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Reference ( gi|3 ) : CAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGTCAAAGTGTCCCTCGATTGGTCGTGCAACTGG-TTTG------CACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT---C------------TC-GTA-----ACAACCTTGCGATCAGTAGTGCGGCTACTT---ACGACCTATCCAGACTGGTTGCACGACTTTACTATTGATGATGTC-C-----ACC---A----CAGT-TCGC----AGTCTAG--AAATTCAAGAGTGG-----GGTAC-----TGGATTTTTGATAA-TTTTCTT---CTACGA-----------TG----------ATA--AG-G--CTAGAAAATA----T-A---------TTGATTCGAC---A-ACAGATACAACAGCAA--CTACT-ACTAGGT--GAAG-T-TGCTGCAGCTTTAA---TT-------C------GACGAC---ATCAG----GTCAACAA-------------A--GA------------T-CTTTG-TT-----CGC-CTCT-GG-ATTGAAAGTCAAGCATTT-TTC-AGCAACAA------------GA--CT----------GA--TG---------CTGACGC-T---G---GATTGC-AAAC---CCA---AT----------------CGAAAGACCACCTTACGACT-GC---------TAGG--------ATCG--ATC---TGTATCG--CGA----TT----ACCCATGG-TT--G---------AT-TT--GCGA-CCAATC------TTTT--CC-AGTCG-TAG--G-TGATCGCGCGACCAT------CTG-TACCACCGGTTGCACGACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
gi|2 : TGGGTCAAAGTGTCCCTCGATTGGTCGTGCAACTGG-TTTG------CACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT---C------------TC-GTA------CAACCTTGCGATC-GTAGTGCGGCTACTT---ACGACCTATCCAGACTGGTTGCACGACTT-ACTATTGATGATGTC-C-----ACC---A----TAGT-TCGC----AGTCTAG--AAATTCAAGAGT-G-----GGTAC-----TGGATTTTTGATAATTTTTCTT---CTACGA-----------TG----------ATA--AG-G--CTAGAAAATA----T-A---------TTGATTCGAC---A-ACAGATACAACAGCAA--CTACT-ACTAGGT--GAAGTT-TGCTGCAGCTTTAA---TT-------C------GACGAC---ATCAG----GTCAACAA-------------A--GA------------T-CTTTG-TT-----CGC-CTCT-GGAATTGAAAGTCAAGCATTT-TTC-AGCAACAA------------GA--CT----------GA--TG---------CTGACGC-T---G---GATTGCAAAAC---CCA---AT----------------CGAAAGACCACCTTACGACT-GC---------TAGG--------ATCG--ATC---TGTATCG--CGA----TT----ACCCATGGTTT--G---------AT-TT--GCGA-CCAATC------TTTT--CC-AGTCG-TAG--G-TGATCGCGCGACCAT------CTG-TACCACCGGTTGCACGACCA
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gi|1 : ccaatcatactggatcaGGGTCAAATGGTCGCTCAATTGGTCGTACAACCGA-ATT-----------TGACAACT-----TGCAACCTAACC------------TCAGTGGTTGCACGACCTTACTATTGGTGGTG
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gi|19 : tcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTG-TCGTGCAACTGGATTTGG-----CGCCTGTCGATTGGTGATGCCACCA---C------------T--GTT-----ACAACTTCACGATCAGTAGTGC
gi|17 : cttgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagactgtgggttaaATTGGTCTTGCTACTGGATCTGG-----CACCTGGCGATTGATGGTGCCCCCT---CGGGGTGCCCCTCTT-GTA------CAACCTCACGACCAGTAGa
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gi|14 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaTTACTTTTGGTGGTG----------CC---A----C-------C----AGTCCAG--AAATTCAAAAGTGG-----CAT-C-----TGTTGTTTTGATCA-TTTTCTTGCCCGACGT-----------TGCT--------GTA--TT-GCTCTAG-AGGTA----TGA---------GTGCT--GCC---A-ACA-ATACAAC--CAATTCTCCG-ACAA--C--GAAA-C------CAGCGTCAA---CT---------------AAGAA---AACAG------CGAC---------------A--GT------------T-CTTGG-TT-----CGT-ACCT-TG-ATCGAAAGTCGGACATTC-TTC-GGCAACAgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
