lowQualScore : 2222222222222222222 1111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444 4 11 4444444444444444444 333333333333333333 1 6666666 1 2222222222222222222222222222222222 22222 11 9999999999999999999999 222222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1111 1111 2222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222 11 11 11 1111 2222222222222 3333333333 888888888888888888888888 1 222 555555555555555555555555555 11 11111 111 1111 1 1 11 4444444444 11111111 111 22222222222222 5555555555555555555 1111 11
lowQualScore : 7 666666666666666666666666666666666 2 0 66 55 2 7777777777777777777 111111111111111111 9 6 1 5 1 0000000 0 4444444444444444444444444444444444 88888 7 88 9999999999999999999999 77 777777 00000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 0 66 7 55 7777 7777 8888 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 00000000000 22 6 88 66 1 55 2 1111 9 1 3 9999999999999 8 1 8888888888 5 000000000000000000000000 5 6 000 3 444444444444444444444444444 11 5 8 77 6 66 66666 111 0 3 9 4444 4444 3 5 3 1 33 3 7777777777 8 77777777 0 444 3 77777777777777 3 8 22 0 3333333333333333333 7777 0 11
lowQualScore : . ................................. . . .. .. . ................... .................. . . . . . ....... . .................................. ..... . .. ...................... .. ...... ..... ................................................................... . . .. . .. .... .... .... . ......................................................................................... . ........... .. . .. .. . .. . .... . . . ............. . . .......... . ........................ . . ... . ........................... .. . . .. . .. ..... ... . . . .... .... . . . . .. . .......... . ........ . ... . .............. . . .. . ................... .... . ..
lowQualScore : 0 000000000000000000000000000000000 5 0 77 00 5 5555555555555555555 000000000000000000 7 0 0 7 0 0000000 5 0000000000000000000000000000000000 55555 3 33 7777777777777777777777 22 555555 00000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 88 2 22 8888 0000 0000 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 33333333333 22 0 55 22 8 22 7 7777 0 4 8 0000000000000 0 8 0000000000 2 888888888888888888888888 5 2 222 0 444444444444444444444444444 00 0 0 88 7 00 77777 777 7 2 2 2222 4444 5 0 5 5 88 2 2222222222 2 00000000 8 000 2 88888888888888 2 6 44 8 8888888888888888888 0000 8 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAAAAT-ATTTATTTTTATATCATAATGATAAAACAATTGATCANCCGTCATCGGGTCAACATGGGGAAATGAGAACCCGAGACNNGGCCCACGAGGTNACCTGACCTGACCAAGG--------------TGGCCANNNCGTGGGCCCGGTTTCGGGTTCTCATTTCCCCATGTTGAACCGATGACGGGTGATCAATTGTTTTACCACCAGTATANCGATATANAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCANCAGTACATGTAATNTACGCATTGATATAAATTCT--AC---TT---TCTATT----GT--GCCAGCGCCAG-----CTCTACCGTGCAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGANG-NACT-CCAAATGATT--------------TTGTCC-TCTTAAANATAGAANA---CTGGTT----CAT-A--TACAATAA-TTTTGCATCATTCTACGT------TTGATA-AAATC-TACCTCTTTAANGATAGAAACTAGCTCAGCGATNTC-CAC-TAG--CT----TTCGTAGTTNTT-ACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAANGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAGAACC---------TCGGAAGTC--TT--AANATTGGG------GTTCGATTCNCTCGACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCA-----AAT---TTCAGCGGTCATTANTATTAATGNCCGGTCAATNTTNTGCG--CGTGCA-T------GATTCGGAGGTC---A-TT-ATT---GCAGTAAANAGCGCA-TTTGA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAG--N-CTT-TC---CAT-CAGCC----AATCAGATTTGAGAATTAAT-GATAGAG
Reference ( gi|1 ) : CTATAATGATTGGTTTATAATAATGATTGGTTTATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTATTATC------CCGATATAGAAATAAA------------AATATCTT-TATT------TGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--AC---CG---TCTACTAGAAGTAGGCCAATGCCAG-----CTCTACCATGCAC-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGA-GATTACCGAATGATT--------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGTT----CAT----TACAATAA-TTTTATATCAATCTACAT------TTGATACAAACCCTACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATG-TAT-TAG--CT----TTTGTAGTTGTTTACAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACC---------TCAGAAGTC-ATTAGAAGATTGGGGTTACCGTTTGATTCTCTTGACATAATCATTGTTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCAGTCA-----AAT---TCCAGTGGTTATCATTATTAATGACCGCTCAATATTATGCA--CATG---T------GATTCGGAGGTC---A-TG-ATT---GCAGTAAACAGCGCATTTTGG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAG--T-GTT-TC---CAG-CAGCC----AATCAGATTTGAGAATTAAT-AATAGAG
gi|6 : ATAAAAAT-ATTTATTTTTATATCATAATGATAAAACAATTGATCAACCATCATCAGTTCAACAAGGGGAAATGGGAACCC
gi|6 : ttaatcacccgtcatcgggtcaacatggagagataagaacacgagaccgggtccatgaggttacctgacctgacctgaccaaagaaccattaaAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC------------------TGACCAAAGAA-----CCA-TTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCATT------ATGATATAAAAAT--A------------AATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAAtagtacatgtaatatacgcattgatataaagtt
gi|2 : ttGGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGgtt
gi|2 : GGTCACCTCGTGGGCCATATTTCGGGTTCTCATTTTCCCATATTGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|6 : ggTGGACCCGGTCTCGTGTTCTTATCTCTCCATGTTGACCCGATGACGGGTGATTAAtgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|5 : ATTGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACCAATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCAAC------TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCAC---TT---TTTAT-----GT--GTCAATCCTTGTTGGACTCTACTATGGGC-ATGGGATTGTGCAT-C---------TA----TTAAAGTTTCAAA-AGATAATT--CAAATGATT--------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGTT----TAT----TACAAAAA-CTTtgaggttacctgacctgacctgaccaaagaaccattaagggttcccatttccccttgttgaactgatgatggttgatcaattgttttatcattatgatataaaaataaatatttttattagtacatgtaatatacgcattgatataaagtt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAATTCTACT--------GCCAGCGCCAG-----CCCTACCATGCAT-A--TGATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGTT----CATAA--TACAATGA-TATTGTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA--AA-------TCTTTAACGATAGAAACTAGCCT----ATCCC-CAC-TAGGCCTATCGTTCGTAGTTGTTAACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCC---------TCGGAAGTC-----------------------TTGATTCTCTTG--ATAATCATTGCTT-T-TA-AA-A--CATATAT-------CTA--AT-A-ATTTTTTT-GTGGTC------AAT---TTCAGCGGTCATTATTAT
gi|13 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc--AC---TG---TCTATTAGAAATTGCCCAGAGCCAG-----CTCTACCGTGCAT-GAGGGATTGTG------------------------------AAAGATG-TACT-CCAAATGATT--------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGTTCTCACAT----TTCATTAA-TT
