lowQualScore : 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0 222 55 1 555 11 11 2 0 22222222 2222 22 1 2 11 1 22 111 2222 3 55555 111 2222222 444444 44444 77777777 333333 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555 55 4 44444444 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 2222 1 1 1 3 1
lowQualScore : . ... .. . ... .. .. . . ........ .... .. . . .. . .. ... .... . ..... ... ....... ...... ..... ........ ...... . ........................................................ .............. .. . ........ .. ...................................................................... .... .... . . . . .
lowQualScore : 8 111 22 5 444 00 88 3 8 77777777 4444 88 5 2 00 5 55 333 3333 7 44444 333 3333333 444444 22222 11111111 666666 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66666666666666 77 1 44444444 77 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 9999 5 5 6 2 6
consensus : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
Reference ( gi|22 ) : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAT------------A--------------AAAAT-AAGGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|29 : GGCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAA------A--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------G-------A----GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|35 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------CT-----C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAAA-AGAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAaa
gi|11 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--G---CG----T-AG----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------CCCTAAAAAAAAA-----A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AG-------------A---------G---ATAGAG-----------A-GAGAAAAGA---------------GA----GAG----GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgcacga
gi|57 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----TGA-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAAc
gi|15 : aGGCG--GGAT---TATC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--G---CG----T-A-----C---C-------C------C-----C--------C------C-C----------------C-----------------C--G---AAA------------A--------------AAAAA-AAGAA--------G--AG-------------A---------G---A----GCAAGAAT----G-G-------A---------------GA----GAA----GAGAAG-TGAAT-GCG-AGG
gi|41 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-GTG--------C-------T-A-C--AG-G--G---CG----T-A-----C---GC------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAA---------------------------------------------------------------------------A---------------GG----GAA----GAT-AG-TGAAT---G-AGGGAa
gi|42 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAG-A-G-G--------C----G--T-ATC--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---A--------------A--------------AAAAC-AA
gi|66 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------caaaaaaaaacaa
gi|65 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------c
gi|40 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------CCCCCTA-----------A--A---AAC------------A--------------ACAAC-AAccc
gi|63 : caGGCG-CGGAT---T--CCAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CGT---T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--caaccaaaaa
gi|33 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--C--G--G---CG----TAA-----C---G--------------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAACA-AAAAA--------A--AA-------------A---------A---A----A-----------A-A-------A---------------GA----GGA----GA
gi|14 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CGCG--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----CCCCCCCT-C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------ATAAT-AAAAA--------GTCAA-------------A---------A---A----G-----------ATG-------A---------------GAT---GAA----GA------GGA--G-G-AGAGACAggaac
gi|49 : GGCG-CGGAG---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GT-G---CG----T-A-----C---C-------G------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--C---AAA------------A--------------AAAAA-AAgcg
gi|39 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAG--G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--G----G----TAA-----C---G-------C------C-----CCT------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAAG-AGAGA--------G--CG-------------A---------G---A----------------A-G-------A---------------GA----GGA----Gaaaa
gi|58 : GGCG-CGGAT---T--C-AT---G--GAA----T-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---TG----T-A-----C---G-------C------CCC---C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAA
gi|56 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T-------T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------
gi|38 : aGGCGGCGGAT---T--C-A----G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--------------------------------------C------C-----C--------T------C-C----------------T-----------------A--A---A--------------A--------------AAAAT-A-------------------------------------------------------------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-AGATGAAT-G-GCAGGGATAcccccctaaaaaaa
gi|55 : aGGCG-CGGAT---TACC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-G--TG-A--G---CG----T-A-----C---GCA-----C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------T--A---AAA------------A--------------AAAAaag
gi|60 : GGCG-CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG------A-----C---G-------C------CCCA--C--------C------C-C----------------C-----------------A--A---AA
gi|7 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--ACG-G--------C----GG-T-A-C--CG-G--G---GT----T-AGCCCCC---C-------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAAA--------A--AA-------------AAACTAAAAAG---A----G-----------A-G-------AGGGGGGGAGAGAGATGA----GAA----AAT-AG--GAAT-G-G-AGGGATAa
gi|46 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--AGG-G--------C----G--T-A-CAACG-G--A---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------a
gi|68 : aGGC--CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----G--T-A-C--C--G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------accccccaccccctaaa
gi|47 : aGGCG-CGGATG--T--C-A----G--GTA--A-G-G--------T----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----T---A-------CG-----C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---A--------------A--------------GAGAT----GA--------G--AG-------------A---------G---C----G-----------A-
gi|59 : GGCG-CGG-T---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----TAA-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------
gi|12 : aGGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAGAA-G-G--------C----GATC-A-C--CG-GC-G---CG----T-GAT---C---G-------C------C-----C--------C------C-T----------------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAAA-AAGAA--------A--AA-------------A---------AAATA----A-----------A-A-------A---------------AA----AAA----AAA-AA-AGAAA-G-G-AGGcccccctaaaa
gi|1 : aGGCG-CGGAT---T--T-A-------GAG--G-G-G--------C----G--T-G-G--GG-G--G---CG----C-A-----C---G-------C------CCCTCTC--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAT------------taggagag
gi|67 : aaggaaaggcgtaccgggcgtacgccccccccccccctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgaatgggagggatataagagagagaagacaggaggccagcgcgacattGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C-----------C--------------------------------------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA
gi|3 : cttccaGACG-CGG-----T--C-AA---AAAGGA--A-G-A--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------CGCCG--C-----C--------C------C-C----------------CGCTAGAA----------A--A---AACATCAACAATAAAA--------------AAAATAAAAGA--------G--AAACAAACGT-----A---------A---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAG-AG-AGAGC-G-G-aa
gi|23 : agGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----CCCCCGCCCC------C-C----------------C-----------------C--C---CCC------------A--------------AAAA------A--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A----------------------AA----AAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgatttgttgaattggaggcgtata
gi|21 : GCG-CGAATGTTC--C-AA---G--GAA--AAG-G--------C----G--T-A-C--CG-G------CG----TGA-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------C-----------------A--A---AA------------------------------AAT-AAAAA--------G--AG-------------G---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-TG-TGAAT-G-G-AGG
gi|20 : atGCG-CGGAT---T--C-AA---G---AA--A-G-C--------C----G--T---C--CG-G--G---CT----T-------C---G-------C------C-----C--------C------C-CCCCCCCCC--------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA-----------AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GG----AGA----GAT-AG-TGAAT-G-G-AAGGacaaa
