lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                 33333         22222      66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           6     55555 7    4  99999  0   22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222         6 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           .     ..... .    .  .....  .   .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................         . 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                           0     33333 3    7  33333  7   55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555         0 
consensus                     :                                                                                                                                                                        NNCATACGAGGT--TATATCGCG-T-TTACGACT------TAGTATCTCGTA-TATTACGACT---T-NTA--TCTGT--TTCGT---TA---CGAC-TTATTA-TCTCG-TA--A---GCCG-----AC---G-A--CA--T---A-T-A-T-T-----C--G---T---A--T---T-AC----G-ACNTA--CTAT-----TA--T--CGT-AATT-ACG--------------------GAC-T-TA--TTAT-C-CT--C--T---C----N--TA-CGA-CT-T-A-T-T-ATC--TCGT---TA-AT----A---ACG-A---CAT-A------T-T-A-C------TA--TC---G---T-A-T-T--AC---A-GACTT--A---GTA---TC--T-CGT---A----A---TA--G-ACG--A-------CT----TA---T---G---T-C--GT--T-------CGT--AC----GA--CTTA-----TC---GTTTCN-------CG--TACG---T-CG---ATA----TT---A--ATCT-CGT----A----TC---A-GA---CNT---AT-TAT---C---T----A--T-----ACGAC----T-TATTAT------TG-TCGT--TCGT-A-CGA--------CT-TAT-TA----C--TC--G---TAC-----G--T-ACGA-C--A--T--A--T-AT-C--T-----C---G---T----AC-A--AC---CT-----TAT-TATCTCG-TAA-TT-ACGAACTTN---TTA-T-ATGT-CG------T--TCGT--A-ACG---AC--A-------GT-A-T-TA--C--T-----CTCGTAA--TTAC--G-ACT--T--NG-T--A--TTCTCGT---------TCGN-TA----------AC------GAC-TT-T-A-GT-AT-GTC-G-------------TACGTACGG---ACA--T-A-C-TAT-C---TCGTA-A------T------TA--------C----------------GA-CNT--A--GTA-----TG-T-C-TT--C-GA--AC----GA---A--CTTA-GT-A-T-T------C----GT-----ACG-AC-ACATATA-------AGTATTCT---C-CGTACGTACGACATAGC-AACAAG--TATTTTT-AACTGG--CA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                        TCCGTACGAAAC--TATATCATG-TACCACGACT---ATCTA--ATCTTGTACTGTCGCGACT---T-TTA--TCTGT--TTCTT---TA---CGACGTTATTA-TCTC--TA--A---GCCG-----AC---G-A--CA--T---A-T-A-T-T-----C--G---T---A--T---T-AC----G-ACATA--CTAT-----TA--TA-CGT-AATT-ACG--------------------GAC-T-TA--TTAT-C-CT--C--T---C----T--TA-CGA-CTAT-A-T-T-ATC--TCGT---TA-AT----A---ACG-A---CAT-A------T-C-A-C------TA--TC---G---T-A-T-T--AC---A-GACCT--A---GTA---TC--C-CGT---A----A---TA--G-ACG--A-------CT----TA---T---G---T-C--GT--T-------C-T--AC----GA--CTTA-----TC---GTTTCC-------C---TACG---T-CG---ATA----TT---A--ATCTACGT----A----TC--CA-GA---CAT---AT-TAT---C---T----A--T-----ACGAA----T-TATTAT------TG-TCGT--TTGT-A-CG---------CC-TAT-TA----C--TT--G---TAC-----G--T-ACGA-C--A--T--A--T-AT-C--T-----G---A---T----AC-A--AC---CT-----TAT-TATCTCG-TAA-TT-ACAAACTTC---TTA-T-ATGT-CG------T--TCGT--A-ACG---AC--A-------GT-AGT-TA--C--T-----CTGATAA--TTAA--G-ACT--C--TA-T--A--TTCTCGT---------TCGC-TA----------AC------GAC-CT-T-A-GT-AT-GTC-G-------------TACGTACGG---ACA--T-A-C-TATCC---TCGTA-A------T------TAT-------C----------------GA-CTT--A--GTA-----TG-T-C-TT--C-GA--AC----GA---A--CTTA-GT-A-T-T------C----GT-----ACG-AC-ACATGCA-------AGTATTCT---C-CGTACGTCCGACAT-GC-AAC-----TATTTTCAAAC--G--CATGCAATAACGCTTCCGCAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                          CATACGAGGT--TATATCTCGATATTACAACTTACATGTA--CTATCGTGTTATTACGCCT---T-AT---TCTGTCGTTCGT----A---CGAC-TTATTA-TCT
gi|3                          :                                                                                                                                            gtatgtcgttcgtgcgacttattattttaataTACGA--C--T-TATCATG-TCGTTCGACT------TAGTATCTCGTA--ATTACGA-----T-TTA--G-TAT--CTCGT---TAAAACGAC-TTATTA-TCTCG-TA--A---TACG-----ACTT-A-A--AA--T---A-T-A-T-------C--G---TT--A--G---T-AC----A-ACTTA--GTATCTTGTTA--CA-TGT-A-TT-ACGACTTAGTATCTCGTACGTACGAC-A-TA--TTA-----T--C--T---C----G--TA-ATA-AT-T-A-A-T-ATC--TCATACGTACAT----GT--ACG-A---CTT-A------G-T-A-T------T---TC---G---T---T-CGAAC-----GACTT--A---GTA---TC--T-CGT---ACACCG---TG--T-ACG--A-------CTTGAGTA---T---C---T-C--GT--A-------CGT--AC----GA--CATA-----tgtgaaatataacttattatcttgttagaacgtcatacttattacttaccaaatgccgc
gi|2                          :                                                                                                                                                                         tatTAGGAAATATTATATCGTT-T-TCACAACT------TAGTATCTCGTAATG--ACGACTCAAT-ATACGTC-GT--GTCTT----A---CGACTTCGCTG-TTTG--TTGTA---GCGT-----AC---G-GATCA--T---T-T-T-T-T-----CTCG---TTT-A--T---C-AC----G-ACTTA--TTAT-----T---TA--GT-A-TT-ACG---------------------AC-T-TA--TTATGT-CA--T--T---C----G--TA-GAA-CT-T-A-G-C-AGT--TCGT----A-AT----T---ACA-A-----T-T------T-C-G-T------TC--TC---G---T-A-A-A--AC-----GACTT--A---TTG---TC--T-CGT---A----A----A--T-ACG--AACTT---CT----TA---T---A---TGT--GT--T-------CGT--AC----GA--CTTAAGTA-TCAACGATTCG-----------TACG---A-C----ATA----TT---A---TCT-CGT----AA---TA--C--GA---TTT---AT--AT---CG--T----A--------ACGAC----T-TAATAT------T--TC-T--TTGA-A-CGACTT-----CT-TGTATC----C--TC--G---TAC-----G--T-ACGA-C--------------T-T--T-------------T----AT-A--A------------AT-TATCTCG-TAC-GT-ACGAgcaaacatatttttaactggcagcaatacgcttccgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                               ggcatatcatctcgttatGCGACT---TATTA--T---T--TTAATACATA---CGAGGTTAT-A-TCTCGATA--T---TACA-----AC---TTA--CA--T---G-T-A-C-TAT---C--G---TGTTA--T---T-AC----G-CCTTATTCTGT-----CG--TT-CGT-A-----CG---------------------AC-T-TA--TTAT-C-TT--G--TGA-A----A--TA-TAA-CT-T-A-T-T-ATC--TTGT---TA-G-----A---ACG-T---CAT-A------cataacaaaggtattttcaactggcagaaatacgcttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                 gtatgtcgttcgtA--TC-GC--TTTAT---TA---CGAC-TTAGTA-TCTCG-TA--A-----TA-----AC---G-A--CT--T---A-TTG-T-T-----T--GATGT---A--CG--T-GC----G-AGATT--TT-T-----TC--T--CGT-CATC-ACA---------------------AC-T-TA--TTAT-CTCT--T--T---T----T--TA-CGA-CT-T-A-T-T-ATG--TCGT---TC-GT----A----CG-G---CTT-A------G-G-A--------TC--TC---G---T-AAT-T--AC-----GACTT--A---GTA---TC--T-CGT---A----A---GA----ACG--A-------CTTGC-TA---T---C---T-C--GTAAT---------T--AT----GA--TTTA-----TA---A----------------TATG---T-CGTTCGTACCACTT---AC-ATGTA-GT----A----TC--T---------T---GT-TAT---------------T-----ACGAC----T-TCTTATA-----TG-TCCT--TCGT-A-CGA--------CT-TAG-CAT---C--TC--G---TAC-----G--T-ACGA-C--T--T--A--cttattacttaccaaatgccgc
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                          cTT---TA---CGAC-TTATTATTCGT--TA--ATTTACGG-----ACATTG-A--GT--T---A-T-A-C-T-----C------T---A--T---TAAC----G-A---A--CTAT-----TAATTC-CGT-TATT-A----------------------GAC-TCTA--CTAT-C-TC--C--G---C----TTATA-CGA-CCTT-A-TGT-ATC--TCG----TA-ATA---A---ACG-A---CTT-A--------C-A-T------TA--Tgt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                           tcgtaaA---CGAC-TTATT--TATC--GA-------TCG-----AT---G-A--TA--CGAGA-T-A-T-TATCTAC--G---T---A--TAGAC-AC----G-ACATA--TTAT-----C---T--CGT-GAT--ACG--------------------GA----TA--TTAT-G-GT--C--G---T----G--CG-CGA-CT-T-A-T-T-ATC--TCGT---GA-TT----A---ACG-AG--AAT-A------T-T-A--------TC--TC---G---T-G-C-G--CC---ACGACTT--A---TTA---TT--CGTGT---T----A---TA----ACG--AAGATATTTT----TG---T---GGT-T-C--GC--TA------C-C--AC----GAACCATA-----TT---ATTTTCGTGAATAT---TACG-----AG---ATA----TTTTAA--ATCTCCGT----gtgtaagtgaggcactatatt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                      agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatgggttgtgcgc---CGAGATT-TTA-TCTCG-TT--A---TC-------AC---G-A--CA--T---ATT-ACT-T-----C--GT--T---A--T---T-AC----G-ACTTA--CTtca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                               gtaccttGAC-TTACTA-TCTCG-TA--A---GCTT-----AC---G-A--TACTT---A-T-G-T-C-----G--G---T---A--A---T-ATAGAAG-ACTTA--CTAT-----C---T--CGT-AAGT-ACG--------------------GAC----A--TTA---------------------------------------T-ATT--TCG----TA-AA----A---AT--A---GAT-C------T-T-A-C------TA--TC-------T-C-T-TA-ACAAAA-AACTT--A---GTA---CC--T-CGT--------A---TG--T-ACG--A-------CTA---TA---G---G--------GT--T-------CGT--AC----G
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                               aattaaagacttactatctcgtaagttacggacatgattatgtcgtaattaaaC--TA--A---GTCGTTATTAC---G-A--GA--T---AGT-A-TGT-----C--G---T---A--C---T-AC----G-ACATA--CTTC-----TA--GT-CGT-Atatgatataggggaaaaatcatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttcg--TA--A---GTCGTT---AC---G-A--TA--T---A-A-A-T-------C--G---T---A--T---T-AC----G-AGATA--ATAT-----taaactcgctcgtatgacttagtgtgtcgtttcgaacgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|7                          : ggcatatcatctcgttattaggaaatattatatcgttttcacaacttagtatctcgtaatgacgactcaatatacgtcgtgtcttacgacttcgctgtttgttgtagcgtacggatcattttttctcgtttatcacgacttattatttagtattacgacttattatgtcattcgtagaacttagcagttcgtaattacaatttcgttctcgtaaaacgacttattgtctcgtaaatacgaacttcttatatgtgttcgtacgacttaagtatcaacgattcgtacgacCG-----AC---T-A--GA--A---G-T-A-TGT-----C--G---T---A--G---T-AC----G-ACATA--CTAT-----C---T--CGT-AATA-AC---------------------GAC-T-TA--GTAA-A-CTCGC--T---C----G--TA-TGA-CT-T-A-G-T-GTG--TCGT---TT-CG----A---ACG-A---CTT-A------T-atatttctttgaacgacttcttgtatcctcgtacgtacgacttttataaattatctcgtacgtacgacataacaaaggtattttcaactggcagaaatacgcttccgta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttcgta---G-A--CT--T---ACT-A-TCT-----C--G---T---AAGT---T-AC----GGACATG----AT-----TA--TGTCGT-AATT-AAA--------------------GAC-T-TA--CTAT-C-TC--G--TAAGC----T--TA-CGA--TAC---T-T-ATG--TCGG---TA-AT----ATAGAAG-A---C----------T-T-A-C------TATCTC---G---TAA-G-T--AC---G-GACAT--T---ATA---TT--T-CGTAAAA----A---TA--G-AT-----------CT----TA---annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aattaaa-T-----C--G---T---AATT---T-AC----G-ACTTA--TTAT-----T------CGTTAATTTACG--------------------GACAT-TGAGTTAT-A-CT--C--T---A----T--TAACGAACTAT---T-A-ATT--CCGT---TA-TT----A-----G-A---C----------T-CTA-C------TA--TCTCCG---C---T-T--AT---ACGACCTT-AT--GTA---TC--T-CGT---A----A---TA--A-ACG--A-------CT----TA---ctatctcttaacaaaaaacttagtacctcgtatgtacgactatagggttcgtacgtatgatataggggaaaaatcatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---T---A--T---T-AC----G-AC-----TTAT-----CA--T---GT-CGTT--C---------------------GAC-T-TA--GTA-----T--C--T---CGTAAT--TA-CGA-TT-T-A-G-T-ATC--TCGT---TA-A-----A---ACG-A---CTT-A------T-T-A--------TC--TC---G---T-A-A-T--AC-----GACTTAAA---ATA---TA--T-CGT------------TA--GTACA--A-------CT----TAG--T---A---T-CTTGT--TACATGTAT-T--AC----GA--CTTA----------GTATCT-------CG--TACG---TACGAC-ATA----TT------ATCT-CGTAATAA----TT--AA-TATCTCAT---ACGTAC---A---T----G--T-----ACGAC----T-TAGTAT------T--TCGT--TCGA-A-CGA--------CT-TAG-TAT---C--TC--G---TACACCGTG--T-ACGA-C--T--TGAG--T-AT-C--T-----C---G---T----AC-cattatgtgtaagtgaggcactatatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---T-AA----G-ACTTA--CAAT------------CAT-AATT-ACG---------------------AC-A-CA--ATAT-C--T--CGTT---A----T--TA-CTA-CTTTTA-A-T-ATA--TCGG---TATATTTCAA---AAT-A---CAT-A------TAT-A-TGTAGTATA--TC---C---T-AAT-T--AC-----GACTT--A---GTA---AC--T-TCT---G----A---TA----ACG--A-------CT----TA---C---G---T-C--AT--T-------CGT--AC----GA--CTTG-----CC---TTTTCT-------CG--TACgtacgacatagcaaacatatttttaactggcagcaatacgcttccgta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cg-AATT-ACA---------------------AC-T-TA--GTAT-C-TT--------------T--TA-CA---TGT-A-T-T-CTC--TTGT----A-AT----A---ACG-A---C----------T-C-A-C------TA--TCTA-G---T-ACT-T--AC---A-ttgc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   