lowQualScore : 11111111111111111111 2222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 4 1 00000000000000000000 11 222222 444444444 1 444 1 11 1 777 1 2222222222222 1 11 2 11111 1 111111111 2222 3333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 333333333333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333333333333333333333 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 555555555555 2 22 11 44444444444444444444444444
lowQualScore : 6 0 5 6 88888888888888888888 6 22 6 666666 777777777 7 6 555 6 5 6 22 7 000 5 1111111111111 6 0 55 22 4 0 00000 0 555 3 222222222 44 3 7777 2 6 2 6666666666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 22 1 666 44 2 00000000 1 1 1 777777777777777777777 1 555555 11 4444444 555 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 555 1 1 888888 88888 333 1 77 2 222 00000 1 3333 666666666666 1 1 66 1 1 444 11 1 1 22 1 1 6 1 222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 666666666666666666666666666666666 1 333333 1 444 2 2 11 1 1 9999 66 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 2 8 9 444444444444 5 2 5 3 555 3 11 00 99999999999999999999999999
lowQualScore : . . . . .................... . .. . ...... ......... . . ... . . . .. . ... . ............. . . .. .. . . ..... . ... . ......... .. . .... . . . ............. . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .. . ... .. . ........ . . . ..................... . ...... .. ....... ... . ............................................................................................. . ... . . ...... ..... ... . .. . ... ..... . .... ............ . . .. . . ... .. . . .. . . . . ... ................................................................................................................... .... ................................. . ...... . ... . . .. . . .... .. . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . . . ............ . . . . ... . .. .. ..........................
lowQualScore : 0 0 0 0 00000000000000000000 0 00 0 000000 000000000 0 0 000 0 0 0 00 0 000 0 0000000000000 0 0 22 22 4 3 00000 3 888 8 333333333 22 1 5555 6 9 9 2222222222222 9 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 00 4 444 88 9 33333333 4 4 4 000000000000000000000 3 000000 77 1111111 222 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 444 2 3 111111 55555 666 3 00 6 222 55555 2 9999 000000000000 2 2 99 2 2 666 55 1 1 66 1 1 0 1 000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 111111111111111111111111111111111 4 888888 3 222 7 7 88 3 4 5555 66 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 9 1 5 5 777777777777 7 9 7 0 000 3 77 00 11111111111111111111111111
consensus : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCG-AAAAATGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCCGGACA-GG-GA--C-TT-ACAG-----AAACA---CATGAG---------GAC--ACAT-ACC--GGTGATAAACCTTATAA-ATGT-----------TGA-TGTCTGTGGG---------AA--------GG-CATTC--A-------------TTCAAA----AA----TA-A--C--CA----------T-----------------AT-GA-AT-GTGATGT-CTGTGGG-AAGA-CATTC----AA----NCAG-TC-AGG-G--AC--TT-ACGAAG-ACA-CAT----GAGGATACATACT-GGTGAN-AAAC----CTT-ATAAA-TG-T-G--AT---T-T-CT--GT---GGGAAGGCATT-T--TCAG-TC---GN--G--CA--GG--G--A----T--TAC----AGA---NA-CAC-A-TGAG---GAC-ACATAC---TGGTGAN-A-AA--CCTN-A---CA----A-AT---TG---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGG-AAG-CAT-T--T-T------TC--T-CA----NA--A----AG---NAACNTTANN--A---AG-A--CAC-A---TG--AG-G--A--AC-ACATAC-TG-G-TGA--NAA-------A---C--CTTA-TAA------ATGT--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-G--A-AGA-C-A-T-T---C---A---GT---GA------------A-C-AG---C-G---A-CA---A----C--TTACA-GAG--AC-AC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TACT-GG---TGAN----A-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AA-T-G-AG--A---C-GGG---A---TCA----C--A---C------A---AC--AG--A--C----------ACA--N-GAGG---A--C-------------ACA--TACTG----GTGA--A--AANC----C-------------T-A---TA-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----A-----AT---A--AT----G-G--CA---GG---A---T---T-T-ANAGA---CACA--CG--A---G--------GA-CACAT----AN--T--GG---T-GAT--A-AA-C----TTAT-AAATGT--TGA-T---------GT-NTGT-GGG---AAGGCGC---TTC-AGT--CGNG---CA-G------GGA--GC----T-----TAACAG-----ANAC----AC---N-TAN-----GG--ACACAT------A--C-T-G--GTGA-N-AAA--C----C-TT-AT-AA-ATGTGAT----------GTCTGT--GGGGAAGACATT----T----TC-------TC---A---C-A-A----AGNAAC-C-TTACAA---A-G--ACA-A---C-AT--GAG--GATACATA--CT------G---GT---TG---GA-----T------AA-NCCTGA--T-T--A---TGTA-A----N-----TGTG-AT--GT-TTT---T--GG-A-AGG-CA--TTC---A-GT---G-A-----GACAG--G--A----A-C-T-TAC------------AG---ANAC-A----C-A-T--G--A-G---GAC--ACAT-AC-TGGTG-AT--AA----A--A-----C----AT-G---A------A-T-GTG-AT----T-TTCT---GT------------GGGAAGGCA----T---TC-----A-----A-C-A--G--NN-CA----G-G-A---G-----A-T-T--A-A-GAAAC-----CACAT--GA-G---G-ACACAT---TAC-TGG-T-GAN----AAAC----CT--T----AT-A---A-TGTG-----------GA--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTC-A---------GT-A---A--GG---A----------C-A--GAA-CAC-TT-A-CAGANACA----C-AT-GAG---GAC-ACAT--ACT-TGGTGA--NAAAC----C-------TT-----ATCG--A--AN---TGTGA-TGTCTTGTG-GGG---AAGGC-ATT---T-CAGTC-G-A-GA-----A-G----G-G-A--T-TC-A-C--A---C---A-AC------A--G--A--C----------A-------C--A--N-GAG-G-ACACA-----TT----ACT---TGGTGA----NAAAC----CTT-A---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TC--AG-T----GA-G-----CA-NG------GG--AC--T----TTACAG-AN---AC--ACA---CG-AG-G---G-ACACA-----T-----AC---TGG---TGA-TAAAAC----CTT-ATAAATGTG-------A-TGT------CTGT-----GGGAAG-GCATT---CA---G-T-A----GA-CAGGGAA---C--T---TACAGANACAC--N-TGAGG--ACAC-ATACT-G--GTGANA-AA-CCT--NAC----------------AAATGTCG-AT-GT--CTG-------T-GGG-AAG---A----CATTC--NCTNA----CGA--AAGCAAC--TTTA-AAAAAG-ACAC----AT-GAGGATACATACT-GGTGANAAACCTTATAAATG------------TGA-TG-TCTGT---GGGAAGG-CATTT-CAGT--GANA--AGGG-TCAC-------A-ACACA
Reference ( gi|1 ) : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACAC-CCTGGAGGTCAAAAACAAG----T--------TATTTGGACA-AG-GA--C-TTCACAA-----AAACA---CAAGAG---------GAT--ACAT-A-T--GGTGATAAACCTTATGA-ATGT-----------TGA-TGTCTGTGGG------TTTAA--------GG-CGTTT--A-------------TTTAAA----AA----TA-A--C--CA----------T-----------------AT-GA-AT-GTGAT-T-CTGTTGG-A-GA-CATTC----AA----ACAGCTC-AGG-G--ACCGTT-AAGAAA-ACA-TAT---TAAGGATACATACT-GGTGAA-AAAC----CTC-ATAAA-TG-T-G--AT---T-T-C---GT---GGGAAGGCGTT-T--TCGG-TC---GC--G--CA-TGG--G--A----T--TAC----GGA---TT-CAC-T-TAAG---GAT-ACATAC---AGGTGAG-A-GA--CCCA-A---CA----A-AT---TG---CG-----A-TG-T--G-T---GT--GAAG-AAG-CAT-T--T-T------TC--T-CA----CA--A----AG---TAACTCTAAT--A---AG-A--CAC-A---TG--AG-G--A--AT-ACATAC-TG-G-TGA--AAA-C-----A---C--CATA-TAA------ATGT--G-------A---TG-T------T----GC--G-G--A-AGA-C-A-T-T---TG--A---GT---GA-----------TA-C-AG---C-G---A-CA---A----C--TTACA-GAG--AC-AC-AT-A----AG-----GAT--AC-AC-TACT-GG---TGAA----A-AAC----CT------------T-A-T-GA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CGT-T---C-----CA-T-G-AG--A---T-GGG---A---TCA----C--A---C------A---AC--AG--A--C----------ATA--A-GAGG---A--C-------------A-A--TACTG----GTGA--A--AAGC----C-------------C-A---TA-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GG----A--G-G-CATT---T----A-----AT---A--AT----G-G--CA-TTGG---A---T---T-T-AAAGA---TACA--AA--A---A--------GA-CACA-----AA--T--GG---T-GAT--A-AA-C----TCAT-AAATGT--TGACT---------AT-GTGT-TGG---AAAGTGC---TTC-AGT--CGCG---CATG------GGA--GT----T-----TAACAG-----ATTC----AC---T-TAC-----GA--ACACAT------A--C-G-G--GTGA-G-AGA--C----C-CA-AC-AA-ATGCGAT----------GTCTGTTTGGGAAAGACATT----T--T-TC-----TTTC---A---C-A-A----AGCAACTC-TTAAAA---G-G--ACA-A---C-ATTGGAG--GATACATA--CT------T---GT---TG---GA-----T------AA-TGCTGA--T-T--A---TGTA-A----T-----TGTG-GT--GT-TCT---T--GG-A-AAG-CA--TAT---A-GT---G-A-----GACAG--G--A----A-T-T-TAA------------AG---AAAC-A----C-A-T--G--A-G---GAC--ACAT-AA-TGGCGCAT--AA----A--A-----C----AT-G---G------G-T-GTG-AT----T-TTCT---GT------------TGGAAGAAA----T---TC-----A-----A-C-A--G--CT-CA----G-G-A---G-----A-T-T--A-A-GAAAC-----CACAT--GA-G---G-ATACAT---TAC-TGG-T-GAA----AAAC----CT--T---CAT-A---A-TGTG-----------GA--TG-----TCTGC--GGGAA-GA-CATTC-ATAAAAAAAAATAAAAAAATGG---A----------C-A--GAA-CAC-TT-A-AAGAGACA----C-AT-GAG---GAT-ACAT--ACT-TGGTGA--AAAAC----C-------TT-----TTTG--A--AT---TGTGA-TGTCTTGCG-GGG---AAGGC-CTT---T-CAGTTTG-A-GA-----A-G----G-G-A--T-TC-A-C--A---C---A-AC------A--G--A--C----------A-------T--A--A-GAG-G-ACACA-----TT----ACT--TTGGTGA----AAAAC----CCT-A---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TT--AA-T----AATG-----CA-TG------GG--AT--T----TTA-AG-AT---AC--ACA---AA-AG-G---G-ACACA-----T---TAAA---TGG---TGA-TAAAAC----CTC-ATTAATGTG-------A-TGT-G----GTGT-----GGAAAGTGC-TT---CA---G-C-A----CA-CATGGAA---T--T---TACGGACTCAC--T-TACGA--ACACTATACG-G--GTGAGAGGA-CCC--AAC----A-----------AAATGCCG-AA-GT--GTG-------T-GGA-AAG---A----CATTT--TCTCA----CAA--AAGCAAC--TTTA-AAAAAG-ACA-----AT-GAGGATACATACT-GTTGAAAAACCTTATGAATGT--T--------TGA-TG-T-TGT---GGGAAGG-CGTTT-TAGT--GACA--AGGGTTCAC-------A-ACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCG-AAAAATGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGG-AA-GA--CACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCAAGAACCACATGGTGAT--ACAT-ACT--GGTGATAAACCTTACAA-GTG------------TGA-TGTCTGTGGG------
gi|4 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTCGAACAGAG-CA--C-TTTACAA-----AAACA---CATGAG---------GAC--ACAT-A-C--TGTGTTAAACCTCAT-C-ATG------------TGA-TGTCTAAGGG---------AA--------GT-CATTC--A-------------gagatattcagtcagatagggcacatacaggga
gi|12 : ataaacattttctgaatgtttgatgtctttggaagggcatttagtggaaacaggggtcattttcaggacatgtgagaatacatactttgtaacaaattgtgtgattttttatgtttgatgtctgtggaagacattctttgaggagggatcattacaaagacatatgattgatacacacttggtgaaaagcctttataaatgttgatgtttgtggaaaggaattctgtaagaaagggaacttcacatcgcacacaaggacatgttctggtgattagaattttcaatgtgatgtctgtgggaaggttttcaataatgccaccgaaactttcgaaggcacatgcagacacacactggttgttaaactcatcaatgtcatgtctgtggcgagttcatgtccagtGGACA-GG-AA--C-ATTACAG-----ACACA---CATGAG---------GAC--ACAT-ACT--GGTGAGAGACCTTATGA-ATG------------CGA-TGTCTGTGGG---------AA--------GG-CATTC--A-------------gtcagaccacagcacttacagacacacatgaggaacacattaccaaggaaatcttaaacgaaatgtgaaagtccctgggaaggacatttcctca
gi|5 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttttggatgtgagtgctgtgggaagatgttcaatcgaaatgaaaatttacaaacacacacgaggacacacaatggtgagaaatctcataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaaaaGACA-GG-AA--A-GTTACAG-----AGACA---TACAAG---------GAT--ACAT-ACT--GGTGAAAAACCTTATGA-ATG------------TGA-TGTCTGTGGG---------AA--------GG-CATTT--A-------------CTCAAC----AA----gtgatgcaggaacattacaaaggcacatgaggatacatactggtgatgaaccttataaatgtaatgtctgtgggaag
gi|9 : cacacaaggaagaaaactggtgattttcatggggcggctttcagagagcttactgacgcagtgaagaaacattctagaggtacaacatactggtgatatctgttaatgtccatgtatcatacgatggaaacctcagagatagataagagagcatatactggagataaaccttataagtgtggtatttgtgggaaattattcagtcggaaagaaacgatacagaaacatacaaggatacatgttggtgaaaatccgtataagtgtgatatttgtgggaaagcattcgatcaGACA-GGAGA--C-TT-GCAG-----AGGCA---CATGAG---------GAT--ACGT-ACT--GATGAAAATCCTTGTAA-ATGT------------GG-TGTCTGTGGG---------AA--------GA-TATTC--G-------------TTCATA----Aggaaacttaaagacacacatgaggatacatactgctgataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcggacaggaacattacaaacacacatgaggatacacactggtgataaaccttttaaatgtgatgtctgtgggaagagatttaatacgaaaacacatttacaggtacacatgaggacacat
gi|7 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgggaagacattcagtgaACA-TG-GAAAC-TTAA-AA-----AGACA---CATGAG---------GAC--ACAT-A-TC-AGTAATAAACCTTATAA-ATG------------TGA-TGTCTGTGGG---------AA--------GG-CATTC--A-------------ATCAGA----AA----cgaacacttgcatacacacatgaggatagatactggtgaatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|15 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcACAGAG-CA--C-TT-ACAA-----AAACC---CATGAG---------GAC--ACAT-A-CTGGGTGTTAAACCTCATCA-ATTG-----------TGA-TGTCTgcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : A-AG-GAAGC-TT-ACAG-----ACACA---CATGAG---------GAT--ACAT-ACT--GATGATAAACCTTATAA-ATGTGATTATAAATGTGA-TGTGTGTGGG---------AA--------GGACATTC--A-------------GTGAGATGG-GA----TC-A--T--TA----------C-----------------AGAGA-CTCNNNNN-N-NNNNNNN-N-NN-NNNNN----NN----NNNNNNN-NNN-N--NNNNNN-NNNNNN-NNA-TAT----GAGGATACATACT-GATGAT-AAAC----CTT-ATAAA-TG-T-G--AT---G-T-CT--AT---GGAAAGGCA---T--TCAG-TT---GA--A--CA--GG--AACA----T--TACACTGGGA---TT-aaagggaaggcatcagtcagaccagcacttacagacacaccatgaggacacatacgcaaagagaaaatcttaacgaatgtgaagtccccgggaagacatttc
gi|6 : ctgatgatataggtttaatatgaatgtgatttctgtggggaggcaatctgtgaaacagtaggtttacaaacacgttagagaacgctttagtaaaccttaaaaatgtgatgtattttggaaggcatttattcagacaggaacaaaacatagacacataaggacatatactggtgatttactttctgtgggaagacattcaatcagaA--C-TT-GCAG-----AAACA---CAGGTG---------GAT--ACAT-ACT--AGTGATAAACCTTATAA-ATG------------TGA-TGTCTATGGG---------AA--------GA-CATTC--A-------------atcattaataggaa
gi|11 : c-----AAACA---CTTAAA---------GAC--ACAC---C--AGTGA-AAACCTTATAA-ATGT------------GA-TGTCTGTGGGAAGGCATTCAATGATTCTAGA-CACTTGCA-------------TGTAAAGGCAAAGATGTA-A--AGGCA----------T-----------------AT-GGGAT-GTGAT-----GTT-----------TC----AG----TGAG-TC-AGGAG--AC--TT-AAAGAG-ACA-CAT----GACGATACATATT-GGTTAC-CAAC----CTT-AGAAA-TG-T-G--AT---T-T-CT--GT---GGGAAGACATT-T--GTAA-T----GA--A--CA-C------------T--TAC----AAA---CA-CAC-A-TGAG---GAT-TCATAC---TGGTGAgtgatacaggtcacttgcagaaacacagtttgatacatactcgtttcaaacctgaaaaatgcggtttttgtgaggaaactctctcagtggcaggaaggttgcaaatgcatataaggatacatactggagacaaacctgacaattgtgatatttgtgggaaggaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|2 : ttatagatgttatgtttgtgggagggcattcACA---CATGAT---------GATTTACAC-ACT--GGTGATAAACCTTATTACATG------------TGA-CGTCTGTGGG--------AAA--------GG-CATTT--A-------------TC--------AA----TA-A---------------------------------------------------------GA-G-GA-CATTT----A---------CT--AGA-G--ACCATT---GAA----------------GATACATACA-GGTGAGTGAAA----CTT-ATAAC-TGAT-G--AT---G-T-CATTGT---GGGAAGGCA---T--TCAG-TT---GA--G---A-CAG--G--ATAACT--TAC----AGAAACTA-CAG-T-GATG---GCC-ACATAC---CTG-GAA-A-AACGCTCA-T---CA----A-GTG--TGGACCG-----T-TG-C--GCT---GG--GAGA-AAA-CAT-T--CAG------TG--T-GA----CA--G----GG---T-AC----ATG-A---AG-A--CAC-AT--TT--AA-A--A--AC-ACACAG-TG-G-TGA--AAA-------A---A--CATA-TGA------ATGC--A-------A---CA-TC-----T----GT--GAG--A-AGA-C-A-T-T---C-------------------------TATC-TG---C-C---A-CA---A----TCATTAAA-GTC--GC-AC-AT-G----TT-----GAC--AC-A--TACT-GG---TGAT----A-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AA-T-C-AA--T---C-AGG---A----CATT--T--A---C------A---G---AG--A--C----------ACA--T-GATG---A--T-------------ACA--TACAG----GTGA--G--AAAC----CT------------T-A---TA-A------ATG-T---G-GTGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----A-----AT---C--GTACAGG-A--CA-TTTG-------------C-AGAGA---CACA--TG--A---G--------GA-CACACACATAA--A--GG---T-GAT--ATAC-C----TTAT-AAATGTGATGTCT---------GT-G-GC-AGG---AA---------TC-AG----GAA---CA-------------------T-----TAA-AG-----GGAC----AT---T-TAA-----AG--ACACAT------C--T-T-G--GTGA-T-AAG--C----C-TT-AT-CA-ATGTGAT----------ATCTG--TAGGATATA-ATG----T--T-T---------------------A----ATCAA-TC------A---G-G--AC------C-ATTAGAG--G-TAC--A--CT------CAAAGA---CG---CA-----T------GA-TCTTGA--TAC--ACCTTAGA-A----A-----TGTG-AT--GT-T-T---G--GG-A-AGG-TA--TAC---A---------------ACCG--G--AGGTTA-T-T-TAAATTTGAATTGTCAG---AAAC-A----C-A-T--G--A-G---GACAGACAC-AA-atgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|7 : tgaatgcaacgtctgtgaaagacatcttctatctgtcacaagcatcatgtaaagacCA---TATGAG---------GAC--ATATCG-T--GGGGAACAATCTTATCA-ATGT----------------GTCTGTGGG---------AA--------GG-AGTTC--AGTCGCATAGAGCATTTAAA----GA-----A-A--CA-CA----------TGAAGACAGAACAGTCTGAT-CA-AT-GTGATGT-CTGTGGG-A-AAGCGTTC----AA----TCAG----AGA-GTAAGC-TT-ACAGAG-ACACTAT-----AGGACACATACT-GGTGAG-AGAC----CTT-ACAAA-TG-T-G--AT---A-T-CT--GT---GGGAAGGCG---C--TCAA-TC---GG--A--CA------G--ACAACT--TAC----AGA---GT-CAC-A-TGAG---GAC-ACATAC---TGGTGAG-A-GA--CCTT-A---CA----A-A----TG---TG-----A-AG-T--C-T---GT--GGGA-AGG-CGT-T--gtaatgaatcttataaatgtgatgtctttggga
gi|13 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgGAT---------GAT--ATAT-A-CA-GGTGATAAA-CTTATGA-ATATA----------TAATTGTCTTTGGG---------AA--------GA-CATTT--A-------------T---------AA----TG-A-----CA----------C-----------------AT-GA-AT-cgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|11 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggtaataaacaacattgcagagacatatgtatTTATAG-ATGT-----------T-A-TGTTTGTGGG---------AG--------GG-CATTC--AAACA---------CTTAAA----GA----CACA--C--CAGTGAAAACCTT-----------------AT-AA-AT-GTGATGT-CTGTGGG-AAGG-CATTC----A-----ATGATTCTAGA-C--AC--TT-G-------CA-TGT---AAAGG---CAAA---GATGTA-AAGG----C---ATA---TG-G-G--AT-----------GT---G---ATG---T-T--TCAG-T----GA--GT-CA-GGA--G--AC---T--TAA----AGA---GA-CAC-A-TGAC---GAT-ACATAT---TGGTTAC-C-AA--CCTT-A---GA----A-AT----G---TG-----A-TT-T--C-T---GT--GG-G-AAGACAT-T--T-G------T------------A--A----TG----AACACTTAC--A---AACA--CAC-A---TG--AG-G--A--TT--CATAC-TG-G-TGA--Aacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|9 : TGAA----AA----T-----C--CT----------T-----------------GT-AA-AT-GTGGTGT-CTGTGGG-AAGA-TATTC----GT----TCA--TA-ACG-A--ACACTT---GCAT-ACA-CACA--TGAGGATAGATACT-GGTGAA-tgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgggaagacattcagtgagacaggagacttgcagaggcacatgaggatacgtactgaAAA----AA----CA-AGGC--CA----------T-----------------A---A-GT-GTGATGT-CTGTGGG-AAGA-CACTC----AA----A-AGA-A-AGG-A--ACAGTTCAAGAACCACA-TGG---T---GATACATACT-GGTGAT-AAAC----CTT-ACAAG-TG-T-G--AT---G-T-CT--GT---GGGGAG--ATA-T--TCAG-TC---tatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|7 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagaaacatataaacacaaatggaggtg----AA----TA-AA-C--CT----------T-----------------AT-AA-AT-GTGATGT-CTGTGGG-AAGG-CATTC----AA----TCAGA---AAG-C--ACACTT-ACAGTC-GCA-TAT----GAGGACATATCGT-GGGGAA-CAAT----CTT-ATCAA-TG-T-G-------T-C-T---GT---GGGAAGGAG---T--TCAG-TC---GC--A--TA--GA--G--------------------------CAT-T-TAAA---GAA-ACACA-------TGA--A-GA--CAGA-A---CAGTCTG-ATCAATG---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGA-AAG-CG-------T------TCAAT-CA----GA--G----AG---TAAGCTTACA--G---AG-A--CACTA---T---AG-G-----AC-ACATAC-TG-G-TGA--GAG-------A---C--CTTA-CAA------ATGT--G-------A---TA-TC-----T----GTG-G-G--A-AGG-C-G-C-T---CA--A---TC---GG------------A-C-A------G---A-CA---A----C--TTACA-GAG--TC-AC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TACT-GG---TGAG----A-GAC----CT------------T-A-C-AA-A-TGT---G--AA-GT-CT--GTGGGAA-GG-CGT-T---C-------------G--A---T-CGG---A----CA----G--A---C------A---AC--agatagggcacatacaggga
gi|12 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtA-A--C--CT----------T-----------------TT-GG-AT-GTGAG-TGCTGTGGG-AAGA-TGTTC----AA----TCGA----AAT-G--AAAATT-TACAAACACA-CAC----GAGGACACACAAT-GGTGAG-AAAT----CTC-ATAAA-TG-T-G--AT---G-T-CT--GT---GGGAAGGCATT-----CAA-AA---GG--A--CA--GG--A--ACA--T--TAC----AGA---CA-CAC-A-TGAG---GAC-ACATAC---TGGTGAG-A-GA--CCTT-A---TG----A-AT----G---CG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGA-AGG-CAT-T------------CAGT-GA----TG--C----AG---GAACATTACA--A---AG-G--CAC-A---TG--AG-G--A---T-ACATAC-TG-G-TGA--TGA-------A---C--CTTA-TAA------ATGT--A-------A---TG-TC-----T----GT--G-G--G-Attacagagtcacat
gi|6 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagA-A--C--CT----------T-----------------AT-AA-AT-GTGATGT-CTATGGG-AAGA-CATTC----AGTGATACAGGTC-A--------CTTG-CAGAAACACA-GTT---T---GATACATACT-CGTTTC-AAAC----CTG-AAAAA-TG-C-G--GT---T-T-TT--GT---GAGGAAACTCT-C--TCAG-TG---GC--A------GGAAG--G----T--TGC----AAA---TG-CAT-A-TAAG---GAT-ACATAC---TGGAGAC-A-AA--CCTG-A---C-----A-AT---TG---TG-----A-TA-T--T-T---GT--G-GG-AAG-ag
gi|8 : cacttgcagaaacacaggtggatacatactagtgataA----------T-----------------AT-GA-AT-GTGAT-TTCTGTGGGGA-GG-CAATCTGTGAA----ACAGT---AGG-T------TT-AC--AA-ACA-CGT---TAGAGA-ACGCTTT-AGT----AAAC----CTT-AAAAA-TG-T-G--ATGTAT-T------T---TGGAAGGCATT-TATTCAG-AC---AG--G--AA-CAA--A--A----C---AT----AGA------CAC-A-TAAG---GAC-ATATAC---TGGTGAT-------------------------T---TA---CT-----T-TC-T--G-T---GG--GAAG-A---CAT-T------------CAAT-CA----GA--A----AG---GAAGCTTACA--G---AC-A--CAC-A---TG--AG-G--A---T-ACATAC-TG-A-TGA--TAA-------A---C--CTTA-TAA------ATGT--GATTATAAA---TG-TGATGTGT----GT--G-GGAA-GGA-C-A-T-T---C---A---GT---GA-----------GA-T-GG-----G---ATCA-----------TTACA-GAG--AC-gaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|4 : ctgatgatataggttta----------T-----------------AT-G---T-TTGATGT-CTGTGGA-A-GA-CATTC----TT----TGAGG---AGG-G--ATCATT-ACAAAG-ACA-TAT---GATTGATACACACTTGGTGAA-AAGC----CTTTATAAA-TG-TTG--ATG--T-T-T---GT---GGAAAGGAATT-C--T--G-TA---A---G--AA-AGG--G--AACT-T--CAC------A---TCGCAC-A-CAAG---GAC-ATGTTC---TGGTGATTA-GA--ATTT-T---CA----A------TG---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GG-G-AAG--GT-T--T-TCAATAATG--C-CA----CC--G----A-----AACTTTCG---A---AG-G--CAC-A---TG--CA-G--A---C-ACACAC-TG-G-TTGTTAAA-C-----T---C-----A-TCA------ATGT--C-------A---TG-TC-----T----GT--G-GC-G-AGTTC-A-TGT---CC--A---GTTTCGA------------A-C-AG---A-G-----CA---C----T--TTACA-AAA--AC-AC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TACT-G----TGTT----A-AAC----CT------------C-A-T-CA---TGT---G--AT-GT-CT--AAGGGAA-GT-CAT-T---C------------AG------T-CAG---A---CCA----C--AG--C------ACTTAC--AG--A--C----------ACAC-ATGAGGAACA--C-------------A-T--TACCA----A-GG--A--AATC----T-------------T-AAACGA-A------ATG-T---GAAAGT-C--CCT-G-GG----AAGG-A-CATT---T----tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|3 : ataaacattttctgaatgtttgatgtctttggaagggcatttagtggaaacaggggtcattttcaggacatgtgagaatacatactttgtaacaaattgtgtgatttttGA-A-GG-CATTC----AA----TCACCAC-AGG------------------ACA-CTT---CAAGAACA-ATACT-GGTGGT-AACC----ATT-ATAA--TG-T-A--AG---T-G-T---GT---GGGAAGG-GCA-T--TCGAATC---GA------A-TGT--G----------TA-----AGA---CA-CACAT-TGAG---GATCACATAC----GATGAA-A-TA--TCCTTA---TA----A-AT----G---TG-----A-AG-T--G-T---GT--GGA--AGG-CAT-CAGT-T------T------A----CAC-A----AG---AAGCTTTAA--------------------------A-G--A--GT----CAC-TG-G-TAA--TAA-C---------CTTCATA-ATA------ATGT--G-------AAAGTC-T------T----TG--G-A--A-AGG-C-AAT-T---TA--A---GT---GA-----------GA-T--G---A-G---ATCG---A----C--TTACA-GAG--A--AC-AT-C----AG-----GAG--ATGACATACT-TG---TTAG----TTAAC----CT------------T-A-T----A-TGT---G--AA-GT-C-----------------------------A-T-C-AGTAA---A-GGA---A---GCT----T--A---A------AG--AC--AC--A--C----------ATA--T-GAGG---A--T-------------ACA--TACTT----GT----A--GAGTA---C-------------C-T---TATG------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----AGCGTCGT---A--------G-G--CA-AT-----A---T---TAT-AAGAA---CACA--TG--A---A--------GA-TACA-----CA--C--AG---T-GAG--A-AACC----TTAT--CATGG--TG------------AT-GTTT-TGG---GAGGCAT---TCC-AAT--CAAGA--CA-G------GCT--AC----G-----TAGCAG-----A--C----AC---G-TATTGTAAGA--ATACAC------A--C-T-A--GTGA-G-AGAG-C----C-TT-AT-AA-GTGTGATA---------GTCTG--TAGGAAAG-CATT----C--A-T------TACC---A---A-A-A----GGAAA--C-TTACA------G--ACA-GTT-C-ATCGG-G--GATGCATA--cctca
gi|9 : tgctggaaggtcattacagaagaaaaggacctacagaaacgatattgagtagaacatttgaataaacgcttggagatgtgatgtgtttggggaaacgtatcaccactcagaaactgtgaaaaaacgacaccatgagacacatagtgtcgaagaacctttgaagtcttgggggGA-A-GA-CATTC----AGTGAGACAG-----GA-G--AC--TT-GCAGAG-GCA-CAT----GAGGATACGTACT-GATGAA-AATC----CTT-GTAAA-TG-T-G--GT---G-T-CT--GT---GGGAAG--ATA-T--TCGT-TCATAAC--GAACA-C------------T--TGC----ATA---CA-CAC-A-TGAG---GAT-AGATAC---TGGTGAtatga
gi|5 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgg----AA----AC--CTC-AGA-G--ATAGAT-AAGAGA-GCA-TAT--------------ACT-GGAGAT-AAAC----CTT-ATAAG-TG-T-G--GTA--T-T-T---GT---GGGAAA---TTAT--TCAG-TC---G---G--AA-AGA--A--A----CGATAC----AGA---AA-CAT-A-CAAG---GAT-ACATGT---TGGTGAA-A--A--TCCGTA---TA----A-GT----G---TG-----A-TA-T--T-T---GT--GGGA-AAG-CAT-T------------CGAT-CA----GA--C----AG---GAAAGTTACA--G---AG-A--CAT-A---CA--AG-G--A---T-ACATAC-TG-G-TGA--AAA-------A---C--CTTA-TGA------ATGT--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-GG-A-AGG-C-A-T-T---T---A---CT---CA------------A-C-AA---G-G---A--A---A----C--TTAAA-GAC--AC-AC-AT-G----AG-----GAT--AC-A--TACT-GC---TGAT----A-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AA-T-C-GG--A---C-AGGAACA---TTA----C--A----------A---AC--AC--A--C----------AT-----GAGG---A--T-------------ACA--CACTG----GTGAT-A--AACC----T-------------T-T---TA-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-A-GATT---T----A-----AT---ACGAA----A-A--CA-C------A---T---T-T-ACAGG---TACA--CATGA---G--------GA-CACA-----atatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|15 : cacacaaggaagaaaactggtgattttcatggggcggctttcagagagcttactgacgcagtgaagaaacattctagaggtacaacatactggtgatatctgttaatgtccatgtatcatacgatggTT-ACAAAA-ACC-CAT----GAGGACACATACTGGGTGTT-AAAC----CTC-ATCAATTG-T-G--AT---G-T-C----TAAAGGGAAGGCA------TCAG-TCAG-ACCAG--CA-C------------T--TAC----AGA---CA-CAC-CATGAG---GAC-ACATACGCAAAGAGAA-A-AT--CTTA-A---CG----A-A----TG---TG-----A-AG-TCCC-C---GG--GAAG-A---CAT-T--T-t