gi|28 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-------A--G---CG----C-C-----C---C-------C------C-----C--------C------CGC----------------C-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAA--AAAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-------------G-------A---------------GA-----AA----GAT-A--TGAAT-G-G-ATGGAtga
gi|25 : GCG-CG-AT---C--A-AA---G--AAA--A-G-G--------CCCACG--T-A-T--CC-G--G---CG----T-A-----C---CACCCCC-C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AA-----------------------------------AAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-AG-TGGAT-G-G-AGGGgtaaa
gi|62 : GCG-CGGAT---C--A-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------T-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--G---AAc
gi|8 : GCG-CG-AT---TG-C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GTTGCCCCG----T-A-----C---G-------T------C-----C--------CG-----C-C----------------CGCTAAAAAAAAAAAA--A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AG-------------A---------G---A----GAAGAGGGAAGAA-G-------A---------------GA----AAA----GAT-AG-TGAAT-GAG-GAGGATAaa
gi|52 : GCG-CGGAT---T--CAAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-A--CGCG--G---CG----T-ACC---C---G-------C------C-----T--------C------C-C----------------
gi|30 : CA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------C--------------------------T------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------------------------------G----GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAccacctccagttaaa
gi|16 : CG-CGGAT---T----AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---GCCCCCCCC------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------G--A---A--------------A--------------AAAAG-AAGAA--------G--AGAGATAGAAA----A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAA----GAT-AG-TGAAT-G-A-AGGaa
gi|34 : CG-CGGAT---T--C-CA---G--GAA--A-G----------C----G--T-C-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------C--------------------------T------------C--------------AAAA------A--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GAG----GAA-TG-TGAAT-G-G-AGGGAT
gi|9 : CG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--T---TG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------TAAAAAAAAAAAAAAAA-A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AGAGAAGAGTGAGAGA---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----AAA----GAT-AA-TGAAT-G-G-AGGAATA
gi|43 : ggcCG-CGGAT---T--C-AAC--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----CCA------C------C-C----------------C-----------------A--AAACAAC------------A--------------AAAAT-AAG
gi|5 : aggcCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--G---CG----T-A-----C---GC------C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAAA--------A--AA-------------A---------A---A----A-----------A-agt
gi|13 : ggcCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--TTA-C--CG-G------CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-C----------------CCCCCTAAAAAAAAAAAAA--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GA----GGA----GAG-AG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatagtgaatggagggata
gi|31 : gcCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAA--A-T-G--------CC---G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----CACTG-------C------C-----C--------C------C-CCCCCT-----------T-----------------A--A---AA-------------A--------------AAAAC-AGAGA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-GA------A---------------GA----GAgacaaagcagag
gi|51 : CG-CGGAT---T-----ATTTG--GAA--A-T-G--------C----G--T-A-C--C--G--G---TG----T-A-----C---GCCCGC--C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------AAGA---AAG------------A--------------AAAAg
gi|54 : ggcG-CGGAT---T--C-AA---G--AAA--A-G----------C----G--T-A-C--CG-G--G---CGCAGAC-A-----C---GCCCC---C------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAGA
gi|4 : -CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-GAATCCCAAC----G--TTA-C--CG-G--G---CG----T-A-----C-----------CTCCCCAC-----C--------C------C-C----------------T-----------------A--A---AAA------------AAAAAAAGAGAGAAGAAAAG-AAGGATGAAATGGG--AG-------------A---------A---A----G-----------A-GACGAGT-A---------------GA----GGA----GAT-AG-TGAAT-G-G-GGGG
gi|36 : ccgcGGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G------CG------------C---G-------C------T-----C--------C-------------------------------------------A--A---AAA------------A--------------AAAAA-AAAAA--------A--AG-------------A---------G---A----G-----------ATG-------A---------------GA-----AA----GAT-AG-TGAAT---G-AGGGAT
gi|17 : GGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----C--T-A-C---G-G--G---CG----T-AC----C---G-------C------C-----C--------C------C-CCCT-------------T-----------------A--A---AAA------------G--------------AGAGC-AGAGA--------G--AA-------------A---------G---A----G-----------A-G-----------------------GA----GAAGAAGGAT-AG--GAAT-G-G-AGGAA
gi|26 : cgAT---T--C-AAAG-G--GAA--A-G-G--------C----GCGT-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---GTGCCA--C------C-----C--------C------T-C----------------C-----------------C--A---CTT------------A--------------AAAA--AAAGA--------G--AG-------------A------------------------------A-G-------A---------------GA----GAG----GAT-AG-TGAGC-T-G-AAGGATaaga
gi|32 : ---T--C-AA---G--GAA--A------------C----T--T-A-C-----G--G---CG----T-A-----T---G-------C------C-----C--------CCCCCCCC-C----------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAGA-GAGCA--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------A---------------GACCATGAA----GAT-
gi|1 : ga-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--G---CG----T-A-----C---G-------C------C-----C--------C------C-CCCCCCCCTGANNNNNNN-----------------N--N---NNN------------N--------------NNNNN-NNNNN--------N--NN-------------N---------N---N----N-----------N-N-------N---------------NN----NNN----NNT-AG-TGAATGG-G-AGGGATAtaaag
gi|44 : -C--CG-G--G---CG----T-A-----C---C-------C------C-----C--------C------C-CC---------------T-----------------A--A---AAA------------A--------------AAAA--AAGAG--------G--AG-------------A---------G---A----G-----------A-G-------------------------------A----GAT-AG-TGAAT-G-G-A-GGATAtaagagagagaagacaggaggccagcgcgacattggcgcggatttagaggggcgtggggggcgcacgcccctctcccctaaaat
16 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GCGTATGTCCTCTCATACCCAAACCAAAATACACTTAAATGCCACCAATCTAAGAGGAGAGATAGTGAATGAGGGATAAAAGAGAGAGGAGAGACGACAGCGCAGCGCGACCATGGCAATTACAGGGGGCGTGGGGGGCGAAACGCCCCCCCCTAAAATTTT
Unaligned ( gi|6 ): GAGAGGGATAAGTGAAATGGAGGGATTAAAGCGCAGAGAGACAGTGCGCAGCGCGACAGAGACACTAGCGAATTTAGTAGTGTCGGCGTGGGGGGACACGGCCCCTCCCTCACAATTTTTTCAA
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGCGTATTGATGATACATCCCGCCGCGGCGCCCACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAAGGAAAGAGATAGAGAGAAGGATAAGA
Unaligned ( gi|18 ): CAGGGATAAATGAGAGAGAGACCAGCAACAGACGCGCTACGTATGGCACTGGGAGGATTATAGAGGGGGCGCTTGGTGCGACGGCCACCCTAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): AAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATAGTGAATGGAGGGTA
Unaligned ( gi|24 ): AGAGAGAGACCAGCACAGCGCGCCACGATACAACTGGACGATTTAAAGAGTGGGGTGCACGTCTTCACGACTCCGACCCCCCCAAAAATTT
Unaligned ( gi|27 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGTGAATGGAGGATAA
Unaligned ( gi|37 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGATTAGTTGAATGGAGGGATAAA
Unaligned ( gi|45 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATACGATAAGATA
Unaligned ( gi|48 ): CGACTTGCACTTGCGGATTTAGAGGGGGCGTGGGGGCGCACCCCCATCCAACCCTAAAATT
Unaligned ( gi|50 ): AATAGACAGCGCGCGCGCACAATGGCGGACTTTAGAGGTGCGCACGCCCCACTCCCCTAA
Unaligned ( gi|53 ): GAGAGAGCACAGCGCCGCAGCGCGCCACCGATACTACTGGGCGGATGTTATGAGGGG
Unaligned ( gi|61 ): TGAGAGACAGGCCGGGGGAGCGATAAGCGATACACTGGGCGGATTTA
Unaligned ( gi|64 ): TTTTGCCTCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGGGAG
Unaligned ( gi|69 ): ATAAAAGAGAGAGAAACAGCACAGCGCGCACGATA
Unaligned ( gi|70 ): GAAGCTCACATTGGTGGATTTAGAGGGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 0 222 55 1 555 11 11 2 0 22222222 2222 22 1 2 11 1 22 111 2222 3 55555 7777777 7777777 44444 88888888 222222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 0 444444444444 44444 222222 6666666666666666 1111111111111111111111111111111111111 33 22222 00000000000 1 88888888 6666666666666 777777777 1 1 1 3 1
lowQualScore : . ... .. . ... .. .. . . ........ .... .. . . .. . .. ... .... . ..... ....... ....... ..... ........ ...... . ............................................................ ......... . ............ ..... ...... ................ ..................................... .. ..... ........... . ........ ............. ......... . . . . .
