lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666666666 11 1 1111111 1111 111111 1 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 1 111 222 111 111111111
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888 2 555 2 5 2 6666666666666 444 2 777 2 33 33 33 2 33 2 2 2 2 77777 5 4444 2 5555555 44 666 5 6666 2 777 8888888 66 2 000000 2 2 1 333 2 2 2 4 2 22 66666 666666 666666 2 1 2 0 2 2 2 7777777 333333333333333333333333333333333333333333 2 333333333333 444 3 55 888 22 1 2 6 77777 44 777 999 44 888888 44 44 3 6 3 3 7777 111111111 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : ..................................................................................... .... . ... . . . ............. ... . ... . .. .. .. . .. . . . . ..... . .... . ....... .. ... . .... . ... ....... .. . ...... . . . ... . . . . . .. ..... ...... ...... . . . . . . . ....... .......................................... . ............ ... . .. ... .. . . . ..... .. ... ... .. ...... .. .. . . . . .... ......... ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 9 000 9 7 9 0000000000000 777 7 777 7 77 77 33 7 77 7 7 9 9 00000 7 9999 9 8888888 44 555 3 3333 7 333 7777777 33 5 666666 4 4 1 999 4 2 2 4 2 99 77777 444444 444444 2 1 2 6 2 2 2 2222222 777777777777777777777777777777777777777777 7 666666666666 111 5 22 444 33 0 7 6 22222 22 555 666 22 888888 22 22 1 2 1 1 7777 999999999 888 888 3 66 3 7777 6
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAACAAAGAGGGTNTTTTTTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TG-ACC-CCC--AT-AGAAATTTGACC-C-CTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACG-TG-TA------G------T-ATGT-CCCCATC-CT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AAT-ATGGATG-G--TC--A-------------CGT-TC-----------TTA---CGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ACGCTACACTT--GAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( gi|1 ) : GTAATGACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------CC---TC-GCA--T-TGAA--AAT--TT-ACC-CCC--AT-AGAAATTTGAAC-C-CTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACA-TG-TA------G------T-ATGT-CCACATC-CT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AA-------------TC--A-------------CGT-TC-----------TTA---CTCTACACTT--GAATTAC-ATANGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ACTCAACACTT--CAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|4 : GTAACGACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-CTACA----GTA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TT-ACC-CCC--AT-AGAAATTTGACT-C-CTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-AT-C-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGTG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--CACT-TG-TA------G------T-ATGT-CCCCATC-CT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AATAATGGATGTGTTTC--A-------------CGT-TC-----------TTA---CGCTACACTT--GAATTAC-AT
gi|3 : tGTAATGACGAAAAGTTACACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGAGGGTATTTTTTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TG-ACC-ACC--AT-TGAAATTTGACC-C-ATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TGGTA------TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT--AACA-TG-TA------G------T-ATGT-CCCCATC-TT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AATTATGGATGCGTTTC--A-------------CGT-TC-----------TTT---GGCTACTCTT--GAGTTAC-ATgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|19 : tGTAATAACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATATACGACT----CT---TC-TTAAGT-TGAA--AAC--TG-A-C-CCC--AT-AGAAATgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|8 : AACGACGAAAAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGAGGGTCTATTTTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TC-ACC-CCC--AT-AGAAATTCGACC-C-CTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-GAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A--------------TACG-CG-TA------G------T-AT----CACAGG-TT-TGG-GGGAGGGTCA-------GTGAAAGCGAAG-------------TT--A-------------CATGTA-----------ATATGTCCCCATCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATAGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ACGCTACACT
gi|10 : aGACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAACAAAGAGGTATTTTT-TTCTACCA---GTATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------CCGTCTC-GAG--TATGAA--ATT--GG-ACC-ACA--ATCAGAAAGTTGACC-C-TTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----ACT---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTACATGTATCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACA-TG-TACATGTAG------T-ACGT-CCCCATC-CT-TAA-----TAGG-----------------------------------------------------G-----------------------CTATA------AA--AG-ATAGACAGAATTATGGA-TGCGTTT
gi|7 : TTCTACA----GTA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TG-ACC-CCC--AT-AGAAATTTGACC-C-CTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-AT-T-ACA----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACA-TG-TA------G------C-ATGC-CCCCATC-CT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AATTATGGATGCGTTTC--A-------------CGT-TC-----------TTA---TGCTACACTT--GAGTTAC-AT
gi|11 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTACC----GTA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--CC---TC-GCG--T-TGAA--AAT--TG-ACC-CCC--AT-AGAAATTTGACC-C-CTA---CTT-T--T-AAAATTA-CA-T-----ATAA--------A-G----G-T---AGAT-------GCA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACACTG-TA------G------T-ATGT-CCCCATT-AT-TAA-AAGATTGGCA-------G---------AA-------------TT--A-------------TGgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|6 : taacaacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgacaagagagtcttttTTCTACC----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--CC---TC-ACG--T-TGAA--AAC--TG-A-C-CCC--AT-AAAAATTTTACC-C-TTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--T-T-G-AGAACG-T---AGAG-------GTAATATATGCG-TTGTA------TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-------------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-TAA-AAGATGGGCA-------G---------AA-------------TT--ATGAATGCGACCC-CGT-TT-----------TTA---CGCTACATTTGAGAGTTAC-gattgcttttcacgtcg
gi|2 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttTTCTACTCCCGGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------CC---TC-GCG--T-TGAA--ACTGACC-ACC-TCCTAGT-AAAATTTTGAGCGC-CTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGAT-TAA-A----G-TAAGAGAG-------AAA--ATACGCG-TAGTGAC----TCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT--TACA-GGTTA------G------T-AGGTGCCCTATCGCTGTAACAAGATA-GCA-------G---------ctgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|9 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttTTTCACC----GTA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------CC---TC-GCG--T-TGAACGACT--CG-AAC-CCC--AC-A-AATTTTGTAC-CACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-AT-T-ACA----G-TG--AGTG-------G------ACGCGTTAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT--TACA-TG-TA------G------TCATGT-CCGC--C-CT---G-ACGATAGGCA-------G---------caagagatgcgaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|14 : agtcattctacgtagaagctgaccaggtcttcaaattttcgtaatgaccaaagaagggcctaacaTTCTACC----GTA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------CT---TCTGCG--T-TGAA--AAT--TTGACCTCCC--AT--GAAA--TGA-----CCA---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-AT-TAA-A----G-A---AGAG-------GTAT-ATA-GCG-TAG--------TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT--TAgtttatggagatccgctacactggttactgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct
gi|5 : tcgggtaacgacgaaaaggaccctatgaaaagagggagtcaagtttacggtagaaagccccagtgtcaatattctatgaaaagtggtctttC----GTA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--CC---TC-ACA--T-TGAA--AAT--TG-ACC-CC---AT-AAAAATTTTTAC-C-CCC---A-CGT--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--T-T-A-A----G-----AGAGTATCTAGGTG--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGA-GGGCA-GTG-A-AATC-------------------------G------T-ATGT-CCCCATC-CT-CAA-AAGATAGGCA-------G---------AAGTATGGATGCGCCTC--C-------------CGT-TG-----------TTA---CGGTACATTTGAGAGTTAC-ATtgt
gi|16 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtaC----GTA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCCC---TC-ACG----TGCA--AAC--TG-AAC-CCC--TT-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC------------T---AGAG-------AAC--ATACGCG-TAGTA------ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|12 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatg----GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------CC---TC-ACG--T-TGAA--AAT--TG-ACC-CCC--AT-AAAAATTTGACC-C-CTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-GT----AATAA-------A-A----G-T---ATAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACA-TG-TA------GTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AG-------------TC--ATGGATGCGTTTTCCGT-TC-----------TTA---CGCTACACGT--GAGTTAC-ATc
gi|13 : -------------CC---TC-GTG--T-TGAA--AAT--TG-ACT-CCC--AT-AGAAATTTTACC-C-CTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TACC-T----------------------------ATC-CT-TAA-ACGATAGGCA-------G---------AATTATGGATGCGTTTC--A-------------CGT-TC-----------TTA---CGCTACACTT--GAGTTAC-ATgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|15 : AAAAT-ATAT-A-A----G-T---AGAG-------GCA--ATACATA-TAGTA------TCA-AA-GGTTT-G---GGGAGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT----------TA------G------T-ATGT-CCTCATC-CT-TAA-ACAATAGGCATATTTATG---------GATGCGTT-------TC--C-------------CGT-TT-----------TTA---CGCTACACTT--GAGTTAC-ATgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|18 : catgCA-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC---------------------TACA-TG-TA------G------T-ATGT-CTCCATC-CT-TAA-AAGACAGGCA-------G---------AATTATGGATGCGTTTC--A-------------CGT-TC-----------TTA---CGCTACACTT--GAGTTAC-Agtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|17 : A-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G---------A-TA------G------T-GTGT-CCCCATC-CT-TAA-AAGATGGACA-------G---------AA-------------TT--ATGGATG-------CGT-TTCCCGTTTCAAATTA---CGCTACACTT--GAG-TAC-ATAggtaaaacatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|20 : GTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT--TA----G-TA------T------C-ATGT-CCCCATC-AT-TAA-AAGATAGGCA-------G---------AA-------------TT--ATGAACGCGTTTCCCGT-TT-----------TTA---CGCTACACTT--GAGTTAC-ATatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|13 : -A-AAGTAGAG-GTAATACG-CG-TA------G------T-AT----CACAGG-TT-TGG-GGGAGGGGCA-------GTGA------AA-------------GCG-A-------------AG---------------TTA---C-CTATCCTT--AA---ACGATAGGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ACGCTACACTT--GAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|5 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacatt--TACG-CG-TA------G------T-AT----CACAGG-TT-TGA-GGGA-GGGCA-------GTGA------AA-------------TCGTA-------------TGT-CC-----------CCA---TCCT-CA------AA--AG-ATAGGCAGAAGTATGGA-TGCGCCTCCCGTTG----TT--ACGGTACATTT--GAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTa
gi|12 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtga---CCCCACCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAGTCATGGA-TGCGTTTTCCGTTC----TT--ACGCTACACGT--GAG--T------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|18 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgt---CTCCATCCTT--AAA--AG-ACAGGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ACGCTACACTT--GAG--T------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATag
gi|4 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATAATGGA-TGTGTTTCACGTTC----TT--ACGCTACACTT--GAA--T------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTt
gi|7 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatcCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TT--ATGCTACACTT--GAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTa
gi|6 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatcCTT--AAA--AG-ATGGGCAGAATTATGAA-TGCGACCC-CGTTT----TT--ACGCTACATTTGAGAG--T------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATAaa
gi|17 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatcCTT--AAA--AG-ATGGACAGAATTATGGA-TGCGTTTCCCGTTTCAAATT--ACGCTACACTT--GAG--TACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|3 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatc-ATAGGCAGAATTATGGA-TGCGTTTCACGTTC----TTTGGCT--ACTCTT--GAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTT
gi|15 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaag-ATAGGCATATTTATGGA-TGCGTTTCCCGTTT----TT--ACGCTACACTT--GAG--T------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTT
gi|9 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggggagaggcagtgaatacgaagttagtatgtcctcatccttaaaca-ATAGGCAGGTTTATGGA-GA----TC-CGCT--------------ACACT----GG--T------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCa
gi|20 : agtcattctacgtagaagctgaccaggtcttcaaattttcgtaatgaccaaagaagggcctaacatttcaccgtagagaaccattcacaacctgttgaccctcgcgttgaacgactcgaaccccacaaattttgtaccactattgtaagaactacaaaaagcattacagtgagtggacgcgttagtatcacaggtttggggaggcatgaaagctgaagttacatgtagtcatgtccgccctgacg-ATAGGCAGAATTATGAA-CGCGTTTCCCGTTT----TT--ACGCTACACTT--GAG--T------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGt
gi|11 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaagGCAGAATTATGGATTGCTTTTCACGTc
gi|2 : taacaacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcgacaagagagtcttttttctaccgtagaaaacattccagaccttgtagatctacgactcccctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctacttttaaaattacatataaaggtagatgcaatacgcgtagtatcacagattgaggcagtgaaagcgaagttacactgtagtatgtccccattattaaaagattgAG--T------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTcg
gi|21 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgaggctatcaccttgg-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTT
Alignments
lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 5555555555555555555555555 1111111 1111111111 111111111111 11111111111 222 555555555555 11 1111111
lowQualScore : 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 3 3 1 44 3 3 555 2 2 2 444 2 5 2 9999999999999999999999999 2 2 33 2 7777 2 2 5 2 77777 2 3333 2 4444444 33 2222222222 2 666 8888888 55 2 666666 33 2 2 0 333 2 2 2 2 2 444444444444 2 666666 2 2 2 33333333333 2 33 33 33 4 000 555555555555 33 4 2 5555 444 66 0 1 1 4 6666 2 11 888888 33 33 2 5 2 2 7777 0000000 3 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : . ................................................................. ....... . . . .. . . ... . . . ... . . . ......................... . . .. . .... . . . . ..... . .... . ....... .. .......... . ... ....... .. . ...... .. . . . ... . . . . . ............ . ...... . . . ........... . .. .. .. . ... ............ .. . . .... ... .. . . . . .... . .. ...... .. .. . . . . .... ....... . ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 3 3 0 66 1 1 000 7 7 7 777 7 3 7 1111111111111111111111111 5 5 44 5 8888 5 5 3 7 55555 7 9999 7 1111111 66 7777777777 5 999 1111111 99 4 888888 22 2 2 5 777 2 2 2 2 2 444444444444 4 888888 4 4 4 55555555555 4 11 11 11 4 444 222222222222 44 6 5 3333 444 99 1 5 6 8 1111 7 88 222222 99 99 9 7 9 9 1111 8888888 1 444 444 1 22 1 1111 3
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACNCCAAAATTGACCGGGGAGTCCAAAGTTATCTACCAGTAGAAAGCTGAACCAGGTCACTTTTGTTCAG--ACA-------AAGA-G-GGTCT--TTTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-ATT-ATGGA--T--GCGTT--T--CACGT-TC----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC-A-TAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( family-3161 ) : GTAACGACGAAAAGTGACACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA--ACA-------AAGA-G-GGTNT--TTTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACG-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-A-T-ATGGA--T--G-G----T--CACGT-TC----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC-A-TAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|1 : GTAATGACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN-------NNNN-N-NNNNN--NNNTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCAT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-ACCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCACATC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-A-T---------------------CACGT-TC----TTACT---CTACACTT--GAATTAC-A-TANGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACTCAA-CACTT--CAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|10 : GACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-A--ACA-------AAGA-G-GTATT--TTTTT-CTA-C---CAG-TATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------CCGT--------CTC-GAGTATGAA--AT-TGGACC----ACAA-TCAGAAAGTTG-A-CCCTTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----ACT---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTACATGTA--TCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GTTACATGTACA-TG-TAG------T-ACGT-CCCCATC-CTTAATAGGGCTATAA-AAGATAG--ACA--G--A-ATT-ATGGA--T--G-
gi|10 : -A-TAGACAGAATTATGGATGCGTTTcgttt
gi|11 : gacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacaaagaggtatttttttctaccagtatgaaaaccatatacagacctgtagaccgtctcgagtatgaaattggaccacaatcagaaagttgacccttaagtaaaaattacagaaaaacattaaactagaggtaatacgcgtagtacatgtatcacagattctggggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtacatgtagtacgtccccatccttaatagggctataaaagTAACAACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNCGCGACAAGA-G-AGTCT--TTTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---CTT-T--T-AAAATTA-CA-T-----ATAA--------A-G----G-T---AGAT-------GCA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACACTG-TAG------T-ATGT-CCCCATT-AT-----------TAA-AAGATTG--GCA--G--A-ATT-ATGGA--T--T-GCTTTT--CACGT-
gi|12 : -G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------C-----------CTC-ACGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AAAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-GT----AATAA-------A-A----G-T---ATAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAGTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-G-TCATGGA--T--GCGTTT-T--C-CGT-TC----TTACG---CTACACGT--GAGTTAC-A-Tcg
gi|12 : -A-TAGGCAGAGTCATGGATGCGTTTTCCGTTC----TTACGCTA-CACGT--GAGT------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTTgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|13 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgtccccacccttaaaag-------------C-----------CTC-GTGT-TGAA--AA-TTGACT----CCCA-T-AGAAATTTT-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TAC-----------------------CTATC-CT-----------TAA-ACGATAG--GCA--G--A-A-TTATGGA--T--GCG----TTTCACGT-TC----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC-A-Tag
gi|13 : ----TTAC----CTATCCTT--AA---ACGA-TAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|14 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaag-------AAAA-GTGGTCT--TTT-T-CTA-C---C-G-TA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------C-----------TTCTGCGT-TGAA--AATTTGACCT---CCCA-T--GAAA--TG-A-CC---A---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-AT-TAA-A----G-A---AGAG-------GTAT-ATA-GCG-TA------G----TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT------TATG-Ta
gi|15 : tcgggtaacgacgaaaaggaccctatgaaaagagggagtcaagtttacggtagaaagccccagtgtcaatattctatgAAAAT-ATAT-A-A----G-T---AGAG-------GCA--ATACATA-TA------GTA--TCA-AA-GGTTT-G---GGGAGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT--------------TAG------T-ATGT-CCTCATC-CT-----------TAA-ACAATAG--GCA--T--ATT-T-ATGGA--T--GCGTT--T--CCCGT-TT----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC-A-T
gi|15 : catgGAGAG--GCA--GTGA-A-T-ACGAAGTT--A-G----T---ATGT-CC----TCAT-------C-CTT--AA---AC-AATAGGCATATTTATGGATGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTTgtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|16 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggg---C-G-TA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCC-----------CTC-ACG--TGCA--AA-CTGAAC----CCCT-T-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC------------T---AGAG-------AAC--ATACGCG-TA------GTA--ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCa
gi|17 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatgA-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G-------------A-TAG------T-GTGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGG--ACA--G--A-ATT-ATGGA--T--GCGTT--T--CCCGT-TTCAAATTACG---CTACACTT--GAG-TAC-A-TAc
gi|17 : -A-TGGACAGAATTATGGATGCGTTTCCCGTTTCAAATTACGCTA-CACTT--GAGTACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|18 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatccttaaaagCA-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC-------------------------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CTCCATC-CT-----------TAA-AAGACAG--GCA--G--A-ATT-ATGGA--T--GCGTT--T--CACGT-TC----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC----AGGTAAAA
gi|18 : -A-CAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATcatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|19 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtctccatccttaaaagGTAATAACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN-------NNNN-N-NNNNN--NTT---CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------TATACGACTCTTCTT-AAGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AGAAATt
gi|2 : ACGACGCAAAGTGACCCCAAAATTGACCGGGGAGTCCAAAGTTATCTACCAGTAGAAAGCTGAACCAGGTCACTTTTGTT-AGTTACA-------AAGA-A-GGGCT--TTTCTACTC-C---C-GGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TG-A--AA-CTGACCACCTCCTAGT-AAAATTTTG-AGCGCCTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGAT-TAA-A----G-TAAGAGAG-------AAA--ATACGCG-TA------GTGACTCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT------TACA-GGTTAG------T-AGGTGCCCTATCGCTG----------TAACAAGATAGCAGCA--A--G-A-G-ATG
