lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111
lowQualScore : 55555 1 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 4444444 555 222222 22222 11 333333333 5555555555555 222 11 1 5555555555 1 333333 666666666 11 222 1 44444444 1 1 333 555555555 1 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 2 11 111 2 333 666666 1 44444444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4444444444444444444444 11 11 3333333 1 6666666666666666666666666666 111111 2222 000000000000000000000000 333 2 111 1 1 55555555 1 11 22222 333333333 88888888888888888888888888888 1 22222 1111111 3333333333333 222222222 3 11 2222 111111 11 333333333333333333333333333 333 1111 1111111 1 111 2
lowQualScore : 88888 7 6 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 666 5555555 000 555555 6 33333 88 777777777 1111111111111 333 7 88 3 8888888888 3 6 222222 666666666 99 333 3 88888888 3 9 111 222222222 0 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 0 11 8 8 111 9 0 111 8 8 8 3 333333 6 6 1 777 33333333 5 2 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 5 000 5 5 66 5 4444444444444444444444 5 5 33 5 99 5 5555555 5 77 88 9 1 5 5 6 6 1111111111111111111111111111 999999 99 0000 6 333333333333333333333333 444 2 6 1 888 99 7 5 22222222 6 1 1 11 8 11111 8 333333333 2 99999999999999999999999999999 8 6 88 88888 6666666 1 8888888888888 3 888888888 999 1 77 5 5 777 6 6 00 6 0000 5 66 4 222222 8 5 99 000000000000000000000000000 3 777 8888 000 4 4444 4 55 4 0 0 4 66666 8 8888888 0 5 5 11 8 444 6
lowQualScore : ..... . . . . ............................................................................................................................................................... . ... ....... ... ...... . ..... .. ......... ............. ... . .. . .......... . . ...... ......... .. ... . ........ . . ... ......... . ... ....................................................... .. . .. . . ... . . ... . . . . ...... . . . ... ........ . . . ....................................................................... .. . ... . . .. . ...................... . . .. . .. . ....... . .. .. . . . . . . ............................ ...... .. .... . ........................ ... . . . ... .. . . ........ . . . .. . ..... . ......... . ............................. . . .. ..... ....... . ............. . ......... ... . .. . . ... . . .. . .... . .. . ...... . . .. ........................... . ... .... ... . .... . .. . . . . ..... . ....... . . . .. . ... .
lowQualScore : 00000 0 0 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 5555555 555 888888 0 33333 33 333333333 3333333333333 333 3 33 3 3333333333 3 7 777777 000000000 33 333 3 00000000 3 2 222 888888888 0 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0 00 0 0 888 0 4 000 0 0 0 8 000000 7 7 4 777 00000000 7 9 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 7 000 7 7 44 7 0000000000000000000000 7 7 66 7 33 7 0000000 7 99 00 0 4 7 7 7 7 0000000000000000000000000000 222222 22 8888 7 555555555555555555555555 333 5 7 0 333 22 0 0 55555555 7 3 4 00 0 00000 0 888888888 5 44444444444444444444444444444 0 0 66 44444 5555555 0 5555555555555 2 555555555 444 9 99 7 7 444 0 7 22 7 8888 7 11 4 888888 9 0 44 444444444444444444444444444 6 000 3333 444 0 0000 0 55 0 7 7 0 00000 0 7777777 8 0 7 66 0 000 7
consensus : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAANTGNAGGAACATTA-TT--TACAG--TC-GAC-----GTCAA---CTCCCTAG--TCTAAAGA---AACTA--CTG-AC----------AAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACT--GAAG-AAAAAAC---TGC-AGTTTC----CA-AA-TGTATGGGAT---CCCCG---GNT--GTG-GTAC-C-TGCCCTATGT-TNA--AAAACA-------GGAGA-T-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAA--ACG-A-A-TATGTCA--TG--TAAAT-CCAGGAA-TTTAAT-ATA-TTGCATGAT-TTGTT--ACCT-CCTGCG-GA------------G-A------AAAATTAC-C-------ATAGG--AC-AG-ACCGGAACTA-A---GTT--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG--TC--GC--A--CA-GC-A--C-AAAT-AC--GGGA-CCC-AT-CCGTC-------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-TGC--T---A---NTGG-A---A--CTTT-TTAA------TTTTC--C-G--TTCTAC-AAAGTTTTNAA---AAAAC--ANN--GA---ACATTA-ACGGAAGA-GCGAAA---GAG--GACTATTTTTGTAAAATTAT-T-TAAACCGAAG-TTGAAATGCT--A-TTT--A--TCA-TT-----TT-ACTCTCA-CAA-TGTCATATT--ATANTC--GTTT-GC-TTTATTTAT-TGG-GC--CTTT-TTGACTTT-----------A-ACTTGCGCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CTGCCTTT--A-T-GACG-T-CACAATAACGA-CGTC-TTA-ACTA----CACT-GTCATAA--C-A------AA-GAC-T-CGTGT-N-----ATTTNT--AA----TC---GT-TACACTCTG---A---AGAGCC-C-GAC----AA-GGC--G-AAAGCGCTA-AGTGT-G-A-T-A--AN---TGTAGATA-ATTAT-TCAGTCA---TCGTTGGATTTT
Reference ( gi|2 ) : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATTT-TGAAATTGAAAGAACACTA-TC--TACAG--TC-GAT-----GTCAA-GCCTTCCTA---TCTAAAGA---AACTA--CTG-AC----------AAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC---GAAA-AAAAAAC---TGC-AGTTTA----CATAA-TGTATGAGAT---CCCCA---GAT--GTG-GTAC-A-TGCCCTATATATAA--AAAACA-------GGAGG-T-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAC--ACG-A-A-TATGTCA-GTGCCTAAAT-CCAGGAA-TTTAAT-ACA-TTGCATGAT-TTGTTGTACCT-C-TGCG-GA------------GGA------AAAATTAC-C-------ATAGG--GC-AG-ACCGGAAC---A---GTT--A--GCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG--CC--AC--A--CA-GC-A--C-AAAT-AC--GGGA-CC--AT-CCGTC-------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-TG---T---A---TTGG-A---A--CTTTGTTAA------TTTTT--C-G--TTCTAC-AAAGTTT-------AAAAC--ATA--GAT--ACATTA-GCGGATGA-GCGAAA---GAG--GACTTTTTGTGTAAAATTATAT-TAA--CGAAG-TTGAAATGCT--A-TTT--A--TCA-TT-----T--ACTCTCA-TGA-TGTC-TATT--ATAGCG--AGT--GC-TT-ATTCAT-TGG-GC--CCTT-TTGATTTT-----------A-ACTTGCGCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCTGCCTTT--A-T-GACG-T-CACAATAATGA-CGTT-TTA-ACTA----CACT-GTCATAA--C-A------AA-GAC-T-CGTGT-T-----ATTTTT--AA----TC---AT-TACACTCTG---A---AGAGTT-C-GAC----AA-GGC--G-AAAGCGCTA-AGTGT-G-A-T-A--AC---TGTAG-TA-ATTAT-TCAGTCA---TCGTTGG-TTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTA-GAACATTA-TTCTTACAG--TC-TATACTTGGGCAACGACTCCTAA---TCTAAAGA---A--TA--CTA-ACCTTTAGCCGAAAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTTC----CA-AA-TGTATGGGATTGTCCCTC---GTTTTGTG-GTACTC-TGCCCTAT-TATTCTTAAAGCA-------G-AGA-TCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAA--ACA-A-AATATGTCA--TG--TAAAT-CCAGGAA-ATTAAG-AAAGTTGCATGAT-TTGT---AATC-C-TGCG-GAGAAAATTCAATAGGACAGCCGGAAACTAT-TTTTTTTTGTGGG--GG-GG-AGGGGGTT---A---GTT--AAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG--TC--GCGGA--CAAGCTA--CCAAAT-AC--GGGA-CCC-AT-CCGTC-------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-TGCC-T---A---ATGG-A---GGCTTTTGGGAAAGATTTTTTTC--C-G--TTCTAC-AAAGTTTTAGA---AAAACCAATA-------ACATTT-ACGGAGAA-GCGAAAA--GAG--GACTATTTTTGTAAAATTATTT-TAAACTGAAG-TTG-AATGCT--ATTTT--A--TCA-TT-----T---CTCTC
gi|5 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagat--AAGAGCATCATT---GAAAT--GAAGAACATCA-TT--TACAG--TC-AAC-----GTCAA---CCTCCTAA--TCTAAAGA---AACTA--CTG-AC----------AAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-ACT--GAAG-AAAAAAC---TAC-AGTTTC----CA-AA-TGTATG-GAT---CCCC----GTT--GTG-GTAC-C-TGCCCT-TAT-TTA--AAACCA-------GGAGA-T-A----------CT---TT--CA---CTTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-CTTT-CA--CCA-TTCGA---ACA-A-A-TATGTCC-ATGT---AAT-CCAGGAA-TT--AT-ATA-TTGCATGAT----TTGTACTC-C-TGCGCGA------------GAA------AA---TAC-A-------ATAGG--AC--------GAACTA-A---GTT--A--GCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTCC--AC--AAGCA-AC-A--A-GAAT-ACGAGGGA-CCCAAT-CCGTC-------AG-GAA--T-AC-ACCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGATG---CTAAA---TGGA-A---A--CTTT-TTAA------TTTTTTCC-G--TT-TAC-AAATTTTAGA----AAAAC--ACAATGAA--ACATTA--CGGAAGATGCGAAA---GAGAAGACTgagagtgatcattttccagtgggttatggaggtctcgttttgctgttatgttgagtgggtgccgcatcttttatttgactgtttaacggctttttttattttgtacgagccaattatgatttaatgctgcctttgaatgacgtaccaataacgacgtcttaactacactgtcataacgaatgactgtgtatggtgtatagttgcaattacactctgaaagaaagccgacaaggcgaaaagcgctaagtgtgaataaatgtagataattatgtcagtcatcgttgtgattaattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|3 : GAAGAAACATTACTC--TACAAGTTCAGAT-----GTCAA--CCTCACTAGATTCTAAAGAGAAAACTAGACTGGAC----------AAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCACT--GAAG-AAAAAAT---TGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATG-GAT---TCCCG---CGT--CTGTGTAC-CCTGTCTTAT---TAA--AAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATT-CGA---ACG-A-A-T-TGTCA--TG--TAAAT-CCAGGAA-TTTAAT-ATA-TTGCATGAT----TTGTACCTCC-TGTG-GA------------G---------AAATTA--C-------ATAGG--ACAAA-ACCGGAACTA-A---GTT--A---CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG--TC---C--A--AA-GCAA--C-AAAT-AC--GGGACCC--AT-CCGTC-------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-TGC--T---AAATTTGGAA---A--CTT--TTAA------TCTTT--CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTTAG--AAAAC--AAT--GA---ACATT---TCGACGA-GCG-AA---GAG--GACTATTTTTGTAAAATTATTT-TAAACCGAAG-TTGAATTGCT--A-TTTA-A--TCATTT-----T--ACTCT-A-CAA-TGTCATTTT--ATATTC--GTT--GCTTT-ATTTAT---G-GCCGCCTTATTGACTTTA----------A-ACTTGCGCCAA-----TT--ATATT-TATG-CTGCCTTT--A-TGGACGAT-CAC-ATAACGA-CGTC-TTA-ACTA----CACT-GTCAT-A--C-A------AA-GAC-T--GTGT-A-----ATTGTA--CA----TT---CT-TACACTCTGATAA---GGACCT-CGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCG--A-CATAT-T---T-A--AC---TGTA
gi|4 : cATGAGATAT-CCCCGTTGGGG--GCG-GTAC-C-TGCCCTA-GTTCAA--AAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AACTTT-CA--CCATT-CGAA--ACGTA-A-TATGTCA--TG--TAAATTCCAGGAAATTTAATTATA-TTGCATGAT-TTG----ACCT-CCTGCG-GA------------G--------AAAATTAC---------ATAGG---C-AGGACCGGAAC---AA--GTTTAA--GCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG--TCCAAC--A---A-GC-AACC-AAAT-ACT-GGGA-CCC-AT-CCGTC-------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-TGC--T---AAT-TTGG-A---AA-CTTT-TTAA------TTTTT--CCG--TTCTAC-AAAGTTTTTAATAGAAAA---ACA--GATGAACATTT-ACGGA-GA-TCGAAAAAAGAG--GACTATTCTTGTAAAATTAT-T-TAAACCGAAG-TTGAATTGCT--A-TTTTAA--TCA-TT-----TTTACTCTCA---ACTGTCATATTGTATACTG--TTTT-GC-TTTATTTAT-----GC--GCTTATTGACTTT-----------A-ACTTGCGCCAA------T--TTA-T-TATGCTAGCCTTT--A-T-GACG-TTCACAATAACGA-CGTC-TTA-ACTAA---CACT-GTTATAA--C-A------AA-GAC-T--GTGT-------ATTTGT--AA----TC---AT-TACACTCTG---A---AGAG-C-C-GAC----AAGGGC--G-AAAGCGCTACAGTGT-G-A-TAA--AA---TGTAGATAGATTAT-TCAGTCAGGGTCGTTGccgattctgtaaaggaataaatgatttagataattatatcagtgtcatcctgtgggtgcattttatttttctctc
gi|7 : tttacgctaaaaagtccA--A-TTTT-C----CACT-CAACGTACA-ATA-TGTGTCATGTGC--AAAT-CTAAAAA-TTTAATTATA-TTGCCTGGTCTTGTT--ACCT-CCTGCG-GA------------GGA------AAAAT-AT-C-------ATATGTAAA-AG-AC-GGAACTAAA---GCCGCA--GCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG--TC---C--A--CA----A--C-AAATTAC--GGGG-CC--CT-CCGTCAGGCCCCAG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACGCT---A---ATGG-AAAGA--GTTT-TTGA------GTTTC--C-T--TTCTGCTAAAGTTTTTAGA--AAAAC--AAT--GA---ATATTATACGGGAGA-GC-AAA---TAG--ATCTATTTGTA-AAAATTAT-T-CAT--CGAAG-TTGAAagattt
gi|6 : TGTCA--TG--TAATT-ATAGAAA-ATTAAT-ATT-TTGCATGAT-CTGT---ACAT-CATGCG-AA------------T--------AAAATTAC---------ATAGG--AC-AG-ACAGGGAC---AAAAGT---A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG--TC--GA--A--AA-GCTA--C-AA-T----------CT--GT-CTGTC-------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-Ttgtaagattataattatttcactccgaaaatgtta
gi|10 : gcgAAT-ATA-TTGCCTGAT-CTGT---ACCT-CCTGCG-GA------------G--------AAAATAACAT-------ATATT--AC-CG-ACCGGAACTA-A---GCC--A--GCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG--TC---C--A--CA-AC-AA-C-AAAT-AC--GGGA-CC--CTCCCGTCAGGCCT-AG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-tgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|11 : ---T---A---ATGG-A---A--AGTTTTTGA------GTTTC--C-T--TTCTGT-AAAGTTTTAG----AAAAC--AAT--GA---ATATTATACGGA-GA-GCAAAA---TAG--ATCTATTT-TGTAAAATTAT-T-CAATCCGAAG-TTG-AATG-TAAA-TTA--A--TTA-TT-----TTCACTC
gi|8 : TTTTGTAAAAT-ATGTGTAAATCGAAGGTT--AATGCA--A-TTT--AATTCA-GTGTATGT--ACTCTCAATAT-TGT--TATT--ATTACCTTAGTTCGC-TC-TTTAATATGG-GC--CAAT-TTTATTCTGAGCTGCTTAGA-ACGTGCACCAT-----ATGCTTA-TCTATGACGTCCTTT--ACT-GAT-----ACAA-AACGAACTCTGTTACACTAGTGCCACTTGTCATAA--CCA------AA-TAC-T-GGTGT-G-----TTTTGT--AAAGTTCC---AT-TACACTCTcgaaaa
gi|14 : agT--GC-TTTATTTAT-GGC-GC--CTTA-TTGACTTT-----------A-ACTTGCGCCAA------T--TTA-T-TATG-CTGCCTTT--A-T-GACG-T-CACAATAACGG-CGTC-TTA-ACTA----CACT-GTCATAA--C-A------AA-GAC-
gi|6 : cgt-TT-ATTT-T-TGGCGC--CTTA-TTGACTT------------A-ACTTGCGCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTGCCTTT--G-C-AACG-
gi|1 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactG-GC--TTTT-TTTATTTT-----------GTAC--GAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CTGCCTTTGAA-T-GACG-T-ACCAATAACGA-CGTC-TTA-ACTA----CACT-GTCATAA--C-G------AATGAC-TGTGTAT-G-----GTGTAT--AG----TTGCAAT-TACACTCTG---AAAGAAAG-C-C-GAC----AA-GGC--GAAAAGCGCTA-AGTGT-GAA-T-A--AA---TGTAGATA-ATTATGTCAGTCA---TCGTTGacgacttgtctaca
