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lowQualScore                  :             . .....  ..   ..   .      ..     .    ....   . ........   ..........................       . .            ..     .                 .         .           
lowQualScore                  :             7 11111  55   11   3      00     4    0000   4 88888888   55555555555555555555555555       0 6            11     9                 1         6           
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Reference ( gi|3 )            :  GTATGTCCAAT-G-----ATT-GATAGTTT-ATCGAT-TTTGTC-GACA----TTG-C---C-TAATGA-----AC---ATTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|2                          :  GTATGTCCAAT-G-----ATT-GATAGTTT-ATCGAT-TTTGTC-GACA----TTG-C---C-TAATGA-----AC---ATTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|5                          :  GTATGTCCAAT-G-----ATT-GATAGTTT-ATCGAT-TTTGTC-GACA----TTG-C---C-TAATGA-----AC---ATTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGA
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Alignments
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lowQualScore                  :            . ..... .    . ..            .   .    .  . . ..... .    .....  ...  . ............       . .      .     ..     .                 .         .           
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Reference ( family-3271 )     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---C-TNATGA-----AC---ATTGGC-T-GN--T--AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
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Alignments
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Reference ( family-3271 )     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---C-TNATGA-----ACG---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|1                          :    TGTCCAAT-GTCTAGA-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-CTT-C-TCCTGG-----ACA---T--GT-C-GT--TC-AATATCG-AGTTAACATTGTTTTTCATTTC-TATATTTATAAA
gi|10                         :                                        T-GTC-GACA-TT-G-CT--C-TAATGA-----ACA---TTG-C-T-GGATC--AATATCGAA-TTAACATTTGTTTACATTT-ATATATTTATAAATCATTGATACCACT-GTAATGGTGctagttcagtgcatgccgtttaagtgg
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gi|14                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---T-GTCTGA-----ACGGTATT--CTT-TT--T--AATATCG-AGTTAACATTgcttttcaat
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gi|7                          : GTATGACCAAT-G-----A-TCAA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-GTT---C-TCATGG-----ACG---AT-GT-T-GA--TTCGACATC-AAGTTAGCG-TTGT------------TATTTATAAATCATTGATACCATT-GTAATATTGGA
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gi|9                          :    TGTCCAAT-G-----ACTCGACTGTTTCATCGATATTCGTCCGACAATC-G-CTGTC-T-ATGAGAAGTATA---TTGAC-C-TC--TCAAGTAT-GAGGTTAACATTGCTTTTCATATCATA





Alignments
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lowQualScore                  :            5 66666 2    2 11            2   2    6  4 2 77777 3    00000   444  7777777777777       0 5      0     44     2                 5         5           
lowQualScore                  :            . ..... .    . ..            .   .    .  . . ..... .    .....   ...  .............       . .      .     ..     .                 .         .           
lowQualScore                  :            3 77777 7    7 99            2   2    7  4 2 66666 4    66666   777  5555555555555       8 3      8     77     1                 9         0           
consensus                     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---C-TNATGA-----ACG---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
Reference ( family-3271 )     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---C-TNATGA-----ACG---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|1                          :    TGTCCAAT-GTCTAGA-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-CTT-C-TCCTGG-----ACA---T--GT-C-GT--TC-AATATCG-AGTTAACATTGTTTTTCATTTC-TATATTTATAAA
gi|10                         :                                        T-GTC-GACA-TT-G-CT--C-TAATGA-----ACA---TTG-C-T-GGATC--AATATCGAA-TTAACATTTGTTTACATTT-ATATATTTATAAATCATTGATACCACT-GTAATGGTGctagttcagtgcatgccgtttaagtgg
gi|11                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---TGTCTTGA-----ACG---AT-GT-T-GA--TTCAATATC-AAGTTAACA-TTGCT----TTTCATATAT
gi|12                         :  TATGTCCAATTG-----A-TCGA-TTATTTATCCGTATT-GTC-GACACTCTG-TG--C-TGACCG-----ATG---TTGAT-TCAA--T--AA-ATCGAATATAACATa
gi|13                         :  TATGTCCAATTG-----A-TCGA-TTATTTATCCGTATT-GTC-GACACTCTG-TG--C-TGACCG-----ATG---TTGAT-TCAA--T--AA-ATCGAATATAACATgcttttcaat
gi|14                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---T-GTCTGA-----ACGGTATT--CTT-TT--T--AATATCG-AGTTAACATTgcttttcaat
gi|15                         :                                     TATT-GTC-GACA-TC-G-C---TGTCTTGACCG--ACG---TTGAT-T-----C--AATATCG-AGTTAACA-TTGTT----TTTCATATATccttattcat
gi|16                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATGGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---a
gi|17                         : GTATGTCCAAC-G-----A-TCAA-TGTTTGATTAATATT-GTC-GACA-TC-G-CT--C-TCATGA-----ACtgtcttgaccgatgntc
gi|18                         :      TCTAAT-G-----A-TCAA-TGTTCTATCAATATT-GTC-GACA-TC-G-C---T-Taa
