lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111
lowQualScore : 1 1 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111 3333333333 1111 2222 1 111 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111111 111 222222 44444444444444 1111111111111111111111 11111 2222 11111111111 3333333333 111 3333333333333 222222222 222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 555 11 1 333 2 11 333333333333 1111111111111 2 1 2 1 2 1 11 1 11 22222
lowQualScore : 4 3 6 3 6 6 4 555 9999999999999999999999999999999999999999 77 8888888888 2222 7777 7 111 9 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 1 0 8888888 222 000000 33333333333333 6 3 99 3 3 7777 3 6 1 44 8888 5 1 6666666666666666666666 77777 2 66 4 2 8888 1 1 66666666666 555 1 66666666 1 11 2222222222 1 11 22 3 1 222 22222 1 2222 555555555 11 0 11 111 222222 4444 4444 0 0 3333 44444 2 0000000000000 2 2 11 11 11 000000000 33333 2222 77 1 1 33 1 4444 88888 222 1 1 444444444444444 4444 55 4444 2 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 4 555 33 6 0 666 6 0 1 6 22 3 2 2 555555555555 66 0000000000000 2 0 5 6 0 5 0 1 00 5 6 99 8 11 00000 9
lowQualScore : . . . . . . . ... ........................................ .. .......... .... .... . ... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .... . . ....... ... ...... .............. . . .. . . .... . . . .. .... . . ...................... ..... . .. . . .... . . ........... ... . ........ . .. .......... . .. .. . . ... ..... . .... ......... .. . .. ... ...... .... .... . . .... ..... . ............. . . .. .. .. ......... ..... .... .. . . .. . .... ..... ... . . ............... .... .. .... . .. ............................................................................................ . . . ... .. . . ... . . . . .. . . . ............ .. ............. . . . . . . . . .. . . .. . .. ..... .
lowQualScore : 7 0 7 3 2 7 3 000 3333333333333333333333333333333333333333 99 9999999999 1111 8888 0 777 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 3 7 5555555 777 888888 99999999999999 5 6 22 3 3 1111 3 7 2 33 6666 3 6 5555555555555555555555 77777 5 11 5 0 2222 9 9 22222222222 222 4 55555555 3 88 8888888888 1 55 66 1 0 777 66666 0 0000 000000000 22 9 22 999 555555 1111 5555 9 9 7777 66666 1 3333333333333 9 8 88 88 88 333333333 88888 6666 44 3 3 33 5 0000 00000 777 6 7 888888888888888 2222 55 7777 2 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 5 000 88 0 0 000 5 2 2 0 55 2 2 0 000000000000 55 0000000000000 5 0 0 0 0 5 0 5 00 0 0 22 0 00 00000 6
consensus : CATGCCAGCTTGAANC-CT-GA-ATATT-CCA-TGTCNAAAA-------TAC----TC----------------------TTTGTTTATTGTTC--ATA-AAT--TAATTAA----TTTTTA--TACTTATTATC---AC-TAAAGA--GAAAGATATTCA-AAT-ATCATAGA-TTGGTA-ATT-A-TGT----C-TGTAG--TATCACTCTGCAT----TATTGTTACGNAGACTT-G--AGAAAAT---AT-C-TCTA-A--TTCTCAGTCCGNACAG-TTTT----------GACGGA--CAA--GCA-TTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTTTCCCACCTATCA-------TGTC--GTATC--AATCAATTAA-TGT-------ATTG-GT-T-GT---T--------------GTGT-G-GGG----------TG--------G--GGGGAGAT-------------------GTGT----GGTTAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-------TA----TGCAT-G--TA-T-GT----GT-GT-GTATG-GA--GGCGTGCGTGT-G---T--G--T--GT-----TTGTGT-N---CAT-GA-ATGC-AG-T-T-GC-A-TAT-----C-T---GCACAC--------A-TG--TA-T--NTA---GCATG-C--A--T-G-C--NT-----GCA-T----GC------G--T--G-C--A--CGC------ATG----C----A-T-G----CAT-A---CGT-ACG-TC---T----CGT-G-C--GT--A--TGA----AT-NC--G--TGCAT----GCG--T-G-CGT--GTA-TGT-A--T--G--T---ACA-TGTG-TG-----T-GCG-----T----GT--GT-G--C-A--TGCGTGCGCGT---TATGTCTGTGTGCGTATGAATTCGTGCATGTGTGTGTGGGTATATATGTATGTACATGTGTGTGCATGTATGGTANNGNNTGNNNTAAGGAACAAATGAAAGAAAGACAATTTTTATTCATAATGTAATTTTAA-TC--ATATTTGGT-AACATGCTCTTGCTTCGCTGTTGTTTGATGGN-CAGCTTTTTTGTATTCCTTCC---CA-------TTTTAAGNNCTTTTTCGAAAAAAAAAATTCTGNCAAGTCAAAATCTTTTTACTTCCTCCTCCCATTNCTANGCTAGATGCTATTGGTA--A-TGAC--AA-----TCCGTTCCACCTATCAGTGGAT
