lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 444444444444444444444444 11111 11 1 11111 3333 444444 33333333333333333 111111 999999999999 222 6666666666666 1111111 111111 1 333333 2222 8888888888888888888888888888 22222 2 1 1111 3333333333333333 444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 1 11 111 1
lowQualScore : 5 66666666666 3 999 555 3 55 3 6666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 3 55 88888 4 77 66666 0 333333333333333333333333 44 44 7777 88888 6 77 55 3 4 0 4 8888 5 33333 777 4444 0 7 1 555555 9999 66666666666666666 555555 888888888888 4 0 777 11 77 0 5 888 5 4444444444444 2 6666666 5 666666 8 5 8 888888 4 4444 7777777777777777777777777777 00000 8 0 3 1 3 55 0 8888 5555555555555555 4 55 1 000 1 5 4 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 333 9 11 555 0 88
lowQualScore : . ........... . ... ... . .. . .... .................................................................. .. . .. ..... . .. ..... . ........................ .. .. .... ..... . .. .. . . . . .... . ..... ... .... . . . ...... .... ................. ...... ............ . . ... .. .. . . ... . ............. . ....... . ...... . . . ...... . .... ............................ ..... . . . . . .. . .... ................ . .. . ... . . . . ................................................................................................................................................... . ... . .. ... . ..
lowQualScore : 0 00000000000 3 222 888 1 66 1 5555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 6 00 33333 1 11 00000 7 666666666666666666666666 66 66 1111 44444 7 99 66 9 0 0 0 5555 7 11111 000 0000 1 2 0 666666 4444 88888888888888888 777777 999999999999 4 8 222 77 11 1 2 888 0 4444444444444 8 2222222 0 444444 8 0 0 222222 2 0000 1111111111111111111111111111 00000 0 8 4 4 0 88 2 0000 8888888888888888 8 77 0 000 7 4 0 9 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 222 2 22 777 6 00
consensus : TTCCACAG-CCAT-AGCGTA-AAAATG-CGT---A---ATG-GC-C-AA----AA---------C--A--G--ATT---T--TG---A---CCCC--T--GCGC-T-GG---CCC---C--GG--G-A--GG-----ATAT-CATAN--CATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----GG--GG--AAGTT--G----TATC--CTA-TT--G-TTGTG-AAAATTA-CAA----AGGTCTGCTTTTA----TT---CTGT--AATTCTATAGATCCT--T--AAAATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGANAGCATTTTCCCGGATTTACATACCCTGCAA----A-C-A-ATTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-GATAGGCACACACA---C-AN-TCTCAGGA-CTATCAG-------AAA-GAAA---AA-CTCAACAGAAAGTGACAAAA-GGATAG---GAAAGGT---AAATG---ACTAAA--------G----------AGAAATG-----T-TTCGCGCATACTTCTT-GTGGGAGTGACCCCTGCGCCG--TGGCC--A------TTGGGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGATATTNAACAANAC-------TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGTA-------TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTT-TTT----AAAGGTATTTTT--ATTTAACCCC-TCC--NCCC---C--------------AGC-AGAACA-TT--TTCAAAAATCTCCGGCCG-TCGAAAGGATATAAAAANNCTCAGGA
Reference ( gi|1 ) : TTCCACAG-C-AT-AGTGTG-AAAATG-TGT---A---ATG-GT-C-AA----AA---------C--A--G--ATC---T--TG---A---CTCC--T--GTGC-T-GG---CTC---T--GG--G-A--GG-----ATAT-CATAT--CATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----GG--GG--AAGTT--G----TTTA--CTA-TT--G-TTATG-ACAATTA-CAA----AAGTCTACTTTTA----CT---CT----AATTCTACAGATCTT--TTTAAAATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCATTTTCCCGCGTTTACATACCCTGGAACCCTACC-A-ATTGGACCGGTAT-TAGGTTCTGCTT-GATAGGCACATACA---C-AT-TCCCAGGATCTATTAG-------AAA-GAAA---AACCTCAAGAGACAGTGACAAAA-GAATAG---GAGAGGC---AAATG---ACTAAA--------G----------AGAAATG-----T-TTTGTGCATACTTCTTAGTGGAAATGGTCACTGCGCCG--T-GCC--A------TTGGAAACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGATATTCAACAAAAC-------TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGTA-------TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTT-TTTCTAAAAAGGTATTTTT--ATTTAACCCC-TCC--ACCC---C--------------AGCTAGAACA-TC--TTCAAAACTCTCAAGCCT-TCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGAT
gi|2 : TTCCACAG-CCAT-AGTGTGGAAAATG-TGT---A---ATG-GT-C-AA----AAA--------C--A--G--ATC---T--TG---A---CTCC--T--GTGC-T-GG---CTC---T--GG--G-A--GG-----ATAT-CATAT--CATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----GG--GG--AAGTT--G----TTTA--CTA-TT--G-TTATG-ACAATTA-CAA----AAGTCTACTTTTA----CT---CT----AATTCTACAGATCTT--TTTAAAATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCATTTTCCCGCGTTTACATACCCTGGAACCCTACC-A-ATTGGACCGGTATATAGG-TCTGCTT-GATAGGCACATACA---C-AT-TCC--AGATC-ATTAG-------AAA-GAAA---AACCTCAAGAGACAGTGACAAAA-GAAT-G---GAGAGGC---AAATG---ACTAAA--------G----------AGAAATG-----T-TTTGTGCATACTTC-TAGTGGAAATGGTCACTGCGCCG--T-GCC--A------TTGGAAACTAGAGGGCTAAT-CC--TACTCATTTTGTA-GATATTC-AC-AAAC-------TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGTA--------TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTT-TTTCTAAAAAGGTATTTTT--ATTTAACCCC-TCC--ACCC---C--------------AG-TAGAACA-TC--TTCAAAA-TCTCAAGCTT-TCAAAAGGATAT-AAAAATTTCAGGA
gi|8 : tcctTTCCACAA-C-CTTAACGTG-AAAATG-TGT---A---ATG-GC-C-AA----AA------------ATTG--ATA---TAGTG---AC--CCCC--T--CAGCTT-GG---CCC---C--AGCAG-A--GG-----ATTT-CATAA--CATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----GA--AG--AAGTTCCA----TTT----TA-TC--GCTTGTT-AAAATTA--AA----AAG-----TTCTG-----T---CT----GATT-TATTGATCTTCATATATGATAC----ACATACACA--TAGATTTCATGAAAGCATTTTTCC-----CAAATTCCCTTCAA--------A-ACTGGGTCGATA--TAAGTTCTGCTT-AATAGGC----ACA---C-AG-TCTCAG---CTAC--G-------AAA-GAAA---GA
gi|11 : tcctTTCCATAC-C--C-ATTGTA-AAAATG-CGT---A---ATG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--A---------G---A------C--T--G----T-GG---CCC---TTCCG--C-A--GGTAAATATAT-CATAA--GGTGTTTG--GTATATATCGGAA-----GGAAGGAAAAGTT--G----TATC--CTA-TT--GCCTGTG-AAAATTA-CAA----AGGTGTCATTTTA----TT---CTGTCAAATGCTATAAATCCT--CGT--ATTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTga
gi|3 : TTCCACAG-CCAT-AGCAAA-AATATG-TGTTACA---ATG-GC-C-AA----AA---------C--A------------------------CCC--T--GCCA-T-GG---CCC---TCAGG--G-A--AG-----CT------------TATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----GA--GG--AAGTT--G----TATG--GTA-TT--G----------ATTG----------GTCTACTTTT-----CT---TT----A--------GATCCT--T---GAATACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCATTTT-CTGGATTTACATACCC---------------AGTGTA--GGTTT-TAGCTTTTGTGTAAATAGGCACACATA---C-AA-TC------TATATTAGTGTCCTAAAA-GCAA---AAttccggattgaaa
gi|15 : ttatatccttaatTTCCACAG-CCAT-GGCATA-AATATG-CAT---A---ATA-GC-C-AA----AAACTAATGGTC--A-----ATT---TG-TG---AT--CCCC--T--GCAC-T-GGG--CCC---CAGGG--G-A--GT-----GTTT-CATAG--CATTTTTGG--TATAG-----------------------TT--G----TATC--CTAATG--G-TTGTG-GAAATTA-CAA----AAGTCTGCTTTTG----TT---CT----aaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|23 : ctTTCCACAAAC-AT-AATGTA-CATGTA-TGT---A---ATG-GC-CGAA----AA---------CAGA--G--ATT---G--TG---A---TTCC--T--GCGCAG-GG---CTC---gt
gi|13 : ctTTCCACAG-C-AT-GGCATT-ACAATA-TGC---ATAAATATGC-C-AA----AAACTTA----C--AT-G--GTCATTTG-TG---A---CCCCCCT--GCAC-T-GGGGGCCCA--G--GG--G-A--GT-----GTTT-CATAG--CAT-TCT----------TTGGTA-------------AAGTT--G----TATC--CTAATG--G-TTGTGGACAATTAACAA----AAGTCTGCTTTc
gi|7 : tcctAG-C-AT-A------AAAATG-CGT---A---ATG-GC-C--A----AA---------C--A--GACATT---G--TG---A---C-CT--TGCGCGC-TGGG---CTC---CAGGG--G-A--TG-----ATATACATGTAACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----GG--GG--AAGTC--C----TATC--CTA-TTG-G-TTGTT-AAAATAA-CGA----AGGTCTGCTTTTA----TTTTGCT----CAGTTTATACATACT--TGAGAAACAC--G-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTATTTT-AAGAATATACACACGCTTCAA---TACT-A-A----ACCGCTA--TAGGTTCT----------GCACACACAATCC-ATGTTTCAAAA---ATTAG--------AG-GAAA------CTCGACAGA-AGTGATAAAA-GGA-AG---G
gi|21 : TA-AAAATG-CAA---A---ATG-AC-C-AA----AA---------CC-A--G--ATT---T--TC---AG--CACC--A--GCGC-T-GGTA-CTC---A--GG--ACA--GG-----ATAT-GATAT--T-TAGTTTA-ATTCAGA------------G--GA--AAGTT--G----TATC--CTA-TT--G-
gi|20 : TA-AAAATG-CAT---A---ATG-AC-C-AA----AA---------CC-A--G--ATT---T--TC---A---CCAC--TA-GCGC-CAGG---ACC---C--AG--G-ACAGG-----ATAT-GATAT--T-TAGTTTA-ACTCAGA------------G--GA--AAGTT--G----TATC--CTA-TT--G-gttgcta
gi|22 : -AAAAAA-TGT---A---ATG-GC-C-AAAAACAA---------T--A--G--ATT---A--TC---A---CCCC--T--GCAT-T-GG---GTC---gttgcta
gi|9 : cctttttacatccataatttaaaaAAATGGCGTG--A---ATG-AC-A-AA----AA---------C--A--G--AGA---T--TGTGAA---CCCC--A--GTGC-T-GG---TCCGCAC--GG--G-A--GG-----ATATACATGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATAT--AG--AAGCT--GAAGTTTTATCCTA-TT--GATTGTG-AATATTA-CAA----AGGTCTG-TTTTA----TT---CTGTTAAATTCTATAAATCCT-----AATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------ATTTTTCTGCATTAACATTCC----------GCCAA-ATTGGACCAGTA----------------AT-GGCACACACA---C-AA-CCTAAGCA-CCAATAG-------AAA-GAAA---A--CTCAccaggggg
gi|18 : gtTG-AT-T-AT----AA---------C--A--T--AT----T--TG---GTATCCTC--T--GTGC-T-GG---GCC---C--CA--A-A--AG-----ATGT-AA------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----GG--GG--AAGTT--G----TATC--CTA-TTAAG--TGTG-AAAATTA-CAATGTTAAG----CTTTTATTCTCT---TT----AATTCTAAAGATga
gi|10 : G-----ATGT-AATAA--CATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----GA--GG--AAGTT--G----TATC--CTA-TT--GTTTATG-AAAAATG-CAA----AGGTCTGCTTTTA----TT---CTGTCAAATTCTAAAGATCCT--T---AAATACATGTACACGCA---ATC----------CGGCATTTTCCAGGATTTACATATCCTG-----TTA---A-TTTGGACCGGTG--TAGGTTCCGCTT-G
gi|14 : TCTGCTTTTA----TT---CTGTCCAATTCTATAGATCCT-----GAAATACACT-GTAAGCAG-GGTGA---------------TTTTCTGGATTTACATGCCCTGCAAA---AAA-A-ATTGGACTGGTA--TAGATTCCGCTT-AATAGTCACACATA---C-AA-T-CCAGG---TGTCAG-------AAC-AAAG---AGCccggtgtaggttccgcttgataaacaaacagaatccatgcagacgttgaaagaaaga
gi|4 : TCTT--T---AAATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCATTTTTCTGGATTTACCAACTTTGG--------C-AGATTGGACCGGTGT--AGGTTACGCTT-GATAGGCACACACA---CAAT-T--TAGG---TGTCAA-------AAAGGAGA---AAACTAAATAGAAGGTGACAAAG-GGA-AG---GAAAaagctagatc
gi|5 : CATAGG--AGTTTCATGAAAGCATTTTCCTGGATCTCCATACCCTTTAA--------A-ATTCGATCGGTAT--AGGTTAAGCTT-AATAGACACACATA---C-AA-TCT-AGG---TGTCAG-------AAA-GAAGGGGAAACTCAACAGAAAGTGACAAAA-GAA---------AGAT---AAATG---G--AAA--------GATTACATTCTAGAAGTC-----T-TTCATGCAGCTTTCTTGTTGTGAGTGACCCCTTTGCAG--TGGCCTTA------TTG--CACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAATATCAAAC-ATAC-------TTT--T-TCT--T---------GATGCAGACTCTGTA-------TTGA-TGCAGTGG-A-------TCTTATTT-------GATTTTTTT--TTGTAACCCC--CC--GCCCCTTC--------------AGC-AAAACATTC--TTCAAGA-TCTCTGGCCA-TCGAAAGGATATAaatgtgaaaaaatattacatcctaaatgccaaaacaaaaatgagaatttctcaaaatttcttgtgggagtaaacccggtagaggaccgataaagatactcaggctgtaagatattaattaaacatatatacttttctttactgctgagtatgtattgatacagttattcatattttttaaggatttttttcaaccccctcccccccctcccaaatttagcagaacattatttaaaaatctccggccatcaaaagggtataaagtactt
gi|6 : GTGACAAAAAGGGTAAAGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAAAAAAACAAG----------AAGAATGAATTCT-TTCGCACATACTTCTT-TTAGGAGTGACTCCTGCAGCG--T-GGC--AGTTGTGTTAGAA----GAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGTATTCAA-AATGCA------TTT--C-TTTAAT---------G-CGGAGAC--TGTA-------TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTCTT--------AAAG--ATTTTT--CTTTATTCTC-CCCTTACTC---T---------------GCCAATTTT-TT--TTCAAAAATCTCTGGCAG-TCGAGAAGATA
gi|3 : aggttcgacttaatcggcacgggcacaatgtaggagtagAAA--------GCA--------AAAAAAG-----TATTTGCGCGTACTTCTT-GTGAAAGAGACCCCTCCGTTGGAT-GCT--A--------GAGGACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGATATTAAACATA-C-------TTTAATATTT--T---------A-TA-------TGTAGTATGAATTGA-TACAGT-G-GTTTA----CAT-TTTTTAAATAAATTTTTTTTCAATAAACCCC-CCC--CCCC---C--------------ag
gi|19 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtccta-----T-TTTACACATACTTATT-GTTAGAGCGACCCCTGCACCG--TGGTC--T------TTAAGCACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAATA-TCAATCATAC-------TTT--T-ttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|17 : aaagacttcCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAATATTAAACA-----------TGT--T-TCC--TAGATTCAGAG-TG-------TGTA-------TTGATTGCAGT-G-GTTCA--------------------TATTTCT--AC---ACCCT-T----A---------------------AGC-AGAACA-TTG-TTCAAAACCTCCAGGCAT-T-GAAAGGATATAAAcat