gi|2                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TT-G-C---C-TAATGA-----ACA---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAAtcat
gi|3                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TT-G-C---C-TAATGA-----ACA---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|4                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TT-G-C---C-TAATGA-----ACA---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGA
gi|5                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TT-G-C---C-TAATGA-----ACA---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGA
gi|6                          : GTATGTCCAAT-------A-TTGA-T-ATTTATCGAT-TT-GTC-GACA-TT-G-C---C-TAATGA-----ACA---TTG---T-G---T--AATATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCAT-GATACCACT-GTAATGGTGA
gi|7                          : GTATGACCAAT-G-----A-TCAA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-GTT---C-TCATGG-----ACG---AT-GT-T-GA--TTCGACATC-AAGTTAGCG-TTGT------------TATTTATAAATCATTGATACCATT-GTAATATTGGA
gi|8                          :                              gTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---TATCATAA-----ATG---AT-GT-T-CA--TTCAATATCGAA-TAAACATTGTTTTTCA-TTTATATGTTCACAAATTATTGATGCCATT-GTAATGTTGGA
gi|9                          :    TGTCCAAT-G-----ACTCGACTGTTTCATCGATATTCGTCCGACAATC-G-CTGTC-T-ATGAGAAGTATA---TTGAC-C-TC--TCAAGTAT-GAGGTTAACATTGCTTTTCATATCATA


blockSeqs                     :            T .     C    C GT            C   C    C  T T TGTC  A    GAAGT   GTA  GACCTCTCA             G            TA     C                 A         G
blockSeqs                     :            T .     .    . TA            .   .    C  T . TC    C    CCG     .    GCTGGATC              T            TA     C                 A         G
blockSeqs                     :            . .     .    . TA            .   .    A  . . TG    G    .       .    GTTGATTC              T            TA     T                 A         G
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . GC    G    .       .    GATTCAAT              G            TA     T                 A         G
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . GC    T    .       .    GATTCAAT              G            TA     T                 T         .
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . TG    C    .       .    GTTGATTC              A            TA     T                 T         .
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . TC    C    .       .    GTTCATTC              A            TT     T                 .         .
blockSeqs                     :            . .     .    . AG            .   .    .  . . TA    A    .       .    GGCTGGT               A            TT     T                            
blockSeqs                     :            . .     .    . AG            .   .    .  . . T     A    .       .    GGCTGGT               A            .      C                            
blockSeqs                     :            . .     .    . AG            .   .    .  . . T     A    .       .    GGCTGGT               A            .      .                            
blockSeqs                     :            . .     .    . AG            .   .    .  . . C     A    .       .    GGCTGGT               G            .      .                            
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . C     A    .       .    CTTTTT                G                                                
blockSeqs                     :            . .     .    . GT            .   .    .  . . C     C    .       .    GATTC                 .                                                
blockSeqs                     :            . .     .    . A             .   .    .  . . C     C    .       .    GTGT                  .                                                
blockSeqs                     :                                         .   .    .  . . C     .    .                                                                                   
blockSeqs                     :                                         .   .    .  . . C                                                                                              
blockSeqs                     :                                         .   .    .  . .                                                                                                


blockSeqCons                  :              *****                                      TC***                   GCTGGTTC*****
originalCons                  : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-C---C-TNATGA-----ACG---TTGGC-T-GG--T--AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
finalCons                     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TC-G-CTC---TNATGA-----ACG---TTGCTGGTTC-----AATATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA





Alignments
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lowQualScore                  :            5 66666 2    2 11            2   2    2    888 555   55555   9999  555 1  7   2 77    0 5      0     44  1                    5         5           
lowQualScore                  :            . ..... .    . ..            .   .    .    ... ...   .....   ....  ... .  .   . ..    . .      .     ..  .                    .         .           