Reference ( gi|3 ) : CATGCCAGCTTGGAAC-CT-GATATATT-CCAGTGTCCAAAA-------TGC----TT--------------------CATGTGTTTATTGTTC--ATA-AAT-TTAATTAA----TTTTTA--TACATATTATC---ACATAAAGACGGACAGATATTCA-AATAAGC-TAGA-TTGGTA-ATT-A-TGT----CGTGTA---TATCATTCTAC-T----TATTGTTACGCAGACTT-GTGAGAAGAT---AT-C-TCTA-A--TTCTCAGTTCGTAGAGATTTT----------GACGGAACCAATTGCA-TTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT---AATT--TTAA-TGT-------ATTG-GT-T-GT---C--------------GTGT-G-GGG----------TA--------G--AGGGGGA--------------------GTGT----GGTTAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-----T-TA----TACAT-G--TA-T-GT----GT-GT-GTATG-GA--GACGTGTGTGT-G---T--G--T--GT-----TTGTGT-T---CAT-GA-ATAC-AG-T-T-GC-A-TAT-----C-T---GTACAC--------A-TG--TA-T--TTAA--GCATG-C--A--T-G-C--TT-----GCA-T----GT------G--T--G-C--A--CAC------ATG----C----A-T-G----CAT-A---CGT-ATA-TC---TT---CGT-G-C--GT--A--TGA----AT-TC--G--TGCAT----GTG--T-G-TGT--GTA-TGT-A--T--A--T---ACA-TGTG-TG-----T-ACA-----T----GT--GT-A--C-A--TGCGTGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAATGAAAGAAAGACAATTTTTATTCATAGTGTAATTTT---TC--ATATTCGGT-AACATGCGTGTGCTTCGCTGTTGGTTGGTGGG-CAGCTTTTTTGTATTCTTCCC---CA-------TTTTAAGAGCTTTTTT-------------CTGGCA-GTCAAAATATCTTT-CTTTCTTCT-CCATTTCTATACTCGATGTCATTGGTA--A-TGAC--AA-----TCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|2 : CATGCCAGCTTGAACC-TT-GA-ATATT-CCA-TGTC-AAAA-------CTC----TC----------------------TTTGTTTATTGTTC--ATA-AAT-ATAA---A----TTTT-A--TACTTATTATC---AC-TAAAGA---AAAGCTATTCACAATCA---TAGA-TATGTA-ATT-A-TGT----C-TGTAA--TATC-CTCTGCAT----TAGTGTTACGCAGACTT-G--AGAA------AT-C-TCTA-A--CTCTCAGTCCAGACAG-TTTT----------GATGA---CAA--GCA-T--AATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCACCTATCA--------GT---GGGTC--AATC----AA-TTT-------CTTG--T-T-GT--------------------------------------TA--------C--AG-----------------------------------TTGTGTCTGTG----T-GTGTA-GGG----GCGGGGA-------------------G--TG-T-GT----GT-GT--TAGG-GA--GGGGGGTGGGT-G---G--G--TAGGT-----GTGTGA-T---TGT-G------------T-GT-G-TGT-----C-T---GTA--------------------------A--GTATC-C--A--T-G-C-----------A-T----GT------G--T--G-T--A--TGT------ATG----G----A-G-G----CAT------GT----------------GT-G-T--GT--C--TG---------------TGTTT----GTG--T-G-CAT--GAA-TGC-AGTT--G--C---AGA-TCTG-TA-----T-GTA-----T----GT--AT-T--T-A--AGCATG--------TATGTCTGTGTGCGTATGAATTCGTGCATGTGTGTGTGGGTATATATGTATGTACATGTGTGTGCATGTATGGTATGGTATGGTATAAGGAGCAAATGAAAGAAAGACAATTTTTATTCATAATGTAATTTTAA-TC--ATATTTGGT-AACATGCTCTTGCTTCGCTGTTGTTTGATGGG-CAACTTTTTTGTATTCCTTCC---CA-------TTTTAAGGGTTTTTTTGAAAAAAAAAATTCTGGCA-GTCAAAATCTTTTTACTTTC-TCT-CCATTACTATGCTAAATGTTATTGGTA--
gi|17 : gcaCATGCCAGCTTGAACC-TT-GA-ATATTACCA-TGTCAAAAATATCTTTTGC----TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTGTTC--ATA-AATATTAATGAA----TTtttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|7 : ATGCCAGCTTG-AAC-CTCGA-ATATT-CCA-TG--CAAAA-------TAC----TC----------------------TTTGTTTATTGTTC--ATA------TA--TAA----TTTTT---TACTTATTATC---AC-TAAAGA--GAAAGAT-TT----AT---C-TG---TTGGTATATTTA-TGT----TCTGTAGTTTATC-CTCTGCAT----TATTAGTACGGAGACTT-G--AGAAAAT------C-TCTA-AGGTTCTC------CAG---CTTT----------GA--GA--CA---GCA-TTT----TTG--TTCGGTA--TGA--C--A-T-CTGCTTCT-ATCTATTT-------TATCAGGTA----AATCAATTAA-TTT--------CTG-GT-T-GT---TATAACTGTGTTTGTGTGT-GTGGG----------TG--------G--GGGTAGAT-------------------GTGT----GATTATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TGTA--------------TGCAT-G--CA-T-GT----GT-GTAGTATG-GA--GGCA---ATGT-A---T--G--T--AT-----CTGTGT-G---CTT-GA-GCAT-A--T-T-GC-A-TAT-----C-T---GAATAC--------A-TG--TA-T--TTAA--GCATG-T--G--T-G-CA-TT-----GCA--------------G--T--G-C--A-----------ATG----CA---A-T-G----CATGG---TGT-ATG-TC---T-----GTAG-C--GT--A--TGA----AT-TC--A--TTCAT----GTGT-T-G-TAT---TA-TGTCC--T--G--T---ACA-T-TG-TG-----T-GCATCTTTT----GT--GT-A--C-A--TGTGTGTGcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|9 : TGCCAGCTTGAACC-TT-GA-ATATT-CCA-TGTCAAAAA-------TATCTTGTT--------------------TAT-TGTTCAT-GTTC--ATA-AAT----ATTGA----TTTT-A--TACTTATTATCGCTACATA------GAAAGTTATTCA-AA--ATCACAGA-TTTGAA-ATT-ACTGTATTTC-TGTAG--TATC-TTCTGC-AA---TAGTGTTACGCAGACTT-G--AGAA------AT-C-TCTA-A--TTTTCAGTCCAGACAG-TTTT----------GACGA---CAA--GCA-T--AGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCATCTATCA--------GT---GAATC--AATTAATTACTTGTGGTTACAATTGTGTCT-GTGTAT--------------GTGT-G-GGGGTGTTTGT--TG--------GGAAGGGAGA--------------------GTGT----GGGTAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAA-----G-TA----TACAT-GCATA-T-GT----GT-AT-GTATG-GA--GGCTTGTGTGT-GTCCT--G--T--GT-----TTGTG--G---CAT-GA-ATGC-AG-T-T-GC-A-TAT-----C-T---GTATAC--------T-TG--TA-T--TGAA--GTAcatgtttgtacatgcgatgcatacatgcatgcat