gi|18 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatatcgcttattatgaaaggctatatctatacaaatctcagtcttcggttactccgcagaaactgggaatctccggatagaatcagaaacaaatgcctcctcagtctgttactcactatatggcgcccgtggaggaattataagggttatgttatttctctgtttaaattccaatgcttttcgtaattggttacacaatccgaaaagtctggcaggagcatcattggtgaaaatgtagaacattattcttacagtctatacttgggcaacgactcctaatctaaagaatactaacctttagccgaaagtagccagagatttttcaaaccactgtgaagtaaaaaacatctgctagtttccaaatgtatgggattgtccctcgttttgtggtactctgccctattattcttaaagcagagatcactttcaagctttttaaatgtggtaaatgacttttcaacccaattcgaaacaaaatatgtcatgtaaatccaggaaattaagaaagttgcatgatttgtaatcctgcggagaaaattcaataggacagccggaaactatttttttttgtgggggggagggggttagttaaagctgtataccgctgctgagagtcgcggacaagctaccaaatacgggacccatccgtcaggaatcaccctgcagtaaaattttgatttgtgtgcctaatggaggcttttgggaaagatttttttccgttctacaaagttttagaaaaaccaataacatttacggagaagcgaaaagaggactatttttgtaaaattattttaaactgaagttgaatgctattttatcatttctctcgagagtgatcattttccagtgggttatggaggtctcgttttgctgttatgttgagtgggtgccgcatcttttatttgactgtttaacA-T-TATG-CTGCGTTG--A-T-GACG-T-CATAATAGCGA-CTTC-TTA-ACTA----CAAT-ATCATAATCC-A------AA-tgattaattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|16 : -GTCATAA--C-AACGACTAA-GACTT-CGTGTATTTGAAATTTTTGAAA----TT---GT-TTGACTCTG---A---AGAATTAT-TAC-------GGC--G-AATACGCTA-AATTT-G-G-C-A--AC---TGT-G-TA-
gi|13 : ATAA--C-A------AATGAC-T-AATGT-T-----GTATTT--GA----TT---GTGTACACTCTG---A----GA-TC-C-GAC----AA-GGC--G-AAAGCGCTA-AGTGT-G-A-T-ACAAA---TGTAGATA-ATTAT-TCAGTCA---TCGTTGGATTTT
gi|17 : tgA--C-A------AA-G-----C-TGG-T-----ATTTGT--A-----TC----T-CGCACTCTG---A---AGAGCC-C-GACGA--AA-GGCCGG-AAAACGC-------C-G-A-T-A--ACG--TGTCG-TA-Aa
gi|9 : tacA----TT---AT-TATAGTCTG---A---AAAGC--C-GAC----AA-GAC--G-CAATTGTTA-AGTGT-G-A-TAA--ACATATATAG-CC-A-TAT-TCAGTCA---TCGTTGG-cgtgagagggactctattc
gi|15 : tcttagcataagtacattttgtgtattagattT-TACACTCTG---A---GGAGC--C-GAC----AA-ATC--G-AAA----TA-TATATAG-A-T-A-------T-TAA-TA-AT-AT-TCAGTCA---TCGTTGGATTTTatatcttttattctctacgtatattacctatatcatatatattattgcaatttcattatattattgtaattaa
gi|19 : cttagtatagT-TACACTCTG---A---CGAG-C-C-GAC----AC-GGC--G-ACAGCGCGA-AGTGT-A-ATT-A--AA---TGTGG-tttttttctctacgtgttatt
gi|20 : -TACACTCTG---A---AGAGC--C-GAC----AA-GGC--G-AAAGCGCTA-AGTGT-T-A-T-atca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATGAAATCTAATGCTTAGATATACTGCATGACCTGTATTACCTGTAAGAAAACTACATTGAAAAAAGCGGTAAGTTTAACACTCATATGCGCGTCCACAAGCAGCAGATTTGCGAC
Alignments
lowQualScore : 22 11 333 11 11 22 333 22 222222 222222222 333333 11 222 22222 2 1 11 2 1 22 11 44444444 11 1 222 11111 55555555 1 1 222222 22 1 11 1 111 1 2222 22 2222 22222222 111 222222 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 11111 222222 111111 11 44444444444444444444444444444 333333333333333 11 22222222222222 1 111111111111 11111111 1111 2222222 222222222 22 1 1 1 111111 1111 11 666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222 111111111 11 3333333333333 1111 222222 1 1111 111111 22 2222222 111111111111 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 33 4 3 3 88 000 99 77 77 3 4 2 555 3 2 3 33 3 3 888888 2 55 666666666 000000 88 111 77777 2 0 5 77 3 1 1 9 33 33 66666666 33 0 2 444 88888 00000000 0 2 0 2 222222 33 0 3 33 0 777 0 1111 33 8888 22222222 8 111 333333 1 8 8 6666666 666666666666666 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 8 6 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 777777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 8888888 66 999999 8 4 44 4 111111111111111 4 66 4 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 555555555555 888 77777777 5 0000 7777777 5 66 0 5 2 222222222 9999999 5 22 1 5 55 888 66 5 1 5 1 5 444444 6 9999 5 22 555555555555555555555555555555555555555555 5 5 55555555555555555 5 77 999999999 5 77 77 33 1111111111111 2222 333333 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 99 111111 8 33 2222222 1 66 333333333333 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 1 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. . . . . .. .. ........ .. . . ... ..... ........ . . . . ...... .. . . .. . ... . .... .. .... ........ . ... ...... . . . ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . . . . . . ..... . .... . . . . ...... . . . . ...... .. . ... . ............................. ....... .. ...... . . .. . ............... . .. . .. .. .............. . .. .. . . . . . . ............ ... ........ . .... ....... . .. . . . ......... ....... . .. . . .. ... .. . . . . . ...... . .... . .. .......................................... . . ................. . .. ......... . .. .. .. ............. .... ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. ...... . .. ....... . .. ............ . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. . ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 00 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 5 000 0 5 0 00 0 0 555555 5 00 000000000 000000 55 000 00000 5 0 0 55 3 0 0 0 88 88 22222222 88 0 5 222 55555 00000000 0 5 0 5 222222 88 0 2 88 0 555 0 2222 88 0000 00000000 0 000 000000 0 0 0 0000000 888888888888888 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 0 7 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 000000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 0000000 11 444444 9 4 66 4 444444444444444 4 11 4 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 222222222222 888 44444444 0 6666 5555555 0 99 9 0 5 555555555 8888888 0 88 4 0 22 888 99 7 4 7 7 5 333333 7 7777 7 99 777777777777777777777777777777777777777777 7 7 11111111111111111 7 99 000000000 7 99 99 66 4444444444444 1111 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 7 55 555555 0 99 0000000 0 99 222222222222 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 0 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTG-TGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC--------GACGTCAA--C-TCCCTAA--TCTAAAGA---A-ACTAG-------CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCG---GNT-GTG-GTAC-C-TGCCCTAT-AT-TNA-AAAA-CA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-AAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAGTC-C--AC-A-GC-A--C-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-A---AT---GG-A---AN-TTT-TT----AA-----T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAGTTTT-A-G----AAAAC---AAN-GA-ACATT--ACGGANGA-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA-TTTT-ACTCTC-A-AATG-TCAT----------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--G-------C-C--TT---NT----TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GACT-NGTGTN------ATTTGT--A-A----TCG---T-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAANTGNAGGAACATTATT--TACAG--TC--------GACGTCAA--C-TCCCTAG--TCTAAAGA---A-ACTA--------CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCG---GNT-GTG-GTAC-C-TGCCCTAT-GT-TNA-AAAA-CA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-AAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAGTCGC--AC-A-GC-A--C-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-A---NT---GG-A---AC-TTT-TT----AA-----T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAGTTTTNA-A----AAAAC---ANN-GA-ACATTA-ACGGAAGA-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA-TTTT-ACTCTC-ACAATG-TCAT----------AT--TATA-----NTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--G-------C-C--TT---TT----TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GACT-CGTGTN------ATTTNT--A-A----TCG---T-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AANTG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTAG-AACATTATTCTTACAG--TCTATACTTGGGCAACGA--C-TCC-TAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAGCCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTCG---TTTTGTG-GTACTC-TGCCCTATTAT-TCTTAAAG-CA-------G-AG-ATCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACA-AAATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTG--TA--A--TCCTGCG-GAG-AAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAG-T--T--AAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAGTCGCGGAC-AAGCTA--CCA--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-A---AT---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAAGATTTT-TTT-CCG--TTCTAC-AAAGTTTTAG-A----AAAAC---CAA-TA-ACATTT-ACGGAGAA-GCGAAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTATT-TTAAACTGAAGTTG-AATGC--T--ATTT-T--ATCA-TTT---CTCTCGAGAGTGATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGTTTTGCTGTTATGTTGAG-TGG--GTGCCGCAT-C--TTTTATT----TGA-CTGT--TT--AACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CGA------ATGACTGTGTATG------GTGTAT--A-G----TTGCAAT-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTG--T---ACCTCCTGCG-GAG-AAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-C--C--A--GCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAGTC-C--AC-A-ACAA--C-A--AA-TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : -T-A---AT---GG-A---AAGTTT-TT----GA-----G-TTT-CCT--TTCTGT-AAAGTTTT-A-G----AAAAC---AAT-GA-ATATTATACGGA-GA-GCA-AAA---TAG--ATCTATTTT-GT-AAAATTA-T-TCAATCCGAAGTTG-AATG---TAAA-TT-A--ATTA-TTTTCACTC
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTATT--ACCT-----G-TAA-GAAAACTA-CATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGTT--T--A--AC------ACTCA-TA-T-GCGCGTC-C--ACAA-GC-AG-C-A--GA-TTT--GCGACcgaaaa
gi|13 : ATAA--CAA------ATGACT-AATGTT------GTATTT--G-A----TTG---TGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tgTTGCT-TTAT-TT-AT-GGC--G-------C-C--TT---AT----TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GACa
gi|15 : cg-A----TAG---T-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagtGTCATAA--CAACGACTAA-GACTTCGTGTATTTGAAATTTTTGAA-A----TTG---T-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--CAA------A-G-CT-GGT---------ATTTGT--A------TC----T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTC--TTA-ACT-A----CAA-TATCATAATCCAA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : ---T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATTT-TGAAATTGAAAGAACACTATC--TACAG--TC--------GATGTCAAGCC-TTCCTA---TCTAAAGA---A-ACTA--------CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC-G--AAA-AAAAAAC---TGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCA---GAT-GTG-GTAC-A-TGCCCTAT-ATATAA-AAAA-CA-------GGAG-GT-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGACACG-AA-TATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTG--TTGTACCTC-TGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGGAA-C-----------------------------AG-T--T--A--GCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAGCCAC--AC-A-GC-A--C-A--AA-TAC--GGGACC--ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-A---TT---GG-A---AC-TTTGTT----AA-----T-TTT-TCG--TTCTAC-AAAGTTT---------AAAAC---ATA-GATACATTA-GCGGATGA-GCG-AAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAATTA-TATTAA--CGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA-TTT--ACTCTC-ATGATG-TC-T----------AT--TATA-----G-CG-AGTGCT-T-AT-TC-AT-TGG--G-------C-C--CT---TT----TGA-T--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTT--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GACT-CGTGTT------ATTTTT--A-A----TCA---T-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTC-TACAAGTTCA-------GATGTCAA--CCTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-ACTAGA------CTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCACTG--AAG-AAAAAAT---TGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCCG---CGT-CTGTGTAC-CCTGTCTTAT----TAA-AAAA--A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATT-CGAA-CG-AA-T-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---T--ACCTCCTGTG-GAG---AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A---CT-G---ACGCG-T--T-GAGAGTC-C--AA-A-GCAA--C-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT----AA-----TCTTT-CTGTTTTCTAC-AAGTTTTTTA-G----AAAAC---AAT-GA-ACATT---TCGACGA-GCG--AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTATT-TTAAACCGAAGTTGAATTGC--T--A-TT-TA-ATCA-TTTT-ACTCT--ACAATG-TCAT----------TT--TATA-----TTCG--TTGCT-TTAT-TT-A--TGGCCG-------C-C--TT---AT----TGA-C--T--TTA-AAC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCAT-A--CAA------A-GACT--GTGTA------A-TTGT--ACA----TTC---T-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCCGTTGGGG-GCG-GTAC-C-TGCCCTA--GT-TCA-AAAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AACTTT-CA--CCATT-CGAAACGTAA-TATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG------ACCTCCTGCG-GAG-AAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGGAA-C--A--------------------------AG-T--TTAA--GCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAGTCCA--AC-AAGC-AACC-A--AA-TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--GC-T-A---ATTTGGA-A---AC-TTT-TT----AA-----T-TTTTCCG--TTCTAC-AAAGTTTTTA-ATAGAAAAAC---AGATGA-ACATTT-ACGGA-GA-TCG-AAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAATTGC--T--A-TT-TTAATCATTTTT-ACTCTC-A-ACTG-TCAT----------ATTGTATA-----CTGT-TTTGCT-TTAT-TT-AT------G-------CGC--TT---AT----TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTC--TTA-ACTAA----CAC-TGTTATAA--CAA------A-GACT--GTGT-------ATTTGT--A-A----TCA---T-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATTG----AAATGAAG-AACATCATT--TACAG--TC--------AACGTCAA--C-CTCCTAA--TCTAAAGA---A-ACTA--------CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCC----GTT-GTG-GTAC-C-TGCCCT-T-AT-TTA-AAAC-CA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-CTTT-CA--CCA-TTCG-AACA-AA-TATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---T--A-CTCCTGCGCGAG-AAAA--TACAATAGG--AC--------GAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTCC--ACAA-GCAA--C-AAGAA-TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--GC-TAA---AT---GGAA---AC-TTT-TT----AATT---T-TTT-CCG--TT-TAC-AAA-TTTTAG-A----AAAACACAATG-AA-ACATT--ACGGAAGATGCG-AAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTG--T---ACATCATGCG-AAT-AAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGGGA-CA-A--------------------------AA-G--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAGTCGA--AA-A-GC------------TAC----AATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T----AA-------------G--TTCT------------A-G----AAAAC---AAT-G-------------AAAA-GTA-AAC---AAG--GAC--TTTTTGT----ATTA-T-TGAAACC
