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consensus : CTTTGATCTGCTCACATACT-ATCGC-T---ACAC-AA-G-GATCTAAC-AACCC--TCCCCATTAN--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTT--------T-GCATT----AACCAAT---CAT-AGC-------------GATCGGCC--T-AGAAAATATTTG--GTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTT-AACAT------------TATATAAACG-TC-C-GACTAC-TTCCAAACGTAT----GAAC---CACAAG-TAAAAT-GGCTGC-GGCCA---TTCCCG-CCTTACCGTCC-----ACACCACGT-CA--TATGGATATA-TAGTTTAAGCAGTT--GATAGGGTAAT-GATTTACCAAAT--C--CAGTCG-----GTAAC--ACTGCCATG------------CAAT--CCTTA---CGATCAA-G-----GA-------GACTTTGCAAAAT-TT-CCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAAT-----------CTGTAG--ACCTTCGCAAT--------G-GG---T------G-------------CA---AC--TTT-------C--TNA--T---------TAGTCGATCA---TGTGAC--G---------T-CA-C----------------TGGT--------------------TA----ATTTTCA-TTG-GTT-G--ATATATTTCG-AACAAAGGTCATGCT--G-AGATGACC--TCG-TA-CGGGG-AGTT-GT----------T----AGATCTTG--------T-TG-AAGCG-T------ATCATAGAG-GAGCGGATC-TA---N-AAGTCT-AAT-TTTA-ATTAGATT
Reference ( gi|1 ) : CTCTGTTCAGTTCACATACC-ATTGC-T---ACAC-AA-G-GATCTAAC-AACCCGATCTTCATTAA--AGGTCATCT-CAGACTGAACTTT--------T-GCATT----AACCAAT---CATTAGC-------------AATCGGCC--T-AGAAAGTATTTG--GTG-TGATGATATTCTTGGAATGATTT-GACAT------------TATATAAACA-TC-CAGAGTTC-TTCCGAACATAT----AAAC---CACAAG-AAAAAT-GGCTTC-AACCA---TTCCCG-CCTTACTGTCTCACCAACACCACAC-CATATATGCATGTA-CAGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--C--CAGCTG-----GTAAA--ACTGCCATG------------CAAT--CCTTATATCGATCAA-G-----GA-------GACTTTGCAAAAT-TT-CCAGCTGTTGAA--------------TTTAGCGAAT-----------ATGTAATTACCCTCACAAT--------G-GG---T------G-------------CA---AC--TTT-------C--TCA--T---------TAGTCGATC----TGTGAC--G---------T-CA-C----------------TGGT--------------------TA----ATTTCTG-TTG-GTT-G--ATATATTTCA-AACAAAGGTCATGCT--G-ATATGACC--TCG-TA-CAAGG-AGTT-GT----------T----AGATCTT---------T-TG-AAGCG-T------ATCACAGAG-GAGTGGATC-TA---A-AAGTCT-GAT-TTTA-ATCAGATT
gi|3 : CTTTGATCCGCTCACATACCTATCGC-T---ACAC-TATG-GATCTAAC-AACTC---CCCAATTGA--AG-TAAT-T-CAGATTGAACTTT--------T-GCATT----AACCAAT---C---CGC-------------GATCTGTC--T-AGAAA--------------AATAATATTATCGGAACGATTTAAACAT------------CATATAAACGCTC-CCGACTAC-TTTCAAACGT-------AAT---TTT-------AAT-GGCTGCGGACCC---TTCCCGTTCCTACCGTAT-----ACACCACGTACATGT-TG-ATATATTAATT--AGCAGCT--GA-AAGGTAAC------------------------------------ACTGTCATG------------CAATTCCCTTA---CGATCAA-G-----GA-------GACTTCGC-AAAT-TT-CCAGCT
gi|11 : gaaatgcCTTTGATCTGCTTACATACT-AA-GCAT---ACACGAA-G-GATCTAAC-CTCCC------CATTACTCAGCTCATCTTCAGATTGAACTTT--------TCGTATTTCA-AAC--AT---GATCAGA-------------GATTGGCC--T-GAAAAAAATTGG--TTG-TGATGATATTCTC-AAACGATTT-AACATTATCTACAGGGGTATATAAAC-------GAGTAC-TTCCAAATGTAG----GAAC---CACAAGAAAAAATAGGCGGC-AGTCA---CTTTCC-CCTTACCGT----------CCACGC-CACTCATGGATCTA-TAGTGTAAGCAG
gi|12 : TTTGATCTGCTCATACACT-ATCAC-T---GCAT-AAAG-GATCGAAC-AAC----TCCCCATTAC--AGGTCATTT-CAGATTGAACTTT--------T-GCATT----AACCAAT---C---AGC-------------GATCGGTC--T-ACAAAATCTTTG--GTG-TGATAATATTCTCGAAACAACTT-AACAA------------TATAAAAATG-TCTCTGACTAC-TTCCGAACAAATAAAAAAACAAACACACG-TAAAAT-GGCTAC-AGCCA---TTCCTG-CCTTACTGTCCT-----CACCACA-------ATGGAGATA-AAGTTTGAGC
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gi|4 : taccacatacgtccgtaacactgcg--C--CAGTTG-----GTAAC--ACTAATATG------------CAAT--CCTT---TTGATCAA-G-----GA-------GACT--GCAAAAT-TT-CCAGCTGTTGAG--------------GTTAGCGAAT-----------CTGTA---ACTTTCGCAAT--------G-GG---T------G-------------CC---ACCATTTTTAAATGC--TGA--C---------CAATC-ATCA---TATAAC--ATACACTTTCT-CA-C----------------TGGTCGATCTGTGACGTCATCGGTTA----ATTTTCA-TTG-GTT-A--ATATATTTAG-AACAAAGGTCATGCT--G-AGATGACC--TTGTTT-CAGGG-AGTT-GT----------TTTAAAAATCTTGTA------T-TG-AAGTA-T------ATCATAGAG-GAATGGATCTTA---G-AAGTCT-TAT-TTTA-ATCA
