT-TTTATG-TTC------CATGG---CT-AACAA-GACTTG-CATATG-----TGTTTAATTGCCAA-T-AAA--GAATTTAATTT----ATTG---TTAAAT---TTCAATAATTGCA---CAATTCATT-ATGTGTAAATg
gi|12 : cattataAATT---TGT-TTTG-----ATAT------AA---AACGA-A--C----ATTTTAT-AGTTATA-AAA--C-------------T------------T-AT-------ATGTAGC--------ACA-G--TAT--GTA-------------GTGTATTT--TGTATTAAT-A-TACT-TTTATA-TTC------CATGG---C--AACAA--ACTa
gi|14 : tcatagattttttaaaatttttttttttcaattacataaagtgtaactttatTATG-TTC------CATGA---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-T-CTTAATTGCCAA-T-GAA--GAATTG-ATTG----ATTG--ATTAAAGCATTTTAATGACTTCATCTCAAT
gi|15 : TATG-TA-TA--GT--AACGTTCAG-GTATGAGATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAAC-ATGACTTT-
gi|17 : GAAATT---TGT-CTTT-----ATACCAGCTATA---GA-GA-C-T------TTTTAT-G-TTA-T-AAA--CG---AAGCATTGTT------------c
gi|18 : ---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGCTTAATTGCCAATT-AAA---AATTGAATTG-AAAATTG--ac
gi|19 : -GTA---GATTTGGC-GAT-CCTG-TCATTCTGT--AGAGAAAACTATGACTTT-Gg
gi|2 : caggtTAAACAAA--TTAGAAA-AAAACCCCATATATATATATGTCTTCCA--ATTC--CTTGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATT-TA-TA--GA--AAC----AG-GCA---GATATTGC-AAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GG-TAT-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTAGAA-AATGAAAAA-CA-TT-G-TT-CGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--GACACATATA-----AGAAAA--AAG-T-ATTT-AA----AAATA-TCATGAAT----TAA-AC-TT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCA---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAACTT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-AA-C-TC----TTTTTAT-C-TTA-G-AGA--AG---AAACATTGTTACAGTTATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TATACATAT--AATTATACATGTATATTT--TGTG----TAA-TACA-TCTATA-TTC------CATGG---CT-
gi|3 : actacatccaaagatgacaataaccttgttttaaaaaatgcattcctggaagatacaaagttgaaaataaaaaatgctgacagagccgtataaagcaattacagagaaagcttgctattacctgtgacacaccaattaaaataggtagttccaacttcatgatttctttgcaaacaaaacgttttgatgaattagaaaaaatcagaaacacccaatatggaaaacgttcatttcatagtacattatataactatgaggacttgATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATACTTAT--GTCTTCCA--ATTC--CAAGA--AATCTGTGTTC-TTACC--CTATAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TATAGA--AAC----AG-GTA---GATATTGT-AAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GATTTT-GC-TAC-C-ATT-GTAAGAC-TA--T---------------AA-CA-TT-T-TT--GCTTGA-T-TGTCCTTT--ACAAATA--CAAACATGCA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCA---TT------------C-AC------GGT-TA-C--------A-A-A--TAT--ATTTTAGATTATGTA-GCACA------GTA----T-A-TACT-TTTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-CATATA---TGTGCTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATGGAATT
gi|4 : gatgaattagaaaatatcaaaaacacccaatgtggaaaacttttattctatagtacattatttaactatgaggATAAA-GAA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTAT-TGTCTTCCA--ATTC--CTACA--AATCTGTGCTC-TTACC--TTACAAAGCTACGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATACTGC-AAT-CCTG-TCATTCC-T--ACAGAAAAC-A-GATTGT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAT-TA--TTGCCGTA-GATGAAAAA-CA-GT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACC-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-CT-----GTATC---T--T---TAC-CGAATC-ATCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-A-TA----TTTTCAT-C-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGT---------------AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAG-CACTTG-TATATAT--T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TAAATTGAATTGAAAAATTGAAATTGAATC--TTTAATTATATTA---TTATT-ATTAATTTGTAAAT