gi|4 : --TACTCAGGCTGTAAGATATT-AATTAAACATATATACTT--T-TCT--TTACTGCTGAG-TA-------TGTA-------TTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTT-T-------AAGG-ATTTTT---TTCAACCCCCTCC--CCCC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-TTA-TTTAAAAATCTCCGGCCA-TCAAAAGGGTATAAActa
gi|16 : tctttaaatgcgcgacatgcagggctatttcatgacatcatttttctggatttaccaactttggcagattggaccggtgtaggttacgcttgataggcacacacacaatttaggtgtcaaaaaggagaaaactaaatagaaggtgacaaagggaaggaaaaatgtgaaaaaatattacatcctaaatgccaaaacaaaaatgagaatttctcaaaatttcttgtgggagtaaacccggtagaggaccgataaagaAC-------TTT--T-CTT--TACTGCTGA-G-TA-------TGTAG------TTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTT-TT------AAGG-ATTTTT---TTCACCCCCCTCC--CCCC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-TTCATTTAAAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGAgtactt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAATAGAAGAAGAAAACTCAGAAGGTGACAGAGGAAAGGAAAGGTTAAAAAGGTCGTAAAAAATTATATACTTTAAAGCAAAAGTAAGGAAAGAGAAGTCTTTTCATGCAGACTTTTGTGTCAAATAAACC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 111 111111 1111111111 222222 2222222222222222 111111 222222 1111111111 22222222 55555555555 222 44444444444444444 111111111 11 666666666666666666666 1 2222222222 22222 22222222222222222 1111 111111 77777777777777777777 1111111 1111 333333333333 111111111 555555555555555555 111111111 111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 3 6666 77777777777777777777777777 5 2 66 2 2 222 66 555555 44 44 44 1 0000000000 1 333333 3 0000000000000000 44 3 3 555555 3 3 0 55 222222 5555555555 8 0 88888888 5 7 4 1 44 55555555555 000 4 88 3 3 1 33333333333333333 777 444444444 8 33 3 5 55 444444444444444444444 0 0 9999999999 66666 4 1 5 5 0 55555555555555555 2 7 2 0000 1 777777 4 66 4 66 00000000000000000000 6666666 5 5 6666 0 0 333 999999999999 888888888 5 55 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 444
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .... .......................... . . .. . . ... .. ...... .. .. .. . .......... . ...... . ................ .. . . ...... . . . .. ...... .......... . . ........ . . . . .. ........... ... . .. . . . ................. ... ......... . .. . . .. ..................... . . .......... ..... . . . . . ................. . . . .... . ...... . .. . .. .................... ....... . . .... . . ... ............ ......... . .. . . .................. .. ......... ... . .. ...
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 1 1111 55555555555555555555555555 7 9 88 9 9 888 88 999999 22 22 22 2 2222222222 8 222222 2 3333333333333333 22 1 1 555555 6 6 4 00 555555 5555555555 0 9 00000000 8 3 9 8 77 55555555555 888 2 88 6 6 0 00000000000000000 000 999999999 0 11 9 3 77 555555555555555555555 8 8 2222222222 44444 0 4 7 7 7 00000000000000000 2 4 2 6666 0 444444 4 11 4 99 99999999999999999999 2222222 0 0 5555 1 8 666 888888888888 999999999 0 99 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 000
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TGTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CT----TGAAATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA--TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCTCAGGA--TA--T--CAGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGGA-AGGAAAGG--------------------TAAATGACTAAAGA----------GAAATG-----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATAC-TTT--T-TCT--TA--------G-TG-------TGT-------A-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TTT-----AA-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ANCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TGTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CT----TAAAATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGANAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A-CAA--TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-GATAGGCA-CA-CACACANTCTCAGGA-CTA--T--CAGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAGGATAGGAAAGG--------------------TAAATGACTAAAGA----------GAAATG-----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ANAC-TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGT-------A-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTTATTT-----AA-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAANNCTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AA---------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-TATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTT----TAAAATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA--TTGGACCGGTAT-TAGGTTCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTCCCAGGATCTA--T--TAGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAATAGGAGAGG--------------------CAAATGACTAAAGA----------GAAATG-----TTTTGTGCATACTTCTTAGTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGAT----ATTCAACA---AAAC-TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGT-------A-TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATTT-----AA-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AA--T--AACATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--GTT-TATGAA-AAATG-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-TCAAATTCTAAAGATC--CT----T-AAATACATGTACACGCA---ATC----------CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-TTA----A-T----TTGGACCGGTG--TAGGTTCCGCTT-Gt
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--AGACTG--TGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GGT--------------A--A--ATATAT-CA--T--AAGGTGTTTGG--TATATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-A-TT--G-CCTGTGAA-AATTA-CAAAGGTGTCATTTTAT--TCTG-TCAAATGCTATAAATC--CT----CGTATTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATTccggtgtaggttccgcttgataaacaaacagaatccatgcagacgttgaaagaaaga
gi|12 : -TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAAT-----------------AGAA---GA--AGA----AAA-CTCA---GAAGGTGACAGA-GGAAAGGAAAGGT-------------------TAAAgaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AA----AAACTTA----C--ATGGTCA--TTTG-TGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GGGGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCAT-TCT----------TTGGTA-----------------AA--GTTGTATCCT-AATG--G-T-TGTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTAT--TCTG-TCCAATTCTATAGATC--CT-----GAAATACACT-GTAAGCAGGG----------TGA-------TTTTCTGGATTTACATGCCCTG-CAA----A-AAAAATTGGACTGGTAT--AGATTCCGCTT-AATAGTCA-CA-CATACAATC-CAGG---TG--T--CAGAA---CA--A-A----GAG-C
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CC-AA----AAACTAATGGTC--A-----A--TTTG-TGATCC-CC--T-GC-AC-TGGGC--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCATTTTTG--GTAT---------------------------A--GTTGTATCCTAA-TG--G-T-TGTGGA-AATTA-CAAAAGTCTGCTTTTGT--TCTG-T--aagctagatc
gi|16 : ct---ATAC-TTT--T-CTT--TACTGCTGA-G-TA-------TGT-------AGTTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTTTT------AAGG-ATTTTT-TTC-----AC-CCCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : cCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAAT----ATTAAACA--------TGT--T-TCC--TAGATTCAGAG-TG-------TGT-------A-TTGATTGCAGT-G-GTTCA-------------------TATTTCTAC--------A-CCCT-T----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : ----AA---------C--A--T--A--TTTGGTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GGG--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA--------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TTAAG---TGTGAA-AATTA-CAATGTTAAGCTTTTATTCTCTT-T--AATTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat-----TTTTACACATACTTATT-GTTA-GAGCGACCCCTGCACCGTG--GTC--TTTA-AGCACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAAT----A-TCAATC---ATAC-TTT--T-
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AAA--------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-TATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTT----TAAAATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA--TTGGACCGGTATATAGG-TCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTC-CA-GA-TCA--T--TAGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAAT-GGAGAGG--------------------CAAATGACTAAAGA----------GAAATG-----TTTTGTGCATACTTCTA-GTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GAT----ATTC-ACA---A-AC-TTT--T-TCT--T---------G-TG-------TGT-------A--TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATTT-----AA-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAATT-TCAGGAcat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AA----AAC--------C--A--G--A--TTT--TCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGGA--CC---C--AG--GACA--GGATAT----------GATATTT-A-GTTTAACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-TG
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AA----AA---------CC-A--G--A--TTT--TCA-GCACC--A-GC-GC-T-GGTA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT-GA--T--A-----TTT-A-GTTTAATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-TGcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CC-AAAAACAA---------T--A--G--A--TTA--TCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGGT--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAA----AA---------CAGA--G--A--TTG--TGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GGC--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GGC--CC---TCAGG--G--A----------------AGCTTATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-A-TT--G-----------ATT------GGTCTACTTTTCT--T--------------TAGATC--CT----T-GAATACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATACCC--------------A--GTGTA--GGTTT-TAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAATCT
gi|3 : ttatatccttaatAAAA----------AAAGTA-----TTT-GCGCGTACTTCTT-GTGA-AAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCT--A--G-AGGACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGAT----ATTAAAC----ATAC-TTTAATATTT--T---------A-TA-------TGTAGTATGAA-TTGA-TACAGT-G-GTTTACAT--TTTTT----AAATAAATTTTT-TTTCAATAAA-CCCC-CCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATatattagtgtcctaaaagcaaaaaaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CT----TTAAATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTGGCAG----A------TTGGACCGGTGT--AGGTTACGCTT-GATAGGCA-CA-CACACAAT-TTAGG---TG--T--CAAAA---AGGAG-A----AAA-CTAAATAGAAGGTGACAAAGGGA-AGGAAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAACA----------AAAATGAGAA-TTTCTCAAA-ATTTCTT-GTGG-GAGTAAACCC--------G--G--------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATATATAC-TTT--T-CTT--TACTGCTGA-G-TA-------TGT-------A-TTGA-TACAGT-T-ATTCATATTTTTT-------AAGG-ATTTTT-TTC-----AACCCCC-TCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTATAAA
gi|5 : tCATAGG--AGTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-TAA----A---A--TTCGATCGGTAT--AGGTTAAGCTT-AATAGACA-CA-CATACAATCT-AGG---TG--T--CAGAA---AG--A-AGGGGAAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAG------AAAGA--------------------TAAATGG--AAAGATTACATTCTAGAAGTC-----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTG--GCCTTATT---GCACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAAT----ATCAAAC----ATAC-TTT--T-TCT--T---------GATGCAGACTCTGT-------A-TTGA-TGCAGTGG-----ATCTTATTT---------GATTTTTTTTTGT-----AA-CCCC--CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAgtactt
