lowQualScore : 1111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222222 4444 77777777 222 33 444 333333 1 22 2 22 1 333 444444 11 444444444 1 666666666666666666666 11 33333 1 333 4444 22 1 2222 1 1 1 11 33 1 22 1 333333 111 11 1 66666666 555555555555 11 999999999999999999999999999999999999 11111 111 00000000000000000000000000 11111 1111 222 11111 3333333333333 1111111 1111 11 3333333333333 3333333333333333333 11111 1 1111111 4444444 2222 33 22 555 88888888888888 11 333 111111 22222222222 1111 44444444 2222222222222222 11111111 11 1111 1 1111111111111 222222222 1111 22222222 3333333333
lowQualScore : 6 5 6 2222222222 8888 2 33333333 4 222 3 88 999 999999 5 77 4 3 00 3 000 999999 88 999999999 3 999999999999999999999 99 33333 7 2 3 666 1111 6 77 3 5555 3 3 6 3 88 11 0 55 0 222222 000 22 0 00000000 888888888888 88 6 99 666666666666666666666666666666666666 55555 99 3 1 0 000 99999999999999999999999999 88 00000 7 6 5 1111 6 333 66666 0 5 9999999999999 5 66 6666666 5 33 5555 888 55 66 5 66 1 9999999999999 5 77 5 0000000000000000000 00000 5 5 999 2 0 1111111 0 8888888 5 9999 5 0 5 55 0 77 0 222 5 5 666 999 5 1 22222222222222 77 5 5 5 111 77 5 888 666666 5 5 77777777777 0000 4 66 22222222 6666666666666666 4 55 4 8888888 33333333 3 2 11 4 4 4 4 55 3 3 1111 0 3 3 3 6 3 44 888888 33 33 2 66666 2 888 66 2 2 2 444 33 8888888888888 2 33 000000000 1111 999 5 00000000 33 5 66 2 33 33 3333333333 3
lowQualScore : . . . .......... .... . ........ . ... . .. ... ...... . .. . . .. . ... ...... .. ......... . ..................... .. ..... . . . ... .... . .. . .... . . . . .. .. . .. . ...... ... .. . ........ ............ .. . .. .................................... ..... .. . . . ... .......................... .. ..... . . . .... . ... ..... . . ............. . .. ....... . .. .... ... .. .. . .. . ............. . .. . ................... ..... . . ... . . ....... . ....... . .... . . . .. . .. . ... . . ... ... . . .............. .. . . . ... .. . ... ...... . . ........... .... . .. ........ ................ . .. . ....... ........ . . .. . . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. ......... .... ... . ........ .. . .. . .. .. .......... .
lowQualScore : 0 0 0 0000000000 5555 5 00000000 0 555 0 00 000 000000 5 55 0 0 77 3 777 333333 33 000000000 3 777777777777777777777 00 33333 3 0 7 777 0000 7 33 3 0000 3 3 7 3 33 33 0 22 0 222222 222 55 0 22222222 222222222222 33 7 22 000000000000000000000000000000000000 77777 22 5 4 1 000 99999999999999999999999999 77 88888 3 7 3 2222 7 888 77777 1 7 0000000000000 0 99 2222222 0 22 6666 888 11 99 0 99 7 7777777777777 7 44 7 0000000000000000000 33333 7 0 666 0 7 4444444 1 7777777 7 3333 7 4 0 00 7 44 1 222 7 7 666 666 1 4 99999999999999 11 7 7 7 333 99 7 666 444444 7 7 11111111111 1111 4 11 99999999 5555555555555555 0 55 0 0000000 33333333 4 4 22 0 0 0 0 55 6 6 7777 0 3 3 1 2 1 22 888888 99 99 9 77777 7 333 33 7 5 7 777 77 7777777777777 7 77 777777777 0000 333 3 99999999 77 7 88 9 99 99 0000000000 3
consensus : AATACAAATTTGTT-----TGTTGTTGACCAATAGATG-CACCNAAT--ATCTATNTGTTANAAANATAAACCTCAAACAA-TGTGGAGTCCGACCTGCTTTCGTTCAANAATGAAACTT-TGAAA-TGCG--GTTGA-CA---GGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAA--A-------NA-ATAT--T-TAAAG-NTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTNCATCCA---GTGGTTAC--GGTACAGAA--TTTAC-ATAGA-AT-AGTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT--AAAAAAA-TCAAA-ATTAATAGA-TAATGAT-ATT-TGTA-CTTTG-TGT-AATA-A-TG--AATGTGAAACTATTC---TGCAC-T-GCATTT-TT--CATGTGTGAA----------NA---ATGTAT--------------TTGGAATGATCTTAGT-NTA-CA--TATATATAA---TAC---TA------TAC-----ATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATG-CCAAAAATGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAGGTTT-TAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GT---ATATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-A----AATC--TAAT-T-GGA-TTG--AT-TA----------ATTTTTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAAATATATATCTGT-TTAAAAATT-CAACTGTNTTGATAAA-TTTAA-TTCTT--TCTGGGAACAGTTGGAAAGCTGT-GGTTG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTAT--ATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTA-CAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTAAGGGCTGC---ATCT-GT--GG--TG--GTTTTTT----------------TTCT-C--A-CATAG-C-G---TGTTA------AAGTAAA-T-ATATTTT-TT-CT-T--TCG-A-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TTG------AT-TTGA----CAATG-T-TTG-TAAT--ATGAT-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT---TA-----TATAAAA-AAA
Reference ( gi|2 ) : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAG-CAA--CTGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGA-CA--CGGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAA--A-------GA-ATAT--T-TAAAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC--A-TACAGAACTTTTAC-ATAGA-AT-AGTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT--AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATGAC-ATT-TGTA-CTTTG-TGT-AATA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCA-TGCAC-T-GCATTT-TT--CATGTGTGA-----------TA---ATGTAT--------------TTGGAATGATCTTAGT-GTA-CA--TATATATAA---TAC---TACCA-TGTAC-----ATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATG-CTAAAAATGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAAGTTT-TAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GT---ATATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-A----AAT---TAAT-T-GGA-T-G--AT-TA----------ATTTTTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAAATATATAT-TGT-TTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAA-TTCTTG-TCTGGGAACAGTTGGAAAGCTGTCGATTG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTA-CAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTAAGGGCTGC---ATCT-GT--GG--TGG-GTTTTTT----------------TTCT-C--A-CATAG-C-A---TGTTA------AAATAAA-T-ATATTTT-TT-CT-T--TCG-A-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TTG------TT-TTGA----CAATG-T-TTG-TAAT--ATAAT-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT---CA-----TATAAAA-AAA
gi|3 : AATACAAATTTGTT----------TTGACCAATAG----CACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAATC--AAACA--TGTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAA-TGCG---TTGATCA---GGACA--TAC--G------AAGTTAGAGTTAAATTA-------TA-ATTC--TATAAAA-GTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC--AGTA-ACAAGTTTTAC-ATAGA-A--AGTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT--TAAAAAA-TCAAA-ATT-ATAAAGTAATGA--A---TG----TTTGCTGT-AAT--A-TG--AGTATGAAACTATTC---TGCAT-G-ACA-TT-TT--CATGTGTGAAATG-------TACATATGTAT--------------TTGGAATTATCTT-GT-GTA-CA--T---TATTA---TAC-----------TAC-----ATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAG-CT-AAAATGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-ATCA-AATG-TT-TAG--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATAT--TTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCCG-ATTCTAAG---GAAT-T--GA-T-GTTAT-TT----------GTTTTT------A-AATGAA--TTA-AATGTTG---AAAT-TATATCTGT-T--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GCTGGTG--TG-GAAT-TAAAACAA-CATTG---TTTTAAATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGTAGCA---TAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-G-A------------CTAAGGGCTG----ATCTGGT--GG--TG----TTTTT----------------TTTT-C--A-CATAG-CAA---TGT--------AAAGCAA-T-ATATCTT-TTACT-T--TCG---ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--TGG------AT-TTGAC---CAATG---TTG-TAAT--ATGATATAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T---TA------ATGAAA-AAA
gi|1 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctTGTTGTTGACCAATAAATG-CACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAA-TGTGGAG-CCA--CTGC-TT--TTCAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGA-TCTTCGGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAG--ATCTATTCAT-ATATTCT-TAAAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAG-TACAGAA--TTTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT--AAAAAA--TCAAAGATT-ATAGA-GAATGAT-ATTATTTA-CTCTG-TGTAAATATA-TG--AATGTGAAACTATTC---TGCATGT-GCA-CT-TT--CATGGGTGA-----------AA---ACTTATCCGTCACAATGTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CA--AATATATAA---TAC---TA--------------ATCT---AAC--TATA-GTG-TTTAATG-CCAAAAATGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGTCA-AAG-----CAG---TATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---AT---ATATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--------ATC--TAAT-T-AT--T-G--AT-TA----------ATTTTCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTG-AGAAATATATATCTG--TTAAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAA-TTCTT--TCT--GAACAG-TGGGAAGCTGT-GTCTGTGAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA-ATAT---------TATTTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTA-CAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCT-TT--G---------TTTTT----------------TTCT-C--ACCATAGCC-A---TCTGA------AAGTACA-T-A-GTTTTATC-CT-TAGTCG-A-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-A-T--CTG------TGATTGAT---CAATG-T-TTG-TAAT--ATGAT-TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT---T------TATAAAA-AAA
gi|4 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGA-CA---GGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAA--A-------GATATAT--T-TAAAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC--AGTACAGAATGTTTAC-ATAGATAT-AGTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAATCAAA-AATA-TAGA-TAATGATTAAT-TGTAACTTTG-TGT-AATA-A----GAATGTGAAACTATT--------C-T-GCATCT-TTTGCATGTGTGAATATATACAATTA---ATGTAT--------------TTGGAATGATCTTAGT-CT--CA--TTAATATAA---TAC---TAC-------------ATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATG-CCAAAAATGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTATCA-AA-GTTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GT---ATATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCCA-A----AATC--TAATCT-GGA-TTG--AA-TT----------ATTTTTTCAA-AA-AATGA----TA-AAT----AAAAACTAT-TAC-TCTGTTAAAA--T-CAACTGT---GA-AAA-TT-AA-TTCTT--TCTGCGA-CA--TAAAAAGCTGT--GTGG-AAAA-TTTACCAA-CATTGTGTTTTTATATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTA-CAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAG-AT-----------C------------------GT--G---TGG-GTGTTTT----------------TTCT-C--A-CATAG-C-A---TGTTA------AAGT-TA-T-ATATTTT-TT-CT-T--TCG-A-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--TTG------AT-TTGA----CAATG---TTG-TAAT--ATAG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT---TA-----TAAAAAA-AAA
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATGAT-ATT-TGTA-CTTT--TGT-AATA-ATTG--AATGTGAAACTATTC---TGCA--T-ACA-TT-TT--CATGTGTGA-----------AT---ATGTACAAGTGTA-------TTGGAATGATCTTAGT-CTAGCA--TATAT-CAA----AC-----------TAC-----ATCT---AACGATATAg
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTAAGATCATTCCAATACAC-TTGTACATATT--CACACATGA-----------AA---ATGTAT--------------GCAGAATAGTTTCA-C-ATT-CAATTAT-TACAAAAGTACAAATATCA-T---T-----ATCT--A------ATGA----TTTAATG-CCAAAAATGT--A-A-TTTTTGG--AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAG--TT-TAG--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|5 : AAGCTATTC---TGCA--T-GCATTT-TT--CATGTGTGAATATGTA----CA---ATGTAT--------------TTGGAATGATCTTAGT-CTA-CA--TATATATAA---TAC---TA---------------------AACG-TATAGGTT-TT-AATG-CCAAAAATGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAG--TT-TAGT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GT---ATATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCT-A----ATC---TAAT-T-GGA-TTG--AT-TA----------ATTTTTT--A-AA-A-TGAA--TTATAATGTTGAAAAC-TATATATCTGT-T-AAAAATT-CAACTGTT--GATAAA-TTTAA-TTCTT--TCTGGGAACAGT-GGAAAGCTGT--GTTG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTA-CAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTAAGGACTGC---ATCT-GT--GG------GTGTTTT----------------TTCT-C--A-CATAG-C-A---TGTTA------AAGTAA--T-ATATTTT-TT-CT-T--TCG-A-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TTG------AT-TTGA----CAATG-T-TTG-TAAT--ATA---TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT----------TATAAAA-AAAgtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : acaTATGTAA---TAT---TCTCAATGTACTACATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAAACTT-TG---TTATAAA-CTTCAT--A-------AC-GC--TATGCCTAACGTTATAT---ATATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCCA-A----ATT---TACT-T-AGATT-G--AT-GA----------ACTTGTT--A-AC-A--GAT--TTAT----TT------ATATACATGTATGTTAGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGA-TTC--GCTCTGGGTACAG-TGGAAAACT
