lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 55555555555555 11111111 222222222 5555555555555555555 11111 11111 1 22222222 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 33333333333 2222 1111 33
lowQualScore : 3 5 66 9999 99999999999999 55 777 44444444 4 4 55 99 0 666666666 55 4 8888 66 1111111111111111111 1 2 66 777 4 0 3 2 4 77 66 88 66 888 0 22222 888 99999 1 5 8 5 9999 2 33333333 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77777 3 444444 77777777777 888 9 5 5 0 0000 0 7 5 4444 1 8 8 77
lowQualScore : . . .. .... .............. .. ... ........ . . .. .. . ......... .. . .... .. ................... . . .. ... . . . . . .. .. .. .. ... . ..... ... ..... . . . . .... . ........ .... ....................................................................... ..... . ...... ........... ... . . . . .... . . . .... . . . ..
lowQualScore : 5 5 99 4444 77777777777777 55 000 55555555 0 0 55 55 9 888888888 55 0 5555 11 3333333333333333333 1 3 11 888 4 1 4 3 3 66 99 22 99 888 1 55555 888 44444 0 0 8 0 4444 1 55555555 5555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 5 444444 99999999999 888 4 0 0 1 0000 1 6 1 6666 7 0 0 22
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTA--AAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTT--GTCGT-AGTTCTA--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT--GCG----A----GTG--T-GTG----T--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AACC-CATGAGATTTTCTGNATACCT-----TCACGGTCACTCAGA------CG--------T-AA-----ACTA---TG---AAC---T-----A--CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATGTAGCGTGAGTG-T-TTA-NTGTGTTGAG
Reference ( gi|4 ) : AGTTGCTGTTTATTTTTA--AAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTG-GTCGTTAGTTGTA--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT--GCG----A----GTG--T-GTG----T--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AATC-CATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTCGCTCAGA------TA--------T-AC-----ACTAT--TG---AAC---T-----A--CTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATGTAGTGTGAGTG-T-TTATTTGTGTTGAG
gi|8 : AGCTGCTGTTTACTAT-A--AAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GTCGTAAGTTCTA--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT--GCG----------TG--T-GTG----T--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----G-----------ATGT-----GTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGT-----CG---CATTTTTTTTTTTAT-AACC-CATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTCACTCAGA------AG--------T-AC-----ACTAA--TC---TAC---G-----AT-CTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|7 : cacAGCTGCTGTTTATTTATA--AAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTATTT-----------TGTAAAT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT--GTG----C----GTG--T-ATT----T--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TCCCGT-----CATCCCA-----TTTTTTAT-AAACACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTCAATCAGA-------G--------T-AA-----ACGA--------AAC---T-----A--C----------------------------AAAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATC-AAT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|2 : cAGCTGCTGTTTACTAT-A--AAGATGATTAACAGC----GAGCGCTATTT----TGAAAATCCTA--T---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN--NNN----N----NNN--N-NNN----N--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTACACTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTCCCAC-----CG---CA-----TTTTGGAG-AAAC-CATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTCATTCAGAGAAGTCCA--------TGAA-----ACTAC--TGTATAATATAT-----AAACTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATGTAGTGCGAATG-T-TT
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-A--AAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTATT---------------A--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT--GCG----A----GTG--T-GTG----TGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTGA-TGGTTGTTGACCTTTAAACTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AACC-AATtatattaa
gi|10 : cAGCTGCTATTTATTTATA--AAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GTTGTGAGTTCTG--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT--G------------TG--T-GTG----T--GTGTGTGTTACTAAAATAGTACG----G--G------------T--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|15 : cgcGCTGCTGTTTACTTT-A--AAGC------GCAGC----AAGCGCTATT-----------TTGT--------------------CGCA-AGT-CAATCGACTA-CGTGTGT--GCG----A----GTG--T-GTG----
gi|5 : TTATTTTTA--AAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTATTTTTGTCGTTAGTTCTA--T---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT--GTGCGAGA----GTGGGT-GTG----T--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTGA-TGT--ATCGACCTTTGAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTCCCGC-----CG---CATT---TTTTTTAT-AACC-CATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTCACTCAGA------GAAGTTGTGGT-ACATTAAACTATAATA---TAC---TCATAAA--CTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|11 : cTATTTTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTATTTA-GTA---AATCCTA--T---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-C--ATGTATGCG----AAT--GTG--T-GTGTTTCT--AACTA--------------CATG------TGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTGA-TGTT
gi|3 : gcgacGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTATTTA-GTCATT---CCTA--T---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT--GCG----AATATGTG--T-GTG----T--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTG-------CTAAACTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT--AAGA--TCA---ATTATCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AACC-CATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGA----TTAAC------TT--------T-AA-----ACTA---TG---ATA---TAA---A--CTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AAT-----TTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATGTAGTGTGAGTG-TATTA--TGTGTTG
gi|1 : TTTG-TGCGTAAGTTCTA--TAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTT-GTG----T----GTG--TTGTG----T--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----G----ATA--TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATGTT-GTCGACTGTTGAACCTAA-TCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GCA----TTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGATAAACC-CATGAG-TTTCCTGTATA-----------------CTGAAG------TA-----------------ACTGT--T----AAC---T-----A--C-GAATAT----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTATT-TATTGGATGAATTA-TTTCATTGGTGGCGT------AATTG-TGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|6 : CCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTCCCGC-----CG---TA-----TTTTTTAT-AACC-CATGAGACTTCCTTTATAtagccgcgcccgtgttttatgtggttggcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn-----A--CTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATGTGGCATGAGTG-T-TTA-TTGTGTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|12 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATGTAACATGAGTG-T-TTA-ATGTGTT
gi|9 : ------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATGTACCGTGAGTGTT-TTATGTGTTTTGAGatgagag
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 11111111 11 222222222 11111 11111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 111111 33333333333 111 1111 11
lowQualScore : 7 8888 3 2222222222222222 666 33333333 3 3 00 3 333333333 55 3 55 0 999 8888 4 3 55 777 4 5 0 2 44 66 66 66 777 11111 777 77777 2 8 55 1 33 44444 1 5 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 0000 5 3 5 555 1 222222 22222222222 777 4 4 000 1 1111 0 5 5 77 5 44 6
lowQualScore : . .... . ................ ... ........ . . .. . ......... .. . .. . ... .... . . .. ... . . . . .. .. .. .. ... ..... ... ..... . . .. . .. ..... . . . .................................................. . . .... . . . ... . ...... ........... ... . . ... . .... . . . .. . .. .