actctttattgcataatgtgagataaacttttcatctcgttcgtaa--T---C----G--TA-CGA-CTAG-AAG-T-ATG--TCGT----A-GT----A----CG-A---CAT-A------C-T-A--------TC--TC---G---T-A-A-T--AA---C-GACTT--A---GTAAACTCGCT-CGT---A---------------TG--A-------CT----TAGTGT---G---T-C--GT--T-------T-CGAAC----GA--CTTA-----Ta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                t--T---C----G--TG-CGA-CT-T-A-T-T-ATT--T------TA-AT----ACATACG-AGGTTAT-A------T-C--------------TC---GA--T-A-T-T--AC---A--ACTT--ACATGTAC--TA--T-CGT---G----T---TA--TTACG--C-------CT----TA---TTCTG---T-C--GT--T-------CGT--AC----GA--CTTA-----Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtatgtcgt--TA-CGA-C-AT-A-C-T-ATC--TCGT----A-AT----A---ACG-A---CTT-AGTAAACT-C-G-C----------TC---G---T-A-T-----------GACTT--A---GTG---TG--T-CGT---T----T---CG--A-ACG--A-------CT----TA---T---tatcttgtgaaatataacttattatcttgttagaacgtcatacttattacttaccaaatgccgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcgtacgactagaagtatgtcgtagA-CGA-CT-T-A-T-TTATCGATCGA---TG-AT----A----CG-A---GAT-A------T-T-ATC------TA---C---G---T-A-TAG--AC---ACGACAT--A---TTA---TC--T-CGT---G----A---TACGG-ATA-----------T----TA---T---GG--T-C--GT--G-------C----GC----GA--CTTA-----TT---ATCTC---------------G---T--G---AT------T---A--A----CG---------------A-GA----AT---AT-TAT---C---TC---G--TGCGCCACGAC----T-TATTAT---------TCGTG-TTAT-A-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatgggttgtgcgcGA-CT-T-A-C-T-ATC--TCGT---AA-GT----T---ACGGA---CATGA------T-T-A--------TG--TC---G---T-AAT-T--AA---A-GACTT--A---CTA---TC--T-CGT---A----AGCTTAC-G-AT---A-------CT----TA---T---G---T-C--GG--T-------AAT--ATAGAAGA--CTTA-----CT---ATCTCG-------TAAGTACG------G---ACA----TT---AT-ATTT-CGT----AAAAAT----A-GAT--CTT---AC-TAT---C---T----C--TTA---ACAAAAAACT-TAGTAC------C--TCGT--ATGT-A-CG---------AC-TAT--AGGG-T--TC--G---TAC-----G--T-ATGA-T--A--T--A--acgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aattaaaAT-A-T-C-ATC--TCGT---TA-TT----A---G-G-A---AAT-A------T-T-A--------TA--TC---G---T-T-T-TC-AC---A--ACTT--A---GTA---TC--T-CGT---A----A---T---G-ACG--A-------CT-------------------C--AA--T-------A-T--AC----G------------TC---GTGTCT-----------TACGACTT-CG---CTG----TT---T--GTT---GT----A----GC----------------------------------G--T-----ACGGA----T-CATTTT------TTCTCGT--TTATCA-CGA--------CT-TAT-TA----T--TTA-G---TAT--------T-ACGA-CTTA--TT-A--T-GT-CATT-----C---G---T----AG-A--AC----T-----TAG-CAGTTCG-TAA-TT-ACAA--TT-------------T-CG------TTCTCGTAAA-ACG---AC---------------T-TA--TTGT-----CTCGTAA--ATAC--GAACTTCT--TA-T--A--T--GTGT---------TCGT-------------AC------GAC-TT-A-A-GT-ATCAAC-GA------------TTCGTAC-G---ACA--T-A-T-TAT-C---TCGTA-ATACGATT------TATATCGTAAC----------------GA-CTT--A--ATA-----TT-T-C-TT--T-GA--AC----GA---CTTCTT--GT-A-T-CCTCGTAC----GT-----ACG-AC-TTTTATA-------A--ATTAT---CTCGTACGTACGACAT----AACAAAGGTATTTTC-AACTGG--CA-GAAAT-ACGCTTCCGTggggaaaaatcatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggcAT-A-T-T-AAG--TCGT---TA------------CG-A---TAT-A----------A---------A--TC---G---T-A-T-T--ACG--A-GA--T--A---ATA---TG--T-CGTACGA----A---TC--G-TTGATA-------CT----TA---A---G---T-C--G-------------T--AC----GA--
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                         ggcatatcatctcgttattaggaaatattatatcgttttcacaacttagtatctcgtaatgacgactcaatatacgtcgtgtcttacgacttcgctgtttgttgtagcgtacggatcattttttctcgtttatcacgacttattatttagtattacgacttattatgtcattcgtagaacttagcagttcgtaattacaatttcgttctcgtaaaacgacttattgtctcgtaaatacgaacttcttatatgtgtAT-T-T-T-ATC--TCGT---TA--T----C---ACG-A---CAT-A------T-T-A-C------T---TC---GT--T-A-T-T--AC-----GACTT--A---ttctttgaacgacttcttgtatcctcgtacgtacgacttttataaattatctcgtacgtacgacataacaaaggtattttcaactggcagaaatacgcttccgta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtaccttcgag------TG--TC---G---T-A-G-T--AC-----GACAT--A---CTA---TC--T-CGT---A----A---TA----ACG--A-------CT----TAG--T---AAACT-C--GC--T-------CGT--AT----GA--CTTAGTGTGTC---GTTTCct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttcgtacgactagaagtaA--TC---GCTTT-A-T-T--AC-----GACTT--A---GTA---TC--T-CGT---A----A---TA----------------------------------------------------------AC----GA--CTTA-----TT---GTTTGA-------TG--TACG---TGCG---AGA----TT---T--TTTCTCGTC---A----TCA-CA--A---CTT---AT-TAT---C---T----C--TTTTTTACGAC----T-TATTAT-------G-TCGT--TCGT-A-CG---------GC-T---TAGGATC--TC--G---TAA-----T--T-ACGA-C--T--T--AG-T-AT-C--T-----C---G---T----AAGA--ACGA-CT-----TGC-TATCTCG-TAA-TT-ATGA-TTTA---TAA-T-ATGT-CG------T--TCGT--A-CCACTTAC--AT------GT-AGT--A-----T-----CTTGTTA--TTAC--G-ACT--TCTTA-T--A--TG-TCCT---------TCGT-------------AC------GAC--T-T-A-GC-AT-CTC-G-------------TACGTACGgaacgacttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 c-ACG--A-------CT----TA---TCATG---T-C--GT--T-------C----------GA--CTTA----------GTATCT-------CG--TAAT---TACG---AT-----TT---AGTATCT-CGTTAA-A----AC-----GA---CTT---AT-TAT---C---TCGTAA--T-----ACGAC----T-TAAAATA-----TA-TCGT--TAGT-A-CAACTTAGTATCT-TGT-TA----C--AT--G---TAT--------T-ACGA-C--T--T--AG-T-AT-C--T-----C---G---T----AC-GT-ACGA-CA-----TAT-TATCTCG-TAA-TA-ATTAATATC---TCA-T-ACGTACA------T----GT--A--CG---ACTTA-------GT-ATT-TC--G--T-----TCGA-------AC--G-ACT--T--AG-T--A--T-CTCGT---------ACAC-CGTGT-------AC------GAC-TT-G-A-GT-AT-CTC-G-------------TACGTAC-G---ACA--T-A-acttagt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tatt--A-------CT----TA---T---G---T-C--GT--T-------TGT--AC----GA--CTT------------TTACT-------CG--TAC------CA---GAA----T-------ATCT-CG-----A----TT--TA-CA---C-T---AT-TAT---CTCGT----A--T-----TCGAC----T-TCTTAT------AT-TCGT--TTTT-A-CG---------gcaaacatatttttaactggcagcaatacgcttccgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tattata----TA---T---G---T-C--GT--T-------CGT--GC----GA--CTTA-----TT---ATTTTA-------A---TACA---TACG---AGG----TT---AT-ATCT-CG-----------------------AT---AT-TACAA-C---T-------T-----AC--A----TGTACTAT------CG-T-GT--TATT-A-CG---------CCTTAT-T-----CTGTC--G---TTC-----G--T-ACGA-C--T--T--AT-T-AT-C--TTGTGAA---A---T----AT-A--A----CT-----TAT-TATCTTG-Ta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               g---T-C--GTAAT-------T-T--AC----GA--CTTA-----TT---ATT-----------------------CG----------TT---A--ATTTACG-----------------GA---CATTGAGT-TATACTC---T----A--TTA---ACGAA----C-TATTAA------TT-CCGT--T---------------------AT-TAGA--C--TC-----------------T-AC---------T--A--T-CT-C--C-----GCTTA---T----AC-G--AC---CT-----TATGTATCTCG-TAA-T----AAACGAC---TTA-C-ATtagaacgtcatacttattacttaccaaatgccgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G---ATA----TT---A---TCTACGT----A----TAGACACGA---CAT---AT-TAT---C---TCGTGA--T-----ACGGA------TATTAT------GG-TCG----TGC-G-CGA--------CT-TAT-TAT---C--TC--G---TGA-----T--TAACGAGA--A--T--AT-T-AT-C--T-----C---G---T----GC-GCCACGA-CT-----TAT-TAT-TCG-T-G-TT-ATAAtatgtgtaagtgaggcactatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatgggttgtgcgcacgacttatttatcgatcgatgatacgaA-GA---CTT---AC-TAT---C---TCGTAAGTT-----ACGGACA--T-GATTAT-------G-TCGTAATTAA-A-GA---------CT-TAC-TAT---C--TC--G---TAA-----GCTT-ACGA-T--ACTT--A--T-GT-CGGT-----A---A---T----AT-A--GAAGACT-----TAC-TATCTCG-TAA-GT-ACGGAC--A---TTA-T-AT-----------T--TCGT--A-AAA---AT--A-------GA-TCT-TA--C--TATCTCTTAACAA----AA--A-ACT--T--AG-T--A---CCTCGT---------ATGT-------------AC------GAC-TA-T-A-GG-GT--TC-G-------------TACGTAT-G---ATA--T-A-cgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aattaaT-TAT---------------T-----ACGAC----T-TAGTAT------C--TCGT--A-AT-AACGA--------CT-TAT-TG----T--TT--GATGTAC-----G--T-GCGA-G--A--T--T--T-TTTC--T-----C---G---TCATCAC-A--AC----T-----TAT-TATCTCT-TTT-TT-ACGA----C---TTA-TTATGT-CG------T--TCGT----ACG---GCTTA-------GG-A----------T-----CTCGTAA--TTAC--G-ACT--T--AG-T--A---TCTCGTAAGAACGACTTGC-TATCTCGTAATTAT------GAT-TTAT-A-AT-AT-GTC-G-------------TTCGTACCACTTACATGT-A-G-TAT-C---TTGTT-A------T------TA--------C----------------GA-CTT--CTTATA-----TG-TCC-TT--C-GT--AC----G----A--CTTA-GC-A-TCT------C----GT-----ACG-ggggaaaaatcatt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              catcgct--T-----ACGAC----T-TATCAT-------G-TCGT--TCG-----A---------CT-TAG-TAT---C--TC--G---TAA-----T--T-ACGA-T--T--T--AG-T-AT-C--TC----G---T---T----AA-A--ACGA-CT-----TAT-TATCTCG-TAA-T--ACGA-CTTA---AAA-T-ATAT-CG------T--TAGT--A--CA---AC----------TT-AGT--A--T--C-----TTG------TTA----------CA-TG-T--A--TT-------------------------------AC------GAC--T-T-A-GT-AT-CTC-G-------------TACGTACG----ACA--T-A-T-TATC----TCGTA-A------TAATTAATAT-------CTCATACGTACATGTACGA-CTT--A--GTA-----TT-T-CGTT--C-GA--AC----G----A--CTTA-GT-A-TCT------C----GT-----AC--AC--CGTGTACGACTTGAGTA-TCT-----CGTACGTACGACATAGCAAACA----TATTTTT-AACTGG--CA-GCAAT-ACGCTTCCGTtacgacttagt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tat-TATTATAACTTATG-TCGT--TTGT-A-CG---------AC-TTT-TA----C--T---------C-----G--T-ACCA-G--A-----A--T-AT-C--TC----G---ATT-T----AC-A--------C-----TAT-TATCTCG-T-A-TT--C-GACTTC---TTA-T-AT-T-CG------T--TTTT----ACG---A
