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Reference ( gi|3 )            :                                                   ATCACCC-A-TTCA--TACGATA---CGATTTGCATA--CA-TAAGT-A-TT-G-T-T-GCTTATGTGTA-AATT-TACTTA------GGT-GT-G-CA--ATTTTTGT-CGTATC-AA-CGGAT--ATT--CTAATA--TG-CA--AATCC---TGCACATC------TAA-GTTAATTT-GCACCCAGGTAAGGGT--A-----GGTGCAAATTA--ACTT--TT-G-------CTCATA-----TATTGAAGC----AACTTTTCTGCTCCCG--T-G-T---G---T-----ATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GT-AAATTTA-CTT----------ATA-TA-TGCATT-TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCATA-----GAACTTCTT
gi|1                          :                                                      ACCC-AATCCA--TACGACA---CGATTTGCATAA-CA-TAAGT-A-TT-T-T-TTGCTTATGTGTAGAATT-TACTTG------GGTTGT-GGCA--ATTTTTGT-CGTATG-AA---GAT--TTA--CTTATA--TG-CA--A-TCC---TGCACACT------CAA-GTTAATTTTGCACATTATCAAGGGT--A-----GGTGCAAATTACTACTT--TTTG-------CTCATA-----TATTGAAGC----AATTTTCTTG-TCCTG--T-G-T---GTGAT-----ATTTACTTGGTCGTGTGAATGCAC----AGGT-AAATTTA-CTT----------ACATTA-TACATT-TGCAT-TT-ACGGAGACCT-CTACAG-----TCGCG-CGGGGCGAGT--TACCATATATATGAACTTC
gi|7                          :                                                      ACCC-A-TTCA--TACGAAA---CGATTTGCATA--CT-TAAGT-A-TT-G-T-TTGCTTATGTGCA-GATT-TACTTATCTATAGGT-GT-G-CA--ATTATTGT-CA-ATTGAA-CTCAT--TTA--CTTATA--TG-TA--AATTC---TGAACACC------TAA-GTAAATTT-GCACCTAGTCAAGGGT--A-----GGCGCAAA------------------------CATA-----TATTGAAGT----AAATGTTCTGCCCCTG--T-G-T---G---T-----ATCT-ATT-GTCGTGTGAATGCAC----A-GT-AAATTTA-CTT----------ACA-CA-TGCATT-TGCAT-TCAATGGA-ACCT-CTACA
gi|4                          :                                                     aACCC-A-TTCAATTGCGGAAAGTCGATTTGCATA--CA-TAGG-----------------ATAT-----ATT-TACTTA------AGT-GTTG-CA--ATTTTCTT-CGTAGT-GA-AGGA---ATTACTTAGTAGATG-CAG-AATCA---TGCAGA-C------TAA-GT-ATTTT-GCA-----------G---A-----GGAGCAAATTA---CTTGTTT-G-------TTCATACTGTATATTGAAGC----AAATGTTCTGCTCCTG--T-GGT---G---T-----ATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCACGATGA-GT--AATTTACCTT----------ATA-CA-T-CATT-TGCATATCAACGGA-ACCTCCTACAGACAGTTC-CGTCGGGGC-AGT--TACAAAT-----GAACTTCTtt
gi|10                         :                                                      ACCCGA-TTCA--TACGACA---CCATTTGCATG--CA-TAAGT-A-TT-GTT-T-GCTTATGTGTA-AA----ACTTA------GGT-GT-G-CA--A--CTTGT-CGTAT---G-CAGAT----------AGA--TG-CA--GATC
gi|16                         :                                                 ttaatACCC-AATTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CA-TAAGT-A-
gi|2                          :                                                       CCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATATACA-CAAGT-A-TT-T-T-TTGCTTANNNNNN-NNNN-NNNNNN------NNN-NN-N-NN--NNNNNNNN-NNNNNN-NN-NNNNN--NNN--NNNNNN--NN-NN--NNNNN---NNNNNNNN------NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNNNNNTTA--ACTT--TT-G-------CTCAAA-----CATTGAAGT----AAATACCCTGCTCCTG--T-G-T---G---T-----ATTT-CTT-GTCATGTGAACGCAC----A-GT-AAATTTA-CTT----------ACA-TA-TGCATT-TCCAT-TCAACGAA-ACCT-TTACAG-----TC-CA-CGGGGC-AGG--TGCCAAA-----GAACTTCCT