gi|6 : gcgTACT-TTAT-TT--T-TGGC-G-------C-C--TT---AT----TGA-C--T--T---AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGAC--TTG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaA-TGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-GAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGGAA-CTAA--------------------------AG-CCGC--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAGTC-C--AC-A----A--C-A--AATTAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACGC-T-A---AT---GG-AAAGAG-TTT-TT----GA-----G-TTT-CCT--TTCTGCTAAAGTTTTTAGA----AAAAC---AAT-GA-ATATTATACGGGAGA-GC--AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAATTA-T-TC--ATCGAAGTTG-AATGTAAG--A-TTATA-ATTA-TTTC-ACTCCG-AAAATG-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatT-T--ATTA---TT-AC-CTT-A----G-T---------------------------TCG-CT--CT-TTA-----ATATGG--G-------C-CAATT---TTATTCTGAGC--TGCTTAGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GA----TACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAAC-CAA------A-TACT-GGTGTG------TTTTGT--A-AAGTTCCA---T-TACACTCT
gi|9 : agttttgtaaaatatgtgtaaatcgaaggttaatgcaatttaattcagtgtatgtactctcaatattg-A----TTA---T-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11 11 11 222 11 222222 222222222 333333 11 222 22222 1 1 11 22 1 1 11 44444444 11 1 222 333333333333333333 1 1 222222 22 1 11 1 111 1 2222 22 2222 22222222 111 1111 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 11111 222222 111111 11 44444444444444444444444444444 11111 33333333333 11 11 22222222222222 1 11111 11111111 1111 2222222 11 1111 11 222222 1 111 1 1 11111 1111 1111111 1111 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222 1111 3333333333333 1111 222222 1 1111 111111 111 3333333 11111111111111111 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 66 1 1 1 88 999 66 77 88 1 1 1 111 1 1 1 66 1 1 888888 1 22 666666666 000000 88 111 77777 1 5 5 77 00 9 55 0 33 66666666 33 0 2 000 999999999999999999 0 2 0 2 222222 33 0 3 33 0 777 0 1111 33 8888 22222222 8 111 0 7777 1 8 6666666 666666666666666 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 8 6 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 777777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 8888888 66 999999 8 4 44 4 4 55555 33333333333 4 66 00 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 00000 5 888 888 44444444 5 0000 7777777 5 66 55 11 0000 5 888 11 5 1 5 5 0 000000 2 5 0 333 66 5 5 5 0 5 0 5 5 33333 5 9999 77 5 9999999 0 8888 5 6 6 00000000000000000000000000000 5 5 555555555555555555555555 1111 77 5 77 77 5 77 1111111111111 2222 333333 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 55 4 111111 8 888 0000000 66666666666666666 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. .. . .. . .. ........ .. . . ... .................. . . . . ...... .. . . .. . ... . .... .. .... ........ . ... . .... . . ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . . . . . . ..... . .... . . . . ...... . . . . ...... .. . ... . ............................. ....... .. ...... . . .. . . ..... ........... . .. .. .. .. .............. . .. .. . . . . . . ..... . ... ... ........ . .... ....... . .. .. .. .... . ... .. . . . . . ...... . . . ... .. . . . . . . . . ..... . .... .. . ....... . .... . . . ............................. . . ........................ .... .. . .. .. . .. ............. .... ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. . ...... . ... ....... ................. . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 55 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 0 000 0 0 0 55 0 0 555555 0 00 000000000 000000 55 000 00000 0 0 0 55 77 0 88 0 88 22222222 88 0 5 888 000000000000000000 0 5 0 5 222222 88 0 2 88 0 555 0 2222 88 0000 00000000 0 000 8 8888 0 0 0000000 888888888888888 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 0 7 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 000000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 0000000 11 444444 9 4 66 4 4 66666 00000000000 4 11 66 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 77777 0 888 888 55555555 0 6666 5555555 0 99 11 99 6666 0 888 99 0 0 0 0 2 000000 5 0 2 888 99 0 0 0 0 0 4 7 4 99999 7 7777 99 7 6666666 1 0000 7 7 7 22222222222222222222222222222 7 7 333333333333333333333333 0000 99 7 99 99 7 99 4444444444444 1111 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 0 55 0 555555 0 666 1111111 77777777777777777 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTG-TGAAAATGAAGGAACATTATTCT-ACAG--TC--------GACGTCAA--C-TCCCTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCG---GNT-GTG-GTAC-C-TGCCCTAT-AT-TAA-AAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-AAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-----CA-C-A-GC-A--C-A--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT----AA-----T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACAT--T-A-CGGA-GA-GCGAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--G-------C-C----TT---ATT--GA-C--T--TT-A--AC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTCT--TA-ACT-A----CACT-GTCATAA--C-AA------A-GACT-N-GTGT-------ATTTG-T--A-A----TCG---T-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTG-TGAAAATGAAGGAACATTATTCT-ACAG--TC--------GACGTCAA--C-TCCCTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCG---GNT-GTG-GTAC-C-TGCCCTAT-AT-TNA-AAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-AAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-----CA-C-A-GC-A--C-A--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT----AA-----T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ANG-A-ACAT--T-A-CGGANGA-GCGAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCAT----------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--G-------C-C----TT---NTT--GA-C--T--TT-A--AC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTCT--TA-ACT-A----CACT-GTCATAA--C-AA------A-GACT-N-GTGTN------ATTTG-T--A-A----TCG---T-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTAG-AACATTATTCTTACAG--TCTATACTTGGGCAACGA--C-TCC-TAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAG-CCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTCG---TTTTGTG-GTACTC-TGCCCTATTAT-TCTTAAAGCA-------G-AG-ATCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACA-AAATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTG--TA--A--TCCTGCG-GAG-AAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAG-T--T--AAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG-TCGCGGACA---A-GCTA--CCA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-AA---T---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAAGATTTT-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---AACCA-AT--A-ACAT--TTA-CGGAGAA-GCGAAAA--GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACTGAAG-TTG-AATGC--T--ATTT-T--A--TCA-TT---T----CTCTCGAG-A-GT-GATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGTTTTGCTGTTATGTTGAG-TGG--GTGCCGCAT-C----TTTTATTT--GA-CTGT--TT-A--ACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTCT--TA-ACT-A----CACT-GTCATAA--C-GA------ATGACTGT-GTATG------GTGTA-T--A-G----TTGCAAT-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTG--T---ACCTCCTGCG-GAG-AAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-C--C--A--GCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG-TC-----CA-C-A-ACAA--C-A--AA--TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : -T-AA---T---GG-A---AAGTTT-TT----GA-----G-TTT-CCT--TTCTGT-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ATATTAT-A-CGGA-GA-GCAAAA---TAG--ATCTA-TTTTGT-AAAAT-TA-T-TCAATCCGAAG-TTG-AATG---TAAA-TT-A--A--TTA-TT---T-TCACTCCG--A-A-A
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTATT--ACCT-----G-TAA-GAAAACTA-CATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGTT--T--A--AC------ACTCA-TA-T-GCGCG-TC-----CA-CAA-GC-AG-C-A--GA--TTT--GCGACa
gi|13 : ATAA--C-AA------ATGACT-A-ATGTTGT----ATTTG------A----TTG---TGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tgTTGCT-TTAT-TT-AT-GGC--G-------C-C----TT---ATT--GA-C--T--TT-A--AC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTCT--TA-ACT-A----CACT-GTCATAA--C-AA------A-GACa
gi|15 : cg-A----TAG---T-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagt-GTCATAA--C-AACGACTAA-GACT-TCGTGTATTTGAAATTTT-TGAA-A----TTG---T-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--C-AA------A-G-CT-G-GT---------ATTTG-T--A------TC----T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTCT--TA-ACT-A----CAAT-ATCATAATCC-AA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : ---T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATTT-TGAAATTGAAAGAACACTAT-CT-ACAG--TC--------GATGTCAAGCC-TTCCTA---TCTAAAGA---A-----AC---TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC-G--AAA-AAAAAAC---TGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCA---GAT-GTG-GTAC-A-TGCCCTAT-ATATAA-AAAACA-------GGAG-GT-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGACACG-AA-TATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTG--TTGTACCTC-TGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGGAA-C-----------------------------AG-T--T--A--GCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-CCA----CA-C-A-GC-A--C-A--AA--TAC--GGGACC--ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-AT---T---GG-A---AC-TTTGTT----AA-----T-TTT-TCG--TTCTAC-AAAG--TTT--------AAA---A--CA-TAG-ATACAT--T-AGCGGATGA-GCGAAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAAT-TA-TATTAA--CGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T---ACTCTC--ATG-AT-G-TC-T----------AT--TATA-----G-CG-AGTGCT-T-AT-TC-AT-TGG--G-------C-C----CT---TTT--GA-T--T--TT-A--AC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTTT--TA-ACT-A----CACT-GTCATAA--C-AA------A-GACT-C-GTGTT------ATTTT-T--A-A----TCA---T-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTCT-ACAAGTTCA-------GATGTCAA--CCTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-----AC---TAGACTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCACTG--AAG-AAAAAAT---TGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCCG---CGT-CTGTGTAC-CCTGTCTTAT----TAA-AAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATT-CGAA-CG-AA-T-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---T--ACCTCCTGTG-GAG---AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGGAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A---CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG-TC-----CA-A-A-GCAA--C-A--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT----AA-----TCTTT-CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACAT--T-T-C-GACGA-GCG-AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TA-A--TCA-TT---T-T-ACTCTA--C-A-AT-G-TCAT----------TT--TATA-----TTCG--TTGCT-TTAT-TT-A--TGGCCG-------C-C----TT---ATT--GA-C--T--TTAA--AC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTCT--TA-ACT-A----CACT-GTCAT-A--C-AA------A-GACT---GTGTA------A-TTG-T--ACA----TTC---T-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCCGTTGGGG-GCG-GTAC-C-TGCCCTAG-TT-CAA-AAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AACTTT-CA--CCATT-CGAAACGTAA-TATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG------ACCTCCTGCG-GAG-AAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGGAA-C--A--------------------------AG-T--TTAA--GCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG-TC-----CAAC-AAGC-AACC-A--AA--TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--GC-T-AA---TTTGGA-A---AC-TTT-TT----AA-----T-TTTTCCG--TTCTAC-AAAG--TTTTTAATAG-AAA---AA-CAGATG-A-ACAT--TTA-CGGA-GA-TCGAAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TTAA--TCATTT---T-T-ACTCTC--A-A-CT-G-TCAT----------ATTGTATA-----CTGT-TTTGCT-TTAT-TT-AT------G-------CGC----TT---ATT--GA-C--T--TT-A--AC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTCT--TA-ACTAA----CACT-GTTATAA--C-AA------A-GACT---GTGT-------ATTTG-T--A-A----TCA---T-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATTG----AAATGAAG-AACATCATT-T-ACAG--TC--------AACGTCAA--C-CTCCTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCC----GTT-GTG-GTAC-C-TGCCCT-T-AT-TTA-AAACCA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-CTTT-CA--CCA-TTCG-AACA-AA-TATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---T--A-CTCCTGCGCGAG-AAAA--TACAATAGG--AC--------GAA-CT-A--------------------------AG-T--T--A--GCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTC-----CA-CAA-GCAA--C-AAGAA--TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--GC-TAAA---T---GGAA---AC-TTT-TT----AATT---T-TTT-CCG--TT-TAC-AAA---TTTT----AG-AAAAACA--CA-ATGAA-ACAT--T-A-CGGAAGATGCGAAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTG--T---ACATCATGCG-AAT-AAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGGGA-CA-A--------------------------AA-G--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-----GA-------------A--AAGCTAC----AATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T----AA-------------G--TTC-------------T----AG-AAA---A--CA-ATG-A-A--------------AA-GTAAAC---AAG--GAC--TTTTTGT----AT-TA-T-TGAAACC