gi|5 : CTGATCATTCC-TCAAGAGAAAAC-A-GATTTT-GTGTGTTC-ATTTGTAAGACCTA--TTGTCGAATGATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCGTT--A----TA--CAA-CATACA-----AGAAAA--A-G-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------TTCTTGTGAC--TA-CA---AATGAAATG---TAT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGTTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATTGAAg
gi|6 : ctAAA-CA-TT-T-T--TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATC-----AGAAAA--AAG-TAATTC-AA----AAATATTCATATAT----TAA-TCAAT-----TTA-C---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------AT-TTGAGAC--TA-CA---AACG-AATG---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GACC-TC----TTTTTAT-T-ATATG-AAATCCGC--AAGCATTGTTA-----------CAATGCAGTATATATAACATTAGTAGACA-G--TAT--ATAT---AT--TACATGTATATTTG-TGT-----T-ATTACTGTCTACAGTTCCCATTGCATGGCAACT-ACCAACCACTTGCTATATG-----TGCTTTATTGCCAA-TAAAA-TGAATT
gi|7 : AGAG-CA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TTTCCTCT--AAA--TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-TA-TCATATA---------------------ATC----------------AATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CA---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CTAAACAA-CACTTG-TATATATATT-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA---AATTGAATTG-A
gi|8 : TTG--T-CGTCCTTT--A----TAAACAGACACACAGACATAGAAAATAAAGAT-ATTCAAATTATAATTA-TTCTATATAACATAACTC-ATTTTGCATATC------T---TACTTGAATCTCTCACCTATGTGCTGATTTAGTGACGATACCA---AACGAAATTTTATGT-CTCTTTATAATAT------TAGATGA-AA-C-TC-----TTTTATGT-TTA-GAAAA--CGTATACGCATT
gi|9 : TA-TCATATAA----TAA-CT-CT-----GTATCCTGT--T---TAC-TAAATC-CTGTTA---------ATCTCGTCTC--TA-CA----------TT---TTT-TTTA-----ACAT------CA---AA-AA-C-TC----TTTACAC-C-ATA-G-AAA--CA---AAG----GCT------------T-AT------AATAT------------CA----TATG-ACAC--AAT-GTACATGCAT------TCT-----C-A-TAA-----ACA-CTG------CGTGT---CT-AACAA-CAC-------ATA---A-TGCAGTGGTGCCAA-T-AAA--GAATTAAATttgttacgctgatatac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTGTTAAAATTCCAGACACTCTTTAAACCTTAGAAACAAAGGCTTTTTACAAGTACTGTATAATATCTTGTAATACAATGTATATGTATTTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATATTTATTTCCCGATTTATTTATTTAATTTTTTTATGGTGTTGTTTTGTATATTCTCCTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTCTGTGATAAGATATGATAATTATTGATTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 2222 1 11 11 11 1 11 1 11 11 1111 111 1 1 1 1111 11111 11 1111111 111111111 1111111111 111111111 11111 111 77777777777777777777777 11111111 11 11111 111111 22222 22 2222 222 222 222 1 1
lowQualScore : 0 33 3 1111 5 33 33 33 2 0 33 0 0 2 3 8 8 11 11 7777 6 111 77 6 1 1 77 5 1 5 8 6 6 6 5 77 1 5 5 5 5 5 5 4 4 66 5555 66 11111 22 4 4 1 2222222 4 99999 4 222222222 8888888888 4 4 666666666 55 4 777 555 3 11111 999999 555 3 3 77777777 888 7 3 55 000 22222222222222222222222 0 44444444 7777 99 55 3 0 3 99 88888 4 4 4 2 3 000000 555 3 55 4 88888 4 4 33 4444 111 555 1 333 5 5 1
lowQualScore : . .. . .... . .. .. .. . . .. . . . . . . .. .. .... . ... .. . . . .. . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. .... .. ..... .. . . . ....... . ..... . ......... .......... . . ......... .. . ... ... . ..... ...... ... . . ........ ... . . .. ... ....................... . ........ .... .. .. . . . .. ..... . . . . . ...... ... . .. . ..... . . .. .... ... ... . ... . . .