gi|6 : acagagcacAGAAACACA-GGT------GGATACATACT-AGTGAT-AAAC----CTT-ATAAA-TG-T-G--AT---G-T-CT--AT---GGGAAGACA---T--TCAG-TG---AT--A--CA-GGT--C--AC---T--TGC----AGA---AA-CAC-----AGTTTGAT-ACATAC---TCGTTTC-A-AA--CCTG-A---AA----A-A----TG---CG-----G-TT-T--T-T---GT--GAGG-AAA-C------T-C------TC--T-CAGTGGCAGGA----AG-----GTTGCA----A---AT-G--CAT-A---TA--AG-G-----AT-ACATAC-TG-G-AGA--CAA-------A---C--CTGA-CAA------TTGT--G-------A---TATT------T----GTG-G-G--A-AGG-A-A-C-T---CG------GT---GAGGCGGAACATGTA-C-CG---CGG---A-TATTCATT--C--TAATAGGAGGAAC-AC-AG-A----AACTTGTGA---AC-----GCT-GG---TGAT----G-GAC----CT------------C-A-G-AA-A-TGT---G--AT-GC-CT--GTCGTAA-AT-CGT-T---c
gi|10 : cacttgcAA-ACA-TAT----AAACACAAATGGA-GGTGAA-AAACAAGGC-C-ATAAG-TG-T-G--AT---G-T-CT--GT---GGGAAGACA---C--TCAA------AA--G--AA-AGG--A--ACAG-T--TCA----AGA---AC-CAC-A-TGGT---GAT-ACATAC---TGGTGAT-A-AA--CCTT-A---CA----A-G----TG---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGG-AGA-TAT-T--tactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|13 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagAG-ACA-TATGTATGATGATATATACA-GGTGAT-AAAC----TT--ATGAA-TA-T-ATAAT---TGT-C---TTT--GGGAAGACATT-T--cagtcagatagggcacatacaggga
gi|12 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggtaataaacaacattgcagTGCA-GAAC----CTT-TTGGA-TG-T-G--AG---T-G-CT--GT---GGGAAGATGTT-----CAA-TC---GA--A---A-TGA--A--AAT--T--TAC----AAA---CA-CAC-A-CGAG---GAC-ACACAA---TGGTGAG-A-AA--TCTC-A---TA----A-AT----G---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGA-AGG-CAT-T-----------------CA----AA--AGGACAG---GAACATTACA--G---AC-A--CAC-A---TG--AG-G--A---C-ACATAC-TG-G-TGA--GAG-------A---C--CTTA-TGA------ATGC--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-GG-A-AGG-C-A-T-T---C---A---GT---GA-----------TG-C-AG---G-A---A-CA-----------TTACA-AAG--GC-AC-AT-G----AG-----GAT--AC-A--TACT-GG---TGAT----G-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---A--AT-GT-CT--GTGGGAA-Gataatgacacatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|11 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctTT-ATAGA-TG-T-T--ATG--T-T-T---GT---GGGAGGGCATT------------------------------------------C----AAA------CAC-T-TAAA---GAC-ACAC-C---AG-TGAA-A--A--CCTT-A---TA----A-AT----G---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GGGA-AGG-CAT-T-----------------------CA--A---------TGATTCTA---------G-A--CAC-T---TGC-AT-GTAA--AG-GCAAA---G-A-TGT--AAA-G-----G---C---ATA-TGGG-----ATGT--G-------A---TG-T------T----TC--A-G------------------TG--A---GT-------------------C-AG-----G---A--G---A----C--TTAAA-GAG--AC-AC-AT-G----AC-----GAT--AC-A--TATT-GG---TTAC----C-AAC----CT------------T-A-G-AA-A-TGT---G--AT-TT-CT--GTGGGAA-GA-CAT-T------------T-G-TA--A---T---G---A---ACA----CTTA---CA-----A---AC--AC--A--C----------AT-----GAGG---ATTC---------------A--TACTG----GTGA--A--
gi|8 : -ATGAA-TG-T-G--AT---T-T-CT--GT---GGGGAGGCAAT-C--T--G-TG---AA--A--CAGTAG--G--T----T--TAC----AAA------CACGT-TAGA---GA------AC---GCTTTAGTA-AA--CCTT-A---AA----A-AT----G---TG-----A-TG-T--A-T---TTTGGAAG---G-CAT-T--T-A------T---T-CA----GA--C----AG---GAAC---AAA--ACATAG-A--CAC-A---TA--AG-G--A---C-ATATAC-TG-G-TGA--TT--T-----A---C--TTTC-T----------GT--G------------------------------G-G--A-AGA-C-A-T-T---CA--A----T---CA-----------GA-A-AG-----G---A--A---G----C--TTACA-GAC--AC-AC-AT-G----AG-----GAT--AC-A--TACT-GA---TGAT----A-AAC----CTTATAAATGTGATT-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-GT--GTGGGAA-GGACAT-T---C-----AG-T-G-AG--A---T-GGG---A---TCAT---T--A---C------A---G---AG--A--C----------tgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|5 : ctgatgatataggtttaatG-T-G--AT---T-TTC---AT---GGGGCGGC--T-T--TCAG--------------A--GA--G--C----T--TAC----TGA---CG-CAG-T-GAAG---AA--ACATTC------T-AG-A-GG--TACA-A---CA----T-AC---TGG--TG-----A-TA-T--C-T---GT--TAAT-GTC-CAT-G--T-A------TC--A-TA----CG--A----TG---GAAACCTCA---G---AG-A--TAG-A---TA--AGAG--A--GC-ATATAC-TG-G-AGA--TAA-------A---C--CTTA-TAA------GTGT--G-------G---TA-T------TT---GT--G-G--G-AAA-TTA-T-T---C---A---GT---CG-----------GA-A-AG---A-A---A-CG---A--------TACA-GAA--AC-AT-AC-A----AG-----GAT--AC-A--TGTT-GG---TGAA----A-ATC----CG------------T-A-T-AA-G-TGT---G--AT-AT-TT--GTGGGAA-AG-CAT-T---C-----GA-T-C-AG--A---C-AGG---AAAGTTA----C-----------------AG--AG--A--C----------ATA--C-AAGG---A--T-------------ACA--TACTG----GTGA--A--AAAC----CT------------T-A---TG-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---TACTCA-----AC---A--A-----G-G--AA--------A---C---T-T-AAAGA---CACA--CATGA---G--------GA-TACAT----AC--T--GC---T-GAT--A-AACC----TTAT-AAATG---TGA-T---------GT-CTGT-GGG---AAGGCA----TTC-AAT--CGGA---CA--------GGA--AC----A-----TTACAA-----ACAC----AC---A-TGA-----GG--ATACAC------A--C-T-G--GTGA-T-AAA--C----C-TT-TT-AA-ATGTGAT----------GTCTGT---GGGAAGAGATT----TAAT---------------A---CGA-A----AAC-ACAT-TTACAG---G-T--AC--A---C-AT--GAG--GACACATtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : cacacaaggaagaaaactg---GT---GGGAAGACATT-----CAG-TG---AG--A--CA-GGA--G--AC---T--TGC----AGA---GG-CAC-A-TGAG---GAT-ACGTAC---TGATGAA-A-AT--CCTT-G---TA----A-A----TG---TG-----G-TG-T--C-T---GT--G-GG-AAG--ATAT--T-C------GT--T-CA----TA--A----CG----AACACTTGC--AT--AC-A--CAC-A---TG--AG-G-----AT-AGATAC-TG-G-TGA--------------------ATA-TAG------A-GC--G-------A---TA-T------T----AC--
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----T--TAC----AGA---AA-CAT-A-TAAA---CAC-AAATGG---AGGTGAA-A-AA--C--A-AGGCCAT---A-AG---TG---TG-----A-TG-T--C-T---GT--GG-G-AAGACA---------------C--T-CA----AA--AGAA-AG---GAAC---AGTTCA---AG-AACCAC-A---TG--GT-G--A---T-ACATAC-TG-G-TGA--TAA-------A---C--CTTA-CAA------GTGT--G-------A---TG-TC-----T----GTG-G-G--G-AGA-T-A-T-T---C---A---GTCA-GA-----------TA-G-GG---C-----A-CA------------TACA-GGG--Atggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|13 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttAC-T-TAAC---AAG-ACATAT-----GTTAG-ATGA--CATA-----CA----ACAT---TA---CAGAGACA-TA-T--G-T---AC--GATG-ATA-TAT-T--C-T------GG--T-AA----TA--A----A----CAACATTGCA--G---AG-A--CAT-A---TGT-AT-G--ATGAT-ATATAC-AG-G-TGAT-AAA-CTTATGA---A--TATA-TAA------TTGT--------------CT-T------T----G---G-G--A-AGA-C-A-T-T---TAT-A---AT---GA-----------CA-C-A----T-GAATA-CA---G----C--TGATA-GA
gi|15 : atgaacataca-TGAG---GAC-ACATACT--GGGTGTT-A-AA--CCTC-A---TC----A-AT---TG---TG-----A-TG-T--C-TAAAGG--GAAG---G-CAT-------------------CAGT--CA--G----AC---CAGCACT--T--AC--AG-A--CAC-ACCATG--AG-G--A---C-ACATACGCA-A-AGA--GAA-A-----A---T--CTTAACGA------ATGT--G-------A---AG-T------C----CCCGG-G--A-AGA-C-A-T-T---Tccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|6 : acagagcacttacaaaaacccaG---GAT-ACATAC---TAGTGAT-A-AA--CCTT-A---TA----A-AT----G---TG-----A-TG-T--C-T---AT--GG-G-AAGACAT-T------------CAGT-GA----TAC-A----GG---TCACTTGCAG--A---A--A--CAC-AGTTTG--A---------T-ACATAC-TC-G-TTT--CAA-------A---C--CTGA-AAA------ATGC--G-------G---TT-T------TTGT-GA--G-G--A-AAC-T-C-T-C---TC--A---GT---GG--------------C-AG-----G---A--A---G----G--TTGCA-AAT--GC-AT-AT-A----AG-----GAT--AC-A--TACT-GG---AGAC----A-AAC----CT------------G-A-C-AA-T-TGT---G--AT-AT-TT--GTGGGAA-GG-AAC-T---C-----GG-T-G-AG--G---C-GGA---A----CATG--T--A---C------C---GC--GG--A--TATTCATTCTAATA--G-GAGGA--A--CACAGAAACTTGTGA-A--CGCTG----GTGAT-G--GACC----T-------------C-A---GA-A------ATG-T---G-ATGC-C--TGT-c
gi|10 : cacttgcagaaacacaggtCCA-A---CC----A-AT---GG---C--------TG-A--G-T---GT--GAAACAAG-TATGT--C-T------TC--TACA----CA--AGCA-AGGACTAGTTCAAAC--G---GA-A--CAT-A---TA--AT-G--A--AT-GTA-------G-TGA--G-------------T--C-TG-TAG------AGGT--------------TG-T------C-----CAAG-G--A-AAA-A-G-T-A---TA--A---CT---AA----------------AGACCC-G---A-AA---AATGTT--TTACA-GAA--AC-AT-AT-A----A-----------AC-AC-AAAT-GGAGGTGAA----A-AACAAGGCC--------------A-T-AA-G-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GA-CAC-T---C-----AA---A-AG--A---A-AGG---A-----A----C--AGTTC------A---AG--AA--C--C----------ACA--T-GGTG---A--T-------------ACA--TACTG----GTGAT-A--AACC----T-------------T-A---CA-A------GTG-T---G-ATGT-C--TGTGG-GG----A--G-A-TATT---C----A-----GT---cgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|12 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaa---TG---TG-----AGTGCT--G-T---GG--GAAG-A-------T--G-T------TCAAT-CG----AA--A----TG---AAAATTTACA--A---AC-A--CAC-A---CG--AG-G--A---C-ACACAA-TG-G-TGA--GAA-------A---T--CTCA-TAA------ATGT--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-GG-A-AGG-C-A-T-T---CA--A---AA---GG------------A-C-AG---G-A---A-CA-----------TTACA-GAC--AC-AC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TACT-GG---TGAG----A-GAC----CT------------T-A-T-GA-A-TGC---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AG-T-G-AT--G---C-AGG---A---ACAT---T--A---C------A---A---AG--G--C----------ACA--T-GAGG---A--T-------------ACA--TACTG----GTGAT-G--AACC----T-------------T-A---TA-A------ATG-T---A-ATGT-C--TGT-G-GG----A--A-G-cagatagggcacatacaggga
gi|8 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttttgga---TG---TG-----A-TT-T--C-T---GT--GGGG-AGG-CAA-T--C-T------G---T-GA----AA--C----AG---TAGGTTTA-C--A---A--A--CAC-G---TT--AGAG--A--AC-GCTT---TA-G-TAA--A-------------C--CTTA-AAA------ATGT--G-------A---TG-TAT----T----TT--G-G--A-AGG-C-A-T-T---T---A---TT---CA-----------GA-C-AG---G-A---A-CA---A----A----ACA-TAG--AC-AC-AT-A----AG-----GAC--AT-A--TACT-GG---TGA--------------TT------------T-A-C----------------T-TT-CT--GTGGGAA-GA-CAT-T---C-----AA-T-C-AG--A---A-AGG---AAGCTTA----C--A----------G---AC--AC--A--C----------AT-----GAGG---A--T-------------ACA--TACTG----ATGA--T--AAAC----CTTATAAATGTGATT-A---TA-A------ATG-T---G-ATGT-G--TGT-G-GG----AAGG-A-CATT---C----A-----GT---G--A-----G-----A-TGGG---A---TCA-T-T-ACAGA---GAC
gi|7 : ctgatgatataggtttaatatgaa-T------TA--T-CA----CA--T----GG---AAACT-TAAA--A---AG-A--CAC-A---TG--AG-G--A---C-ACATAT-CA-G-TAA--TAA-------A---C--CTTA-TAA------ATGT--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-GG-A-AGG-C-A-T-T---CA--A----T---CA-----------GA-A-AG---C-----A-CA--------C--TTACA-GTC--GC-AT-AT-G----AG-----GAC--AT-AT-CG-T-GG---GGAA----C-AAT----CT------------T-A-T-CA-A-TGT---G------T-CT--GTGGGAA-GG-AGT-T---CAGTCGCA-TAG-AGC-A---T-----------TTA------------------A---AG--AA--A--C----------ACA--T-GAAG---A--C-------------A---------------GA--A--CAGT----C-------------TGA---TC-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GG----A--AAG-CGTT---C----A-----AT---C--AG----A-G---A-GTAA---G---C---T-T-ACAGA---GACACTAT--A---G--------GA-CACAT----AC--T--GG---T-GAG--A-GA-CC---TTAC-AAATGT---GA-T---------AT-CTGT-GGG---AAGGCGC---T-C-AAT--CGGA---CA-G------ACA--AC----T-----TA-CAG-----AGTC----AC---A-TGA-----GG--ACACAT------A--C-T-G--GTGA-G-AGA--C----C-TT-AC-AA-ATGTGAA----------GTCTGT---GGGAAGGCGTT----tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|13 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaaAACT-TAAC--A---AG-A--CAT-A---TGTTAG-------ATGACATAC------------AA-C-----A---T--TACA-GAG------ACAT----------A---TG-T-----------AC--G-AT-G-ATA-T-A-T-T---CT--G---GT---AA-----------TA---AA---C-A---A-CA-----------TTGCA-GAG--AC-AT-AT-GTATGAT-----GAT--AT-A--TACA-GG---TGAT----A-AAC-----T------------T-A-T-GA-A-TAT---ATAATTGT-CT--TTGGGAA-GA-CAT-T---cgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|4 : atgaacatac--A---GG-A--CAT-G---TG--AG----A--AT-ACATAC-TTTG-TAA--CAA-------A---T--TGTG-TGATTTTTTATGTTTG-------A---TG-TC-----T----GT--G-G--A-AGA-C-A-T-TCTTTG--A---G----GA-----------------G---G-G---ATCA-----------TTACA-AAG--AC-AT-AT-G----ATT----GAT--AC-AC--ACTTGG---TGAA----A-AGC----CT------------TTA-T-AA-A-TGTT--G--AT-GT-TT--GTGGAAA-GG-AAT-T---C-----TG-T-A-AG--A---AAGGG---AACTTCA----C--A---T------C---GC--AC--A--C----------A-------AGG---A--C-------------ATG--TTCTG----GTGATTA--GAAT----T-------------T-----TC-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GG----AA-G-G-TTTT---C----A-----AT---A--AT----G-C--CA-CCGA---AACTT---T-C-GAAGG---CACA--TG--C---A--------GA-CACA-----CAC-T--GG---TTGTT--A-AA-C----TCAT-CAATGT--C-------------AT-GTCTGTGG---CGAGTTCATGTCC-AGT--TTCGAA-CAGA------GCA--CT----T-----TA-CAA-----AAAC----AC---A-TGA-----GG--ACACAT------A--C-T-G---TGT-T-AAA--C----CTCA-TC-A---TGTGAT----------GTCTA---AGGGAAGTCA---------T-TC-----AGTC---AGACC-A-C----AGCA---C-TTACA------G--ACACA---C-AT--GAG--GA-ACACA--TT------tataatgacacatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|15 : ataaacattttctgaatgtttgatgtctttggaagggcatttagtggaaacaggggtcattttc--A---AA-A--CCC-A---TG--AG-G--A---C-ACATAC-TG-GGTGTT-AAA-C-----C---T--CAT--CAA------TTGT--G-------A---TG-T------CTAAAG---G-G--A-AGG-C-A-T-C-------A---GT---CA-----------GA-CCAG---C------------A----C--TTACA-GAC--AC-ACCAT-G----AG-----GAC--AC-A--TAC---G---CAAAGAGAA-AAT----CT------------T-AAC-GA-A-TGT---G--AA-GT-CC--CCGGGAA-GA-CAT-T---T-----Caccaaggaaatcttaaacgaaatgtgaaagtccctgggaaggacatttcctca
gi|9 : acagagcacttaca---AG-G--CAC-A---TG--AG-G-----AT-ACGTAC-TG-A-TGA--AAA-T---------C--CTTG-TAA------ATGT--G-------G---TG-TC-----T----GTG-G-G--A-AGA-T-A-T-T---CG------TT---CA-----------T----AA---C-G---A-AC---A----C--TTGCA-TAC--AC-AC-AT-G----AG-----GAT--AG-A--TACT-GG---TGAA----
gi|6 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgggaagacattcagtgagacaggagacttgcag---AA-A--CAC-A---GG--TG-G--A---T-ACATAC-TA-G-TGA--TAA-------A---C--CTTA-TAA------ATGT--G-------A---TG-TCTA---T----G---G-G--A-AGA-C-A-T-T---C---A---GT---GA-----------TA-C-AG-----G---T-C----A----C--TTGCA-GAA--AC-AC---------AGTTT--GAT--AC-A--TACT-CG---TTTC----A-AAC----CT------------G-A-A-AA-A-TGC---G--GT-TT-TT--GTGAGGA-AA-CTC-T---CT----CA---G-TG--G---C-AGG---AAGGTTG----C--A----------A---AT--GC--A--T----------ATA--A-GGAT---A--C---------------A--TACTG----GAGA--C--AAAC----C-------------TGA---CA-A------TTG-T---G-ATAT-T--TGT-G-GG----A--A-G-tatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|11 : cacttgcag---AA-A--CAC-T---TA--AA-G--A------CACAC-CA-G-TGA--AAA-C------------CTTA-TAA------ATGT--G-------A---TG-TC-----T----GTG-G-G--A-AGG-C-A-T-T---C---A---AT---GA-----------TT-CTA------G---A-C----A----C--TT---------GC-AT-GT-A----AA-----GGC--AA-A-------GA---TGTA----A-AGG----CA------------T-A-TGGG-A-TGT---G--AT-GT-TTCAGTGAG--------------T-----CA-G-G-AG--A---C-----------TTA------------------A---AG--AG--A--C----------ACA--T-GACG---A--T-------------ACA--TATTG----GTTA--C--CAAC----CT------------T-A---GA-A------ATG-T---G-ATTT-C--TGT-G-GGA---A--G-A-CATT---T----------GT---A--AT----GAA--CA-CT-------------------------TACA--A-----------------A-CACA-----CA--T--GA---G-GATTCA-TA-C----TGGT-GAATGT--TGAgaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|10 : ttatagatgttatgtttgtgggagggcattcG-G-TGA--AAAAC-----AAGGC--CATA---A------GTGT--G-------A---TG-TC-----T----GT--G-GG-A-AGA-C-A-C-T---CA--A---AA---GA------------A---AG---G-A---A-CA---G----T--TCA-A-GAA--CC-AC-AT-G----GT-----GAT--AC-A--TACT-GG---TGAT----A-AAC----CT------------T-A-C-AA-G-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGGA-GA-TAT-T---C-----AG-T-C-AG--A---T-AGG---G----CA----C--A---T----------AC--AG--gtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|12 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagaaacatataaacacaaatgga-----A---C--CTTT-TGG------ATGT--G-------AG--TG-C------T----GT--G-GG-A-AGA-T-G-T-T---CA--A---TC---GA----------------AA---T-G---A-AA---A----T--TTACA-AAC--AC-AC-AC-G----AG-----GAC--AC-AC--AAT-GG---TGAG----A-AAT----CT------------C-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AA-A-A-GG--A---C-AGG---A-----A----C--A---T------T---AC--AG--A--C----------ACAC-ATGAGG---A--C-------------ACA--TACTG----GTGA--G--AGAC----CT------------T-A---TG-A------ATG-C---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----A-----GT---G--AT------G--CA---GGAACA---T---TAC-AAAGG---CACA--TG--A---G--------GA-TACAT----AC--T--GG---T-GAT--G-AACC----TTAT-AAATGT----AAT---------GT-CTGT-GGG---AAgga
gi|8 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaATA-TGA------ATGT--G-------A---TT-TC-----T----GT--G-G--GGAGG-C-AAT-C---TG-------T---GA-----------AA-C-AG---T-A---G------G----T--TTACA-AA----C-AC-GT-T----AG-----AGA--AC-GC-T-TT-AG---T-------A-AAC----CT------------T-A-A-AA-A-TGT---G--AT-GT-AT--TTTGGAA-GG-CAT-T---T-----AT-T-C-AG--A---C-AGG---A-----A----C--A---A------A---ACATAG--A--C----------ACA--T-AAGG---A--C-------------ATA--TACTG----GTG--------------------------------------------ATT-T---A-CTTT-C--TGT-G-GGA---A--G-A-CATT---C----A-----AT---C--A-----G-A--AA---GG---AAG-C---T-T-ACAGA---CACA--CATGA---G--------GA-TACAT----AC--T--GA---T-GAT--A-AACC----TTAT-AAATG---TGATTATAAATGTGAT-GTGTGTGG---GAAGGACA--TTC-AGT---GAG----ATG------GGA--TC----A-----TTACAG-----Ag
gi|2 : ctgatgatataggttta-TGA------ATGC--A-------A---CG-TC-----T----GT--G-A--A-AGA-C-A-T-C---TTCTATCTGT---CA-----------CA---AG---C-----A-TC---A----T--GTAAA-GAC--AC-AC-AT-G----AT-----GATTTAC-AC--ACT-GG---TGAT----A-AAC----CT------------T-A-T-TACA-TGT---G--AC-GT-CT--GTGGGAAAGG-CAT-TTATC-----AA-T-A-AG--A------GG---A----CA----TTTA---C------T---AG--AG--A--CC---------ATT----GAAG---A--T-------------ACA--TACAG----GTGA--GTGAAAC----T-------------T-A---TA-A------CTGAT---G-ATGT-CATTGT-G-GG----AA-G-G-CATT---C----A-----GT-------T----G-A--GA-CAGG---A---TAACT-T-ACAGAAACTACA--GT--G---ATG------GC-CACA-----TACCT--GG------AA--A-AA-CGC--TCATCAAGTGT--GGACC---------GTTGCGC-TGGGAGAAAACA----TTC-AGT---GTGA--CA-G------GGT--AC----A-----TGA-AG-----ACAC----AT---T-TAA-----AA--ACACAC------A--G-T-G--GTGA-A-AAA--A----C-AT-AT-GA-ATGCAAC----------ATCTGT---GAGAAGACATT----C--TATC-----TGCC---A---C-A-A----------TCATTAAAG---T-C--GCA-----C-AT--GTT--GACACATA--CT------G---GT--------GA-----T------AA-ACCT-------------TATA-A----A-----TGTG-AT--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CA--TTC---A-AT---C-A-----ATCAG--G--AC---A-T-T-TAC------------AG---AGAC-A----C-A-T--G--A-T---GAT--ACAT-AC-AGGTG-AG--AA----A--C-----CTT--AT-A---A------A-T-GTG-G-----T-GTCT---GT------------GGGAAGGCA----T---TC-----A-----A-T-C--G--TA-CA----G-G-A---C-----A-T-TTGC-A-GAGA------CACAT--GA-G---G-ACACACACATAA-AGG-T-GAT----ATAC----CT--T----ATAA---A-TGT------------GA--TG-----TCTGT--GGCAG-GA--A-TC-A-------------------GG--------------------AA-CA--TT-A-AAGGGACA----T-TT-AAA---GAC-ACAT---CT-TGGTGA--TAAGC----C-------TT-----ATCA--A-------TGTGA-TATC-TGTA-GGATATAATG--TTTAA-T-CAATCAG---GACCATTA-G----A-G-G--T-AC-A-C--T---C---A----------------------------------------------AA-G-ACGCA-----TG----ATC--TTGAT-------ACAC----CTT-A---G-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-T---TGG-GAAGG-TA-TACAACCGGAGGTT--AT-TTA--AAT---------TT------GA--AT--T----GTC-AG-AA---AC--ACA---TG-AG-GACAG-ACACA-----------------AG---TAA-T-GAAT----CTT-ATAAATGTG-------A-TGT-gactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|14 : TGT--G-------AGT-TT-T------T----GT--G-G--G-AGA-C---T-T---CG--T---G----GA-----------GA-CCAT---T-G---G-AG---A-------TTGCA-GAG--GC-GC--T-G----AG-----GAT--TA-GC-TACT-GA---TGAA----A-ATC----TT------------T-G-T-AA-A-CATCTTG--GT-GT-CT--GTGGGActttggga
gi|9 : aaactgtttagatg--G-G--A-AGA-C-A-T-T---C---A---GT---GA-----------GA-C-AG-----G---A--G---A----C--TTGCA-GAG--GC-AC-AT-G----AG-----GAT--AC-G--TACT-GA---TGAA----A-ATC----CT------------T-G-T-AA-A-TGT---G--GT-GT-CT--GTGGGAA-GA-TAT-T---CGTT--CA-T-A-A----------CG---A---ACA----CTTG---C------AT--AC--AC--A--C----------AT-----GAGG---A--T-------------AGA--TACTG----GTGA--A--gatattcggtttcatagcgaacacttgcatacacctaggatagatacttgctggtgattat
gi|7 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgA---A----C--TTAAA-AAG--AC-AC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TATC-AG---TAAT----A-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CAT-T---C-----AA-T-C-AG--A-------A---A---GCA----C--A---C------TT--AC--AGTCG--C----------ATA--T-GAGG---A--C-------------ATA--TCGTG----GGGA--AC-AATC----T-------------T-A---TC-A------ATG-T---G----T-C--TGT-G-GG----A--A-G-GAGT---T-----------C---A--GT----C-G--CA-TAGAGC-A---T---T-T-AAAGA---AACA--CATGA---A--------GA-CA-G-----AA--C--AG---T-----------C----TGAT-CAATGT---GA-T---------GT-CTGT-GGG---AAAGCG----TTC-AAT--CA--------G------AGA--GTAAGCT-----TA-CAG-----AGAC----AC---TATA------GG--ACACAT------A--C-T-G--GTGA-G-AGA--C----C-TT-AC-AA-ATGTGAT----------ATCTGT---GGGAAGGCGCT----------C-----AATCGG-A---C-A-G----A-CAACT---TACAG---A-G--TCA-----C-AT--GAG--GACACATA--CT------G---GT---GA---GA-------------------GA--C-C--T---TACA-A----A-----TGTG-AA--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CG--TTC---G-AT---C-G-----GACAG--AC-A----A-C-T-TAC------------AG---AGTC-A----C-A-T--tatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|3 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatgga---A----C--CTACA-GAA--ACGAT-ATTG----AGTA---GA---AC-AT-T---------TGAAT---A-AACG---CT------------T-G-G-AG-A-TGT---G--AT-GT-GT--TTGGGGA-AA-CGTAT---CAC---CACT-C-AG--AAACT-GTG---A---AAA----A--A---C------G---AC--AC-----C----------ATG--A-GA--------C-------------ACA--TAGTG----TCGA--A--GAAC----C------------------------------TT-T---G-AAGT-C--T-T-G-GGGGGAA--G-G-CATT---C----A-----AT---C--AC----C-A--CA---GG---A---CAC-T-T-CAAGA----ACA--A-------------------TAC----------T--GG---T-GGT--A-AC-CA---TTAT-AA------TG--T---------AA-GTGTGTGG---GAAGGGCA--TTCGAAT--CGAA---TGTG------TAA--G-------------ACAC-----A--C----AT---T-GAG-----GA--TCACAT------A--C-G-A---TGA-A-ATA--T----C-CTTAT-AA-ATGTGAA----------GTGTGT----GGAAGGCATC----A--G-T------TTAC---A---C-A-A-----GAAGCT--TTAAAG---A-G--TCA--------CTGG------TA-ATAACCT------T---CA---TA----A-----T------AA-TG-TGA--------------A-A-------------------GT-CTT---T--GG-A-AAGGCA---ATTTAA-GT---G-A-----GATGA--G--ATCG-A-C-T-TAC------------AG---AGA--A----C-A-T--C--A-G---GA--------GA-TGAC--AT--A--------------C----TT-GTT-A------G-T--TA-AC----C-TTAT---AT------------GTGAAG-----------TC-----A-----T-C-A--G--TA-AA----G-G-AA--G-----C-T-T--A-AAGACACA----CATAT--GA-G---G-ATACAT----AC-TTG-T-AGA----GTAC----CT--T----AT-G---A-TGTG------------A--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTC--------AGCGTCG-----TAG---G----------C-A----A-TA--TT-ATAAGA-ACA----C-AT-GAA---GAT-ACAC--AC---AGTGA--GAAAC----C-------TT-----ATC------AT---GGTGA-TGTTTT-----GG---GAGGC-ATT---C-CAA-TCA-A-GA-----C-A----G-G-C--T----A-C--G---T---A-GC------A--G--A--C----------ACGTATTGT--A--A-GAA-T-ACACA-----CT----A-------GTGAG---AGAGC----CTT-A---T-A------------A--G-TG-TG--ATAGT-CT-GTAG-GAAAG-CA-T-----------TC--AT-T----A
gi|6 : tgctggaaggtcattacagaagaaaagg---A----C--TTGCA-GAA--AC-AC-AG-G----TG-----GAT--AC-A--TACT-AG---TGAT----A-AAC----CT------------T-A-T-AA-A-TGT---G--AT-GT-CT--ATGGGAA-GA-CAT-T---C-----AG-T-G-AT--A---C-AGG-------TCA----CTTG---C------A---G---AA--A--C----------ACA--G-TTTG---A--T-------------ACA--TACTC----GTTT--C--AAAC----C-------------TGA---AA-A------ATG-C---G-GTTT-T--TGT-GAGG----A--A-A-C-TC---T----C-----TC---A--GT----G-G--CA---GG---AAGGT---TGC-AAATG---CATA--TA--A---G--------GA-TACAT----AC--T--GG---A-GAC--A-AACC----TGAC-AATTG---TGA-T---------AT-TTGT-GGG---AAGGAAC----TC-GGTGAGGCGGAACATGTACCGCGGAT-AT----TCATTCTAATAGGAGGAACACAGAAAC---T-TGT-----GA--ACGC-T-------------G--GTGA-T-GGA--C----C-TC-AG-AA-ATGTGAT----------GCCTGTccaaaaggaaacttacagacagttcatcggggatgcatatatga
gi|15 : c---A----C--TTACA-AAA--AC-CC-AT-G----AG-----GAC--AC-A--TACTGGG---TGTT----A-AAC----CT------------C-A-T-CA-ATTGT---G--AT-GT-CTA-AAGGGAA-GG---------------CA-T-C-AG------T-CAG---A---CCAG---C--A---CT-----T---AC--AG--A--C----------ACACCATGAGG---A--C-------------ACA--TAC-GCAAAGAGA--A--AATC----T-------------TAA---CG-A------ATG-T---G-AAGT-C--CCC-G-GGA---A--G-A-CATT---T----cgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|12 : acagagc---TGCA----G-AAC----CT------------T-T-T-GG-A-TGT---G--A--GTGCT--GTGGGAA-GA-TGT-T---C-----AA-TCG-AA--A---T-GAA---AAT-TTA----C--A----------A---AC--AC--A--C----------AC-----GAGG---A--C-------------ACA--CAATG----GTGAG-A--AATC----T-------------C-A---TA-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----A-----A----A--AG----G-A--CA---GG---AAC-A---T-T-ACAGA---CACA--CATGA---G--------GA-CACAT----AC--T--GG---T-GAG--A-GACC----TTAT-GAATG------CG---------AT-GTCTGTGG---GAAG-GCA--TTC-AGT--GATG---CA--------GGA--AC----A-----TTACAA-----AGGC----AC---A-TGA-----GG--ATACAT------A--C-T-G--GTGA-T-GAA--C----C-TT-AT-AA-ATGTAAT----------GTCTG--TGGGAAc
gi|4 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAA----A-CAT----TT------------T-C-T-GA-A-TGTTT-G--AT-GT-CT--TTGGAAG-GG-CAT-T---T-----AG-T-GGAA--A---CAGGG---G---TCATTTTC--A------------------GG--A--C----------ATG--T-GAGA---A--T-------------ACA--TACTTT---GTAAC-A--AATT----G-------------T-G---TG-ATTTTTTATG-TTT-G-ATGT-C--TGT-G-GA----A--G-A-CATTCTTT----G-----AG---G--AG----G-GATCA-TTA--------------C-AAAGA---CATA--TG--ATTGA--------TA-CACA-----CT--T--GG---T-GAA--A-AG-CCT--TTAT-AAATGT--TGA-T---------GT-TTG--TGG---AAAGGAA---TTC-TGT---AAG---AAAG------GGA--AC----T-----TCACA--------TC----GC---A-CAC-----AA--GGACAT------GTTC-T-G--GTGATT-AGA--A----T-TT-TC--A-ATGTGAT----------GTCTG--TGGGAAGG----T----T--T-TCAATAATGCC---A---C-C-G----A--AACTT-TCGAAG---G-C--ACA---------TGCA---GACACACA--CT------G---GT---TG---T------T------AA--ACTCA--T-CA-A---TGTC-A----TGTC--TGTG-GCGAGT-TCA---T--G------------TCC---A-GTTTCG-A------ACAG--AGCA----C-T-T-TAC------------AA---AAAC-A----C-A-T--G--A-G---GAC--ACAT-AC-T-GTGT-T--AA----A--CCT---C----AT-----C------A-T-GTG-A-----T-GTCT---AA------------GGGAAGTCA----T---TC-----A-----GTC-A--GACCA-CA----G-C-A---------C-T-T--ACA-GACA------CACAT--GA-G---GAACACAT---TAC-CAA-G-G------AAAT----CT--TAAACGA-A---A-TGTG-----------AA--AG-----TCCCT--GGGAAGGA-CATTg