gi|6 : gcgTACT-TTAT-TT--T-TGGC-G-------C-C----TT---ATT--GA-C--T--T--A--AC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGACT--TG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaA-TGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTG--TT--ACCTCCTGCG-GAG-GAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGGAA-CTAA--------------------------AG-CCGC--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG-TC-----CA-C-A----A--C-A--AAT-TAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACGC-T-AA---T---GG-AAAGAG-TTT-TT----GA-----G-TTT-CCT--TTCTGCTAAAGT-TTTT----AGAAAA---A--CA-ATG-A-ATATTAT-A-CGGGAGA-GC-AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAAT-TA-T-TC--ATCGAAG-TTG-AATGTAAG--A-TTATA-A--TTA-TT---T-C-ACTC-CGAA-A-AT-G-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatTTTTGT-AAAATATG-T-GTAAATCGAAGGTT--AATGC--A--A-TT-T--AATTCA-GTGTATGT-ACTCTC--A-ATATTG-TTATT---------AT--TACC-----TTAG-TTCGCT-CT-T-TA-ATATGG--G-------C-CAATTTT---ATTCTGAGC--TGCTT-AGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GAT----ACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAA--CCAA------A-TACT-G-GTGTG------TTTTG-T--A-AAGTTCCA---T-TACACTCT
gi|9 : agT-T-GTGT-------ATTAGAT--T-A----TTA---T-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11 11 11 222 11 222222 222222222 333333 11 222 22222 1 1 11 111 11 11 11 44444444 111111 11 11111 33333333333 1 1 222222 22 1 111 1 111 1 2222 22 2222 222222 111 111111111 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 111 11111 222222 111111 11 44444444444444444444444444444 1111111 33333333333 11 11 22222222222222 1 11111 11111111 22222222 11 1111 11 1111111111 1 1 111111 1111 11 777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333 11 3333333333333 1111 222222 1 1111 111111 111111111 33333333333333333333 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 66 1 1 1 88 999 66 77 88 1 1 1 111 1 1 1 66 1 1 888888 1 22 666666666 000000 88 111 77777 1 5 5 77 999 33 7 22 33 66666666 999999 3 33 88888 99999999999 0 2 0 2 222222 33 0 777 0 777 0 1111 33 8888 666666 8 111 777777777 6666666 666666666666666 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 222 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 777777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 4444444 999999 8 4 44 4 4 8 66 66666666666 66 00 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 11111 5 888 888 44444444 5 888 99999999 5 66 55 11 0000 5 888 11 5 5 5 5 2222222222 5 5 5 5 55 888 66 5 5 1 5 1 5 444444 6 9999 00 55 0 555555555555555555555555555555555555555555 5 5 00000000000000000000 5 77 5 77 77 33 1111111111111 2222 333333 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 99 111111 8 666666666 4 777 4 66 33333333333333333333 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. ... .. . .. .. ........ ...... . .. ..... ........... . . . . ...... .. . ... . ... . .... .. .... ...... . ... ......... ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . ... . . . ..... . .... . . . . ...... . . . . ...... .. . ... . ............................. ....... ...... . . .. . . . .. ........... .. .. .. .. .............. . .. .. . . . . . . ..... . ... ... ........ . ... ........ . .. .. .. .... . ... .. . . . . .......... . . . . .. ... .. . . . . . . ...... . .... .. .. . .......................................... . . .................... . .. . .. .. .. ............. .... ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. ...... . ......... . ... . .. .................... . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 55 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 0 000 0 0 0 55 0 0 555555 0 00 000000000 000000 55 000 00000 0 0 0 55 000 00 0 55 88 22222222 000000 2 88 55555 55555555555 0 5 0 5 222222 88 0 000 0 555 0 2222 88 0000 222222 0 000 444444444 0000000 888888888888888 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 444 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 000000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 1111111 444444 9 4 66 4 4 9 11 33333333333 11 66 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 44444 0 888 888 55555555 0 888 44444444 0 99 11 99 6666 0 888 99 0 0 0 0 0000000000 0 0 0 0 22 888 99 0 7 4 7 7 5 333333 7 7777 77 99 1 888888888888888888888888888888888888888888 7 7 99999999999999999999 7 99 7 99 99 66 4444444444444 1111 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 7 55 555555 0 666666666 4 888 4 11 33333333333333333333 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC--------GACGTCAA--C-TTCCTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GNTGTG-GTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA-TTTT-ACTCTC--A-AATG-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC--------GACGTCAA--C-TCCCTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCG---GNTGTG-GTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA-TTTT-ACTCTC--A-AATG-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTA-GAACATTATTCTTACAG--TCTATACTTGGGCAACGA--C-T-CCTAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAG-CCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTCGT--TTTGTG-GTACTC-TGCCCTATTAT-TCTTAAAGCA--------GAG-ATCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACAA-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTG--T--AA--TCCTGCG-GA-GAAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAG-T--TAAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG-TCGCGGA-CAA-GCTAC-CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-AA---T---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAAGATTTT-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---AACCA-AT--A-ACATT--T-A-C---GG-A-GAA-GCGAAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTATT-TTAAACTGAAGTTG-AATGC--T--ATTT-T--ATCA-TTT---CTCTCGAG-AGTGATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGTTTTGCTGTTATGTTGAG-TGGGTGC-CGCATCTTTTATT--TGA-CTGT--TT--AACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CGA------ATGACTGTGTATG-GTG-T---A-TAGTTG-------C--A-A-------T-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTG--T---ACCTCCTGCG-GA-GAAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-C--C--AGCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG-TC-C--A-C-A-ACAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : T-AA---T---GG-A---AAGTTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGT-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ATA-TTAT-A-C---GG-A-G-A-GCA-AAA---TAG--ATCTA-TTTTGT-AAAATTA-T-TCAATCCGAAGTTG-AATG---TAAA-TT-A--ATTA-TTTTCACTCCG--A-AA
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTAT--TACCT-----G-TA-AGAAAACTA-CATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGTT--T--AAC------ACTCA-TA-T-GCGCG-TC-C--A-CAA-GC-AG-CA--GA--TTT--GCGACa
gi|13 : ATAA--CAA------ATGAC------TA-ATG-TTGTA-T--TTG------------A----TTGTGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tgTTGCT-TTAT-TT-AT-GGC--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------a
gi|15 : cg-A----TAGT-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagtGTCATAA--CAACGACTAA-GAC------TTCGTG-T---A-T--TTGAAATTTTTGAA-A----TTGT-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--CAA------A-G-C------TG-GT------A-T--TTG-------T--A------TC-T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTC--TTA-ACT-A----CAA-TATCATAATCCAA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATAT------TCTG--TAAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATT-TTGAAATTGAAAGAACACTA-TC-TACAG--TC--------GATGTCAAGCC-TTCCT-A--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC---GAAA-AAAAAA---CTGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCA---GATGTG-GTAC-A-TGCCCTA-TATATA-AAAAACA-------GGAG-GT-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGACAC-G-AATATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTG--TTGTACCT-CTGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGG-AAC-----------------------------AG-T--T--AGCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-CCAC--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGA-CC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-AT---T---GG-A---AC-TTTGTT---AA------T-TTT-TCG--TTCTAC-AAAG--TTT--------AAA---A--CA-TAG-ATACA-T--T-AGC---GG-ATG-A-GCG-AAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAATTA-TATTAA--CGAAGTTGAAATGC--T--A-TT-T--ATCA--TTT-ACTCTC--ATGATG-TC--T---------AT--TATA------GCG-AGTGC--TTAT-TC-AT-TGG--GC-C-------CTT-T--TGA-T--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTT--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TC-GTGTT---A-T--TTT-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTC-TACAAGTTCA-------GATGTCAA--CCTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-AC-------TAGACTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCAC--TGAAG-AAAAAA---TTGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCCG---CGTCTGTGTAC-CCTGTCTTA-T---TA-AAAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATT-CGAA-C-G-AAT-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TACCTCCTGTG-GA-G--AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--A-CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG-TC-C--A-A-A-GCAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT---AA------TCTTT-CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-T-C---GA-C-G-A-GCG--AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAATTATT-TTAAACCGAAGTTGAATTGC--T--A-TT-TA-ATCA-TTTT-ACTCTA--C-AATG-TCATT----------T--TATA-----TTCG--TTGCT-TTAT-TT-A--TGGCCGC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TTA-AAC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCAT-A--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-A--TTG-------T--ACA----TTCT-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCCGTTGGGGGCG-GTAC-C-TGCCCTA-GTT-CA-AAAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AAC-TTTCA--CCATT-CGAAAC-GTAATATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG------ACCTCCTGCG-GA-GAAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGG-AAC--A--------------------------AG-T--TTAAGCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG-TC-C--AAC-AAGC-AACCA--AA--TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--G-CT-AA---TTTGGA-A---AC-TTT-TT---AA------T-TTTTCCG--TTCTAC-AAAG--TTTTTAATAG-AAA---AA-CAGATG-A-ACA-T--TTA-C---GG-A-G-A-TCG-AAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAATTA-T-TTAAACCGAAGTTGAATTGC--T--A-TT-TTAATCATTTTT-ACTCTC--A-ACTG-TCA-T---------ATTGTATA-----CTGT-TTTGCT-TTAT-TT-AT------GCGC-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTC--TTA-ACTAA----CAC-TGTTATAA--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATT-G---AAATGAAG-AACATCATT--TACAG--TC--------AACGTCAA--C-CTCCTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCC----GTTGTG-GTAC-C-TGCCCT--TAT-TT-AAAACCA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-C-TTTCA--CCA-TTCG-AAC-A-AATATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TA-CTCCTGCGCGA-GAAAA--TACAATAGG--AC--------G-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTC-C--A-CAA-GCAA--CAAGAA--TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--G-CTAAA---T---GGAA---AC-TTT-TT---AATT----T-TTT-CCG--TT-TAC-AAA---TTTT----AG-AAAAACA--CA-ATGAA-ACA-T--T-A-C---GGAA-G-ATGCG-AAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTG--T---ACATCATGCG-AA-TAAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGG-GACA-A--------------------------AA-G--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-G--A------------A--AAGCTAC----AATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T---AA--------------G--TTC-------------T----AG-AAA---A--CA-ATG-A-------------------A-A-A-GTA-AAC---AAG--GAC--TTTTTGT----ATTA-T-TGAAACC
gi|6 : gcgTACT-TTAT-TT--T-TGGC-GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--T---AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGAC--TTG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaATGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GGAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGG-AACTAA--------------------------AG-CCGC--AGCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG-TC-C--A-C-A----A--CA--AAT-TAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACG-CT-AA---T---GG-AAAGAG-TTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGCTAAAGT-TTTT----AGAAAA---A--CA-ATG-A-ATA-T--T-A-TACGGG-A-G-A-GC--AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAATTA-T-TC--ATCGAAGTTG-AATGTAAG--A-TTATA-ATTA-TTTC-ACTC-CGAA-AATG-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatT-T--ATTA---TT-AC-CTT--A----G-T---------------------------TCG-CT--CT-TTA-----ATATGG--GC-CAATT---TTA-TTCTGAGC--TGCTTAGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GA----TACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAAC-CAA------A-TAC------TG-GTG-T---GTT--TTG-------T--A-AAGTTCCAT-TACACTCT