gi|2 : gtgtGCTATCACCTTGGAGT------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTcgaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|20 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgagGTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA----G-TAT------C-ATGT-CCCCATC-AT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-ATT-ATGAA--C--GCGTT--T--CCCGT-TT----TTACG---CTACACTT--GAGTTAC-A-T
gi|20 : -A-TAGGCAGAATTATGAACGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|21 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaag-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTTc
gi|3 : GTAATGACGAAAAGTTACACCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--ACA-------AAGA-G-GGTAT--TTTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----ACCA-T-TGAAATTTG-A-CCCATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TG------GTA--TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT------AACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-TT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-ATT-ATGGA--T--GCGTT--T--CACGT-TC----TTTGG---CTACTCTT--GAGTTAC-A-Tt
gi|3 : t-A-TAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTTGGCTA-CTCTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|4 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaagGTAACGACGAAAAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN-------NNNN-N-NNNNN--NNNT--CTA-C---A-G-TA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CTCCTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-AT-C-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGTG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------CACT-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-A-TAATGGA--T--GTGTT--T--CACGT-TC----TTACG---CTACACTT--GAATTAC-A-T
gi|4 : t-A-TAGGCAGAATAATGGATGTGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAAT------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|5 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatccttaaaag--ACA-------AAGA-G-GGTCT--TTATT-CTAACGTAC-G-TA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--C-----------CTC-ACAT-TGAA--AA-TTGACC----CC-A-T-AAAAATTTTTA-CCCCCA---C-G-T--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--T-T-A-A----G-----AGAGTATCTAGGTG--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGA---GGGA-GGGCA-GTG-A-AATC-----------------------G------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------CAA-AAGATAG--GCA--G--A-AGT-ATGGA--T--GCGCC--T--CCCGT-TG----TTACG---GTACATTTGAGAGTTAC-A-Ta
gi|5 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatg-A-TAGGCAGAAGTATGGATGCGCCTCCCGTTG----TTACGGTA-CATTTGAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|6 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaag--ACA-------AAGA-G-GGTCT--GTTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--C-----------CTC-ACGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AAAAATTTT-A-CCCTTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--T-T-G-AGAACG-T---AGAG-------GTAATATATGCG-TT------GTA--TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-----------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGG--GCA--G--A-ATT-ATGAA--TGCG-A----C--CCCGT-TT----TTACG---CTACATTTGAGAGTTAC-
gi|6 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-TGGGCAGAATTATGAATGCGACCC-CGTTT----TTACGCTA-CATTTGAGAGT------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATActgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatccttaaaagTT-CTA-C---A-G-TA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-AT-T-ACA----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------C-ATGC-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAG--GCA--G--A-ATT-ATGGA--T--GCGTT--T--CACGT-TC----TTATG---CTACACTT--GAGTTAC-A-Tcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-TAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTATGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|8 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatccttaaaagAACGACGAAAAATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--ACA-------AAGA-G-GGTCT--ATTTT-CTA-C---C-G-TA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------C-----------CTC-GCGT-TGAA--AA-TTCACC----CCCA-T-AGAAATTCG-A-CCCCTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-GA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A------------------TACG-CG-TAG------T-AT----CACAGG-TT-----------TGG-GGGAGGG--TCAGTG--A-A-A-GCGAA-------G----T--TACATGTA----ATATGTCCCCATCCTT--AAA--AG-A-TAGGCAGAATTATAGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTaa
gi|9 : aCA-------AAGAAG-GGCCTAACATTT-C-A-C---C-G-TA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------C-----------CTC-GCGT-TGAACGAC-TCGAAC----CCCA-C-A-AATTTTGTA-CCACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-AT-T-ACA----G-TG--AGTG-------G------ACGCGTTA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT------TACA-TG-TAG------TCATGT-CCGC--C-CT-------------G-ACGATAG--GCA--G--GTT-T-ATGGA-----G-A----T--C--------------CG---CTACACT----GGTTAC-
gi|9 : agtcattctacgtagaagctgaccaggtcttcaaattttcgtaatgac-A-TAGGCAGGTTTATGGA----------GATC-------CGCTA-CACT----GGT------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCtgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111 333333333333333333333333333 5555555555555555555555555 1111111 1111111111 111111 11111111111 11 1111111
lowQualScore : 1 333333333333333333 55 000000000 2 888 4 777777777777777777777777777 3 3 3 44 3 3 555 5 2 444 2 5 2 4444444444444444444444444 444 2 2 33 2 7777 2 2 5 2 77777 2 3333 2 4444444 33 2222222222 2 666 8888888 55 2 000000 2 2 333 2 2 2 2 2 666666 9999 2 666666 2 2 2 33333333333 2 2 444 3 33 5555 77 1 4 6666 2 11 888888 33 33 2 5 2 2 7777 0000000 3 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : . .................. .. ......... . ... . ........................... . . . .. . . ... . . ... . . . ......................... ... . . .. . .... . . . . ..... . .... . ....... .. .......... . ... ....... .. . ...... . . ... . . . . . ...... .... . ...... . . . ........... . . ... . .. .... .. . . .... . .. ...... .. .. . . . . .... ....... . ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 0 111111111111111111 66 888888888 9 444 0 888888888888888888888888888 3 3 3 66 1 1 000 3 7 777 7 3 7 8888888888888888888888888 444 5 5 44 5 8888 5 5 3 7 55555 7 9999 7 1111111 66 7777777777 5 999 1111111 99 4 000000 2 2 777 2 2 2 2 2 444444 2222 4 888888 4 4 4 55555555555 4 4 111 9 77 7777 33 5 8 1111 7 88 222222 99 99 9 7 9 9 1111 8888888 1 444 444 1 22 1 1111 3
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTNNA--------G--AC-AAAGA-G-GGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( family-3161 ) : GTAACGACGAAAAGTGACNC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCAGTAGAAAGCTGAACCAG-GTC-----ACTTTTGTTCA--------G--AC-AAAGA-G-GGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|1 : GTAATGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-N-NNNNN--NNNTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCAT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-ACCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCACATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAAT-----------------CACGT--TC----TTACTCTACACTT--GAATTAC-ATANGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACTCAA-CACTT--CAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|10 : GACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNCA-----------AC-AAAGA-G-GTATT--TTTTT-CTA-C---CAGTATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CGTCTC-GAGTATGAA--AT-TGGACC----ACAA-TCAGAAAGTTG-A-CCCTTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----ACT---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTACATGTATCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GTTACATGTACA-TG-TAG------T-ACGT-CCCCATC-CTTAATAGGGCTATAA-AAGATAGACAGAATTATGGA-TGC---GTTT
gi|11 : TAACAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNCGCG--AC-AA-GA-G-AGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---CTT-T--T-AAAATTA-CA-T-----ATAA--------A-G----G-T---AGAT-------GCA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACACTG-TAG------T-ATGT-CCCCATT-AT-----------TAA-AAGATTGGCAGAATTATGGATTGC---TTTTCACGT--
gi|12 : -GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AAAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-GT----AATAA-------A-A----G-T---ATAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAGTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAGTCATGGA-TGC---GTTTTCCGT--TC----TTACGCTACACGT--GAGTTAC-ATcg
gi|12 : -ATAGGCAGAGTCATGGATGCGTTTTCCGTTC----TTACGCTA-CACGT--GAGT------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTTgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|13 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgtccccacccttaaaag-------------C-----------C---TC-GTGT-TGAA--AA-TTGACT----CCCA-T-AGAAATTTT-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA-----------------------CCTATC-CT-----------TAA-ACGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATag
gi|13 : ----TTAC-CTATCCTT--AA---ACGATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|14 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagGTAACGACGAAAAG-GACCC-TATGAAAA----GA---GGGAGTC--AAGTT----TAC-GGTAGAAAGCC---CCAGTGTC-----AATATTCT--------------AT-GAAAA-GTGGTCT--TTT-T-CTA-C---C-GTA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------C-----------T---TCTGCGT-TGAA--AATTTGACCT---CCCA-T--GAAA--TG-A-CC---A---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-AT-TAA-A----G-A---AGAG-------GTAT-ATA-GCG-TAG--------TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT------TAa
gi|15 : tcggAAAAT-ATAT-A-A----G-T---AGAG-------GCA--ATACATA-TAGTA------TCA-AA-GGTTTGG---GG-AGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT------TA--------G------T-ATGT-CCTCATC-CT-----------TAA-ACAATAGGCATATTTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATtgt
gi|15 : catg-ATAGGCATATTTATGGATGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTTgtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|16 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggggagaggcagtgaatacgaagttagtatgtcctcatccttaaaca---C-GTA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCC-----------C---TC-ACG--TGCA--AA-CTGAAC----CCCT-T-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC------------T---AGAG-------AAC--ATACGCG-TAGTA------ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCa
gi|17 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatgA-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G-------------A-TAG------T-GTGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGACAGAATTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TTCAAATTACGCTACACTT--GAG-TAC-ATAc
gi|17 : -ATGGACAGAATTATGGATGCGTTTCCCGTTTCAAATTACGCTA-CACTT--GAGTACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|18 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatccttaaaagCA-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC-------------------------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CTCCATC-CT-----------TAA-AAGACAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC---AGGTAAAA