gi|12 : gcgatatggattttagGTACCATTCAGCTATCA-AA-GTTT---GT-T-ATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G----ATATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGA----AATC--TAAT-TGGGA-TAG--ATATACAGCTTTGACATTTTTC--G-AACAATGAA--TTA-AATGTTGAAAATATAAATAC----------AATT-CAACTG--TTGATAAA-TTAAA-tatgtttgaagtatactgacaatgct
gi|6 : gttttaaataagatgaagggggAGTTT-TACTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GT---ATA--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-A----A-TCTATAAT-T-GGA-TTG--AT-TA----------ATTTTTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAA-TGTATATCTGT-T-AAAAATT-CAACTGTT--GATAAA-TTTAA-TTCTT--TCTTGGAACAGT-GGAAAGCTGT-GTTTG-GAAA-TTTAACAG-CCTTGA--TTTTATACATGT------ATAT--ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTA-CAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-G-AT-----------CTAAGGGCTGC---ATCT-GT--G--------TTTTTT----------------TCCT-C--A-CATAG-C-A---TGTAA------AAGTAA--T-ATATTTT-CT-CT-T--TCG-A-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--TTG------AC-TTGA-----A-------TG-TAAT--ATGATATAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT---TA-----TAAAAAA-AAA
gi|7 : TATGCAAAACA----GT---ATATTTTTA--G-CTGTTT--
gi|9 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA-TTCTT--TCTGGGAACAGT-GGAAAGCTGT--GTTG-GAAA-TTTAACAAACATTGT--TTT-----------ATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTA-CAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTAAGGGCTGC---ATCT-GT--GG--TGG----TTTT----------------TTCT-C--A-CATAG-C-A---TGTTA------AG-TAA--T-ATATTTT-TT-CT-T--TCG-A-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TTG------AT-TTGA----CAATG-T-TTG-TAAT-----AT-TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT---TA-----TAAAAAA-AAA
gi|23 : aacTG-GAAA-TTTAACA----TTGT--TTTTGTAT----------ATATTTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTA-
gi|11 : TTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-G-ATTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTT-GCAAGG--TAGTGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--A-CATAA-C-GGTTTGTTATAGTTTAAATAGGGT-ATATTTT-TC-AT-T--TCG-ATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--TT-------TA-TTGA----CAGT
gi|10 : AGGACTGT---GTCT-GT--AA--T----TTTTTT----------------CCCT-TTTA-CGTAG-G-G---TGT-A------TGATTAA-C-ACACTTT-GT-ATAT--TCT-A----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCATTG------TT-TACA----CAACA-T-T---------ACA-T-TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-
gi|13 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagT-GT--GGGTTGT-TTTTTTT----------------CTCT-C--A-CATAG-C-A---TGTAA------AAGTAAA-TTATATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TGA------TT-TTGA----CAATGTT-TTGTTAAT--ATGATATAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT----------TATAAAA-gtt
gi|17 : -GTTCTTT----------------CCGT-C--A-TATAG---G---TTTTA------AAAGGAA-C-TT-TTTT-TT-CT-T--TTG-A-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATATT-
gi|15 : t-A-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--ATA-------C-GTAA----TAATA-TATTGATAAC--ACANN-NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNAT----A-----TATAAAATAAAgtacatattatgacttaata
gi|18 : T----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----TTG----------TGA----CCATA---TCG-TAATG-AT-AT-TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--aa
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--TTGATTTGATT-TTGATTTTTGAT--T-TTG-TAAT--ATGA--TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT----------TATAAAA-aaaaataatcaggt
gi|20 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcattt--GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--TTG------AC-TTG-------------TTG--AATTGATA-T-TAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT---TT-----TATGAAA-
gi|16 : ttGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--TTG------AT-TTAA----CAATG-T-TGA-TTAT---TGAT-TAT--taa
gi|21 : T-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--TTG------AT-TTGA----CAGTG-T-TTG-TAAT--ATA---TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT---TA-----TTTAAAA-AAAtattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|16 : G-T-TTG-TAAT--AAGATATAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT---a
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 3333333 1 3333 22 111 3333333 33 1 11 1 1111 3333333 11 22222 111 1 444444444444 22 2222 22222 222 11111 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 2222 999999999999999999 1111111 111111 111 1111 11111 3333333333 111 111 11111 22 11111 1111111 1111 1 2222222222222 11 2 111 22 222 1 111 333333333333 11 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 11111 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 3 6666666 88 3 1 3333 7 1 0 7 1 1 11 666 3333333 00 1 2 33 0 4444 4444444 33 44444 777 0 555555555555 33 2222 55555 3 6 1 777 99999 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 2222 9 1 777777777777777777 8888888 444444 222 5 0000 22222 2222222222 333 6 66 9999 5 5 8888 5 777 44444 5 55 66666 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 55 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 5 4 5 999 5 66 5 11 5 5 000 4 0 5 777 111 777777777777 22 5 5 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 55555 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : . ....... .. . . .... . . . . . . .. ... ....... .. . . .. . .... ....... .. ..... ... . ............ .. .... ..... . . . ... ..... ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. .... . . .................. ....... ...... ... . .... ..... .......... ... . .. .... . . .... . ... ..... . .. ..... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . . . . ... . .. . .. . . ... . . . ... ... ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 0 3333333 00 3 0 0000 3 0 7 3 0 0 00 777 3333333 00 0 3 22 0 2222 5555555 88 55555 555 0 555555555555 88 0000 00000 2 5 0 555 55555 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 5555 8 4 444444444444444444 6666666 444444 999 0 9999 55555 2222222222 111 5 44 3333 0 7 3333 7 999 33333 0 66 77777 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 44 6 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 66 0 6 0 6 0 222 0 99 0 88 0 0 444 4 0 0 222 444 999999999999 88 0 0 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 33333 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAANTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAG-CCGACCTGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGG--TTGAT---CA-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAA--AN------ATATATT--TAAAGNGT-GTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-TGCATTTTTCATGTGTGAA---TAC-TA---------ATGTAT-------TTGGAATGATCTTA------GTC--TA-CATA--TAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAGG-TTTAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-AA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGT-T-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TGT-G-T-TG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AATACAAATTTGTT-----TGTTGTTGACCAATAGATGC-ACCNAAT--ATCTATNTGTTANAAANATAAACCTCAAACAAT-GTGGAGTCCGACCTGCTTTCGTTCAANAATGAAACTT-TGAAAT-GCGG--TTGA----CA-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAA--AN------A-ATATT--TAAAGN-T-GTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTNCATCCA---GTGGTTAC-GGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGAA---NA-------------ATGTAT-------TTGGAATGATCTTA------GTN--TA-CATA--TAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAGGTTTTAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-AAATCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGT-TTAAAAATT-CAACTGTNTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TGT-GGT-TG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-G---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAG-CCA--CTGCTTT---TCAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC--GGACCTTTACATGTTGATCAAG-TAGAGTTAAG--ATCTATTCATATATTCTTAAAGGAT-GTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAA---AACTTATCCGTCACAATGTTA-------TTGGAATGATCTTA------GTCA-TA-CAAA--TAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGTCA-AAG----CAGT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCCA----TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGT-T-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TGT-GTC-TGTGAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA---ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTATCA-AAG--TTTG---TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAATCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C----------AATT-CAACTG--TTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAG--CAAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA----CACGGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAA--AG------A-ATATT--TAAAGTGT-GTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA----TA-------------ATGTAT-------TTGGAATGATCTTA------GTG--TA-CATA--TAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAAGTTTTAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-AAAT-TA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGT-TTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TGTCGAT-TG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : -TG-GAAA-TTTAACA----TTGT--TTTTG--------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAATTTGTT-----T-----TGACCAATAG---C-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GC-G--TTGAT---CA-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATTAT------A-ATTCTA-TAAAAG-T-GTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAAATGTACAT----------ATGTAT-------TTGGAATTATCTT-------GTG--TA-CAT-----T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-ATCA-AATG-TTTAG--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GATTCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGT-T--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC---T-GGTGTG-GAAT-TAAAACAA-CATTG---TTTTAAATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA----CA-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAA--AG------ATATATT--TAAAGT-TTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA---TATATACAATTA---ATGTAT-------TTGGAATGATCTTA------GTC--T--CATT--AAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTATCA-AAGTTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCCA-AAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGT-T--AAAAT--CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TGT-G---TG-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTATATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCA--TGCATTTTTCATGTGTGAA---TATGTACA-------ATGTAT-------TTGGAATGATCTTA------GTC--TA-CATA--TAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAG--TTTAGT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCT-AA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGT-T-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TGT-G-T-TG-GAAA-TTTAACAA-CATTGT--TTTTATATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : acaGTTTTACTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCA-AA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGT-T-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TGT-GTT-TG-GAAA-TTTAACAG-CCTTGA--TTTTATACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : aTTCACACATGAA----A-------------ATGTAT-------GCAGAATAGTTTCACATTCAATTATTA-CAAAAGTAC-----A-AATATCA-----T-TATCT--AA------TGA----TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGG--AGA-----AGTACCATTCAGCTATCA-AAG--TTTAG--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TACA-TTTTCATGTGTGAA---T--------------ATGTACAAGTGTATTGGAATGATCTTA------GTC--TAGCATA--TAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTA------GTA--TG-TA-A--TATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAAACTTTG---TTATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCCA-AA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT------ATATACA-TGTATGTTAGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTAT-GTT-TG-AA