gi|6 : AGGTTCGACTT-AATCGGCA-CG-GGCACAATGT-AGGA-GTAGGTGACAAAA---AG--G-G----TAA----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAAA----------------------AAA--AC--AAGA----------AGAATGAATTCTTTCGCACATACTTCTT-TTAG-GAGTGACTCCTGCAGCGTG--GCA--GTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGT----ATTCAA-A---ATGCATTT--C-TTTAAT---------G-CGGAGAC--TGT-------A-TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTC---TT----AAAG--ATTTTTCTTT-----AT-TCTC-CCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC--A----AA---------C--A--GACA--TTG--TGA-CC-TTG-C-GC-GC-TGGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGT--AACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-A-TTG-G-T-TGTTAA-AATAA-CGAAGGTCTGCTTTTAT--TTTGCT--CAGTTTATACATA--CT----TGAGAAACACG-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-CAAT---A-C-----TAAACCGCTA--TAGGTTCTG-------------CA-CACACAATC-CATG---TT--T--CAAAAATTAG--AGG----AAA-CTCGACAG-AAGTGATAAAAGGA-AGGag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AA----AA------------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGCTT-GGC--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CA--T--AACATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-A-TC--GCT-TGTTAA-AATTA-AAAAGTTCTG---------TCTG-----ATT-TATTGATC--TTCATATATGATACACATACA--CATAG----ATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-CAA-------AA--CTGGGTCGATA--TAAGTTCTGCTT-AATAGG------CACACAGTCTCAG---CTA--C----GAA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AA----AA---------C--A--G--AGATTG--TGAACC-CC--A-GT-GC-T-GGT--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACA--TGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-A-TT--GAT-TGTGAA-TATTA-CAAAGGTCTG-TTTTAT--TCTG-TTAAATTCTATAAATC--C-----TAATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-CCA-------AA--TTGGACCAGTA----------------AT-GGCA-CA-CACACAACCTAAGCA-CCA--A--TAGAA---AG----A----AAA-CTCAga
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 111 111111 11111111 222222 2222222222222222 11 222222 11 22222222 4444444444444444 111 4444444444444444444 1111111 111111111 1 6666666666666666666666 1 1111 22222 22222222222222222 1111 2222 5555555555555555555555555555555555555555 1111 3333333333333 1 11111 555555555555555555 111111111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 3 6666 77777777777777777777777777 5 2 66 2 2 222 66 555555 44 44 44 1 44444444 22 333333 3 0000000000000000 44 3 3 33 888 3 3 3 0 55 222222 11 88 4 4 44444444 5 7 4 1 7777777777777777 888 4 6 3 3 8888888888888888888 1111111 666 444444444 7 33 4 2 1 5 5555555555555555555555 0 6 2222 66666 4 1 5 5 0 55555555555555555 2 7 2 0000 1 0000 8888888888888888888888888888888888888888 5 5 6666 0 4444 8888888888888 0 5 22222 777 55 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 7 3
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .... .......................... . . .. . . ... .. ...... .. .. .. . ........ .. ...... . ................ .. . . .. ... . . . . .. ...... .. .. . . ........ . . . . ................ ... . . . . ................... ....... ... ......... . .. . . . . ...................... . . .... ..... . . . . . ................. . . . .... . .... ........................................ . . .... . .... ............. . . ..... ... .. . . .................. .. ......... ... . .. . .
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 1 1111 55555555555555555555555555 7 9 88 9 9 888 88 999999 22 22 22 2 99999999 22 222222 2 3333333333333333 22 1 1 55 999 1 6 6 4 00 555555 00 00 0 0 22222222 9 3 9 8 8888888888888888 333 2 7 6 6 9999999999999999999 8888888 444 111111111 3 11 0 7 4 7 8888888888888888888888 6 0 7777 44444 0 4 7 7 7 00000000000000000 2 4 2 6666 0 2222 1111111111111111111111111111111111111111 0 0 5555 1 5555 9999999999999 0 0 55555 222 99 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 3 2
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCTCAGG---T--A--T--CAG-------AA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA-AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---AGAAATG-----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTGGGN-ACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCTCAGGA--T--A--T--CAG-------AA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGGA-AGG-AAAGG--------------------TAAATGACTAAAG---AGAAATG-----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTGGGN-ACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AA---------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTCCCAGGATCT--A--T--TAG-------AA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAATAGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---AGAAATG-----TTTTGTGCATACTTCTTAGTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTGGAA-ACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGAT----ATTCAACA---AAACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AA--T--AACATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TTATGAA-AAATG-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-TCAAATTCTAAAGATC--CTT-AA-ATACATGTACACGCA---ATC----------CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-T-T----A--AT---TTGGACCGGTG--TAGGTTCCGCTT-t
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--AGACTG--TGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GGT--------------A--A--ATATAT-CA--T--AAGGTGTTTGG--TATATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-A-TT--G-CCT-GTGAA-AATTA-CAAAGGTGTCATTTTAT--TCTG-TCAAATGCTATAAATC--CTCGTA-TTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATTgccggtgtaggttccgcttgataaacaaacagaatccatgcagacgttgaaagaaaga
gi|12 : -TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAAT-------------------AG-------AA---GA--AGA----AAA-CTCA---GAAGGTGACAGAGGAA-AGG-AAAGGT-------------------TAAAgaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AA----AAACTTA----C--ATGGTCA--TTTG-TGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GGGGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCAT-TCT----------TTGGTA-----------------AA--GTTGTATCCT-AATG--G-T-T-GTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTAT--TCTG-TCCAATTCTATAGATC--CT-GAA-ATACACT-GTAAGCAGGG----------TGA-------TTTTCTGGATTTACATGCCCTG-CAA----A--AAAAATTGGACTGGTAT--AGATTCCGCTT-AATAGTCA-CA-CATACAATC-CAGG---T--G--T--CAG-------AA---CA--A-A----GAG-C
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CC-AA----AAACTAATGGTC--A-----A--TTTG-TGATCC-CC--T-GC-AC-TGGGC--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCATTTTTG--GTAT---------------------------A--GTTGTATCCTAA-TG--G-T-T-GTGGA-AATTA-CAAAAGTCTGCTTTTGT--TCTG-T--aagctagatc
gi|16 : ct---ATACTTT-----TCTT-----T-------ACTGCTGAGTA-------TGTAGTTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTTTT------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-C-CCCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : cCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAAT----ATTAAAC----ATGTTTCCTAGATTCA-----G-------A-------GTG-------TGTA-TTGATTGCAGT-G-GTTCATA----------------------TT-TC-T-----ACA-CCCT-T----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : ----AA---------C--A--T--A--TTTGGTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GGG--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA--------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TTAAG---T-GTGAA-AATTA-CAATGTTAAGCTTTTATTCTCTT-T--AATTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat-----TTTTACACATACTTATT-GTTA-GAGCGACCCCTGCACCGTG--GTC--TTTAAGC-ACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAAT----A-TCAATC---ATACTTT-----T
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AAA--------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTATATAGG-TCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTC-CAGAT--C--A--T--TAG-------AA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAA-TGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---AGAAATG-----TTTTGTGCATACTTCTA-GTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTGGAA-ACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GAT----ATTC-ACA---A-ACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA--TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAAT-TTCAGGAcat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AA----AAC--------C--A--G--A--TTT--TCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGGA--CC---C--AG--GACA--GGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-G
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AA----AA---------CC-A--G--A--TTT--TCA-GCACC--A-GC-GC-T-GGTA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-Gcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CC-AAAAACAA---------T--A--G--A--TTA--TCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGGT--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAA----AA---------CAGA--G--A--TTG--TGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GGC--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GGC--CC---TCAGG--G--A----------------AGCTTATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-A-TT--G------------ATT------GGTCTACTTTTCT--T--------------TAGATC--CTTGAA--TACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATACCC--------------A---GTGTA--GGTTT-TAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAATCT----A--T--A--T--TAGTGTCCTAAA---AG--C-A----AAA-
gi|3 : ttatatccttaatAAA---AAAAGTA-----TTT-GCGCGTACTTCTT-GTGA-AAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCT--A--GAGG-ACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGAT----ATTAAAC----ATACTTTAATA-TTTTATATGT-------A-------GTA-------TGAA-TTGA-TACAGT-G-GTTTACAT--TTTTT----AAATAAATTTTT-TT-TCAATAA-A-CCCC-CCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATaaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CTTTAA-ATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTGGCAG----A-------TTGGACCGGTGT--AGGTTACGCTT-GATAGGCA-CA-CACACAAT-TTAGG---T--G--T--CAA-------AA---AGGAG-A----AAA-CTAAATAGAAGGTGACAAAGGGA-AGG-AAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAAC---AAAAATGAGAA-TTTCTCAAA-ATTTCTT-GTGG-GAGTAAACCC--------G--G--------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATATATACTTT-----TCTT-----TACTGCTGA-------GTA-------TGTA-TTGA-TACAGT-T-ATTCATATTTTTT-------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-ACCCCC-TCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTAT-AAAGTACT
gi|5 : tCATAGG--AGTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-TAA----A--A----TTCGATCGGTAT--AGGTTAAGCTT-AATAGACA-CA-CATACAATCT-AGG---T--G--T--CAG-------AA---AG--A-AGGGGAAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAGAA-AGATAAATG--------------------GAAA-GATTACATTCTAGAAGTC-----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTG--GCCTTATT--GC-ACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAAT----ATCAAAC----ATACTTT-----TTCT-----T-------G-------ATGCAGACTCTGTA-TTGA-TGCAGTGG-----ATCTTATTT---------GATTTTTTT-TTGT-----A-A-CCCC--CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAt
gi|6 : AGGTTCGACTT-AATCGGCA-CG-GGCACAATGT-AGGAG-T--AGGTGACAA-------AA---AG--G-G----TAA----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATT-AAAA----------------------AAA--AC--AAG---AAGAATGAATTCTTTCGCACATACTTCTT-TTAG-GAGTGACTCCTGCAGCGTG--GCA--GTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGT----ATTCAA-A---ATGCATT-----TCTT-----T-------A-------ATGCGGAGACTGTA-TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTC---TT----AAAGAT-TTTTC-TT-T-----A-T-TCTC-CCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC--A----AA---------C--A--GACA--TTG--TGA-CC-TTG-C-GC-GC-TGGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGT--AACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-A-TTG-G-T-T-GTTAA-AATAA-CGAAGGTCTGCTTTTAT--TTTGCT--CAGTTTATACATA--CTTGAG-AAACACG-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-C-A----A--TA---CTAAACCGCTA--TAGGTTCTG-------------CA-CACACAATC-CATG---T--T--T--CAA-------AAATTAG--AGG----AAA-CTCGACAGAA-GTGATAAAAGGA-AGG-ag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AA----AA------------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGCTT-GGC--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CA--T--AACATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-A-TC--GCT-T-GTTAA-AATTA-AAAAGTTCTG---------TCTG-----ATT-TATTGAT---CTTCAT-ATATGAT-ACACATACACATAGATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-C-A----A--AA---CTGGGTCGATA--TAAGTTCTGCTT-AATAGG------CACACAGTCTCA-GC--T--A--C----G-------AA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AA----AA---------C--A--G--AGATTG--TGAACC-CC--A-GT-GC-T-GGT--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACA--TGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-A-TT--GAT-T-GTGAA-TATTA-CAAAGGTCTG-TTTTAT--TCTG-TTAAATTCTATAAATC--CT--AATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-C-C----A--AA---TTGGACCAG---------------T-AAT-GGCA-CA-CACACAACCTAAGCA--CCAA--T---AG-------AA---AG----A----AAA-CTCAga
