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blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : C******* *** ACGCAGAACGAACG*********************** A****** TG********** *********** ************* A****
originalCons : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C--C----AC-A-----CGC---A-C--GGT-G-ACCGC------A--NCG---GACGG-A-A---ACGC------G-TGACC-GC--ACG-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A-------T---GAAAATGACT---GAACGCACG-GTGACCG-----------CACGCTG-ACCGC-GCAGGA-------------AAATGGTAAAGT--A--GAA-CGTTTCAGGGACTGTAATATNTACACGTGCATGTAAC
finalCons : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----AC-------C----AC-A-----CGC---A-C--GGT-G-ACCGCACGCAGAACGAACG-----------------------G-TGACC-GC--ACG-CTGA------AC-A-ATGAATG-ATG----------AAAATGACT---GAACGCACG-GTGACCG-----------CACGCTG-ACCGC-GCAGGA-------------AAATGGTAAAGTA----GAA-CGTTTCAGGGACTGTAATATNTACACGTGCATGTAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GCTTCATAAACGGTGACTGCCACTGTTTGGTGAACGATGAATGCTTTGAGGATGGTGAATGC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222 3333333333333 333333333333 11 111 4444444444444 11111 1
lowQualScore : 3 1 222 222 77777 55 1 3333 55555 1 1 1 333 1 22 1 1 2 2 55 2 666 5555555555555555555555555555 33 2 2 33 2 9999999 2 2 5 0000000000000 888 6 0 999999999999 33 0 222 0 4444444444444 0 33333 8 7 1 5
lowQualScore : . . ... ... ..... .. . .... ..... . . . ... . .. . . . . .. . ... ............................ .. . . .. . ....... . . . ............. ... . . ............ .. . ... . ............. . ..... . . . .
lowQualScore : 1 5 666 666 88888 00 5 1111 22222 5 5 4 999 5 11 7 7 4 0 00 1 555 6666666666666666666666666666 11 4 4 22 5 4444444 5 5 3 8888888888888 888 7 8 444444444444 22 2 888 2 0000000000000 8 00000 0 3 0 0
consensus : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AC--GCAG---AAC----G-----------A-----------AC--GG-TGACC-GC--ACG-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A--------T---GAAAATGACT---GAACGCACG-GTGACCG-----------CACGCCG-ACCGC-GCAGGA-------------AAATGGTAAAGT--A--GAA-CGTTTCAGGGACTGTAATATNTACACGTGCATGTAAC
Reference ( family-3101 ) : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AC--GCAG---AAC----G-----------A-----------AC--GG-TGACC-GC--ACG-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A--------T---GAAAATGACT---GAACGCACG-GTGACCG-----------CACGCTG-ACCGC-GCAGGA-------------AAATGGTAAAGT--A--GAA-CGTTTCAGGGACTGTAATATNTACACGTGCATGTAAC
gi|1 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--TGT----A-------CAC-A-CGCA--A-T--GAT-G-ACCG--AC--GCAG---AAA----G-----------A-----------ACCACG-TGACC-GC--ACG-CTGA----A-AC-A-ATGAATG-A-------------AAAATGACT---GAA-GCACG-GTGGACGCATGTGAGATACACGGTG-ACTGCAGCAGAAGCGCAACGGAAATAAATGGTAAAGT--AAGAAA-CGTTTCAGGATCTGTCATATCAACACGT
gi|10 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ATTTCT-T----AT----C-CAC-A-CGC---A----GGT-G-A-CGCAAC--GCAG---AAC----G-----------------------AC--GG-TGA-C-GC--A-A-CCG-----A-CC-A-ATGAATG-A--------taaatgagccttgttgacaga
gi|11 : cGTCCCTTAAT-AG-TT---A---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CG---------------------------------------------------G-----------AC--GG-TGACC-GC--ACG-CTG-----A-AC-A-ATGA----A--------T---GAAAAGGACT---GACCGCATG-GTGACCA-----------Caaa
gi|12 : TCCCTGAAA-TG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-TGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AT--GAAG---AAT----G-----------C-----------AC--GG-TGACC-GC--ACG-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A--------
gi|13 : AGTCGTTGAAA-CG-TT---C---T-----ACTA-T-TAAACA-----C-AAC-G-CGT---A-T--GGTGG-ACCGC-ACCTGCAGA--AAC----G-----------C-----------GC--GG-TGACCTGC--Aaaa
gi|14 : CCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-A----------------AA------------------------------------------GC--ACG-CTG-------AC-A-ATGAATG-A-------------AAAATGACT---a
gi|15 : gtCTTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----A-CTA-A-CGC---A-C--AGT-G-ACCGC-AC--GCTG---AAC----A-----------A-----------AT--Ga