gi|18 : -ACAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATcatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|19 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtctccatccttaaaagGTAATAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-N-NNNNN--NTT---CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------TATACGACTCTTC---TT-AAGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AGAAATt
gi|2 : ACGACGCAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCAGTAGAAAGCTGAACCAG-GTC-----ACTTTTGTT-A--------GTTAC-AAAGA-A-GGGCT--TTTCTACTC-C---CGGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TG-A--AA-CTGACCACCTCCTAGT-AAAATTTTG-AGCGCCTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGAT-TAA-A----G-TAAGAGAG-------AAA--ATACGCG-TAGTGAC----TCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT------TACA-GGTTAG------T-AGGTGCCCTATCGCTG----------TAACAAGATA-GCAGCA--AGAGA-TGC---G
gi|2 : gtgtGCTATCACCTTGGAGT------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|20 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgagGTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA----G-TAT------C-ATGT-CCCCATC-AT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGAA-CGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-AT
gi|20 : -ATAGGCAGAATTATGAACGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|21 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaag-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTTc
gi|3 : GTAATGACGAAAAGTTACAC-CA---ANNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-G-GGTAT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----ACCA-T-TGAAATTTG-A-CCCATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TGGTA------TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT------AACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-TT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTTGGCTACTCTT--GAGTTAC-ATt
gi|3 : t-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTTGGCTA-CTCTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|4 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaagGTAACGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-N-NNNNN--NNNT--CTA-C---A-GTA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CTCCTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-AT-C-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGTG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------CACT-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATAATGGA-TGT---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAATTAC-AT
gi|4 : t-ATAGGCAGAATAATGGATGTGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAAT------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|5 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatccttaaaagTAACGACGAAAAGTGACCCATA---GAATAATGACTAGGGa
gi|5 : attgggccagtgtacata--------G--AC-AAAGA-G-GGTCT--TTATT-CTAACGTAC-GTA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--C-----------C---TC-ACAT-TGAA--AA-TTGACC----CC-A-T-AAAAATTTTTA-CCCCCA---C-G-T--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--T-T-A-A----G-----AGAGTATCTAGGTG--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGG-CA-GTG-A-AATC-G----------------------------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------CAA-AAGATAGGCAGAAGTATGGA-TGC---GCCTCCCGT--TG----TTACGGTACATTTGAGAGTTAC-ATtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaagataggcagaagtatggatgcgcctcccgttgttacggtacatttgagagttacatgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|5 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccat-ATAGGCAGAAGTATGGATGCGCCTCCCGTTG----TTACGGTA-CATTTGAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|6 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaag--AC-AAAGA-G-GGTCT--GTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AAAAATTTT-A-CCCTTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--T-T-G-AGAACG-T---AGAG-------GTAATATATGCG-TTGTA------TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-----------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGGCAGAATTATGAA-TGC---GACCC-CGT--TT----TTACGCTACATTTGAGAGTTAC-
gi|6 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATGGGCAGAATTATGAATGCGACCC-CGTTT----TTACGCTA-CATTTGAGAGT------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATActgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatccttaaaagTT-CTA-C---A-GTA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-AT-T-ACA----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------C-ATGC-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTATGCTACACTT--GAGTTAC-ATcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTATGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|8 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatccttaaaagAACGACGAAAAATGGNNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-G-GGTCT--ATTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTCACC----CCCA-T-AGAAATTCG-A-CCCCTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-GAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A------------------TACG-CG-TAG------T-AT----CACAGG-TT-----------TGG-GGGAGGGTCAG-----TGAA-AGCGAAGTTACATGTAATA----TGTCCCCATCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATAGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTaa
gi|9 : aAGTCATTCTAC--GTAGAA-GCTGA-CCAG-GTCTTCAAATTTTCGTAAT--------G--ACCAAAGAAG-GGCCTAACATTT-C-A-C---C-GTA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------C-----------C---TC-GCGT-TGAACGAC-TCGAAC----CCCA-C-A-AATTTTGTA-CCACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-AT-T-ACA----G-TG--AGTG-------G------ACGCGTTAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT------TACA-TG-TAG------TCATGT-CCGC--C-CT-------------G-ACGATAGGCAGGTTTATGGA--------------GA--TC-------CGCTACACT----GGTTAC-
gi|9 : -ATAGGCAGGTTTATGGA----------GATC-------CGCTA-CACT----GGT------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCtgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111 333333333333333333333333333 5555555555555555555555555 1111111 1111111111 111111 11111111111 11 1111111
lowQualScore : 333333333333333333 55 000000000 2 9999 4 222222222222222222222222222 3 3 44 3 3 555 5 2 444 2 5 2 4444444444444444444444444 444 2 2 33 2 7777 2 2 5 2 77777 2 3333 2 4444444 33 2222222222 2 666 8888888 55 2 000000 2 2 333 2 2 2 2 2 666666 9999 2 666666 2 2 2 33333333333 2 2 444 3 33 5555 77 1 4 6666 2 11 888888 33 33 2 5 2 2 7777 0000000 3 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : .................. .. ......... . .... . ........................... . . .. . . ... . . ... . . . ......................... ... . . .. . .... . . . . ..... . .... . ....... .. .......... . ... ....... .. . ...... . . ... . . . . . ...... .... . ...... . . . ........... . . ... . .. .... .. . . .... . .. ...... .. .. . . . . .... ....... . ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 111111111111111111 66 777777777 9 3333 0 888888888888888888888888888 3 3 66 1 1 000 3 7 777 7 3 7 8888888888888888888888888 444 5 5 44 5 8888 5 5 3 7 55555 7 9999 7 1111111 66 7777777777 5 999 1111111 99 4 000000 2 2 777 2 2 2 2 2 444444 2222 4 888888 4 4 4 55555555555 4 4 111 9 77 7777 33 5 8 1111 7 88 222222 99 99 9 7 9 9 1111 8888888 1 444 444 1 22 1 1111 3
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( family-3161 ) : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTNNA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|1 : GTAATGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCAT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-ACCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCACATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAAT-----------------CACGT--TC----TTACTCTACACTT--GAATTAC-ATANGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACTCAA-CACTT--CAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|10 : GACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNCA-----------AC-AAAGA-GGTATT--TTTTT-CTA-C---CAGTATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CGTCTC-GAGTATGAA--AT-TGGACC----ACAA-TCAGAAAGTTG-A-CCCTTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----ACT---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTACATGTATCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GTTACATGTACA-TG-TAG------T-ACGT-CCCCATC-CTTAATAGGGCTATAA-AAGATAGACAGAATTATGGA-TGC---GTTT
gi|11 : TAACAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNCGCG--AC-AA-GA-GAGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---CTT-T--T-AAAATTA-CA-T-----ATAA--------A-G----G-T---AGAT-------GCA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACACTG-TAG------T-ATGT-CCCCATT-AT-----------TAA-AAGATTGGCAGAATTATGGATTGC---TTTTCACGT--
gi|12 : -GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AAAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-GT----AATAA-------A-A----G-T---ATAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAGTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAGTCATGGA-TGC---GTTTTCCGT--TC----TTACGCTACACGT--GAGTTAC-ATcg
gi|12 : -ATAGGCAGAGTCATGGATGCGTTTTCCGTTC----TTACGCTA-CACGT--GAGT------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTTgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|13 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgtccccacccttaaaag-------------C-----------C---TC-GTGT-TGAA--AA-TTGACT----CCCA-T-AGAAATTTT-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA-----------------------CCTATC-CT-----------TAA-ACGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATag
gi|13 : ----TTAC-CTATCCTT--AA---ACGATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|14 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagGTAACGACGAAAAG-GACCC-TATGAAAA----GA---GGGAGTC--AAGTT----TAC-GGTAGAAAGCC---CCAGTGTC-----AATATTCTAT---------G--A--AAAG--TGGTCT--TTT-T-CTA-C---C-GTA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------C-----------T---TCTGCGT-TGAA--AATTTGACCT---CCCA-T--GAAA--TG-A-CC---A---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-AT-TAA-A----G-A---AGAG-------GTAT-ATA-GCG-TAG--------TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT------TAa
gi|15 : tcggAAAAT-ATAT-A-A----G-T---AGAG-------GCA--ATACATA-TAGTA------TCA-AA-GGTTTGG---GG-AGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT------TA--------G------T-ATGT-CCTCATC-CT-----------TAA-ACAATAGGCATATTTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATtgt
gi|15 : catg-ATAGGCATATTTATGGATGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTTgtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|16 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggggagaggcagtgaatacgaagttagtatgtcctcatccttaaaca---C-GTA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCC-----------C---TC-ACG--TGCA--AA-CTGAAC----CCCT-T-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC------------T---AGAG-------AAC--ATACGCG-TAGTA------ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCa
gi|17 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatgA-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G-------------A-TAG------T-GTGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGACAGAATTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TTCAAATTACGCTACACTT--GAG-TAC-ATAc
gi|17 : -ATGGACAGAATTATGGATGCGTTTCCCGTTTCAAATTACGCTA-CACTT--GAGTACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|18 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatccttaaaagCA-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC-------------------------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CTCCATC-CT-----------TAA-AAGACAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC---AGGTAAAA
gi|18 : -ACAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATcatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|19 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtctccatccttaaaagGTAATAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NTT---CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------TATACGACTCTTC---TT-AAGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AGAAATt
gi|2 : ACGACGCAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCAGTAGAAAGCTGAACCAG-GTC-----ACTTTTGT-TA--------GTTAC-AAAGA-AGGGCT--TTTCTACTC-C---CGGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TG-A--AA-CTGACCACCTCCTAGT-AAAATTTTG-AGCGCCTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGAT-TAA-A----G-TAAGAGAG-------AAA--ATACGCG-TAGTGAC----TCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT------TACA-GGTTAG------T-AGGTGCCCTATCGCTG----------TAACAAGATA-GCAGCA--AGAGA-TGC---G
gi|2 : gtgtGCTATCACCTTGGAGT------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|20 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgagGTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA----G-TAT------C-ATGT-CCCCATC-AT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGAA-CGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-AT
gi|20 : -ATAGGCAGAATTATGAACGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|21 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaag-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTTc
gi|3 : GTAATGACGAAAAGTTACAC-CA---ANNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTAT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----ACCA-T-TGAAATTTG-A-CCCATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TGGTA------TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT------AACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-TT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTTGGCTACTCTT--GAGTTAC-ATt
gi|3 : t-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTTGGCTA-CTCTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|4 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaagGTAACGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNT--CTA-C---A-GTA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CTCCTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-AT-C-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGTG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------CACT-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATAATGGA-TGT---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAATTAC-AT
gi|4 : t-ATAGGCAGAATAATGGATGTGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAAT------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|5 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatccttaaaagTAACGACGAAAAGTGACCCATA---GAATAATGACTAGGGa
gi|5 : attgggccagtgtacata--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTATT-CTAACGTAC-GTA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--C-----------C---TC-ACAT-TGAA--AA-TTGACC----CC-A-T-AAAAATTTTTA-CCCCCA---C-G-T--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--T-T-A-A----G-----AGAGTATCTAGGTG--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGG-CA-GTG-A-AATC-G----------------------------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------CAA-AAGATAGGCAGAAGTATGGA-TGC---GCCTCCCGT--TG----TTACGGTACATTTGAGAGTTAC-ATtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaagataggcagaagtatggatgcgcctcccgttgttacggtacatttgagagttacatgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|5 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccat-ATAGGCAGAAGTATGGATGCGCCTCCCGTTG----TTACGGTA-CATTTGAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|6 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaag--AC-AAAGA-GGGTCT--GTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AAAAATTTT-A-CCCTTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--T-T-G-AGAACG-T---AGAG-------GTAATATATGCG-TTGTA------TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-----------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGGCAGAATTATGAA-TGC---GACCC-CGT--TT----TTACGCTACATTTGAGAGTTAC-
gi|6 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATGGGCAGAATTATGAATGCGACCC-CGTTT----TTACGCTA-CATTTGAGAGT------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATActgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatccttaaaagTT-CTA-C---A-GTA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-AT-T-ACA----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------C-ATGC-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTATGCTACACTT--GAGTTAC-ATcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTATGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|8 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatccttaaaagAACGACGAAAAATGGNNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTCT--ATTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTCACC----CCCA-T-AGAAATTCG-A-CCCCTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-GAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A------------------TACG-CG-TAG------T-AT----CACAGG-TT-----------TGG-GGGAGGGTCAG-----TGAA-AGCGAAGTTACATGTAATA----TGTCCCCATCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATAGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTaa
gi|9 : aAGTCATTCTAC--GTAGAA-GCTGA-CCAG-GTCTTCAAATTTTCGTAAT--------G--ACCAAAGAAGGGCCTAACATTT-C-A-C---C-GTA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------C-----------C---TC-GCGT-TGAACGAC-TCGAAC----CCCA-C-A-AATTTTGTA-CCACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-AT-T-ACA----G-TG--AGTG-------G------ACGCGTTAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT------TACA-TG-TAG------TCATGT-CCGC--C-CT-------------G-ACGATAGGCAGGTTTATGGA--------------GA--TC-------CGCTACACT----GGTTAC-
gi|9 : -ATAGGCAGGTTTATGGA----------GATC-------CGCTA-CACT----GGT------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCtgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111 333333333333333333333333333 5555555555555555555555555 1111111 1111111111 111111 11111111111 11 1111111
lowQualScore : 333333333333333333 55 000000000 2 9999 4 000000000000000000000000000 3 3 44 3 3 555 5 2 444 2 5 2 4444444444444444444444444 444 2 2 33 2 7777 2 2 5 2 77777 2 3333 2 4444444 33 2222222222 2 666 8888888 55 2 000000 2 2 333 2 2 2 2 2 666666 9999 2 666666 2 2 2 33333333333 2 2 444 3 33 5555 77 1 4 6666 2 11 888888 33 33 2 5 2 2 7777 0000000 3 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : .................. .. ......... . .... . ........................... . . .. . . ... . . ... . . . ......................... ... . . .. . .... . . . . ..... . .... . ....... .. .......... . ... ....... .. . ...... . . ... . . . . . ...... .... . ...... . . . ........... . . ... . .. .... .. . . .... . .. ...... .. .. . . . . .... ....... . ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 111111111111111111 66 777777777 9 3333 0 888888888888888888888888888 3 3 66 1 1 000 3 7 777 7 3 7 8888888888888888888888888 444 5 5 44 5 8888 5 5 3 7 55555 7 9999 7 1111111 66 7777777777 5 999 1111111 99 4 000000 2 2 777 2 2 2 2 2 444444 2222 4 888888 4 4 4 55555555555 4 4 111 9 77 7777 33 5 8 1111 7 88 222222 99 99 9 7 9 9 1111 8888888 1 444 444 1 22 1 1111 3
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( family-3161 ) : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|1 : GTAATGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCAT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-ACCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCACATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAAT-----------------CACGT--TC----TTACTCTACACTT--GAATTAC-ATANGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACTCAA-CACTT--CAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|10 : GACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNCA-----------AC-AAAGA-GGTATT--TTTTT-CTA-C---CAGTATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CGTCTC-GAGTATGAA--AT-TGGACC----ACAA-TCAGAAAGTTG-A-CCCTTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----ACT---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTACATGTATCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GTTACATGTACA-TG-TAG------T-ACGT-CCCCATC-CTTAATAGGGCTATAA-AAGATAGACAGAATTATGGA-TGC---GTTT
gi|11 : TAACAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNCGCG--AC-AA-GA-GAGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---CTT-T--T-AAAATTA-CA-T-----ATAA--------A-G----G-T---AGAT-------GCA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACACTG-TAG------T-ATGT-CCCCATT-AT-----------TAA-AAGATTGGCAGAATTATGGATTGC---TTTTCACGT--
gi|12 : -GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AAAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-GT----AATAA-------A-A----G-T---ATAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAGTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAGTCATGGA-TGC---GTTTTCCGT--TC----TTACGCTACACGT--GAGTTAC-ATcg
gi|12 : -ATAGGCAGAGTCATGGATGCGTTTTCCGTTC----TTACGCTA-CACGT--GAGT------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTTgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|13 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgtccccacccttaaaag-------------C-----------C---TC-GTGT-TGAA--AA-TTGACT----CCCA-T-AGAAATTTT-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA-----------------------CCTATC-CT-----------TAA-ACGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATag
gi|13 : ----TTAC-CTATCCTT--AA---ACGATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|14 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagGTAACGACGAAAAG-GACCC-TATGAAAA----GA---GGGAGTC--AAGTT----TAC-GGTAGAAAGCC---CCAGTGTC-----AATATTCTAT---------G--A--AAAG--TGGTCT--TTT-T-CTA-C---C-GTA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------C-----------T---TCTGCGT-TGAA--AATTTGACCT---CCCA-T--GAAA--TG-A-CC---A---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-AT-TAA-A----G-A---AGAG-------GTAT-ATA-GCG-TAG--------TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT------TAa
