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Reference ( gi|6 )            :                                                                       ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-GC-G----CG----TTACAC---------AA-GCT-T-C-AC-T------TG----TA-GTGAGA--G--AAA-CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|3                          :                                                                       ATTTTCTCA---C--C---A---GAG-G-GC-G----CG----TTACGCCATGGTGAGAATGCG-T---GC-GA-----TG----TA-GTGCGA--G--TAA-CGCACGGAA----A-TCT-GGG-TAGAAAA
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gi|7                          :                                                                         TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-GC-G----CG----TTGCGC---------GA-GCT-T-C-AC-TTACA--TG----TA-GTAAGA--G--AAG-CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGA
gi|15                         :                                                                         TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-GT-G----CG----TTAGGC---------G--------------------TG----TA-GTGAGA--G--AAG-CGCACGGAA----C-CCT-GAG-TAGAGAAa
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gi|5                          :                                                                        aTCTTCTA---C--C---A---GAG-GCGC-GT---CG----TTACGC---------AA-GAC-T-T-AC-T------TGTGT-TG-GTGAGA--GACAAA-CGTAC--AACCGCC-CCT-GGT-GAGAGAaacgtcctct
gi|21                         :                                                                         TCTCTTA---C--C---A---GAG-G-GC-G----TG----TAACAC---------AA-GAT-T-------------------------------------CGCATGGAA----C-TCT-GGG-TAGA
gi|1                          :                                                                         TCTCTAA---C--C---A---CAG-G-GC-G----CA----CTACGC---------AA-GCT-T-C-AC-T------Ta
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gi|1                          :                                                                          CTCTCA---C--C---A---GAG-G-GC-G----AG----CTAC--------------GTT-T-C-A
gi|4                          : tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacgcgtgttacaagcttcacttgcccgtgtggtagatCTCTCA---C--G---A---GAGAG-GC-GA---TG----TTACGC---------AA-GCT-T-C-AC-T------TA----CACGTGA
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gi|19                         :                                                                                                  a-GC-G----CG----TTACGT---------AA-GCT-T-C-CG-T------TG-------GTGCGA--G--TAG-CGCACGGAA----C-TCT-GGG-TAGAGAA
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lowQualScore                  :                                                                                       333 66 777 222   9 5 7 7 2  4444      333333333  8    9999999999999999999999 6   333  00         0000 4   4   4       
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Reference ( family-2976 )     :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
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gi|1                          :                                           tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-AG----CTACGcccgtgtggtagattgaaacgtagctcgccctctggtgagag
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gi|14                         :                                                                                 CTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CA----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----C------GAG--CAG--CGCATTGGC----C-TCT-GGG-TAAAGA
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gi|17                         :                                                                              aTTCTCTCA---CGCC---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----T-----CA----------AA----GCATGGGA----T-TCT-GGG-TAGAGaacgtcctct
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gi|22                         :                                                                               TTCTATCA---C--CGCCA---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-a
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gi|4                          :                                                                                cCTCTCA---C--G---A---GAGAG-G-C-GATG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TA----CACGTGA
gi|5                          :                                                                                TCTTCTA---C--C---A---GAG-GCG-C-GTCG----TTACGC---------AA-GACT-T-AC-T----TGTGT-TG-GTGAGAGACAAA--CGTAC--AACCGCC-CCT-GGT-GAGAGAttcggagtgtagcgtgcaacgccgctctgagtgagga
gi|6                          :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACAC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAA--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|7                          :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTGCGC---------GA-GCTT-C-AC-TTACATG----TA-GTAAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGA
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lowQualScore                  :                                                                                       333 66 777 222   9 5 7 7 2  4444      333333333  8    9999999999999999999999 6   333  00         0000 4   4   4       
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Reference ( family-2976 )     :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
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gi|1                          :                                                                                                          -G-C-G-TG----TTAC-----------AA-GCTT-C-AC-T----TG----acgcgtgttacaagcttcacttgcccgtgtggtagattgaaacgtagctcgccctctggtgagag
gi|1                          :                                           tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-AG----CTACGcccgtgtggtagattgaaacgtagctcgccctctggtgagag
gi|10                         : tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacgcgtgttacaagcttcacttgcccgtgtggtagattgaaaTTCCCTCAACGC--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTATGT---------AA-GCTT-C-CC-T----TG-------GTGCGAG--TAG--CGCACGGAA----C-TCT-GGG-TAGAGA
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gi|13                         :                                                                               TTCTCTCA---C--C---AACAGAG-G-G-C-G-CA----TTACGC---------AA-ACTT-C---------------------AGAG--AAG--CGCGCGTAA----C-CCT-GAA-TACAGAA