lowQualScore : 0 88 2 2222 5 88 88 88 5 0 88 2 0 5 2 0 0 00 00 0000 7 777 33 7 4 4 99 7 4 7 0 7 7 7 7 99 7 7 0 0 0 0 0 4 4 11 6666 11 11111 22 4 4 9 4444444 0 66666 0 222222222 5555555555 0 0 000000000 55 0 000 888 3 77777 666666 888 3 3 77777777 333 3 6 00 000 11111111111111111111111 8 55555555 7777 55 55 2 7 2 00 00000 0 0 0 3 6 555555 888 3 00 0 22222 0 0 55 6666 111 000 0 333 0 5 0
consensus : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
Reference ( family-3327 ) : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
gi|1 : ATAAA-AGAAGTTAGAAATAAGACC----ATATTTAAATGTCTTCCACCACTCTCCTAGAGAAAT-TGCGCTCCTTACCGTTCACAAAAGTTAGGATAGAGTG-ACATCA-CTATAGTAGTA--GACGAGC----TGAGT----GATATTGTTAATGCCTGGTCATTGCGT--AGAGGAA-C-A-GATTTTTGT-TGC-CGATT-GTAAGAC-TAATTTGTTAAA-GATGAAAAAGCA-TT-TGTTATGCTTGAGTGTGTCTTTTCAG----TA--CCAACAT-CA-----AGAAAA--AAG-T--TTCAAA----A--TA-TCATATAT----CGA-TG-AT--------------------TA--TGAATC--TCTCC---------ATTTAGTGAC--TA-CACGAAACGAA-TT---TGTACTTTG----ATAT------TA---GA-GA-CGTCAGGTCTTTTAT-A-T-A-G-AAA--CG---A-GC-TTGGT--------------AT------T-TGT-GC--------ACATG--TAT--ATAT--AATTATACTTTTAT-TTG--TGT-----T-A-TATC-T-TACA-TCC------TATGG---C---ACAA--ACTTG-TATATA---T-GTCTTTATTGCCAA-T-AAA-TTGATTGAATT
gi|10 : ctatattaacacaaatgatgacaataacggttctgggagtccaaaaatcattcctggaagatagcaaagttttgggctattgaaataaaaaatgttgggcagagccctgttaaatgcaattacaaagaaagctgaagttttacctgtggacaacagttaaactagttagttccaaactatcacgagttctgataacaaaacttgtgatgaattagagaatatatctttaaaacacaccaatgtggaaaactttcttctatagtacatggttatcgaactatgaagggC-C-ATT-GTAAGAT-CA--GTGTTGAA-GATGAAAAA-CAATTGT-TT-TAGTTGT-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATA-----AGAAAAATAAA-T-ATACAAG----AACCA---ATATAA----TAA-TC-CT-----GAATC---TAATATATAC-TAATTC-TTCTCA---------ATCTTGTGTC--TG-CA---AAACAAATT---ATT-CTAT-----A-AT------TA---GA-GA-CGTG----TTTTT
gi|11 : ATTGTT--------------ATAAA---TATGTAGC--------ACA-AACTGT--ATAT--AATTAT---------TTTG-TGT-----T-G-TACT-TTTATG-TTC------CATGG---CT-AACAA-GACTTG-CATATG-----TGTTTAATTGCCAA-T-AAA--GAATTTAATTT----ATTG---TTAAAT---TTCAATAATTGCA---CAATTCATT-ATGTGTAAATg
gi|12 : cattataAATT---TGT-TTTG-----ATAT------AA---AACGA-A--C----ATTTTAT-AGTTATA-AAA--C-------------T------------T-AT-------ATGTAGC--------ACA-G--TAT--GTA-------------GTGTATTT--TGTATTAAT-A-TACT-TTTATA-TTC------CATGG---C--AACAA--ACTa
gi|14 : tcatagattttttaaaatttttttttttcaattacataaagtgtaactttatTATG-TTC------CATGA---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-T-CTTAATTGCCAA-T-GAA--GAATTG-ATTG----ATTG--ATTAAAGCATTTTAATGACTTCATCTCAAT
gi|15 : TATG-TA-TA--GT--AACGTTCAG-GTATGAGATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAAC-ATGACTTT-
gi|17 : GAAATT---TGT-CTTT-----ATACCAGCTATA---GA-GA-C-T------TTTTAT-G-TTA-T-AAA--CG---AAGCATTGTT------------c
gi|18 : ---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGCTTAATTGCCAATT-AAA---AATTGAATTG-AAAATTG--ac
gi|19 : -GTA---GATTTGGC-GAT-CCTG-TCATTCTGT--AGAGAAAACTATGACTTT-Gg
gi|2 : caggtTAAACAAA--TTAGAAA-AAAACCCCATATATATATATGTCTTCCA--ATTC--CTTGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATT-TA-TA--GA--AAC----AG-GCA---GATATTGC-AAT-CCTG-TCATTCT-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GG-TAT-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTAGAA-AATGAAAAA-CA-TT-G-TT-CGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--GACACATATA-----AGAAAA--AAG-T-ATTT-AA----AAATA-TCATGAAT----TAA-AC-TT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCA---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAACTT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-AA-C-TC----TTTTTAT-C-TTA-G-AGA--AG---AAACATTGTTACAGTTATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TATACATAT--AATTATACATGTATATTT--TGTG----TAA-TACA-TCTATA-TTC------CATGG---CT-
