lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 22 2 777777777777777777777777777777777 2 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 2222 11111111 11 11111 22 1 1111 11 333333333
lowQualScore : 77 4 0 777777777777777777777777777777777 2 2 0 3 2 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 5 1111 44444444 555 3 00 3 3 3 44 3 00000 3 3 555 33 5 77777 0 77 5 2 4444 44 555 2 333333333 2
lowQualScore : .. . . ................................. . . . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ ... . .... ........ ... . .. . . . .. . ..... . . ... .. . ..... . .. . . .... .. ... . ......... .
lowQualScore : 55 0 0 555555555555555555555555555555555 5 5 0 0 5 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 1111 99999999 888 3 33 3 3 3 66 1 44444 1 1 000 99 7 11111 1 77 5 7 0000 66 000 9 666666666 9
consensus : NNNCAAATGAANTGCAAAGTACATAGAAAGTGNTCNAGAAAAGCGNAGCTTANAANTTNGTTNTTTNTCTAATTAGTTGGTAGATATNTCTTGTTCGAAGGGAACACACAAAGCGAAAATTAANAAAGGNNAGACAAGNGC-ATTCGCTATAATTTTCATGTGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAGTTT-AGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGATT--CAT-TCG----T--TA--ATCAGA------A-TACA-AAAC----AA--AAGTGTGG----G-AAA--CA--CGGG-A-C----------------CCCGATA---TACGGT-ATATCA-G-T-GGGA-TA---AG-TG-GTA---TANG---AGAA--GT---AA--G--C--ATCCCTG-TCGAG-CCTG--TACANGGTCTNTCC---T--CGAGGTCATGTG-CCTC-------ATCAG-GT-AA---T--G--AA-GTAA-T---C-G-TAG-ACAAA---AGCAGTGTATAA-AG-AATG-GGCTTAA--TA-A--TCTG---CT--ATGAA-AC-AT-GCAAG-TACGCT--GCTCAGGCCGAAAAA----CGAGCTCT--GCGTATCAAAATT-ATA---AA---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TA-T-GTAGGGATGAAAATGCGATGATNGAGGTAAGTANGCTGCNGACAAC-ATAA-GTA-TGG-GAAAGTTG-ACGGATT-------GA--ANTGGC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTGG---TCATG--T-ACAG-T--TGAGTT--GTTA--G----TCTTGCCGGCAGAG-TACG-A-AAGC--A-G--TT---G-TATC-AAAGCA-T-C-A--AT-A---A-C-AT-TAAAA---A--T-A-----TGTCAAA--ATGTTT-CTA----CCAAAC--AA---C-TT-----TA--TA-GACCTAC
Reference ( gi|2 ) : AAGCAAA--AAAT-CAAAGTAGCT-GAAAGTATTCGA-AA---TGCCGGCTACAACTTCG-TTTTTGTCT-ATTA-T--GTA-A-ATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CG-A---TAAAAACGATT--ACA--AGCAATTC----TA--TTTC---TG-TA------AGA------AT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAA-AAATGTCCTGAA--------ACTCTTCACAT---GTTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCT-GTTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAGTTT-AGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGATTA-CAT-TCG----T--TA--CTCAGA------A-TGCA-AAAC----AA--AAGT-TGG----GAAAA--CA--CGGG-ACC----------------CCTGATA---TACGGTAATACCAAGGT-GGGA-TA---AG--G-GTG---TAAG---AGAA--GT---AA--G--C--ATCCCTG-TCGA--CCTG--TAC-TA--CTGCCC---T--TGAGGTCAT-TG-TTTC-------ATCAG-GT-AA---T--G--AA-GTAA-T---C-G-TAG-ACAAA---AGCAGTGTATGA-AG-AATT-GGCTTAA--GA-A--TCTG---CT--ATGAA-AC-AT-GCAAG-TACGCT--GCT----TCGATAAA----CAAGCTCT-TGCGTACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TA-T-GTAGG--------TG--AT-ATGGA-------ATGTTGCT----AC-ATAA-GTA-TGGAGGATGTTG-ACCGATT-------GA--AATCGC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTGGT--TCAT---T-AC-G-T--TGGGTT--GTTA--A----TCTTGCCGGCAGAG-TACA-A-AAGC--A-G--TT---G-TATA-AAAGCA-T-C-A--AT-A---A-C-AT-TAAAA---A--T-A-----TGTCAAAC-ATGTTT-CTA----CCAAAC--AA---C-TT-----T---TA-GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGT---TAGAAAG-GTTCGA-AAAAGCGCAG---AGAAGTTCG-TGTTTTTCT-ATTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCG-AAATTAATAAAGAGTAGACA--TGC-ATTCGCTATA--TTTC---TGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaAAA--AATT-CAAAGTACAT-GAAAGTAATCTAGAA---TGAAGCTTATAACTTAGTTTTTTGTCTAATTA-T--GTA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CGAA---TAAAA---GTA--ACAAGAGC-ATTC----TAATTTTCATGTA-TA------AGA------AT---GTAAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|1 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagTCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAGTGT-AGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGATT--CATATTG-------TA--ATCAGAGCAGTTA-GGTA-AAGCGGAGAG--AAGTGTGG----GGAGATGCA--GGGGAACG----------------CCTGAGAGATCACGGTTATATCATGGTGGGGA-TAGTGAGGTG-GCA---TATG---AGAATGGT---AAGTG--C--ATCCCTGATCGAG-CCTGCATAC-AAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTG-TCTT-------CTCAG-GT-AAGATT--GACAG-GTAA-TATGC-GTTAGAACAAA---AGCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTCTGTG-GTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAGG-GTAGGGATGAAAATG--AT--TAGAGGTAAGTAGGTTGCG----ACAATAA-GTAGTGG-GAAAGTTGCACGGGATGGGCGGAGG--AATGACAGGGAG---AAATCGCCA-----CGTGTTTGGTTGTCATGGGC-GA-G-TAATGAGTTTAGTTATCG----TCTGGCCGGCAGAG-TAC--G-AAGCGAA-GTCTT---G-CATC-AAAGTA-T-C-AGTAT-A---A-C-AT-TAAAAGGTA--TGA-----TGCAAAAT-ATGTCTGCTA----C
gi|28 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgaTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AG-AATTCAG--Cgcag
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAGTT--ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGTT-CA--TCG----TAAAA--TGCAGA------A-TACA-AAAC-----A--GAGTGTGG----G--AA--CA--CGGT-A-C----------------CCTGATA---T------ATACCA---T-GGGA-TA---AGTTGCGT----TAGG---AGAA--GTTTAAA--GTCC--AT-CCTG-TCGAACCCTGA-TACATG---TG-CC---T--CGATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA---T--A--AA-GTAATT---C-G-TAG-ACAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GATG-AGCTTAA--TA-----CTG---C------AA-AC-ATCGCAAGTTACGCT--
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAGTT--AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAAT-CAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGATTATCAT-TCGGGCAT--TAATATCAGA------AGTACATAAAC----AAGGAGGT-TAGATGTGCAAA--CACCCGGG-AGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-ATGTCCAGTG-GGGACTA---AG--G-TTAAACTAAGGGCAGAA--GT---AA--G--TCGATTC----TCGT--CCTG--T
gi|23 : TA-TAGTT--AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGATT--CAT-
gi|5 : C---T--TGAGGTCAT-T----TC--------TTAC-GT-G----T--G--AATGTAA-C---C---TAG-AAAAG---AG----GTAAAA-AG-AATG-CGTTTAA--TA-A--T-TG---CT---TGAA-----T-GCAAG-TACGCT--GC-----CCGA-AAA----CGACC-----GTATACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTA-T-GTAGc
gi|20 : -------ATCAG-GT-AA---TATG--AA-GTAA-T---CCG-TAGCACCAA---AGCCGTGTATAATAG-AAT--GACTTAT--TC-A--TCTG---CT--ATGAA-tggaagaatgcagagatctggtttcattgaattgttctacttgagagtaggtacagttgatcaagcgatgaaatcagaattcatgtagcatgtacgattattgtgtattgaccgcaggagactaagacgtcagcttgtatcaacaagatacgaataacagttagcaccatgcagaagttctaccagttgtattac
gi|26 : -GGCTTAA--TA-A--T-TA---CT--ATGAA-AC-AT-GCAAA-TACGCT--G
gi|7 : AAA----CAAGTTCT--ACGTATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TA-TTGTAGG--------TGCGATGATTGA-------ATGCT-CTGACAAC-ATAACGTA-TGG--GAAGTTG-CACGATG-------GACAAGTAGC----AGGTGAAATCGCCTCCCATC-TGTTTG----TCATA--T-ACAG-T--TGAGTT--GGTT--A----TCTTGCCG-TAGGT-CACG-A-ACGA--AAG--TT---G-GTTC-AACGCG-T-C-A--AT-A---A-CCAT-TGAAA------T-A-----TGTCAAAA-ATG-TT-CTACCACCCAAAC--AA---T-TT-----A---TA-GACCTAC
gi|11 : ctagaC-ATAA-GT--TGG-GAAT-TGG-ACGGATT-------GA--ACT-GC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTTG---TCAT---TAACAG-T--TGAGCT--GTTA--GT---TCTTGAC-GCAGAG-TAC--G-AAGC--A-G--AT---G-TATC-AAAGCA-T-CAA--AT-A---C-A-AT-TAAAA---A--T-A-----TGT--AAC-ATGTTT-TAA----CCAAAC--AA---C-TT-----TA--TAGGACCTACa
gi|12 : ----AG---AAATCGCC------A-TGTTTG----TCAT-----AC-AAT--TAAGTT--G--A--ACATATCTTGCTTG-AGAG-TAC--A-AAGC--A-GA-TT---G-TATC-AAAGCA-T-T--------------------AAG---A--T-A-----TGTCTGA--ATG-TT-CTA----CCAAGCAAAA---C-TT-----TA--TA-GACCTACa
gi|14 : ----TCTTGC--GCAGAGCTACATG-AAGC--A----TT---G-TATA-AAAGCA-T-C-A--AT-A---A-C-AT-TAAAA---AATT-AAAGGTTTTCAAACAATG-TT-CTAC---CCAAAC--AA---C-CT-----TTAATA-GACCTACa
gi|15 : TGCCG-CAGAG-TATA-ACAAAC--A-G--TT---G-TGTATAAAGCA-TAC-A--ATTA---A-C-AT-TAAAA---A--TGA-----T-TCAAA--ATGTTT-CTAATATCC-AAC---A---C-TTTATAAT---TG-GACCTACa
gi|17 : GCAGAG-TACG-A-GAAT--A-----T---G-TACA-AAG--A-T-C-A--AA-T---A-C-AT-TAAAA---A--T-A-----TGGCAAA--ATGTTC-CTA----CCAAAC--AA---C-TTTA---T---TA-GACCTAC
gi|3 : tgcAG-TATG-A-AGGC--T-A--TTATGG-TTCA-AAAGCA---C-A--AT-A-----C-ATCTAAAA---A--T-A-----TGTCAA---ATG-TT-CTA----ACAAAC--AAAACC-TT-----TA--TA-AACCTAC
gi|18 : at-AAGCC-A-G--AT---GCTATC-AAAGCAAT-C-A--AT-A---G-C-AT-TTAAA---A--T-A-----TGTCAAAA-AT-TTT-CTA----CCAAACA-AA---C-TT-----TA--TA-GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|19 : cgGC--A-G--GT---G-TACC-AAAGCA-T-C-A--AC-A---G-C-AT-TAAAT---A--T-A-----TGTCAAA--ATG-TT-CTA----CCAAACAAAA---C-TT-----TA--TA-GACCTACa
gi|4 : --A-G--TT---G-TA------GCA-C-C-A--AT-ATATATC-AT-TAAAA---G----A-----TG-CAAA------TT-CTA----CCATAA--AA---C-TT-----A---TA-GACCTACa
gi|21 : T---G-TATC-AAAGCA-T-C-A--AT-A---A-C-AT-TAAAA---A--T-A-----T-TCAAA--ATG-TT-CTA----CCAAAC--AA---C-TT-----TA--TA-GACCTACaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|24 : T-A---G-C-AT-TAAAA---A--T-A-----TATCAAA--ATG-TT-CTA----CCAAACAAAA---C-TT-----TA--AA-GACCTa
gi|25 : ---A--T-A-----TGTCAAA---TGTT--CTA----CCAAAC--AA---CTTT-----T---TA-GACCTACgtat