lowQualScore : 8 111 11 5 333 00 88 2 7 77777777 3333 88 5 2 00 5 55 333 3333 6 33333 7777777 3333333 11111 88888888 888888 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 9 777777777777 77777 777777 8888888888888888 4444444444444444444444444444444444444 22 99999 00000000000 2 00000000 0000000000000 999999999 4 5 5 1 5
consensus : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
Reference ( family-3116 ) : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|1 : -AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCCCCCCTGANNNNNNN-------------------------N-----------------NNN---------NN-N------------N-----N------NN----------------NNNNNNN--------------------N-------N--------N--N-----NN-----------N-N--------NN----N--------NN---------NNT-AG-TGAATGG-G-AGGGATA
gi|1 : GGCG-CGGAT---T--T-A-------GAG--G-G-G--------C----G--T-G-G--GG-G--GC---G----C-A-----CG-------C-------CCCTCTC--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------taagagagagaagacaggaggccagcgcgacattggcgcggatttagaggggcgtggggggcgcacgcccctctcccctaaaat
gi|11 : aaggaaaggcgtaccgggcgtacgccccccccccccctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgaatgggagggatataagagagagaagacaggaggccagcgcgacattGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--GC---G----T-AG----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCCTAAAAAAAAA-------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------GATA-----GA-----------G-A--------GA----G--------AAAAGAGAGAGGAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAt
gi|12 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAGAA-G-G--------C----GATC-A-C--CG-GC-GC---G----T-GAT---CG-------C-------C-----C--------C------C-T----------------TAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATAAA-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAAA--------------------G-------------------------GA-----------G-G--------TA----G--------GA---------GAc
gi|13 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--TTA-C--CG-G---C---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-AAAAAAAAAAAAAA-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA---------GAG-AG-g
gi|14 : gcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CGCG--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCCCT-C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AATA------------A-----T------AA----------------AAAGTCA--------------------A-------A--------A--A-----GAT----------G-A--------GAT---G--------AA---------GA------GGA--G-G-AGAGACAgacaaagcagag
gi|15 : GGCG--GGAT---TATC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCG-----------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------GAAGAGA--------------------G-------A--------GCAA-----GAATG--------G-A--------GA----G--------AA---------GAGAAG-TGAAT-GCG-AGGgcg
gi|16 : CG-CGGAT---T----AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCCCC-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------G-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------AA----------------GAAGAGA--------------------GATAGAAAA--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-A-AGGa
gi|17 : GGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----C--T-A-C---G-G--GC---G----T-AC----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCT-------------T-------------------------A-----------------AAA---------AG-A------------G-----A------GC----------------AGAGAGA--------------------A-------A--------G--A-----GA-----------G----------GA----G--------AAGAAG-----GAT-AG--GAAT-G-G-AGGAA
gi|20 : cgGCG-CGGAT---T--C-AA---G---AA--A-G-C--------C----G--T---C--CG-G--GC---T----T-------CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------CCCCCCCT----------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAGAA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GG----A--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AAGGaaga
gi|21 : GCG-CGAATGTTC--C-AA---G--GAA--AAG-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------AA-T------------A-----A------AA--------------------AGA--------------------G-------G--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-TG-TGAAT-G-G-AGGtga
gi|22 : atGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------TA-A------------A-----A------AT----------------AAGGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAacaaa
gi|23 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCGCCCC------C-C----------------C------------------------------------------------------------------------CCCCCA------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-------------------------------------AA---------AAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|25 : GCG-CG-AT---C--A-AA---G--AAA--A-G-G--------CCCACG--T-A-T--CC-G--GC---G----T-A-----CCACCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------------------------------------------------------AAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGGAT-G-G-AGGG
gi|26 : AT---T--C-AAAG-G--GAA--A-G-G--------C----GCGT-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGTGCCAC-C-------C-----C--------T------C-C----------------C-------------------------A-----------------CTT---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA-----------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AG---------GAT-AG-TGAGC-T-G-AAGGATc
gi|28 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-------A--GC---G----C-------CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------G-------------------------C-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----G------------G-A--------GA-------------AA---------GAT-A--TGAAT-G-G-ATGGA
gi|29 : GGCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------------------------------------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgtaaa
gi|3 : aGACG-CGG-----T--C-AA---AAAGGA--A-G-A--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------CGCCGCC-C-----C--------C------CGC----------------T-------------------------AGAAAAAACATCAACAATAAA---------AA-A------------A-----A------TA----------------AAAGAGA--------------------A-------ACAAACGTAA--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAG-AG-AGAGC-G-G-aa
gi|30 : agCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------G---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgatttgttgaattggaggcgtata
gi|31 : CG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAA--A-T-G--------CC---G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CA-------CTGCCCCCC-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AC----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------GAA--------GA----G--------Aaa
gi|32 : ---T--C-AA---G--GAA--A------------C----T--T-A-C-----G--GC---G----T-A-----TG-------C-------C-----C--------CCCCCCCC-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------GA----------------GAGCAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GACCATG--------AA---------GAT-g
gi|33 : gaGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TAA-----CG---------------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------AC----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------G-AG-------GA----G--------AG---------GAtaaag
gi|34 : aCG-CGGAT---T--C-CA---G--GAA--A-G----------C----G--T-C-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------------------------------------------------------------------C------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA----------AT--G-TGAAT-G-G-AGGGATac
gi|35 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------T-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------A
gi|36 : GGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G---C---G------------CG-------C-------T-----C--------C---------------------------------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------G-------A--------G--A-----GAT----------G-A--------GA-------------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGATgcacga
gi|38 : GGCGGCGGAT---T--C-A----G--GAA--A-G-G--------C----G--T------------------------A-----C--------C-------C-----C--------T------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----T------A-----------------------------------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AGATGAAT-G-GCAGGGATA