gi|8 : TGCCAGCTTG-AAC-CTCGA-ATATT-CCA-TG--CAAAA-------TAC----TC----------------------TTTGTTTATTGTTC--ATA------TA--TAA----TTTTT---TACTTATTATC---AC-TAAAGA--GAAAGAT-TT----AT---C-TG---TTGGTATATTTA-TGT----TCTGTAGTTTATC-CTCTGCAT----TATTAGTACGGAGACTT-G--AGAAAAT------C-TCTA-AGGTTCTC------CAG---CTTT----------GA--GA--CA---GCA-TTT----TTG--TTCGGTA--TGA--C--A-T-CTGCTTCT-ATCTATTT-------TATCAGGTA----AATCAATTAA-TTT--------CTG-GT-T-GT---TATAACTGTGTTTGTGTGT-GTGGG----------TG--------G--GGGTAGAT-------------------GTGT----GATTATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TGTA--------------TGCAT-G--CA-T-GT----GT-GTAGTATG-GA--GGCA---ATGT-A---T--G--T--AT-----CTGTGT-G---CTT-GA-GCAT-A--T-T-GC-A-TAT-----C-T---GAATAC--------A-TG--TA-T--TTAA--GCATG-T--G--T-G-CA-TT-----GCA--------------G--T--G-C--A-----------ATG----CA---A-T-G----CATGG---TGT-ATG-TC---T-----GTAG-C--GT--A--TGA----AT-TC--A--TTCAT----GTGT-T-G-TAT---TA-TGTCC--T--G--T---ACA-T-TG-TG-----T-GCATCTTTT----GT--GT-A--C-A--TGTGTGTGggg
gi|5 : AGCCTTGAACGCT-TAAATAT--CCGATGTCTACAA-------TAT----AT--------------------C-TTTGTTTATTTTTCCCATAGAAT----ATTAA----TTT--A--TACTTATT-CC---GTATAAAGTAAGATA-AGATTCA-AA--ACCATAGA-TTG-TA-ATT-G-TAT----T-TGTA---TCT-ACTCT-C-TGCAATATTGT-ACGGA-ACTT-G------AAT----T-C-TCTATA--TTC-CAAT-CGTCCAGTTTTTCCCCCCCTTGGACGGA--CAAC--------ATTTTTGGTTT-GGTAAATGAATT--GATGCTATTGC-----TATCA-------GGTC--ATATTGTAATT--CT---TGTTAA----ATTG----T-GT---T--------------G-GT-G-GGG----------TG--------G-----------------------------GTGG----GGGTAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAAAGGTCT-TAAGCATGCAT-G--TA-TGGT----GTAAT-GT-TG-GA--G-CATGTG-GT-----T--G--T--GT-----CTGTAT-TTTGCAT-GA-ATGCTAG-T-TGGC-A-TAT-----C-T---GAATATCA------A-TG--TATT--TTAA--G---G-C--A--T------TT------CA-T----GT------G--T--G----G--CAT-------TG----CG---A-T-G----CTT-G---TGTGAT--TC---TG---TAT-GCC--AT--A--TGA----AG-TC--A--TGCAT----GCG--catgtttgtacatgcgatgcatacatgcatgcat
gi|13 : TTGTTT--ATT-AGT-TTCATTGAAATATTTTTAAATACTTATTATC---ACTAAAAGGCAG-CAGATATTCA-A--AATCATAGATTTGGTA-AAT-A-T-T----CTTG-A---T-TTATCCTGC-C----Tggctatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgtacatgcatgcatgt
gi|1 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaaaaataaatcT----CGTGCA---TTACAATCTG--T----TATT----TGCAGACATAGT-AGAAGAACAAAT-CATCAA-A--TTCTCAGTCCGAAGACAGTTT----------GACCGA-CTAGC--CA-T--ATTTTTG----TGGTAAATGA--CCTAAT-CGATT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTAC---AATC--T--G-TGT-------TTTG-ATGT-GT---A--------------GTGTTG-GGG----------GG--------G--GGGGGGATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGTTAGGTGTGTG--ATT-GTGTT-GTGATGCCCTGTAA-----TGTA----TGCATGG--CATT-GT----GC-TT-GTATGTGATGGACG-GCATGTAG---T--G--TCAGT-----TTGTGTGC---CATAGA-ATGC-AG-TCT-GCAA-TATCATTAC-T---ATGCATTATAATCAA-TG--TA-TAATTAA--GCATGCC--A--TCG-C--TT-----GCACT----GT------G--T--GCC--A--CAC------CAG----C----ATT-G----CAC-ATACCGTCATGCTC---TT---TGT-G-CCGAT--A--TGA----AT-TCCAGC-TGCATAACAGTGA-T-GCTAT--GTG-TGC----T--G--T---ACATTGTG-CA-----T-GCT-----T----AT--GC-A--C-C--TGCATGgcat
gi|11 : tgtatcgtcctgtatttcatatccTGAGAA-AT---TTAC-TCTA-AT-TTCTCAGTCCAGACAG-TCTT----------GACGA---CAA--GCATTTTATTGTAG-----GATAA-TGA--C---AT-CTGGTTgcaatggaatggagcatggatggactggatcgtataaagaacaaatctgaactaagaacatggtatcaattttttattcataattgtaataataatttatattcattaatttctgcggactaacctcgtactgcttcttgctttcgctctattgctgccctatttgtcagcttttttttaatatccatcccaatctatctacagtggcgtttttttcaaaaaaaaactaaaaattattcatctgagcagtcaagaatctctttcctcatcctcttccatttccgtatgtctagcaactgtgttaattggaggcaattatcaagatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|10 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgttTGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCGCCTATCA--------GT---GGATC--AATT----AA-TGT-------ATTGTGT-TTGT---T---------------TGT-G-GGGAGGAGGAGTGTATGTGTTGTG--AGGGGGT--------------------TTGT----GGGTAGGTGTGTG--A-TTGTGTGTGTG----CCTGTAA-----G-TA----TGCAT-G--T----GT----GT-AT-TTATG-GA--GGCATGCGTGT-G---TCTG--T--GT-----TTGTGT-G---CAT-GA-TTGC-AA-T-T-GC-A-TAT-----C-T---GTATAC--------A-TG--TA-T--TTAA--GCACG-C--A--T-G-C--TT-----GCA-T----GT------G--T--G-C--A--CAT------ATT----G----A-T-G----CGT-A---TGT-ATG-T----------GT-G-C--GT--A--TGA----AT-TT--T--TGCA------TG--T-A-TGT--GTA-TGT-A--T--G--T---ACA-TGTG-TG--------CA-----T----GC--GT-G--C-G--TGCATGC
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTG------T-GA----TTC-T-G--TA-T-GC--------C-ATATG-AA--GTCATGCATGC-G---G--GC-T--AT-----TTCTNN-N---NNN-NN-NNNN-NN-N-N-NN-N-NNN-----N-N---NNNNNN--------N-NN--NN-N--NNNATGATATG-C--A--T-G-T--TTTGATAGGA-TTTTGGT------G--T--A-C--A--TGC------ATG----C----A-T-G----TAT-G---TG--ATG-TG---AT---GGT-GAT--GT--A--TAT----ATGCC--A--TGCAT----GTA--T-G-CATT-GTAGTGT-A--TG-A--T----TA-TGTGATG-----T-A-A-----G----GTTGGT-A--TTA--TGTACGCACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAATTGTGTTA-TGAACA--TCGAAAAAAGACCATTTTTATTCATA-TGTAATTTTA--TCGTATATTTGGTTAACATGCTCTTG-TTCGCTGTTG-TTGATGGGGCAGGTTTTT-GTATCCTTCCCATTTAGGTTTTTTTTTAAACTCTTTTTC-------------TTGTCAAGTCAAAATCTTTTT-CTTCCTCCTCCCATTCTTAAGCTAGATGCTATTAGTATTA-TATC--AAGTCACTCCATTCC-----TCAATGAATatgtgtacatgcatgcatgcatgtatgtatgtat