gi|5                          :                                                     acCCC-A-TTCA--TACGGCA---CGATTTGCATA--CA-TAAGT-ATTT-T-T-T-GCTTANNNNNN-NNNN-NNNNNN------NNN-NN-N-NN--NNNNNNNN-NNNNNN-NN-NNNNN--NNN--NNNNNN--NN-NN--NNNNN---NNNNNNNN------NNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNNNNNNNNN--NNNN--TT-GTATTTTGCTCATA-----TATTGAAGC----AAATTTTCAGATTCTG--T-G-T---G---T-----ATTT-CTT-GTCGTATGAACGCAC----A-GT-AAATTTA-CTT----------ACA-TA-TGCATT-TGCAT-TCAACAGA-ACCT-CTACAG-----TC-a
gi|8                          :                                                     acCCC-A-TTCA--TACGACA---CGATCTGCATA--CA-TAAGT-A-TT-T-T-TTGCGCATGTGTA-AA----------------------G-CA--ATTTTTAT-CGTATG-AA-CAGAT--TTA--CTTATA--TG-CA--AATCC---TGCACACC------TAA-GTAAATTT-GCACCTAGTCAAAGAT--AACATCGGTGT-GGTGT--ACTT--CCAG-------TTCCAA-----T-----AGC----AACTATT------CCG--T-G-T---G---TTACAGATTT-CTT-G
gi|11                         :                                                   atacCCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CATTAAGT-A-TTCT-T-T-GCTTATGTGTA-AATT-TACTTAG-----GGT-GT-G-CA--ATTTTTGT-CGTAT
gi|10                         :                                                           atacCA--TACGACA---AG--TTGCACA--CC-TAAGT----T---T-T-ACACATAAGCA-AACAATACTTA------TGC-AT-G-CA--AATGGTGT-CGTATG-AATCGGGT--ATT--
gi|6                          :                                                                              ttTTTGAATA--CA-TAATTTA-TT-A-TAT-GATTATATGCA-AGTT-AATTTA------C----T-G--------TTCGTTCACA-C-AA-GAAAT--ACA--CTCAGG--AG-CA--AA-AA---TGAGCA---------AATGTTAATTT-GCACCTATCCTTGAGT--A-----GGTGCAAATTT--ACTT--cagatagatgcagatc
gi|8                          : tttgcacacattacttttttagaagaattcatgtcttcgtagacaaatgccagtttgtcagattatttacttatatgcaaatcgatatgctcacctT-A-TC-T-T-T-GACTAGGTGCA-AATT-TACTTA------GGT-GT-G-CAGGATTTggaaactctacagtcctcggggctggtataccaaagaactt
gi|7                          :            ataccccattcatacgacacgatctgcatacataagtattttttgcgcatgtgtaaagcaatttttatcgtatgaacagatttacttatatgc-T-T-GACTAGGTGCA-AATT-TACTTA------GGT-GT-T-CA--GAATTTA--CATATA-AG-TAAATGAGTT--C-AAT---TGACAATAAT-----TGCACACCTATAGATAA-GTAAATCT-GCACATAAGCAAacatcggtgtggtgtacttccagttccaatagcaactattccgtgtgttacagatttcttg
gi|6                          :                                                                                                                                       aacccattcatacgaaacgatttgcatacttaagtattgtT--ATTTACTTATA--TG-CA--AATCGATATGCTCACC------TAA-GTAAATTT-GCACCTACTCAAGGAT--A-----GGTGCAAATTA--ACAT--TT-G-------CTCAT------------------------TTTTGCTCCTG--A-G-T---G---T-----ATTT-CTT-GT---GTGAACGAAC----A-GT-AAATTAA-CTTGCATATAATCATA-TAATAAATTATGTAT-TCAAAGGA-AACT-CTACAG-----TC-CT-CGGGGC-TGGTATACCAAA-----GAACTTgggtaggcgcaaacatatattgaagtaaatgttctgcccctgtgtgtatctattgtcgtgtgaatgcacagtaaatttacttacacatgcatttgcattcaatggaacctctacatt
gi|9                          :                                                                                                                                         tttgcacacattacttttttagaagaattcatgtcttcgtagacaaatgccagtttgtcagatTTC---TG-ACAGA------TGA-GTAAATTT-GCACCT-GGTCAGGACTAA-----AGTGCAAATTA--ACTT--TT-A-------CATACA-----TGTT-AAGCGCAGAAATTATTTGCTCTGG--TGG-T---G---T-----AAAT-TTT-GTCGTAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 T--TT-G-------CTCATA-----CGTTGTACA----AAATATTCTGCTCCTAAAT-G-T---G---T-----ATTT-TTT-GTCCTGTGAACACAC----A-GT-CAATTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttacCATA-----CAT--AAGT----A--TTTTTTGCGCATG--T-G-TAAAG---C-----AATT-TTT-ATCGTATGAAC-------------AGATTTA-CTT----------ATA-T
