lowQualScore                  :                                                      111111111111111          22222                                                  111111                 11     222222222222222222                             4444444444444444      222222222222222222                 11111111              1                  1       11    222222222                      33333              1            22   11   3333           666666666666666666666666666666666666666               2222222222      1                    1111111       111       111111                           111      111111           2222222222             2          111       11   1   444     1   7777777         
lowQualScore                  :                                       6 6            666666666666666  3   3 1 44444   3  6     4444  6  3   44  3        44    44    222222     3    7777   55  3  222222222222222222  3  3 7777 44  5     6 3    2222222222222222   44 000000000000000000 3  555 1 3   6  77777777   3  3     0 3 3      4444  3   6    44 44    777777777    66     4     6 5  00000   3          5   8  6 33  11   11 1 2222 44        777777777777777777777777777777777777777     2    99   5555555555      5          5  5   66 3333333   66  000       666666      77           55      222 5    444444  5   66   6666666666   5         0 0      0 666       33   5   222     3   3333333   6  6  
lowQualScore                  :                                       . .            ...............  .   . . .....   .  .     ....  .  .   ..  .        ..    ..    ......     .    ....   ..  .  ..................  .  . .... ..  .     . .    ................   .. .................. .  ... . .   .  ........   .  .     . . .      ....  .   .    .. ..    .........    ..     .     . .  .....   .          .   .  . ..  ..   .. . .... ..        .......................................     .    ..   ..........      .          .  .   .. .......   ..  ...       ......      ..           ..      ... .    ......  .   ..   ..........   .         . .      . ...       ..   .   ...     .   .......   .  .  
lowQualScore                  :                                       0 0            777777777777777  3   3 8 77777   1  2     9999  7  3   66  3        66    66    999999     3    1111   66  1  555555555555555555  1  1 7777 22  5     2 1    0000000000000000   33 222222222222222222 3  888 6 3   7  33333333   3  3     5 4 3      9999  6   8    66 11    111111111    11     4     0 0  33333   9          2   0  0 55  22   22 2 5555 22        666666666666666666666666666666666666666     5    33   0000000000      7          0  0   44 6666666   99  444       444444      99           77      666 7    333333  7   66   3333333333   7         0 6      8 222       88   0   000     3   0000000   0  0  
consensus                     :                                    GGGGCTAAGCACGTTTTG---------A-C-CCGAAACT-CCT-C---GTA-AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTA-CC-CA------C-----------TC-GC-T---TC--AAACGCCT-A-AAAA-T------CA-N----AAAA-G--------------C---G-TT---TCA-AAA-TGCG------TAA-TC-TACATATCG-CAGTGC-A--TA-AAGTAATGCTTCGACTT-CATGC--GCATG--CCGAA-TTTCAAG-TC-ACAGGGTCTTAAAATAGCCGAG-ATATACGCTCATC-GTTT-T-NGNGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGT-AACC----------CGATGGGTTTCCCCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCACGG-AATTT--CNCAT-AAGTTCTA-GCTA-CTTACTT-GCTCATATTTCAATAAAGTTN--TCTATGT--ATGCTAT---ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
Reference ( gi|1 )            :                                    GGGACCAAGCACGTTTTG---------A-C-CTGAGACT-CCT-G---GTA-AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTT-CC-CA------C-----------TC-GC-T---CC--AAGCGCCT-A-AAAA-T------CA-T----AAAA-G--------------C---G-TT---TCA-AAA-TGTG------TAA-TC-TACATATAG-CAGTGC-A--TA-AAGAAATGTTTTTACTT-AATGC--GCATG--CCGAA-TTTCAGG-TC-TCTGGGTTTTAAAATAGCAGAG-ATGTACGCT-ATC-ATTT-C-CGAGATTTTGCCT-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGT-AATC----------CGATGGATTTCCCCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATCTATTGTGTAG-AATTT--CTCAT-AAATTCTATGCTA-CTTGCTT-GCTCATACTGCAATAAAGTTC--TCTATGT--ATGGTATA--ATCCG-AGTGCTTACAATTTTGTAA
gi|3                          :                                    GGGGCTAAGCACGTTCTG---------A-TTCCGAAACT-CCT-C---GTA-ACACATAA-A--TACAA-GAA--AG-GGGTCGAC--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--AGACTA-CCTCATGTTATC-----------TC-GC-T---TC--AAACGCCTAA-AAAA-T------CA-A----AAAACG--------------C---G-TT---TCA-AAATTGCG------TAA-TC-TACATATCG-CAGTGC-C--TACAAGTAAT-TGTTGACTTCAATGC--AC--G--CCGAA-TTTCAAG-TC-ACAGGGTCTTAAAATAGC--CG-ATATACGCTCATCTATTT-T-AGTGCTTTCGCCCAATTTATT------------TTTAAATCGGACATTTTACGGTCCAGGT-AACC----------CGATGGGTTTCCCCCTCTTG-ACAGGCAA-GC--GAA--ATC--CAG
gi|7                          :                                   aGGGGCTAAGCACGTTCTG---------A-T-C-GAAACT-C-T-C---GTATAC-CATAA-A--TA-A--GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--T-CC------AAGAC-GAAA--A---CT-AC-CA------T-----------TC-GC-T---C---AAACGCCT-A-AAAAAT------CA-A----AAAC-G--------------C---G-TT---TCA-AAA-TGCG------TAA-TC-TACCTATCG-CAGTGC-A--TA-AAGTAATGCTTGAGCTT-CAT-T--GCACG--CCGAATTTTCAAG-TC-ACAGGGTCTTAAAA-AGCCGAG-ATAT---CTCATC-ATTT-TAAGTGATTTCGCC---TTTATTTTACTTCGGACATTTAT--C----------CGGTCCAGGT-AACC----------CG-TGGGTTTTCCCCTC-TGCACA-GC-A-GC--GAA--ATC--C
gi|16                         :                                  caGGGGCTAAGGACGTTTTG---------A-------GACT-CCT-C---GTA-AC-CATAA-A--TT-AA-AAA--AG-GGGTCGAA--CCCC--TATC------AAGAC-GAAA--T-ATTA-CC-TA------C-----------TC-AG-T---TC--AAACGCCT-A-AAAA-A------CA-C----AAAC-G--------------C---G-TT---TCA-AAA-TGCG------TAC-TT-TACATATTG-TAGTGC-A--T
gi|14                         :                                   aGGGGTTAAGCCTGTTTTG---------A-C-CCGAAACT-CCT-C---GTA-AT-CTTAA-A--TA-A---AA--AG-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCA-CC---------C-----------TT-GC-T---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAAA-AAAA-G--------------C---GATT---TTG-ACA-TG-------------C-TACATTTAC-C--TGC-A--TG-AAGTAA
gi|6                          :                                    GGGGCTAAGCACGTTTTGATCCGCACAA-C-CCGGGGCC-TCT-----GTA-CC-AATAATACCTA-AACGAATCAGTGGGTCGAA--CTCCAGTACCCTTGTAAAGACTGAAAACA-ACTG-CC-CA------CAACAAAAGGGTTCTAC-TATATC--A--CGCCT-A-AAAA---------A-T----AAAA-AAACCCGGGGCGTGTC---G-TTGTATCACAAA-TCTGGCGGCCTAAGTCTTACATATCGCCAGTGCAA--TA-AAGg
gi|23                         :                                 acaGGAGCTAAGCACGTTTTG---------A-T-CAGAAACT-CTT-C---GTA-AC-CACAA-ttacacatgcacttttgaacactaatccatgctatttgccagaataatcaagtcatcagggggtctaataaaaattaggaggaccgagatta
gi|10                         :                                  agaGGGCTAAGCACGTTTTG---------A-T-CCGAAACT-CAT-T---GTA-AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--TTCC--TACC------AAGAC-AAAA--C-ACTA-CC-CA------C-----------TC-GA-T---TC--AAACGCCT-ACAAAA-T------CA-A----AAAC-G--------------C---A-TT---CCA-AAA-TGCA------TAA-TC-TACATATCA-CAGTGC-A--TA-AAGTAATGCTTTGACTT-CAT----GCATG--CCGAA-TTTCAAG-TC-ACAGGGTCTTAAAAT
gi|8                          :                                   aaGGGCTAAGCACGTTCTG---------A-T-TCGAAACT-CCT-GC--GTA-ACACATAA-A--TATAA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTA-CC-CATTTG--C-----------TC-GC-T---TC--AAA-GCCTAA-AAAA-T------CA-A----AAAC-G--------------C---G-TT---TCA-AAATTGCG------TAA-TC-TACATAT-G-CAGTGC-ACCTA-AAGTAATG-TTTGACTT-CATGC--ACGCG---CGAA-TTTCAAGTTC-ACAGGGGTCTTAAATAGCCGAG-AT
gi|13                         : tttttatcaaatatttaccctctttatccagttgcacaaCTAAGCACGTTTAG---------A-T-GCGAAACT-CCT-T---GTA-AC-CGTTA-T--TA-AA-GAA--AA-GGGTCGAA--CTCC--TACT------TAGAC-GAAA--A-ACTA-TC-CA------C-----------TC-GC-C---TC--AAACGCCT-A-AAAG-T------AA-G----AAA
gi|19                         :                                          AAGCACATTTTG---------ATC-CTGAACCTACCT-C---GTA-AC--ATAA-A--TA-AA--AA--AG-GGGTCAAA--CT-C--TACCG-----AAGAT-GAAA--A-ACTA-CC-CA------C-----------TC-AC-T---TCCAAAGTGCCT-A-AAAA----------------AAAA-T--------------T---C-TT---TTA-AAA-caggatcgtatttattaaaaaaaatggcgtaagaaacatacttgcagtcattatagtaactg
gi|2                          :                                  aggggctaaAGCACGTTTTG---------A-C-CTGAAACT-CCTCGTATGTA-AC-CCTAA----TA-AA-GAA--AG-GTGTCGAA--CTCC--AATC------AGGAC-AAAA--C-ACTA-GC-CA------T-----------TC-AC-T---TC--AAACGCTT-T-AAAA-T------CAGC----AAAC-A--------------A---G-TT---T-A-AAA-TGTT------CAA-TC-TACACGTTG-CTCTGC-A--TA-AAGTAATGGGTCTACTT---TCT--GCATG--CGTAA-TATCAAG-TCATAT-TGTCTAAAAATGACCGAG-ATATATGTC-ATT-GTAT-T-TAACATTTTGCTC-GTTAA--------------TTTA---T----------TGGTCCAGGTAAATCTTATCATCTATAATAGGTTTTTCCCTA-T----A-GC---------A--AT----AGACAA------ATGGGA--CCCAATTCGCATCTATTGTACGG-AACTT--CGCAT-ATGTTTTATGCTA-CTCAATT-ACTCatacgtg