gi|21 : tcTGCTATTGGTGGTG-C-C-----ACC---AGTC-CAGC-TTGC----AGTCTAG--AAA
gi|6 : tttcaaatcttagcaagttgttgcactactgatcgtgagcttgtacgagagattgcatcacgacagtttgagccatggtccGC----AATCTAG--AAATTCAAGAGTGGCTTTTGGATC-----CGGAGTTTTGATCA-ATTTCTT---TTACGA-----------CG----------cactgaactggcatctgtcg
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gi|6 : tcatgttgaaacctgcttgttgcagacagatatttcatggacgtaccacctattgtgcaggaccatgagtcaaattgtccctcaattggtcgtgcaattggattgggctggcacctgatgattggcggtgccacctctcgtacagcctcacgatcagtagtacgattacttttaaagacataactatactggttgcacgatcttactattggtggtgtcacctggatgtccagctcacagtctagaaatttaaaagtggcttctgaagttttgagcattttcttttacgacgctcgtatattgctactgcggtgG----------ACA--AG-A--CTAGAAATTA----T-G---------TTAATTAAAC---T-GCAGATGCAGCAGCAA--C-A---ACTGGGT--ACTG-T-TGCTGCAGCATTAAATCTC-------C------GACGACGAAATCAGC---GTAAACAA-------------A--GAAATCGACGACAGT-TTTTGGTT-----CGT-CCCT-AG-ATCGAAAGTCGGGCATTC-TTC-GGCAACAA------------GAG-CTA---------GA--TGAAAAGAAAACTGATGC-TTAAGCATGATTGC-CAAC---CTA---TT----------------CCAATG---ACTTCATGACT-GA---------TGCG--------ATCG--ATCG--TGTAAGG--CG-----TT----GC---TGG-TG--G---------CC-T----CGA-CTGATC------GTATGATC-GGTCG-C------TGATCG
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gi|11 : cttcagattgaaagtcgagcattcttcggcaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgaaggaccaccttacaactgctgttatagatcgtgcgagcagttgcaggtgtcctcgtctgatcggtcgctggtcgtcaccacttatagtGA----TT----ACCAGCGA-CT--G---------AT-CT--GCGA-TCGATT------TTCT--CC-AGTCG-TAG--T-TGATCGTGCGACCAT------
gi|5 : cggcaacaagagctgtaggataactgctgttgacgcacgattggaagcgtactagtaatcgaaagagcgccttgcgactgttatgatcgatcgagcaactcgtcgaagatggcctcgattgatcatatgatcggtcgctgatcgtcaccaattgtggtcaTC------TTTT--CC-AGTCG-TAA--G-TGATTGCGCGACCAT------GCG-TACCACCAGTTGTACGATCAgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Alignments
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gi|1 : GGGTCAAATGGTCGCTCAATTGGTCGTACAACCGAATT----TGACAACT
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gi|1 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctCACTCCAGA-ATCGAAAGGCAGACA-TTCTTCG-GCAACAACT----------G-----------------A------------CACAC----------G---A--TTGCAAACCTAATCAAACGACCAAGTCACGACTGC----T---GTG----GT----------------CGATCGTGCAAGTCGTCACCGCT-GG-----C------CACGA-GTG------ATCGTAACCACT---TCTG-G-----GACAAT------TATCTGCTCATGA-TTC---------AT-TTACG-----CGAGTC----------AAT-----CT-----------T--TT--CCGAGTCGCTAG--GCTGGTCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCAGTCATACGATCAttccgttttcggcgcactccagaatcgaaaggcagacattcttcggcaacaactgacacacgattgcaaacctaatcaaacgaccaagtcacgactgctgtggtcgatcgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
