lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444 444444444444444444444444444 11111111 222222222 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 11111 1111 444444444444444444444444 11111111 111 111111 1111111 111111111 111 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 5555555555555555555555555555555 2222222222222222 222222222 11111 111111 22222222 11 1 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 44444 1111 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 111111 11111 11111 111111 11
lowQualScore : 666 3 000000000000000000000000000 11111111 33 777777 2 2 2 5555 33 000000000 444 1111 333 77777 6 33 2 4 55 2 444 2 88 33 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 55 999 11111111 2 999 2 2 33 6 4 555 11111 333 444 33 99999999 2 22 6666 4 2 2 2 333 33 2 2222 33 33 2 2 2 6 3 99 88 3 7 3 7777 3 555555555555555555555555 44 4 66666666 4 55 4 222 4 66 4 9999 3 4 4 4 4 777777 55 7777777 55 4 666666666 4 4 4 777 55 555 000 55 7777 55 2 3 3 3 00 3 3 55 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 444444 4 4 4 7777777777777777777777777777777 4 4 9999999999999999 3 0 77 444444444 11111 9999 4 4 777777 5 5 5 66 33333333 4 4 1 4 777 4 66 4 4 4 5 11 88 5 5 0000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 7 11111 0 5555 2 6 6 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 4 4 4 8888 8888 22222222 0 4 111111 55 4 4 00000 4 77777 4 4 777 88 55 1 3 3 3 3 777 3 3 3 3 77 3 3 000000 777 66 66 7777 8 55 77 4 22 5 5 5 66 6
lowQualScore : ... . ........................... ........ .. ...... . . . .... .. ......... ... .... ... ..... . .. . . .. . ... . .. .. .. ............................................................................. . .. ... ........ . ... . . .. . . ... ..... ... ... .. ........ . .. .... . . . . ... .. . .... .. .. . . . . . .. .. . . . .... . ........................ .. . ........ . .. . ... . .. . .... . . . . . ...... .. ....... .. . ......... . . . ... .. ... ... .. .... .. . . . . .. . . .. . ........................................................................ . . ...... . . . ............................... . . ................ . . .. ......... ..... .... . . ...... . . . .. ........ . . . . ... . .. . . . . .. .. . . .... ................................................................................. . . . ..... . .... . . . .. ..................................................................................................................................... . . . . .... .... ........ . . ...... .. . . ..... . ..... . . ... .. .. . . . . . ... . . . . .. . . ...... ... .. .. .... . .. .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 000 0 666666666666666666666666666 22222222 77 222222 5 4 4 0000 22 444444444 111 5555 999 88888 7 11 2 4 66 4 111 4 00 22 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 66 777 44444444 2 222 2 2 11 7 4 777 77777 999 111 22 88888888 0 88 2222 0 0 0 0 555 11 4 7777 99 99 9 9 9 2 3 55 66 6 3 6 7777 6 777777777777777777777777 77 0 22222222 0 55 0 555 0 11 4 4444 9 4 0 0 0 444444 55 0000000 55 0 111111111 0 0 0 000 55 111 000 00 7777 00 8 6 6 6 00 6 6 00 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 000000 0 0 0 5555555555555555555555555555555 4 5 0000000000000000 4 1 66 222222222 11111 4444 4 4 222222 0 0 0 99 11111111 4 4 0 4 888 4 11 4 4 4 0 99 22 0 0 6666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 0 44444 1 2222 5 7 7 00 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 0 0 5555 5555 66666666 7 0 555555 55 0 0 11111 0 00000 0 0 000 11 00 4 6 6 6 6 000 6 3 3 3 99 6 6 555555 111 11 11 9999 0 55 88 0 22 0 0 0 99 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATA-TCAACTACCGGTTCCGANT-TAT---AAGGTT-T-TGT---AGTAG--------TTA--CA------C-A-AT-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-GGCGGG-GCAA--A--AA-T---GTC---AC------G-NGG--A----CGC-G--C-G-----GC------G-T-------C-CG------A-GTGA-CA--TT---TT-A---N--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-T-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--A-AGT--C--AC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCCA-A-A----TT-AT-C---ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATTT------C-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-ACGA--C--G-C-ATG-T-G-GG---GG--TA-TTT---TTG--AT----G--TGG-G-TG-AA--C-TA-TCG--GA-C---A--A-T---------G-A---T-----GA----A-ACC---A---------G-------C-----T---AA-CG-GGCA-A---AAAGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------A-AATCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT-----AAA-AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATA-TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAGGA----TT-----------------TTTTT---GG-----------T---CCGT-GT---------------TGGAA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCC---CGAGAGGATA---AACACAC-ACT-G--TTCGTTATGTATTTGTTGTTTTTCGTTTCCGTTCTGTTGAGAATACATTACTATATTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTAT-NA--AAGC-AC-TT---GCGCCA--CGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-C------ACAGC-C--TA--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATTATT
Reference ( gi|2 ) : TTTCTACTTGGTGTAATAATGAATTACTTGTTCGGAAT-TAT---AAGGTT-T-TGT---AGTAG--------TTA--CA------C-A-AT-AGG----T--TC-A-A-G--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-GGCGGG-GCAA--A--AA-C---GTC---CC------G-AGG--A----CAC-G--C-A-----GC------G-T-------C-CG------A-GTGA-CA--TT---TT-A---A--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-T-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--A-AGT--C--AC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCCA-A-A----TT-A--C---ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATCT------C-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-ACGA--C--G-C-ATG-T-G-GG---GG--TA-TTT---TTG--AT----G--TGG-G-TG-AA--C-TA-TCG--GA-C---A--A-T---------G-A---T-----GA----A-ACC---A---------T-------C-----T---AA-CG-GGCA-A---TAAGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------A-AATCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGTGAGTGT-----AAT-AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATA-TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA-GA----TT-----------------TTTTTGGGGGGG-------GGT---CCGT-GT---------------TGGAA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCC---ATAGAGGATA---AACACAC-ACT-G--TTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-GT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTAT-GA--AAGC-AC-TT---GCACCA--CGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-C------ACAAC-C--TA--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATTCGAA
gi|9 : TAATA-TCAACTATTGATTCCGATT-TATTCCAAGGT----------AGTAG--------TTATCCA------C-AGAT-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----GTGTGA--TA-G-AAGCGGA-CGA---ACGGCGGG-GCAACAA--AG-T---GTC---AC------GGAGG--A----CGC----C-A-----GC------G-T-------C--G------A-GTGA-CA--TT---TT-A---A--ACCGTC-T---TCGCTC-C--TT-C-T-T-TACAT-----A---TC---CA--ATC--T---TAGA--A----CA-TA-T-G-TTG---CTAA-AGCA-C--AC--ATG-T-A-T-CAG-AG-GCAA--C-CCCA-A-A----AA-G--CAGTATGAA-TGATTAA--G--GACGGT-TCATTT------C-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-ACGA--C-------TG-TAG-GG---GA--TA-ATTCTGTTG--AT----G--TGGCGCTG-AATCT-TA-ACG--GA-C---GACA-T---------GTA---T-----G-----A-GCC---A-----------------C-----T---AATCGAGGCACA---AAAGGCCA-AATACC-C-----
gi|7 : tctctatggtcgttcaTTACCTGTTC--ACTGTAT---AAG--T-A-TG----AAT----------CTA--CA------CCA-AT-AGG----TACTT-A-A-A--TATTTGTTTTT---T-----ATGTCA--CA-G-AAG--GA-CGATGTA-GGC-GG-GCAA--AT-AATT---GTC---ACTATGAAG-GGG--AG---CGCAG--C-A-----GC------G-CATGGAAAC-CGT-----A-GTGA-CAATTT---TC-T---A--CCCGCC-T---TCG-TCAC--TTACGT-T-TACATTTTACA---AC---CC--A----CATATA-A--AACATCC-TA-T-T-GTG---T--A-Aacacgcacggcccgtaaggtgaaattgaaaatcgaaacgtgtaaattctgcgagatgt
gi|3 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggGAAT-TGT---GTGGTTGC-TGCTG-AGTAGCATGTACTTTA--CC------C-A-ATTAGG----T--TT-A-A-T--TG---AAAA-T---T-----ATGT-A--AA-GTAAG--GA-CGA---T-AGCTGG-GTTT--A--AC-CATTGTC---AC------T-CGGTTA----CGC-G--C-------GC------GGT-------CACG----------GA-CA--TT---TT-GC--G--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-TGTGCATG----A---AC---CA--A--------TA-A--A-----C-TA---T-G-G---T--A-A----C--AC--ATG-T-A-T-
gi|1 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatGATT-TATGTC--AGTAG--------TTA--CA------C-A-A--AGG----T--TG-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGTTA--CA-G-A-G--GA-CGA---A-GGCGGG--CGA--A--A--T---GTA---C-------G-AG---A----CGC-G--C-A-----GC------G-T-------C-CG------A-GTGA-CA--TTGTTTT-A---A--CCCGCT-T---CTG-TC-C--TT-C-T-T-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TC-A--A----CC-TA-C-T-TTG---G--T-AGT--C--A---ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--CGCCCA-A-A----TT-AGTC---ATGGA-T--TTTA--G--G-C-TT-TCAT-T------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-ACGA--G--G-C-ATGTT-G-GA---GG--T--TTT---TTG--AT----G--TGG-G-TG-AA--C-TATTCG--GA-CCG-G--A-T-----------A---T-----GA----ATACC---A---------G-------CTGCTAT---AA-CA-GGCA-AACCT-AGG-TG-AA-ATT-T-----G-----------A-----------ATAATCCCGAA--------C----AACTGGAGA-TGCCGGTGTA----AAA-AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGA--------G-T-ATA-TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA-GA----TTCTCCCCCCCCCCCCGTGTTCTTAAAGG---------------CAGT-G----------------TGCGA-ACAGTT-TA--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCC---CGAGAGGATT---AAAACAC-ACT-attcaatgaattataggatttcatttctcgcttgggaatatggaaggtcgctgaaaatcaatggagtagagagcaatatgtgggatattttgatgtggtgaaactatcgacatgatgaaccagcataaacggggggaaagcacaaacccgaggatgaaattgaaatccaagtgggagttgcgagtgtaataccgtctcattaactgtgaagtcatacttcaaattttaaaggatgtcatagttaagcagaggattgttttttcgtattctttacgaacagtgtggaaacaattttgttgctgaaatagagatccgaaaggtaaaacctagttcgttgttatggttgttttgttccgtgagggagatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattctcgctgaacgctgaacattacttatattgcactgatgtgttatgtctggttttataagcacttgtgcacgcctcgggtatcggtggatgtacagataccacagctaaaacaaaggaaatcactgcttggcttatagatacat
gi|18 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctGGTT-T-TCTTTAAGCAG--------TTA--CA------C----T-ACG----C--CT-ATATG--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-Atctgttgttgattattttgttgttttcgtttattcgttccgttgagaagaaagctgtgtatttcattcatatttagagagctcaaacgcacgcagcccccgaattcatgagcaagagctctacccattagattgttcgtagaacgctgttacttatatgcaaatggatgtgttatgtcatgttttatgaaagcacattgcgccaccctatagggtattcggctgcttatgtatcagatacccacgcctaagagacaaaaaattcaccgctatgatt
gi|7 : acgtaaagctgttatttttatgcaaacgatgtgctgtgtcat-T-TGC---AG--G--------TTA--CA------C-A-AT-AGGATGTT--TT-ATATG--TG---GG---T---TGTAAAATGT-AAACG-T-AAGT-GA-CGA---A-GGCGGG-TAGA--A--AA-TT--GTC---AC------T-ACG--GTTTCCAT-G--C-GCTGCTGC------GCT-------C-CCCTTCATA-GTGA-CAA-TTA--TT-T---G--CCCGCC-TACATCG-TC-C--TT-C-TGT-GACATAAA--A---AA---CA--AATATT---TA-AGTA----CC-TA-T-TGGTG---T--AGATT--C--AT--ACT-T-A-TACAG-cacccacagtcc
gi|23 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttctta-TGT---AGTAG--------TTA--CATGTACAC-A-AT-ATG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-GGCGGG-GCAA--A--AA-T---GTC---AT------G-AGG--A----tgaacaggtaa
gi|4 : aGT---AGTAG--------TT---CA------C-A-AA-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-GGCGGG-GCAA--A--AA-T---GTC---AC------G-AGG--G----CGC-G--C-GC----GC------G-CG------C-CG------A-ATGA-CA--TT---TT-A---T--ACCGCC-T---TCG-TC-C--TTCC-T-T-TACAT-----A---AC---CA--A--------TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--A-AG------AC--GTG-TAA-T-CAG-A--GCAA--C-CCCA-A-A----TT-AT-C---ATGAA-T--TC-A--G--GAC-TT-TCATTT------C-TCGC--TTGG-AAT-----GA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-ATGA--C--C-C-ATG-T-G-GG---G----A-TTT---TTG--AT----G--T-G-G-TG-AA--C-TA-TCG--GGCC---A--G-T---------G-----T-----G-----A-ACC---A---------G-------C-----T---AA-CG-GGCA-A---AAAGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA-----------A-AATCCGAAA--------C----G--TGAAGATTGCGAATGT-----GA--AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------GAT-ATA-TTT---CA-A--AT-TTTG--AGGA-TGTCAG-TGG--TT--AAG-CAGAGGA----TT-----------------TTTT-----------------C---CCGT-GTTCTTTAAGACAGTG-TGGGA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCC---G-AGAGGATA---AACACAC-ACT-G--TTCGTTATGTATTTGTTGTTTTTCGTTTCCGTTCTGTTGAGAATACATTACTATATTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT-TCGTAGA-ATG-AT-G----TT----A-----------------------------------T-G-TCAT-----GTT-TTAT-TA--AAGC-TC-TT---GCGCCA--CG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-----------AC-CAGTA--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|27 : aGT---AGTAG--------TTA--CA------C-A-AT-AAG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-TAT---A-GGCCAT-GCAG--A--GA-A---GT
gi|5 : G--------TTA--CA------C-A-AT-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-GGCGGG--CAA--A--AA-A---GTC---AC------G-AGG--GG---CGC-G--C-A-----GC------G-C-------C-CG------A-GTGA-CA--TT---TT-A---A--CCCGC--T---TCG-TC-C--TT-C-T-G-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-T-T-GT-------A-AGT--C--AC--ATG-T-A-T--AG-A--GCAA--C-CC-G-A-A----TT-AT-C---ATGAACT--T--A--G--GAT-TT-TCATTT------C-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-ACGA--C--G-C-ATT-T-G-GG---GG--TA-TTT---TTG--AT----G--TGG-G-TG-AA--C-TA-TCG--GA-C---A--A-T---------G-A---T-----GA----A--CC---A---------G-------C-----T---AA-CG-G-CA-A----AAGG-CA-AA-ACC-TAGG--T-----------G-----------A-AATTGAAAA--------C----G--TGAA--TTG----------------AAA-----CG----TG-----AA-------GAT-TG--G-A--AT-------G-T-AAAACTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAGGA----TT-----------------TTTT-----------------C---CCGT-AC---------------T------C---G-AA--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCC---CGAGAGGAT----AACACAC-ACT-G--TTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT-TCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTAT-G---AAGC-AC-TT---GCGCCA--CGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-C------ACAGC-C--TA--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|3 : G--------TTA--C-------C-A--T-AGT----T--T----A-T--TG---G----T---TC----ATGC-A--CAAG-AAG--GA-CGA---A-GGCGGGCGCAA--A--A--T---GTC---C-------G-TGA--C----CGC-G--C-------GC------G-TAA-----C-CG------A-GTGA-CA--ATGG-TT-A---AA-CCCAGC-TA--TCG-TC-C--TTAC-T-T-TACAT-----A---ATTTTCA--A----T---TA-A--A----CC-TAAT-T-GGG---T--A-AAG--T--AC--ATGCT-ACT-CAGCA--GCAA--C-CACACA-A----TTCA--TTCAATGAA-T--T--ATAG--GA--TT-TCATTT------C-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A-GA-----G-CAATA-T-GTGG---GA--TA--TT---TTG--AT----G--T-G-G-TGAAA--C-TA-TC---GA-C------A-T---------G-A---T-----G-----A-ACC---A---------G-------CA----TA--AA-CG-GG-G-G---GAAAG-CACAA-ACC-CGAGGAT-----------G-----------A-AAT-TGAAA--------TCCAAG--TGGGAGTTGCGAGTGT-----AAT---A-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--A--------G-TCATA-CTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAGGA----TT-----------------GTTTT----------------T---TCGT-ATTCTTTACGAACAGTGTGGAA-AC-----AA--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGATCC---G-AAAGG-TA---AA-AC----CTAG--TTCG
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgt--------TTA--CA------C-A-AT-AGG----T--TT-A---T--TG---G----T---T-----ATGT-A--AA-GGAAG--GA-CGA---A-GGCGGT-ATAA--A--A--T---GTCATTCG------G-CGC--G----CGC-G--C-------GC------G-C-------C-CT------C-GTGA-CA--TT---TTTG---C--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-G-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TT-T-T-GTG---ttgttatggttgttttgttccgtgagggagatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattctcgctgaacgctgaacattacttatattgcactgatgtgttatgtctggttttataagcacttgtgcacgcctcgggtatcggtggatgtacagataccacagctaaaacaaaggaaatcactgcttggcttatagatacat