gi|12                         :                                                tTTTTG---------A-C-CCGCAACT-C-T-C---GTA-AC-TCTTA-A--TA-AA-AAA--GA-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCA-CC---------C-----------TT-GCTT---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAAAAAAAA-G--------------CCGGA-TT---TTG-AAA-TGCC------TAA-TT-TACCT---G-CAATG--------AAGTAATTTT
gi|18                         :                                                              cagggggtaagcctgcttc---GTA-AT-CATAA-A--TA-TA-GAA--AG-GGGTAGAAATTTCA--TAT--------AGAC---AC--C-ATTTATC-CA------C-----------TT-GA-T---TC--AAACGCCT-A-AAAA-T------AA-A----ATAA-G--------------C---G-CT-----G-AA-------------AA-TC-TAC----AG--AGTGC-C--TA-GAGTAATATCTGAACTT-CAT----GCATG--TTGAA-TTTCA
gi|5                          :                                                                                                                                                              -CC-CA------C-----------TC-GC-T---TC--AAACGCCA-G-AAAA-T------CA-A----AGAA-G--------------T---G-TC---TTA-AAA-TGCG------TAC-TC-TACATATCG-TAGTGC-A--TA-AACTAATGTCTCGACTT-CATGCATACATGTACCAAA-TTTCAAG-TC-GCAGGGTCTTGAAATAGACGAGAATATACGCA-ACC-TTCTGC-TGAAATTTCGCCC-ATCAA--------------TTTA---C----------CGGTCAAGGT--CTC----------TGAAGG-TTTCCCCCTA-TC-ACA-CT-A-GC--GGA--ATT--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T-AAG---TA---------ACTT-GCTCATATTTCAATAAAGTTA--TCTATGT--ATGCTAT---ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             a------TAA-TC-TATAGATCG-CAGTGT-A--TA-ATGCAATGCCTCGATTT-CATGC----ATG--CCGAA-TCTCAAG-TCATAT-GGTCTTAAAATAGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTTTGACTT-CATAC----ATG--CCGAA-TTTCAAG-TC-
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tTTGCCC-TTTTATT------------TTTA---CT---------CGGAC-------ATT----------TAACAG---TCCTCATA-TG-ACA-CC-A-GC--GAA--ATT--TAGACAG------GTGGGG--GACAATTAGCATCTATTGTACCG-ATTTTCCCCCAT-AAATTCTATGATA-CTTACCT-ATTCATATTTCAATAAAGTacagcaagtaagtagccaagaatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccatcggattttaagaccctgtgac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTA---C----------CTGTCCAGGT-GACA----------TGATGGGTTTTACCCTA-TG-ACA-CC-A------AA--ATT--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTTGCATCTATTGTACAA-AATTT--CACATAAAAAGCTAAGCTAGTTTACTT-G
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -AATC----------CGATGGGTTTTTCCCTA-TG-ACA-AC-A-AC--GAA--ATT--ATGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATATATTGTGCGG-GATTT--CTCAT-AAATTCTTGGCTA-CTTACTT-GCTGTGACT----TGAAATTC--GGCATGT--ATGggtacttgcatttcaatcattaacaagttcattataaataaaagctaaagtggagtatacaatgtggtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgctttgacttCCCTC-TG-ACA-GC-ATGTCTGAATAATCTTCAGACAATGTAGGGCGGGAAACACAATTCACATCTATTTCGCGGAAATTT--CTGAT-AAATTCTA-ACTACCTTACTTGGCTCATACTTCCATAAAG-TCGGTCTATGTCAATGCTATAATATCCGAAGTTTTT---ATTCTGCAAttaagaccctgtgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acccgacggttggtctaaa--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AATT---------AAGT--------A----ACTT-GCTCATATTTCAATAAAGTTA--TCTATGT--ATGCTAT---ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAAcaactgtcgaacgtgctaacaaagactgccattttgcatatctcagtgttaaaagaaagtgaattaggtattatttgctttggtattttttgaccatgaccttctggtttttggcggaacataagtaatctggaagtacttaaacc

Unaligned ( gi|21 ): TGTTGAAAAGAGTGTCCGAGTTGTTAGGAAATCCCTTCATTCCACAGGGGCTAAGCACATTTTGATCCGAAACT
Unaligned ( gi|22 ): CAGCCATTTACTGGTTCAAGCAACCCGGTGGTTTTCCTCTGTGATAGCAGCAAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                              11111                                                           111111                       222222222222222222                           111111111111       33333333333333333333333333333     111111111111       111                                                                        22222                                                    11111             1     11    222           111    44444444444444444444444444444444             22222222222222                                                       111111                                                  2222222222222         1111                   11       11     111  1     1       111         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                33     6666      66  2 2 2    00000 0 3 2   8888  5     2 44  6  3   44  3        44    44    111111     3    44 3      2  111111111111111111  2   555  66        2 2   666666666666   1   44444444444444444444444444444 2 2 111111111111 2   2 000   444   2  2    33  2 2 2      2 66  3   3  555   9999  777  99999     11111  55  55  3   3 3      3   3  88 55     55     55   00000     5    0  0     22    000 1         111    33333333333333333333333333333333             22222222222222  0     66   777     4  4   44 8888888   66  888       444444      66           3           5   777777   888   4444444444444       5 0000                   11       33     777  0     0       777         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                ..     ....      ..  . . .    ..... . . .   ....  .     . ..  .  .   ..  .        ..    ..    ......     .    .. .      .  ..................  .   ...  ..        . .   ............   .   ............................. . . ............ .   . ...   ...   .  .    ..  . . .      . ..  .   .  ...   ....  ...  .....     .....  ..  ..  .   . .      .   .  .. ..     ..     ..   .....     .    .  .     ..    ... .         ...    ................................             ..............  .     ..   ...     .  .   .. .......   ..  ...       ......      ..           .           .   ......   ...   .............       . ....                   ..       ..     ...  .     .       ...         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                99     1111      77  9 9 9    00000 8 1 9   9999  7     9 22  2  1   22  1        22    22    999999     1    22 1      9  999999999999999999  9   000  88        9 9   666666666666   0   11111111111111111111111111111 9 9 666666666666 9   9 777   777   9  9    99  9 4 9      9 88  1   1  444   8888  555  11111     55555  00  00  6   6 6      6   6  66 00     00     00   00000     0    8  0     66    000 0         333    22222222222222222222222222222222             00000000000000  8     11   888     4  4   66 9999999   11  222       444444      99           2           0   999999   888   4444444444444       0 6666                   00       88     555  0     0       555         
consensus                     :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCAAAAA----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTC-T-ATGCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
Reference ( family-326 )      :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAC-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCANAAA----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGNGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCACGG-AATTT--CNCAT---AAGTTC-T-A-GCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-NTCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|1                          :                                                                                                                                        GGGACCAA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-GACT-----CCT-G-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTTCC-CA------C-----------TC-GCT---CC--AAGCGCCT-A-AAA----------A-TCATAAA----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GTG---TAA-TC-TACA--TA-TAG-CAGTGC-A--TA-AAG-AA---ATGT---TTTT-AC-----TTAATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAGG-TCT-CT--G--GGTTT--TAAAA--TAG-----CAGAG-ATGTACGCT-ATC-ATTTC--CGAGATTTTGCCT-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAT-CC-----------GATGGATT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATCTATTGTGTAG-AATTT--CTCAT---AAATTC-T-ATGCTA-CTTGCTT-G----CTCATACTGCAATAAAGTT-CTCTATGT--ATGGT---ATAATCCG-AGTGCTTACAATTTTGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                         GGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CAT-T-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--TTCC--TACC------AAGAC-AAAA--C-ACTACC-CA------C-----------TC-GAT---TC--AAACGCCT-ACAAA----------A-TCAAAAA----------C-G------------C---A-T-T---CC-------A-AAA-T---GCA---TAA-TC-TACA--TA-TCA-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTTG-AC-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaTTA---C----------CTGTCCAGGTGAC-AT-----------GATGGGTT--TTA---CCCTA-TG-ACA-CC-A------AA--ATT--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTTGCATCTATTGTACAA-AATTT--CACATAAAAAG--C-TAA-GCTAGTTTACTT-GGGTACTTGCATTTCAAT