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 111 111111 11111111 222222 2222222222222222 11 222222 11 22222222 4444444444444444 111 2222222222222222222222 1111111 111111111 1111 55555555555555555555 1 1111111 11111 22222222222222222 1111 2222 5555555555555555555555555555555555555555 1111 3333333333333 1 11111 555555555555555555 111111111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 3 6666 77777777777777777777777777 5 2 66 2 2 222 66 555555 44 44 44 1 44444444 22 333333 3 0000000000000000 44 3 3 33 888 3 3 3 0 55 222222 11 88 4 4 44444444 5 7 4 1 7777777777777777 888 4 6 3 3 9999999999999999999999 1111111 666 444444444 7 33 4 7777 5 44444444444444444444 0 0 1 2222222 0 33333 4 1 5 5 0 55555555555555555 2 7 2 0000 1 0000 8888888888888888888888888888888888888888 5 5 6666 0 4444 8888888888888 0 5 22222 777 55 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 7 3
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .... .......................... . . .. . . ... .. ...... .. .. .. . ........ .. ...... . ................ .. . . .. ... . . . . .. ...... .. .. . . ........ . . . . ................ ... . . . . ...................... ....... ... ......... . .. . .... . .................... . . . ....... . ..... . . . . . ................. . . . .... . .... ........................................ . . .... . .... ............. . . ..... ... .. . . .................. .. ......... ... . .. . .
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 1 1111 55555555555555555555555555 7 9 88 9 9 888 88 999999 22 22 22 2 99999999 22 222222 2 3333333333333333 22 1 1 55 999 1 6 6 4 00 555555 00 00 0 0 22222222 9 3 9 8 8888888888888888 333 2 7 6 6 6666666666666666666666 8888888 444 111111111 3 11 0 9999 7 22222222222222222222 6 6 0 8888888 3 11111 0 4 7 7 7 00000000000000000 2 4 2 6666 0 2222 1111111111111111111111111111111111111111 0 0 5555 1 5555 9999999999999 0 0 55555 222 99 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 3 2
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CAGG---T-GTC---AG-------AA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CAGG---T-ATC---AG-------AA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AA---------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTAT-TAGGTTCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTCC-----CAGGATCT-ATT---AG-------AA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAAT---AGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTTAGTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGAT----ATTCAACA---AAACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AA--T--AACATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TTATGAA-AAATG-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-TCAAATTCTAAAGATC--CTT-AA-ATACATGTACACGCA---ATC----------CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-T-T----A--AT---TTGGACCGGTG--TAGGTTCCGCTT-t
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--AGACTG--TGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GGT--------------A--A--ATATAT-CA--T--AAGGTGTTTGG--TATATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-A-TT--G-CCT-GTGAA-AATTA-CAAAGGTGTCATTTTAT--TCTG-TCAAATGCTATAAATC--CTCGTA-TTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATTgccggtgtaggttccgcttgataaacaaacagaatccatgcagacgttgaaagaaaga
gi|12 : -TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAAT----------------------AG-------AA---GA--AGA----AAA-CTCA---GAAGGTGACAGAGGAA----AGG-AAAGG--------------------gaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AA----AAACTTA----C--ATGGTCA--TTTG-TGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GGGGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCAT-TCT----------TTGGTA-----------------AA--GTTGTATCCT-AATG--G-T-T-GTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTttaaaaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTAT--TCTG-TCCAATTCTATAGATC--CT-GAA-ATACACT-GTAAGCAGGG----------TGA-------TTTTCTGGATTTACATGCCCTG-CAA----A--AAAAATTGGACTGGTAT--AGATTCCGCTT-AATAGTCA-CA-CATACAATC------CAGG---T-GTC---AG-------AA---CA--A-A----GAG-C
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CC-AA----AAACTAATGGTC--A-----A--TTTG-TGATCC-CC--T-GC-AC-TGGGC--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCATTTTTG--GTAT---------------------------A--GTTGTATCCTAA-TG--G-T-T-GTGGA-AATTA-CAAAAGTCTGCTTTTGT--TCTG-T--aagctagatc
gi|16 : ct---ATACTTT-----TCTT-----T-------ACTGCTGAGTA-------TGTAGTTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTTTT------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-C-CCCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : cCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAAT----ATTAAAC----ATGTTTCCTAGATTCA-----G-------A-------GTG-------TGTA-TTGATTGCAGT-G-GTTCATA----------------------TT-TC-T-----ACA-CCCT-T----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : ----AA---------C--A--T--A--TTTGGTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GGG--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA--------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TTAAG---T-GTGAA-AATTA-CAATGTTAAGCTTTTATTCTCTT-T--AATTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat----TTTTACACATACTTATT-GTTA-GAGCGACCCCTGCACCGTG--GTC--TTTA-AGCACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAAT----A-TCAATC---ATACTTT-----T
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AAA--------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTATATAGG-TCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTC------CAGA---TCATT---AG-------AA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAA----TGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTA-GTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GAT----ATTC-ACA---A-ACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA--TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAAT-TTCAGGAcat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AA----AAC--------C--A--G--A--TTT--TCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGGA--CC---C--AG--GACA--GGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-G
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AA----AA---------CC-A--G--A--TTT--TCA-GCACC--A-GC-GC-T-GGTA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-Gcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CC-AAAAACAA---------T--A--G--A--TTA--TCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGGT--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAA----AA---------CAGA--G--A--TTG--TGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GGC--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GGC--CC---TCAGG--G--A----------------AGCTTATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-A-TT--G------------ATT------GGTCTACTTTTCT--T--------------TAGATC--CTTGAA--TACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATACCC--------------A---GTGTA--GGTTT-TAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAATCT--------A---T-ATT---AGTGTCCTAAA---AG--C-A----AAA-
gi|3 : ttatatccttaatAAA---A--AAAGTA----TTT-GCGCGTACTTCTT-GTGA-AAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCT--A--G-AGGACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGAT----ATTAAAC----ATACTTTAATA-TTTTATATGT-------A-------GTA-------TGAA-TTGA-TACAGT-G-GTTTACAT--TTTTT----AAATAAATTTTT-TT-TCAATAA-A-CCCC-CCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATaaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CTTTAA-ATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTGGCAG----A-------TTGGACCGGTGT--AGGTTACGCTT-GATAGGCA-CA-CACACAAT-T-----TAGG---T-GTC---AA-------AA---AGGAG-A----AAA-CTAAATAGAAGGTGACAAAGGGA----AGG-AAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAAC---A--AAAATGAGAATTTCTCAAA-ATTTCTT-GTGG-GAGTAAACCC--------G--G--------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATATATACTTT-----TCTT-----TACTGCTGA-------GTA-------TGTA-TTGA-TACAGT-T-ATTCATATTTTTT-------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-ACCCCC-TCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTAT-AAAGTACT
gi|5 : tCATAGG--AGTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-TAA----A--A----TTCGATCGGTAT--AGGTTAAGCTT-AATAGACA-CA-CATACAATCT------AGG---T-GTC---AG-------AA---AG--A-AGGGGAAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAGAA----AGATAAATG--------------------GAAA-GATTACATTCTA--GAAGTC----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTG--GCCTTATT---GCACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAAT----ATCAAAC----ATACTTT-----TTCT-----T-------G-------ATGCAGACTCTGTA-TTGA-TGCAGTGG-----ATCTTATTT---------GATTTTTTT-TTGT-----A-A-CCCC--CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAt
gi|6 : AGGTTCGACTT-AATCGGCA-CG-GGCACAATGTAGGAGTAGG---T-GAC---AA-------AA---AG--G-G----TAA----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAA-AAAAA--------------------CAAG------AAG---AATGAATTC----TTTCGCACATACTTCTT-TTAG-GAGTGACTCCTGCAGCGTG--GCA--GTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGT----ATTCAA-A---ATGCATT-----TCTT-----T-------A-------ATGCGGAGACTGTA-TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTC---TT----AAAGAT-TTTTC-TT-T-----A-T-TCTC-CCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC--A----AA---------C--A--GACA--TTG--TGA-CC-TTG-C-GC-GC-TGGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGT--AACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-A-TTG-G-T-T-GTTAA-AATAA-CGAAGGTCTGCTTTTAT--TTTGCT--CAGTTTATACATA--CTTGAG-AAACACG-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-C-A----A--TA---CTAAACCGCTA--TAGGTTCTG-------------CA-CACACAATC------CATG---T-TTC---AA-------AAATTAG--AGG----AAA-CTCGACAGAA-GTGATAAAAGGA----AGG-ag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AA----AA------------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGCTT-GGC--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CA--T--AACATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-A-TC--GCT-T-GTTAA-AATTA-AAAAGTTCTG---------TCTG-----ATT-TATTGAT---CTTCAT-ATATGAT-ACACATACACATAGATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-C-A----A--AA---CTGGGTCGATA--TAAGTTCTGCTT-AATAGG------CACACAGTCT-----CAGC---T-AC-----G-------AA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AA----AA---------C--A--G--AGATTG--TGAACC-CC--A-GT-GC-T-GGT--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACA--TGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-A-TT--GAT-T-GTGAA-TATTA-CAAAGGTCTG-TTTTAT--TCTG-TTAAATTCTATAAATC--CT--AATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-C-C----A--AA---TTGGACCAG---------------T-AAT-GGCA-CA-CACACAACCT------AAG---C-ACCAATAG-------AA---AG----A----AAA-CTCAga
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 111 111111 11111111 222222 2222222222222222 11 222222 11 22222222 4444444444444444 44444444444444444444 333333333333333333333333 1111 55555555555555555555 1 1111111 11111 22222222222222222 1111 2222 5555555555555555555555555555555555555555 1111 3333333333333 1 11111 555555555555555555 111111111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 3 6666 77777777777777777777777777 5 2 66 2 2 222 66 555555 44 44 44 1 44444444 22 333333 3 0000000000000000 44 3 3 33 888 3 3 3 0 55 222222 11 88 4 4 66666666 1 5 7 4 1 7777777777777777 00000000000000000000 4 6 3 3 333333333333333333333333 555 999999999 6 33 4 7777 5 44444444444444444444 0 0 1 2222222 0 33333 4 1 5 5 0 55555555555555555 2 7 2 0000 1 0000 8888888888888888888888888888888888888888 5 5 6666 0 4444 8888888888888 0 5 22222 777 55 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 7 3
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .... .......................... . . .. . . ... .. ...... .. .. .. . ........ .. ...... . ................ .. . . .. ... . . . . .. ...... .. .. . . ........ . . . . . ................ .................... . . . . ........................ ... ......... . .. . .... . .................... . . . ....... . ..... . . . . . ................. . . . .... . .... ........................................ . . .... . .... ............. . . ..... ... .. . . .................. .. ......... ... . .. . .