gi|27 : -ATGTTG--TA----CCAAAC--AA---C-TT-----TA--TA-GACCTACa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AAAATATGTCCAAACTTTTCTACATAACAACTTTATGACCCTTACATGGTAGCTTATGAACCATCATGGGAGTGTAGTGGTCCCACTTTTCAACAAAACGAATTATCTAGTACAACATCTTGAATAGAAATCGGCTGGTCTATAATGACAGAAAGAAACGATGCGGCATATGTCGCAAACAAAAAACACATACCGGTCTAAATCGAAAGG
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 33333 2222222222222222 22 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 1 3333333 11 1 33333333 222 1 4444 1 111111111111111111 1 2222 1111 1 1111 11 3333333333 1 1 222222 1 5555555555555 33333 9999999999999999999999 11 111 1 333 1111 4444444444444 111 11 111 33333 1 22 55555555555555 22222 333333333 111111111 1111 11111 111 111111 11111111 444444444 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 111 22222222222222222222222222222222222222222222 11 1 44444444444444444444 11 2222222 111 33333333 22222 11 3333333333333 111 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 1 5 55555 999 5555555555555555 1 1 1 11 1 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 5 2222222 77 4 5 55555555 3 000 5 2222 5 888888888888888888 2 5 2 3333 7777 6 99 5 5 2 2 7 77 6 4444 99 99 88 6 11 8 88 6666666666 0 0 888888 0 1111111111111 2 7 22222 2 1111111111111111111111 33 111 0 000 8888 3333333333333 1 777 33 777 55555 6 0 55 22222222222222 55555 8 66 111111111 8 888888888 3333 66666 8 8 8 8 444 0 8 8 8 6 888888 33333333 77 8 8 8 777777777 7 1111 2 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 777 22222222222222222222222222222222222222222222 8 11 8 8 5 99999999999999999999 11 1 0000000 111 00000000 55555 66 88 99 1 1111111111111 5 444 0 4 888 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . . ..... ... ................ . . . .. . . ....................................................................................................... ... . ....... .. . . ........ . ... . .... . .................. . . . .... .... . .. . . . . . .. . .... .. .. .. . .. . .. .......... . . ...... . ............. . . ..... . ...................... .. ... . ... .... ............. . ... .. ... ..... . . .. .............. ..... . .. ......... . ......... .... ..... . . . . ... . . . . . ...... ........ .. . . . ......... . .... . .. . . . ....................... . ... .... ... ............................................ . .. . . . .................... .. . ....... ... ........ ..... .. .. .. . ............. . ... . . ... . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 0 0 77777 000 0000000000000000 0 0 0 33 0 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 000000000000000000 5 5 5 5555 0000 7 22 7 7 0 3 1 99 7 2222 22 22 33 7 00 0 88 8888888888 0 0 888888 0 8888888888888 5 0 22222 5 5555555555555555555555 22 000 0 000 5555 8888888888888 0 555 88 555 22222 5 0 33 33333333333333 00000 8 88 000000000 0 888888888 0000 00000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 7 555555 22222222 55 0 0 0 111111111 3 2222 0 88 0 0 0 88888888888888888888888 2 555 0000 000 55555555555555555555555555555555555555555555 0 88 0 0 8 88888888888888888888 00 0 6666666 777 88888888 00000 88 33 22 0 2222222222222 0 999 1 0 555 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--T-GAAAGTATTC-AGAAA-GCGCGGCT-ANAACTTCGTT-TTTGTCTA-TTA-TTGGTAGATATNTC--------AAGGAACA-ACA---CGA----TAATAAAGATTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----T-TA--AT-CAGAA-TA------CA-AAAC----AA-------AAGTGTGGGAA-AA--CACGGGANCG----------------CCT--GATAT-ACGGT-A-TAC-CA-GGTGGG-A--TAA----GTGGCG---TAAG---AGAA--GT---AAGT-C--ATCCCTG-TCGAG-CCTG--TACAAG--CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GT-AA---T--GA--A-GTAA-T---C-GT-AG-A-CAAA---AGCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTC-TGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TA-T-GTAG-GGA--AGAATGCGATGATNGAGG--T-A-TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTGCA-----CGGATT-------GA--AATGGC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTG---G-TCATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAANTGCAAAGTACATAGAAAGTGNTCNAGAAAAGCGNAGCTTANAANTTNGTTNTTTNTCTAATTAGTTGGTAGATATNTCTTGTTCGAAGGGAACACACAAAGCGAAAATTAANAAAGGNNAGACAAGNGCATTCGCTATAATTTTCATGTGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----T-TA--AT-CAGAA-TA------CA-AAAC----AA-------AAGTGTGGGAA-A---CACGGGACC-----------------CC---GATAT-ACGGT-A-TAT-CA--GTGGG-A--TAA----GTGGTA---TANG---AGAA--GT---AAG--C--ATCCCTG-TCGAG-CCTG--TACANGGTCTNTCCTCG-----AGGTCATGTGCCTC--------ATCAG-GT-AA---T--GA--A-GTAA-T---C-GT-AG-A-CAAA---AGCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CTCAGGCCGAAAAA----CGAGCTC-TGCG-TATCAAAATT-ATA---AA---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TA-T-GTAG-GGATGAAAATGCGATGATNGAGG--TAAGTANGCTGCNGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG-A-----CGGATT-------GA--ANTGGC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTG---G-TCATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGT---TAGAAAG-GTTCGA-AAAAGCGCAG---AGAAGTTCGT-GTTTTTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-ACA--GCGAAA-TTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC---TGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAG-TGTAGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-T--T-CATATTG----T--A--AT-CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAG-------AAGTGTGGGGA-GATGCAGGGGAACG----------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TAT-CATGGTGGGGA--TAGTGAGGTGGCA---TATG---AGAATGGT---AAGTGC--ATCCCTGATCGAG-CCTGCATACAAG-TCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GT-AAGATT--GACAG-GTAA-TATGC-GTTAG-AACAAA---AGCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTC-TGTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAGG-GTAG-GGATGAAAAT--GAT--TAGAGG--TAAGTAGGTTGC-GACA--ATAA-GTAGTGG-G-AAAGTTGCA-----CGGGATGGGCGGAGG--AATGACAGGGAG---AAATCGCCA-----CGTGTTTGGTTG-TCATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCG-TCTGG-CCG--GCAGAG-TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACAT-GAAAGTAATCTAGAA---TGAAGCTTATAACTTAGTTTTTTGTCTAATTA-T--GTA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG------AATAAAAGTA--ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGT-ATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTGGA-----CGGATT-------GA--ACTG-C----AG---AAATCGCC------C-TGTTTT---G-TCATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC---GCAGAG-TACG---AAG-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : ----AG---AAATCGCC------A-TGTTTG-----TCAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA----TCTTG-CTT--G-AGAG-TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : -TCTTG-C----GCAGAGCTACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CCG---CAGAG-TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : --GCAGAG-TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgcCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCT-GAAAGTATTC--GAAATGC-CGGCT-ACAACTTCGTT-TTTGTCTA-TTA--TG-TAAATGTC----------AAGGAACA-ACA---CGA----TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTAA---------------GAAT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--TACAT-TCG----T-TA--CT-CAGAA-TG------CA-AAAC----AA-------AAGT-TGGGAA-AA--CACGGGACC-----------------CCT--GATAT-ACGGT-AATAC-CAAGGTGGG-A--TAA----G-GGTG---TAAG---AGAA--GT---AAG--C--ATCCCTG-TCGA--CCTG--TACTA---CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GT-AA---T--GA--A-GTAA-T---C-GT-AG-A-CAAA---AGCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TA-T-GTAG-----------GTGAT-ATGGA---------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG-A-----CCGATT-------GA--AATCGC----AG---AAATCGCC------C-TGTTTG---GTTCAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--A-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GT-AA---TATGA--A-GTAA-T---CCGT-AGCA-CCAA---AGCCGTGTATAATAG-AA-TGA-CTTAT-TCA----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG--TTAG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG-TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCATTT--CTT--------AC----GT-G----T--GA--ATGTAA-C---C--T-AG-A-AAAG---AG----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA----T-TG---CT---TGAA-----T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---C-CGTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTA-T-GTAGTGGA--AGAATGCAGAGATCT-GGTTTCATTGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTG-ATCAAGCGA--T-------GA--AAT--C----AG---AATTCA----------TG--TA---G--CATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------G-TATTGACCGCAGGAGAC-TAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAG-TT-ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGT--T-CA--TCG----TAAA--ATGCAGAA-TA------CA-AAAC-----A-------GAGTGTGGG-A-A---CACGGTACC-----------------CT---GATA------T-A-TAC-CA---TGGG-A--TAA----GTTGCGT--TAGG---AGAA--GTTTAAAGTCC--AT-CCTG-TCGAACCCTGA-TACATG---TG-CCTCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA---T--AA--A-GTAATT---C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-TA------CTG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTC-TACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TA-TTGTAG-G--------TGCGATGATTGA---------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTGCA-----CG-ATG-------GACAAGTAGC----AGGTGAAATCGCCTCCCATC-TGTTTG-----TCATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA----TCTTG-CC---GTAGGT-CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAA-TCAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGA-TTAT-CAT-TCGGGCAT-TAATAT-CAGAAGTA------CATAAAC----AAGGAGGTTAGATGTGCAAACA---CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCC---GATAT-ACGGT-A-TGTCCA--GTGGG-GACTAA----G-GTTAAACTAAGGGCAGAA--GT---AAG--TCGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 