gi|12                         :                                                                                                                                        GGGGGTAA--GCCTGCTTCTTTTGAC-CC-G-C-AACT-----C-T-C-GTA----AC-TCTTA-A--TA-AA-AAA--GA-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC-C-------------------TT-GCT---TCC-AAACGCCT-A-AAA----------AGTTAAAAACATAAAAAAAA-G------------CCGGA-T-T---TT-------G-AAA-T---GCC---TAA-TT-TACC--T----G-CAATG--------AAG-TA---ATcattaacaagttcattataaataaaagctaaagtggagtatacaatgtggtaa
gi|13                         :                                                                                                                                          caCTAA--GCACG----TTTAGAT-GC-G-A-AACT-----CCT-T-GTA----AC-CGTTA-T--TA-AA-GAA--AA-GGGTCGAA--CTCC--TACT------TAGAC-GAAA--A-ACTATC-CA------C-----------TC-GCC---TC--AAACGCCT-A-AAA----------G-TAAGAAAC---------A-GGAT---------C---G-TAT---TTATTAAAAA-AAA-TG--GCG---TAA-GA-AACA--TACTTG-CAGT-C-AT-TA-TAG-TA---Attt
gi|14                         :                                                                                                                                        GGGGTTAA--GCCTG----TTTTGAC-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AT-CTTAA-A--TA-A---AA--AG-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC---------C-----------TT-GCT---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAAAAAA----------A-G------------C---GAT-T---TT-------G-ACA-T---G----------C-TACATTTA-CC-----TGC-A--TG-AAG-TA---Actg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGC---TTTG-AC-----TTCATAC----A--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--GCAAGT------AAG--TAG-----CCAAG-Ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tAAT-CC-----------GATGGGTT--TTT---CCCTA-TG-ACA-AC-A-AC--GAA--ATT--ATGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATATATTGTGCGG-GATTT--CTCAT---AAATTCTT-G-GCTA-CTTACTT-G----CTatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccatcggattttaagaccctgtgac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T-------CCGAttaagaccctgtgac
gi|16                         : ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacagcaagtaagtagccaagaatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccaGGGGCTAA--GGACG----TTTTGA---------GACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TT-AA-AAA--AG-GGGTCGAA--CCCC--TATC------AAGAC-GAAA--T-ATTACC-TA------C-----------TC-AGT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-ACACAAA----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAC-TT-TACA--TA-TTG-TAGTGC-A--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aTTGCCC-TTTTATT------------TTTA---CT---------CGG-ACATTTAAC------------------AGT----CC---TCATA-TG-ACA-CC-A-GC--GAA--ATT--TAGACAG------GTGGGG--GACAATTAGCATCTATTGTACCG-ATTTTCCCCCAT---AAATTC-T-ATGATA-CTTACCT-A----TTCATATTTCAATAAAGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        -GTA----AT-CATAA-A--TA-TA-GAA--AG-GGGTAGAAATTTCA--TAT--------AGAC--ACC--A-TTTATC-CA------C-----------TT-GAT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TAAAATA----------A-G------------C---G-C-T------------G-AA-------------AA-TC-TACA-------G--AGTGC-C--TA-GAG-TA---ATAT---CTGA-AC-----TTCAT----GCA--TG--TT-GAA-T-TTCA
gi|19                         :                                                                                                                                        GGGGCTAAAAGCACA----TTTTGAT-CCTG-A-ACCTA----CCT-C-GTA----AC--ATAA-A--TA-AA--AA--AG-GGGTCAAA--CTC---TACCG-----AAGAT-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-ACT---TCCAAAGTGCCT-A-AAA--------------AAAAA----------T-T------------C---T-T-T---TA-------A-AAA-T---ACG---T
gi|2                          :                                                                                                                                              aA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-AACT-----CCT-C-GTATGTAAC-CCTAA----TA-AA-GAA--AG-GTGTCGAA--CTCC--AATC------AGGAC-AAAA--C-ACTAGC-CA------T-----------TC-ACT---TC--AAACGCTT-T-AAA----------A-TCAGCAA----------A--------------CAA-G-T-T---T--------A-AAA-T---GTT---CAA-TC-TACA--CG-TTG-CTCTGC-A--TA-AAG-TA---ATGG---GTCT-AC-----TT--TCT--GCA--TG--CG-TAA-T-ATCAAG-TCA-TA--T--TGTCT--AAAAA--TGA-----CCGAG-ATATATG-TCATT-GTATT--TAACATTTTGCTC-GTTAA--------------TTTA---T----------TGGTCCAGGTAAA-TCTTATCATCTATAATAGGTT--TTT---CCCTA-T----A-GC---------A--AT----AGACAA------ATGGGA--CCCAATTCGCATCTATTGTACGG-AACTT--CGCAT---ATGTTT-T-ATGCTA-CTCAATT-A----CTCg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     t---TAA-TC-TATA--GA-TCG-CAGTGT-A--TA-ATG-CA---ATGC---CTCG-AT-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-CTCAAG-TCA-TA--T--GGTCT--TAAAA--TAG-----
gi|21                         :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACA----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----ta
gi|23                         :                                                                                          tgttgaaaagagtgtccgagttgttaggaaatcccttcattccacaGGAGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CA-G-A-AACT-----CTT-C-GTA----AC-CACAA-
gi|3                          :                                                                                                                                     agaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGATTCC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----ACACATAA-A--TACAA-GAA--AG-GGGTCGAC--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--AGACTACCTCATGTTATC-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------AATCAAAAA----------ACG------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-TT--GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-C--TACAAG-TA---ATTG---TT-G-AC-----TTCA-AT--GCA--CG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CC--G-ATATACGCTCATCTATTTT--AGTGCTTTCGCCCAATTTATT------------TTTAAATCGGACATTTTACGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTCTTG-ACAGGCAA-GC--GAA--ATC--CAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aAC-CC-----------GACGG-TTGGTCTAAACCCTC-TG-ACA-GC-ATGTCTGAATAATCTTCAGACAATGTAGGGCGGGAAACACAATTCACATCTATTTCGCGGAAATTT--CTGAT---AAATTC-T-A-ACTACCTTACTTGG----CTCATACTTCCATAAAGTCGGTCTATGTCAATGCTATAAT-ATCCGAAGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCA-G-AAA----------A-TCAAAGA----------A-G------------T---G-T-C---TT-------A-AAA-T---GCG---TAC-TC-TACA--TA-TCG-TAGTGC-A--TA-AAC-TA---ATGT---CTCG-AC-----TTCATGCATACA--TGTACC-AAA-T-TTCAAG-TCG-CA--G--GGTCT--TGAAA--TAG-----ACGAGAATATACG--CAAC-CTTCTGCTGAAATTTCGCCC-ATCAA--------------TTTA---C----------CGGTCAAGGT--CTCT-----------GA-AGGTT--TCC---CCCTA-TC-ACA-CT-A-GC--GGA--ATT--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG----T-A---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAAcaactgtcgaacgtgctaacaaagactgccattttgcatatctcagtgttaaaagaaagtgaattaggtattatttgctttggtattttttgaccatgaccttctggtttttggcggaacataagtaatctggaagtacttaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-GCACAACCCGGGGCCT-CTGTA----CC-AATAATACCTA-AACGAATCAGTGGGTCGAA--CTCCAGTACCCTTGTAAAGACTGAAAACA-ACTGCC-CA------CAACAAAAGGGTTCTACTATATC----ACGCCT-A-AAA----------A-ATAAAAA----------A-ACCCGGGGCGTGTC---G-T-TGTATC-------ACAAA-TCTGGCGGCCTAAGTCTTACA--TA-TCGCCAGTGCAA--TA-AAGTTACACATGCACTTTTGAACACTAATCCATGC---TATTTG--CCAGAA-TAATCAAG-TCATCAGGG--GGTCTAATAAAAATTAGGAGGACCGAG-AT
gi|7                          :                                                                                                                                     acaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-C--G-A-AACT-----C-T-C-GTAT---AC-CATAA-A--TA-A--GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--T-CC------AAGAC-GAAA--A--CTACC--A------T-----------TC-GCT----C--AAACGCCT-A-AAA----------AATCAAAAA----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACC--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTGA-GC-----TTCAT-T--GCA--CG--CC-GAATT-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA---AG-----CCGAG-ATAT---CTCATC-ATTTTA-AGTGATTTCGCC---TTTATTTTACTTCGGACATTTAT--C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------G-TGGGTT--TTC---CCCTC-TGCACA-GC-A-GC--GAA--ATC--Cta
