lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1 111 1 11111111111111 888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 3333333333333333333333333333 111111 44444444444 1111 22 1 2222222 111 222 33333333333333333333 2
lowQualScore : 0 5 999 5 66 66 0 5 55555555555555 666666666666666666666666666666666666666 4 66 777777 4 55555 2222222222222222222222222222 2 777777 66 66666666666 6666 3 4 55 1 33 44 3 6 3 1111111 9 111 333 3 3 0 99999999999999999999 5 4 2 3 3
lowQualScore : . . ... . .. .. . . .............. ....................................... . .. ...... . ..... ............................ . ...... .. ........... .... . . .. . .. .. . . . ....... . ... ... . . . .................... . . . . .
lowQualScore : 9 7 777 0 99 99 0 0 55555555555555 222222222222222222222222222222222222222 4 11 777777 4 11111 9999999999999999999999999999 5 111111 11 00000000000 3333 6 0 55 2 55 66 1 8 1 8888888 6 777 444 3 3 4 55555555555555555555 0 2 2 2 0
consensus : TCGGTATACTTTATTTT-CGG--CAT-C--TAT--T-CAT-GGAA----ACAGCGN---AGTA---------TATAT--A-GTAT-------CGAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTT---A-TTTTCT-TA-T-CTATTCAGTGT-A----TTA-AAACATAA--------GGTTATCGTG-----AAT--AACGACCGAGA--TCAACTTTCAG-AAAA-T--ATATGCAACAA--AGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGCA-GACA-A-TTTGACAAAAATAAGT-CGG-CTT---A------GGGTCAATGTTAAATTCTTCAACAAT
Reference ( gi|2 ) : TCGGTATACTTCATTTT-CGG--AAT-C--TAT--T-CAT-GGAA----ACAGCGA---AGTA---------TATAC--A-GTAT-------TGAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTT---A-CTTTCT-TA-T-CTATTCAGTGT-T----TTA-AAACATGA--------GGTTATCATA-----AAT--AACGCTTGAGG--TAAACTTCCAG-AAAA-T--ATGTGCTGCAA--AGAA-ACACTA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GCATCTTAAGAT---GGCT-GACA-A-TTTGACAAAAATAAG--AGGGTTT---A------AGGTTAGTATTAAATTCTTCAATAAT
gi|5 : TCGGTATACTTTATTTT-CGG--CAT-CTATAT--T-CAT-GGTA----A-----A---AGTG---------T-T------GTAT------------A---TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTT---A-TTTTCT-T-----TATTCAGCGT-A----TTA-AAACATAA--------GGTTATCGTG-----AAT--AATGACCGAGA--TCAACTTTTAG-AAAA-T--ATATGCAACAA--ATAA-ACACAA-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGAA-GACA-A-TTTGACA
gi|6 : TCGGTATACTT-ATTTT-CGG--CAT-C--TATATT-CAT-GGTA----A-----A---AGTG---------TTT------GTAT------------A---TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTT---A-TTTTCT-T-----TATTCAGCGT-A----TT--AAACATAA--------GGTTATCGTG-----AAT--AATGACCGAGAATCAAACTTTTAATAAAA-T--ATA-GCAACAA--ATAA-AC---A-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGAA-GACA-A-TTTGACAA
gi|1 : TCAATATACTTTATTTTTCGGTGAATTC--TAT--TACATTGGAACAAAGCAGC-A---AGTAATTCTTATTTATTCCAA-CTAA-------CAAAAAAATTAATAAATCAACG--TTCGAAAGTT---AGCTATCTATA-TTCCATTCGGTTA-T----CCACAAGCATGA--------G-TTAT-ATACTTCAAATCTAACGATCGAGA--TCAACAT-------AA-T--ATGTTC-GCAACAAGAG-ACACAATCTCTTGCTAGAATA---C-GGATATGAAGATGCAGG---GAGA-A-TTGGATTAAAA
gi|4 : cacaCAGTATGCTTTGATTT-CAG--CAT-C--TAT--T-CAT-GGAA----ACAGTGC---AGTA---------TATAT--G-ATAC-------TGAAAA---TAC-AAATAGATT--TTGAAAAGTT---A-TTTTCT-TA-G-TTATTCAGTGT-A----TTA-AAACATAA--------TGCTATCGT--------------------GA--TCAACTTTCAG-AAAA-T--ATATGCAACAA--ATAA-CCACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATATTAACATTACGGCA-GACA-A-TTTGACAActttattccatacgatttataa
gi|11 : CGGTATACTTTATTTT-TAG--CAT-C--TAT--T-CAT-GGAA----ACAGCGT---AGTA---------TATAT--A-----------------A---TAC-AAA----CA--TTGA----TT------TTTTT-TA-T-CTATTCAGTGT-A----TTA-A----------------------ATA-----AGT--AACG------------AC--CAAA-AAAA-T--ATATGAAACAA--AGAA-ACGCAA-CTCTGGCTA-AAAA---T-GGATATTA