gi|16 : GCCAGCGCCA------CTCTACCGTGCATTGAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCA
gi|10 : ttctaattatcctTGAAT--------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTT----CATCATGTACAATAA-TTT------------CGT------CTTATAAAAGTCGTACCTC----AT-----------GCTCAGCGATGTG-----CAG--CC----TTCGTAGAACTT-----------TCCAGAC-ATGACGCAAAGATTactatt
gi|15 : TGGTT----CAT----TATAATAATTTTTGCATCATTCTACGT------TTGATA-AAATCCTACCTCTTTAAAGATAGAAAaatgacgtagtgtc
gi|12 : aagAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTA---CT----ATAGCAGTTACTTACAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGATGT---GTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGC---------ACTGAAGtata
gi|3 : GA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTA--AAC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC--TTCGAAGATTGAGG-------TTGATTCTCTTG--ATAATCATTGCTTTT-TA-AA-A--CA-AT-TTTTTGTCTTA--ATCA-ATTCTTTT-GTGGTCA-----GAT---TCGCG-GGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTG--CATG---TGCAGTGGATTCGGA-GTC---ATTG-A-T---GTAGTTAAAAGCAC--TTTGATATATCATCGATG--TTTT-AAG--T-CTT-TCAGTCAG---GTC----AATCAGATTTGAGAATTACTCAAAAGAG
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTACGAAAAT-GATGACGTAGTTTCTGCATAAgtc
gi|11 : aACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA-------AAG---G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTCTATT-TAAAATTAGA------GTTTGA-TCACTCAACATAATCATTGCTT-T-TA-AA-TTTCA-ttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|9 : gatattcaaAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA--AAG--------G-GACACAATC---------TCGGAAGT---TTA--ATAT--------CCATTCAA----CGT-ACGTAATTATTGCTTAT--ACAA-AGTTA-TT-T-------CTA--ATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTTAATATATCC--TGGTTATC
gi|4 : TCACTCAATATAATTATCATC-ATATACAATGCTC-----T-------CTATAATCATATTAATTT-GTGGTCA-----ATT---TTCAGCGGTC-----T-TTAATTTCCGGCCAACATTTTGCA--CATGCATT------GATGTGGAACTT---A-TT-ATT---GCAGTAAAGAACGCAATTTGG-A-GCCATTATTAAATGATAAAG---------A---CAT-CAACC----AATCAGATTTGAGAATTAAG-GATAAA
gi|7 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttatcttacgggagttaaagCAA-ATT---AT-T-------TCA--AAGA-ATTCATTTTGTAGTAA-----AAT---TTTAACAGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAGTCTTGTGCATGCA-G---A------GAATCAGACATCTACA-TGTATT---AGAATAAGCAGCGCATTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAG--A-TTT-TG---CAT-TCGCC----AATTCCATTTGAAAATTAAT-GATAtgtatta
gi|8 : TT-GCGGTCA-----AAT---TTCAGCGTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAATATTTTGCA--TGTGCAGT------GATTCAGAGGTC---A-TT-ATT---GCAGTAGATAGCGCTGTTTGA-A-GTCATTGTTGAATAATAACG--A-CTT-TC---CAT-TAACC----AATCAGATTTGAGAATCAGT-t
gi|14 : G---T------GACTCGGGGGCC---A-TT-ATTATTGCAGTAAACAACAC----------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTC---CAATCAGCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAAg
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4 222222222222222222222222222222 1 111 4444444444444444444444444444444444444 4444444 22 9999999999999999999999999999999999 33 11 66666666666666666 22222 11 111 5555555555555555555 1 555555555555555 111 111 22 111 1111 222222 1 444444 555555555555555555 11 222 11 11 1111111111111 3333333333 5555555555555555555555555555 111 1 1 333333333333333333 11111 222 111 111 222 1111 1111
lowQualScore : 7 0 666666666666666666666666666666 1 5 44 22 0 1 000 5555555555555555555555555555555555555 4 2 6 0 4444444 11 1 6666666666666666666666666666666666 1 00 3 11 44 22222222222222222 8 1 00000 11 666 9999999999999999999 222 5 222 3 0 000000000000000 8 11 1 1 444 111 44 111 7777 3 888888 0 000000 0 3 4 3 3 0 0 1 2 111111111111111111 0 11 333 0 11 8 11 3 33 44 1 4444444444444 6 2 0000000000 6666666666666666666666666666 3 1 111 1 1 6 1 111111111111111111 99 2 6 3 5 3 1 6 3 7 1 1 1 88888 888 5 111 6 111 1 999 999999 2 1 5 1 4444 6 6 4444
lowQualScore : . . .............................. . . .. .. . . ... ..................................... . . . . ....... .. . .................................. . .. . .. .. ................. . . ..... .. ... ................... ... . ... . . ............... . .. . . ... ... .. ... .... . ...... . ...... . . . . . . . . . .................. . .. ... . .. . .. . .. .. . ............. . . .......... ............................ . . ... . . . . .................. .. . . . . . . . . . . . . ..... ... . ... . ... . ... ...... . . . . .... . . ....
lowQualScore : 0 0 555555555555555555555555555555 0 0 33 00 7 0 000 5555555555555555555555555555555555555 0 5 0 7 0000000 00 0 3333333333333333333333333333333333 0 33 2 00 44 00000000000000000 0 4 00000 00 888 2222222222222222222 000 2 888 0 0 000000000000000 0 88 0 0 000 777 77 777 8888 5 888888 0 222222 2 2 5 2 2 8 2 0 5 000000000000000000 2 00 222 2 00 0 22 0 11 55 7 8888888888888 7 2 2222222222 8888888888888888888888888888 2 0 000 0 7 7 4 222222222222222222 22 5 7 7 7 9 0 7 3 3 0 0 0 44444 333 2 777 7 777 0 888 222222 5 0 7 0 2222 7 7 2222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA-----------AAATATCTT-CA-C--TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-TT----N-----TA--GCC-AGCGCCAG-----CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTG-TT-A-CAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAAAACC---------TCGGAAGTC---TT--A--AGATTGGGGTT-------GATTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAATATTNTGCAC--GTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Reference ( family-2999 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAAAAT-ATTTATTTTTATATCATAATGATAAAACAATTGATCANCCGTCATCGGGTCAACATGGGGAAATGAGAACCCGAGACNNGGCCCACGAGGTNACCTGACCTGACCAAGGT--------------GGCCANNNCGTGGGCCCGGTTTCGGGTTCTCATTTCCCCATGTTGAACCGATGACGGGTGATCAATTGTTTTACCACCAGTATANCGATATANAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCANCAGTACATGTAATNTACGCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-TT----G-----T---GCC-AGCGCCAG-----CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGANGNACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAGAANA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAANGATAGAAACTAGCTCAGCGATNTCC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTN-TT-A-CAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAANGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAGAACC---------TCGGAAGTC---TT--A--ANATTGGGGTT------CGATTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTANTATTAATGNCCGGTCAATNTTNTGCGC--GTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAANAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGNC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