gi|10 : agtagtagtt--------TTA--CA------C-A-AT-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----TTAAT-----ATGT-A--AA-G-AAG--GG-CGA---A-GGCGTG-TTAA--A--Agacgtgtaatcagagcaaccccaaattatcatgaattcaggactttcatttctcgcttggaatgatatggaaggtcgctgaaaaataatggaagtggatgacccatgtggggatttttgatgtggtgaactatcgggccagtgtgaaccagctaacgggcaaaaaggcaaaaccctaggtgaaattgaaaatccgaaacgtgaagattgcgaatgtgaaaacacgttcaataactgtgaagatatatttcaaattttgaggatgtcagtggttaagcagaggattttttcccgtgttctttaagacagtgtgggaactccattttgtttgctgaaatagagagccgagaggataaacacacactgttcgttatgtatttgttgtttttcgtttccgttctgttgagaatacattactatattgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgttcgtagaatgatgttatgtcatgttttattaaagctcttgcgccacgctataggtatcggtggttatgtacagataccaccagtaagaacaaaaaaattcactgctgctaatgata
gi|21 : aaaacaaaaaaacaacccccccaaaactctctgttttaacccctgacatccttcgaaagttgaaatatcctttacagttattgaatgtgcttttttttttacactcgtaatctccacttctcggattttcaatttcacctagggttttgcctttttgcccgttagctggctcattattgtccattagttcacccatataaaaaaaacaccctcacatgcgactcgtctactacttttttgagcaaccttccttattcccttctgagcgagaatgaaaatctgcacatgcatgacaatttggggttgctctgatacatgtgacA--CA------C-A-AT-AGG----T--TT-A-G-T--TG---G----T---T-----CTGT-A--AA-G-GAG--GA-CAA---A-GGCGGG-TT-A--A--AA-T---GTC-----------------------------------------------------------------------A-CT--TT---TT-G---C--CCCGCC-T---TCG-TC-C--AT-C-T-G-TACAT-----A---tgatcaa
gi|1 : --CA------A-A-GT-AGG----T--TG-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--AA-G-AAG--GA-CAG---A-AGCGGG-TTAA--AACAA-T---GTC---AC------T-CGG--A----CGCTG--C-------GC------G-T-------CTC---------GT-A-CA--TT---TC-----G--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TC-T-G-T-AACAT-----A---AC---CA--A----T---TC-A--A----CC-T--T-T-GTG---T--A-ACTA-CTGAC--ATA-A-A-T-CAG-
gi|5 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagA------C-A-AT-AGG----T--TT-A-A-T--TG---G----T---T-----ATGT-A--CA-G-AAG--GA-CGA---A-G-CGGG-TTAA--A--A--T---GTC---AC------T-CGG--G----CGCTG--C-------GC------G-C-------C-CCT-----C-GTGA-CT--TT---TT-T---G--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-G-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--A-Agtagtcaatgtatcagagcaacgcccaaattagtcatggattttaggctttcattctcgcttggtaatagcaaatatggaagtcggtgaaagaaatttaatggaagtagacgaggcatgttggaggttttttgatgtgggtgaactattcggaccggatatgaataccagctgctataacaggcaaacctaggtgaaatttgaataatcccgaacaactggagatgccggtgtaaaaaaacacttcgaataaacatgtgaagagtatatttcaaattttgaaggattgtcgatgttagaagcagagattctccccccccccccgtgttcttaaaggcagtgtgcgaacagtttattttgtttgtctgaaatagagagcccgagaggattaaaacacacttctgttgttgattattttgttgttttcgtttattcgttccgttgagaagaaagctgtgtatttcattcatatttagagagctcaaacgcacgcagcccccgaattcatgagcaagagctctacccattagattgttcgtagaacgctgttacttatatgcaaatggatgtgttatgtcatgttttatgaaagcacattgcgccaccctatagggtattcggctgcttatgtatcagatacccacgcctaagagacaaaaaattcaccgctatgatt
gi|9 : g-AT-ATG----T--TCTA-A-GATTG---G----A---T-----ATGT-A--AA-G-AAG--GAGCGA---A-GACGGT-TTAA--A--A--T---GTC---AC------T-CG---------AC-G--CTG-----GC------G-T-------C-CT------CCGTGA-CA--CT---TT-GTTGC--CCCGCCGT---TCG-TC-CGCTT-C-TAT-CACAC-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-TCT-GTG---aagtcacatgtatagagcaacccgaattatcatgaacttaggattttcatttctcgcttggaatagaatacggaagtcgctgaaaaatattggaagtagacgacgcatttgggggtatttttgatgtgggtgaactatcggacaatgatgaaccagctaacggcaaaaggcaaaacctaggtgaaattgaaaacgtgaattgaaacgtgaagattggaatgtaaaacttcaaattttgaaggatgttagtggttaaagcagaggattttttcccgtactcgaattttgtgtgctgaaatagagagcccgagaggataacacacactgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgttcgtagaatctgttacttaaatgcaaatgatgtgttttgtcatggtattatgaagcacttgcgccacgcctatagggtatcggtggttatgtacagatacccacagcctaagaacaaaagaaattcactgctg
gi|21 : tctctatggtcgttcataatatcaactattgattccgatttattccaaggtagtagttatc---T-----ATGT-A--CA-G-ATG--GA-CGA---A-GGCGGG-GCAA--A--A---------------------------------------------------------------------------A-GTGA-CA--TT---TT-A---A--CCCGCC-T---TTG-TC-C--TC-C-T-T-TACAG-----A---AC---CA--A----C---TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--gttgctaaagcacacatgtatcagaggcaaccccaaaaagcagtatgaatgattaaggacggttcatttcccgcttggaataggaaagtatggacgggttgctcgtaaaattaatggaagttctgacgactgtaggggataattctgttgatgtggcgctgaatcttaacggacgacatgtatgagccactaatcgaggcacaaaaggccaaatacccacacgcacggcccgtaaggtgaaattgaaaatcgaaacgtgtaaattctgcgagatgt
gi|6 : ---GTC---CA------G-AGA--A-----GC-GACC-A-----GCAATCAAG-T-------C-GA------A-GTGA-CA--TT---TT-A---AACCTCGCT-TGT-TCG-TC-C--TT-CAT-T-TACAT-----A---CC---CATAA----T---TA-A--AA---CC-TA-G-T-ATGATAT--A-AATTTC--ACCGAGT-T-A-TTCAG-AAGGCAAGCT-CCCA-A-ACCGATT-AT-C---ATGAA-T--TTTA--G--GAC-TTATCATTT------C-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTACGA--CCGG-CAATG-T-A-GG---GGGCTA-C-------------------------TG-AA--CATA-TTG--GA-C---A--A-T---------G-A---T-----G-----A-ACCGCAA---------G-------C-----T---AA-CG-G
gi|10 : aaTGATCA--TT---TT-A---A--CACGCC-T---TCG-CC-C--TT-C-T-T-TACAT-----ATTAAC---CA--A----T---TA-A--A----CC-TA-T-T-GTG---T--A-AGT--C--AC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCCA-A-A----TT-GT-C---ATGCA-T--G--T--GCAGAT-TT-TCAT-T------C-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-ACGAGTC--G-C-ATG-T-G-AG---GG--TG-TTT---TTTTTAT----A--TGG-G-TG-AA--C-TA-ATG--GA-C---A--A-T---------A-A---T-----GA----G--CC---A---------G-------C-----T---AA-CG-GGCA-A---AAAGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTGAAATTGAA-AATCCGAGA--------A----G--TGGAGATTACGAGTGT-----AAA-AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-G-ATA-TTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGA-GA----GT-----------------TTT----GGGGG-------GGT------T-GT---------------T----------T-----TTTTGTT-Taggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|23 : aTGA-CA--TT---TTTG---C--CCCGCC-T---TCG-TC-C--TT-C-T-G-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CA-TA-T-T-GTG---T------------AC--ATG-T-A-a
gi|27 : atgtagtagtGCC-T---ATA-TC-C--TT-C-T-G-TACAT-----A---AC---CA--A----T---TA-A--A----CT-TA-T-T-GTG---T--A-Atgagga
gi|25 : gtagtag----T---TG-A--A----CC-TA-T-T-ATG---T--A-AAT--C--AC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCCA-A----------------------T--T--------GAC-TT-TCATTT------C-TCGC--TTGG-AATAG---AA-catgcagagaagt
gi|11 : -A--A----CCATA-T-C-GTG---T--A-AGT--C--AT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAA--C-CCCCCA-A----TT-AT-C---ATG-----------------------CATAT------C-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-ACGA--C--A-C-ATG-T-G-AG---GG--TA-TAT---TTG--AT----G--TGT-G-TG-AA--C-TA-TTG--GA-T---A--ATT---------G-A---TACACAGATTAGA-ACCAA-A---------TGAAGCGGC-----T---AG-TG-CGCA-A---ACAGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTG-------A-AAT-TGAAATTTTGAATC----G--TGGAAATTGCGAGGGT-----AAA-ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AA
gi|12 : -A--A----CCATA-T-C-GTG---T--A-AGT--C--AT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAAC-C-CCCC-A-A----TT-AT-C---ATGCA-T--gt
gi|7 : AA--C-ACCA-ATA----TT-A--TCT-ATGAACT--T--A--G--GAC-TT-TCATTTATATATCATCGCATTTAG-A-TAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-AG------A--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG-C--GGC-ATG-T-G-GGACGGA--TAATTTA--TTG--ATTCTTGCTTAG-G-TG-AAAAC-TA-TCGTGGA-CTCCA--A-A---------G-AGAAT-----GG----A-ACC---AGCTTATTATT-------C-----TTTGAA-CG-GGCACA---AAAAG--A-AC-ACCAT-----T-----------A-----------A-AAatccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|12 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaatt-G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-ACGA--C--G-C-ATG-T-G-AG---GG--TA-TAT---TTG--AT----G--TGT-G-TG-AA--C-TA-TTG--GT-T---A--A-TTAATATACAG-A---T-----CAG---A-ACCAA-A---------TGAAGCAGC-----T---AG-TG-GGCA-A---AAAGT-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------ttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTG--AT----G--TGG-G-TG-AA--C-TA-TTG--GA-C---A--A-T---------A-A---T-----G-----A-ACC---A---------G-------C-----T---GA-CG-GGCA-A---AACGA-CA-AA-AC-------------------------------------CCGA----------------------------GAGTGT-----AAA-AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AGTATAACTG-T-ATA-TGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGA-GA----Tgg
gi|20 : -----------A-----------A-AATCCTAAA--------C----G--TGGAGATT-TGAGTGT-----AAA-AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-C-ATA-TTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgagtgtgtttccccgtttcgttttgtgga
gi|6 : GTGAGTGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--A--------G-T-A-A-TTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGA-GC----TT-----------------TTTTcattttcacct
gi|8 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgag-T-ACA-TTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGA-GAGATTTT-----------------TTTCTCCCAGTGTTCTTTTAATAAACCATCGTA--------------TGGAACAC---T-AAGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGTATGTAACACACAACT-GGTTTCGctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|22 : aactgaacgt---------------TGGAA-AC---T-A-----TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCC---TGAGAGAATA---AACACAC-ACT-G--Tttgaatattttgcgttgtttttcgtttcggtccgttgagagaattaagatgtattttcactgccaatgtttgagtggccaactccatagacgggactcaaacgtcacgatctccgactgatccgacaacggaatatcatctaaccattagaatgtattgtagaatggctgttgactatttacagtgcaaatgatgtggtatcgtcatggttttattaaaagccactttatgcgtcgcctattaggtcatctgtggttatgtacagatacccacagctctaaaacacaaaagaaatgtcactactgcgctatgataag
gi|29 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-AA--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCG---CGAGAGGA
gi|1 : actcgTT-GT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTAT-GA--AAGC-ACATT---GCGCCA--C-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-C------AC-GC-C--TA--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|8 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctgatttatgtcagtagttacacaaaggttgaattggttatgttacagaggacgaaggcgggcgaaatgtacgagacgcgcagcgtccgagtgacattgttttaacccgcttctgtccttctttacataaccaattcaacctactttggtagtcaatgtatcagagcaacgcccaaattagtcatggattttaggctttcattctcgcttggtaatagcaaatatggaagtcggtgaaagaaatttaatggaagtagacgaggcatgttggaggttttttgatgtgggtgaactattcggaccggatatgaataccagctgctataacaggcaaacctaggtgaaatttgaataatcccgaacaactggagatgccggtgtaaaaaaacacttcgaataaacatgtgaagagtatatttcaaattttgaaggattgtcgatgttagaagcagagattctccccccccccccgtgttcttaaaggcagtgtgcgaacagtttattttgtttgtctgaaatagagagcccgagaggattaaaacacacttctgttgttgattattttgttgttttcgtttattcgttccgttgagaagaaagctgtgtatttcattcatatttagagagctcaaacgcacgcagcccccgaattcatgagcaagagctctacccattagaT-GTATTGTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTAA--AAGCCAC-TTTATGCGTC----GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-C------ACAGCTC--TA--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAt
gi|14 : aactgaacgttacatttcacaacatttgtaaggattcagtggcataaaagcagagagatttttttctcccagtgttcttttaataaaccatcgtatggaacactaagtttttgttctgctgaaatagagggctccgagagagggtatgtaacacacaactggtttcgttgaatattttgcgttgtttttcgtttcggtccgttgagagaattaagatgtattttcactgccaatgtttgagtggccaactccatagacgggactcaaacgtcacgatctccgactgatccgacaacggaatatcatctaaccattagaaT-GT-CAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTAT-GA--AAGC-AC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-C------TCAGC-C--TACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAag
gi|17 : T-TGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTAT-TATGAAGC-AC-TT---CCGCCA--CGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CAC------AC
gi|3 : a-TCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATA-TT--GCAC-T-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT-----AAGC-AC-TT---GTG-CA--CGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-C------ACAG--C--TA--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|18 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtgttaccatagtttattggttcatgcacaagaaggacgaaggcgggcgcaaaatgtccgtgaccgcgcgcgtaaccgagtgacaatggttaaacccagctatcgtccttactttacataattttcaattaaacctaattgggtaaagtacatgctactcagcagcaaccacacaattcattcaatgaattataggatttcatttctcgcttgggaatatggaaggtcgctgaaaatcaatggagtagagagcaatatgtgggatattttgatgtggtgaaactatcgacatgatgaaccagcataaacggggggaaagcacaaacccgaggatgaaattgaaatccaagtgggagttgcgagtgtaataccgtctcattaactgtgaagtcatacttcaaattttaaaggatgtcatagttaagcagaggattgttttttcgtattctttacgaacagtgtggaaacaattttgttgctgaaatagagatccgaaaggtaaaacctagttcgttgttatggttgttttgttccgtgagggagatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgattcCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCT-TT--AAGC-AG-TT---ACACTA--CGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-C------ACA
gi|15 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTAT-GA--AAG---C-TT---GCGCCA--CG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-C------A-AGC-C--TA--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACAgtcc
gi|24 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTAT-CA--AAG---------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|19 : A--CGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACACT-T--CA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATT
gi|26 : t-TAAG-TA-C--AGATAC-C-C------ACAGC-C--TA--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|28 : aataggctagta-AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 1 222 11111 111111 111 1 1111111111111 2222222 111 111 1 11111 111 1111 222222222 111111 111 11111 1111111 11111 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444 2222222222222222 111111111111 111111 111111111111 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1111 111111 1111111111111 1111 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 11111 11
lowQualScore : 0 2 77 5 1 3 333 88888 77 66 222222 4 4 66 9999 111 2 4 55 777 4 99 55 4 888 1 4444444444444 5 88 5555555 1 4 4 55 222 000 99 4 4 8 2 00000 777 777 55 111 3 9999 6 3 555555 88 55 3 7 3 3 55 3 77 3 6 3 1111 3 3 77 2 6 333333333 55 3 3 000000 3 55 3 111 3 55 4 8888 2 4 3 3 3 66666 55 5555555 55 3 3 00000 7 3 3 3 666 55 5555 0 999 7777 44 3 3 77 44 3 3 44 555 00000 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 55 3 3 3 9999999999999999999999999999999 4 777 4 3333333333333333 0 0 44 88 7777 111111111111 4 4 555555 4 4 4 66 777777777777 777 4 55 4 4 4 4 00 4 4 55 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 777777777 5 5 0000 555555 999 5 77 9999999999999 2 2 6666 1 2 111 9999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 5 0 3 3 3 7777 7777 33 99999 3 000000 55 3 3 88888 3 9999 55 3 666 3 3 0 3 3 3 3 555 3 3 3 3 77 3 3 44 00000 4 55 6666 7 55 66 3 11 4 4 4 66
lowQualScore : . . .. . . . ... ..... .. .. ...... . . .. .... ... . . .. ... . .. .. . ... . ............. . .. ....... . . . .. ... ... .. . . . . ..... ... ... .. ... . .... . . ...... .. .. . . . . .. . .. . . . .... . . .. . . ......... .. . . ...... . .. . ... . .. . .... . . . . . ..... .. ....... .. . . ..... . . . . ... .. .... . ... .... .. . . .. .. . . .. ... ..... . ........................................................................ . . . .. . . . ............................... . ... . ................ . . .. .. .... ............ . . ...... . . . .. ............ ... . .. . . . . .. . . .. .. ........................................................................ . ......... . . .... ...... ... . .. ............. . . .... . . ... .... .............................................................................. .. . . . . . .... .... .. ..... . ...... .. . . ..... . .... .. . ... . . . . . . . ... . . . . .. . . .. ..... . .. .... . .. .. . .. . . . ..