33 4444444444444444 1 1 55555555555555555555555 1 3333333333 22 11111 22222222 1 666666666666666666 222 1 3333333 11 1 33333333 222 1 2222 1 1 2222 1111 1 1111 11 11 3333333333333 1 222222 1 4444444444444 2222 77777777777777777 111 111 1 222 111 222222222 1 111 11 111 2222 1 1 1 33 222 22222 1 22222222 2222222 1111 222 111 111111 11111111 33333333 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 1 1 0000000000000000000000000000000 222 11 1 111 3333333 11 2222 33333333 222222 11 3333333333333 111 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 6 66 7 4444444444444444 1 3 3 33333333333333333333333 3 3333333333 6 7 00 11111 88888888 3 111111111111111111 111 5 2222222 77 1 5 55555555 1 000 5 4444 5 1 22 1 1 2 1 5 1 3333 7777 6 99 5 5 2 2 7 77 6 4444 99 99 88 6 11 8 11 4444444444444 0 888888 0 3333333333333 7 2 3333 1 77777777777777777 777 2 777 0 555 111 888888888 00 0 1 777 33 777 3333 6 0 2 3 11 666 2 55555 5 2 99999999 8 4444444 3333 222 8 8 8 8 444 0 8 8 8 6 888888 33333333 6 8 8 8 99999999 7 1111 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 0 0 1111111111111111111111111111111 1 2 111 3 1 8 11 8 8 5 666 8 6 7777777 66 5555 00000000 444444 66 88 99 1 1111111111111 5 444 0 4 888 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . .. . ................ . . . ....................... . .......... . . .. ..... ........ . .................. ... . ....... .. . . ........ . ... . .... . . .. . . . . . . .... .... . .. . . . . . .. . .... .. .. .. . .. . .. ............. . ...... . ............. . . .... . ................. ... . ... . ... ... ......... .. . . ... .. ... .... . . . . .. ... . ..... . . ........ . ....... .... ... . . . . ... . . . . . ...... ........ . . . . ........ . .... .. . . . ....................... . ... .... . . ............................... . . ... . . . .. . . . ... . . ....... .. .... ........ ...... .. .. .. . ............. . ... . . ... . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 7 77 3 0000000000000000 0 3 3 77777777777777777777777 3 3333333333 7 0 77 33333 77777777 3 000000000000000000 000 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 0 00 0 0 5 0 5 0 5555 0000 7 22 7 7 0 3 1 99 7 2222 22 22 33 7 00 0 22 8888888888888 0 888888 0 2222222222222 0 5 8888 0 88888888888888888 555 5 000 0 000 000 555555555 55 0 2 555 88 555 2222 5 0 0 3 77 777 5 00000 0 5 00000000 0 8888888 0000 000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 7 555555 22222222 7 0 0 0 44444444 3 2222 88 0 0 0 22222222222222222222222 2 555 0000 0 0 0000000000000000000000000000000 0 5 222 5 0 0 88 0 0 8 000 0 0 0000000 44 8888 88888888 222222 88 33 22 0 2222222222222 0 999 1 0 555 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC-GAAA---AGC-CGGCTANAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA-T--GTAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGT-ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAAC----AG-------AAGTGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTC-TGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TAG-GGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGG-T---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC-AGAA---AGCGCGGCTANAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA-TTGGTAGATATNTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGATTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTGATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAAC----AA-------AAGTGTGGGAAAA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTC-TGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TAG-GGAAGAATGCGATGATN-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGG-T---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGTT--AGAAAG-GTTCGAAAA---AGCGCAG--AGAAGTTCGTGTTT-TTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCGAAATTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC-TG--ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAG-TGTAGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-T--T-CATATTG----T-A--A-T-CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAG-------AAGTGTGGGGAGATGCAGGGGAACG---------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TA-TCATGGTGGGGA-TAGTGAGG--TGGCAT-ATG---AGAATGGT---AAGTGC-ATCCCTGATCGAGCC-TGCATACAAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GTAAGATT--GACAG-GTAATATGC-GTTAG-AACAAAA---GCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTC-TGTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAG-GGTAG-GGATGAA---AATGATTAGAGGT---AAGTAGGTTGC-GACAA--TAA-GTAGTGG-G-AAAGTTG--CACG-GGATGGGCGGAGGAATGACAGGGAGAAATCGCCA-----CGTGTTTGG-TTGTCATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCG-TCTGG-CCG--GCAGAG-TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACATGAAAGTAATCTAGAATGAAGC----TTATAACTTAGTTTTTTGTCTAATTA-T--GTA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG-----AATAAA-AGTA-ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGT-ATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTG--GACG-GATTGA-------ACTG-CAG----AAATCGCC------C-TGTTTTG-T---CATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC---GCAGAG-TACG---AAG-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : AG----AAATCGCC------A-TGTTTG--T---CAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA----TCTTG-CTT--G-AGAG-TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : -TCTTG-C----GCAGAGCTACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CCG---CAGAG-TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : --GCAGAG-TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgcCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCTGAAAGTATTC-GAAA---TGC-CGGCTACAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA-T--GTAAAT--GTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTAA---------------GAAT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--TACAT-TCG----TTA--C-T-CAGAA-TG------CA-AAAC----AA-------AAGT-TGGGAAAA--CACGGGACC----------------CCTGATA---TACGGT-AATA-CCAAGGTGGG-A-TAA----G---GGTGT-AAG---AGAA--GT---AAG--C-ATCCCTG-TCGA-CC-TG--TACTA--CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TAG---------GTGAT-ATG-GA----------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG---ACC-GATTGA-------AATCGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGTT---CAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--A-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GTAA---TATGA--A-GTAAT---CCGT-AGCA-CCAAA---GCCGTGTATAATAG-AA-TGA-CTTAT-TCA----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG--TTAG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG-TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCAT-T-TCTT--------AC----GTG----T--GA--ATGTAAC---C--T-AG-A-AAAGA---G----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA----T-TG---CT---TGA----A-T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---C-CGTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTAT-G-TAGTGGAAGAATGCAGAGATC-T-GGTTTCAT-TGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTGATCAAGCGA-TGA-------AAT--CAG----AATTCA----------TG--TAG-----CATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------G-TATTGACCGCAGGAGAC-TAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAG-TT-ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGT--T-CAT--CG----TAA--AATGCAGAA-TA------CA-AAAC----AG-------A-GTGTGGGAA----CACGGTACC-----------------CTGATA---TA-------TA-CCA---TGGG-A-TAA----G--TTGCGTTAGG---AGAA--GTTTAAAGT-CCATCC-TG-TCGAACCCTGA-TACATG--TGCC-TCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA--T--AA--A-GTAATT--C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-TA------CTG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTC-TACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TATTG-TAG-G------TGCGATGATT-GA----------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTG--CACG--ATGGACA-----AGTAGCAGGTG-AAATCGCCTCCCATC-TGTTTG--T---CATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA----TCTTG-CC---GTAGGT-CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAA-TCAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGA-TTAT-CAT-TCGGGCATTAATA-T-CAGAAGTA------CATAAAC----AAGGAGGTTAGATGTGCAAACA--CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-A-TGTCCA-GTGGGG-ACTAA----GGTTAAACT-AAGGGCAGAA--GT---AAGT-CGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 