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 1 1111 55555555555555555555555555 7 9 88 9 9 888 88 999999 22 22 22 2 99999999 22 222222 2 3333333333333333 22 1 1 55 999 1 6 6 4 00 555555 00 00 0 0 44444444 2 9 3 9 8 8888888888888888 22222222222222222222 2 7 3 3 888888888888888888888888 888 444444444 7 11 0 9999 7 22222222222222222222 6 6 0 8888888 3 11111 0 4 7 7 7 00000000000000000 2 4 2 6666 0 2222 1111111111111111111111111111111111111111 0 0 5555 1 5555 9999999999999 0 0 55555 222 99 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 3 2
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CA--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CA--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AA---------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTCC-----CA--GGATCT-ATT---AGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAAT---AGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTTAGTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGAT----ATTCAACA---AAACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AA--T--AACATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TTATGAA-AAATG-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-TCAAATTCTAAAGATC--CTT-AA-ATACATGTACACGCAA---------TC----CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-TTA----A--T----TTGGACCGGTGTAGGTTCCGCTTGCCGGTGTAGGTTCCGCTT-GATAA--A-CA-AACAGAATCCATG--CA--GA---C-GTT----GAA---AG--A-A----AGA-t
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--AGACTG--TGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GGT--------------A--A--ATATAT-CA--T--AAGGTGTTTGG--TATATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-A-TT--G-CCT-GTGAA-AATTA-CAAAGGTGTCATTTTAT--TCTG-TCAAATGCTATAAATC--CTCGTA-TTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATT
gi|12 : ------------------TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAAT------------------------AGAA---GA--AGA----AAA-CTCA---GAAGGTGACAGAGGAA----AGG-AAAGG--------------------gaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AA----AAACTTA----C--ATGGTCA--TTTG-TGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GGGGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCAT-TCT----------TTGGTA-----------------AA--GTTGTATCCT-AATG--G-T-T-GTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTttaaaaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTAT--TCTG-TCCAATTCTATAGATC--CT-GAA-ATACACT-GTAAGCAGGG----------TGA-------TTTTCTGGATTTACATGCCCTG-CAA----A--AAAAATTGGACTGGTAT-------------------AGATTCCGCTT-AATAGTCA-CA-CATACAATC------CA--GG---T-GTC---AGAA---CA--A-A----GAG-C
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CC-AA----AAACTAATGGTC--A-----A--TTTG-TGATCC-CC--T-GC-AC-TGGGC--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCATTTTTG--GTAT---------------------------A--GTTGTATCCTAA-TG--G-T-T-GTGGA-AATTA-CAAAAGTCTGCTTTTGT--TCTG-T--aagctagatc
gi|16 : ct---ATACTTT-----TCTT-----T-------ACTGCTGAGTA-------TGTAGTTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTTTT------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-C-CCCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : cCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAAT----ATTAAAC----ATGTTTCCTAGATTCA-----G-------A-------GTG-------TGTA-TTGATTGCAGT-G-GTTCATA----------------------TT-TC-T-----ACA-CCCT-T----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : ----AA---------C--A--T--A--TTTGGTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GGG--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA--------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TTAAG---T-GTGAA-AATTA-CAATGTTAAGCTTTTATTCTCTT-T--AATTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat----TTTTACACATACTTATT-GTTA-GAGCGACCCCTGCACCGTG--GTC--TTTA-AGCACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAAT----A-TCAATC---ATACTTT-----T
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AAA--------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTATA-----------------TAGG-TCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTC------CA--GA---TCATT---AGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAA----TGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTA-GTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GAT----ATTC-ACA---A-ACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA--TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAAT-TTCAGGAcat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AA----AAC--------C--A--G--A--TTT--TCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGGA--CC---C--AG--GACA--GGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-G
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AA----AA---------CC-A--G--A--TTT--TCA-GCACC--A-GC-GC-T-GGTA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-Gcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CC-AAAAACAA---------T--A--G--A--TTA--TCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGGT--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAA----AA---------CAGA--G--A--TTG--TGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GGC--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GGC--CC---TCAGG--G--A----------------AGCTTATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-A-TT--G------------ATT------GGTCTACTTTTCT--T--------------TAGATC--CTTGAA--TACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATACCC--------------A---GTGTA--GGTTT------------------TAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAATCTA----TATTAG---T-GTCCT-AAAA---GC--A-A----AAA-
gi|3 : ttatatccttaatAAA---A--AAAGTA----TTT-GCGCGTACTTCTT-GTGA-AAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCT--A--G-AGGACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGAT----ATTAAAC----ATACTTTAATA-TTTTATATGT-------A-------GTA-------TGAA-TTGA-TACAGT-G-GTTTACAT--TTTTT----AAATAAATTTTT-TT-TCAATAA-A-CCCC-CCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CTTTAA-ATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTGGCAG----A-------TTGGACCGGTGT-------------------AGGTTACGCTT-GATAGGCA-CA-CACACAAT-T-----TA--GG---T-GTC---AAAA---AGGAG-A----AAA-CTAAATAGAAGGTGACAAAGGGA----AGG-AAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAAC---A--AAAATGAGAATTTCTCAAA-ATTTCTT-GTGG-GAGTAAACCC--------G--G--------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATATATACTTT-----TCTT-----TACTGCTGA-------GTA-------TGTA-TTGA-TACAGT-T-ATTCATATTTTTT-------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-ACCCCC-TCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTAT-AAAGTACT
gi|5 : tCATAGG--AGTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-TAA----A--A----TTCGATCGGTAT-------------------AGGTTAAGCTT-AATAGACA-CA-CATACAATCT------A--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-AGGGGAAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAGAA----AGATAAATG--------------------GAAA-GATTACATTCTA--GAAGTC----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTG--GCCTTATT---GCACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAAT----ATCAAAC----ATACTTT-----TTCT-----T-------G-------ATGCAGACTCTGTA-TTGA-TGCAGTGG-----ATCTTATTT---------GATTTTTTT-TTGT-----A-A-CCCC--CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAt
gi|6 : AGGTTCGACTT-AATCGGCA-CG-GGCACAATGTAGGAGTA--GG---T-GAC---AAAA---AG--G-G----TAA----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAA-AAAAA--------------------CAAG------AAG---AATGAATTC----TTTCGCACATACTTCTT-TTAG-GAGTGACTCCTGCAGCGTG--GCA--GTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGT----ATTCAA-A---ATGCATT-----TCTT-----T-------A-------ATGCGGAGACTGTA-TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTC---TT----AAAGAT-TTTTC-TT-T-----A-T-TCTC-CCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC--A----AA---------C--A--GACA--TTG--TGA-CC-TTG-C-GC-GC-TGGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGT--AACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-A-TTG-G-T-T-GTTAA-AATAA-CGAAGGTCTGCTTTTAT--TTTGCT--CAGTTTATACATA--CTTGAG-AAACACG-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-C-A----A--TA---CTAAACCGCTA-------------------TAGGTTCTG-------------CA-CACACAATC------CA--TG---T-TTC---AAAAATTAG--AGG----AAA-CTCGACAGAA-GTGATAAAAGGA----AGG-ag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AA----AA------------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGCTT-GGC--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CA--T--AACATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-A-TC--GCT-T-GTTAA-AATTA-AAAAGTTCTG---------TCTG-----ATT-TATTGAT---CTTCAT-ATATGAT-ACACATACACATAGATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-C-A----A--AA---CTGGGTCGATA-------------------TAAGTTCTGCTT-AATAGG------CACACAGTCT-----CA--GC---T-AC-----GAA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AA----AA---------C--A--G--AGATTG--TGAACC-CC--A-GT-GC-T-GGT--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACA--TGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-A-TT--GAT-T-GTGAA-TATTA-CAAAGGTCTG-TTTTAT--TCTG-TTAAATTCTATAAATC--CT--AATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-C-C----A--AA---TTGGACCAG--------------------------------T-AAT-GGCA-CA-CACACAACCT------A--AG---C-ACCAATAGAA---AG----A----AAA-CTCAga
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333 111 111111 11111111 222222 2222222222222222 11 222222 11 22222222 4444444444444444 44444444444444444444 333333333333333333333333 1111 55555555555555555555 1 1111111 11111 22222222222222222 1111 2222 5555555555555555555555555555555555555555 1111 3333333333333 1 11111 555555555555555555 111111111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 3 6666 77777777777777777777777777 5 2 66 2 2 222 66 555555 44 44 44 1 44444444 22 333333 3 0000000000000000 44 3 3 33 888 3 3 3 0 55 222222 11 88 4 4 66666666 1 5 7 4 1 7777777777777777 00000000000000000000 4 6 3 3 333333333333333333333333 555 999999999 6 33 4 7777 5 44444444444444444444 0 0 1 2222222 0 33333 4 1 5 5 0 55555555555555555 2 7 2 0000 1 0000 8888888888888888888888888888888888888888 5 5 6666 0 4444 8888888888888 0 5 22222 777 55 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 7 3
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .... .......................... . . .. . . ... .. ...... .. .. .. . ........ .. ...... . ................ .. . . .. ... . . . . .. ...... .. .. . . ........ . . . . . ................ .................... . . . . ........................ ... ......... . .. . .... . .................... . . . ....... . ..... . . . . . ................. . . . .... . .... ........................................ . . .... . .... ............. . . ..... ... .. . . .................. .. ......... ... . .. . .