gi|14 : TG-GTG------TGTAT-----G-TA----TGTGT-G--TA-T-GT----GT-GT-GT--------GGTGTATGTGT-----T--G--T--GCGAGGGTTGCGT-TG--CGT-GC-GTGC-G----T-G--A-GA------------GCATGC--------A-TG--TA-T--TT----GCA-G-C--AG-T-G-C--T--------A-T----GT------A--T--G-T--A--TGT------ATG----T----A-T-GT---CAG-A---TGT-ATagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|19 : A----TGCAT-GCGTA-T-GTCTTTGT-GC-GTATG-AA--TCCGTGCATGT-G---T--GTAT--GT-----GTGTGT-A---CAT-GT-GTGC-A----T-GC-A-----------T---GCATGC--------A-TG--GA-T--cattggatgtgacattacaaaacctacag
gi|16 : gcacacatgcCAT-T--CA-T-GT----GT-GT-GTCTG-------CGTGCGTGC-G---T--G--T--G-------CACAT-A---CAT-G---TAC-A----T-GC-A-----------T---GTGC-C--------AGTG--TG-T--ATGT--GCATG-C--A--A-G-----T-----GTA-T----GT------G--T--G-C--ATTTAC------ATG----T----A-T-A----TGG-A---CAA-ATA-AC---TT---ggatggagatggatggatggatgtat
gi|10 : gcgtaatgacttcct--TA-T-GT----GC-AC-ACATG-CA--AGCATGCGTGC-T---T--AAAT--AC-----ATGTAT-A---CA--GATATGC-AA-T-T-GC-A--AT-----CAT---GCACAC--------A-AA--CA-C--AGAC--ACACG-C--A--T-G-C--CT-----CCA-T----AA------A--T--A-C--A--CAC------ATG----C----A-T-A----CTT-A---Caggatctacagcttgga
gi|19 : tggtaatgacaatctgttccgcctatcagtggatcaattaatgtattgtgtttgtttgtggggaggaggagtgtatgtgttgtgagggggtttgtgggtaggtgtgtgattgtgtgtgtgcctATGCATGCGT-A---T--G--T--CT-----TTGTGC-G---TAT-GA-AT-----------------------C-C---GTGCAT--------G-TG--T-----------GTATG-T--G--T-G-T--GT-----ACA-T----GT------G--T--G-C--A--TGC------ATG----C----A-T-G----CAT-ttgatgcgtatgtatgtgtgcgtatgaatttttgcatgtatgtgtatgtatgtacatgtgtgcatgcgtgcgtgcatgcatgtgtacatgcatgcatgcatgtatgtatgtat
gi|19 : gcacacatgcT-C---CAT-GC-ATGC-A----T-GC-A-T-------------GCACAC--------A-TG--TA-----------CACA-C--A-----------------CA-----------------T--A-C--A--CAC------ATG----C----A-C-GGATTCAT-A---CGC-ACA-AA---GA---CAT-A-C--GC--A--TG---------C--A--TGCAT----GTG--T-G-ggatggatggagatggatggatggatgtat
gi|7 : g---CAT-GT-ATTC-AGATAT-GC-AATATG----C-TCAAGCACAC--------A-GA--TA-----------CATA-C--A--TTG-C--CT-----CCA-T----AC---------T--A-C--A--CAC------ATG----C----A-T-G----CAT-A---CAT-Atggatggagatggatggatggatgtat
gi|8 : atgccagcttgaacctcgaatattccatgcaaaatactctttgtttattgttcatatataattttttacttattatcactaaagagaaagatttatctgttggtatatttatgttctgtagtttatcctctgcattattagtacggagacttgagaaaatctctaaggttctccagctttgagacagcatttttgttcggtatgacatctgcttctatctattttatcaggtaaatcaattaatttctggttgttataactgtgtttgtgtgtgtgggtgggggtagatgtgtgattatgtgtgtgctgtagg---CAT-GT-ATTC-AGATAT-GC-AATATG----C-TCAAGCACAC--------A-GA--TA-----------CATA-C--A--TTG-C--CT-----CCA-T----AC---------T--A-C--A--CAC------ATG----C----A-T-G----CAT-A---CAT-Atatttaagcatgtgtgcattgcagtgcaatgcaatgcatggtgtatgtctgtagcgtatgaattcattcatgtgttgtattatgtcctgtacattgtgtgcatcttttgtgtacatgtgtgtgcatgtttgtacatgcgatgcatacatgcatgcat
gi|31 : tgccagcttgaacctcgaatattccatgcaaaatactctttgtttattgttcatatataattttttacttattatcactaaagagaaagatttatctgttggtatatttatgttctgtagtttatcctctgcattattagtacggagacttgagaaaatctctaaggttctccagctttgagacagcatttttgttcggtatgacatctgcttctatctattttatcaggtaaatcaattaatttctggttgttataactgtgtttgtgtgtgtgggtgggggtagatgtgtgattatgtgtgtgctgtaggA-ATAC-AT-G-T-AC-A-TAT-------------ATAC--------A-TG--CA-T--GTAC--ACATG-C--A--T-G-C--tatttaagcatgtgtgcattgcagtgcaatgcaatgcatggtgtatgtctgtagcgtatgaattcattcatgtgttgtattatgtcctgtacattgtgtgcatcttttgtgtacatgtgtgtgcatgtttgtacatgcgatgcatacatgcatgcat
gi|28 : A-ATAC-AG--------A-TAC-----T-T---GTATGT--------A-TGCGTA-C--GCAC--GCATG-C--A--C-G-T--GT-----TCA-T----GC------A--C--G-C--A--CAC------ACG----a
gi|10 : -ATAC-A----T-AC-A-TAC-----A-T---GCATGC--------A-TG--CA-T--GTAC--ACATG-C--A--T-G-C--AC-----GCA-C----GC------A--T--G-C--A--CAC------ATGTA--C----A-T-A----CAT-A---CAC-ATA-----------CAT-G-C------A--AAA----AT-TC--A--TACGC----ACA--C-A-TAC--ATA-CGC-A--T--C--A---ATA-TGTG-CA-----C-ACA-----T----GC--AA-G--C-A--TGCGTGCa
gi|2 : tggtaatgacaatctgttccgcctatcagtggatcaattaatgtattgtgtttgtttgtggggaggaggagtgtatgtgttgtgagggggtttgtgggtaggtgtgtgattgtgtgtgtgcctgtaagtatgcatgtgtgtatttatggaggcatgcgtgtgtctgtgtttgtgtgcatgattgcaattgcatatctgtatacatgtatttaaTGC-AA-C-T-GC-A-T-T-----CAT---GCACAC--------A-AA--CA-C--AGAC--ACACA-C--A--T-G-C--CT-----CCA-T----AC------A--T--A-C--A--CAC------ATG----C----A-T-G----GAT-A---CTT-ACA-