gi|10 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctgacaaggctagaaattatgttgcttcaactcagtacagatgcagcagcagtaacaactgagtgttccgttttcggcgAATTGTCCCTCGATTGGTTGTGCAACTGGATT----TGGCACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT------------CTCAT-ACAACCTCACGAACAGTAGTGCGACTATTT---ACGGCCCAACTAGACTGGTTGCACGACCTTACAATTAGTGATGT-C-----ACT---AAT--CAAGT-TC----GCAGTTTAGA--AATTCAAGAGTG------GCTACTTAT-TTACAGTTCTGATAA-TTTT-CTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
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gi|12 : cggcaacaagagctgtaggataactgctgttgacgcacgattggaagcgtactagtaatcgaaagagcgccttgcgactgttatgatcgatcgagcaactcgtcgaagatggcctcgattgatcatatgatcggtcgcTCGAAACACGGGCA-TTCTTTG-GCACCAA------------A-----------------A----------------T----------GTAAA--T-CT-------------CAAC---A-CATG-CTG--ACAC----------AT-----------------GAACGACCA---CTTCACGATT-GTTTGGCC------T-----GTG------ATGG-----ACC---ggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
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gi|15 : tcttacttttggtggtgccaccagtccagaaattcaaaagtggcatctgttgttttgatcattttcttgcccgacgttgctgtattgctctagaggtatgagtgctgccaacaatacaaccG-ATTGAAAGTCGAGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------N-----------------N------------N---N----------N---N--N-NN-------------NNNN---N-NNNNNNNNN-NNNN---NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNCCGAAGGACCA---CCTTACAACT-G------C------T-----GTT------ATAG-----ATC--------G-----TGCGA
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gi|16 : cttcagattgaaagtcgagcattcttcggcaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgaaggaccaccttacaactgctgttatagatcgtgcgagcagttgcaggtgtcctcgtctgatcggtcgctggtcgtcaccactACAA------------A----------------------------------T----------G---A--T-GC-------------CGAC---G-CACGATTGC-AAAC---CCA----A-------------------ATTGGCCA---CCTCACGACT-G------C------T-----GTG------ATCA-----AGCGT-TGCA-GGTAGCCTCGATGGATTGTATG----TTCGG-TTG---------CTGTT--GTGGCACGA-TCACCCACGACTGAT-----CTTGCGATTGATCT--TT--CCGAACCG-TAG--G-TGATTG---CGCTGGTACATGCGCACA-------AC
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gi|4 : tcatgttgaaacctgcttgttgcagacagatatttcatggacgtaccacctattgtgcaggacca-------------CTAGAAAT--CATG-TAGATTCGAC----TACA----AATACAGCAGTAACAACAATTAGATGCAG-TC-ATTGCAGCTTTAATTTTCCAACGACGACACCAGCTTCATCAAGAA-------------AACGACGGCAG-------T-TTTTGTTTCGTCCCTTG-A----------------TCTTCG-GCAACAA------------G-----------------AG-----------C---TA---------G---A--T-GC-------------TGAC---A-AACGATTGC-AAAT---GTA----AT----------------CGAACGAACA---CCTCACGAAT-G------CAAGCCGTCGCAGGTGGCCTTCATTG-----ATC----GTATG-----ATCGGT------CGC-------TGG-TCGTCACCACTCAT-CT--G-----CAA-CT----------GAT-----CT-----------T--TA--CC-TGTCG-TAG--G-TGATCG---AGC--AAACATGCATACC-------AC--GTCATACGATCActcgtatattgctactgcggtgtctacgctgctggcagcactagaaatcatgtagattcgactacaaatacagcagtaacaacaattagatgcagtcattgcagctttaattttccaacgacgacaccagcttcatcaagaaaacgacggcagtttttgtttcgtcccttgatcttcggcaacaagagctagatgctgacaaacgattgcaaatgtaatcgaacgaacacctcacgaatgcaagccgtcgcaggtggccttcattgatcgtatgatcggtcgctggtcgtcaccactcatctgcaactgatctttacctgtcgtaggtgatcgagcaaacatgcataccacgtcatacgatca