gi|9 : agttttgtaaaatatgtgtaaatcgaaggttaatgcaatttaattcagtgtatgtactctcaatattg------TT-GTG-T---A-T--TAGA------T--T-A----TTAT-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11 11 11 222 11 222222 222222222 333333 11 222 22222 1 1 11 111 11 111 11 222222222 111111 1 11 11111 33333333333 1 1 222222 22 1 111 1 111 1 2222 22 2222 333333 111 111111111 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 111 11111 222222 111111 11 44444444444444444444444444444 1111111 33333333333 11 11 22222222222222 1 11111 11111111 22222222 11 1111 11 1111111111 1 1 11111 1111 1111111 1111 4444444444444444444444444444 33333333333333333333 11 3333333333333 1111 222222 1 1111 111111 111111111 33333333333333333333 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 66 1 1 1 88 999 66 77 88 1 1 1 111 1 1 1 66 1 1 888888 1 22 666666666 000000 88 111 77777 1 5 5 77 999 33 555 33 888888888 999999 0 3 33 88888 99999999999 0 2 0 2 222222 33 0 777 0 777 0 1111 33 8888 111111 111 777777777 6666666 666666666666666 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 222 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 777777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 4444444 999999 8 4 44 4 4 8 66 66666666666 66 00 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 11111 5 888 888 44444444 5 888 99999999 5 66 55 11 0000 5 888 11 5 5 5 5 2222222222 5 5 5 5 55 888 66 5 5 5 0 5 0 5 5 33333 5 9999 77 77 2222222 0 8888 5 6 6 5 3333333333333333333333333333 5 5 00000000000000000000 5 77 5 77 77 33 1111111111111 2222 333333 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 99 111111 8 666666666 4 777 4 66 33333333333333333333 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. ... .. ... .. ......... ...... . . .. ..... ........... . . . . ...... .. . ... . ... . .... .. .... ...... ... ......... ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . ... . . . ..... . .... . . . . ...... . . . . ...... .. . ... . ............................. ....... ...... . . .. . . . .. ........... .. .. .. .. .............. . .. .. . . . . . . ..... . ... ... ........ . ... ........ . .. .. .. .... . ... .. . . . . .......... . . . . .. ... .. . . . . . . . . ..... . .... .. .. ....... . .... . . . . ............................ . . .................... . .. . .. .. .. ............. .... ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. ...... . ......... . ... . .. .................... . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 55 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 0 000 0 0 0 55 0 0 555555 0 00 000000000 000000 55 000 00000 0 0 0 55 000 00 888 88 222222222 888888 0 2 88 55555 55555555555 0 5 0 5 222222 88 0 000 0 555 0 2222 88 0000 666666 000 444444444 0000000 888888888888888 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 444 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 000000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 1111111 444444 9 4 66 4 4 9 11 33333333333 11 66 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 44444 0 888 888 55555555 0 888 44444444 0 99 11 99 6666 0 888 99 0 0 0 0 0000000000 0 0 0 0 22 888 99 0 0 0 0 0 4 7 4 99999 7 7777 99 11 6666666 1 0000 7 7 7 6 8888888888888888888888888888 7 7 99999999999999999999 7 99 7 99 99 66 4444444444444 1111 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 7 55 555555 0 666666666 4 888 4 11 33333333333333333333 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GN-TGTGGTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAC-----GTCAA--C--TTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GN-TGTGGTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTA-GAACATTATTCTTACAG--TC-TATACTTGGGCAA--CGACTC-CTAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAG-CCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTCGT--TT-TGTGGTACTC-TGCCCTATTAT-TCTTAAAGCA--------GAG-ATCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACAA-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTG--T--AA--TCCTGCG-GA-GAAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAG-T--TAAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG-TCGCGGA-CAA-GCTAC-CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-AA---T---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAAGATTTT-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---AACCA-AT--A-ACATT--T-A-C---GG-A-GAA-GCGAAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACTGAAG-TTG-AATGC--T--ATTT-T--A--TCA-TT---T----CTCTCGAG-A-GT-GATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGTTTTGCTGTTATGTTGAG-TGGGTGC-CGCATCTTTTATT--TGA-CTGT--TT--AACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CGA------ATGACTGTGTATG-GTG-T---A-TAGTTG-------C--A-A-------T-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTG--T---ACCTCCTGCG-GA-GAAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-C--C--AGCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG-TC-C--A-C-A-ACAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : T-AA---T---GG-A---AAGTTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGT-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ATA-TTAT-A-C---GG-A-G-A-GCA-AAA---TAG--ATCTA-TTTTGT-AAAAT-TA-T-TCAATCCGAAG-TTG-AATG---TAAA-TT-A--A--TTA-TT---T-TCACTCCG--A-A-A
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTAT--TACCT-----G-TA-AGAAAACTA-CATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGTT--T--AAC------ACTCA-TA-T-GCGCG-TC-C--A-CAA-GC-AG-CA--GA--TTT--GCGACa
gi|13 : ATAA--CAA------ATGAC------TA-ATG-TTGTA-T--TTG------------A----TTGTGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tgTTGCT-TTAT-TT-AT-GGC--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------a
gi|15 : cg-A----TAGT-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagtGTCATAA--CAACGACTAA-GAC------TTCGTG-T---A-T--TTGAAATTTTTGAA-A----TTGT-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--CAA------A-G-C------TG-GT------A-T--TTG-------T--A------TC-T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTC--TTA-ACT-A----CAA-TATCATAATCCAA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATT-TTGAAATTGAAAGAACACTAT-C-TACAG--TC-GAT-----GTCAAGCC--TTC-CT-A--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC---GAAA-AAAAAA---CTGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCA---GA-TGTGGTAC-A-TGCCCTA-TATATA-AAAAACA-------GGAG-GT-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGACAC-G-AATATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTG--TTGTACCT-CTGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGG-AAC-----------------------------AG-T--T--AGCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-CCAC--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGA-CC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-AT---T---GG-A---AC-TTTGTT---AA------T-TTT-TCG--TTCTAC-AAAG--TTT--------AAA---A--CA-TAG-ATACA-T--T-AGC---GG-ATG-A-GCG-AAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAAT-TA-TATTAA--CGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA--T---T-T-ACTCTC--ATG-AT-G-TC--T---------AT--TATA------GCG-AGTGC--TTAT-TC-AT-TGG--GC-C-------CTT-T--TGA-T--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTT--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TC-GTGTT---A-T--TTT-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTC-TACAAGTTCAGAT-----GTCAA--C--CTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-AC-------TAGACTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCAC--TGAAG-AAAAAA---TTGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCCGC--GTCTGTG-TAC-CCTGTCTTA-T---TA-AAAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATT-CGAA-C-G-AAT-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TACCTCCTGTG-GA-G--AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--A-CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG-TC-C--A-A-A-GCAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT---AA------TCTTT-CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-T-C---GA-C-G-A-GCG--AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TA-A--TCA-TT---T-T-ACTCTA--C-A-AT-G-TCATT----------T--TATA-----TTCG--TTGCT-TTAT-TT-A--TGGCCGC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TTA-AAC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCAT-A--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-A--TTG-------T--ACA----TTCT-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCCGTTGGG-GGCGGTAC-C-TGCCCTA-GTT-CA-AAAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AAC-TTTCA--CCATT-CGAAAC-GTAATATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG------ACCTCCTGCG-GA-GAAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGG-AAC--A--------------------------AG-T--TTAAGCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG-TC-C--AAC-AAGC-AACCA--AA--TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--G-CT-AA---TTTGGA-A---AC-TTT-TT---AA------T-TTTTCCG--TTCTAC-AAAG--TTTTTAATAG-AAA---AA-CAGATG-A-ACA-T--TTA-C---GG-A-G-A-TCG-AAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TTAA--TCATTT---T-T-ACTCTC--A-A-CT-G-TCA-T---------ATTGTATA-----CTGT-TTTGCT-TTAT-TT-AT------GCGC-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTC--TTA-ACTAA----CAC-TGTTATAA--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATT-G---AAATGAAG-AACATCATT--TACAG--TC-AAC-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCCGT-----TGTGGTAC-C-TGCCCT--TAT-TT-AAAACCA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-C-TTTCA--CCA-TTCG-AAC-A-AATATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TA-CTCCTGCGCGA-GAAAA--TACAATAGG--AC--------G-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTC-C--A-CAA-GCAA--CAAGAA--TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--G-CTAAA---T---GGAA---AC-TTT-TT---AATT----T-TTT-CCG--TT-TAC-AAA---TTTT----AG-AAAAACA--CA-ATGAA-ACA-T--T-A-C---GGAA-G-ATGCG-AAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTG--T---ACATCATGCG-AA-TAAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGG-GACA-A--------------------------AA-G--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-G--A------------A--AAGCTAC----AATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T---AA--------------G--TTC-------------T----AG-AAA---A--CA-ATG-A-------------------A-A-A-GTA-AAC---AAG--GAC--TTTTTGT----AT-TA-T-TGAAACC
gi|6 : gcgTACT-TTAT-TT--T-TGGC-GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--T---AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGAC--TTG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaATGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GGAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGG-AACTAA--------------------------AG-CCGC--AGCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG-TC-C--A-C-A----A--CA--AAT-TAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACG-CT-AA---T---GG-AAAGAG-TTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGCTAAAGT-TTTT----AGAAAA---A--CA-ATG-A-ATA-T--T-A-TACGGG-A-G-A-GC--AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAAT-TA-T-TC--ATCGAAG-TTG-AATGTAAG--A-TTATA-A--TTA-TT---T-C-ACTC-CGAA-A-AT-G-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatTTTTGT-AAAATATG-T-GTAAATCGAAGGTT--AATGC--A--A-TT-T--AATTCA-GTGTATGT-ACTCTC--A-ATATTG-TTATT---------AT--TACC-----TTAG-TTCGCT-CT-T-TA-ATATGG--GC-CAATT---TTA-TTCTGAGC--TGCTTAGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GA----TACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAAC-CAA------A-TAC------TG-GTG-T---GTT--TTG-------T--A-AAGTTCCAT-TACACTCT