gi|30 : gcacatgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaactctctttgtttattgttcataaatataaattttatacttattatcactaaagaaaagctattcacaatcatagatatgtaattatgtctgtaatatcctctgcattagtgttacgcagacttgagaaatctctaactctcagtccagacagttttgatgacaagcataattttgtatggtaatgacaatctgttccacctatcagtgggtcaatcaatttcttgttgttacagttgtgtctgtgtgtgtaggggcggggagtgtgtgtgttagggaggggggtgggtgggtaggtgtgtgattgtgtgtgtgtc-T-AC-A-TAC-----A-T---ACACAC--------A-TA--CA-T--GCAT--GCATG-C--A--T-G-C--GT-----GCA-T----gatctgtatgtatgtatttaagcatgtatgtctgtgtgcgtatgaattcgtgcatgtgtgtgtgggtatatatgtatgtacatgtgtgtgcatgtatggtatggtatggtataaggagcaaatgaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaatcatatttggtaacatgctcttgcttcgctgttgtttgatgggcaacttttttgtattccttcccattttaagggtttttttgaaaaaaaaaattctggcagtcaaaatctttttactttctctccattactatgctaaatgttattggtatttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|16 : -TAT-----T-T---GTCCAT--------A-TA--CA-T--GTAAATGCACA-C--A--T-A-CACTT-----GCA-T----GC------ACAT--A-C--A--CACTGGCACATG----C----A-T-G----TAC-A---TGT-ATG-T
gi|25 : gcgtaatgacttcctcattcatgtgtgtgtctgcgtgcgtgcgtgtgc-T---GTAC-C----------TG--TA-T--ATAA--ACACA-C--ACGT-G-C--GC-----GCA-C----GC------A--TACG-C--A--CAC------ATT----CACAAA-T-G----CAT-A---Cacttaggatctacagcttgga
gi|26 : a-T---GCACAC--------A-CG--TA-C--GAAC--ACACA-C--A--C-G-C--AC-----GCA-G----GTAGGCACG--C--G-T--A--CAC------ATG----C----A-T-G----CAtgtaccatgctcatg
gi|30 : atttac-T---GCACGC--------A-TG--CA-T--------GCATG-C--A----------T-----GTA-T----GT------G--T--G-T--A--TGT------ATG----T----A-tg
gi|28 : a-T---GTGTGC--------G-TG--CA-T--GAAC--ACGTG-C--A--T-G-C--GT-----GC-------GT------A--C--G-C--A--TAC------ATA----C----A-A-G----TAT-C---TGT-AT
gi|19 : cg---GCACAC--------A-TG--CA-T--------GCATG-CGTA--T-GTC--TT---------T----GT------G--C--G-T--A--TGA------ATC----C----G-T-G----CAT-G---TGT-GTA-T----------GT-G-T--GT--G--TAC----AT-GT--G--TGCAT----GCA--T-G-CAT--GCA-TGG-A--T--ta
gi|30 : TACAC--------A-CA--TA-----------CATG-C--A--T-G-C--AT-----GCA-T----GC------G--T--G-C--A--ggatggagatggatggatggatgtat
gi|31 : aATAC--------A-TG--TA-----------CATA-T--A--T-A-C--AT-----GCA-T----GT-----------------A--CAC------ATG----C----A-T-G----Ctgtatgta
gi|19 : C--------A-TC--CA-T--CCAT--GCATG-C--A--T-G-C--AT-----GCA-C----AC------A--T--G-T--A--CAC------ACA----C----A-T-A----CAC-A---CAT-GCA--CGGATT---CAT-A-C--GC--A--CAAAGACAT-AC--GCATGCAT----GCA--T-G-TGT--Gta
gi|16 : gC--------A-TG--TG-T--GT----GTCTG-C--G--T-G-C--GT-----GC-------GT------G--T--G-C------AC------ATA----C----A-T-G----TAC-A---TGC-ATG-TG---CC---AGT-G-T--GT--A--TG------T-GC--A--TGCAA----GTG--T-A-TGT--G---TGC-A--T--T--T---ACA-TGTA-TA-----T-gagatggatggatggatgtat
gi|26 : gcgtaatgacttcctcattA-T--TTACT-GCATG-C--A--T-G-----T-----GTA-C----GC------G--T--G-C--C--TAC------CTG----C----G-T-G----CGT------GT-GTG-TG---TT---CGT-A-C--GT--G--T-------------G--TGCAT----Gggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|23 : --GCGTG-C--G--T-G-C---------GCG-T----GT------G--T--G-T--G--TAT------GTG----T----G-T-GT---CAC-AG--TGT-GTA-AC---NTTTGCGT-G-C--GC--A---GC----GT-GC--G--TGCGT----GCGCGT-G-TGT--GTA-TGT-G--T--
gi|30 : gcgt--GCATG-C--A--T-G-C--AT-----GCA-T----GT------A--T--G-T--G--TGT------ATG----T----A-T-G----TA
gi|31 : atgcac--GCATG-C--A--T-G-T--GT-----ACA-T----GC------A--T--G-T--A--TAT------ATGTA--C----A-T-G----TAT-
gi|9 : CACA-C--A--A-G-C--CT-----CCA-T----AC------A--T--A-C--A--CAT------ATG----C----A-T-G----TAT-A---CTT-ACA-ta
gi|30 : tgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaaatatcttgtttattgttcatgttcataaatattgattttatacttattatcgctacatagaaagttattcaaaatcacagatttgaaattactgtatttctgtagtatcttctgcaatagtgttacgcagacttgagaaatctctaattttcagtccagacagttttgacgacaagcatagttttgtttggtaatgacaatctgttccatctatcagtgaatcaattaattacttgtggttacaattgtgtctgtgtatgtgtgggggtgtttgttgggaagggagagtgtgggtagatgtaagatcgtgtgtgtgtcTA-C--A--T-A-C--AT-----ACA-C----AC------A--T--A-C--A--TGC------ATG----C----A-T-G----CAT-G---CGT-GCA-Ttgtcctgtgtttgtggcatgaatgcagttgcatatctgtatacttgtattgaagtaggg
gi|28 : -C--G--T-G-T--GT-----GCG-T----GC------A--T--G-A--A--CAC------GTG----C----A-T-G----CGT-G---CGT-A
gi|28 : --A--T-A-C--TT-----GTA-T----GT------A--T--G-CGTA--CGC------ACG----C----A-T-G----C---A---CGT-G--------TT---CAT-G-C--cgcatacatacaagtatctgtatta
gi|23 : cgtgtgtgcgt-G-C--GT-----GCG-T----GC------G--T--G-C--G--CGT------GTG----T----G-T-G----TAT-G---TGT-GTG-TC---AC---AGT-G-T--GT--A---------AC-NT--T--TGCGT----GCG--CAG-CGT--GCG-TGC-G--T--G--C---GCG-TGTG-TG-----T---A-----T----GT--GT-ctgtatta