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gi|17 : tatTTTGCAAAAT-GT-TCAGCTTTTGAGGCTTCAAATATATGTTTAGTGAAT-----------CTGTAG---CCTTTGCAAT--------G-GGCGCT------G-------------CC---AT--TTT-------T--TAA--A---------T-GTCGACC----catttttaaatgctgaccaatatcatataacatacacttctcatagtgatctgtgacgtcatcaggttaattttcattgcgtatatatttagaacaaaggtcatgctggatgaccttgttagcggagttgttttaaaaatcttgtattaagtatatgcagacgggatctaagaaatttatatttacatcag
gi|9 : TT-------C--TCA--T----------AGT-GATC----TGTGAC--G---------T-CATC----------------AGGT--------------------TA----ATTTTCA-TTGCGT-----ATATATTTAG-AACAAAGGTCATGCT--G-G-ATGACC--TTG-TT-AGCGG-AGTT-GT----------TTTAAAAATCTTGTA------T-T--AAGTA-T------AT-GCAGAC-G---GGATC-TA---AGAAATTT--ATATTTACATCAGaataatcatttaa
gi|14 : tatatgcaatccttttgatcaaggagactgcaaaattttccagctgttgggttagcgaatctgaactttcgcaatgaggtgccaccatttttaaatgctgaccaatatcatataacatacacTGAC--G---------T-CA-T----------------TAGT--------------------TA----ATTTC-A-TTG-GTTTG--ATATATTT-G-TACAAAGGGCAAGCT--GAAGATGACCTATAG-TA-C--GG-GATT-G-----------T----AGA
gi|15 : C--G---------T-CA-T----------------TAGT--------------------TA----ATTTTCA-TTG-GTT-G--ATATATTTTG-TACAAAGGGCAAGCT--G-AGATGACCTATAG-TA-C--GG-A-TT-GT------------------------------------------------------AGAA-GAGCGAATT-TT---T-AAGTCT-AAT-TCTA-ATTAGATagagcggaatttttttaagtctaatgtctcaattagatc
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gi|10 : tttgatctgctcatacactatcactgcat-TTG-GTT-A--ATGCA---------AAAGTTCAATCT--G-AGATTACC--TCA-AA-TTGGG-AGTT-GT----------T----AGATCcgatcggtctacaaaatctttggtgtgataatattctcgaaacaacttaacaatataaaaatgtctctgactacttccgaacaaataaaaaaacaaacacacgtaaaatggctacagccattcctgccttactgtcctcaccacaatggagataaagtttgagc
gi|22 : ctatg-G--ATATATTTCG-ATTAAAGGTCGTGCTTAG-ATATGA-C--TCG--A-AAGGG-AGTT-G----------------------T---------T-TG--GGCG-T------ATCATTGAG-tccgcgatctgtctagaaaaataatattatcggaacgatttaacatcatataaacgtcccgactactttcaaacgtaattttaatggctgcgacccttcccgtcctaccgtatacaccacgtacatgtatgatatattaaattagcagctgataaggtaacactgtcatgcaattcttacgatcaaggagacttcgcaaaatttccagctg
gi|18 : -AACAAAGGTCATGAT--G-AGATGACC--TTG-TA--AGGGCAGTT-CT----------T----AGATCTTGTA------T-TG-AAGCA-T------ATCATTGAG-GAACAGATT-TA---C-AAGTCT-AAT-TTTA-ATTAGA
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gi|20 : TGCT--G-ATGTGACT--CCA-TA-CCTGA-TGTC-CT----------C----AGGCCTC---------TGTG-TAGCA-TTGTAATATTACAG---GAGCAGATC-CA---A-GA-TTT-GAT-TTTA-ATCAGA
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gi|24 : aCTTTGATCCGCTCACGTA--TATCGC-TACAC-AA---GATCTttt
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Reference ( family-2959 ) : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAACC---TCCCCATTA--N--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA--AGCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG--T--CC-GACTACTTCCAAACGTAT----AAAC---CACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCGC-CTTACCGTCC-----ACACCACGT-CATGT--G-GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TCG-TACGGGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-TG-AAGC---GTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