gi|9 : ag------TT-GTG-T---A-T--TAGA------T--T-A----TTAT-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11 11 11 222 11 222222 222222222 333333 11 222 22222 1 1 11 111 11 111 11 11 22222 11111 1 11 11111 33333333333 1 1 222222 22 1 111 1 111 1 2222 22 2222 333333 111 111111111 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 111 11111 222222 111111 11 44444444444444444444444444444 1111111 33333333333 11 11 22222222222222 1 11111 11111111 22222222 11 1111 11 1111111111 1 1 11111 1111 1111111 1111 4444444444444444444444444444 33333333333333333333 11 3333333333333 1111 222222 1 1111 111111 111111111 33333333333333333333 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 66 1 1 1 88 999 66 77 88 1 1 1 111 1 1 1 66 1 1 888888 1 22 666666666 000000 88 111 77777 1 5 5 77 999 33 555 33 00 55555 77777 0 3 33 88888 99999999999 0 2 0 2 222222 33 0 777 0 777 0 1111 33 8888 111111 111 777777777 6666666 666666666666666 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 222 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 777777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 4444444 999999 8 4 44 4 4 8 66 66666666666 66 00 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 11111 5 888 888 44444444 5 888 99999999 5 66 55 11 0000 5 888 11 5 5 5 5 2222222222 5 5 5 5 55 888 66 5 5 5 0 5 0 5 5 33333 5 9999 77 77 2222222 0 8888 5 6 6 5 3333333333333333333333333333 5 5 00000000000000000000 5 77 5 77 77 33 1111111111111 2222 333333 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 99 111111 8 666666666 4 777 4 66 33333333333333333333 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. ... .. ... .. .. ..... ..... . . .. ..... ........... . . . . ...... .. . ... . ... . .... .. .... ...... ... ......... ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . ... . . . ..... . .... . . . . ...... . . . . ...... .. . ... . ............................. ....... ...... . . .. . . . .. ........... .. .. .. .. .............. . .. .. . . . . . . ..... . ... ... ........ . ... ........ . .. .. .. .... . ... .. . . . . .......... . . . . .. ... .. . . . . . . . . ..... . .... .. .. ....... . .... . . . . ............................ . . .................... . .. . .. .. .. ............. .... ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. ...... . ......... . ... . .. .................... . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 55 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 0 000 0 0 0 55 0 0 555555 0 00 000000000 000000 55 000 00000 0 0 0 55 000 00 888 88 22 00000 55555 0 2 88 55555 55555555555 0 5 0 5 222222 88 0 000 0 555 0 2222 88 0000 666666 000 444444444 0000000 888888888888888 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 444 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 000000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 1111111 444444 9 4 66 4 4 9 11 33333333333 11 66 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 44444 0 888 888 55555555 0 888 44444444 0 99 11 99 6666 0 888 99 0 0 0 0 0000000000 0 0 0 0 22 888 99 0 0 0 0 0 4 7 4 99999 7 7777 99 11 6666666 1 0000 7 7 7 6 8888888888888888888888888888 7 7 99999999999999999999 7 99 7 99 99 66 4444444444444 1111 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 7 55 555555 0 666666666 4 888 4 11 33333333333333333333 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GN-TGTGGTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GN-TGTGGTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTA-GAACATTATTCTTACAG--TC-TATACTTGGGCAA--CGACTC-CTAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAG-CCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTCGT--TT-TGTGGTACTC-TGCCCTATTAT-TCTTAAAGCA--------GAG-ATCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACAA-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTG--T--AA--TCCTGCG-GA-GAAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAG-T--TAAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG-TCGCGGA-CAA-GCTAC-CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-AA---T---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAAGATTTT-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---AACCA-AT--A-ACATT--T-A-C---GG-A-GAA-GCGAAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACTGAAG-TTG-AATGC--T--ATTT-T--A--TCA-TT---T----CTCTCGAG-A-GT-GATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGTTTTGCTGTTATGTTGAG-TGGGTGC-CGCATCTTTTATT--TGA-CTGT--TT--AACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CGA------ATGACTGTGTATG-GTG-T---A-TAGTTG-------C--A-A-------T-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTG--T---ACCTCCTGCG-GA-GAAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-C--C--AGCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG-TC-C--A-C-A-ACAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : T-AA---T---GG-A---AAGTTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGT-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ATA-TTAT-A-C---GG-A-G-A-GCA-AAA---TAG--ATCTA-TTTTGT-AAAAT-TA-T-TCAATCCGAAG-TTG-AATG---TAAA-TT-A--A--TTA-TT---T-TCACTCCG--A-A-A
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTAT--TACCT-----G-TA-AGAAAACTA-CATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGTT--T--AAC------ACTCA-TA-T-GCGCG-TC-C--A-CAA-GC-AG-CA--GA--TTT--GCGACa
gi|13 : ATAA--CAA------ATGAC------TA-ATG-TTGTA-T--TTG------------A----TTGTGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tgTTGCT-TTAT-TT-AT-GGC--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------a
gi|15 : cg-A----TAGT-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagtGTCATAA--CAACGACTAA-GAC------TTCGTG-T---A-T--TTGAAATTTTTGAA-A----TTGT-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--CAA------A-G-C------TG-GT------A-T--TTG-------T--A------TC-T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTC--TTA-ACT-A----CAA-TATCATAATCCAA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATT-TTGAAATTGAAAGAACACTAT-C-TACAG--TC-GAT-----GTCAAGCC--TTC-CT-A--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC---GAAA-AAAAAA---CTGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCA---GA-TGTGGTAC-A-TGCCCTA-TATATA-AAAAACA-------GGAG-GT-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGACAC-G-AATATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTG--TTGTACCT-CTGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGG-AAC-----------------------------AG-T--T--AGCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-CCAC--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGA-CC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-AT---T---GG-A---AC-TTTGTT---AA------T-TTT-TCG--TTCTAC-AAAG--TTT--------AAA---A--CA-TAG-ATACA-T--T-AGC---GG-ATG-A-GCG-AAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAAT-TA-TATTAA--CGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA--T---T-T-ACTCTC--ATG-AT-G-TC--T---------AT--TATA------GCG-AGTGC--TTAT-TC-AT-TGG--GC-C-------CTT-T--TGA-T--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTT--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TC-GTGTT---A-T--TTT-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTC-TACAAGTTCAGAT-----GTCAA--C--CTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-AC-------TAGACTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCAC--TGAAG-AAAAAA---TTGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCCGC--GTCTGTG-TAC-CCTGTCTTA-T---TA-AAAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATT-CGAA-C-G-AAT-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TACCTCCTGTG-GA-G--AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--A-CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG-TC-C--A-A-A-GCAA--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT---AA------TCTTT-CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-T-C---GA-C-G-A-GCG--AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TA-A--TCA-TT---T-T-ACTCTA--C-A-AT-G-TCATT----------T--TATA-----TTCG--TTGCT-TTAT-TT-A--TGGCCGC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TTA-AAC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCAT-A--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-A--TTG-------T--ACA----TTCT-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCCGTTGGG-GGCGGTAC-C-TGCCCTA-GTT-CA-AAAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AAC-TTTCA--CCATT-CGAAAC-GTAATATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG------ACCTCCTGCG-GA-GAAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGG-AAC--A--------------------------AG-T--TTAAGCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG-TC-C--AAC-AAGC-AACCA--AA--TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--G-CT-AA---TTTGGA-A---AC-TTT-TT---AA------T-TTTTCCG--TTCTAC-AAAG--TTTTTAATAG-AAA---AA-CAGATG-A-ACA-T--TTA-C---GG-A-G-A-TCG-AAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAATTGC--T--A-TT-TTAA--TCATTT---T-T-ACTCTC--A-A-CT-G-TCA-T---------ATTGTATA-----CTGT-TTTGCT-TTAT-TT-AT------GCGC-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTC--TTA-ACTAA----CAC-TGTTATAA--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATT-G---AAATGAAG-AACATCATT--TACAG--TC-AAC-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCCGT-----TGTGGTAC-C-TGCCCT--TAT-TT-AAAACCA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-C-TTTCA--CCA-TTCG-AAC-A-AATATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG-----TA-CTCCTGCGCGA-GAAAA--TACAATAGG--AC--------G-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTC-C--A-CAA-GCAA--CAAGAA--TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--G-CTAAA---T---GGAA---AC-TTT-TT---AATT----T-TTT-CCG--TT-TAC-AAA---TTTT----AG-AAAAACA--CA-ATGAA-ACA-T--T-A-C---GGAA-G-ATGCG-AAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTG--T---ACATCATGCG-AA-TAAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGG-GACA-A--------------------------AA-G--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-G--A------------A--AAGCTAC----AATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T---AA--------------G--TTC-------------T----AG-AAA---A--CA-ATG-A-------------------A-A-A-GTA-AAC---AAG--GAC--TTTTTGT----AT-TA-T-TGAAACC
gi|6 : gcgTACT-TTAT-TT--T-TGGC-GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--T---AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGAC--TTG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaATGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GGAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGG-AACTAA--------------------------AG-CCGC--AGCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG-TC-C--A-C-A----A--CA--AAT-TAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACG-CT-AA---T---GG-AAAGAG-TTT-TT---GA------G-TTT-CCT--TTCTGCTAAAGT-TTTT----AGAAAA---A--CA-ATG-A-ATA-T--T-A-TACGGG-A-G-A-GC--AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAAT-TA-T-TC--ATCGAAG-TTG-AATGTAAG--A-TTATA-A--TTA-TT---T-C-ACTC-CGAA-A-AT-G-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatTTTTGT-AAAATATG-T-GTAAATCGAAGGTT--AATGC--A--A-TT-T--AATTCA-GTGTATGT-ACTCTC--A-ATATTG-TTATT---------AT--TACC-----TTAG-TTCGCT-CT-T-TA-ATATGG--GC-CAATT---TTA-TTCTGAGC--TGCTTAGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GA----TACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAAC-CAA------A-TAC------TG-GTG-T---GTT--TTG-------T--A-AAGTTCCAT-TACACTCT
gi|9 : ag------TT-GTG-T---A-T--TAGA------T--T-A----TTAT-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT
blockSeqs : AG T G C . GAA A . AT G A A GAA C C G AG G G C T TT AG . . . . A C . . TT AG TC GT AG . GCC A A AT GAAA TAGA G C . G TCC C C T . . . AACC GA AT TTGGG CC ATATATA CGGGGGG GATAAAAAAAATTT CCC AC A . TT A . A . . T T GT A C G CCT T TGC G T . C TATT C C C G ATTACC TT A GAC . TAA TTTA TGG T . T T T A . ACAAGCAAC AG GC GA AA CAGGCCCC A AT TA G A A T C A ACGC A ATT TTG AAAGAG G . TTT T TT TA TT TAAT A AAC A G A T . TATACG A T . T A AAA AA T A A T A G A TAA . TTA AT TT GTATGT GAA T T . T ATTGTATACTGTT . . ATATGGGCCAATT . TC G . GC AG . . A GC TT T A T AC G A TG C A GTGC T TC CGACTA T TTC T TGT T . AAATTTTTGAAATTG G AT . CCTCG TTCT G CG . ACATATT C C ACCGATTCTGTAAAGGA T AC ATT G CA A GT GGG CT GTGC
blockSeqs : G GA C . G . C . A . A TA . C . G T . . T . . . . T . CGTC A AGTTCA . GTA . . C . . C . . . . T T G A . . TGC . AT . T . . TTGT C C . . AATATC TA . AC . TA CCGC CG G . A . . . . CAAGCAG . T T T CAGGCCT . . G A G . . . . GC . . . AAAG . . TC . . A T . . . . . . . . TATAC . . . . G . . T . . . . . A AAG . ATA . T TTC AT . . . T ATTACCTTAGT . . ATGGCCGCC . . . . . A . . T . TC . . . A . T . . . . . C . . TA . . . . TAAAGTTCCA . . . TTAT GA . . . CCGA . . G . A . . . . . . . AG
blockSeqs : G T . A . C . . . A TA . C . . T . . . . . . . . . GA C TATTT . ATA . . C . . . . . . . T . G A . . T . T . . . . TT C C . . ACTAC . . AG . TA TTT TG . . G . . . . CAAGCAA . . . A C . . A C . . . . . GC . . . AAAC . . G . . A . . . . . . . . . TAGC . . . . G . . T . . . . . A T . TA . T TT A . . . . ATTATAGCGA . . ATGGCGCC . . . . . . . . A . T . . . A . . . . . . . . . . TG . . . . TACATTC . . . TCC . . . . C . . G . . . . . . . . . G
blockSeqs : . T C ATTA . TA . . . . . . . . . . . . A G . . T . T . . . . T C C . . ATTAC . . AC . TA CC TG . . G . . . . CAACAA . . . A C . . A C . . . . . GC . . . AAC . . T . . A . . . . . . . . . TTAC . . . . G . . T . . . . . . T . A . T TT C . . . . TTATATTCG . . ATTGGGCC . . . . . . . . A . T . . . A . . . . . . . . . . TC . . . . ATTATTA . . . CCC . . . . C . . C . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . T . T . . . . T C C . . TAAC . . AC . TA TT TG . . G . . . . AAGCAA . . . A C . . A C . . . . . G . . . AAA . . T . . A . . . . . . . . . TTC . . . . G . . . . . . . . . T . T . G TT A . . . . . TTGGCGCC . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . TG . . . . TAATCA . . . TTC . . . . C . . A . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . T . A . . . . T C C . . TTAC . . AC . AA TT CG . . G . . . . CAGCA . . . G C . . A G . . . . . . . . . AAC . . G . . . . . . . . . . . . TAC . . . . A . . . . . . . . . A . T . . TC A . . . ATGCGC . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . TT . . . . TAATCA . . . CC . . . . C . . G . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . T . . . . T C . . . TACA . . A . A TT CG . . G . . . . CAA . . . . C . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . ATTG . . . CC . . . . C . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTAC . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TATC . . . CC . . . . C . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . CC . . . . T . . G . .
