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blockSeqs : . . . . . . . . . G . . C . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . A . . G C . . . . C . . . . . . . G . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . G . . C . A . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . G . . A C . . . . . . . . . . . . T . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T T . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . G . . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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originalCons : GTCGAACCT-CGTT-ATC--T---CGAA-CTCGA-TGGG-A-C-CG-A--GA-AAAAAC-T-TC-GAGATA-TCCGT-GGA--TT--CGAGAT-ATC-G-A-G---GG---T--A-AAA-ATA--C-----TA--AG-A---AA--TA--GGTGGCTGG-GACCT-CCGA-A--TCA--GTTC-A-T-GA-C-A-T-AACCATG--GT-A-TTCG-AG----ATAT-CA-GTGTT-C-GAGATACCGA---AGTTC-AACTG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCAAATCACTTCGCCATTATGCAACCATGATAAGAGAGATACCAAAGTTCCACTGTATG
Unaligned ( gi|24 ): TTGATGACTCCCAGCCGAGTGTGACAGACATACAAAAAAT
Alignments
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lowQualScore : . . .. ... . . . . . .. .. . .. . .. . . .. .. . . . . ... ... .. . . .. ......... . ... .. .. . . . . .. ... ...... . . . . . .. . . . .... . . ... ... .
lowQualScore : 2 1 99 777 2 1 1 1 1 22 88 8 11 8 77 0 0 88 88 0 0 0 0 777 777 88 1 0 55 111111111 6 333 55 99 9 9 4 0 88 888 555555 1 1 1 1 7 99 1 1 0 2222 0 0 666 888 5
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Reference ( family-2897 ) : GTCGAACCT-CGTT-ATC--T---CGAA-CTCGA-TGGG-A-C-CG-A--GA-AAAAAC-T-TC-GAGATA-TCCGT-GGA--TT--CGAGAT-ATC-G-A-G---GG---T--A-AAA-ATA--C-----TA--AG-A---AA--TA--GGTGGCTGG-GACCT-CCGA-A--TCA--GTTC-A-T-GA-C-A-T-AACCATG--GT-A-TTCG-AG----ATAT-CA-GTGTT-C-GAGATACCGA---AGTTC-AACTG
gi|1 : GTCAAACCT-CCTT-ATC--T---CAAC-CTCGA-TGGG-A-C-TG-N--NA-AA---C-T-TC-AAGATA-TACGT-GGA--TT--TGAGAT-ATT-G-A-G---GG---T----AAA-TTA--CA----TA--AA-G---AA--TT--AGTGTTTGA-GACTT-CCAA-A--TCA--TTTC-----GA-A-A-T-AGCCATG--GG-G-TTTG-GG----ATAT-TG-GTGTT-T-GAGAT
gi|1 : acaAT-T-TC-GAAATA-GCCAT-GGGG-TT--TGGGAT-ATT-G-G-T---GT---T--T-GAG-AT--------------G-N---AT--TA--G-TGTTTGG-GACTT-CCAA-A--TCA--CTT----T-GA-A-A-T-AGCAATG--GG-G-TTTG-GG----ATAT-TG-GTGTT-T-GAGATACCAA---AGTTT-AACTGgnattagtgtttgggacttccaaatcactttgaaatagcaatggggtttgggatattggtgtttgagataccaaagtttaactgtatttataaactgtcacaca