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gi|6 : TAAA-GATTGACCAAAT--CCAGATGACAAC-ACTGCCCTGTAAC------------CGTTA---CGATCAGG-----GAGACTTTACAGAA-TGTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGTGAAT----------CTTCTCAATG-GGTGCAGC-CA-TTTTTAAATGGTGACCA----------A---T-------AATCAC---TCAACAT-----ACAT--------T-TAT----------------T--------------------------G-GTCAATTTGTGATGTCAAAAGTTAATT--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------AT-TTTCA-AACAAGGGTCATGCGG-AGAT--G-ACC--TCA-TAC-TGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-T---------------------------A---TT-T-A---CAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGGTTtggatataacag
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consensus : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAACC---TCCCCATTA--N--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA--AGCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG--T--CC-GACTACTTCCAAACGTAT----AAAC---CACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCGC-CTTACCGTCC-----ACACCACGT-CATGT--G-GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TCG-TACGGGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-TG-AAGC---GTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
Reference ( family-2959 ) : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAACC---TCCCCATTA--N--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA--AGCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG--T--CC-GACTACTTCCAAACGTAT----AAAC---CACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCGC-CTTACCGTCC-----ACACCACGT-CATGT--G-GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TCG-TACGGGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-TG-AAGC---GTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
gi|1 : CTCTGTTCAGTTCACATAC-CATTGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAACCCGATCTTCATTA--A--AGGTCATCT-CAGACTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCATTAGCAATCGGCCTAGAAAGTATTTGGTG-TGATGATATTCTTGGAATGATTTGA-CAT------------TATATAAACA--T--CCAGAGTTCTTCCGAACATAT----AAAC---CACAAG-AAAAAT-GGCTTCAA-CCA---TTCCCGC-CTTACTGTCTCACCAACACCACAC-CATATATG-CATGTA-C--AGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGCTGGTAAA-ACTGCCATGCAAT------------CCTTATATCGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAA--------------TTTAGCGAATATGTAATTACCCTCACAATG-GGTGCAAC----TTTCTC----------A----------T---T-------AGTCGA---TC--TGT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------CTGT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCA-AACAAAGGTCATGCTG-ATAT--G-ACC--TCG-TACAAGGAGTTGT----------T----AGATCT-T---------T-TG-AAGC---GTATCAC-AGAGGAGTGGA---TC-T-A---AAAGTCT-G-A--TTTTAATCAGATT
gi|10 : -G-GATCTAACAAC----TCCCAATTT--G--AGGTAATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCC---GCGATCTGTCTAGAAAA------------ATAATATTATCGGAACGATTTAA-CAT------------CATATAAACG--T--CCCGACTACTTTCAAACGTA----------------AT-TTTAAT-GGCTGCGA-CCC---TTCCCGT-CCTACCGTAT-----ACACCACGTACATGT--ATGATATA-TTAAATT--AGCAGCT--GATAA---------------------------GGTAAC-ACTGTCATGCAAT------------TCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTCGCAAAA-TTTCCAGCTG
gi|11 : ctatCTTTGATCTGCTTACATAC-TA-AGCATACACGAA-G-GATCTAAC---C---TCCCCATTA--CTCAGCTCATCTTCAGATTGAACTTTTCGTATTTC--AAACATGATCA---GAGATTGGCCTGAAAAAAATTGGTTG-TGATGATATTCTC-AAACGATTTAA-CATTATCTACAGGGGTATATAAA--------C-GAGTACTTCCAAATGTAG----GAAC---CACAAGAAAAAATAGGCGGCAG-TCA---CTTTCCC-CTTACCGTCC-----ACGCCAC-T-CA--T--G-GATCTA-T--AGTGTAAGCAG
gi|12 : TTTGATCTGCTCATACAC-TATCAC-TGCAT-AAAG-GATCGAACAAC----TCCCCATTA--C--AGGTCATTT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATC---AGCGATCGGTCTACAAAATCTTTGGTG-TGATAATATTCTCGAAACAACTTAA-CAA------------TATAAAAATGTCT--CT-GACTACTTCCGAACAAATAAAAAAACAAACACACG-TAAAAT-GGCTACAG-CCA---TTCCTGC-CTTACTGTCC-----TCACCACA-----AT--G-GAGATA-A--AGTTTGAGC