gi|11 : atT------------T-A-T-AG-A-TGT---T--AT-GT-TT--GTGGGAG-GG-CAT-T---C------------AA--A----------------CA----C--T---T------A---A---AG--A--C----------ACA-----------------------------------CCA----GTGA--A--AACC----T-------------T-A---TA-A------ATG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-G-CATT---C----A-----AT---G--ATTCTAG-A--CACTTGC---A---T---G-T-AAAGG---C------A--A---A--------GA-TGTA-----AA-----GG---------------------CAT---ATG----GG-----------AT-GTG-----------ATGT---TTC-AGT---GAGT--CAGG------AGA--CT----T-----AAAGAG-----A--C----ACA--T-GAC-----G---ATACAT------A--T-T-G--GTTA-C-CAA--C----C-TT-AG-AA-ATGTGAT----------TTCTGT---GGGAAGACATT----T--G-T-------------------A-A----TG-AACAC-TTACAA---A-C--AC--A---C-AT--GAG--GATTCATA--CTGGTGAAT---GT---TGAGTGA-----T------AT-TACTGG--TAT--ACC-TGTATA----T-----TGtcctca
gi|8 : ------------T-A-T-GA-A-TGT---G--AT-TT-CT--GTGGGGA-GG-CAA-T---C-----TG-T-G-AA--ACAGT-AGG---T---TTA----C--A----------A---AC------A--C----------GTT--A-GAGA---A--C-------------G-C--T-TTA----GT----A--AACC----T-------------T-A---AA-A------ATG-T---G-ATGTAT--TTT-G-GA----A--G-G-CATT---T----A-----TT---C--A-----G-A--CA---GG---A--------------------ACA--AA--ACATA--------GA-CACA-----TA--A--GG---A-CAT--A-TA-C----TGGT-GA---T--TTACT---------TT-CTGT-GGG---AAGACA----TTC-AAT--CA-G---AAAG------GAA--GC----T-----T-ACAG-----ACAC----AC---A-TGA-----GG--ATACAT------A--C-T-G--ATGA-T-AAA--C----C-TT-AT-AA-ATGTGATTATAAATGTGATGTGTGTGGGAAGGACATT----caatacttgaactgatgata
gi|5 : ctgatgatataggtttaaGT---G--AT-TT-TC--ATGGGGC-GG-C-T-T---T-----CA---G-AG--A-------G---C---TTA----CTGA---CGCAGTGA---AG--AA--A--C----------ATTCTA-GAGGT--A--C-------------A-ACATACTG----GTGA--T--A--T----C-------------T-G---TT-A------ATG-T---CCATGT-A--T------------------CAT---------------AC---G--AT----G-G--AA--------A---C---C-TCAGAGA---TAGAT-AA--G---A--------GAGCATAT----AC--T--GG---A-GAT--A-AA-CC---TTAT-AAGTGT--GG--T---------AT-TTGT-GGG---AAATTA----TTC-AGT--CG-G---AAAG------AAAC-GA----T-------ACAG-----A--A----AC---A-TACAA---GG--ATACAT------G--T-T-G--GTGA-A-A-A--T----C-CGTAT-AA-GTGTGAT----------ATTTGT--GGGAAAG-CATT----------C-----GATC---A---G-A-C----AGGAAAG--TTACAG---A-G--ACATA---C-A----AG--GATACATA--CT------G---GT--------GA-----A------AA-ACCT------T--A---TG-A-A----T------GTG-AT--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CA--TTT---A-CT---C-A------ACAA--GGAA----A-C-T-TAA------------AG---ACAC-A----C-A-T--G--A-G---GAT--ACAT-AC-TGCTG-AT--AA----A--C-----CTT--AT-A---A------A-T-GTG-A-----T-GTCT---GT------------GGGAAGGCA----T---TC-----A-----A-T-C--G--GA-CA----G-G-A---AC----A-T-T----A-CAAACA----CACAT--GA-G---G-ATACA----CAC-TGG-T-GAT----AAAC----CT--T---TTA-A---A-TGT------------GA--TG-----TCTGT--GGGAA-GA-GATTT----------AATACGAAAAC-----------------------A-CAT-TT-A-CAGGTACA----C-AT-GAG---GAC-ACAT--cagtgagatgggatcattacagagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|22 : cacacaaggaagaaaactgGT---G--AT-GT-CT--GTGGGAA-GG-CTT-T---C-----AG-T-G-AG--A---T-GGG---A---TCA----
gi|9 : --GTGGGAA-GA-CAT-T---C-----AG-T-G-AG--A---C-AGG---A---G-A----CTTG---C------A---G---AG--G--C----------ACA--T-GAGG---A--T-------------ACG--TACTG----ATGA--A--AATC----C-------------TTG---TA-A------ATG-T---G-GTGT-C--TGT-G-GG----A--A-G-
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---AC--AG--AAAC----------ATA--T-AAAC---A--C-------------A-AA-TGGAG----GTGA--A--AAACAAGGC-------------C-A---TA-A------GTG-T---G-ATGT-C--TGT-G-GGA---A--G-A-CACT---CAA--A-----AG---A--AA----G-G--AA-C------A---G---T-T-CAAGAAC-CACA--TG--G---T--------GA-TACAT----AC--T--GG---T-GAT--A-AACC----TTAC-AAGTG---TGA-T---------GT-CTGT-GGG---GAGATA----TTC-AGT--Catattcgttcataacgaacacttgcatacacacatgaggatagatactggtgaatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|14 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgtttt-GAGG---A--T-------------T-AGCTACTG----ATGA--A--AATC----T-------------TTG---TA-A------ACA-TCTTG-GTGT-C--TGT-G-GG----A--G-A-TATT---agatagggcacatacaggga
gi|8 : aaactgtttagatgtgtgagtttttgtgggagacttcgtggagaccattggagattgcagaggcgct-A---TG-A------ATG-T---G-ATTT-C--TGT-G-GGG---A--G-G-CAAT---C----T-----GT---G--A-----A-A--CA-GTAG---G---T---T-T-ACAAA---CACGTTAG--A---G--------AA-CGC----------T--T----T-AGT--A-AA-CC---TTAA-AAATGT---GA-T---------GT-ATTT-TGG---AAGGCAT---TT--ATT--CAGA---CA--------GGA--AC----A-----AAACAT-----AGAC----AC---A-TAA-----GG--ACATAT------A--C-T-G--GTGA-T-TTA--C---------------------T----------TTCTGT---GGGAAGACATT----------C-----AATC---A---G-A-A----AGGAAG-C-TTACA------G--ACACA---C-AT--GAG--GATACATA--CTGA----T---GA---TA---AA-----CCTTATAAA-TG-TGA--T-T--A-----TA-A----A-----TGTG-AT--GT-GTG---T--GG-G-AAG-GA--CATTC-A-GT---G-A-----GATGG--G--ATC--A---T-TAC------------AG---AGAC-cggtttcatagcgaacacttgcatacacctaggatagatacttgctggtgattat
gi|12 : ctgatgatataggtttaat------ATG-T---G-A-GTGC--TGT-G-GG----A--A-GATGTT---C----A-----ATCGAA--AT----G-A--AA--------A---T---T-T-ACAAA---CACA--CACGA---G--------GA-CACAC----AA--T--GG---T-GAG--A-AATC----TCAT-AAATGT---GA-T---------GT-CTGT-GGG---AAGGCA----TTC-AAA--AGGA---CA--------GGA--AC----A-----TTACAG-----ACAC----AC---A-TGA-----GG--ACACAT------A--C-T-G--GTGA-G-AGA--C----C-TT-AT-GA-ATGCGAT----------GTCTGT---GGGAAGGCATT----------C-----AGTG---A---T-G-C----AGGAAC-A-TTACAA---A-G--GCA-----C-AT--GAG--GATACATA--CT------G---GT--------GA-----T------GA-ACCTTA--TAA--A---TGTA-A----TGTC--TGTG-Gtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|10 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttttgg---T---T-T-ACAGA---AACA--TA--T---A--------AA-CACA-----AA--T--GGAGGT-GAA--A-AA-CAAGGCCAT-AAGTGT---GA-T---------GT-CTGT-GGG---AAGACAC---T-C-AA----AAG---AAAG------GAACAGT----T-----CAA--G-----AACC----AC---A-TGG-----TG--ATACAT------A--C-T-G--GTGA-T-AAA--C----C-TT-AC-AA-GTGTGAT----------GTCTGT---GGGGAGATATT----gaag
gi|6 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgt-AGAAA---CACA--GG--T---G--------GA-TACAT----AC--T--AG---T-GAT--A-AA-CC---TTAT-AAATGTGATGTCT---------AT-G-----GG---AAGACA----TTC-AGT--GATA---CAGG------TCA--CT----T-------GCAG-----AAAC----ACAGTT-T--------G--ATACAT------A--C-T-C--GTTT-C-AAA--C----C-TG-AA-AA-ATGCGGT----------TTTTG--TGAGGAA-AC------------TC-----TCTC---A-----G-T----GGCA-------GGAA---G-GTTGCA-AATGC-ATATAAG--GATACATA--CT------G---G-----A---GA-----C------AA-ACCTGA-------------CA-A----T-----TGTG-AT--AT-TTG---T--GG-G-AAG-GA--ACTC--G-GT---G-A-----GGC-G--G--A----A-cagtcagatagggcacatacaggga
gi|15 : cacttgc---TACA--AA--A---ACCCATGAGGA-CACA-----TA--CTGGG---T-GTT--A-AA-CC---TCAT-CAATTG--TGA-T---------GT-CTAA-AGG---GAAG-GC---ATC-AGT--CAGA---C-CA------GCA--CT----T-------ACAG-----ACAC----AC---C--AT-----GAGGACACAT------A--C-GCA--AAGA-G-AAAATC----T-TA-AC-GA-ATGTGAA----------GTC--CCCGGG-AAGACATT----T--catgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|12 : acagagcactTGT-GGG---AAGATG----TTC-AAT--CGAA----ATG------AAA--AT----T-----TA-CAA-----ACAC----AC------AC-----GAGGACACAC------A--A-T-G--GTGA-G-AAA--T----C-TC-AT-AA-ATGTGAT----------GTCTGT---GGGAAGGCATT-------------------C---A---A-A-AGGACAGGAAC-A-TTACA------G--ACACA---C-AT--GAG--GACACATA--CT------G---GT---GA---GA-------------------GACCT-T--A---TG-A-A----T------GCG-AT--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CA--TTC---A-GT---G-A-----TGCAG--G--A----A-CAT-TAC------------AA---AGGC-A----C-A-T--G--A-G---GAT--ACAT-AC-TGGTG-AT--GA----A--C-----CTT--AT-A---A------A-T-GTA-A-----T-GTCT---GT------------GGGAAGc
gi|9 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttttggatgtgagtgc-TGG---GAAG-ACA--TTC-AGT---GAG----ACA------GGA--GA----C-----TTGCAG-----AGGC----AC---A-TGA-----GG--ATACGT------A--C-T-G--ATGA-A-AAT--C----C-TT-GT-AA-ATGTGGT----------GTCTGT---GGGAAGATA---------T-TC-----GTTC---A---T-A-A----CG-AACAC-TTGCA------T--ACACA---C-AT--GAG--GATAGATA--C-------T---GG---TG---AA-----T------A
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng--GT----T-----TTACAG-----A--A----AC---A-TAT-----AA--ACACAA------A--T-G-GAGGTGA-A-AAA--CAAGGC-CA--T-AA-GTGTGAT----------GTCTGT---GGGAAGACA-------------------CTCAAAA---G-A-A----AGGAACAG-TT-CAA---G-A--ACC-A---C-AT--GGT--GATACATA--CT------G---GT--------GA-----T------AA-ACCT-------------TACA-A----G-----TGTG-AT--GT-CTG---T--GG-G-GAG--A--TATTC-A-GT---C-A-----GATAG--G--tagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|8 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaat---T-TAC-----AA--ACACGTTAGAGAA--C-G-C--TTTA-GTAAA--C----C-TT-AA-AA-ATGTGAT----------GTAT-TTTGG--AAGGCATT----T--A-T--------TC---A---G-A-C----AGGAAC-----AAAACATA-G--ACA-----C-AT--AAG--GACATATA--CT----------------G---G-------------------TGA--T-T--------TA-C----T-----TTCT-GT--G-----------GG-A-AGA-CA--TTC---A-AT---C-A-----GAAAG--G--A----AGC-T-TAC------------AG---ACAC-A----C-A-T--G--A-G---GAT--ACAT-AC-TGATG-AT--AA----A--C-----CTT--AT-A---A------A-T-GTG-AT----T-gcacatacaggga
gi|13 : ctgatgatataggtttaatatgaatgtgatttctgtggggaggcaatctgtgaaacagtaggt-TAT-----GATGATATAT------A--C-A-G--GTGA-T-AAA--C----T-TA-TG-AATATATAATT---------GTCT--TTGGGAA-GACATT----T--ataaatgtgatgtgtgtgggaaggacattcagtgagatgggatcattacagagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|6 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggtaataaacaacattgcagagacatatg-----GG--ATACAT------A--C-T-A--GTGA-T-AAA--C----C-TT-AT-AA-ATGTGAT----------GTCTAT---GGGAAGACA---------T-TC-----AGTG---A---T-ACA----GGTCACTT-GCAGAA---A-C--ACA-G---T--TT------GATACATA--CT------C---GT---TT---CA------------AA-C-CTGA-------A------A-A----A-----TGCG-GT--TT-TTG---TGAGG-A-AAC-TC--TCTC--A-GT-----------GGCAG--G--A----AGG-T-TGC------------AA---ATGC-A----T-A-T--A--A-G---GAT--ACAT-AC-TGGAG-AC--AA----A--C-----CTG--AC-A---A------T-T-GTG-AT----A-TT-T---GT------------GGGAAGGAA----C---TC-----ataatgacacatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|15 : cacttgcagaaacacaggt-----GG--ACACAT------A--CTG-G--GTGT-T-AAA--C----CTCA-TC-AA-TTGTGAT----------GTCTA--AAGGGAAGGCA--------------------TC---AGT-C-A-G----ACCAGCAC-TTACAG---A-C--ACA-C---C-AT--GAG--GACACATA--Cggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|2 : acagagcacttacaaaaacccatgaACAC------A--C-T-G--GTGA-T-AAA--C----C-TT-ATTAC-ATGTGAC----------GTCTGT--GGGAAAGGCATT----T--A-TC--------A---A---T-A-A----GAGGACAT-TTACTA---GAG--AC------C-ATTGAAG---ATACATA--CA------G---GTGAGTG---AAACTTAT------AA---CTGA--T-G--A---TGTC-A----T-----TGTG-G----------------G-A-AGG-CA--TTC---A-GTT--G-A-----GACAG--G--ATA--A-C-T-TAC------------AG---AAACTA----C-AGT--G--ATG---GCC--ACAT-ACCTGG-------AA----A--AACGCTC----ATCA---A------G-T-GTGGAC----CGTTGC---GC------------TGGGAGAAAACA-T---TC-----AGTGTGA-C-A--G-----------G-GTA---C-----A-T-G--A-A-GA--------CACATTTAA-A---A-ACACAC----AG-TGG-T-GAA----AAAA----C---------------A-TATG-----------AA--TGCAACATCTGT--GAGAA-GA-CATTCTAT-----------------CTG---C----------C-A--CAATCA--TT-A-AAGTCGCA----C-AT-GTT---GAC-ACAT--ACT--GGTGA--TAAAC----C-------TT-----AT----A--AA---TGTGA-TGTCT-GTG-GG----AAGGC-ATTCAAT-CAATC------------A-G----G-ACA--T-TT-A-C--A---G---A------------G--A--C----------A-------C--A--T-GAT-G-ATACA-----T-----ACA----GGTGA----GAAAC----CTT-A---T-A------------A--A-TG-TG--GT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TC--AA-T----CGTA-----CA-GG------AC--AT--T----TGC-AG-AG---AC--ACA---TG-AG-G---ACACACA-----CA--TAAA----GG---TGA-T-ATAC----CTT-ATAAATGTG-------A-TGT------CTGT-----GGCAGGAA---T---CA---G-G-A-----A-CATTAA------------AGGGA--CAT--T-TAAAG--ACAC-ATCTT-G--GTGATAAGC-CTT--ATC-----------------AATG-TG-AT-AT--CTG-------TAGGATATA---A----TGTTT--AATCAAT--CAG--GACCA----TT----AGAGGTACA-----CTCAAAGACGCATGAT-CTTGATACACCTTAGAAATG------------TGA-TG-T-T-T---GGGAAGG-gcaaagagaaaatcttaacgaatgtgaagtccccgggaagacatttc
gi|9 : tgaatgcaacgtctgtgaaagacatcttctatctgtcacaagcatcatgtaaagacacacatgatgatttCAT------A--C-T-G--GTGA-A-TAA--T----C-TT-AT-CA-ATGTCAT----------GTCTATATGGCAAAG-CATTCAGNN--N-NN-----NNNN---N---N-N-N----NNNNNNNN-NNNNNN---N-N--NNN-N---N-NNNNNNN--NNNNNNNN--NN------N---NN---NN---NN-----N------NN-NNNNNN--N-N--N---NNNN-N----N-----NNNN-NN--NN-NNG---T--GG-G-AAGACA--TTC---A-GT---G-A-----GACAG--G--AG---A-C-T-TGC------------AG---AGGC-A----C-A-T--G--A-G---GAT--ACGT-AC-TGATG-----AA----A--ATC---C----TT-GTA-A------A-T-GTG-G-----T-GTCT---GT------------GGGAAGATA----T---TC------------------G--TT-CATAACG-A-A---C-----A-C-T--T-G-CATACA----CACAT--GA-G---G-ATAGA----TAC-TGG-T-GAA----tatacaaccggaggttatttaaatttgaattgtcagaaacacatgaggacagacacaagtaatgaatcttataaatgtgatgtctttggga
gi|4 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgGAT----------GTCTGT----GGAAGACATT----------C-----TTTG---A---G-G-A----GGGA--TCATTACAA---A-G--ACATA---TGATTG------ATACACA--CT------T---GG---TG---AA------------AA-GCCT----T-T--A---TA-A-A----T-----GTTG-AT--GT-TTG---T--GG-A-AAG-GAATTCT-----GT---A-A-----GAAAG--GG-A----A-C-T-TCA------------CA---TCGC-A----C-A-C--A--A-G---GAC--ATGT-TC-TGGTGATT--AG----A--ATTTT-C----A-------------A-T-GTG-AT----G-T-CT---GT------------GGGAAGGTT----T---TC-----A-----A-T-AATG--CCACC----G-A-A---A-----C-T-T--T-C-GAAGG-----CACAT--GC-A---G-ACACAC----AC-TGG-TTGTT----AAAC--------T---CATCA---A-TGTC------------A--TG-----TCTGT--GGCGA-G----TTC-ATG--------TCCAGTTTCGA---A----------C-A--GAG-CAC-TTTA-CAAAAACA----C-AT-GAG---GAC-ACAT--ACT---GTGT--TAAAC----C-------TC-----ATCA----------TGTGA-TGTCT--AA-GGG---AA-GT-CAT---T-CAGTCAG-ACCA-----C-A----G-C-A--C-TT-A-C--A-------G-AC------A--C--A--C----------A-------T--G--A-G-G-A-ACACA-----TT----ACC--AAGG--------AAAT----CTT-AAACG-A------------A--A-TG-TGA-AA-GT-CC-CTGG-GAAGGACA-T-----------TT--tatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|7 : ataaacattttctgaatgtttgatgtctttggaagggcatttagtggaaacaggggtcattttcaggacatgtgagaatacatactttgtaacaaattgtgtgattttttatgtttTC---A---C-A-T----GGAAACT---TAAAA---A-G--ACA-----C-AT--GAG--GACACATA--TC------A---GT--------AA-----T------AA-ACCT-------------TATA-A----A-----TGTG-AT--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CA--TTC---A-AT---C-A-----GAAAG--C--AC---A-C-T-TAC------------AG---TCGC-A----T-A-T--G--A-G---GAC--ATAT-CG-TGGGGAAC--AATCTTA--T-----C----A-------------A-T-GTG----------TCT---GT------------GGGAAGGAG----T---TC-----A-----G-T-C--G--CA-TA----G-A-G---C-----A-T-TTAA-A-GAAAC------ACAT--GA-A---G-ACA----------------GAA----CAGT----CTGAT---CA------A-TGTG------------A--TG-----TCTGT--GGGAA-AG-CGTTC-A---------ATCAGAGAGTA-----------------A--G-----C-TT-A-CAGAGACA----CTAT--AG---GAC-ACAT--ACT--GGTGA--GAGAC----C-------TT-----AC----A--AA---TGTGA-TATCT-GTG-GG----AAGGCGCT------CAATC-------------------G-G-A-----C-A-G--A---C---A-ACTTAC--A--G--AGTC----------A-------C--A--T-GAG-G-ACACA-----T-----ACT----GGTGA----GAGAC----CTT-A---C-A------------A--A-TG-TG--AA-GT-CT-GTGG-GAAGG-CG-T-----------TC--GA-T----cctca
gi|15 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaatta---A---C-A-G----AGCA---C-TTACAA---A-A--ACC-----C-AT--GAG--GACACATA--CT------G---GG---TG---T------T------AA-ACCTCA--T-C--A--------A----T-----TGTG-AT--GT--CTAAAG--GG-A-AGG-CA--T-C---A-GT---C-A-----GACCA--G--C----A-C-T-TAC------------AG---ACAC-A----CCA-T--G--A-G---GAC--ACAT-Acggacagacaacttacagagtcacat
gi|3 : --ACG-A---T-ATTG-AGTAGA-ACAT----------------T---TG---AA-----T------AAACGCT-------------TGGA-G----A-----TGTG-AT--GT-GTT---T--GG-GGAAA-CG--TAT---C-AC---C-A-----CTCAG--A--A----A-C-TGTGA------------AA---AAAC-GACACC-A-T--G--A-G----AC--ACAT-AG-TGTCG-A---AG----A--A-----C----CT-T------------T-G-A-AG----T-CTTG---GG------------GGGAAGGCA----T---TC-----A-----ATC-A--C--CA-CA----G-G-A------------------------------CACTT--CA-A---G-A-ACAA---TAC-TGG-T-GGT----AA-C----CA--T---TAT-A---A-TGTA-----------AG--TG-----T--GT--GGGAA-GGGCATTC---------------------GA---A----------T-C--GAA-TGT-GT-A-A-GACACA----C-ATTGAG---GATCACAT--AC---GATGA--AATAT----C-------CT-----TATA--A--AT----GTGA-AGT---GTG-TGG---AAGGC-AT------CAGTTT------------------------------A-C--A---C---A-AG------A--A--G--C----------T-------TTAA--A-GAG-------------TC----ACT----GGT-A----ATAAC----CTTCA---T-A------------ATAA-TG-TG--AAAGT-CT-TTGG-AAAGG-CAAT-----------TT--AAGT----GA-G------A-TG------AG--AT--C---------G-AC---TT--ACA-------G-A---G-A-ACA-----T---CAGG---AGA---TGA-CATA------CTT-GTTAGT-TA-------A-CCT-T----ATAT-----GTGAAGT-C-AT---CA---G-T-A----AA----GGAAG--C--T---TAAAGACACAC--A-TATGAGGATAC-ATACT-T--GT-AGAGTA-CCT--TAT----G-----------A--TGT-G-AT-GT--CTG-------T-GGG-AAG---G----CATT------CAGCGTCGT--AGGCAAT--ATTATAAGAAC-ACA------T-GAAGATACACACA-GT-GAGAAACCTTAT-CATG---G--------TGA-TG-T-TTT---GGG-AGG-CATTC-CAAT----CA--AGcgcaaagagaaaatcttaacgaatgtgaagtccccgggaagacatttc
gi|6 : tgctggaaggtcattacagaagaaaaggacctacagaaA-A---C-ACAGGTG--GATACATA--CT------A---GT--------GA-----T------AA-ACCT-------------TATA-A----A-----TGTG-AT--GT-CTA---T--GG-G-AAGACA--TTC---A-GT---G-A-----TACAG--GT-C----A-C-T-TGC------------AG---AAAC-A----C---------A-GTTTGAT--ACAT-AC-T--CGTTT--CA----A--A-----C----CT-GAAAA------A-T-GCG-GT----T-TT-T---GT--------------GAGGAAACTCTC---TC-----A-----G-T-G--G-----CA----G-GAA---G-----G-T-T--G-C-AAATG-----CATAT--AA-G---G-ATACA----TAC-TGG-A-GAC----AAAC----C---T---GAC-A---ATTGT------------GA--TA-----TTTGT--GGGAA-GG-AACTC-acaggctacgtagcagacacgtattgtaagaatacacactagtgagagagccttataagtgtgatagtctgtaggaaagcattcattaccaaaaggaaacttacagacagttcatcggggatgcatatatga
gi|5 : cacttgcagaGAG--AGCATATA--CT------G---G-----A---GA-----T------AA-ACCT-------------TATA-A----G-----TGTG-GT--AT-TTG---T--GGGA-AAT-TA--TTC---A-GT---C-G-----GAAAG--A--A----A-C-GATAC------------AG---AAAC-A----T-A-C--A--A-G---GAT--ACAT-GT-TGGTG-----AA----A--A-----TCCGTAT-A---A------G-T-GTG-AT----A-TT-T---GT------------GGGAAAGCA----T---TC-----G-----ATC-A--G--A--CA----G-G-A---A-----AGT-T--ACA-GAGAC------ATAC--AA-G---G-ATACAT----AC-TGG-T-GAA----AAAC----CT--T----ATGA---A-TGT------------GA--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTT-AC---------TCAACAA--------------------G--GAA--AC-TT-A-AAGACACA----C-AT-GAG---GAT-ACAT--AC--TGCTGA--TAAAC----C-------TT-----AT----A--AA---TGTGA-TGTC-TGT--GGG---AAGGC-A-T---T-CAATCGG-A--C-----A-G----G-A-A--CATT-A-C--A-------A-AC------A--C--A--C----------A-------T-------GAG-G-ATACA------C----AC----TGGTGA----TAAAC----CTT-T---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGA-GA-T-----------TT--AA-TACG-AAAA-----CA-C-----------AT--T----TAC-AG-GT---AC--ACA---TG-A--G---G-ACACA-----T---ggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|8 : cacacaaggaagaaaactggtgattttcatggggcggctttcagagagcttactgacgcagtgaagaaacattctagaggtacaacatactggtgatatctgttaatgtccatgtatcatacgatggaaacctcagagatagataaTACAAA--CA------C---GT---TA---GA-----G------AA-CGCT----T-T--A----GTA-AACCTTAAAAATGTG-AT--GTATTT---T--GG-A-AGG-CA--TTT---A-TT---C-A-----GACAG--G--A----A-C----AA------------AACATAGAC-A----C-A-T--A--A-G---GAC--ATAT-AC-TGGTG-------------------------AT-----------------TT-AC----T-TTCT---GT------------GGGAAGACA----T---TC-----A-----ATC-A--G--AA-AG----G-A-A---G-----C-T-T--ACA-GACA------CACAT--GA-G---G-ATACA----TAC-TGA-T-GAT----AAAC----CT--T----ATAA---A-TGTGATTATAAATGTGA--TG-----TGTGT--GGGAAGGA-CATTC-A
gi|8 : ctgatgatataggtttaatatgaatgtgatttctgtggggaggcaatctgtgaaacagtaggtt---GA-----T------GA-TATAGG--T-TTAA---TATG-A----A-----TGTG-AT---T-TCTG--T--GG-G-GAGGCA---AT---CTGT---G-A-----AACAG--T--A----GGT-T-TAC------------A-----AAC-A----C-G-TTAG--A-G---AAC--GCTTTAG-TAAACCTT--AA----A--A----------AT-GT--G------A-T-GT--AT----T-TT--------------------GGAAGGCA----T---TT-----A-----TTC-A--G--A--CA----G-G-A----------------A-C-AAAACATAGACACAT--AA-G---G-ACATAT----AC-TGG-T-GA--------------T--T---TAC--------------------------TT-----TCTGT--GGGAA-GA-CATTC-A---------ATCAGAAA--GG---A------------A--G-----C-TT-A-CAGACACA----C-AT-GAG---GAT-ACAT--ACT--GATGA--TAAAC----C-------TTATAAATGTG--ATTATAAATGTGA-TGT---GTGTGGG---AAGGA-CAT---T-CAG--TG-A-GA-----T-G----G-G-A--T------C--A---T---T-AC------A--G--A--gtgagatgggatcattacagagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|11 : ct---TATA-A----A-----TGTG-AT--GTCTGT---G--GG-A-AGG-CA--TTC---A-AT---G-ATTCTAGACACTTG--C----A-T-G-TAA------------AG---GCAA-A----G-A-T--G----------------T-AA-AGGC---------------A-----T----AT-G---G------GAT-GTG-ATG---T-TTCA---GT-----------------GAG---------------------------------T-CA----G-G-A---G-----A-C-TTAA-A-GAGAC------ACAT--GA-C---G-ATACAT----AT-TGG-T-TAC----CAAC----CT--T---AGA-A---A-TGTG------------A--TT-----TCTGT--GGGAA-GA-CATTT-GT-------AAT-----------------------------GAA-CAC-TT-A-CAAACACA----C-AT-GAG---GAT-TCAT--AC--TGGTGA--Agactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|12 : ttatagatgttatgtttgtgggagggcattcaaacacttaaagacacaccagtgaaaacct-----TGTGAGT--GC-TGT---G--GG-A-AGA-TG--TTC---A-ATC--G-A-----AATGA--A--A----A-T-T-TAC------------AA---ACAC-A----C-A-C--G--A-G---GAC--ACAC-AA-TGGTG-AG--AA----ATCT-----C----AT-A---A------A-T-GTG-A-----T-GTCT---GT------------GGGAAGGCA----T---TC-----A-----A-A-A--G--GA-CA----G-G-A---AC----A-T-T--ACA-GACA------CACAT--GA-G---G-ACACA----TAC-TGG-T-GAG----AGAC----CT--T----ATGA---A-TGC------------GA--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTC----------AGT-----GATG---------------C-AG-GAA-CA--TT-A-CAAAGGCA----C-AT-GAG---GAT-ACAT--AC--TGGTGA--TGAAC----C-------TT-----AT----A--AA---TGTAA-TGTC-TGTG-GGA---Atgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|4 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttttggaTG-AT--GT-CTT---T--GG-A-AGGGCA--TTT---A-GT---GGA-----AACAG--G--GGTC-A-T-T-TTC------------AG---GA-C-A----T-G-T--G--A-G---AAT--ACAT-AC-TT---TGT--AA----C--A-----A----AT-T---G--------T-GTG-AT----T-TTTT---ATGTTTGATGTCTGTGGAAGACA----T---TC------------------T--TT-GA----G-G-A---GGGATCA-T-T--A-C-AAAGA-----CATAT--GATT---G-ATACA----CACTTGG-T-GAA----AAGC----CT--T---TATAA---A-TGTT-----------GA--TG-----TTTGT--GGAAA-GG-AATTCTGTAAGAAA------------GG-------------------GAA-C-T-TC-A-CATCG-CA----C-AC-AAG---G---ACAT--GTTCTGGTGATTAGAA--------------T-----TTTC--A--A----TGTGA-TGTC-TGT--GGG---AAGG--TTT---T-CAAT----------------------A-A--T-GC---C--A---CCGAA-ACTTTCGAA--G--G--C----------A-------C--A--T-GCA-G-ACACA------C----ACTGGTTGTT-------AAAC----TC--A---T-C------------A--A-TG-TC--AT-GT-CT-GTGGCGAGTT-CA-T-----------GTCCAG-TTTCGAA-------CA-GA------GC--AC--T----TTACAA-AA---AC--ACA---TG-A--G---G-ACACA-----T------A---CTG---TG--TTAAAC----CTC-ATC-ATGTG-------A-TGT------CTAA-----GGGAAGTCA-TT---CA---GTC-A----GACCACAGCA---C--T---TACAGACACACA-T-GAGGA--ACACATTAC------CAAGGAAA-TCTTAAAC----G-----------AAATGTGA-AA-GTCCCTG---------GGA-AGG---A----CATTT--CCTCA----g
gi|15 : ataaacattttctgaatgttACAGA-G--C----A-C-T-TAC------------AA---AAAC-C----C-A-T--G--A-G---GAC--ACAT-AC-TGG-GTGT--TA----A--A-----CCTC-AT-C---A------A-TTGTG-AT----G-T-CTAAAG--------------GGAAGGCA----T----C-----A-----GTC-A--G--AC-CA----G-C-A---C-------T-T--ACA-GACAC-----ACCAT--GA-G---G-ACACAT----AC---G-C-AAAGAGAAAAT----CT--T---AACGA---A-TGTG-----------AA---G-----TCCCC--GGGAA-GA-CATT
gi|13 : --A----A-C-T-TAA------------CA---AGAC-A----T-A-T--GTTA-GAT-GAC--ATAC-AA-CATTACA---GA----G--A-----C----AT-A---T------G-T-ACG-ATGATATATTCT---G--------------GTAATAAA---------C-----A-----A-C-A--T--TG-CA----G---A---G-----A-CAT--A-T-G-----------TAT--GA-T---G-ATATAT----AC-AGG-T-GAT----AAAC----TT-------ATGA---A-TATA-----------TAATTG-----TCTTT--GGGAA-GA-CATTT-ATAAtc
gi|10 : atgaacatac-T-T-TAC------------AG---AAAC-A----T-A-T--A--A------AC--ACA--AA-TGGAG-GTGAAA----A--A-----C----AA-G---GCCATAAG-T-GTG-AT----G-T-CT---GT------------GGGAAGACA----C---TC-----A-----A-A-A--G--A--AA----G-G-AACAG-----T-T-C--A-A-GAA-C-----CACAT--GG-T---G-ATACAT----AC-TGG-T-GAT----AAAC----CT--T----AC-A---A--GTGT----------GA--TG-----TCTGT--GGGGA-GA-TATTC-Atgacacatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|6 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgt------------AG---AAAC-A----C-A-G--G--T-G---GAT--ACAT-AC-TAGTG-AT--AA----A--C-----CTT--AT-A---A------A-T-GTG-A-----T-GTCT---AT------------GGGAAGACA----T---TC-----AGTGATA-C-A--G--GT-CA------------------C-T-T--GCA-GAAA------CAC-----A-GTTTG-ATACA----TAC-TCG-T-TTC----AAAC----CT--G---AAA-A---A-TGCG-----------G---TT-----TTTGT--GAGGA-AA-CTCTC-TC---------------AGTGG--------------C-A--GGA-AGG-TT-G-CAAATGCA----T-AT-AAG---GAT-ACAT--AC--TGGAGA--CAAAC----C----------------TGACA--AT---TGTGA-TAT-TTGTG-GGA---AGGAA-C-----T-CGG--TG-A-GG-----C-G----G-A-A--C-AT-G-T--A---C---C-GC------G--G--A--TATTCATTCTAA-------T--A--G-GAG-GAACACAGAAACTTGTGAACG--CTGGTGA----TGGAC----CTC-A---G-A------------A--A-TG-TG--AT-GC-CT-GTCG-TAAAT-CG-T-----------TT--Agtcagatagggcacatacaggga