lowQualScore : 0 5 33 0 0 3 333 22222 11 11 888888 4 4 11 4444 000 0 0 55 000 0 00 55 0 999 8 0000000000000 0 11 0000000 1 4 0 55 555 555 55 0 0 0 0 00000 000 000 55 444 1 6666 2 1 555555 66 00 6 3 6 6 00 6 99 3 7 3 7777 3 3 99 3 7 555555555 00 6 6 555555 6 00 6 444 6 55 0 5555 5 0 6 6 6 00000 00 5555555 00 6 6 55555 3 6 6 6 444 00 5555 2 222 1111 66 3 3 99 66 3 3 66 888 11111 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 00 6 6 6 7777777777777777777777777777777 0 000 1 3333333333333333 7 7 00 66 7777 999999999999 0 0 555555 4 4 4 11 000000000000 000 0 55 0 0 0 4 66 4 4 66 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 777777777 0 0 1111 999999 666 7 99 8888888888888 5 5 3333 8 5 777 2222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 0 1 6 6 6 7777 7777 88 00000 6 555555 00 6 6 33333 6 5555 00 6 444 6 6 4 3 3 3 3 666 3 1 1 1 33 3 3 66 55555 0 55 1111 3 00 33 6 00 4 4 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTGTTC-GANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------GA-GGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--AT---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T---T--A--G--GACT-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG-GAT--T-----------------TTTTT--------GC------------CC-GTGTT--------------------GGAA-AC---TA-A--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTT-GTGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---AATACGTTGCTGTGTTGAATTTCATTCATATTTAGAGAGCTCAAACGCACGCAGCCCCCGAATTCATGAGCAAGAGCTCTACCCATTAGNTNGTTTGT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
Reference ( family-3088 ) : NNNNNNNNNNNNNTAATA-TCAACTACCGGTTCCGANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------GN-GGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAN--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--AT---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T---T--A--G--GACT-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG-GAT--T-----------------TTTTT-------GGT------------CC-GTGTT--------------------GGAA-AC---TA-A--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTT-ATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---AATACATTACTATATTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATTATT
gi|1 : GATTTATGTCAGTAGTTA--CA------C-A-A-AGGT--TGAA----TTGGTT---ATGTTACA-GA-G--GACGA---A-GGCGGG--CGA--A-A-T-GT-AC------GA-G-A-CGC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TTGTTTTAA--CCCGCTT--CTG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--AT---TC-AA----CC-TA-CTTTG---G--TAGT--CA---ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--CGCCCA-A-A----TT-AGTC--ATGGA-T---TTTA--G--G-CT-T-TCATT-------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--G--GC-ATGTT-G-G---AGG--T----TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TATTC--GGA---CCGG--A-T-------------AT-----GA----ATAC--------C---A---------GCTGCTAT------------AA-CA-GGCA-AACCTAGG-TG-AA-ATT-T-----G-----------A-----------ATAA---TCCCGAA--------C----AACTGGAGA-TGCCGGTGTA-AAA----AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGA--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA--GAT--TCTCCCCCCCCCCCCGTGTTCTTAAA----GG-------------CA-GTG-T--------------------GCGA-ACAGTTT-A--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATTAA---AACACACTT-CT-G--TT-GTTGAT-TATTTT---GTTG-TTTTCGTTTATTCGTTCCGTTGAG---AAGAAA--GCTGTGT---ATTTCATTCATATTTAGAGAGCTCAAACGCACGCAGCCCCCGAATTCATGAGCAAGAGCTCTACCCATTAGATTGTTCGT-----AGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATGA--AAG--CACATT---GC-GC-CAC-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-CA--C-G---C-CT-A--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|10 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctTGATCA--TT---TTAA--CACGCCT--TCG-CC-CTT-C-TTTACAT-----ATTAAC---CA--AT---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A-A----TT-G-TC--ATGCA-T---G--T--GCAGATT-T-TCA-T------TC-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-AC-GAGTC--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-GTTTTT---TTTA----TA--TGG-G-TG--AA--C-TA-AT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-GC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA-----------A-AA---TCCGAGA--------A----G--TGGAGATTACGAGTGT--AAA----AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-G-ATATTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGAG-AGT--T-----------------TTt
gi|11 : aaaacaaaaaaacaaccccccc-AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-TA-T-CAA-A--G-CAA--C-CCCCCA-A----TT-A-TC--ATG------------------------CATA------TC-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--AC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---T--A--ATT---------G---ATACACAGATTAGA-AC--------C---AAATGAAGCGGC-----T------------AG-TG-CGCA-AAC--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTG-------A-AA---T-TGAAATTTTGAATC----G--TGGAAATTGCGAGGGT--AAA----ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AAa
gi|12 : -AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-TA-T-CAA-A--G-CAAC-C-CCCC-A-A----TT-A-TC--ATGCA-T---gt
gi|12 : -G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGT---T--A--A-TTAATATACAG---ATCA---GA----A-CCAAATGAAGC---A---------GC-----T------------AG-TG-GGCA-AAA--AGT-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------atccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------GA-CG-GGCA-AAA--CGA-CA-AA-AC----------------------------------------CCGA----------------------------GAGTGT--AAA----AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AGTATAACTG-T-ATATGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGAG-gg
gi|14 : TGT-CAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTATGA--AAG--CAC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-CT--CAG---C-CT-ACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAatcgagtgtgtttccccgtttcgttttgtgga
gi|15 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTATGA--AAG----C-TT---GC-GC-CACG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA---AG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACA
gi|17 : T-TGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTATTATGAAG--CAC-TT---CC-GC-CACGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CACA--C
gi|18 : aCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCTTT--AAG--CAG-TT---AC-AC-TACGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-CA--CAG---T-C
gi|19 : aACGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACAC-TTCA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATTc
gi|2 : tTAATAATGAATTACTTGTTCGGAAT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TCAA----GTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAC-GTCCC------GA-GGA-CAC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--AT---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A-A----TT-A--C--ATGAA-T---T--A--G--GACT-T-TCATC------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------TC-----T------------AA-CG-GGCA-ATA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A-----------A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGTGAGTGT--AAT----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA--GAT--T-----------------TTTTTGGGGGGGGGT------------CC-GTGTT--------------------GGAA-AC---TA-A--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCCA---TAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGNN-NNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TGT-TCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATGA--AAG--CAC-TT---GC-AC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAA---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|20 : tttctacttggtg-----------A-----------A-AA---TCCTAAA--------C----G--TGGAGATT-TGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-C-ATATTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgaa
gi|21 : T---ATGT-ACA-GATG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AA--------------------------------------------GTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TTG-TC-CTC-C-TTTACAG-----A---AC---CA--AC---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--cattttcacct
gi|22 : T--------------------GGAA-AC---TA------TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCCT---GAGAGAAT--A---AACACAC-A-CT-G--T
gi|23 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-TGT-AGTAGTTA--CATGTACAC-A-ATATGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAT------GA-GGA-
gi|24 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATCA--AAG----------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|25 : T---TG-AA----CC-TA-TTATG---T--AAAT--CAC--ATG-TA-T-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A---------------------T---T--------GACT-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-
gi|26 : -TAAG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|27 : aataggctagtaGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAAGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GATAT---A-GGCCAT-GCAG--A-GAA-GT
gi|28 : -AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|29 : A-A--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCGC---GAGAGGAatgtcgcatac
gi|3 : actcgGTTA--C-------C-A--TAG-T--TTA-----TTGGTTC--ATGC-ACAAGAAG--GACGA---A-GGCGGGCGCAA--A-A-T-GTC-C------GT-GAC-CGC-GCG--CGTAA-----CCG-AGTGA-CA--ATGG-TTAAA-CCCAGCTA-TCG-TC-CTTAC-TTTACAT-----A---ATTTTCA--AT---TA-AA----CC-TAATTGGG---T--AAAG--TAC--ATGCTACT-CAGCA--G-CAA--C-CACACA-A----TTCA-TTCAATGAA-T---T--ATAG--GA-T-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A--GA-----GCAATA-T-GTG---GGA--T-A---TT---TTGA----TG--T-G-G-TGA-AA--C-TA-TC---GA---C-----A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GCA----TA-----------AA-CG-GGGG-GAA--A-G-CACAA-ACC-CGAGGAT-----------G-----------A-AA---T-TGAAA--------TCCAAG--TGGGAGTTGCGAGTGT----A----ATA-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--A--------G-TCATACTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAG-GATTGT-----------------TTTTT-------CGTATTCTTTACGAACA-GTG-T--------------------GGAA-AC----A-A--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGA-TCC---GAAAGG-T--A---AA-AC-----CTAG--TTCGTT-GT-TA--TG---GTTGTTTT----------GTTCCG-TGAGGGAGATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGATT--C-TCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATATT---GC-ACT-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT----AAG--CAC-TT---GT-G--CACGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-CA--CAG-----CT-A--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtGT-AGTAGTT---CA------C-A-AAAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------GA-GGG-CGC-GCGCGCGCG------CCG-AATGA-CA--TT---TTAT--ACCGCCT--TCG-TC-CTT-CCTTTACAT-----A---AC---CA--AT----A-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAG----AC--GTG-TAAT-CAG-A--G-CAA--C-CCCA-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T---TC-A--G--GACT-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATG-----A-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-AT-GA--C--CC-ATG-T-G-G---GG-----A--TTT---TTGA----TG--TGG---TG--AA--C-TA-TC--GGG---CC-A--G-T---------G----T-----GA----A--C--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTGAAATTGAA-AA---TCCGAAA--------C----G--TGAAGATTGCGAATGT--GAA----AA------CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------GAT-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-A-GGA-TGTCAG-TGG--TTA-A-G-CAGAG-GAT--T-----------------TTTTC----------------------CC-GTGTTCTTTAAGACAGTGT------GGGA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCC----GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTT-ATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---AATACATTACTATATTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT-TCGTAG-----------------------------------AAT-GA--T------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATTA--AAG--CTC-TT---GC-GC-CACG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-AC--CAG------T-A--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|5 : aGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG--CAA--A-AAA-GTCAC------GA-GGGGCGC-GCA-GCGC-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGC-T--TCG-TC-CTT-C-TGTACAT-----A---AC---CA--AT---TA-AA----CC-TA-TTGT-------AAGT--CAC--ATG-TA-T--AG-A--G-CAA--C-CC-G-A-A----TT-A-TC--ATGAACT---T--A--G--GATT-T-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATT-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-G-CA-AAA---GG-CA-AA-ACC-TAGG--T-----------G-----------A-AA---TTGAAAA--------C----G--TGAA--TTG-AAACGT--GAA----GA--------------T-TG-GA--------A--TG-TA-A--A--------------ACTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG-GAT--T-----------------TTTT----------C------------CC-GTACT--------------------------C---GA-A--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT------AACACAC-A-CT-G--TTCGNN-NNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT-TCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTATG---AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|6 : GT-------CGA-AGTGA-CA--TT---TTAAACCTCGCTTGTTCG-TC-CTT-CATTTACAT-----A---CC---CATAAT---TA-AAA---CC-TA-GTATGATAT--AAATTTCACCGAGT-TA-TTCAG-AAGG-CAAGCT-CCCA-A-ACCGATT-A-TC--ATGAA-T---TTTA--G--GACT-TATCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTAC-GA--CCGGCAATG-T-A-G---GGGGCT-A--C-----------------------TG--AA--CATA-TT--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------CGCAA---------GC-----T------------AA-CG-G
gi|6 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaaGTGAGTGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--A--------G-T-A-ATTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGAG---C--T-----------------TTTTT-------aggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgagAA--C-ACCA-ATA----TT-A-TCT-ATGAACT---T--A--G--GACT-T-TCATTTATATATCATCGCATTTAG--ATAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-A------GA--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG--CG-GC-ATG-T-G-GGACGGA--TAA--TTTA--TTGATTCTTGCTTAG-G-TGAAAA--C-TA-TCGTGGACTCC--A--A-A---------GAGAAT-----GG----A-AC--------C---A---------GC-----TTATTATTCTTTGAA-CG-GGCACAAA--AAG--A-AC-ACCAT-----T-----------A-----------A-AAAATTACTAAA--------T----C--CAAAGAGT-CGAACGG--AAA----AAA-----Cctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : TACCTGTTC--ACTGTAT---AAG--TA-TG--AAT--CTA--CA------CCA-ATAGGTACTTAAATATTTGTTTTTTATGTCACA-GAAG--GACGATGTA-GGCGGG--CAA--ATAATTGTCACTATGAAGG-GGAGCGCAGCA-GCGCATGGAAACCGTAGTGA-CAATTT---TCTA--CCCGCCT--TCG-TCACTTACGTTTACATTTTACA---AC---CC--ACATATA-AAACATCC-TA-TTGTG---T--AAttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|8 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcagg-T-ACATTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGAGAGAT--T-----------------TTTTT-------CTC------------CCAGTGTTCTTTTAATAAACCATCGTATGGAACAC---TA-AGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGT--ATGTAACACAC-AACT-GGTTTCGTT-GAATA-TTTTGCGTTGTTTTTCGTT--T-CGGTCCGTTGAG---Aa
gi|8 : aactgaacgtTGTATTGTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTA--AAAGCCAC-TTTATGC-GT-C--GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---CTCT-A--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAgaattaagatgtattttcactgccaatgtttgagtggccaactccatagacgggactcaaacgtcacgatctccgactgatccgacaacggaatatcatctaaccattagaatgtattgtagaatggctgttgactatttacagtgcaaatgatgtggtatcgtcatggttttattaaaagccactttatgcgtcgcctattaggtcatctgtggttatgtacagatacccacagctctaaaacacaaaagaaatgtcactactgcgctatgataag
gi|9 : aactgaacgttacatttcacaacatttgtaaggattcagtggcataaaagcagagagatttttttctcccagtgttcttttaataaaccatcgtatggaacactaagtttttgttctgctgaaatagagggctccgagagagggtatgtaacacacaactggtttcgttgaatattttgcgttgtttttcgtttcggtccgttgagagaattaagatgtattttcactgccaatgtttgagtggccaactccatagacgggactcaaacgtcacgatctccgactgatccgacaacggaatatcatctaaccattagaaTAATA-TCAACTATTGATTCCGATT-TATTCCAAGGT-------AGTAGTTATCCA------C-AGATAGGT--TTAA----TTGGTT---GTGTGATA-GAAGCGGACGA---ACGGCGGG-GCAACAA-AGT-GTCAC------GGAGGA-CGC--CA-GCGT-------C-G-AGTGA-CA--TT---TTAA--ACCGTCT--TCGCTC-CTT-C-TTTACAT-----A---TC---CA--ATCT-TAGAA----CA-TA-TGTTG---CTAAAGCA-CAC--ATG-TA-T-CAG-A--GGCAA--C-CCCA-A-AAA--GC-A-GT--ATGAA-TGATT--AA-G--GACGGT-TCATT------TC-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-AC-GA--C------TG-TAG-G---GGA--T-A--ATTCTGTTGA----TG--TGGCGCTG--AATCT-TA-AC--GGA---C--GACA-T---------GT--AT-----G-----A-GC--------C---A----------C-----T------------AATCGAGGCACAAA--AGGCCA-AATACC-C-----ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22 1 222 11111 111111 111 1 111111 2222222 111 1 11111 22222 111111 111 11111 1111111 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444 2222222222222222 111111 111111111111 11 1111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 2222222 111111 11111 11
lowQualScore : 5 1 6 88 00 1 3 333 88888 77 66 222222 4 4 66 9999 111 2 4 55 777 4 99 55 4 888 1 222222 4 0 8 5 88 5555555 1 4 4 55 222 99 99 4 4 2 8 00000 777 777 55 999999 3 9999 6 3 555555 88 55 3 3 3 3 3 88 77 3 7777 3 7777 3 3 77 2 6 44 33333 55 3 3 000000 3 55 3 111 3 55 4 8888 2 4 3 3 3 66666 55 5555555 55 3 3 00000 7 3 3 3 666 55 5555 0 999 7777 44 1 3 3 77 44 3 3 44 999 66666 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 55 3 3 3 999999999999999999999999 4 777 4 3333333333333333 0 0 44 999 7777 99999999999 4 4 555555 4 4 4 66 777777777777 777 4 55 4 4 4 4 00 66 4 3333 4 4 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 888 555555 999 5 77 44444444444 2 2 00000 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 6 77 3333333333333 1 1 1 6 1 2222222 1 3 3 3 7777 7777 33 99999 3 000000 55 3 3 88888 3 9999 55 3 666 3 3 0 3 3 3 3 555 3 3 3 3 77 3 3 44 00000 4 55 6666 7 55 66 3 11 4 4 4 66
lowQualScore : . . . .. .. . . ... ..... .. .. ...... . . .. .... ... . . .. ... . .. .. . ... . ...... . . . . .. ....... . . . .. ... .. .. . . . . ..... ... ... .. ...... . .... . . ...... .. .. . . . . . .. .. . .... . .... . . .. . . .. ..... .. . . ...... . .. . ... . .. . .... . . . . . ..... .. ....... .. . . ..... . . . . ... .. .... . ... .... .. . . . .. .. . . .. ... ..... . ........................................................................ . . . .. . . . ........................ . ... . ................ . . .. ... .... ........... . . ...... . . . .. ............ ... . .. . . . . .. .. . .... . . ..... ............................................................................................ . . ... ...... ... . .. ........... . . ..... . . ............................................................. . . .. ............. . . . . . ....... . . . . .... .... .. ..... . ...... .. . . ..... . .... .. . ... . . . . . . . ... . . . . .. . . .. ..... . .. .... . .. .. . .. . . . ..