gi|15 : tcggAAAAT-ATAT-A-A----G-T---AGAG-------GCA--ATACATA-TAGTA------TCA-AA-GGTTTGG---GG-AGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT------TA--------G------T-ATGT-CCTCATC-CT-----------TAA-ACAATAGGCATATTTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATtgt
gi|15 : catg-ATAGGCATATTTATGGATGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTTgtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|16 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggggagaggcagtgaatacgaagttagtatgtcctcatccttaaaca---C-GTA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCC-----------C---TC-ACG--TGCA--AA-CTGAAC----CCCT-T-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC------------T---AGAG-------AAC--ATACGCG-TAGTA------ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCa
gi|17 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatgA-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G-------------A-TAG------T-GTGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGACAGAATTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TTCAAATTACGCTACACTT--GAG-TAC-ATAc
gi|17 : -ATGGACAGAATTATGGATGCGTTTCCCGTTTCAAATTACGCTA-CACTT--GAGTACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|18 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatccttaaaagCA-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC-------------------------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CTCCATC-CT-----------TAA-AAGACAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC---AGGTAAAA
gi|18 : -ACAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATcatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|19 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtctccatccttaaaagGTAATAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NTT---CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------TATACGACTCTTC---TT-AAGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AGAAATt
gi|2 : ACGACGCAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCAGTAGAAAGCTGAACCAG-GTC-----ACTTTTGT-TA--------GTTAC-AAAGA-AGGGCT--TTTCTACTC-C---CGGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TG-A--AA-CTGACCACCTCCTAGT-AAAATTTTG-AGCGCCTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGAT-TAA-A----G-TAAGAGAG-------AAA--ATACGCG-TAGTGAC----TCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT------TACA-GGTTAG------T-AGGTGCCCTATCGCTG----------TAACAAGATA-GCAGCA--AGAGA-TGC---G
gi|2 : gtgtGCTATCACCTTGGAGT------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|20 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgagGTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA----G-TAT------C-ATGT-CCCCATC-AT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGAA-CGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-AT
gi|20 : -ATAGGCAGAATTATGAACGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|21 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaag-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTTc
gi|3 : GTAATGACGAAAAGTTACAC-CA---ANNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTAT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----ACCA-T-TGAAATTTG-A-CCCATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TGGTA------TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT------AACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-TT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTTGGCTACTCTT--GAGTTAC-ATt
gi|3 : t-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTTGGCTA-CTCTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|4 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaagGTAACGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNT--CTA-C---A-GTA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CTCCTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-AT-C-A-AA---G-T---AGAG-------GTA--ATACGTG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------CACT-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATAATGGA-TGT---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAATTAC-AT
gi|4 : t-ATAGGCAGAATAATGGATGTGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAAT------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|5 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatccttaaaagTAACGACGAAAAGTGACCCATA---GAATAATGACTAGGGa
gi|5 : attgggccagtgtacata--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTATT-CTAACGTAC-GTA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--C-----------C---TC-ACAT-TGAA--AA-TTGACC----CC-A-T-AAAAATTTTTA-CCCCCA---C-G-T--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--T-T-A-A----G-----AGAGTATCTAGGTG--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGG-CA-GTG-A-AATC-G----------------------------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------CAA-AAGATAGGCAGAAGTATGGA-TGC---GCCTCCCGT--TG----TTACGGTACATTTGAGAGTTAC-ATtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaagataggcagaagtatggatgcgcctcccgttgttacggtacatttgagagttacatgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|5 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccat-ATAGGCAGAAGTATGGATGCGCCTCCCGTTG----TTACGGTA-CATTTGAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|6 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaag--AC-AAAGA-GGGTCT--GTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AAAAATTTT-A-CCCTTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--T-T-G-AGAACG-T---AGAG-------GTAATATATGCG-TTGTA------TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-----------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGGCAGAATTATGAA-TGC---GACCC-CGT--TT----TTACGCTACATTTGAGAGTTAC-
gi|6 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATGGGCAGAATTATGAATGCGACCC-CGTTT----TTACGCTA-CATTTGAGAGT------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATActgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatccttaaaagTT-CTA-C---A-GTA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-AT-T-ACA----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------C-ATGC-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTATGCTACACTT--GAGTTAC-ATcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTATGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|8 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatccttaaaagAACGACGAAAAATGGNNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTCT--ATTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTCACC----CCCA-T-AGAAATTCG-A-CCCCTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-AT-TAA-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-GAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A------------------TACG-CG-TAG------T-AT----CACAGG-TT-----------TGG-GGGAGGGTCAG-----TGAA-AGCGAAGTTACATGTAATA----TGTCCCCATCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATAGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTaa
gi|9 : aAGTCATTCTAC--GTAGAA-GCTGA-CCAG-GTCTTCAAATTTTCGTAAT--------G--ACCAAAGAAGGGCCTAACATTT-C-A-C---C-GTA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------C-----------C---TC-GCGT-TGAACGAC-TCGAAC----CCCA-C-A-AATTTTGTA-CCACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-AT-T-ACA----G-TG--AGTG-------G------ACGCGTTAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT------TACA-TG-TAG------TCATGT-CCGC--C-CT-------------G-ACGATAGGCAGGTTTATGGA--------------GA--TC-------CGCTACACT----GGTTAC-
gi|9 : -ATAGGCAGGTTTATGGA----------GATC-------CGCTA-CACT----GGT------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCtgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct
blockSeqs : ATAGAATAATGACTA NN NNNNNNNN N NNNN T NNNNNNNNNNNNNNNNCGCG C A AA A A GTA A T GAA A G T TTTACGGGACTCCC GTC T A CG T ACCT G C T G CGTAT G TAA A TGTACAT GA TGAGAAC C AAG TATCTAG AT T CATGTA C T GGA G A C T T TACATG CACT T TATATA C G G TAATAGGGCTA C T GAA A AA CAAA GA G C CAAA T TG ACATAA AA TA G T G G ATGT ATCAAAA G GAC AAG C GT T AAAG A
blockSeqs : NNNNNNNNNNNN NN NNNNNNNN N NNNN . TTCAAATTTTCGTAATG . . . . . . G . . . A . TCTACGACTCCC . . . . . T . . T . CT . AT . GT A TAAA . G . T . AC . . . . . . . . . CAT . . . . . G . . . C . . GA . A . . GA . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNN NN NNNNNNNN A NNNN . ACTTTTGTTAGTT . . . . . . . . . . . . TATACGACTCTT . . . . . . . . . . A . A . AC A TAAA . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . A . . . . C . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNN CA ATCTACCA N TGAA . NNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . TCTACGATTTCC . . . . . . . . . . A . T . G A ATAA . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CAAAATTGACCG NN NNNNNNNN A NNNN . NNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . TCTACGACTCCC . . . . . . . . . . A . A . T A TAAA . . . . . . . . . . . . . . . CAG . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CAANNNNNNNNN NN NNNNNNNN N NNNN . NNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . A . A . G G TAAA . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNN NN NNNNNNNN N NNNN . NNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . A . G A CAAA . . . . . . . . . . . . . . . CTT . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNN . ATTCTAC N TGA . NNNNNNNNNCA . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . C . G A TACA . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TATGAAAAGA TACG . C . AATATTCTATG . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . A . G A TAAA . . . . . . . . . . . . . . . CGC . . . . . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . A . G A TACA . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . A . C A TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . A . T . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . A . G . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TAAA******
originalCons : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-AT-T-A-A----G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
finalCons : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATTAAA------G-T---AGAG-------GTA--ATACGCG-TAGTA------TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111 333333333333333333333333333 5555555555555555555555555 1111111 11111111111 11 1111111
lowQualScore : 333333333333333333 55 000000000 2 9999 4 000000000000000000000000000 3 3 44 3 3 555 5 2 444 2 5 2 4444444444444444444444444 444 2 2 33 2 7777 2 2 5 2 77777 2 3333 2 1111111 2 444 444 666 33 55 2 666666 33 2 2 333 2 2 2 2 2 666666 9999 2 666666 2 2 2 33333333333 2 2 444 3 33 5555 77 1 4 6666 2 11 888888 33 33 2 5 2 2 7777 0000000 3 555 555 3 44 3 7777 3
lowQualScore : .................. .. ......... . .... . ........................... . . .. . . ... . . ... . . . ......................... ... . . .. . .... . . . . ..... . .... . ....... . ... ... ... .. .. . ...... .. . . ... . . . . . ...... .... . ...... . . . ........... . . ... . .. .... .. . . .... . .. ...... .. .. . . . . .... ....... . ... ... . .. . .... .