gi|39 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAG--G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--G----G----TAA-----CG-------C-------C-----CCT------C------C-C----------------T-------------------------------------------AAA---------AA-A------------A-----A------AG----------------AGAGAGC--------------------G-------A--------G--A------A-----------G-A--------GA----G--------GA---------Gaag
gi|4 : -CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-GAATCCCAAC----G--TTA-C--CG-G--GC---G----T-A-----C--------CTCCCCA-C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGAAGAAAAGAAGGATGAAATGGG-------A--------G--A-----AA-----------G-AGACGAGTAGA----G--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-GGGG
gi|40 : ccgcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AC-A------------A-----C------AA----------------CAA
gi|41 : caGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-GTG--------C-------T-A-C--AG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------A--------GG----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGAcaaccaaaaa
gi|42 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAG-A-G-G--------C----G--T-ATC--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------ACAAC-A------AA----------------AAAAA
gi|43 : CG-CGGAT---T--C-AAC--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCA------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------CA-A------------C-----A------AA----------------AATAAGA--------------------G-------acaa
gi|44 : aggc-C--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A------------AA----------------AAAGAG---------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------G---------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-A-GGATAt
gi|46 : gcgGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--AGG-G--------C----G--T-A-CAACG-G--AC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------a
gi|47 : aGGCG-CGGATG--T--C-A----G--GTA--A-G-G--------T----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----TA-------CG------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------GA----------------GATGAGA--------------------G-------A--------G--C-----GA-----------accccccaccccctaaa
gi|49 : GGCG-CGGAG---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GT-GC---G----T-A-----CC-------G-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAA
gi|5 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------a
gi|5 : ggcA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatagtgaatggagggata
gi|51 : ggccgcggattcaaggaaaggcgtaaccgggcgtacgccccccctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-CGGAT---T-----ATTTG--GAA--A-T-G--------C----G--T-A-C--CG-G---T---G----T-A-----CG-------C-------C-----CGCCCC---C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AGA---------AA-G------------A-----A------AA----------------A
gi|52 : ggcGCG-CGGAT---T--CAAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-A--CGCG--GC---G----T-ACC---CG-------C-------C-----T--------C------C-C----------------
gi|54 : G-CGGAT---T--C-AA---G--AAA--A-G----------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GCAGAC-A-----CGCCCC---C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------Accacctccagttaaa
gi|55 : GGCG-CGGAT---TACC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-G--TG-A--GC---G----T-A-----CGCA-----C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|56 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T-------T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------
gi|57 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|58 : aGGCG-CGGAT---T--C-AT---G--GAA----T-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GT---G----T-A-----CG-------C-------CCC---C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|59 : aGGCG-CGG-T---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TAA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|60 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G------A-----CG-------C-------CCCA--C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------Acccccctaaaa
gi|62 : aGCG-CGGAT---C--A-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------T-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------GAA---------AA-
gi|63 : GGCG-CGGAT---T--CCAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GT---T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------
gi|65 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|66 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------ccc
gi|67 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C-----------C-----------------------------------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-c
gi|68 : cttccaGGC--CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----G--T-A-C--C--G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------
gi|7 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--ACG-G--------C----GG-T-A-C--CG-G--GG---T----T-AGCCCCCC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAAAAAAAAAAAAA-A------------A-----AAAAACTAA----------------AAAGAGA--------------------G-------AGGGGGG--G--A-----GA-----------G-AGAT-----GA----G--------AA---------AAT-AG--GAAT-G-G-AGGGATA
gi|8 : aGCG-CG-AT---TG-C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GTTGCCCCG----T-A-----CG-------T-------C-----C--------CG-----C-C----------------CGCTAAAAAAAAAAAA----------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GAAGAGGGAAGAAG-A--------GA----A--------AA---------GAT-AG-TGAAT-GAG-GAGGATAa
gi|9 : CG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--TT---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGA--------------------G-------A--------G--AAGAGTGA-----------G-A--------GA----GAGAGAGAAAA---------GAT-AA-TGAAT-G-G-AGGAATA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GCGTATGTCCTCTCATACCCAAACCAAAATACACTTAAATGCCACCAATCTAAGAGGAGAGATAGTGAATGAGGGATAAAAGAGAGAGGAGAGACGACAGCGCAGCGCGACCATGGCAATTACAGGGGGCGTGGGGGGCGAAACGCCCCCCCCTAAAATTTT
Unaligned ( gi|6 ): GAGAGGGATAAGTGAAATGGAGGGATTAAAGCGCAGAGAGACAGTGCGCAGCGCGACAGAGACACTAGCGAATTTAGTAGTGTCGGCGTGGGGGGACACGGCCCCTCCCTCACAATTTTTTCAA
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGCGTATTGATGATACATCCCGCCGCGGCGCCCACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAAGGAAAGAGATAGAGAGAAGGATAAGA
Unaligned ( gi|18 ): CAGGGATAAATGAGAGAGAGACCAGCAACAGACGCGCTACGTATGGCACTGGGAGGATTATAGAGGGGGCGCTTGGTGCGACGGCCACCCTAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): AAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATAGTGAATGGAGGGTA
Unaligned ( gi|24 ): AGAGAGAGACCAGCACAGCGCGCCACGATACAACTGGACGATTTAAAGAGTGGGGTGCACGTCTTCACGACTCCGACCCCCCCAAAAATTT
Unaligned ( gi|27 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGTGAATGGAGGATAA
Unaligned ( gi|37 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGATTAGTTGAATGGAGGGATAAA
Unaligned ( gi|45 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATACGATAAGATA
Unaligned ( gi|48 ): CGACTTGCACTTGCGGATTTAGAGGGGGCGTGGGGGCGCACCCCCATCCAACCCTAAAATT
Unaligned ( gi|50 ): AATAGACAGCGCGCGCGCACAATGGCGGACTTTAGAGGTGCGCACGCCCCACTCCCCTAA
Unaligned ( gi|53 ): GAGAGAGCACAGCGCCGCAGCGCGCCACCGATACTACTGGGCGGATGTTATGAGGGG
Unaligned ( gi|61 ): TGAGAGACAGGCCGGGGGAGCGATAAGCGATACACTGGGCGGATTTA
Unaligned ( gi|64 ): TTTTGCCTCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGGGAG
Unaligned ( gi|69 ): ATAAAAGAGAGAGAAACAGCACAGCGCGCACGATA
Unaligned ( gi|70 ): GAAGCTCACATTGGTGGATTTAGAGGGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 0 222 55 1 555 11 11 2 0 22222222 2222 22 1 2 11 1 22 111 2222 3 55555 7777777 7777777 44444 88888888 222222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 0 444444444444 44444 222222 6666666666666666 1111111111111111111111111111111111111 33 22222 00000000000 1 88888888 6666666666666 777777777 1 1 1 3 1
lowQualScore : . ... .. . ... .. .. . . ........ .... .. . . .. . .. ... .... . ..... ....... ....... ..... ........ ...... . ............................................................ ......... . ............ ..... ...... ................ ..................................... .. ..... ........... . ........ ............. ......... . . . . .