gi|31 : -G-C--AT-----GCA-T----GT------G--T-----------AC------ATG----C----A-T-G----TAT-A---TAT-GTA-
gi|30 : T-----GCA-C----GC------A--T--G-C--A--TGC------ATG----C----A-T-G----TAT-G---TGT-GTA-Tcatgtatta
gi|15 : aCA-T----AC------A--T--G-C--A--CAC------ATGCGTAC----G-T-G----CAT-A---CGT-gtatgta
gi|24 : CG-T----GT------G--T--G-T--A--TGC------GTG----C----A-T-G----CGT-G---CTT-TTG-TG---TG---CTT-G-T--GT--G--TG------T-CT--G--TGCAT----GTGCCT-G-TGT--GTG-TGT-G--C--G--T---GCG-TGTG-CG-----T-aggaacaaaggaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaattcatatatggtgacatgctcttctttcgctattgtttgatggttagcttttgtgtattccttcccattttaaga
gi|28 : CG-T----GT------G--T--G-C--G------------TG----C----A-T-G----AAC-A---CGT-GCA-TG--------CGT-G-C--GT--A--CGC----AT-AC--A--TACAA----GTA--T-C-TGT--ATct
gi|4 : --T--G-C--A--TAC------ATG----C----A-TGG----CAT-A---TAT-ACA-TC---AC---CAT---C--AC--A--TCAC---AT-AC--A--TGCAT----GCA--T-G-Tta
gi|30 : gtgtggcattgcgatgcttgtgtgattctgtatgccatatgaagtcatgcatgcgggctatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgt--T--G-C--A--CGC------ATG----C----A-T-G----CAT-G---CAT-GTA-T----------GT-G-T--GT--A--TGT----AT-ttgtagtgtatgattatgtgatgtaaggttggtattatgtacgcacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaattgtgttatgaacatcgaaaaaagaccatttttattcatatgtaattttatcgtatatttggttaacatgctcttgttcgctgttgttgatggggcaggtttttgtatccttcccatttaggtttttttttaaactctttttcttgtcaagtcaaaatctttttcttcctcctcccattcttaagctagatgctattagtattatatcaagtcactccattcctcaatgaatagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|19 : a--G-C--A--CAC------ATG----C----A-T-G----CAT-G---CGT-ATG-TC---TT---TGT-G-C--GT--A--TGA----AT-CC--G--TGCAT----GTG--T-G-TAT--G---TGT-G--T--G--T---ACA-TGTG-TG--------CA-----T----GC--AT-G--C-A--TGCATGgta
gi|29 : C------GTG----C----A-T-G----CAT-G---TGT-ATG-TC---TC---TGT-G-C--GT--A--TGA----AT-TC--G--TGCAT----Ggatggatggagatggatggatggatgtat
gi|24 : aagC------GTG----T----G-T-G----TAT-G---CGT-GCA-TG--------CGT-G-C--TT--T--TG---------T--G--TGCTT----GTG--T-G-TGT--CTG-TGC-A--T--G--T---GCC-TGTG-TG---------------T----GT--GT-G--C-G--TGCGTGTG
gi|26 : C------ATG----C----A-T-G----TGT-A---CG----------------CGT-G-C--CT--ACCTG---------C--G--TGCGT----GTG--T-G-TGTTCGTA-CGT-G--T--G--T---GCA-TGcgtct
gi|25 : atttactgG----T----A-T-G----CAT-T---TGT-GAA-TG---T-----GT-G-C--GT--A--TGC----GT-GC--G--CGCAC----GTG--T-G-TGT--TTA-TAT-A--C--AGGT---ACA-TGT
gi|23 : a---CGT-G-C--GT--G-------------C--G--TGCGC----GTG--T-G-TGT--GTA-TGT-G--T--G--TGTCACA--GTG-TG-----TAACN-----TTTGCGT--GC-G--C-A---GCGTGCGaccatgctcatg
gi|14 : gGT-G-T--GT--A--TGT----AT-GT--G--TGTAT----GTG--T-G-TGT--G-G-TGT-A--T--G--T---GT--TGTG-CGAGGGTT-GCGT----T----GC--GT-G--C-G--TGCGTGtgcgtgcgcgtgtgtgtatgtgt
gi|28 : tgGT-G-C--GTGCA--TGA----AC-AC--G--TGCAT----GCG--T-G-CGT--ACG-CAT-A--C--A--T---ACA-AGTA-Tagagcatgcatgtatttgcagcagtgctatgtatgtatgtatgtatgtcagatgtatcattggatgtgacattacaaaacctacag
gi|30 : cgtgt-C--GC--A--TGC----AT-GC--A--TGCAT----GTA--T-G-TGT--GTA-TGT-A--T--G--T---Actgtatta
gi|25 : atgca--GT--A--TGC----AT-TT--G--TGAAT----GTG--T-G-CGT--ATG-CGT-G--C--G--C---GCA-CGTG-TG-----T-GTT-----T----AT--AT-A--C-A--
gi|27 : aT--A--TGACAT-AT-TCA-G--TGCAT----ATG--T-G-TGT--GTA-TAC-A--T--A--T---GCA-GGTG-TA-----A-GTG-----T----GG--GT-A--C-A--TGCggtacatgtaccatgctcatg
gi|9 : a-TC--G--TG--T----GTG--T-G-TCT--GTA-AGT-A--TACA--T---GCA-TATG-TG-----T-ATG-----T----AT--GG-AGGC-T--TGTGTGTG
gi|23 : tgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaaatatcttgtttattgttcatgttcataaatattgattttatacttattatcgctacatagaaagttattcaaaatcacagatttgaaattactgtatttctgtagtatcttctgcaatagtgttacgcagacttgagaaatctctaattttcagtccagacagttttgacgacaagcatagttttgtttggtaatgacaatctgttccatctatcagtgaatcaattaattacttgtggttacaattgtgtctgtgtatgtgtgggggtgtttgttgggaagggagagtgtgggtagatgtaagaC--G--TGCGT----GCG--T-G-CGC--GTG-TGT-G--T--G--T---ATG-TGTG-TG-----TCACAG----T----GT--GTAA--C-NTTTGCGTGCGtcctgtgtttgtggcatgaatgcagttgcatatctgtatacttgtattgaagtaggg
gi|26 : gC--A--TGCAT----GTG--T-A-CGC--GTG-CCT-A--C--C--T---GCG-TGCG-TG-----T-GTG-----T----GTTCGT-A--C-G--TGTGTGCcagcgtgcgtgcgtgcgcgtgtgtgtatgtgt
gi|31 : atttactgC--A--TGCAT----GTG--T-A-CAT--GCA-TGT-A--T--A--T---A--------TG-----T-ACA-----T----GT--AT-atg
gi|31 : gT--GTA-CAT-A--T--A--T---ACA-TGCA-TG-----T-ACA-----C----AT--G-----C-A--TGCta
gi|25 : --T--A--T---GCA-TTTG-TG-----A-ATG-----T----GT--GC-G--T-A--TGCGTGCGtgtatta