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ataccccattcatacgacacgatctg-G-T---G---T-----ATTT-TTC-GTCATGTGAACGCGC----A-GGAAAATTTA-CAC----------TTG-TA-TGCgcaaatcctgcacacctaagtaaatttgcacctagtcaaagataacatcggtgtggtgtacttccagttccaatagcaactattccgtgtgttacagatttcttg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccta-G-C---G---T-----ATTT-TTC-GTCATGTGAACGCGC----A-GC-AAATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-TGCAT-TCAACAAA-ACCT-GTACAG-----TT-CG-TGGAGC-ATG--TGCCGAA-----GCACTTtacacaagtatg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAGTCCCGGGGCGGGGGCCAAAGGACTCTAGCTTT






Alignments
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Reference ( family-3090 )     :                                                   NNNACCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCAT-A--CA-TAAGTA-TT-TTT-GCTTATGTGCA-AATTTACTTA------GG-TGT-GCAATTTTTGTCGTA-TNAACGGATNTNCTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAG-TAAATTTGCACCTAGTCAAGGGT-AGGTGCAAATTA--AC-TT--TTG-------CTCATA-----TATTGAAGC----AAATNTTCTGCTCCTG--T-GTG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT---------T-TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----AAGAACTTCCT
gi|1                          :                                                      ACCC-AATCCA--TACGACA---CGATTTGCATAA--CA-TAAGTATTT-TTT-GCTTATGTGTAGAATTTACTTG------GGTTGTGGCAATTTTTGTCGTA-TGAA--GATTTACTTA-TA--TGC--AATCC---TGCACACTCAAGTTAATTTTGCACATTATCAAGGGT-AGGTGCAAATTACTACTTT--TTG-------CTCATA-----TATTGAAGC-----AATTTTCTTGTCCTG--T-GTGTGATATTTACTTGGTCGTGTGAATGCAC----AGGTAAATTTA-CTTACATTATA--CAT---------T-TGCAT-TT-ACGGAGACCT-CTACAG-----TCGCG-CGGGGCGAGT--TACCATATATATGAACTTC
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gi|11                         :                                                  ttaatCCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCAT-A--CATTAAGTA-TTCTTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTAG-----GG-TGT-GCAATTTTTGTCGTA-T
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -GCG---TATTT-TTC-GTCATGTGAACGCGC----A-GCAAATT----TTACA-CAAG--TAT---------gc
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gi|2                          :                                                       CCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCAT-ATACA-CAAGTA-TT-TTTTGCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTTA--AC-TT--TTG-------CTCAAA-----CATTGAAGT----AAATACCCTGCTCCTG--T-GTG---TATTT-CTT-GTCATGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT---------T-TCCAT-TCAACGAA-ACCT-TTACAG-----TC-CA-CGGGGC-AGG--TGCCA-----AAGAACTTCCT
gi|3                          :                                                    acACCC-A-TTCA--TACGATA---CGATTTGCAT-A--CA-TAAGTA-TT-GTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTA------GG-TGT-GCAATTTTTGTCGTA-TCAACGGATATTCTAA-TA--TGCA-AATCC---TGCACATCTAAG-TTAATTTGCACCCAGGTAAGGGT-AGGTGCAAATTA--AC-TT--TTG-------CTCATA-----TATTGAAGC----AACTTTTCTGCTCCCG--T-GTG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTATA-TATG--CAT---------T-TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----TAGAACTTCTTa