gi|16 : tGTCCCTGAAAACG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---ACC--GGT-G-ACCGC-AC--GGTG---ACC----G-----------A-----------Aaatcaaaatgaa
gi|18 : -CGC---A-C--GGT-GGAACGC-ACC-GCAG---AAC----G-----------A-----------AC--GG-TGACC-GTCGACG-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A-------------AAAAtttattgtg
gi|19 : GTCCCTGAAA-CG-TTATACATGT-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-A-TCCGC-AC--GCAG---AGC----G-----------A-----------
gi|2 : gTGAAG-CG-TT---C---TGAAAAATTA-T-T----ATGAAAC-CAC-A-CGCGATA-A--GGT-G-AACG--AC--GCA------------------------------------C--GGCTGACC-GC--ACG-CTG-----ATAC-AGATTGAGG-A--------TTTGAAAAATTACTTAAAAACGCACG-G
gi|2 : --GG-TGGCA-CC--ACG-ATG-----G-GC-T-ACAAACGTA--------G---GAACCTAACT---GCACGCACG-A------------------ACGCCA---CGC-G-AAAA-------------AAATGG-AAAGTTAA--GAACCGTTTCAagtcccggtcgggtggcaccacgatgggctacaaacgtaggaacctaactgcacgcacgaacgccacgcgaaaaaaatggaaagttaagaaccgtttca
gi|20 : tgaagcgttctgaaaaattattatgaaaccacacgcgataaggtgaacgacgcacggctgaccgcacgctgatacagattgaggatttgaaaaattacttaaaaacgcacggagtcccggtcgTGGTAAAGT--A--GAA-CGTTTCAGTGACTGTAATATATACAAGTG-ATGTAAC
gi|21 : AGTCCCTTGAA-TG-TT---T---TTTA--ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A--------G-AACGC-A
gi|22 : acGTCCCTGAAA-TG-TT---C---T-----TAT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AC--G
gi|23 : AGTCCCTGAAA-TG-TT---A---T-----ATT--T-A----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AC--
gi|24 : C--GG-TGACC-GC--A-G-CTG-----A-AC-A-ATGAATG-A--------A---AAAAATGA
gi|25 : atgcgCCCTGAA--CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-AGCGC---A-C--GGT-G-ACC
gi|26 : gtc-----------AC--GG-TAACC-GC--ACG-GTG-----A-AC-A-ATGAATG-A-------------AAAATGA
gi|27 : tgcAGTCCCTAAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----A-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-
gi|28 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----AC---T-T----A-----C-CAC-A-CAC---A-C--GGT-G-
gi|29 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-TAC-A-CGC---A-C--GG
gi|3 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-AAC-A-NNN---N-N--NNN-N-NNNNN-NN--NNNN---NNN----N-----------N-----------NN--NN-NNNNN-NN--NNN-NNN-----N-NN-N-NNNNNNN-NNNNNNNNCT---GAACATGACT---AAACGCACG-GTGACCA-----------CACGCTG-ACCGC-ACAGGA-------------AAATGGTAAAGT--A--GAA-CGTTTCAGGGACTATAA-ATGTACTCGTACATGTAAC
gi|30 : GTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-ag
gi|31 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---TA----ACT--T-T----A-------CACAA-CGC---A-
gi|32 : aGTCCCTGAAA-TG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---
gi|33 : AGTCCCTGAAA-TG-TT---C---T-----TTT--T-T----A-----C-CAC-A-TGC---A-C--tga
gi|4 : AGTCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----CACAC-A-CGC---A-C---GT-G-ACTGC-AT--GCAG---AAC----G-----------A-----------AC---G-TGACC-AC--TAG-CTA-----T-GC-A-AT---TGTG--------T---GAACG-GA-----GAACGCATGTGTGACCG-----------CATGCTGAACAAT-GAATGA-------------AAATG
gi|5 : A-------------AAATGGTAAAGT--A--GAG-CGTTTCAGGGACcc
gi|6 : ggtgactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAGTCCCTGAAACCGTTT---C---T-----AC---T-T----A-----C-CAC-A-CAC---A-CCAGGT-A-GACGC-AC--GCTG---AACCGCAA-----------G-----------AT--GG-TGAAC-GC--ACGCCTGGCCCAA-GCAA-ATGAA---A--------T---GAAAA
gi|7 : AGTCCCTGAAA-TA-TT---C---T-----ACT--T-C----A-----C-AGC-T-TGA---A-C--AGT-G-AGCGC-AC--GCTG---AAC----GCACTGTCAGTAA-----------AC--GG-TGAAC-GC--ACG-CCG-----A-AC-A-aatg
gi|8 : G-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-CAC-A-CGC---A-C--GGT-G-ACCGC-AC--GCAG---AAC----G-----------AACGAAGAACGCAC--GA-TGACC-GC--ACG-CTA-----A-AC-A-ATAAATG-A-------------AAAATGACT---caatttgg
gi|9 : TCCCTGAAA-CG-TT---C---T-----ACT--T-T----A-----C-TAC-A-TGC---A-C--GGT-G-ACTGC-AC--GCTGTTTGGT----G-----------A-----------AC--GG-TGAAC-GC--ACG---G-----G-AG-A-CCGAATG-G--------T---GAAa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GCTTCATAAACGGTGACTGCCACTGTTTGGTGAACGATGAATGCTTTGAGGATGGTGAATGC