gi|1 : ATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTAT------TATCCCGATATAGAAATAAA------------AATATCTT-------TATTTGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--ACCGTCTA-CTAGAAG-----TAG-GCC-AATGCCAG-----CTCTACCAT--GCAC-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGAGATTACCGAATGATT---------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGT---TCAT--TA---CAATAATTTT-ATATCAATCTAC------ATTTGATACAAA-C-CCTACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATGT-----ATTAG--CT----TTTGTAGTTG-TTTA-CAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAAAACC---------TCAGAAGTCA--TT--AGAAGATTGGGGTTACCGTTTGATTCTCTTG-ACATAATCATTGTTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCAGTCAAATTCCAGT-GGTTATCATTATTAATGACCGCTCAATATTATGCAC--ATG---T-GATTCGGAGGTC---AT-GATT---GCAGTAAACAGCGC-ATTTT-GG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGTG----TTTCC-AGCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATAATAGAG
gi|10 : ctataatgattggtttataataatgattggtttTGAAT---------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTTCATCATG-TA---CAATAATTT-------------C------GTCTTATA-AAAGT-CGTACCTC-------AT--------GCTCAGCGATGTGC--------AG--CC----TTCGTAGAAC-TT------------TCCAGAC-ATGACGCAAAGATT-------------AATGACGTAGTGTC
gi|11 : ACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA-------AAG---G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTCTATTT--A--AAATTAGAGTT------TGA-TCACTCA-ACATAATCATTGCTT-T-TA-AA-TTTCA-
gi|12 : gatattcaaAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTACTA----------TAGCAGTTACTT-A-CAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGAT---GTGTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGC---------ACTGAAG
gi|13 : --ACTGTCTA-TT----AGAAATT---GCCCAGAGCCAG-----CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG------------------------------AAAGATGTACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGT---TCTCA-CATTTCATTAATT
gi|14 : -T-GACTCGGGGGCC---AT-TATTATTGCAGTAAACAACAC------------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTCCAATCA-GCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAA
gi|15 : gTGGT---TCAT--TA---TAATAATTTTTGCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-TCC-TACCTCTTTAAAGATAGAAAaa
gi|16 : aagTTCT--AATT---A-TC----C-----T---GCC-AGCGCCA------CTCTACCGT--GCATTGAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCAtata
gi|2 : GGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGactatt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAATT----C-----TACTGCC-AGCGCCAG-----CCCTACCAT--GCAT-A--TGATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGT---TCATAATA---CAATGATATT-GTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA-AA----------TCTTTAACGATAGAAACTAGC----CTATCCCC-----ACTAGGCCTATCGTTCGTAGTTG-TT-AACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATA-CATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCC---------TCGGAAGTC---TT-----------------------GATTCTCTTG-A--TAATCATTGCTT-T-TA-AA-A--CATATAT-------CTA--AT-A-ATTTTTTT-GTGGTCAA-TTTCAGC-GGTCATTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|3 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAA--AC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC---TTCGA--AGATTGAGGTT-------GATTCTCTTG---ATAATCATTGCTTTT-TA-AA-A--CA-AT-TTTTTGTCTTA--ATCA-ATTCTTTT-GTGGTCAGATTC--GCGGGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTGCATGTGCAGTGGATTCGGA-GTC---AT-TGAT---GTAGTTAAAAGCAC---TTT-GATATATCATCGATG--TTTT-AAGTC----TTTCA-GTCAGGTC----AATCAGATTTGAGAATTA
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTAC-GAAAATGATGACGTAGTTTCTGCATAActcaaaagaggtc
gi|4 : aGGAGTT------AAAGTCACTCA-ATATAATTATCA-TCATATACAATGCTC-----T-------CTATAATCATATTAATTT-GTGGTCAATTTTCAGC-GGTC-----T-TTAATTTCCGGCCAACATTTTGCAC--ATGCA-TTGATGTGGAACTT---AT-TATT---GCAGTAAAGAACGC-AATTT-GG-A-GCCATTATTAAATGATAAAGAC----------ATCA-ACC----AATCAGATTTGAGAATTAAGGATAAAttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|5 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttatcttacgGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACCAATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCAAC------TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCACTTTTTA--T----G-----T---GTC-AATCCTTGTTGGACTCTACTATGGGCAT---GGGATTGTGCAT-C---------T----ATTAAAGTTTCAAA-AGATAAT-TCAAATGATT---------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGT---TTAT--TA---CAAAAACTTtgtatta
gi|6 : attTTAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC----T--------------GACCAAA----GAACC--ATTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCAT---TAT---GATATAAAAAT--------------AAATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAA
gi|7 : CAA-ATT---AT-T-------TCA--AAGA-ATTCATTTTGTAGTAAAATTTTAAC-AGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAGTCTTGTGCA----TGCA-GAGAATCAGACATCTACATGTATT---AGAATAAGCAGCGC-A-TTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAGAT----TTTGC-ATTC-GCC----AATTCCATTTGAAAATTAATGATAgtt
gi|8 : TT-GCGGTCAAATTTCAGC-GTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAATATTTTGCAT--GTGCAGT-GATTCAGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAGATAGCGCTG-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATAATAACGAC----TTTCC-ATTA-ACC----AATCAGATTTGAGAATCAGTGt
gi|9 : AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAA--AG--------G-GACACAATC---------TCGGAAGT----TT--A--ATAT-------------CCATTCAA-CGTACGTAATTATTGCTTAT--ACAA-AGTTA-TT-T-------CTA--ATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 1 444444444444444444 22222 1 44444444444 88888888888888 66666666666 11 11 66666666666666666666 11 111 5555555555555555555 1 555555555555555 111 111 22 111 1111 222222 1 444444 555555555555555555 22 11 11 11 22222222 3333333333 5555555555555555555555555 111 1 1 333333333333333333 222 111 111 222 1111 1111
lowQualScore : 33333333333333333333333 5 1 555555555555555555 1 66666 5 1 1 0 44444444444 1 55555555555555 33333333333 88 3 11 44 22222222222222222222 1 8 11 666 9999999999999999999 222 5 1 0 0 000000000000000 8 11 1 1 444 111 44 111 4444 3 888888 0 000000 0 3 6 3 3 4 0 0 1 111111111111111111 0 00 33 0 11 8 11 3 33 1 6 1 99 55555555 6 0000000000 9999999999999999999999999 6 6 1 555 1 1 6 1 111111111111111111 99 2 6 3 5 1 6 7 11 0 8 8 1 77 888 5 111 6 111 1 999 999999 2 1 5 4444 6 6 4444
lowQualScore : ....................... . . .................. . ..... . . . . ........... . .............. ........... .. . .. .. .................... . . .. ... ................... ... . . . . ............... . .. . . ... ... .. ... .... . ...... . ...... . . . . . . . . . .................. . .. .. . .. . .. . .. . . . .. ........ . .......... ......................... . . . ... . . . . .................. .. . . . . . . . .. . . . . .. ... . ... . ... . ... ...... . . . .... . . ....