lowQualScore : 111111111111111111 66 777777777 9 3333 0 888888888888888888888888888 3 3 66 1 1 000 3 7 777 7 3 7 8888888888888888888888888 444 5 5 44 5 8888 5 5 3 7 55555 7 9999 7 4444444 5 444 444 999 44 99 4 888888 22 2 2 777 2 2 2 2 2 444444 2222 4 888888 4 4 4 55555555555 4 4 111 9 77 7777 33 5 8 1111 7 88 222222 99 99 9 7 9 9 1111 8888888 1 444 444 1 22 1 1111 3
consensus : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
Reference ( family-3161 ) : GTAACGACGAAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCGGTAGAAAGCCGAACCAG-GTC-----ANTNTCGTANA--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|1 : GTAATGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCAT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-ACCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA----GT---AG--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CCACATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAA-----------------TCACGT--TC----TTACTCTACACTT--GAATTAC-ATANGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACTCAA-CACTT--CAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTT
gi|10 : GACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNCA-----------AC-AAAGA-GGTATT--TTTTT-CTA-C---CAGTATG---AAAACCATATA-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------CGTCTC-GAGTATGAA--AT-TGGACC----ACAA-TCAGAAAGTTG-A-CCCTTA---A-G-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA---ACT---AG--AGGTA--ATACGCG-TAGTACATGTA--TCA-CA-GATTCTG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GTTACATGTACA-TG-TAG------T-ACGT-CCCCATC-CTTAATAGGGCTATAA-AAGATAGACAGAATTATGGA-TGC---GTTT
gi|11 : TAACAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNCGCG--AC-AA-GA-GAGTCT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAAC-AT-TC-CAGACCTTGTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---CTT-T--T-AAAATTA-C------------AT-ATA---AA---GGT---AG--ATGCA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GATT----------GAGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACACTG-TAG------T-ATGT-CCCCATT-AT-----------TAA-AAGATTGGCAGAATTATGGATTGC---TTTTCACGT--
gi|12 : -GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AAAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----TA-----ATA---AA---AGT---AT--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAGTATATAT-ATGT-CCCCACC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAGTCATGGA-TGC---GTTTTCCGT--TC----TTACGCTACACGT--GAGTTAC-ATcg
gi|12 : -ATAGGCAGAGTCATGGATGCGTTTTCCGTTC----TTACGCTA-CACGT--GAGT------TA--CATGTC--AAATT-TCA-G-CTCGA-CCAAAATGA----TTTCGGCGT-------G-AA---T-----------------------C-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTTgtcaaatttcagctcgaccaaaatgatttcggcgtgaatcttgccttggtgatccctttag
gi|13 : gtagaaaaccattccagatctgtagacctcacgttgaaaattgacccccataaaaatttgacccctaattaaaaattacagtaataaaagtataggtaatacgcgtagtatcacaggtttgagggaggggcagtgaaagcgaagttacatgtagtatatatatgtccccacccttaaaag-------------C-----------C---TC-GTGT-TGAA--AA-TTGACT----CCCA-T-AGAAATTTT-A-CCCCTA---A-T-T--A-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA-----------------------CCTATC-CT-----------TAA-ACGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATag
gi|13 : ----TTAC-CTATCCTT--AA---ACGATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGTGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGGGATCCCTTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggtgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggggatcccttta
gi|14 : cctcgtgttgaaaattgactcccatagaaattttacccctaattaaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggaggggcagtgaaagcgaagGTAACGACGAAAAG-GACCC-TATGAAAA----GA---GGGAGTC--AAGTT----TAC-GGTAGAAAGCC---CCAGTGTC-----AATATTCTAT---------G--A--AAAG--TGGTCT--TTT-T-CTA-C---C-GTA-G---AAAATCAT-TCGCAGA-CT-GT-GA-------------C-----------T---TCTGCGT-TGAA--AATTTGACCT---CCCA-T--GAAA--TG-A-CC---A---A-T-T------AATTA-CA-G-------ACAC-ATT---AA---AGA---AG--AGGTAT-ATA-GCG-TA------G----TTA-CA-GGTTTGG---GGGA--GGCA-GTG-A-AAG--GAA-GT------TAa
gi|15 : tcggAAAAT-ATA---TA---AGT---AG--AGGCA--ATACATA-TA------GTA--TCA-AA-GGTTTGG---GG-AGAGGCA-GTG-A-ATAC-GAA-GT------TA--------G------T-ATGT-CCTCATC-CT-----------TAA-ACAATAGGCATATTTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-ATtgt
gi|15 : catg-ATAGGCATATTTATGGATGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTTAA-ATACAACGA----TTTCGATGT-------T-AA---TCATG-AATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCC----T-TGTGGTCCTTTTgtaaaacatcagtttaaatacaacgatttcgatgttaatcatgaatactaatcagcttgcccttgtggtcctttta
gi|16 : catgaaaatatataagtagaggcaatacatatagtatcaaaggtttggggagaggcagtgaatacgaagttagtatgtcctcatccttaaaca---C-GTA-GGAAAAAACCAT-TC-AAGACCT-GTAGATTTACGGGACTCCC-----------C---TC-ACG--TGCA--AA-CTGAAC----CCCT-T-AGCCCTCTG------TTG---C-T-T--A-CAAACT-----G-----ATGAAC-GC-----------T---AG--AGAAC--ATACGCG-TA------GTA--ACACCATGGTTGGA---GGAAGGGGCa
gi|17 : caggatcaaatataatgtgacatagagtgcccgaactaacatgA-CA-GGTTTTG---GGGAGGACCA-GTG-A-AAGC-TAA-G-------------A-TAG------T-GTGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGACAGAATTATGGA-TGC---GTTTCCCGT--TTCAAATTACGCTACACTT--GAG-TAC-ATAc
gi|17 : -ATGGACAGAATTATGGATGCGTTTCCCGTTTCAAATTACGCTA-CACTT--GAGTACATAATG--TATGTA--AAAAA-TCA-G-TTTGA-ATAAAATTA----TTTC--------------------TTTGAAATA---CT-AG--TCAGC-TTGCCT----T-GATGGTCCTTTatgtatgtaaaaaatcagtttgaataaaattatttctttgaaatactagtcagcttgccttgatggtccttt
gi|18 : acaggttttggggaggaccagtgaaagctaagatagtgtgtccccatccttaaaagCA-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGGC-------------------------TACA-TG-TAG------T-ATGT-CTCCATC-CT-----------TAA-AAGACAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAGTTAC---AGGTAAAA
gi|18 : -ACAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CAGGTA--AAACA-TCA-G-TTCGG-TTAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTAAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATcatcagttcggttaaaacgatttcggcgttaatcttaaaatactaatcagcttgccttggtgatt
gi|19 : catagtatcacaggtttgggggaggggctacatgtagtatgtctccatccttaaaagGTAATAACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NTT---CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------TATACGACTCTTC---TT-AAGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AGAAATt
gi|2 : ACGACGCAAAGTGACCC-CA---AAAT--TGACCGGGGAGTCCAAAGTTAT-CTACCAGTAGAAAGCTGAACCAG-GTC-----ACTTTTGT-TA--------GTTAC-AAAGA-AGGGCT--TTTCTACTC-C---CGGTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TG-A--AA-CTGACCACCTCCTAGT-AAAATTTTG-AGCGCCTA---A-T-TTAA-AGAATTA-CA-AC----AAAGACGATT---AA---AGTAAGAG--AGAAA--ATACGCG-TA------GTGACTCA-CA-GGTTT-----GGGAGGGGCAGGTG-ACAAGC-GAGTAT------TACA-GGTTAG------T-AGGTGCCCTATCGCTG----------TAACAAGATA-GCAGCA--AGAGA-TGC---G
gi|2 : gtgtGCTATCACCTTGGAGT------TAAACATGTATAAGATA-TCA-GGTTCGAGATATAACGGATGTTTCCGGCGTATCAAAATGAA---TCTTGAAATAAAGCTCAA--TCGGC-TTaggctatcaccttggagttaaacatgtataagatatcaggttcgagatataacggatgtttccggcgtatcaaaatgaatcttgaaataaagctcaatcggctt
gi|20 : gtgtacgacgcaaagtgaccccaaaattgaccggggagtccaaagttatctaccagtagaaagctgaaccaggtcacttttgttagttacaaagaagggcttttctactcccggtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaactgaccacctcctagtaaaattttgagcgcctaatttaaagaattacaacaaagacgattaaagtaagagagaaaatacgcgtagtgactcacaggtttgggaggggcaggtgacaagcgagtattacaggttagtaggtgccctatcgctgtaacaagatagcagcaagagatgcgagGTTTGG---GGGGAGGGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TA----G-TAT------C-ATGT-CCCCATC-AT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGAA-CGC---GTTTCCCGT--TT----TTACGCTACACTT--GAGTTAC-AT