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TGT-G-T-TG-GAAA-TTTAACAAACATTGT--TTT-------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAAgtatactgacaatgct
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 44444444444 1 3333 1 222 33333 11 1 11 1 222 222222 11 22222 111 1 2222222 22 1 22222 222 1 1 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 1111 8888888888888888888888888 11111 333333333 111 22 11111 11 11111 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 111111 111 1111 333333333333 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 33333333333 6 7 3 3333 7 7 2 111 77777 88 7 2 33 0 444 666666 33 44444 777 0 9999999 3 3 33 0 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 7777 9 3 4444444444444444444444444 3 66 55 33 44444 222222222 666 1 5 5 5 5 8888 5 44 44444 66 66 4 4 66666 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 66 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 55 5 0 00 4 66 4 22 4 000000 111 4 4 55 5555 0 777777777777 99 4 4 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 88888 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ..... .. . . .. . ... ...... .. ..... ... . ....... . . .. . .. ..... . . . ... . . . ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. .... . . ......................... . .. .. .. ..... ......... ... . . . . . .... . .. ..... .. .. . . ..... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . .. . . .. . .. . .. . ...... ... . . .. .... . ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 88888888888 7 3 3 0000 3 3 0 333 77777 33 3 0 22 0 222 222222 88 55555 555 0 8888888 2 2 88 0 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 7777 8 2 3333333333333333333333333 5 44 99 44 33333 666666666 333 7 7 7 0 7 3333 7 77 33333 99 99 4 4 77777 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 99 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 99 0 6 11 0 1 88 4 11 4 88 4 333333 000 0 0 55 2222 7 111111111111 33 4 4 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 77777 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GA-CTGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAAAN------ATATATTC-TA-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAC-------N----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAAG-TT-T-AGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAANTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GACCTGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGG--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAAAN------ATATATT--TA-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-TGCATTTTTCATGTGTGAA----TAC-------T----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAAGGTT-T-AGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC-A--CTGCTTT--T-CAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAG-TAGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAA----AAC-------TTATCCGTCACAATGTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAAG----C-AGT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--A---TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TG---T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA------ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAAT-TTTGATT--CTC-CATGGGAACAG-TGGAAATC-TATTTT--AT---T-GGATGCATAATGG-TATTGT--ATGTATGCAATACATGTATA-----TTAT--TTTTCGAA--AA-TA-
gi|10 : AGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-gaggactgtgtctgtaatttttttcccttttacgtagggtgtatgattaacacactttgtatattctatgtatgagtgagttacatgtaagtgtgcaaacatttctttgcaatgtatatgcatgtatacaattcattgtttacacaacattacattacatttaacacagaaataaagtgcatgtacatgtattataaaaagtt
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTAT--CAAAG-TT-T-G---TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC---AACTGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--ACGGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAAAG------A-ATATT--TA-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA---------------T----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTG-TA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAAAGTT-TTAGT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGT--TTTTG-----------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GCG---TTGATC--A-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATT------ATA-ATTC-TATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAAATG-TAC-------A----------TATGTATTTGGAATTATCTT-GTG-TA-CAT---T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-AT--CAAATGTT-T-AG--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGTT--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC-TG------GTG--T-GGAATTAAAACAA-CATTG---TTTTAA---ATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--A-GGACAT--ACA----GA---AG-TAGAGTTAAAAG------ATATATT--TA-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA----TATATACAATT----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-T--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTAT--CAAAGTTTAT-AGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG---T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTAT---ATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCAT--GCATTTTTCATGTGTGAA----TATGTA----C----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAAG-TT-T-AGT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : acaAGTTT-T-ACTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGA--TTTTAT---ACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : -TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-GTT-T-AG--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TACA-TTTTCATGTGTGAATATGTAC-------A----------AGTGTA-TTGGAATGATCTTAGTC-TAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGTA-TG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAAACTT-T-G---TTATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA---T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGC--T
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGT--TTT----------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 1 3333 1 222 333 1 11 1 11 1 222 222222 11 22222 111 1 2222222 11111 22222 222 1 1 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 222 888888888888888888 11111 333333333 111 22 11111 2222222 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 111111 111 1111 333333333333 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 88888888888 6 7 3 3333 7 7 2 111 222 3 88 7 2 33 0 000 666666 33 44444 777 0 9999999 3 3 77777 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 666 9 3 333333333333333333 3 66 55 33 44444 222222222 666 1 5 5 5 5 8888 5 44 44444 66 5 66 0000000 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 66 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 55 5 0 00 4 66 4 22 4 000000 111 4 4 55 5555 0 777777777777 99 4 4 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 88888 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ... . .. . . .. . ... ...... .. ..... ... . ....... . . ..... .. ..... . . . ... . . . ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. ... . . .................. . .. .. .. ..... ......... ... . . . . . .... . .. ..... .. . .. ....... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . .. . . .. . .. . .. . ...... ... . . .. .... . ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 33333333333 7 3 3 0000 3 3 0 333 000 3 33 3 0 22 0 888 222222 88 55555 555 0 8888888 2 2 00000 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 555 8 2 222222222222222222 5 44 99 44 33333 666666666 333 7 7 7 0 7 3333 7 77 33333 99 0 11 0000000 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 99 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 99 0 6 11 0 1 88 4 11 4 88 4 333333 000 0 0 55 2222 7 111111111111 33 4 4 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 77777 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TACGTAC-------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TACN----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC--AC-TGCTTT--T-CAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAA----AACTTATCCGTCACAATGTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAA-G--C--A--GT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--A---TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TG---T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA------ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAAT-TTTGATT--CTC-CATGGGAACAG-TGGAAATC-TATTTT--AT---T-GGATGCATAATGG-TATTGT--ATGTATGCAATACATGTATA-----TTAT--TTTTCGAA--AA-TA-
gi|10 : AGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-gaggactgtgtctgtaatttttttcccttttacgtagggtgtatgattaacacactttgtatattctatgtatgagtgagttacatgtaagtgtgcaaacatttctttgcaatgtatatgcatgtatacaattcattgtttacacaacattacattacatttaacacagaaataaagtgcatgtacatgtattataaaaagtt
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTG-----TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC--AAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--ACGGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------A-ATATT-T-A-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA--------T----------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTG-TA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-AGTTTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGT--TTTTG-----------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GCG---TTGATC--A-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATT------ATA-ATTCT-ATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAAATG-TACA----------TATGTATTTGGAATTATCTT-GTG-TA-CAT---T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-AT--CAAATG--TTTA--G--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGTT--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC-TG------GTG--T-GGAATTAAAACAA-CATTG---TTTTAA---ATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------ATATATT-T-A-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA----TATATACAATT---AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-T--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTAT--CAAA-G--TTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG---T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTAT---ATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCAT--GCATTTTTCATGTGTGAA----TATGTAC-------AATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : aca--TTTA--CTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGA--TTTTAT---ACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : agt-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--G--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT--ACA-TTTTCATGTGTGAATATGTACA----------AGTGTA-TTGGAATGATCTTAGTC-TAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGTA-TG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAA-A--CTTT--GT-T-ATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA---T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGC--T