gi|13 : CTTTGATTCGCACACATAC-AATCGT-TAAAC-AA-ATGATCTGACAAA----TCCCCATTA--A--AGATAATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACC---ATC---AGTGATTGGCCTAGAAAGTCTTTGGTG----TGATATTCTCGAAACGATTGAA-CAG------------TATATAAACG--C--C----TTG--TCTAAACGTATC---AAAA---CGCATG-TAAAAT-TTCTGAAG-CCAATGTTATCGT-CTTACCGCCC-----ACATCACAC-C-T------GAGATA-A--AGCTTAAGCAGTT--GAT
gi|14 : atcT----GACG---------T-CAT----------------T--------------------------A-GTTAAT--------------------T--T------------CAT--------------TG-GTTTG--AT--------------ATATTT-G-TACAAAGGGCAAGCTGAAGAT--G-ACCTATAG-TACGGG-----------------------------------------------------ATTGT-AGAAGAGCGGAATTTT-T-T---TAAGTCT-A-ATGTCTCAATTAGAT
gi|15 : CG---------T-CAT----------------T--------------------------A-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTTG-TACAAAGGGCAAGCTG-AGAT--G-ACCTATAG-TACGG------------------------------------------------------ATTGT-AGAAGAGCGAA---TT-T-T---TAAGTCT-A-A--TTCTAATTAGATc
gi|16 : AT-GATTTAATACAT--CCGGTCTGTAAC-ACTGCGATGCAATTCATACGACAATCCTTA---CGATCTAA-----GTGACTTAGCACAA-TTTCCAGCTGcgc
gi|17 : taccacatacgtccgtaacactgcgTTTGCAAAA-TGTTCAGCTTTTGAGGCTTCAAATATATGTTTAGTGAATCTGTA---GCCTTTGCAATG-GGCGCTGC-CATTTTTTA----------A----------A---T--------GTCGA---CC-A
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gi|20 : tTGCTG-ATGT--G-ACT--CCA-TACCTGATGTCCT----------C----AGGCCTCTG--------T--G-TAGCATTGTAATATTACAGGAGCAGA---TC-C-A---AGA-TTT-G-A--TTTTAATCAGA
gi|21 : AAA---CACAAC-TAAAAT-GGATGCGG-CCA---TTCCTAC-CTTACCACCC-----AC-CCAAAT-CA-------GATATA-T--AGTTTAAGCACTT--GATAGGGTA
gi|22 : -G--AT--------------ATATTTCG-ATTAAAGGTCGTGCTT-AGATATG-AC---TCG--AAAGGGAGTTGT----------T-----------------------TG-G-GC---GTATCAT-TGAG
gi|23 : GGAGCGGA---TC---A---AAGACCT-C-A--TTCTAGTCAGATT
gi|24 : gtgtagtgacatattact----AGATCT-TG--------T--G-TAGC---G-AT-AT-ACGTGAGCGGA---TC---A---AAGGTCT-A-A--TTTT
gi|24 : aCTTTGATCCGCTCACGTA--TATCGC-TACAC-AA---GATCTttt
gi|3 : aaaaattagacCTTTGATCCGCTCACATACCTATCGC-TACAC-TATG-GATCTAACAAC----TCCCCAATT--G--AAGTAAT-T-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCC---GCGATCTGTCTAGAAAA------------ATAATATTATCGGAACGATTTAAACAT------------CATATAAACG--CTCCC-GACTACTTTCAAACGTA----------------AT-TTTAAT-GGCTGCGGACCC---TTCCCGTTCCTACCGTAT-----ACACCACGTACATGT--T-GATATATT--AATT--AGCAGCT--GA-AA---------------------------GGTAAC-ACTGTCATGCAATTC----------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTCGC-AAA-TTTCCAGCTttt
gi|4 : gaaatgc--CCAGTTGGTAAC-ACTAATATGCAAT------------CCTTT---TGATCAAG-----GAGACT--GCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------GTTAGCGAATCTGTA---ACTTTCGCAATG-GGTGCCAC-CA-TTTTTA----------A----------A---TGCTGACCAATC-A---TC-ATAT----AACATACACTTTCT-CAC----------------T--------------------------G-GTCGAT--------------------C--TGTGACG-----TCATCGGTTAATTTTCATTG-GTT-A--AT--------------ATATTTAG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TTGTTTCAGGGAGTTGT----------TTTAAAAATCT-TGTA------T-TG-AAGT---ATATCAT-AGAGGAATGGA---TCTT-A---GAAGTCT-T-A--TTTTAATCA
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gi|6 : TAAA-GATTGACCAAAT--CCAGATGACAAC-ACTGCCCTGTAAC------------CGTTA---CGATCAGG-----GAGACTTTACAGAA-TGTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGTGAAT----------CTTCTCAATG-GGTGCAGC-CA-TTTTTAAATGGTGACCA----------A---T-------AATCAC---TCAACAT-----ACAT--------T-TAT----------------T--------------------------G-GTCAATTTGTGATGTCAAAAGTTAATT--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------AT-TTTCA-AACAAGGGTCATGCGG-AGAT--G-ACC--TCA-TAC-TGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-T---------------------------A---TT-T-A---CAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGGTTtggatataacag
gi|7 : TTGATCTGCTTACATAC-TAAAGC-TACACGAA-G-GATCTAACA-CC---TCCCCATTACTC--AGCTCATCT-CAGATTGAACTTTTCGTATTTCAAAACTG--ATC---AGAGATTGGCCT-GAAAAAAATTGGTG-TGATGATATTCTC-AAACGATTTAA-CATTATCTACAGGGGTATATAAA--------C-GAGTACTTCCAAATGTAG----GAAC---CACAAG-AAAAAT-GGCGGCAG-TCA---CTTCCCC-CTTACCGTCC-----ACGCCAC-T-C---T--G-GATCTA-T--AGTGTAAGCAGTT--GATA---TCA---ATTTATCAAAaatg
gi|8 : GGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGTCAATAA--ACT------------------------TTA---CAATCAAA-----GAGACTTTGTAAAA-TTTCCACCTGTTGAG--------------TTTAGCAAATCTGTA---ACCTTCTCAATG-GACGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------------------AATTTT---TC-ATGT----AACA---------TACACTTTTCTCATTAGCCTGT--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-GATAT--------------ATATTTCA-AATGCATGTAGTGCAA-AATT--G-ACC--TCA-TAC-------------------------AGATCT-TGTA------T-TG-AACC---AAATCAT-AGAGGAGCTGG---TT-T-ACTTCAAATCT-A-A--TTTTAATTAGA
gi|9 : ATGCAAT------------CCTTT---TGATCAAG-----GAGAC--TGCAAAATTTTCCAGCTGTTGGG---------------TTAGCGAATCTG-A---ACTTTCGCAATGAGGTGCCAC-CA-TTTTTA----------A----------A---TGCTGACCAAT--A---TC-ATAT----AACA---------TACAC----------------TTCTCATAGTGATCTGTGACGTCATCAG-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TGCGT-----AT--------------ATATTTAG-AACAAAGGTCATGCTG--GAT--G-ACC--TTG-TTAGCGGAGTTGT----------TTTAAAAATCT-TG--------TATT-AAGT---ATAT-GC-AGACG---GGA---TC-TAA---GAAATTT-ATA--TTT
blockSeqs : C A G AG C CTC T C TCAA TG C TATGTAATAATA G A TATCTACAGGGG TGTCTCT C TAAAAAAACAAA A A A ATG T . GTACATGTAT TTA T CG AGGTAATTA AT GG TC G TCATACGACAAT . ATGTT T GCTTCAAATATATGT C . G A A T AATGCTGACCAATCATCATATAACATACACTTTCTCACTGGTCGATCTGTGACGTCATCGGTTAATTTTCAT C T AT TTTCATTGGTAGAT T C A AT T TA T G C C TTATTACATGTACATGTTATTGAAAGTGT T T ATT TACTTC AA TG
blockSeqs : . . G AT C CTC . C TC . A AATTGGTTGTG G . TATCTACAGGGG CGCTCCC G TCAAAA . . . . . . GTACATGTT TT T . GGGTATTG CA . TC . TC . . . C T . C . . . AATGCTGACCAATATCATATAACATACACTTCTCATAGTGATCTGTGACGTCATCAGGTTAATTTTCAT . . . . T . . . . TA . G C G TAGATCTTGACAATGTATTGAGGTTT T . . TTAG AT .
blockSeqs : . . . TG C G . . . . A TCTTTGGTGTG G . . CGTCCC C GGAAC . . . . . . TTCAGGTG T T . TCA CC . TT . . . . . G C . G . . . AATGGTGACCAATAATCACTCAACATACATTTATTGGTCAATTTGTGATGTCAAAAGTTAATTTTCAT . . . . T . . . . . . G G G TTTAAAAATCTTGTATTGAAGTAT C . . TAAG A .
blockSeqs : . . . G . C . . . . A AAATTGGTGTG A . . CGTTCC T GGAAC . . . . . . TCATG A T . A TC . TC . . . . . T C . G . . . AAAGCCGACCGAGAGTCATATAACATTCACTTTCTCATTGATAGACCCTGAGGTCAT . . . . C . . . . . . G A C TTTAAAAATCTTGTATTAAGTAT C . . TTT A .
blockSeqs : . . . G . A . . . . A TCTTTGGTG G . . CGCC C . . . . . . . AATG A T . A CC . AT . . . . . T C . T . . . AATGCCAACAGATAATCATCATATTTTGGCCGATCCTCATTACATTATTATTCT . . . . A . . . . . . G G G CAGGCCTCTGTGTAGCATTGT T . . TTT A .
blockSeqs : . . . G . A . . . . C . . . . C C . . . . . . . ACCT T T . C . TC . . . . . T C . T . . . AAATTTTTCATGTAACATACACTTTTCTCATTAGCCTGTGGTTAATTTTCAT . . . . T . . . . . . C G G TAGATCTTGTATTGAAGCAT C . . TAC G .
blockSeqs : . . . G . G . . . . A . . . . C G . . . . . . . ATCA T . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . A G T TAGATGTTGTATTAAAGCAT C . . TAC C .