lowQualScore : 5 0 7 33 00 0 3 333 22222 11 11 888888 4 4 11 4444 000 0 0 55 000 0 00 55 0 999 8 888888 4 1 9 0 11 0000000 1 4 0 55 555 55 55 0 0 0 0 00000 000 000 55 555555 1 6666 2 1 555555 66 00 6 6 6 6 6 66 99 3 5555 3 1111 3 3 99 3 7 66 66666 00 6 6 555555 6 00 6 444 6 55 0 5555 5 0 6 6 6 00000 00 5555555 00 6 6 55555 3 6 6 6 444 00 5555 2 222 1111 66 8 3 3 99 66 3 3 66 222 77777 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 00 6 6 6 777777777777777777777777 0 000 1 3333333333333333 7 7 00 999 7777 66666666666 0 0 555555 4 4 4 11 000000000000 000 0 55 0 0 0 4 66 33 4 3333 4 4 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 888 999999 666 7 99 00000000000 5 5 00000 5 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 7 33 3333333333333 5 5 5 7 5 3333333 1 6 6 6 7777 7777 88 00000 6 555555 00 6 6 33333 6 5555 00 6 444 6 6 4 3 3 3 3 666 3 1 1 1 33 3 3 66 55555 0 55 1111 3 00 33 6 00 4 4 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGNNTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
Reference ( family-3088 ) : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------GC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGTGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAATT-TCA--TTCATATTTAGA--GAGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATTC-ATGA-GCAAGAGC-TCTACCCATTAGNTNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|1 : GATTTATGTCAGTAGTTA--CA------C-A-A-AGGT--TGAA----TTGGTT---ATGTTACA-GA-G--GACGA---A-GGCGGG--CGA--A-A-T-GT-AC------G-AG-A-CGC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TTGTTTTAA--CCCGCTT--CTG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TC-AA----CC-TA-CTTTG---G--TAGT--CA---ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--CGCCC--A-A-A----TT-AGTC--ATGGA-T--TTTA--G--G-C-TT-TCATT-------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--G--GC-ATGTT-G-G---AGG--T----TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TATTC--GGA---CCGG--A-T-------------AT-----GA----ATAC--------C---A---------GCTGCTAT------------AA-CA-GGCA-AACCTAGG-TG-AA-ATT-T-----G-----------A----ATAA---TCCCGAA--------C----AACTGGAGA-TGCCGGTGTA-AAA----AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGA--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA----GA-TT-CTCCCCCCCC--------CC--------------CC--GTGT--------------TCTTAAA--------------GGCAGTGTGCGA-ACAGTT-TA--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATTAA---AACACACTT-CT-G--TT-GTTGATTATTTT---GTTG-TTTTCGTTTATTCGTTCCGTTGAG---A--AG----AAA----------GC---TGTGT---ATT-TCA--TTCATATTTAGA--GAGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATTC-ATGA-GCAAGAGC-TCTACCCATTAGA----TTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATGA--AAG--CACATT---GC-GC-CAC-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-CA--C-G---C-CT-A--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|10 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctTGATCA--TT---TTAA--CACGCCT--TCG-CC-CTT-C-TTTACAT-----ATTAAC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-G-TC--ATGCA-T--G--T--GCAGAT-TT-TCA-T------TC-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-AC-GAGTC--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-GTTTTT---TTTA----TA--TGG-G-TG--AA--C-TA-AT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-GC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAGA--------A----G--TGGAGATTACGAGTGT--AAA----AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-G-ATATTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGAG---AG-TT-TT-----t
gi|11 : aaaacaaaaaaacaaccccccc-AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAA--C-CCC--CCA-A----TT-A-TC--ATG-----------------------CATA------TC-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--AC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---T--A--ATT---------G---ATACACAGATTAGA-AC--------C---AAATGAAGCGGC-----T------------AG-TG-CGCA-AAC--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTGA-AA---T-TGAAATTTTGAATC----G--TGGAAATTGCGAGGGT--AAA----ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AAa
gi|12 : -AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAAC-C-CCC--C-A-A----TT-A-TC--ATGCA-T--gt
gi|12 : -G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGT---T--A--A-TTAATATACAG---ATCA---GA----A-CCAAATGAAGC---A---------GC-----T------------AG-TG-GGCA-AAA--AGT-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----atccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------GA-CG-GGCA-AAA--CGA-CA-AA-AC---------------------------------CCGA----------------------------GAGTGT--AAA----AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AGTATAACTG-T-ATATGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGAGATCGAGTG-TG-----TTT--------CC--------------CC--GTgg
gi|14 : TGTCAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTATGA--AAG--CAC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-CT--CAG---C-CT-ACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAttcgttttgtgga
gi|15 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTATGA--AAG----C-TT---GC-GC-CACG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA---AG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACA
gi|17 : TTGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTATTATGAAG--CAC-TT---CC-GC-CACGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CACA--C
gi|18 : aCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCTTT--AAG--CAG-TT---AC-AC-TACGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-CA--CAG---T-C
gi|19 : aACGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACAC-TTCA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATTc
gi|2 : tTAATAATGAATTACTTG--TTCGGAAT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TCAA----GTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAC-GTCCC------G-AGGA-CAC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A--C--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATC------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------TC-----T------------AA-CG-GGCA-ATA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGTGAGTGT--AAT----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA----GA-TT-TT-----TTTGGGGGGGGGT--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCCA---TAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNT-TGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATGA--AAG--CAC-TT---GC-AC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAA---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|20 : tttctacttggtg-----------A----A-AA---TCCTAAA--------C----G--TGGAGATT-TGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-C-ATATTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgaa
gi|21 : T---ATGT-ACA-GATG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AA--------------------------------------------GTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TTG-TC-CTC-C-TTTACAG-----A---AC---CA--A--C---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--cattttcacct
gi|22 : --------------T--------------------GG--------AA-AC---T-A-----TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCCT---GAGAGAAT--A---AACACAC-A-CT-G--T
gi|23 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-TGT-AGTAGTTA--CATGTACAC-A-ATATGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAT------G-AGGA-
gi|24 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATCA--AAG----------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|25 : --T---TG-AA----CC-TA-TTATG---T--AAAT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A---------------------T--T--------GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-
gi|26 : -TAAG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|27 : aataggctagtaGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAAGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GATAT---A-GGCCAT-GCAG--A-GAA-GT
gi|28 : -AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|29 : -AA--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCGC---GAGAGGAatgtcgcatac
gi|3 : actcgGTTA--C-------C-A--TAG-T--TTA-----TTGGTTC--ATGC-ACAAGAAG--GACGA---A-GGCGGGCGCAA--A-A-T-GTC-C------G-TGAC-CGC-GCG--CGTAA-----CCG-AGTGA-CA--ATGG-TTAAA-CCCAGCTA-TCG-TC-CTTAC-TTTACAT-----A---ATTTTCA--A--T---TA-AA----CC-TAATTGGG---T--AAAG--TAC--ATGCT-ACT-CAGCA--GCAA--C-CAC--ACA-A----TTCA-TTCAATGAA-T--T--ATAG--GA--TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A--GA-----GCAATA-T-GTG---GGA--T-A---TT---TTGA----TG--T-G-G-TGA-AA--C-TA-TC---GA---C-----A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GCA----TA-----------AA-CG-GGGG-GAA--A-G-CACAA-ACC-CGAGGAT-----------G----A-AA---T-TGAAA--------TCCAAG--TGGGAGTTGCGAGTGT----A----ATA-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--A--------G-TCATACTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAG---GA-TTGTT-----TTT--------TCGTATTCTTTACGAACA--GTG---------------T--------------------GG--------AA-AC-----AA--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGA-TCC---GAAAGG-T--A---AA-AC-----CTAG--TTCGTTGT-TA--TG---GTTGTTTT----------GTTCCG-TGAGGGAG--AT----ATGN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTGATT--CTCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATATT---GC-ACT-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT----AAG--CAC-TT---GT-G--CACGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-CA--CAG-----CT-A--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtGT-AGTAGTT---CA------C-A-AAAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGG-CGC-GCGCGCGCG------CCG-AATGA-CA--TT---TTAT--ACCGCCT--TCG-TC-CTTCC-TTTACAT-----A---AC---CA--A------TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAG----AC--GTG-TAA-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--TC-A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AAT-----GA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-AT-GA--C--CC-ATG-T-G-G---GG-----A--TTT---TTGA----TG--T-G-G-TG--AA--C-TA-TC--GGGC--C--A--G-T---------G----T-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGAAGATTGCGAATGT---GA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------GAT-ATATTT---CA-A--AT-TTTG--AGGA-TGTCAG-TGG--TT--AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTGTTCTTTAAGACAGTGT--------------------GG--------GA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAG-CC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---A--AT----ACAT--------TAC---TATATTGANNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAG-----------------------------------AAT-GA--T------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATTA--AAG--CTC-TT---GC-GC-CACG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-AC--CAG------T-A--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|5 : aGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG--CAA--A-AAA-GTCAC------G-AGGGGCGC-GCA-GCGC-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGC-T--TCG-TC-CTT-C-TGTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGT-------AAGT--CAC--ATG-T-A-T--AG-A--GCAA--C-CC---G-A-A----TT-A-TC--ATGAACT--T--A--G--GAT-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATT-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-G-CA-AAA---GG-CA-AA-ACC-TAGG--T-----------G----A-AA---TTGAAAA--------C----G--TGAA--TTG-AAACGT--GAA----GA--------------T-TG-GA--------A--TG-TA-A--A--------------ACTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTAC--------------T----------------------------------C---G-AA--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT------AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTATG---AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|6 : GT-------CGA-AGTGA-CA--TT---TTAAACCTCGCTTGTTCG-TC-CTT-CATTTACAT-----A---CC---CATAA--T---TA-AAA---CC-TA-GTATGATAT--AAATTTCACCGAGT-T-A-TTCAG-AAGGCAAGCT-CCC--A-A-ACCGATT-A-TC--ATGAA-T--TTTA--G--GAC-TTATCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTAC-GA--CCGGCAATG-T-A-G---GGGGCT-A--C-----------------------TG--AA--CATA-TT--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------CGCAA---------GC-----T------------AA-CG-G
gi|6 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaaGTGAGTGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--A--------G-T-A-ATTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGAG------CT-TT-----TTT--------CT--------------CT--GTaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgagAA--C-ACC--A-ATA----TT-A-TCT-ATGAACT--T--A--G--GAC-TT-TCATTTATATATCATCGCATTTAG--ATAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-A------GA--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG--CG-GC-ATG-T-G-GGACGGA--TAA--TTTA--TTGATTCTTGCTTAG-G-TGAAAA--C-TA-TCGTGGACTCC--A--A-A---------GAGAAT-----GG----A-AC--------C---A---------GC-----TTATTATTCTTTGAA-CG-GGCACAAA--AAG--A-AC-ACCAT-----T-----------A----A-AAAATTACTAAA--------T----C--CAAAGAGT-CGAACGG--AAA----AAA-----Ctctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : TACCTG--TTC--ACTGTAT---AAG--TA-TG--AAT--CTA--CA------CCA-ATAGGTACTTAAATATTTGTTTTTTATGTCACA-GAAG--GACGATGTA-GGCGGG--CAA--ATAATTGTCACTATGAAG-GGGAGCGCAGCA-GCGCATGGAAACCGTAGTGA-CAATTT---TCTA--CCCGCCT--TCG-TCACTTACGTTTACATTTTACA---AC---CC--A--CATATA-AAACATCC-TA-TTGTG---T--AAttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|8 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcagg-T-ACATTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGAGA--GA-TT-TT-----TTT--------CT--------------CCCAGTGT--------------TCTTTTAATAAACCATCGTATGG--------AACAC---T-AAGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGT--ATGTAACACAC-AACT-GGTTTCGTTGAATA-TTTTGCGTTGTTTTTCGTT--TCGGT-CCGTTGAG---AGAATTAAGATGTATTTTCACTGCCAATGT-TTGAGTGGCCAACTCCATA----GACGGGACTCAAACGTCACG--ATCTCCGACTGATCCGACAACGGAATATCATCTAACCATTAGAATGT--ATT-GTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTA--AAAGCCAC-TTTATGC-GT-C--GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---CTCT-A--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAa
gi|9 : aactgaacgtTAATA-TCAACTA-TTGATTCCG-ATT-TATTCCAAGGT-------AGTAGTTATCCA------C-AGATAGGT--TTAA----TTGGTT---GTGTGATA-GAAGCGGACGA---ACGGCGGG-GCAACAA-AGT-GTCAC------GGAGGA-CGC--CA-GCGT-------C-G-AGTGA-CA--TT---TTAA--ACCGTCT--TCGCTC-CTT-C-TTTACAT-----A---TC---CA--ATCT---TAGAA----CA-TA-TGTTG---CTAAAGCA-CAC--ATG-T-A-T-CAG-AG-GCAA--C-CCCAAA-A-A----GC-A-GT--ATGAA-TGATTAA--G--GACGGT-TCATT------TC-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-AC-GA--C------TG-TAG-G---GGA--T-A--ATTCTGTTGA----TG--TGGCGCTG--AATCT-TA-AC--GGA---C--GACA-T---------GT--AT-----G-----A-GC--------C---A----------C-----T------------AATCGAGGCACAAA--AGGCCA-AATACC-C-----ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22 1 222 11111 111111 111 1 111111 2222222 111 1 11111 22222 111111 111 11111 1111111 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444 2222222222222222 111111 111111111111 11 1111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 2222222 111111 11111 11
lowQualScore : 5 1 6 88 00 1 3 333 88888 77 66 222222 4 4 66 9999 111 2 4 55 777 4 99 55 4 888 1 222222 4 0 8 5 88 5555555 1 4 4 55 222 99 99 4 4 2 8 00000 777 777 55 999999 3 9999 6 3 555555 88 55 3 3 3 3 3 88 77 3 7777 3 7777 3 3 77 2 6 44 33333 55 3 3 000000 3 55 3 111 3 55 4 8888 2 4 3 3 3 66666 55 5555555 55 3 3 00000 7 3 3 3 666 55 5555 0 999 7777 44 1 3 3 77 44 3 3 44 999 66666 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 55 3 3 3 999999999999999999999999 4 777 4 3333333333333333 0 0 44 999 7777 99999999999 4 4 555555 4 4 4 66 777777777777 777 4 55 4 4 4 4 00 66 4 3333 4 4 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 888 555555 999 5 77 88 3333333 2 2 00000 2 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 77 3333333333333 1 1 1 6 1 0000000 1 3 3 3 7777 7777 33 99999 3 000000 55 3 3 88888 3 9999 55 3 666 3 3 0 3 3 3 3 555 3 3 3 3 77 3 3 44 00000 4 55 6666 7 55 66 3 11 4 4 4 66
lowQualScore : . . . .. .. . . ... ..... .. .. ...... . . .. .... ... . . .. ... . .. .. . ... . ...... . . . . .. ....... . . . .. ... .. .. . . . . ..... ... ... .. ...... . .... . . ...... .. .. . . . . . .. .. . .... . .... . . .. . . .. ..... .. . . ...... . .. . ... . .. . .... . . . . . ..... .. ....... .. . . ..... . . . . ... .. .... . ... .... .. . . . .. .. . . .. ... ..... . ........................................................................ . . . .. . . . ........................ . ... . ................ . . .. ... .... ........... . . ...... . . . .. ............ ... . .. . . . . .. .. . .... . . ..... ............................................................................................ . . ... ...... ... . .. .. ....... . . ..... . . ............................................................. . .. ............. . . . . . ....... . . . . .... .... .. ..... . ...... .. . . ..... . .... .. . ... . . . . . . . ... . . . . .. . . .. ..... . .. .... . .. .. . .. . . . ..