blockSeqs : . . . CC . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** N***** C** ATTA***** GTA************ ** ** G** TT**** AC* TA*************************** TT***** CG**** G* ** CAAGCAA**** A* GC*** *** N******* ** TATAC***** G* TT***** A*** ATTATATTNGC***************** ATGGCGCC************ ** ************* **** A***** T** A*** TN******* ** TAATCG************** *** G***************** G****
originalCons : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGT--GN-TGTGGTAC-C-TGCCCTA-TAT-TA-AAAAACA-------GGAG-AT-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAAC-G-AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG--T--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGG-AACT-A--------------------------AG-T--T--AGCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-C-A-GC-A--CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G-CT-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AA------T-TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-T--T-A-C---GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-AT-G-TCATT---------AT--TATA-----CTCG-TTTGCT-TTAT-TT-AT-TGG--GC-C-------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
finalCons : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATT-GTGAAAATGAAGGAACATTATTC-TACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-AC-------TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC--TGAAG-AAAAAA---CTGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCCGN-----TGTGGTACC--TGCCCTATTA-----AAAAACA-------GGAGGTA------------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-C-TTTCA--CCATTTCGAAACG--AATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTGTT----ACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AGAC-CGG-AACTA---------------------------AGTT-----AGCCG----AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--ACAAGCAA----CA--AA--TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--TA-CACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-TGC---T-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT---AAN-------TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACA-TTATAC-----GG-A-G-A-GCG-AAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTAAACCGAAG-TTGAAATGC--T--A-TT-T--A--TCA-TTTT-----ACTCTCA---A-AT-G-TCATTATTATATTNGC-----------------TTGCT-TTAT-TTATGGCGCC------------TTA-T--TGA-C--T--TT--AAC-------------TTGC----GCCAAA-----T--TTAT--TATG-CT-G-CCTTTA---T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GACTN-------GTG-T---A-T--TTGTAATCG--------------T-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGTG-----------------A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTGG----ATTTT
Alignments
lowQualScore : 11 11 111 11 11 11 222 11 222222 222222222 333333 11 222 22222 1 1 11 22 1 1 11 11 22222 11111 1 222 333333333333333333 1 1 222222 22 1 11 1 111 1 2222 22 2222 222222222222 111 1111111111111 2222222 333333333333333 111 11 11 1 11 11 1 11111 2222 111111 11 44444444444444444444444444444 11111 11 22222222222222 1 11111 11111111 1111 33333333 11 1111 11 1111 1 111 11111 2222 1111111 111111111 55555555555555555555555555555 2222222222222222 11 11 3333333333333 1111 111111 1 1111 111111 111111111 33333333333333333333 111111 1111 1111111111 222222222222222222 1 111 11111
lowQualScore : 66 1 1 1 88 999 66 77 88 1 1 1 111 1 1 1 66 1 1 888888 1 22 666666666 000000 88 111 77777 1 5 5 77 00 9 55 0 33 00 55555 77777 0 000 999999999999999999 0 2 0 2 222222 33 0 3 33 0 777 0 1111 33 8888 8 444444444444 111 8 9999999999999 6666666 999999999999999 444 11 8 8 0 11 6 11 8 8 11 6 0 0 0 8 6 1 5 5 00000 5 9999 4 8 4 4 7777 1 1 4 4 888888 22 4 444 4 99999999999999999999999999999 11111 66 999999 8 4 44 4 4 4 66 88 4 4 4 66 4 00 77 00000000000000 5 66 55 5 0 5 5 5 5 00000 5 888 888 44444444 5 0000 00000000 5 66 55 11 0000 5 888 11 5 5 5 7777 5 5 5 0 0 333 66 5 5 5 5 5 5 0 5 8 5 33333 5555 77 77 2222222 0 333333333 6 6 5 22222222222222222222222222222 5 5 5 77 77 0 2222222222222222 77 5 5 55 33 1111111111111 2222 5 666666 77 777 5 5 5 9999 5 0 0 66 5 5 0000 5 99 111111 8 666666666 4 777 4 66 33333333333333333333 3 55 666 666666 2222 3 55 3 2222222222 3 3 999999999999999999 3 88 777 5 77 1 77 000 77 11111
lowQualScore : .. . . . .. ... .. .. .. . . . ... . . . .. . . ...... . .. ......... ...... .. ... ..... . . . .. .. . .. . .. .. ..... ..... . ... .................. . . . . ...... .. . . .. . ... . .... .. .... . ............ ... . ............. ....... ............... ... .. . . . .. . .. . . .. . . . . . . . . . ..... . .... . . . . .... . . . . ...... .. . ... . ............................. ..... .. ...... . . .. . . . .. .. . . . .. . .. .. .............. . .. .. . . . . . . ..... . ... ... ........ . .... ........ . .. .. .. .... . ... .. . . . .... . . . . . ... .. . . . . . . . . . . ..... .... .. .. ....... . ......... . . . ............................. . . . .. .. . ................ .. . . .. .. ............. .... . ...... .. ... . . . .... . . . .. . . .... . .. ...... . ......... . ... . .. .................... . .. ... ...... .... . .. . .......... . . .................. . .. ... . .. . .. ... .. .....
lowQualScore : 55 0 0 0 00 555 55 55 55 0 0 0 000 0 0 0 55 0 0 555555 0 00 000000000 000000 55 000 00000 0 0 0 55 77 0 88 0 88 22 00000 55555 0 888 000000000000000000 0 5 0 5 222222 88 0 2 88 0 555 0 2222 88 0000 0 000000000000 000 0 4444444444444 0000000 444444444444444 000 00 8 0 8 00 0 00 0 0 00 0 6 8 8 0 7 7 7 0 99999 0 4444 4 9 4 4 0000 1 1 4 4 111111 22 4 777 4 00000000000000000000000000000 00000 11 444444 9 4 66 4 4 4 11 33 4 4 4 11 4 66 22 66666666666666 0 99 99 6 0 0 0 7 7 77777 0 888 888 55555555 0 6666 22222222 0 99 11 99 6666 0 888 99 0 0 0 6666 0 0 0 0 2 888 99 0 0 0 0 0 0 4 7 4 4 99999 4444 99 11 6666666 1 444444444 7 7 6 88888888888888888888888888888 7 7 7 99 99 7 3333333333333333 99 7 7 77 66 4444444444444 1111 0 000000 99 111 0 0 0 0000 0 0 1 99 0 0 6666 7 55 555555 0 666666666 4 888 4 11 33333333333333333333 3 00 444 111111 7777 6 00 6 0000000000 6 6 777777777777777777 6 66 888 7 99 4 99 000 99 44444
consensus : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTG-TGAAAATGAAGGAACATTATTCT-ACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCC-GT---T--G----TGGTAC-C-TGCCC-TA--T---TAA----AAAACA-------GGAGG-T-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTGT--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AGT--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-CA-AGC-AAC-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT----AA--N-----TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACATTATAC-GG-A-GA-GCGAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TT-AAACCGAAG-TTGAAATGC--T--ATT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-A--T-G-TCATT---------AT--TATA-----CTNGT--TT-GCT-TTAT-T--TA--TGG----CGC----C----TTAT--T-GA-CT--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
Reference ( family-3140 ) : ATCGCTTATANACGAANGGCTANATCTATACNAATCTCAGNAACTTCGGNTACTCCGCAGAAAATCNGGGAANCTCNGGATGGAATCAGGAAAAACAANTNCCCCCTCGGNCCGTANACNCACNATATGGCGCCCGTGNANNAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATCGGTTACANACATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTG-TGAAAATGAAGGAACATTATTCT-ACAG--TC-GAT-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TAG-CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TGC-AGTTT----CCA--AATGTATGGGAT----CCCC-GN---T--G----TGGTAC-C-TGCCC-TA--T---TAA----AAAACA-------GGAGG-T-A----------CT---TT--CNA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGAAACG-AA-TATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTGT--TACCTCCTGCG-GA-GAAAAATTACCATAGG--AC-AG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AGT--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-C--A-CA-AGC-AAC-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AA---T---GG-A---AN-TTT-TT----AA--N-----TTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACATTATAC-GG-A-GA-GCGAAA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TT-AAACCGAAG-TTGAAATGC--T--ATT-T--A--TCA-TT---T-T-ACTCTC--A-A-A--T-G-TCATT---------AT--TATA-----TTNGC--TT-GCT-TTAT-T--TA--TGG----CGC----C----TTAT--T-GA-CT--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TN-GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCGT-TACACTCTG--A---AGAGCC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|1 : ATCGCTTAT-TATGAAAGGCTATATCTATACAAATCTCAGT--CTTCGGTTACTCCGCAGAAA--CTGGGAATCTCCGGATAGAATCAG---AAACAAATGCCTCCTCAGTCTGT-TACTCACTATATGGCGCCCGTGGAGGAATTATAAGGGTTATGTTATTTCTCTGTTTAAATTCCAATGCTTTTCGTAATTGGTTACACA-ATCCGAAAAGTCTGGCAGGAGCATCATTGGTGAAAATGTAG-AACATTATTCTTACAG--TC-TATACTTGGGCAA--CGACTC-CTAA--TCTAAAGA---ATACTAACCTTTAG-CCG-A-AAGTAGCCAGAGATT--TTTCAAACC-ACTGTGAAGTAAAAAACATCTGCTAGTTT----CCA--AATGTATGGGATTGTCCCTC-GT---TTTG----TGGTACTC-TGCCC-TA--T---TATTCTTAAAGCA-------G-AGA-TCA----------CT---TT--CAAGCTTTTT--AAA-TGTGGTAAATGA-CTTTTCAACCCAATTCGAAACA-AAATATGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-A--TTA-AG-AAAGTTGCATGAT-TTGT--AA--TCCTGCG-GA-GAAAATTCA--ATAGG--AC-AG--CCGGAAACT-ATTTTTTTTTGTGGGGGGGAGGGGGTTAGT--T--AAAGCT-GTATAC-CGCTGCT-GAGAG-TCGCGGA-CA-AGCTACC-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T--CACCCTGCAGT-AAA--A-TTT-TGATTTGTG-T--GCCT-AA---T---GG-A---GG-CTT-TTGGGAAA--GATTTTTTT-CCG--TTCTAC-AAAG--TTTT----AG-AAA---AACCA-AT--A-ACATT-TAC-GG-A-GAAGCGAAAA--GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TA-T-TTTAAACTGAAG-TTGAA-TGC--T--ATT-TT-A--TCA-TT---T----CTCTC--G-A-GAGT-GATCATTTTCCAGTGGGT--TATGGAGGTCTCGT--TTTGCTGTTATGT--TGAGTGGGTGCCGCATCTT----TTAT--TTGA-CTGTTT--AACGGCTTTTTTTATTTTGTACGAGCCAATTATGAT--TTA----ATG-CT-G-CCTTTGAA-T-GACG-TACCAATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CGA------ATGACTGTGTATG-GTG-T---A-TAGTTG-------C--A-A-------T-TACACTCTG--AAAGAAAG-C-C--GAC----AA-GGC--GAAAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------GAA-T--AAATG---TAGATA-AT--TATGTCA--GTCA---TC--GTTGTG---ATT