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGT--TTT----------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 1 3333 1 222 333 1 11 1 11 1 222 222222 11 22222 111 1 2222222 11111 22222 222 1 1 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 222 222222222 1111 11111 333333333 111 22 11111 2222222 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 111111 111 1111 333333333333 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 88888888888 6 7 3 3333 7 7 2 111 222 3 88 7 2 33 0 000 666666 33 44444 777 0 9999999 3 3 77777 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 666 9 3 666666666 6 6 6 4444 3 66 55 33 44444 222222222 666 1 5 5 5 5 8888 5 44 44444 66 5 66 0000000 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 66 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 55 5 0 00 4 66 4 22 4 000000 111 4 4 55 5555 0 777777777777 99 4 4 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 88888 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ... . .. . . .. . ... ...... .. ..... ... . ....... . . ..... .. ..... . . . ... . . . ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. ... . . ......... . . . .... . .. .. .. ..... ......... ... . . . . . .... . .. ..... .. . .. ....... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . .. . . .. . .. . .. . ...... ... . . .. .... . ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 33333333333 7 3 3 0000 3 3 0 333 000 3 33 3 0 22 0 888 222222 88 55555 555 0 8888888 2 2 00000 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 555 8 2 333333333 7 7 7 2222 5 44 99 44 33333 666666666 333 7 7 7 0 7 3333 7 77 33333 99 0 11 0000000 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 99 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 99 0 6 11 0 1 88 4 11 4 88 4 333333 000 0 0 55 2222 7 111111111111 33 4 4 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 77777 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TA--TGT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TA--CGT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC--AC-TGCTTT--T-CAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAAAACTTATCCGTCACA-A-T----GTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAA-G--C--A--GT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--A---TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TG---T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA------ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAAT-TTTGATT--CTC-CATGGGAACAG-TGGAAATC-TATTTT--AT---T-GGATGCATAATGG-TATTGT--ATGTATGCAATACATGTATA-----TTAT--TTTTCGAA--AA-TA-
gi|10 : AGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-gaggactgtgtctgtaatttttttcccttttacgtagggtgtatgattaacacactttgtatattctatgtatgagtgagttacatgtaagtgtgcaaacatttctttgcaatgtatatgcatgtatacaattcattgtttacacaacattacattacatttaacacagaaataaagtgcatgtacatgtattataaaaagtt
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTG-----TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC--AAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--ACGGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------A-ATATT-T-A-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA--------------TA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTG-TA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-AGTTTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGT--TTTTG-----------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GCG---TTGATC--A-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATT------ATA-ATTCT-ATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAA-----A--TGT-ACATA-T----GTATTTGGAATTATCTT-GTG-TA-CAT---T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-AT--CAAATG--TTTA--G--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGTT--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC-TG------GTG--T-GGAATTAAAACAA-CATTG---TTTTAA---ATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------ATATATT-T-A-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA----TA--TAT-ACA-A-TTAATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-T--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTAT--CAAA-G--TTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG---T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTAT---ATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCAT--GCATTTTTCATGTGTGAA----TA--TGT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : aca--TTTA--CTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGA--TTTTAT---ACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : agt-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--G--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT--ACA-TTTTCATGTGTGAA----TA--TGT-ACA-AGT----GTA-TTGGAATGATCTTAGTC-TAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGTA-TG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAA-A--CTTT--GT-T-ATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA---T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGC--T
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGT--TTT----------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 1 3333 1 222 333 1 11 1 11 1 222 222222 11 22222 111 1 2222222 11111 22222 222 1 1 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 222 11111 1111 11111 333333333 111 22 11111 2222222 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 111111 111 1111 333333333333 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 88888888888 6 7 3 3333 7 7 2 111 222 3 88 7 2 33 0 000 666666 33 44444 777 0 9999999 3 3 77777 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 666 9 3 77777 99 6 6 6 4444 3 66 55 33 44444 222222222 666 1 5 5 5 5 8888 5 44 44444 66 5 66 0000000 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 66 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 55 5 0 00 4 66 4 22 4 000000 111 4 4 55 5555 0 777777777777 99 4 4 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 88888 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ... . .. . . .. . ... ...... .. ..... ... . ....... . . ..... .. ..... . . . ... . . . ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. ... . . ..... .. . . . .... . .. .. .. ..... ......... ... . . . . . .... . .. ..... .. . .. ....... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . .. . . .. . .. . .. . ...... ... . . .. .... . ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 33333333333 7 3 3 0000 3 3 0 333 000 3 33 3 0 22 0 888 222222 88 55555 555 0 8888888 2 2 00000 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 555 8 2 33333 22 7 7 7 2222 5 44 99 44 33333 666666666 333 7 7 7 0 7 3333 7 77 33333 99 0 11 0000000 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 99 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 99 0 6 11 0 1 88 4 11 4 88 4 333333 000 0 0 55 2222 7 111111111111 33 4 4 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 77777 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC--AC-TGCTTT--T-CAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAAAACTTATCCGTCACA-A-T----GTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAA-G--C--A--GT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--A---TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TG---T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA------ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAAT-TTTGATT--CTC-CATGGGAACAG-TGGAAATC-TATTTT--AT---T-GGATGCATAATGG-TATTGT--ATGTATGCAATACATGTATA-----TTAT--TTTTCGAA--AA-TA-
gi|10 : AGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-gaggactgtgtctgtaatttttttcccttttacgtagggtgtatgattaacacactttgtatattctatgtatgagtgagttacatgtaagtgtgcaaacatttctttgcaatgtatatgcatgtatacaattcattgtttacacaacattacattacatttaacacagaaataaagtgcatgtacatgtattataaaaagtt
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTG-----TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC--AAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--ACGGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------A-ATATT-T-A-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA--------------TA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTG-TA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-AGTTTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGT--TTTTG-----------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GCG---TTGATC--A-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATT------ATA-ATTCT-ATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAA-----AT--GT-ACATA-T----GTATTTGGAATTATCTT-GTG-TA-CAT---T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-AT--CAAATG--TTTA--G--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGTT--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC-TG------GTG--T-GGAATTAAAACAA-CATTG---TTTTAA---ATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------ATATATT-T-A-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA----TAT--AT-ACA-A-TTAATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-T--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTAT--CAAA-G--TTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG---T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTAT---ATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCAT--GCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : aca--TTTA--CTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGA--TTTTAT---ACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : agt-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--G--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT--ACA-TTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-AGT----GTA-TTGGAATGATCTTAGTC-TAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGTA-TG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAA-A--CTTT--GT-T-ATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA---T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGC--T
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGT--TTT----------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 1 3333 1 222 333 1 11 1 11 1 222 222222 11 22222 111 1 2222222 11111 22222 222 1 1 11111 1 1 1 1 1 1 111 1 11 11 222 11111 1111 11111 333333333 111 22 11111 2222222 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 111111 111 1111 333333333333 111111 2222222222222 1111 222222222 22222222222222222 111111 1111 1111111111111 11111111111 11111 1111111
lowQualScore : 88888888888 6 7 3 3333 7 7 2 111 222 3 88 7 2 33 0 000 666666 33 44444 777 0 9999999 3 3 77777 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 0 3 0 0 0 2 0 777 3 0 8 66 8 8 8 8 88 5 8 88 88 11 99 666 9 3 77777 99 6 6 6 4444 3 66 55 33 44444 222222222 666 1 5 5 5 5 8888 5 44 44444 66 5 66 0000000 4 66 4444444 4 3333 4 66 4 66 0 66 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 0 66 9 0 22 5 5 55 5 0 00 4 66 4 22 4 000000 111 4 4 55 5555 0 777777777777 99 4 4 66 5 666 444444 5 5555555555555 0000 55 222222222 99999999999999999 3 55 3 88888 3 222222 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 888888 33 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444 33 6666666666666 2 33 2 2 2 4 88888888888 5 22 55555 33 5 66 2 33 33 2 0000000 8 3
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ... . .. . . .. . ... ...... .. ..... ... . ....... . . ..... .. ..... . . . ... . . . ..... . . . . . . . . ... . . . .. . . . . .. . . .. .. .. .. ... . . ..... .. . . . .... . .. .. .. ..... ......... ... . . . . . .... . .. ..... .. . .. ....... . .. ....... . .... . .. . .. . .. . .. . . . . ............. . .... . . . .. . . .. . . .. . . .. . .. . .. . ...... ... . . .. .... . ............ .. . . .. . ... ...... . ............. .... .. ......... ................. . .. . ..... . ...... ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. ...... .. .. . ..... . ... .. . . . ... .. ............. . .. . . . . ........... . .. ..... .. . .. . .. .. . ....... . .