lowQualScore : 5 0 7 33 00 0 3 333 22222 11 11 888888 4 4 11 4444 000 0 0 55 000 0 00 55 0 999 8 888888 4 1 9 0 11 0000000 1 4 0 55 555 55 55 0 0 0 0 00000 000 000 55 555555 1 6666 2 1 555555 66 00 6 6 6 6 6 66 99 3 5555 3 1111 3 3 99 3 7 66 66666 00 6 6 555555 6 00 6 444 6 55 0 5555 5 0 6 6 6 00000 00 5555555 00 6 6 55555 3 6 6 6 444 00 5555 2 222 1111 66 8 3 3 99 66 3 3 66 222 77777 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 00 6 6 6 777777777777777777777777 0 000 1 3333333333333333 7 7 00 999 7777 66666666666 0 0 555555 4 4 4 11 000000000000 000 0 55 0 0 0 4 66 33 4 3333 4 4 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 888 999999 666 7 99 55 5555555 5 5 00000 5 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 0000000000000 0 0 0 7 0 6666666 1 6 6 6 7777 7777 88 00000 6 555555 00 6 6 33333 6 5555 00 6 444 6 6 4 3 3 3 3 666 3 1 1 1 33 3 3 66 55555 0 55 1111 3 00 33 6 00 4 4 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
Reference ( family-3088 ) : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGNNTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|1 : GATTTATGTCAGTAGTTA--CA------C-A-A-AGGT--TGAA----TTGGTT---ATGTTACA-GA-G--GACGA---A-GGCGGG--CGA--A-A-T-GT-AC------G-AG-A-CGC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TTGTTTTAA--CCCGCTT--CTG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TC-AA----CC-TA-CTTTG---G--TAGT--CA---ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--CGCCC--A-A-A----TT-AGTC--ATGGA-T--TTTA--G--G-C-TT-TCATT-------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--G--GC-ATGTT-G-G---AGG--T----TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TATTC--GGA---CCGG--A-T-------------AT-----GA----ATAC--------C---A---------GCTGCTAT------------AA-CA-GGCA-AACCTAGG-TG-AA-ATT-T-----G-----------A----ATAA---TCCCGAA--------C----AACTGGAGA-TGCCGGTGTA-AAA----AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGA--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA----GA-TT-CTCCCCCCCC--------CC--------------CC--GTGT--------------TCTTAAA--------------GGCAGTGTGCGA-ACAGTT-TA--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATTAA---AACACACTT-CT-G--TT-GTTGATTATTTT---GTTG-TTTTCGTTTATTCGTTCCGTTGAG---A--AG----AAA----------GC---TGTGT---ATT-TCA--TTCATATTTAGA--GAGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATTC-ATGA-GCAAGAGC-TCTACCCATTAGA----TTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATGA--AAG--CACATT---GC-GC-CAC-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-CA--C-G---C-CT-A--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|10 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctTGATCA--TT---TTAA--CACGCCT--TCG-CC-CTT-C-TTTACAT-----ATTAAC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-G-TC--ATGCA-T--G--T--GCAGAT-TT-TCA-T------TC-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-AC-GAGTC--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-GTTTTT---TTTA----TA--TGG-G-TG--AA--C-TA-AT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-GC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAGA--------A----G--TGGAGATTACGAGTGT--AAA----AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-G-ATATTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGAG---AG-TT-TT-----t
gi|11 : aaaacaaaaaaacaaccccccc-AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAA--C-CCC--CCA-A----TT-A-TC--ATG-----------------------CATA------TC-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--AC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---T--A--ATT---------G---ATACACAGATTAGA-AC--------C---AAATGAAGCGGC-----T------------AG-TG-CGCA-AAC--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTGA-AA---T-TGAAATTTTGAATC----G--TGGAAATTGCGAGGGT--AAA----ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AAa
gi|12 : -AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAAC-C-CCC--C-A-A----TT-A-TC--ATGCA-T--gt
gi|12 : -G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGT---T--A--A-TTAATATACAG---ATCA---GA----A-CCAAATGAAGC---A---------GC-----T------------AG-TG-GGCA-AAA--AGT-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----atccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------GA-CG-GGCA-AAA--CGA-CA-AA-AC---------------------------------CCGA----------------------------GAGTGT--AAA----AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AGTATAACTG-T-ATATGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGAGATCGAGTG-TG-----TTT--------CC--------------CC--GTgg
gi|14 : TGTCAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTATGA--AAG--CAC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-CT--CAG---C-CT-ACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAttcgttttgtgga
gi|15 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTATGA--AAG----C-TT---GC-GC-CACG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA---AG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACA
gi|17 : TTGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTATTATGAAG--CAC-TT---CC-GC-CACGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CACA--C
gi|18 : aCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCTTT--AAG--CAG-TT---AC-AC-TACGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-CA--CAG---T-C
gi|19 : aACGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACAC-TTCA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATTc
gi|2 : tTAATAATGAATTACTTG--TTCGGAAT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TCAA----GTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAC-GTCCC------G-AGGA-CAC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A--C--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATC------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------TC-----T------------AA-CG-GGCA-ATA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGTGAGTGT--AAT----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA----GA-TT-TT-----TTTGGGGGGGGGT--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCCA---TAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNT-TGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATGA--AAG--CAC-TT---GC-AC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAA---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|20 : tttctacttggtg-----------A----A-AA---TCCTAAA--------C----G--TGGAGATT-TGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-C-ATATTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgaa
gi|21 : T---ATGT-ACA-GATG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AA--------------------------------------------GTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TTG-TC-CTC-C-TTTACAG-----A---AC---CA--A--C---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--cattttcacct
gi|22 : --------------T--------------------GG--------AA-AC---T-A-----TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCCT---GAGAGAAT--A---AACACAC-A-CT-G--T
gi|23 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-TGT-AGTAGTTA--CATGTACAC-A-ATATGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAT------G-AGGA-
gi|24 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATCA--AAG----------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|25 : --T---TG-AA----CC-TA-TTATG---T--AAAT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A---------------------T--T--------GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-
gi|26 : -TAAG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|27 : aataggctagtaGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAAGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GATAT---A-GGCCAT-GCAG--A-GAA-GT
gi|28 : -AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|29 : -AA--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCGC---GAGAGGAatgtcgcatac
gi|3 : actcgGTTA--C-------C-A--TAG-T--TTA-----TTGGTTC--ATGC-ACAAGAAG--GACGA---A-GGCGGGCGCAA--A-A-T-GTC-C------G-TGAC-CGC-GCG--CGTAA-----CCG-AGTGA-CA--ATGG-TTAAA-CCCAGCTA-TCG-TC-CTTAC-TTTACAT-----A---ATTTTCA--A--T---TA-AA----CC-TAATTGGG---T--AAAG--TAC--ATGCT-ACT-CAGCA--GCAA--C-CAC--ACA-A----TTCA-TTCAATGAA-T--T--ATAG--GA--TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A--GA-----GCAATA-T-GTG---GGA--T-A---TT---TTGA----TG--T-G-G-TGA-AA--C-TA-TC---GA---C-----A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GCA----TA-----------AA-CG-GGGG-GAA--A-G-CACAA-ACC-CGAGGAT-----------G----A-AA---T-TGAAA--------TCCAAG--TGGGAGTTGCGAGTGT----A----ATA-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--A--------G-TCATACTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAG---GA-TTGTT-----TTT--------TCGTATTCTTTACGAACA--GTG---------------T--------------------GG--------AA-AC-----AA--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGA-TCC---GAAAGG-T--A---AA-AC-----CTAG--TTCGTTG-TTA--TG---GTTGTTTT----------GTTCCG-TGAGGGAG--AT----ATGN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTGATT--CTCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATATT---GC-ACT-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT----AAG--CAC-TT---GT-G--CACGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-CA--CAG-----CT-A--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtGT-AGTAGTT---CA------C-A-AAAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGG-CGC-GCGCGCGCG------CCG-AATGA-CA--TT---TTAT--ACCGCCT--TCG-TC-CTTCC-TTTACAT-----A---AC---CA--A------TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAG----AC--GTG-TAA-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--TC-A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AAT-----GA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-AT-GA--C--CC-ATG-T-G-G---GG-----A--TTT---TTGA----TG--T-G-G-TG--AA--C-TA-TC--GGGC--C--A--G-T---------G----T-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGAAGATTGCGAATGT---GA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------GAT-ATATTT---CA-A--AT-TTTG--AGGA-TGTCAG-TGG--TT--AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTGTTCTTTAAGACAGTGT--------------------GG--------GA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAG-CC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---A--AT----ACAT--------TAC---TATATTGANNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAG-----------------------------------AAT-GA--T------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATTA--AAG--CTC-TT---GC-GC-CACG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-AC--CAG------T-A--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|5 : aGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG--CAA--A-AAA-GTCAC------G-AGGGGCGC-GCA-GCGC-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGC-T--TCG-TC-CTT-C-TGTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGT-------AAGT--CAC--ATG-T-A-T--AG-A--GCAA--C-CC---G-A-A----TT-A-TC--ATGAACT--T--A--G--GAT-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATT-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-G-CA-AAA---GG-CA-AA-ACC-TAGG--T-----------G----A-AA---TTGAAAA--------C----G--TGAA--TTG-AAACGT--GAA----GA--------------T-TG-GA--------A--TG-TA-A--A--------------ACTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTAC--------------T----------------------------------C---G-AA--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT------AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTATG---AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|6 : GT-------CGA-AGTGA-CA--TT---TTAAACCTCGCTTGTTCG-TC-CTT-CATTTACAT-----A---CC---CATAA--T---TA-AAA---CC-TA-GTATGATAT--AAATTTCACCGAGT-T-A-TTCAG-AAGGCAAGCT-CCC--A-A-ACCGATT-A-TC--ATGAA-T--TTTA--G--GAC-TTATCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTAC-GA--CCGGCAATG-T-A-G---GGGGCT-A--C-----------------------TG--AA--CATA-TT--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------CGCAA---------GC-----T------------AA-CG-G
gi|6 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaaGTGAGTGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--A--------G-T-A-ATTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGAG------CT-TT-----TTT--------CT--------------CT--GTaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgagAA--C-ACC--A-ATA----TT-A-TCT-ATGAACT--T--A--G--GAC-TT-TCATTTATATATCATCGCATTTAG--ATAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-A------GA--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG--CG-GC-ATG-T-G-GGACGGA--TAA--TTTA--TTGATTCTTGCTTAG-G-TGAAAA--C-TA-TCGTGGACTCC--A--A-A---------GAGAAT-----GG----A-AC--------C---A---------GC-----TTATTATTCTTTGAA-CG-GGCACAAA--AAG--A-AC-ACCAT-----T-----------A----A-AAAATTACTAAA--------T----C--CAAAGAGT-CGAACGG--AAA----AAA-----Ctctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : TACCTG--TTC--ACTGTAT---AAG--TA-TG--AAT--CTA--CA------CCA-ATAGGTACTTAAATATTTGTTTTTTATGTCACA-GAAG--GACGATGTA-GGCGGG--CAA--ATAATTGTCACTATGAAG-GGGAGCGCAGCA-GCGCATGGAAACCGTAGTGA-CAATTT---TCTA--CCCGCCT--TCG-TCACTTACGTTTACATTTTACA---AC---CC--A--CATATA-AAACATCC-TA-TTGTG---T--AAttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|8 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcagg-T-ACATTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGAGA--GA-TT-TT-----TTT--------CT--------------CCCAGTGT--------------TCTTTTAATAAACCATCGTATGG--------AACAC---T-AAGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGT--ATGTAACACAC-AACT-GGTTTCGTTGAATA-TTTTGCGTTGTTTTTCGTT--TCGGT-CCGTTGAG---AGAATTAAGATGTATTTTCACTGCCAATGT-TTGAGTGGCCAACTCCATA----GACGGGACTCAAACGTCACG--ATCTCCGACTGATCCGACAACGGAATATCATCTAACCATTAGAATGT--ATT-GTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTA--AAAGCCAC-TTTATGC-GT-C--GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---CTCT-A--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAa
gi|9 : aactgaacgtTAATA-TCAACTA-TTGATTCCG-ATT-TATTCCAAGGT-------AGTAGTTATCCA------C-AGATAGGT--TTAA----TTGGTT---GTGTGATA-GAAGCGGACGA---ACGGCGGG-GCAACAA-AGT-GTCAC------GGAGGA-CGC--CA-GCGT-------C-G-AGTGA-CA--TT---TTAA--ACCGTCT--TCGCTC-CTT-C-TTTACAT-----A---TC---CA--ATCT---TAGAA----CA-TA-TGTTG---CTAAAGCA-CAC--ATG-T-A-T-CAG-AG-GCAA--C-CCCAAA-A-A----GC-A-GT--ATGAA-TGATTAA--G--GACGGT-TCATT------TC-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-AC-GA--C------TG-TAG-G---GGA--T-A--ATTCTGTTGA----TG--TGGCGCTG--AATCT-TA-AC--GGA---C--GACA-T---------GT--AT-----G-----A-GC--------C---A----------C-----T------------AATCGAGGCACAAA--AGGCCA-AATACC-C-----ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22 1 222 11111 111111 111 1 111111 2222222 111 1 11111 22222 111111 111 11111 1111111 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444 2222222222222222 111111 111111111111 11 1111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 2222222 111111 11111 11
lowQualScore : 5 1 6 88 00 1 3 333 88888 77 66 222222 4 4 66 9999 111 2 4 55 777 4 99 55 4 888 1 222222 4 0 8 5 88 5555555 1 4 4 55 222 99 99 4 4 2 8 00000 777 777 55 999999 3 9999 6 3 555555 88 55 3 3 3 3 3 88 77 3 7777 3 7777 3 3 77 2 6 44 33333 55 3 3 000000 3 55 3 111 3 55 4 8888 2 4 3 3 3 66666 55 5555555 55 3 3 00000 7 3 3 3 666 55 5555 0 999 7777 44 1 3 3 77 44 3 3 44 999 66666 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 7 55 3 3 3 999999999999999999999999 4 777 4 3333333333333333 0 0 44 999 7777 99999999999 4 4 555555 4 4 4 66 777777777777 777 4 55 4 4 4 4 00 66 4 3333 4 4 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 888 555555 999 5 77 77 3333333 2 2 00000 2 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 77 3333333333333 1 1 1 6 1 0000000 1 3 3 3 7777 7777 33 99999 3 000000 55 3 3 88888 3 9999 55 3 666 3 3 0 3 3 3 3 555 3 3 3 3 77 3 3 44 00000 4 55 6666 7 55 66 3 11 4 4 4 66
lowQualScore : . . . .. .. . . ... ..... .. .. ...... . . .. .... ... . . .. ... . .. .. . ... . ...... . . . . .. ....... . . . .. ... .. .. . . . . ..... ... ... .. ...... . .... . . ...... .. .. . . . . . .. .. . .... . .... . . .. . . .. ..... .. . . ...... . .. . ... . .. . .... . . . . . ..... .. ....... .. . . ..... . . . . ... .. .... . ... .... .. . . . .. .. . . .. ... ..... . ........................................................................ . . . .. . . . ........................ . ... . ................ . . .. ... .... ........... . . ...... . . . .. ............ ... . .. . . . . .. .. . .... . . ..... ............................................................................................ . . ... ...... ... . .. .. ....... . . ..... . . ............................................................. . .. ............. . . . . . ....... . . . . .... .... .. ..... . ...... .. . . ..... . .... .. . ... . . . . . . . ... . . . . .. . . .. ..... . .. .... . .. .. . .. . . . ..