blockSeqs : . . . . . . . TCTG . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A G G AGATCTTGTATTGAACCAA C . . CAA A .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . G G G TAGATCTTGTT C . . TAC T .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . TTGGGCGT . . . AA A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AA A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** A*** CGTCCC**** AAA********* ***** TCATG******* TCA****** *** *** TAGATCTTGTATTGAAGCGT**************************
originalCons : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAACC---TCCCCATTA--N--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA--AGCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG--T--CC-GACTACTTCCAAACGTAT----AAAC---CACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCGC-CTTACCGTCC-----ACACCACGT-CATGT--G-GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT--GATAAGGTAAT-GATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TCG-TACGGGGAGTTGT----------T----AGATCT-TG--------T-TG-AAGC---GTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
finalCons : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAACAAC----TCCCCATTA--N--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA---GCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGTG-TGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACGTCCC----GACTACTTCCAAACGTAAAA---------CACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCGC-CTTACCGTCC-----ACACCACTCATG-------GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT--GATATCA------ATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCTG-AGAT--G-ACC--TCG-TACGGGGAGTTGTTAGATCTTGTATTGAAGCGT--------------------------ATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
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lowQualScore : . . . . . ... . .... ... . . .... .. ... ............ . . ............ ...... . .. ................. ... . . ... . .......... . .......... .... . ....... ............ .. .. .. .. . . ............ ... ..... . . ............... . . ... . . . . . ............................................................................................................................................................................... . . .. .............. . . .. . . .. . . . .... . ..... ........................ . ... ........ ... ..
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consensus : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAAC-AAC----TCCCCATTAN--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA---GCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGT-GTGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG-TC-CCGACTACTTCCAAAC--GT---A-------AAAC-ACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCG-CCTTACCGTC----------CACACC-AC-T-CATG---GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT-------GA-----TA---T-A--ATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCT--G-AGATG-ACC--TCG-TACGGGGAG----TTGTT----AGATCT------TG-TATTG-AAGCGTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
Reference ( family-2959 ) : CTTTGATCCGCTCACATAC-TATCGC-TACAC-AA-G-GATCTAAC-AAC----TCCCCATTAN--AGGTCATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA---GCGATCGGCCTAGAAAATATTTGGT-GTGATGATATTCTCGAAACGATTTAA-CAT------------TATATAAACG-TC-CCGACTACTTCCAAAC--GT---A-------AAAC-ACAAG-TAAAAT-GGCTGCGG-CCA---TTCCCG-CCTTACCGTC----------CACACC-AC-T-CATG---GATATA-T--AGTTTAAGCAGTT-------GA-----TA---TCA--ATTTACCAAAT--CCAGTCGGTAAC-ACTGCCATGCAAT------------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGCGAATCTGTA---ACCTTCGCAATG-GGCGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------A---T-------AATCGA---TC-ATAT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCG-AACAAAGGTCATGCT--G-AGATG-ACC--TCG-TACGGGGAG----TTGTT----AGATCT------TG-TATTG-AAGCGTATCAT-AGAGGAGCGGA---TC-T-A---NAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGATT
gi|1 : CTCTGTTCAGTTCACATAC-CATTGC-TACAC-AA-G-GATCTAAC-AACCCGATCTTCATTAA--AGGTCATCT-CAGACTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCATTAGCAATCGGCCTAGAAAGTATTTGGT-GTGATGATATTCTTGGAATGATTTGA-CAT------------TATATAAACA-TC-CAGAGTTCTTCCGAAC--AT---AT------AAACCACAAG-AAAAAT-GGCTTCAA-CCA---TTCCCG-CCTTACTGTCTCACCAACACCACACC-AT-A-TATG---CATGTA-C--AGTTTAAGCAGTT-------GA-----TAAGGTAATGATTTACCAAAT--CCAGCTGGTAAA-ACTGCCATGCAAT------------CCTTATATCGATCAAG-----GAGACTTTGCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAA--------------TTTAGCGAATATGTAATTACCCTCACAATG-GGTGCAAC----TTTCTC----------A----------T---T-------AGTCGA---TC--TGT----GACG---------T-CAC----------------T--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------CTGT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTCA-AACAAAGGTCATGCT--G-ATATG-ACC--TCG-TACAAGGAG----TTGTT----AGATCT------T----TTG-AAGCGTATCAC-AGAGGAGTGGA---TC-T-A---AAAGTCT-G-A--TTTTAATCAGATT
gi|10 : -G-GATCTAAC-AAC----TCCCAATTTG--AGGTAATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCC---GCGATCTGTCTAGAAAA------------ATAATATTATCGGAACGATTTAA-CAT------------CATATAAACG-TC-CCGACTACTTTCAAAC--GT---A-------A--------T-TTTAAT-GGCTGCGA-CCC---TTCCCG-TCCTACCGTA----------TACACC-ACGTACATGTATGATATA-TTAAATT--AGCAGCT-------GA-----TA-----A---------------------GGTAAC-ACTGTCATGCAAT------------TCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTCGCAAAA-TTTCCAGCTG
gi|11 : ctatCTTTGATCTGCTTACATAC-TA-AGCATACACGAA-G-GATCTAAC---C----TCCCCATTACTCAGCTCATCTTCAGATTGAACTTTTCGTATTTC--AAACATGATCA---GAGATTGGCCTGAAAAAAATTGGTT-GTGATGATATTCTC-AAACGATTTAA-CATTATCTACAGGGGTATATAAA-------CGAGTACTTCCAAAT--GT---AGG-----AACC-ACAAGAAAAAATAGGCGGCAG-TCA---CTTTCC-CCTTACCGTC----------CACGCC-AC-T-CATG---GATCTA-T--AGTGTAAGCAG
gi|12 : TTTGATCTGCTCATACAC-TATCAC-TGCAT-AAAG-GATCGAAC-AAC----TCCCCATTAC--AGGTCATTT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCA---GCGATCGGTCTACAAAATCTTTGGT-GTGATAATATTCTCGAAACAACTTAA-CAA------------TATAAAAATG-TCTCTGACTACTTCCGAACAAAT---AAAAAAACAAAC-ACACG-TAAAAT-GGCTACAG-CCA---TTCCTG-CCTTACTGTC----------CTCACC-AC---AATG---GAGATA-A--AGTTTGAGC
gi|13 : CTTTGATTCGCACACATAC-AATCGT-TAAAC-AA-ATGATCTGAC-AAA----TCCCCATTAA--AGATAATCT-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACC---ATCA---GTGATTGGCCTAGAAAGTCTTTGGT-G---TGATATTCTCGAAACGATTGAA-CAG------------TATATAAACG-CC-TTG------TCTAAAC--GTATCA-------AAAC-GCATG-TAAAAT-TTCTGAAG-CCAATGTTATCG-TCTTACCGCC----------CACATC-AC-A-CCT----GAGATA-A--AGCTTAAGCAGTT-------GA-----T
gi|14 : atcT----GACG---------T-CAT----------------T--------------------------A-GTTAAT--------------------T--T------------CAT--------------TG-GTTTG--AT--------------ATATTT-G-TACAAAGGGCAAGCT--GAAGATG-ACCTATAG-TACGGG--------------------------------ATTG-----------T-AGAAGAGCGGAATTTT-T-T---TAAGTCT-A-ATGTCTCAATTAGAT
gi|15 : CG---------T-CAT----------------T--------------------------A-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------ATATTTTG-TACAAAGGGCAAGCT--G-AGATG-ACCTATAG-TACGG---------------------------------ATTG-----------T-AGAAGAGCGAA---TT-T-T---TAAGTCT-A-A--TTCTAATTAGATc
gi|16 : --ATTTAATACAT--CCGGTCTGTAAC-ACTGCGATGCAATTCATACGACAATCCTTA---CGATCTAA-----GTGACTTAGCACAA-TTTCCAGCTGcgc
gi|17 : taccacatacgtccgtaacactgcgatgTTTGCAAAA-TGTTCAGCTTTTGAGGCTTCAAATATATGTTTAGTGAATCTGTA---GCCTTTGCAATG-GGCGCTGC-CATTTTTTA----------A----------A---T--------GTCGA---CC-A
gi|18 : TTG-AACAAAGGTCATGAT--G-AGATG-ACC--TTG-TAAGGGCAG----TTCTT----AGATCT------TG-TATTG-AAGCATATCAT-TGAGGAACAGA---TT-T-A---CAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGAataatcatttaa
gi|19 : CATATT--G-AGATG-ACC--TTG-TATGGGCAG----CTGTT----AGATCTTGACAATG-TATTG-AGGTTTAACAT-ACAGAAGTGGA---TT-T-A---CAAGTCTAA-A--TTTTAGTTAAA
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gi|20 : tTGCT--G-ATGTG-ACT--CCA-TACCTGATG----TCCTC----AGGCCTC-----TG-TGTAG-CATTGTAATATTACAGGAGCAGA---TC-C-A---AGA-TTT-G-A--TTTTAATCAGA