gi|3 : actacatccaaagatgacaataaccttgttttaaaaaatgcattcctggaagatacaaagttgaaaataaaaaatgctgacagagccgtataaagcaattacagagaaagcttgctattacctgtgacacaccaattaaaataggtagttccaacttcatgatttctttgcaaacaaaacgttttgatgaattagaaaaaatcagaaacacccaatatggaaaacgttcatttcatagtacattatataactatgaggacttgATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATACTTAT--GTCTTCCA--ATTC--CAAGA--AATCTGTGTTC-TTACC--CTATAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TATAGA--AAC----AG-GTA---GATATTGT-AAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GATTTT-GC-TAC-C-ATT-GTAAGAC-TA--T---------------AA-CA-TT-T-TT--GCTTGA-T-TGTCCTTT--ACAAATA--CAAACATGCA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCA---TT------------C-AC------GGT-TA-C--------A-A-A--TAT--ATTTTAGATTATGTA-GCACA------GTA----T-A-TACT-TTTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-CATATA---TGTGCTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATGGAATT
gi|4 : gatgaattagaaaatatcaaaaacacccaatgtggaaaacttttattctatagtacattatttaactatgaggATAAA-GAA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTAT-TGTCTTCCA--ATTC--CTACA--AATCTGTGCTC-TTACC--TTACAAAGCTACGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATACTGC-AAT-CCTG-TCATTCC-T--ACAGAAAAC-A-GATTGT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAT-TA--TTGCCGTA-GATGAAAAA-CA-GT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACC-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-CT-----GTATC---T--T---TAC-CGAATC-ATCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-A-TA----TTTTCAT-C-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGT---------------AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAG-CACTTG-TATATAT--T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TAAATTGAATTGAAAAATTGAAATTGAATC--TTTAATTATATTA---TTATT-ATTAATTTGTAAAT
gi|5 : CTGATCATTCC-TCAAGAGAAAAC-A-GATTTT-GTGTGTTC-ATTTGTAAGACCTA--TTGTCGAATGATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCGTT--A----TA--CAA-CATACA-----AGAAAA--A-G-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------TTCTTGTGAC--TA-CA---AATGAAATG---TAT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGTTTTATTGCCAA-T-AAATTGAATTGAAg
gi|6 : ctAAA-CA-TT-T-T--TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATC-----AGAAAA--AAG-TAATTC-AA----AAATATTCATATAT----TAA-TCAAT-----TTA-C---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------AT-TTGAGAC--TA-CA---AACG-AATG---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GACC-TC----TTTTTAT-T-ATATG-AAATCCGC--AAGCATTGTTA-----------CAATGCAGTATATATAACATTAGTAGACA-G--TAT--ATAT---AT--TACATGTATATTTG-TGT-----T-ATTACTGTCTACAGTTCCCATTGCATGGCAACT-ACCAACCACTTGCTATATG-----TGCTTTATTGCCAA-TAAAA-TGAATT
gi|7 : AGAG-CA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TTTCCTCT--AAA--TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-TA-TCATATA---------------------ATC----------------AATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-G-TTA-G-AAA--CA---AAGCATTGTTACGGATATAAAAC-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CTAAACAA-CACTTG-TATATATATT-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA---AATTGAATTG-A
gi|8 : TTG--T-CGTCCTTT--A----TAAACAGACACACAGACATAGAAAATAAAGAT-ATTCAAATTATAATTA-TTCTATATAACATAACTC-ATTTTGCATATC------T---TACTTGAATCTCTCACCTATGTGCTGATTTAGTGACGATACCA---AACGAAATTTTATGT-CTCTTTATAATAT------TAGATGA-AA-C-TC-----TTTTATGT-TTA-GAAAA--CGTATACGCATT
gi|9 : TA-TCATATAA----TAA-CT-CT-----GTATCCTGT--T---TAC-TAAATC-CTGTTA---------ATCTCGTCTC--TA-CA----------TT---TTT-TTTA-----ACAT------CA---AA-AA-C-TC----TTTACAC-C-ATA-G-AAA--CA---AAG----GCT------------T-AT------AATAT------------CA----TATG-ACAC--AAT-GTACATGCAT------TCT-----C-A-TAA-----ACA-CTG------CGTGT---CT-AACAA-CAC-------ATA---A-TGCAGTGGTGCCAA-T-AAA--GAATTAAATttgttacgctgatatac
blockSeqs : C . T CCAT A . . . C . . . C A . . TA . GTTC . TGA G . A G CA T T . G T . T C . T T . A G . . . . . CAAA AA GACAT AT A A A TTATAAT T TAACA C ATTTTGCA TAATATA T T TATGTGCTG GA C . TTA . TTATA CAGCTA GAT C C GTGT AG T A TC TAT ACAGTTATAAAACATT ATTAGTAG AAC AC TA T A TG ATTAA A T G T G CCATTG CAA A CC C TATT T A TT AAAA AAA CAT G TCT . A T