lowQualScore : 5 0 7 33 00 0 3 333 22222 11 11 888888 4 4 11 4444 000 0 0 55 000 0 00 55 0 999 8 888888 4 1 9 0 11 0000000 1 4 0 55 555 55 55 0 0 0 0 00000 000 000 55 555555 1 6666 2 1 555555 66 00 6 6 6 6 6 66 99 3 5555 3 1111 3 3 99 3 7 66 66666 00 6 6 555555 6 00 6 444 6 55 0 5555 5 0 6 6 6 00000 00 5555555 00 6 6 55555 3 6 6 6 444 00 5555 2 222 1111 66 8 3 3 99 66 3 3 66 222 77777 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 00 6 6 6 777777777777777777777777 0 000 1 3333333333333333 7 7 00 999 7777 66666666666 0 0 555555 4 4 4 11 000000000000 000 0 55 0 0 0 4 66 33 4 3333 4 4 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 888 999999 666 7 99 88 5555555 5 5 00000 5 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33 0000000000000 0 0 0 7 0 6666666 1 6 6 6 7777 7777 88 00000 6 555555 00 6 6 33333 6 5555 00 6 444 6 6 4 3 3 3 3 666 3 1 1 1 33 3 3 66 55555 0 55 1111 3 00 33 6 00 4 4 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
Reference ( family-3088 ) : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|1 : GATTTATGTCAGTAGTTA--CA------C-A-A-AGGT--TGAA----TTGGTT---ATGTTACA-GA-G--GACGA---A-GGCGGG--CGA--A-A-T-GT-AC------G-AG-A-CGC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TTGTTTTAA--CCCGCTT--CTG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TC-AA----CC-TA-CTTTG---G--TAGT--CA---ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--CGCCC--A-A-A----TT-AGTC--ATGGA-T--TTTA--G--G-C-TT-TCATT-------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--G--GC-ATGTT-G-G---AGG--T----TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TATTC--GGA---CCGG--A-T-------------AT-----GA----ATAC--------C---A---------GCTGCTAT------------AA-CA-GGCA-AACCTAGG-TG-AA-ATT-T-----G-----------A----ATAA---TCCCGAA--------C----AACTGGAGA-TGCCGGTGTA-AAA----AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGA--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA----GA-TT-CTCCCCCCCC--------CC--------------CC--GTGT--------------TCTTAAA--------------GGCAGTGTGCGA-ACAGTT-TA--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATTAA---AACACACTT-CT-G--TT-GTTGATTATTTT---GTTG-TTTTCGTTTATTCGTTCCGTTGAG---A--AG----AAA----------GC---TGTGT---ATT-TCA--TTCATATTTAGA--GAGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATTC-ATGA-GCAAGAGC-TCTACCCATTAGA----TTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATGA--AAG--CACATT---GC-GC-CAC-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-CA--C-G---C-CT-A--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|10 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctTGATCA--TT---TTAA--CACGCCT--TCG-CC-CTT-C-TTTACAT-----ATTAAC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-G-TC--ATGCA-T--G--T--GCAGAT-TT-TCA-T------TC-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-AC-GAGTC--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-GTTTTT---TTTA----TA--TGG-G-TG--AA--C-TA-AT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-GC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAGA--------A----G--TGGAGATTACGAGTGT--AAA----AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-G-ATATTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGAG---AG-TT-TT-----t
gi|11 : aaaacaaaaaaacaaccccccc-AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAA--C-CCC--CCA-A----TT-A-TC--ATG-----------------------CATA------TC-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--AC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---T--A--ATT---------G---ATACACAGATTAGA-AC--------C---AAATGAAGCGGC-----T------------AG-TG-CGCA-AAC--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------AGGTGA-AA---T-TGAAATTTTGAATC----G--TGGAAATTGCGAGGGT--AAA----ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AAa
gi|12 : -AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAAC-C-CCC--C-A-A----TT-A-TC--ATGCA-T--gt
gi|12 : -G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGT---T--A--A-TTAATATACAG---ATCA---GA----A-CCAAATGAAGC---A---------GC-----T------------AG-TG-GGCA-AAA--AGT-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----atccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------GA-CG-GGCA-AAA--CGA-CA-AA-AC---------------------------------CCGA----------------------------GAGTGT--AAA----AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AGTATAACTG-T-ATATGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGAGATCGAGTG-TG-----TTT--------CC--------------CC--GTgg
gi|14 : TGTCAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTATGA--AAG--CAC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-CT--CAG---C-CT-ACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAttcgttttgtgga
gi|15 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTATGA--AAG----C-TT---GC-GC-CACG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA---AG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACA
gi|17 : TTGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTATTATGAAG--CAC-TT---CC-GC-CACGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CACA--C
gi|18 : aCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCTTT--AAG--CAG-TT---AC-AC-TACGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-CA--CAG---T-C
gi|19 : aACGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACAC-TTCA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATTc
gi|2 : tTAATAATGAATTACTTG--TTCGGAAT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TCAA----GTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAC-GTCCC------G-AGGA-CAC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A--C--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATC------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------TC-----T------------AA-CG-GGCA-ATA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGTGAGTGT--AAT----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA----GA-TT-TT-----TTTGGGGGGGGGT--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCCA---TAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNT-TGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATGA--AAG--CAC-TT---GC-AC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAA---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|20 : tttctacttggtg-----------A----A-AA---TCCTAAA--------C----G--TGGAGATT-TGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--A--------G-C-ATATTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgaa
gi|21 : T---ATGT-ACA-GATG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AA--------------------------------------------GTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TTG-TC-CTC-C-TTTACAG-----A---AC---CA--A--C---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--cattttcacct
gi|22 : --------------T--------------------GG--------AA-AC---T-A-----TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCCT---GAGAGAAT--A---AACACAC-A-CT-G--T
gi|23 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-TGT-AGTAGTTA--CATGTACAC-A-ATATGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAT------G-AGGA-
gi|24 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATCA--AAG----------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|25 : --T---TG-AA----CC-TA-TTATG---T--AAAT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A---------------------T--T--------GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-
gi|26 : -TAAG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|27 : aataggctagtaGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAAGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GATAT---A-GGCCAT-GCAG--A-GAA-GT
gi|28 : -AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|29 : -AA--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCGC---GAGAGGAatgtcgcatac
gi|3 : actcgGTTA--C-------C-A--TAG-T--TTA-----TTGGTTC--ATGC-ACAAGAAG--GACGA---A-GGCGGGCGCAA--A-A-T-GTC-C------G-TGAC-CGC-GCG--CGTAA-----CCG-AGTGA-CA--ATGG-TTAAA-CCCAGCTA-TCG-TC-CTTAC-TTTACAT-----A---ATTTTCA--A--T---TA-AA----CC-TAATTGGG---T--AAAG--TAC--ATGCT-ACT-CAGCA--GCAA--C-CAC--ACA-A----TTCA-TTCAATGAA-T--T--ATAG--GA--TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A--GA-----GCAATA-T-GTG---GGA--T-A---TT---TTGA----TG--T-G-G-TGA-AA--C-TA-TC---GA---C-----A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GCA----TA-----------AA-CG-GGGG-GAA--A-G-CACAA-ACC-CGAGGAT-----------G----A-AA---T-TGAAA--------TCCAAG--TGGGAGTTGCGAGTGT----A----ATA-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--A--------G-TCATACTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAG---GA-TTGTT-----TTT--------TCGTATTCTTTACGAACA--GTG---------------T--------------------GG--------AA-AC-----AA--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGA-TCC---GAAAGG-T--A---AA-AC-----CTAG--TTCGTTG-TTA--TG---GTTGTTTT----------GTTCCG-TGAGGGAG--AT----ATGN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTGATT--CTCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATATT---GC-ACT-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT----AAG--CAC-TT---GT-G--CACGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-CA--CAG-----CT-A--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtGT-AGTAGTT---CA------C-A-AAAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGG-CGC-GCGCGCGCG------CCG-AATGA-CA--TT---TTAT--ACCGCCT--TCG-TC-CTTCC-TTTACAT-----A---AC---CA--A------TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAG----AC--GTG-TAA-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--TC-A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AAT-----GA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-AT-GA--C--CC-ATG-T-G-G---GG-----A--TTT---TTGA----TG--T-G-G-TG--AA--C-TA-TC--GGGC--C--A--G-T---------G----T-----G-----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----TAGGTGAAATTGA----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGAAGATTGCGAATGT---GA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------GAT-ATATTT---CA-A--AT-TTTG--AGGA-TGTCAG-TGG--TT--AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTGTTCTTTAAGACAGTGT--------------------GG--------GA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAG-CC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---A--AT----ACAT--------TAC---TATATTGANNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAG-----------------------------------AAT-GA--T------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATTA--AAG--CTC-TT---GC-GC-CACG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-AC--CAG------T-A--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|5 : aGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG--CAA--A-AAA-GTCAC------G-AGGGGCGC-GCA-GCGC-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGC-T--TCG-TC-CTT-C-TGTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGT-------AAGT--CAC--ATG-T-A-T--AG-A--GCAA--C-CC---G-A-A----TT-A-TC--ATGAACT--T--A--G--GAT-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATT-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-G-CA-AAA---GG-CA-AA-ACC-TAGG--T-----------G----A-AA---TTGAAAA--------C----G--TGAA--TTG-AAACGT--GAA----GA--------------T-TG-GA--------A--TG-TA-A--A--------------ACTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTAC--------------T----------------------------------C---G-AA--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT------AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNNNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTATG---AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|6 : GT-------CGA-AGTGA-CA--TT---TTAAACCTCGCTTGTTCG-TC-CTT-CATTTACAT-----A---CC---CATAA--T---TA-AAA---CC-TA-GTATGATAT--AAATTTCACCGAGT-T-A-TTCAG-AAGGCAAGCT-CCC--A-A-ACCGATT-A-TC--ATGAA-T--TTTA--G--GAC-TTATCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTAC-GA--CCGGCAATG-T-A-G---GGGGCT-A--C-----------------------TG--AA--CATA-TT--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------CGCAA---------GC-----T------------AA-CG-G
gi|6 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaaGTGAGTGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--A--------G-T-A-ATTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGAG------CT-TT-----TTT--------CT--------------CT--GTaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgagAA--C-ACC--A-ATA----TT-A-TCT-ATGAACT--T--A--G--GAC-TT-TCATTTATATATCATCGCATTTAG--ATAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-A------GA--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG--CG-GC-ATG-T-G-GGACGGA--TAA--TTTA--TTGATTCTTGCTTAG-G-TGAAAA--C-TA-TCGTGGACTCC--A--A-A---------GAGAAT-----GG----A-AC--------C---A---------GC-----TTATTATTCTTTGAA-CG-GGCACAAA--AAG--A-AC-ACCAT-----T-----------A----A-AAAATTACTAAA--------T----C--CAAAGAGT-CGAACGG--AAA----AAA-----Ctctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : TACCTG--TTC--ACTGTAT---AAG--TA-TG--AAT--CTA--CA------CCA-ATAGGTACTTAAATATTTGTTTTTTATGTCACA-GAAG--GACGATGTA-GGCGGG--CAA--ATAATTGTCACTATGAAG-GGGAGCGCAGCA-GCGCATGGAAACCGTAGTGA-CAATTT---TCTA--CCCGCCT--TCG-TCACTTACGTTTACATTTTACA---AC---CC--A--CATATA-AAACATCC-TA-TTGTG---T--AAttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|8 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcagg-T-ACATTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGAGA--GA-TT-TT-----TTT--------CT--------------CCCAGTGT--------------TCTTTTAATAAACCATCGTATGG--------AACAC---T-AAGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGT--ATGTAACACAC-AACT-GGTTTCGTTGAATA-TTTTGCGTTGTTTTTCGTT--TCGGT-CCGTTGAG---AGAATTAAGATGTATTTTCACTGCCAATGT-TTGAGTGGCCAACTCCATA----GACGGGACTCAAACGTCACG--ATCTCCGACTGATCCGACAACGGAATATCATCTAACCATTAGAATGT--ATT-GTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTA--AAAGCCAC-TTTATGC-GT-C--GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---CTCT-A--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAa
gi|9 : aactgaacgtTAATA-TCAACTA-TTGATTCCG-ATT-TATTCCAAGGT-------AGTAGTTATCCA------C-AGATAGGT--TTAA----TTGGTT---GTGTGATA-GAAGCGGACGA---ACGGCGGG-GCAACAA-AGT-GTCAC------GGAGGA-CGC--CA-GCGT-------C-G-AGTGA-CA--TT---TTAA--ACCGTCT--TCGCTC-CTT-C-TTTACAT-----A---TC---CA--ATCT---TAGAA----CA-TA-TGTTG---CTAAAGCA-CAC--ATG-T-A-T-CAG-AG-GCAA--C-CCCAAA-A-A----GC-A-GT--ATGAA-TGATTAA--G--GACGGT-TCATT------TC-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-AC-GA--C------TG-TAG-G---GGA--T-A--ATTCTGTTGA----TG--TGGCGCTG--AATCT-TA-AC--GGA---C--GACA-T---------GT--AT-----G-----A-GC--------C---A----------C-----T------------AATCGAGGCACAAA--AGGCCA-AATACC-C-----ag
blockSeqs : . C C AT G C G TCC GTTT T TC TGTACA C G AC ATAT TTT C A CG TGT C CG CA T ATT C TATGAA G G A GC ATGGAAA C T T AT GG AC GT C A A A TTTAC TTA TTT TA CATA G ACAT A A ATAT TT CG C A C T C AG GC . AAA T CCGA C . CA C C GA ATA CA G A TATATA A AT . GAA A GA C TACT G T C T T AT TT TTGAATC TC T G GTC A . A T GAC GC GTT CTG TTCT CT G C C AA TC A . GT CTC GAC T TAATATACAGATCAGAACCAAATGAAGCAGCT T A C . C C T CTAGGTGAAATTGA . AAT C TTTTGAATCG AC TTA GATC AAAAGCA C . TTTAGA . A G . GTATAACTGT AAA C TA A T . T CA A T GATC G G . TCTCCCAGTGTTCTTTTAATAAACCATCGTATGGAACACTAAGT C . CGA ATGT AA A GT NN TTTTGC N N NNN N N AGAATTAAGATGTATTTTCACTGCCAATGTTTGAGTGGCCAACTCCATAGACG T NN CTGATCCGACAAC N N N A N NNNNNTT A C G C AACA GACT AA TCAC . ATGCTA TC C C ATAGG A TATG GC . TAT T G T T A . GA . G A . TA A A AT ACAC C CT GTG C TA AT G TG T A A GA
blockSeqs : . . . T . . TA T . . . . . . C G . . . . G . . AC A . . G . A AA C . . . . A A . . C G . . . . TCT . A A . CTA A . . . . . . G C . CC . . . . T C C . TTA . . . . . . . . . . . . G . . . . A . T . . . CCG A . . . . . AA A . . G . . A . . . . C A . GATACACAGATTAGAACCAAATGAAGCGGCT . . C . . . . CTAGGTGAAATTGA . . C TCCAAG GC A . CAGTCT . . . . . . . GTC . . . . . . . T A . GA . . . CCCGTGTTCTTTAAGACAGTGTGGGAACTCCA . . . A A . . TG NNN T T TCC T T GGAGATATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNNNNNN N N N . N NNNNNTT G . . . . . AT TT . . . . . G . GA . . . . . . . . . TC . . . . A . . . CT . . GT . . G . GC . . . .