gi|8                          :                                                                                                                                       caGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-TC-G-A-AACT-----CCTGC-GTA----ACACATAA-A--TATAA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CATTTG--C-----------TC-GCT---TC--AAA-GCCTAA-AAA----------A-TCAAAAA----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAATT---GCG---TAA-TC-TACA--TA-T-G-CAGTGC-ACCTA-AAG-TA---ATG----TTTG-AC-----TTCATGC--ACG--CG---C-GAA-T-TTCAAGTTCA-CAG-G--GGTCT--T-AAA--TAG-----CCGAG-AT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttttatcaaatatttaccctctttatccagttgcacaa--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG----T-A---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA

Unaligned ( gi|22 ): CAGCCATTTACTGGTTCAAGCAACCCGGTGGTTTTCCTCTGTGATAGCAGCAAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                              11111                                                           111111                       222222222222222222                           111111111111          3333333333333333333333333                            111                                                                        22222                                                    11111             1     11    222           111    44444444444444444444444444444444             22222222222222                                                       111111                                                       1    11        1111                   11       11     111  1     1       111         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                33     6666       2  2 2 2    00000 0 3 2   8888  5     2 44  6  3   44  3        44    44    111111     3    44 3      2  111111111111111111  2   555  66        2 2   666666666666   33   2 0000000000000000000000000 555 2 2 555  9999999 2   2 000   444   2  2    33  2 2 2      2 66  3   3  555   9999  777  99999     11111  55  55  3   3 3      3   3  88 55     55     55   00000     5    0  0     22    000 1         111    33333333333333333333333333333333             22222222222222  0     66   777     4  4   44 8888888   66  888       444444      66           3           5    77777   888   66   2    11      5 0000                   00       33     777  0     0       777         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                ..     ....       .  . . .    ..... . . .   ....  .     . ..  .  .   ..  .        ..    ..    ......     .    .. .      .  ..................  .   ...  ..        . .   ............   ..   . ......................... ... . . ...  ....... .   . ...   ...   .  .    ..  . . .      . ..  .   .  ...   ....  ...  .....     .....  ..  ..  .   . .      .   .  .. ..     ..     ..   .....     .    .  .     ..    ... .         ...    ................................             ..............  .     ..   ...     .  .   .. .......   ..  ...       ......      ..           .           .    .....   ...   ..   .    ..      . ....                   ..       ..     ...  .     .       ...         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                99     1111       9  9 9 9    00000 8 1 9   9999  7     9 22  2  1   22  1        22    22    999999     1    22 1      9  999999999999999999  9   000  88        9 9   666666666666   99   9 5555555555555555555555555 000 9 9 000  3333333 9   9 777   777   9  9    99  9 4 9      9 88  1   1  444   8888  555  11111     55555  00  00  6   6 6      6   6  66 00     00     00   00000     0    8  0     66    000 4         333    22222222222222222222222222222222             00000000000000  8     11   888     4  4   66 9999999   11  222       444444      99           2           0    88888   888   44   5    44      0 6666                   88       88     555  0     0       555         
consensus                     :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTCTA-GCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
Reference ( family-326 )      :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTCTATGCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|1                          :                                                                                                                                        GGGACCAA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-GACT-----CCT-G-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTTCC-CA------C-----------TC-GCT---CC--AAGCGCCT-A-AAA----------A-TCA--TAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GTG---TAA-TC-TACA--TA-TAG-CAGTGC-A--TA-AAG-AA---ATGT---TTTT-AC-----TTAATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAGG-TCT-CT--G--GGTTT--TAAAA--TAG-----CAGAG-ATGTACGCT-ATC-ATTTC--CGAGATTTTGCCT-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAT-CC-----------GATGGATT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATCTATTGTGTAG-AATTT--CTCAT---AAATTCTATGCTA-CTTGCTT-G----CTCATACTGCAATAAAGTT-CTCTATGT--ATGGT---ATAATCCG-AGTGCTTACAATTTTGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                         GGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CAT-T-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--TTCC--TACC------AAGAC-AAAA--C-ACTACC-CA------C-----------TC-GAT---TC--AAACGCCT-ACAAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---A-T-T---CC-------A-AAA-T---GCA---TAA-TC-TACA--TA-TCA-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTTG-AC-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTA---C----------CTGTCCAGGTGAC-AT-----------GATGGGTT--TTA---CCCTA-TG-ACA-CC-A------AA--ATT--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTTGCATCTATTGTACAA-AATTT--CACATAAAAAG--CTAAGCTAGTTTACTT-GGGTACTTGCATTTCAAT
gi|12                         :                                                                                                                                        GGGGGTAA--GCCTGCTTCTTTTGAC-CC-G-C-AACT-----C-T-C-GTA----AC-TCTTA-A--TA-AA-AAA--GA-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC-C-------------------TT-GCT---TCC-AAACGCCT-A-AAA----------AGTTA--AAA-ACATAAAAAAAA-G------------CCGGA-T-T---TT-------G-AAA-T---GCC---TAA-TT-TACC--T----G-CAATG--------AAG-TA---ATcattaacaagttcattataaataaaagctaaagtggagtatacaatgtggtaa
gi|13                         :                                                                                                                                          caCTAA--GCACG----TTTAGAT-GC-G-A-AACT-----CCT-T-GTA----AC-CGTTA-T--TA-AA-GAA--AA-GGGTCGAA--CTCC--TACT------TAGAC-GAAA--A-ACTATC-CA------C-----------TC-GCC---TC--AAACGCCT-A-AAA----------G-TAA--GAA-AC---------A-GGAT---------C---G-TAT---TTATTAAAAA-AAA-TG--GCG---TAA-GA-AACA--TACTTG-CAGT-C-AT-TA-TAG-TA---Attt
gi|14                         :                                                                                                                                        GGGGTTAA--GCCTG----TTTTGAC-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AT-CTTAA-A--TA-A---AA--AG-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC---------C-----------TT-GCT---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAA--AAA-A----------A-G------------C---GAT-T---TT-------G-ACA-T---G----------C-TACATTTA-CC-----TGC-A--TG-AAG-TA---Actg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGC---TTTG-AC-----TTCATAC----A--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--GCAAGT------AAG--TAG-----CCAAG-Ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAAT-CC-----------GATGGGTT--TTT---CCCTA-TG-ACA-AC-A-AC--GAA--ATT--ATGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATATATTGTGCGG-GATTT--CTCAT---AAATTCTTGGCTA-CTTACTT-G----CTatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccatcggattttaagaccctgtgac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T-------CCGAttaagaccctgtgac
gi|16                         : ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacagcaagtaagtagccaagaatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccaGGGGCTAA--GGACG----TTTTGA---------GACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TT-AA-AAA--AG-GGGTCGAA--CCCC--TATC------AAGAC-GAAA--T-ATTACC-TA------C-----------TC-AGT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-ACA--CAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAC-TT-TACA--TA-TTG-TAGTGC-A--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTTGCCC-TTTTATT------------TTTA---CT---------CGG-ACATTTAAC------------------AGT----CC---TCATA-TG-ACA-CC-A-GC--GAA--ATT--TAGACAG------GTGGGG--GACAATTAGCATCTATTGTACCG-ATTTTCCCCCAT---AAATTCTATGATA-CTTACCT-A----TTCATATTTCAATAAAGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        -GTA----AT-CATAA-A--TA-TA-GAA--AG-GGGTAGAAATTTCA--TAT--------AGAC--ACC--A-TTTATC-CA------C-----------TT-GAT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TAA--AAT-A----------A-G------------C---G-C-T------------G-AA-------------AA-TC-TACA-------G--AGTGC-C--TA-GAG-TA---ATAT---CTGA-AC-----TTCAT----GCA--TG--TT-GAA-T-TTCA