gi|10 : acagtcaaacctccttatctcaacctcgatgggactgnnaaacttcaagatatacgtggatttgagatattgagggtaaattacataaagaattagtgtttgagacttccaaatcGTCGAACCT-AGTT-ATC--T---TGAA-CTCGA-TGGG-A-C-AG-A--GA-AAAAAC-T-TC-AAGATA-TCCGT-GGA--TT--CGAGAT-ATC-G-A-G---GG---T--A-AAA-ATA--C-----TT--AGAA---AA--TA--AGTGGCTGG-GACTT-CCGA-A--TCT--TTTC-A----A-C-A-T-GGCCATG--GC-A-TTTG-AA----ATAT-CA-GAGTT-T-GAGATACCTA---AGTTG-AACTGtatttataaactgtcacaca
gi|11 : aAACCT-CATT-ATC--T---CGAA-CTCGA-TGGG-A-C-CA-A--GA-AAAAAG-T-TT-GAGATA-TCCAT-AAA--TT--CCAGAT-ATC-A-A-G---GC---T--A-AAA-ATA--C-----TA--AA-A---AA--TA--GGTGGTTGG-GACCT-CCAA-A--TCA--GTTC-----GA-T-A-T-AACCATG--GT-A-TTCG-AA----ATAT-CA-GTGTT-C-AAGATATCGA---ATTTC-AACTGtg
gi|12 : aAACCT-CGTT-ATC--T---CAAA-CTCGA-TGGG-A-C-TG-A--GA-AAAAAC-T-TAAGAGAAA-TTCGT-GGA--TT--TGGAAT-ATC-A-A-G---GG---T--A-AAATAT---T-----TA--AA-A---AG--TA--GGTGGCTGG-GACTT-CTGA-A--TCA--CTTC-----GA-C-A-T-TACCATT--GT-A-TTCA-AG----ATAT-CA-GTGTT-T-GAGATACCGA---AGTTC-AACTGta
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gi|17 : --GG-AAAAAC-T-T---AGATA-TTTGA-GGG--TT--CAAGAT-AT--G-A-A---GGCTTT--A-AAA-GTC--CA----TA--AA-G---AG--AA--TGTAGCTGG-GACTT-TCt
gi|18 : cagtcaaactaacttgatgttgcttA-ATA--C-----TA--AG-AAACAA--TA--GG-GGTTGG-A---T-CCCA-A--TCA--GTTC-G---AA-C-A-T-AA-CATG--G----TTCGAAG----ATAT--A-ATGTT-ttg
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gi|2 : ggt-T-TC-GATATA-TCAGT-G----TT--GGAGAT-ACC-A-A-ATCAGT---T--A-AAC-ATAAGCATGG-TATTCG-A---TA--TATCGATG-TTGG-AGATA-CCAA-A--TCA--GTTA-A----A-C-A-T-AACCATG--GT-A-TTCA-GT----ATAT-CA-GTGTT-G-GAGATACTAA---AGTTC-AACTGataaccatggtattcagtatatcagtgttggagatactaaagttcaactgtaatgacattgttgcataatatacaacaaatt
gi|20 : ggtacctcgttatctcaaactcgatggaactaagaacaaaatttgagatataagtgaatttgatagccatggtaCA-AG----GTAT-CC-GTGTT-T-TTGATACCGA---AGTTC-AACTGtaatgacattgttgcataatatacaacaaatt
gi|21 : tgttccgtaataaTCGGACCT-CGTT-ATC--T---CGAA-CTCGA-TGGG-AGC-AA-A--GA-AAAAAC-T-TT-GAGAtatacatat
gi|22 : acaaAACCTTCATT-ATC--T---CAAA-CTTGA-TTGG-G-C-CA-A--GA-AAACAC-T-
gi|23 : agttGTCGAATCT-TGTT-ATT--T---CGAA-CTTGA-TGGG-A-C-CA-A--GA-A
gi|25 : acaAAC-T-TC-GAGATA-TCCGT-GGA--TT--CGATAT-ATT-G-A-n
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gi|6 : tgGTCAAACCT--GTT-ATC--T---CGAAGCTCAAGTGGG-A-C--G-A--GTTAAAAAC-T-TT-GAGATAGTCAAT-GGA--TT--TGAGAT-ACC-G-A-G---GC---TTAA-AAA-ATAAAT-----TA--AG-A---A---TA--GGTGGT--G-GACCT-TC-A-A--TCATTGCGC-A-T-GAGC-A-G-AA-------GT-G-CACG-AG----ATAGGTA-GTATTGC-AAGATACTGA---AGTTCAAACTGag
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCAAATCACTTCGCCATTATGCAACCATGATAAGAGAGATACCAAAGTTCCACTGTATG
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