lowQualScore : 8 111 11 5 333 00 88 2 7 77777777 3333 88 5 2 00 5 55 333 3333 6 33333 7777777 3333333 11111 88888888 888888 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 9 777777777777 77777 777777 8888888888888888 4444444444444444444444444444444444444 22 99999 00000000000 2 00000000 0000000000000 999999999 4 5 5 1 5
consensus : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
Reference ( family-3116 ) : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|1 : -AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCCCCCCTGANNNNNNN-------------------------N-----------------NNN---------NN-N------------N-----N------NN----------------NNNNNNN--------------------N-------N--------N--N-----NN-----------N-N--------NN----N--------NN---------NNT-AG-TGAATGG-G-AGGGATA
gi|1 : GGCG-CGGAT---T--T-A-------GAG--G-G-G--------C----G--T-G-G--GG-G--GC---G----C-A-----CG-------C-------CCCTCTC--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------taagagagagaagacaggaggccagcgcgacattggcgcggatttagaggggcgtggggggcgcacgcccctctcccctaaaat
gi|11 : aaggaaaggcgtaccgggcgtacgccccccccccccctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgaatgggagggatataagagagagaagacaggaggccagcgcgacattGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--GC---G----T-AG----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCCTAAAAAAAAA-------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------GATA-----GA-----------G-A--------GA----G--------AAAAGAGAGAGGAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAt
gi|12 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAGAA-G-G--------C----GATC-A-C--CG-GC-GC---G----T-GAT---CG-------C-------C-----C--------C------C-T----------------TAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATAAA-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAAA--------------------G-------------------------GA-----------G-G--------TA----G--------GA---------GAc
gi|13 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--TTA-C--CG-G---C---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-AAAAAAAAAAAAAA-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA---------GAG-AG-g
gi|14 : gcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CGCG--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCCCT-C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AATA------------A-----T------AA----------------AAAGTCA--------------------A-------A--------A--A-----GAT----------G-A--------GAT---G--------AA---------GA------GGA--G-G-AGAGACAgacaaagcagag
gi|15 : GGCG--GGAT---TATC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCG-----------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------GAAGAGA--------------------G-------A--------GCAA-----GAATG--------G-A--------GA----G--------AA---------GAGAAG-TGAAT-GCG-AGGgcg
gi|16 : CG-CGGAT---T----AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCCCC-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------G-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------AA----------------GAAGAGA--------------------GATAGAAAA--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-A-AGGa
gi|17 : GGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----C--T-A-C---G-G--GC---G----T-AC----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCT-------------T-------------------------A-----------------AAA---------AG-A------------G-----A------GC----------------AGAGAGA--------------------A-------A--------G--A-----GA-----------G----------GA----G--------AAGAAG-----GAT-AG--GAAT-G-G-AGGAA
gi|20 : cgGCG-CGGAT---T--C-AA---G---AA--A-G-C--------C----G--T---C--CG-G--GC---T----T-------CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------CCCCCCCT----------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAGAA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GG----A--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AAGGaaga
gi|21 : GCG-CGAATGTTC--C-AA---G--GAA--AAG-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------AA-T------------A-----A------AA--------------------AGA--------------------G-------G--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-TG-TGAAT-G-G-AGGtga
gi|22 : atGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------TA-A------------A-----A------AT----------------AAGGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAacaaa
gi|23 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCGCCCC------C-C----------------C------------------------------------------------------------------------CCCCCA------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-------------------------------------AA---------AAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|25 : GCG-CG-AT---C--A-AA---G--AAA--A-G-G--------CCCACG--T-A-T--CC-G--GC---G----T-A-----CCACCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------------------------------------------------------AAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGGAT-G-G-AGGG
gi|26 : AT---T--C-AAAG-G--GAA--A-G-G--------C----GCGT-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGTGCCAC-C-------C-----C--------T------C-C----------------C-------------------------A-----------------CTT---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA-----------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AG---------GAT-AG-TGAGC-T-G-AAGGATc
gi|28 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-------A--GC---G----C-------CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------G-------------------------C-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----G------------G-A--------GA-------------AA---------GAT-A--TGAAT-G-G-ATGGA
gi|29 : GGCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------------------------------------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgtaaa
gi|3 : aGACG-CGG-----T--C-AA---AAAGGA--A-G-A--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------CGCCGCC-C-----C--------C------CGC----------------T-------------------------AGAAAAAACATCAACAATAAA---------AA-A------------A-----A------TA----------------AAAGAGA--------------------A-------ACAAACGTAA--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAG-AG-AGAGC-G-G-aa
gi|30 : agCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------G---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgatttgttgaattggaggcgtata
gi|31 : CG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAA--A-T-G--------CC---G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CA-------CTGCCCCCC-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AC----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------GAA--------GA----G--------Aaa
gi|32 : ---T--C-AA---G--GAA--A------------C----T--T-A-C-----G--GC---G----T-A-----TG-------C-------C-----C--------CCCCCCCC-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------GA----------------GAGCAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GACCATG--------AA---------GAT-g
gi|33 : gaGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TAA-----CG---------------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------AC----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------G-AG-------GA----G--------AG---------GAtaaag
gi|34 : aCG-CGGAT---T--C-CA---G--GAA--A-G----------C----G--T-C-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------------------------------------------------------------------C------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA----------AT--G-TGAAT-G-G-AGGGATac
gi|35 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------T-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------A
gi|36 : GGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G---C---G------------CG-------C-------T-----C--------C---------------------------------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------G-------A--------G--A-----GAT----------G-A--------GA-------------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGATgcacga
gi|38 : GGCGGCGGAT---T--C-A----G--GAA--A-G-G--------C----G--T------------------------A-----C--------C-------C-----C--------T------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----T------A-----------------------------------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AGATGAAT-G-GCAGGGATA
gi|39 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAG--G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--G----G----TAA-----CG-------C-------C-----CCT------C------C-C----------------T-------------------------------------------AAA---------AA-A------------A-----A------AG----------------AGAGAGC--------------------G-------A--------G--A------A-----------G-A--------GA----G--------GA---------Gaag
gi|4 : -CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-GAATCCCAAC----G--TTA-C--CG-G--GC---G----T-A-----C--------CTCCCCA-C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGAAGAAAAGAAGGATGAAATGGG-------A--------G--A-----AA-----------G-AGACGAGTAGA----G--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-GGGG