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 1 1111 55555555555555555555555555 7 9 88 9 9 888 88 999999 22 22 22 2 99999999 22 222222 2 3333333333333333 22 1 1 55 999 1 6 6 4 00 555555 00 00 0 0 44444444 2 9 3 9 8 8888888888888888 22222222222222222222 2 7 3 3 888888888888888888888888 888 444444444 7 11 0 9999 7 22222222222222222222 6 6 0 8888888 3 11111 0 4 7 7 7 00000000000000000 2 4 2 6666 0 2222 1111111111111111111111111111111111111111 0 0 5555 1 5555 9999999999999 0 0 55555 222 99 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 3 2
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CA--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CA--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AA---------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGA-ATACAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTCC-----CA--GGATCT-ATT---AGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAAT---AGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTTAGTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGAT----ATTCAACA---AAACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AA--T--AACATTTTTGG--TATAGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-TTATGAA-AAATG-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-TCAAATTCTAAAGATC--CTT-AA-ATACATGTACACGCAA---------TC----CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-TTA----A--T----TTGGACCGGTGTAGGTTCCGCTTGCCGGTGTAGGTTCCGCTT-GATAA--A-CA-AACAGAATCCATG--CA--GA---C-GTT----GAA---AG--A-A----AGA-t
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AA----AA---------C--A--G--AGACTG--TGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GGT--------------A--A--ATATAT-CA--T--AAGGTGTTTGG--TATATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-A-TT--G-CCT-GTGAA-AATTA-CAAAGGTGTCATTTTAT--TCTG-TCAAATGCTATAAATC--CTCGTA-TTGCGCA-ACAAGCAGAA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATT
gi|12 : ------------------TAGGTTCTGCTTCAATAGGCGGCAACACACAAT------------------------AGAA---GA--AGA----AAA-CTCA---GAAGGTGACAGAGGAA----AGG-AAAGG--------------------gaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AA----AAACTTA----C--ATGGTCA--TTTG-TGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GGGGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCAT-TCT----------TTGGTA-----------------AA--GTTGTATCCT-AATG--G-T-T-GTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTttaaaaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTAT--TCTG-TCCAATTCTATAGATC--CT-GAA-ATACACT-GTAAGCAGGG----------TGA-------TTTTCTGGATTTACATGCCCTG-CAA----A--AAAAATTGGACTGGTAT-------------------AGATTCCGCTT-AATAGTCA-CA-CATACAATC------CA--GG---T-GTC---AGAA---CA--A-A----GAG-C
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CC-AA----AAACTAATGGTC--A-----A--TTTG-TGATCC-CC--T-GC-AC-TGGGC--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CA--T--AGCATTTTTG--GTAT---------------------------A--GTTGTATCCTAA-TG--G-T-T-GTGGA-AATTA-CAAAAGTCTGCTTTTGT--TCTG-T--aagctagatc
gi|16 : ct---ATACTTT-----TCTT-----T-------ACTGCTGAGTA-------TGTAGTTGA-TACAGTTA--TTCATATTTTTTT------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-C-CCCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : cCTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAAT----ATTAAAC----ATGTTTCCTAGATTCA-----G-------A-------GTG-------TGTA-TTGATTGCAGT-G-GTTCATA----------------------TT-TC-T-----ACA-CCCT-T----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : ----AA---------C--A--T--A--TTTGGTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GGG--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA--------ATATTTGG--TATAATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TTAAG---T-GTGAA-AATTA-CAATGTTAAGCTTTTATTCTCTT-T--AATTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat----TTTTACACATACTTATT-GTTA-GAGCGACCCCTGCACCGTG--GTC--TTTA-AGCACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAAT----A-TCAATC---ATACTTT-----T
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AA----AAA--------C--A--G--A--TCT--TGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GGC--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CA--T--ATCATATTTGACAT-CAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-A-TT--G-T-T-ATGAC-AATTA-CAAAAGTCTACTTTTAC--TC---T--AATTCTACAGATCTTTTTAAA-ATACGTG-ACAAGCAGTGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTG-GAACCCTACCAA---TTGGACCGGTATA-----------------TAGG-TCTGCTT-GATAGGCA-CA-TACACATTC------CA--GA---TCATT---AGAA---AG--A-A----AAACCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAA----TGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTA-GTGG-AAATGGTCACTGCGCCGT---GCC--ATTG-GAAACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GAT----ATTC-ACA---A-ACTTT-----TTCT-----T---------------GTG-------TGTA--TGA-TACAGTGG-GTTCATGCTCTTTTTCTAAAAAGGTATTTTTATT-T-----A-A-CCCC-TCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAAT-TTCAGGAcat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AA----AAC--------C--A--G--A--TTT--TCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGGA--CC---C--AG--GACA--GGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-G
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AA----AA---------CC-A--G--A--TTT--TCA-GCACC--A-GC-GC-T-GGTA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT---------G-ATATTT-A-GTTTAATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-A-TTG-G-T-T-Gcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CC-AAAAACAA---------T--A--G--A--TTA--TCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGGT--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAA----AA---------CAGA--G--A--TTG--TGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GGC--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GGC--CC---TCAGG--G--A----------------AGCTTATTTAA-A-ATAGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-A-TT--G------------ATT------GGTCTACTTTTCT--T--------------TAGATC--CTTGAA--TACGTG-ACAAGCAGAGG--AGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATACCC--------------A---GTGTA--GGTTT------------------TAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAATCTA----TATTAG---T-GTCCT-AAAA---GC--A-A----AAA-
gi|3 : ttatatccttaatAAA---A--AAAGTA----TTT-GCGCGTACTTCTT-GTGA-AAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCT--A--G-AGGACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGAT----ATTAAAC----ATACTTTAATA-TTTTATATGT-------A-------GTA-------TGAA-TTGA-TACAGT-G-GTTTACAT--TTTTT----AAATAAATTTTT-TT-TCAATAA-A-CCCC-CCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CTTTAA-ATGCGCG-ACATGCAGGGCT--ATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTGGCAG----A-------TTGGACCGGTGT-------------------AGGTTACGCTT-GATAGGCA-CA-CACACAAT-T-----TA--GG---T-GTC---AAAA---AGGAG-A----AAA-CTAAATAGAAGGTGACAAAGGGA----AGG-AAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAAC---A--AAAATGAGAATTTCTCAAA-ATTTCTT-GTGG-GAGTAAACCC--------G--G--------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATATATACTTT-----TCTT-----TACTGCTGA-------GTA-------TGTA-TTGA-TACAGT-T-ATTCATATTTTTT-------AAGG-ATTTTT-TT-C-----A-ACCCCC-TCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTAT-AAAGTACT
gi|5 : tCATAGG--AGTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-TAA----A--A----TTCGATCGGTAT-------------------AGGTTAAGCTT-AATAGACA-CA-CATACAATCT------A--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-AGGGGAAA-CTCAACAGAAAGTGACAAAAGAA----AGATAAATG--------------------GAAA-GATTACATTCTA--GAAGTC----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTG--GCCTTATT---GCACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAAT----ATCAAAC----ATACTTT-----TTCT-----T-------G-------ATGCAGACTCTGTA-TTGA-TGCAGTGG-----ATCTTATTT---------GATTTTTTT-TTGT-----A-A-CCCC--CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAt
gi|6 : AGGTTCGACTT-AATCGGCA-CG-GGCACAATGTAGGAGTA--GG---T-GAC---AAAA---AG--G-G----TAA----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAA-AAAAA--------------------CAAG------AAG---AATGAATTC----TTTCGCACATACTTCTT-TTAG-GAGTGACTCCTGCAGCGTG--GCA--GTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGT----ATTCAA-A---ATGCATT-----TCTT-----T-------A-------ATGCGGAGACTGTA-TTGA-TATAGTGGTGT--ATATTC---TT----AAAGAT-TTTTC-TT-T-----A-T-TCTC-CCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC--A----AA---------C--A--GACA--TTG--TGA-CC-TTG-C-GC-GC-TGGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGT--AACATATTTGA-A-ATAGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-A-TTG-G-T-T-GTTAA-AATAA-CGAAGGTCTGCTTTTAT--TTTGCT--CAGTTTATACATA--CTTGAG-AAACACG-ACAAGCAT-GGT-GATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-C-A----A--TA---CTAAACCGCTA-------------------TAGGTTCTG-------------CA-CACACAATC------CA--TG---T-TTC---AAAAATTAG--AGG----AAA-CTCGACAGAA-GTGATAAAAGGA----AGG-ag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AA----AA------------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGCTT-GGC--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CA--T--AACATATTTGG-A-ATGGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-A-TC--GCT-T-GTTAA-AATTA-AAAAGTTCTG---------TCTG-----ATT-TATTGAT---CTTCAT-ATATGAT-ACACATACACATAGATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-C-A----A--AA---CTGGGTCGATA-------------------TAAGTTCTGCTT-AATAGG------CACACAGTCT-----CA--GC---T-AC-----GAA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AA----AA---------C--A--G--AGATTG--TGAACC-CC--A-GT-GC-T-GGT--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACA--TGTAGCATATTTGA--TATAGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-A-TT--GAT-T-GTGAA-TATTA-CAAAGGTCTG-TTTTAT--TCTG-TTAAATTCTATAAATC--CT--AATGTACGCG-ACAAGC--AGGTCA-------------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-C-C----A--AA---TTGGACCAG--------------------------------T-AAT-GGCA-CA-CACACAACCT------A--AG---C-ACCAATAGAA---AG----A----AAA-CTCAga
blockSeqs : C T G T AAA TAC A T T G AAAC ACTTACATGGTCATTTG T A CC A A TG GG GCAC CA AC CA G ACATGT AC GACAT T ATTTATATAGAAGC AA A A AA CC T C A TC TGTCA TT CG T T GTGGTCAA A C T C A GAACCCTACCAA TAGGTTCCGCTTGCCGGTGT C C G A CTATATTAGTGTCCT ATT AAGGGG C AG G CATT T TGTGAAAAAATATTACATCC T T TTCTA GAGAA T T . T TGGCAGTTGTGTT C T G ATTA A ATAT AATATTTTATATGTAGTA G T GGTG TTTT TTCTAAAAAGGTA A G CAATA CA CT C A CTTCATCCCAAATTT A ATTTTTT GGT AA A A
blockSeqs : C . . . G G . . . . . ACTAATGGTCAATTTG A . G . . CA A CAG . . . A ACATGT AG GGTA A AGGAA . . . G CT . . . . TGTCA . TA . . CACATAGA A C T T C CAAAAAAAA TAT T A . . GTAGGAGTAGGTGAC . GAGA . AT A . . . T A GAAT G T T . . TGGTCTTTAAGC A T A . C C TCTTTACTGCTGAGTA . . GGG CTCT TTAAATAAA . . . AC T A . CCTCCCAAATTT A TTCA A A A A
blockSeqs : C . . . . . . . . . . ATTGATATAG . . . . . TG . CAG . . . T AAT GC GGTA T AGA . . . G AT . . . . TGTCC . TG . . GAACAA A C . T T TTAAT TT C . . . CCATGCAGACGTT . AGA . AC G . . . . T GA A C T . . TGGCCTTATTGC T T G . C A TCTTTACTGCTGAGTA . . TA TTTT TTAAAGAT . . . C T C . CTTC A TTG A T A .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CAGAGACTG . . . . . AG . TCA . . . T CAT GC GGTA A TGG . . . G T . . . . TGTTA . TT . . GAGGAG A A . C C GCAGA T T . . . CTAAGCACCAAT . AGG . GC A . . . . . AA C C G . . TGCCATTGGAA T A A . A A TTCTTGATGCAGACTC . . GG TTAT TAAGGA . . . A C C . A A TTA C G .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CATATTTGG . . . . . TG . CAG . . . G CAT TC GGTA C AGG . . . . T . . . . TGCT . TG . . GGGCTA A C . T T TAAAA T T . . . CCAGATCATT . AA . AC G . . . CA C C T . . GATGCTAGAGG C T A . A . TCTTTAATGCGGAGAC . . GG TTC AAGGA . . . A T G . C A TC A A .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CAGAGATTG . . . . . TT . C . . . A CAT GC AGTT T AGA . . . . T . . . . TGT . TC . . TAGGAG G A . C T CAATA T C . . . CCAGGTGTC . AA . . . . . . . . . GG C C G . A . CTAGATTCAGAGTG . . TA TT GATT . . . A C T . C . CT . A
blockSeqs : C . . . . . . . . . . CAGACATTG . . . . . A . T . . . A CAT AC AGTT T AGG . . . . T . . . . TTT . T . . TGGTGA A A . C T CAAAA T A . . . TTAGGTGTC . AA . A . . . C . TTCTTGTG . . GG . . . . . T . . . C . TT . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CAGAGATTG . . . . . T . C . . . A CAT AC AAAA C AGA . . . . T . . . . TG . G . . AGGTCA . A . T A CCAAA T G . . . CTAGGTGTC . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACAGATCT . . . . . T . C . . . A AA GC GAAA A A . . . . T . . . . T . . . . GGG . . . . C A . T . . . CCATGTTTC . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCAGATTT . . . . . T . C . . . T . G GGAA T G . . . . T . . . . . A . . . . T T . . . CTCAGCTAC . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCAGATTT . . . . . T . C . . . A . G GATA . G . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . TAGATTA . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . . . . T . .