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ------TG-TCGT--TCGT-G-CGA--------CT-TAT-TA----T--TTTAA---TAC-----A--T-ACGA-G--GT-T--A--T-AT-C--TC----G---ATATT----AC-A--AC---TTACATGTAC-TATCGTG-TTA-TT-ACG----CC---TTATT-CTGT-CG------T--TCGT----ACG---AC--
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaT-A-CGA--------CT-TAT-------C--TT--G---TAC-----G--T-ATGG-C--A--T--A--TCAT-C--T-----ttattatcttgtgaaatataacttattatcttgttagaacgtcatacttattacttaccaaatgccgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tat----C--TC--G---TAC-----G--T-ACGA-C--A--T--AAGT-AT-C--T-----C---G---T----AC-cg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgacttagtatAC-----T--T-ACAATC--A--T--A----AT-TA-C-----G---A---C----AC-A--A---------------TATCTCG-TTA-TT-ACTA-CTTT---TAA-T-ATAT-CGGTATATT--TCAA--A-AT----AC--ATATATATGT-AGTATA--T--C-----CT---AA--TTAC--G-ACT--T--AG-T--AACTTCT--------------GA-TA----------AC------GAC-T-------T-AC-GTC-A-------------TTCGTAC-G---ACT--T-GCC-TTTTC---TCGTA-C------T------Tgtatgacatagcaaaaagtatttttaaacgggcagcacaacgcttccctgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cgtaag---T----AC-G--AC----T-----TAT-TAT-TCGTTAATTT-ACGGACATTGAGTTA-T-AC-T-C----------TATT--A-ACG---A---A-------CT-ATT-AA--T--T-----CCG-TTA--TT-A--G-ACT--C--TACT--A---TCTC------------CGCTTAT---------AC------GAC-CT-T-ATGT-AT-CTC-G-------------TAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcgtaatt---CT-----TAC-TATCTCG-TAAGTT-ACGGACATG---AT--T-ATGT-CG------T--AATT--A-AAG---AC---------------T-TA--C--TAT---CTCGTAAGCTTAC--G-ATA--C--T--T--A--T----GT----------CGG-TA----------ATATAGAAGAC--T-T-A-CT-AT-CTC-G-------------TAAGTACGG---ACA--T-T-A-TAT-T---TCGTA-A------A------AAT-------A----------------GATCTT--A--CTA-----TC-T-C-TTAAC-AA--A-----AA---A--CTTA-GT-ACC-T------CGTATGT-----ACG-AC--TAT----------AGGGTT-------CGTACGTATGATAT-ataaacgacttacattatgtgtaagtgaggcactatatt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aattaaagaTCG-TAA-TTTACGA-CTTA---TTA-T----T-CG------T--TAAT--TTACGG--AC--A-------TTGAGT-TATAC--T-----CTATTAA--CGAA---------C--TA-TTAA--TTC-CGT---------T-AT-TA------------------GAC-TC-T-A-CT-AT-CTCCG-------------CTTATACGA---CCT--T-A-TGTATC----TCGTA-A------T------AAA-------C----------------GA-CTTACA--TTA-----TG-T-aggggaaaaatcatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TA-T-AAGT-CG------T--TCGA--A-ACG---AC--A--------C-ACT-AA--G--T-----C--ATA----CGAGCG-AGT--T--TA---------CTAAG---------TCGT-TATT--------AC------GAG-A--T-A-GT-AT-GTC-G-------------TAC-TAC-G---ACA--T-A-C-T-TCTAG-TCGTA-gtaagtgaggcactatatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttcgCGT--A-A-G---AC---------------T-TA--C--A-----ATCATAA--TTAC--G-ACA--C--AA-T--A--T-CTCGT---------TA---TT----------AC------TAC-TT-TTA-AT-AT-ATC-GGTATATTTCAAAATACATATAT---ATG--T-A-G-TATA----TCCTA-A------T------TA--------C----------------GA-CTT--A--GTA-----A----C-TT--CTGATAAC----GA------CTTACGTCA-T-T------C----GT-----ACG-AC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --G-ACT--T--AG-T--A--T-CTCGT---------ACGT-------------AC------GAC-AT-A-A-GT-AT-CTC-G-------------TACGTAT-G---ACA--T-A-ttgccttttctcgtacttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cA-T--A--TTCTCGT---------T-AA-TC----------AC------GAG-A--T-A-AT-AA-GTC-G---------------CGCACGA---CCA--T-A-A-TATC-----CGT--A------T------CA--------C----------------GA-GAT--A--ATA-----TG-T-C-gcaaaaagtatttttaaacgggcagcacaacgcttccctgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatgggttgtgcgcacgacttatttatcgatcgatgatacgagatattatctacgtatagacacTCGT---------TCGA--A----------AC------GACAC----A-CT-AA-GTC-A-------------TACGAGCGA---GTT--T-A-C-TA-AG---TCGTT-A------T------TA--------C----------------GA-GAT--A--GTA-----TG-T-C-GT--A-CT--AC----GACATA--CTT--CT-A-G-T------C----GT-----ACG-Atatctcgtgcgccacgacttattattcgtgttataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tC------GAC--T-T-A-GT-AT-CTC-G-------------TACGTAC-G---ACA--TAA-G-TAT-C---TCGTA-C------G------TAT------------------------GA-CAT--A--GCAAAAAGTA-T-T-TT--T-AA--AC----Gcttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AC-CT-T-T-GTTAT-GTC-G-------------TACGTACGggcagcacaacgcttccctgt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggcatatcatctcgttattaggaaatattatatcgttttcacaacttagtatctcgtaatgacgactcaatatacgtcgtgtcttacgacttcgctgtttgttgtagcgtacggatcattttttctcgtttatcacgacttattatttagtattacgacttattatgtcattcgtagaacttagcagttcgtaattacaatttcgttctcgtaaaacgacttattgtctcgtaaatacgaacttcttatatgtgttcgtacgacttaagtatcaacgattcgtacgacatattatctcgtaatacgatttatatcgtaacgacttaatatttctttgaacgacttcttgtatcctcgtacgtacgacttttataaattatct-T-A-AT-AT-GTC-G-------------TACGTAC-G---AGA--T-A-C-TA-AG---TCGTA-A------T------attttcaactggcagaaatacgcttccgta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tattacgacttatcatgtcgttcgacttagtatctcgtaattacgatttagtatctcgttaaaacgacttattatctcgtaatacgacttaaaatatatcgttagtacaacttagtatcttgttacatgt-A-GT-AT-GTC-G-------------TA-GTAC-G---ACA--T-A-C-TAT-C---TCGTA-A-------------TAA-------C----------------GA-CTT--A--GTA-----AACT-CGCT--C-GT--AT----G----A--CTTA-GT-G-TGT------C----GTTTCGAACG-AC-tctcgtaataattaatatctcatacgtacatgtacgacttagtatttcgttcgaacgacttagtatctcgtacaccgtgtacgacttgagtatctcgtacgtacgacatagcaaacatatttttaactggcagcaatacgcttccgta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttcgtacgactaga-GT-AA-GTG-G-------------TACGAACG----ACA--T-A-T-TATAAA--TCATA-A------T------TA--------C----------------GA-GAT--A--GCA-----AG-T-CGTT--C-TT--AC----GAGATA--CTAA-GT------------C----GT-----A------AT-TACG-------AG-ATCCTAAGC-CGTACGAACGACAT-ttatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatattttcaactggcagcaatacgcctcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                catcgctttattacgacttagtatctcgtaataacgacttattgtttgatgtacgtgcgagattttttctcgtcatcacaacttattatctcttttttacgacttattT-AT-GTC-G-------------TACGTAC-G---AGA--T-A-C-T---CAAGTCGTACA------CGG----TGTA------C----------------GA-GAT--A--CTA-----AG-T-CGTT--C-GA--AC----GAAATA--CTAA-G------T------C----GT------------ACATGTA-------CGTATatgtagtatcttgttattacgacttcttatatgtccttcgtacgacttagcatctcgtacgtacgacttagt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattacgacttatcatgtcgttcgacttagtatctcgtaattacgatttagtatctcgttaaaacgacttattatctcgtaatacgacttaaaatatatcgttagtacaacttagtatcttgttacatgtattacgacttagtatctcgtacgtacgacatattatctcgtaataattaatatctcT-AT-GTC-G-------------TACGTAC-G---AGA--T-A-C-TAgcaaacatatttttaactggcagcaatacgcttccgta
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cgact---TCGTA--------T------TA--------C----------------GA-GAT--A--ATA-----TG-T-C-GTA-C-GA--ATCGTTGAT--A--CTTA----A-G-T------C----GT-----ACGAAC-ACATATA-------AGagtatctcgtacgtatgacatagcaaaaagtatttttaaacgggcagcacaacgcttccctgt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggcatatcatctcgttattaggaaatattatatcgttttcacaacttagtatctcgtaatgacgactcaatatacgtcgtgtcttacgacttcgctgtttgttgtagcgtacggatcattttttctcgtttatcacgacttattatttagtattacgacttattatgtcattcgtagaacttagcagttcgtaattacaatttcgttctcgtaaaacgacttattgtctcgtaaatacgaactt---A--CTTA-GT-A-TCT------C----GT-----ACGTACGACAT--A-------AGTAT-CT---C--GTACGTATGACATAGC-AAAAAG--TATTTTTAAAC--GGGCA-GCA-CAACGCTTCCtttatatcgtaacgacttaatatttctttgaacgacttcttgtatcctcgtacgtacgacttttataaattatctcgtacgtacgacataacaaaggtattttcaactggcagaaatacgcttccgta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACTTATTATCTTGTTATCACGAGATATTATCTCGTGCGCACAACTTAT
Unaligned ( gi|16 ): ACAACATAGCAAAATTATTTTTCAACCGGCAGCAATACGCTTTCGTA
Unaligned ( gi|17 ): TAACAAACATATTTTCAACTGGCAGCAATACGCTTCCGTG






Alignments
lowQualScore                  :                                1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :          111      11  555      0000000        4   11                 1       4          4                       22             22222   1    1      222222     1        1                      22222222222           3333333    22222222222      111                  1111111      11111        1111   1111      333333333333333333333333    2222       222    1   555555555555             444444444444444444444          1                  1111                222222222        44444444444444444444444           111      11                    444444444444444444444444444444444444444         2222222        444     222            2     2222      1      33333333333          8888888888888888888888    22        11    11    33333333         2222222222       1   22                  333333333       1                          
lowQualScore                  :    6     888      22  222      7777777    6   0 6 22      1          5       0          0                       77       1   7 66666   3    3   6  333333     3    77  3     6   77  5        88888888888     5  5  0000000 2  00000000000 5 5  666  5   5           7777777  2   66666  2     3333   4444      444444444444444444444444    9999       444 8  6   555555555555  8 1      1 444444444444444444444  0    0  7        1      4  8888   66   99 4    777777777 5      22222222222222222222222           111  1   33   1 66     0     5 999999999999999999999999999999999999999         2222222        222     555 8    5     0     1111 33   0      99999999999    1     8888888888888888888888 2  33        66    11    55555555      8  6666666666   2   2   00             0    666666666       7   3    5     5           
lowQualScore                  :    .     ...      ..  ...      .......    .   . . ..      .          .       .          .                       ..       .   . .....   .    .   .  ......     .    ..  .     .   ..  .        ...........     .  .  ....... .  ........... . .  ...  .   .           .......  .   .....  .     ....   ....      ........................    ....       ... .  .   ............  . .      . .....................  .    .  .        .      .  ....   ..   .. .    ......... .      .......................           ...  .   ..   . ..     .     . .......................................         .......        ...     ... .    .     .     .... ..   .      ...........    .     ...................... .  ..        ..    ..    ........      .  ..........   .   .   ..             .    .........       .   .    .     .           