gi|40 : ccgcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AC-A------------A-----C------AA----------------CAA
gi|41 : caGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-GTG--------C-------T-A-C--AG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------A--------GG----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGAcaaccaaaaa
gi|42 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAG-A-G-G--------C----G--T-ATC--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------ACAAC-A------AA----------------AAAAA
gi|43 : CG-CGGAT---T--C-AAC--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCA------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------CA-A------------C-----A------AA----------------AATAAGA--------------------G-------acaa
gi|44 : aggc-C--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A------------AA----------------AAAGAG---------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------G---------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-A-GGATAt
gi|46 : gcgGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--AGG-G--------C----G--T-A-CAACG-G--AC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------a
gi|47 : aGGCG-CGGATG--T--C-A----G--GTA--A-G-G--------T----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----TA-------CG------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------GA----------------GATGAGA--------------------G-------A--------G--C-----GA-----------accccccaccccctaaa
gi|49 : GGCG-CGGAG---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GT-GC---G----T-A-----CC-------G-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAA
gi|5 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------a
gi|5 : ggcA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatagtgaatggagggata
gi|51 : ggccgcggattcaaggaaaggcgtaaccgggcgtacgccccccctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-CGGAT---T-----ATTTG--GAA--A-T-G--------C----G--T-A-C--CG-G---T---G----T-A-----CG-------C-------C-----CGCCCC---C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AGA---------AA-G------------A-----A------AA----------------A
gi|52 : ggcGCG-CGGAT---T--CAAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-A--CGCG--GC---G----T-ACC---CG-------C-------C-----T--------C------C-C----------------
gi|54 : G-CGGAT---T--C-AA---G--AAA--A-G----------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GCAGAC-A-----CGCCCC---C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------Accacctccagttaaa
gi|55 : GGCG-CGGAT---TACC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-G--TG-A--GC---G----T-A-----CGCA-----C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|56 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T-------T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------
gi|57 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|58 : aGGCG-CGGAT---T--C-AT---G--GAA----T-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GT---G----T-A-----CG-------C-------CCC---C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|59 : aGGCG-CGG-T---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TAA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|60 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G------A-----CG-------C-------CCCA--C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------Acccccctaaaa
gi|62 : aGCG-CGGAT---C--A-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------T-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------GAA---------AA-
gi|63 : GGCG-CGGAT---T--CCAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GT---T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------
gi|65 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|66 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------ccc
gi|67 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C-----------C-----------------------------------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-c
gi|68 : cttccaGGC--CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----G--T-A-C--C--G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------
gi|7 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--ACG-G--------C----GG-T-A-C--CG-G--GG---T----T-AGCCCCCC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAAAAAAAAAAAAA-A------------A-----AAAAACTAA----------------AAAGAGA--------------------G-------AGGGGGG--G--A-----GA-----------G-AGAT-----GA----G--------AA---------AAT-AG--GAAT-G-G-AGGGATA
gi|8 : aGCG-CG-AT---TG-C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GTTGCCCCG----T-A-----CG-------T-------C-----C--------CG-----C-C----------------CGCTAAAAAAAAAAAA----------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GAAGAGGGAAGAAG-A--------GA----A--------AA---------GAT-AG-TGAAT-GAG-GAGGATAa
gi|9 : CG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--TT---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGA--------------------G-------A--------G--AAGAGTGA-----------G-A--------GA----GAGAGAGAAAA---------GAT-AA-TGAAT-G-G-AGGAATA
blockSeqs : GTT AT A TTT AA GA A AATCCCAA CCAC AT T A AA C TT CCC CAGA G GCCCC CCCCCCC TGCCCCC CCTCT CCCCGCCC CCCCCC TAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAAAA CCCCC AAAACT AAAAAAAAAAAAAAAA AGAAAAGAAGGATGAAATGGGA AT AGAGT AGAGGGAAGAA A GACGAGTA GAGAGAGAA AAGAGAGAG A A . C C
blockSeqs : G AC C AG . G G . C CG T T . C C . T A AT ACCCCC GCCGCC CCA CCCCCCT G TAGAAAAAACATCAACAAT . . CAAC . . AACAAACGTA CA . ATG . GAT CCATG GAAG . . . A .
blockSeqs : . T . G . . C . . G . A . . T . . A CC TGCCAC TCCCCA CC GCCCC . CGCTAAAAAAAAAAAAA . . C . . GATAGAAAA . . T . G TG . . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . . . . . . . . . . . G G CCCCCC G . CT . CCCTAAAAAAAAAA . . . . . GAGGGGGG . . T . . G . . . . . .
blockSeqs : . T . C . . . . . . . . . . . . . A C CCCCC . . CA . CCCCCCCCT . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . G . A . . . . . . . . . . . . . . . CCCCC . . . . CCTTA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CCCC . . . . CCGA . . . . . AA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . TA . . . . . AA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . TA . . . . . GA . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . TG . . . . . GG . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . CA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . AA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . GA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
finalCons : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GCGTATGTCCTCTCATACCCAAACCAAAATACACTTAAATGCCACCAATCTAAGAGGAGAGATAGTGAATGAGGGATAAAAGAGAGAGGAGAGACGACAGCGCAGCGCGACCATGGCAATTACAGGGGGCGTGGGGGGCGAAACGCCCCCCCCTAAAATTTT
Unaligned ( gi|6 ): GAGAGGGATAAGTGAAATGGAGGGATTAAAGCGCAGAGAGACAGTGCGCAGCGCGACAGAGACACTAGCGAATTTAGTAGTGTCGGCGTGGGGGGACACGGCCCCTCCCTCACAATTTTTTCAA
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGCGTATTGATGATACATCCCGCCGCGGCGCCCACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAAGGAAAGAGATAGAGAGAAGGATAAGA
Unaligned ( gi|18 ): CAGGGATAAATGAGAGAGAGACCAGCAACAGACGCGCTACGTATGGCACTGGGAGGATTATAGAGGGGGCGCTTGGTGCGACGGCCACCCTAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): AAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATAGTGAATGGAGGGTA
Unaligned ( gi|24 ): AGAGAGAGACCAGCACAGCGCGCCACGATACAACTGGACGATTTAAAGAGTGGGGTGCACGTCTTCACGACTCCGACCCCCCCAAAAATTT
Unaligned ( gi|27 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGTGAATGGAGGATAA
Unaligned ( gi|37 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGATTAGTTGAATGGAGGGATAAA
Unaligned ( gi|45 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATACGATAAGATA
Unaligned ( gi|48 ): CGACTTGCACTTGCGGATTTAGAGGGGGCGTGGGGGCGCACCCCCATCCAACCCTAAAATT
Unaligned ( gi|50 ): AATAGACAGCGCGCGCGCACAATGGCGGACTTTAGAGGTGCGCACGCCCCACTCCCCTAA
Unaligned ( gi|53 ): GAGAGAGCACAGCGCCGCAGCGCGCCACCGATACTACTGGGCGGATGTTATGAGGGG
Unaligned ( gi|61 ): TGAGAGACAGGCCGGGGGAGCGATAAGCGATACACTGGGCGGATTTA
Unaligned ( gi|64 ): TTTTGCCTCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGGGAG
Unaligned ( gi|69 ): ATAAAAGAGAGAGAAACAGCACAGCGCGCACGATA
Unaligned ( gi|70 ): GAAGCTCACATTGGTGGATTTAGAGGGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 0 222 55 1 555 11 11 2 0 22222222 2222 22 1 2 11 1 22 111 2222 3 55555 7777777 7777777 44444 88888888 222222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 0 444444444444 44444 222222 6666666666666666 1111111111111111111111111111111111111 33 22222 00000000000 1 88888888 6666666666666 777777777 1 1 1 3 1
lowQualScore : . ... .. . ... .. .. . . ........ .... .. . . .. . .. ... .... . ..... ....... ....... ..... ........ ...... . ............................................................ ......... . ............ ..... ...... ................ ..................................... .. ..... ........... . ........ ............. ......... . . . . .