gi|15 : GTATGCTATATTTC-GGG--CGT-C--TAT--TTCGT-GGAA----ACAGCGC---ACT----------TATAC--ATGTATAAATCACTGAAAA---TAA-AAATAGACA---TGAAAAGTT---A-TTTTCT-TAGT-TTATTCAGTGTAT----TTA-AAcgga
gi|7 : tatcTTTATTTT-CGG--TAT-C--TAT--T-CAT-GGAA----TCAGCGT---AGCA---------TATAT----------------------------AAATAAACA--ATGAAAAGTTAAAA-TTGTCT-TA-T-TAATTCAGTGT-A----TTA-AATCACAA--------GGTTATCGTT-----CAT--AACGACCGAAA--TCAATTTTCAG-AAAA-T--GTATGCAACAA--ATGA-GCTCAA-CTATTGCTAGAAAT---T-GGATATTAAGAT---GGTG-GACA-A-TTCG
gi|12 : taT-C--TAT--T-CGT-G-AA----ACAGCGACTTAACA---------TGTAT--ATGAAC-------TGAAAA---TAA-AAATAGACATTTTGAAAAGTT---A---TTTT-TA-G-TTATTCTGTGT-TATTATTA-AAAAAAAAAAACAAATGGTTATCACG-----AAG--AACGACCAA----TCAACTTGCAG-AAt
gi|3 : ---TGA-AAATTGAAA--TTAAAATGTT---A-TTTTCT-TA-T-CTGTTCA--------------------------------TCGTAATA-----AAT--AACGACCGAGA--TCAATG---AA-AAAA-T--ATGTGCAACCA--AGAA-ATACAA-CTCCTGCTAGAAAA---A-GAATTTTAAGAT---GGCA-GACA-A-TTTGACAAAAATAAG--AG----------------GGTTAGTATTAAATTC
gi|9 : tagcttaaataacactt-----AAT--AAAGATCGAGA--TCAACATTTAG-AAAAAT--ATATACAACAA--AGAA-ACACAA-CTCTTGGTAGAAAA---T-ACGTA-TAAAAT---TGTTGGACA-AGCTTATCAAAAATccaaaatattctctgaaaaagagctaggttaccgacttacacgtgggttcgatcttattgcagtatataac
gi|16 : tccacagtttgtatagtgtttcagtCAA-GAAA-T--ATATACAACAA--AGAA-ACACAA-CTCTTCCCAGAAAAATTG-GGGTTTTAAGTT---GATA-GACA-A-CCTGATAAAAACAAtcactctgatttacaagagtgtcaatgtcaaattaaaaaaa
gi|8 : ttttcacttgttggtaataaagatG-AAAA-TGTATGTGCGACAA--AGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---T-GGATTTTAAGGT---GGTG-GACG-A-TTTGACAAATATGAG--------------------GGTCAATGTTAAATTCTTCAA-AATtcagccg
gi|10 : aagttttatgcggtCAA--AGAACACAGAA-TTCTTGCTCTAAGT---A-G-ATCTTAAGGT---AGAA-AACG-A-TTTGACAAAA--AAGTCCGACTTTATGA------GGGTCAATGTT-AATTTTTCAACttctccaactctacgcaggtcgacctatatgcgcgtatattcgatactttctactcnaggaca
gi|14 : atCAA--AGAA-ACAGAA-TTCTTGCTAGAAAA---tttcctggaatagaatggttcccaacctatacgcgggtcgacctatatttgagaataatcggt
gi|20 : gtgataccttaaataacattgtgaaaatagcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagtatA-ACACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATTTTAAGAT---GGCA-GACA-A-ATTAACAAAAATt
gi|13 : TAGAAAA---T-GGATTTTAAGAA---GGCA-GACAGA-TTTGACAAAATCCAGT-CCGACTT---AGTCTGCGGGCAATTGTTAAATTCTTCAAccagtccgacttatat
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAAATCCAGTCCGACTTATAATATGGTCATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCGAAAGAGGGGTTCCCGACTGAAACGCGGGTCGAC
Unaligned ( gi|18 ): GTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCGAGAAAGGGGTTACAGGCTTACATGTACAGGCTGATCGATTTTCATGCGAGGATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCAACACAGGGGTTCCCGACTTATACACCGGTCAAGCTATATTCGAGTATATACGG
Unaligned ( gi|21 ): TTCTCCGAAAGAGAAGTTCCCGACTTATACGTGGGTCGACCTTTATGCGGGTACATACGG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCAGGTCGACCTATATGCGACTATATACGGTAGTGTTTACTCCAAAAGACA
Unaligned ( gi|23 ): AGTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCAAAAAGAGTTTACCGACTTACACGC
Unaligned ( gi|24 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|25 ): CGTGATACCATAAATAACATTGTGAAAATAGCGAA
Alignments
lowQualScore : 11 22222222222222222 55555555555555555 11111 22222222222222222222222222 11111 6666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 5 777 22 8 8888 66666666666666666 0 66666666666666666 777 44 55 777 4 4 00000 8888 4 4 4 00000000000000000000000000 0 4 4 1 22 3 3 55 55 2 2 33333 1 555 0 44 3 3 2222222222222222222222222222 6 2
lowQualScore : . ... .. . .... ................. . ................. ... .. .. ... . . ..... .... . . . .......................... . . . . .. . . .. .. . . ..... . ... . .. . . ............................ . .