gi|4                          :                                                   atcACCC-A-TTCAATTGCGGAAAGTCGATTTGCAT-A--CA-TAGG--------------ATAT-----ATTTACTTA------AG-TGTTGCAATTTTCTTCGTAGTGAA-GGAATTACTTAGTAGATGCAGAATCA---TGCAGAC-TAAG-TAT-TTTGCA-----------G--AGGAGCAAATTA---C-TTGTTTG-------TTCATACTGTATATTGAAGC----AAATGTTCTGCTCCTG--TGGTG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCACGATGA-GT-AATTTACCTTATA-CAT---CAT---------T-TGCATATCAACGGA-ACCTCCTACAGACAGTTC-CGTCGGGGC-AGT--TACAA-----ATGAACTTC
gi|5                          :                                                       CCC-A-TTCA--TACGGCA---CGATTTGCAT-A--CA-TAAGTATTT-TTT-GCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NN-NN--TTGTATTTTGCTCATA-----TATTGAAGC----AAATTTTCAGATTCTG--T-GTG---TATTT-CTT-GTCGTATGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT---------T-TGCAT-TCAACAGA-ACCT-CTACAG-----TC-t
gi|6                          :                                                                                                                                                   acTTTGTCAGA-TTA-----TTTACTTA-TA--TGCA-AATCGATATGCTCACCTAAG-TAAATTTGCACCTACTCAAGGAT-AGGTGCAAATTA--AC-AT--TTG-------CTCAT------------------------TTTTGCTCCTG--A-GTG---TATTT-CTT-GT---GTGAACGAAC----A-GTAAATTAA-CTTGCA-TATAATCATATAATAAATTATGTAT-TCAAAGGA-AACT-CTACAG-----TC-CT-CGGGGC-TGGTATACCA-----AAGAACTT
gi|7                          : tttgcacacattacttttttagaagaattcatgtcttcgtagacaaatgccagACCC-A-TTCA--TACGAAA---CGATTTGCAT-A--CT-TAAGTA-TTGTTT-GCTTATGTGCA-GATTTACTTATCTATAGG-TGT-GCAATTATTGTCAAT-TGAACTCATTTACTTA-TA--TGTA-AATTC---TGAACACCTAAG-TAAATTTGCACCTAGTCAAGGGT-AGGCGCAAA------------------------CATA-----TATTGAAGT----AAATGTTCTGCCCCTG--T-GTG---TATCT-ATT-GTCGTGTGAATGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-CATG--CAT---------T-TGCAT-TCAATGGA-ACCT-CTACA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                       atacTTC---TG-ACAGATGAG-TAAATTTGCACCTGGTCAGGACTAAAGTGCAAATTA--AC-TT--TTA-------CATACA-----TGTT-AAGCGCAGAAATTATTTGCTCTGG--TGGTG---TAAAT-TTT-GTCGTATacatcggtgtggtgtacttccagttccaatagcaactattccgtgtgttacagatttcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAGTCCCGGGGCGGGGGCCAAAGGACTCTAGCTTT






Alignments
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Reference ( family-3090 )     :                                                              NNNACCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTA-TT-TTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTA------GGT-GT-G-CAATTTTTGTCGTA-TGAACGGATTTACTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAGGGT-AGGTGCAAATTA--ACTT--TT-G-------CTCATA-----TATTGAAGC----AAATNTTCTGCTCCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-CATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----AAGAACTTCCT
gi|1                          :                                                                 ACCC-AATCCA--TACGACA---CGATTTGCATAA-CA-TAAGTA-TT-TTTTGCTTATGTGTAGAATTTACTTG------GGTTGT-GGCAATTTTTGTCGTA-TGAA--GATTTACTTA-TA--TGCA-A-TCC---TGCACACTCAAGTTAATTTTGCACATTATCAAGGGT-AGGTGCAAATTACTACTT--TTTG-------CTCATA-----TATTGAAGC-----AATTTTCTTGTCCTG--T-G-TGTGATATTTACTTGGTCGTGTGAATGCAC----AGGTAAATTTA-CTTACATTATA--CAT-T---------TGCAT-TT-ACGGAGACCT-CTACAG-----TCGCG-CGGGGCGAGT--TACCATATATATGAACTTC