lowQualScore                  :    0     000      00  000      0000000    0   0 0 00      0          0       0          0                       55       0   3 00000   3    3   7  333333     3    77  3     7   99  7        11111111111     7  7  1111111 0  88888888888 0 0  999  0   0           8888888  5   77777  5     0000   2222      333333333333333333333333    6666       888 0  0   000000000000  0 0      0 555555555555555555555  7    1  2        9      4  2222   11   66 4    666666666 0      99999999999999999999999           777  7   44   0 99     7     7 666666666666666666666666666666666666666         8888888        222     888 0    0     0     8888 55   0      88888888888    0     8888888888888888888888 5  88        33    00    00000000      0  0000000000   2   6   22             8    111111111       1   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTA--ATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTC-TAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCGTTA-NT----AAC-GACAT-AT-TAC------TATC---G---T-A-T-T-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAA---TA-GACGACT-----TACGTCGT-TCGTAC----GACTTA-----TCGTT-TC--NC--G----TACG--T-CGATATTA-AT-CTACGT----AT---CACGA-CTTATTATCT----A----T-----AC----GACTTATTAT-GTCGTTCGTACGACT-TATTA-CTC--GTACNT-ACGA---CG-TA-T-ATCTCG----T-AC-A--ACGACT-----TATTATCTCGTA--ATTACGAACTTATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TATT-CTCGT-A---ATTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--ACGAC-TTA-GTATCTCGTACGTACG-ACATACTAT-CTCGTA-----AT-TA-CGACTTAGTA----------------------TNTCG-TTCGAACGAACTTA--GTATCT------CGTACG-ACGCGTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAGCAA-C--AAG--TATTTTC-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCATACGAGGTTATATCGCGT-TTACGACT---TAGTATCTCGTA-TATTACGACTTNTATCTGTTTCGTTACGAC-TTATTATCTCGTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACNTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCNTA-CGACT-TAT--TA-TCTCGTTA-AT----AAC-GACAT-AT-TAC------TATC---G---T-A-T-T-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAA---TA-GACGACT-----TATGTCGT-TCGTAC----GACTTA-----TCGTT-TC--NC--G----TACG--T-CGATATTA-AT-CT-CGT----AT---CA-GA-CNTATTATCT----A----T-----AC----GACTTATTATTGTCGTTCGTACGACT-TATTA-CTC--GTACGT-ACGA---CA-TA-T-ATCTCG----T-AC-A--AC--CT-----TATTATCTCGTA--ATTACGAACTTNTTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TACT-CTCGT-A---ATTACGACTTNGTAT-TCTCGTTCGNTAACGACTTTA-GTATGTCGTACGTACGGACATACTAT-CTCGTA-----AT-TA-CGACNTAGTA----------------------TGTC--TTCGAACGAACTTA--GTAT-T------CGTACG-ACACATA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAGCAA-C--AAG--TATTTTT-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTA--ATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTC-TAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCGTTA-AT----AAC-GACAT-AT-CAC------TATC---G---T-A-T-T-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAA---TA-GACGACT-----TATGTCGT-TC-TAC----GACTTA-----TCGTT-TC--CC-------TACG--T-CGATATTA-AT-CTACGT----ATC--CA-GA-CATATTATCT----A----T-----AC----GAATTATTATTGTCGTTTGTACG-CC-TATTA-CTT--GTACGT-ACGA---CA-TA-T-ATCTGA----T-AC-A--AC--CT-----TATTATCTCGTA--ATTACAAACTTCTTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTAGT--TACT-CTGAT-A---ATTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAACGACCTTA-GTATGTCGTACGTACGGACATACTATCCTCGTA-----AT-TATCGACTTAGTA----------------------TGTC--TTCGAACGAACTTA--GTAT-T------CGTACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-GCAA-C-------TATTTTCAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                          tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCGTTA-TT----A---GAC-T--C-TAC------TATCTCCG---C---T-T-ATACGACCTTATGTATCTCGTAA---TA-AACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAT-T----A----T-----A------ACTTAT----GTCGTTTGTACGACT-T-TTA-CTC--GTAC-C-A-GA-------A-T-ATCTCGATT-T-AC-A-------C-----TATTATCTCGT---ATT-CG-ACTTCTTATAT-TCGTTTT-T---ACG---Aagtgaggcactatatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTTA--GTATCT------CGTACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAGCAA-A--AAG--TATTTTTAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                               cgT--TA-TCTCGTTA--T----CAC-GACAT-AT-TAC------T-TC---GT--T-A-T-T-AC--GAC-TTA-ctgt
gi|15                         :                                                                                                                                                             gtaccttcgagattACT-TAT--TA-TCTTGTT--AT----CAC-GAGAT-AT-TA-------TCTC---G---T-G-CGC-ACA--AC-TTA-ct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACAACATAGCAA----AAT--TATTTTTCAACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA-C--AAACATATTTTC-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTACGACT-TAT---CTT--GTACGT-ATGG---CA-TA-TCATCTCG----g
gi|2                          :                                                                                                                                                                           tat-TAT--CA-TCTCGTTA-TT----AG--GAAAT-AT-TA-------TATC---G---T-T-T-TCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAA---T--GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTAC----GACTTCGCTGTTTGTTGTA--GC--G----TACGGAT-CATTTTT---T-CT-CGTTT--AT---CACGA-CTTATTATTT----AGTATT-----AC----GACTTATTAT-GTCATTCGTAGAACT-TAGCAGTTC--GTAATT-ACAATTTCG-T-----TCTCG----T-AA-A--ACGACT-----TATTGTCTCGTA--AATACGAACTTCTTATATGT-GTTCG-T---ACG---ACTTAA-GTA-T--CA----------------ACGA--------------TTCGT--ACGAC-ATA-TTATCTCGTA-ATACG---AT-TTAT-ATCGTA---------A-CGACTTAATA----------------------TTTC--TTTGAACG-ACTTCTTGTAT-CCTCGTACGTACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAACAA----AGG--TATTTTC-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggca----T-----AC----GACTTATCAT-GTCGTTCG----ACT-TAGTATCTC--GTAATT-ACGA---TT-TAGT-ATCTCG----TTAA-A--ACGACT-----TATTATCTCGTA--AT-ACGA-CTTAAAATATATCGTTAG-TA---CA---ACTT-A-GTA-TCTTGTTACATGT-A----TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--ACGACAT-A-TTATCTCGTA-ATA---AT-TAATAT-CTCATACGTACATGTA-CGACTTAGTA----------------------TTTCG-TTCGAACGA-CTTA--GTATCT------CGTACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAGCAAAC--A----TATTTTT-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatGTTGT-GCGCAC----GACTTA-----T--TTATCGATC--GATGATACG----AGATATT--AT-CTACGT----ATAGACACGA-CATATTATCTCGTGA----T-----ACG---GA--TATTATGGTCGTGCG--CGACT-TATTATCTC--GTGATTAACGAG--AA-TATT-ATCTCG----T-GC-GCCACGACT-----TATTAT-TCGTGTTATAACGAAGATATT-TTTGTGGTTCGCTACCACGA--AC---C-ATA-T--TATT-TTCGT-GAATATTACGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                          agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTT-A-T-T-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAA---TA--------------------------AC----GACTTA-----TTGTT-TG--AT--G----TACG--TGCGAGATTT-TTTCT-CGTC---AT---CACAA-CTTATTATCT----C----TTTTTTAC----GACTTATTAT-GTCGTTCGTACGGCT-TAGGATCTC--GTAATT-ACGA---CT-TAGT-ATCTCG----T-AAGA--ACGACT-----TGCTATCTCGTA--ATTATGA-TTTATAATATGTCGTTCG-TA--CCACTTAC---ATGTA-G--TA-T-CTTGT-T---ATTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--ACGAC-TTA-GCATCTCGTACGTACGgatattttaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                         cGACT-TAC--TA-TCTCGTAA-GT----TACGGACATGAT-TA-------TGTC---G---TAA-T-T-AAA-GAC-TTA-CTATCTCGTAAGCTTACGAT-ACT-----TATGTCGG-TAATATAGAAGACTTA-----CTATC-TC--GTAAG----TACG-----GACATTATAT-TT-CGTAAAAAT----A-GATCTTACTATCT----C----TTA---ACAAAAAACTTAGTACC-TCGTATGTACGACTATAGGG-TTC--GTACGT-ATGA---TA-TA-acttagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aattaaaTTCGT--ACGACTAGAAGTATGTCGTA-GTACG-ACATACTAT-CTCGTA-----AT-AA-CGACTTAGTAAACTCGCTCGTATGACTTAGTGTGTCGTTTCGAACG-ACTTA---TAN-N------NNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGA-CAAAAA--TATTTTC-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCggggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGTCGTTCGTGCGACT-TATTA-TTTTAATACAT-ACGA---GGTTA-T-ATCTCGATATT-AC-A--AC--TTACATGTACTATCGTGTT--ATTACG-CCTTAT--TCTGTCGTTCG-T---ACG---AC-----TTA-T--TA-T-CTTGTGA---AATATAACTTATTA--TCTTGTTAG--AACGa
gi|9                          :                                                                                                                 gtaTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAA-TACAT-ATATATGTAGTATATC---C---T-AAT-T-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGA---TA--ACGACT-----TACGTCAT-TCGTAC----GACTTG-----CCTTT-TC--TC--G----TACtcatacttattacttaccaaatgccgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): ACTCTTTATTGCATAATGTGAGATAAACTTTTCATCTCGTTCGTAAAATTACAACTTAGTATCTTTTACATGTATTCTCTTGTAATAACGACTCACTATCTAGTACTTACAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  222222222222    2222       2222222    11  111          111111  44444444444444444444444444444                                       2               55555555555        11111111111                                                         555555555555555555555555555555555555555555      22222222222           11111111111                   11   1                222222222222                  1  11      1             11111   11111   1  2222222222       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8  8 333333   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  111111111111    6666       6666666  6 55  111      2   666666  77777777777777777777777777777   5 2      4  4    9999   6           5     4 44  4   00000000000 4      66666666666   8888   777           999 5 0   8888       5   0     5 000000000000000000000000000000000000000000      88888888888        66 77777777777  5   66 5         33   0   8  4   5     555555555555 6   6    1 6  1  5  11    3 0     99    2 66666   66666   3  1111111111   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .  . ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    ....       .......  . ..  ...      .   ......  .............................   . .      .  .    ....   .           .     . ..  .   ........... .      ...........   ....   ...           ... . .   ....       .   .     . ..........................................      ...........        .. ...........  .   .. .         ..   .   .  .   .     ............ .   .    . .  .  .  ..    . .     ..    . .....   .....   .  ..........   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0  8 666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  777777777777    0000       8888888  7 88  777      1   444444  88888888888888888888888888888   0 5      4  4    4444   4           0     4 99  4   00000000000 4      22222222222   5555   000           111 0 4   5555       0   7     7 000000000000000000000000000000000000000000      66666666666        99 00000000000  0   99 6         22   0   4  0   7     777777777777 7   7    0 7  0  0  00    2 6     22    5 77777   77777   3  5555555555   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACG--T-CGATATTA--TCT-CG-T--AT---CACGACNTAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-ANTTATTA-TG-TCGT----TCGTACGACTTATTATCTCGT-AANTA-CGA---CG--T-A-T-ATCTCG---T-AN-A--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---A--C---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-GACATANTAT-CTCGT--A-----AT-TA-CGA-CTTAGT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TANT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCN--CG----TACG--T-CGATATTA-ATCTACG-T--AT---CACGACTTAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-ACTTATTA-TG-TCGT----TCGTACGACTTATTA-CTCGT-ACNTA-CGA---CG--T-A-T-ATCTCG---T-AC-A--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---A--C---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-GACATACTAT-CTCGT--A-----AT-TA-CGA-CTTAGT-ATNTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGCGTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TCC--C-----TACG--T-CGATATTA-ATCTACG-T--AT---CCAGACATAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-AATTATTATTG-TCGT----TTGTACG-CCTATTA-CTTGT-ACGTA-CGA---CA--T-A-T-ATCTGA---T-AC-A--AC------CT---TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGTTCG-TA--ACG---A--C---A-GTAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGGACATACTATCCTCGT--A-----AT-TATCGA-CTTAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTAC------ATGTATTCT-CTTGT--A-----AT-AA-CGA-CTCACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actctttattgcataatgtgagataaTTA-TG-TCGT----TTGTACGACTT-TTA-CTCGT-ACC-A--GA---------A-T-ATCTCGATTT-AC-A-----------C---TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGTTTT-T---ACG---A--acttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cgGT-ACCTT-CGA----GATT-T-T-ATCTCG---TTAT-C--ACG----ACA---TATTACTTCGTT--A-TTACG-AC-TTACTctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TA-T---CACGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtaccttcgagattACTTAT------TA-------TCTTGTT----A----TC----ACG-AGATATTA-TC-TCGT----GCGCACAACTTATct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-GGCATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACGGAT-CATTTTT---TCT-CG-TTTAT---CACGACTTAT------TA-------TT----T----AGTATT-----ACG-ACTTATTA-TG-TCAT----TCGTAGAACTTAGCAGTTCGT-AATTA-CAATTTCG--T------TCTCG---T-AA-A--ACG----ACT---TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GTTCG-T---ACG---A--CTTAA-GTA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-GAT---TTAT-ATCGT--A---------A-CGA-CTTAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggca----T-----ACG-ACTTATCA-TG-TCGT----TCG----ACTTAGTATCTCGT-AATTA-CGA---TT--T-AGT-ATCTCG---TTAA-A--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGTTAG-TA---CA---A--CTT-A-GTA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-AAT-TAATAT-CTCAT--ACGTACATGTA-CGA-CTTAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tat-TCG--CG----CACG--A-CCATAATA--TC--CG-T--AT---CACGAGATAA------TATGTCGTGTC----T----A----T-----ACGTAGATAATA-TC-TCGTATCATCGATCGATAAATAA-GTCGT-GCGCA-CAACC-CA--TGA-T-ATCTCT---T-AT-C--ACA----GCTGTGCATTATCT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                               agatcatcacttgagtcGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG----AGATATTA--TCTACG-T--ATAGACACGACATAT------TA-------TC----TCGTGA----T-----ACG-GAT-ATTA-TGGTCGT----GCG--CGACTTATTATCTCGT-GATTAACGA----GAAT-A-TTATCTCG---T-GC-GCCACG----ACT---TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATTTT-TGTGGTTCGCTACCACG---AACC---A--TA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTcttattatctcgtgattaacgagaatattatctcgtgcgccacgacttattattcgtgttataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACG--TGCGAGATTT-TTTCTCG-TC-AT---CACAACTTAT------TA-------TC----T----C----TTTTTTACG-ACTTATTA-TG-TCGT----TCGTACGGCTTAGGATCTCGT-AATTA-CGA---CT--T-AGT-ATCTCG---T-AAGA--ACG----ACT---TGCTATCTCGTA--A-TTATGA-T-TTATAATATGTCGTTCG-TA--CCACTTA--C---ATGTA-G--TAT--CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-GACTTAaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        c-A--AAG----ACT---TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGTAAT-TA--AAG---A--C-----TTA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTACGGACATTATAT-TTCGTAAA-----AA-TA--GATCTTACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------gt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-GACATACTAT-CTCGT--A-----AT-AA-CGA-CTTAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACA--TACGAGGTTATATCT-CGAT--AT---TACAACTTACATGTACTA-------TCGTGTT----A----TT----ACG-CCTTATTC-TG-TCGT----TCGTACGACTTATTATCTTGTGAAATA-TAA---CT--T-ATT-ATCTTGT--T-AG-A--ACGTCATACT---TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  222222222222    2222          22222    11  111          4444444444444444444444444444444444444                                                      4444444444444        11111111111111111                                                  111111111  44444444444444444444444444444      22222222222           11111111111                   11                      2222222222                  1          1             11111   11111   1       11111       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8    888888   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  222222222222    6666 2     6  00000  6 55  111      1   4444444444444444444444444444444444444   5 1      5  5    5   66        777  7     77 1  2  2222222222222 4      33333333333333333   777           888 5 1   7  5  1    1   0     5 888888888  77777777777777777777777777777      88888888888        66 77777777777  5   66 5         22   4 4  6  1   5      8888888888 5   5    3 5  0  1  99    1 5     77    2 66666   66666   3  888  66666   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .    ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    .... .     .  .....  . ..  ...      .   .....................................   . .      .  .    .   ..        ...  .     .. .  .  ............. .      .................   ...           ... . .   .  .  .    .   .     . .........  .............................      ...........        .. ...........  .   .. .         ..   . .  .  .   .      .......... .   .    . .  .  .  ..    . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0    666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  444444444444    0000 5     7  88888  7 88  777      0   0000000000000000000000000000000000000   7 0      0  0    0   44        888  4     11 0  9  2222222222222 4      44444444444444444   000           000 7 7   1  7  3    7   7     7 111111111  00000000000000000000000000000      66666666666        99 00000000000  0   99 6         33   4 4  4  0   0      0000000000 7   7    0 7  4  4  22    0 5     99    5 77777   77777   3  000  77777   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACG--T-CGATATT-AT--CT-CG-T--AT---CACGACNTAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-ACTTATTA-TG-TCGT-TCGTACGACTTAT---TATCTCGT-AATTACGA---CG----T-A-T-ATCTCG---T-ANA--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-ACATANTAT-CTCGTA-----AT--NA-CGA-CTTANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACG--T-CGATATT-AT--CT-CG-T--AT---CACGACNTAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-ANTTATTA-TG-TCGT-TCGTACGACTTAT---TATCTCGT-AANTACGA---CG----T-A-T-ATCTCG---T-ANA--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-ACATANTAT-CTCGTA-----AT--TA-CGA-CTTAGT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACG--T-CGATATTAAT--CTACG-T--AT---CCAGACATAT------TA-------TC----T----A----T-----ACG-AATTATTATTG-TCGT-TTGTACG-CCTAT---TA-CTTGT-ACGTACGA---CA----T-A-T-ATCTGA---T-ACA--AC------CT---TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-ACATACTATCCTCGTA-----AT--TATCGA-CTTAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTAC-------ATGTATTCT-CTTGTA-----AT--AA-CGA-CTCACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actctttattgcataatgtgagataaTTA-TG-TCGT-TTGTACGACTT-T---TA-CTCGT--ACCA-GA-----------A-T-ATCTCGATTT-ACA-----------C---TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGTTTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cgGTACCTTC-G-AGATTTTAT-CTCGTT-----AT--CA-CGA-CATATT-ACTTCGTT--ATTACG-ACTTA--ctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TATC---A-CGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtaccttcgagattACTTAT---TATCTTGT-TATCACGA---GA----T-A-TTATCTCG---T-GCGC-ACA----ACT---TATct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-GCATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACGGAT-C-ATTTT-TT--CT-CG-TTTAT---CACGACTTAT------TA-------TT----T----AGTATT-----ACG-ACTTATTA-TG-TCAT-TCGTAGAACTTAG---CAGTTCGT-AATTACAATTTCG----T------TCTCG---T-AAA--ACG----ACT---TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GTTCG-T---ACG---ACTTAA-GTA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-AT---TTAT-ATCGTA----------A-CGA-CTTAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggca----T-----ACG-ACTTATCA-TG-TCGT-TCG----ACTTAG---TATCTCGT-AATTACGA---TT----T-AGT-ATCTCG---TTAAA--ACG----ACT---TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGTTAG-TA---CA---ACTT-A-GTA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-AT-TAATAT-CTCATACGTACATG-TA-CGA-CTTAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tat-TCG--CG----CACG--A-CCATAAT-AT--C--CG-T--AT---CACGAGATAA------TATGTCGTGTC----T----A----T-----ACGTAGATAATA-TC-TCGTATCAT-CGATCGATAAATAAGTCGT-GCGCACAACC-CA----TGA-T-ATCTCT---T-ATC--ACA----GCTGTGCATTATCT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                               agatcatcacttgagtcGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG----AGATATT-AT--CTACG-T--ATAGACACGACATAT------TA-------TC----TCGTGA----T-----ACG-GAT-ATTA-TGGTCGT-GCG--CGACTTAT---TATCTCGT-GATTA--A---CGAGAAT-ATT-ATCTCG---T-GCGCCACG----ACT---TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATT-TTTGTGGTTCGCTACCACGA--AC---C-ATA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTcttattatctcgtgattaacgagaatattatctcgtgcgccacgacttattattcgtgttataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACG--TGCGAGATT-TTTTCT-CG-TC-AT---CACAACTTAT------TA-------TC----T----C----TTTTTTACG-ACTTATTA-TG-TCGT-TCGTACGGCTTAG---GATCTCGT-AATTACGA---CT----T-AGT-ATCTCG---TAAGA--ACG----ACT---TGCTATCTCGTA--A-TTATG-AT-TTATAATATGTCGTTCG-TA--CCACTTAC---ATGTA-G--TA-T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-ACTTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cA--AAG----ACT---TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGTAAT-TA--AAG---AC-----TTA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGACATTATAT-TTCGTA-----AAAATA--GATCTTACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-ACATACTAT-CTCGTA-----AT--AA-CGA-CTTAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACA--TACGAGGTT-ATATCT-CGAT--AT---TACAACTTACATGTACTA-------TCGTGTT----A----TT----ACG-CCTTATTC-TG-TCGT-TCGTACGACTTAT---TATCTTGTGAAATATAA---CT----T-ATT-ATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACT---TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  333333333333    2222       22222  1    11  111          222222    44444444444444444444                                   11     1        444444444444       11111   111111111                         1111                    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           11111111111                                            111111                                                   11111   11111   1       11111       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8    888888   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  444444444444    7777   0   22222  6  8 99  444      1   333333    22222222222222222222    0 1    5  5     5  5        3  11     0  0   0 000000000000       66666 1 111111111   4            9999 2   0000    0  0      5  77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        66 55555555555  4   66 44        7    4 3 9999  1   4     333333  77 4 4  4  777  1 4     8  66  0 0 9     66    2 66666   66666   3  888  66666   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .    ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    ....   .   .....  .  . ..  ...      .   ......    ....................    . .    .  .     .  .        .  ..     .  .   . ............       ..... . .........   .            .... .   ....    .  .      .  .. ..........................................................        .. ...........  .   .. ..        .    . . ....  .   .     ......  .. . .  .  ...  . .     .  ..  . . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0    666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  333333333333    8888   6   44444  0  0 00  000      0   000000    55555555555555555555    7 7    0  0     0  1        2  22     0  2   2 555555555555       66666 0 333333333   4            0000 2   5555    8  4      0  55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        11 88888888888  4   11 77        5    0 6 3333  0   0     333333  00 4 4  4  888  0 4     4  99  5 2 4     99    5 77777   77777   3  000  77777   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACG--T-CGATATT-AT-TCTACG-T--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----ACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TAT-T-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-A--CATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACG--T-CGATATT-AT--CT-CG-T--AT---CACGACNTAT------TATC----T----A----T-----ACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGACTTATTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TAT-T-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-A--CATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACG--T-CGATATTAAT--CTACG-T--AT---CCAGACATAT------TATC----T----A----T-----ACGAATTATTATTG-TCGTT-TGTACG-CCTATTA--CTTGT-ACGTACGA---CA----TA-TATCTGA---T-ACA--AC------CT-TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-GTAGT--TAC-T-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-A--CATACTATCCTCGTA-----ATT-ATC-GA-CT---TAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTACATG---------TATTCT-CTTGTA-----ATA-A-C-GA-CT---CACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                actctttattgcataatgtgagataaTTA-TG-TCGTT-TGTACGACTT-TTA--CTCG-----TACCA----G----AA-TATCTCGATTT-ACA-----------C-TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGT-TTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cgGTACCTTC-G-A--GATTTTAT-CTCGTT-----ATC-A-C-GA-CA---TATT-ACTTCGTT--ATTACG-ACTTA--ctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TATC---A-CGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtaccttcgagatt-A--CTTATTAT-CTTGTT-----ATC-A-C-GA-GA---TATT-ATCTCGTG--CGCAC-AACTTA--ct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-G--CATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACGGAT-C-ATTTT-TT--CT-CG-TTTAT---CACGACTTAT------TATT----T----AGTATT-----ACGACTTATTA-TG-TCATT-CGTAGAACTTAGCAG-TTCGT-AATTACAATTTCG----T----TCTCG---T-AAA--ACG----ACT-TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GT-TCG-T---ACG---ACTTAA-GTA-T--CA------------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-A--T---TTAT-ATCGTA---------A-C-GA-CT---TAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggca----T-----ACGACTTATCA-TG-TCGTT-CG----ACTTAGTAT-CTCGT-AATTACGA---TT----TAGTATCTCG---TTAAA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGT-TAG-TA---CA---ACTT-A-GTA-TCTTGT-TACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-A--T-TAATAT-CTCATACGTACATGTA-C-GA-CT---TAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tat----A----C-----ACGAATAATAA--G-TCGTGGCGCACGAGATAATATTCTCGTTAATCACGA---GA----TAATAAGTCG---C-GCA---CG----ACCATAATATC-CGTA----TCACGAG----ATAATATGTCGTGTC--TAT-ACG----T---A-G-A-T--AATAT-CTCGT----A--TCA--------------TCGATCG---A------T----AA-ATA--AG----TCGTGCGCAC-A-ACCCATGATAT-CTCTT------ATC-A-C-AG-CTGTGCATT-ATCTGACT--CAAGTGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          agatcaGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG----AGATATT-AT--CTACG-T--ATAGACACGACATAT------TATC----TCGTGA----T-----ACGGAT-ATTA-TGGTCGTG-CG--CGACTTATTAT-CTCGT-GATTA--A---CGAGAATATTATCTCG---T-GCGCCACG----ACT-TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATT-TTTGTGGT-TCGCTACCACGA--AC---C-ATA-T--TAT-T-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTtataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACG--TGCGAGATT-TTTTCT-CG-TC-AT---CACAACTTAT------TATC----T----C----TTTTTTACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGGCTTAGGAT-CTCGT-AATTACGA---CT----TAGTATCTCG---TAAGA--ACG----ACT-TGCTATCTCGTA--A-TTATG-AT-TTATAATATGTCGT-TCG-TA--CCACTTAC---ATGTA-G--TA--T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-A--CTTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cA--AAG----ACT-TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGT-AAT-TA--AAG---AC-----TTA-C--TAT---CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGA--CATTATAT-TTCGTA-----AAA-A-TAGATCT---TACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-A--CATACTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CT---TAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACA--TACGAGGTT-ATATCT-CGAT--AT---TACAACTTACATGTACTATCGTGTT----A----TT----ACGCCTTATTC-TG-TCGTT-CGTACGACTTATTAT-CTTGTGAAATATAA---CT----TATTATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACT-TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  333333333333    22          11111    11  111          222222    44444444444444444444                                   11     1        444444444444       11111   111111111                         1111                    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           11111111111                             111            111111                                                   11111   11111   1       11111       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8    888888   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  444444444444    66   88   1 33333  8 99  444      1   333333    22222222222222222222    0 1    5  5     5  5        1  11     0  0   0 000000000000       66666 1 111111111   4            9999 2   0000    0  0      5  77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        66 55555555555  4   66 3         7    4 3  111  1   4     333333  77 4 4  4  777  1 4     8  66  0 0 9     66    2 66666   66666   3  888  66666   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .    ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    ..   ..   . .....  . ..  ...      .   ......    ....................    . .    .  .     .  .        .  ..     .  .   . ............       ..... . .........   .            .... .   ....    .  .      .  .. ..........................................................        .. ...........  .   .. .         .    . .  ...  .   .     ......  .. . .  .  ...  . .     .  ..  . . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0    666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  333333333333    66   66   4 44444  0 00  000      4   000000    55555555555555555555    7 7    0  0     0  1        0  22     0  2   2 555555555555       66666 0 333333333   4            0000 2   5555    8  4      0  55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        11 88888888888  4   11 9         5    0 6  888  0   0     333333  00 4 4  4  888  0 4     4  99  5 2 4     99    5 77777   77777   3  000  77777   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCG-T--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----ACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTACG-T--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----ACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACGT-CGAT-ATTAA-TCTACG-T--AT---CCAGACATAT------TATC----T----A----T-----ACGAATTATTATTG-TCGTT-TGTACG-CCTATTA--CTTGT-ACGTACGA---CA----TA-TATCTGA---T-ACA--AC------CT-TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-AC--ATACTATCCTCGTA-----ATT-ATC-GA-CT---TAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTACATG---------TATTCT-CTTGTA-----ATA-A-C-GA-CT---CACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actctttattgcataatgtgagataaTTA-TG-TCGTT-TGTACGACTT-TTA--CTCG-----TACCA----G----AA-TATCTCGATTT-ACA-----------C-TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGT-TTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cgGTACCTTC-G-AG--ATTTTAT-CTCGTT-----ATC-A-C-GA-CA---TATT-ACTTCGTT--ATTACG-ACTTA--ctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TATC---A-CGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtaccttcgagatt-AC--TTATTAT-CTTGTT-----ATC-A-C-GA-GA---TATT-ATCTCGTG--CGCAC-AACTTA--ct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-GC--ATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACG---GATCATTTT-TTCTCG-TTTAT---CACGACTTAT------TATT----T----AGTATT-----ACGACTTATTA-TG-TCATT-CGTAGAACTTAGCAG-TTCGT-AATTACAATTTCG----T----TCTCG---T-AAA--ACG----ACT-TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GT-TCG-T---ACG---ACTTAA-G-TA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-AT-----TTAT-ATCGTA---------A-C-GA-CT---TAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ggca----T-----ACGACTTATCA-TG-TCGTT-CG----ACTTAGTAT-CTCGT-AATTACGA---TT----TAGTATCTCG---TTAAA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGT-TAG-TA---CA---ACTT-A-G-TA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-AT---TAATAT-CTCATACGTACATGTA-C-GA-CT---TAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tat----A----C-----ACGAATAATAA--G-TCGTGGCGCACGAGATAATATTCTCGTTAATCACGA---GA----TAATAAGTCG---C-GCA---CG----ACCATAATATC-CGTA----TCACGAG----ATAATATGTCGTGTC--TAT-ACG----T---A-GATA-A--TAT--CTCGTA------TCA--------------TCGATCG---A------T----AA-ATA--AGT----CGTGCGCAC-A-ACCCATGATAT-CTCTT------ATC-A-C-AG-CTGTGCATT-ATCTGACT--CAAGTGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          agatcaGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG--AGAT-ATTAT--CTACG-T--ATAGACACGACATAT------TATC----TCGTGA----T-----ACGGAT-ATTA-TGGTCGTG-CG--CGACTTATTAT-CTCGT-GATTA--A---CGAGAATATTATCTCG---T-GCGCCACG----ACT-TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATT-TTTGTGGT-TCGCTACCACGA--AC---C-A-TA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTtataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACGTGCGAG-ATTTT-TTCTCG-TC-AT---CACAACTTAT------TATC----T----C----TTTTTTACGACTTATTA-TG-TCGTT-CGTACGGCTTAGGAT-CTCGT-AATTACGA---CT----TAGTATCTCG---TAAGA--ACG----ACT-TGCTATCTCGTA--A-TTATG-AT-TTATAATATGTCGT-TCG-TA--CCACTTAC---ATG-TA-G--TA-T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-AC--TTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cA--AAG----ACT-TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGT-AAT-TA--AAG---AC-----T-TA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGAC--ATTATAT-TTCGTA-----AAA-A-TAGATCT---TACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-AC--ATACTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CT---TAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACATACGAG-GTTATATCT-CGAT--AT---TACAACTTACATGTACTATCGTGTT----A----TT----ACGCCTTATTC-TG-TCGTT-CGTACGACTTATTAT-CTTGTGAAATATAA---CT----TATTATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACT-TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  333333333333    22        111       11  111          222222    44444444444444444444                                    11     1        444444444444       11111   111111111                         1111                    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           11111111111                             111            111111                                                   11111   11111   1       11111       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8    888888   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  444444444444    66   88   555   1   99  444      1   333333    22222222222222222222  5  4      777      5  5        1  11     0  0   0 000000000000       66666 1 111111111   4            9999 2   0000    0  0      5  77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        66 55555555555  4   66 3         99   4 3  111  1   4     333333  77 4 4  4  777  1 4     8  66  0 0 9     66    2 66666   66666   3  888  66666   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .    ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    ..   ..   ...   .   ..  ...      .   ......    ....................  .  .      ...      .  .        .  ..     .  .   . ............       ..... . .........   .            .... .   ....    .  .      .  .. ..........................................................        .. ...........  .   .. .         ..   . .  ...  .   .     ......  .. . .  .  ...  . .     .  ..  . . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0    666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  333333333333    66   66   444   0   00  000      4   000000    55555555555555555555  7  3      111      0  1        0  22     0  2   2 555555555555       66666 0 333333333   4            0000 2   5555    8  4      0  55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        11 88888888888  4   11 9         11   0 6  000  0   0     333333  00 4 4  4  888  0 4     4  99  5 2 4     99    5 77777   77777   3  000  77777   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----AC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----AC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACGT-CGAT-ATTAA-TCTACGT--AT---CCAGACATAT------TATC----T----A----T-----AC-GAATTATTATT-GTCGTT-TGTACG-CCTATTA--CTTGT-ACGTACGA---CA----TA-TATCTGA---T-ACA--AC------CT-TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-AC--ATACTATCCTCGTA-----ATT-ATC-GA-CT---TAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTAC-------AT--GTATTCT-CTTGTA-----ATA-A-C-GA-CT---CACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actctttattgcataatgtgagataaTTA-T-GTCGTT-TGTACGACTT-TTA--CTCG-----TACCA----G----AA-TATCTCGATTT-ACA-----------C-TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGT-TTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cgGTACCTTC-G-AG--ATTTTAT-CTCGTT-----ATC-A-C-GA-CA---TATT-ACTTCGTT--ATTACG-ACTTA--ctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TATC---A-CGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtaccttcgagatt-AC--TTATTAT-CTTGTT-----ATC-A-C-GA-GA---TATT-ATCTCGTG--CGCAC-AACTTA--ct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-GC--ATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACG---GATCATTTT-TTCTCGTTTAT---CACGACTTAT------TATT----T----AGTATT-----AC-GACTTATTA-T-GTCATT-CGTAGAACTTAGCAG-TTCGT-AATTACAATTTCG----T----TCTCG---T-AAA--ACG----ACT-TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GT-TCG-T---ACG---ACTTAA-G-TA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-AT-----TTAT-ATCGTA---------A-C-GA-CT---TAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggca----T-----AC-GACTTATCA-T-GTCGTT-CG----ACTTAGTAT-CTCGT-AATTACGA---TT----TAGTATCTCG---TTAAA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGT-TAG-TA---CA---ACTT-A-G-TA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-AT---TAATAT-CTCATACGTACATGTA-C-GA-CT---TAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tat----A----C-----AC-GAATAATAA---GTCGTGGCGCACGAGATAATATTCTCGTTAATCACGA---GA----TAATAAGTCG---C-GCA---CG----ACCATAATATC-CGTA----TCACGAG----ATAATATGTCGTGTC--TAT-ACG----T---A-GATA-A--TAT--CTCGTA------TCA--------------TCGATCG---A------T----AA-ATA--AGT----CGTGCGCAC-A-ACCCATGATAT-CTCTT------ATC-A-C-AG-CTGTGCATT-ATCTGACT--CAAGTGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          agatcaGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG--AGAT-ATTA--TCTACGT--ATAGACACGACATAT------TATC----TCGTGA----T-----ACGGA--TATTA-TGGTCGTG-CG--CGACTTATTAT-CTCGT-GATTA--A---CGAGAATATTATCTCG---T-GCGCCACG----ACT-TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATT-TTTGTGGT-TCGCTACCACGA--AC---C-A-TA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTtataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACGTGCGAG-ATTTT-TTCTCGTC-AT---CACAACTTAT------TATC----T----C----TTTTTTAC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGGCTTAGGAT-CTCGT-AATTACGA---CT----TAGTATCTCG---TAAGA--ACG----ACT-TGCTATCTCGTA--A-TTATG-AT-TTATAATATGTCGT-TCG-TA--CCACTTAC---ATG-TA-G--TA-T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-AC--TTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cA--AAG----ACT-TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGT-AAT-TA--AAG---AC-----T-TA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGAC--ATTATAT-TTCGTA-----AAA-A-TAGATCT---TACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-AC--ATACTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CT---TAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACATACGAG-GTTATATCTCGAT--AT---TACAACTTACATGTACTATCGTGTT----A----TT----AC-GCCTTATTC-T-GTCGTT-CGTACGACTTATTAT-CTTGTGAAATATAA---CT----TATTATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACT-TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222   1    1      222222     1        1     1   11               222222          2222222    2222222222     22                    11      11111                     11111111  333333333333    22        111       11  111          222222    44444444444444444444                                    11     1        444444444444       11111   111111111                         1111                    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           11111111111                             111            111111                                                   11111   11111   1       11111       222222               4444444444444444444444444444      111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666   3    3   6  333333     3        3     0   11  8     8 8    888888   0 0 8  6666666    7777777777  6  22   6   6            44      66666        7777         77777777  444444444444    66   88   555   1   99  444      1   333333    22222222222222222222  5  4      777      5  5        1  11     0  0   0 000000000000       66666 1 111111111   4            9999 2   0000    0  0      5  77 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        66 55555555555  4   66 3         99   4 3  111  1   4     333333  77 4 4  4  777  1 4     8  66  0 0 9     66    2 66666   66666   3  888  66666   55  111111               9999999999999999999999999999      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....   .    .   .  ......     .        .     .   ..  .     . .    ......   . . .  .......    ..........  .  ..   .   .            ..      .....        ....         ........  ............    ..   ..   ...   .   ..  ...      .   ......    ....................  .  .      ...      .  .        .  ..     .  .   . ............       ..... . .........   .            .... .   ....    .  .      .  .. ..........................................................        .. ...........  .   .. .         ..   . .  ...  .   .     ......  .. . .  .  ...  . .     .  ..  . . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....   ..  ......               ............................      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000   3    3   7  333333     3        3     0   00  0     0 0    666666   8 8 0  2222222    8888888888  7  22   7   7            00      77777        1111         55555555  333333333333    66   66   444   0   00  000      4   000000    55555555555555555555  7  3      111      0  1        0  22     0  2   2 555555555555       66666 0 333333333   4            0000 2   5555    8  4      0  55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111        11 88888888888  4   11 9         11   0 6  000  0   0     333333  00 4 4  4  888  0 4     4  99  5 2 4     99    5 77777   77777   3  000  77777   00  222222               6666666666666666666666666666      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----AC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----AC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTCTTA-CGACTATAT--TA-TCTCG-T-TAAT---AACGACATAT-CAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-CTA-GTATCCCGTAATAGACGACT-----TATGTCGT-TC-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACGT-CGAT-ATTAA-TCTACGT--AT---CCAGACATAT------TATC----T----A----T-----AC-GAATTATTATT-GTCGTT-TGTACG-CCTATTA--CTTGT-ACGTACGA---CA----TA-TATCTGA---T-ACA--AC------CT-TATTATCTCGTA--A-TTACAAAC-TTCTTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-AC--ATACTATCCTCGTA-----ATT-ATC-GA-CT---TAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAGTATTCTC-CGTACGTCCGACAT-G------------------CAA-C-----TATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTATT---CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT---A--GAC-T-C-TAC------TATCTCCG---C--TT-ATACGACCTTATGTATCTCGTAATAAACGACT-----TACATTAT-GTGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTAC-------AT--GTATTCT-CTTGTA-----ATA-A-C-GA-CT---CACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actctttattgcataatgtgagataaTTA-T-GTCGTT-TGTACGACTT-TTA--CTCG-----TACCA----G----AA-TATCTCGATTT-ACA-----------C-TATTATCTCGT---A-TT-CG-AC-TTCTTATAT-TCGT-TTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tattataacACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAGTAT-CTC--GTACGTATGACATAG------------------CAA-AAAG--TATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cgGTACCTTC-G-AG--ATTTTAT-CTCGTT-----ATC-A-C-GA-CA---TATT-ACTTCGTT--ATTACG-ACTTA--ctgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                              T--TA-TCTCG-T-TATC---A-CGACATAT-TAC------T-TC---GT--TA-TT-AC--GAC-TTA-ct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtaccttcgagatt-AC--TTATTAT-CTTGTT-----ATC-A-C-GA-GA---TATT-ATCTCGTG--CGCAC-AACTTA--ct