gi|19                         :                                                                                                                                        GGGGCTAAAAGCACA----TTTTGAT-CCTG-A-ACCTA----CCT-C-GTA----AC--ATAA-A--TA-AA--AA--AG-GGGTCAAA--CTC---TACCG-----AAGAT-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-ACT---TCCAAAGTGCCT-A-AAA--------------A--AAA-A----------T-T------------C---T-T-T---TA-------A-AAA-T---ACG---T
gi|2                          :                                                                                                                                              aA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-AACT-----CCT-C-GTATGTAAC-CCTAA----TA-AA-GAA--AG-GTGTCGAA--CTCC--AATC------AGGAC-AAAA--C-ACTAGC-CA------T-----------TC-ACT---TC--AAACGCTT-T-AAA----------A-TCAGCAAACA----------A-G--------------------T---TT-------A-AAA-T---GTT---CAA-TC-TACA--CG-TTG-CTCTGC-A--TA-AAG-TA---ATGG---GTCT-AC-----TT--TCT--GCA--TG--CG-TAA-T-ATCAAG-TCA-TA--T--TGTCT--AAAAA--TGA-----CCGAG-ATATATG-TCATT-GTATT--TAACATTTTGCTC-GTTAA--------------TTTA---T----------TGGTCCAGGTAAA-TCTTATCATCTATAATAGGTT--TTT---CCCTA-T----A-GC---------A--AT----AGACAA------ATGGGA--CCCAATTCGCATCTATTGTACGG-AACTT--CGCAT---ATGTTTTATGCTA-CTCAATT-A----CTCg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        t---TAA-TC-TATA--GA-TCG-CAGTGT-A--TA-ATG-CA---ATGC---CTCG-AT-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-CTCAAG-TCA-TA--T--GGTCT--TAAAA--TAG-----
gi|21                         :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACA----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----ta
gi|23                         :                                                                                          tgttgaaaagagtgtccgagttgttaggaaatcccttcattccacaGGAGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CA-G-A-AACT-----CTT-C-GTA----AC-CACAA-
gi|3                          :                                                                                                                                     agaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGATTCC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----ACACATAA-A--TACAA-GAA--AG-GGGTCGAC--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--AGACTACCTCATGTTATC-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------AATCA--AAA-A----------ACG------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-TT--GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-C--TACAAG-TA---ATTG---TT-G-AC-----TTCA-AT--GCA--CG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CC--G-ATATACGCTCATCTATTTT--AGTGCTTTCGCCCAATTTATT------------TTTAAATCGGACATTTTACGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTCTTG-ACAGGCAA-GC--GAA--ATC--CAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAC-CC-----------GACGG-TTGGTCTAAACCCTC-TG-ACA-GC-ATGTCTGAATAATCTTCAGACAATGTAGGGCGGGAAACACAATTCACATCTATTTCGCGGAAATTT--CTGAT---AAATTCTA-ACTACCTTACTTGG----CTCATACTTCCATAAAGTCGGTCTATGTCAATGCTATAAT-ATCCGAAGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCA-G-AAA----------A-TCA--AAG-A----------A-G------------T---G-T-C---TT-------A-AAA-T---GCG---TAC-TC-TACA--TA-TCG-TAGTGC-A--TA-AAC-TA---ATGT---CTCG-AC-----TTCATGCATACA--TGTACC-AAA-T-TTCAAG-TCG-CA--G--GGTCT--TGAAA--TAG-----ACGAGAATATACG--CAAC-CTTCTGCTGAAATTTCGCCC-ATCAA--------------TTTA---C----------CGGTCAAGGT--CTCT-----------GA-AGGTT--TCC---CCCTA-TC-ACA-CT-A-GC--GGA--ATT--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG---TA---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAAcaactgtcgaacgtgctaacaaagactgccattttgcatatctcagtgttaaaagaaagtgaattaggtattatttgctttggtattttttgaccatgaccttctggtttttggcggaacataagtaatctggaagtacttaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-GCACAACCCGGGGCCT-CTGTA----CC-AATAATACCTA-AACGAATCAGTGGGTCGAA--CTCCAGTACCCTTGTAAAGACTGAAAACA-ACTGCC-CA------CAACAAAAGGGTTCTACTATATC----ACGCCT-A-AAA----------A-ATA--AAA-A----------A-ACCCGGGGCGTGTC---G-T-TGTATC-------ACAAA-TCTGGCGGCCTAAGTCTTACA--TA-TCGCCAGTGCAA--TA-AAGTTACACATGCACTTTTGAACACTAATCCATGC---TATTTG--CCAGAA-TAATCAAG-TCATCAGGG--GGTCTAATAAAAATTAGGAGGACCGAG-AT
gi|7                          :                                                                                                                                     acaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-C--G-A-AACT-----C-T-C-GTAT---AC-CATAA-A--TA-A--GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--T-CC------AAGAC-GAAA--A--CTACC--A------T-----------TC-GCT----C--AAACGCCT-A-AAAA---------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACC--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTGA-GC-----TTCAT-T--GCA--CG--CC-GAATT-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA---AG-----CCGAG-ATAT---CTCATC-ATTTTA-AGTGATTTCGCC---TTTATTTTACTTCGGACATTTAT--C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------G-TGGGTT--TTC---CCCTC-TGCACA-GC-A-GC--GAA--ATC--Cta
gi|8                          :                                                                                                                                       caGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-TC-G-A-AACT-----CCTGC-GTA----ACACATAA-A--TATAA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CATTTG--C-----------TC-GCT---TC--AAA-GCCTAA-AAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAATT---GCG---TAA-TC-TACA--TA-T-G-CAGTGC-ACCTA-AAG-TA---ATG----TTTG-AC-----TTCATGC--ACG--CG---C-GAA-T-TTCAAGTTCA-CAG-G--GGTCT--T-AAA--TAG-----CCGAG-AT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttttatcaaatatttaccctctttatccagttgcacaa--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AATT-----------AAGT--------A----ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA

Unaligned ( gi|22 ): CAGCCATTTACTGGTTCAAGCAACCCGGTGGTTTTCCTCTGTGATAGCAGCAAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                              11111                                                           111111                       222222222222222222                           111111111111          3333333333333333333333333                            111                                                                        22222                                                    11111             1     11    222           111    44444444444444444444444444444444             22222222222222                                                       111111                                                  2222222222222         1111                   11       11     111  1     1       111         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                33     6666       2  2 2 2    00000 0 3 2   8888  5     2 44  6  3   44  3        44    44    111111     3    44 3      2  111111111111111111  2   555  66        2 2   666666666666   33   2 0000000000000000000000000 555 2 2 555  9999999 2   2 000   444   2  2    33  2 2 2      2 66  3   3  555   9999  777  99999     11111  55  55  3   3 3      3   3  88 55     55     55   00000     5    0  0     22    000 1         111    33333333333333333333333333333333             22222222222222  0     66   777     4  4   44 8888888   66  888       444444      66           3           5   777777   888   4444444444444       5 0000                   00       33     777  0     0       777         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                ..     ....       .  . . .    ..... . . .   ....  .     . ..  .  .   ..  .        ..    ..    ......     .    .. .      .  ..................  .   ...  ..        . .   ............   ..   . ......................... ... . . ...  ....... .   . ...   ...   .  .    ..  . . .      . ..  .   .  ...   ....  ...  .....     .....  ..  ..  .   . .      .   .  .. ..     ..     ..   .....     .    .  .     ..    ... .         ...    ................................             ..............  .     ..   ...     .  .   .. .......   ..  ...       ......      ..           .           .   ......   ...   .............       . ....                   ..       ..     ...  .     .       ...         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                99     1111       9  9 9 9    00000 8 1 9   9999  7     9 22  2  1   22  1        22    22    999999     1    22 1      9  999999999999999999  9   000  88        9 9   666666666666   99   9 5555555555555555555555555 000 9 9 000  3333333 9   9 777   777   9  9    99  9 4 9      9 88  1   1  444   8888  555  11111     55555  00  00  6   6 6      6   6  66 00     00     00   00000     0    8  0     66    000 4         333    22222222222222222222222222222222             00000000000000  8     11   888     4  4   66 9999999   11  222       444444      99           2           0   999999   888   4444444444444       0 6666                   88       88     555  0     0       555         