gi|14                         :                                                                                 CTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CA----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----C------GAG--CAG--CGCATTGGC----C-TCT-GGG-TAAAGA
gi|15                         :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-T-G-CG----TTAGGC---------G-----------------TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GAG-TAGAGAA
gi|16                         :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAT-G-G-C-G-TG----TTACAC---------AA-GCTT-C-AC-T----TA----TT-G-GAGTG--TAA--CGTACt
gi|17                         :                                                                              aTTCTCTCA---CGCC---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----T-----CA----------AA----GCATGGGA----T-TCT-GGG-TAGAGaacgtcctct
gi|18                         :                                                                               TTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AG-G--------------------------AGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|19                         :                                                                                                          -G-C-G-CG----TTACGT---------AA-GCTT-C-CG-T----TG-------GTGCGAG--TAG--CGCACGGAA----C-TCT-GGG-TAGAGAA
gi|2                          :                                                                                TCTTCTA---C--C---A---GAG-GCGTC-GTCG----TTACGC---------AA-ACTT-CAAC-T----TAGTGTTG-GTGATAG--AGA--CAAACG
gi|20                         :                                                                                                                                                         G----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CTT-GGG-TAGAGAAtacaccacgccctctggtgagag
gi|21                         :                                                             acttacactaattattatgTCTCTTA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-TG----TAACAC---------AA-GATT----------------------------------CGCATGGAA----C-TCT-GGG-TAGA
gi|22                         :                                                                               TTCTATCA---C--CGCCA---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-a
gi|3                          :                                                                              ATTTTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGCCATGGTGAGAATGCGT---GC-GA---TG----TA-GTGCGAG--TAA--CGCACGGAA----A-TCT-GGG-TAGAAAA
gi|4                          :                                                                                cCTCTCA---C--G---A---GAGAG-G-C-GATG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TA----CACGTGA
gi|5                          :                                                                                TCTTCTA---C--C---A---GAG-GCG-C-GTCG----TTACGC---------AA-GACT-T-AC-T----TGTGT-TG-GTGAGAGACAAA--CGTAC--AACCGCC-CCT-GGT-GAGAGAttcggagtgtagcgtgcaacgccgctctgagtgagga
gi|6                          :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACAC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAA--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|7                          :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTGCGC---------GA-GCTT-C-AC-TTACATG----TA-GTAAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGA
gi|8                          :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-CTG-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-ACGT----TG----TT-G-GAG-G--AAGAACGTAC-AAA----CGCCTCTGG-T-GAGAAa
gi|9                          :                                                                                 CTCTCA---C--C---AA--GAG-G-A-C-G-CGCTCGTTACGG---------CA-GCTTTC-AC-------G----CA------AG--AAGT-CGCACGTAA----A-TCT-GGGGTAGAGAA


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blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    CACTTATTG                  A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    CCGTTGGT                   A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    GTGTAGT                    T    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    CACTTGC                    A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    CACTTCA                    A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    TCACGCA                    T    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    TGTAGT                     A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    TAGT                       A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    C                          A    .          .    .   .   .
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    .                          A    .                        
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .    .                          .    .                        
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .                                                             
blockSeqs                     :                                                                                       .   .  .   .     . . . . .  .         .          .                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                          . . . .  .         .          .                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                          . . . .  .                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                                                             CACTTGTAGT************
originalCons                  :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
finalCons                     :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTTCACTTGTAGT------------GAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA





Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                       333 22 666 555   1 3 1 1 5  5555      777777777  1    7777777777777777777777 0   333  55         5555 2   2   2       
lowQualScore                  :                                                                                       ... .. ... ...   . . . . .  ....      .........  .    ...................... .   ...  ..         .... .   .   .       