lowQualScore : 33333333333 7 3 3 0000 3 3 0 333 000 3 33 3 0 22 0 888 222222 88 55555 555 0 8888888 2 2 00000 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 0 2 0 0 0 5 0 555 2 0 0 66 0 0 0 0 88 0 0 88 88 00 22 555 8 2 33333 22 7 7 7 2222 5 44 99 44 33333 666666666 333 7 7 7 0 7 3333 7 77 33333 99 0 11 0000000 4 11 4444444 4 9999 4 11 4 11 2 99 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 4 99 4 1 99 0 6 11 0 1 88 4 11 4 88 4 333333 000 0 0 55 2222 7 111111111111 33 4 4 99 0 222 444444 0 9999999999999 7777 55 555555555 11111111111111111 6 00 6 77777 6 222222 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 222222 77 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 111 22 2222222222222 4 22 4 4 4 7 22222222222 0 77 33333 44 3 33 7 77 77 9 0000000 3 1
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC--AC-TGCTTT--T-CAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGT-ACAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT---AAAAAA-T-CAAAGATTA-TAGA-GAATG-AT-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTGCACTTT-CATGGGTGAAAACTTATCCGTCACA-A-T----GTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT--AA-C--TATAG-TG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGAGAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAA-G--C--A--GT---ATAAA-CTTTAT--A-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC--A---TCTA--AT-T----ATTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTGAGAAA-TATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAA-GTTAATT--CTT-TCTG--AACAGT-GGGAAGC-TG---T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGT--TTGTA------ATATT-----AT--TTATTCTTTTTCTATTAA-TATCGTACAATATAGTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTAAGGAACGC---ATCTTT--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCT-GAAAGT--ACA-TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TTTTAATAGA--GT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--------C---A-ATC--TGTGA-TT-G-ATCAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAA-AAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAAT-TTTGATT--CTC-CATGGGAACAG-TGGAAATC-TATTTT--AT---T-GGATGCATAATGG-TATTGT--ATGTATGCAATACATGTATA-----TTAT--TTTTCGAA--AA-TA-
gi|10 : AGGACTGT---GTCTGT--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTAC-GTAGG-G---TGTATGA--T--TAA-CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TATGCATGTATAC---A-ATTCAT-TG--TTTACA-CAACA---------T-T--------AC-AT--TAC--A-TTTAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAA-gaggactgtgtctgtaatttttttcccttttacgtagggtgtatgattaacacactttgtatattctatgtatgagtgagttacatgtaagtgtgcaaacatttctttgcaatgtatatgcatgtatacaattcattgtttacacaacattacattacatttaacacagaaataaagtgcatgtacatgtattataaaaagtt
gi|11 : aattttgattctccatgggaacagtggaaatctattttattggatgcataatggtattgtatgtatgcaatacatgtatattatttttcgaaaatagTAGTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-GA-TTGTATTAGAGTCTGAGTGGTGCCAGAGTTGCAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--AC-ATAAC-GGTTTGT-TATAGTTTAAA-TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----------CGGGA-ATT--T-TTA--TTG-A-CAGTgtt
gi|12 : tGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTG-----TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGG-ATAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAATT--A-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAA-TTAAA
gi|13 : gttttaaataagatgaagggggTGT--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AAATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---------C---A-A-T--T-TGATTTTG-A-CAATGT--------T-TTGTTAAT-ATGATA-TAT--ATTGCAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|14 : -TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------A---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-TTTTGATTTTTGATT-TTG-TAAT-ATGA---TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA-
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA---T--TGT---------G---ACATT--A-T-A-CGTA-A-TAATA---------TATTGATAAC-ACANN--NNN--N-NNNNNNN--NN-N--NNNNNNN--NNA--TA-------TATAAAATAAA
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---------C---A-ATT--T-TGA-TTTA-A-CAATG---------T-TGA-TTAT--TGAT--TAT--aa
gi|16 : G---------T-TTG-TAAT-AAGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--AT-ATAG--G---TTT-TAAAAG--GAA-CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CTT------A--GT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---------T---A--------TGA-CTTA-A-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TTT------A--GT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---------C---A-A----T-TG----TG-A-CCATA-----------TCG-TAATGAT-AT--TATTGA-TA-AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC--AAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--ACGGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------A-ATATT-T-A-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-T-ACAGAACTT--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATG-AC-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TGCATTTTTCATGTGTGA--------------TA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTG-TA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-AGTTTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GG-AT-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAA-TTTAATT--CTTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATATATTTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAAT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGT-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATAAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAA-AAAaaaaataatcaggt
gi|20 : --GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTAT------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-------------------TTG--AAT--TGATATTAT--A-TGCAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAA-
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAGTG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAA-AAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGT--TTTTG-----------TATATAT--TTATTCTTTTCT-ATTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAAT-GCG---TTGATC--A-GGACAT--AC-----GA---AGTTAGAGTTAAATT------ATA-ATTCT-ATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTACA-TAGA-A-A-GTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATT-ATAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGTAA-T--A-TGAG--TATGAAACTATTC--TGCAT-GACA-TTTTCATGTGTGAA-----AT--GT-ACATA-T----GTATTTGGAATTATCTT-GTG-TA-CAT---T-----ATTATAC-------TACATCT---AACG-TATAGG-T-TTTAAAGCT-AAAA-TGTTGA-A-TTTT--GG-AGA-----AGTACCATTCAGC-AT--CAAATG--TTTA--G--TTATA----TTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTG-TT--CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAATT--A-AATGTTG---AAAT-TATA-TCTGTT--AAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AG-TGG---GC-TG------GTG--T-GGAATTAAAACAA-CATTG---TTTTAA---ATATATTT-TA---------TCTTTTCT-ATTAA--A-CGT--AGCATAGTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-GA-------------CTAAGGGCTG----ATC--T--GG--TGG-TGTTTTTT-----------------TTT-C--AC-ATAGCAA---TG--TAAAGC---AA-TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-G--ATCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TTT------A--GT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-TTT--T-GGA-TTTG-ACCAATG-----------TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAA-AAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGA-C--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAG------ATATATT-T-A-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGT-ACAGAA--TGTTTACA-TAGATATA-GTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATG-ATTAAT-TGTAACTTTGTGTAA-TA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-C---TTTTGCATGTGTGAA----TAT--AT-ACA-A-TTAATGTATTTGGAATGATCTTAGTC-T--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA--GA-----AGTACCAT--AGCTAT--CAAA-G--TTTATAGT-TAATAAAACTTTAT--A-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GG-ATTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA--T--A-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAA-ATTAATT--CTT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG---T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTAT---ATATATTTA---------ATTCTTTT---ATTAAATA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAGA-T-----------C--------G-------TGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT---TA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---------CA--A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG-----------TTG-TAAT-AT-AG--TAT--ACTG-AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCAT--GCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-G-ATAAA-CTTTAT--ACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAATT--ATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATCT----------TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGACTGC---ATCTGT--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATA----TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAA-AAg
gi|6 : aca--TTTA--CTATTA-AAA-CATTAT--A-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGA--TTTTAT---ACATGT----ATAT----ATTCTTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATAATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-AAAAGT--AA--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------ATAGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATA--T-TGA-CTTG-A--A---------------TG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
gi|7 : agt-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--G--TTATAAA-CTTTATTAA-------AT-ACT-TAT
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTT-TGTAA-TA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT--ACA-TTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-AGT----GTA-TTGGAATGATCTTAGTC-TAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATAtcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGTA-TG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA--GA-----GGTACCTTTTGTCCATAATAAA-A--CTTT--GT-T-ATAAA-CTTCAT--A-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AG-ATTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GATTT--AT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAA-TCTGATT--CGC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA---T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGC--T
gi|9 : gcgatatgTAATT--CTT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGT--TTT----------AT--ATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAA-GT--AA--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT----AT--TAT--A-TTCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAA-AAA
blockSeqs : TT G A C TCTA A T T ACC CAG C CG T G T . A CAC . A . T G T T CTAT TG . T G ACA . G A CTT . T T . . T G C TTA A T . AA G A T . AA G . A TT AA CA TG T T T . . T G TAAT T G AG TA TCTCA TACCATGTA GGA A A C T A TGA A A . AA T GT TAGTTA A TA CATGTAA . TTAT G AG G GA AG A TA C G A ATACAGCTTTGAC G CAA C A . T TA C C TA . GT T TC G TT T TTTT G T A GT TGCA TTATATATATTT AA A . TT . TC CTATTA A TTGTATTAGAGT CCAG AA GGTTGTT GTGCTTTACTCACACCC G TT . GGTT A TTAAA GGGTA . A A . G T ATAG T A . C T C AA . TA GA G . C AAG A A A C TGT . GCATGTATAC C CA . T C C ATTTTTGATT T GA GATAT TG T AC G . GT G CATGTAT T T
blockSeqs : . . . T A . . T A . . T . T . A TCA . A . . T T T TA AG . T A . . G . TGT . . T . . . G . . A . . AT . . . . A G . A T . . GA T T T . . . . . T G A TT . TACA A A . . T . A . A . . . . CTATT . . . . . . . . . . . . . . . GTT . G . A . T AA . C A . TT . . . T . TCG . . . . T TATATATTT AA . . . . CC . . T T . GTAGTG C . . . AA . AAAT . . . . . . . AT C . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . CGGG . . . . . . TT A A GATA . C G . . . . . T .