lowQualScore : 00000000000000000000000 0 0 888888888888888888 0 00000 0 0 0 7 33333333333 0 00000000000000 77777777777 33 2 00 44 00000000000000000000 4 0 00 888 2222222222222222222 000 2 0 0 8 000000000000000 0 88 0 4 000 777 77 777 2222 5 888888 0 222222 2 2 5 2 2 2 2 8 0 000000000000000000 2 22 22 2 00 0 22 0 11 8 4 7 22 55555555 7 2222222222 3333333333333333333333333 7 7 0 000 0 7 7 4 222222222222222222 22 5 7 7 7 0 7 8 44 6 0 0 0 88 333 2 777 7 777 0 888 222222 5 0 7 2222 7 7 2222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAAT-AA-----------AAATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTA-CAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Reference ( family-2999 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA-----------AAATATCTT-CAC---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTG-TTA-CAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
gi|1 : ATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTAT------TATCCCGATATAGAAAT-AA-----------AAATATCTT-TAT---T---TGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--ACCGTCTA-C-TAGAAGT-AG-G-----CCAATGCCAG-CTCTACCAT--GCAC-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGAGATTACCGAATGATT---------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGT---TCAT--TA---CAATAATTTT-ATATCAATCTAC------ATTTGATACAAACC-C-TACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATGT-----ATTAG--CT----TTTGTAGTTGTTTA-CAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CAGAAGTCAT---TAGAAGATTGGGGTTACCGTTT-GA-TTCTCTTG-ACATAATCATTGTTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCAGTCAAATTCCAGT-GGTTATCATTATTAATGACCGCTCAA-TAT-TATGCACATG---T-GATTCGGAGGTC---AT-GATT---GCAGTAAACAGCGC-ATTTT-GG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGTG----TTTCC-AGCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATAATAGAG
gi|10 : ctataatgattggtttataataatgattggtttTGAAT---------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTTCATCATG-TA---CAATAATTT-------------C------GTCTTATA-AAAGT-CGTACCTC-------AT--------GCTCAGCGATGTGC--------AG--CC----TTCGTAGAAC-TT-----------TCCAGAC-ATGACGCAAAGAT-------------TAATGACGTAGTGTC
gi|11 : ACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA--AAG--------G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTC-TATTT--AAAATTAGAG-------TTTGA-T-CACTCA-ACATAATCATTGCTT-T-TA-AA-TTTCA-
gi|12 : gatattcaaAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTACTA----------TAGCAGTTACTTA-CAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGAT---GTGTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGCA---------CTGAAG
gi|13 : --ACTGTCTA-T-T----AG-A--AATTGCCCAGAGCCAG-CTCTACCGT--GCAT-GAGGGATTGTG------------------------------AAAGATGTACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGT---TCTCA-CATTTCATTAATT
gi|14 : -T-GACTCGGGGGCC---AT-TATTATTGCAGTAAACAACAC------------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTCCAATCA-GCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAA
gi|15 : gTGGT---TCAT--TA---TAATAATTTTTGCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-TCC-TACCTCTTTAAAGATAGAAAaa
gi|16 : aagTTCT--AATT---A-T-C----CT----G-----CCAGCGCCA--CTCTACCGT--GCATTGAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCAtata
gi|2 : GGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGactatt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAAT-T----CT-ACTG-----CCAGCGCCAG-CCCTACCAT--GCAT-A--TGATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGT---TCATAATA---CAATGATATT-GTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA-AA----------TCTTTAACGATAGAAACTAGC----CTATCCCC-----ACTAGGCCTATCGTTCGTAGTTG-TTAACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCCT---------CGGAAGTC-------------------------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTT-T-TA-AA-A--CATATAT-------CTA--AT-A-ATTTTTTT-GTGGTC-AATTTCAGC-GGTCATTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|3 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTA--AAC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC-T---TCGAAGATTGAGG-------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTTTT-TA-AA-A--CA-AT-TTTTTGTCTTA--ATCA-ATTCTTTT-GTGGTCAGATTC--GCGGGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTGCATGTGCAGTGGATTCGGA-GTC---AT-TGAT---GTAGTTAAAAGCAC---TTT-GATATATCATCGATG--TTTT-AAGTC----TTTCA-GTCAGGTC----AATCAGATTTGAGAATTA
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTAC-GAAAATGATGACGTAGTTTCTGCATAActcaaaagaggtc
gi|4 : aTC-T---T--ACG---GGAG-------TT-AAAGTCACTCA-ATATAATTATCA-TCATATACAATGCTC-----T-------CTATAATCATATTAATTT-GTGGTCAATTTTCAGC-GGTCTTTA--ATT--T--CCGGCCAA-CAT-TTTGCACATGCA-TTGATGTGGAACTT---AT-TATT---GCAGTAAAGAACGC-AATTT-GG-A-GCCATTATTAAATGATAAAGAC----------ATCA-ACC----AATCAGATTTGAGAATTAAGGATAAAttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|5 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttaATTGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACCAATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCA-----AC-TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCACTTTTTA-TGT----GTCA--A-----TCCTTGTTGGACTCTACTATGGGCAT---GGGATTGTGCAT-C---------T----ATTAAAGTTTCAAA-AGATAAT-TCAAATGATT---------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGT---TTAT--TA---CAAAAACTTtgtatta
gi|6 : TTAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC------------------TGACCAAAGAA-----CCA-TTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCAT---TAT---GATATAAAAAT--------------AAATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAA
gi|7 : CAA-ATT---AT-T-------TCA--AAGA-ATTCATTTTGTAGTAAAATTTTAAC-AGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAG-TCT-TGTGCA--TGCA-GAGAATCAGACATCTACATGTATT---AGAATAAGCAGCGC-A-TTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAGAT----TTTGC-ATTC-GCC----AATTCCATTTGAAAATTAATGATAgtt
gi|8 : TT-GCGGTCAAATTTCAGC-GTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAA-TAT-TTTGCATGTGCAGT-GATTCAGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAGATAGCGCTG-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATAATAACGAC----TTTCC-ATTA-ACC----AATCAGATTTGAGAATCAGTGt
gi|9 : AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA--AAG--------G-GACACAATCT---------CGGAAGT--T---T--AATATCC--------------A-TTCAA-CGTACGTAATTATTGCTTAT--ACAA-AGTTA-TT-T-------CTA--ATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 1 444444444444444444 22222 1 44444444444 666666666666 44444444444 11 11 66666666666666666666 11 1111 55555555555555555555 1 555555555555555 111 111 22 111 1111 222222 1 444444 555555555555555555 11 11 22222222 3333333333 5555555555555555555555555 111 1 1 333333333333333333 222 111 111 222 1111 1111
lowQualScore : 33333333333333333333333 5 1 555555555555555555 1 66666 5 1 1 0 44444444444 1 7 888888888888 99999999999 88 3 11 44 22222222222222222222 1 8 11 5555 55555555555555555555 222 5 1 0 0 000000000000000 8 11 1 1 444 111 44 111 4444 3 888888 0 000000 0 3 6 3 3 4 0 0 1 111111111111111111 0 3 3 0 11 8 11 3 33 1 6 1 99 55555555 6 0000000000 9999999999999999999999999 6 6 1 555 1 1 6 1 111111111111111111 99 2 6 3 5 1 6 7 11 0 8 8 1 77 888 5 111 6 111 1 999 999999 2 1 5 4444 6 6 4444
lowQualScore : ....................... . . .................. . ..... . . . . ........... . . ............ ........... .. . .. .. .................... . . .. .... .................... ... . . . . ............... . .. . . ... ... .. ... .... . ...... . ...... . . . . . . . . . .................. . . . . .. . .. . .. . . . .. ........ . .......... ......................... . . . ... . . . . .................. .. . . . . . . . .. . . . . .. ... . ... . ... . ... ...... . . . .... . . ....