gi|8 : cacttgc----A--A-----T----AT-G---A------A-T-GTG-AT----T-T-CT---GT------------GGGGAGGCA----A---TCTGTGAA-----A-C-A--G--T------------A---G-----G-T-T--T-A-CAAAC------ACGTTAGA-G---A-ACGCTT---TA----G-T--------AAAC----CT--T---AAA-A---A-TGTG------------A--TG-----TATTT--TGGAA-GG-CATTT-AT---------TCAGACAG-GA---A----------C-A--AAA-CAT---------AGACA----C-AT-AAG---GAC-ATAT--ACT--GGTGA--------------------------TTT---A--CT---T-------TCT-GTG-GG----AAGAC-ATT-----CAATC---A-GA-----A-A----G-G-AAGC-TT-A-C--A-------G-AC------A--C--A--C----------A-------T-------GAG-G-ATACA-----T-----ACT----GATGA----TAAAC----CTT-A---T-AAATGTGATTATAA--A-TG-TG--AT-GT-GT-GTGG-GAAGGACA-T-----------TC--AG-T----GA-G------A-TG------GG--AT--CA---TTACAG-AG---AC--ctttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|12 : ctgatgatataggtttT-G---G------A-T-GTG-AG----T-G-CT---GT------------GGGAAGATG----T---TC-----A-----A----------T-CGAAATG-A-A---A-----A-T-T--T-A-CAAACA----CACAC--GA-G---G-ACACAC----AA-TGG-T-GAG----AAAT----CT------CAT-A---AATGTG------------A--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTC-A-AAA---------------GG---A----------C-AG-GAA-CA--TT-A-CAGACACA----C-AT-GAG---GAC-ACAT--AC--TGGTGA--GAGAC----C--------T-----TATG--A--A----TGCGA-TGTC-TGT--GGG---AAGGC-A-T---T-CAG--TG-ATGC-----A-G----G-A-A-----C-ATT--A---C---A-A-------A--G--G--C----------A-------C--A--T-GAG-G-ATACA------T----AC----TGGTGA----TGAAC----CTT-A---T-A------------A--A-TG-TA--AT-GT-CT-GTGG-GAAGtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|14 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagaaccttt------G-T-GTG-AG----T-TTTT---GT-------------GGGAGAC-----T---TC-----GT----G-G-A--G--AC-CATT--G-G-A---G-----A-T-T--GCA-GAGGC------GC-T--GA-G---G-ATTAGC---TAC-TGA-T-G-A----AAAT----CT--T---TGT-AAACA-TCTT-----------GG--TG-----TCTGT--GGG-A-GA-TATTC-
gi|17 : aaactgtttagatTCT---GT------------GGGAAGAAA----T---TC-----GC----G-C-A--G--TC-CA----GCT-A---C-----A-T-C--A----AAGCT----CACAT--GA-G---G-CTCCA----CAC-GGG-C-GAG----AAAC----Cggtttcatagcgaacacttgcatacacctaggatagatacttgctggtgattat
gi|9 : ---GT------------GGGAAGACA----T---TC-----A-----G-T-G--A--GA-CA----G-G-A---G-----ACT-T--GCA-GAGGC------ACAT--GA-G---G-ATACGT----AC-TGA-T-GAA----AATC----CT--T----GT-A---AATGTG-----------G---TG-----TCTGT--GGGAA-GA-TATTC-GT------TCATA------------A----------C----GAA-CAC-TT-G-CATACACA----C-AT-GAG---GAT-AGAT--AC--TGGTGA--Agtttgcctgctcattctgtccgaaaaggttc
gi|7 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TGAAAGAAA----TGGATC-----A-----A-TTA--T--CA-CAT---G-G-A---A-----ACT-T--A-A-AAAGA-----CACAT--GA-G---G-ACACAT----AT-CAG-T-AAT----AAAC----CT--T----AT-A---AATGTG------------A--TG-----TCTGT--GGGAA-GG-CATTC-A---------ATCAGAAA-----------------------GCA-CAC-TT-A-CAGTCGCA----T-AT-GAG---GAC-ATAT---CG-TGGGGA--ACAAT----C-------TT-----ATCA--A---------TG--TGTCT-GTG-GG----AAGGA-GTT-----CAGTCGC-A-TA-----G-A----G-C-A--T-TT-A------------A-AG------A--A--A--C----------A-------C--A--T-GAA-G-ACA-----------------------GA----ACAGT----CTG-A---T-C------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAAG-CG-T-----------TC--AA-T-------------CA--G------AG--AG--TAAGCTTACAG-AG---AC--ACT---AT-A--G---G-ACACA-----T-----AC---TGG---TGA--GAGAC----CTT-ACAAATGTG-------A-TATCT----GTG------GGAAGGCGC-TC---AA---T-C-G----GA-CAGACAA---C--T---TACAGAGTCAC--A-TGAGG--ACAC-ATACT-G--GTGAGA-GA-CCT--TAC----------------AAATG-TG-AA-GT--CTG-------T-GGG-AAG---G----CGTTCGATCGGA----CAG--A--CAAC--TTtatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|15 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatac-T-T--ACA-AAAAC-----C-CAT--GA-G---G-ACACAT----AC-TGGGT-GTT----AAAC----CT------CATCA---A-T-TGT----------GA--TG-----TCTAAA-GGGAA-GG-CATC-----------AGTCA-------G---A----------CCA--G---CAC-TT-A-CAGACACA----CCAT-GAG---GAC-ACAT--ACG-CAAAGAG-AAAAT----C-------TT-----AACG--A--A----TGTGA-AGTCC--CC-GGG---AAGAC-ATT---T-Cacagagtcacat
gi|6 : acagagcac-A-GAAAC------ACAG--GT-G---G-ATACAT----AC-TAG-T-GAT----AAAC----CT--T----AT-A---AATGTG------------A--TG-----TCTAT--GGGAA-GA-CATTC------------------AGTGAT--A----------C-A--GGT-CAC-TT-G-CAGAAACA----C-----AGTTTGAT-ACAT--ACT-CGTTT---CAAAC----C----------------TGAAA--AA---TGCGG-T-TTTTGTG-AGG---AAACT-CTC---T-CAGTGGC-A-GG-----A-A----G-G----T-T-------G---C---A-A-------A--T--G--C----------A-------T--A--T-AAG-G-ATACA------T----AC----TGGAGA----CAAAC----CTG-A---C-A------------A--T-TG-TG--AT-AT-TT-GTGG-GAAGG-AA-C-----------TC--GG-T----GAGGCGGAACA-TGTACCGCGG--ATA-T----TCA-TT-CT---A---ATA---GG-AG-G---A-ACACAGAAACTTG-TGAACGCTGG---TGA-T-GGAC----CTC-AGAAATGTG-------A-TG
gi|9 : cacttgcAAA-----CACAT--TA-G---C-ATGCAT----AC-TGG-T-GAA----TAAT----CT--T----ATCA---A-TGTC------------A--TG-----TCTATATGGCAA-AG-CATTC-AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N----------N-N--NNN-NNN-NN-N-NNNNNNNN----N-NN-NNN---NNN-NNNN--NNN-NNNNNN--NNNNN----N-------NN-----NNNN--N--NN---NNNNN-NNNNGTG----GG---AAGAC-ATT-----CAGT--G-A-GAC----A-G----GAG-A--C-TT-G-C--A---G---A------------G--G--C----------A-------C--A--T-GAG-G-ATACG-----T-----ACT----GATGA----AAATC----CTT-G---T-A------------A--A-TG-TG--GT-GT-CT-GTGG-GAAGA-TA-TTCG--------TT--CA-T----AACG-----AA-C-----------AC--T----T----GCAT---AC--ACA---CA-TGAG---G-ATAGA-----T-----AC---TGG---TGA-cctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcGG-T-GAA----AAACAAGGC-------CAT-A---A--GTGT----------GA--TG-----TCTGT--GGGAA-GA-CACTC-A-----------AAAGAAAGGA---A----------C-A--G-------TT-C-AAGAACCA----C-AT-GGT---GAT-ACAT--AC--TGGTGA--TAAAC----C-------TT-----AC----A--AG---TGTGA-TGTC-TGTG-GGG---A--GA-TAT---T-CAGTC---A-GAT----A-G----G-G-------C-A-C--A---T-----AC------A--G--atatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|12 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagaaacatataaacacaaatgga-T-GCA----GAAC----CT--T---TTG-G---A-TGTG-----------AG--TG------CTGT--GGGAA-GA-TGTTC----AATCGAAATGAAA------------------------------AT-TT-A-CAAACACA----C-AC-GAG---GAC-ACAC--AA--TGGTGA--GAAAT----C-------TC-----AT----A--AA---TGTGA-TGTC-TGT--GGG---AAGGC-A-T---T-CAA---A-A-GG-----ACA----G-G-A-------A-C--A---T---T-AC------A--G--A--C----------A-------C--AC-ATGAG-G-ACACA------T----AC----TGGTGA----GAGAC----CTT-A---T-G------------A--A-TG-CG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TC--AG-T----GATG-----CA--G------GA--AC--A----TTACAA-AG---GC--ACA---TG-A--G---G-ATACA-----T-----AC---TGG---TGA-T-GAAC----CTT-ATAAATGTA-------A-TGT------CTGT-----GGGAAGgga
gi|4 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAA----ACAT----TT--T---CTG-A---A-TGTTT----------GA--TG-----TCTTT--GGAAG-GG-CATTT-A---------GTGGAAACAGGG---G----------T--------CAT-TT-T-CAG-GACA----T-GT-GAG---AAT-ACAT--ACT-TTGTAA--CAAAT----TGTGTGATTT-----TTTA--T--GT---T-TGA-TGTCT---G-TGG---AAGAC-ATT---C----TTTG-A-GG-----A-G----G-G-A--T--C-A-TT-A---C---A-A-------A--G--A--C----------A-------T--A--T-GATTG-ATACA-----C-----ACT--T-GGTGA----AAAGC----CTTTA---T-A------------A--A-TGTTG--AT-GT-TT-GTGG-AAAGG-AA-T-----------TC--TG-T----AA-G-----AA-AG------GG--AA--C----TTC-AC-ATCGCAC--ACA---A-----G---G-ACATG-----T---T--C---TGG---TGATTAGAAT----TT---TCAATGTG-------A-TGT------CTGT-----GGGAAGGTT-TT---CA---A-T-AATGCCA-C-CGAAA---C--T---TTCGAAGGCAC--A-TGCAG--ACAC-ACACT-G--GTTGTTAAA-CTC--ATC-----------------AATGTC--AT-GT--CTG-------T-GGC-GAGTTCATGTCCAGTT--TCGAA----C-A--GAGC-AC--TTTACAAAAAC-AC------AT-GAGGACACATACT-G-TGTTAAACCTCAT-CATG------------TGA-TG-TCTAA---GGGAAGT-CA-TT-CAGTCAGAC---------CAC-------A-GCAC
gi|8 : at-A---A-TGTG------------A--TT-----TCTGT--GGGGA-GG-CAATC--TGTGAAACAGTA-------GGTTTA----------C-A---AA-CACGTT-A-GAGA-ACG----C---------------------TT-TAGT-----AAAC----C-------TT-----A--A--A--AA---TGTGA-TGTATTTTG-G-----AAGGC-ATT---T--A--TTC-A-GA-----C-A----G-G-A-------A-C--A---A---A-AC------ATAG--A--C----------A-------C--A--T-AAG-G-ACATA-----T-----ACT----GGTGA-----------------------------------------TT-TA--CT-TT-CT-GTGG-GAAGA-CA-T-----------TC--AA-T----CA-G-----AA-AG------GA--AG--C----TTACAG-AC---AC--ACA---TG-A--G---G-ATACA-----T-----AC---TGA---TGA-T-AAAC----CTT-ATAAATGTGATTATAAA-TGT-GATGTGTGT-----GGGAAGGACATT---CA---G-T-G-----A-GATGGGA---TCAT---TACAGAttacagacacacatgaggaacacattaccaaggaaatcttaaacgaaatgtgaaagtccctgggaaggacatttcctca
gi|9 : ctgatgatataggtttaatatgGT--GGGAA-GA-CATTC-A---------GTGA-------G---A----------C-A--GGA-GAC-TT-G-CAGAGGCA----C-AT-GAG---GAT-ACGT--AC--TGATGA--AAATC----C-------TT-----GT----A--AA---TGTGG-TGTC-TGT--GGG---AAGAT-ATT---C---GTTC--A-TA-----A-C----G-A-A-----C-A-CTTG---C---ATAC------A--C--A--C----------A-------T-------GAG-G-ATAGA------T----AC----TGGTGA----Agactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|7 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGAAATGG---ATCAATTATCAC-ATGGAA--AC-TT-A-AAAAGACA----C-AT-GAG---GAC-ACAT--A-T-CAGTAA--TAAAC----C-------TT-----AT----A--AA---TGTGA-TGTCT-GTG-GG----AAGGC-ATT-----CAATC---A-GA-----A-A----G---------C-A-C--A---C---TTAC------A--GTCG--C----------A-------T--A--T-GAG-G-ACATA-----TC----G-----TGGGGA----ACAAT----CTT-A---T-C------------A--A-TG-TG------T-CT-GTGG-GAAGG-AG-T-----------TC--AG-T------CG-----CA-TA------GAGCAT--T----T---------------------AA-AG-A---A-ACACA-----T---GAA-----------GA-CAGAACAGT-CTG-ATCAATGTG-------A-TGT-CT---GTG------GGAAAGCG--TT---CA---ATC-A----GA-GAGTAAG---C--T---TACAGAGACAC--TATA-GG--ACAC-ATACT-G--GTGAGAG-A-CCT--TAC----A-----------AA-TGT-G-AT-AT--CTG-------T-GGG-AAG---G----CGCTCAATCGGA----CAG--A--CAAC--TT---ACAGAG-TCAC----AT-GAGGACACATACT-GGTGAGAGACCTTACAAATG------------TGA-AG-TCTGT---GGGAAGG-CGTTtatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|13 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgAATAA---A----------C-A----A-CA--TT-G-CAGAGACATATGT-AT-GAT---GAT-ATAT--AC--AGGTGA--TAAAC-------------T-----TATG--A--ATA--TATAATTGTCTT--T-GGG---AAGAC-ATT---T-cgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|15 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggt---A----------C-A--GAG-CAC-TT-A-CAAAAACC----C-AT-GAG---GAC-ACAT--ACT-GGGTGT--TAAAC----C-------TC-----ATC---A--AT---TGTGA-TGTC-TAAA-GGG---AAGGC-A-----T-CAGTCAG-A-CC-----A-G--------------C-A-C------T---T-AC------A--G--A--C----------A-------C--ACCATGAG-G-ACACA------T----AC------GCAAAGAGAAAAT----CTTAA---C-G------------A--A-TG-TG--AA-GT-CC-CCGG-GAAGA-CA-T-----------TT--ataatgacacatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|11 : ----------C-A--GGA-GAC-TT-A-AAGAGACA----C-AT-GAC---GAT-ACAT--A-T-TGGTTA--CCAAC----C--------------TTAG--A--AA---TGTGA-TTTC-TGT--GGG---AAGAC-ATT---TGTAAT------GA-----A--------C-A--C-TT-A-C--A-------A-AC------A--C--A--C----------A-------T-------GAG-G-ATTCA------T----AC----TGGTGA----Ac
gi|11 : ttatagatgttatgtttgtgggagggcattcaaacacttaaagacacaccagtgaaaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatgattctagacacttgcatgtaaaggcaaagatgtaaaggcatatgggatgtgatgtttcagtgagtAA-CAC-TT-A-AAGACACA----C---------------CA---------GTGA--AAA-C----C-------TT-----AT----A--AA---TGTGA-TGTC-TGT--GGG---AAGGC-A-T---T-CAAT----------------------G-A--T-TCTA-G--A---C-----AC------T--T--G--C----------A-------T--G--T-AAA-G-GCAAA------------------GATGT----AAAGG----CAT-A---TGG------------G--A-TG-TG--AT-GT------------------T-----------TC--AG-T----GAGT-----CA-GG------AG--AC--T----TAA-AG-AG---AC--ACA---TG-A--C---G-ATACA-----T-----AT---TGG---TTA-C-CAAC----CTT-AGAAATGTG-------A-T-T-T----CTGT-----GGGAAG------------------A----CA-TTTGTAA---T---------GAA--CAC--T-TACAA--ACACtgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|10 : ttatagatgttatgtttgtgggagggcattca-TT-A-CAGAAACA----T-AT-AAA---CAC-AAATGGA----GGTGA--AAAACAAGGC-------CA-----T-----A--AG---TGTGA-TGTCT-GTG-GG----AAGACACT------CAA---A-A-GA-----A-A----G-G-A-------A-C--AGTTC---A-AG------A--A--C--C----------A-------C--A--T-GGT-G-ATACA-----T-----ACT----GGTGA----TAAAC----CTT-A---C-A------------A--G-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GGAGA-TA-T-----------TC--AG-T----acatgaggattcatactggtgaatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|12 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttTGC--AGAAC----C-------TT-----TTGG--A-------TGTGA--GTGCTGTG-GG----AAGAT-GTT-----CAATC-G-A-AA-----T-G----A-A-AA-T-TT-A-C--A-------A-AC------A--C--A--C----------A-------C-------GAG-G-ACACA-----CA----A-----TGGTGA----GAAAT----CTC-A---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TC--AA-A----AGGA-----CA--G------GA--AC--A----TTACAG-AC---AC--ACA---TG-A--G---G-ACACA-----T-----AC---TGG---TGA--GAGAC----CTT-ATGAATGCG-------A-TGT------CTGT-----GGGAAG-GCATT---CA---G-TGA----TG-CA-GGAA---CA-T---TACAAAGGCAC--A-TGAGG--ATAC-ATACT-G--GTGAT-GAA-CCT--TAT----------------AAATGT---AATGT--CTG-------T-GGG-AAG---cagatagggcacatacaggga
gi|8 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctTG--A--AT----GTGA-TTTCT-GTG-GGG---AGG-----------CAATCTG-T-GA-----A-ACAGTA-G-G--T-TT-A-C--A-------A-AC------A--------C----------G-------T--T--A-GAG-A-ACGC--------------T--TTAGT-------AAAC----CTT-A---A-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-AT-TTTG-GAAGG-CA-T-----------TT--AT-T----CAGA-----CA---------GG--AA--C----AAA-AC-AT---AG--ACA---CATAA-G---G-ACATA-----T-----AC---TGG---TGA-T--------------TTACT--------------T-T----CTGT-----GGGAAG-ACATT---CA---ATC-A----GA-AAGGAAG---C--T---TACAGACACAC--A-TGAGG--ATAC-ATACT-G--ATGATA-AA-CCT--TAT----AAATGTGATTATAAATG-TG-AT-GT--GTG-------TGGGA-AGG---A----CATT
gi|22 : ctgatgatataggtttaataGTGA-TGTCT-GTG-GG----AAGG--CTT---T-CAG--TG-A-GA-----T-G----G-G-A--T-cagtgagatgggatcattacagagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|7 : -CTT---T-CAGTATG-----------------G-G-A--T-TT-C-T--G---C---A-AC------A--G---------------------------A--A-GAG-A-ACATA-----TT----ca
gi|11 : attgtaagaaaacgtcactatgGTTTGTG-GG-----A-G----G-GCA--T-TC-A------------A-AC------A--------C----------T-------T--A--A-A---G-ACACA-----CC----A-------GTGA----AAA-C----CTT-A---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CA-T-----------TC--AA-T-------------------------G--AT--T----CT--AG-AC---ACTTGCATGTAA-AG-G-------------------CAAA----GA---TG--TAAAG------GC-AT--ATGGG-------A-TGT-G----ATGT---------------TT---CA---G-TGA----GT-CAGGAGA---C--T---TAAAGAGACACA-T-GACG---ATAC-ATATT-G--GTTA-------CC--AACCTTAG-----------AAATG-TG-AT-TT--CTG-------T-GGG-AAG---A----CA-TT--TGTAA----TGA--A--C-AC--TT---ACAAAC-ACAC----AT-GAGGATTCATACT-GGTGAAaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|15 : ttatagatgttat--A---C---A-A-------A--A--A--C----------C-------C--A--T-GAG-G-ACACA------T----AC---TGGGTGT----TAAAC----CTC-A---T-C------------A--ATTG-TG--AT-GT-CTAAAGG-GAAGG-CA-------------TC--AG-T----CAGA-----C--CA------GC--AC--T----TAC-AG-AC---AC--ACC---AT-GA-G---G-ACACA-----TACGCAAA----------GA-GAAAAT----CTTAACGAATGTG-------A-AGT-tgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|6 : acagagcactt------A--A--A--C----------A-------C--A--G-GTG-G-ATACA-----T-----ACT----AGTGA----TAAAC----CTT-A---T-A------------A--A-TG-TG--AT-GT-CT-ATGG-GAAGA-CA-T-----------TC--AG-T----GATA-----CA-GG------TC--AC--T----TGC-AG-AA---AC--ACA---------GTTTG-ATACA-----T-----AC---TCG---TT--TCAAAC----CTG-AAAAATGCG-------GTTTT-T----GTGA-----GGAAACTCT-CT---CA---G-T-G-----G-CAGGAAG---G--T---TGCAAATGCAT--A-TAAGG--ATAC-ATACT-G--GAGACA-AA-CCT--GAC----------------AATTG-TG-AT-AT--TTG-------T-GGG-AAG---ccccgggaagacatttc
gi|10 : cacttgcagGGTGA----AAAACAAGGCC--A---T-A------------A--G-TG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGA-CA-C-----------TC--AA------AA-G-----AA-AG------GA--ACAGT----TCA-AG-A----AC---CA---CA-TG-GT--G-ATACA-----T-----AC---TGG---TGA-T-AAAC----CTT-ACAAGTGTG-------A-TGT------CTGT-----GGGGAGgaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|13 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagaaacatataaacacaaatggaGGTGA----TAAAC----T-T-A---T-G------------A--A-TA-TATAATTGT-CT-TTGG-GAAGA-CA-T-----------TT---A-T----AATGACA--CA-TG------atattcagtcagatagggcacatacaggga
gi|12 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggtaataaacaacattgcagagacatatgtatgatgatatatacaTGC----AGAAC----CTT-T---T-G------------G--A-TG-TG--A--GTGCT-GTGG-GAAGA-TG-T-----------TC--AA-TCG--AA--------A-TG------AA--AA--T----TTACAA-AC---AC--ACA---CG-AG-G-----ACACA-----C-----AA---TGG---TGA--GAAAT----CTC-ATAAATGTG-------A-TGT-C-----TGT-----GGGAAG-GCATT---CAAAAG-G-A----CA----GGAA---CA-T---TACAGACACAC--A-TGAGG--ACAC-ATACT-G--GTGAGAG-A-CCT--TAT----G-----------AA-TGC-G-AT-GT--CTG-------T-GGG-AAG---G----CATTC--AGTGA----TGC--AGG-AAC--ATTA-CAAAGG--CAC----AT-GAGGATACATACT-GGTGATGAACCTTATAAATG------------TAA-TG-TCTGT---GGGAAGaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|8 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctT-A---T-G------------A--A-TG-TG--AT-TT-CT-GTGG-GGAGG-CA-A-----------TC--TG-T----GAAA-----CAGTA------GG------T----TTACAA-AC---AC--GTT---AG-AG-A-----ACGCT-----T---TA-------G---T-----AAAC----CTT-AAAAATGTG-------A-TGT-A----TTTT-----GGAAGGCAT-TTATTCA---G---------A-CA-GGAA---C--AAAACATAGACACA-----TAAGG--ACA-TATACT-G--GT-----GA-TTT--A-C-------------------TTTC----------TG-------T-GGG-AAG---A----CATTC--AATCA----GAA--AGGAAGC--TT-----ACAG-ACACAC--AT-GAGGATACATACT-GATGATAAACCTTATAAATGTGATTATAAATGTGA-TG-TGTGT---GGGAAGGACA-TT-CAGT--GAGA--TGGGATCAT-------T-ACA
gi|22 : ctgatgatataggtttaaG-TG--AT-GT-CT-GTGG-GAAGG-CT-T-----------TC--AG-T----GA-G------A-TG------GG--AT--gagactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : -GTGG-GAAGA-CA-T-----------TC--AG-T----GAGA-----CA-GG------AG--AC--T----TGC-AG-AG---GC--ACA---TG-A--G---G-ATACG-----T-----AC---TGA---TGA--AAATC----CTT-GTAAATGTG-------G-TGT------CTGT-----GGGAAGca
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--T----TTACAG-AA---AC--ATA---TA-A--------ACACA-----------AA---TGGAGGTGA--AAAACAAGGC-C-ATAAGTGTG-------A-TGT------CTGT-----GGGAAG-ACACT---CA---A-A-A----GA-AA-GGAACAGT--T---CAAGAAC-CAC--A-TGGTG--ATAC-ATACT-G--GTGATA-AA-CCT--TAC----------------AAGTG-TG-AT-GT--CTG-------T-GGG-GAG---A----TATTatattcgttcataacgaacacttgcatacacacatgaggatagatactggtgaatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|6 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatg-AG-AA---AC--ACA---G---GTG---G-ATACA-----T-----AC---TAG---TGA-TAAA-C----CTT-ATAAATGTG-------A-TGT-C-----TAT-----GGGAAG-ACATT---CA---G-TGA----TA-CAGGTCA---C--T---TGCAGAAACACAGT-T-TGAT-ACA-TACTCG-T--TTCAAA----CCT--GA-----A-----------AAATGC----G-GT--TTT-------T-GTG-AGG---A----AACTC--TCTCAG---TGG--CAGGAAG--GTTG-CAAATG--CAT----AT-AAGGATACATACT-GGAGACAAACCTGACAATTG------------TGA-TATT-TGT---GGGAAGG-cagtcagatagggcacatacaggga
gi|15 : cacttgc-G---G-ACACA-----T-----AC---TGGG--TGT-TAAA-C----CTC-ATCAAT------------TGT-G----ATGTCTAAAGGGAAG-GC-AT---CA---GTC-A----GA-C-CAGCA---C--T---TACAGACACAC--CATGAGG--ACAC-ATACGCA--AAGAGAAAATCTT--AAC----------------GAATG-TG-AA-GT--CCC-------C-GGG-AAG---A----CATTT--aactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|9 : acagagcacttacaaaaacccatgaGT-----GGGAAG-ACATT---CA---G-TGA----GA-CAGGAGA---C--T---TGCAGAGGCAC--A-TGAGG--ATAC-GTACT-G--ATGAAA--A-TCC--TTG----T-----------AAATGT-G-GT-GT--CTG-------T-GGG-AAG---A----TATTC--GTTCA----TAAC-GAACA-C--TTGC-ATACAC-ACA------T-GAGGATAGATACT-GGTGAAc
gi|10 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---T--T---TACAGAAACA-----TATAA--ACACAA-ATG-GAGGTGAAA---------AAC----A-----------AG--GCCATAA-GT--GTGATGTCTGT-GGG-AAG---A----CA------CTCA----AAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACC-ACA------T-GGTGATACATACT-GGTGATAAACCTTACAAGTG------------TGA-TG-TCTGT---GGGGAGA-TA-TT-CAGT--CAGAT-AGGG--CAC-------ATACAtatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|9 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgtG-------T-GGG-AAG---A----CATTC--AGTGA----GAC--AGGAGAC--TT---GCAGAG-GCAC----AT-GAGGATACGTACT-GATGAAAATCCTTGTAAATG------------TGG-TG-TCTGT---GGGAAGggga
gi|13 : aaatgtagtgcttgtgggaagacattgatttcaaacacattagcatgcatactggtgaataatcttatcaatgtcatgtctatatggcaaagcattcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---A----TATAT--TCTGG----TAAT-AAACAAC--ATTG-CAGA-G-ACATATGTAT-GATGATATATACA-GGTGATAAAC-TTATGAATAT--A--------TAATTG-TCTTT---GGGAAGA-CATTTATAAT--GACA--atattcgttcataacgaacacttgcatacacacatgaggatagatactggtgaatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
gi|15 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatA--GAGCA----CTTA-CAAAAA-CCC-----AT-GAGGACACATACTGGGTGTTAAACCTCATCAAT-T--G--------TGA-TG-T-C-TAAAGGGAAGG-CA--T-CAGTCAGACC--AGCACTTAC-------AGACACAcatgaatacagctgatagaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|6 : acAC--TTGC-AGAAAC-ACA-----G--GTGGATACATACT-AGTGATAAACCTTATAAATG------------TGA-TG-TCTAT---GGGAAGA-CA-TT-CAGT--GATAC-AGG--TCACTTGCAGAA-ACACAccatgaggacacatacgcaaagagaaaatcttaacgaatgtgaagtccccgggaagacatttc
gi|12 : cTTGCAGAACCTTTTGGATGT------------GAGTG-C-TGT---GGGAAGA-TGTTC-AATC--GAAATGAAAATTTACA------A-ACACAgtttgatacatactcgtttcaaacctgaaaaatgcggtttttgtgaggaaactctctcagtggcaggaaggttgcaaatgcatataaggatacatactggagacaaacctgacaattgtgatatttgtgggaaggaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|22 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcc--------TGA-TG-TCTGT---GGGAAGG-C-TTT-CAGT--GAGA--TGGGATCAcacgaggacacacaatggtgagaaatctcataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaaaaggacaggaacattacagacacacatgaggacacatactggtgagagaccttatgaatgcgatgtctgtgggaaggcattcagtgatgcaggaacattacaaaggcacatgaggatacatactggtgatgaaccttataaatgtaatgtctgtgggaag
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGACAATAGTATGATACACTTGTGATTTTCATGAAGCGGCTTTCAGAGAGCTTACAACTTATTGGTGGTATCTGTTAATGTCCACGAAACAATGTACCATACGATGGAAACCCCA
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|20 ): GTGGGAAGATGTACATTCAAATTTGGAAGAACTCATGGTGACACATACTGGTGACAAACC
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 22 22 1 2 2 222 000000000000000000000000000000000000000 2222 1 1 666666666666 111 1 77777777777777777777777777777777777777 1111 1111 5555555555555555555555555555 111 111 22 222222222222222222 1111111111 111 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777777777777777777777777777777777777 111 444444444444444444444444444444444444444444 111 3333333333333333 1111 66666666666666666666666666666666666666666 222222222 2222222222222 3333333 1 33333333333333333 777777777777777777777777777777777 22 333 222222222222222 111 11111 2222222222 111 5555555555555555555 1 1111 11 1111 1111 22 2222 11111 11 11111111111111111111111111111111 33 22222222222 222222 11 333333 11 2222222 555555555 444444444444444444444 111111 111 222222 11 2222 1 111 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 11 4
lowQualScore : 0 2 77 4 4 77 5 4 4 66 0 4 2 0 3 4 111 2 444444444444444444444444444444444444444 0 1111 3 6 7 444444444444 3 777 0 22222222222222222222222222222222222222 4 3 4444 2 66 0000 6666666666666666666666666666 77 111 1 000 44 333333333333333333 2 33 8888888888 2 5 5 3 000 666 1 33333 5 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 4444 999 777 0 55 88888 7777 0 7 3 7 55 7 3 0000000000000000000000000000000000000 2 4 99999 4 888 444 4 4 1 4 777777777777777777777777777777777777777777 55 3 55 3 3 3 3 111 7777777 77 8888888888888888 9999 6 1 6 99 1 9999 888 99999 4444 00000000000000000000000000000000000000000 3 1 1 222222222 6 1 0000000000000 3333333 6 0 1 22222222222222222 1 1 888 6 3 6 1 99 99 6 1 444444444444444444444444444444444 6 1 44 99 2 8 666 1 999999999999999 8 4 444 8 8 66666 2222222222 0 1 8 444 8 2222222222222222222 3 0 0 99 0 0 1111 22 11 0000 7777 8 1 33 0 4444 1 1 8 66666 8 55 0 6 11111111111111111111111111111111 6 1 11 1 7 3 1 55 1 0 22222222222 111111 8 44 111111 77 22 5 1 1111111 1 3 2 444444444 8888 5 666 0 999999999999999999999 666666 1 000 999999 77 55 6 5 6 5 6 6666 2 6 55 7 111 6 1 6 1 6 44 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1 333333 1 0 0 33 6 88 1 0
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ....................................... . .... . . . ............ . ... . ...................................... . . .... . .. .... ............................ .. ... . ... .. .................. . .. .......... . . . . ... ... . ..... . . ............................................................................................................ . .... ... ... . .. ..... .... . . . . .. . . ..................................... . . ..... . ... ... . . . . .......................................... .. . .. . . . . ... ....... .. ................ .... . . . .. . .... ... ..... .... ......................................... . . . ......... . . ............. ....... . . . ................. . . ... . . . . .. .. . . ................................. . . .. .. . . ... . ............... . . ... . . ..... .......... . . . ... . ................... . . . .. . . .... .. .. .... .... . . .. . .... . . . ..... . .. . . ................................ . . .. . . . . .. . . ........... ...... . .. ...... .. .. . . ....... . . . ......... .... . ... . ..................... ...... . ... ...... .. .. . . . . . .... . . .. . ... . . . . . .. . .................................................. . ...... . . . .. . .. . .