blockSeqs : . . T . . . . . C . . . C A . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . AA . . TA . . A AAC . A . AATT CTGTT . . . . . . . . . . . . . TCT GT T . . C ACGGATATAAAACATT . G G . T A TG G . . . T . . . . G . TG . . TT AAA A C T .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . C A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A AAA . T . CTG TT . . . . . . . . . . . . . TCT G . . . . ACGGATATAAAACATT . G . . T A G A . . . C . . . . C . TT . . T .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A AAA . T . TTG TT . . . . . . . . . . . . . TAT C . . . . ACAATGCAGTAT . A . . T A G . . . . T . . . . C . T . . T
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A AAA . T . ATG TT . . . . . . . . . . . . . TCT G . . . . ATAAAT . G . . T A . . . . . C . . . . C . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . T . CTG TT . . . . . . . . . . . . . TCT C . . . . CACG . G . . T A . . . . . C . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AA . T . ATG TT . . . . . . . . . . . . . TCT G . . . . TATA . G . . . A . . . . . C . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . A . CTG T . . . . . . . . . . . . . TCT T . . . . TAT . G . . . . . . . . . C . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA G . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TC C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . .
blockSeqCons : ** A* ** ** AAA**** CTG****** TT******** *** ***** TCT***** ACTATAAACATT*********** G*** C* T**** **
originalCons : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGC-GAT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAA-TC-AT-----GTATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-C-TC----TTTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTT------------C-AT------TATGTAGC--------ACA-G--TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAA-T-AAA-TGAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
finalCons : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--ATTC--CTAGA--AATCTGCGCTC-TTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTGCA-AT-CCTG-TCATTCC-T--AGAGAAAAC-A-GACTTT-GT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAAAAA----TA-TCATATAT----TAA-TCCTG------TATCTT--------TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-CA---AACGAAATT---TGT-CTTT-----ATAT------TA---GA-GA-CTCT-----TTTTAT-N-TTA-G-AAA--CG---AAGCATTGTTACTATAAACATT-----------ATGTAGC--------ACAG---TAT--ATAT--AATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAAC-ACTTG-TATATGT----TGCTTTATTGCCAA-T-AAA--GAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTGTTAAAATTCCAGACACTCTTTAAACCTTAGAAACAAAGGCTTTTTACAAGTACTGTATAATATCTTGTAATACAATGTATATGTATTTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATATTTATTTCCCGATTTATTTATTTAATTTTTTTATGGTGTTGTTTTGTATATTCTCCTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTCTGTGATAAGATATGATAATTATTGATTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 2222 1 11111 11 1 11 1 11 11 1111 111 1 1111 11111 11 11111111 1111111111 111111111 11111 111 66666666666666666666 11 11111 111111 22222 222 1111 222 222 222 1 1
lowQualScore : 0 33 3 1111 5 88888 33 2 0 33 0 0 2 3 8 8 11 11 7777 6 111 6 6 5 5 5 66 77 5 1 5 8 6 6 6 5 77 1 5 5 5 5 5 5 4 4 66 5555 66 11111 22 4 4 7 9999 33 4 99999 88888888 666 0 6666666666 4 4 666666666 55 4 777 2 666 3 11111 3 999999 555 3 6 77777 444 3 3 55 000 44 7777 22222222222222222222 4 4 55 55 55555555 0 5 99 44444 4 4 4 3 000000 555 3 55 4 33333 111 7777 111 555 1 333 5 5 1
lowQualScore : . .. . .... . ..... .. . . .. . . . . . . .. .. .... . ... . . . . . .. .. . . . . . . . . .. . . . . . . . . . .. .... .. ..... .. . . . .... .. . ..... ........ ... . .......... . . ......... .. . ... . ... . ..... . ...... ... . . ..... ... . . .. ... .. .... .................... . . .. .. ........ . . .. ..... . . . . ...... ... . .. . ..... ... .... ... ... . ... . . .