lowQualScore : 3 5555 6 0000000000000000 444 22222222 6 6 00 6 777777777 00 6 55 9 666 5555 7 6 55 000 0 0 9 5 22 11 33 11 888 11111 888 22222 1 9 66 0 77 33333 7 7 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 6666 0 1 0 111 7 888888 66666666666 888 4 4 111 9 6666 4 7 7 99 7 22 7
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTCGACCTTTAAA-CTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTC-----CCGCCG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAGA-------G--------T-AAACTA-TG---A---AC---T-----A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGT-TTA-ATGT-GTTGAG
Reference ( family-3246 ) : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTCGACCTTTAAA-CTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTC-----CCGCCG---CA-----TTTTTTAT-AACCCATGAGATTTTCTGNATACCT-----TCACGGTC-ACTCAGA------CG--------T-AAACTA-TG---A---AC---T-----A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGTG--AGTGT-TTA-NTGT-GTTGAG
gi|1 : -TTT--G-TGCGT-AAG-TTCTATAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTTGTG----T----GTG--TTGTGT--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----GATA------TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATG-TTGTCGACTGTTGAACCT--AATCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GC----ATTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGATAAACCCATGAG-TTTCCTGTATAC-------TGA-AGTA-ACT-----------G--------T-TAACTA-CG---A---A----T-----A-----------T----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTA-TTTATTGGATGAATTA-TTTCATTGGTGGCGT------AATTG-TGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTTAGCCGCGCCCGTGT-TTT-ATGTGGTTG
gi|10 : AGCTGCTATTTATTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-TGTGA-G-TTCTGT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GTG----T----GTG--T-GTGT--G--T--GTTACTAAAATAGTACG----GG--------------T--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTCGACgcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|11 : cgcCTATTT--TTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTA-TTT--A----GT-A-AATCCTAT---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-CATGTAT-GCG----AAT--GTG--T-GTGT--TTCTA------------ACTACA----TGTGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTG-ATGTT
gi|12 : gcgaAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATG-TAA-CATG--AGTGT-TTA-ATGT-GTT
gi|15 : GCTGCTGTTTAC-TTTAAAGC------GCAGC----AAGCGCTATTTT--G-T-CGC-A------------------------------AGT-CAATCGACTA-CGTGTGT-GCG----A----GTG--T-GTGatgagag
gi|2 : AGCTGCTGTTTACTAT-AAAGATGATTAACAGC----GAGCGCTA-TTT----T-GAA-A-A-TCCTAT---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN-NNN----N----NNN--N-NNNN--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTG-ATGTTTGTCGACCTTTACA-CTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTC-----CCACCG---CA-----TTTTGGAG-AAACCATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTC-ATTCAGAGAAGTCCA--------TGAAACTACTGTATA---ATATAT-----AAA--CTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGCG--AATGT-TT
gi|3 : cGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTA-TTTA-G-T-CAT-----TCCTAT---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT-GCG----AATATGTG--T-GTGT--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTG-------CTAAA-CTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT--AAGA--TCA---ATTA-----TCGCCG---CA-----TTTTTAAT-AACCCATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGATTAACTT-------------------T-AAACTA-TG---A---TA---TAA---A----CTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AA-----TTTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTATTA--TGT-GTTGtatattaa
gi|4 : AGTTGCTGTTTATTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--GGT-CGTTA-G-TTGTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTTGACCTTTAAA-CTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTC-----CCGCCG---CA-----TTTTTAAT-AATCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-GCTCAGA------TA--------T-ACACTATTG---A---AC---T-----A----CTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGT-TTATTTGT-GTTGAGtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|5 : TTATTTTTAAAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTA-TTTTTG-T-CGTTA-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT-GTGCGAGA----GTGGGT-GTGT--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTG-ATGT--ATCGACCTTTGAA-CTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTC-----CCGCCG---CATT---TTTTTTAT-AACCCATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTC-ACTCAGAGAAGT-TGTGGTACATT-AAACTA-TA---ATATAC---TCATAAA----CTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-AAAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTA-TT-------------------AT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGTGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTG-ATGGTTGTTGACCTTTAAA-CTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTC-----CCGCCG---CA-----TTTTTTAT-AACCAAT
gi|6 : cCCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTC-----CCGCCG---TA-----TTTTTTAT-AACCCATGAGACTTCCTTTATAncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn--------T-AACCCA-TG---A---G----------A----CTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TGG-CATG--AGTGT-TTA-TTGT-GTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|7 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttaAGCTGCTGTTTATTTATAAAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTA-TTT------TGT-A-A-----AT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT-GTG----C----GTG--T-ATTT--AACTAAG--------ATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTCGACCTTTAAA-CTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TC-----CCGTCATCCCA-----TTTTTTATAAACACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTC-AATCAGA-------G--------T-AAACGA------A---AC---T-----A----C----------------------------AAAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATC-AAT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|8 : cAGCTGCTGTTTACTAT-AAAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-CGT-AAG-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----------TG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATG----------------TGTCCAGTCAC---GTG-ATGTTTGTTGACCTTTAAA-CTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTC-----CCGTCG---CATTTTTTTTTTTAT-AACCCATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTC-ACTCAGA------AG--------T-ACACTA------A---TC---T-----ACGATCTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|9 : cac------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAC-CGTG--AGTGT-TTT-ATGT-GTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 11111111 11 222222222 11111 11111 11111 333333333333333333 11 6666666666666666666666666666 1111 111111 33333333333 111 1111 11
lowQualScore : 7 8888 3 2222222222222222 666 33333333 3 3 00 3 333333333 55 3 55 0 999 8888 4 3 55 777 4 0 2 44 66 66 66 777 11111 777 77777 1 8 55 0 33 44444 1 5 1 444444444444444444 00 6666666666666666666666666666 0 3 0000 5 3 5 555 1 222222 22222222222 777 4 4 000 1 1111 0 5 5 1 77 11 5
lowQualScore : . .... . ................ ... ........ . . .. . ......... .. . .. . ... .... . . .. ... . . . .. .. .. .. ... ..... ... ..... . . .. . .. ..... . . . .................. .. ............................ . . .... . . . ... . ...... ........... ... . . ... . .... . . . . .. .. .
lowQualScore : 3 5555 6 0000000000000000 444 22222222 6 6 00 6 777777777 00 6 55 9 666 5555 7 6 55 000 0 9 5 22 11 33 11 888 11111 888 22222 0 9 66 8 77 33333 7 7 4 555555555555555555 11 9999999999999999999999999999 1 0 6666 0 1 0 111 7 888888 66666666666 888 4 4 111 9 6666 4 7 7 4 99 66 7
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTTN-ATGT-GTTGAG
Reference ( family-3246 ) : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTTA-ATGT-GTTGAG
gi|1 : -TTT--G-TGCGT-AAG-TTCTATAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTTGTG----T----GTG--TTGTGT--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----GATA------TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATGTT-GTCGACTGTTGAACCTAA-TCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GCA----TTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGATAAACCCATGAG-TTTCCTGTATAC-------TGA-AGTA-ACT------G--------------TTAACTA-CGA---A-----T-------------A-----------T----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTA-TTTATTGGATGAATTA-TTTCATTGGTGGCGT------AATTG-TGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTTAGCCGCGCCCGTGTTTT-ATGTGGTTG
gi|10 : AGCTGCTATTTATTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-TGTGA-G-TTCTGT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GTG----T----GTG--T-GTGT--G--T--GTTACTAAAATAGTACG----GG--------------T--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACgcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|11 : cgcCTATTT--TTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTA-TTT--A----GT-A-AATCCTAT---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-CATGTAT-GCG----AAT--GTG--T-GTGT--TTCTA------------ACTACA----TGTGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTGA-TGTT
gi|12 : gcgaAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATG-TAA-CATG--AGTGTTTA-ATGT-GTT
gi|15 : GCTGCTGTTTAC-TTTAAAGC------GCAGC----AAGCGCTATTTT--G-T-CGC-A------------------------------AGT-CAATCGACTA-CGTGTGT-GCG----A----GTG--T-GTGatgagag
gi|2 : AGCTGCTGTTTACTAT-AAAGATGATTAACAGC----GAGCGCTA-TTT----T-GAA-A-A-TCCTAT---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN-NNN----N----NNN--N-NNNN--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTACACTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTCCCAC-----CG---CA-----TTTTGGAG-AAACCATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTC-ATTCAG-A-G--------------AAGTCCA-TGA---AACTACTGTATAATATATAAA----CTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGCG--AATGTTTT-ATAT-
gi|3 : cGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTA-TTTA-G-T-CAT-----TCCTAT---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT-GCG----AATATGTG--T-GTGT--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTG-------CTAAACTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT--AAGA--TCA---ATTATCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AACCCATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGATTAACTT--------------------TAAACTA-TGA---T----ATAA-----------A----CTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AA-----TTTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTATT-ATGT-GTTGtaa
gi|4 : AGTTGCTGTTTATTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--GGT-CGTTA-G-TTGTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AATCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-GCTCAG-ATA--------------TACACTATTGA---A----CT-------------A----CTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTTTATTTGT-GTTGAGtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|5 : TTATTTTTAAAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTA-TTTTTG-T-CGTTA-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT-GTGCGAGA----GTGGGT-GTGT--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTGA-TGT--ATCGACCTTTGAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTCCCGC-----CG---CATT---TTTTTTAT-AACCCATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTC-ACTCAG-A-GAAGTTGTGGTACATTAAACTA-TAATATA----CTCATAA--------A----CTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-AAAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTA-TT-------------------AT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGTGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTGA-TGGTTGTTGACCTTTAAACTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AACCAAT