lowQualScore : 8 111 11 5 333 00 88 2 7 77777777 3333 88 5 2 00 5 55 333 3333 6 33333 7777777 3333333 11111 88888888 888888 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 9 777777777777 77777 777777 8888888888888888 4444444444444444444444444444444444444 22 99999 00000000000 2 00000000 0000000000000 999999999 4 5 5 1 5
consensus : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
Reference ( family-3116 ) : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|1 : -AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCCCCCCTGANNNNNNN-------------------------N-----------------NNN---------NN-N------------N-----N------NN----------------NNNNNNN--------------------N-------N--------N--N-----NN-----------N-N--------NN----N--------NN---------NNT-AG-TGAATGG-G-AGGGATA
gi|1 : GGCG-CGGAT---T--T-A-------GAG--G-G-G--------C----G--T-G-G--GG-G--GC---G----C-A-----CG-------C-------CCCTCTC--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------taagagagagaagacaggaggccagcgcgacattggcgcggatttagaggggcgtggggggcgcacgcccctctcccctaaaat
gi|11 : aaggaaaggcgtaccgggcgtacgccccccccccccctgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtgaatgggagggatataagagagagaagacaggaggccagcgcgacattGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--GC---G----T-AG----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCCTAAAAAAAAA-------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------GATA-----GA-----------G-A--------GA----G--------AAAAGAGAGAGGAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAt
gi|12 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAGAA-G-G--------C----GATC-A-C--CG-GC-GC---G----T-GAT---CG-------C-------C-----C--------C------C-T----------------TAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATAAA-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAAA--------------------G-------------------------GA-----------G-G--------TA----G--------GA---------GAc
gi|13 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--TTA-C--CG-G---C---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-AAAAAAAAAAAAAA-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA---------GAG-AG-g
gi|14 : gcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CGCG--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCCCT-C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AATA------------A-----T------AA----------------AAAGTCA--------------------A-------A--------A--A-----GAT----------G-A--------GAT---G--------AA---------GA------GGA--G-G-AGAGACAgacaaagcagag
gi|15 : GGCG--GGAT---TATC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------CCG-----------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------GAAGAGA--------------------G-------A--------GCAA-----GAATG--------G-A--------GA----G--------AA---------GAGAAG-TGAAT-GCG-AGGgcg
gi|16 : CG-CGGAT---T----AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCCCC-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------G-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------AA----------------GAAGAGA--------------------GATAGAAAA--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-A-AGGa
gi|17 : GGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----C--T-A-C---G-G--GC---G----T-AC----CG-------C-------C-----C--------C------C-CCCT-------------T-------------------------A-----------------AAA---------AG-A------------G-----A------GC----------------AGAGAGA--------------------A-------A--------G--A-----GA-----------G----------GA----G--------AAGAAG-----GAT-AG--GAAT-G-G-AGGAA
gi|20 : cgGCG-CGGAT---T--C-AA---G---AA--A-G-C--------C----G--T---C--CG-G--GC---T----T-------CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------CCCCCCCT----------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAGAA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GG----A--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AAGGaaga
gi|21 : GCG-CGAATGTTC--C-AA---G--GAA--AAG-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------AA-T------------A-----A------AA--------------------AGA--------------------G-------G--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-TG-TGAAT-G-G-AGGtga
gi|22 : atGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------TA-A------------A-----A------AT----------------AAGGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAacaaa
gi|23 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCCCCGCCCC------C-C----------------C------------------------------------------------------------------------CCCCCA------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-------------------------------------AA---------AAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATA
gi|25 : GCG-CG-AT---C--A-AA---G--AAA--A-G-G--------CCCACG--T-A-T--CC-G--GC---G----T-A-----CCACCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------------------------------------------------------AAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AG-TGGAT-G-G-AGGG
gi|26 : AT---T--C-AAAG-G--GAA--A-G-G--------C----GCGT-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGTGCCAC-C-------C-----C--------T------C-C----------------C-------------------------A-----------------CTT---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA-----------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AG---------GAT-AG-TGAGC-T-G-AAGGATc
gi|28 : GCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-------A--GC---G----C-------CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------G-------------------------C-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----G------------G-A--------GA-------------AA---------GAT-A--TGAAT-G-G-ATGGA
gi|29 : GGCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------------------------------------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgtaaa
gi|3 : aGACG-CGG-----T--C-AA---AAAGGA--A-G-A--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------CGCCGCC-C-----C--------C------CGC----------------T-------------------------AGAAAAAACATCAACAATAAA---------AA-A------------A-----A------TA----------------AAAGAGA--------------------A-------ACAAACGTAA--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAG-AG-AGAGC-G-G-aa
gi|30 : agCA-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G--------------------------G---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAgatttgttgaattggaggcgtata
gi|31 : CG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAA--A-T-G--------CC---G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CA-------CTGCCCCCC-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AC----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------GAA--------GA----G--------Aaa
gi|32 : ---T--C-AA---G--GAA--A------------C----T--T-A-C-----G--GC---G----T-A-----TG-------C-------C-----C--------CCCCCCCC-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------GA----------------GAGCAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GACCATG--------AA---------GAT-g
gi|33 : gaGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--C--G--GC---G----TAA-----CG---------------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------AC----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------G-AG-------GA----G--------AG---------GAtaaag
gi|34 : aCG-CGGAT---T--C-CA---G--GAA--A-G----------C----G--T-C-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-----------------------------------------------------------------------------C------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------GA----------AT--G-TGAAT-G-G-AGGGATac
gi|35 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------T-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------GA----G--------A
gi|36 : GGAT---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G---C---G------------CG-------C-------T-----C--------C---------------------------------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------G-------A--------G--A-----GAT----------G-A--------GA-------------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGATgcacga
gi|38 : GGCGGCGGAT---T--C-A----G--GAA--A-G-G--------C----G--T------------------------A-----C--------C-------C-----C--------T------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----T------A-----------------------------------------------------------------------A-----------G-A--------GA----G--------AA---------GAT-AGATGAAT-G-GCAGGGATA