lowQualScore : 0 88 2 2222 5 55555 88 5 0 88 2 0 5 2 0 0 00 00 0000 7 777 7 7 7 7 7 11 99 7 4 7 0 7 7 7 7 99 7 7 0 0 0 0 0 4 4 11 6666 11 11111 22 4 4 3 4444 99 0 66666 77777777 444 8 1111111111 0 0 000000000 55 0 000 1 444 3 77777 3 666666 888 3 7 55555 888 6 6 00 000 66 1111 33333333333333333333 0 0 55 55 22222222 8 6 00 00000 0 0 0 6 555555 888 3 00 0 33333 222 6666 111 000 0 333 0 5 0
consensus : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--A--TTCCT--AGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTG-CGAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-CTTTGT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAATC-C----TG--TATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-C-TC----TTTTTAT-NTTA-G-AAA--CG---AAGCA--TT----GTTACGG-----TAT-A---AA-CAT-TATGTAGCACA-G--TAT--ATATAATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAATAAA--GAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
Reference ( family-3327 ) : ATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTATATGTCTTCCA--A--TTCCT--AGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTACAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATATTG-CAAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-CTTTGT-TGC-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAATC-C----TG--TATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-C-TC----TTTTTAT-NTTA-G-AAA--CG---AAGCA--TT----GTTAC-------TAT-A---AA-CAT-TATGTAGCACA-G--TAT--ATATAATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-TGCTTTATTGCCAATAAA--GAATTGAATTG-AAAATTG--ATTAAATC--TTTAATNATTTCA---CAATTCATTAATNTGTAAAT
gi|1 : ATAAA-AGAAGTTAGAAATAAGACC----ATATTTAAATGTCTTCCACCACTCTCCTAGAGAAAT-TGCGCTCCTTACCGTTCACAAAAGTTAGGATAGAGTG-ACATC-ACTATAGTAGTA--GACGAGC----TGAGT----GATATTGTTAATGCCTGG-TCATTGCG-T--AGAG-GAAC-A-GATTTTTGT-TGC-CGATT-GTAAGAC-TAATTTGTTAAA-GATGAAAAAGCA-TT-TGTTATGCTTGAGTGTGTCTTTTCAG----TA--CCAACAT-CA-----AGAAAA--AAG-T--TTC--A----AAATA-TCATATAT----CGA--------TG---A--------T---TA--TGAAT--CTCTCC---------ATTTAGTGAC--TA-CACGAAACG-AATT---TGTACTTTG----ATA-T------TA---GAGA-CGTCAGGTCTTTTAT-A-TA-G-AAA--CG----AGC---TT----GGTAT-------T----------------TGT-GCACATG--TAT--ATATAATTATACTTTTAT-TTG--TGT-----T-A-TA-T-CTTACA-TCC------TATGG---C---ACAA--ACTTG-TATATA---T-GTCTTTATTGCCAATAAATTG-ATTGAATT
gi|10 : ctatattaacacaaatgatgacaataacggttctgggagtccaaaaatcattcctggaagatagcaaagttttgggctattgaaataaaaaatgttgggcagagccctgttaaatgcaattacaaagaaagctgaagttttacctgtggacaacagttaaactagttagttccaaactatcacgagttctgataacaaaacttgtgatgaattagagaatatatctttaaaacacaccaatgtggaaaactttcttctatagtacatggttatcgaactatgaagggC-C-ATT-GTAAGAT-CA--GTGTTGAA-GATGAAAAA-CAATTGT-TT-TAGTTGT-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATA-----AGAAAAATAAA-T-ATACAAG----AACCA---ATATAA----TAATC-C----TG--AATC---TAATATATAC-TAATTC-TTCTCA---------ATCTTGTGTC--TG-C---AAAACAAATT---ATT-CTAT-----A-A-T------TA---GAGA-CGTG----TTTTT