gi|6 : cCCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTCCCGC-----CG---TA-----TTTTTTAT-AACCCATGAGACTTCCTTTATAncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn--------------TAACCCA-TGA---G-------------------A----CTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TGG-CATG--AGTGTTTA-TTGT-GTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|7 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttaAGCTGCTGTTTATTTATAAAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTA-TTT------TGT-A-A-----AT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT-GTG----C----GTG--T-ATTT--AACTAAG--------ATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TCCCGT-----CATCCCA-----TTTTTTATAAACACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTC-AATCAG-A-G--------------TAAACGA---A---A----CT-------------A----C----------------------------AAAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATC-AAT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|8 : cAGCTGCTGTTTACTAT-AAAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-CGT-AAG-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----------TG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATG----------------TGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGT-----CG---CATTTTTTTTTTTAT-AACCCATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTC-ACTCAGAA-G--------------TACACTA---A---T----CT-------------ACGATCTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|9 : cac------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAC-CGTG--AGTGTTTT-ATGT-GTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 11111111 11 222222222 11111 11111 11111 333333333333333333 11 6666666666666666666666666666 1111 111111 33333333333 111 1111
lowQualScore : 7 8888 3 2222222222222222 666 33333333 3 3 00 3 333333333 55 3 55 0 999 8888 4 3 55 777 4 0 2 44 66 66 66 777 11111 777 77777 1 8 55 0 33 44444 1 5 1 444444444444444444 00 6666666666666666666666666666 0 3 0000 5 3 5 555 1 222222 22222222222 777 4 4 000 1 1111 0 5 5 1 77 66 5
lowQualScore : . .... . ................ ... ........ . . .. . ......... .. . .. . ... .... . . .. ... . . . .. .. .. .. ... ..... ... ..... . . .. . .. ..... . . . .................. .. ............................ . . .... . . . ... . ...... ........... ... . . ... . .... . . . . .. .. .
lowQualScore : 3 5555 6 0000000000000000 444 22222222 6 6 00 6 777777777 00 6 55 9 666 5555 7 6 55 000 0 9 5 22 11 33 11 888 11111 888 22222 0 9 66 8 77 33333 7 7 4 555555555555555555 11 9999999999999999999999999999 1 0 6666 0 1 0 111 7 888888 66666666666 888 4 4 111 9 6666 4 7 7 4 99 77 7
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
Reference ( family-3246 ) : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-NATGT-GTTGAG
gi|1 : -TTT--G-TGCGT-AAG-TTCTATAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTTGTG----T----GTG--TTGTGT--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----GATA------TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATGTT-GTCGACTGTTGAACCTAA-TCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GCA----TTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGATAAACCCATGAG-TTTCCTGTATAC-------TGA-AGTA-ACT------G--------------TTAACTA-CGA---A-----T-------------A-----------T----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTA-TTTATTGGATGAATTA-TTTCATTGGTGGCGT------AATTG-TGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTTAGCCGCGCCCGTGTTT-TATGTGGTTG
gi|10 : AGCTGCTATTTATTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-TGTGA-G-TTCTGT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GTG----T----GTG--T-GTGT--G--T--GTTACTAAAATAGTACG----GG--------------T--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACgcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|11 : cgcCTATTT--TTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTA-TTT--A----GT-A-AATCCTAT---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-CATGTAT-GCG----AAT--GTG--T-GTGT--TTCTA------------ACTACA----TGTGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTGA-TGTT
gi|12 : gcgaAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATG-TAA-CATG--AGTGTTT-AATGT-GTT
gi|15 : GCTGCTGTTTAC-TTTAAAGC------GCAGC----AAGCGCTATTTT--G-T-CGC-A------------------------------AGT-CAATCGACTA-CGTGTGT-GCG----A----GTG--T-GTGatgagag
gi|2 : AGCTGCTGTTTACTAT-AAAGATGATTAACAGC----GAGCGCTA-TTT----T-GAA-A-A-TCCTAT---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN-NNN----N----NNN--N-NNNN--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTACACTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTCCCAC-----CG---CA-----TTTTGGAG-AAACCATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTC-ATTCAG-A-G--------------AAGTCCA-TGA---AACTACTGTATAATATATAAA----CTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGCG--AATGTTT-TATAT-
gi|3 : cGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTA-TTTA-G-T-CAT-----TCCTAT---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT-GCG----AATATGTG--T-GTGT--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTG-------CTAAACTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT--AAGA--TCA---ATTATCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AACCCATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGATTAACTT--------------------TAAACTA-TGA---T----ATAA-----------A----CTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AA-----TTTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTAT-TATGT-GTTGtaa
gi|4 : AGTTGCTGTTTATTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--GGT-CGTTA-G-TTGTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AATCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-GCTCAG-ATA--------------TACACTATTGA---A----CT-------------A----CTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTTTATTTGT-GTTGAGtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|5 : TTATTTTTAAAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTA-TTTTTG-T-CGTTA-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT-GTGCGAGA----GTGGGT-GTGT--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTGA-TGT--ATCGACCTTTGAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTCCCGC-----CG---CATT---TTTTTTAT-AACCCATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTC-ACTCAG-A-GAAGTTGTGGTACATTAAACTA-TAATATA----CTCATAA--------A----CTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-AAAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTA-TT-------------------AT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGTGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTGA-TGGTTGTTGACCTTTAAACTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AACCAAT
gi|6 : cCCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTCCCGC-----CG---TA-----TTTTTTAT-AACCCATGAGACTTCCTTTATAncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn--------------TAACCCA-TGA---G-------------------A----CTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TGG-CATG--AGTGTTT-ATTGT-GTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|7 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttaAGCTGCTGTTTATTTATAAAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTA-TTT------TGT-A-A-----AT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT-GTG----C----GTG--T-ATTT--AACTAAG--------ATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TCCCGT-----CATCCCA-----TTTTTTATAAACACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTC-AATCAG-A-G--------------TAAACGA---A---A----CT-------------A----C----------------------------AAAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATC-AAT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|8 : cAGCTGCTGTTTACTAT-AAAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-CGT-AAG-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----------TG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATG----------------TGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGT-----CG---CATTTTTTTTTTTAT-AACCCATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTC-ACTCAGAA-G--------------TACACTA---A---T----CT-------------ACGATCTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|9 : cac------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAC-CGTG--AGTGTTT-TATGT-GTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444 11111111 11 222222222 11111 11111 11111 333333333333333333 11 6666666666666666666666666666 1111 111111 33333333333 111 1111
lowQualScore : 7 8888 3 2222222222222222 666 33333333 3 3 00 3 333333333 55 3 55 0 999 8888 4 3 55 777 4 0 2 44 66 66 66 777 11111 777 77777 1 8 55 0 33 44444 1 5 1 444444444444444444 00 6666666666666666666666666666 0 3 0000 5 3 5 555 1 222222 22222222222 777 4 4 000 1 1111 0 5 5 1 77 5 5
lowQualScore : . .... . ................ ... ........ . . .. . ......... .. . .. . ... .... . . .. ... . . . .. .. .. .. ... ..... ... ..... . . .. . .. ..... . . . .................. .. ............................ . . .... . . . ... . ...... ........... ... . . ... . .... . . . . .. . .
lowQualScore : 3 5555 6 0000000000000000 444 22222222 6 6 00 6 777777777 00 6 55 9 666 5555 7 6 55 000 0 9 5 22 11 33 11 888 11111 888 22222 0 9 66 8 77 33333 7 7 4 555555555555555555 11 9999999999999999999999999999 1 0 6666 0 1 0 111 7 888888 66666666666 888 4 4 111 9 6666 4 7 7 4 99 7 7
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
Reference ( family-3246 ) : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
gi|1 : -TTT--G-TGCGT-AAG-TTCTATAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTTGTG----T----GTG--TTGTGT--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----GATA------TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATGTT-GTCGACTGTTGAACCTAA-TCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GCA----TTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGATAAACCCATGAG-TTTCCTGTATAC-------TGA-AGTA-ACT------G--------------TTAACTA-CGA---A-----T-------------A-----------T----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTA-TTTATTGGATGAATTA-TTTCATTGGTGGCGT------AATTG-TGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTTAGCCGCGCCCGTGTTT-TATGTGGTTG
gi|10 : AGCTGCTATTTATTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-TGTGA-G-TTCTGT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GTG----T----GTG--T-GTGT--G--T--GTTACTAAAATAGTACG----GG--------------T--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACgcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|11 : cgcCTATTT--TTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTA-TTT--A----GT-A-AATCCTAT---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-CATGTAT-GCG----AAT--GTG--T-GTGT--TTCTA------------ACTACA----TGTGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTGA-TGTT
gi|12 : gcgaAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATG-TAA-CATG--AGTGTTT-AATGT-GTT
gi|15 : GCTGCTGTTTAC-TTTAAAGC------GCAGC----AAGCGCTATTTT--G-T-CGC-A------------------------------AGT-CAATCGACTA-CGTGTGT-GCG----A----GTG--T-GTGatgagag
gi|2 : AGCTGCTGTTTACTAT-AAAGATGATTAACAGC----GAGCGCTA-TTT----T-GAA-A-A-TCCTAT---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN-NNN----N----NNN--N-NNNN--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTACACTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTCCCAC-----CG---CA-----TTTTGGAG-AAACCATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTC-ATTCAG-A-G--------------AAGTCCA-TGA---AACTACTGTATAATATATAAA----CTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGCG--AATGTTT-TATAT-