consensus                     :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTC-T-ATGCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
Reference ( family-326 )      :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTC-T-A-GCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|1                          :                                                                                                                                        GGGACCAA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-GACT-----CCT-G-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTTCC-CA------C-----------TC-GCT---CC--AAGCGCCT-A-AAA----------A-TCA--TAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GTG---TAA-TC-TACA--TA-TAG-CAGTGC-A--TA-AAG-AA---ATGT---TTTT-AC-----TTAATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAGG-TCT-CT--G--GGTTT--TAAAA--TAG-----CAGAG-ATGTACGCT-ATC-ATTTC--CGAGATTTTGCCT-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAT-CC-----------GATGGATT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATCTATTGTGTAG-AATTT--CTCAT---AAATTC-T-ATGCTA-CTTGCTT-G----CTCATACTGCAATAAAGTT-CTCTATGT--ATGGT---ATAATCCG-AGTGCTTACAATTTTGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                         GGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CAT-T-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--TTCC--TACC------AAGAC-AAAA--C-ACTACC-CA------C-----------TC-GAT---TC--AAACGCCT-ACAAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---A-T-T---CC-------A-AAA-T---GCA---TAA-TC-TACA--TA-TCA-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTTG-AC-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTA---C----------CTGTCCAGGTGAC-AT-----------GATGGGTT--TTA---CCCTA-TG-ACA-CC-A------AA--ATT--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTTGCATCTATTGTACAA-AATTT--CACATAAAAAG--C-TAA-GCTAGTTTACTT-GGGTACTTGCATTTCAAT
gi|12                         :                                                                                                                                        GGGGGTAA--GCCTGCTTCTTTTGAC-CC-G-C-AACT-----C-T-C-GTA----AC-TCTTA-A--TA-AA-AAA--GA-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC-C-------------------TT-GCT---TCC-AAACGCCT-A-AAA----------AGTTA--AAA-ACATAAAAAAAA-G------------CCGGA-T-T---TT-------G-AAA-T---GCC---TAA-TT-TACC--T----G-CAATG--------AAG-TA---ATcattaacaagttcattataaataaaagctaaagtggagtatacaatgtggtaa
gi|13                         :                                                                                                                                          caCTAA--GCACG----TTTAGAT-GC-G-A-AACT-----CCT-T-GTA----AC-CGTTA-T--TA-AA-GAA--AA-GGGTCGAA--CTCC--TACT------TAGAC-GAAA--A-ACTATC-CA------C-----------TC-GCC---TC--AAACGCCT-A-AAA----------G-TAA--GAA-AC---------A-GGAT---------C---G-TAT---TTATTAAAAA-AAA-TG--GCG---TAA-GA-AACA--TACTTG-CAGT-C-AT-TA-TAG-TA---Attt
gi|14                         :                                                                                                                                        GGGGTTAA--GCCTG----TTTTGAC-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AT-CTTAA-A--TA-A---AA--AG-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC---------C-----------TT-GCT---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAA--AAA-A----------A-G------------C---GAT-T---TT-------G-ACA-T---G----------C-TACATTTA-CC-----TGC-A--TG-AAG-TA---Actg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGC---TTTG-AC-----TTCATAC----A--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--GCAAGT------AAG--TAG-----CCAAG-Ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAAT-CC-----------GATGGGTT--TTT---CCCTA-TG-ACA-AC-A-AC--GAA--ATT--ATGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATATATTGTGCGG-GATTT--CTCAT---AAATTCTT-G-GCTA-CTTACTT-G----CTatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccatcggattttaagaccctgtgac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T-------CCGAttaagaccctgtgac
gi|16                         : ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacagcaagtaagtagccaagaatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccaGGGGCTAA--GGACG----TTTTGA---------GACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TT-AA-AAA--AG-GGGTCGAA--CCCC--TATC------AAGAC-GAAA--T-ATTACC-TA------C-----------TC-AGT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-ACA--CAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAC-TT-TACA--TA-TTG-TAGTGC-A--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTTGCCC-TTTTATT------------TTTA---CT---------CGG-ACATTTAAC------------------AGT----CC---TCATA-TG-ACA-CC-A-GC--GAA--ATT--TAGACAG------GTGGGG--GACAATTAGCATCTATTGTACCG-ATTTTCCCCCAT---AAATTC-T-ATGATA-CTTACCT-A----TTCATATTTCAATAAAGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        -GTA----AT-CATAA-A--TA-TA-GAA--AG-GGGTAGAAATTTCA--TAT--------AGAC--ACC--A-TTTATC-CA------C-----------TT-GAT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TAA--AAT-A----------A-G------------C---G-C-T------------G-AA-------------AA-TC-TACA-------G--AGTGC-C--TA-GAG-TA---ATAT---CTGA-AC-----TTCAT----GCA--TG--TT-GAA-T-TTCA
gi|19                         :                                                                                                                                        GGGGCTAAAAGCACA----TTTTGAT-CCTG-A-ACCTA----CCT-C-GTA----AC--ATAA-A--TA-AA--AA--AG-GGGTCAAA--CTC---TACCG-----AAGAT-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-ACT---TCCAAAGTGCCT-A-AAA--------------A--AAA-A----------T-T------------C---T-T-T---TA-------A-AAA-T---ACG---T
gi|2                          :                                                                                                                                              aA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-AACT-----CCT-C-GTATGTAAC-CCTAA----TA-AA-GAA--AG-GTGTCGAA--CTCC--AATC------AGGAC-AAAA--C-ACTAGC-CA------T-----------TC-ACT---TC--AAACGCTT-T-AAA----------A-TCAGCAAACA----------A-G--------------------T---TT-------A-AAA-T---GTT---CAA-TC-TACA--CG-TTG-CTCTGC-A--TA-AAG-TA---ATGG---GTCT-AC-----TT--TCT--GCA--TG--CG-TAA-T-ATCAAG-TCA-TA--T--TGTCT--AAAAA--TGA-----CCGAG-ATATATG-TCATT-GTATT--TAACATTTTGCTC-GTTAA--------------TTTA---T----------TGGTCCAGGTAAA-TCTTATCATCTATAATAGGTT--TTT---CCCTA-T----A-GC---------A--AT----AGACAA------ATGGGA--CCCAATTCGCATCTATTGTACGG-AACTT--CGCAT---ATGTTT-T-ATGCTA-CTCAATT-A----CTCg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        t---TAA-TC-TATA--GA-TCG-CAGTGT-A--TA-ATG-CA---ATGC---CTCG-AT-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-CTCAAG-TCA-TA--T--GGTCT--TAAAA--TAG-----
gi|21                         :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACA----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----ta
gi|23                         :                                                                                          tgttgaaaagagtgtccgagttgttaggaaatcccttcattccacaGGAGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CA-G-A-AACT-----CTT-C-GTA----AC-CACAA-