gi|11 : A--TT----GTTA----------T-A---AA-----TATGTAGCACA-AACTGT--ATATAATTAT---------TTTG-TGT-----T-G-TACT-TTTATG-TTC------CATGG---CT-AACAA-GACTTG-CATATG-----TGTTTAATTGCCAATAAA--GAATTTAATTT----ATTG---TTAAAT---TTCAATAATTGCA---CAATTCATT-ATGTGTAAATg
gi|12 : cattata-CTTT-----ATAAT------T-----------TG----TTTTGAT-AT---A-AAA--CG---AA-CA--TT-----TTATAGT----TAT-A---AAACTTATATGTAGCACA-G--TAT--GTA-----------GTGTATTT--TGTATTAAT-A-TACT-TTTATA-TTC------CATGG---C--AACAA--ACTa
gi|14 : tcatagattttttaaaatttttttttttcaattacataaagtgtaaTATG-TTC------CATGA---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T-T-CTTAATTGCCAATGAA--GAATTG-ATTG----ATTG--ATTAAAGCATTTTAATGACTTCATCTCAAT
gi|15 : TATG-TA-TA--GT--AACGTTCAG-GTATGAGATATTG-CGAT-CCT-G-TCATT-CT-T--AGAGAAAAC-ATGA-CTTT
gi|17 : GAAATT---TGT-CTTT-----ATA-CCAGCTATA---GAGA-C-T------TTTTAT-GTTA-T-AAA--CG---AAGCA--TT----GTTAC-------c
gi|18 : ---CT-AACAA-CACTTG-TATATG---T--GCTTAATTGCCAATTAA--AAATTGAATTG-AAAATTG--
gi|19 : -GTA---GATTTGG-CGAT-CCT-G-TCATT-CTGT--AGAGAAAACTATGA-CTTTGg
gi|2 : caggtTAAACAAA--TTAGAAA-AAAACCCCATATATATATATGTCTTCCA--A--TTCCT--TGAAATCTGCGCT-CTTACC--TTACAAAGTTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATT-TA-TA--GA--AAC----AG-GCA---GATATTG-CAAT-CCT-G-TCATT-CT-T--AGAGAAAAC-A-GA-CTTTGG-TAT-C-ATT-GTAAGAC-TA--TTGTAGAA-AATGAAAAA-CA-TT-G-TT-CGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--GACACATATA-----AGAAAA--AAG-T-ATTT-AA----AAATA-TCATGAAT----TAAAC-T----TG--TATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCA---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAACTT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAAA-C-TC----TTTTTAT-CTTA-G-AGA--AG---AAACA--TT----GTTACAGT----TATAA---AA-CAT-TATGTAGCACA-G--TATACATATAATTATACATGTATATTT--TGTG----TAA-TACA-TCTATA-TTC------CATGG---CT-
gi|3 : actacatccaaagatgacaataaccttgttttaaaaaatgcattcctggaagatacaaagttgaaaataaaaaatgctgacagagccgtataaagcaattacagagaaagcttgctattacctgtgacacaccaattaaaataggtagttccaacttcatgatttctttgcaaacaaaacgttttgatgaattagaaaaaatcagaaacacccaatatggaaaacgttcatttcatagtacattatataactatgaggacttgATAAA-AGA--TTAGAAATAAAACC----ATACTTAT--GTCTTCCA--A--TTCCA--AGAAATCTGTGTT-CTTACC--CTATAAAGCTAAGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TATAGA--AAC----AG-GTA---GATATTG-TAAT-CCT-G-TCATT-CC-T--AGAGAAAAC-A-GA-TTTTGC-TAC-C-ATT-GTAAGAC-TA--T---------------AA-CA-TT-T-TT--GCTTGA-T-TGTCCTTT--ACAAATA--CAAACATGCA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAATC-A----TG--TATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-C-TC----TTTTTAT-GTTA-G-AAA--CG---AAGCA--TTCACGGTTACAAA----TAT-ATTTTA-GAT-TATGTAGCACA-G--TA-----------------------------------T-A-TACT-TTTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-CATATA---TGTGCTTTATTGCCAATAAATTGAATGGAATT