gi|3 : cGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTA-TTTA-G-T-CAT-----TCCTAT---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT-GCG----AATATGTG--T-GTGT--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTG-------CTAAACTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT--AAGA--TCA---ATTATCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AACCCATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGATTAACTT--------------------TAAACTA-TGA---T----ATAA-----------A----CTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AA-----TTTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTAT-TATGT-GTTGtaa
gi|4 : AGTTGCTGTTTATTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--GGT-CGTTA-G-TTGTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AATCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-GCTCAG-ATA--------------TACACTATTGA---A----CT-------------A----CTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTTTATTTGT-GTTGAGtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|5 : TTATTTTTAAAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTA-TTTTTG-T-CGTTA-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT-GTGCGAGA----GTGGGT-GTGT--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTGA-TGT--ATCGACCTTTGAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTCCCGC-----CG---CATT---TTTTTTAT-AACCCATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTC-ACTCAG-A-GAAGTTGTGGTACATTAAACTA-TAATATA----CTCATAA--------A----CTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-AAAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTA-TT-------------------AT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGTGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTGA-TGGTTGTTGACCTTTAAACTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AACCAAT
gi|6 : cCCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTCCCGC-----CG---TA-----TTTTTTAT-AACCCATGAGACTTCCTTTATAncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn--------------TAACCCA-TGA---G-------------------A----CTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TGG-CATG--AGTGTTT-ATTGT-GTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|7 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttaAGCTGCTGTTTATTTATAAAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTA-TTT------TGT-A-A-----AT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT-GTG----C----GTG--T-ATTT--AACTAAG--------ATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TCCCGT-----CATCCCA-----TTTTTTATAAACACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTC-AATCAG-A-G--------------TAAACGA---A---A----CT-------------A----C----------------------------AAAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATC-AAT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|8 : cAGCTGCTGTTTACTAT-AAAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTT-G-T-CGT-AAG-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----------TG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATG----------------TGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGT-----CG---CATTTTTTTTTTTAT-AACCCATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTC-ACTCAGAA-G--------------TACACTA---A---T----CT-------------ACGATCTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|9 : cac------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAC-CGTG--AGTGTTT-TATGT-GTT
blockSeqs : T CAGC T TTGTCGTTAGTT . ATCGACTA . G AT . AATAT GG . GT AAA TTCG A A . . . T AC TC AA CT TGT . TCC TTTTT G A TA CC GAAAG C A A AGAAGTTGTGGTACAT TT AACTACTGTATAATATATAAA A ATAA G A A TA A ATTTAT ATTTGTTG CAC . . TGT A GCA . . T . A .
blockSeqs : T . . TGTTGTGAGTT . . . . GT . CGAGA . . . AAT . G A . . . T GT . A . . . . TT A . TA TC . C . A ATA T TATACTCATAAA A . . A . CC A . ATTTG . . . TGT A GC . . C . . .
blockSeqs : T . . GGTCGTTAGTT . . . . . . AAT . . . AGA . A A . . . G GT . A . . . . . A . TT CC . C . A AAG T TCTACGAT C . . C . C T . A . . . TGT A GC . . T . . .
blockSeqs : T . . TGTCGTAAGTT . . . . . . T . . . AGA . A T . . . G GT . A . . . . . T . CT CC . T . A AG T TATAAA A . . A . C A . G . . . TGT C A . . T . . .
blockSeqs : T . . AGTAAATC . . . . . . A . . . AGA . A T . . . G AT . A . . . . . T . TT C . C . A AG T ACTA C . . A . C A . G . . . TGT C A . . T . . .
blockSeqs : . . . TGAAAATC . . . . . . N . . . A . A T . . . G AT . A . . . . . T . T . . T . . . . ACTA A . . A . C . . A . . . . C A . . T . . .
blockSeqs : . . . AGTCATTC . . . . . . A . . . . . A T . . . G . . . . . . . . T . . . GA . . . . . . . G . . . . T A
blockSeqs : . . . GTCGCA . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A
blockSeqs : . . TGTAA . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TGTCGTAAGTC***** *** ** *** GT ***** CC AG**************** TCTAAA********************** G********** TGT **
originalCons : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTT--G-T-CGT-A-G-TTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAG-A-G--------------TAAACTA-TGA---A----CT-------------A----CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
finalCons : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTA-TTTTGTCGTAAGTC-----CTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AACCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTC-ACTCAGAG----------------TAAACTA-TGATCTAAA----------------------CTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTG----------TAT---TTTATTTTATT-GAT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 11 222222222 11111 11111 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 111111 33333333333 1111
lowQualScore : 2 8888 55 99999 2 6 666 33333333 3 3 00 3 333333333 55 3 55 0 999 8888 4 3 55 777 4 0 0 2 44 66 4 888 777 11111 777 77777 1 4 4 55 0 33 44444 1 5 1 666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 5 3 5 555 1 222222 22222222222 777 3 4 4 7 1 1 1111 0 5 5 1 77 5 5
lowQualScore : . .... .. ..... . . ... ........ . . .. . ......... .. . .. . ... .... . . .. ... . . . . .. .. . ... ... ..... ... ..... . . . .. . .. ..... . . . ................................................ .... . . . ... . ...... ........... ... . . . . . . .... . . . . .. . .