lowQualScore : 0 5 55 0 0 55 0 0 0 55 0 0 5 0 0 0 555 5 000000000000000000000000000000000000000 7 7777 3 0 3 555555555555 2 555 0 55555555555555555555555555555555555555 4 8 2222 8 99 6666 9999999999999999999999999999 77 777 0 888 22 666666666666666666 8 00 6666666666 0 3 7 0 000 999 6 33333 7 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 8888 000 000 4 55 33333 7777 7 3 6 3 00 3 6 2222222222222222222222222222222222222 3 0 99999 0 000 222 0 0 0 4 000000000000000000000000000000000000000000 00 6 00 6 6 6 6 444 0000000 11 7777777777777777 7777 7 7 7 22 0 3333 333 33333 2222 88888888888888888888888888888888888888888 7 0 7 555555555 7 7 0000000000000 2222222 7 8 0 22222222222222222 0 0 777 7 2 7 0 22 22 7 0 222222222222222222222222222222222 7 0 77 22 5 0 888 0 999999999999999 0 8 666 0 0 00000 2222222222 8 0 0 000 0 8888888888888888888 8 6 8 44 8 8 8888 00 00 0000 8888 0 8 00 8 6666 0 4 0 00000 0 00 8 4 88888888888888888888888888888888 7 0 33 0 3 2 0 44 0 8 22222222222 222222 0 44 666666 44 22 0 7 7777777 0 5 5 888888888 4444 7 111 1 888888888888888888888 444444 0 000 444444 99 55 7 7 7 7 7 7777 0 7 77 5 777 7 0 7 0 7 88 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333 0 000000 0 8 8 88 5 33 0 0
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCCG------GAC-----------AGGAA-C--TT-ACAGAAACACATGAGGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCG----------TGATGTCTGTGGG---AAGG-CATTCA-NT---CAGA---AAT----------------------AACCNTATGAA----TGTGATGTCTG--TGGGAAGA----CATTCAGNCAG-N-CAGGG-AC--TTGCGAAGA-CACAT-GAG---GATACATACTGGTGANAAACCTTATAAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCA-TTTCAGT-GAGCA-G--G--G--NTTACAGACGCACGT--G----AGGATACATACTGG-TGACA---AACCTTACAAAT-TG-TGAT-GTNTGTGGG--AAG-G--CATTTNTCTCGCGA-A---GNAACAT-T-ANCG-AGACA---------CAT--------G--AG-GA--ACA--------CATA------------CTGGTGATAA-AC--CTTA---TAA--ATGT--G--AT-G--TCTGT-G-G-A--AGA-C-AT------T-C-AGT-----G--A-ANAG-GACG--AC-TTACAGAGAC-A----CAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------AT-------------------GT--G-A--T-GTCTGTGGGAA-GG-CAT-T---CA--AT---GAGACGGGA---TCA-T--ACAACAGACAC-AT-GAG-GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTGGGAAGGCAT----TCAATAA-GACA--GGA---T---TTANA--GACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-AAA-C--TTAT-AAATGT-GA-N-GTN----TGTGGGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-CA-G--GAAACTTAACAGACACACAT-GAGGA-CACACACTGG-TGANAAA-CCTTATAAATGCGATGTCTG--TGGGGAAGACAT------T--T---T--CT--CACAAAGNAAC-TTTACAAAGACG-ACAT--GAGGACACATACTG-GT--GATAANCCTCATNATGTAAAT---GTGAT-GTCT-TTGG-AA-GGCA--TTCAGTGAGA-CG-GGA---ACTTACAGANACACATGAGG-ACA---CA-TACCGGNG-A----TAAAAC--GTAAGTGTGANTTTCTGTGGGAAGG-CATTCG-ACAGTNCA--GGA-GA-TT--A-A-GAGAC-CACATGAGGATACAT---TACCGGTGAAAAACCTT-AT-A---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTC---------AGT---AT---A------GGACAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCTTGCGGGG---AAGGCATT--TCAG-TCG-AGAC----CGGGATTCACGCAACAGACAC-------ANGAGGACACATTAC-T-AGTGA-NA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCAAT--GA-G--C--ANGNAANTTTG------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ACTGGTGATGAAACCTTATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAG-GCGT-TCAGT-AG-ACAGGNAAC-TTGCAGANNCACATGAG---GACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTNAC-AAATGTCGATGTCTGTGGGAAGGCATTCGN---TNA--CGAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAAAG--ACACATGAGGATAC------ATACTGGTGACGAACCTTATAAATG--TGATGTCTGTGGGAAGGCGTTTCGGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCCG------GAC-----------AGGGA-C--TT-ACAGAAACACATGAGGACACATACCGGTGATAAACCTTATAAATGT-----------TGATGTCTGTGGG---AAGG-CATTCA-TT---CAAA---AAT----------------------AACCATATGAA----TGTGATGTCTG--TGGGAAGA----CATTCAANCAG-T-CAGGG-AC--TTACGAAGA-CACAT-GAG---GATACATACTGGTGANAAACCTTATAAATGTGATTTC--TGTGGGAAGGCATTTTCAGTCGNGCA-G--G--G--ATTACAGANACACAT--G----AGGACACATACTGG-TGANA---AACCTNACAAAT-TG-TGAT-GTCTGTGGG--GAA-G--CATTTTTCTCANAA-A---GNAACNT-T-ANNA-AGACA---------CAT--------G--AG-GA--ACA--------CATA------------CTGGTGANAA-AC--CTTA---TAA--ATGT--G--AT-G--TCTGT-G-G-A--AGA-C-AT------T-C-AGT-----G--A-ACAGCGACA--AC-TTACAGAGAC-A----CAT-GAG--GAC--ACA-TACTG-GTGANAAAC-CTTA---T-A--A------------AT-------------------GT--G-A--T-GTCTGTGGGAA-GG-CAT-T---CA--AT---GAGACGGGA---TCA-C--ACAACAGACAC-AN-GAG-GACACATACT-GGTGAA--AANCC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTGGGAAGGCAT----TCAATAATGGCA--GGA---T---TTANA--GACAC-A-C---GA-GGACACATANTGGTGAT-AAA-C--TTAT-AAATGTTGA-T-GTN----TGTGGGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-CA-G--GGAGCTTAACAGANACACNT-ANGGA-CACATACTGG-TGANAAA-CCTTATAAATGTGATGTCTG--TGGGGAAGACAT------T--T---T--CT--CACAAAGNAAC-CTTACAAAGACA-ACAT--GAGGATACATACTG-GTTGGATAANCCTGATTATGTAANT---GTGAT-GTTT-TTGG-AA-GGCA--TTCAGTGAGA-CA-GGA---ACTTACAGANACACATGAGG-ACA---CA-TACTGGTG-A----TAAAAC--ATGAATGTGATTTTCTGTGGGAAGG-CATTCA-ACAGNNCA--GGA-GA-TT--A-A-GAAAC-CACATGAGGACACAT---TACTGGTGANAAACCTT-AT-A---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTC---------AGT---A----A------GGACAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATCGAANTGTGATGTCTTGTGGGG---AAGGCATT--TCAG-TCG-AGA-----AGGGATTCACACAACAGACAC-------ANGAGGACACATTAC-TTGGTGA-NA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--GA-G--C--ANGGGACTTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ACTGGTGATAAAACCTTATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAG-GCAT-TCAGT-AG-ACAGGGAAC-TTACAGANACACNTGAG---GACAC-ATACTGGTGANA-AACCTNAC-AAATGTCGATGTCTGTGGGAAGACATTCNC---TNA--CGAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAAAG--ACACATGAGGATAC------ATACTGGTGANAAACCTTATAAATG--TGATGTCTGTGGGAAGGCATTTCAGTGANAAGGG-TCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACAAG----------T--TATTTG------GAC-----------AAGGA-C--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATAT-GGTGATAAACCTTATGAATGT-----------TGATGTCTGTGGGTTTAAGG-CGTTTA-TT---TAAA---AAT----------------------AACCATATGAA----TGTGAT-TCTG--TTGGA-GA----CATTCAAACAGCT-CAGGG-ACCGTTAAGAAAA-CATATTAAG---GATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--G--G--ATTACGGATTCACTT--A----AGGATACATACAGG-TGAGA---GACCCAACAAAT-TG-CGAT-GTGTGTGAA--GAA-G--CATTTTTCTCACAA-A---GTAACTC-T-AATA-AGACA---------CAT--------G--AG-GA--ATA--------CATA------------CTGGTGAAAACAC--CATA---TAA--ATGT--G--AT-G--T-TGC-G-G-A--AGA-C-AT------T-TGAGT-----G--ATACAGCGACA--AC-TTACAGAGAC-A----CAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------AT-------------------GT--G-A--T-GTCTGTGGGAA-GG-CGT-T---CC--AT---GAGATGGGA---TCA-C--ACAACAGACAT-AA-GAG-GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTGGG-AGGCAT----TTAATAATGGCATTGGA---T---TTAAA--GATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-AAA-C--TCAT-AAATGTTGACT-ATG----TGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATG--GGAGTTTAACAGATTCACTT-ACGAA-CACATACGGG-TGAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACAT------T--TTTCT--TT--CACAAAGCAACTCTTAAAAGGACA-ACATTGGAGGATACATACTT-GTTGGATAATGCTGATTATGTAATT---GTGGT-GTTC-TTGG-AA-AGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---ATTTAAAGAAACACATGAGG-ACA---CA-TAATGGCGCA----TAAAAC--ATGGGTGTGATTTTCTGTTGGAAGA-AATTCA-ACAGCTCA--GGA-GA-TT--A-A-GAAAC-CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCAT-A---A-TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCATAAAAAAAAAT---A----AAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCTTGCGGGG---AAGGCCTT--TCAGTTTG-AGA-----AGGGATTCACACAACAGACAT-------AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AA-AACCCT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTAAT--AATG--C--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTG-GAAAGTGC-T-TCAGC-AC-ACATGGAAT-TTACGGACTCACTTACG---AACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTC---TCA--CAAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAAAG--ACA-ATGAGGATAC------ATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGTGGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAA-CAGTT-CAAGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAAGTG------------TGATGTCTGTGGG---GAGA-TATTCA-GT---CAGA---
gi|10 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagta----------------------AACCTTACAAG----TGTGATGTCTG--TGGGGAGA----TATTCAGTCAG-A-TAGGGCAC--ATACAGGGA-tagggcacatacaggga
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtatgtcttctacacaagcaaggactagttcaaacggaacatataatgaatgtagtgagtctgtagaggttgtccaaggaaaaagtataactaaagacccgaaaaatgttttacagaaacatataaacacaaatggaggtgaaaaacaaggccataagtgtgatgtctgtgggaagacactcaaaagaaaggaacagttcaagaaccacatggtgatacatactggtgataTTA---T-A--G------------AT-------------------GT--T-A--T-GTTTGTGGGAG-GG-CAT-T---CA--A------------------------------ACAC-TT-AAA-GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTGGGAAGGCAT----TCAAT----------GA---T---TC-TA--GACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA--------------AGATGTAAA-G-GCA----TATGGGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTCA-G--GAGACTTAA-AGAGACACAT-GACGA-TACATATTGG-TTACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTG--T-GGGAAGACAT------T--TG--T----------AATGAACACTTACAAACAC--ACAT--GAGGATTCATACTG-GT
gi|12 : -AACCTT-TTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCAATC-GA-A-----ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAG-GCAT-TCAAA-AGGACAGG-AACATTACAGACACACATGAG---GACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAG---TGA--TGCAG--------G--A-------ACATTAC-AAAGG---CACATGAGGATAC------ATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGTGGGAAGgaatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagAAC-T-T-AACA-AGACA---------TAT--------GTTA--GA--TGA--------CATA------------C--------A-AC--ATTA---CAG--A-----G--AC-A--TATGT-ACG-ATGATA-T-AT------T-C-TGG-----T--A-ATA--AACA--ACATTGCAGAGAC-ATATGTAT-GAT--GAT--ATA-TACAG-GTGATAAA--CTTA---T-G--A------------AT-------------------AT--ATAATT-GTCTTTGGGAA-GA-CAT-TTA-TA--AT---GACACATGA-----A-T--ACAGCTGATA
gi|13 : atgaacatac----AAGACATATGTTAGATGACATACAACATTACAGA------GAC-ATATGTACGATGAT-A--TATTCTGGTAATAA-A----CAACAT-T-GCAG-AGACA---------TAT--------GT-AT-GATGATA--------TATA------------CAGGTGATAA-AC---TTA---TGA--ATAT--ATAATTG--TCTTT-G-GGA--AGA-C-AT-------------------------------------TTATAATGAC-A----CAT-GA----------A-TACAG-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------AT-------------------GT--A-A--TCATTTTTTGAAA-GA-CAT-T---CA--GT---gaccttaagttaataatgtaatcattttttgaaagacattcagt
gi|13 : atgaacatacaacttaac--ATTGCAGAGACATAT--GTATGATGATATATACAGG-TGATA---AAC-TTATGAATATA-TAATTGTCTTTGGG--AAG-A--CATTT------------------------ATAA-TGACA---------CAT--------G--A------------------ATA------------CAGCTGATAG-AC--CTTAAGTTAATAATGT--A--AT-CATTTTTT-G-A-A--AGA-C-AT------T-C-AGT-----
gi|14 : atgaacatacaacttaacaagacatatgttagatgacatacaacattacagagacatatgtacgatgatatattctggtaataaacaacTGTGAGTTTTTGTGGG-AGA-C-TTCGTGGAGACCATTGGA-GA-TT--GCA-GAGG--CGC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GT-AAACA-TCTTGGTGTCTGTGGG-AGATATTC---------GGTTTCAT---A------G--C-GAACACTTGC--ATACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatgACAGAGCACTTACAAAAACCCATGAGGACACATACTGGGTGTTAAACCTCATC-AATTGTGATGTC-TAAAGGG---AAGGCA----TCAG-TC--AGAC----CAGCACTTACA-GACACAC-C-------ATGAGGACACA-TAC-GCAAAGAGAA-AATCTTAACGAATGTGA-A-GTCCCCGGGAAGACATTgtgattat
gi|17 : TCTG--TGGGAAGA----AATTCGCGCAG-TCCAGCT-AC--AT-CAAAGCTCACAT-GAG---GCTCCACACGGGCGAGAAACCtc
gi|19 : ATGTGAATTTTGTGGT-GTGT-T--G-AA-GACA-----ACTGATG-C--TGA---ACT-AAAGGCACACTTAAGG-ACT---CA-TACTGGAG-A----gtttgcctgctcattctgtccgaaaaggttc
gi|2 : a---TGA--ATGC--A--AC-G--TCTGT-G-A-A--AGA-C-ATCTTCTAT-C-TGT-----C--A-CAAGC-ATC--AT-GTAAAGACAC-A----CAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------AT-------------------GT--G-A--C-GTCTGTGGGAAAGG-CAT-TTATCA--AT---AAGA--GGA----CA-TTTACTAGAGAC-C-ATTGAA-GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTGGGAAGGCAT----TCAGTTGAGACA--GGA---TAACTTACA--GAAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-AAA-CGCTCATCAAGTGTGGA-CCGTTGCGCTGGGAGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGACA-G--GGTACATGA-AGACACATTT-AAAAA-CACACAGTGG-TGAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTG--TGAG-AAGACAT------T--C---TATCTGCCACAAT----C-ATTA--AAGTCGCACAT--GTTGACACATACTG-GT--GATAAACCT-----TATAAAT---GTGAT-GTCT-GTGGGAA-GGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--ATTTACAGAGACACATGATG-ATA---CA-TACAGGTG-A----GAAACCTTATAAATGTGG-TGTCTGTGGGAAGG-CATTCA-ATCGTACA--GGA-CA-TTTGC-A-GAGA--CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATAA---A-TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATC---------AG---------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC--AATGTGATATC-TGTAGGATATAATGT-TTAATCAA-TCA-GGACCATTAGAGGTACACTCAA-AGACGC-------ATG-------AT--C-T---TGA-TA-CACCTT-AGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACAACCGGA-GGTT--ATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAAT-GAATCTTATAAATGTGATGT-CTTTG-GGAacg
gi|20 : G--TGGGAAGATGTACATTCAA-------------AT--TTG-GAAGAACTCAT-GGT---GACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : -------------------GT--G-A--T-GTCTGTGGGAA-GG-CTT-T---CA--GT---GAGATGGGA---TCA-
gi|3 : T-G-G-A--AGGTC-AT------TAC-AGAA----G--A-AAAG----G--AC-CTACAGAAACGA----TATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------AT-------------------GT--G-A--T-GTGTTTGGGGA-AA-CGTAT---CACCACTCAGAAACTG-----TGA-A--AAAAC-GACACCAT-GAG--ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGGGGAAGGCAT----TCAATCACCACA--GGA----------------CAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-AAC-CA-TTAT-AA-TGT--A-A-GTG----TGTGGGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-TG-T--G-----TAA--GACACACATTGAGGATCACATAC-GA-TGAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--G--TGTGGAAGGCAT------CAGT---T--TA--CACAA-GAAGC-TTTAAAGAGTCA------------------CTG-GT--AATAACCTTCATAAT---AAT---GTGAAAGTCT-TTGG-AAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGACTTACAGAGA-ACATCAGG-AGATGACA-TACTTGT----------------T-AGT-TAACCTTATATGTGAAGT-CAT-----CAGTAAA--GGAAGC-TT--A-AAGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-AT-G---A-TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTC---------AGC---GTCGTA------GG-C--AATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTTT----GG---GAGGCATT--CCAA-TCA-AGA-----CAGGCT--ACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACACACTA-----GTGA-GAGAGCCTT-ATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCA-T--TA-C--CAAAAGGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTC---TGA--ATGTTTG--AT-G--TCTTT-G-G-A--AGGGC-AT------T-T-AGT-----GGAA-ACAGGGGTC--AT-TTTCAG-GAC-A----TGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------AT-------------------GTTTG-A--T-GTCTGTGG-AA-GA-CAT-T---CT--TT---GAGGAGGGA---TCA-TT-ACAA-AGACAT-AT-GATTGATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTGGAAAGGAAT----TCTGTAA-GAAA--GGGAACT---TCACATCG-CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTAGA-A--TTTT-CAATGT-GA-T-GTC----TGTGGGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-CC-ACCGAAACTT-TCGAAGGCACAT-GCAGA-CACACACTGGTTGTTAAA--CTCATCAATGTCATGTCTG--TGGCGAGTTCATGTCCAGT--T---T--CG--AACAGAGC-AC-TTTACAAAAAC--ACAT--GAGGACACATACTGTGT----TAAACCTCATCA------T---GTGAT-GTCTAAGGG-AA-GTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---ACTTACAGACACACATGAGGAACA---CATTACCAAGG-AAATCTTAAAC--G-AAATGTGAAAGTCCCTGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC--TTTCAG------A-G--A--G--CTTACTGACGCA-GT--G----AAGAAACATTCTAG-AGGTA---CA----ACATAC-TGGTGAT-ATCTGTT-----AATGTCCATGTATCATACGATG---GAAACCT-C-AG---AGATA---------GAT--------A--AGAGA--GCA--------TATA------------CTGGAGATAA-AC--CTTA---TAA--GTGT--G--GT-A--TTTGT-G-G-G--AAA-TTAT------T-C-AGTCG---G--A-A-AGAAACG--A---TACAGAAAC-A----TAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GT-------------------GT--G-A--T-ATTTGTGGGAA-AG-CAT-T---CG--AT---CAGACAGGAAAGTTA-C--AGA---GACAT-AC-AAG-GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTGGGAAGGCATTTACTCAACAA-GGAA----A---C---TTAAA--GACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-AAACC--TTAT-AAATG-TGA-T-GTC----TGTGGGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-CA-G--GAACATT-ACAAACACACAT-GAGGA-TACACACTGG-TGATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTG--T-GGGAAGAGAT------T--T---A--AT---ACGAAAACACATTTACAGGTAC--ACAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgTTG------CAGAAA---CAC-A-GGTGGATACAT--ACTAGTGATAAA-CCTTATAAATGTGATGT-CTATG-GGAAG-ACAT-TCAGTGAT-ACAGGTCAC-TTGCAGAAACAC---AGTTTGATAC-ATACTCGTTTCA-AACCTGAA-AAATG-CGGTTTTTGTGAGGAAAC--TCTC---TCAG-TGGCA--------G-GA-------AGGTTGC-AAATG---CATATAAGGATAC------ATACTGGAGACAAACCTGACAATTG--TGATATTTGTGGGAAGGAA-CTCGGTGA
gi|6 : cacAAACAC-------AGGTGGATACAT-AC-T-AGTGA-TA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTATGGGAAGACATTCAGT--GATA--C--AGGTCAC-TTG------CAGAAA---CAC-A-GTTTGATACAT--ACTCGTT-TCAAACCTGAAAAATGCGGTTT-TTGTGAGGAAA-CTCTCTCAGT--G-GCAGGAAGG-TTGCAAATGCATATAAG---GATAC-ATACTGGAGACA-AACCTGAC-AATTGT-GATATTTGTGGGAAGGAACTCGG---TGAGGCGGAACATGTACCG-CGGATATTCATTCTAATAGGAGGAACACA----GAAACTTGTGAACGCTGGTGATGGACCTCAGAAATG--TGATGCCTGTCGTAAATCGTTTggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|6 : cacttgcag----------------------AACCTTATAAA----TGTGATGTCTA--TGGGAAGA----CATTCAGTGAT-A-CAGGTCAC--TTGCAGAAA-CACA----GTTTGATACATACTCGTTTCAAACCTGAAAAATGCGGTTTT--TGTGAGGAAACTCTCTCAGT--GGCA-G--GAAG--GTTGCAAATGCATAT--A----AGGATACATACTGG-AGACA---AACCTGAC-AAT-TG-TGAT-ATTTGTGGG--AAG-G--AA-----CTCGGTG-AGGCGGAACATGT-ACCGCGGATATT-------CATTCTAATAGG--AG-GA--ACA--------CAGAAACTTGTGAACGCTGGTGATGG-AC--CTCA---GAA--ATGT--G--AT-G--CCTGTCG-T-A--AAT-C-GT------T-T-ACTTTGCCG--A-AATGTGTCATTGT-TTA-AGAAAG-A-----AT-GTT--GAC--TCT-TAGTT-GTGGTCAAC-CTTT---T-G--A------------ATCCATTGGGTTTATACATACAT--G----T-GTCTGTGGGAA-GG-CAT-T---CA--GT---TGGACAGAA---actttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|6 : cacttgcagaaacacaggtggatacatactagtgataTTATACATACA----------TG-TGTCTGTGGG---AAGG-CATTCAGTTGGACAGA---AATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACGGTATGAA----TGTGACATCTGTTTTAAAAGA----CATatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : cacttgcagaaacacaggtggatacatactagtgataaaccttataaatgtgatgtctatgggaagacattcagtgatacaggtcacttgcagaaacacagtttgatacatactcgtttcaaacctgaaaaatgcggtttttgtgaggaaactctctcagtggcaggaaggttgcaaatgcatataaggatacatactggagacaaacctgacaattgtgatatttgtgggaaggaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggt--GGA-AACTT--A-A-AAAGA-CACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-AT-A---AATGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTC---------AAT---C----A------GAA-AGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC--AATGTG---TCT-GTGGG----AAGG-AGT--TCAG-TCGCATA-----GAGCATTTA---AAGAAACAC-------ATGAAGACA------------GA-AC-AGTCTG-ATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCAAT--CA-G--A--GAGTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTG-GGAAG-GCGC-TCAATCGG-ACAGACAAC-TTACAGAGTCACATGAG---GACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATGT-GAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGA---TCG---GACA--------GACA-------ACTT--A-CAGAG--TCACATgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatTATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATCT--GTGAAACA-GTAG--G--TTTACA--AACACGTTAG----AGAACGCTT--TAG-T---A---AACCTTAAAAAT--G-TGAT-GTATTTTGG--AAG-G--CATTTAT-TCAGAC-A---GGAACAA-A-ACAT-AGACA---------CAT--------A--AG-GA---CA--------TATA------------CTGGTGAT--------TTA---C--------------T-T--TCTGT-G-GGA--AGA-C-AT------T-C-AATCA---G--A-A-AG-GA-A--GC-TTACAGACAC-A----CAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAAT-------------------GT--G-A--T-GTGTGTGGGAA-GGACAT-T---CA--GT---GAGATGGGA---TCATT--ACAG-AGAC
gi|8 : ctgatgatataggtttaaCA------GAA-----------AGGAAGC--TT-ACAGACACACATGAGGATACATACTGATGATAAACCTTATAAATGTGATTATAAATGTGATGTGTGTGGG---AAGGACATTCA-GT---GAGATGGGAT----------------------CATTACA-GAGACTCNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NN--NNNNNNNNN-NATAT-GAG---GATACATACTGATGATAAACCTTATAAATGTGATGTC--TATGGAAAGGCA--TTCAGTTGAACA-G--G--AACATTACAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaatatgaatgtgatttctgtggggaggcaatctgtgaaacagtaggtttacaaacacgttagagaacgctttagtaaaccttaaaaatgtgatgtattttggaaggcatttattcagacaggaacaaaacatagacacataaggacatatactggtgatttactttctgtgggaagacattcaatAA----TGTAGTGCTTG--TGGGAAGA----CATT--------------G-AT--TT-CAAA---CACAT-TAG---CATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA--TTCAGNNNNNNN-N--N--N--NNNNNNNNNNNNNNN--N----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-NN-NNNN-NNNNNNNNN--NNN-N--NNNNNNNNNNGTGG-G---AAGACAT-TCAGTG-AGACAGGAGACTTGCA---------G--AG-GC--ACATGAGGATACGTA------------CTGATGAAAA-TC--CTTG---TAA--ATGT--G--GT-G--TCTGTGG-G-A--AGA-T-AT------T-C--GT-----T--C-ATAACGAAC--AC-TTGCATACAC-A----CAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGActgggattatcattaataggaa
gi|9 : aGTG-GGAAG-ACAT-TCAGTGAG-ACAGGAGAC-TTGCAGAGGCACATGAG---GATAC-GTACTGATGAAA-ATCCTTGT-AAATGT-GGTGTCTGTGGGAAGATATTCGTTCATAA--CGAA-----------C--------ACTT--G-CATAC--ACACATGAGGATAG------ATACTGGTGAatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGACAATAGTATGATACACTTGTGATTTTCATGAAGCGGCTTTCAGAGAGCTTACAACTTATTGGTGGTATCTGTTAATGTCCACGAAACAATGTACCATACGATGGAAACCCCA
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 444444444444444444444444444444444444444 3333333 1 11111 222 2222 7777777777777777777777 1 11 555555555555 11 11 111 11 111 5555555555555555555555555555 11 11 11111111111111111 11111 111111111 33333333333333 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 1 1 66666666666666666666666666666666 333333333333333333333 333333333333333333 1111111111 11 1111 66666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 11111111111 2222222 22222222222222222222222 22222222 222222222222 111 6666666666666666666666666666666666666666 33 888888888888888888888888 111 111 111 111 111 444444444444444444444 33333333333333 222222222 22222222222222 11111 1 22222 1 8888888888888888888888888 11 333333 1111 111111 33333333333333333 11111 22222222 44444444444 1111111 111 222222 11 2 1 22222 1 1 1 22 77777777777777777777777777 1 222 333333 11 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 666666666666666666666666666666666666666 5555555 3 4 2 5 44444 7 333 1 8888 7777777777777777777777 33 2 11 0 2 555555555555 33 55 777 00 1 0 0 444 2222222222222222222222222222 11 00 22 11 2 77777777777777777 2 1 66666 0 1 777777777 3 88888888888888 8 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 5 0 5 22222222222222222222222222222222 3 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 4 4 4 777 9999999 88 888888888888888888 6666666666 0 5 77 5 33 888 77 77 5 7777 00000000000000000000000000000000000000000000 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 88888888888888888888888 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 2 2 555 6 4 7777777777777777777777777777777777777777 5 66 11 66 0 0 4 77 6 1 333333333333333333333333 555 999 6 6 99 6 444 888 6 1 8 1 444 8 333333333333333333333 33333333333333 222222222 1 77 99999 99999999999999 1 5 99999 1 2 0 6 00000 6 0 5 7777777777777777777777777 5 11111 5 66 1 6 00 444444 5555 444444 5 00000000000000000 0 999 2 3 44444 1 1 77777777 9999 5 666 0 1 44444444444 1 1 55 9999999 1 111 777777 99 11 0 1 8 8 0 2 44444 1 77 2 22 0 0 1 0 22 4 0 11 1 22222222222222222222222222 3 0 333 2 3 888888 9 88 6 2 22
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ....................................... ....... . . . . ..... . ... . .... ...................... .. . .. . . ............ .. .. ... .. . . . ... ............................ .. .. .. .. . ................. . . ..... . . ......... . .............. . ......... ................. . . ... ..... . ....... . . . ................................ . . . .. .. . . . . ..................... .. . . . . ... ....... .. .................. .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ....................... . . ........ . . ............ . . . . . . ... . . ........................................ . .. .. .. . . . .. . . ........................ ... ... . . .. . ... ... . . . . ... . ..................... .............. ......... . .. ..... .............. . . ..... . . . . ..... . . . ......................... . ..... . .. . . .. ...... .... ...... . ................. . ... . . ..... . . ........ .... . ... . . ........... . . .. ....... . ... ...... .. .. . . . . . . ..... . .. . .. . . . . .. . . .. . .......................... . . ... . . ...... . .. . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 555555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 5 0 33333 3 333 0 3333 5555555555555555555555 55 0 00 8 5 555555555555 88 22 222 22 0 8 6 888 2222222222222222222222222222 66 88 66 00 0 77777777777777777 8 2 66666 8 0 222222222 0 88888888888888 8 666666666 00000000000000000 0 0 666 77777 4 3333333 0 0 0 11111111111111111111111111111111 7 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 0 0 0 000 5555555 33 000000000000000000 4444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 9999 44444444444444444444444444444444444444444444 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 99999999999999999999999 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 1 0 666 5 1 6666666666666666666666666666666666666666 0 44 44 99 5 5 3 99 7 0 777777777777777777777777 888 777 7 7 22 7 000 333 7 0 0 4 000 0 000000000000000000000 55555555555555 555555555 0 99 66666 00000000000000 4 1 44444 1 7 6 7 00000 8 8 5 6666666666666666666666666 9 66666 0 33 0 7 55 000000 3333 999999 7 11111111111111111 7 888 5 6 33333 0 7 99999999 8888 7 111 1 4 22222222222 0 0 22 8888888 0 777 333333 22 44 8 8 0 0 0 8 55555 0 22 0 00 0 0 0 0 00 0 2 22 0 88888888888888888888888888 2 0 555 5 2 333333 0 33 7 5 00
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCNNAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCGTGATGTCTGTGGG---AAGGCGTTCAGT----CAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACCGTATGAATGTGACGTCTG--TGGGAAGACATTCANTCAG--CAGG-GAC--TTGCGAAGA-CACAT-GAGGATACATACTGGTGAAAAACCTTATAAATGTGATTTC--TGTGGGAAGGCAT---TT-C--AGC-G-AGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAATTGCGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTC---GCGAT-AGNAACATT-AACG-AGACA-----------------CATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGA-C-AT------T-C-AGT--NA-AAA---G-GACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGGAA-GG-CAT-T---CA--GT---GAGACGGGA---TCA--T--ACAG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-G-GCA--GGA---T---T-CANA--GACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-CG-G--GANACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGG-TGANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACAT------T--TN--C---T----CACAAAGNA-AC----T-TT-AC-AAAGAC--ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATA-ANCCT--------CA------T-AT--AAATGTGAT-GTCT-TTGG-AA-GGCA--TTCAGTCAGAC--AGGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACA---CA-TACTGGCG-A----TAAANCTTATAAGTGTGAN-----------TNTCTGTGGGAAGA-CATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-ATA---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------ATC-------GGACAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGG---AAGGCATT--TCAG-TCG---AGACC----GGGATTTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-NA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCAAT--GA-G--C--ANGNAANTTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ACTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAGCGCGCTCAGC-GG-ACAGGAAANTTACAGACNCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTNAC-GAATGTCGANGTCTGTGGGAAGGCATTCGGTNA--CGAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAGAG--ACACATGAGGATAC------ATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TGATGTCTGTGGGAAGNCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCCG------GAC-----------AGGAAC--TT-ACAGAAACACATGAGGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCGTGATGTCTGTGGG---AAGGCATTCANT----CAGAAAT----------------------AACCNTATGAATGTGATGTCTG--TGGGAAGACATTCAGNCAGN-CAGG-GAC--TTGCGAAGA-CACAT-GAGGATACATACTGGTGANAAACCTTATAAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAT---TT-C--AGT-G-AGCA-G--GGNTTACAGACGCACGT--GAGGATACATACT---GG-TGACA---AACCTTACAAATTGTGATGTNTGTGGGAAGG--CATTTNTCTC---GCGA--AGNAACATT-ANCG-AGACA-----------------CATG-AG-GA--ACACATACTGGTGATAA-AC--CTTATAAATGT--G-A--TGTCTGT-GGAAGA-C-AT------T-C-AGT--GA-ANA---G-GACGACTTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGGAA-GG-CAT-T---CA--AT---GAGACGGGA---TCA--T--ACAACAGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-AA-G-ACA--GGA---T---T-TANA--GACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-CA-G--GAAACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGG-TGANAAA-CCTTATAAATGCGATGTCTGT--GGGGAAGACAT------T--TT--C---T----CACAAAGNA-AC----T-TT-AC-AAAGACG-ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATA-ANCCT--------CA------TNATGTAAATGTGAT-GTCT-TTGG-AA-GGCA--TTCAGTGAGAC--GGGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACA---CA-TACCGGNG-A----TAAAAC--GTAAGTGTGAN-----------TTTCTGTGGGAAGG-CATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGAAAAACCTT-ATA---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------ATA-------GGACAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TGCGGGG---AAGGCATT--TCAG-TCG---AGACC----GGGATTCACGCAACAGACAC-----ANGAGGACACATTAC--TAGTGA-NA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCAAT--GA-G--C--ANGNAANTTTG------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ACTGGTGATGAAACCTTATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAG-GCGTTCAGT-AG-ACAGGNAACTTGCAGANNCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTNAC-AAATGTCGATGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTNA--CGAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAAAG--ACACATGAGGATAC------ATACTGGTGACGAACCTTATAAATG--TGATGTCTGTGGGAAGGCGTTTCGGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACAAG----------T--TATTTG------GAC-----------AAGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATT----TAAAAAT----------------------AACCATATGAATGTGAT-TCTG--TTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGG-GACCGTTAAGAAAA-CATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGT---TTTC--GGTCG-CGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTGCGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTC---ACAA--AGTAACTCT-AATA-AGACA-----------------CATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGC-GGAAGA-C-AT------T-TGAGT--GATACA---GCGACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGGAA-GG-CGT-T---CC--AT---GAGATGGGA---TCA--C--ACAACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATG-GCATTGGA---T---T-TAAA--GATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATG--GGAGTTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGG-TGAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACAT------T--TT--TCTTT----CACAAAGCA-AC----TCTT-AA-AAGGACA-ACATTGGAGGATACATACTTGTTGGATA-ATGCT--------GA------TTATGTAATTGTGGT-GTTC-TTGG-AA-AGCA--TATAGTGAGAC--AGGA---A-TTTAAAGAAACACATGAGG-ACA---CA-TAATGGCGCA----TAAAAC--ATGGGTGTGAT-----------TTTCTGTTGGAAGA-AATTCA-ACAGCTCA--G-GA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCATA---A-TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGG---AAGGCCTT--TCAGTTTG---AGA-A----GGGATTCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AA-AACCCT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTAAT--AATG--C--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTG-GAAAGTGC-TTCAGC-AC-ACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCA--CAAAA--------G-CA-------ACTTTAA-AAAAG--ACA-ATGAGGATAC------ATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGTGGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTT-CAAGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGT----CAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGGAG-GG-CAT-T---CA--A-------------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT------------GA---T---T-C-TA--GACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTCA-G--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGG-TTACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACAT------T--T-------------GTAATGAACAC------TT-AC-AAACAC--ACAT--GAGGATTCATACTGGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : -AACCTT-TTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCAATC-GA-A-----ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTG-GGAAG-GCATTCAAA-AGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGA--TGCAG--------G--A-------ACATTAC-AAAGG---CACATGAGGATAC------ATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGTGGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTG---GTAATAAACAACATT-GCAG-AGACA-----------------TATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGA-C-AT--------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGAAA-GA-CAT-T---CA--GT---
gi|14 : atgaacatacaacttaacGTGTGAG-----------TTTTTGTGGG-AGA-C-TTCGTGGAGACCATTG-GA-GATT--GCAGAGG----CGC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GTAAACA-TCTTGGTGTCTGTGGG-AGATATTCGGTTTC-----ATA-------G--C-GAACACTTGC--ATACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatACAGAGCACTTACAAAAACCCATGAGGACACATACTGGGTGTTAAACCTCATC-AATTGTGATGTC--TAAAGGG---AAGGCA----TCAG-TC----AGACC----AGCACTTACA-GACACAC-C-----ATGAGGACACA-TACG-CAAAGAGAA-AATCTTAACGAATGTGA-A-GTCCCCGGGAAGACATTgtgattat
gi|17 : TCTGTGGGAAGA-AATTCGCGCAGTCCA--GCTA-CATC--A-A-AGCT---CACATGAGGCTCCA----CACGGGCGAGAAACCtc
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGT-GAAAGA-C-ATCTTCTAT-C-TGT--CA-CAA---G-CATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGGAAAGG-CAT-TTATCA--AT---AAGA--GGA----CA--TTTACTAGAGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-G-ACA--GGA---TAACT-TACA--GAAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGACA-G--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGG-TGAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACAT------T--CTATC---TGC--CACAA-------------TC-ATTAAAGTCGCACAT--GTTGACACATACTGGT--GATA-AACCT--------TA------T-----AAATGTGAT-GTCT-GTGGGAA-GGCA--TTCAATCAATC--AGGAC--A-TTTACAGAGACACATGATG-ATA---CA-TACAGGTG-A----GAAACCTTATAAATGTG-G-----------TGTCTGTGGGAAGG-CATTCA-ATCGTACA--G-GA-CATTTGC-AGAGAC----ACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATA---AATGTG-ATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATC--TGTAGGATATAATGT-TTAATCAA-TCA---GGACCATTAGAGGTACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TA-CACCTT-AGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACAACCGGA-GGTT--ATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTG-GGAgtttgcctgctcattctgtccgaaaaggttc
gi|20 : G--TGGGAAGATGTACATTCAA--------AT--TTG-GAAGAACTCAT-GGTGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGGAA-GG-CTT-T---CA--GT---GAGATGGGA---TCA--
gi|3 : T-GGAAGGTC-AT------TAC-AG----A-AGA---A-AAGGACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGA-AA-CGTAT---CACCACTCAGAAACTG-----TGA--A--AAAAC-GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT-CA-CCACA--GGA-----------------CAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-TG-T--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GA-TGAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCAT------CAGTT--T---A----CACAA-GAA-GC----T-TT-AA-AGAGTC------------------ACTGGT--AATA-ACCTT--------CA------TAAT---AATGTGAAAGTCT-TTGG-AAAGGCAATTTAAGTGAGAT--GAGATCGA-CTTACAGAGA-ACATCAGG-AGATGACA-TACT---------------T--GTTAGT-TAAC-----------CTTATATGTGAAGT-CAT-----CAGTAAA--G-GAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-ATG---A-TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GTC-------GTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-T----GG---GAGGCATT--CCAA-TCA---AGACA----GG---CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGA-GAGAGCCTT-ATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTC-AT--TA-C--CAAAAGGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTT-GGAAGGGC-AT------T-T-AGT--GG-AAACAGG-GGTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG-AA-GA-CAT-T---CT--TT---GAGGAGGGA---TCA--TT-ACAA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-G-AAA--GGGAACT---T-CACATCG-CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-CC-ACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA--CTCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTCCAGT--TT--C---G----AACAGAGC--AC----T-TT-AC-AAAAAC--ACAT--GAGGACACATACT-GT--GTTA-AACCT--------CA------TC------ATGTGAT-GTCTAAGGG-AA-GTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACACATGAGGAACA---CATTACCAAGG-AAATCTTAAAC--G-AAATGTGAA-----------AGTCCCTGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-T---TT-C--AGA-G-AGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---TGGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCAT---ACGAT-GGAAACCTC-A--G-AGATA-----------------GATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGT-GGGAAA-TTAT------T-C-AGTCGGA-AAG---A-AACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGGAA-AG-CAT-T---CG--AT---CAGACAGGAAAGT----T--ACAG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-G-GAA----A---C---T-TAAA--GACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-CA-G--GAACATT---ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGG-TGATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGAT------T--TA--A---T-----ACGAAAAC-ACA---T-TT-AC-AGGTAC--ACAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGGAA-GA-CAT-T---CA--GT---GATACAGG----TCACTT--GCAG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----G-GCA--GGAAGGT---TGCAAA--TGCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-CG-G--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGG-TGATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGT------T--TA--C---TTTGCCGAAATGTG-TCATTGT-TTAAG-AAAGA-----AT--GTTGACTCTTAGTTGT--GGTC-AACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCTGTGGG-AA-GGCA--TTCAGTTGGAC--AGAA---A-
gi|6 : cAAACAC-----AGGTGGATACAT-AC--TAGTGA-TA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTATGGGAAGACATTCAGT--GATA--C--AGGTCAC-TTG------CAGAAA---CAC-A-GTTTGATACAT--ACTCGTT-TCAAACCTGAAAAATGCGGTTT-TTGTGAGGAAACTCTCTCAGT--G-GCAGGAAGGTTGCAAATGCATATAAGGATAC-ATACTGGAGACA-AACCTGAC-AATTGT-GATATTTGTGGGAAGGAACTCGGTGAGGCGGAACATGTACCG-CGGATATTCATTCTAATAGGAGGAACACA----GAAACTTGTGAACGCTGGTGATGGACCTCAGAAATG--TGATGCCTGTCGTAAATCGTTTtgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|6 : cacttgcagTTATACATACATG-TGTCTGTGGG---AAGGCATTCAGTTGGACAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACGGTATGAATGTGACATCTGTTTTAAAAGACATactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtttatacatacatgtgtctgtgggaaggcattcagttggacagaaatgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : cacttgcagaaacacaggtggatacatactagtgataaaccttataaatgtgatgtctatgggaagacattcagtgatacaggtcacttgcagaaacacagtttgatacatactcgtttcaaacctgaaaaatgcggtttttgtgaggaaactctctcagtggcaggaaggttgcaaatgcatataaggatacatactggagacaaacctgacaattgtgatatttgtgggaaggaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtTT--TCAG-T-------AT-----GGGATTTCTGCAACAG---------AAGAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--G-GA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-ATA---AATGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------ATC-------AGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--GTGGG----AAGG-AGT--TCAG-TCGCATAGAGC-------ATTTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACAGA--AC---AGT---------CTG-ATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCAAT--CA-G--A--GAGTAAGCTTA------CAGAGA---CACTAT--AGGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTG-GGAAG-GCGCTCAATCGG-ACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATGT-GAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG---GACA--------GACA-------ACTT--A-CAGAG--TCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-CA-G--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAG-T---AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCAT------T--TA--T---T----CAGACAGGA-AC----A-AA-AC-ATAGAC--ACAT--AAGGACATATACTGGT--GATTTACTTT--------C----------------TGTG----------GG-AA-GACA--TTCAATCAGAA--AGGA---AGCTTACAGACACACATGAGG-ATA---CA-TACTGATG-A----TAAACCTTATAAATGTGATTATAAATGTGATGTGTGTGGGAAG-------G-ACA-TTCA--G-------T--G-AGA----------TG-GGAT-CAT---TAC-----AGAGAC--------------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATGAGGATACATACT-GATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTCTAT---GGA---AAGGCA-T--TCAG-TTG---A-ACA----GGAA