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gi|2                          :                                                                  CCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATATACA-CAAGTA-TT-TTTTGCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTTA--ACTT--TT-G-------CTCAAA-----CATTGAAGT----AAATACCCTGCTCCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCATGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT-T---------TCCAT-TCAACGAA-ACCT-TTACAG-----TC-CA-CGGGGC-AGG--TGCCA-----AAGAACTTCCT
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gi|4                          :                                                              atcACCC-A-TTCAATTGCGGAAAGTCGATTTGCATA--CA-TAGG--------------ATAT-----ATTTACTTA------AGT-GTTG-CAATTTTCTTCGTAGTGAA-GGAATTACTTAGTAGATGCAGAATCA---TGCAGAC-TAAGTAT-TTT-GCA-----------G--AGGAGCAAATTA---CTTGTTT-G-------TTCATACTGTATATTGAAGC----AAATGTTCTGCTCCTG--T-GGTG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCACGATGA-GT-AATTTACCTTATA-CAT---CAT-T---------TGCATATCAACGGA-ACCTCCTACAGACAGTTC-CGTCGGGGC-AGT--TACAA-----ATGAACTTC
gi|5                          :                                                                  CCC-A-TTCA--TACGGCA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTATTT-TTT-GCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN--TT-GTATTTTGCTCATA-----TATTGAAGC----AAATTTTCAGATTCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTATGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACAGA-ACCT-CTACAG-----TC-t
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gi|8                          :                                                                 aCCC-A-TTCA--TACGACA---CGATCTGCATA--CA-TAAGTA-TT-TTTTGCGCATGTGTA-AA---------------------G-CAATTTTTATCGTA-TGAACAGATTTACTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAAGAT-Att
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAGTCCCGGGGCGGGGGCCAAAGGACTCTAGCTTT






Alignments
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Reference ( family-3090 )     :                                                              NNNACCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTA-TT-TTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTA------GGT-GT-G-CAATTTTTGTCGTA-TGAACGGATTTACTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAGGGT-AGGTGCAAATTA--ACTT--TT-G-------CTCATA-----TATTGAAGC----AAATNTTCTGCTCCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-CATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----AAGAACTTCCT
gi|1                          :                                                                 ACCC-AATCCA--TACGACA---CGATTTGCATAA-CA-TAAGTA-TT-TTTTGCTTATGTGTAGAATTTACTTG------GGTTGT-GGCAATTTTTGTCGTA-TGAA--GATTTACTTA-TA--TGCA-A-TCC---TGCACACTCAAGTTAATTTTGCACATTATCAAGGGT-AGGTGCAAATTACTACTT--TTTG-------CTCATA-----TATTGAAGC-----AATTTTCTTGTCCTG--T-G-TGTGATATTTACTTGGTCGTGTGAATGCAC----AGGTAAATTTA-CTTACATTATA--CAT-T---------TGCAT-TT-ACGGAGACCT-CTACAG-----TCGCG-CGGGGCGAGT--TACCATATATATGAACTTC