blockSeqs : . . . CA . . . . G . . TA TT . . G . . . . T . . . . . . G . . A . . A . . . . A . . A T . . C T G T . . . . . T C A TA . TA A A . . T . A . . . . . . GTTT . . . . . . . . . . . . . . . TA . A . A . T AA . C A . GT . . . T . T . . . . A ATATATTT AA . . . . C . . T C . GTGGGT . . . . G . TAA . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATC . . . . . . TA . A GATA . . . . . . . . T .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . T C A TA . TA . A . . T . T . . . . . . GTT . . . . . . . . . . . . . . . TT . T . A . T AC . C A . GT . . . T . T . . . . T GTATATT A . . . . C . . T C . GTGGTG . . . . A . GAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . A GATA . . . . . . . . T .
blockSeqs : . A . T . . . . . . . C G T . TA . A . . . . A . . . . . . GTG . . . . . . . . . . . . . . . TA . A . A . . TA . A A . G . . . T . T . . . . T TTATCT A . . . . C . . T C . GTGGT . . . . G . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . A GATA . . . . . . . . T .
blockSeqs : A . A . TA . T . . . . A . . . . . . GTT . . . . . . . . . . . . . . . TA . A . . . . C . . . . . . . . T . T . . . . T TTTA A . . . . C . . T C . ATT . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . A ANN . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . GTT . . . . . . . . . . . . . . . GA . A . . . . A . . . . . . . . T . T . . . . . ATAT A . . . . . . . . . . GGT . . . . A . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . A GAT . . . . . . . . A .
blockSeqs : . TT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . TTA A . . . . GGT . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . A AAT . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . T . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . A AT . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . A GA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A AT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A AG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . C . . . . . .
blockSeqCons : A* N** T**** ** N* A** A*** ** ***** GTT**** **** A*** ** AA *** T*** ATATATTT**** A* T************ GTGGT**** A**** AA**** ** ****** ***** ** ** C************ GATA* **
originalCons : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCAT-CGCATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTC-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-AGA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GT-TTATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATTTATATAT--TTATTCTTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GA-T-----------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGC-A---TGT-TAAAGT--AAA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---------C---A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGAT--TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
finalCons : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAAT-GCGA--TTGATC--A-GGACAT--ACA----GA---AGT-AGAGTTAAAAN------ATATATTCT-A-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGT-ACAGAA--T--TTACA-TAGA-ATA-GTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATG-AT-ATT-TGTA-CTTTGTGTAA-TA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATN--CATTTTTCATGTGTGAAT----AT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGTN-TA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCTA--AACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGTA---A-TTTTTGGA--GA-----AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTAGTT----ATAAA-CTTTAT--A-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GG-ATTGAT-TA----------ATTT-TTTA---AA-AATGAATT--ATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAA-TTTAATT--CTT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG---T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGT--TTTTAT---ATATATATATATTT----ATTCTTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAATATAGTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-GAT------------CTAAGGGCTGC---ATCTGT--GGTGGT----TTTTTT-----------------TCT-C--AC-ATAGCA----TGT-TAAAGTAA----TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTT------A--GT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TATC------------A-ATT--T-TGA-TTTG-A-CAATG---------T-TTG-TAAT-ATGATA-TAT--A-TGCAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 1 3333 1 222 333 1 11 1 11 1 222 222222 11 333333333 1 2222222 22 1 22222 222 1 1 11111 1 1111 1 1 1 2222 1 11 111 1111 11 11 11111 1111 11111 4444444 111 1 1111 1111111 111 1111111 1111 2222222222222 11 11 22 11111 11111111111111 111111 22222222222 1111 2222222 22222222222222222 111 1111 1111 1111111111 1111111
lowQualScore : 88888888888 6 7 3 3333 7 7 2 111 222 3 7 88 2 33 0 000 666666 33 222222222 0 9999999 3 3 55 0 11 55555 3 6 0 777 0 2 0 88888 0 4444 0 0 2 0 7777 0 8 66 8 000 8 88 5 8 7777 11 99 55 88888 3 77777 99 6 6 6 4444 3 66 55 33 44444 0000000 666 1 5 1 6 1 6 1111 6 5 8888888 0 77 5 66 000 5 5 66 5 6666666 5 3333 4 66 4 66 0 999 5 66 5 5 5 0 3333333333333 5 8888 5 3 777 9 0 22 5 5 5 3 5 0 00 4 66 4 22 0 4 4 66 11111 0 4 99999999999999 4 1 3 4 8 4 4 4 66 4 777 222222 4 4 11111111111 4 0000 4 55 6666666 3 99999999999999999 3 55 3 3 000 1111 666 3 88 99999 3 3 3 55 3 3 0000 9 3 3 2 5 2 33 33 888888 33 2 66666 2 777 55 2 2 2 444444 8888888 0 666 44 4 2 5555555555 2 33 333 44 5 3333 2 66 2 33 33 3 0000000 9
lowQualScore : ........... . . . .... . . . ... ... . . .. . .. . ... ...... .. ......... . ....... . . .. . .. ..... . . . ... . . . ..... . .... . . . . .... . . .. . ... . .. . . .... .. .. .. ..... . ..... .. . . . .... . .. .. .. ..... ....... ... . . . . . . .... . . ....... . .. . .. ... . . .. . ....... . .... . .. . .. . ... . .. . . . . ............. . .... . . ... . . .. . . . . . . .. . .. . .. . . . .. ..... . . .............. . . . . . . . . .. . ... ...... . . ........... . .... . .. ....... . ................. . .. . . ... .... ... . .. ..... . . . .. . . .... . . . . . . .. .. ...... .. . ..... . ... .. . . . ...... ....... . ... .. . . .......... . .. ... .. . .... . .. . .. .. . ....... .
lowQualScore : 33333333333 7 3 3 0000 3 3 0 333 000 3 3 33 0 22 0 888 222222 88 000000000 0 8888888 2 2 00 0 22 00000 2 5 2 555 0 5 0 55555 0 2222 0 0 5 0 2222 0 0 66 0 000 0 88 0 0 6666 00 22 88 33333 2 33333 22 7 7 7 2222 5 77 99 44 33333 1111111 333 7 7 0 7 7 7 2222 7 7 6666666 1 99 0 99 555 0 0 99 0 2222222 0 9999 4 11 4 11 2 111 0 99 0 0 0 4 4444444444444 0 0000 0 2 222 4 1 88 0 6 0 2 0 1 88 0 11 4 88 8 4 4 11 77777 7 0 33333333333333 6 8 4 4 9 4 4 4 11 4 222 888888 4 4 11111111111 4 7777 0 55 6666666 6 11111111111111111 6 00 6 6 000 1111 444 6 66 11111 6 6 6 00 6 3 8888 2 1 1 9 7 9 99 99 222222 77 7 22222 5 888 99 5 4 4 222222 3333333 6 555 66 7 3 7777777777 5 44 333 22 0 6666 7 33 7 99 99 1 8888888 8