blockSeqs : GT T . . . . . . . . . . . . G . . AT A . . . . G G C . . . . . . . . A . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . AC . . . . . A . . TAA . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . CG . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . GAGAATGGAACCAGCTTATTATTCTTTG . . . . . . . CGAGGATG . . C AG GT A . CA . . . . . . . GAT . . . . . . . . A . G . . . TTCGTATTCTTTACGAACAGTGTGGAAACAA . . . A A . . NN TTT T N NNN T N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNNNNNN N N N . N NNNNTT C . . . . . TT GT . . . . . A . GA . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . G . . A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . G . . AA A . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . A . . CA . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . C . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . GATGAACCGCAAGCT . . . . . . . CTAGGTG . . C CG GC A . TA . . . . . . . GG . . . . . . . . A . G . . . TGGGGGGGGGTCCGTGTTGGAAACTAA . . . A A . . AA NNN N T TCG N T AATACATTACTATATTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN . NN NNNNNNNN N N N . N TTGATT C . . . . . TT T . . . . . G . TT . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . G . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . AT A . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . C . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . GATGAACCAGCATA . . . . . . . TAGGTG . . C CG GC A . CA . . . . . . . GT . . . . . . . . A . G . . . CCCGTACTCGAA . . . A A . . T TG T . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . NNNNNNNN G T T . A AATGT C . . . . . AT T . . . . . G . GA . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . G . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . AA A . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . C . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . GATGAAACCATCT . . . . . . . ATTA . . T CG GT A . CA . . . . . . . GC . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . C . . . . . AT T . . . . . G . CA . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . G . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . A . . . . . C . . . . . . A . . . A . . . . . . . . A . AATGAGCCAGCT . . . . . . . CTA . . A CG T G . CA . . . . . . . GT . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . . AA T . . . . . G . TA . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . G . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . A . . . G . . . . . . . . A . AATGAACCAGCT . . . . . . . CTA . . . TC G A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC T . . . . . G . TA . . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . A . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . GATGAACCAGCT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . GTATGAGCCACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GTGAACCAGCT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : T* G* AN* *** A**** *** A**** A*** A**** ** CTAGGTG***************** CG************** A** ****** ** A* G*** ***** A***** A** TTT**** TCN** NNNGTT* G**** A*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACC-C-----T-----------A----A-AA---TCCGAAA--------C----G--TGGAGATTGCGAGTGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTTTGTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGGG-CAA--A-AAN-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--TA----G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--TA---TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---CA----A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-----T------------AA-CG-GGCA-AAA--AGG-CA-AA-ACCCTAGGTG-----------------A-AA---TCCGAAACG--------------TGGAGATTGCGAGTGTA--AA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--A--------G-T-ATATTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATA-----AACACACA--CT-G--TTCGTTGANTATTT----GTTGTTTTTCGTTTCN--GTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGAGTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGNNNGTT-GTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCATG----GTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 22 1 222 11111 111111 111 1 111 111111 2222222 111 1 11111 22222 111111 111 11111 1111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 111111 11111111 11 1111 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 1111 111111 11111 11
lowQualScore : 5 1 6 88 00 1 3 333 88888 77 66 222222 4 4 66 9999 111 2 4 55 777 4 99 55 4 111 1 222222 4 0 8 5 88 5555555 1 4 4 55 222 99 99 4 4 2 8 00000 777 777 55 999999 3 9999 6 3 555555 88 55 3 3 3 3 3 88 77 3 7777 3 7777 3 3 77 2 6 44 33333 55 3 3 000000 3 55 3 111 3 55 4 8888 2 4 3 3 3 66666 55 5555555 55 3 3 00000 7 3 3 3 666 55 5555 0 999 7777 44 1 3 3 77 44 3 3 44 999 66666 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 3 0 3 3 3 55555555555555555555555555555555555555555555555 55 8888888888888 1 55 22 3 999 7777 99999999999 4 4 555555 4 4 4 66 555 44444444 777 4 55 4 4 4 4 00 66 4 3333 4 4 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 888 555555 999 5 77 77 3333333 2 2 11111 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 77 3333333333333 1 1 1 6 1 4444 5 1 3 3 3 7777 7777 33 99999 3 000000 55 3 3 88888 3 9999 55 3 666 3 3 0 3 3 3 3 555 3 3 3 3 77 3 3 44 00000 4 55 6666 7 55 66 3 11 4 4 4 66
lowQualScore : . . . .. .. . . ... ..... .. .. ...... . . .. .... ... . . .. ... . .. .. . ... . ...... . . . . .. ....... . . . .. ... .. .. . . . . ..... ... ... .. ...... . .... . . ...... .. .. . . . . . .. .. . .... . .... . . .. . . .. ..... .. . . ...... . .. . ... . .. . .... . . . . . ..... .. ....... .. . . ..... . . . . ... .. .... . ... .... .. . . . .. .. . . .. ... ..... . .................................................................... . . . . . . . ............................................... .. ............. . .. .. . ... .... ........... . . ...... . . . .. ... ........ ... . .. . . . . .. .. . .... . . ..... ............................................................................................ . . ... ...... ... . .. .. ....... . . ..... . . .............................................................. . .. ............. . . . . . .... . . . . . .... .... .. ..... . ...... .. . . ..... . .... .. . ... . . . . . . . ... . . . . .. . . .. ..... . .. .... . .. .. . .. . . . ..
lowQualScore : 5 0 7 33 00 0 3 333 22222 11 11 888888 4 4 11 4444 000 0 0 55 000 0 00 55 0 222 8 888888 4 1 9 0 11 0000000 1 4 0 55 555 55 55 0 0 0 0 00000 000 000 55 555555 1 6666 2 1 555555 66 00 6 6 6 6 6 66 99 3 5555 3 1111 3 3 99 3 7 66 66666 00 6 6 555555 6 00 6 444 6 55 0 5555 5 0 6 6 6 00000 00 5555555 00 6 6 55555 3 6 6 6 444 00 5555 2 222 1111 66 8 3 3 99 66 3 3 66 222 77777 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 6 9 6 6 6 66666666666666666666666666666666666666666666666 00 4444444444444 2 00 00 3 222 7777 66666666666 0 0 555555 4 4 4 11 333 55555555 000 0 55 0 0 0 4 66 33 4 3333 4 4 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 888 999999 666 7 99 88 5555555 5 5 33333 5 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 33 0000000000000 0 0 0 7 0 2222 7 1 6 6 6 7777 7777 88 00000 6 555555 00 6 6 33333 6 5555 00 6 444 6 6 4 3 3 3 3 666 3 1 1 1 33 3 3 66 55555 0 55 1111 3 00 33 6 00 4 4 4 11
consensus : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-T------------AA-CG-GGC-A-AAAAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-TG-------AAAT----------C-CGA--AA--------C----GTGGAGAT--TGCGAG-TGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--AG-T-ATA--------TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGA-GTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGANNGTT-GTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
Reference ( family-3088 ) : NNNNNNNNNNNNNTAATAATNAACTACTTG--TTCG-ANT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAN-GTCAC------G-AGGA-CGC-GCG-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------GC-T------------AA-CG-GGC-A-AAAAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-TG-------AAAT----------C-CGA--AA--------C----GTGGAGAT--TGCGAG-TGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--AG-T-ATA--------TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TTT--------CC--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTGANTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCNGTTCCGTTGAG---A--AT----ACGT--------TGC---TGTGTTGA-GTN-CCA--TCCATATTTAGA--GGGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATCC-ACGA-GNAANANC-TCTANCCATTAGNNNGTT-GTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATNA--AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|1 : GATTTATGTCAGTAGTTA--CA------C-A-A-AGGT--TGAA----TTGGTT---ATGTTACA-GA-G--GACGA---A-GGCGGG--CGA--A-A-T-GT-AC------G-AG-A-CGC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TTGTTTTAA--CCCGCTT--CTG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TC-AA----CC-TA-CTTTG---G--TAGT--CA---ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--CGCCC--A-A-A----TT-AGTC--ATGGA-T--TTTA--G--G-C-TT-TCATT-------C-TCGC--TTGGTAATAGCA-AA-TAT--GGA-A----G-TC-GGT-G-AAA-GAAATTTAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--G--GC-ATGTT-G-G---AGG--T----TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TATTC--GGA---CCGG--A-T-------------AT-----GA----ATAC--------C---A---------GC-T-------------------GCTATAACAGG-CA-AA---C-C--------------T-AGG-TG-------AAATTTGAATAATCC-CGAACAA--------C-----TGGAGA---TGCCGG-TGTA-AAA----AAA-----CA----C-T-TCGAATA-----AACATG-TG-AAGAG-T-ATA--------TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGATTGTCGA-T-G--TTAGAAG-CAGA----GA-TT-CTCCCCCCCC--------CC--------------CC--GTGT--------------TCTTAAA--------------GGCAGTGTGCGA-ACAGTT-TA--TTTTGTT-TGTCTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGATTAA---AACACACTT-CT-G--TT-GTTGATTATTTT---GTTG-TTTTCGTTTATTCGTTCCGTTGAG---A--AG----AAA----------GC---TGTGT----ATT-TCA--TTCATATTTAGA--GAGCTCAAACG-CACGCAGCCCCCGA---ATTC-ATGA-GCAAGAGC-TCTACCCATTAGA---TT-GTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAATGGATGT------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATGA--AAG--CACATT---GC-GC-CAC-CCTAT-AGG-GT-ATTC-G-GCTGCT-TATG-TATC--AGATAC-C-CA--C-G---C-CT-A--A--G-AGAC--AAA---AAAT-TCA---CC--GC-T-AT-G--AT
gi|10 : accattgacaaatccgtgatcgattttattggagctTGATCA--TT---TTAA--CACGCCT--TCG-CC-CTT-C-TTTACAT-----ATTAAC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-G-TC--ATGCA-T--G--T--GCAGAT-TT-TCA-T------TC-TCGC--TCAG-AAGGG---AA-TAA--GGA-A----GGTT-GCT-C-AAA-AA-----AG--T----------AGT--AG-AC-GAGTC--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-GTTTTT---TTTA----TA--TGG-G-TG--AA--C-TA-AT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----G-----A-GC--------C---A---------GC-T------------AA-CG-GGC-A-AAAAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-TGAAATTGAAAAT----------C-CGA--GA--------A----GTGGAGAT--TACGAG-TGT--AAA----AAAAAAAGCA----CAT-TC-AAT------AAC-TG-TA-A--AG-G-ATA--------TTT---CA-A--CT-TTCG-AAGGA-TGTCAG-GGG--TTA-AAA-CAGAG---AG-TT-TT-----t
gi|11 : aaaacaaaaaaacaaccccccc-AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAA--C-CCC--CCA-A----TT-A-TC--ATG-----------------------CATA------TC-C--------A-AAGAG---AAATAT--C----------TC-GCT-T-AGA-A-----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--AC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---T--A--ATT---------G---ATACACAGATTAGA-AC--------C---AAATGAAGCGGC-T------------AG-TG-CGC-A-AACAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-TG-------AAAT------------TGA--AATTTTGAATC----GTGGAAAT--TGCGAG-GGT--AAA----ATA-----CA----CGC-TC-AAC------AAa
gi|12 : -AA----CCATA-TCGTG---T--AAGT--CAT--ATG-T-A-T-CAA-A--GCAAC-C-CCC--C-A-A----TT-A-TC--ATGCA-T--gt
gi|12 : -G-AGA-AA----TAA--TGGA-------AGC--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-A---GGG--T-A--TAT---TTGA----TG--TGT-G-TG--AA--C-TA-TT--GGT---T--A--A-TTAATATACAG---ATCA---GA----A-CCAAATGAAGC---A---------GC-T------------AG-TG-GGC-A-AAAAGT-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-atccaaagagaaataatggaagcagacgacgcatgtgagggtatatttgatgtgtgtgaactattggttaattaatatacagatcagaaccaaatgaagcagctagtgggcaaaaagtcaaaaccctagg
gi|13 : aaccatatcgtgtaagtcatatgtatcaaagcaaccccccaattatcatgcatatccaaa---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TT--GGA---C--A--A-T---------A---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-T------------GA-CG-GGC-A-AAACGA-CA-AA-ACC-----------------------------------------------CGA------------------------------GAG-TGT--AAA----AAT-----TA----CGT-TC-AAT------AAA-TG-TA-A--AG-T-ATAACTGTATATGT---CA-T--CT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-TAGAGATCGAGTG-TG-----TTT--------CC--------------CC--GT