gi|18 : agAGGAACAAATGAAAGAAAGACAATTTTTATTCATAATGTAATTTTAT-TC--ATATTTGGT-AACATGTTCTTGCTTCGCTTTTGTTTGATTGT-CAGCTTTTTTGTATTCCTTCC---CA-------TTTTAAcgcacgtgtgtgtttatatacaggtacatgtaccatgctcatg
gi|15 : AGGAACAAAGGAAAGAAAGACAATTTTTATTCATAATGTAATTTTAATTC--ATATATGGT-GACATGCTCTTCTTTCGCTATTGTTTGATGGT-TAGCTTTTGTGTATTCCTTCC---CA-------TTTTAAGA
gi|9 : acgtatgcacgtacgcatgtgtgcatgtatgTTGGTA--A-TGAC--AA-----TCTGTTCCATCTATCAGTGAAT
gi|2 : tgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaaatatcttgtttattgttcatgttcataaatattgattttatacttattatcgctacatagaaagttattcaaaatcacagatttgaaattactgtatttctgtagtatcttctgcaatagtgttacgcagacttgagaaatctctaattttcagtccagacagttttgacgacaagcatagttttgtTGGTA--A-TGAC--AA-----TCTGTTCCACCTATCAGTGGGTcaattaattacttgtggttacaattgtgtctgtgtatgtgtgggggtgtttgttgggaagggagagtgtgggtagatgtaagatcgtgtgtgtgtctgtaagtatacatgcatatgtgtatgtatggaggcttgtgtgtgtcctgtgtttgtggcatgaatgcagttgcatatctgtatacttgtattgaagtaggg
gi|10 : gcacatgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaactctctttgtttattgttcataaatataaattttatacttattatcactaaagaaaagctattcacaatcatagatatgtaattatgtctgtaatatcctctgcattagtgttacgcagacttgagaaatctctaactctcagtccagacagttttgatgacaagcataattttgtaTGGTA--A-TGAC--AA-----TCTGTTCCGCCTATCAGTGGATcaatcaatttcttgttgttacagttgtgtctgtgtgtgtaggggcggggagtgtgtgtgttagggaggggggtgggtgggtaggtgtgtgattgtgtgtgtgtctgtaagtatccatgcatgtgtgtatgtatggaggcatgtgtgtgtctgtgtttgtgtgcatgaatgcagttgcagatctgtatgtatgtatttaagcatgtatgtctgtgtgcgtatgaattcgtgcatgtgtgtgtgggtatatatgtatgtacatgtgtgtgcatgtatggtatggtatggtataaggagcaaatgaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaatcatatttggtaacatgctcttgcttcgctgttgtttgatgggcaacttttttgtattccttcccattttaagggtttttttgaaaaaaaaaattctggcagtcaaaatctttttactttctctccattactatgctaaatgttattggtatttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|1 : TGGTA--AATGACCTAA-----TCGATTCCACCTATCAATcaattaatgtattgtgtttgtttgtggggaggaggagtgtatgtgttgtgagggggtttgtgggtaggtgtgtgattgtgtgtgtgcctgtaagtatgcatgtgtgtatttatggaggcatgcgtgtgtctgtgtttgtgtgcatgattgcaattgcatatctgtatacatgtatttaagcacgcatgcttgcatgtgtgcacatattgatgcgtatgtatgtgtgcgtatgaatttttgcatgtatgtgtatgtatgtacatgtgtgcatgcgtgcgtgcatgcatgtgtacatgcatgcatgcatgtatgtatgtat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 222222 33333333333 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333333 1111 11111 3333 11 111111 22222222222 11 3333333 111 33 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 111 11111 333333333333 1111111 11 11111 11 1111111 222222222222 333333333333 11111 111111111 1111111 1 222222222222222222 111111111111 1111 33333333333 44444444444444 11 22222222222222222222 11111111 444444444444444 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 111 22222222222222 9999999999999999999999999999999999 2 1 2 222 11 1 11
lowQualScore : 66 66 2 888 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 000000 66 66 66 77777777777 0 11111 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5555 8 4 7777777777777 5 2222 77 1 99999 0000 5 5 33 5 3 666666 5 33333333333 66 66 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 222 55555 000000000000 55 9999999 55 4 8 4 8888 2 22 4 44444 4 55 777 777 1 4 4 8 4 11 4 4 4 4444444 6 222222222222 444444444444 5 5555 22222 888888888 5555555 3 3 0 333333333333333333 5 5 33 33 1 66 111111111111 2 4 2 88 22 1111 33 2 22222222222 2 66 0 88888888888888 00 33333333333333333333 1 55 33333333 1 66 4 1 888 444444444444444 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 1 6 99 5 4444 6 1 222 3 55555555555555 4444444444444444444444444444444444 1 1 0 7 2 000 1 33 1 0 0 88 4 3 3
lowQualScore : .. .. . ... . ... . . . ........ ... ...... .. ... ...... .. .. .. ........... . ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . .... . . ............. . .... .. . ..... .... . . .. . . ...... . ........... .. .. . .. ....... .. .. . . .. ... . .. ............................................................................................................................................ ....... ... ..... ............ .. ....... .. . . . .... . .. . ..... . .. ... ... . . . . . .. . . . ....... . ............ ............ . .... ..... ......... ....... . . . .................. . . .. .. . .. ............ . . . .. .. .... .. . ........... . .. . .............. .. .................... . .. ........ . .. . . ... ............... .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . . . .. . .... . . ... . .............. .................................. . . . . . ... . .. . . . .. . . .
