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Reference ( gi|7 ) : CTAATAA-AATAAT-AT--G-T-GT-GT------T---TCCGA----TTC-CCC-AAC--CTA--------C--CT-GG-A---AA--AA-A-T-A-----T-GTC-------CGAC-----CT-G---AATC------A-TT-T-TA--TT-AT-CA---TA-A--T-GAA---AG-----GC-CT---A-T-----C---G----AA-AA----------AA------------T---CC---GAA-ATT-G-TCCCT-----TGAA---A--TT---T-CTT--GA-AA-T-----------G---CAAT----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TT----T-ATCTA--TCT--A-C--CTACCTGGACT-T-AAA----AT------CCT--GTG------GT--AA-TAG-GAAACACACAT------AA-T-ATT--TTATTTGGC
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gi|16 : g-GAAACACACAT------AT-T-ATT--TTATTAGGCtggctccctgacctacctggaaaaaatacgtccgacctgaatcattttattatcatagtgaaagacgtaccggaaaaaaaatccggaatggtctttttgaaatttatttataatttttcaataaaataaattgttttaatttacctacctacctacctggacttaacctggtaataggaaacacacatattattttatttggc
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Reference ( family-3147 ) : CTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGG-CTC--CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-C-GT--------C-------CG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CGT--A-----C-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--CGGA--A---TCG-TC-C-CG-TGAA---A--TTT-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TT----T-ACCTACCT--A-C--CTACCTGGACT-TAAA----A----TCCCC-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----CAT---ATT------A-TT-TTATTTGGC
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . .
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originalCons : CTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGG-CTC--CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-C-GT--------C-------CG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CGT--A-----C-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--CGGA--A---TCG-TC-C-CG-TGAA---A--TTT-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TT----T-ACCTACCT--A-C--CTACCTGGACT-TAAA----A----TCCCC-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----CAT---ATT------A-TT-TTATTTGGC
finalCons : CTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGG-CTC--CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-C-GT--------C-------CG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CGT--A-----C-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--CGGA--A---TCG-TC-C-CG-TGAA---A--TTT-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TTT-----ACCTACCT--A-C--CTACCTGGACT-TAAAA--------TCCCC-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----CAT---ATT------A-TT-TTATTTGGC
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Unaligned ( gi|31 ): TCAAAATAATATACCAACACCCTAATTGTTTTCTATGTTTTAAAGCT
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Reference ( family-3147 ) : CTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGG-CTC--CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-C-GT--------C-------CG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CGT--A-----C-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--CGGA--A---TCG-TC-C-CG-TGAA---A--TTT-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TT----T-ACCTACCT--A-C--CTACCTGGACT-TAAA----A----TCCCC-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----CAT---ATT------A-TT-TTATTTGGC
gi|1 : CTAATAA-AATATATTAGTT-GT-GT-GGGTAAT---TCTGG-CTC--CCCG-A-C--CTACATTATGCC--TT-GGAT--AAAA-ATT-ATC-GT--------CTAGGCCTCA--ACACACGCT---G-AATC------A-TT-T-CA-TT-TT-CA---AA-AT-----AG--AGTGGATG-CTC--A-----CTC---G---GA-A------A-AAAATCAAGT----T----------C--CGGA--A---TCG-TC-C-TG-TGAA---AGGTTTGT---TT--CA-AT-TTCAA--------------T----T--AAA---AATTT-TCAA-A---ATA--AAAATGGA-A------TAAAA-TG-T-----TCACAAT-ACCTACGTC-A-C--CTA--TGGACTATAAATTATA----TCCCC-TGA-----GTA----AA-TAG-GAAACTTA-----CATAACATT------ATTT-TTATT
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gi|14 : CTAATAA-GATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCTG-CTC--CT-G-A-C--ATA--------C--CT-GGG---AAAA-A-T-A-T-GT--------C-------AG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-TATT-TT-AT-CA---TA-TT-G---AG--A------------------------------------------A------------T----------C--TAAA--A---TCG-TT-C-AG-TGAA---A--TTG-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-T------TAAAA-TG-T-----TT----T-ACCTACTT--A-C--CTACCTGGATT-TAAA----A----TCCCC-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----TAT---ATT------A-TT-TTATT
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gi|24 : tggtcaataaaacaatacaatacaTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGG-CTCG-CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-T-GT--------C-------TG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TTAAT-C-----A-AT-G---AG--AG-----G-CGT--A-----C-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--TGGA--A---TTG-TC-C-TG-TGAA---A--TTG-T---TT--GA-AA-TTCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------
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gi|30 : aggctttgatactcTAAAAA-AAAA----A----AT-GT-CTGT--T---TCCTG-CTG--CCCG-A-C--CGA--------C--CT-GGACTCAAAA-tgttttagaaggc
gi|32 : caaCTAATAA-AATA----A--T-GT-GT-GTGT--T---TCCGcccc
gi|4 : taaggcCTAATAA-TATA----A--T-AT-GT-GT----T---TCCGG-CTC--CCCG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-T-GT--------C-------CG--AT-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CGT--A-----C-T---G---AA-A------A-AA------------T----------T--CAGA--A---TCG-TC-C-CA-TGAA---A--TTT-T---TT--GA-AA-TTCAAATAAAATGTTTCAATAAAAT--AAA---ATGTT-TC---A---ATA--A------A-A------TACAA-TG-T-----TT----T-ACCTACCT--A-C--TTACCTGGACT-TAAA----A----TCCCC-TG------GT-----AA-CAG-GAAACACA-----CAT---ATT------A-TT-TTATTTGGC
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gi|7 : aggctCTAATAA-AATA----A--T-AT-GT-GTGT--T---TCCGA-TTC--CCCA-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-A-T-GT--------C-------CG--AC-----CT---G-AATC------A-TT-T-TA-TT-AT-CA---TA-AT-G---AA--AG-----G-CCT--A-----T-C---G---AA-A------A-AA------------T----------C--CGAA--A---TTG-TC-C-CT-TGAA---A--TTT-C---TT--GA-AA-TGCAA--------------T----T--AAA---ATTTT-TC---A---ATA--A------A-A------TAAAA-TG-T-----TT----T-ATCTATCT--A-C--CTACCTGGACT-TAAA----A----TCCTG-TG------GT-----AA-TAG-GAAACACA-----CAT---AAT------A-TT-TTATTTGGC
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gi|9 : ggcCTAATAG-AATA----A--T-AT-GT-GT----T---TCCGG-CTC--CCTG-A-C--CTA--------C--CT-GGA---AAAA-A-T-G-T-GT--------C-------CG--AC-----CT---A-AATC------A-TT-T-TA-GC-AT-TA---TATAT-G---GA--AG-----G-CGT--A-----T-C---T---TA-A------A-AA------------T----------C--CGCG--A---TCG-TC-T-TG-TGAA---A--TTA-T---TT--AA-AA-TTCAA--------------T----T--TAT---TTTTTTTC---A---ATA--A------A-A------TATAA-TG-T-----TT----T-ACCTAACT--A-C--CTACCTCGACT-CAAA----A----TTCCC-TG------AT-----AA-TAG-GAAACATA-------------T------A-TT-TTATTTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TCAAAATAATATACCAACACCCTAATTGTTTTCTATGTTTTAAAGCT