blockSeqCons : CANAGATTG***************** GGTA** TGTC** ** GGGCGA** CNAAA*********** T******************* CCAGGTGTC*************** **** TGGCNNTTGAGN***** **** TCTTTANTGCNGAGTN************************ GG** TAAGGA******* A*
originalCons : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AA---------C--A--G--A--TTT--TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGA-ATATAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTG-T--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGAGGTCAATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-CAA----A--AA---TTGGACCGGTAT------------------TAGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCT-----CA--GG---T-GTC---AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTG--GCC--ATTG-GGNACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAACA---ATACTTT-----TTCT-----T-------A-------GTG-------TGTA-TTGA-TACAGTGG-GTTCATATTCTTTTT----AAAGGTATTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
finalCons : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AA----AACANAGATTG-----------------TGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GGC--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CA--T--AGCATATTTGGTA--TAGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-A-TT--G-T-T-GTGAA-AATTA-CAAAGGTCTGCTTTTAT--TCTGTC--AATTCTATAGATC--CTTGAA-ATACGCG-ACAAGCAGGGCGA--TTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTGCNAAA-----------TTGGACCGGTAT-------------------AGGTTCCGCTT-AATAGGCA-CA-CACACAATCCAGGTGTC---------------AGAA---AG--A-A----AAA-CTCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAAG---A--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-GTGG-GAGTGACCCCTGCGCCGTGGCNNTTGAGN-----ACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGAT----ATTNAAC----ATACTTTTCTTTANTGCNGAGTN------------------------TGTA-TTGA-TACAGTGG--TTCATATTCTTTTAAGGA-------TTTTT-TT-T-----A-A-CCCC-TCCNC-CC---C--------------AGCA-GAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 1 111111111111 111111 2222222222222222 111111 222222 1111 2222222 2222222222222222 1111111 22222222222222222222222 111111111 1111 55555555555555555555 1 1111111 11111 1111111111 11111111 111111 1 444444444444444444 1 1111111111111 555555555555555555 111111111 111
lowQualScore : 1 3 3 3 888 888 3 3 3 9 77777777777777 33 2 55 5 2 66 2 2 2 1 666666666666 44 44 44 1 444444 22 3 3 3333 0000000000000000 44 6 555555 3 3 555555 4 2 55 3333 4 777 4 3333333 44444 7 5 1 7777777777777777 3 44 77 4444444 3 3 555 55555555555555555555555 666 111111111 3 4 33 4 7777 5 44444444444444444444 0 0 1 2222222 0 33333 4 1 5 5 0 55 6666666666 2 7 2 1 88888888 4 66 555555 1 5 5 0 0 444444444444444444 5 9999999999999 0 2 5 555555555555555555 88 777777777 555 0 99 7 3
lowQualScore : . . . . ... ... . . . . .............. .. . .. . . .. . . . . ............ .. .. .. . ...... .. . . .... ................ .. . ...... . . ...... . . .. .... . ... . ....... ..... . . . ................ . .. .. ....... . . ... ....................... ... ......... . . .. . .... . .................... . . . ....... . ..... . . . . . .. .......... . . . . ........ . .. ...... . . . . . .................. . ............. . . . .................. .. ......... ... . .. . .
lowQualScore : 1 3 3 1 555 555 1 1 1 2 33333333333333 99 9 88 7 9 88 9 9 9 4 666666666666 22 22 22 2 999999 22 1 1 5555 2222222222222222 22 2 555555 6 6 222222 0 5 55 5555 0 000 0 6666666 33333 3 7 8 0000000000000000 6 66 66 2222222 6 6 555 99999999999999999999999 444 999999999 6 4 11 0 9999 7 22222222222222222222 6 6 0 8888888 3 11111 0 4 7 7 7 77 4444444444 2 4 2 0 11111111 4 11 999999 0 0 0 0 9 999999999999999999 0 2222222222222 9 8 0 000000000000000000 22 000000000 000 2 22 3 2
consensus : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AAAA-----C--ANAG--A--T-T-GTGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GG-C--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CAT--AGCA-TATTTGG-TAT-AGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-ATT--G-T-TGTGAA-AATT-ACAAAGGTCTGCTTTTATTCT-G-TC-AA-TTCTATAGATC--CTT--GAA-ATACG---CG-ACAAGCAG-GG--CGATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-----CNA--AA----TTGGACCGGTA-TA--GGTTCC-GCTT-------AATAGGCA-CA-CACACAAT-C-CA----GG---T-GT------C---AGAA---AG--A-A----AAA-C-TCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAA---GA--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-G-TGGGAGTGACCCCTGCGCCGTGGCCNTTGNG-NACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGATATTAA--------AC-ATACTTT--TCCTTAATGCGGAGTGTGTA-TTGA-TACAGT-GGTTCATATTCTTTT------AA--GG-ATTTTT-TT---T-----A-A-CCCCTCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
Reference ( family-3210 ) : TTCCACAGCCATAGCGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AAAA-----C--ANAG--A--T-T-GTGA-CC-CC--T-GC-GC-T-GG-C--CC---C--GG--G--A--GGATAT-CAT--AGCA-TATTTGG-TAT-AGNTCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-ATT--G-T-TGTGAA-AATT-ACAAAGGTCTGCTTTTATTCT-G-TC-AA-TTCTATAGATC--CTT--GAA-ATACG---CG-ACAAGCAG-GG--CGATTTCATGACAGCA-TTTTCCCGGATTTACATACCCTG-----CNA--AA----TTGGACCGGTA-TA--GGTTCC-GCTT-------AATAGGCA-CA-CACACAAT-C-CA----GG---T-GT------C---AGAA---AG--A-A----AAA-C-TCAACAGAAGGTGACAAAAGAA----AGG-AAAGG--------------------CAAATGACTAAA---GA--GAAATG----TTTCGCGCATACTTCTT-G-TGGGAGTGACCCCTGCGCCGTGGCNNTTGAG-NACTAGAGGACCGATCCCGATGCTCATTCTGTAGGATATTNA--------AC-ATACTTT--TCTTTANTGCNGAGTNTGTA-TTGA-TACAGT-GGTTCATATTCTTTT------AA--GG-ATTTTT-TT---T-----A-A-CCCCTCCNC-CC---C--------------AGC-AGAACA-----TT--TTCA--AAAATCTCCGGCC-GTCGAAAGGATATAAAAATACTCAGGA
gi|1 : TTCCACAGC-ATAGTGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AAAA-----C--A--G--A--T-C-TTGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GG-C--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CAT--ATCA-TATTTGAATAC-AGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-ATT--G-T-TATGAC-AATT-ACAAAAGTCTACTTTTACTCT------AA-TTCTACAGATCTTTTT--AAA-ATACG---TG-ACAAGCAG-AGGTCAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTGGAACCCTACCAA----TTGGACCGGTATTA--GGTTCT-GCTT-------GATAGGCA-CA-TACACATTCC-CA----GGATCT-AT------T---AGAA---AG--A-A----AAACC-TCAAGAGACAGTGACAAAAGAAT---AGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAA---GA--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTTAG-TGGAAATGGTCACTGCGCCGT-GCCATTGGA-AACTAGAGGGCTAATCCC--TACTCATTTTGTAGGATATTCA--------ACAAAACTTT--TTCTT--------GTGTGTA-TTGA-TACAGTGGGTTCATGCTCTTTTTCTAAAAA--GGTATTTTTATT---T-----A-A-CCCCTCCAC-CC---C--------------AGCTAGAACA-----TC--TTCA--AAACTCTCAAGCC-TTCAAAAGGATATAAAAAAATTCAGGA
gi|10 : GATGT-AAT--AACA-TTTTTGG-TAT-AGTTCAAAA-----------GA--GGAA--GTTGTATCCT-ATT--GTT-TATGAA-AAAT-GCAAAGGTCTGCTTTTATTCT-G-TCAAA-TTCTAAAGATC--CTT---AA-ATACA---TGTACACGCAA----------TC----CGGCA-TTTTCCAGGATTTACATATCCTG-----TTA--AT----TTGGACCGGTG-TA--GGTTCC-GCTT-------t
gi|11 : TTCCATACCCAT--TGT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-GTCC-AAAA-----C--AGAG--A--C-T-GTGG-CC-CT--T-CC-GC-A-GG-T--------------A--A--ATATAT-CAT--AAGG-TGTTTGG-TAT-ATATCGGAA-----------GGAAGGAAAAGTTGTATCCT-ATT--G-CCTGTGAA-AATT-ACAAAGGTGTCATTTTATTCT-G-TC-AAATGCTATAAATC--CTC--GTA-TTGCG---CA-ACAAGCAG-AA--CAATTTCATGACGGCATTTTTTCCGGATTgccggtgtaggttccgcttgataaacaaacagaatccatgcagacgttgaaagaaaga
gi|12 : -TA--GGTTCT-GCTTC------AATAGGCGGCAACACACAAT----------------------------AGAA---GA--AGA----AAA-C-TCA---GAAGGTGACAGAGGAA----AGG-AAAGG--------------------gaaa