lowQualScore : 00000000000000000000000 0 0 888888888888888888 0 00000 0 0 0 7 33333333333 0 3 333333333333 00000000000 33 2 00 44 00000000000000000000 4 0 00 0000 00000000000000000000 000 2 0 0 8 000000000000000 0 88 0 4 000 777 77 777 2222 5 888888 0 222222 2 2 5 2 2 2 2 8 0 000000000000000000 2 2 2 2 00 0 22 0 11 8 4 7 22 55555555 7 2222222222 3333333333333333333333333 7 7 0 000 0 7 7 4 222222222222222222 22 5 7 7 7 0 7 8 44 6 0 0 0 88 333 2 777 7 777 0 888 222222 5 0 7 2222 7 7 2222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Reference ( family-2999 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
gi|1 : ATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTAT------TATCCCGATATAGAAATAAA------------AATATCTT-TAT---T---TGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--ACCGTCTA-C-TAGAAGT-AG-G-----CCAATGCCAG-CTCTACCATG--CAC-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGAGATTACCGAATGATT---------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGT---TCAT--TA---CAATAATTTT-ATATCAATCTAC------ATTTGATACAAACC-C-TACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATGT-----ATTAG--CT----TTTGTAGTTGTTTACAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CAGAAGTCAT---TAGAAGATTGGGGTTACCGTTT-GA-TTCTCTTG-ACATAATCATTGTTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCAGTCAAATTCCAGT-GGTTATCATTATTAATGACCGCTCAA-TAT-TATGCACATG---T-GATTCGGAGGTC---AT-GATT---GCAGTAAACAGCGC-ATTTT-GG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGTG----TTTCC-AGCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATAATAGAG
gi|10 : ctataatgattggtttataataatgattggtttTGAAT---------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTTCATCATG-TA---CAATAATTT-------------C------GTCTTATA-AAAGT-CGTACCTC-------AT--------GCTCAGCGATGTGC--------AG--CC----TTCGTAG-AACTT----------TCCAGAC-ATGACGCAAAGAT-------------TAATGACGTAGTGTC
gi|11 : ACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA--AAG--------G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTC-TATTT--AAAATTAGAG-------TTTGA-T-CACTCA-ACATAATCATTGCTT-T-TA-AA-TTTCA-
gi|12 : gatattcaaAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTACTA----------TAGCAGTTACTTACAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGAT---GTGTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGCA---------CTGAAG
gi|13 : --ACTGTCTA-T-T----AG-A--AATTGCCCAGAGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG------------------------------AAAGATGTACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGT---TCTCA-CATTTCATTAATT
gi|14 : -T-GACTCGGGGGCC---AT-TATTATTGCAGTAAACAACAC------------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTCCAATCA-GCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAA
gi|15 : gTGGT---TCAT--TA---TAATAATTTTTGCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-TCC-TACCTCTTTAAAGATAGAAAaa
gi|16 : aagTTCT--AATT---A-T-C----CT----G-----CCAGCGCCA--CTCTACCGTG--CATTGAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCAtata
gi|2 : GGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGactatt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAAT-T----CT-ACTG-----CCAGCGCCAG-CCCTACCATG--CAT-A--TGATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGT---TCATAATA---CAATGATATT-GTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA-AA----------TCTTTAACGATAGAAACTAGC----CTATCCCC-----ACTAGGCCTATCGTTCGTAGTTGTTAACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCCT---------CGGAAGTC-------------------------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTT-T-TA-AA-A--CATATAT-------CTA--AT-A-ATTTTTTT-GTGGTC-AATTTCAGC-GGTCATTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|3 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTA--AAC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC-T---TCGAAGATTGAGG-------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTTTT-TA-AA-A--CA-AT-TTTTTGTCTTA--ATCA-ATTCTTTT-GTGGTCAGATTC--GCGGGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTGCATGTGCAGTGGATTCGGA-GTC---AT-TGAT---GTAGTTAAAAGCAC---TTT-GATATATCATCGATG--TTTT-AAGTC----TTTCA-GTCAGGTC----AATCAGATTTGAGAATTA
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTAC-GAAAATGATGACGTAGTTTCTGCATAActcaaaagaggtc
gi|4 : aTC-T---T--ACG---GGAG-------TT-AAAGTCACTCA-ATATAATTATCA-TCATATACAATGCTC-----T-------CTATAATCATATTAATTT-GTGGTCAATTTTCAGC-GGTCTTTA--ATT--T--CCGGCCAA-CAT-TTTGCACATGCA-TTGATGTGGAACTT---AT-TATT---GCAGTAAAGAACGC-AATTT-GG-A-GCCATTATTAAATGATAAAGAC----------ATCA-ACC----AATCAGATTTGAGAATTAAGGATAAAttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|5 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttaATTGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACCAATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCA-----AC-TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCACTTTTTA-TGT----GTCA--A-----TCCTTGTTGGACTCTACTATGGGCAT-G--GGATTGTGCAT-C---------TA----TTAAAGTTTCAAA-AGATAAT-TCAAATGATT---------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGT---TTAT--TA---CAAAAACTTtgtatta
gi|6 : TTAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC------------------TGACCAAAGAA-----CCA-TTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCAT---TAT---GATATAAAAAT--A------------AATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAA
gi|7 : CAA-ATT---AT-T-------TCA--AAGA-ATTCATTTTGTAGTAAAATTTTAAC-AGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAG-TCT-TGTGCA--TGCA-GAGAATCAGACATCTACATGTATT---AGAATAAGCAGCGC-A-TTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAGAT----TTTGC-ATTC-GCC----AATTCCATTTGAAAATTAATGATAgtt
gi|8 : TT-GCGGTCAAATTTCAGC-GTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAA-TAT-TTTGCATGTGCAGT-GATTCAGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAGATAGCGCTG-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATAATAACGAC----TTTCC-ATTA-ACC----AATCAGATTTGAGAATCAGTGt
gi|9 : AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA--AAG--------G-GACACAATCT---------CGGAAGT--T---T--AATATCC--------------A-TTCAA-CGTACGTAATTATTGCTTAT--ACAA-AGTTA-TT-T-------CTA--ATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 1 444444444444444444 22222 1 44444444444 666666666666 44444444444 11 11 66666666666666666666 11 1111 55555555555555555555 1 555555555555555 111 111 22 111 1111 222222 1 444444 555555555555555555 11 11 22222222 3333333333 5555555555555555555555555 111 1 1 333333333333333333 222 111 111 222 1111 1111
lowQualScore : 33333333333333333333333 5 1 555555555555555555 1 66666 5 1 1 0 44444444444 1 7 888888888888 99999999999 88 3 11 44 22222222222222222222 1 8 11 5555 55555555555555555555 222 5 1 0 0 000000000000000 8 11 1 1 444 111 44 111 4444 3 888888 0 000000 0 3 6 3 3 4 0 0 1 111111111111111111 0 3 3 0 11 8 11 3 33 1 6 1 99 55555555 6 0000000000 9999999999999999999999999 6 6 1 555 1 1 6 1 111111111111111111 99 2 6 3 5 1 6 7 11 0 8 8 1 77 888 5 111 6 111 1 999 999999 2 1 5 4444 6 6 4444
lowQualScore : ....................... . . .................. . ..... . . . . ........... . . ............ ........... .. . .. .. .................... . . .. .... .................... ... . . . . ............... . .. . . ... ... .. ... .... . ...... . ...... . . . . . . . . . .................. . . . . .. . .. . .. . . . .. ........ . .......... ......................... . . . ... . . . . .................. .. . . . . . . . .. . . . . .. ... . ... . ... . ... ...... . . . .... . . ....