lowQualScore : 0 888 22 9 8888 66666666666666666 1 00000000000000000 000 66 55 000 0 0 88888 5555 0 0 8 44444444444444444444444444 7 0 0 0 44 3 6 00 00 9 9 11111 0 444 7 22 1 1 2222222222222222222222222222 7 0
consensus : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGCG--GACA-A-TTTGACAAAAA-T-NAGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
Reference ( family-320 ) : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGCA--GACA-A-TTTGACAAAAA-T-AAGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
gi|1 : TCAATATACTTTATTTTTCGGTGAATTCTAT--TACATTGGAACAAAGC---AGCAAGTAATTCTT-----ATTTATTCCAA-CTAAC---AAAAAAATTAATAAATCAACG--TTCGAAAGTTA---GCTATCTATA-TTCCATTCGGT-----TATCCACAAGCATGA--------G-TTATATACTTCAAATCTAACGATCGAG-ATC-AACAT-------AA-TATGTTCG--CAACAA-GAG-ACACAATCTCTTGCTAGAATA---C-GGATATGAAGAT----GCAGGGAGA-A-TTGGATTAAAA-
gi|10 : cacaCAAAGAACACAGAA-TTCTTGCTCTAAG----T-AGATCTTAAGGT---AGAA--AACG-A-TTTGACAAAAA----AGT-CCGACTTTATG--AG-----GGTCAA-TGTT-AATTTTTCAACctttattccatacgatttataa
gi|11 : atCGGTATACTTTATTTT-TAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGT---AG-----------T-----ATATAT----A-------------A---TAC-AAA----CA--TTGA-----T----TTT-TTT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-A---ATAA--------G-----------------TAACGACCA--------------AA-AAAA-TATAT--G--AAACAAAGAA-ACGCAA-CTCTGGCTA-AAAA---T-GGATATTAtttcctggaatagaatggttcccaacctatacgcgggtcgacctatatttgagaataatcggt
gi|12 : ---TCTAT--T-CGTG-AAACAGCGACTTAA-----------C-----ATGTAT----ATGAACT---GAAAA---TAA-AAATAGACATTTTGAAAAGTTA---TTT---T-TA-G-TTATTCTGTGTTATTATT-A-AAAAAAAAAAACAAATGGTTAT---CACGAA---GAACGACC--A-ATC-AACTTGCAG-AAcgga
gi|13 : TAGAAAA---T-GGATTTTAAGAA---GGCA--GACAGA-TTTGACAAAAT-C-CAGTCC-GACTT------AGTCTGCGGGCAATTGTTAAATTCTTCAA
gi|14 : gCAAAGAA-ACAGAA-TTCTTGCTAGAAAA---atttctcctaaagagggtcctgacttatacggggtcatcgatatgcgagttatat
gi|15 : gtgataccttaaataacattgtgaaaatagcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagtatGTATGCTATATTTC-GGGCG---TCTAT--TTCGTGGAAACAGCGC---AC-----------TTATACATGTAT----A-A-ATCACTGAAAA---TAA-AAATAGACA---TGAAAAGTTA---TTT-TCT-TAGT-TTATTCAGTG----TATT-T-AAAt
gi|16 : tatcTCAA-GAAA-TATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTCCCAGAAAAATTG-GGGTTTTAAGTT---GATA--GACA-A-CCTGATAAAAA-C-AA-T-C-AGC
gi|2 : ttttcacttgttggtaataaagaTCGGTATACTTCATTTT-CGGAA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGA---AG-----------T-----ATATAC----A-GTATT---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---CTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TTTT-A-AAACATGA--------GGTTAT---CATAAA---TAACGCTTGAG-GTA-AACTTCCAG-AAAA-TATGT--G--CTGCAAAGAA-ACACTA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GCATCTTAAGAT---GGCT--GACA-A-TTTGACAAAAA-T-AAGA-G-GGTTT------AA-----GGTTAG-TATTAAATTCTTCAATAATcg
gi|20 : A-ACACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATTTTAAGAT---GGCA--GACA-A-ATTAACAAAAA-TCCAGTCC-GACTT------A
gi|3 : ---TGA-AAATTGAAA--TTAAAATGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTGTTCATCG----TA---------ATAA----------------------A---TAACGACCGAG-ATC-AA---TGAA-AAAA-TATGT--G--CAACCAAGAA-ATACAA-CTCCTGCTAGAAAA---A-GAATTTTAAGAT---GGCA--GACA-A-TTTGACAAAAA-T-AAG---------------AG-----GGTTAG-TATTAAATTCtat
gi|4 : tagcttaaataacacttCAGTATGCTTTGATTT-CAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGTGC---AG-----------T-----ATATAT----G-ATACT---GAAAA---TAC-AAATAGATT--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-G-TTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------TGCTAT---CGT----------------G-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-CCACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATATTAACATTACGGCA--GACA-A-TTTGACAAccaaaatattctctgaaaaagagctaggttaccgacttacacgtgggttcgatcttattgcagtatataac
gi|5 : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAAAAGTGT---TG-----------T-----ATATA-----------------AAA---T------TAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAG-ATC-AACTTTTAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-ACACAA-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGAA--GACA-A-TTTGACA
gi|6 : TCGGTATACTT-ATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAA-----A---AG-----------T-----GTTT--------GTAT--------A---TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AA-CATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAGAATCAAACTTTTAATAAAA-TATA---G--CAACAAATAA-AC---A-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGAA--GACA-A-TTTGACAA
gi|7 : TTTATTTT-CGGTA---TCTAT--T-CATGGAATCAGCGT---AG-----------C-----ATATAT----A----------------------AATAAACA--ATGAAAAGTTAAAATTG-TCT-TA-T-TAATTCAGTG----TATT-A-AATCACAA--------GGTTAT---CGTTCA---TAACGACCGAA-ATC-AATTTTCAG-AAAA-TGTAT--G--CAACAAATGA-GCTCAA-CTATTGCTAGAAAT---T-GGATATTAAGAT---GGTG--GACA-A-TTCG
gi|8 : taG-AAAA-TGTAT--GTGCGACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---T-GGATTTTAAGGT---GGTG--GACG-A-TTTGACAAATA-T-G-----------------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAA-AATt
gi|9 : aagttttatgcggtAA---TAAAGATCGAG-ATC-AACATTTAG-AAAAATATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGGTAGAAAA---T-ACGTATAAAATT---GTTG--GACA-AGCTTATCAAAAATT-CACT-C-TGATTTACAAGAG-----TGTCAA-TGTCAAATTttctccaactctacgcaggtcgacctatatgcgcgtatattcgatactttctactcnaggaca
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AAAAATCCAGTCCGACTTATAATATGGTCATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCGAAAGAGGGGTTCCCGACTGAAACGCGGGTCGAC
Unaligned ( gi|18 ): GTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCGAGAAAGGGGTTACAGGCTTACATGTACAGGCTGATCGATTTTCATGCGAGGATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCAACACAGGGGTTCCCGACTTATACACCGGTCAAGCTATATTCGAGTATATACGG
Unaligned ( gi|21 ): TTCTCCGAAAGAGAAGTTCCCGACTTATACGTGGGTCGACCTTTATGCGGGTACATACGG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCAGGTCGACCTATATGCGACTATATACGGTAGTGTTTACTCCAAAAGACA
Unaligned ( gi|23 ): AGTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCAAAAAGAGTTTACCGACTTACACGC
Unaligned ( gi|24 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|25 ): CGTGATACCATAAATAACATTGTGAAAATAGCGAA
Alignments
lowQualScore : 11 22222222222222222 55555555555555555 11111 22222222222222222222222222 11111 66666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 5 777 22 8 8888 66666666666666666 0 66666666666666666 777 44 55 777 4 4 00000 8888 4 4 4 00000000000000000000000000 0 4 4 1 22 3 3 55 55 2 2 33333 1 555 6666 3 3 88888888888888888888888888888 88 9
lowQualScore : . ... .. . .... ................. . ................. ... .. .. ... . . ..... .... . . . .......................... . . . . .. . . .. .. . . ..... . ... .... . . ............................. .. .