lowQualScore : 8 5555 88 66666 0 4 444 22222222 6 6 00 6 777777777 00 6 55 9 666 5555 7 6 55 000 0 9 9 5 22 11 4 000 888 11111 888 22222 0 4 4 66 8 77 33333 7 7 4 333333333333333333333333333333333333333333333333 6666 0 1 0 111 7 888888 66666666666 888 7 4 4 3 9 9 6666 4 7 7 4 99 7 7
consensus : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GT-CGTAAGTTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AA-CCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTCA-CTCAG-A-G--------------T-AAACTA-TG------AT---C---TA--AACTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
Reference ( family-3246 ) : AGCTGCTGTTTACTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GT-CGTAAGTCCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTNAT-AA-CCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTCA-CTCAG-A-G--------------T-AAACTA-TG------AT---C---TA--AACTTCATTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTTTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-CGCG--AGTGTTT-TATGT-GTTGAG
gi|1 : TTT-GTGCGTAAGTTCTATAATTGGCG--------CGCGC-GCGCGCGCG-----C--GTGTTGTG----T----GTG--TTGTGT--AACTAA-ATGGTAAGATAGTACG----GATA------TTGTGTTCCATGTCCAGCTGCATAGTGAATGTT-GTCGACTGTTGAACCTAA-TCAATAT-CATG----CACCTC--AC-CATAT-AAAAA--GCA----TTCCCGCGCCGCCG---CA-----TTTTTGAT-AAACCCATGAG-TTTCCTGTATAC-------TGA-AGTAA-CT------G--------------T-TAACTA-CG------A------------------ATAT----ATAC-T-TATT-A-C-TGGAGTGCTGGTAAG------ATTT-------AGATTAT---TCTATTT-ATTGGATGAATTATTT-CATTGGTGGCGTAAT------TGT-GTGTTATTTGTAATGCCAATGTATGT--GAATGT--A-AATGTCT--ATG-CTG-TTAAATGTTAGCCGCGCCCGTGTTT-TATGTGGTTG
gi|10 : AGCTGCTATTTATTTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GT-TGTGAGTTCTGT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GTG----T----GTG--T-GTGT--G--T--GTTACTAAAATAGTACG----GG--------------T--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACgcacgagacgtttgtgtgtttttctttagtttctccttccatatcacattgaataaattaatacgaacacacagcccgacgtttttttgtagttttaagattttttgaccctgtgaattatttttaa
gi|11 : cgcCTATTT--TTATAAAGTTGTTTAGCAGC----GAACCCTATTT-----AGTAAATCCTAT---TGAGG--------CGTATAGC-CAATCGACTA-CATGTAT-GCG----AAT--GTG--T-GTGT--TTCTA------------ACTACA----TGTGAATGGTTTAAGTT--ATGTCTAGTCAC---GTGA-TGTT
gi|12 : gcgaAG------ATTT-------A---TAT---TTTATTCTATTG-AT-AATTATTTTCAATGTTGGCATATTCTAAAA---TGTATTATTTGTAATGCCAATGTATGTTTAAATGT--GCGATGTCTAAATGTCTATTTAAATG-TAA-CATG--AGTGTTT-AATGT-GTT
gi|15 : GCTGCTGTTTACTTT-AAAGC------GCAGC----AAGCGCTATTTT-GT-CGCAAGT------------------------------CAATCGACTA-CGTGTGT-GCG----A----GTG--T-GTGatgagag
gi|2 : AGCTGCTGTTTACTAT-AAAGATGATTAACAGC----GAGCGCTATTTT-GA----AAATCCTAT---TGGCAATCGACTACNNNNNNN-NNNNNNNNNN-N--NNNN-NNN----N----NNN--N-NNNN--AACTAAGATAGTAAATTAATACT----GATGGATGGTTTAAGTT--ATATTCAGTCAT---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTACACTGAAATTAATATTCAT--ACTCACCTCTCACTCATAT-AAAAACTACATGTATTCCCAC-----CG---CA-----TTTTGGAG-AA-ACCATGAGGTAATCTGAACA--T-----TCACGGTCA-TTCAG-A-GAAGTCCA-------TGAAACTACTGTATAATAT---A---TA--AACTTCATTT----ACATGTATATT-A-TATGAA---CTGGTAAG------ATTTATTTGTTG---TAT---TTCATTTTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTGTCATATTCTAAAATGTTGTGTTATTTGTAATACCAATGTATGTTGAAATGC--GCAATTTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGCG--AATGTTT-TATAT-
gi|3 : cGTTGTTTAGCAGCCAGCGAACGCTATTTA-GT-CAT---TCCTAT---TGGGG--------CGCATAGC-CAATCGACTAGT--GTGT-GCG----AATATGTG--T-GTGT--AACTAAGACAGTAAGATAGTACGTTCGGATTAATGGTTTAAGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGC-------TAAACTGATATTGATATTCATACACTCACCTC--ACTCATAT-AAGA---TCA---ATTATCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AA-CCCATGAAATATTCTGAAT--CT-----TCACGATTAACTT--------------------T-AAACTA-TG------AT---A---TA--AACTTAATTT----ACAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGT--G------ATTT-------------------------------T-AA-----TTTATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTATTTGTAATGCCA----ATGTCGAAATGT--A-AATGTCTTACTGTC--TTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTAT-TATGT-GTTGtaa