gi|13 : TTCCACAGC-ATGGCATTA-CAATATG---CAT---AAATATG-CC-AAAAACTTAC--ATGGTCA--T-TTGTGA-CC-CCCCT-GC-AC-T-GG-GGGCC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CAT--AGCATTCTTTGG-TA----------------------------AA--GTTGTATCCTAATG--G-T-TGTGGACAATTAACAAAAGTCTGCTTTttaaaaaggtcgtaaaaaattatatactttaaagcaaaagtaaggaaagagaagtcttttcatgcagacttttgtgtcaaataaacc
gi|14 : tcctTCTGCTTTTATTCT-G-TCCAA-TTCTATAGATC--CT---GAA-ATACA---CT-GTAAGCAG-GG--TGATTTT---------------CTGGATTTACATGCCCTG-----CAA--AAAAAATTGGACTGGTA-TA--GATTCC-GCTT-------AATAGTCA-CA-CATACAAT-C-CA----GG---T-GT------C---AGAA---CA--A-A----GAG-C-
gi|15 : TTCCACAGCCATGGCAT-A-AAT-ATG---CAT---AA-TA-G-CCAAAAA-----CTAATGGTCAATT-T-GTGATCC-CC--T-GC-AC-TGGG-C--CC---CAGGG--G--A--GTGTTT-CAT--AGCA-TTTTTGG-TAT----------------------------A--GTTGTATCCTAATG--G-T-TGTGGA-AATT-ACAAAAGTCTGCTTTTGTTCT-G-Taagctagatc
gi|16 : ctC-ATACTTT--TCTTTACTGCTGAGTATGTAGTTGA-TACAGT-TATTCATATTTTTTT------AA--GG-ATTTTT-TT---C-----ACC-CCCCTCCCC-CC---CTTCATCCCAAATTTAGC-AGAACA-----TTCATTTA--AAAATCTCCGGCCAATCAAAAGGGTAT-AGAATACTCAGGA
gi|17 : CTAGAGGACCGGTTGTGATGCTCATTCTGTAGAATATTAA--------AC-ATG--TT--TCCTAGATTCAGAGTGTGTA-TTGATTGCAGT-GGTTCATA------------------------TT-TC---T-----ACA-CCCTT----------A--------------AGC-AGAACA-----TTG-TTC---AAAACCTCCAGGC-ATTGAAAGGATATAAA
gi|18 : AA-----C--ATAT--T--T-G-GTAT-CC-TC--T-GT-GC-T-GG-G--CC---C--CA--A--A--AGATGT-AA------A-TATTTGG-TAT-AATTTGGAT-----------GG--GGAA--GTTGTATCCT-ATTAAG---TGTGAA-AATT-ACAATGTTAAGCTTTTATTCTCT-TT-AA-TTCTAAAGATcta
gi|19 : tgattat----TTTTACACATACTTATT-G-TTAGAGCGACCCCTGCACCGTGGTCTTTAAG-CACCAAAGGTCAGATCCTGATGGTCATTCTGCAAAATATCAA--------TC-ATACTTT--TC
gi|2 : aaagacttcTTCCACAGCCATAGTGT-GGAAA-ATG---TGT---AA-TG-G-TC-AAAA--------ACAG--A--T-C-TTGA-CT-CC--T-GT-GC-T-GG-C--TC---T--GG--G--A--GGATAT-CAT--ATCA-TATTTGA-CATCAGATCGGAA-----------GG--GGAA--GTTGTTTACT-ATT--G-T-TATGAC-AATT-ACAAAAGTCTACTTTTACTCT------AA-TTCTACAGATC--TTTTTAAA-ATACG---TG-ACAAGCAGTGGT-CAATTTCATAACAGCA-TTTTCCCGCGTTTACATACCCTGGAACCCTACCAA----TTGGACCGGTA-TATAGGT-CT-GCTT-------GATAGGCA-CA-TACACATT-C-CA----GA---TCAT------T---AGAA---AG--A-A----AAA-CCTCAAGAGACAGTGACAAAAGAA----TGG-AGAGG--------------------CAAATGACTAAA---GA--GAAATG----TTTTGTGCATACTTCTA-G-TGGAAATGGTCACTGCGCCGT-GCCATTGGA-AACTAGAGGGCTAATCC---TACTCATTTTGTA-GATATTC---------AC-AAACTTT--TTCTT--------GTGTGTA--TGA-TACAGTGGGTTCATGCTCTTTTTCTAAAAA--GGTATTTTTATT---T-----A-A-CCCCTCCAC-CC---C--------------AGT-AGAACA-----TC--TTC---AAAATCTCAAGCT-TTCAAAAGGATATAAAAAT-TTCAGGAat
gi|20 : tcctT-A-AAA-ATG---CAT---AA-TG-A-CC-AAAA-----C---CAG--A--T-T-TTCA-CC-AC--TAGC-GC-CAGG-A--CC---C--AG--GACA--GGATAT-------G-A-TATTTAG-TTT-AACTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-ATTG-G-T-TG
gi|21 : T-A-AAA-ATG---CAA---AA-TG-A-CC-AAAA-----C---CAG--A--T-T-TTCA-GCACC--A-GC-GC-T-GG-TA-CT---C--AG--G--ACAGGATAT-------G-A-TATTTAG-TTT-AATTCAGA-------------G--GAAA--GTTGTATCCT-ATTG-G-T-TGcta
gi|22 : TTTTACATCCATAATTT-A-AAA-AAAAAATGT---AA-TG-G-CCAAAAA-----CA-ATAG--A--T-T-ATCA-CC-CC--T-GC-AT-TGGG-T--CC---C--AG--G--G--GGcta
gi|23 : cctTTCCACAAACATAATGT-A-CAT-GTA---TGT---AA-TG-G-CCGAAAA-----C--AGAG--A--T-T-GTGA-TT-CC--T-GC-GCAG-GG-C--TC---C--
gi|3 : ctTTCCACAGCCATAGCAA-A-AAT-ATG---TGTTACAA-TG-G-CC-AAAA-----C--A------------------C-CC--T-GC-CA-T-GG-C--CC---TCAGG--G--A--------------AGCT-TATTTAA-AAT-AGTTTGGAA-----------GA--GGAA--GTTGTATGGT-ATT--G-----------ATT------GGTCTACTTTTCTT----------------TAGATC--CTT--G-A-ATACG---TG-ACAAGCAG-AG--GAGTTTTATGAAAGCA-TTTT-CTGGATTTACATAC-------------------------CCAGTG-TA--GGTTTTAGCTTTTGTGTAAATAGGCA-CA-CATACAAT-C-TATATTAG---T-GT------CCT-AAAA---GC--A-A----AAA-
gi|3 : ttatatccttaatAA---AA--AAAGTA----TTT-GCGCGTACTTCTT-G-TGAAAGAGACCCCTCCGTTG-GATGCTAGAG-GACTGGAGGACTGATCCTGATGCTTTTTCTGTAGGATATTAA--------AC-ATACTTTAATATTTTATATGTAGTATGAA-TTGA-TACAGT-GGTTTACATT-TTTT------AAATAA-ATTTTT-TT---TCAATAA-A-CCCCCCCCC-CC---C--------------TTC-----C------CT--TTCGGTGGAATCTCCAGAC-GTTGAAAGGATATaagtatttgcgcgtacttcttgtgaaagagacccctccgttggatgctagaggactggaggactgatcctgatgctttttctgtaggatattaaacatactttaatattttatatgtagtatgaattgatacagtggtttacattttttaaataaattttttttcaataaaccccccccccccttccctttcggtggaatctccagacgttgaaaggatat
gi|4 : ttatatccttaatttccacagccatagcaaaaatatgtgttacaatggccaaaacaccctgccatggccctcagggaagcttatttaaaatagtttggaagaggaagttgtatggtattgattggtctacttttctttagatccttgaatacgtgacaagcagaggagttttatgaaagcattttctggatttacatacccagtgtaggttttagcttttgtgtaaataggcacacatacaatctatattagtgtcctaaaagc--CTT--TAA-ATGCG---CG-ACATGCAG-GG--CTATTTCATGACATCA-TTTTTCTGGATTTACCAACTTTG-----GCA--GA----TTGGACCGGTG-TA--GGTTAC-GCTT-------GATAGGCA-CA-CACACAAT-T-TA----GG---T-GT------C---AAAA---AGGAG-A----AAA-C-TAAATAGAAGGTGACAAAGGGA----AGG-AAAAATGTGAAAAAATATTACATCCTAAATGCCAAAA---CA--AAAATGAGAATTTCTCAAA-ATTTCTT-G-TGGGAGTAAACCC--------GG------------TAGAGGACCGATAAAGATACTCAGGCTGTAAGATATTAATTAAACATAT-ATACTTT--TCTTTACTGCTGAGTATGTA-TTGA-TACAGT-TATTCATATT-TTTT------AA--GG-ATTTTT-TT---C-----A-ACCCCCTCCCC-CC---CCTCCCAAATTT---AGC-AGAACA-----TTA-TTTA--AAAATCTCCGGCC-ATCAAAAGGGTAT-AAAGTACT
gi|5 : tTTTCATGAAAGCA-TTTTCCTGGATCTCCATACCCTT-----TAA--AA----TTCGATCGGTA-TA--GGTTAA-GCTT-------AATAGACA-CA-CATACAAT-C-TA----GG---T-GT------C---AGAA---AG--A-AGGGGAAA-C-TCAACAGAAAGTGACAAAAGAA----AGATAAATG--------------------GAAA-GATTACATTCTA--GAAGTC----TTTCATGCAGCTTTCTT-GTTGTGAGTGACCCCTTTGCAGTGGCCTTATTG-CACTAGAGGACCAATCCTGATGATCATTCTGGAAAATATCAA--------AC-ATACTTT--TTCTTGATGCAGACTCTGTA-TTGA-TGCAGT-GGATCTTATTT---------------G-ATTTTT-TTTTGT-----A-A-CCCC-CCGC-CCCTTC--------------AGC-AAAACA-----TT--CTTC--AAGATCTCTGGCC-ATCGAAAGGATATAt
gi|6 : cataggagA--GGTTCG-ACTT-------AATCGGCA-CG-GGCACAAT-G-TA----GG---A-GTAGGTGAC---AAAA---AG--G-G----TAA-----AGCGAAAGGTGAAAAATGTACATTAAA-AAAAA--------------------CAAG------AA---GAATGAATTC----TTTCGCACATACTTCTT-T-TAGGAGTGACTCCTGCAGCGTGGCAGTTGTGTTAGAAGAAGACAGAACCCGATGCCCATGATGTGGAGTATTCA--------AA-ATGCATT--TCTTTAATGCGGAGACTGTA-TTGA-TATAGT-GGTGTATATTC--TT------AA--AG-ATTTTTCTT---T-----A-T-TCTCCCCTTACT---C--------------TGC-----CAATTTTTT--TTCA--AAAATCTCTGGCA-GTCGAGAAGATA
gi|7 : AGCAT-A-AAA-ATG---CGT---AA-TG-G-CC-AAA------C--AGAC--A--T-T-GTGA-CC-TTG-C-GC-GC-T-GGGC--TC---CAGGG--G--A--TGATATACATGTAACA-TATTTGA-AAT-AGCACAAAA-----------GG--GGAA--GTCCTATCCT-ATT--GGT-TGTTAA-AATA-ACGAAGGTCTGCTTTTATTTT-GCTC-AG-TT-TATACATA--CTT--GAG-AAACA---CG-ACAAGCAT-GG--TGATTTCGTTAAAGTA-TTTT-AAGAATATACACACGCTT-----CAA--TA----CTAAACCGCTA-TA--GGTTCT-G-------------------CA-CACACAAT-C-CA----TG---T-TT------C---AAAAATTAG--AGG----AAA-C-TCGACAGAA-GTGATAAAAGGA----AGG-ag
gi|8 : TTCCACAACCTTAACGT-G-AAA-ATG---TGT---AA-TG-G-CC-AAAA--------ATTG--A--TATAGTGA-CC-CC--C-TCAGC-TTGG-C--CC---C--AGCAG--A--GGATTT-CAT--AACA-TATTTGG-AAT-GGATTGTAA-----------GA--AGAA--GTTCCATTTT-ATC--GCT-TGTTAA-AATT-AAAAAG-----------TTCT-G-TCTGA-TT-TATTGAT---CTT--CAT-ATATGATAC--ACATACAC-AT--AGATTTCATGAAAGCATTTTTCCCAAATT------CCCTT-----CAA--AA----CTGGGTCGATA-TA--AGTTCT-GCTT-------AATAGG------CACACAGT-CTCA----GC---T-AC-----------GAA---AG--A-A----AGA-
gi|9 : tcctAA-ATGG--CGTG--AA-TG-A-CA-AAAA-----C--AGAG--A--T-T-GTGAACC-CC--A-GT-GC-T-GG-T--CCGCAC--GG--G--A--GGATATACATGTAGCA-TATTTGA-TAT-AGTTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCT-ATT--GAT-TGTGAA-TATT-ACAAAGGTCTG-TTTTATTCT-G-TTAAA-TTCTATAAATC--CT----AATGTACG---CG-ACAAGCAG-G--------TCA-------A-TTTTTCTGCATTAACATTCC--G-----CCA--AA----TTGGACCAG-----------------T-------AAT-GGCA-CA-CACACAAC-C-TA----AG---C-AC------CAATAGAA---AG----A----AAA-C-TCAga