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACAACATAG------------------CAA--AAT--TATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AA-CAAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tT--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-GC--ATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--CA-TCTCG-T-TATT---AG-GAAATAT-TA-------TATC---G---TT-TTCACA--AC-TTA-GTATCTCGTAAT-GACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACG---GATCATTTT-TTCTCGTTTAT---CACGACTTAT------TATT----T----AGTATT-----AC-GACTTATTA-T-GTCATT-CGTAGAACTTAGCAG-TTCGT-AATTACAATTTCG----T----TCTCG---T-AAA--ACG----ACT-TATTGTCTCGTA--A-ATACGAAC-TTCTTATATGT-GT-TCG-T---ACG---ACTTAA-G-TA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-AT-----TTAT-ATCGTA---------A-C-GA-CT---TAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAA--ATTATCTCGTACGTACGACATAA------------------CAA--AGG--TATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggca----T-----AC-GACTTATCA-T-GTCGTT-CG----ACTTAGTAT-CTCGT-AATTACGA---TT----TAGTATCTCG---TTAAA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-T-ACGA-C-TTAAAATATATCGT-TAG-TA---CA---ACTT-A-G-TA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-AT---TAATAT-CTCATACGTACATGTA-C-GA-CT---TAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAGTAT-CTC--GTACGTACGACATAG------------------CAAACA----TATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tat----A----C-----AC-GAATAATAA---GTCGTGGCGCACGAGATAATATTCTCGTTAATCACGA---GA----TAATAAGTCG---C-GCA---CG----ACCATAATATC-CGTA----TCACGAG----ATAATATGTCGTGTC--TAT-ACG----T---A-GATA-A--TAT--CTCGTA------TCA--------------TCGATCG---A------T----AA-ATA--AGT----CGTGCGCAC-A-ACCCATGATAT-CTCTT------ATC-A-C-AG-CTGTGCATT-ATCTGACT--CAAGTGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                          agatcaGTTGT-GCGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG--AGAT-ATTA--TCTACGT--ATAGACACGACATAT------TATC----TCGTGA----T-----ACGGA--TATTA-TGGTCGTG-CG--CGACTTATTAT-CTCGT-GATTA--A---CGAGAATATTATCTCG---T-GCGCCACG----ACT-TATTAT-TCGTGTTA-TAACGAAG-ATATT-TTTGTGGT-TCGCTACCACGA--AC---C-A-TA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTTtataacgaagatatttttgtggttcgctaccacgaaccatattattttcgtgaatattacgagatattttaaatctccgttca
gi|5                          :                                                                                                                                                                     agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggATC---GCTTTA-TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-------------------------ACGACTTA-----TTGTT-TGA--TG----TACGTGCGAG-ATTTT-TTCTCGTC-AT---CACAACTTAT------TATC----T----C----TTTTTTAC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGGCTTAGGAT-CTCGT-AATTACGA---CT----TAGTATCTCG---TAAGA--ACG----ACT-TGCTATCTCGTA--A-TTATG-AT-TTATAATATGTCGT-TCG-TA--CCACTTAC---ATG-TA-G--TA-T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-AC--TTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cA--AAG----ACT-TACTATCTCGTA--AGTTACGGACATGATTAT--GTCGT-AAT-TA--AAG---AC-----T-TA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGAC--ATTATAT-TTCGTA-----AAA-A-TAGATCT---TACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG-GTT----CGTACGTATGATATAG------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-AC--ATACTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CT---TAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAA--AAA--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGT-TCGTGCGACTTA-----TTATT-TTA---A----TACATACGAG-GTTATATCTCGAT--AT---TACAACTTACATGTACTATCGTGTT----A----TT----AC-GCCTTATTC-T-GTCGTT-CGTACGACTTATTAT-CTTGTGAAATATAA---CT----TATTATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACT-TATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CAT-AATT-ACG-AC-ACA--ATATCTCGTTATTA-CTACT-TTTAATA-TATCGGTATATTTCAAAATACATATATATGTAGTATATC---C---TAATT-AC--GAC-TTA-GTAACTTCTGATA-ACGACT-----TACGTCAT-TCGTACGACTTG-----CCTTT-TCT--CG----TACcttaccaaatgccgc


blockSeqs                     :                                                                                                              AT           T TT      T    T   G  ATTGAG     T        A     .   AA  A     G A    TCAAAA       A  TGTAGTA    GCTTTA      C  AC   C   T            AA      CAATA        GTCT         GCTGTTTG  ATCGATCGATGA    TG   TC   ATA   T   TT  AGA      T   ATGTAC    TCTTTTTT              G  C      TG       G  T        T  TT     T        CGAGAATAT          ATTT  C ACGTCAT     A            TTA  T   GACA              G  GC ACCACTTACATGTAGTATCTTGTTATTACGACTTCTTATATG                        .  AAATTAC      .   GA G         CC   . G  CCA  T   .     ACGTAC  GT . A  T  GTG  C A     G  AA      A     TT    C TCGTA   TTCGA   T  TTT  CGACT   GT  TATCTC               NNNNNNNNNNNNNNNNGACAAAAA          TA    G    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                           . AT      .    .   .  ACA        .        .     .   .   .     . .    AC           .  C          TCCGC       .  A    .   .            G       .            GTG          TTG       GTAGCG          TA   T    TT    A   C   .        A   .         GTGTTATT              .  C      T        .  T        G  G      G        TTTCGT             TT    A CCACG       .            AG   T   AAC               .  T  ACCACGAACCATATTATTTTCGTGAATATTACGAGATATTT                         .  TAGAA        .   .  T         CG   . .  G    T   .     A       A  . .  .  .    T .     G  .       A     .     C .       .       T  GTG  .       GT  NNNNN                CAAAAAG                           TC    C    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           .   .   .     . .    AG           .  C          GTTA        .  .    .   .            A       .            GCG          TTA       TGATG           .    G    TT    T   .   .        T   .         TAGTATT               .  A      T        .  C        G  T      .        TTTAG              TA    A ACG         .            A    C   AAG               .  G  ACAACTTAGTATCTTGTTACATGTATTACGACTTAGTATC                          .  C            .   .  T         CG   . .  A    T   .     T       C  . .  .  .    T .     G  .       A     .     C .       .       .  GAC  .       NN  CTC                  CAAAAT                            C     T    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                               .   .     . .    A            .  .          CTAA        .  .    .   .            A       .            TCG          CCT       TCTCG           .    G    A     C   .   .        T   .         TCGTGAT               .  C      T        .  T        A  T      .        GATAA              TT    C ACG         .            A    A   AC                .  G  AAAGACTTACTATCTCGTAAGCTTACGATACTTATG                              .  C            .   .  G         CG   . .  T    T   .     T       C  . .  .  .    A .     G  .       A     .     C .       .       .  TTA  .       G   CTC                  CAAAGG                            C     T    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                           GTT         .  .    .   .                    .            TCG          T         TTAA                                                                                 .  C      T        .  T        T  T      .        CTTAG              T     C ACG         .            A    T   AC                .  G  ATACGTAGATAATATCTCGTATCA                                          .  C            .   .  G         AG   . .  A    T   .     A       C  . .  .  .    G .     A  .       .     .     G .       .       .  GA   .       .   TC                   CAAACA                            T     T    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                                                                                                           .  .      T        .  .        G  T      .        CTTAT              C     G AAG         .            A    T   AG                .  T  ACGACTTAAGTATCAACGA                                               .  T            .   .  C         C    . .  T    A   .     A       A  . .  .  .    T .     G  .       .     .                                                                                                  C     T    .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .        .  .        T  .      .        GAA                T     G CG          .            .    .   AT                .  .                                                                    .  C            .   .  G         A    . .  A    A   .     A       A  . .  .  .    C .     .  .       .     .                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .           .                                                                                                               .  C            .   .  .         G    . .  A    G   .     .       .  . .  .  .    G .     .                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .    . .  .    A   .                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .    C                                                                                                                                                                               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                A*****                     NTTA******     **                    A*                   NCG*                   GTNACG******    **                                             TCTTNTT*************            T**                     T*              CTTAG*******               ACG******                         AC**                                                                                      **                                                                                                                                                     CTC***               CAAANN**********************      C**
originalCons                  : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATT---AACGACATAT-TAC------TATC---G---TA-TT-ACA-GAC-TTA-GTATCTCGTAATAGACGACT-----TACGTCGT-TCGTACGACTTA-----TCGTT-TCG--CG----TACGT-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC----T----A----T-----AC-GACTTATTA-T-GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGA---CG----TA-TATCTCG---T-ANA--ACG----ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAAC-TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATTCTC-CGTACGTACGACATAG------------------CAA-CAAG--TATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
finalCons                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CGT-AATT-ACGGAC-TTA--TTATC-CTCTATTA-CGACT-TAT--TA-TCTCG-T-TATTA-----GACATAT-TAC------TATCNTTA------TT-AC--GAC-TTA-GTATCTCGTAATA-ACGACT-----TACGTCGTNCG-TACGACTTA-----TCGTTGTNACG------TACG--CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATCTCTTNTT-------------AC-GACTTATTAT--GTCGTT-CGTACGACTTANTAT-CTCGT-AATTACGACTTAG-------TATCTCG---T-ANAACG------ACT-TATTATCTCGTA--A-TTACGAC--TTATTATATGTCGT-TCG-TA--ACG---AC---A-G-TA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-AC--ATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CT---TANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAGTATCTC---GTACGTACGACATAGCAAANN----------------------TATTTTC--AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11             22222  1   1        22222      1       1      1   1111      111    44444444444444444444444444    111111                           111      11111        1111        33333333333333333333333    11       222       11  111          111111      111                                                        111111       11111                                   1    1111                  111111111  44444444444444444444444444444      22222222222           11111111111                   1                       222222222                   1  11      1             11111   11111   1       11111                            44444444444444444444             111                          
lowQualScore                  :                                                                                                              88           7 66666  3   3     6  77777      3       3      0   8888  0   111    66666666666666666666666666    888888  0   8  8    8            000      66666  3     2222        88888888888888888888888    88   8   000   8   99  444          999999    6 999 2  5  5  2      5 5        5        1  8     5  1 5    222222       99999 1 66   9999              6 5    5 0  5 0000      1   0     5 888888888  77777777777777777777777777777      88888888888        66 77777777777  5   66 5         1   5555  9  1   5      555555555 6 6  6    1 6     5  11    3 0     99    2 66666   66666   3  888  66666    9999 0 6                00000000000000000000 5   44      111   3    5     5           
lowQualScore                  :                                                                                                              ..           . .....  .   .     .  .....      .       .      .   ....  .   ...    ..........................    ......  .   .  .    .            ...      .....  .     ....        .......................    ..   .   ...   .   ..  ...          ......    . ... .  .  .  .      . .        .        .  .     .  . .    ......       ..... . ..   ....              . .    . .  . ....      .   .     . .........  .............................      ...........        .. ...........  .   .. .         .   ....  .  .   .      ......... . .  .    . .     .  ..    . .     ..    . .....   .....   .  ...  .....    .... . .                .................... .   ..      ...   .    .     .           
lowQualScore                  :                                                                                                              55           3 00000  3   3     7  33333      3       3      0   5555  2   000    55555555555555555555555555    888888  8   0  0    0            000      77777  7     4444        77777777777777777777777    00   0   000   8   00  000          222222    7 000 8  0  0  5      0 0        1        0  4     7  6 7    666666       88888 0 11   4444              5 0    0 0  0 6666      7   7     7 111111111  00000000000000000000000000000      66666666666        99 00000000000  0   99 6         9   4444  5  0   7      222222222 7 7  7    0 7     0  00    2 6     22    5 77777   77777   3  000  77777    3333 2 7                66666666666666666666 7   00      777   6    7     7           
consensus                     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTAT-AT-CG-TAA-TTACGGAC-TT--ATTATC-CTCTATT-ACGACT-TAT--T-ATCTCG-T-TATT-----A--G-ACATAT-TAC------TATC----NTTATTAC-GA-CTTA-GTATCTCGTAAT-A-ACGACT-----TACGTCGTN-CGTACGACTTA-----TCGTTNTCG--CG----TACG-NGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC-TN-TTATT-AC-GACTTATTA-T-GTCGTTCGTACGACTTATTATCTCGT-AATT-ACGA-CTTAGTATCTCG---T-ANA--ACG----ACTTATTATCTCGTAA-TTAC-G-AC-T----TATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-ACATANTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CTTAGT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAG-TA-TCT-CGTACGTACGACATAG--------------------C-AAAANTATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
Reference ( family-3066 )     : NNCGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTAATTTACGACTTACTATTAT-CG-TAA-TTACGGAC-TT--ATTATC-CTCTATT-ACGACT-TAT--T-ATCTCG-T-TATT-----A--G-ACATAT-TAC------TATC----NTTATTAC-GA-CTTA-GTATCTCGTAAT-A-ACGACT-----TACGTCGTN-CGTACGACTTA-----TCGTTGTNA--CG----TACG-CGAT-ATTAT-TCTNCGT--AT---CACGACTTAT------TATC-TC-TTNTT-AC-GACTTATTA-T-GTCGTTCGTACGACTTANTATCTCGT-AATT-ACGA-CTTAGTATCTCG---T-ANA--ACG----ACTTATTATCTCGTAA-TTAC-G-AC-T----TATTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTA-T--TATT-CTCGTA---A--TTACGACTTNNTAT-TCTCGTTCGT--A------C----GA-CTT--AGTATCTCGTACGTAC-G-ACATANTAT-CTCGTA-----ATN-A-C-GA-CTTANT-ATCTCGTT--CGAACGAACTTA--GTATCT-----CGT-----ACG-ACGTNTA-----TAAG-TA-TCT-CGTACGTACGACATAG--------------------C-AAANNTATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|1                          :   CGTACGAAACTATATCATGTACCACGACTATCTAATCTTGTACTGTCGCGACTTTTATCTGTTTCTTTACGACGTTATTATCTCTAAGCCGACGACATATATTCGTA--TTACGACATACTATTATACG-TAA-TTACGGAC-TT--ATTATC-CTCTCTT-ACGACTATAT--T-ATCTCG-T-TAAT-----AACG-ACATAT-CAC------TATC----G-TATTACAGA-CCTA-GTATCCCGTAAT-AGACGACT-----TATGTCGTT-C-TACGACTTA-----TCGTT-TC---CC----TACGTCGAT-ATTAA-TCTACGT--AT---CCAGACATAT------TATC-TA-----T-AC-GAATTATTATT-GTCGTTTGTACG-CCTATTA-CTTGT-ACGT-ACGA-CATA-TATCTGA---T-ACA--AC------CTTATTATCTCGTAA-TTACAA-AC-T----TCTTATATGTCGTTCG-TA--ACG---AC---A-GTAGT--TACT-CTGATA---A--TTAAGACTCTATAT-TCTCGTTCGCTAA------C----GACCTT--AGTATGTCGTACGTACGG-ACATACTATCCTCGTA-----ATT-ATC-GA-CTTAGT-ATGTC-TT--CGAACGAACTTA--GTAT-T-----CGT-----ACG-ACACATG-----CAAG-TATTCTCCGTACGTCCGACAT-G--------------------C-AA--CTATTTT-CAAAC--GCATGCAATAACGCTTCCGCA
gi|10                         :                                                                                                       tcTCGTAATTTACGACTTATTAT--T-CGTTAATTTACGGACATTGAGTTATA-CTCTATTAACGAAC-TAT--TAATTCCG-T-TATT-----A--G-AC-T-C-TAC------TATCTCCGCTTA-TAC-GACCTTATGTATCTCGTAATAA-ACGACT-----TACATTATG-TGTAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACTTTTCAT--CTCGTTCGT--AAAATTAC----AA-CTT--AGTATCTTTTACATG-------TATTCT-CTTGTA-----ATA-A-C-GA-CTCACT-ATCTAGTagtgaggcactatatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actctttattgcataatgtgagataaTATT-AT-AACTTAT-----GTCGTTTGTACGACTT-TTA-CTCG-----T-ACCA---GAATATCTCGATTT-ACA-----------CTATTATCTCGT-A-TT-C-G-AC-T----TCTTATAT-TCGTTTT-T---ACG---Aacttacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTA--GTATCT-----CGT-----ACGTACG-ACA-----TAAG-TA-TCT-CGTACGTATGACATAG--------------------CAAAAAGTATTTT-TAAACGGGCA-GCACA-ACGCTTCC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgGA-TTT--TATCTCG---TTATC--ACG----ACATATTACTTCGTTA-TTAC-G-AC-T----TACTctgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtaccttcgaACTTAT------TATC-TTGTTATC-AC-GAGATATTA-T-CTCGTGCGCACAACTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACAACATAG--------------------C-AAAATTATTTTTC-AACCGGCA-GCAAT-ACGCTTTCGTAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAA--------------------C-AAACATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T--A------C----GA-CTT--A---TCTTGTACGTAT-G-GCATATCAT-CTCGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                        tat-TAT--C-ATCTCG-T-TATT-----A--GGAAATAT-TA-------TATC----GTTTTCAC-AA-CTTA-GTATCTCGTAAT-G-ACGACTCAATATACGTCGTGTCTTACGACTTCGCTGTTTGTTGTAG--CG----TACG--GATCATTTT-TTCTCGTTTAT---CACGACTTAT------TATT-TA-GTATT-AC-GACTTATTA-T-GTCATTCGTAGAACTTAGCAGTTCGT-AATT-ACAA-TTTCGT-TCTCG---T-AAA--ACG----ACTTATTGTCTCGTAA-ATAC-GAAC-T----TCTTATATGT-GTTCG-T---ACG---ACTTAA-GTA-T--CA-----------------ACGA--------------TTCGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA-ATAC-G-AT---TTAT-ATCGTA---------A-C-GA-CTTAAT-ATTTC-TT--TGAACG-ACTTCTTGTATCCTCGTACGT-----ACG-ACTTTTA-----TAAATTA-TCT-CGTACGTACGACATAA--------------------C-AAAGGTATTTT-C-AACTGGCA-GAAAT-ACGCTTCCGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggcaTATT-AC-GACTTATCA-T-GTCGTTCG----ACTTAGTATCTCGT-AATT-ACGA-TTTAGTATCTCG---TTAAA--ACG----ACTTATTATCTCGTAA-T-AC-G-AC-T----TAAAATATATCGTTAG-TA---CA---ACTT-A-GTA-TCTTGTTACATGTA------TTACGACTTAGTAT--CTCGTACGT--A------C----GA-CAT--ATTATCTCGTA---AT-A-AT-TAATAT-CTCATACGTACATGTA-C-GA-CTTAGT-ATTTCGTT--CGAACGA-CTTA--GTATCT-----CGT-----ACA-CCGTGTACGACTTGAG-TA-TCT-CGTACGTACGACATAG--------------------C-AAACATATTTT-T-AACTGGCA-GCAAT-ACGCTTCCGTA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                GTTGTG-CGCACGACTTA-----T--TTATCGATCGATGATACG-AGAT-ATTA--TCTACGT--ATAGACACGACATAT------TATC-TC-GTGAT-ACGGA--TATTA-TGGTCGTGCG--CGACTTATTATCTCGT-GATTAACGAGAATATTATCTCG---T-GCGCCACG----ACTTATTAT-TCGT-G-TTAT-A-AC-GAAGATATT-TTTGTGGTTCGCTACCACGA--AC---C-ATA-T--TATT-TTCGTGAATA--TTACGA---GATAT-TTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                          agatcatcacttgagtcagataatgcacagctgtgataagagatatcatggC----TTTATTAC-GA-CTTA-GTATCTCGTAAT-A-ACGACT-----TA--TTGT------------------TTGATGT-A--CG----TGCG-AGAT-TTT-T-TCT-CGTC-AT---CACAACTTAT------TATC-TC-TTTTTTAC-GACTTATTA-T-GTCGTTCGTACGGCTTAGGATCTCGT-AATT-ACGA-CTTAGTATCTCG---TAAGA--ACG----ACTTGCTATCTCGTAA-TTAT-G-AT-T----TATAATATGTCGTTCG-TA--CCACTTAC---ATGTA-G--TA-T-CTTGTT---A--TTACGACTTCTTATATGTCCTTCGT--A------C----GA-CTT--AGCATCTCGTACGTAC-G-ACTTAGTaaatctccgttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      catcgA--AAG----ACTTACTATCTCGTAAGTTAC-GGACAT----GATTAT--GTCGTAAT-TA--AAG---AC-----TTA-C--TAT--CTCGTA---AGCTTACGA-TACTTAT-G-TCGGTAAT--A------TAGAAGA-CTT--ACTATCTCGTAAGTAC-GGACATTATAT-TTCGTA-----AAA-A-TAGATCTTACT-ATCTC-TTAACAAA-AAACTTA--GTACCT-----CGT-----ATGTACGACTA-----TAGG--G-T-T-CGTACGTATGATATAG--------------------
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aattTTCGT--A------C----GA-CTAGAAGTATGTCGTA-GTAC-G-ACATACTAT-CTCGTA-----ATA-A-C-GA-CTTAGTAAACTCGCT--CGTATG-ACTTA--GTGTGT-----CGTTTCGAACG-ACTTATA-----NNNN-NN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAC-AAAAATATTTT-C-AACTGGCA-GCAAT-ACGCCTCCgggaaaaatcatt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        -----TATGTCGTT-CGTGCGACTTA-----TTATTTTAA--TA----CATA-CGAG-GTTATATCTCGAT--AT---TACAACTTACATGTACTATCGTG-TTATT-AC-GCCTTATTC-T-GTCGTTCGTACGACTTATTATCTTGTGAAAT-ATAA-CTTATTATCTTGT--T-AGA--ACGTCATACTTATTAa
gi|9                          :                                                                                                                gTAAGACTTAC-A--AT-CA-TAA-TTACG-AC-AC--AATATCTCGTTATT-ACTACT-TTTAAT-ATATCGGTATATTTCAAAA--T-ACATATATATGTAGTATATC----CTAATTAC-GA-CTTA-GTAACTTCTGAT-A-ACGACT-----TACGTCATT-CGTACGACTTG-----CC-TTTTCT--CG----TACcttaccaaatgccgc