lowQualScore : 0 888 22 9 8888 66666666666666666 1 00000000000000000 000 66 55 000 0 0 88888 5555 0 0 8 44444444444444444444444444 7 0 0 0 44 3 6 00 00 9 9 11111 0 444 7777 1 1 22222222222222222222222222222 00 0
consensus : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAAAA-T-C-AGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
Reference ( family-320 ) : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAAAA-T-N-AGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
gi|1 : TCAATATACTTTATTTTTCGGTGAATTCTAT--TACATTGGAACAAAGC---AGCAAGTAATTCTT-----ATTTATTCCAA-CTAAC---AAAAAAATTAATAAATCAACG--TTCGAAAGTTA---GCTATCTATA-TTCCATTCGGT-----TATCCACAAGCATGA--------G-TTATATACTTCAAATCTAACGATCGAG-ATC-AACAT-------AA-TATGTTCG--CAACAA-GAG-ACACAATCTCTTGCTAGAATA---C-GGATATGAAGAT----GCAGGGAGA-A-TTGGATTAAAA-
gi|10 : cacaCAAAGAACACAGAA-TTCTTGCTCTAAG----T-AGATCTTAAGGT---AGA--AAACG-A-TTTGACAAAAA-----AGT-CCGACTTTATG--AG-----GGTCAA-TGTT-AATTTTTCAACctttattccatacgatttataa
gi|11 : atCGGTATACTTTATTTT-TAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGT---AG-----------T-----ATATAT----A-------------A---TAC-AAA----CA--TTGA-----T----TTT-TTT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-A---ATAA--------G-----------------TAACGACCA--------------AA-AAAA-TATAT--G--AAACAAAGAA-ACGCAA-CTCTGGCTA-AAAA---T-GGATATTAtttcctggaatagaatggttcccaacctatacgcgggtcgacctatatttgagaataatcggt
gi|12 : ---TCTAT--T-CGTG-AAACAGCGACTTAA-----------C-----ATGTAT----ATGAACT---GAAAA---TAA-AAATAGACATTTTGAAAAGTTA---TTT---T-TA-G-TTATTCTGTGTTATTATT-A-AAAAAAAAAAACAAATGGTTAT---CACGAA---GAACGACC--A-ATC-AACTTGCAG-AAcgga
gi|13 : TAGAAAA---T-GGATTTTAAGAA---GGC--AGACAGA-TTTGACAAAAT-C-C-AGTCC-GACTT------AGTCTGCGGGCAATTGTTAAATTCTTCAA
gi|14 : gCAAAGAA-ACAGAA-TTCTTGCTAGAAAA---atttctcctaaagagggtcctgacttatacggggtcatcgatatgcgagttatat
gi|15 : gtgataccttaaataacattgtgaaaatagcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagtatGTATGCTATATTTC-GGGCG---TCTAT--TTCGTGGAAACAGCGC---AC-----------TTATACATGTAT----A-A-ATCACTGAAAA---TAA-AAATAGACA---TGAAAAGTTA---TTT-TCT-TAGT-TTATTCAGTG----TATT-T-AAAt
gi|16 : tatcTCAA-GAAA-TATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTCCCAGAAAAATTG-GGGTTTTAAGTT---GAT--AGACA-A-CCTGATAAAAA---C-AAT-C-AGC
gi|17 : ttttcacttgttggtaataaagaAAAAA-T-CCAGT-CCGACTT------ATAATATGGTCA--TGTTAAATTCTTCAA-AATcg
gi|2 : TCGGTATACTTCATTTT-CGGAA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGA---AG-----------T-----ATATAC----A-GTATT---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---CTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TTTT-A-AAACATGA--------GGTTAT---CATAAA---TAACGCTTGAG-GTA-AACTTCCAG-AAAA-TATGT--G--CTGCAAAGAA-ACACTA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GCATCTTAAGAT---GGC--TGACA-A-TTTGACAAAAA-T-A-AGA-G-GGTTT------AA-----GGTTAG-TATTAAATTCTTCAATAATttctccgaaagaggggttcccgactgaaacgcgggtcgac
gi|20 : A-ACACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-ATTAACAAAAA-TCC-AGTCC-GACTT------A
gi|3 : ---TGA-AAATTGAAA--TTAAAATGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTGTTCATCG----TA---------ATAA----------------------A---TAACGACCGAG-ATC-AA---TGAA-AAAA-TATGT--G--CAACCAAGAA-ATACAA-CTCCTGCTAGAAAA---A-GAATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-TTTGACAAAAA-T-A-AG---------------AG-----GGTTAG-TATTAAATTCtat
gi|4 : tagcttaaataacacttCAGTATGCTTTGATTT-CAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGTGC---AG-----------T-----ATATAT----G-ATACT---GAAAA---TAC-AAATAGATT--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-G-TTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------TGCTAT---CGT----------------G-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-CCACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATATTAACATTACGGC--AGACA-A-TTTGACAAccaaaatattctctgaaaaagagctaggttaccgacttacacgtgggttcgatcttattgcagtatataac
gi|5 : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAAAAGTGT---TG-----------T-----ATATA-----------------AAA---T------TAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAG-ATC-AACTTTTAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-ACACAA-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACA
gi|6 : TCGGTATACTT-ATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAA-----A---AG-----------T-----GTTT--------GTAT--------A---TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AA-CATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAGAATCAAACTTTTAATAAAA-TATA---G--CAACAAATAA-AC---A-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACAA
gi|7 : TTTATTTT-CGGTA---TCTAT--T-CATGGAATCAGCGT---AG-----------C-----ATATAT----A----------------------AATAAACA--ATGAAAAGTTAAAATTG-TCT-TA-T-TAATTCAGTG----TATT-A-AATCACAA--------GGTTAT---CGTTCA---TAACGACCGAA-ATC-AATTTTCAG-AAAA-TGTAT--G--CAACAAATGA-GCTCAA-CTATTGCTAGAAAT---T-GGATATTAAGAT---GGT--GGACA-A-TTCG
gi|8 : taG-AAAA-TGTAT--GTGCGACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---T-GGATTTTAAGGT---GGT--GGACG-A-TTTGACAAATA-T-G------------------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAA-AATt
gi|9 : aagttttatgcggtAA---TAAAGATCGAG-ATC-AACATTTAG-AAAAATATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGGTAGAAAA---T-ACGTATAAAATT---GTT--GGACA-AGCTTATCAAAAATT-C-ACT-C-TGATTTACAAGAG-----TGTCAA-TGTCAAATTttctccaactctacgcaggtcgacctatatgcgcgtatattcgatactttctactcnaggaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCGAGAAAGGGGTTACAGGCTTACATGTACAGGCTGATCGATTTTCATGCGAGGATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCAACACAGGGGTTCCCGACTTATACACCGGTCAAGCTATATTCGAGTATATACGG
Unaligned ( gi|21 ): TTCTCCGAAAGAGAAGTTCCCGACTTATACGTGGGTCGACCTTTATGCGGGTACATACGG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCAGGTCGACCTATATGCGACTATATACGGTAGTGTTTACTCCAAAAGACA
Unaligned ( gi|23 ): AGTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCAAAAAGAGTTTACCGACTTACACGC
Unaligned ( gi|24 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|25 ): CGTGATACCATAAATAACATTGTGAAAATAGCGAA
Alignments
lowQualScore : 11 22222222222222222 55555555555555555 11111 22222222222222222222222222 11111 66666666666666666666666666666 1
lowQualScore : 5 777 22 8 8888 66666666666666666 0 66666666666666666 777 44 55 777 4 4 00000 8888 4 4 4 00000000000000000000000000 0 4 4 1 22 3 3 55 55 2 2 33333 1 555 6666 3 3 66666666666666666666666666666 88 9
lowQualScore : . ... .. . .... ................. . ................. ... .. .. ... . . ..... .... . . . .......................... . . . . .. . . .. .. . . ..... . ... .... . . ............................. .. .
lowQualScore : 0 888 22 9 8888 66666666666666666 1 00000000000000000 000 66 55 000 0 0 88888 5555 0 0 8 44444444444444444444444444 7 0 0 0 44 3 6 00 00 9 9 11111 0 444 7777 1 1 88888888888888888888888888888 00 0
consensus : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAAAA-T-C-AGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
Reference ( family-320 ) : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAAAA-T-C-AGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
gi|1 : TCAATATACTTTATTTTTCGGTGAATTCTAT--TACATTGGAACAAAGC---AGCAAGTAATTCTT-----ATTTATTCCAA-CTAAC---AAAAAAATTAATAAATCAACG--TTCGAAAGTTA---GCTATCTATA-TTCCATTCGGT-----TATCCACAAGCATGA--------G-TTATATACTTCAAATCTAACGATCGAG-ATC-AACAT-------AA-TATGTTCG--CAACAA-GAG-ACACAATCTCTTGCTAGAATA---C-GGATATGAAGAT----GCAGGGAGA-A-TTGGATTAAAA-
gi|10 : cacaCAAAGAACACAGAA-TTCTTGCTCTAAG----T-AGATCTTAAGGT---AGA--AAACG-A-TTTGACAAAAA-----AGT-CCGACTTTATG--AG-----GGTCAA-TGTT-AATTTTTCAACctttattccatacgatttataa
gi|11 : atCGGTATACTTTATTTT-TAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGT---AG-----------T-----ATATAT----A-------------A---TAC-AAA----CA--TTGA-----T----TTT-TTT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-A---ATAA--------G-----------------TAACGACCA--------------AA-AAAA-TATAT--G--AAACAAAGAA-ACGCAA-CTCTGGCTA-AAAA---T-GGATATTAtttcctggaatagaatggttcccaacctatacgcgggtcgacctatatttgagaataatcggt
gi|12 : ---TCTAT--T-CGTG-AAACAGCGACTTAA-----------C-----ATGTAT----ATGAACT---GAAAA---TAA-AAATAGACATTTTGAAAAGTTA---TTT---T-TA-G-TTATTCTGTGTTATTATT-A-AAAAAAAAAAACAAATGGTTAT---CACGAA---GAACGACC--A-ATC-AACTTGCAG-AAcgga
gi|13 : TAGAAAA---T-GGATTTTAAGAA---GGC--AGACAGA-TTTGACAAAAT-C-C-AGTCC-GACTT------AGTCTGCGGGCAATTGTTAAATTCTTCAA
gi|14 : gCAAAGAA-ACAGAA-TTCTTGCTAGAAAA---atttctcctaaagagggtcctgacttatacggggtcatcgatatgcgagttatat