gi|20 : -ATAGGCAGAATTATGAACGCGTTTCCCGTTT----TTACGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATCAA--AAACA-TCA-G-TTTGA-ATAAAACGcaaaaacatcagtttgaataaaacgc
gi|21 : gtttggggggagggcagtgaaagcgaagttagtatcatgtccccatcattaaaag-AA---TCTTGAAATA---CT-AG--TCAGCTTTGCC-----T-GATGGTCCCTTTc
gi|3 : GTAATGACGAAAAGTTACAC-CA---ANNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTAT--TTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----ACCA-T-TGAAATTTG-A-CCCATA---A-T-T--C-AAAATTA-CA-G-----AAAAAC-ATT---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-TG------GTA--TCA-CA-TGTTTGA---GGGAGGGGCA-GTGAA-AAGC-GAA-CT------AACA-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-TT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTTGGCTACTCTT--GAGTTAC-ATt
gi|3 : t-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTTGGCTA-CTCTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--GCAGC-TTGGCT----T-GGCGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaagcagcttggcttggcgatccctt
gi|4 : tgtaatgacgaaaagttacaccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtattttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagacctcgcgttgaaaattgaccaccattgaaatttgacccataattcaaaattacagaaaaacattaaagtagaggtaatacgcgtggtatcacatgtttgagggaggggcagtgaaaagcgaactaacatgtagtatgtccccatctttaaaagGTAACGACGAAAAGTGANNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--NN-NNNNN-NNNNNN--NNNT--CTA-C---A-GTA-G---AAAACCAT-TT-CAGACCT-GTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTTACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CTCCTT---A-T-T--A-AAAAGTA-CA-G-----AAAAAC-ATC---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGTG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTCG---GGGAGGTGCA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------CACT-TG-TAG------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATAATGGA-TGT---GTTTCACGT--TC----TTACGCTACACTT--GAATTAC-AT
gi|4 : t-ATAGGCAGAATAATGGATGTGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTT--GAAT------TA--CATGTA--AAAC--------TTCGA-ATAAAAAGA----TGTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAACTA---AT-AA--TCAGC-TTGACT----T-GGTGATCCCTTTgtaaaacttcgaataaaaagatgtcggcgttaatcttgaactaataatcagcttgacttggtgatcccttta
gi|5 : tgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctacagtagaaaaccatttcagacctgtagacctcgcgttgaaaatttacccccatagaaatttgactccttattaaaaagtacagaaaaacatcaaagtagaggtaatacgtgtagtatcacaggtttcggggaggtgcagtgaaagcgaagtcacttgtagtatgtccccatccttaaaagTAACGACGAAAAGTGACCCATA---GAATAATGACTAGGGa
gi|5 : attgggccagtgtacata--------G--AC-AAAGA-GGGTCT--TTATT-CTAACGTAC-GTA-A---AGAGCCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGATTTC--C-----------C---TC-ACAT-TGAA--AA-TTGACC----CC-A-T-AAAAATTTTTA-CCCCCA---C-G-T--ATAAAAGTA-CA-C-----AAAAAC--TT---AAGAGAGT---ATCTAGGTG--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGA---GGGAGGG-CA-GTG-A-AATC-G----------------------------T-ATGT-CCCCATC-CT-----------CAA-AAGATAGGCAGAAGTATGGA-TGC---GCCTCCCGT--TG----TTACGGTACATTTGAGAGTTAC-ATtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaagataggcagaagtatggatgcgcctcccgttgttacggtacatttgagagttacatgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|5 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccat-ATAGGCAGAAGTATGGATGCGCCTCCCGTTG----TTACGGTA-CATTTGAGAGT------TA--CATGTA--AAACG-TCA-G-TTTAA-ACAACACGA----TTT-GGATT-------C-AA---TCTTGAAATA---CT-TAGTTCAGA-TTGCCTAAAGT-GATGGTCCCTTTgtaaaacgtcagtttaaacaacacgatttggattcaatcttgaaatacttagttcagattgcctaaagtgatggtcccttt
gi|6 : attgggccagtgtacatataacgacgaaaagtgacccatagaataatgactagggtaaatattccatgacaaagagggtctttattctaacgtacgtaaagagccattccagacctgtagatctacgatttccctcacattgaaaattgaccccataaaaatttttacccccacgtataaaagtacacaaaaacttaagagagtatctaggtgatacgcgtagtatcacaggtttgagggagggcagtgaaatcgtatgtccccatcctcaaaag--AC-AAAGA-GGGTCT--GTTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGACCT-GTAGATCTACGACTCC--C-----------C---TC-ACGT-TGAA--AA-CTGA-C----CCCA-T-AAAAATTTT-A-CCCTTACGTATT-T--A-TAAACTA-CATGTACATAAAAAC--TTGAGAA---CGT---AG--AGGTAATATATGCG-TT------GTA--TCA-CA-GGTTCGGGGAGGGGGGGGCA-GTG-A-AAGC-----------------------G------C-ATCT-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATGGGCAGAATTATGAA-TGC---GACCC-CGT--TT----TTACGCTACATTTGAGAGTTAC-
gi|6 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATGGGCAGAATTATGAATGCGACCC-CGTTT----TTACGCTA-CATTTGAGAGT------TA--CCTGTA--AAATA-TCATC-TTCAA-ATActgtaaaatatcatcttcaaatacttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : cgacgaaaaggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagagggtctgttttctaccgtagaaaaccattccagacctgtagatctacgactcccctcacgttgaaaactgaccccataaaaattttacccttacgtatttataaactacatgtacataaaaacttgagaacgtagaggtaatatatgcgttgtatcacaggttcggggaggggggggcagtgaaagcgcatctccccatccttaaaagTT-CTA-C---A-GTA-G---AA--------------CCT-CTAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTGACC----CCCA-T-AGAAATTTG-A-CCCCTA---A-T-T--A-AACATTAACA-T-----AGAAAC-ATT---AC---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-TA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---GGGAGGGATA-GTG-A-AAGC-GAA-GT------TACA-TG-TAG------C-ATGC-CCCCATC-CT-----------TAA-AAGATAGGCAGAATTATGGA-TGC---GTTTCACGT--TC----TTATGCTACACTT--GAGTTAC-ATcttgtcagcttgttttataggtatgtgtccttc
gi|7 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATAGGCAGAATTATGGATGCGTTTCACGTTC----TTATGCTA-CACTT--GAGT------TA--CATGTA--AAACA-TCA-G-TTCGA-ATAAAACGA----TTTCGGCGT-------T-AA---TCTTGAAATA---CT-AA--TCAGC-TTGCCT----T-GGTGATCCCTTgtaaaacatcagttcgaataaaacgatttcggcgttaatcttgaaatactaatcagcttgccttggtgatcccttaa
gi|8 : gccggtgtaacgacgaaaagtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacagtagaacctctagacctcgcgttgaaaattgacccccatagaaatttgacccctaattaaacattaacatagaaacattacagtagaggtaatacgcgtagtatcacaggtttgggggagggatagtgaaagcgaagttacatgtagcatgcccccatccttaaaagAACGACGAAAAATGGNNN-NN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----NNNNNNNNNNN--------N--AC-AAAGA-GGGTCT--ATTTT-CTA-C---C-GTA-G---AAAACCAT-TC-CAGATCT-GAAGA-------------C-----------C---TC-GCGT-TGAA--AA-TTCACC----CCCA-T-AGAAATTCG-A-CCCCTC---A-T-T--A-AAAATGA-TA-G-----AAAAAC-ATT---AA---AGT---AG--AGGTA--ATACGCG-GA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---TGGAGG-----GTN-A------------------TACG-CG-TAG------T-AT----CACAGG-TT-----------TGG-GGGAGGGTCAG-----TGAA-AGCGAAGTTACATGTAATA----TGTCCCCATCCTT--AAA--AG-ATAGGCAGAATTATAGATGCGTTTCACGTTC----TTACGCTA-CACTaa
gi|9 : aAGTCATTCTAC--GTAGAA-GCTGA-CCAG-GTCTTCAAATTTTCGTAAT--------G--ACCAAAGAAGGGCCTAACATTT-C-A-C---C-GTA-G---AGAACCAT-TCACA-ACCT-GTTGAC------------C-----------C---TC-GCGT-TGAACGAC-TCGAAC----CCCA-C-A-AATTTTGTA-CCACTA---T-TGT--A-AGAACTA-CA-------AAAAGC-ATT---AC---AGTG--AG--TGG------ACGCGTTA------GTA--TCA-CA-GGTTTGG---G---GAGGCA--TG-A-AAGCTGAA-GT------TACA-TG-TAG------TCATGT-CCGC--C-CT-------------G-ACGATAGGCAGGTTTATGGA--------------GA--TC-------CGCTACACT----GGTTAC-
gi|9 : -ATAGGCAGGTTTATGGA----------GATC-------CGCTA-CACT----GGT------TA--C-TGTA--AAATAGTCATG-TT-GA-ATAA--C-A----TTTCG-C-T-------T-AAGACTGTTATAATA---CT-AA--TC-GT-TTGCCG----TAGGTGACCCtgtaaaatagtcatgttgaataacatttcgcttaagactgttataatactaatcgtttgccgtaggtgaccct