consensus : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGATC--A-GGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAAA------NATATATTC-TA-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTA-CAGAA--T--TTAC-ATAGA-AT-AGTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATGA-T-ATT-TGTA-CTTTGTGT-AATA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TG-CATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGT-NTA-CATATAT-----ATAATACTA------ACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-GA-------AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GTT-A-T--AAA-CTTTATA-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GGA-TTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTT-AATTC--TT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG-T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGTTTTTATATATAT----ATATATTTATTC-TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAATATA-GTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTA-AGGGCTGC---ATCTG-T--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AAAGT---A-A--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGA-TTTGA-CAATG---------TTTG-TA--ATATGATA-T-AT--A-TG-CAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAAAAA
Reference ( family-3078 ) : AACACAAAGTCGTT-----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAAT--ATCTATTTATTAAAAATATAAACTTCAAACAAC-GTGGAGCC-GAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGATC--A-GGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAAA------NATATATTC-TA-AAGNGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTA-CAGAA--T--TTAC-ATAGA-AT-AGTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAAT-CAAA-ATTAATAGA-TAATGA-T-ATT-TGTA-CTTTGTGT-AATA-A-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TN-CATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGT-NTA-CATATAT-----ATAATACTA-----TACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCCAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGA-GA-------AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GTT-A-T--AAA-CTTTATA-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTA--AT-T-GGA-TTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAAATATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGTGTTGATAAATTT-AATTC--TT-TCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG-T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGTTTTTATATATAT----ATATATTTATTC-TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAATATA-GTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTA-AGGGCTGC---ATCTG-T--GG--TGG-T-TTTTTT-----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AAAGT---A-A--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGA-TTTGA-CAATG---------TTTG-TA--ATATGATA-T-AT--A-TG-CAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TATAAAAAAA
gi|1 : -----TGTTGTTGACCAATAAATGC-ACCCAA---ATCT-TATGTTATAAAGATAAACTTCAAACAAT-GTGGAGCC--AC-TGC-TT--TTCAAAAATGAAACTTGTGAAATTGCGGAGTTGATCTTC-GGACCTTTACATGTTGATCAAGT-AGAGTTAAGATCTATTCATATATTCTTA-AAGGATGTTTAGATATAGATTATCTTCCA-TTTTTTCATCCAT--GTTGTTACTAGTA-CAGAA--T--TTACAATAGA-ATAAGTGCGTTGTT-A-ATA-TTATCTT----AAAAAAT-CAAAGATT-ATAGA-GAATGA-T-ATTATTTA-CTCTGTGTAAATATA-TGAA--TGTGAAACTATTC--TGCATGTG-CA-CTTTCATGGGTGAAAACTTATCCGTCACA-A-T----GTTATTGGAATGATCTTAGTCATA-CAAATAT-----ATAATACTA--------ATCT---AAC--TATA-GTG-TTTAATGCCAAAAA-TGT--ATA-TTTTTGGA-GAGAGTAGTAGTACCATTCAGATGT--CAAA-G----CA--G-T-A-T--AAA-CTTTATA-------ATGACTATATGCAAAACAC---ATAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATG-GAAAAAATGCC----A-TCTA--AT-T---A-TTGAT-TA----------ATTT-TCT--AGAA-AATGAATTTTATAATGTTG-AGAAATATATA-TCTGTT-AAAAATTACAACTGAATTGATAAAGTT-AATTC--TT-TCT--GAACAG-TGGGAAGC-TG-T--GTCTGT-GAAACTTTAACAA--ATTGTTTGTA-ATAT---------TATTTATTCTTTTTCTA-TTAA-TATCGTACAATATA-GTAC--ACGTGCA-C-ATA------CTCA-GAAT-----------CTA-AGGAACGC---ATCTT-T--G---------TTTTTT-----------------TCT-C--ACCATAGCCA---TCTG---AAAGT---ACA--TA------GTTTTATC-CT-TAGTC-GA-ATCG----TT-A-TGACG-TGCG-G--TT--TTAATAGAGT--GTGC-AAGTAATGTACA-TGT---GCTAGAG-AACATT-TCTG-T-CAG---AACTATA--C---AATCTG--TGA--TTGATCAATG---------TTTG-TA--ATATGAT--T-AT--A-TG-CATCA--CA-GATAAGTAAA--GCAT-T--------TATAAAAAAA
gi|10 : atggtttataacggttaaccaacgcccttattaccatgctattacaaacaAATTTT-GATTC--TC-CATGGGAACAGT----------------------GGAAATCTA-----------TTTTAT-TGGAT----GCATA---ATGG-TATTGTA-T--G-TA-TG--CAATACATGTAT--A-TTAT-----TT------TTCG-A-AA-----------ATAGAGGACTGT---GTCTG-T--AA--T---T-TTTTTC-----------------CCT-TTTA-CGTAG-GG---TGTA---TGATT---A-A--CA-----CACTTT-GT-ATAT--TC-TA----T----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT----------------AC-ATGTAA-----G-TGT---GC--AA---ACATT-TCTT-TGCAATGTA--TAT---G---CATGTATACAA-TT----CATTG---------TTTA-CACAACATTACA-TTAC--A-TT-TAACA--CA-G--AAATAAAGTGCATGTACATGTATTATAAAAA
gi|11 : TA-GTATTTA-GTGCATC-ATA------TTCA-G-ATTGTATTAGAGTCTG-AGTGGTGCCAGAGTTG-CAAGG--TAG-TGTTTTTTGTGCTTTACTCACACCCTCTGC--A-CATAA-CGGTTTGTT---ATAGTTTAA-A--TAGGGTATATTTT-TC-AT-T--TC-GATATCT----GTTA-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGTGAGTGCGAAAAAA-----G-TAT---------A-AATAGT-TTCG-TATGA---T--TA----CGGGAATTT---TTA--TTGA-CAGTgtt
gi|12 : tGG-GG-------GGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTT---GTT-A-T--AAA-CTTTATA-------AT-ACTATATGCAAAACA----G-AT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCCAGAAA-TCTA--AT-TGGGA-TAGATATACAGCTTTGACATTT-TTC--G-AACAATGAA--TTA-AATGTTGAAAATATAAATA-C---------AATT-CAAC--TGTTGATAAATTA-AA
gi|13 : gttttaaataagatgaaTG-T--GGGTTGT-T-TTTTTTC----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTA---AAAGT---A-AATTA-----TATTTT-TT-CT-T--TCGGA-ATC-----GTCA-TGA-G--G-A-GAATT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----GCTGT---GCA-GAG-AACATTATCTGCTGCAA---A--TAT---C---AA-TT---TGATTTTGA-CAATGT--------TTTGTTA--ATATGATA-T-AT--ATTG-CAGCA--C-----AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA
gi|14 : -TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAT-----G-TGT---GT--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---A---AATTT---TGA-TTTGA-TTTTGATTTTTGATTTTG-TA--ATATG--A-T-AT--A-TG-CAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TA-AAAA
gi|15 : tctgaataacattaagtacacgtagctttggcatttA-ATCTAT--GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-TCT----CAA--------------------T---TG----TGA-CATTA---------TACG-TA--ATA--ATA-T-AT----TGATAACA--CA-
gi|16 : GTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TTTG-TGCAA---A--TAA---C---AATTT---TGA-TTTAA-CAATG---------TTGA-TT--AT-TGAT--T-AT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatataaaataaaaa
gi|16 : G---------TTTG-TA--ATAAGATA-T-AT--A-TG-CAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-Ttattctaacccggatcctcaaggggtttgtaataagatatatatgcagcacagaaataaagcatt
gi|17 : gtaagtgtgcgagaacatttttgtgcaaataacaattttgatttaacaatgttgattattgattattattctaacccggatcctcaagggG-T-TCTTTC-----------------CGT-C--A-TATAG-------GTTTTAAAAGG---A-A--CT-----T-TTTT-TT-CT-T--TT-GA-ATCTATAGAT-A-TGT-A-TGTG-G--CT--T------AGT--ACGC-AAGTTG-----G-TAT---GC--AAG-AATAT----TG-TAC-----A--TAT---T---A-------TGA-CTTAA-TA
gi|18 : tT----GT-AATGA-GCTG-A-G--TT--T------AGT--GCGC-AAGTTG-----A-TAT---GC--GAG-ACCATT-----------------TAT---C---AA--T---TG----TGA-CCATA----------TCG-TA----ATGATATT-ATTGA-TA--AACA--CA-G--AAATAAA--
gi|2 : AACACAAAGTCGTTAGGCCTATTGTTGACCAATAAATGCCACCCAATCTATCTATTTATTAAAAATATAAATTCAAAACAACCGTGGAGC--AAC-TGCTTT--TTCAAAAATGGAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGA-C--ACGGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAAA------GA-ATATT--TA-AAGTGTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-A-TA-CAGAACTT--TTAC-ATAGA-AT-AGTGC-CTGTT-AGATA-TTATCTT---AAAAAAATTCAAA-ATTAATAGA-TAATGA-C-ATT-TGTA-CTTTGTGT-AATA-A-TGAAAATGTGAAACTATTTCATGCAC-TG-CATTTTTCATGTGTGA--------------TA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGT-GTA-CATATAT-----ATAATACTACCATGTACATCT--AAACG-TATAGGTT-TTTAATGCTAAAAA-TGT--A-A-TTTTTGGAAGA-------AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-AGTTTTA--GTTTA-T--AAA-CTTTATA-------AT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTGTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-ATTA--AT-T-GGA-T-GAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAAATATATA-T-TGTTTAAAAATT-CAACTGTTTTGATAAATTT-AATTC--TTGTCTGGGAACAGTTGGAAAGC-TG-TCGAT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGTTTTTATATATATTTATATATATTTATTC-TTTTCTAATTAA-TA-CGTACAAATTA-GTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTA-AGGGCTGC---ATCTG-T--GG--TGGGT-TTTTTT-----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AAAAT---A-AA-TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGT-TTTGA-CAATG---------TTTG-TA--ATATAAT--T-AT--A-TG-CAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-CA-------TATAAAAAAAaaaaataatcaggt