gi|3                          :                                                                                                                                     agaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGATTCC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----ACACATAA-A--TACAA-GAA--AG-GGGTCGAC--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--AGACTACCTCATGTTATC-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------AATCA--AAA-A----------ACG------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-TT--GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-C--TACAAG-TA---ATTG---TT-G-AC-----TTCA-AT--GCA--CG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CC--G-ATATACGCTCATCTATTTT--AGTGCTTTCGCCCAATTTATT------------TTTAAATCGGACATTTTACGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTCTTG-ACAGGCAA-GC--GAA--ATC--CAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAC-CC-----------GACGG-TTGGTCTAAACCCTC-TG-ACA-GC-ATGTCTGAATAATCTTCAGACAATGTAGGGCGGGAAACACAATTCACATCTATTTCGCGGAAATTT--CTGAT---AAATTC-T-A-ACTACCTTACTTGG----CTCATACTTCCATAAAGTCGGTCTATGTCAATGCTATAAT-ATCCGAAGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCA-G-AAA----------A-TCA--AAG-A----------A-G------------T---G-T-C---TT-------A-AAA-T---GCG---TAC-TC-TACA--TA-TCG-TAGTGC-A--TA-AAC-TA---ATGT---CTCG-AC-----TTCATGCATACA--TGTACC-AAA-T-TTCAAG-TCG-CA--G--GGTCT--TGAAA--TAG-----ACGAGAATATACG--CAAC-CTTCTGCTGAAATTTCGCCC-ATCAA--------------TTTA---C----------CGGTCAAGGT--CTCT-----------GA-AGGTT--TCC---CCCTA-TC-ACA-CT-A-GC--GGA--ATT--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG----T-A---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAAcaactgtcgaacgtgctaacaaagactgccattttgcatatctcagtgttaaaagaaagtgaattaggtattatttgctttggtattttttgaccatgaccttctggtttttggcggaacataagtaatctggaagtacttaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-GCACAACCCGGGGCCT-CTGTA----CC-AATAATACCTA-AACGAATCAGTGGGTCGAA--CTCCAGTACCCTTGTAAAGACTGAAAACA-ACTGCC-CA------CAACAAAAGGGTTCTACTATATC----ACGCCT-A-AAA----------A-ATA--AAA-A----------A-ACCCGGGGCGTGTC---G-T-TGTATC-------ACAAA-TCTGGCGGCCTAAGTCTTACA--TA-TCGCCAGTGCAA--TA-AAGTTACACATGCACTTTTGAACACTAATCCATGC---TATTTG--CCAGAA-TAATCAAG-TCATCAGGG--GGTCTAATAAAAATTAGGAGGACCGAG-AT
gi|7                          :                                                                                                                                     acaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-C--G-A-AACT-----C-T-C-GTAT---AC-CATAA-A--TA-A--GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--T-CC------AAGAC-GAAA--A--CTACC--A------T-----------TC-GCT----C--AAACGCCT-A-AAAA---------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACC--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTGA-GC-----TTCAT-T--GCA--CG--CC-GAATT-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA---AG-----CCGAG-ATAT---CTCATC-ATTTTA-AGTGATTTCGCC---TTTATTTTACTTCGGACATTTAT--C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------G-TGGGTT--TTC---CCCTC-TGCACA-GC-A-GC--GAA--ATC--Cta
gi|8                          :                                                                                                                                       caGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-TC-G-A-AACT-----CCTGC-GTA----ACACATAA-A--TATAA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CATTTG--C-----------TC-GCT---TC--AAA-GCCTAA-AAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAATT---GCG---TAA-TC-TACA--TA-T-G-CAGTGC-ACCTA-AAG-TA---ATG----TTTG-AC-----TTCATGC--ACG--CG---C-GAA-T-TTCAAGTTCA-CAG-G--GGTCT--T-AAA--TAG-----CCGAG-AT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttttatcaaatatttaccctctttatccagttgcacaa--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG----T-A---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA

Unaligned ( gi|22 ): CAGCCATTTACTGGTTCAAGCAACCCGGTGGTTTTCCTCTGTGATAGCAGCAAAAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                              11111                                                           111111                       222222222222222222                           111111111111          3333333333333333333333333                            111                                                                        22222                                                    11111             1     11    222           111    44444444444444444444444444444444             22222222222222                                                       111111                                                       1    11        1111                   11       11     111  1     1       111         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                33     6666       2  2 2 2    00000 0 3 2   8888  5     2 44  6  3   44  3        44    44    111111     3    44 3      2  111111111111111111  2   555  66        2 2   666666666666   33   2 0000000000000000000000000 555 2 2 555  9999999 2   2 000   444   2  2    33  2 2 2      2 66  3   3  555   9999  777  99999     11111  55  55  3   3 3      3   3  88 55     55     55   00000     5    0  0     22    000 1         111    33333333333333333333333333333333             22222222222222  0     66   777     4  4   44 8888888   66  888       444444      66           3           5    77777   888   66   2    11      5 0000                   00       33     777  0     0       777         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                ..     ....       .  . . .    ..... . . .   ....  .     . ..  .  .   ..  .        ..    ..    ......     .    .. .      .  ..................  .   ...  ..        . .   ............   ..   . ......................... ... . . ...  ....... .   . ...   ...   .  .    ..  . . .      . ..  .   .  ...   ....  ...  .....     .....  ..  ..  .   . .      .   .  .. ..     ..     ..   .....     .    .  .     ..    ... .         ...    ................................             ..............  .     ..   ...     .  .   .. .......   ..  ...       ......      ..           .           .    .....   ...   ..   .    ..      . ....                   ..       ..     ...  .     .       ...         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                99     1111       9  9 9 9    00000 8 1 9   9999  7     9 22  2  1   22  1        22    22    999999     1    22 1      9  999999999999999999  9   000  88        9 9   666666666666   99   9 5555555555555555555555555 000 9 9 000  3333333 9   9 777   777   9  9    99  9 4 9      9 88  1   1  444   8888  555  11111     55555  00  00  6   6 6      6   6  66 00     00     00   00000     0    8  0     66    000 4         333    22222222222222222222222222222222             00000000000000  8     11   888     4  4   66 9999999   11  222       444444      99           2           0    88888   888   44   5    44      0 6666                   88       88     555  0     0       555         
consensus                     :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTCTA-GCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
Reference ( family-326 )      :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TCA--AAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTCG-AC-----TTCATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CCGAG-ATATACGCTCATC-GTTTT--NGAGATTTCGCCC-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCGCATCTATTGCGCGG-AATTT--CNCAT---AAGTTCTATGCTA-CTTACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|1                          :                                                                                                                                        GGGACCAA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-GACT-----CCT-G-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTTCC-CA------C-----------TC-GCT---CC--AAGCGCCT-A-AAA----------A-TCA--TAA-A----------A-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GTG---TAA-TC-TACA--TA-TAG-CAGTGC-A--TA-AAG-AA---ATGT---TTTT-AC-----TTAATGC--GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAGG-TCT-CT--G--GGTTT--TAAAA--TAG-----CAGAG-ATGTACGCT-ATC-ATTTC--CGAGATTTTGCCT-GTTTATT------------TTTA---C----------CGGTCCAGGTAAT-CC-----------GATGGATT--TCC---CCCTA-TG-ACA-GC-A-GC--GAA--ATC--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATCTATTGTGTAG-AATTT--CTCAT---AAATTCTATGCTA-CTTGCTT-G----CTCATACTGCAATAAAGTT-CTCTATGT--ATGGT---ATAATCCG-AGTGCTTACAATTTTGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                         GGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----CAT-T-GTA----AC-CATAA-A--TA-AA-GAA--AG-GGGTCGAA--TTCC--TACC------AAGAC-AAAA--C-ACTACC-CA------C-----------TC-GAT---TC--AAACGCCT-ACAAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---A-T-T---CC-------A-AAA-T---GCA---TAA-TC-TACA--TA-TCA-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTTG-AC-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTA---C----------CTGTCCAGGTGAC-AT-----------GATGGGTT--TTA---CCCTA-TG-ACA-CC-A------AA--ATT--CAGACAA------GTGGGA--CACAATTTGCATCTATTGTACAA-AATTT--CACATAAAAAG--CTAAGCTAGTTTACTT-GGGTACTTGCATTTCAAT
gi|12                         :                                                                                                                                        GGGGGTAA--GCCTGCTTCTTTTGAC-CC-G-C-AACT-----C-T-C-GTA----AC-TCTTA-A--TA-AA-AAA--GA-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC-C-------------------TT-GCT---TCC-AAACGCCT-A-AAA----------AGTTA--AAA-ACATAAAAAAAA-G------------CCGGA-T-T---TT-------G-AAA-T---GCC---TAA-TT-TACC--T----G-CAATG--------AAG-TA---ATcattaacaagttcattataaataaaagctaaagtggagtatacaatgtggtaa