gi|4 : gatgaattagaaaatatcaaaaacacccaatgtggaaaacttttattctatagtacattatttaactatgaggATAAA-GAA--TTAGAAATAAAACC----ATATTTAT-TGTCTTCCA--A--TTCCT--ACAAATCTGTGCT-CTTACC--TTACAAAGCTACGAATA-AGTGCACATCAACTATA-TA-TA--GA--AAC----AG-GTA---GATACTG-CAAT-CCT-G-TCATT-CC-T--ACAGAAAAC-A-GA-TTGTGT-TGC-C-ATT-GTAAGAT-TA--TTGCCGTA-GATGAAAAA-CA-GT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATACC-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AAATA-TCATATAT----TAATC-C----TG--TATC---T--T---TAC-CGAATC-ATCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-A-TA----TTTTCAT-CTTA-G-AAA--CG---AAGCA--TT----GT----------------------AT-TATGTAGCACA-G--TAT--ATATAATTATACATGTATATTT--TGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAG-CACTTG-TATATAT--T-TGCTTTATTGCCAATAAAT-AAATTGAATTGAAAAATTGAAATTGAATC--TTTAATTATATTA---TTATT-ATTAATTTGTAAAT
gi|5 : CT-GATCATT-CC-TCAAGAGAAAAC-A-GA-TTTTGTGTGTTC-ATTTGTAAGACCTA--TTGTCGAATGATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TGTCCGTT--A----TA--CAA-CATACA-----AGAAAA--A-G-T-ATTCAAA----A-ATA-TCATATAT----TAATC-A----TG--TATC---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------TTCTTGTGAC--TA-C---AAATGAAATG---TAT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-C-TC----TTTTTAT-GTTA-G-AAA--CG---AAGCA--TT----GTTACGGA----TATAA---AA-CAT-TATGTAGCACA-G--TAT--ATATAATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CT-AACAA-CACTTG-TATATG-----TGTTTTATTGCCAATA-----AATTGAATTG-AAg
gi|6 : ctAAA-CA-TT-T-T--TGCTTGA-T-TGTCCTTT--A----TA--CAAACATATC-----AGAAAA--AAG-TAATTC-AA----AAATATTCATATAT----TAATCAA----TT--TA-C---T--T---TAC-TGAATC-CTCTCC---------AT-TTGAGAC--TA-C---AAACG-AATG---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGACC-TC----TTTTTAT-TATATG-AAATCCGC--AAGCA--TT----GTTACAATGCAGTAT-ATATAA-CAT-TA-GTAG-ACA-G--TAT--ATAT-AT--TACATGTATATTTG-TGT-----T-ATTACTGTCTACAGTTCCCATTGCATGGCAACT-ACCAACCACTTGCTATATG-----TGCTTTATTGCCAATAAAATGAATT
gi|7 : AGAG-CA--TTGTCGAA-GATGAAAAA-CA-TT-T-TT-TGCTTGA-T-TTTCCTCT--AAA--TA--CAAACATACA-----AGAAAA--AAG-T-ATTCAAA----AA-TA-TCATATA---------------------ATC----------------AATC-CTCTCC---------ATCTTGTGAC--TA-C---AAACGAAATT---TGT-CTTT-----ATA-T------TA---GAGA-C-TC----TTTTTAT-GTTA-G-AAA--CA---AAGCA--TT----GTTACGGA----TATAA---AA-CAT-TATGTAGCACA-G--TAT--ATATAATTATACATGTATATTTTGTGT-----T-A-TACT-TCTACA-TTC------CATGG---CTAAACAA-CACTTG-TATATATATT-TGCTTTATTGCCAATAAA---AATTGAATTG-A
gi|8 : TTG--T-CGTCCTTT--A----TAAACAGACACACAGACATAGAAAATAAAGAT-ATTCAAATTATAATTA-TTCTATATAACATAACT-CATTTTGCATATC------T---TACTTGAATCTCTCACCTATGTGCTGATTTAGTGACGATACC---AAACGAAATTTTATGT-CTCTTTATAATA-T------TAGATGAAA-C-TC-----TTTTATGTTTA-GAAAA--CGTATACGCATTTT----GTTAC-------
gi|9 : TA-TCATATAA----TAACT-C----TG--TATCCTGT--T---TAC-TAAATC-CTGTTA---------ATCTCGTCTC--TA-C---A-------TT---TTT-TTTA-----ACA-T------CA---AAAA-C-TC----TTTACAC-CATA-G-AAA--CA---AAG----------GCT---------TAT-A---A--TAT-CATATGACACA-A--TGT--A----------CATGCAT------TCT-----C-A-TAA-----ACA-CTG------CGTGT---CT-AACAA-CAC-------ATA---A-TGCAGTGGTGCCAATAAA--GAATTAAATgctgatatac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTGTTAAAATTCCAGACACTCTTTAAACCTTAGAAACAAAGGCTTTTTACAAGTACTGTATAATATCTTGTAATACAATGTATATGTATTTTT
Unaligned ( gi|16 ): AATATTTATTTCCCGATTTATTTATTTAATTTTTTTATGGTGTTGTTTTGTATATTCTCCTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTCTGTGATAAGATATGATAATTATTGATTT