lowQualScore                  :                                                                                       333 66 777 222   9 5 7 7 2  4444      333333333  8    9999999999999999999999 6   333  00         0000 4   4   4       
consensus                     :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
Reference ( family-2976 )     :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|1                          :                                                                                TCTCTAA---C--C---A---CAG-G-G-C-G-CA----CTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----T
gi|1                          :                                                                                                          -G-C-G-TG----TTAC-----------AA-GCTT-C-AC-T----TG----acgcgtgttacaagcttcacttgcccgtgtggtagattgaaacgtagctcgccctctggtgagag
gi|1                          :                                           tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-AG----CTACGcccgtgtggtagattgaaacgtagctcgccctctggtgagag
gi|10                         : tctctaaccacagggcgcactacgcaagcttcacttacgcgtgttacaagcttcacttgcccgtgtggtagattgaaaTTCCCTCAACGC--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTATGT---------AA-GCTT-C-CC-T----TG-------GTGCGAG--TAG--CGCACGGAA----C-TCT-GGG-TAGAGA
gi|11                         :                                                                                  TCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----ATACGC---------AA-GCTT-G---------TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCATGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGA
gi|12                         :                                                                             aATTCTCTCA---C--CGACA---GTG-G-G-C-G-CTC---TTACGT---------A-----------------------TA-GTGCAAG--TAA--CGCACGGGA----C-TGT-GGG-TAGAGAA
gi|13                         :                                                                               TTCTCTCA---C--C---AACAGAG-G-G-C-G-CA----TTACGC---------AA-ACTT-C---------------------AGAG--AAG--CGCGCGTAA----C-CCT-GAA-TACAGAA
gi|14                         :                                                                                 CTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CA----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----C------GAG--CAG--CGCATTGGC----C-TCT-GGG-TAAAGA
gi|15                         :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-T-G-CG----TTAGGC---------G-----------------TG----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GAG-TAGAGAA
gi|16                         :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAT-G-G-C-G-TG----TTACAC---------AA-GCTT-C-AC-T----TA----TT-G-GAGTG--TAA--CGTACt
gi|17                         :                                                                              aTTCTCTCA---CGCC---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----T-----CA----------AA----GCATGGGA----T-TCT-GGG-TAGAGaacgtcctct
gi|18                         :                                                                               TTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AG-G--------------------------AGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|19                         :                                                                                                          -G-C-G-CG----TTACGT---------AA-GCTT-C-CG-T----TG-------GTGCGAG--TAG--CGCACGGAA----C-TCT-GGG-TAGAGAA
gi|2                          :                                                                                TCTTCTA---C--C---A---GAG-GCGTC-GTCG----TTACGC---------AA-ACTT-CAAC-T----TAGTGTTG-GTGATAG--AGA--CAAACG
gi|20                         :                                                                                                                                                         G----TA-GTGAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CTT-GGG-TAGAGAAtacaccacgccctctggtgagag
gi|21                         :                                                             acttacactaattattatgTCTCTTA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-TG----TAACAC---------AA-GATT----------------------------------CGCATGGAA----C-TCT-GGG-TAGA
gi|22                         :                                                                               TTCTATCA---C--CGCCA---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-a
gi|3                          :                                                                              ATTTTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACGCCATGGTGAGAATGCGT---GC-GA---TG----TA-GTGCGAG--TAA--CGCACGGAA----A-TCT-GGG-TAGAAAA
gi|4                          :                                                                                cCTCTCA---C--G---A---GAGAG-G-C-GATG----TTACGC---------AA-GCTT-C-AC-T----TA----CACGTGA
gi|5                          :                                                                                TCTTCTA---C--C---A---GAG-GCG-C-GTCG----TTACGC---------AA-GACT-T-AC-T----TGTGT-TG-GTGAGAGACAAA--CGTAC--AACCGCC-CCT-GGT-GAGAGAttcggagtgtagcgtgcaacgccgctctgagtgagga
gi|6                          :                                                                              ATTCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTACAC---------AA-GCTT-C-AC-T----TG----TA-GTGAGAG--AAA--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGAGAA
gi|7                          :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-C-G-CG----TTGCGC---------GA-GCTT-C-AC-TTACATG----TA-GTAAGAG--AAG--CGCACGGAA----C-CCT-GGG-TAGA
gi|8                          :                                                                                TCTCTCA---C--C---A---GAG-G-G-CTG-CG----TTACGC---------AA-GCTT-C-ACGT----TG----TT-G-GAG-G--AAGAACGTAC-AAA----CGCCTCTGG-T-GAGAAa
gi|9                          :                                                                                 CTCTCA---C--C---AA--GAG-G-A-C-G-CGCTCGTTACGG---------CA-GCTTTC-AC-------G----CA------AG--AAGT-CGCACGTAA----A-TCT-GGGGTAGAGAA