gi|10 : ctcacattttaaatccaacacgtacagtttttaacatgtgcggaggacgtgtctgttacatcgtcgtttactgaaaatagaaaggattaaacgtctatcgagaggaattaacaggacatttacttagacagacaatagatA-AT-ATA-TTGCCTGAT-CTGT---ACCTCCTGCG-GA-GAAAA--TAACATATATTAC-CG-ACCGGAA-CT-A--------------------------AGC--C--A--GCC-G---AC-CG-TT-T-CAGAG-TC-C--A-CA-A-C-AAC-A--AA-TAC--GGGACCC-TCCCGT-------CAGGCCTAG-GAA--T-GCAGCCTGCAGT-GAA-CA-aattattttttttctctacgtattacctatattctcatgtgactttgtacgtacaattt
gi|11 : -T-AA---T---GG-A---AAGTTT-TT----GA--G-----TTT-CCT--TTCTGT-AAAG--TTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ATATTATAC-GG-A-GA-GCAAAA---TAG--ATCTA-TTTTGT-AAAAT-TA-T-TC-AATCCGAAG-TTG-AATG---TAAATT-A--A--TTA-TT---T-TCACTCCG--A-A-A--
gi|12 : A-TG-----AAAT-CTA---A-TGCTTAGAT-ATA-CTGCATGAC-CTGTATTACCT-----G-TA-AGAAAACTAC-ATTGA--AA-AA-AGCGG----T-A--------------------------AGT--TT-A--AC------ACTCA-TA-T-GCGCG-TC-C--A-CA-AGC-AGC-A--GA-TTT--GCGACa
gi|13 : ATAA--CAA------ATGAC------TA-ATG-TTGTA-T--TTG------------A----TTGTGTACACTCTG--A----GA-TC-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-TACAAATG---TAGATA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|14 : tg--TT-GCT-TTAT-T--TA--TGG----CGC----C----TTAT--T-GA-CT--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA------T--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAACGGCGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------a
gi|15 : cg-A----TAGT-TACACTCTG--A---GGAGCC----GAC----AA-ATC--G-AAA-------------TA----TAT------------------A-T--AGATA---TTAATA-AT---AT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---ATTTT
gi|16 : cttagtGTCATAA--CAACGACTAA-GAC------TTCGTG-T---A-T--TTGAAATTTTTGAA-A----TTGT-TTGACTCTG--A---AGAATTAT--TAC-------GGC--G-AATACG------C---TA-A-ATTT----------------G-G-C--AACTG---Ttttttttctctacgtgttatt
gi|17 : A--CAA------A-G-C------TG-GT------A-T--TTG-------T--A------TC-T-CGCACTCTG--A---AGAGCC-C--GACGA--AA-GGCCGG-AAAACG------CCGATA-ACGTGT----------------C-G-T--AAgta
gi|18 : tacA-T-TATG-CT-G-CGTTG--A-T-GACG-TCATAATAGCGACTTC--TTA-ACT-A----CAA-TATCATAATCCAA------A-cgtgagagggactctattc
gi|19 : T-TACACTCTG--A---CGAG-C-C--GAC----AC-GGC--G-ACAGCG------C---GA-A-GTGT----------------A-ATT--AAATG---TGGAT
gi|2 : ATCGCTTATAGACAAATGACTAGATCTATACCAATC--AGGAACTTCAGA-ACTCC--AGAAAATCGGGAAAACTCAGGATGAAATCAAGAAAAACAACTCCCCCCTCGGGTCGTAGACGCACGAT----C-CCCGTATATTAAT----AG---TATATT------CTGT--AAA---CAATGTTTTTC-----CGATTACAAACATCCGAAAA-TCTA--AGGAGCATCATTT-TGAAATTGAAAGAACACTAT-CT-ACAG--TC-GAT-----GTCAAGCC--TTC-CTA---TCTAAAGA---A-----AC---TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAA--C-AC-G--AAA-AAAAAAC---TGC-AGTTT----ACAT-AATGTATGAGAT----CCCCAGA---T--G----TGGTAC-A-TGCCC-TA--TATATAA----AAAACA-------GGAGG-T-A----------CT---TT--CAA-CTTTTT--AAA-TGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATTTCGACACG-AA-TATGT-CAGTGCCT--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ACA-TTGCATGAT-TTGTTGTACCT-CTGCG-GAGGAAAAATTACCATAGG--GC-AG-ACCGGAA-C-----------------------------AGT--T--A--GCT-G---AC-CG-TG-T-GAGAG--C-C--A-CACAGC--AC-A--AA-TAC--GGGA-CC-ATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACAACCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--G--T-AT---T---GG-A---AC-TTTGTT----AA--T-----TTT-TCG--TTCTAC-AAAG--TTT--------AAA---A--CA-TAG-ATACATTA-GC-GG-ATGA-GCGAAA---GAG--GACTTTTTGTGT-AAAAT-TA-TATT-AA--CGAAG-TTGAAATGC--T--ATT-T--A--TCA--T---T-T-ACTCTC--ATG-A--T-G-TC--T---------AT--TATA--------GCGAGT-GC--TTAT-T--CA--TTG----GGC----C----CTTT--T-GA-TT--TT--AAC-------------TTGC----GCCAA-----AT--TTA-T-TATGTCT-G-CCTTT--A-T-GACG-TCACAATAATGACGTT--TTA-ACT-A----CAC-TGTCATAA--CAA------A-GAC------TC-GTGTT---A-T--TTT-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAGTT-C--GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AACTG---TAG-TA-AT--TAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G----TTTTca
gi|20 : -TACACTCTG--A---AGAGCC----GAC----AA-GGC--G-AAAGCG------C---TA-A-GTGT----------------T-A-T--
gi|3 : GAAGAAACATTACTCT-ACAAGTTCAGAT-----GTCAA--C--CTCACTAGATTCTAAAGAGAAA-----AC---TAGACTGGACAAG-A-CCAAA---TCCTCTCAA--CCACTG--AAG-AAAAAAT---TGC-AGTTTAACCCCAGAAATGTATGG-AT----TCCC-GCGTCT--G----TG-TAC-CCTGTCT-TA--T---TAA----AAAA-A-------GGAG--T-A----------CTCCCTTACCCA-CTTCTT--AAAATGTGGTAAA--A-CTTT-CA--CCATT-CGAA-CG-AA-T-TGT-CA-TG--T--AAAT-CCAGGAA-T--TTA-AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---TACCTCCTGTG-GA-G--AAATTA-CATAGG--ACAAA-ACCGGAA-CT-A--------------------------AGT--T--A---CT-G---ACGCG-T--T-GAGAG-TC-C--A--A-AGC-AAC-A--AA-TAC--GGGACCC-ATCCGT-------C------AG-GGAATT-ACACCCTGCAGT-AAA-CA-TTT-TGATTTGTG-T--GC-T-AAATTT---GG-A---AA-CTT-TT----AAT-C-----TTT-CTGTTTTCTAC--AAGTTTTTT----AG-AAA---A--CA-ATG-A-ACATT-T-C-GA-C-GA-GCG-AA---GAG--GACTATTTTTGT-AAAAT-TATT-TT-AAACCGAAG-TTGAATTGC--T--ATT-TA-A--TCA-TT---T-T-ACTCTA--C-A-A--T-G-TCATT----------T--TATA-----TTCG---TT-GCT-TTAT-T--TA--TGGC---CGC----C----TTAT--T-GA-CT--TTA-AAC-------------TTGC----GCCAA-----TT--ATATT-TATG-CT-G-CCTTT--A-TGGACGATCAC-ATAACGACGTC--TTA-ACT-A----CAC-TGTCAT-A--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-A--TTG-------T--ACA----TTCT-TACACTCTGATA---AGGACC-TCGGACTTCTAA-GGC--G-AAAGCGACATATT---TA-A-CTGTACCGATTCTGTAAAGGA-A-T--AAATGATTTAGATA-AT--TATATCAGTGTCA---TCCTGTGG-GTGCATTTT
gi|4 : cATGAGATAT--CCCC-GT---T--GGGGGCGGTAC-C-TGCCC-TAGTT---CAA----AAAACACGGGGGGGGAGGAT-AAAAAAAATTTTT---TT--CCA-CTTTTTTTAAACTGTGGTAAA--AACTTT-CA--CCATT-CGAAACGTAA-TATGT-CA-TG--T--AAATTCCAGGAAAT--TTA-ATTATA-TTGCATGAT-TTG----ACCTCCTGCG-GA-GAAAA-TTAC-ATAGG---C-AGGACCGGAA-C--A--------------------------AGT--TTAA--GCT-G---AC-CG-TG-TTGAGAG-TC-C--AACA-AGC-AACCA--AA-TACT-GGGACCC-ATCCGT-------C------AGAGAA--TTACACCCTGCAGT-AAAACA-TTTCTGATTTGTG-T--GC-T-AA---TTTGGA-A---AC-TTT-TT----AA--T-----TTTTCCG--TTCTAC-AAAG--TTTTTAATAG-AAA---AA-CAGATG-A-ACATT-TAC-GG-A-GA-TCGAAAAAAGAG--GACTATTCTTGT-AAAAT-TA-T-TT-AAACCGAAG-TTGAATTGC--T--ATT-TTAA--TCATTT---T-T-ACTCTC--A-A-C--T-G-TCA-T---------ATTGTATA-----CTGTT--TT-GCT-TTAT-T--TA--T-G----CG-----C----TTAT--T-GA-CT--TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CTAG-CCTTT--A-T-GACGTTCACAATAACGACGTC--TTA-ACTAA----CAC-TGTTATAA--CAA------A-GAC------T--GTG-T---A-T--TTG-------T--A-A----TCAT-TACACTCTG--A---AGAG-C-C--GAC----AAGGGC--G-AAAGCG------C---TACA-GTGT----------------G-A-TA-AAATG---TAGATAGAT--TAT-TCA--GTCAGGGTC--GTTGAG---ATTTatttttctctc
gi|5 : tttacgctaaaaagtccAAGAGCATCATTG----AAATGAAG-AACATCATT-T-ACAG--TC-AAC-----GTCAA--C--CTC-CTAA--TCTAAAGA---A-----AC---TA--CTG-ACAAG-AGCCAAA---T--TTTCAAC-C-ACTG--AAG-AAAAAAC---TAC-AGTTT----CCA--AATGTAT-GGAT----CCCC-GT---T--G----TGGTAC-C-TGCCCTTA--T---TTA----AAACCA-------GGAGA-T-A----------CT---TT--C-A-C-TTTT--AAA-TGTGGCAGA--A-CTTT-CA--CCA-TTCG-AACA-AA-TATGTCCA-TG--T---AAT-CCAGGAA-T--T---AT-ATA-TTGCATGAT-TTG---TA-CTCCTGCGCGA-GAAAA--TACAATAGG--AC--------GAA-CT-A--------------------------AGT--T--A--GCTGG---AC-CG-TG-T-GAGAGTTC-C--A-CA-AGC-AAC-AAGAA-TACGAGGGACCCAATCCGT-------C------AG-GAA--T-ACA-CCTGCAGTAAAA-CATTTT-TGATTTGAGAT--GC-TAAA---T---GGAA---AC-TTT-TT----AATTT-----TTT-CCG--TT-TAC-AAA---TTTT----AG-AAAAACA--CA-ATGAA-ACAT--TAC-GGAA-GATGCGAAA---GAGAAGACT
gi|6 : TGT-CA-TG--T--AATT-ATAGAAA-A--TTA-AT-ATT-TTGCATGAT-CTGT---ACATCATGCG-AA-TAAAA-TTAC-ATAGG--AC-AG-ACAGGGA-CA-A--------------------------AAG--T--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-GAGAG-TC-G--A-AA-AGC-TAC-A-------------ATCT-GTCTGT-------C------TG-GAA--T-ACACCCTGCAGT-GAA-CA-CTT-TGGTTTATG-T------------T---GA-------------T----AA--------------G--TTC-------------T----AG-AAA---A--CA-ATG-A--------------A-AA-GTAAAC---AAG--GAC--TTTTTGT----AT-TA-T-TG-AAACC
gi|6 : gcgT-ACT-TTAT-T--TT--TGG----CGC----C----TTAT--T-GA-C---TT--AAC-------------TTGC----GCC-A-----AT--TTA-T-TATG-CT-G-CCTTT----------------GCAACGACGAC--TTG-TCT-A----CAtacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaatactttatttttggcgccttattgacttaacttgcgccaatttattatgctgcctttgcaacgacgacttgtctaca
gi|7 : gcgtgtcatgtaattatagaaaattaatattttgcatgatctgtacatcatgcgaataaaattacataggacagacagggacaaaagtagccgaccgtgtgagagtcgaaaagctacaatctgtctgtctggaatacaccctgcagtgaacactttggtttatgttgataagttctagaaaacaatgaaaagtaaacaaggactttttgtattattgaaacctacaatataagttcaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaaaA-TGTGT-CA-TG--TGCAAAT-CTAAAAA-T--TTA-ATTATA-TTGCCTGGTCTTGT--TACCTCCTGCG-GA-GGAAAAATATCATATGTAAA-AG-A-CGGAA-CTAA--------------------------AGCCGC--A--GCC-G---AC-CG-TG-T-CAGAG-TC-C--A------C-AAC-A--AATTAC--GGGGCCC--TCCGTCAGGCCCC------AG-GAA--T-GCAGCCAGCGGTGAGA-CA-TTT-TGATTTATA-TACGC-T-AA---T---GG-AAAGAG-TTT-TT----GA--G-----TTT-CCT--TTCTGCTAAAGT-TTTT----AGAAAA---A--CA-ATG-A-ATATTATACGGG-A-GA-GC-AAA---TAG--ATCTA--TTTGTAAAAAT-TA-T-TC---ATCGAAG-TTG-AATGTAAG--ATTATA-A--TTA-TT---T-C-ACTC-CGAA-A-A--T-G-TTA
gi|8 : aattttccactcaacgtacaatTTTTGT-AAAATATG-T-GT-AAATCGAAGGTT--AATGC--A--ATT-T--AATTCA-GTGTATGT-ACTCTC--A-ATA--TTG-TTATT---------AT--TACC-----TTAGT--TC-GCT-CT-T-TAATA--TGG-----GC----CAATTTTATTCT-GAGCTGCTTAGAAC-------------GTGC----ACCAT-----ATGCTTA-TCTATG-AC-GTCCTTT--ACT-GA----TACAA-AACGAACTCTGTTACACT-AGTGCCACTTGTCATAAC-CAA------A-TAC------TG-GTG-T---GTT--TTG-------T--A-AAGTTCCAT-TACACTCT
gi|9 : ag------TT-GTG-T---A-T--TAGA------T--T-A----TTAT-TATAGTCTG--A---AAAGCC----GAC----AA-GAC--G-CAATTG------T---TA-A-GTGT----------------G-A-T--AAACA---TATATA-GCCATAT-TCA--GTCA---TC--GTTG-G---AT