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCA----AT-C--TGT-GAAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGCTT--T---AG-T---A---AACCTTAAAAA-TGTGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TC---A-GAC-AGGAACA-A-AACATAGACA-----------------CATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGA-C-AT------T-C-AAT--CAGAAA---G-GAAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGGAA-GGACAT-T---CA--GT---GAGATGGGA---TCAT-T--ACAG-AGACcattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTG--TGGGAAGACATT--------------GAT--TT-CAAA---CACAT-TAGCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA----TT-C--AGN-N-NNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNGTGGGA--AG--ACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGA-T-AT------T-C--GT--TC-ATAAC-G-AAC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : aG--TGGGAAGACATTCAGTGAGA-CAGGAGAC--TTGCAGAGG-CACAT-GAGGATACGTACTGATGAAAATCCTTGTAAATGTGGTGTC--TGTGGGAAGATATTCGTT-CATAAC-G-AACA------CTTGCATACACACAT--GAGGATAGATACT---GG-TGAatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGACAATAGTATGATACACTTGTGATTTTCATGAAGCGGCTTTCAGAGAGCTTACAACTTATTGGTGGTATCTGTTAATGTCCACGAAACAATGTACCATACGATGGAAACCCCA
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 22 1 11111 222 2222 7777777777777777777777 11 11 99999999999999999999999 1 11 222 55555555555555555555555 11111111 22222222222222 1111111 111111111 11 222222222 333333333333333333333333333333333 11111 1111111 4444444444444444444444444444444 333333333333333 111111 11 333333 111 11 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666 111 222 111 11111 111 22222222222 1 22222222222222 11111 1 1111111 11 6666666666666666666666666 11 11111 11111 33333333333333333333 1111111 33333333 1111 44444444444 222222 111 222222 11 1 1 2 11 1111 1 1 11 11 1 22 1 22 1
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 11 1 1 1 5 44444 7 333 0 8888 5555555555555555555555 2 22 33 2 3 77777777777777777777777 0 3 77 4 000 11111111111111111111111 3 55555555 0 2 1 55555555555555 2 1 7777777 0 111111111 1 9999999 3 99 11 555555555 555555555555555555555555555555555 77777 4 8888888 4 3333333333333333333333333333333 0 1 4 4 55 55 4 4 1 4 777 4 333333333333333 55 3 55 3 444444 666 111 4 00 4 8 000000 9999 9999 333 5 66 0 5 11 3 777 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 66 8 6 4 666666666666666666666666666666666666 5 66 66 5 66 0 0 4 77 6 1 33333333333333333333333333 99 555 666 6 99 1 6 6 888 6 1 8 1 8 00000 0 3 111 1 1 77777777777 5 666 1 3 1 77 99999 99999999999999 1 5 99999 1 1 0 6 7777777 55 0 5 9999999999999999999999999 5 11111 5 66 1 6 00 55555 22 1 22222 5 11111111111111111111 77 2 9999999 1 33333333 2222 6 888 1 0 0 99999999999 1 1 1 333333 1 444 222222 11 2 5 3 0 8 22 8888 4 1 1 3 3 1 44 99 1 77 1 2 00 7 2 4 6 2 4 77 5 1
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. .. . . . . ..... . ... . .... ...................... . .. .. . . ....................... . . .. . ... ....................... . ........ . . . .............. . . ....... . ......... . ....... . .. .. ......... ................................. ..... . ....... . ............................... . . . . .. .. . . . . ... . ............... .. . .. . ...... ... ... . .. . . ...... .... .... ... . .. . . .. . ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . .. . . . .................................... . .. .. . .. . . . .. . . .......................... .. ... ... . .. . . . ... . . . . . ..... . . ... . . ........... . ... . . . .. ..... .............. . . ..... . . . . ....... .. . . ......................... . ..... . .. . . .. ..... .. . ..... . .................... .. . ....... . ........ .... . ... . . . ........... . . . ...... . ... ...... .. . . . . . .. .... . . . . . . .. .. . .. . . .. . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 55 0 0 0 0 33333 3 333 7 3333 0000000000000000000000 5 77 88 5 2 77777777777777777777777 7 3 00 0 888 22222222222222222222222 0 55555555 4 8 0 00000000000000 8 0 4444444 8 222222222 0 0000000 8 00 00 444444444 000000000000000000000000000000000 77777 0 3333333 7 8888888888888888888888888888888 7 0 0 0 55 55 0 0 3 4 000 0 999999999999999 00 6 00 6 111111 444 999 0 55 0 4 888888 9999 5555 888 0 99 8 0 99 2 888 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 99 8 5 1 666666666666666666666666666666666666 0 44 99 0 99 5 5 3 99 7 0 00000000000000000000000000 22 888 333 7 22 0 7 7 333 7 0 0 4 0 88888 8 8 777 0 0 11111111111 7 000 4 3 0 99 66666 00000000000000 4 1 44444 1 0 6 7 5555555 22 8 5 3333333333333333333333333 9 66666 0 33 0 7 55 88888 00 0 99999 7 11111111111111111111 00 5 3333333 0 55555555 9999 7 777 7 7 8 66666666666 0 0 0 000000 0 000 222222 00 5 5 2 0 7 77 3333 0 0 0 3 3 0 00 00 0 33 0 0 00 3 0 7 7 5 0 55 0 0
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCANAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCGTGATGTCTGTGGG---AAGGCGTTCAGT----CAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACCGTATGAATGTGACGTCTG--TNGGAAGACGTTCA--CAG------GAT--TTG-GAAAA-CACAT-NAGGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGG-CGAG-CA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-GCGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGACA---------CATG-AG-GA--ACAT--------ATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTCG-AA-A---G-G--ACGACTTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGA-GACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-C-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATG-TGAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGGGGAAGACATTT---N--C----T----C--ACA-AAGNAACA---T-TT-AC-AAAG--AC-ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATA-ANCC---T--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCTGTGGGAA-GGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACACA-TACCGACG-ATAAACCTTA---TAAGTGTGANTNTC-----------TGTGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-AT-A---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNANAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACC----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCAATC-NA-G--C--ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTC-AA-CGGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATGCCGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGNTCGCGAAAG-CAACTTTAAAAGAGNCACATGAGGATACATACTGNTGANGAACCTTATGAATGTTTGATGTCTGTGGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCNNAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCGTGATGTCTGTGGG---AAGGCGTTCAGT----CAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACCGTATGAATGTGACGTCTG--TGGGAAGACATTCANTCAGC--AGGGAC--TTGCGAAGA-CACAT-GAGGATACATACTGGTGAAAAACCTTATAAATGTGATTTC--TGTGGGAAGGCATTT-CAG-CGAG-CA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAATTGCGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCGCGATAGN-A--ACATT-AACG-AGACA---------CATG-AG-GA--ATAT--------ATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTNA-AA-A---G-G--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGA-GACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATG-TGAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GANACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGGGGAAGACATTT---N--C----T----C--ACA-AAGNAAC----T-TT-AC-AAAG--AC-ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATA-ANCC---T--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-TTGGAA-GGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACACA-TACTGGCG-ATAAANCTTA---TAAGTGTGANTNTC-----------TGTGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-AT-A---A-TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------AT-------CGGACAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACC----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-NA-AACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCAAT--GA-G--C--ANGNAANTTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ACTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAGCGCGCTC-AG-CGGACAGGAAANTTACAGACNCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTNAC-GAATGTCGANGTCTGTGGGAAGGCATTCGGTNACGAAAG-CAACTTTAAAAGAGACACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TGATGTCTGTGGGAAGNCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATT----TAAAAAT----------------------AACCATATGAATGTGAT-TCTG--TTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAAAA-CATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCG-CATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTGCGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGACA---------CATG-AG-GA--ATAC--------ATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGTGATAC-A---GCG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGA-GATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GG-AGGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTTTCT--T----T----C--ACA-AAGCAAC----TCTT-AA-AAGG--ACAACATTGGAGGATACATACTTGTTGGATA-ATGCTGAT--------TA-------TGTAATT--GTGGT-GTTC-TTGGAA-AGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACACATGAGG-ACACA-TAATGGCGCATAAAAC--A---TGGGTGTGATTTTC-----------TGTTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--G-GA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCAT-A---A-TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTG---AGA-A----GGGAT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AA-AACCCT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTAAT--AATG--C--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTC-AG-CACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG-CAACTTTAAAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGTGGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTC-AAGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGT----CAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA-----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATG-TAAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTG--T-GGGAAGACATTT---G--T----------------AATGAACA---C-TT-AC-AAAC--AC-ACAT--GAGGATTCATACTGGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : -AACCTT-TTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCAATC-GA-A-----ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAAA-AGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG--AACATTACAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGTGGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttccttgcagAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGACA---------TATGTAT-GATGATAT--------ATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT---------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTTA---GATGTGTGAGTTTT-----------TGTGGG-A-GAC-TTCGTGGAGACCATTG-GA-GATT--GCAGAGG----CGC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GT-AAACA-TCTTGGTGTCTGTGGG-AGATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGC--ATACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtACAGAGCACTTACAAAAACCCATGAGGACACATACTGGGTGTTAAACCTCATC-AATTGTGATGTCT-AA-AGGGAAGGCA-----TCAG-TC----AGACC----AGCAC-TTACA-GACACAC-C-----ATGAGGACACA-TACG-CAAAGAGAA-AATCTTAACGAATGTGA-A-GTCCCCGGGAAGACATTgtgattat
gi|17 : TC-----------TGTGGGAA-GAAATTCGCGCAGTCCA--GCTA-CATC--A-A-AGCT---CACATGAGGCTCCA----CACGGGCGAGAAACCtc
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTCA-CA-A---G-C--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAA-GA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTG-TGGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTG--TGAG-AAGACATTC---TATC----TGC--C--ACA-A------------TC-ATTAAAGTCGC-ACAT--GTTGACACATACTGGT--GATA-AACC---T-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCTGTGGGAA-GGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACACATGATG-ATACA-TACAGGTG-AGAAACCTTA---TAAATGTG-GTGTC-----------TGTGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--G-GA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATAA---A-TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCA---GGACCATTAGAGGT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TA-CACCTT-AGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACAACCGGA-GGTT--ATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAgtttgcctgctcattctgtccgaaaaggttc
gi|20 : G--TGGGAAGATGTACATTCAA-------AT--TTG-GAAGAACTCAT-GGTGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGA-GATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAAG-AA-A---A-G----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--A-AACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TG-T-AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--G--TGTGGAAGGCATCA---G--T----T----T--ACACAAGAAGC----T-TT-AA-AGAG--TC-AC----------------TGGT--AATA-ACCT---T--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-ACATCAGG-AGA------TGAC--ATA---CTTG---TTAGT-TAACCTTA-----------TATGTGAA-GTCAT-----CAGTAAA--G-GAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-AT-G---A-TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCA---AGACA----GG----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGA-GAGAGCCTT-ATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTC-AT--TA-C--CAAAAGGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTGG-AA-ACAGG-G--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGA-GGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATG-TGAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTG--TGGCGAGTTCATGT---C--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C----T-TT-AC-AAAA--AC-ACAT--GAGGACACATACT-GT--GTTA-AACC---T--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCTAAGGGAA-GTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACACATGAGGAACACATTACCAAGG---AAATCTTAAACGAAATGTGAAAGTC-----------CCTGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAG-AGAG-C--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---TGGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGATA---------GATA-AGAGA--GCAT--------ATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTCG-GA-A---A-GAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCA-GACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATG-TGAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTG--T-GGGAAGAGATTT---A--A----T-------ACG-AAAACACA---T-TT-AC-AGGT--AC-ACAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGA-TACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTG-TGAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTG--TCGTAAAT-CGTTT---A--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGT-TTAAG-AAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGTTGT--GGTC-AACC---TTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCTGTGGGAA-GGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A-
gi|6 : cTTATACATACATG-TGTCTGTGGG---AAGGCATTCAGTTGGACAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACGGTATGAATGTGACATCTGTTTTAAAAGACATtgtggaaatgtacactaaatatgaacggtatgaatgtgacatctgttttaaaagacatgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : cacttgcagaaacacaggtggatacatactagtgataaaccttataaatgtgatgtctatgggaagacattcagtgatacaggtcacttgcagaaacacagtttgatacatactcgtttcaaacctgaaaaatgcggtttttgtgaggaaactctctcagtggcaggaaggttgcaaatgcatataaggatacatactggagacaaacctgacaattgtgatatttgtgggaaggaactcggtgaggcggaacatgtaccgcggatattcattctaataggaggaacacagaaacttgtgaacgctggtgatggacctcagaaatgtgatgcctgtcgtaaatcgtttactttgccgaaatgtgtcattgtttaagaaagaatgttgactcttagttgtggtcaaccttttgaatccattgggtTT---TCAG-T-------AT-----GGGAT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--G-GA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-AT-A---AATGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGCATAGAGC-------AT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACAGA--AC---AGT---------CTG-ATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCAAT--CA-G--A--GAGTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTC-AATCGGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATGT-GAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGACAACTT--ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATG-TGAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATT--TTGG-AAGGCATTT---A--T----T----C--AGA-CAGGAAC----A-AA-AC-ATAG--AC-ACAT--AAGGACATATACTGGT--GATTTACTT---T--------C--------------T--GTG----------GGAA-GACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACACATGAGG-ATACA-TACTGATG-ATAAACCTTA---TAAATGTGATTATAAATGTGATGTGTGTGGGAA-G------G-ACA-TTCA--G-------T--G-AGA----------TG-GGAT-CAT---TAC-----AGAGAC---------------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATGAGGATACATACT-GATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTG---A-ACA----GGAACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAAT--CTG-TGAAACA-GTAGGTTTACAAAC--ACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-GTGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACAA--AACATAGACA---------CATA-AG-GA---CAT--------ATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAGAA-A---G-G--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGA-GATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTG--TGGGAAGACATT-------------GAT--TT-C--AAA-CACAT-TAGCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CA---GNN-NN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNGTGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCA-G-AG-GC--ACATGAGGATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTCATAA-C---G-A--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : aGTGGGAAGACAT------T-C-AGTGA-GACA---G-G--A-GACTTGCAGAGGC-ACAT-GAG--GAT--ACG-TACTG-ATGAAAATC-CTTG---T-A--A------------ATGT--GGT-GTCTGTGGG--AA-GA------TATT---CGTTCATAAC---GAACACT-T--GC-AT-ACACAC-AT-GAG---GATAGATACT-GGTGAA--------T--ATAGA-G-C-GATATatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGACAATAGTATGATACACTTGTGATTTTCATGAAGCGGCTTTCAGAGAGCTTACAACTTATTGGTGGTATCTGTTAATGTCCACGAAACAATGTACCATACGATGGAAACCCCA
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 2 1 22222 333 5555555555555555555555 22 999999999999999999 11111 1 222 3333333333333333333333 11111111 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 1111 111111 11111 4444444444444444444444444444444444 333333333333333 111111 11 333333 111 11 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 55555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666 111111 111111111 1111 111 22222222222 1 22222222222222 11111 1 111 11 6666666666666666666666666 11 11111 11111 33333333333333333333 1111111 33333333333 1 11 3333333 222222 111 222222 11 1 1 1 1 1111 1 1 11 2 33333333333333 1111 1111 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 0 1 1 1 5 99999 555 2 5555555555555555555555 6 11 1 7 0 999999999999999999 33333 1 3 1 444 6666666666666666666666 3 55555555 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 5555 444444 4 33333 5 4 7777777777777777777777777777777777 0 2 4 4 55 55 4 4 1 4 777 4 333333333333333 55 3 55 3 444444 666 111 4 00 4 8 000000 9999 9999 333 5 66 0 5 11 3 333 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 66 8 6 4 44444444444444444444444444444444444444 2 66 5 66 0 0 4 77 3 3 333333333333333333333333333333 777 1 99 1 6 6 999999 1 1 6 3 99 555555555 2222 000 555 33333333333 66 5 2 0 1 3 1 77 99999 99999999999999 1 5 99999 1 1 0 6 6 888 55 3 5 5555555555555555555555555 5 11111 5 66 1 6 00 55555 22 1 22222 5 11111111111111111111 77 2 9999999 88888888888 1 6 888 1 0 11 8888888 6 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 3333 1 1 0 3 3 44 3 2 22222222222222 7777 99 1 2 1 11 9999 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . ..... ... . ...................... . .. . . . .................. ..... . . . ... ...................... . ........ . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . .... ...... . ..... . . .................................. . . . . .. .. . . . . ... . ............... .. . .. . ...... ... ... . .. . . ...... .... .... ... . .. . . .. . ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . .. . . . ...................................... . .. . .. . . . .. . . .............................. ... . .. . . . ...... . . . . .. ......... .... ... ... ........... .. . . . . . . .. ..... .............. . . ..... . . . . . ... .. . . ......................... . ..... . .. . . .. ..... .. . ..... . .................... .. . ....... ........... . . ... . . .. ....... . . ...... . ... ...... .. . . . . . . .... . . . . . .. . . .............. .... .. . . . .. .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 5 0 0 0 0 55555 000 5 0000000000000000000000 0 00 0 3 7 333333333333333333 77777 0 3 0 222 2222222222222222222222 0 55555555 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 6666 555555 0 99999 7 7 2222222222222222222222222222222222 7 3 0 0 55 55 0 0 3 4 000 0 999999999999999 00 6 00 6 111111 444 999 0 55 0 4 888888 9999 5555 888 0 99 8 0 99 2 111 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 99 8 5 1 88888888888888888888888888888888888888 5 99 0 99 5 5 3 99 2 3 777777777777777777777777777777 777 0 22 0 7 7 777777 0 0 7 7 88 222222222 3333 000 999 88888888888 99 0 2 1 4 3 0 99 66666 00000000000000 4 1 44444 1 0 6 7 7 333 22 3 5 3333333333333333333333333 9 66666 0 33 0 7 55 88888 00 0 99999 7 11111111111111111111 00 5 3333333 55555555555 4 7 777 7 7 00 8888888 0 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 7777 0 0 7 3 3 00 3 0 22222222222222 8888 88 0 5 0 77 3333 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAAT----------------------AACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGG-NGAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G--AT-GTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGT-C-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGA-GACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-C-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATG-TGAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGGGGAAGACATTT---N--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--AC-ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATAAACC---T--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCTGTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACACA-TAC-GANG-ATAAACC--TTA---TAAGTGTGANTNTC-----------TG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNANAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACC----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AAAACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTC-AA-CGGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCANAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTATAAATGCGTGATGTCTGTGGG---AAGGCGTTCAGTCAGAAATGTGGAAATGTACACTAAATATGAACCGTATGAATGTGACGTCTGTNGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTGGAA-AACACATNA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGG-CGAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ACATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G--AT-GTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGT-C-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGA-GACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-C-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATG-TGAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGGGGAAGACATTT---N--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--AC-ACAT--GAGGACACATACTGGT--GATAANCC---T--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCTGTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACACATGAGG-ACACA-TACCGACG-ATAAACC--TTA---TAAGTGTGANTNTC-----------TG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--G-GA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNANAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACC----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AAAACCTT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-NAG--CATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTC-AA-CGGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATGCCGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGNTGANGAACCTTATGAATGTTTGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAAT----------------------AACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G--AT-GT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT---G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGA-GATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GG-AGGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTTTCT--T----T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACTTGTTGGATAATGCTGAT--------TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-TCTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACACATGAGG-ACACA-TAATGGCGCATAAAAC----A---TGGGTGTGATTTTC-----------TG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--G-GA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTG---AGA-A----GGGAT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCT-ATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATG--CATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTC-AG-CACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA-----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATG-TAAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTG--T-GGGAAGACATTT---G--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--AC-ACAT--GAGGATTCATACTGGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTT-TTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAAA-AGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-AC---TTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT------------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacAAACTGTTTA---GATGTGTGAGTTTT-----------TG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTG-GA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGC--ATACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : ACAGAGCACTTACAAAAACCCATGAGGACACATACTGGGTGTTAAACCTCATC-AATTGTGATGTCT-AA-AGGGAAGGCA-----TCAG-TC----AGACC----AGCAC-TTACA-GACACAC-C-----ATGAGGACACA-TACG-CAAAGAGAAAATCTTAACGAATGTGA-A-GTCCCCGGGAAGACATTgtgattat
gi|17 : TC-----------TG--TGGGAA-GAAATTCGCGCAGTCCA--GCTA-CATC--A-A-AGCT---CACATGAGGCTCCA----CACGGGCGAGAAACCtc
gi|17 : TCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAG-CTCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGgtttgcctgctcattctgtccgaaaaggttc
gi|2 : TGAATGC--A--AC-GTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGT-C-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAA-GA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTG-TGGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTG--TGAG-AAGACATTC---TATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGC-ACAT--GTTGACACATACTGGT--GATAAACC---T-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCTGTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACACATGATG-ATACA-TACAGGTG-AGAAACC--TTA---TAAATGTG-GTGTC-----------TG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--G-GA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCA---GGACCATTAGAGGT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTT-AGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGA-GATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGA-A-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--A-AACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TG-T-AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--G--TGTGGAAGGCATCA---G--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TC-AC----------------TGGT--AATAACCT---T--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCTTTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-ACATCAGG-A---------GATG-ACATAC---TTG---TTAGT-TAACCTTA-----------TA--TGTGAA-GTCAT-----CAGTAAA--G-GAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCA---AGACA----GG----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTT-ATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AA----AAGGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG--AT-GTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGT-G-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGA-GGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATG-TGAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTG--TGGCGAGTTCATGT---C--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--AC-ACAT--GAGGACACATACT-GT--GTTAAACC---T--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCTAAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACACATGAGGAACACATTACCAAGG---AAATC--TTAAACGAAATGTGAAAGTC-----------CC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAG-AGAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G--GT-ATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGT-C-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCA-GACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATG-TGAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTG--T-GGGAAGAGATTT---A--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--AC-ACAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGA-TACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTG-TGAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTG--TCGTAAAT-CGTTT---A--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGTTGT--GGTCAACC---TTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCTGTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT------GT-ACAC--TA---AAT-ATGAACG--GTA---TGAATGTGAC-ATC-----------TGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T-------AT-----GGGAT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--G-GA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGCATAGAGC-------AT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTG-ATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATC-AGA--GA-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTC-AATCGGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATG-TGAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATT--TTGG-AAGGCATTT---A--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--AC-ACAT--AAGGACATATACTGGT--GAT--------T--------TA-------C------------T-TTCTGTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACACATGAGG-ATACA-TACTGATG-ATAAACC--TTA---TAAATGTGATTATAAATGTGATGTGTG--TGGGAA-G------G-ACA-TTCA--G-------T--G-AGA----------TG-GGAT-CAT---TAC-----AGAGAC--------------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATGAGGATACATACT-GATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTG---A-ACA----GGAACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGT-GAAACA-GTAGGTTTACAAAC--ACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACAA--AACATAGAC-----------------ACATA-AG-GA---CATATACTGGTGAT--------TTAC------------T-TTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AAT-CAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGA-GATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAG-NNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G--GT-GTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTT-C-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
gi|9 : aGTGGGAAGACAT------T-C-AGTGA-G-A---CA---GG--A-GACTTGCAGAGGC-ACAT-GAG--GAT--ACG-TACTG-ATGAAAATC-CTTG---T-A--A------------ATGT--GGT-GTCTGTGGG--AA-GA------TATT---CGTTCATAAC---GAACACT-T--GC-AT-ACACAC-AT-GAG---GATAGATACT-GGTGAA--------T--ATAGA-G-C-GATATatatagagcgatattactggtgtacctgtatattgcaatatttcaagcgacg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAGACAATAGTATGATACACTTGTGATTTTCATGAAGCGGCTTTCAGAGAGCTTACAACTTATTGGTGGTATCTGTTAATGTCCACGAAACAATGTACCATACGATGGAAACCCCA
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 111 22 33333333 11 11 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 222222 1111 1111111111 11 111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666 111 22222222222222222 111 22222222222 1111 33333333333333 1111 11 111 11 6666666666666666666666666 1 11 11111 111 33333333333333333333 4444444444444444444444444 11 222222222 222222 111 222222 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 777 0 22 8 99 11111111 3 44 5 33 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 6 44444444444444444444444444444444444 3 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 55 4 555555 777 00 88 4 7 999999 0000 6666666666 0 5 77 5 33 666 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 555 6 4 33333333333333333333333333333333333 1 66 4 66 77 66 99999999999999999999999999 777 77 77 5 5 555 77 1 5 5 1 11111111111111111 9999999999 000 33333333333 66 5 2 0 0000 1 99 77 11111111111111 3 3 9999 11 1 2 1 6 6 888 55 3 5 8888888888888888888888888 8 55555 1 0 7 1 1 88 66 44444 66 555 111 6 88888888888888888888 44 5 5555555555555555555555555 6 1 8 8 0 0 11 888888888 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . ... . .. . .. ........ . .. . .. . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . ... ..... . ....... . ................................... . . . .. .. . . . . ..................... .. . .. . ...... ... .. .. . . ...... .... .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . ... . . ................................... . .. . .. .. .. .......................... ... .. .. . . ... .. . . . . ................. .......... ... ........... .. . . . .... . .. .. .............. . . .... .. . . . . . ... .. . . ......................... . ..... . . . . . .. .. ..... .. ... ... . .................... .. . ......................... . . . . . . .. ......... . ...... . ... ...... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 444 6 44 0 00 00000000 0 55 2 88 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 666 77777 0 3333333 5 66666666666666666666666666666666666 7 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 55 0 555555 000 99 33 4 4 333333 4444 4444444444 1 7 99 7 66 444 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 666 5 1 44444444444444444444444444444444444 1 11 4 11 55 99 44444444444444444444444444 444 44 99 7 7 777 44 0 7 7 7 99999999999999999 0000000000 444 88888888888 99 0 2 1 8888 0 22 77 55555555555555 2 5 0000 55 0 2 0 7 7 333 22 3 5 2222222222222222222222222 5 33333 0 7 3 3 0 88 22 00000 44 222 777 7 00000000000000000000 77 0 4444444444444444444444444 7 8 0 0 8 8 00 666666666 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACACA-T-AC-G--ANG-AT-AAACC--TT-A---TGAATGTGANTNTC-----------TG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANACCTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGNACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACA----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-C-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACACA-T-AC-G--ANG-AT-AAACC--TT-A---TAAGTGTGANTNTC-----------TG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANAAACCTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNANAGAACACTTACAGANACACATGAGGACACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCG---AGACC----GGGAT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AAAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT--G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGAGATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTT--TCTT-T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACT-TGTTGGATAATGCTGAT-----TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACACA-TAAT-G--GCGCAT-AAAAC-----A---TGGGTGTGATTTTC-----------TG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--GGA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTG---AGA-A----GGGAT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATGC--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACATTTG--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--ACA-CAT--GAGGATTCATACT-GGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT-----------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaac-AAACTGTTT-A---GATGTGTGAGTTTT-----------TG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTGGA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGC--ATACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : --ACA-GAG---CACT-T---ACAAAA--ACC-CAT--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCT--------CA-------T-CAATT--GTGAT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACACA-T-AC-GCAAAG-AGAAAATC--TTAA---CGAATGTGAA-GTC-----------CC--CGGGAA-GACATTgtgattat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC-TTT-CAGA-GAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTC-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAAGA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACATTCTATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGCA-CAT--GTTGACACATACT-GGT--GATAAACCT-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATACA-T-ACAG--GTG-AG-AAACC--TT-A---TAAATGTG-GTGTC-----------TG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--GGA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCA---GGACCATTAGAGGT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGAGATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAA-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--AAACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCATCAG--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TCA-C----------------T-GGT--AATAACCTT--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-A----------G--ATG-AC-ATAC---TT-G---TTAGT-TAACCTTA-----------TA--TGTGAA-GTCAT-----CAGTAAA--GGAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCA---AGACA----GG----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AAA---A-GGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTG-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGAGGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTC--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--ACA-CAT--GAGGACACATACT--GT--GTTAAACCT--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACACATT-AC-C--AAG-G--AAATC--TT-AAACGAAATGTGAAAGTC-----------CC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAGA-GAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTC-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCAGACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGATTTA--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--ACA-CAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGATACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGTTTA--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGT-TGT--GGTCAACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACAC--T-A-----AAT-AT-GAACG--GT-A---TGAATGTGAC-ATC-----------TGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T-------AT-----GGGAT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--GGA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGCATAGAGC-------AT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCAGAG---A-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCATTTA--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--ACA-CAT--AAGGACATATACT-GGT--GATTTACTT---------------------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATACA-T-ACTG--ATG-AT-AAACC--TT-A---TAAATGTGATTATAAATGTGATGTGTG--TGGGAA-G------G-ACA-TTCA--G------T--G-AGA----------TG-GGAT-CAT---TAC-----AGAGAC--------------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATGAGGATACATAC-TGATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTG---A-ACA----GGAACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGTG-AAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACA-A-AACATAGAC-----------------ACATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGAGATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAGN-NNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTC-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 111 22 33333333 11 11 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 222222 1111 1111111111 11 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666 111 22222222222222222 11 33333333333333 1 2222 11111 44444444444444 1111 11 111 11 6666666666666666666666666 111 11 11111 111 2222222222 4444444444444444444444444 11 222222222 222222 111 222222 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 777 0 22 8 99 11111111 3 44 5 33 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 6 44444444444444444444444444444444444 1 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 55 4 555555 777 00 88 4 7 999999 0000 6666666666 0 5 77 5 33 888 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 555 6 4 33333333333333333333333333333333333 1 66 4 66 77 66 99999999999999999999999999 777 77 77 5 5 555 77 1 5 5 1 22222222222222222 22 33 5 44444444444444 66 0 3333 33333 6 11111111111111 3 3 9999 11 1 1 6 6 6 888 22 3 5 7777777777777777777777777 8 1 555 777 222 1 88 66 44444 66 555 111 6 4444444444 99999 44 5 5555555555555555555555555 6 1 8 8 0 0 11 888888888 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . ... . .. . .. ........ . .. . .. . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . ... ..... . ....... . ................................... . . . .. .. . . . . ..................... .. . .. . ...... ... .. .. . . ...... .... .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . ... . . ................................... . .. . .. .. .. .......................... ... .. .. . . ... .. . . . . ................. .. .. . .............. .. . .... ..... . .............. . . .... .. . . . . . ... .. . . ......................... . . ... ... ... . .. .. ..... .. ... ... . .......... ..... .. . ......................... . . . . . . .. ......... . ...... . ... ...... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 444 6 44 0 00 00000000 0 55 2 88 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 666 77777 0 3333333 5 66666666666666666666666666666666666 0 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 55 0 555555 000 99 33 4 4 333333 4444 4444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 666 5 1 44444444444444444444444444444444444 1 11 4 11 55 99 44444444444444444444444444 444 44 99 7 7 777 44 0 7 7 7 66666666666666666 11 66 7 11111111111111 99 0 0000 88888 7 00000000000000 2 5 0000 55 0 0 7 7 7 333 88 3 5 7777777777777777777777777 5 0 777 777 777 0 88 22 00000 44 222 777 7 3333333333 33333 77 0 4444444444444444444444444 7 4 0 0 8 8 00 666666666 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACACA-T-AC-G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTGTCTG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACACA-T-AC-G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTNTCTG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGNACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT--G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGAGATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTT--TCTT-T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACT-TGTTGGATAATGCTGAT-----TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACACA-TAAT-G--GCGCAT-AAAAC----ATG-GGTGTGA-----------TTTTCTG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--GGA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAAC-CTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTGAGA-----AGGG-AT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATGC--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACATTTG--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--ACA-CAT--GAGGATTCATACT-GGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT-----------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTGTGA-----------GTTTTTG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTGGA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATC-TTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGCA--TACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatg--ACA-GAG---CACT-T---ACAAAA--ACC-CAT--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCT--------CA-------T-CAATT--GTGAT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACACA-T-AC-GCAAAG-AGAAAATCTTA-ACG-AATGTGA-----------A-GTCCC--CGGGAA-GACATTgtgattat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC-TTT-CAGA-GAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTC-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAAGA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACATTCTATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGCA-CAT--GTTGACACATACT-GGT--GATAAACCT-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATACA-T-ACAG--GTG-AG-AAACCTT--ATA-AATGTG------------GTGTCTG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--GGA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATAC-CTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCAGGACCATTAGAG-GT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGAGATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAA-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--AAACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCATCAG--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TCA-C----------------T-GGT--AATAACCTT--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-A----------G--ATG-AC-ATAC-TT--GTT-AGT-TAA-----------CCTTATA--TGTGAA-GTCAT-----CAGTAAA--GGAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTAC-CTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCAAGAC----AGG-----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AAA---A-GGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTG-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGAGGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTC--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--ACA-CAT--GAGGACACATACT--GT--GTTAAACCT--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACACATT-AC-C--AAG-G--AAATCTTAAACGAAATGTGA-----------AAGTCCC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAGA-GAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTC-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCAGACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGATTTA--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--ACA-CAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGATACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGTTTA--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGT-TGT--GGTCAACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACAC--T-A-----AAT-AT-GAACGGT--ATG-AATGTGA-----------C-ATCTGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T----AT-----GGG-AT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--GGA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAAC-CTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGC-AT----AGAGCAT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCAGAG---A-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCATTTA--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--ACA-CAT--AAGGACATATACT-GGT--GATTTACTT---------------------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATACA-T-ACTG--ATG-AT-AAACCTT--ATA-AATGTGATTATAAATGTGATGTGTG--TGGGAAGGACATT----CAGT------GA-GAT--------------------GGGAT-CAT---TAC-----AGAGACTCNN-NN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNATATGAGGATAC------ATAC-----TGATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTGA-AC----AGGA-ACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGTG-AAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACA-A-AACATAGAC-----------------ACATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGAGATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAGN-NNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTC-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 111 22 33333333 11 11 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 222222 1111 1111111111 11 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666 111 111 333333333333 11 44444444444444 1 2222 11111 44444444444444 1111 11 111 11 6666666666666666666666666 111 11 11111 111 2222222222 4444444444444444444444444 11 222222222 222222 111 222222 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 777 0 22 8 99 11111111 3 44 5 33 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 6 44444444444444444444444444444444444 1 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 55 4 555555 777 00 88 4 7 999999 0000 6666666666 0 5 77 5 33 888 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 555 6 4 33333333333333333333333333333333333 1 66 4 66 77 66 99999999999999999999999999 777 77 77 5 5 555 77 1 5 5 000 5 5 111111111111 1 33 77 00000000000000 66 0 3333 33333 6 11111111111111 3 3 9999 11 1 1 6 6 6 888 22 3 5 7777777777777777777777777 8 1 555 777 222 1 88 66 44444 66 555 111 6 4444444444 99999 44 5 5555555555555555555555555 6 1 8 8 0 0 11 888888888 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . ... . .. . .. ........ . .. . .. . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . ... ..... . ....... . ................................... . . . .. .. . . . . ..................... .. . .. . ...... ... .. .. . . ...... .... .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . ... . . ................................... . .. . .. .. .. .......................... ... .. .. . . ... .. . . . ... . . ............ . .. .. .............. .. . .... ..... . .............. . . .... .. . . . . . ... .. . . ......................... . . ... ... ... . .. .. ..... .. ... ... . .......... ..... .. . ......................... . . . . . . .. ......... . ...... . ... ...... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 444 6 44 0 00 00000000 0 55 2 88 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 666 77777 0 3333333 5 66666666666666666666666666666666666 0 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 55 0 555555 000 99 33 4 4 333333 4444 4444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 666 5 1 44444444444444444444444444444444444 1 11 4 11 55 99 44444444444444444444444444 444 44 99 7 7 777 44 0 7 7 000 7 7 777777777777 4 66 44 55555555555555 99 0 0000 88888 7 00000000000000 2 5 0000 55 0 0 7 7 7 333 88 3 5 7777777777777777777777777 5 0 777 777 777 0 88 22 00000 44 222 777 7 3333333333 33333 77 0 4444444444444444444444444 7 4 0 0 8 8 00 666666666 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTGTCTG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT--G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGAGATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTT--TCTT-T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACT-TGTTGGATAATGCTGAT-----TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACA---CA-TAAT--G--GCGCAT-AAAAC----ATG-GGTGTGA-----------TTTTCTG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--GGA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAAC-CTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTGAGA-----AGGG-AT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATGC--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACATTTG--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--ACA-CAT--GAGGATTCATACT-GGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT-----------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTGTGA-----------GTTTTTG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTGGA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATC-TTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGCA--TACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatg--ACA-GAG---CACT-T---ACAAAA--ACC-CAT--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCT--------CA-------T-CAATT--GTGAT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACA---CA-T-AC--GCAAAG-AGAAAATCTTA-ACG-AATGTGA-----------A-GTCCC--CGGGAA-GACATTgtgattat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC-TTT-CAGA-GAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTC-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAAGA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACATTCTATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGCA-CAT--GTTGACACATACT-GGT--GATAAACCT-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATA---CA-T-ACA-G--GTG-AG-AAACCTT--ATA-AATGTG------------GTGTCTG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--GGA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATAC-CTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCAGGACCATTAGAG-GT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGAGATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAA-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--AAACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCATCAG--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TCA-C----------------T-GGT--AATAACCTT--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-AGATGACA-T-ACTTG--TTA-GT-TAACCTT--AT---ATGTGA-------------------------A-GTCAT-----CAGTAAA--GGAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTAC-CTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCAAGAC----AGG-----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AAA---A-GGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTG-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGAGGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTC--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--ACA-CAT--GAGGACACATACT--GT--GTTAAACCT--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACA---CATT-AC--C--AAG-G--AAATCTTAAACGAAATGTGA-----------AAGTCCC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAGA-GAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTC-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCAGACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGATTTA--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--ACA-CAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGATACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGTTTA--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGT-TGT--GGTCAACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACA---C--T-A------AAT-AT-GAACGGT--ATG-AATGTGA-----------C-ATCTGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T----AT-----GGG-AT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--GGA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAAC-CTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGC-AT----AGAGCAT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCAGAG---A-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCATTTA--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--ACA-CAT--AAGGACATATACT-GGT--GATTTACTT---------------------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATA---CA-T-ACT-G--ATG-AT-AAACCTT--ATA-AATGTGATTATAAATGTGATGTGTG--TGGGAAGGACATT----CAGT------GA-GAT--------------------GGGAT-CAT---TAC-----AGAGACTCNN-NN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNATATGAGGATAC------ATAC-----TGATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTGA-AC----AGGA-ACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGTG-AAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACA-A-AACATAGAC-----------------ACATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGAGATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAGN-NNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTC-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 111 22 33333333 11 11 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 222222 1111 1111111111 11 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666 111 111 333333333333 11 222222222222222222222222 1 2222 11111 44444444444444 1111 11 111 11 6666666666666666666666666 111 11 11111 111 2222222222 4444444444444444444444444 11 222222222 222222 111 222222 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 777 0 22 8 99 11111111 3 44 5 33 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 6 44444444444444444444444444444444444 1 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 55 4 555555 777 00 88 4 7 999999 0000 6666666666 0 5 77 5 33 888 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 555 6 4 33333333333333333333333333333333333 1 66 4 66 77 66 99999999999999999999999999 777 77 77 5 5 555 77 1 5 5 000 5 5 111111111111 1 33 77 777777777777777777777777 0 3333 33333 6 11111111111111 3 3 9999 11 1 1 6 6 6 888 22 3 5 7777777777777777777777777 8 1 555 777 222 1 88 66 44444 66 555 111 6 4444444444 99999 44 5 5555555555555555555555555 6 1 8 8 0 0 11 888888888 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . ... . .. . .. ........ . .. . .. . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . ... ..... . ....... . ................................... . . . .. .. . . . . ..................... .. . .. . ...... ... .. .. . . ...... .... .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . ... . . ................................... . .. . .. .. .. .......................... ... .. .. . . ... .. . . . ... . . ............ . .. .. ........................ . .... ..... . .............. . . .... .. . . . . . ... .. . . ......................... . . ... ... ... . .. .. ..... .. ... ... . .......... ..... .. . ......................... . . . . . . .. ......... . ...... . ... ...... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 444 6 44 0 00 00000000 0 55 2 88 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 666 77777 0 3333333 5 66666666666666666666666666666666666 0 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 55 0 555555 000 99 33 4 4 333333 4444 4444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 666 5 1 44444444444444444444444444444444444 1 11 4 11 55 99 44444444444444444444444444 444 44 99 7 7 777 44 0 7 7 000 7 7 777777777777 4 66 44 000000000000000000000000 0 0000 88888 7 00000000000000 2 5 0000 55 0 0 7 7 7 333 88 3 5 7777777777777777777777777 5 0 777 777 777 0 88 22 00000 44 222 777 7 3333333333 33333 77 0 4444444444444444444444444 7 4 0 0 8 8 00 666666666 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT--G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGAGATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTT--TCTT-T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACT-TGTTGGATAATGCTGAT-----TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACA---CA-TAAT--G--GCGCAT-AAAAC----ATG-GGTG------------TGATTTTCTG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--GGA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAAC-CTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTGAGA-----AGGG-AT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATGC--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACATTTG--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--ACA-CAT--GAGGATTCATACT-GGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT-----------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTG------------TGAGTTTTTG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTGGA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATC-TTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGCA--TACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatg--ACA-GAG---CACT-T---ACAAAA--ACC-CAT--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCT--------CA-------T-CAATT--GTGAT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACA---CA-T-AC--GCAAAG-AGAAAATCTTA-ACG-AATG------------TGAA-GTCCC--CGGGAA-GACATTgtgattat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC-TTT-CAGA-GAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTC-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAAGA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACATTCTATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGCA-CAT--GTTGACACATACT-GGT--GATAAACCT-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATA---CA-T-ACA-G--GTG-AG-AAACCTT--ATA-AATG------------TG-GTGTCTG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--GGA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATAC-CTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCAGGACCATTAGAG-GT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGAGATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAA-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--AAACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCATCAG--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TCA-C----------------T-GGT--AATAACCTT--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-AGATGACA-T-ACTTG--TTA-GT-TAACCTT--AT---ATG------------TGA--------------A-GTCAT-----CAGTAAA--GGAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTAC-CTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCAAGAC----AGG-----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AAA---A-GGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTG-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGAGGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTC--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--ACA-CAT--GAGGACACATACT--GT--GTTAAACCT--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACA---CATT-AC--C--AAG-G--AAATCTTAAACGAAATG------------TGAAAGTCCC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAGA-GAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTC-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCAGACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGATTTA--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--ACA-CAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGATACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGTTTA--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGT-TGT--GGTCAACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACA---C--T-A------AAT-AT-GAACGGT--ATG-AATG------------TGAC-ATCTGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T----AT-----GGG-AT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--GGA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAAC-CTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGC-AT----AGAGCAT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCAGAG---A-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCATTTA--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--ACA-CAT--AAGGACATATACT-GGT--GATTTACTT---------------------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATA---CA-T-ACT-G--ATG-AT-AAACCTT--ATA-AATGTGATTATAAATGTGA-TGTGTG--TGGGAAGGACATT----CAGT------GA-GAT--------------------GGGAT-CAT---TAC-----AGAGACTCNN-NN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNATATGAGGATAC------ATAC-----TGATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTGA-AC----AGGA-ACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGTG-AAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACA-A-AACATAGAC-----------------ACATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGAGATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAGN-NNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTC-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 111 22 33333333 11 11 222222222222222222222222222222 111111111 11111 222222222 55555555555555555 222 11111 1111111 55555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 222222 1111 1111111111 11 1111 55555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333333 11111111111 2222222 333333333333333333333333 22222222 222222222222 111 55555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666 111 111 333333333333 11 222222222222222222222222 1 2222 11111 44444444444444 1111 11 111 11 6666666666666666666666666 111 11 11111 111 2222222222 4444444444444444444444444 11 222222222 222222 111 222222 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 777 0 22 8 99 11111111 3 44 5 33 0 2 1 888888888888888888888888888888 0 111111111 1 8 2 0 6666 11111 555555555 66666666666666666 8 8 111 77777 4 8888888 6 44444444444444444444444444444444444 1 4 4 66 66 4 0 4 5 888888888888888888888 55 4 55 4 555555 777 00 88 4 7 999999 0000 6666666666 0 5 77 5 33 888 77 77 5 7777 77777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1111111111111111111 5 2 5 88888888888 66 5555555 5 444444444444444444444444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 555 6 4 33333333333333333333333333333333333 1 66 4 66 77 66 99999999999999999999999999 777 77 77 5 5 555 77 1 5 5 000 5 5 111111111111 1 33 77 777777777777777777777777 0 3333 33333 6 11111111111111 3 3 9999 11 1 1 6 6 6 888 22 3 5 7777777777777777777777777 8 1 555 777 222 1 88 66 44444 66 555 111 6 4444444444 99999 44 5 5555555555555555555555555 6 1 8 8 0 0 11 888888888 1 333333 1 444 222222 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . ... . .. . .. ........ . .. . .. . . . .............................. . ......... . . . . .... ..... ......... ................. . . ... ..... . ....... . ................................... . . . .. .. . . . . ..................... .. . .. . ...... ... .. .. . . ...... .... .......... . . .. . .. ... .. .. . .... ............................................ .. . ................... . . . ........... .. ....... . ........................ . . ........ . . ............ . . . . . ... . . ................................... . .. . .. .. .. .......................... ... .. .. . . ... .. . . . ... . . ............ . .. .. ........................ . .... ..... . .............. . . .... .. . . . . . ... .. . . ......................... . . ... ... ... . .. .. ..... .. ... ... . .......... ..... .. . ......................... . . . . . . .. ......... . ...... . ... ...... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 444 6 44 0 00 00000000 0 55 2 88 4 8 0 666666666666666666666666666666 8 222222222 0 0 2 4 4444 44444 444444444 00000000000000000 0 0 666 77777 0 3333333 5 66666666666666666666666666666666666 0 4 4 11 11 4 8 4 0 999999999999999999999 55 0 55 0 555555 000 99 33 4 4 333333 4444 4444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 9999 77777777777777777777777777777777777777777777 11 2 4444444444444444444 0 2 0 88888888888 99 1111111 0 444444444444444444444444 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 666 5 1 44444444444444444444444444444444444 1 11 4 11 55 99 44444444444444444444444444 444 44 99 7 7 777 44 0 7 7 000 7 7 777777777777 4 66 44 000000000000000000000000 0 0000 88888 7 00000000000000 2 5 0000 55 0 0 7 7 7 333 88 3 5 7777777777777777777777777 5 0 777 777 777 0 88 22 00000 44 222 777 7 3333333333 33333 77 0 4444444444444444444444444 7 4 0 0 8 8 00 666666666 0 000000 0 000 222222 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTCGGTCGCGCATG--GGATTACGGATTCACTT--AAGGATACATACA---GG-TGAGA---GACCCAACAAATTG-CGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATA-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------T-TGAGT--G-ATACAG---CG--ACAACTTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CGTT---CCATGAGATGG-GATCA---C--AC-AACAGACAT-AA-GAG---GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGA-GGCAT----TTAAT-AATGGCATTGGA---T---T-TAAA--G-ATAC-A-A---AA-AGACACA-AATGGTGAT-A-------AA-C--TC-AT-AAATGTTGAC----TA----TGTGTTGGAAA--GTGC-TTC-AGTCGCG-CATGG--GAG-TTTA--ACAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGGT-GAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGGGAAAGACATTTT--TCTT-T----C--ACA-AAGCAACTCT-T---AAAAGG--ACAACATTGGAGGATACATACT-TGTTGGATAATGCTGAT-----TA-------TGTAATT--GTGGT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACA---CA-TAAT--G--GCGCAT-AAAAC----ATG-GGTG------------TGATTTTCTG--TTGGAA-GAAATTCA-ACAGCTCA--GGA-GATT--A-AGAAAC---CACATGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAAC-CTTCAT-AA---TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCA-TAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAGGATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCT-TGCGGGGAAGGCCTT---TCAGTTTGAGA-----AGGG-AT-TCACACAACAGACAT-----AAGAGGACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATA-ATGC--ATGGGATTTTA-------AGATA---CAC-AAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GG------CATT---CAA----------------------------ACAC-TT-AAA---GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAAT-----------GA---T---T-C-TA--G-ACAC-T-T---G-----CATGTAAAGGCAA----------------------AGATGT-AAA--GGCA----TATG--GGATGTGATGT-TTC-AGT-GAGTC--AG--GAGACTTA--A-AGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGGT-TACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTGT---GGGAAGACATTTG--T----------------AATGAACACT-T---ACAAAC--ACA-CAT--GAGGATTCATACT-GGT--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATC-GAA---ATGAAAATTTA------CAAACA---CAC-ACGAGG-ACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGTT---AGATGACATACAACATTACAGA-----GACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAG-AGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT-----------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GA------CATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTG------------TGAGTTTTTG--TGGGA--GAC-TTCGTGGAGACCATTGGA-GATT--GCAGAGGC----GC-TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATC-TTT-GT-AAACATCTTGGTGTCTGTGGGA-GATATTCGGT--------TT-------CATAGCGAACACTTGCA--TACACCT-AGGATAGATACTTGCTG
gi|15 : aaactgtttagatg--ACA-GAG---CACT-T---ACAAAA--ACC-CAT--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCT--------CA-------T-CAATT--GTGAT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACA---CA-T-AC--GCAAAG-AGAAAATCTTA-ACG-AATG------------TGAA-GTCCC--CGGGAA-GACATTgtgattat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC-TTT-CAGA-GAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTAT-C-TGTC-A-C---AA---GC--ATCATGTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGG------CATTTATCAATAAGA--G-GA-CA---TTTACTAG-AGAC-C-ATTGAA---GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTTGA-GACA--GGA---TAACT-TACA--G-AAACTA-CAGTGATGGCCACATACCTG-GAA-A-------AA-CGCTC-ATCAAGTGT-GGACCG-TTGCGCTGGG--AGAAA--ACA--TTC-AGT-GTGAC--AG--GGTACATG--A-AGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGGT-GAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTGT--GAG-AAGACATTCTATC----TGC--C--ACA-AT----CATT-------AAAGTCGCA-CAT--GTTGACACATACT-GGT--GATAAACCT-----------------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATA---CA-T-ACA-G--GTG-AG-AAACCTT--ATA-AATG------------TG-GTGTCTG--TGGGAA-GGCATTCA-ATCGTACA--GGA-CATTTGC-AGAGA----CACATGAGGACACACACATAAAGGTGATATAC-CTT-ATAAA---TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATCAG------------------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAAGACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATC-AA-TGTGATATCTGTA-GGATATAATGTTTAATCAA-TCAGGACCATTAGAG-GT-ACACTCAA-AGACGC-----ATG-------AT--C--T--TGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCGGAGGTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CAC-ATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAttc
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|22 : GT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CTTT---CAGTGAGATGG-GATCA---
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TAC-AGAA-G-A---AA---AG----GACCTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCACCACT---CAG--AAACTGTGAAAA---A--AC-----GACACCAT-GAG----ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT----TCAAT------CA------------C-CACA--GGACAC-TTC---AA-GAACA-ATACTGGTGGT-A-------AC-CA-TT-AT-AA-TGT--AA--G-TG----TGTG--GGAAG--G-GCATTCGAATCGAA-T--GT--G-----TA--A--GACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GAT-GAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--GT--GTGGAAGGCATCAG--T----T----T--ACACAAGAAGC-TT-T---AAAGAG--TCA-C----------------T-GGT--AATAACCTT--------CA-------TAATAAT--GTGAAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-AGATGACA-T-ACTTG--TTA-GT-TAACCTT--AT---ATG------------TGA--------------A-GTCAT-----CAGTAAA--GGAAGCTT--A-A-AGACACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTAC-CTT-AT-GA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGC--------GT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAAGATACACAC--AGTGAGAAACCTTATC--ATGGTGATGTTT-TG-GG---AGGCATT---CCAA-TCAAGAC----AGG-----CTACGTAGCAGACACGTATTGTAAGAATACA-CAC--TAGTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACC-AAA---A-GGAAACTTA------CAGACAGTTCAT--CG-GGGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------T-T-AGTG-G-A---AACAGGG--GTCATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTT------ATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GA------CATT---CTTTGAGGAGG-GATCA---TT-AC-AA-AGACAT-AT-GATT--GATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT----TCTGT-AA-GAAA--GGGAACT---T-CACATCG--CAC-A-C---AA-GGACATGTTCTGGTGATTA-------GA-A--TT-TT-CAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GT-T-TTC-AATAATG-C--CACCGAAACTTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA-C-TCATCAATGTCATGTCTGT--GGCGAGTTCATGTC--CAGTTT----CGAACA-GAGCA-C-TT-T---ACAAAA--ACA-CAT--GAGGACACATACT--GT--GTTAAACCT--------CA-------T---CAT--GTGAT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACA---CATT-AC--C--AAG-G--AAATCTTAAACGAAATG------------TGAAAGTCCC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC-TTT-CAGA-GAGC--------TTACTGACGCA-GT--GAAGAAACATTCTAGAGG-T-ACA---A--CATAC---T-GGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--G-AGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------T-C-AGTC-G-G---AA---AGAAACGA--TACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AG------CATT---CGATCAGACAG-GA--AAGTT--AC-AG-AGACAT-AC-AAG---GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCATTTACTCAAC-AA-GGAA----A---C---T-TAAA--G-ACAC-A-CAT-GA-GGATACATACTGCTGAT-A-------AACC--TT-AT-AAATGT-GAT--G-TC----TGTG--GGAAG--GCA--TTC-AATCGGA-C--AG--GA-ACATT--ACAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGGT-GATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTGT---GGGAAGAGATTTA--A----T-------ACG-AAAACACATT-T---ACAGGT--ACA-CAT--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactgACTTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GA------CATT---CAGTGATACAG-G-TCACT-T--GC-AG-AAACAC-----AGTTTGATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTC---TCAGT----GGCA--GGAAGGT---TGCAAA--T-GCAT-A-T---AA-GGATACATACTGGAGAC-A-------AA-C--CTGAC-AATTGT-GAT--A-TT----TGTG--GGAAG--GAAC--TC-GGTGAGG-C--GG--AACATGTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGGT-GATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTGT--CGTAAAT-CGTTTA--C----TTTGCC--GAA-ATGTGTCATTGTTTAAGAAAG--A----AT--GTTGACTCTTAGT-TGT--GGTCAACCTTTTGAATCCATTGGGTTTATACATACATG-T-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACA---C--T-A------AAT-AT-GAACGGT--ATG-AATG------------TGAC-ATCTGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : cTT---TCAG-T----AT-----GGG-AT-TTCTGCAACAGA-A--------GAGAACATATTCA--TAGTGA-gtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|7 : attgtaagaaaacg--GGA-AACTTAA-AAAGAC----ACATGAGGACACAT----ATCAGTAATAAAC-CTT-AT-AAA--TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCA----------AT-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAGGACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATC-AAT----GTGTCT--G-TGGGAAGG-AGT---TCAG-TCGC-AT----AGAGCAT-TTA---AAGAAACAC-----ATGAAGACA------------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCAGAG---A-GTAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA--GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgaaatggatcaattatcacatggaaacttaaaaagacacatgaggacacatatcagtaataaaccttataaatgtgatgtctgtgggaaggcattcaatcagaaagcacacttacagtcgcatatgaggacatatcgtggggaacaatcttatcaatgtgtctgtgggaaggagttcagtcgcatagagcatttaaagaaacacatgaagacagaacagtctgatcaatgtgatgtctgtgggaaagcgttcaatcagagagtaagcttacagagacactataggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgatatctgtgggaaggcgctcaatcggacagacaacttacagagtcacatgaggacacatactggtgagagaccttacaaatgtgaagtctgtgggaaggcgttcgatcggacagacaacttacagagtcacat
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatCTGATGAT-ATAGGTTTAA-----T-AT-GAATGT-GAT--T-TC----TGTG--GGGAG--GCAA-T-C-TGTGAAA-C--AG--TAGGTTTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAGT----AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATTT--TGG-AAGGCATTTA--T----T----C--AGA-CAGGAACAAA-----ACATAG--ACA-CAT--AAGGACATATACT-GGT--GATTTACTT---------------------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATA---CA-T-ACT-G--ATG-AT-AAACCTT--ATA-AATGTGATTATAAATGTGA-TGTGTG--TGGGAAGGACATT----CAGT------GA-GAT--------------------GGGAT-CAT---TAC-----AGAGACTCNN-NN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NN-------NNNNNNNNNNNNATATGAGGATAC------ATAC-----TGATGATAAACCTTATA-AA-TGTGATGTC--TA-TGGAAAGGCA-T---TCAG-TTGA-AC----AGGA-ACATTACAC
gi|8 : TATGAATGTGATTTC--TGTGGGGAGGCAATC-TGTG-AAACA-GTAGGTTTACAAA--CACGTTAGAGAACGC--TTT---AG-T---A---AACCTTAAAAAT-G-TGATGTATTTTGGAAGG--CATTTAT-TCA-GACAGG-A--ACA-A-AACATAGAC-----------------ACATA-AG-G---ACATATACTGGTGAT--------TTAC-------------TTTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AATCAG-A---AA---GG--AAG-CTTACAGACAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-ATGATAAAC-CTTA---T-A--AATGTGATTATAAATGT--GAT-GTGTGTGGG--AA-GGA-----CATT---CAGTGAGATGG-GATCAT--T--AC-AG-AGACtgggattatcattaataggaa
gi|9 : ctgatgatataggtttaaAATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGCA-TT-CAGN-NNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNG-TGGG-AAGACATTCAGTG-AGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------T-C-GTTC-ATA---AC---GA--AC-ACTTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgaggatacatactgatgataaaccttataaatgtgatgtctatggaaaggcattcagttgaacaggaacattacactgggattatcattaataggaa
blockSeqs : . G . A T . C A A AG . T C . T A AAA G AGGCCATA GTGA TGGGAA CTCAAAAGAAA AG . C T T C . G . G G A CATTCAAA GG G . G TAT AA . A AGTAGGT T CG C TA A G AGATGACATACAACATTACAGA ACGATGA A A C TAAT GAAG ATTCAGTG AGGAGACTTGCAGAGGC T A ATG ACAT G ATAAT G CTTCTATCTGTCACAAGCATCAT G G T TA TT . T G TAAATGTGATTATAA TT C GA A TATCAC TAT TG T T AGTT TAG ATTGAA T TG T TT AT AT TG A TTAC TGAGACAGGATAACTTACAGAAACTACAGTGAT TG C TATAGGTTTAAT C A . ACCGTTGCGC . TGATGT G GAGGCGGAACATGTACCGC TCTAATAG A T AGAAACTTGTGA T C T G G G A ACTTTGCCGAAATGTGTCATTGTTTA C TC . . GG . TTTGAATCCATTGGGTTTATACATAC AAA AA AT C C TCG GC C C A TGA T . GCAAAGAGA T AA GA TGATTATAAATGTGATGTGTG G CGTG CCATT A AAAGACACAC A T ACAT TG A A T . A ACA TG G A GTTTCATAGC C C GGG TTA ACT T A TG TGTA AT TGT TAA . CAGGACCATT GCAT CT C CGTATTGTAAGAATACACACTA G G G A TT GGAGGTTAT A AATTGT C GTT ACGAG . A T A . . A AA A A . . G . GATCGGACAGAC CATC GAGT C T CTC G C CC
blockSeqs : A GA C . . C C T . A NNNNN A NN N . A T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TAATGTC G A C CGAT ACA ATTGCAG . . . A AC G TTGA A TTAGTGGAAACAGGGGTCAT C . . . . . . . TGATTTTTT . . . . A . CT . A TTT AA CATGAG . . . G TT . . . C AAGAAAGGGAACTTCACATCGCACACAA CA T AAAACGCTC . G . AGGCA . GGCA . AATGCCACCGAAACTTTC T . . . . A . T G G A CCAGTTTCGAACAGAGCACTTT C . . . G . CATAATAAT AT G . . . C C G . . . . . TTGTTAGT T A G TGACATCTGTT G CAA ACA . TGCAGAGAC A A T AG T T . . . A NN A G GCGTCGTAGG C A AGA ATG CT G A T TTG GG CAT . . CAAGAC AACA CG C GAGAACATATTCATA . A . . . GAAAT T . A . ATGA . C . A . . G TC C C . . A . AGTGATGCAGG TA AGG C G TA . C .
blockSeqs : C T . G . N . . . N T AGAGGTACAACATACTGGT TGGAAGG T N N GAC AA AAAACAT . . . . TC G AA A TCAGTCGGAAAGAAACGA A . . . . . . . AGTTAATA . . . . . . AG . T CTT AG ATGATT . . . . T . . . . GGCAGGAAGGTTGCAAATGCATATAA TG T TAACCATT . A . AGTG . GAAC . GAGTCAGGAGACTTAA . . . . . A . T G G G GTTTACACAAGAAGCTTT A . . . G . CATCAATT AT T . . . . T G . . . . . AGGTGAG T . A TGAGTTTTTG . . AAA . TAAAAAGAC A A T TT A T . . . . G A G NNNNNNNNNN N T GTC ATG AC A A T TG GA AG . . CGCAT GGT TG G CATGAAGACA . G . . . AGAGA G . C . TATA . C . . . GCGCAGTCC . GCT C
blockSeqs : T A . N . N AGTAAACCTTAAAAATGT NNNNNNN N . . NGT GA CTCAG . . . . A A GG G TCAATCAGAAAGGAAGC G . . . . . . . TTAC . . . . . . CA . T TT AG TTAAA . . . . T . . . . AAGGAAACTTAAAGACACACATGA CA T TTAGAATT . A . TGTC . GCAA . GTGACAGGGTACATGA . . . . . T . T C G T TATCTGCCACAATCATT C . . . G . TATAAAT AT A . . . . C C . . . . . TGATGAT T . G TGAAAGTCCC . . . . GCAGAGGC . A . CA T A . . . . G N N ATCAGAAA . C AGG CT CG T . T TA . CA . . TGAAC GAT CA . CATGATCT . C . . . AAAA T . G . CGG .