gi|5 : tcatgttgaaacctgcttgttgcagacagatatttcatggacgtaccacctattgtgcaggaccatgagtcaaattgtccctcaattggtcgtgcaattggattgggctggcacctgatgattggcggtgccacctctcgtacagcctcacgatcagtagtacgattacttttaaagacataactatactggttgcacgatcttactattggtggtgtcacctggatgtccagctcacagtctagaaatttaaaagtggcttctgaagttttgagcattttcttttacgacgctcgtatattgctactgcggtgtctacgctgctggcagcaCG--ATAAGA-------------CTAGA-----TATG-T-GATTCGAC----TGCATGCAGGTGCAGCAGCAACTGTTGCT---TGC----------CAGCTTTAATTCTCCGACGACGAAATCAG---CGTCAACAAGGAAAACGACAACA--GG-------------T-TATGG-GTCGTCCA-GA-ATCGAAAGTCGGGCATTTCTTCGAGTAACAA------------G-----------------AAG----------C---TAGATGACAACG---A--T-GC-------------TGAC---G-TACAATTGT-AAAT---CTG----AT------------------AATGA-CA---CCTCCCGAC-----------------------TG------ATCA-----AT----GGTG-G-----CAAG-----------C----CGTCG-CAG---------GT---------------------------GGT-----CT-----------TCATT--AA-AATCG-TA-----TGACCGGTTCGCT-GATCAT---CACC-------ACTTGTGGCACGATC
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gi|8 : ctcgtacgaactcacgatcatcagggccactctttacgacctaacctgactgtttatacaaccttacttttgatggtactaccagtccagcttgcactctggaaattcaggagttgtttctagaagtttaactattttcttctacgacactcgtatattgctacagcggtaaaaggtttgcaaacaaagctactagCT------------CTCGCA-CAACGTCACGATCAGTAAGCCCACTCTTT---ACA---TGACCAGACTGTTTGCACAACCTTACTTTTGATGGTG---------CT---A----C--GT-AC-----CAGTCCAGCTCGATTCAGGAGTG------G-----CTT-CTGGAGTTTTGATCA-TTAT-CTTCTACAACACTCACATATTGCTACGGCGGTATAAGGTTTGCAAACAACGCTAGAAAT--AACG-TTGATTCGAC----TACC----AATGCAGCAGCA-CTATT--TGAGTAGTA-TC-GTTGGAGCTTTATTTCTCCGACGACGAAATCAG---CGTCAACAA-------------A--GA-------------aaacgactacagctttgtgtgcaatcggcaacacgaacaagatgtgactgatgatgac
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gi|1 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctCACTCCAGAA-TCGAAAGGCAGACA-TTCTTCG-GCAACAA----------------------------------------------------------------CTGACACACGATTGCAA----A-CCTAATCAAACG----AC----------------CAAGTCACGACTGCTGTGGTCGATCGTGCAAGTCGTCACC-G------C------T-----GGCCACGAGTG------ATCGTAACCACT---TCTG-G-----GACAAT------TATCTGCTCATGATT-C---------AT-TTACG-----CGAGTC----------AAT-----CT-----------T--TT--CCGAGTCGCTAG--GCTGGTCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCAGTCATACGATCAttccgttttcggcgcactccagaatcgaaaggcagacattcttcggcaacaactgacacacgattgcaaacctaatcaaacgaccaagtcacgactgctgtggtcgatcgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
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gi|6 : tcttgtcattttctttcaacgacattcgtatattgcctatatggcggtacaaaatactgccgataagactagatatgtgattcgactgcatgcaggtgcagcagcaactgttgcttgccagctttaattctccgacgacgaaatcagcgtcaacaaggaaaacgacaacaggttatgggtcgtccagaatcgaaagtcgggcatttcttcgagtaacaagaagctagatgacaacgatgctgacgtacaattgtaaatctgataatgacacctcccgactgatcaatggtggcaagccgtcgcaggtggtcttcattaaaatcgtatgaccggttcgctgatcatcaccacttgtggca----GCAATCTAGA--AATTCAAGAGTGG-CTTTTGGAT-CCG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-A---TTT-CT---------T-------------------TTACG--AC-GTTCGTCTATTGCTATGGCAGTACAAGTGCTGCCGACAA------GACTAGAAA--TTATG-TTAATTAAAC----TGCA----GATGCAGCAGCA---ACAACTGGGTACTGTT-G-C--TGCAGCATTAAATCTCCGACGACGAAATCAG---CGTAAAC-----AAA----G---AAATCGACGACAGT---------TTTTGG-TTCGTCCCTAGA-TCGAAAGTCGGGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------GAGCTAGATGAAAAGAAAA------------CT----------G---A--TGCTTAAGCATGATTGCCA----A-CC--------TA----TT----------------CCA---ATG---ACT--------TCATG---------ACT-G------A------T-----G--------CG------ATCG-----ATCG--TGTA-A-----GGCG-T------TGC-------TGGTG-G---------CC-T---------CGA-CT----------GAT-----CG-----------T--ATGATC-GGTCG-C------TGATCG---annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaa
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gi|8 : ctcgtacgaactcacgatcatcagggccactctttacgacctaacctgactgtttatacaaccttacttttgatggtactaccagtccagcttgcactctggaaattcaggagttgtttctagaagtttaactattttcttctacgacactcgtatattgctacagcggtaaaaggtttgcaaCT------------CTCGCA-CAACGTCACGATCAGTAAGCCCACTCTTT---ACA---TGACCAGACTGTTTGCACAACCTTACTTTTGATGGTG---------CT---A----C--GT-AC-----CAGTCCAGCTCGATTCAGGAGTGG-CT------T-CTG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-T---TAT-CT---------TCTACAACACTCACATATTGCTACG--GC-GGTATAAGGTTTGCAA------ACAAC-GCT-------A------GA-----AA--TAACG-TTGATTCGAC----TACC----AATGCAGCAGCA-CTATT--TGAGTAGTATC-G-T--TGGAGCTTTATTTCTCCGACGACGAAATCAG---CGTCAAC-----AAA----G---A------------aaacgactacagctttgtgtgcaatcggcaacacgaacaagatgtgactgatgatgac
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Alignments
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Reference ( family-2867 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGTCAAATTGTCCCTCGATTGGTCGTGCAACTGGATT----TGGCACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT------------CTCGTAACAACCTCACGATCAGTAGTGCGACTACTT---ACGACCTAACCAGACTGGTTGCACGACCTTACTATTGGTGGTGTCC-----ACC---A----C-AGT-TC----GCAGTCTAGA--AATTCAAGAGTGG-CT------T-CTG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-T---TTT-CT---------T-------------------CTACG--AC-G---------------------ACAAG-GCT-------A------GA-----AA--TTATG-TCGATTCGAC----TACA----GATGCAGCAGCAACNACNACTGGGTGCNGTC-G-C--TGCAGCTTTAATTCTCCGACGACGAAATCAG---CGTCAAC-----AAA----G---A------------C---------TCTTTG-TTCGCCCCTGGA-TCGAAAGTCGGGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------G-----------------A------------CT----------G---A--TGCCGACGCACGATTGCAA----A-CC--------CG----AT----------------CGA---ACGACCACC--------TCACG---------ACT-G------C------T-----G--------TG------ATCG-----ATC---TGTA-G-----CGCGAT------TACC----CATGGTT-G---------AT-TT--G-----CGA-TC----------GAT-----CT-----------T--TT--CC-AGTCG-TAG--G-TGATCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCGGTCGCACGATCA
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gi|1 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaattt-G---------------------ACAAG-GCT-------A------GA-----AA--TTATG-TTGCTTCAACTCAGTACA----GATGCAGCAGCAGTAACAACTGAGTGacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctgacaaggctagaaattatgttgcttcaactcagtacagatgcagcagcagtaacaactgagtgttccgttttcggcgcactccagaatcgaaaggcagacattcttcggcaacaactgacacacgattgcaaacctaatcaaacgaccaagtcacgactgctgtggtcgatcgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