33 11 11 222 1 1 11 1 1111 44444444 1 3333333333 22 11111 22222222 1 22222222 33333333333 1 3333333 11 1 33333333 222 1 2222 1 1 2222 1111 1 1111 11 11 3333333333333 1 222222 1 333333333333333 2222 77777777777777777 111 111 1 222 111 222222222 1 111 11 111 2222 1 1 1 33 222 22222 1 22222222 2222222 1111 222 111 111111 11111111 33333333 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 1 1 11 00000000000000000000000000000 222 11 1 111 3333333 11 2222 33333333 22222 11 3333333333333 111 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 6 66 7 88 88 000 1 3 3 88 3 7777 88888888 3 3333333333 6 00 11111 88888888 3 7 22222222 11111111111 5 2222222 77 1 5 55555555 1 000 5 4444 5 1 22 1 1 2 1 5 1 3333 7777 6 99 5 5 2 2 7 77 6 4444 99 99 88 6 11 8 11 4444444444444 0 888888 0 333333333333333 2 1111 1 77777777777777777 777 2 777 0 555 111 888888888 00 0 1 777 33 777 3333 6 0 2 3 11 666 2 55555 5 2 99999999 8 4444444 3333 222 8 8 8 8 444 0 8 8 8 6 888888 33333333 6 8 8 8 99999999 7 1111 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 0 0 33 88888888888888888888888888888 1 2 111 3 1 8 11 8 8 5 666 8 6 7777777 66 5555 00000000 44444 66 88 99 1 1111111111111 5 444 0 4 888 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . .. . .. .. ... . . . .. . .... ........ . .......... . .. ..... ........ . . ........ ........... . ....... .. . . ........ . ... . .... . . .. . . . . . . .... .... . .. . . . . . .. . .... .. .. .. . .. . .. ............. . ...... . ............... . .... . ................. ... . ... . ... ... ......... .. . . ... .. ... .... . . . . .. ... . ..... . . ........ . ....... .... ... . . . . ... . . . . . ...... ........ . . . . ........ . .... .. . . . ....................... . ... .... . . .. ............................. . . ... . . . .. . . . ... . . ....... .. .... ........ ..... .. .. .. . ............. . ... . . ... . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 7 77 3 33 33 000 0 3 3 33 3 7777 33333333 3 3333333333 7 77 33333 77777777 3 3 88888888 55555555555 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 0 00 0 0 5 0 5 0 5555 0000 7 22 7 7 0 3 1 99 7 2222 22 22 33 7 00 0 22 8888888888888 0 888888 0 000000000000000 5 5555 0 88888888888888888 555 5 000 0 000 000 555555555 55 0 2 555 88 555 2222 5 0 0 3 77 777 5 00000 0 5 00000000 0 8888888 0000 000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 7 555555 22222222 7 0 0 0 44444444 3 2222 88 0 0 0 22222222222222222222222 2 555 0000 0 0 88 88888888888888888888888888888 0 5 222 5 0 0 88 0 0 8 000 0 0 0000000 44 8888 88888888 22222 88 33 22 0 2222222222222 0 999 1 0 555 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCGGCTANAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAAC----AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGTT--AGAAAG-GTTC--GAA--AAAGCGCAGAGAAGTTCGTGTTT-TTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCGAAATTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC-TG-ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAG-TGTAGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-T--T-CATATTG----T-A--A-T-CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAGAAG------TGTGGGGAGATGCAGGGGAACG---------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TA-TCATGGTGGGGA-TAGTGAGG--TGGCAT-ATG---AGAATGGT---AAGTGC-ATCCCTGATCGAGCC-TGCATACAAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GTAAGATT--GACAG-GTAATATGC-GTTAG-AACAAAA---GCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTCT-GTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAG-GGTA--GGGATGAA---AATGATTAGAGGT---AAGTAGGTTGC-GACAA--TAA-GTAGTGG-G-AAAGTTG--CACG-GGATGGGCGGAGGAATGACAGGGAGAAATCGCCA-----CGTGTTTGGTTGTCATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCG-TCTGG-CCG--GCAGAG-TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACATGAAAGTAATCTAGAATGAAGCT---TATAACTTAGTTTTTTGTCTAATTA--TG-TA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG-----AATAAA-AGTA-ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGTATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTG--GACG-GATTGA-------ACTG-CAG----AAATCGCC------C-TGTTTTGT---CATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC---GCAGAG-TACG---AAG-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : AG----AAATCGCC------A-TGTTTG-T---CAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA----TCTTG-CTT--G-AGAG-TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : -TCTTG-C----GCAGAGCTACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CCG---CAGAG-TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : --GCAGAG-TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgcCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCTGAAAGTATTC--GAA--ATGCCGGCTACAACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAAAT--GTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTA--------AGA------AT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--TACAT-TCG----TTA--C-T-CAGAA-TG------CA-AAAC----AAAAG------T-TGGGAAAA--CACGGGACC----------------CCTGATA---TACGGT-AATA-CCAAGGTGGG-A-TAA----G---GGTGT-AAG---AGAA--GT---AAG--C-ATCCCTG-TCGA-CC-TG--TACTA--CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GG--------TGAT-ATG-GA----------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG---ACC-GATTGA-------AATCGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGTT--CAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--A-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GTAA---TATGA--A-GTAAT---CCGT-AGCA-CCAAA---GCCGTGTATAATAG-AA-TGA-CTTAT-TCA----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG--TTAG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG-TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCAT-T-TCTT--------AC----GTG----T--GA--ATGTAAC---C--T-AG-A-AAAGA---G----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA----T-TG---CT---TGA----A-T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---CC-GTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTAT-G-TAGTGGAA-GAATGCAGAGATC-T-GGTTTCAT-TGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTGATCAAGCGA-TGA-------AAT--CAG----AATTCA----------TG--TAG----CATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------G-TATTGACCGCAGGAGAC-TAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAG-TT-ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGT--T-CAT--CG----TAA--AATGCAGAA-TA------CA-AAAC----AGA-G------TGTGGGAA----CACGGTACC-----------------CTGATA---TA-------TA-CCA---TGGG-A-TAA----G--TTGCGTTAGG---AGAA--GTTTAAAGT-CCATCC-TG-TCGAACCCTGA-TACATG--TGCC-TCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA--T--AA--A-GTAATT--C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-TA------CTG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTCT-ACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TATTG-TA--GG------TGCGATGATT-GA----------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTG--CACG--ATGGACA-----AGTAGCAGGTG-AAATCGCCTCCCATC-TGTTTG-T---CATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA----TCTTG-CC---GTAGGT-CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAA-TCAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGA-TTAT-CAT-TCGGGCATTAATA-T-CAGAAGTA------CATAAACA---AGGAGGTTAGATGTGCAAACA--CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-A-TGTCCA-GTGGGG-ACTAA----GGTTAAACT-AAGGGCAGAA--GT---AAGT-CGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 33 11 11 222 11 1 1 11 1 1111 44444444 1 3333333333 22 11111 22222222 1 22222222 33333333333 1 3333333 11 1 33333333 222 1 2222 1 1 2222 1111 1 1111 11 11 3333333333333 1 222222 1 333333333333333 2222 77777777777777777 111 111 1 222 111 222222222 1 111 11 111 2222 1 1 1 33 222 22222 1 22222222 2222222 1111 222 111 111111 11111111 33333333 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 1 1 11 00000000000000000000000000000 222 11 1 111 3333333 11 2222 33333333 22222 11 3333333333333 111 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 6 66 7 88 88 555 1 88 3 3 88 3 7777 88888888 3 3333333333 6 00 11111 88888888 3 7 22222222 11111111111 5 2222222 77 1 5 55555555 1 000 5 4444 5 1 22 1 1 2 1 5 1 3333 7777 6 99 5 5 2 2 7 77 6 4444 99 99 88 6 11 8 11 4444444444444 0 888888 0 888888888888888 2 1111 1 77777777777777777 777 2 777 0 555 111 888888888 00 0 1 777 33 777 3333 6 0 2 3 11 666 2 55555 5 2 99999999 8 4444444 3333 222 8 8 8 8 444 0 8 8 8 6 888888 33333333 6 8 8 8 99999999 7 1111 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 0 0 33 88888888888888888888888888888 1 2 111 3 1 8 11 8 8 5 666 8 6 7777777 66 5555 00000000 44444 66 88 99 1 1111111111111 5 444 0 4 888 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . .. . .. .. ... . .. . . .. . .... ........ . .......... . .. ..... ........ . . ........ ........... . ....... .. . . ........ . ... . .... . . .. . . . . . . .... .... . .. . . . . . .. . .... .. .. .. . .. . .. ............. . ...... . ............... . .... . ................. ... . ... . ... ... ......... .. . . ... .. ... .... . . . . .. ... . ..... . . ........ . ....... .... ... . . . . ... . . . . . ...... ........ . . . . ........ . .... .. . . . ....................... . ... .... . . .. ............................. . . ... . . . .. . . . ... . . ....... .. .... ........ ..... .. .. .. . ............. . ... . . ... . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 7 77 3 33 33 000 0 33 3 3 33 3 7777 33333333 3 3333333333 7 77 33333 77777777 3 3 88888888 55555555555 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 0 00 0 0 5 0 5 0 5555 0000 7 22 7 7 0 3 1 99 7 2222 22 22 33 7 00 0 22 8888888888888 0 888888 0 222222222222222 5 5555 0 88888888888888888 555 5 000 0 000 000 555555555 55 0 2 555 88 555 2222 5 0 0 3 77 777 5 00000 0 5 00000000 0 8888888 0000 000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 7 555555 22222222 7 0 0 0 44444444 3 2222 88 0 0 0 22222222222222222222222 2 555 0000 0 0 88 88888888888888888888888888888 0 5 222 5 0 0 88 0 0 8 000 0 0 0000000 44 8888 88888888 22222 88 33 22 0 2222222222222 0 999 1 0 555 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGTT--AGAAAG-GTTC--GAA--AAAGCG--CAGAGAAGTTCGTGTTT-TTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCGAAATTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC-TG-ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAG-TGTAGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-T--T-CATATTG----T-A--A-T-CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAGAAG------TGTGGGGAGATGCAGGGGAACG---------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TA-TCATGGTGGGGA-TAGTGAGG--TGGCAT-ATG---AGAATGGT---AAGTGC-ATCCCTGATCGAGCC-TGCATACAAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GTAAGATT--GACAG-GTAATATGC-GTTAG-AACAAAA---GCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTCT-GTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAG-GGTA--GGGATGAA---AATGATTAGAGGT---AAGTAGGTTGC-GACAA--TAA-GTAGTGG-G-AAAGTTG--CACG-GGATGGGCGGAGGAATGACAGGGAGAAATCGCCA-----CGTGTTTGGTTGTCATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCG-TCTGG-CCG--GCAGAG-TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACATGAAAGTAATCTAGAATGAAGCT---TATA--ACTTAGTTTTTTGTCTAATTA--TG-TA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG-----AATAAA-AGTA-ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGTATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTG--GACG-GATTGA-------ACTG-CAG----AAATCGCC------C-TGTTTTGT---CATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC---GCAGAG-TACG---AAG-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : AG----AAATCGCC------A-TGTTTG-T---CAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA----TCTTG-CTT--G-AGAG-TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : -TCTTG-C----GCAGAGCTACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CCG---CAGAG-TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : --GCAGAG-TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgcCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCTGAAAGTATTC--GAA--ATGCCGGCTACA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAAAT--GTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTA--------AGA------AT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--TACAT-TCG----TTA--C-T-CAGAA-TG------CA-AAACA---A-AAG------T-TGGGAAAA--CACGGGACC----------------CCTGATA---TACGGT-AATA-CCAAGGTGGG-A-TAA----G---GGTGT-AAG---AGAA--GT---AAG--C-ATCCCTG-TCGA-CC-TG--TACTA--CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GG--------TGAT-ATG-GA----------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG---ACC-GATTGA-------AATCGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGTT--CAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--A-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GTAA---TATGA--A-GTAAT---CCGT-AGCA-CCAAA---GCCGTGTATAATAG-AA-TGA-CTTAT-TCA----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG--TTAG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG-TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCAT-T-TCTT--------AC----GTG----T--GA--ATGTAAC---C--T-AG-A-AAAGA---G----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA----T-TG---CT---TGA----A-T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---CC-GTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTAT-G-TAGTGGAA-GAATGCAGAGATC-T-GGTTTCAT-TGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTGATCAAGCGA-TGA-------AAT--CAG----AATTCA----------TG--TAG----CATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------G-TATTGACCGCAGGAGAC-TAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAG-TT-ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGT--T-CAT--CG----TAA--AATGCAGAA-TA------CA-AAAC----AGA-G------TGTGGGAA----CACGGTACC-----------------CTGATA---TA-------TA-CCA---TGGG-A-TAA----G--TTGCGTTAGG---AGAA--GTTTAAAGT-CCATCC-TG-TCGAACCCTGA-TACATG--TGCC-TCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA--T--AA--A-GTAATT--C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-TA------CTG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTCT-ACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TATTG-TA--GG------TGCGATGATT-GA----------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTG--CACG--ATGGACA-----AGTAGCAGGTG-AAATCGCCTCCCATC-TGTTTG-T---CATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA----TCTTG-CC---GTAGGT-CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAA-TCAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGA-TTAT-CAT-TCGGGCATTAATA-T-CAGAAGTA------CATAAACA---AGGAGGTTAGATGTGCAAACA--CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-A-TGTCCA-GTGGGG-ACTAA----GGTTAAACT-AAGGGCAGAA--GT---AAGT-CGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 33 11 11 222 11 1 1 11 1 1111 44444444 1 3333333333 22 11111 22222222 1 22222222 33333333333 1 3333333 11 1 33333333 222 1 2222 1 1 2222 1111 1 1111 11 11 3333333333333 1 222222 1 333333333333333 2222 77777777777777777 111 111 1 222 111 222222222 1 111 11 111 2222 1 1 1 33 222 22222 1 22222222 2222222 1111 222 111 111111 11111111 33333333 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 1 1 11 00000000000000000000000000000 222 11 1 111 3333333 11 2222 33333333 22222 11 3333333333333 111 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 6 66 7 88 88 555 1 88 3 3 88 3 7777 88888888 3 3333333333 6 00 11111 88888888 3 7 22222222 11111111111 5 2222222 77 1 5 55555555 1 000 5 4444 5 1 22 1 1 2 1 5 1 3333 7777 6 99 5 5 2 2 7 77 6 4444 99 99 88 6 11 8 11 4444444444444 0 888888 0 888888888888888 2 1111 1 77777777777777777 777 2 777 0 555 111 888888888 00 0 1 777 33 777 3333 6 0 2 3 11 666 2 55555 5 2 99999999 8 4444444 3333 222 8 8 8 8 444 0 8 8 8 6 888888 33333333 6 8 8 8 99999999 7 1111 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 0 0 33 88888888888888888888888888888 1 2 111 3 1 8 11 8 8 5 666 8 6 7777777 66 5555 00000000 44444 66 88 99 1 1111111111111 5 444 0 4 888 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . .. . .. .. ... . .. . . .. . .... ........ . .......... . .. ..... ........ . . ........ ........... . ....... .. . . ........ . ... . .... . . .. . . . . . . .... .... . .. . . . . . .. . .... .. .. .. . .. . .. ............. . ...... . ............... . .... . ................. ... . ... . ... ... ......... .. . . ... .. ... .... . . . . .. ... . ..... . . ........ . ....... .... ... . . . . ... . . . . . ...... ........ . . . . ........ . .... .. . . . ....................... . ... .... . . .. ............................. . . ... . . . .. . . . ... . . ....... .. .... ........ ..... .. .. .. . ............. . ... . . ... . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 7 77 3 33 33 000 0 33 3 3 33 3 7777 33333333 3 3333333333 7 77 33333 77777777 3 3 88888888 55555555555 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 0 00 0 0 5 0 5 0 5555 0000 7 22 7 7 0 3 1 99 7 2222 22 22 33 7 00 0 22 8888888888888 0 888888 0 222222222222222 5 5555 0 88888888888888888 555 5 000 0 000 000 555555555 55 0 2 555 88 555 2222 5 0 0 3 77 777 5 00000 0 5 00000000 0 8888888 0000 000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 7 555555 22222222 7 0 0 0 44444444 3 2222 88 0 0 0 22222222222222222222222 2 555 0000 0 0 88 88888888888888888888888888888 0 5 222 5 0 0 88 0 0 8 000 0 0 0000000 44 8888 88888888 22222 88 33 22 0 2222222222222 0 999 1 0 555 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGTT--AGAAAG-GTTC--GAA--AAAGCG--CAGAGAAGTTCGTGTTT-TTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCGAAATTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC-TG-ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAG-TGTAGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-T--T-CATATTG----T-A--A-T-CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAGAAG------TGTGGGGAGATGCAGGGGAACG---------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TA-TCATGGTGGGGA-TAGTGAGG--TGGCAT-ATG---AGAATGGT---AAGTGC-ATCCCTGATCGAGCC-TGCATACAAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GTAAGATT--GACAG-GTAATATGC-GTTAG-AACAAAA---GCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTTTGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTCT-GTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAG-GGTA--GGGATGAA---AATGATTAGAGGT---AAGTAGGTTGC-GACAA--TAA-GTAGTGG-G-AAAGTTG--CACG-GGATGGGCGGAGGAATGACAGGGAGAAATCGCCA-----CGTGTTTGGTTGTCATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCG-TCTGG-CCG--GCAGAG-TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACATGAAAGTAATCTAGAATGAAGCT---TATA--ACTTAGTTTTTTGTCTAATTA--TG-TA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG-----AATAAA-AGTA-ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGTATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTG--GACG-GATTGA-------ACTG-CAG----AAATCGCC------C-TGTTTTGT---CATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC---GCAGAG-TACG---AAG-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : AG----AAATCGCC------A-TGTTTG-T---CAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA----TCTTG-CTT--G-AGAG-TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : -TCTTG-C----GCAGAGCTACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CCG---CAGAG-TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : --GCAGAG-TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgcCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCTGAAAGTATTC--GAA--ATGCCGGCTACA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAAAT--GTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTA--------AGA------AT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--TACAT-TCG----TTA--C-T-CAGAA-TG------CA-AAACA---A-AAG------T-TGGGAAAA--CACGGGACC----------------CCTGATA---TACGGT-AATA-CCAAGGTGGG-A-TAA----G---GGTGT-AAG---AGAA--GT---AAG--C-ATCCCTG-TCGA-CC-TG--TACTA--CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GG--------TGAT-ATG-GA----------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG---ACC-GATTGA-------AATCGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGTT--CAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--A-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GTAA---TATGA--A-GTAAT---CCGT-AGCA-CCAAA---GCCGTGTATAATAG-AA-TGA-CTTAT-TCA----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAG-TT-AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG--TTAG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG-TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCAT-T-TCTT--------AC----GTG----T--GA--ATGTAAC---C--T-AG-A-AAAGA---G----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA----T-TG---CT---TGA----A-T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---CC-GTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTAT-G-TAGTGGAA-GAATGCAGAGATC-T-GGTTTCAT-TGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTGATCAAGCGA-TGA-------AAT--CAG----AATTCA----------TG--TAG----CATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------G-TATTGACCGCAGGAGAC-TAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAG-TT-ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGT--T-CAT--CG----TAA--AATGCAGAA-TA------CA-AAAC----AGA-G------TGTGGGAA----CACGGTACC-----------------CTGATA---TA-------TA-CCA---TGGG-A-TAA----G--TTGCGTTAGG---AGAA--GTTTAAAGT-CCATCC-TG-TCGAACCCTGA-TACATG--TGCC-TCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA--T--AA--A-GTAATT--C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-TA------CTG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTCT-ACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TATTG-TA--GG------TGCGATGATT-GA----------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTG--CACG--ATGGACA-----AGTAGCAGGTG-AAATCGCCTCCCATC-TGTTTG-T---CATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA----TCTTG-CC---GTAGGT-CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAA-TCAG--CATA-AA----------AGA--AC--AAAACG--ACAGTGACCGA-TTAT-CAT-TCGGGCATTAATA-T-CAGAAGTA------CATAAACA---AGGAGGTTAGATGTGCAAACA--CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-A-TGTCCA-GTGGGG-ACTAA----GGTTAAACT-AAGGGCAGAA--GT---AAGT-CGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
blockSeqs : . T CA T TA TG GGC T . T A . . ATA . C AAACG G A AGAGC TAAT A T . AT . . . A . . C . . AATT . T AA C C G C . T . . . . . T T A A . C . CG . A G TA A T GGCATTAATAT G . T AAGGAGGTTAGA G AA C GGGGGCGACATCTAGTT . C AA T AGG AC GGTTA T A GGC . TTA TCC C . A C A C C . G G CAACTCAA A ATAT AT T C . C . CTG T . . . TC CTA . . C T CT A . GC T . G GTTAATGAAGAT A GAT GAC T . GT AAGAATGCAGAGATCTGGTTTCATT T G TGA T A C A A T T ATC C T CA CG GTG TCCCATC GTT TA A . G GAACATA A GCA C TG A . A C GTT AC A A A A A . T TATAT G C . AT G AAGGT T A AC C T ATAT AA AAC TA T ATTG
blockSeqs : . GC T . . . C . . . . . AAT . . ACGA . . AGCA TA . T . . . . . T A A . . . . . G . . . T TAAAATG . . . AAAAG G CA C C . C A . GT A GTT . G . . . TCG T . . . . G C . . G . . AAT A . . . . . . . . . . TC CTA . . . . C . . GT . . . AGTTGAGGAA A . CG . . . TGCGATGATTGA A G T A A . G . . A G . T . AG . C GT GT A . A GTTAGT . T . AC . . C . TA . . . . . . . . AC . . . . . . T . . . T CCAC AA . . . .
blockSeqs : . . . . . T A A . . . . . A . . . . TTACT . . . AGAG . . G . . . . . . A GG . A . . . C . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . T CTA . . . . . . . . . AGTGAGAG . . C . . . TGATATGGA T . T . T . A . . . C . T . G . A T AT G . G GTTAA . G . A . . . . T . . . . . . . . C . . . . . . T . . . T C AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . G A . . . . . A . . . . . T A . . . . . . . . . . T CT . . . . A . . . . . . . . . . . C G T A . G GGTTA . G . A . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . C C . . . T . . . . GTG . . . A . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . C . . . . . . . . G . . . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** ** ** **** ** A* AT***** A*** *** T***** CTA***** A* ******* **** C******* T**** A* ** GTTAG******** *** A** ** ** ** T** ****
originalCons : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCC------C-TGTTTGGT---CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--G-TCTTG-CCG--GCAGAG-TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
finalCons : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TTTAGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACGA-ACAGTGAGCGA-T--T-CAT-TCG----TTA--A-T-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAAT-----GAA---GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAAT-----TGCTA-----TGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATTGA-------AATGGCAG----AAATCGCCC-------TGTTTGT----CATGTACA-GT--TGAGTTGTTAG--------TCTTG-CC---GCAGAG-TACGA--AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TGT--C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 33 11 11 222 11 1 1 11 1 1111 44444444 1 3333333333 22 11111 22222222 1 22222222 33333333333 1 3333333 11 1 33333333 222 1 2222 1 1 2222 1111 11 1111 11 11 333333333333 1 222222 1 333333333333333 2222 77777777777777777 111 111 1 222 111 222222222 1 111 11 111 2222 1 1 1 33 222 22222 1 22222222 2222222 1111 222 111 2222222 11111111 33333333 2222 1 1 1 44444444444444444444444 111 2222 1 1 11 00000000000000000000000000000 222 11 1 111 222222222222 11 2222222 111 3333333 11 222222222222 11 11111 1 1111 11
lowQualScore : 88 6 66 7 88 88 555 1 88 3 3 88 3 7777 88888888 3 3333333333 6 00 11111 88888888 3 7 22222222 11111111111 5 2222222 77 1 5 55555555 1 000 5 4444 5 1 22 1 1 2 1 5 1 3333 7777 6 99 5 77 2 7 77 6 4444 99 99 6 6 99 11 444444444444 0 888888 0 888888888888888 2 1111 1 77777777777777777 777 2 777 0 555 111 888888888 00 0 1 777 33 777 3333 6 0 2 3 11 666 2 55555 5 2 99999999 8 4444444 3333 222 8 8 8 8 444 0 8 8 8 8 777 3333333 33333333 6 8 8 8 99999999 7 1111 22 0 0 0 33333333333333333333333 3 777 0000 0 0 33 88888888888888888888888888888 1 2 111 3 1 8 11 8 8 5 666 999999999999 11 0000000 111 9999999 6 99999 66 88 99 1 555555555555 5 5 4 4 4 99 444 1 3 44 00 2 5555 33 2 2 2 2 2 33 2 00000 2 2 2 33 2 55555 222 2 33 2 4 1111 22 444 33 2 7777
lowQualScore : .. . .. . .. .. ... . .. . . .. . .... ........ . .......... . .. ..... ........ . . ........ ........... . ....... .. . . ........ . ... . .... . . .. . . . . . . .... .... . .. . .. . . .. . .... .. .. . . .. .. ............ . ...... . ............... . .... . ................. ... . ... . ... ... ......... .. . . ... .. ... .... . . . . .. ... . ..... . . ........ . ....... .... ... . . . . ... . . . . . ... ....... ........ . . . . ........ . .... .. . . . ....................... . ... .... . . .. ............................. . . ... . . . .. . . . ... ............ .. ....... ... ....... . ..... .. .. .. . ............ . . . . . .. ... . . .. .. . .... .. . . . . . .. . ..... . . . .. . ..... ... . .. . . .... .. ... .. . ....