lowQualScore : 00000000000000000000000 0 0 888888888888888888 0 00000 0 0 0 7 33333333333 0 3 333333333333 00000000000 33 2 00 44 00000000000000000000 4 0 00 0000 00000000000000000000 000 2 0 0 8 000000000000000 0 88 0 4 000 777 77 777 2222 5 888888 0 222222 2 2 5 2 2 2 2 8 0 000000000000000000 2 2 2 2 00 0 22 0 11 8 4 7 22 55555555 7 2222222222 3333333333333333333333333 7 7 0 000 0 7 7 4 222222222222222222 22 5 7 7 7 0 7 8 44 6 0 0 0 88 333 2 777 7 777 0 888 222222 5 0 7 2222 7 7 2222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Reference ( family-2999 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
gi|1 : ATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTAT------TATCCCGATATAGAAATAAA------------AATATCTT-TAT---T---TGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--ACCGTCTA-C-TAGAAGT-AG-G-----CCAATGCCAG-CTCTACCATG--CAC-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGAGATTACCGAATGATT---------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGT---TCAT--TA---CAATAATTTT-ATATCAATCTAC------ATTTGATACAAACC-C-TACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATGT-----ATTAG--CT----TTTGTAGTTGTTTACAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CAGAAGTCAT---TAGAAGATTGGGGTTACCGTTT-GA-TTCTCTTG-ACATAATCATTGTTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCAGTCAAATTCCAGT-GGTTATCATTATTAATGACCGCTCAA-TAT-TATGCACATG---T-GATTCGGAGGTC---AT-GATT---GCAGTAAACAGCGC-ATTTT-GG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGTG----TTTCC-AGCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATAATAGAG
gi|10 : ctataatgattggtttataataatgattggtttTGAAT---------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTTCATCATG-TA---CAATAATTT-------------C------GTCTTATA-AAAGT-CGTACCTC-------AT--------GCTCAGCGATGTGC--------AG--CC----TTCGTAG-AACTT----------TCCAGAC-ATGACGCAAAGAT-------------TAATGACGTAGTGTC
gi|11 : ACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA--AAG--------G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTC-TATTT--AAAATTAGAG-------TTTGA-T-CACTCA-ACATAATCATTGCTT-T-TA-AA-TTTCA-
gi|12 : gatattcaaAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTACTA----------TAGCAGTTACTTACAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGAT---GTGTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGCA---------CTGAAG
gi|13 : --ACTGTCTA-T-T----AG-A--AATTGCCCAGAGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG------------------------------AAAGATGTACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGT---TCTCA-CATTTCATTAATT
gi|14 : -T-GACTCGGGGGCC---AT-TATTATTGCAGTAAACAACAC------------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTCCAATCA-GCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAA
gi|15 : gTGGT---TCAT--TA---TAATAATTTTTGCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-TCC-TACCTCTTTAAAGATAGAAAaa
gi|16 : aagTTCT--AATT---A-T-C----CT----G-----CCAGCGCCA--CTCTACCGTG--CATTGAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCAtata
gi|2 : GGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGactatt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAAT-T----CT-ACTG-----CCAGCGCCAG-CCCTACCATG--CAT-A--TGATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGT---TCATAATA---CAATGATATT-GTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA-AA----------TCTTTAACGATAGAAACTAGC----CTATCCCC-----ACTAGGCCTATCGTTCGTAGTTGTTAACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCCT---------CGGAAGTC-------------------------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTT-T-TA-AA-A--CATATAT-------CTA--AT-A-ATTTTTTT-GTGGTC-AATTTCAGC-GGTCATTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|3 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTA--AAC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC-T---TCGAAGATTGAGG-------TT-GA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTTTT-TA-AA-A--CA-AT-TTTTTGTCTTA--ATCA-ATTCTTTT-GTGGTCAGATTC--GCGGGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTGCATGTGCAGTGGATTCGGA-GTC---AT-TGAT---GTAGTTAAAAGCAC---TTT-GATATATCATCGATG--TTTT-AAGTC----TTTCA-GTCAGGTC----AATCAGATTTGAGAATTA
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTAC-GAAAATGATGACGTAGTTTCTGCATAActcaaaagaggtc
gi|4 : aTC-T---T--ACG---GGAG-------TT-AAAGTCACTCA-ATATAATTATCA-TCATATACAATGCTC-----T-------CTATAATCATATTAATTT-GTGGTCAATTTTCAGC-GGTCTTTA--ATT--T--CCGGCCAA-CAT-TTTGCACATGCA-TTGATGTGGAACTT---AT-TATT---GCAGTAAAGAACGC-AATTT-GG-A-GCCATTATTAAATGATAAAGAC----------ATCA-ACC----AATCAGATTTGAGAATTAAGGATAAAttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|5 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttaATTGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACCAATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCA-----AC-TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCACTTTTTA-TGT----GTCA--A-----TCCTTGTTGGACTCTACTATGGGCAT-G--GGATTGTGCAT-C---------TA----TTAAAGTTTCAAA-AGATAAT-TCAAATGATT---------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGT---TTAT--TA---CAAAAACTTtgtatta
gi|6 : TTAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC------------------TGACCAAAGAA-----CCA-TTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCAT---TAT---GATATAAAAAT--A------------AATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAA
gi|7 : CAA-ATT---AT-T-------TCA--AAGA-ATTCATTTTGTAGTAAAATTTTAAC-AGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAG-TCT-TGTGCA--TGCA-GAGAATCAGACATCTACATGTATT---AGAATAAGCAGCGC-A-TTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAGAT----TTTGC-ATTC-GCC----AATTCCATTTGAAAATTAATGATAgtt
gi|8 : TT-GCGGTCAAATTTCAGC-GTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAA-TAT-TTTGCATGTGCAGT-GATTCAGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAGATAGCGCTG-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATAATAACGAC----TTTCC-ATTA-ACC----AATCAGATTTGAGAATCAGTGt
gi|9 : AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTA--AAG--------G-GACACAATCT---------CGGAAGT--T---T--AATATCC--------------A-TTCAA-CGTACGTAATTATTGCTTAT--ACAA-AGTTA-TT-T-------CTA--ATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTT
blockSeqs : G G . A . . T G TACCAGTATAC C A CCCAAACTGACA TATTAGTACA AC A TC GT TTAGAAATTGC A A GG TGAA ATCCGACTGATCGAA TCA G C . NNNNNNNNNNNNNNN G TA A A TTG TCA AA TTT TTGC T ATGTAA . AGTCG T A A T A G ACTAGGCCTATCG T A GA C AG G AC T A C AC AAGCAA A TGTTATTTAT TATTTAAAATTAGAG T A A TAC C T A C ACAATTTTTTGTC TA C T T T C G T AC T G G TG GTG G TAC G ATT C AA GATAT C G G TAGT A G ATTG
blockSeqs : A CATTAT A . . GCAAC . A . TC ATTCTACTG C . . GAG ATCCGACTGA ACA N N . . . TA G T . . G . TGT T . . ATCC T C A T A C TATGTACTA T A . . AT G AA A A T . CAAAG . A TTCGAAGATTGAGG . . T AC C A . C ACATATAT . C . T . C . T AA . . T CA TT A . . . A TG TGAA C G A . . . .
blockSeqs : . . TT TGTGTCAA C . . A CATCTA AGT . A . . . TT T T . . A . . . . . . . . . . . C AGCC . . . . T A AG A A T . AAG . T TTACGGGAG . . T AT C A . C AGTTATTT . G . A . T . A AA . . G TG GA C . . . G A GGA C A C . . . .