gi|1 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctCACTCCAGAA-TCGAAAGGCAGACA-TTCTTCG-GCAACAA----------------------------------------------------------------CTGACACACGATTGCAA----A-CCTAATCAAACG----AC----------------CAAGTCACGACTGCTGTGGTCGATCGTGCAAGTCGTCACC-G------C------T-----GGCCACGAGTG------ATCGTAACCACT---TCTG-G-----GACAAT------TATCTGCTCATGATT-C---------AT-TTACG-----CGAGTC----------AAT-----CT-----------T--TT--CCGAGTCGCTAG--GCTGGTCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCAGTCATACGATCAttccgttttcggcgcactccagaatcgaaaggcagacattcttcggcaacaactgacacacgattgcaaacctaatcaaacgaccaagtcacgactgctgtggtcgatcgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
gi|10 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctgacaaggctagaaattatgttgcttcaactcagtacagatgcagcagcagtaacaactgagtgttccgttttcggcgAATTGTCCCTCGATTGGTTGTGCAACTGGATT----TGGCACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT------------CTCAT-ACAACCTCACGAACAGTAGTGCGACTATTT---ACGGCCCAACTAGACTGGTTGCACGACCTTACAATTAGTGATGT-C-----ACT---AAT--CAAGT-TC----GCAGTTTAGA--AATTCAAGAGTGG-CTACTTA-T-TTA-------CAG-------TTCT--GA---TAA-T---TTT-CT---------T-------------------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
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gi|6 : tcttgtcattttctttcaacgacattcgtatattgcctatatggcggtacaaaatactgccgataagactagatatgtgattcgactgcatgcaggtgcagcagcaactgttgcttgccagctttaattctccgacgacgaaatcagcgtcaacaaggaaaacgacaacaggttatgggtcgtccagaatcgaaagtcgggcatttcttcgagtaacaagaagctagatgacaacgatgctgacgtacaattgtaaatctgataatgacacctcccgactgatcaatggtggcaagccgtcgcaggtggtcttcattaaaatcgtatgaccggttcgctgatcatcaccacttgtggca----GCAATCTAGA--AATTCAAGAGTGG-CTTTTGGAT-CCG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-A---TTT-CT---------T-------------------TTACG--AC-GTTCGTCTATTGCTATGGCAGTACAAGTGCTGCCGACAA------GACTAGAAA--TTATG-TTAATTAAAC----TGCA----GATGCAGCAGCA---ACAACTGGGTACTGTT-G-C--TGCAGCATTAAATCTCCGACGACGAAATCAG---CGTAAAC-----AAA----G---AAATCGACGACAGT---------TTTTGG-TTCGTCCCTAGA-TCGAAAGTCGGGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------GAGCTAGATGAAAAGAAAA------------CT----------G---A--TGCTTAAGCATGATTGCCA----A-CC--------TA----TT----------------CCA---ATG---ACT--------TCATG---------ACT-G------A------T-----G--------CG------ATCG-----ATCG--TGTA-A-----GGCG-T------TGC-------TGGTG-G---------CC-T---------CGA-CT----------GAT-----CG-----------T--ATGATC-GGTCG-C------TGATCG---annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaa
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consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGTCAAATTGTCCCTCGATTGGTCGTGCAACTGGATT----TGGCACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT------------CTCGTA-CAACCTCACGATCAGTAGTGCGACTACTT---ACGACCTAACCAGACTGGTTGCACGACCTTACTATTGGTGGTG-CCAC----C---A-G--TCCAGCTCGCAGTCTAGAAATTCAAGAGTGG-CT------T-CTG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-T---TTT-CT---------T-------------------CTACG--AC-G---------------------ACAAG-GCT-------A------GA-----AA--TTATG-TCGATTCGAC----TACA----GATGCAGCAGCAACNACNACTGGGTGCNGTC-GCTGCAGCTTTAATTCTCCGACGACGAAATCAGCGTCAACAAAG-AA----A----CG---A---CA----G---T-CTTT-G-TTCGCCCCTGGA-TCGAAAGTCGGGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------G-----------------A------------CT----------G---A--TGCCGACGCACGATTGCAAA-C---C----CA---AT----------------CGA-------ACGACCACC--------TCACG---------ACT-G------C------T-----G--------TG------ATCG-----ATC---TGTA-G-----CGCGAT------TACC----CATGGTT-G---------A-N-TT--G-----CG--A-TC----------GAT-----CTT-----------TT--CC-AGTCG-TAG--G-TGATCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCGGTCGCACGATCA
Reference ( family-2867 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGGTCAAATTGTCCCTCGATTGGTCGTGCAACTGGATT----TGGCACCTGACGATTGGTGGTGCCACCT------------CTCGTAACAACCTCACGATCAGTAGTGCGACTACTT---ACGACCTAACCAGACTGGTTGCACGACCTTACTATTGGTGGTG-CCAC----C---A-G--TCCAGTTCGCAGTCTAGAAATTCAAGAGTGG-CT------T-CTG-------GAG-------TTTT--GA---TCA-T---TTT-CT---------T-------------------CTACG--AC-G---------------------ACAAG-GCT-------A------GA-----AA--TTATG-TCGATTCGAC----TACA----GATGCAGCAGCAACNACNACTGGGTGCNGTC-GTTGCAGCTTTAATTCTCCGACGACGAAATCAGCGTCAACAAAG-AA----A----CG---A---CA----G---T-CTTT-G-TTCGCCCCTGGA-TCGAAAGTCGGGCA-TTCTTCG-GCAACAA------------G-----------------A------------CT----------G---A--TGCCGACGCACGATTGCAAA-C---C----CA---AT----------------CGA-------ACGACCACC--------TCACG---------ACT-G------C------T-----G--------TG------ATCG-----ATC---TGTA-G-----CGCGAT------TACC----CATGGTT-G---------A-N-TT--G-----CG--A-TC----------GAT-----CTT-----------TT--CC-AGTCG-TAG--G-TGATCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCGGTCGCACGATCA
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gi|1 : cgtgttcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtcaaatggtcgctcaattggtcgtacaaccgaatttgacaacttgcaacctaacctcagtggttgcacgaccttactattggtggtgtcaccagtctcgccagcagtcgataaatttagaagtggatttttggagttttgataattttcttctacgacacgtgtgtattgttatggtggtacaagtgctgctCACTCCAGAA-TCGAAAGGCAGACA-TTCTTCG-GCAACAA----------------------------------------------------------------CTGACACACGATTGCAAA-C---CTAATCA---AA----------------CGACCAAGTCACGACTGCTGTGGTCGATCGTGCAAGTCGTCACC-G------C------T-----GGCCACGAGTG------ATCGTAACCACT---TCTG-G-----GACAAT------TATCTGCTCATGATT-C---------A-T-TTACG-----CG--AGTC----------AAT-----CTT-----------TT--CCGAGTCGCTAG--GCTGGTCG---CGC--GACCATGCGTACC-------ACCAGTCATACGATCAttccgttttcggcgcactccagaatcgaaaggcagacattcttcggcaacaactgacacacgattgcaaacctaatcaaacgaccaagtcacgactgctgtggtcgatcgtgcaagtcgtcaccgctggccacgagtgatcgtaaccacttctgggacaattatctgctcatgattcatttacgcgagtcaatcttttccgagtcgctaggctggtcgcgcgaccatgcgtaccaccagtcatacgatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggt
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