gi|15 : gtgataccttaaataacattgtgaaaatagcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagtatGTATGCTATATTTC-GGGCG---TCTAT--TTCGTGGAAACAGCGC---AC-----------TTATACATGTAT----A-A-ATCACTGAAAA---TAA-AAATAGACA---TGAAAAGTTA---TTT-TCT-TAGT-TTATTCAGTG----TATT-T-AAAt
gi|16 : tatcTCAA-GAAA-TATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTCCCAGAAAAATTG-GGGTTTTAAGTT---GAT--AGACA-A-CCTGATAAAAA---C-AAT-C-AGC
gi|17 : ttttcacttgttggtaataaagaAAAAA-T-CCAGT-CCGACTT------ATAATATGGTCA--TGTTAAATTCTTCAA-AATcg
gi|2 : TCGGTATACTTCATTTT-CGGAA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGA---AG-----------T-----ATATAC----A-GTATT---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---CTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TTTT-A-AAACATGA--------GGTTAT---CATAAA---TAACGCTTGAG-GTA-AACTTCCAG-AAAA-TATGT--G--CTGCAAAGAA-ACACTA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GCATCTTAAGAT---GGC--TGACA-A-TTTGACAAAAA-T-A-AGA-G-GGTTT------AA-----GGTTAG-TATTAAATTCTTCAATAATttctccgaaagaggggttcccgactgaaacgcgggtcgac
gi|20 : A-ACACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-ATTAACAAAAA-TCC-AGTCC-GACTT------A
gi|3 : ---TGA-AAATTGAAA--TTAAAATGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTGTTCATCG----TA---------ATAA----------------------A---TAACGACCGAG-ATC-AA---TGAA-AAAA-TATGT--G--CAACCAAGAA-ATACAA-CTCCTGCTAGAAAA---A-GAATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-TTTGACAAAAA-T-A-AG---------------AG-----GGTTAG-TATTAAATTCtat
gi|4 : tagcttaaataacacttCAGTATGCTTTGATTT-CAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGTGC---AG-----------T-----ATATAT----G-ATACT---GAAAA---TAC-AAATAGATT--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-G-TTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------TGCTAT---CGT----------------G-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-CCACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATATTAACATTACGGC--AGACA-A-TTTGACAAccaaaatattctctgaaaaagagctaggttaccgacttacacgtgggttcgatcttattgcagtatataac
gi|5 : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAAAAGTGT---TG-----------T-----ATATA-----------------AAA---T------TAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAG-ATC-AACTTTTAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-ACACAA-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACA
gi|6 : TCGGTATACTT-ATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAA-----A---AG-----------T-----GTTT--------GTAT--------A---TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AA-CATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAATGACCGAGAATCAAACTTTTAATAAAA-TATA---G--CAACAAATAA-AC---A-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACAA
gi|7 : TTTATTTT-CGGTA---TCTAT--T-CATGGAATCAGCGT---AG-----------C-----ATATAT----A----------------------AATAAACA--ATGAAAAGTTAAAATTG-TCT-TA-T-TAATTCAGTG----TATT-A-AATCACAA--------GGTTAT---CGTTCA---TAACGACCGAA-ATC-AATTTTCAG-AAAA-TGTAT--G--CAACAAATGA-GCTCAA-CTATTGCTAGAAAT---T-GGATATTAAGAT---GGT--GGACA-A-TTCG
gi|8 : taG-AAAA-TGTAT--GTGCGACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---T-GGATTTTAAGGT---GGT--GGACG-A-TTTGACAAATA-T----G---------------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAA-AATt
gi|9 : aagttttatgcggtAA---TAAAGATCGAG-ATC-AACATTTAG-AAAAATATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGGTAGAAAA---T-ACGTATAAAATT---GTT--GGACA-AGCTTATCAAAAATT-C-ACT-C-TGATTTACAAGAG-----TGTCAA-TGTCAAATTttctccaactctacgcaggtcgacctatatgcgcgtatattcgatactttctactcnaggaca
blockSeqs : . . AT T ACTT TTATAC TAAATCACTGA . C TT AAA . . AGTT TTAT . . A AAACAAATGGTTATCACGAA A A T GC T A . TG C . ATTG C TAC AA G G TCCAGTCCGACTTATAATAT AT T
blockSeqs : . . AT . T T TATGAACTGA . A . . . . ATC . . . A GGTTATCATAAA . . T TC . . . . . . CT A . CA . . TTCACTCTGATTTACAAGAG G .
blockSeqs : . . . . C C CAGTATTGA . A . . . . AGT . . . A GGTTATCGTGAA . . T CC . . . . . . CT T . TA . . CCAGTCCGACTTAGTCTGC G .
blockSeqs : . . . . A T TGATACTGA . A . . . . ATC . . . A GGTTATCGTGAA . . T TG . . . . . . T T . CT . . TAAGAGGGTTTAA A
blockSeqs : . . . . C T GTAT . A . . . . ATC . . . A GGTTATCGTTCA . . T TC . . . . . . T C . CA . . TAAGAG A
blockSeqs : . . . . T T TA . C . . . . AGT . . . T TGCTATCGT . . T TT . . . . . . T T . CA . . TGAG .