lowQualScore                  :            3 77777 7    7 99            2   2    2    888 333   99999   8888  222 7  3   7 33    8 3      8     77  2                    9         0           
consensus                     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGC-TCTC-ATGA-----ACG---NTG--CTGGTTCAA-T--ATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
Reference ( family-3271 )     : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGNTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGC-TCTN-ATGA-----ACG---TTG--CTGGTTCAA-T--ATCGAAGTTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATNGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|1                          :    TGTCCAAT-GTCTAGA-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGCTTCTC-CTGG-----ACA----TG---TCGTTCAA-T--ATCG-AGTTAACATTGTTTTTCATTTC-TATATTTATAAA
gi|10                         :                                        T-GTC-GACA-TTGC-TCTA-ATGA-----ACA---TTG--CTGGATCAA-T--ATCGAA-TTAACATTTGTTTACA-TTTATATATTTATAAATCATTGATACCACT-GTAATGGTGctagttcagtgcatgccgtttaagtgg
gi|11                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGC-TGTC-TTGA-----ACG---ATG--TTGATTCAA-T--ATC-AAGTTAACA-TTGCT----TTTCATATAT
gi|12                         :  TATGTCCAATTG-----A-TCGA-TTATTTATCCGTATT-GTC-GACA--CTC-TGTG-CTGA-----CCG---ATG--TTGATTCAA-TAAATCGAATATAACATa
gi|13                         :  TATGTCCAATTG-----A-TCGA-TTATTTATCCGTATT-GTC-GACA--CTC-TGTG-CTGA-----CCG---ATG--TTGATTCAA-TAAATCGAATATAACATgcttttcaat
gi|14                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGC-TGTC--TGA-----ACGGTATTC--TT--TTTAA-T--ATCG-AGTTAACATTgcttttcaat
gi|15                         :                                     TATT-GTC-GACA-TCGC-TGTC-TTGA-----CCG---ACG--TTGATTCAA-T--ATCG-AGTTAACA-TTGTT----TTTCATATATccttattcat
gi|16                         : GTATGTCCAAT-G-----A-TCGA-TGTTTTATGGATATT-GTC-GACA-TCGC-TGTC-TTGA-----CCG---ATG--NTa
gi|17                         : GTATGTCCAAC-G-----A-TCAA-TGTTTGATTAATATT-GTC-GACA-TCGC-TCTC-ATGA-----ACc
gi|18                         :      TCTAAT-G-----A-TCAA-TGTTCTATCAATATT-GTC-GACA-TCGC-TTTC-ATaa
gi|2                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TTGC--CTA-ATGA-----ACA---TTGG-CTGGT--AA-T--ATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|3                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TTGC--CTA-ATGA-----ACA---TTGG-CTGGT--AA-T--ATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGAA
gi|4                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TTGC--CTA-ATGA-----ACA---TTGG-CTGGT--AA-T--ATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGA
gi|5                          : GTATGTCCAAT-G-----A-TTGA-TAGTTTATCGATTTT-GTC-GACA-TTGC--CTA-ATGA-----ACA---TTGG-CTGGT--AA-T--ATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCATAGATACCACTGGTAATGGTGA
gi|6                          : GTATGTCCAAT-------A-TTGA-T-ATTTATCGAT-TT-GTC-GACA-TTGC--CTA-ATGA-----ACA---TTG--T--GT--AA-T--ATCGAAATTAACATTTGTTTACATTTTATATATTTATAAATCAT-GATACCACT-GTAATGGTGA
gi|7                          : GTATGACCAAT-G-----A-TCAA-TGTTTTATCGATATT-GTC-GACA-TCGT-TCTC-ATGG-----ACG---ATG--TTGATTCGA-C--ATC-AAGTTAGCG-TTGT------------TATTTATAAATCATTGATACCATT-GTAATATTGGA
gi|8                          :                              gTATCGATATT-GTC-GACA-TCGC-TATC-ATAA-----ATG---ATG--TTCATTCAA-T--ATCGAA-TAAACATTGTTTTTCA-TTTATATGTTCACAAATTATTGATGCCATT-GTAATGTTGGA
gi|9                          :    TGTCCAAT-G-----ACTCGACTGTTTCATCGATATTCGTCCGACAATCGC-TGTCTATGAGAAGTATA---TTGACCT--CTCAAGT--AT-GAGGTTAACATTGCTTTTCATATCATA