lowQualScore : 00 7 77 3 33 33 000 0 33 3 3 33 3 7777 33333333 3 3333333333 7 77 33333 77777777 3 3 88888888 55555555555 5 0000000 55 0 5 55555555 0 555 5 5555 0 0 00 0 0 5 0 5 0 5555 0000 7 22 7 77 3 1 99 7 2222 22 22 7 7 00 22 888888888888 0 888888 0 222222222222222 5 5555 0 88888888888888888 555 5 000 0 000 000 555555555 55 0 2 555 88 555 2222 5 0 0 3 77 777 5 00000 0 5 00000000 0 8888888 0000 000 0 0 0 0 000 6 0 0 0 2 333 5555555 22222222 7 0 0 0 44444444 3 2222 88 0 0 0 22222222222222222222222 2 555 0000 0 0 88 88888888888888888888888888888 0 5 222 5 0 0 88 0 0 8 000 888888888888 00 6666666 777 3333333 7 33333 88 33 22 0 555555555555 7 0 4 4 4 55 111 7 3 22 44 9 9999 99 9 9 9 9 9 99 7 55555 7 7 4 22 4 99999 999 4 22 2 1 7777 88 444 44 5 8888
consensus : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAGTTT-AGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-TTA-CAT-TCG----TTAA-TG-CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA-----T-TG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATT-------GA--AATGGC----AG---AAATCGCC------CTGTTT-G--T--CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--GT-CTTG-CC-G-CA-GAG--TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
Reference ( family-316 ) : NNNCAAATGAAAT-CAAAGTA--TGAAAGTATTC--GAA--AAGCCG--TANA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAGATATGTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAATAAAGAGTA-ACAAGCGCATTC----TA--TTTC-TGTATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTGGGACGAGGGGAANAATTGTCCTGAGAGATACTTACTNTCCACATGACGTTGAAATGTATAGAATTTGTATGCTGGTTGGTNGNNGGGNANCCGCGGTCCTGNGCTTATTNTTTAGTGTTTTGTT----GAT-ATC--TATA-TAGTTT-AGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-TT--CAT-TCG----TTAA-T--CAGAA-TA------CA-AAACG---AGAAG------TGTGGGAANA--CACGGGANCG---------------CCTGATA---TACGGT-A-TA-CCA-GGTGGG-A-TAA----G--TGGCGT-AAG---AGAA--GT---AAGT-C-ATCCCTG-TCGAGCC-TG--TACAAG-CTGCCCTCG-----AGGTCATGTGTCTT--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATAA-AG-AA-TGGGCTTAA-TAA-----T-TG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGAAAAA----CAAGCTCT-GCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AA-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GGGA-GAATGCGATGATC-GAGGT---A--TANGTTGCTGACAACATAA-GTA-TGG-G-AAAGTTG--CACG-GATT-------GA--AATGGC----AG---AAATCGCC------CTGTTT-G--T--CATGTAC-AGT--TGAGTT--GT---TA--GT-CTTG-CC-G-CA-GAG--TACG-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|1 : CAAATGAAATGCAAAGTT--AGAAAG-GTTC--GAA--AAAGCG--CAGAGAAGTTCGTGTTT-TTCTA-TTAGTTGGTAGA-ATTTCTTGTTCGAAGGGAACA-AC--AGCGAAATTAATAAAGAGTAGACA--TGCATTCGCTATA--TTTC-TG-ATAGTGCATAGAGGTTGGATTGAGTGACATGGTGAGTAGATGTAGGACGAGGGGAATAATTGTTCTGAGAGATACTTACTATCTACATGACGTTGAAATGTATAG----TATATGCTGGTTG
gi|1 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagaTGGTGGTTAGGGAGTCGCGATCCTAGGCTTATTGTTTAGTGTTTTGGTAGTGGATTATTCTTATACTAGTGT-AGAAGTTCAGAGCATA-AGGAAGAAGGCGAAA--GTCAAAAACGGAACAGTGAGTGA-TT--CATATTG----T-AA-T--CAGAG-CAGTTAGGTA-AAGCGGAGAGAAG------TGTGGGGAGATGCAGGGGAACG---------------CCTGAGAGATCACGGTTA-TA-TCATGGTGGGGA-TAGTGAGG--TGGCAT-ATG---AGAATGGT---AAGTGC-ATCCCTGATCGAGCC-TGCATACAAGTCTTTCCACGTGATGAGGTCATGTGTCTT--------CTCAG-GTAAGATT--GACAG-GTAATATGC-GTTAG-AACAAAA---GCAGTGTATAA-AGTAACTAGGCTTAAATGACAGTTT-TGTGACTGGATGAAGACAAT-GCAAG-TACGCTGGGCTCAGGTCGAAGAAACACCAAGCTCT-GTGGTATCAAAATT-ATA---AAGATT-G-ACG-AAGACACTACAACAC---CA--G-TAG-GGTA--GGGATGAA---AATGATTAGAGGT---AAGTAGGTTGC-GACAA--TAA-GTAGTGG-G-AAAGTTG--CACG-GGATGGGCGGAGG--AATGACAGGGAG---AAATCGCCACGTGTTTGGTT-G--T--CATGGGCGAGTAATGAGTTTAGT---TATCGT-CTGG-CCGG-CA-GAG--TACG---AAG-CGAAGTCTTG-CA--T-CA--AA-G-TA-T-C-AGTAT-A---A-CA-T-TAAAAGG--T-A-----TGATGC-AA--A-ATATGTCTG----CTAtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcatggtggttagggagtcgcgatcctaggcttattgtttagtgttttggtagtggattattcttatactagtgtagaagttcagagcataaggaagaaggcgaaagtcaaaaacggaacagtgagtgattcatattgtaatcagagcagttaggtaaagcggagagaagtgtggggagatgcaggggaacgcctgagagatcacggttatatcatggtggggatagtgaggtggcatatgagaatggtaagtgcatccctgatcgagcctgcatacaagtctttccacgtgatgaggtcatgtgtcttctcaggtaagattgacaggtaatatgcgttagaacaaaagcagtgtataaagtaactaggcttaaatgacagttttgtgactggatgaagacaatgcaagtacgctgggctcaggtcgaagaaacaccaagctctgtggtatcaaaattataaagattgacgaagacactacaacaccagtagggtagggatgaaaatgattagaggtaagtaggttgcgacaataagtagtgggaaagttgcacgggatgggcggaggaatgacagggagaaatcgccacgtgtttggttgtcatgggcgagtaatgagtttagttatcgtctggccggcagagtacgaagcgaagtcttgcatcaaagtatcagtataacattaaaaggtatgatgcaaaatatgtctgctacgcag
gi|10 : tttttcgttgataattgcaaggaaatattcagctgaaatacaagttctatgtattatcactagtttgttgagagctaaagatagaggaacaactacgaacgattggtgtaaagaaatagtatgatcgctacgaattgctgtaacgcattagatgtctgaaattcacgaagatgtatggaggttttataaggaagtgcgccatgaggagatggcctataataataggtcgtagagactactgagagacaaatgaaatgcaaagttagaaaggttcgaaaaagcgcagagaagttcgtgtttttctattagttggtagaatttcttgttcgaagggaacaacagcgaaattaataaagagtagacatgcattcgctatatttctgatagtgcatagaggttggattgagtgacatggtgagtagatgtaggacgaggggaataattgttctgagagatacttactatctacatgacgttgaaatgtatagtatatgctggttgtagtgttctggtgatacgagtgagtagacggagggaggagcaAAATTCAAAGTACATGAAAGTAATCTAGAATGAAGCT---TATA--ACTTAGTTTTTTGTCTAATTA--TG-TA-ATATGTC--------AAGGAACACACAAA-CG-----AATAAA-AGTA-ACAAGAGCATTC----TAATTTTCATGTATAcgcag
gi|11 : tcttttgcaccgtgcctacgtatgcgcataatatcggtgttgagagaactacctgaagacagaaCATAA-GT--TGG-G-AA--TTG--GACG-GATT-------GA--ACTG-C----AG---AAATCGCC------CTGTTTTG--T--CATTAAC-AGT--TGAGCT--GT---TA--GTTCTTG-AC-G-CA-GAG--TACG-A-A-G-C--AG--ATG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-CAA--AT-A---C-AA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T---AA--C-ATGTTTTAA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TAG---GACCTACagaatgtaa
gi|12 : ----AG---AAATCGCC------ATGTTT-G--T--CAT--AC-AAT--TAAGTT--GAACATA---T-CTTG-CT-T-GA-GAG--TAC--A-AAG-C--AGA-TTG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-T--------------------AAG-A--T-A-----TG-T-C-TG--A-ATG-TTCTA----CCAAGCAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|14 : T-CTTG-C--G-CA-GAGC-TACATG-AAG-C--A---TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-AATT-AAAGGTTT-T-C-AAACA-ATG-TTCTAC---CCAAAC--AA---CCTTTAA-TA----GACCTACa