blockSeqs : . . . . A T TA . A . . . . ATT . . . . G . . A TT . . . . . . C T . CA . .
blockSeqs : . . . T C . . . . . . . . . . . . A . . . TC . . . . . . T A . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . A A . AA . .
blockSeqs : . . . . . . . T A . TG . .
blockSeqs : . . . T A . TG . .
blockSeqs : . . T T . TG . .
blockSeqs : . . T A
blockSeqCons : *** T**************** TAATGA*********** *** A* ATC** GGTTATCGTAA*************** TC ** CG** TCAGTCCGACTTAAAGAN***********
originalCons : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AG-----------T-----ATATAT----A-GTATC---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---CGTGAA---TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAAAA-T-C-AGT-C-GGCTT------AG-----GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
finalCons : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGN---AGT----------------ATATATAATGA-----------AAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TATC--TATTCAGTG----TATT-A-AAACATAAGGTTATCGTAA---------------TAACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGCG--GACA-A-TTTGACAAAAATCAGTCCGACTTAAAGAN-----------GGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCGAGAAAGGGGTTACAGGCTTACATGTACAGGCTGATCGATTTTCATGCGAGGATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCAACACAGGGGTTCCCGACTTATACACCGGTCAAGCTATATTCGAGTATATACGG
Unaligned ( gi|21 ): TTCTCCGAAAGAGAAGTTCCCGACTTATACGTGGGTCGACCTTTATGCGGGTACATACGG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCAGGTCGACCTATATGCGACTATATACGGTAGTGTTTACTCCAAAAGACA
Unaligned ( gi|23 ): AGTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCAAAAAGAGTTTACCGACTTACACGC
Unaligned ( gi|24 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|25 ): CGTGATACCATAAATAACATTGTGAAAATAGCGAA
Alignments
lowQualScore : 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 333333333333333333333333 11111 33333333333333333333333 1
lowQualScore : 5 777 22 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 777 4 4 00000 8888 888 000000000000000000000000 3 55 2 0 3 3 99999 3 3 55 55 2 2 33333 1 555 6666 3 3 777 33333333333333333333333 3 5 9
lowQualScore : . ... .. . ................................................................ .. ... . . ..... .... ... ........................ . .. . . . . ..... . . .. .. . . ..... . ... .... . . ... ....................... . . .
lowQualScore : 0 888 22 9 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 000 0 0 88888 5555 999 222222222222222222222222 6 00 0 5 6 6 55555 3 6 00 00 9 9 11111 0 444 7777 1 1 000 22222222222222222222222 0 7 0
consensus : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGCAG-----------T-----A-----TATA---T-------AA-----T---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---C-GT--AA-T--AACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAA---AA-T-C-AGTCCGACTTA-AAG---AGGGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
Reference ( family-320 ) : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGNAG-----------T-----A-----TATA---T-------AA-----T---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---C-GT--AA-T--AACGACCGAG-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GGATNTTAAGAT---GGC--GGACA-A-TTTGACAAA---AA-T-C-AGTCCGACTTA-AAG---ANGGTCAA-TGTTAAATTCTTCAACAAT
gi|1 : TCAATATACTTTATTTTTCGGTGAATTCTAT--TACATTGGAACAAAGCAGCAAGTAATTCTT-----A-----TTTA---TTCCAACTAA-----C---AAAAAAATTAATAAATCAACG--TTCGAAAGTTA---GCTATCTATA-TTCCATTCGGT-----TATCCACAAGCATGA--------G-TTATATAC-TTCAAA-TCTAACGATCGAG-ATC-AACAT-------AA-TATGTTCG--CAACAA-GAG-ACACAATCTCTTGCTAGAATA---C-GGATATGAAGAT----GCAGGGAGA-A-TTGGATTAA---AA-
gi|10 : cacaCAAAGAACACAGAA-TTCTTGCTCTAAG----T-AGATCTTAAGGT---AGA--AAACG-A-TTTGACAAA---AA-----AGTCCGACTTT-ATG---AGGGTCAA-TGTT-AATTTTTCAACctttattccatacgatttataa
gi|11 : atCGGTATACTTTATTTT-TAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGTAG-----------T-----A-----TATA---T-------AA-----T-----------------ACAAACA--TTGA----T-----TTT-TTT-TA-T-CTATTCAGTG----TATT-A-A---ATAA--------G-----------------T--AACGACCA--------------AA-AAAA-TATAT--G--AAACAAAGAA-ACGCAA-CTCTGGCTA-AAAA---T-GGATATTAtttcctggaatagaatggttcccaacctatacgcgggtcgacctatatttgagaataatcggt