gi|21 : -------AAAC-ACAAC-TAAAAT-GGATGCGG-CCA---TTCCTA-CCTTACCACC----------CACCCA-AA-T-CA-----GATATA-T--AGTTTAAGCACTT-------GA-----TA---
gi|22 : -G--AT--------------ATATTTCG-ATTAAAGGTCGTGCTTAG-ATATG-A-C--TCG--AAAGGGAG----TTGT----------T------TG--------GGCGTATCAT-TGAGgggta
gi|23 : ------TG-TAGTG-A--CATAT--T-ACTGGAGCGGA---TC---A---AAGACCT-C-A--TTCTAGTCAGATT
gi|24 : g----AGATCT------TG-TGT----AGCG-AT-AT-ACGTGAGCGGA---TC---A---AAGGTCT-A-A--TTTT
gi|24 : aCTTTGATCCGCTCACGTA--TATCGC-TACAC-AA---GATCTttt
gi|3 : aaaaattagacCTTTGATCCGCTCACATACCTATCGC-TACAC-TATG-GATCTAAC-AAC----TCCCCAATTG--AAGTAAT-T-CAGATTGAACTTTT-GCATT----AACCA--ATCC---GCGATCTGTCTAGAAAA------------ATAATATTATCGGAACGATTTAAACAT------------CATATAAACGCTC-CCGACTACTTTCAAAC--GT---A-------A--------T-TTTAAT-GGCTGCGGACCC---TTCCCGTTCCTACCGTA----------TACACC-ACGTACATGTT-GATATATT--AATT--AGCAGCT-------GA------------A--A------------------GGTAAC-ACTGTCATGCAATTC----------CCTTA---CGATCAAG-----GAGACTTCGC-AAA-TTTCCAGCTttt
gi|4 : gaaatgc--CCAGTTGGTAAC-ACTAATATGCAAT------------CCTTT---TGATCAAG-----GAGACT--GCAAAA-TTTCCAGCTGTTGAG--------------GTTAGCGAATCTGTA---ACTTTCGCAATG-GGTGCCAC-CA-TTTTTA----------A----------A---TGCTGACCAATC-A---TC-ATAT----AACATACACTTTCT-CAC----------------T--------------------------G-GTCGAT--------------------C--TGTGACG-----TCATCGGTTAATTTTCATTG-GTT-A--AT--------------ATATTTAG-AACAAAGGTCATGCT--G-AGATG-ACC--TTGTTTCAGGGAG----TTGTTTTAAAAATCT------TG-TATTG-AAGTATATCAT-AGAGGAATGGA---TCTT-A---GAAGTCT-T-A--TTTTAATCA
gi|5 : AAGCAGTTCGAATAAGG-----TAA--TTA--ATTTAC-AACTGGCCAATCGGAAACGACTGCCATGCAAT------------CCTTC---TGATTAAGATGTTGAGGCTTT-----A-TT-------GT--AG--------------TTTAGCGGATCTGTA---ACCGTCGCAGT--TGCGCAGCACA-TTTTCA----------AATGCCAACAGA---T-------AATC-A---TC-ATATTTTGGCCGATCC-----T-CAT----------------T--------------------------ACATTATT--------------------A--T-----------TC-T--------------TG-GTT-G--AT--------------GTATTTTGCAACAAAGGTCATGCT--G-AGATATGCC--TCA-TGCGGGGAATTTTTTATT----ACATGTACA---TGTTATTGAAAGTGTATCAT-
gi|6 : --ATTGACCAAAT--CCAGATGACAAC-ACTGCCCTGTAAC------------CGTTA---CGATCAGG-----GAGACTTTACAGAA-TGTCCAGCTGTTGAG--------------TTTAGTGAAT----------CTTCTCAATG-GGTGCAGC-CA-TTTTTAAATGGTGACCA----------A---T-------AATCAC---TCAACAT-----ACAT--------T-TAT----------------T--------------------------G-GTCAATTTGTGATGTCAAAAGTTAATT--T-----------TCAT--------------TG-GTT-G--AT--------------AT-TTTCA-AACAAGGGTCATGCG--G-AGATG-ACC--TCA-TAC-TGGAG----TTGTT----AGATCT------TG-T----------TA-------------------TT-T-A---CAAGTCT-A-A--TTTTAATTAGGTTtggatataacag
gi|7 : taaagTTGATCTGCTTACATAC-TAAAGC-TACACGAA-G-GATCTAAC-ACC----TCCCCATTACTCAGCTCATCT-CAGATTGAACTTTTCGTATTTCAAAACTG--ATCA---GAGATTGGCCT-GAAAAAAATTGGT-GTGATGATATTCTC-AAACGATTTAA-CATTATCTACAGGGGTATATAAA-------CGAGTACTTCCAAAT--GT---AGG-----AACC-ACAAG-AAAAAT-GGCGGCAG-TCA---CTTCCC-CCTTACCGTC----------CACGCC-AC-T-C-TG---GATCTA-T--AGTGTAAGCAGTT-------GA-----TA---TCA--ATTTATCAAAaatg
gi|8 : --ATTTACCAAAT--CCAGTCAATAA--ACT------------------------TTA---CAATCAAA-----GAGACTTTGTAAAA-TTTCCACCTGTTGAG--------------TTTAGCAAATCTGTA---ACCTTCTCAATG-GACGCAGC-CA-TTTTTA----------A----------------------AATTTT---TC-ATGT----AACA---------TACACTTTTCTCATTAGCCTGT--------------------------G-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TG-GTT-GATAT--------------ATATTTCA-AATGCATGTAGTGCA--A-AATTG-ACC--TCA-TAC-------------------AGATCT------TG-TATTG-AACCAAATCAT-AGAGGAGCTGG---TT-T-ACTTCAAATCT-A-A--TTTTAATTAGA
gi|9 : ggtaatgATGCAAT------------CCTTT---TGATCAAG-----GAGAC--TGCAAAATTTTCCAGCTGTTGGG---------------TTAGCGAATCTG-A---ACTTTCGCAATGAGGTGCCAC-CA-TTTTTA----------A----------A---TGCTGACCAAT--A---TC-ATAT----AACA---------TACAC----------------TTCTCATAGTGATCTGTGACGTCATCAG-GTTAAT--------------------T--T-----------TCAT--------------TGCGT-----AT--------------ATATTTAG-AACAAAGGTCATGCT--G--GATG-ACC--TTG-TTAGCGGAG----TTGTTTTAAAAATCT------TG-TATT--AAGTATAT-GC-AGACG---GGA---TC-TAA---GAAATTT-ATA--TTT