gi|15 : TG-CC-G-CA-GAG--TATA-ACAAA-C--AG--TTG-TG--TATA--AA-G-CA-TAC-A--ATTA---A-CA-T-TAAAA-A--TGA-----T--T-C-AA--A-ATGTTTCTAATATCC-AAC---A---CTTT--A-TAATTGGACCTACa
gi|17 : C-G-CA-GAG--TACG-A-GAA-T--A----TG-TA----CA--AA-G--A-T-C-A--AA-T---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-G-C-AA--A-ATGTTCCTA----CCAAAC--AA---CTTT--ATTA----GACCTAC
gi|18 : tgCG-A-AGC-C--AG--ATGCTA--T-CA--AA-G-CAAT-C-A--AT-A---G-CA-T-TTAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-AATTTTCTA----CCAAACA-AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|19 : G-C--AG--GTG-TA--C-CA--AA-G-CA-T-C-A--AC-A---G-CA-T-TAAAT-A--T-A-----TG-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-TA----GACCTACa
gi|2 : CAAA--AAAT-CAAAGTAGCTGAAAGTATTC--GAA--ATGCCGGCTACA--ACTTCGTTTTT-GTCTA-TTA--TG-TAAAT--GTC--------AAGGAACA-AC--A-CGA---TAAAAACGATTA--CAAGCA-ATTC----TA--TTTC-TGTA--------AGA------AT---GTAACA-GAT-------TGTGGAA--AGGGGAAAAAT-GTCCTGAAA--------CTCTTCACATG---TTGAAATAT-TAAAATTTGTATGCTG-TTGATTAAAGGACACCTGGAGTCCTGCGCT-ATTTTTT----TTTTGTT----GAT-ATT--TATA-TAGTTT-AGAAATTCAG--CATA-AA----AAGGAGAAA--AC--AAAACG-AACAGTGAGCGA-TTA-CAT-TCG----TTAC-T--CAGAA-TG------CA-AAACA---A-AAG------T-TGGGAAAA--CACGGGACC----------------CCTGATA---TACGGT-AATA-CCAAGGTGGG-A-TAA----G---GGTGT-AAG---AGAA--GT---AAG--C-ATCCCTG-TCGA-CC-TG--TACTA--CTGCCCTTG-----AGGTCAT-TGTTTC--------ATCAG-GTAA---T--GA--A-GTAAT---C-GT-AG-A-CAAAA---GCAGTGTATGA-AG-AA-TTGGCTTAA-GAA-----TCTG---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAG-TACGCTG--CT----TCGATAAA----CAAGCTCTTGCG-TACCAAAATT-ATA---AG---T-G-A-G-AG-----CATAAAAC---CA--C-TAT-G-TA--GG--------TGAT-ATG-GA----------ATGTTGCT----ACATAA-GTA-TGGAG-GATGTTG---ACC-GATT-------GA--AATCGC----AG---AAATCGCC------CTGTTT-GGTT--CAT-TAC--GT--TGGGTT--GT---TA--AT-CTTG-CC-GGCA-GAG--TACA-A-AAG-C--AG--TTG-TA--T-AA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TG-T-C-AA--ACATGTTTCTA----CCAAAC--AA---CTTT----TA----GACCTACa
gi|20 : aag--------ATCAG-GTAA---TATGA--A-GTAAT---CCGT-AGCA-CCAAA---GCCGTGTATAATAG-AA-T-GACTTAT-TCA-----TCTG---CT--ATGAA-
gi|21 : TG-TA--T-CA--AA-G-CA-T-C-A--AT-A---A-CA-T-TAAAA-A--T-A-----T--T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|22 : T----GAT-ATC--TATA-TAGTT--AGAA-TTCAG--CATA-AA----AAGGCGAAC--AC--AAAACG-GACAGTGAGCGA-a
gi|23 : TA-TAGTT--AGAA-TTCAG--CATA-AA----AGGGCGAAA--AC--GAAACG-AACAGTGAGCGA-TT--CAT-
gi|24 : T-A---G-CA-T-TAAAA-A--T-A-----TA-T-C-AA--A-ATG-TTCTA----CCAAACAAAA---CTTT--A-AA----GACCTc
gi|25 : -A--T-A-----TG-T-C-AA--A--TGTT-CTA----CCAAAC--AA---CTTT--T-TA----GACCTACgtat
gi|26 : GGCTTAA-TAA-----T-TA---CT--ATGAA-ACA-T-GCAAA-TACGCTG--a
gi|27 : -ATGTTG-TA----CCAAAC--AA---CTTT--A-TA----GACCTAC
gi|28 : TTGTT----GAT-ATC--TATA-TAG-TT-AG-AATTCAG--Ca
gi|3 : AG--TATG-A-AGG-C--TA--TTA-TGGTT-CA--AAAG-CA---C-A--AT-A-----CA-TCTAAAA-A--T-A-----TG-T-C--A--A-ATG-TTCTA----ACAAAC--AAAACCTTT--A-TA----AACCTAC
gi|4 : at--AG--TTG-TA-----------G-CA-C-C-A--AT-ATATATCA-T-TAAAA-G----A-----TG---C-AA--A-----TTCTA----CCATAA--AA---CTT---A-TA----GACCTACgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggggcaacttaatcaaagctagcttgtcccgattacatgtaaaatggttccacggcaaacagtgttagttttgttgttgtatgttttctcacacacgtactgggcctggcaggttaataaac
gi|5 : CTTG-----AGGTCAT-T-TCTT--------AC----GTG----T--GA--ATGTAAC---C--T-AG-A-AAAGA---G----GTAAAA-AG-AA-TGCGTTTAA-TAA-----T-TG---CT---TGA----A-T-GCAAG-TACGCTG--C-----CCG-AAAA----CGA---CC-GTA-TACGAAGATTGATAGTTAA---T-GAA-G-AT-----CATATAAC---CA--CGTAT-G-TAGTGGAA-GAATGCAGAGATC-T-GGTTTCAT-TGAATTGTT--CTACTTGA-GAG-TAG-GTACAGTTGATCAAGCGA-T-------GA--AAT--C----AG---AATTCA-------------T-G--TAGCATGTAC-GAT--T--ATT--GT-------GT-ATTGACC-G-CAGGAGACTAAG-A-CGT-C--AGC-TTG-TA--T-CAACAA-GATA-C-G-A--AT-A---A-CAGT-TAGCA-C--C-A-----TG---C-AG--A-A-G-TTCTA----CCAaagcagtaagaatactatcatgcgatgttatgcggtatatttcacaaaaaattagtaacatgcaataaatagcctgctgtctataatcgaatgaaagtgagcatatttaatgcataaaatcacctggctattcgtataataaattgtcacaaaccaatttattgagcttaacgtcgtaataatcatacgagtacaattaacagcagaaatgatgtccccgttacaatgttaaattgcttcatcaaacaggtcatgtaactttattcgcgtgtttttttttaaaacacatactggccgtaggagataa
gi|6 : TGTT----GAT-ACT--TATA-TAGTT--ATGAATTC----CATACAA----AAGGCGATACGAA--AAAACG-AACAGTGAGTGAGTT--CAT--CG----TAAAATG-CAGAA-TA------CA-AAAC----AGA-G------TGTGGGAA----CACGGTACC-----------------CTGATA---TA-------TA-CCA---TGGG-A-TAA----G--TTGCGTTAGG---AGAA--GTTTAAAGT-CCATCC-TG-TCGAACCCTGA-TACATG--TGCC-TCG-----ATGTCATGTGCCTTCAACTCAAATCAGAGTAAA--T--AA--A-GTAATT--C-GT-AG-A-CAAAGCTGACAGTGTATAA-AG-GA-TGAGCTTAA-T-A-----C-TG---C------AA-ACA-TCGCAAGTTACGCTgttgtattac
gi|7 : AAAA----CAAGTTCT-ACG-TATCAAATCT-ATA---AG---TTG-A-GGAA-----C-TAAAACGATCAGAC-TATTG-TA--GG------TGCGATGATT-GA----------ATGCT-CTGACAACATAACGTA-TGG-G-AA-GTTG--CACG--ATG-------GACAAGTAGC----AGGTGAAATCGCCTCCCATCTGTTT-G--T--CATATAC-AGT--TGAGTTG-GT---TA---T-CTTG-CC-G-TA-GGT--CACG-A-ACGAA--AG--TTG-GT--T-CA--AC-G-CG-T-C-A--AT-A---ACCA-T-T-GAA-A--T-A-----TG-T-CAAA--A-ATG-TTCTACCACCCAAAC--AA----TTT--A-TA----GACCTAC
gi|8 : ctagAAA-A--T-A-----TG-T-C-CA--A-ACTTTTCTA----CATAAC--AA---CTTT--A-T-----GACCa
gi|9 : -ATC--TATA-TAGTTTTAGGAAT-CAG--CATA-AA----AG------A--AC--AAAACG-A-CAGTGACCGA-TTATCAT-TCGGGCATTAA-TATCAGAAGTA------CATAAACA---AGGAGGTTAGATGTGCAAACA--CCCGGGAGCGGGGGCGACATCTAGTTCCGATA---TACGGT-A-TGTCCA-GTGGGG-ACTAA----GGTTAAACT-AAGGGCAGAA--GT---AAGT-CGATTCTCG-TCcttacatggtagcttatgaaccatcatgggagtgtagtggtcccacttttcaacaaaacgaattatctagtacaacatcttgaatagaaatcggctggtctataatgacagaaagaaacgatgcggcatatgtcgcaaacaaaaaacacataccggtctaaatcgaaagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTTTATTTATTCAAGTAATTTCAGCTGAATCAATATAATTTTTCATTTGAAAGCTACAATAAAAACAAAACAACCAAACATTTTGAATAGGCTCCGATTACTTTACGCATAGG
Unaligned ( gi|16 ): TAGTATGGAACATCATGAGTTAGTGGTATTTACAAAAATAAAATAGTTAGTAAAACTTGACATGAAATTGGTGCTAACTGATAGAAACC