blockSeqs : . A GG G TCGTTCATAACGAACAC A . . . . . . . TAG . . . . . . CA . T TT AG ACAAG . . . . C . . . . CACCACAGGACACTTCAA CA A TAAACCTT . T . TGTC . ACA . CGGACAGGAACATTAC . . . . . T . T T A A AATACGAAAACACATTT C . . . T . CATCAT T G . . . . C A . . . . . CAAGG G . A TGAAGTCCC . . . . . . . G G . . . . G . . G . T T . . . . AT . . .
blockSeqs : . . G TACAGAAGAAAAGGAC A . . . . . . . GAG . . . . . . TG . . A . AGTTT . . . . . . . . . GATTCTAGACACTTG A T CAAACCTG . A . TATT . GTT . GAAACAGTAGGTTTAC . . . . . T . G . . G ATTCAGACAGGAACAAA G . . . G . . . G . . . . . C . . . . . AATAT T . . TGGTGTCTG .
blockSeqs : . . C . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . TTTC . GCA . CGAATGTGTAA . . . . . . . A . . . GTAATGAACACTT C . . . . . TGA .
blockSeqs : C . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : C** T* A* AGAGGTACAACNTTACGGN*********** A** AC*** TCGTCGGAAAGAAANC******************* TT**** AG** ATTGAG**** ACAGGAAACTTNCAGACGCACATAA******************* TAAACNTT*********** TGTC******* ** GAGACAGGAGACTTAN******** G** ATTTACACGAGAACTTT****************** ** ** CATCAATT****************** CGATGAN***** CG** GAAAGAC******* G* GCGTCGTAGN*************** CN* A* T* TG*** CGTGAACACACCA************ AGAA***** ACGA** **
originalCons : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGCGTTT-CGGN-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCT---GG-TGACA---AACCNTACAAAT-G-CGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------T-C-AGTC-G-A---AA---GG--ACGACTTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCA---T--AC-AG-AGACAC-AT-GAG---GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGT-AA-GGCA--GGA---T---T-CANA--G-ACAC-A-C---GA-GGACACGTACTGGTGAT-A-------AA-C--TT-AT-AAATGT-GAN--G-TN----TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTCGNG-C--GG--GAGACTTA--ACAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGT--GGGGAAGACATTTN--C----T----C--ACA-AAGNAACATT-T---ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCT--------CA-------TATAAAT--GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-AC--G--ANG-AT-AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG-ACAGTNCA--GGA-GATT--A-AGAGAC---CACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTGGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGT--------NT-------CGNAGAGAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATACTTGGTGANAAACCTTATC-AATTGTGATGTCT-TG-GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC-----ATGAGGACACATTAC--TAGTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATC-GAG---ATGNAAATTTA------CAGANA---CAC-ACGAGGGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
finalCons : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTCC--GTGGGGAGGCT-TT-CGGA-GAGCA-G--GGNTTACGGACGCACGT--GAGGACACATNCTAGAGGTACAACNTTACGGN-----------GATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACG-AGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAAAC---CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACATTCGTCGGAAAGAAANC-------------------TTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GG------CATT---CAGTGAGACGG-GATCATT----ACAG--AGACACATTGAG----GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT----TCAGTACAGGAAACTTNCAGACGCACATAA-------------------GGACACGTACTGGTGATAAACNTT-----------AT-AAATGT-GATGTC-------TGTG--GGAAG--GCGC-TTC-AGTGAGACAGGAGACTTAN--------AGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGGT-GANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTGTG--GGGAAGACATTTATTTACACGAGAACTTT------------------ACAAAG--ACA-CAT--GAGGACACATACT-GGT--GATAAACCTCATCAATT------------------GTGAT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-T-ACCGATGAN-----AAACCTT--ATG-AATG------------TGANTGTCCG--TGGGAA-GACATTCG--CAGTNCA--GGA-GATTGAAAGAC-------ACATGAGGATACAT---TACCGGTGANANAC-CTT-AT-AA---TGTG-ATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGCGTCGTAGN---------------GAACACTTANAGGGACACATGAGGATACATCN-TGGTGANAAACCTTATCA-AT-GTGATGTCTG---GGGGAAGGCATT---TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACACGTGAACACACCA------------GTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATCAGAA-----GNAAATTTA------CAGANA---CACACGA--GGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA
Unaligned ( gi|19 ): AATGTGAATTTTGTGGTGTGTTGAAGACAACTGATGCTGAACTAAAGGCACACTTAAGGACTCATACTGGAGAACG
Unaligned ( gi|21 ): AGAGAGCTTACTGACGCTGAAGAAACATAATAGAGGTACTACATACTGGTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 1 1 1 111 33333333 2222 222222 44444444444 11 1 1 11 1 222 1 999999999999999999 1 1 2222 11 1111 222222 222 1111111 111 333333333 222222222 1 11111 2222 77777777777777777 1 1 111 11111 1111111 77777777777777777777777777777777 222222222222222 111 222222222222222222222 222222222 11 5555555555555555555555555555555555555 111 1111111111 11111 2222 1111 22222222 222222222222 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 333333333333333333333333333333 111 111 222222222222 11 44444444444444444444 1 4444444444444444 2222 11111 1111 11 33333 6666666666666666666666666 11111 111 11 11 22222 111111 2222222 11111 88888888888888888888888888888 11 2222222222222 222222 111 11 1 1 1 1 222 1 1 11 1 33333333333333 1111 2222 11
lowQualScore : 5 1 88 1 1 88 5 1 1 22 5 1 1 5 1 1 777 1 44444444 3333 999999 44444444444 88 5 1 1 1 5 88 5 111 1 5 7 0 999999999999999999 77 3 3 1 2222 0 3 33 0000 111111 5 222 1 5 6666666 444 444444444 1 0 3 555555555 1 2 3 0 3 99999 3 8888 00000000000000000 0 0 0 777 1 55555 6666666 1 8 0 88888888888888888888888888888888 11 5 5 66 66 666 5 0 5 111111111111111 66 4 66 4 333 2 1 333333333333333333333 555555555 0 5 77 5 33 888 77 77 5 5 0 9999999999999999999999999999999999999 66 5 111 0 9999999999 5 2 5 77777 99 4444 2 5 888 5 88888 4444 0 0 33333333 5 5 555555555555 0 5 2 5 1 0 66 555555555 2 0000000000000000000000000000000000000000000 2 55 4 55 55 1 1 4 66 1 1 33333 666666666666666666666666666666 77 77 5 5 555 77 1 5 5 000 5 666666666666 1 33 77 22222222222222222222 0 0000000000000000 5555 2 6 77777 3 9999 11 1 1 6 00000 0 6 3 5 2222222222222222222222222 8 55555 111 6 1 1 11 0 8 33 00000 666666 8 1111111 66666 6 8 44444444444444444444444444444 8 1 8 8 0 0 11 9999999999999 333333 1 444 99999 11 1 5 3 0 3 2 555 1 1 0 3 3 44 3 22222222222222 7777 7777 2 0 1 3333 6 6 88
lowQualScore : . . .. . . .. . . . .. . . . . . . ... . ........ .... ...... ........... .. . . . . . .. . ... . . . . .................. .. . . . .... . . .. .... ...... . ... . . ....... ... ......... . . . ......... . . . . . ..... . .... ................. . . . ... . ..... ....... . . . ................................ .. . . .. .. ... . . . ............... .. . .. . ... . . ..................... ......... . . .. . .. ... .. .. . . . ..................................... .. . ... . .......... . . . ..... .. .... . . ... . ..... .... . . ........ . . ............ . . . . . . .. ......... . ........................................... . .. . .. .. . . . .. . . ..... .............................. .. .. . . ... .. . . . ... . ............ . .. .. .................... . ................ .... . . ..... . .... .. . . . ..... . . . . ......................... . ..... ... . . . .. . . .. ..... ...... . ....... ..... . . ............................. . . . . . . .. ............. ...... . ... ..... .. . . . . . . ... . . . . . .. . .............. .... .... . . . .... . . ..
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 0 0 0 00 0 0 0 5 0 0 555 0 55555555 5555 000000 00000000000 00 0 0 0 0 0 55 0 555 0 0 3 7 333333333333333333 77 3 3 0 2222 2 0 88 8888 222222 2 555 8 4 4444444 000 000000000 0 8 2 555555555 0 2 0 8 2 00000 5 2222 00000000000000000 2 0 0 000 4 22222 3333333 0 9 6 33333333333333333333333333333333 44 0 0 99 99 000 0 6 7 555555555555555 11 4 11 4 999 7 4 333333333333333333333 444444444 1 7 99 7 66 000 99 99 7 7 4 1111111111111111111111111111111111111 00 7 777 4 5555555555 0 2 0 55555 55 2222 2 0 222 0 99999 6666 2 5 11111111 0 0 666666666666 1 0 8 0 0 1 11 333333333 7 1111111111111111111111111111111111111111111 5 55 0 55 55 2 1 4 11 4 6 99999 111111111111111111111111111111 44 99 7 7 777 44 0 7 7 000 7 333333333333 4 66 44 11111111111111111111 0 2222222222222222 3333 5 7 33333 5 0000 55 0 0 7 00000 2 7 3 5 2222222222222222222222222 5 77777 777 7 0 0 00 8 0 00 22222 444444 0 2222222 88888 4 8 22222222222222222222222222222 0 4 0 0 8 8 00 2222222222222 000000 0 000 44444 00 0 5 2 0 3 0 000 0 0 7 3 3 00 3 22222222222222 8888 0000 5 7 0 7777 7 7 33
consensus : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTCATNAATGTGATTTC--CATGGGGCGGC--TTTC-GG-AGAGCA-GGGNTTACTGACGCACNTGAAGANACATNC---T-AGAGG---TACAACA--TTACTGGCGATATNTGTNCGAANG--CATNTNTCTNACGATGGA-A--ACNTT-ANTGAGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------TC-G-TCGGAAA----GANAN--C--TTACAGAGAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GGCATT---CAGTGAGACGGGATCG-TT-AC-AG-A--GACACA--TTGAG-GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT-TCAGT----AC---AGGA-A----ACTTACAGA-C----GC-ACA-TAA-GGACACATACTGGTGATAAA--CGTT----AT-AAATG-TGA-----TGT-CTGTGGGAAGGCGC-TTCAGT-GA-G-ACG-GGANAC-TTA---CAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGG-TGANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGG---G--GAAGACATT-T---A-T-TT---AC-ACGAG--A------A-C---T-TT--ACAAAG--AC-ACA--T--GAGGACACATACTGG-T--GATAAACCTC----AT----CAAT--TGTG-------------AT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-TAC-C-GATG-A-TAAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTGTCCG--TGGGAA-GACATTC-G--C--AGTNCA--GGAGATT-G-AGAGA-CACA----TGAGGATACAT---TACCGGTGANANACCTT-ATAAA----TGT-GATGTCTGTGGGAAGGCATTC-------AG--T-------CGNAGAGAACACTTANAGGNACACATGAG---GATACAT-CNTGGTGANAAACCTTATCAA--TGTGATGTC-TG-TGGG----AAGGCATT--TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC--GT-------GA--ACACACTA-----GTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATCG-GA-ATG-----NAAATTTA------CAGANA---CACACGA-GGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
Reference ( family-3052 ) : TGTCTTCTGCACCAANCAAGGAAACTNGTNCCTAAACGGGACATATAATGGACGTAGTGAGCCTGTNGNGGCTGTCCGNNGAAACAAGTANAACTAAAGACCNGAAAAAATGTTNTACAGAAGCATNTAAACACNNATGGAGGTNAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGGACAGTTCACAGAANCACANGGNGATACATACTGGTGATAAACCTTACGAATGTGTGATGTCTGTGGGTTTGAGGCGTTCANTCAGAAATAACCATATGAATGTGGTGCCTGTGGGAAGACGTTCA-------CAGGA----TTTNGAA-AACACATTA-GGATACATACTGGTGAAAAACCTTATNAATGTGATTTC--CGTGGGGAGGC--TTTC-GG-AGAGCA-GGGNTTACGGACGCACGTGAGGACACATNC---T-AGAGG---TACAACN--TTAC-GGNGATGTATGTNNGAAGG--CATNTATCTCACGATAGG-A--ACATT-AACGAGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATATATACTGGTGATAA-AC--CTTATGAATGT--G-A--TGTCTGTGGGAAGACAT------TC-G-TCGGAAA----GAAAN--C--TTACAGANAC-ACAT-GAG--GAT--ACA-TACTG-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GGCATT---CAGTGAGACGGGATCA-TT-AC-AG-A--GACACA--TTGAG-GACACATACT-GGTGAA--AAACC-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT-TCAGT----AC---AGGA-A----ACTTNCAGA-C----GC-ACA-TAA-GGACACGTACTGGTGATAAA--CNTT----AT-AAATG-TGA-----TGT-CTGTGGGAAGGCGC-TTCAGT-GA-G-ACA-GGAGAC-TTA---NAGACACACAT--------GAGG-A-CAC------------ACACTGG-TGANAAA-CCTTANAAATGTGATGTCTG--TGG---G--GAAGACATT-T---A-T-TT---AC-ACGAG--A------A-C---T-TT--ACAAAG--AC-ACA--T--GAGGACACATACTGG-T--GATAAACCTC----AT----CAAT--TGTG-------------AT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTCAGA-CA-GGA---A-CTTACAGANACA-CATGAGG-ACA---CA-TAC-C-GATG-A-NAAACCTT--ATG-AATGTGA-----------NTGTCCG--TGGGAA-GACATTC-G--C--AGTNCA--GGAGATT-G-AAAGA-CACA----TGAGGATACAT---TACCGGTGANANACCTT-ATAA-----TGT-GATGTCTGTGGGAAGGCATTC-------AGCGT-------CGTAGNGAACACTTANAGGGACACATGAG---GATACAT-CNTGGTGANAAACCTTATCAA--TGTGATGTC-TG-GGGG----AAGGCATT--TCAG-TCGAGAC----AGGG-AT-TTACGCAACAGACAC--GT-------GA--ACACACCA-----GTGA-AGAACCTTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCGTTCA--ATCA-GA-A-G-----NAAATTTA------CAGANA---CACACGA-GGACACAT--ANTGGTGATGAAACCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCGTTCAA-C-GGACAGGNAANTTACGGACTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-GAATG-CGAAGTCTGTGGGAAGGCATTCGNTCGCGAAAG--CAACTTTA--AAAGAGNCACATGAGGATACATACTGGCGANAAACCTTATGAATGCTCGATGTCTGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|1 : TGTCTTCTGCACCAATCAAAGAAACTTGTACCTAAACAAGA-ATATAATGGACATAGTGAGCCTGTTGTGACTGTCTGTTGAAACAAGTAAAACTAAAGATCAGAAAAAATATTGTACAAAAGTATTTAAACACCC-TGGAGGTCAAAAACA--------AGT----TATTTG------GACA-----------AGGAC--TTCACAAAAACACAAGAGGATACATA-TGGTGATAAACCTTATGAATGT-TGATGTCTGTGGGTTTAAGGCGTTTATTTAAAAATAACCATATGAATGTGAT-TCTGTTGGA-GACATTCAAACAGCTCAGGGACCGTTAAGAA-AACATATTAAGGATACATACTGGTGAAAAACCTCATAAATGTGATTTC---GTGGGAAGGCGTTTTC-GGTCGCGCATGGGATTACGGATTCACTTAAGGATACATACAGGTGAGAGA---CCCAACAAATT----GCGATGTGTGTGAAGAAG--CATTTTTCTCACAA-AGT-A--ACTCT-AATAAGAC-----------------ACATG-AG-GA--ATACATACTGGTGAAAACAC--CATATAAATGT--G-A--TGT-TGCGG-AAGACAT------TT-G-AGTGATACAGCGACAA--C--TTACAGAGAC-ACAT-AAG--GAT--ACACTACTG-GTGAAAAAC-CTTA---T-G--A------ATGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GGCGTT---CCATGAGATGGGATCA--C-AC-AACA--GACATA---AGAG-GACA-ATACT-GGTGAA--AAGCC-C--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GG-AGGCAT-TTAAT----AA---TGGC-ATTGGATTTAAAGA-------T-ACA-AAA-AGACACA-AATGGTGATAAA--C-TC----AT-AAATGTTGAC----TAT-GTGTTGGAAAGTGC-TTCAGTCGC-GCATG-GGAGTT-TAA---CAGATTCACTT--------ACGA-A-CAC------------ATACGGG-TGAGAGA-CCCAACAAATGCGATGTCTGTTTGG---G--AAAGACATT-T---T-TCTT---TC-ACAAAGCA------A-C---TCTT--AAAAGG--ACAACA--TTGGAGGATACATACTTG-TTGGATAATGCTG----ATTATGTAAT--TGTG-------------GT-GT-T-CTTGGAAAGCA--TATAGTGAGA-CA-GGA---A-TTTAAAGAAACA-CATGAGG-ACA---CA-TAA-T-GGCGCA-TAAAAC----ATG-GGTGTGA-----------TTTTCTG--TTGGAA-GAAATTCAA--C--AGCTCA--GGAGATT-A-AGAAACCACA----TGAGGATACAT---TACTGGTGAAAAACCTTCATAA-----TGTGGATGTCTGCGGGAAGACATTCATAAAAAAAAATAAAAAAATGGACAGAACACTTAAAGAGACACATGAG---GATACATACTTGGTGAAAAACCTTTTTGAATTGTGATGTCTTGCGGGG----AAGGCCTT--TCAGTTTGAGA-----AGGG-AT-TCACACAACAGACATAAGA-------GG--ACACATTACTTTGGTGA-AAAACCCTATAAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAGGCATTTA--ATAATGC-ATG-----GGATTTTA-------AGATA---CACAAAAGGGACACATTAAATGGTGATAAAACCTCATTAATGTGATGTGGTGTGGAAAGTGC-TTCAG-C-ACACATGGAATTTACGGACTCACTTACGAACACTATACGGGTGAGAGGACCCAACAAAATGCCGAAGTGTGTGGAAAGACATTTTCTCACAAAAG--CAACTTTA--AAAAAGACA-ATGAGGATACATACTGTTGAAAAACCTTATGAATGTTTGATGT-TGT--GGGAAGGCGTTTTAGTGACAAGGGTTCACAACACA
gi|10 : TGTCTTCTACAC-AAGCAAGGA--CTAGTTC--AAACGGAACATATAATGAATGTAGTGAGTCTGTAGAGGTTGTCCAAGGAAA-AAGTATAACTAAAGACCCGAAAAA-TGTTTTACAGAAACATATAAACACAAATGGAGGTGAAAAACAAGGCCATAAGTGTGATGTCTGTGGGAAGACACTCAAAAGAAAGGAACAGTTCA-AGAACCACATGGTGATACATACTGGTGATAAACCTTACAA--GTGTGATGTCTGTGGG---GAGATATTCAGTCAGA
gi|11 : atgcgtccttcatagtttgtgacgatgattatgaatgacagtcttttcatctaaccaaccaatggctgagtgtgaaacaagtaTTA---T-A--G------ATGT--TAT-GTTTGTGGG--AG-GGCATT---CAA---------------------------ACAC---TTAAA-GACACA--CC-AGTGAA--AACCT-T--ATAAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT-TCAAT-----------GA--------TTCTAGA-CACTTGC-ATG-TAA-AGGCAAA----GATG-TAAAGGCAT----------ATG-GGA-----TGT----------GATGT-TTCAGT-GA-G-TCA-GGAGAC-TTA---AAGAGACACAT--------GACG-A-TAC------------ATATTGG-TTACCAA-CCTTAGAAATGTGATTTCTG--T-G---G--GAAGACATT-T---G----T---A--ATGAA--C------A-C-----TT--ACAAAC--AC-ACA--T--GAGGATTCATACTGG-T--GAtagggcacatacaggga
gi|12 : TGC-AGAACCTTTTGGATGTGAGT-G-CTGTGGGAAGATGTTCA--ATCG-AA-ATG-----AAAATTTA------CAAACA---CACACGA-GGACACAC--AATGGTGA-GAAATCTCATAAATGTGATGT-CTGTGGGAAG-GCATTCAA-AAGGACAGGAACATTACAGACACACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAT-GAATG-CGATGTCTGTGGGAAGGCATTCAGTGATGCAGG---AACATTA--CAA-AGGCACATGAGGATACATACTGGTGATGAACCTTATAAATG--TAATGTCTGT--GGGAAGatgttgagtgatattactggtatacctgtatattgcaatacttgaactgatgata
gi|13 : aatcttcagattttgttgatggaatgtcaaattctggttcctAAGACATATGT---T-AGATGACATACAACA--TTAC-AGAGACATATGTACGATGA--TATAT-TCTGGTAATAAACA--ACATT-GCAGAGAC-----------------ATATGTAT-GATGATATATACAGGTGATAA-A---CTTATGAATAT--ATAATTGTCTTTGGGAAGACAT--------------------------------TTATAATGAC-ACAT-GA----AT--ACA-----G-CTGATAGAC-CTTAAGTT-AATA------ATGT--AATCATTTTTTGA--AA-GACATT---CAGT
gi|14 : atgaacatacaacttaacTGTGA-----------GTTTTTG--TGGGA--GAC-TTC-G--TGGAGACCATTGGAGATT-GCAGAGG-CGC-----TGAGGATTAGC---TACTGATGAAAATCTTT-GTAAACATCT-T-GGTGTCTGTGGGA-GATATTC-------GGTTT-------CATAGCGAACACTTGCA--TACACCTAGGATAGATACTT-GCTGGTGA
gi|15 : aaactgtttagatg---AC-A-GAG--C------A-C---T-T---ACAAAA--AC-CCA--T--GAGGACACATACTGGGT--GTTAAACCTC----AT----CAAT--TGTG-------------AT-GTCTAAAGGGAAGGCA---TCAGTCAGA-CC-AGC---A-CTTACAGACACACCATGAGG-ACA---CA-TACGC-AAAG-AGAAAATCTTA-ACG-AATGTGA-----------A-GTCCC--CGGGAA-GACATTttat
gi|16 : TGTGATTTT--CATGAAGCGGC--TTTC-AG-AGAGCtc
gi|17 : cagacaatagtatgatacactTCTGTGGGAAGAAATTCG--CGC---AGTCCAGCTACATCAAAGC-TCACATGAGGCTCCACACGGGCGAGAAACCGTTTGCCTGCTC-AT-TCTGTCCGAAAAGGttacaacttattggtggtatctgttaatgtccacgaaacaatgtaccatacgatggaaacccca
gi|19 : AATGTGAATTTTG--TGGTGTGTTGAAGACA-------A-C-TG---AT-GCT-G--A------A-C---T-------AAAG--GC-ACACTT--AAGGACTCATACTGG-A--GAttc
gi|2 : TGAATGC--A-A--CGTCTGTGA-AAGACATCTTCTATCTG-TCACAAG----CATCA--T--GTAAAGACAC-ACAT-GAT--GATTTACA-CACTG-GTGATAAAC-CTTA---TTA--C------ATGT--GAC-GTCTGTGGG--AAAGGCATTTATCAATAAGA--GGA-CA-TTTACTAG-A--GAC-CA--TTGAA-GATACATACA-GGTGAGTGAAACT-T--ATAACTGAT-GATGTCATT--GTG-GGAAGGCAT-TCAGTTGAGAC---AGGATA----ACTTACAGA-A----ACTACAGTGATGGCCACATACCTG-GAAAAA--CGCTC---ATCAAGTG-TGGACCGTTGCGCTGGGAGAAAACA--TTCAGT-GT-G-ACA-GGGTAC-ATG---AAGACACATTT--------AAAA-A-CAC------------ACAGTGG-TGAAAAA-ACATATGAATGCAACATCTG--TGA---G---AAGACATTCT---A-T-CT---GCCACAAT--C------A-T---T-------AAAGTCGC-ACA--T--GTTGACACATACTGG-T--GATAAACCTT----AT----AAAT---GTG-------------AT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAATCAAT-CA-GGAC--A-TTTACAGAGACA-CATGATG-ATA---CA-TAC-A-GGTG-A-GAAACCTT--ATA-AATGTG------------GTGTCTG--TGGGAA-GGCATTC-AATC---GTACA--GGACATTTGCAGAGA-CACA----TGAGGACACACACATAAAGGTGATATACCTT-ATAAA----TGT-GATGTCTGTGGCAGG--AATC-------AG----------------GAACA-TTAAAGGGACATTTAAA---GACACAT-CTTGGTGATAAGCCTTATCAA--TGTGATATC-TG-TAGGATATAATGT-TTAATCAA-TCAGGACCATTAGAG-GT-ACACTCAA-AGACGC--AT-------GA--TC-----------TTGA-TACACCTTAGAAATGTGA-T-GTT--TGGGAAGGTATACA--ACCG-GA-G-GTTATTTAAATTTGAATTGTCAGAAA---CACATGA-GGACAGAC--ACAAGTAATG-AATCTTATAAATGTGATGT-CTTTGGGAacg
gi|20 : GTGGGAAGATGTACATT-----CAA-A----TTTGGAAGAACTCATGG-TGACACATACTGGTGACAAACC
gi|21 : A-GAGCTTACTGACGC---TGAAGAAACATAA---T-AGAGG---TACTACA---TACTGGTGAT
gi|22 : agGT--GAT-GTCTGTGGG--AA-GGCTTT---CAGTGAGATGGGATCA-a
gi|3 : TGGAAGGTCAT------TA----CAGAAG----AAAAGGAC--CTACAGAAACGATATTGAGTAGA---ACA-T-TTG-A--ATAAACGCTTG---G-A--G------ATGT--GAT-GTGTTTGGGGAAA-CGTATCAC-CACTCAGA---AACTG-TG-AA-AA-AACGACACC--ATGAG--ACACATAGT-GTCGAA--GAACC-T--TTGAA--------GTC--TTGGGG-GGAAGGCAT-TCAATCACCAC---AGGA-C----ACTTC------------------AA-GAACA-ATACTGGTGGTAAC--CATT----AT-AA-TG-TAA------GT-GTGTGGGAAGG-GCATTC----GA---ATC-GAATGT-GTA----AGACACACATT-------GAGG-ATCAC------------ATAC-GA-TGAAATATCCTTATAAATGTGAAGT--G--TGT---G--GAAGGCATC-A---G-T-TT---AC-ACAAG--A------AGC---T-TT--AAAGAG--TC-AC------------------TGG-T--AATAACCTTC----AT-----AATAATGTG-------------AAAGTCT-TTGGAAAGGCAATTTAAGTGAGA-TG-AGATCGA-CTTACAGAGA-A-CATCAGG-AGATGACA-TAC-TTGTTA-G-TTAACCTT--AT---ATGTGA-------------------------A-GTCAT------C--AGTAAA--GGAAGCT-T-AAAGA-CACACATATGAGGATACAT----ACTTGTAGAGTACCTT-ATGA-----TGT-GATGTCTGTGGGAAGGCATTC-------AGCGT-------CGTAGGCAATA-TTATAAGAACACATGAA---GATACA--CACAGTGAGAAACCTTATCAT--GGTGATGTT-TT-GGG------AGGCATT--CCAA-TCAAGAC----AGG-----CTACGTAGCAGACAC--GTATTGTAAGAATACACACTA-----GTGAGAGAGCCTTATAAGTGTGA-TAGTCTGTAGGAAAGCATTCATTACCA-AA-A-G-----GAAACTTA------CAGACAGTTCAT-CGG-GGATGCAT--A
gi|4 : tgcATAA-ACATTTTCTGAATGTTTG-A--TGTCTTTGGAAGGGCAT------TT-A-GTGGAAACA--GGGGT--CATTTTCAG-GAC-ATGT-GAG--AAT--ACA-TACTTTGTAACAAAT-TGTG---T-G--ATTTTTTATGTTTGAT-GTCTGTGG---AA-GACATT---CTTTGAGGAGGGATCA-TT-AC-AA-A--GACATA--T-GATTGATACACACTTGGTGAA--AAGCC-TTTATAAATG-TTGATGTT--T--GTG-GAAAGGAAT-TCTGT----AAGAAAGGG-A----ACTT-CACATC----GC-ACA-CAA-GGACATGTTCTGGTGATTAG--AATT----TT-CAATG-TGA-----TGT-CTGTGGGAAGGT-T-TTCAAT-AATG-CCACCGAAAC-TTT---CGAAGGCACAT--------GCAG-A-CAC------------ACACTGGTTGTTAAA--CTCATCAATGTCATGTCTG--TGG---C--GAGTTCATG-TCCAG-T-TTCGAAC-A-GAG--C------A-C---T-TT--ACAAAA--AC-ACA--T--GAGGACACATACT-G-T--GTTAAACCTC----AT----CA----TGTG-------------AT-GTCT-AAGGGAAGTCA--TTCAGTCAGACCACAGC---A-CTTACAGACACA-CATGAGGAACA---CATTAC-C-AAGG----AAATCTTAAACGAAATGTGA-----------AAGTCCC--TGGGAAGGACATTtatga
gi|5 : GTGATTTT--CATGGGGCGGC--TTTC-AG-AGAGC------TTACTGACGCA-GTGAAGAAACATTC---T-AGAGG---TACAACA--T-ACTGGTGATATCTGTT--AATGTCCATGTATCATACGATGGA-A--ACCTC-A--GAGAT-----------------AGATA-AGAGA--GCATATACTGGAGATAA-AC--CTTATAAGTGT--G-G--TATTTGTGGGAAATTAT------TCAG-TCGGAAA----GAAAC--G--ATACAGAAAC-ATAC-AAG--GAT--ACA-TGTTG-GTGAAAATC-CGTA---T-A--A------GTGT--GAT-ATTTGTGGG--AA-AGCATT---CGATCAGACAGGAAAG-TT-AC-AG-A--GACATA---CAAG-GATACATACT-GGTGAA--AAACCTT--ATGAATG-T-GATGTC--T--GTG-GGAAGGCAT-TTACTCA--ACA--AGGA-A----ACTTAAAGA-C----AC-ACA-TGA-GGATACATACTGCTGATAAA--CCTT----AT-AAATG-TGA-----TGT-CTGTGGGAAGGCA--TTCAAT-CG-G-ACA-GGA-ACATTA---CAAACACACAT--------GAGG-A-TAC------------ACACTGG-TGATAAA-CCTTTTAAATGTGATGTCTG--T-G---G--GAAGAGATT-T---A--------AT-ACGAA--A------A-CACAT-TT--ACAGGT--AC-ACA--T--GAGGACACATtcctca
gi|6 : cacacaaggaagaaaactg--C--TTGCAGAAAC-ACAG-GTG--GAT--ACA-TACTA-GTGATAAAC-CTTA---T-A--A------ATGT--GAT-GTCTATGGG--AA-GACATT---CAGTGATACAGG-TCACTT-GC-AG-A--AACACAGTTT----GATACATACT-CGTTTC--AAACC-TG-AAAAATG-C-GGTTTT--T--GTGAGGAAACTCTCTCAGTG---GC---AGGA-A----GGTTGCAAA-T----GC-ATA-TAA-GGATACATACTGGAGACAAA--CCTG----AC-AATTG-TGA-----TAT-TTGTGGGAAGGAAC--TCGGT-GA-G-GCG-GAACAT-GTACCGCGGATATTCATTCTAATAGGAGGAA-CACAGAAACTTGTGAACGCTGG-TGATGGA-CCTCAGAAATGTGATGCCTG--TCG---T--AAAT-CGTT-T---ACT-TT---GC--CGAA--ATGTGTCA-T---TGTTTAAGAAAG--A----A--T--GTTGACTCTTAGTTG-T--GGTCAACCTTTTGAAT----CCAT--TGGGTTTATACATACATGT-GTCT-GTGGGAAGGCA--TTCAGTTGGA-CA-GAA---A---TGTGGAAAT-------GT-ACA---C--TA----AAT--A-TGAACGGT--ATG-AATGTGA-----------C-ATCTGTTTTAAAA-GACAT
gi|7 : ca-AAAGA-CACA----TGAGGACACAT----ATCAGTAATAAACCTT-ATAAA----TGT-GATGTCTGTGGGAAGGCATTC-------AA--T-------CAGAAAGCACACTTACAGTCGCATATGAG---GACATAT-CGTGGGGAACAATCTTATCAA--TGTG---TC-TG-TGGG----AAGG-AGT--TCAG-TCGC-AT----AGAGCAT-TTA---AAGAAACAC--AT-------GA--AGACA----------GA-ACAGTCTGATCAATGTGA-T-GTCTGTGGGAAAGCGTTCA--ATCA-GAGA-G-----TAAGCTTA------CAGAGA---CACTATA-GGACACAT--ACTGGTGA-GAGACCTTACAAATGTGATAT-CTGTGGGAAG-GCGCTCAATC-GGACAGACAACTTACAGAGTCACATGAGGACAC-ATACTGGTGAGA-GACCTTAC-AAATG-TGAAGTCTGTGGGAAGGCGTTCGATCG-GACAGA-CAACTT----ACAGAGTCACATgtacatgtatttacacgtactggtggaca
gi|8 : attgtaagaaaacgtcactatgaatatgttctcttctgttgcagaaatcccatactgaaagaaatggatcaattatcacatggaaacttaaCTGATGATATA--GGTTTAATAT-GAATG-TGA-----TTT-CTGTGGGGAGGCAA-T-CTGT-GA-A-ACA-GTAGGT-TTA---CAAACACG--T--------TAGA-G-AAC------------GCTTTAG-T---AAA-CCTTAAAAATGTGATGTATT--TTG---G---AAGGCATT-T---A-T-TC---AG-ACAGG--A------A-C---A-AA--ACATAG--AC-ACA--T--AAGGACATATACTGG-T--GAT------------T----TACT--T--------------------TCT-GTGGGAAGACA--TTCAATCAGA-AA-GGA---AGCTTACAGACACA-CATGAGG-ATA---CA-TAC-T-GATG-A-TAAACCTT--ATA-AATGTGATTATAAATGTGATGTGTG--TGGGAAGGACATT-----C--AGT------GAGAT--------------------GGGAT-CAT---TAC-----AGAGACTCN-NNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNAT--------ATGAG---GATACAT-ACTGATGATAAACCTTATAAA--TGTGATGTC-TA-TGGA----AAGGCA-T--TCAG-TTGA-AC----AGGA-ACATTACAC
gi|9 : AATGTAGTGCTTGTGGGAAGACATT------------GA----TTTC--A-AACACATTA-GCATGCATACTGGTGAATAATCTTATCAATGTCATGTCTATATGGCAAAGC--ATTCAGN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNN---NNNNNNN--NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNGTGGG-AAGACATTCAGTGAGACAGGAGACTTGCAGAGGCACATG-AG-G---ATACGTACTGATGAAAA-TC--CTTGTAAATGT--G-G--TGTCTGTGGGAAGATAT------TC-GTTCATAAC----GAACA--C--TTGCATACAC-ACAT-GAG--GAT--AGA-TACTG-GTGAtgggattatcattaataggaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATAGGTTGGAAATAAACAATATCATAGAGAGATATATATGTATAGGTTGGAAATAAACAATATCGCAGAGAGATATATA