gi|10                         :                                                                 ACCCGA-TTCA--TACGACA---CCATTTGCATG--CA-TAAGTA-TTGTTT-GCTTATGTGTA-AA---ACTTA------GGT-GT-G-CAA--CTTGTCGTA-TG--CAGA------TA-GA--TGCA-GATC
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gi|5                          :                                                                  CCC-A-TTCA--TACGGCA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTATTT-TTT-GCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN--TT-GTATTTTGCTCATA-----TATTGAAGC----AAATTTTCAGATTCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTATGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACAGA-ACCT-CTACAG-----TC-t
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAGTCCCGGGGCGGGGGCCAAAGGACTCTAGCTTT






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Reference ( family-3090 )     :                                                              NNNACCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTA-TT-TTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTA------GGT-GT-G-CAATTTTTGTCGTA-TGAACGGATTTACTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAGGGT-AGGTGCAAATTA--ACTT--TT-G-------CTCATA-----TATTGAAGC----AAATNTTCTGCTCCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-CATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----AAGAACTTCCT
gi|1                          :                                                                 ACCC-AATCCA--TACGACA---CGATTTGCATAA-CA-TAAGTA-TT-TTTTGCTTATGTGTAGAATTTACTTG------GGTTGT-GGCAATTTTTGTCGTA-TGAA--GATTTACTTA-TA--TGCA-A-TCC---TGCACACTCAAGTTAATTTTGCACATTATCAAGGGT-AGGTGCAAATTACTACTT--TTTG-------CTCATA-----TATTGAAGC-----AATTTTCTTGTCCTG--T-G-TGTGATATTTACTTGGTCGTGTGAATGCAC----AGGTAAATTTA-CTTACATTATA--CAT-T---------TGCAT-TT-ACGGAGACCT-CTACAG-----TCGCG-CGGGGCGAGT--TACCATATATATGAACTTC
gi|10                         :                                                                 ACCCGA-TTCA--TACGACA---CCATTTGCATG--CA-TAAGTA-TTGTTT-GCTTATGTGTA-AA---ACTTA------GGT-GT-G-CAA--CTTGTCGTA-TG--CAGA------TA-GA--TGCA-GATC
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                              atacT--TT-G-------CTCATA-----CGTTGTACA----AAATATTCTGCTCCTAAAT-G-TG---TATTT-TTT-GTCCTGTGAACACAC----A-GTCAATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttac-T---------TGCAT-TCAACAAA-ACCT-GTACAG-----TT-CG-TGGAGC-ATG--TGCCG-----AAGCACTTTCT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TCCTA----G-TG---TATTT-TTC-GTCATGTGAACGCGC----A-GGAAA---A-TTTACA-CTTG--TAT-agc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -G-CG---TATTT-TTC-GTCATGTGAACGCGC----A-GCAAATT----TTACA-CAAG--TAT-gc
gi|16                         :                                                                 ACCC-AATTCA--TACGACA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTA-g
gi|2                          :                                                                  CCC-A-TTCA--TACGACA---CGATTTGCATATACA-CAAGTA-TT-TTTTGCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNTTA--ACTT--TT-G-------CTCAAA-----CATTGAAGT----AAATACCCTGCTCCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCATGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT-T---------TCCAT-TCAACGAA-ACCT-TTACAG-----TC-CA-CGGGGC-AGG--TGCCA-----AAGAACTTCCT