gi|39 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAG--G--GAA--A-G-G--------C----G--T---C--CG-G--G----G----TAA-----CG-------C-------C-----CCT------C------C-C----------------T-------------------------------------------AAA---------AA-A------------A-----A------AG----------------AGAGAGC--------------------G-------A--------G--A------A-----------G-A--------GA----G--------GA---------Gaag
gi|4 : -CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-GAATCCCAAC----G--TTA-C--CG-G--GC---G----T-A-----C--------CTCCCCA-C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AGAGAGAAGAAAAGAAGGATGAAATGGG-------A--------G--A-----AA-----------G-AGACGAGTAGA----G--------GA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-GGGG
gi|40 : ccgcGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--A-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCC--C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AC-A------------A-----C------AA----------------CAA
gi|41 : caGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-GTG--------C-------T-A-C--AG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A--------------------------------------------------------------------------------------------------A--------GG----G--------AA---------GAT-AG-TGAAT---G-AGGGAcaaccaaaaa
gi|42 : GGCG-CGGAT---TT-C-AA---G--GAAG-A-G-G--------C----G--T-ATC--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------ACAAC-A------AA----------------AAAAA
gi|43 : CG-CGGAT---T--C-AAC--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----CCA------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------CA-A------------C-----A------AA----------------AATAAGA--------------------G-------acaa
gi|44 : aggc-C--CG-G--GC---G----T-A-----CC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------C-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A------------AA----------------AAAGAG---------------------G-------A--------G--A-----GA-----------G-A--------G---------------A---------GAT-AG-TGAAT-G-G-A-GGATAt
gi|46 : gcgGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--AGG-G--------C----G--T-A-CAACG-G--AC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------a
gi|47 : aGGCG-CGGATG--T--C-A----G--GTA--A-G-G--------T----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----TA-------CG------C-----C--------C------C-C----------------T--------------------------------------------------------A-A------------A-----A------GA----------------GATGAGA--------------------G-------A--------G--C-----GA-----------accccccaccccctaaa
gi|49 : GGCG-CGGAG---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GT-GC---G----T-A-----CC-------G-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------CAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAA
gi|5 : aCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-AAC--CG-G--GC---G----T-A-----CGC------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAAAAA--------------------A-------A--------A--A-----AA-----------a
gi|5 : ggcA---------GAT-AG-TGAAT-G-G-AGGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatagtgaatggagggata
gi|51 : ggccgcggattcaaggaaaggcgtaaccgggcgtacgccccccctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-CGGAT---T-----ATTTG--GAA--A-T-G--------C----G--T-A-C--CG-G---T---G----T-A-----CG-------C-------C-----CGCCCC---C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AGA---------AA-G------------A-----A------AA----------------A
gi|52 : ggcGCG-CGGAT---T--CAAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-A--CGCG--GC---G----T-ACC---CG-------C-------C-----T--------C------C-C----------------
gi|54 : G-CGGAT---T--C-AA---G--AAA--A-G----------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GCAGAC-A-----CGCCCC---C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----G------Accacctccagttaaa
gi|55 : GGCG-CGGAT---TACC-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-G--TG-A--GC---G----T-A-----CGCA-----C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------T-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|56 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T-------T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CGCCCCCC-C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------
gi|57 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TGA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|58 : aGGCG-CGGAT---T--C-AT---G--GAA----T-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GT---G----T-A-----CG-------C-------CCC---C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------A
gi|59 : aGGCG-CGG-T---T--C-AA---G--GAA----G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----TAA-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|60 : aGGCG-CGGAT---T--C-AAA--G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G------A-----CG-------C-------CCCA--C--------C------C-C----------------C-------------------------A-----------------AAA---------Acccccctaaaa
gi|62 : aGCG-CGGAT---C--A-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------T-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------GAA---------AA-
gi|63 : GGCG-CGGAT---T--CCAA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---GT---T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------
gi|65 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------
gi|66 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------ccc
gi|67 : GGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C-----------C-----------------------------------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-c
gi|68 : cttccaGGC--CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------T----G--T-A-C--C--G--GC---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------
gi|7 : aGGCG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--ACG-G--------C----GG-T-A-C--CG-G--GG---T----T-AGCCCCCC-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAAAAAAAAAAAAA-A------------A-----AAAAACTAA----------------AAAGAGA--------------------G-------AGGGGGG--G--A-----GA-----------G-AGAT-----GA----G--------AA---------AAT-AG--GAAT-G-G-AGGGATA
gi|8 : aGCG-CG-AT---TG-C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A-C--CG-GTTGCCCCG----T-A-----CG-------T-------C-----C--------CG-----C-C----------------CGCTAAAAAAAAAAAA----------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AA----------------AAAGAGA--------------------G-------A--------G--A-----GAAGAGGGAAGAAG-A--------GA----A--------AA---------GAT-AG-TGAAT-GAG-GAGGATAa
gi|9 : CG-CGGAT---T--C-AA---G--GAA--A-G-G--------C----G--T-A----CG-G--TT---G----T-A-----CG-------C-------C-----C--------C------C-C----------------T-------------------------A-----------------AAA---------AA-A------------A-----A------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGA--------------------G-------A--------G--AAGAGTGA-----------G-A--------GA----GAGAGAGAAAA---------GAT-AA-TGAAT-G-G-AGGAATA
16 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GCGTATGTCCTCTCATACCCAAACCAAAATACACTTAAATGCCACCAATCTAAGAGGAGAGATAGTGAATGAGGGATAAAAGAGAGAGGAGAGACGACAGCGCAGCGCGACCATGGCAATTACAGGGGGCGTGGGGGGCGAAACGCCCCCCCCTAAAATTTT
Unaligned ( gi|6 ): GAGAGGGATAAGTGAAATGGAGGGATTAAAGCGCAGAGAGACAGTGCGCAGCGCGACAGAGACACTAGCGAATTTAGTAGTGTCGGCGTGGGGGGACACGGCCCCTCCCTCACAATTTTTTCAA
Unaligned ( gi|10 ): ACAGGCGTATTGATGATACATCCCGCCGCGGCGCCCACAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAGAGAGAGAAGGAAAGAGATAGAGAGAAGGATAAGA
Unaligned ( gi|18 ): CAGGGATAAATGAGAGAGAGACCAGCAACAGACGCGCTACGTATGGCACTGGGAGGATTATAGAGGGGGCGCTTGGTGCGACGGCCACCCTAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): AAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATAGTGAATGGAGGGTA
Unaligned ( gi|24 ): AGAGAGAGACCAGCACAGCGCGCCACGATACAACTGGACGATTTAAAGAGTGGGGTGCACGTCTTCACGACTCCGACCCCCCCAAAAATTT
Unaligned ( gi|27 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGTGAATGGAGGATAA
Unaligned ( gi|37 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGATTAGTTGAATGGAGGGATAAA
Unaligned ( gi|45 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATACGATAAGATA
Unaligned ( gi|48 ): CGACTTGCACTTGCGGATTTAGAGGGGGCGTGGGGGCGCACCCCCATCCAACCCTAAAATT
Unaligned ( gi|50 ): AATAGACAGCGCGCGCGCACAATGGCGGACTTTAGAGGTGCGCACGCCCCACTCCCCTAA
Unaligned ( gi|53 ): GAGAGAGCACAGCGCCGCAGCGCGCCACCGATACTACTGGGCGGATGTTATGAGGGG
Unaligned ( gi|61 ): TGAGAGACAGGCCGGGGGAGCGATAAGCGATACACTGGGCGGATTTA
Unaligned ( gi|64 ): TTTTGCCTCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAGAAGAAAAGGGAG
Unaligned ( gi|69 ): ATAAAAGAGAGAGAAACAGCACAGCGCGCACGATA
Unaligned ( gi|70 ): GAAGCTCACATTGGTGGATTTAGAGGGAGCG