gi|12 : ---TCTAT--T-CGTG-AAACAGCGACT-----------T-----AACATGTATA---T-------GAAC---T---GAAAA---TAA-AAATAGACATTTTGAAAAGTTA---TTT---T-TA-G-TTATTCTGTGTTATTATT-A-AAAAAAAAAAACAAATGGTTAT---C-ACG-AA-G--AACGACC--A-ATC-AACTTGCAG-AAcgga
gi|13 : TAGAAAA---T-GGATTTTAAGAA---GGC--AGACAGA-TTTGACAAA---AT-C-C-AGTCCGACTT---AGTCTGCGGGCAATTGTTAAATTCTTCAA
gi|14 : gCAAAGAA-ACAGAA-TTCTTGCTAGAAAA---atttctcctaaagagggtcctgacttatacggggtcatcgatatgcgagttatat
gi|15 : gtgataccttaaataacattgtgaaaatagcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacagtatGTATGCTATATTTC-GGGCG---TCTAT--TTCGTGGAAACAGCGCAC-----------TTATACA-----TGTA---T-------AAATCACT---GAAAA---TAA-AAATAGACA---TGAAAAGTTA---TTT-TCT-TAGT-TTATTCAGTG----TATT-T-AAAt
gi|16 : tatc-GT--AA-T--AA------AG-ATC-AA--------GAAA-TATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTCCCAGAAAAATTG-GGGTTTTAAGTT---GAT--AGACA-A-CCTGATAAAAACAA-T-C-AG-CCG
gi|17 : ttttcacttgttgAAA---AA-T-CCAGTCCGACTTATAAT---ATGGTC-A-TGTTAAATTCTTCAA-AAT
gi|2 : TCGGTATACTTCATTTT-CGGAA---TCTAT--T-CATGGAAACAGCGAAG-----------T-----A-----TATACAGT-------AT-----T---GAAAA---TAA-AAATAGACA--TTGAAAAGTTA---CTT-TCT-TA-T-CTATTCAGTG----TTTT-A-AAACATGA--------GGTTAT---C-AT--AAAT--AACGCTTGAG-GTA-AACTTCCAG-AAAA-TATGT--G--CTGCAAAGAA-ACACTA-CTCTTGCTAGAAAA---C-GCATCTTAAGAT---GGC--TGACA-A-TTTGACAAA---AA-T-A-AG-AGGGTTTA-A-------GGTTAG-TATTAAATTCTTCAATAATttctccgaaagaggggttcccgactgaaacgcgggtcgac
gi|20 : A-ACACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-ATTAACAAA---AA-TCC-AGTCCGACTTA-
gi|3 : ---TGA-AAATTGAAA--TTAAAATGTTA---TTT-TCT-TA-T-CTGTTCATCG----TA---------ATAA------------------------A-T--AACGACCGAG-ATC-AA---TGAA-AAAA-TATGT--G--CAACCAAGAA-ATACAA-CTCCTGCTAGAAAA---A-GAATTTTAAGAT---GGC--AGACA-A-TTTGACAAA---AA-T---------------AAG---AGGGTTAG-TATTAAATTCtat
gi|4 : tagcttaaataacacttCAGTATGCTTTGATTT-CAGCA---TCTAT--T-CATGGAAACAGTGCAG-----------T-----A-----TATA---T-------GA-----TACTGAAAA---TAC-AAATAGATT--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-TA-G-TTATTCAGTG----TATT-A-AAACATAA--------TGCTAT---C-GT-----------------G-ATC-AACTTTCAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-CCACAA-TTCTTGCTGGAAAA---T-GGATATTAACATTACGGC--AGACA-A-TTTGACAAccaaaatattctctgaaaaagagctaggttaccgacttacacgtgggttcgatcttattgcagtatataac
gi|5 : TCGGTATACTTTATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAAAAGTGTTG-----------T-----A-----TATA------------------------AAA---T------TAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT-A-AAACATAA--------GGTTAT---C-GTG-AA-T--AATGACCGAG-ATC-AACTTTTAG-AAAA-TATAT--G--CAACAAATAA-ACACAA-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACA
gi|6 : TCGGTATACTT-ATTTT-CGGCA---TCTATATT-CATGGTAAAAGTG--------------T-----T-----TGTA---T-------A------------------TAA-AATTAGACA--TTGAAAAGTTA---TTT-TCT-T-----TATTCAGCG----TATT---AAACATAA--------GGTTAT---C-GTG-AA-T--AATGACCGAGAATCAAACTTTTAATAAAA-TATA---G--CAACAAATAA-AC---A-CTCTTGC----AAG---CTGGATATTGAGGT---GGA--AGACA-A-TTTGACAA
gi|7 : TTTATTTT-CGGTA---TCTAT--T-CATGGAATCAGCGTAG-----------C-----A-----TATA---T-------AA-----------------------ATAAACA--ATGAAAAGTTAAAATTG-TCT-TA-T-TAATTCAGTG----TATT-A-AATCACAA--------GGTTAT---C-GTT-CA-T--AACGACCGAA-ATC-AATTTTCAG-AAAA-TGTAT--G--CAACAAATGA-GCTCAA-CTATTGCTAGAAAT---T-GGATATTAAGAT---GGT--GGACA-A-TTCG
gi|8 : taG-AAAA-TGTAT--GTGCGACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGCTAGAAAA---T-GGATTTTAAGGT---GGT--GGACG-A-TTTGACAAA---TA-T-----------------G---AGGGTCAA-TGTTAAATTCTTCAA-AATt
gi|9 : aagttttatgcggtATAG--------TGTT-T---CAGT--AA-T--AAAGATCGAG-ATC-AACATTTAG-AAAAATATAT--A--CAACAAAGAA-ACACAA-CTCTTGGTAGAAAA---T-ACGTATAAAATT---GTT--GGACA-AGCTTATCAAA---AATT-C-ACTCTGATTTACAAG---AGTGTCAA-TGTCAAATTttctccaactctacgcaggtcgacctatatgcgcgtatattcgatactttctactcnaggaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCGAGAAAGGGGTTACAGGCTTACATGTACAGGCTGATCGATTTTCATGCGAGGATATA
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTAAATTCTTCAAAATTTCTCCAACACAGGGGTTCCCGACTTATACACCGGTCAAGCTATATTCGAGTATATACGG
Unaligned ( gi|21 ): TTCTCCGAAAGAGAAGTTCCCGACTTATACGTGGGTCGACCTTTATGCGGGTACATACGG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCAGGTCGACCTATATGCGACTATATACGGTAGTGTTTACTCCAAAAGACA
Unaligned ( gi|23 ): AGTGTTAAATTCTTCAAAAATTCTCCAAAAAGAGTTTACCGACTTACACGC
Unaligned ( gi|24 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|25 ): CGTGATACCATAAATAACATTGTGAAAATAGCGAA