gi|4 : AGTTGCTGTTTATTTTTAAAGCTGTTTAGCAGC----GAGCGCTATTTG-GT-CGTTAGTTGTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTATG----GCTGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTAAT-AA-TCCATGAGATTTTCTGTATACCT-----TCACGGTCG-CTCAG-ATA--------------T-ACACTATTG------AA---C---T----ACTTCCTTT----ATAT-TCTATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTT-------G---TAT---TTTATTCTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAGTGTTGTGTTATTTGTACTGCCAACGTATGTTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAG-TGTG--AGTGTTTATTTGT-GTTGAGtgagagttttattaaattattacgaacccacagaccaacgttttgtgtgttgcatttgttggaacctgtgat
gi|5 : TTATTTTTAAAGCTGTATAGCAGC----GAGCGCTATTTTTGT-CGTTAGTTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAAT-AACTA-C--GTGT-GTGCGAGA----GTGGGT-GTGT--AACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTCATATT--ATGTCCAGTCAA---GTGA-TGT--ATCGACCTTTGAACTGAAATTAATATGCATGTACTCACCTC--ACTC-----AAAAA--GCA---AGTCCCGC-----CG---CATT---TTTTTTAT-AA-CCCATGAGA---TCTGTATATCTGAAAGTCGTGGTCA-CTCAG-A-GAAGTTGTGGTACATT-AAACTA-TA------ATATACTCATA--AACTTCATTC----ATAT-TATATT-ACC-TGGAGTTCTGGTTAGATTTATATTT-------G---TAT---TTTATTTTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAATGT--TGTTATTTGTACTGCCAATATATGCTGAAATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAA
gi|6 : cAGTTGCTGTTTACTTT-AAAGCTGTTTACCAGC----AAGCGCTATT----------------AT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----A----GTG--T-GTGTGTAACTAAGATAGTA--------CG----GATGAATGGTTTATGTT---TGTCCAGTCAC---GTGA-TGGTTGTTGACCTTTAAACTGAAATCAATATGCATGTACTCACCTC--ACTCATAT--AAAA--GCA---ATTCCCGC-----CG---CA-----TTTTTTAT-AA-CCAAT
gi|6 : cCCTC--ACTCATAT-AAAA---GCA---ATTCCCGC-----CG---TA-----TTTTTTAT-AA-CCCATGAGACTTCCTTTATAncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttataacccatgagacttcctttatattatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|6 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatn--------------T-AACCCA-TG------A------------GACTTCCTTT----ATAT-TATATT-A-C-TGGAGTCCTGGTAAG------ATTTATTT---G---TAT---TTTATTTCATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCATATTCTAAAGTGTTGTGTTAATTGTACTGCCAACGTATGTTGATATGT--A-AATGTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TGG-CATG--AGTGTTT-ATTGT-GTTttatattactggagtcctggtaagatttatttgtattttatttcattgataattattttcattggtagcatattctaaagtgttgtgttaattgtactgccaacgtatgttgatatgtaaatgtctaaatgtctgtttaaatgtggcatgagtgtttattgtgtt
gi|7 : cagttgctgtttactttaaagctgtttaccagcaagcgctattattggcgcgcatagccaatcgactacgtgtgcgagtgtgtgtgtaactaagatagtacggatgaatggtttatgtttgtccagtcacgtgatggttgttgacctttaaactgaaatcaatatgcatgtactcacctcactcatataaaagcaattcccgccgcattttttataaccaatncctcactcatataaaagcaattcccgccgtattttttaAGCTGCTGTTTATTTATAAAGCTGTTTAGCAGC----AAGTGCTATTTT-GT----AA-----AT---TGGTG--------CGTATAGC-AAATCGACTA-C--ATGT-GTG----C----GTG--T-ATTT--AACTAAG--------ATAGTACG----GATGAATGGTTTATGTT--ATGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTCGACCTTTAAACTGAAATT-ATATGCATATACTCACCTC--ACTCATATAAAAAA--GCA---A-TCCCGT-----CATCCCA-----TTTTTTATAAA-CACAT-AGA-TTTCTGAATACCT-----TCACGGTCA-ATCAG-A-G--------------T-AAAC----G----------------A--AACTACA-------------------------AAGTCCTGGTAAG------ATTT-------A---TATCACTTTATTTAATCA-AT-AATTCTTTTCATTGGTAGCCTATCCTAAAATGTTCTGTT-TTTATATTGCCAATGTATGTT
gi|8 : cAGCTGCTGTTTACTAT-AAAGCTATTTAGCAGC----GAGCGCTATTTT-GT-CGTAAGTTCTAT---TGGCG--------CGCATAGC-CAATCGACTA-C--GTGT-GCG----------TG--T-GTGT--AACTAAGATAGTAAGATAGTACG----GATG----------------TGTCCAGTCAC---GTGA-TGTTTGTTGACCTTTAAACTGAAATTGATATGCATATACTCACCTC--ACTCATAT-AAAAA--GCA---ATTCCCGT-----CG---CATTTTTTTTTTTAT-AA-CCCATGAGATTCTCTGTATACCT-----TCATGGTCA-CTCAGAA-G--------------T-ACACTA---------AT---C---TACGATCTTCATTTATAAATAT-CATATTAA-C-TGGAGTCCT
gi|9 : cac------ATTT-------G---CAT---TTTATTTTATTG-AT-AATTATTTTCATTGGTAGCGTATTCTAAAA---TGTGTTCTTTGTAACACTGATGCCTATTGAAATGTGCA-AA-GTCTAAATGTCTGTTTAAATG-TAC-CGTG--AGTGTTT-TATGT-GTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTGGTTTCTTTTCCATAAACATTGAATAAATAATACGAACCCATAGACCAACGTTTTGTGTTTTACATTTGTTGGACCCTGCGACATAC
Unaligned ( gi|14 ): TTTCTTTTCCATACATATTAAAATTGCTACGAACCCACAGACCAACGTTTTATATTTTACATTTGTTGGACCCTGCGAT
Unaligned ( gi|16 ): ATACGAATCCAGACCAACGTTTTTGTGTTTTACATTTCTTGGACCCTGCGACA
Unaligned ( gi|17 ): GAACTCACAGAACAACGTTTTGTTTTACATCTGGTGGACCCTGTGACAT