gi|13                         :                                                                                                                                          caCTAA--GCACG----TTTAGAT-GC-G-A-AACT-----CCT-T-GTA----AC-CGTTA-T--TA-AA-GAA--AA-GGGTCGAA--CTCC--TACT------TAGAC-GAAA--A-ACTATC-CA------C-----------TC-GCC---TC--AAACGCCT-A-AAA----------G-TAA--GAA-AC---------A-GGAT---------C---G-TAT---TTATTAAAAA-AAA-TG--GCG---TAA-GA-AACA--TACTTG-CAGT-C-AT-TA-TAG-TA---Attt
gi|14                         :                                                                                                                                        GGGGTTAA--GCCTG----TTTTGAC-CC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----AT-CTTAA-A--TA-A---AA--AG-AGGTCGAA--TTCC--GACC------AAAAC-GAAA--A-ACCACC---------C-----------TT-GCT---CC--AAACGCCT-A-AAAAGTTAAAAACA-TAA--AAA-A----------A-G------------C---GAT-T---TT-------G-ACA-T---G----------C-TACATTTA-CC-----TGC-A--TG-AAG-TA---Actg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGC---TTTG-AC-----TTCATAC----A--TG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--GCAAGT------AAG--TAG-----CCAAG-Ag
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAAT-CC-----------GATGGGTT--TTT---CCCTA-TG-ACA-AC-A-AC--GAA--ATT--ATGACAA------GTGGGA--CACAATTCACATATATTGTGCGG-GATTT--CTCAT---AAATTCTTGGCTA-CTTACTT-G----CTatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccatcggattttaagaccctgtgac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--T-------CCGAttaagaccctgtgac
gi|16                         : ttgctttgacttcatacatgccgaatttcaagtcacagcaagtaagtagccaagaatttatgagaaatcccgcacaatatatgtgaattgtgtcccacttgtcataatttcgttgttgtcatagggaaaaacccaGGGGCTAA--GGACG----TTTTGA---------GACT-----CCT-C-GTA----AC-CATAA-A--TT-AA-AAA--AG-GGGTCGAA--CCCC--TATC------AAGAC-GAAA--T-ATTACC-TA------C-----------TC-AGT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-ACA--CAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAC-TT-TACA--TA-TTG-TAGTGC-A--T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aTTGCCC-TTTTATT------------TTTA---CT---------CGG-ACATTTAAC------------------AGT----CC---TCATA-TG-ACA-CC-A-GC--GAA--ATT--TAGACAG------GTGGGG--GACAATTAGCATCTATTGTACCG-ATTTTCCCCCAT---AAATTCTATGATA-CTTACCT-A----TTCATATTTCAATAAAGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                        -GTA----AT-CATAA-A--TA-TA-GAA--AG-GGGTAGAAATTTCA--TAT--------AGAC--ACC--A-TTTATC-CA------C-----------TT-GAT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------A-TAA--AAT-A----------A-G------------C---G-C-T------------G-AA-------------AA-TC-TACA-------G--AGTGC-C--TA-GAG-TA---ATAT---CTGA-AC-----TTCAT----GCA--TG--TT-GAA-T-TTCA
gi|19                         :                                                                                                                                        GGGGCTAAAAGCACA----TTTTGAT-CCTG-A-ACCTA----CCT-C-GTA----AC--ATAA-A--TA-AA--AA--AG-GGGTCAAA--CTC---TACCG-----AAGAT-GAAA--A-ACTACC-CA------C-----------TC-ACT---TCCAAAGTGCCT-A-AAA--------------A--AAA-A----------T-T------------C---T-T-T---TA-------A-AAA-T---ACG---T
gi|2                          :                                                                                                                                              aA--GCACG----TTTTGAC-CT-G-A-AACT-----CCT-C-GTATGTAAC-CCTAA----TA-AA-GAA--AG-GTGTCGAA--CTCC--AATC------AGGAC-AAAA--C-ACTAGC-CA------T-----------TC-ACT---TC--AAACGCTT-T-AAA----------A-TCAGCAAACA----------A-G--------------------T---TT-------A-AAA-T---GTT---CAA-TC-TACA--CG-TTG-CTCTGC-A--TA-AAG-TA---ATGG---GTCT-AC-----TT--TCT--GCA--TG--CG-TAA-T-ATCAAG-TCA-TA--T--TGTCT--AAAAA--TGA-----CCGAG-ATATATG-TCATT-GTATT--TAACATTTTGCTC-GTTAA--------------TTTA---T----------TGGTCCAGGTAAA-TCTTATCATCTATAATAGGTT--TTT---CCCTA-T----A-GC---------A--AT----AGACAA------ATGGGA--CCCAATTCGCATCTATTGTACGG-AACTT--CGCAT---ATGTTTTATGCTA-CTCAATT-A----CTCg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        t---TAA-TC-TATA--GA-TCG-CAGTGT-A--TA-ATG-CA---ATGC---CTCG-AT-----TTCAT----GCA--TG--CC-GAA-T-CTCAAG-TCA-TA--T--GGTCT--TAAAA--TAG-----
gi|21                         :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACA----TTTTGAT-CC-G-A-AACT-----ta
gi|23                         :                                                                                          tgttgaaaagagtgtccgagttgttaggaaatcccttcattccacaGGAGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CA-G-A-AACT-----CTT-C-GTA----AC-CACAA-
gi|3                          :                                                                                                                                     agaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGATTCC-G-A-AACT-----CCT-C-GTA----ACACATAA-A--TACAA-GAA--AG-GGGTCGAC--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--AGACTACCTCATGTTATC-----------TC-GCT---TC--AAACGCCT-A-AAA----------AATCA--AAA-A----------ACG------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-TT--GCG---TAA-TC-TACA--TA-TCG-CAGTGC-C--TACAAG-TA---ATTG---TT-G-AC-----TTCA-AT--GCA--CG--CC-GAA-T-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA--TAG-----CC--G-ATATACGCTCATCTATTTT--AGTGCTTTCGCCCAATTTATT------------TTTAAATCGGACATTTTACGGTCCAGGTAAC-CC-----------GATGGGTT--TCC---CCCTCTTG-ACAGGCAA-GC--GAA--ATC--CAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAC-CC-----------GACGG-TTGGTCTAAACCCTC-TG-ACA-GC-ATGTCTGAATAATCTTCAGACAATGTAGGGCGGGAAACACAATTCACATCTATTTCGCGGAAATTT--CTGAT---AAATTCTA-ACTACCTTACTTGG----CTCATACTTCCATAAAGTCGGTCTATGTCAATGCTATAAT-ATCCGAAGTTTTT---ATTCTGCAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                     ACC-CA------C-----------TC-GCT---TC--AAACGCCA-G-AAA----------A-TCA--AAG-A----------A-G------------T---G-T-C---TT-------A-AAA-T---GCG---TAC-TC-TACA--TA-TCG-TAGTGC-A--TA-AAC-TA---ATGT---CTCG-AC-----TTCATGCATACA--TGTACC-AAA-T-TTCAAG-TCG-CA--G--GGTCT--TGAAA--TAG-----ACGAGAATATACG--CAAC-CTTCTGCTGAAATTTCGCCC-ATCAA--------------TTTA---C----------CGGTCAAGGT--CTCT-----------GA-AGGTT--TCC---CCCTA-TC-ACA-CT-A-GC--GGA--ATT--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AAT--------T---AAG---TA---------ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAAcaactgtcgaacgtgctaacaaagactgccattttgcatatctcagtgttaaaagaaagtgaattaggtattatttgctttggtattttttgaccatgaccttctggtttttggcggaacataagtaatctggaagtacttaaacc
gi|6                          :                                                                                                                                        GGGGCTAA--GCACG----TTTTGAT-CC-GCACAACCCGGGGCCT-CTGTA----CC-AATAATACCTA-AACGAATCAGTGGGTCGAA--CTCCAGTACCCTTGTAAAGACTGAAAACA-ACTGCC-CA------CAACAAAAGGGTTCTACTATATC----ACGCCT-A-AAA----------A-ATA--AAA-A----------A-ACCCGGGGCGTGTC---G-T-TGTATC-------ACAAA-TCTGGCGGCCTAAGTCTTACA--TA-TCGCCAGTGCAA--TA-AAGTTACACATGCACTTTTGAACACTAATCCATGC---TATTTG--CCAGAA-TAATCAAG-TCATCAGGG--GGTCTAATAAAAATTAGGAGGACCGAG-AT
gi|7                          :                                                                                                                                     acaGGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-C--G-A-AACT-----C-T-C-GTAT---AC-CATAA-A--TA-A--GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--T-CC------AAGAC-GAAA--A--CTACC--A------T-----------TC-GCT----C--AAACGCCT-A-AAAA---------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAA-T---GCG---TAA-TC-TACC--TA-TCG-CAGTGC-A--TA-AAG-TA---ATGC---TTGA-GC-----TTCAT-T--GCA--CG--CC-GAATT-TTCAAG-TCA-CA--G--GGTCT--TAAAA---AG-----CCGAG-ATAT---CTCATC-ATTTTA-AGTGATTTCGCC---TTTATTTTACTTCGGACATTTAT--C----------CGGTCCAGGTAAC-CC-----------G-TGGGTT--TTC---CCCTC-TGCACA-GC-A-GC--GAA--ATC--Cta
gi|8                          :                                                                                                                                       caGGGCTAA--GCACG----TTCTGAT-TC-G-A-AACT-----CCTGC-GTA----ACACATAA-A--TATAA-GAA--AG-GGGTCGAA--CTCC--TACC------AAGAC-GAAA--A-ACTACC-CATTTG--C-----------TC-GCT---TC--AAA-GCCTAA-AAA----------A-TCA--AAA-A----------C-G------------C---G-T-T---TC-------A-AAATT---GCG---TAA-TC-TACA--TA-T-G-CAGTGC-ACCTA-AAG-TA---ATG----TTTG-AC-----TTCATGC--ACG--CG---C-GAA-T-TTCAAGTTCA-CAG-G--GGTCT--T-AAA--TAG-----CCGAG-AT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttttatcaaatatttaccctctttatccagttgcacaa--CAGATAA------GTGGGA--CACAAATCATA---ATTGCACGG-AATT-----------AAGT--------A----ACTT-G----CTCATATTTCAATAAAGTT-ATCTATGT--ATGCT---AT-ATCCG-AGTTTTT---ATTCTGCAA