gi|3                          :                                                               acACCC-A-TTCA--TACGATA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTA-TT-GTT-GCTTATGTGTA-AATTTACTTA------GGT-GT-G-CAATTTTTGTCGTA-TCAACGGATATTCTAA-TA--TGCA-AATCC---TGCACATCTAAGTTAATTT-GCACCCAGGTAAGGGT-AGGTGCAAATTA--ACTT--TT-G-------CTCATA-----TATTGAAGC----AACTTTTCTGCTCCCG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTATA-TATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACGGA-ACCT-CTACAG-----TC-CG-CGGGGC-AGG--TACCA-----TAGAACTTCTTa
gi|4                          :                                                              atcACCC-A-TTCAATTGCGGAAAGTCGATTTGCATA--CA-TAGG--------------ATAT-----ATTTACTTA------AGT-GTTG-CAATTTTCTTCGTAGTGAA-GGAATTACTTAGTAGATGCAGAATCA---TGCAGAC-TAAGTAT-TTT-GCA-----------G--AGGAGCAAATTA---CTTGTTT-G-------TTCATACTGTATATTGAAGC----AAATGTTCTGCTCCTG--T-GGTG---TATTT-CTT-GTCGTGTGAACGCACGATGA-GT-AATTTACCTTATA-CAT---CAT-T---------TGCATATCAACGGA-ACCTCCTACAGACAGTTC-CGTCGGGGC-AGT--TACAA-----ATGAACTTC
gi|5                          :                                                                  CCC-A-TTCA--TACGGCA---CGATTTGCATA--CA-TAAGTATTT-TTT-GCTTANNNNNN-NNNNNNNNNN------NNN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN--NNNN--TT-GTATTTTGCTCATA-----TATTGAAGC----AAATTTTCAGATTCTG--T-G-TG---TATTT-CTT-GTCGTATGAACGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-TATG--CAT-T---------TGCAT-TCAACAGA-ACCT-CTACAG-----TC-t
gi|6                          :                                                                                                                                                                               acATTTACTTA-TA--TGCA-AATCGATATGCTCACCTAAGTAAATTT-GCACCTACTCAAGGAT-AGGTGCAAATTA--ACAT--TT-G-------CTCAT------------------------TTTTGCTCCTG--A-G-TG---TATTT-CTT----GTGTGAACGAAC----A-GTAAATTAA-CTTGCA-TATAATCATATAATAAATTATGTAT-TCAAAGGA-AACT-CTACAG-----TC-CT-CGGGGC-TGGTATACCA-----AAGAACTT
gi|7                          : tttgcacacattacttttttagaagaattcatgtcttcgtagacaaatgccagtttgtcagattACCC-A-TTCA--TACGAAA---CGATTTGCATA--CT-TAAGTA-TTGTTT-GCTTATGTGCA-GATTTACTTATCTATAGGT-GT-G-CAATTATTGTCAAT-TGAACTCATTTACTTA-TA--TGTA-AATTC---TGAACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAGGGT-AGGCGCAAA------------------------CATA-----TATTGAAGT----AAATGTTCTGCCCCTG--T-G-TG---TATCT-ATT-GTCGTGTGAATGCAC----A-GTAAATTTA-CTTACA-CATG--CAT-T---------TGCAT-TCAATGGA-ACCT-CTACA
gi|8                          :                                                                 aCCC-A-TTCA--TACGACA---CGATCTGCATA--CA-TAAGTA-TT-TTTTGCGCATGTGTA-AA---------------------G-CAATTTTTATCGTA-TGAACAGATTTACTTA-TA--TGCA-AATCC---TGCACACCTAAGTAAATTT-GCACCTAGTCAAAGAT-Att
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                  atacTTC---TG-ACAGATGAGTAAATTT-GCACCTGGTCAGGACTAAAGTGCAAATTA--ACTT--TT-A-------CATACA-----TGTT-AAGCGCAGAAATTATTTGCTCTGG--TGG-TG---TAAAT-TTT-GTCGTATacatcggtgtggtgtacttccagttccaatagcaactattccgtgtgttacagatttcttg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ACAGTCCCGGGGCGGGGGCCAAAGGACTCTAGCTTT