gi|20 : GT--GTGC-A-GTAA-----G-TATAAGGC--GAG-A-CATG-TC-G-TGCCA---A--TATTATC---AATAT---TGA-CTTG-----------------TTG--A--AT-TGATA-TTAT--A-TG-CAACA--C--G--AACTAAA--GCAT-TT-------TATGAAAA
gi|21 : ttT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGA-TTTGA-CAGTG---------TTTG-TA--AT---ATA-T-AT--A-TG-CAGCA--CA-T--ACATAAA--GCAT-TA-------TTTAAAAAAAtaa
gi|23 : ---T-GGAAATTTAACA----TTGTTTTTGTATA----------TATTTATTC-TTTTCTA-TTAA-TA-CGTAa
gi|3 : AATACAAA----TT-----TGTT-TTGACCAATA---GC-ACCAAAT-----TATTTAT--AAAATATAAA--TCAAACA-T-GTGGAGTCAGACCTGCTTTCGTTCAATAATG-AACTT---GAA-TGCG---TTGATC--A-GGACA--TAC--G------AAGTTAGAGTTAAAT------TATA-ATTC-TATAAAAGTGTTT-----TAACGTA-CTGCCAAGTCTTCCATCCA---GTGGTTAC-AGTAACAAGT--T--TTAC-ATAGA-A--AGTGC-CTGTT-AGATACTTATCTT---TAAAAAAT-CAAA-ATTA-TAAAGTAATGAAT-GTT-TGC-------TGT-AATA---TGAG--TATGAAACTATTC--TGCA--TGACATTTT-CATGTGTGAA-----AT--GT-ACATA-T----GTATTTGGAATTATCTT-GT-GTA-CAT---T-----ATTATACTA-------CATCT--AA-CG-TATAGGTT-TTAAA-GCTAAAA--TGTTGA-A-TTTT-GGA-GA-------AGTACCATTCAGC-AT--CAAATG--TTTA--GTT-A-T--A----TTTATA-------AT-ACTATATGCAAGAC-----GTACGATATTTAAGG-CTGTT---CAAATGTGAAAAATTGCC--GAT-TCTA--A----GGAATTGATGTT----------ATTTGTTT--T-TA-AATGAA--TTA-AATGTTGAAA---T-TATA-TCTGTT-AAAA-TT-CAACTGTGTTGATAAATTTTAATTTCTTT-TCTGGGAA-AGT-GG---GC-TGGT--GT-----GGAATTAAAACAA-CATTGTTTTAA-----AT----ATAT-TTTAT-C-TTTTCTA-TTAA--A-CGTA--GCATA-GTCC--A-TCAGA---ACA------TTCA-G-A------------CTA-AGGGCTG----ATCTGGT--GG--TG----TTTTTT-----------------TTT-C--A-CATAG-CAA--TGT----AAAGC---A-A--TA-----TATCTT-TTACT-T--TC-GA--TCT----GT-A-TGA-G-TG-ACG--TT--T------AGT--G-GC-AAGTAA-----G-TGTCG-GC--GAG-AAC-TT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---ATTTT---GGA-TTTGACCAATG----------TTG-TA--ATATGATA-T-AT--A-TG-CAGCAACCAGG--AAAT-AA--GC-T-TA--------ATGAAAAAA
gi|4 : atggttctataagtttacaaggcccttatttaccgatgctAACTT-TGAAA-TGCG--ATTGA-C--A-GGACA--TACA-G------AAGT-AGAGTTAAAA------GATATATT--TA-AAGTTTGTTT-----TAAAGTATCTGCCAGTTCTTAAATCCAACAGTGGTTAC-AGTA-CAGAA--TGTTTAC-ATAGATAT-AGTGC-CTGTTTAGATA-TTATCTTTTAAAAAAAAT-CAAA-AATA-TAGA-TAATGA-TTAAT-TGTAACTTTGTGT-AATA-A--GAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TC---TTTTGCATGTGTGAA----TAT--AT-ACA-A-TTAATGTATTTGGAATGATCTTAGT-CT--CATTAAT-----ATAATACTA-------CATCT--AAACG-TATAAGTTCTTTAATGCCAAAAA-TGT--A-AATTTTTGGA-GA-------AGTACCAT--AGCTAT--CAAA-G--TTTATAGTT-AAT--AAAACTTTATA-------AT-ACTAATTGCAAA-CA----GTAT-ATTTTTA--GGCTGTTT--CAAATGTG-AAAAATGCC--AAAATCTA--ATCT-GGA-TTGAA-TT----------ATTT-TTTCAA-AA-AATGA----TA-AAT----AAAAACTAT-TACTCTGTT-AAAA--T-CAACTGTG-----AAAATT-AATTC--TT-TCTGCGA-CA--TAAAAAGC-TG-T--GT---G-GAAAATTTACCAA-CATTGTGTTTTTATATAT----ATTTA---ATTC-TTTT--A-TTAAATA-CGTACAATATA-GTAC--A-GTGCA-CCATA------TTCAAG-AT-----------C---------G-------TG-T--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AAAGT---T-A--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GTAA-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAGAAACATT-TCTT-TGCAA---A--TAT---CA--AATTT---TGA-TTTGA-CAATG----------TTG-TA--ATATAGTA-T-AC----TG--AGCAG-CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAAAAA
gi|5 : AAGCTATTC--TGCA--TG-CATTTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-A-T----GTATTTGGAATGATCTTAGT-CTA-CATATAT-----ATAATACTA---------------AACG-TATAGGTT-TT-AATGCCAAAAA-TGT--T-A-TTTTTGGA-GA-------AGTACCATTCAGCTAT--CAAA-G--TTTA--GTG-A-T--AAA-CTTTATACATGTAAAT-ACTATATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--TAA-TCTA--AT-T-GGA-TTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-A-TGAA--TTATAATGTTGAAAAC-TATATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAATTT-AATTC--TT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG-T--GT---T-GGAAATTTAACAA-CATTGTTTTTATATATAT----------TTATCT-TTTTCTA-TTAA-TA-CGTACAGTATA-GTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTA-AGGACTGC---ATCTG-T--GG----G-T-GTTTTT-----------------TCT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AAAGT---A-A--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGA-TTTGA-CAATG---------TTTG-TA--AT---ATA-T-AT--A-TG-CAGCA--CA-G--AAATAAA--ACAT-TA-------TA-AAAAAAg
gi|6 : acaA-G--TTTT--ACT-A-TTAAAA-CATTATA-------AT-----TAT-----ACA----GTAT-A--------G-CTGTTT--CAAATGTGGAAAAATGCC--AAA-TCTATAAT-T-GGA-TTGAT-TA----------ATTT-TTT--A-AA-AATGAA--TTATAATGTTGAAAAA-TGTATA-TCTGTT-AAAAATT-CAACTGT--TGATAAATTT-AATTC--TT-TCTTGGAACAGT-GGAAAGC-TG-T--GT---TTGGAAATTTAACAG-CCTTGATTTTATACATGT----ATATATT----C-TTTTCTA-TTGA-TA-CGTACAATATA-ATAC--A-GTGTG-C-ATACTATTATTCA-G-AT-----------CTA-AGGGCTGC---ATCTG-T--G-------T-TTTTTT-----------------CCT-C--A-CATAG-CA---TGTA---AAAGT---A-A--TA-----TATTTT-CT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TG-A-G--TTTAT------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATAT---TGA-CTTGA--A--------------TG-TA--ATATGATA-T-AT--A-TG-CAACA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAAAAA
gi|7 : AA-ATCATTAGA-TAATGA-T-ATT-TGTA-CTTT-TGT-AATA-ATTGAA--TGTGAAACTATTC--TGCA--TA-CA-TTTTCATGTGTGAA----TAT--GT-ACA-AGT----GTA-TTGGAATGATCTTAGT-CTAGCATATAT------CAA-AC-------TACATCT---AACGATATA
gi|7 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattTATGCAAAACA----GTAT-ATTTTTA--G-CTGTTT--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgcaaaacagtatatttttagctgttt
gi|8 : ataagtatttaataaagtttataactaaactttgatagctgaatggtacttctccaaaaattacatttttggcattaaatcattagataatgatatttgtacttttgtaataattgaatgtgaaactattctgcatacattttcatgtgtgaatatgtacaagtgtattggaatgatcttagtctagcatatatcaaactacatctaacgatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATTTTAGT-ATG-TA-ATATTCTCAATG-TACTA-----CATATTTGGAATCA-TATAGGTT-TT-AATGTCAAAAAATTT--A-A-TGTTTGTA-GA-------GGTACCTTTTGTCCATAATAAA-A--CTTT--GTT-A-T--AAA-CTTCATA-------AC-GCTAT--GCCTAACGTTATATAT-ATTTTTA--G-CTGTTTGACGTATTTAGAAAAACGCC--AAA-TTTA--CT-T-AGA-TTGAT-GA----------ACTT-GTT--A-AC-A--GAT--TTAT----TT----ATATACATG-TATGTT-AGAAATT-CGA--GAGTCGATAAATCT-GATTC--GC-TCTGGGTACAG-TGGAAAACTTA-T--GT---T-TGAAGTATACTGA-CAATGCT
gi|9 : gcgatatgT-AATTC--TT-TCTGGGAACAGT-GGAAAGC-TG-T--GT---T-GGAAATTTAACAAACATTGTTTT-------AT----ATATATTTATTC-TTTTCTAATTAA-TA-CGTACAATATA-GTAC--A-GTGCA-C-ATA------TTCA-G-AT-----------CTA-AGGGCTGC---ATCTG-T--GG--TGG-T-TTTTT-------------------CT-C--A-CATAG-CA---TGTT---AA-GT---A-A--TA-----TATTTT-TT-CT-T--TC-GA-ATCT----GT-A-TGA-G-TA-G-A--TT--T------AGT--GTGC-AAGTAA-----G-TGT---GC--GAG-AACATT-TCTG-TGCAA---A--TAT---C---AATTT---TGA-TTTGA-CAATG---------TTTG-TA--ATAT-----T-AT--A-TT-CAGCA--CA-G--AAATAAA--GCAT-TA-------TAAAAAAAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GAATGAGTTACATGTACCTAAGTGTGGATGTCGGTTTCTGTTCAACATATACGCGTATGTACAATCCAATGTTGACATGATATGTAATAATACATGTAGCCTCAAATAAA
Unaligned ( gi|22 ): TGCTATTTGCAAAAACAAAACTTGTGAAACTGTGGAGTTGGTCTAAGCATTTTTAC