blockSeqs : . T TCCTG T . . G . . . . . C A . . . . . . . G AG A N T . . . T TTAATATCC . . A . C . . . TGCTCT . C . A . C . A . . . T . GT G . . . C . GAA . G A . . . .
blockSeqs : . . . . G A . . . . . . . . . A . . . . . ATTATT . . . G . . . . T . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . N . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TCGCTG************** GG** AAG***** TTCAAATCGGAG************* ANTTATNT********** GT*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA-T-T----NT-A--G-----CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CAT-GAGGGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAG--AAG---G-GACAAAACCT---------CGGAAGTC-T---T--AAGATTGGGG-------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAA-ATTCA-AT-T-------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCA-T-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CCGATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTATCGCTG--------------CCAGCGCCAG-CTCTACCGTG--CATGG--GGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTA--AAGAAG-----G-GACAAAACCT---------CGGAAGTCTTCAAATCGGAG-------------TT-GA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-TACAAANTTATNT----------CTA--ATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCAGT-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 1 444444444444444444 22222 1 4444444444444 666666666666 44444444444 11 11 6666666666666666 22222 11 2222 1 555555555555555555 1 555555555555555 111 111 22 111 1111 222222 1 444444 555555555555555555 11 11 1111111111111 3333333333 8888888888888888888888888 111 222222222 111 111 222 11111 1111
lowQualScore : 33333333333333333333333 5 1 555555555555555555 1 66666 5 1 1 0 2222222222222 1 7 888888888888 99999999999 88 3 33 1 77 6666666666666666 1 00000 11 2222 0 8 111111111111111111 222 5 1 0 0 000000000000000 8 11 1 1 444 111 44 111 4444 3 888888 0 000000 0 3 6 3 3 4 0 0 1 111111111111111111 0 3 3 0 11 8 11 3 33 1 1 4444444444444 6 0000000000 9999999999999999999999999 99 1 111 1 111111111 1 1 6 6 6 3 5 3 1 6 7 11 0 8 8 1 77 6 5 111 6 111 1 999 999999 2 1 5 99999 6 6 4444
lowQualScore : ....................... . . .................. . ..... . . . . ............. . . ............ ........... .. . .. . .. ................ . ..... .. .... . . .................. ... . . . . ............... . .. . . ... ... .. ... .... . ...... . ...... . . . . . . . . . .................. . . . . .. . .. . .. . . ............. . .......... ......................... .. . ... . ......... . . . . . . . . . . . .. . . . . .. . . ... . ... . ... ...... . . . ..... . . ....
lowQualScore : 00000000000000000000000 0 0 888888888888888888 0 00000 0 0 0 7 7777777777777 0 3 333333333333 00000000000 33 2 88 2 22 0000000000000000 4 00000 00 0000 0 0 222222222222222222 000 2 0 0 8 000000000000000 0 88 0 4 000 777 77 777 2222 5 888888 0 222222 2 2 5 2 2 2 2 8 0 000000000000000000 2 2 2 2 00 0 22 0 11 8 7 8888888888888 7 2222222222 0000000000000000000000000 88 0 000 0 888888888 0 0 7 7 7 7 7 9 0 7 8 44 6 0 0 0 88 7 2 777 7 777 0 888 222222 5 0 7 33333 7 7 2222
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CC-GATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA--TC-GCT--------GCCAGCGCCAG-----CTCTACCGTG--CATGAG--GGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAAAACC---------TCGGAAGTC---TT----AGATTGGGG-------TTGA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-T---ACAAANTTATNTC-TAATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCAGT-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
Reference ( family-2999 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGNAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGTCCTGCAGCAGCTGCGGCCAANGAGTGGACCCAGTCGAGGGTTCCCGTTTCCCCNTNTTGAACTGATGACGGGTGATCAATTGTTTTATCAC---TAT-CC-GATATANAAATAAA------------AATATCTT-TAT---TAC-TGTAATAT--GCATTGATATAAATTCT--ACTTTCTA--TC-GCT--------GCCAGCGCCAG-----CTCTACCGTG--CATG-G--GGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGATANT-CCGAATGATT---------------TTGTCC-TCTTAAANATAAAATA---CTGGT---TCATA-TA---CAATAATTTT-GTATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-T-C-TACCTCTTTAACGATAGAAACTAGCTCGGCGATATNC-----ACTAG--CT----TTCGTAGTTGCTTACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACGCAAATATTGGGCACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAAAACC---------TCGGAAGTC---TTC---AAATCGGAG-------TTGA-TTCNCTCG-ACATAATCATTGCTTAT-T---ACAAANTTATNTC-TAATCA-ATTCGTTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GGTCATTATTATTAATGACCGGTCAA-TAT-TNTGCACGTGCAGT-GATTCGGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAAACAGCGC-A-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGAC----TTTCC-ATCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATGATAGAG
gi|1 : ATAATAATGATTGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAATCACCC-TCATCAGGTCAACATGGTAAAATGAGAACCCGAGACCGGGTCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAAGTCCTGCAGCAGCTGCGGTCAACGAGTGGACCCAGTCGAGAGTTCTCGTTTTCCCATTTTGAACTGATGATGGGTGATCAATTGTTTTAT------TAT-CCCGATATAGAAATAAA------------AATATCTT-TAT---T---TGTAACAT--GCATTGATATAAATTCT--ACCGTCTA------CTAGAAGTAGGCCAATGCCAG-----CTCTACCATG--CACGAG--GGATTGTG-AT-C---------GA---ATCAAACATTCAAAGAGAGATTACCGAATGATT---------------TCGTCC-TCTTAAAAATAAAATA---CTGGT---TCAT--TA---CAATAATTTT-ATATCAATCTAC------ATTTGATACAAA-C-CCTACTTCTTTAATGACAGAAACTAGCTCGGTGATATGT-----ATTAG--CT----TTTGTAGTTGTTTACAGCAGA--TCCAGAT-ATGACGTAAATATTGGGTACAAAAATTGATGATGCAGAGTCTGCATAACAAGTAA--AG--AAG---G-GACAAAACC---------TCAGAAGTC---ATTAGAAGATTGGGGTTACCGTTTGA-TTCTCTTG-ACATAATCATTGTTTAT-T---ACAAATTCAATTC-TAATCA-ATTCGTTT-GCAGTCAAATTCCAGT-GGTTATCATTATTAATGACCGCTCAA-TAT-TATGCACAT---GT-GATTCGGAGGTC---AT-GATT---GCAGTAAACAGCGC-ATTTT-GG-A-GTCATTGTTGAATTTTAAAGTG----TTTCC-AGCA-GCC----AATCAGATTTGAGAATTAATAATAGAG
gi|10 : ctataatgattggtttataataatgattggtttTGAAT---------------TTGTCC-TCGTAAAAATAAAGAA---TTGGTTCATCATG-TA---CAATAATTT-------------C------GTCTTATA-AAAGT-CGTACCTC-------AT--------GCTCAGCGATGTGC--------AG--CC----TTCGTAG-AACTT----------TCCAGAC-ATGACGCAAAGAT-------------TAATGACGTAGTGTC
gi|11 : ACTGAGCACACACATAGATGACATAGAATCTACATAACAAGCA-------AAG---G-CACAGAACTTGTTATTTATCAGAAGTCTATTTA---AAATTAGAGT------TTGA--TCACTCA-ACATAATCATTGCTT-T-T-----AAATTT
gi|12 : gatattcaaAAACTAGCTCAGCAATATCCTATGTACTA----------TAGCAGTTACTTACAACAGAGATCCAGAT-ATGATGCAA--ATTGTGCACAAAAAAAGGCGAT---GTGTCTGATTAACAAG-----AG--AAG---GAAATAAAAGC---------ACTGAAGca
gi|13 : A--TT-GC----------CCAGAGCCAG-----CTCTACCGTG--CATGAG--GGATTGTG-A-----------------------------AAGATGTACT-CCAAATGATT---------------TTGTCC-TCT--AAGATAAATTATTGCTGGT---TCTCA-CATTTCATTAATT
gi|14 : actgtctattagaaGT-GACTCGGGGGCC---AT-TATTATTGCAGTAAACAACAC------------------GTTGGATTTTAAAGACTAGTTCTCCAATCA-GCCATTGAATCAGATTTG-GAATTAA
gi|15 : TGGT---TCAT--TA---TAATAATTTTTGCATCATTCTAC------GTTTGATA-AAA-TCC-TACCTCTTTAAAGATAGAAAaa
gi|16 : aagTTCT--AATT---A--TC--CT--------GCCAGCGCCA------CTCTACCGTG--CATT-GAAGGATTGTG-ATCC---------GACTGATCAATCAtata
gi|2 : GGTCAATATGGGAAAATGAGAACCCGAAATATGGCCCACGAGGTGACCTGACCTGACCAAGGactatt
gi|2 : TGATATAAATTCT--ACATCCTAATTCTACT--------GCCAGCGCCAG-----CCCTACCATG--CATA-T--G-ATTGTG-AT-CCGACTGATCGA---ATCAAACATTNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCC-GCTTAAATATTGAATG---ATGGT---TCATAATA---CAATGATATT-GTATCATTCTACATGTAAGTTTGATA-AA----------TCTTTAACGATAGAAACTAGC----CTATCCCC-----ACTAGGCCTATCGTTCGTAGTTGTTAACAGCAGA--TCCAGAC-ATGACACAAATATTGGACACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCATA-CATGTAACAAGCAAAG---G-GACAAATCC---------TCGGAAGTC---TT----------------------GA-TTCTCTTG-A--TAATCATTGCTT-T-T---A-AAACATATATC-TAAT-A-ATTTTTTT-GTGGTCAA-TTTCAGC-GGTCATTATTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgatataaattctacatcctaattctactgccagcgccagccctaccatgcatatgattgtgatccgactgatcgaatcaaacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtccgcttaaatattgaatgatggttcataatacaatgatattgtatcattctacatgtaagtttgataaatctttaacgatagaaactagcctatccccactaggcctatcgttcgtagttgttaacagcagatccagacatgacacaaatattggacacagaaaatgatgacgtagtgtctgcatacatgtaacaagcaaagggacaaatcctcggaagtcttgattctcttgataatcattgcttttaaaacatatatctaataatttttttgtggtcaatttcagcggtcattattat
gi|3 : ggtcaatatgggaaaatgagaacccgaaatatggcccacgaggtgacctgacctgaccaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGA--TCCAGACCATGACACAA-TATTGG-CACAGAAAATGATGACGTAGTGTCTGCAT-ACATGTAA--AC--AAGCAAG-GACAGAACC----------CGGAAGTC---TTCGA-AGATTGAGG-------TTGA-TTCTCTTG---ATAATCATTGCTTTT-TAAAACAATTTTTTGTCTTAATCA-ATTCTTTT-GTGGTCAGATTC--GCGGGTCATTATT-TTACTGACCAGTCAATTATGTGTGCATGTGCAGTGGATTCGGA-GTC---AT-TGAT---GTAGTTAAAAGCAC---TTT-GATATATCATCGATG--TTTT-AAGTC----TTTCA-GTCAGGTC----AATCAGATTTGAGAATTA
gi|4 : caaggcctagcgtgcgtagaaatATTGGGTAC-GAAAATGATGACGTAGTTTCTGCATAActcaaaagaggtc
gi|4 : aGGAG-------TTAAAGTCACTCA-ATATAATTATCA-TCATAT---ACAATGCTCTCTA-TAATCATATTAATTT-GTGGTCAATTTTCAGC-GGTCTTTA--ATT--T--CCGGCCAA-CAT-TTTGCACATGCATT-GATGTGGAACTT---AT-TATT---GCAGTAAAGAACGCAA-TTT-GG-A-GCCATTATTAAATGATAAAGA---------C-ATCA-ACC----AATCAGATTTGAGAATTAAGGATAAAttatcatgttatcttacgggagttaaagtcactcaatataattatcatcatatacaatgctctctataatcatattaatttgtggtcaattttcagcggtctttaatttccggccaacattttgcacatgcattgatgtggaacttattattgcagtaaagaacgcaatttggagccattattaaatgataaagacatcaaccaatcagatttgagaattaaggataaatgtatta
gi|5 : aattgggtacgaaaatgatgacgtagtttctgcataattatcatgttatcttacgATTGATTACAGGTAATCAATTGTTTTACTACCAGTATACC-AATATACAAATAAACCCAAACTGACAAATATCCTGCA-----AC-TGTAATTT--GCATTTAGAT---TTCTTCACTTTTTA--T--G-T--------GTCAATCCTTGTTGGACTCTACTATGGGCATG-G--G-ATTGTGCAT-C---------TA----TTAAAGTTTCAAA-AGATAAT-TCAAATGATT---------------TTTTTTGTCTTTGACATAGAAAA---CTGGT---TTAT--TA---CAAAAACTTtgtatta
gi|6 : TTAATCACCCGTCATCGGGTCAACATGGAGAGATAAGAACACGAGACCGGGTCCATGAGGTTACCTGACCTGACC------------------TGACCAAAGAA-----CCA-TTAAGGGTTCCCATTTCCCCTTGTTGAACTGATGATGGTTGATCAATTGTTTTATCAT---TAT----GATATAAAAAT--A------------AATATTTT-TATTAGTACATGTAATATACGCATTGATATAAA
gi|7 : AAATTATTTC-AAAG-A-ATTCATTTTGTAGTAAAATTTTAAC-AGTCATCAAAAATAATGAAAAGTCAG-TCT-TGTGCA--TGCAGA-GAATCAGACATCTACATGTATT---AGAATAAGCAGCGC-A-TTTTGA-A-GT--TT-TTGCATTTTAAAGAT----TTTGC-ATTC-GCC----AATTCCATTTGAAAATTAATGATAgtt
gi|8 : cTT-GCGGTCAAATTTCAGC-GTTCAATAATAATAATGCCCGGTCAA-TAT-TTTGCATGTGCAGT-GATTCAGAGGTC---AT-TATT---GCAGTAGATAGCGCTG-TTT-GA-A-GTCATTGTTGAATAATAACGAC----TTTCC-ATTA-ACC----AATCAGATTTGAGAATCAGTGt
gi|9 : AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAA--AG--------G-GACACAATC---------TCGGAAGTT---T------AAT----A-------TCCA-TTCAA-CGTACGTAATTATTGCTTA--T---ACAAAGTTATTTC-TAATCA-AGTTGTTT-GCTGTTACGTTT