gi|14 : T-GTCAGTAGACACG-CTCG----TT----ACTAAAA-TCACGCAAAA-TATGTATGCTAGTTTCAT-GCTCATATAGGGTTATTATGA--AAG--CAC-TT---GCTGCGTTCACCTA--AGGTGT-A-TC-GAG-TGGTGTA-G-TA-CA-AGATATAC-CT--CAG---C-CT-ACTA--GTA-AC--ACAATGAGAA-TCAttcgttttgtgga
gi|15 : TAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GG---TTATGA--AAG----C-TT---GC-GC-CACG-CTAT-AGG-GTAA-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA---AG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAA---GAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACA
gi|17 : TTGGTGTA-AAG-CT-G----AC----ACTTTTA-T---GCAACT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----AGTT-TTATTATGAAG--CAC-TT---CC-GC-CACGCCTAT-TGG-GT-A-TC-A-G-TGGT-TATGATA-TTAAAATAC-CACA--C
gi|18 : aCGTAAA---G-CT-G----TT----ATTTTTA-T---GCAAAC-GATGT------GCT--GT-G-TCAT----GGTT-TTCTTT--AAG--CAG-TT---AC-AC-TACGCCTAT-A----T--------G-TGGT-TATG-TA-C--AGACAC-C-CA--CAG---T-C
gi|19 : aACGC-TAT-AGG-GT-A-TCTC-G-TGG--TATG-TA-C--AGATAC-C-CGATCAGACAC-TTCA--AGTG-A-ACTAAAAG-GAAAT-GCACTCCT---C-T-AT-GGAGTATATTATTc
gi|2 : tTAATAATGAATTACTTG--TTCGGAAT-TAT---AAGGTTT-TGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TCAA----GTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAC-GTCCC------G-AGGA-CAC-GCA-GCGT-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TCG-TC-CTT-C-TTTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAGT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A--C--ATGAA-T--T--A--G--GAC-TT-TCATC------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATG-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A-AC--------C---A---------TC-T------------AA-CG-GGC-A-ATAAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-A------------AAAT----------C-CGA--AA--------C----GTGGAGAT--TGTGAG-TGT--AAT----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--AG-T-ATA--------TTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTCAG-TGG--TTA-AAG-CAGA----GA-TT-TT-----TTTGGGGGGGGGT--------------CC--GTGT--------------T--------------------GG--------AA-AC---T-AA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGTGAGCCA---TAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNN-NNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNTT-GTTCGTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTTATA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATGA--AAG--CAC-TT---GC-AC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAA---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--GC-T-AT-G--ATACATCATT
gi|20 : tttctacttggtg-------AAAT----------C-CTA--AA--------C----GTGGAGAT--T-TGAG-TGT--AAA----AAA-----CA----CGT-TC-GAT------AAC-TG-TA-A--AG-C-ATA--------TTT---CA-A--CT-TTGG-AAGGA-TGcgaa
gi|21 : T---ATGT-ACA-GATG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AA--------------------------------------------GTGA-CA--TT---TTAA--CCCGCCT--TTG-TC-CTC-C-TTTACAG-----A---AC---CA--A--C---TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--tcattttcacct
gi|22 : --------------T--------------------GG--------AA-AC---T-A-----TT-TT-TG-CTGACATAGACAGCCT---GAGAGAAT--A---AACACAC-A-CT-G--T
gi|23 : ttttttccgtttcgttttgtttaagacaatg-TGT-AGTAGTTA--CATGTACAC-A-ATATGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAT------G-AGGA-
gi|24 : aTAGA-ACG-CT-G----TT----ACTT--------GCAAAT-GATGT------GTT--AT-G-TCAT----GGTT-TTATCA--AAG----------------------CTAG-AGG-AT-A-TT-A-G-TGGT-TATG-TA-G--AG
gi|25 : --T---TG-AA----CC-TA-TTATG---T--AAAT--CAC--ATG-T-A-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A---------------------T--T--------GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-
gi|26 : -TAAG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAGT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|27 : aataggctagtaGT-AGTAGTTA--CA------C-A-ATAAGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GATAT---A-GGCCAT-GCAG--A-GAA-GT
gi|28 : -AC--AAAA-GAAAT-TCACCGCT--GC-T-AT-G--ATACAT
gi|29 : -AA--TTTTATT-TG-CTGAAATAGAGAGCGC---GAGAGGAatgtcgcatac
gi|3 : actcgGTTA--C-------C-A--TAG-T--TTA-----TTGGTTC--ATGC-ACAAGAAG--GACGA---A-GGCGGGCGCAA--A-A-T-GTC-C------G-TGAC-CGC-GCG--CGTAA-----CCG-AGTGA-CA--ATGG-TTAAA-CCCAGCTA-TCG-TC-CTTAC-TTTACAT-----A---ATTTTCA--A--T---TA-AA----CC-TAATTGGG---T--AAAG--TAC--ATGCT-ACT-CAGCA--GCAA--C-CAC--ACA-A----TTCA-TTCAATGAA-T--T--ATAG--GA--TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-----G---AA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AT----CAA--TGG--------AGT--AG-A--GA-----GCAATA-T-GTG---GGA--T-A---TT---TTGA----TG--T-G-G-TGA-AA--C-TA-TC---GA---C-----A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------C---A---------GCATA-----------AA-CG-GGG-G-GAAA-G-CACAA-ACC-C--------------G-AGGATG-------AAAT------------TGA--AA--------TCCAAGTGGGAGT--TGCGAG-TGT----A----ATA-----C-----CGTCTC-ATT------AAC-TG-TG-A--AG-TCATA--------CTT---CA-A--AT-TTTA-AAGGA-TGTCA--TAG--TT--AAG-CAGAG---GA-TTGTT-----TTT--------TCGTATTCTTTACGAACA--GTG---------------T--------------------GG--------AA-AC-----AA--TTTTG-T-TG-CTGAAATAGAGA-TCC---GAAAGG-T--A---AA-AC-----CTAG--TTCGTTG-TTA--TG---GTTGTTTT----------GTTCCG-TGAGGGAG--AT----ATGN--------NNN---NNNNNNNN-NNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTTGATT--CTCGCTGA-ACG-CT-GAACATT----ACTTATATT---GC-ACT-GATGT------GTT--AT-G-TC-T----GGTT-TTAT----AAG--CAC-TT---GT-G--CACGCC--T-CGG-GT-A-TC-G-G-TGG---ATG-TA-C--AGATA--C-CA--CAG-----CT-A--A----A-AC--AAAG-GAAA--TCACTGCTTGGCTT-ATAG--ATACAT
gi|4 : ccacttgagaagccttgatcgtcattgaacccaaatatacatgtGT-AGTAGTT---CA------C-A-AAAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG-GCAA--A-AAT-GTCAC------G-AGGG-CGC-GCGCGCGCG------CCG-AATGA-CA--TT---TTAT--ACCGCCT--TCG-TC-CTTCC-TTTACAT-----A---AC---CA--A------TA-AA----CC-TA-TTGTG---T--AAG----AC--GTG-TAA-T-CAG-A--GCAA--C-CCC--A-A-A----TT-A-TC--ATGAA-T--TC-A--G--GAC-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AAT-----GA-TAT--GGA-A----GGTC-GCT-G-AAA-AA----TAA--TGGA-------AGT--GG-AT-GA--C--CC-ATG-T-G-G---GG-----A--TTT---TTGA----TG--T-G-G-TG--AA--C-TA-TC--GGGC--C--A--G-T---------G----T-----G-----A-AC--------C---A---------GC-T------------AA-CG-GGC-A-AAAAGG-CA-AA-ACC-C--------------T-AGG-TGAAATTGAAAAT----------C-CGA--AA--------C----GTGAAGAT--TGCGAA-TGT---GA----AAA-----CA----CGT-TC-AAT------AAC-TG-TG-A--AGAT-ATA--------TTT---CA-A--AT-TTTG--AGGA-TGTCAG-TGG--TT--AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTGTTCTTTAAGACAGTGT--------------------GG--------GA-AC---TCCA--TTTTGTT-TG-CTGAAATAGAGAG-CC---GAGAGGAT--A---AACACAC-A-CT-G--TTCGTTATGTA-TTT---GTTGTTTTTCGTT--TCCGTTCTGTTGAG---A--AT----ACAT--------TAC---TATATTGANNNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNTT-GTTCGTAG-----------------------------------AAT-GA--T------GTT--AT-G-TCAT-----GTT-TTATTA--AAG--CTC-TT---GC-GC-CACG-CTAT-A-G-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-AC--CAG------T-A--A--G-A-AC--AAAA--AAAT-TCACTGCT--GC-TAAT-G--ATA
gi|5 : aGTTA--CA------C-A-ATAGGT--TTAA----TTGGTT---ATGT-ACA-GAAG--GACGA---A-GGCGGG--CAA--A-AAA-GTCAC------G-AGGGGCGC-GCA-GCGC-------CCG-AGTGA-CA--TT---TTAA--CCCGC-T--TCG-TC-CTT-C-TGTACAT-----A---AC---CA--A--T---TA-AA----CC-TA-TTGT-------AAGT--CAC--ATG-T-A-T--AG-A--GCAA--C-CC---G-A-A----TT-A-TC--ATGAACT--T--A--G--GAT-TT-TCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TAC--GGA-A----G-TC-GCT-G-AAA-AA----TAT--TGGA-------AGT--AG-AC-GA--C--GC-ATT-T-G-G---GGG--T-A--TTT---TTGA----TG--TGG-G-TG--AA--C-TA-TC--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----GA----A--C--------C---A---------GC-T------------AA-CG-G-C-A-AAA-GG-CA-AA-ACC----------------T-AGG-TG-------AAAT----------T-GAA--AA--------C----GTGAA--T--TG-AAA-CGT--GAA----GA--------------T-TG-GA--------A--TG-TA-A--A------A--------CTT---CA-A--AT-TTTG-AAGGA-TGTTAG-TGG--TTA-AAG-CAGAG---GA-TT-TT-----TT----------C--------------CC--GTAC--------------T----------------------------------C---G-AA--TTTTGTG-TG-CTGAAATAGAGAGCCC---GAGAGGAT------AACACAC-A-CT-G--TTCGNNNNNNN-NNN---NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNN---N--NN----NNNN--------NNN---NNNNNNNN-NNN-NNN--NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTCGTAGA-AT--CT-G----TT----ACTTAAA-T---GCAAAT-GATGT------GTT--TT-G-TCAT----GGTA-TTATG---AAG--CAC-TT---GC-GC-CACGCCTAT-AGG-GT-A-TC-G-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---C-CT-A--A--G-A-AC--AAAA-GAAAT-TCACTGCT--G
gi|6 : GT-------CGA-AGTGA-CA--TT---TTAAACCTCGCTTGTTCG-TC-CTT-CATTTACAT-----A---CC---CATAA--T---TA-AAA---CC-TA-GTATGATAT--AAATTTCACCGAGT-T-A-TTCAG-AAGGCAAGCT-CCC--A-A-ACCGATT-A-TC--ATGAA-T--TTTA--G--GAC-TTATCATT------TC-TCGC--TTGG-AATAG---AA-TATGAGAA-A----GGTC-GCT-G-AAATAAT---TGATTTGGAT------AGT--AGTAC-GA--CCGGCAATG-T-A-G---GGGGCT-A--C-----------------------TG--AA--CATA-TT--GGA---C--A--A-T---------G---AT-----G-----A-AC--------CGCAA---------GC-T------------AA-CG-G
gi|6 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaaGTGAG-TGTTTAAAGATCAAA-----CAGTCTCGC-CT-AATTTTAGAAAC-TGATGGA--AG-T-A-A--------TTCAAACA-ATAAT-TTTG-AAGGA-TGTCAGTTGGT-TTA-AAGTCAGAG------CT-TT-----TTT--------CT--------------CT--GTaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgaggtgagtgtttaaagatcaaacagtctcgcctaattttagaaactgatggaagtaattcaaacaataattttgaaggatgtcagttggtttaaagtcagagcttttttctctgttctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : aagtccagagaagcgaccagcaatcaagtcgaagtgacattttaaacctcgcttgttcgtccttcatttacatacccataattaaaacctagtatgatataaatttcaccgagttattcagaaggcaagctcccaaaccgattatcatgaattttaggacttatcatttctcgcttggaatagaatatgagaaaggtcgctgaaataattgatttggatagtagtacgaccggcaatgtagggggctactgaacatattggacaatgatgaaccgcaagctaacggaggcatttcaaatggcttgttaggacgtcgtcaaattgcagtgtaattcgagaacgaaatcaccgagagagatttaatctgtgcagatgtatattcgagAA--C-ACC--A-ATA----TT-A-TCT-ATGAACT--T--A--G--GAC-TT-TCATTTATATATCATCGCATTTAG--ATAG---AA--AT--AGG-ATACTGGTCTGCA-G-GAA-A------GA--TGGATTGAATCAGG--AG-ACGGG--CG-GC-ATG-T-G-GGACGGA--TAA--TTTA--TTGATTCTTGCTTAG-G-TGAAAA--C-TA-TCGTGGACTCC--A--A-A---------GAGAAT-----GG----A-AC--------C---A---------GC-TTATTATTCTTTGAA-CG-GGC-ACAAAAAG--A-AC-ACCAT--------------T-AA---A-------AAAT----------TACTA--AA--------T----CCAAAGAG--T-CGAA-CGG--AAA----AAA-----Ctctttcaaacgacatgtggttgtgtttggaa
gi|7 : TACCTG--TTC--ACTGTAT---AAG--TA-TG--AAT--CTA--CA------CCA-ATAGGTACTTAAATATTTGTTTTTTATGTCACA-GAAG--GACGATGTA-GGCGGG--CAA--ATAATTGTCACTATGAAG-GGGAGCGCAGCA-GCGCATGGAAACCGTAGTGA-CAATTT---TCTA--CCCGCCT--TCG-TCACTTACGTTTACATTTTACA---AC---CC--A--CATATA-AAACATCC-TA-TTGTG---T--AAttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcaggttacacaataggatgttttatatgtgggttgtaaaatgtaaacgtaagtgacgaaggcgggtagaaaattgtcactacggtttccatgcgctgctgcgctccccttcatagtgacaattatttgcccgcctacatcgtccttctgtgacataaaaaacaaatatttaagtacctattggtgtagattcatacttatacagtgaacaggtaa
gi|8 : gttttttccgttcgactctttggatttagtaattttttaatggtgttctttttgtgcccgttcaaagaataataagctggttccattctctttggagtccacgatagttttcacctaagcaagaatcaataaattatccgtcccacatgccgcccgtctcctgattcaatccatctttcctgcagaccagtatcctatttctatctaaatgcgatgatatataaatgaaagtcctaagttcatagataatattggtgttttcacactgaacctcaactaggtcaaaaatgttgatcttcttattgcagg-T-ACA--------TTT---CACA--ACATTTGTAAGGA-T-TCAG-TGGCATAA-AAG-CAGAGA--GA-TT-TT-----TTT--------CT--------------CCCAGTGT--------------TCTTTTAATAAACCATCGTATGG--------AACAC---T-AAGTTTTTGTTCTG-CTGAAATAGAGGGCTCCGAGAGAGGGT--ATGTAACACAC-AACT-GGTTTCGTTGAATA-TTTTGCGTTGTTTTTCGTT--TCGGT-CCGTTGAG---AGAATTAAGATGTATTTTCACTGCCAATGT-TTGA-GTGGCCAACTCCATA----GACGGGACTCAAACGTCACG--ATCTCCGACTGATCCGACAACGGAATATCATCTAACCATTAGAATGT--ATT-GTAGA-ATGGCT-G----TTGACTATTTACAGT---GCAAAT-GATGT------GGT--ATCG-TCAT----GGTT-TTATTA--AAAGCCAC-TTTATGC-GT-C--GCCTATTAGG-TC-A-TC-T-G-TGGT-TATG-TA-C--AGATAC-C-CA--CAG---CTCT-A--A--A-ACAC--AAAA-GAAATGTCACTACTGCGC-T-AT-G--ATAa
gi|9 : aactgaacgtTAATA-TCAACTA-TTGATTCCG-ATT-TATTCCAAGGT-------AGTAGTTATCCA------C-AGATAGGT--TTAA----TTGGTT---GTGTGATA-GAAGCGGACGA---ACGGCGGG-GCAACAA-AGT-GTCAC------GGAGGA-CGC--CA-GCGT-------C-G-AGTGA-CA--TT---TTAA--ACCGTCT--TCGCTC-CTT-C-TTTACAT-----A---TC---CA--ATCT---TAGAA----CA-TA-TGTTG---CTAAAGCA-CAC--ATG-T-A-T-CAG-AG-GCAA--C-CCCAAA-A-A----GC-A-GT--ATGAA-TGATTAA--G--GACGGT-TCATT------TC-CCGC--TTGG-AATAGGAAAG-TAT--GGACG----GGTT-GCTCGTAAA-AT----TAA--TGGA-------AGTTCTG-AC-GA--C------TG-TAG-G---GGA--T-A--ATTCTGTTGA----TG--TGGCGCTG--AATCT-TA-AC--GGA---C--GACA-T---------GT--AT-----G-----A-GC--------C---A----------C-T------------AATCGAGGC-ACAAAAGGCCA-AATACC-CACACGCACGGCCCGTAAGG-TG-------AAATTGAAAA----T-CGA--AA--------C----GTGTAAATTCTGCGAGATGT--ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTCGTTTTGTTCCGTTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTT