lowQualScore : 111111111111 111111111
lowQualScore : 1 22 44 1 1 0 11 1 6666666666 11 222222222222 1 1 11 22 1 111111111 1 11 22 22 1 11 1
lowQualScore : . .. .. . . . .. . .......... .. ............ . . .. .. . ......... . .. .. .. . .. .
lowQualScore : 5 00 11 2 2 1 66 1 1111111111 66 000000000000 1 1 55 66 1 111111111 1 55 66 66 1 66 2
consensus : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--NA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
Reference ( gi|14 ) : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA--TGT------TTC--CA-T-TT--T--T-T-------G-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|3 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA--TGTAACT--TTC--CA-T-TT--T--T-T-------G-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|12 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATTAAA--T-A----------TA--TGC------TTC--CA-T-TT--T--T-T-------A-T-ATT--TG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATAATt
gi|13 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA--TTT------TGC--TA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATc
gi|16 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAA---T-A----------TA--CGT------TGC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGGTt
gi|10 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGCAA--T-A----------TA--TGT------TGCAATA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GC-AATGATt
gi|27 : AAT-TTAT-CTA--TTAGTCT-ATGGAA----A----------TA--TGT------TTC--CA-T-TT--T--T---------A-T-TTT--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAAT
gi|34 : AAT-TTAT-TTA--A-CGAGT-ATGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--CA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--TG--CAA--Aa
gi|33 : aAAT-TTAT-ATA--T-AGACA-ATGAAA--T-A----------TG--TGT------TGC--TATT-TT--T--T-T-------A-T-TTA--AG--CAA--AG-A
gi|8 : AAT-TTAT-TTG--T-AAACT-GAGAAA--T-A----------TA--TATGA----TAC-----T-TT--T--T-T-------A-A-TAA--CC--TAA--AG-AAACC--CA-GCAAATGAT
gi|39 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAT--T-A----------TA--TGT------TTC--CA-T-TT--T--ta
gi|9 : gaAATATTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAAAGT-A----------TA--TGT------GAC--TT-T-TT--T--T-T-------T-TATTA--CGG-TAA--AG-AATGC--CA-GCAAA
gi|18 : AT-TTAT-TTA--A-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TG--T--T-C-------A-T-TTA--CG--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATa
gi|11 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-AG---------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--T-C-------A-T-TTA--CA--CAA--AA-AAGCC--CA-ACAAATGAT
gi|24 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--C---------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATt
gi|31 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A-----------A--TGT------TTC--CA-T-TT--T--T-TA------A-T-TTT--CG--CAA--AG-AA-CC--CA-GCA
gi|23 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AT-T-TT--T--T-T-------G-T-TTA--CG--TA------AAGCC--CA-GCACATGAT
gi|6 : AT-TT-T-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAAGCAG-AAGCCTATA-GCAAATGATta
gi|17 : AT-TTAT-TCG--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA--TGT------TAC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAT--GG-AAACC--TA-GCAAATGt
gi|32 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAA-----------------------------------A-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CT--CAA--AG-AATCC--CA-GCAAATGATttt
gi|19 : AT-TTAT-CTA--T-ATACA-ATGAAA--T-A----------T----GT------TAC--AA-TCTT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAG--TT-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|5 : AT-TTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAA--T-A----------TA--TGTGAC---TTT--T--T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAATGt
gi|2 : T-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA--TTT------TGC--CA-T-TC--T--T-TTTTATAAA-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATttta
gi|21 : T-TTATACTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA---GT------TTC---A-T-TT--TATT-T-------GGT-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATG
gi|25 : tT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--TTA----------TA--CGT------TGT--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TCA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAATAA
gi|26 : -TTAT-TTA--T-AGACG-ATGAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAAT
gi|15 : aa-TTAT-TTA--T-AGTCT-AAGAAA--T-A----------TA--CGT------TGC--AT-T-TT--T--T-T-------T-T-TTA--CG--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATa
gi|20 : aa-TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAAA--T-A----------TA--TAT------TGC---A-T-TT--TG-T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAGTTATt
gi|30 : aTAT-CTACCT-AGACTTACTGAA--T-A----------AA--TGT------TCG--CA-G-TTCCT--T-T-------A-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--C--GCAt
gi|29 : AT-CTAA-T-AGACT-ATGAA---T-A-----------A--TGT------CTC--CA-T-GT--T--T-T-------A-T-TTA--TG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATg
gi|22 : AT-TTA--T-AAACT-AAGAAA--T-A----------TAATTATG-----TTG--CA-T-TT--T--T-T-----------TTA--CG--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|7 : T-CTAA-T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA--TATGTACTCTTC--CA-T-TT--T--T-T-------G-T-TTA--CG--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATta
gi|28 : tT-TTA--T-AGACT-GAGACA--C-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CG--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATt
gi|4 : A--T-GGACT-ATGAAG--T-ACATAGCCCCATA--TGT------TTC--CA-T-TT--T--T-T-------A-T-T-A--CG--CAA--AT-ACGCC--CA-GCAAATGATt
gi|35 : caAAA--T-A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--T--T-T-------A-T-TTA--CC--TAA--AG-AAGCC--TA-GCAAATGATta
gi|36 : -A----------TA--TGT------TGC--AA-T-TT--G--TGT-------A-T-TTA--CGGCCAAG-AG-AAGCC--CAGGCAAGTGATta
gi|38 : --CA-A-TT--T--T-T-------A-T-TTATACG--CAA--AGCAAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|1 : tg-T-------G-T-TCA--CG--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CAAGGAAGCCCAAAAAATGATTATAATAATTGAAATTGTTGCGGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 1 11 1 6666666666 2222 555555 1 555 1 1 3 22 6666666 1 11 1 11 22 1 11 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .......... .... ...... . ... . . . .. ....... . .. . .. .. . .. .
lowQualScore : 4 3 66 2 2 66 1 0000000000 4444 444444 1 000 1 1 2 66 1111111 1 55 1 55 66 1 66 1
consensus : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
Reference ( family-299 ) : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|1 : T-------G-TTCA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|10 : ctgtaaaacttgagtatgcgacAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGCAA--T-A----------TA----TGT------T-GCAATA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GC-AATGATtataataatcgaattgtttgcggg
gi|11 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-AG---------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TC-------A-TTTA--C-A--CAA--AA-AAGCC--CA-ACAAATGAT
gi|12 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATTAAA--T-A----------TA----TGC------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TATT--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATAATt
gi|13 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--TA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATc
gi|14 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|15 : -TTAT-TTA--T-AGTCT-AAGAAA--T-A----------TA----CGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------T-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|16 : aaAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAA---T-A----------TA----CGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGGTt
gi|17 : AT-TTAT-TCG--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-AC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAT--GG-AAACC--TA-GCAAATGt
gi|18 : AT-TTAT-TTA--A-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TG-T--TC-------A-TTTA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATttt
gi|19 : AT-TTAT-CTA--T-ATACA-ATGAAA--T-A----------T------GT------T-AC--AA-TCTT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAG--TT-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|2 : T-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--CA-T-TC-T--TTTTTATAAA-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|20 : -TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAAA--T-A----------TA----TAT------T-GC---A-T-TT-TG-TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAGTTAT
gi|21 : aT-TTATACTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA-----GT------T-TC--AT-T-TTAT--TT-------GGTTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGt
gi|22 : tAT-TTA--T-AAACT-AAGAAA--T-A----------TAATTATGT------T-GC---A-T-TT-T--TT----------TTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|23 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--TA------AAGCC--CA-GCACATGATta
gi|24 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA---TT-T--TC-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATta
gi|25 : T-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--TTA----------TA----CGT------T-GT--AA-T-TT-T--TT-------A-TTCA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAATAA
gi|26 : -TTAT-TTA--T-AGACG-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAAT
gi|27 : aaAAT-TTAT-CTA--TTAGTCT-ATGGAA----A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--T--------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATa
gi|28 : T-TTA--T-AGACT-GAGACA--C-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATa
gi|29 : A--T-AGACT-ATGAA---T-A-----------A----TGT------C-TC--CA-T-GT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|3 : atctaAAT-TTAT-CTA--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TGTAACT--T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|30 : TAT-CTACCT-AGACTTACTGAA--T-A----------AA----TGT------TCGC--AG-T-TCCT--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--C--GCAt
gi|31 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A-----------A----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TTA------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AA-CC--CA-GCAg
gi|32 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAA--------------------------------------A-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-T--CAA--AG-AATCC--CA-GCAAATGAT
gi|33 : AAT-TTAT-ATA--T-AGACA-ATGAAA--T-A----------TG----TGT------T-GC--TATT-TT-T--TT-------A-TTTA--A-G--CAA--AG-A
gi|34 : AAT-TTAT-TTA--A-CGAGT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--CA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--A
gi|35 : aAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-C--TAA--AG-AAGCC--TA-GCAAATGAT
gi|36 : -A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TTGT--GT-------A-TTTA--C-GGCCAAG-AG-AAGCC--CAGGCAAGTGATta
gi|38 : ------T-GC--AA-T-TT-T--T--------A-TTTATAC-G--CAA--AGCAAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|39 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAT--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--ta
gi|4 : gaA--T-GGACT-ATGAAG--T-ACATAGCCCCATA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TT-A--C-G--CAA--AT-ACGCC--CA-GCAAATGAT
gi|5 : caAT-TTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAA--T-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-TTTTT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAATGta
gi|6 : AT-TT-T-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAAGCAG-AAGCCTATA-GCAAATGATttta
gi|7 : A--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TATGTACTCT-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|8 : ttctaAAT-TTAT-TTG--T-AAACT-GAGAAA--T-A----------TA----TAT------G-AT--AC-T-TT-T--TT-------A-ATAA--C-C--TAA--AG-AAACC--CA-GCAAATGATt
gi|9 : AATATTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAAAGT-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-T--TTTT-----A--TTA--CGG--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CAAGGAAGCCCAAAAAATGATTATAATAATTGAAATTGTTGCGGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 1 11 1 6666666666 2222 555555 1 555 1 1 3 22 6666666 1 11 1 11 22 1 11 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .......... .... ...... . ... . . . .. ....... . .. . .. .. . .. .
lowQualScore : 4 3 66 2 2 66 1 0000000000 4444 444444 1 000 1 1 2 66 1111111 1 55 1 55 66 1 66 1
consensus : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
Reference ( family-299 ) : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|1 : T-------G-TTCA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|10 : ctgtaaaacttgagtatgcgacAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGCAA--T-A----------TA----TGT------T-GCAATA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GC-AATGATtataataatcgaattgtttgcggg
gi|11 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-AG---------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TC-------A-TTTA--C-A--CAA--AA-AAGCC--CA-ACAAATGAT
gi|12 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATTAAA--T-A----------TA----TGC------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TATT--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATAATt
gi|13 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--TA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATc
gi|14 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|15 : -TTAT-TTA--T-AGTCT-AAGAAA--T-A----------TA----CGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------T-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|16 : aaAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAA---T-A----------TA----CGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGGTt
gi|17 : AT-TTAT-TCG--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-AC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAT--GG-AAACC--TA-GCAAATGt
gi|18 : AT-TTAT-TTA--A-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TG-T--TC-------A-TTTA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATttt
gi|19 : AT-TTAT-CTA--T-ATACA-ATGAAA--T-A----------T------GT------T-AC--AA-TCTT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAG--TT-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|2 : T-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--CA-T-TC-T--TTTTTATAAA-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|20 : -TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAAA--T-A----------TA----TAT------T-GC---A-T-TT-TG-TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAGTTAT
gi|21 : aT-TTATACTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA-----GT------T-TC--AT-T-TTAT--TT-------GGTTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGt
gi|22 : tAT-TTA--T-AAACT-AAGAAA--T-A----------TAATTATGT------T-GC---A-T-TT-T--TT----------TTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|23 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--TA------AAGCC--CA-GCACATGATta
gi|24 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA---TT-T--TC-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATta
gi|25 : T-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--TTA----------TA----CGT------T-GT--AA-T-TT-T--TT-------A-TTCA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAATAA
gi|26 : -TTAT-TTA--T-AGACG-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAAT
gi|27 : aaAAT-TTAT-CTA--TTAGTCT-ATGGAA----A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--T--------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATa
gi|28 : T-TTA--T-AGACT-GAGACA--C-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATa
gi|29 : A--T-AGACT-ATGAA---T-A-----------A----TGT------C-TC--CA-T-GT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|3 : atctaAAT-TTAT-CTA--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TGTAACT--T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|30 : TAT-CTACCT-AGACTTACTGAA--T-A----------AA----TGT------TCGC--AG-T-TCCT--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--C--GCAt
gi|31 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A-----------A----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TTA------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AA-CC--CA-GCAg
gi|32 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAA--------------------------------------A-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-T--CAA--AG-AATCC--CA-GCAAATGAT
gi|33 : AAT-TTAT-ATA--T-AGACA-ATGAAA--T-A----------TG----TGT------T-GC--TATT-TT-T--TT-------A-TTTA--A-G--CAA--AG-A
gi|34 : AAT-TTAT-TTA--A-CGAGT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--CA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--A
gi|35 : aAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-C--TAA--AG-AAGCC--TA-GCAAATGAT
gi|36 : -A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TTGT--GT-------A-TTTA--C-GGCCAAG-AG-AAGCC--CAGGCAAGTGATta
gi|38 : ------T-GC--AA-T-TT-T--T--------A-TTTATAC-G--CAA--AGCAAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|39 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAT--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--ta
gi|4 : gaA--T-GGACT-ATGAAG--T-ACATAGCCCCATA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TT-A--C-G--CAA--AT-ACGCC--CA-GCAAATGAT
gi|5 : caAT-TTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAA--T-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-TTTTT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAATGta
gi|6 : AT-TT-T-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAAGCAG-AAGCCTATA-GCAAATGATttta
gi|7 : A--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TATGTACTCT-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|8 : ttctaAAT-TTAT-TTG--T-AAACT-GAGAAA--T-A----------TA----TAT------G-AT--AC-T-TT-T--TT-------A-ATAA--C-C--TAA--AG-AAACC--CA-GCAAATGATt
gi|9 : AATATTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAAAGT-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-T--TTTT-----A--TTA--CGG--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAAta
blockSeqs : A A CC T T AG T CATAGCCCCA ATTA GTACTC C A T C A TT TTTATAA G TA G GC GC C TA G
blockSeqs : . . . . . . . G . AACT . C . . C G TT . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . G . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : N**
originalCons : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
finalCons : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GCN--A-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CAAGGAAGCCCAAAAAATGATTATAATAATTGAAATTGTTGCGGG
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 1 11 1 6666666666 2222 555555 1 555 1 1 3 22 6666666 1 11 1 11 22 1 11 1
lowQualScore : . . .. . . .. . .......... .... ...... . ... . . . .. ....... . .. . .. .. . .. .
lowQualScore : 4 3 66 2 2 66 1 0000000000 4444 444444 1 000 1 1 2 66 1111111 1 55 1 55 66 1 66 1
consensus : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
Reference ( family-299 ) : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--NA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|1 : T-------G-TTCA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|10 : ctgtaaaacttgagtatgcgacAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGCAA--T-A----------TA----TGT------T-GCAATA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GC-AATGATtataataatcgaattgtttgcggg
gi|11 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-AG---------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TC-------A-TTTA--C-A--CAA--AA-AAGCC--CA-ACAAATGAT
gi|12 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATTAAA--T-A----------TA----TGC------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TATT--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATAATt
gi|13 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--TA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATc
gi|14 : AAT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|15 : -TTAT-TTA--T-AGTCT-AAGAAA--T-A----------TA----CGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------T-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|16 : aaAAT-TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAA---T-A----------TA----CGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGGTt
gi|17 : AT-TTAT-TCG--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-AC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAT--GG-AAACC--TA-GCAAATGt
gi|18 : AT-TTAT-TTA--A-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TG-T--TC-------A-TTTA--C-G--CGA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATttt
gi|19 : AT-TTAT-CTA--T-ATACA-ATGAAA--T-A----------T------GT------T-AC--AA-TCTT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAG--TT-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|2 : T-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA----TTT------T-GC--CA-T-TC-T--TTTTTATAAA-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|20 : -TTAT-TTA--T-AGACT-GTGAAA--T-A----------TA----TAT------T-GC---A-T-TT-TG-TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAGTTAT
gi|21 : aT-TTATACTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A----------TA-----GT------T-TC--AT-T-TTAT--TT-------GGTTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGt
gi|22 : tAT-TTA--T-AAACT-AAGAAA--T-A----------TAATTATGT------T-GC---A-T-TT-T--TT----------TTA--C-G--TAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|23 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AT-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--TA------AAGCC--CA-GCACATGATta
gi|24 : AT-TTAT-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA---TT-T--TC-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATta
gi|25 : T-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--TTA----------TA----CGT------T-GT--AA-T-TT-T--TT-------A-TTCA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAATAA
gi|26 : -TTAT-TTA--T-AGACG-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-ACAAAT
gi|27 : aaAAT-TTAT-CTA--TTAGTCT-ATGGAA----A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--T--------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATa
gi|28 : T-TTA--T-AGACT-GAGACA--C-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AAGTC--CA-GCAAATGATa
gi|29 : A--T-AGACT-ATGAA---T-A-----------A----TGT------C-TC--CA-T-GT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|3 : atctaAAT-TTAT-CTA--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TGTAACT--T-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|30 : TAT-CTACCT-AGACTTACTGAA--T-A----------AA----TGT------TCGC--AG-T-TCCT--TT-------A-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--C--GCAt
gi|31 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAAA--T-A-----------A----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TTA------A-TTTT--C-G--CAA--AG-AA-CC--CA-GCAg
gi|32 : AT-TTAT-CTA--T-AGACT-ATGAA--------------------------------------A-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-T--CAA--AG-AATCC--CA-GCAAATGAT
gi|33 : AAT-TTAT-ATA--T-AGACA-ATGAAA--T-A----------TG----TGT------T-GC--TATT-TT-T--TT-------A-TTTA--A-G--CAA--AG-A
gi|34 : AAT-TTAT-TTA--A-CGAGT-ATGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--CA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--T-G--CAA--A
gi|35 : aAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-C--TAA--AG-AAGCC--TA-GCAAATGAT
gi|36 : -A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TTGT--GT-------A-TTTA--C-GGCCAAG-AG-AAGCC--CAGGCAAGTGATta
gi|38 : ------T-GC--AA-T-TT-T--T--------A-TTTATAC-G--CAA--AGCAAGCC--CA-GCAAATGAT
gi|39 : AAT-TTAT-TTA--T-AGACT-ATGAAT--T-A----------TA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--ta
gi|4 : gaA--T-GGACT-ATGAAG--T-ACATAGCCCCATA----TGT------T-TC--CA-T-TT-T--TT-------A-TT-A--C-G--CAA--AT-ACGCC--CA-GCAAATGAT
gi|5 : caAT-TTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAA--T-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-TTTTT-------A-TTTA--C-G--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAATGta
gi|6 : AT-TT-T-TTA--T-AGACT-AAGAAA--T-A----------TA----TGT------T-GC--AA-T-TT-T--TT-------A-TTTA--C-G--TAAGCAG-AAGCCTATA-GCAAATGATttta
gi|7 : A--T-AGACT-TTGAAA--T-A----------TA----TATGTACTCT-TC--CA-T-TT-T--TT-------G-TTTA--C-G--CAA--AG-AAGCC--CA-GCAAATGATt
gi|8 : ttctaAAT-TTAT-TTG--T-AAACT-GAGAAA--T-A----------TA----TAT------G-AT--AC-T-TT-T--TT-------A-ATAA--C-C--TAA--AG-AAACC--CA-GCAAATGATt
gi|9 : AATATTAT-TTG--T-AGACT-TAGAAAAGT-A----------TA----TGT------G-AC--TT-T-TT-T--TTTT-----A--TTA--CGG--TAA--AG-AATGC--CA-GCAAAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|37 ): CAAGGAAGCCCAAAAAATGATTATAATAATTGAAATTGTTGCGGG