lowQualScore : 99 00 0 888 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 666666 11 11 11 00000000000 4 44444 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 6666 9 4 8888888888888 7 1111 99 0 44444 2222 0 0 88 0 2 111111 0 88888888888 44 99 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 44 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 777 11111 666666666666 55 9999999 55 0 0 0 5555 5 66 8 77777 0 55 000 000 0 0 4 8 4 00 4 4 4 4444444 7 333333333333 555555555555 0 1111 55555 666666666 4444444 6 6 9 111111111111111111 7 3 77 77 8 22 444444444444 4 7 4 44 11 2222 77 7 99999999999 9 88 7 33333333333333 00 33333333333333333333 5 00 00000000 9 11 1 5 888 888888888888888 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 0 7 22 7 2222 7 0 555 5 44444444444444 2222222222222222222222222222222222 0 5 0 8 5 222 0 88 0 0 7 33 0 0 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAAC-CTT---GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG----T-C-TGTA----G-T--ATC-CTC-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAAA--ATC-TCTA-A--TT-CTCAGTCCGGA--CAG-TTTT-----------GACGGA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTTT-CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-TGT-------ATTGTG-T-TG------------T---TGTGT-G---GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTT---GTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNA-------TAC--ATGTATT--T--A-GCATGC-AT-GCGT-----GCA-T----GT-GTGC---AC--GCA-T-GC-ATGCAT-G-TGT-ATG-TC-T-C-GT-G-C--GT--ATGAATNC-GTGCATGCGTGC------------GT-G-TA-TGT-ATGTACATGTG----TG--T-GC--G--------TGTGT-GCG--TGCGTGCG---CG--ATGTNTGT--GTGCGT--A-TGC---ATNC---GTGCATGTATGTG--TGG--GTACGTATGTA--TGTACGTGTGTGTGC---ATGTATGGTANTGTATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TGGC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAGATGTTATTGGTA--ATGNCAANCCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAAN-CCT---GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG----T-C-TGTA----G-T--ATCACTC-TGCATTAT----TGTTAC--GNAGACTTG-----AGAAAATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTCCGNA--CAG-TTTT-----------GACGGA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTTTCCCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-TGT-------ATTG-G-T-TG------------T---TGTGT-G---GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTT---GTG---TNC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGCA-------CAC--ATGTATN--T--A-GCATGC-AT-GCNT-----GCA-T----GC-GTGC---AC--GCA-T-GC-ATGCAT-A-CGT-ACG-TC-T-C-GT-G-C--GT--ATGAATNC-GTGCATGCGTGC------------GT-G-TA-TGT-ATGTACATGTG----TG--T-GC--G--------TGTGT-GCA--TGCGTGCG---CGTTATGTCTGT--GTGCGT--A-TGA---ATTC---GTGCATGTGTGTG--TGG--GTATATATGTA--TGTACATGTGTGTGC---ATGTATGGTANNGNNTGNNNTAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGNN----CTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TGNCAAGTCAA-AATCTTTTTACTTCCTCCTC--CCATTNC--TANG-CTAGATGCTATTGGTA--ATGACAATCCGTTCCACCTATCAGTGGAT
gi|1 : -C-TGTATTTCA-T--ATC-CTCGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAATCATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCGA--CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGATT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC---TG--TGT-------TTTG-A-TGTG------------T---AGTGTTG---GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGT-------TAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAA------TGTATGCAT--GGCATT--GTGCTTGT-AT-GTGA----TGGA--CG-GCATGTAG---TG-TCAGTTT---GTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCA---ATGTATAATT--AAGCATGCCATCGCTT-----GCACT----GT-GTGCCACACCAGCA-TTGC-A--CAT-ACCGTCATGCTC-T-TTGT-G-CCGAT--ATGAATTC----CA-GC-TGC------------AT-A------------ACA-GTG-----A--T-GCT-A--------TGTGT-GC-------TGTA---CATTGTGC------ATGCTT--A-TGC---A--C---CTGCATG-------------GCA-------A--TGGA-ATG---GAGC---ATGGATGG-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGCAGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAATTAA-TGT-------ATTGTGTT-TG------------T---T-TGT-G---GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------GGTTTGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAAG-----T--ATGCAT--G--------TG--TGT-AT-TT-A----TGGAGGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTT---GTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTA-------TAC--ATGTATT--TA-A-GCACGC-AT-GCTT-----GCA-T----GT-GTGC---AC--ATA-T-TG-ATGCGT-A-TGT-ATG-T------GT-G-C--GT--ATGAATTT-TTGCAT--GTAT------------GT-G-TA-TGT-ATGTACATGTG----TGCAT-GC--G--------TGCGT-GCA--TGCA----------------TGT--GTAC----A-TGC---ATGC---ATGCATGTATGTA--TGcaactgtgttaattggaggcaattatcaagatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAAT-CCTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCAC---TG--TT----T--A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGT---T-C-TGTA------T--ATtat
gi|11 : TTG-----AGAAATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCAGA--CAG-TCTT-----------GAC-GA--CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTGGTTaggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT------TAGTTTC--ATTGA-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T-----T-C-T
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-G-TA-TGT-GTGTATGTGTG----TG--T-G---G--------TGTAT-GTGT-TGTGCGAG---GGTTGCGT-TGC--GTGCGTGCG-TGA---GAGC---ATGCATGTATTTG--CAGCAGTGC-TATGTA--TGTATGTATGTATGTCAGATGTATtgatttatcctgcctgcat
gi|15 : tgTATGCA--CGTACGCATGTGTGC---ATGTATG---------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCTTT-CGCT--ATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGcattggatgtgacattacaaaacctacag
gi|16 : acgGCGT--AATGA---CTTCCTCATTCATGTGTGTGTCTGC--GTGCGTGCGTG--TGCACATACATGTAC---ATGCATGa
gi|16 : -T-C-AT-G-T--GT--GTGTCTGC-GTGCGTGCGTGT------------GC-A-CA-TAC-ATGTACATGCA----TG--T-GCCAG--------TGTGT-ATG--TGCATGCA---AG---TGTATGT--GTGC------------ATT-----TACATGTATATG--tgccagtgtgtatgtgcatgcaagtgtatgtgtgcatttacatgtatatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|17 : gcgtaatgacttcctcatCATGCCAGCTT--GAAC-CTT---GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA--------N--NNN--NN--N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Agacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGCTT-CGCT--TTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC---AC--ACA-T-GC-ATGCAT-G-CGT-ATG-TC-T-TTGT-G-C--GT--ATGAATCC-GTGCATGTGTGT------------AT-G----TGT-GTGTACA--TG----TG--T-GC--A--------TGCAT-GCA--TGCATG
gi|19 : ACAC-ATGCATGCATGC------------GT-A-TG-TCT-TTGTGCGTATGAATCCG--T-GC--A--------TGTGT-GTA--TGTGTG----------TGTACAT--GTGTGC--A-TGC---ATGC---ATGCATGGATGGA--TGG--AGATGGATGGA--TGgatggatggagatggatggatggatgtat
gi|2 : gcCATGCCAGCTT--GAAC-CTT---GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG----T-C-TGTA----A-T--ATC-CTC-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAAA---TC-TCTA-A--CT-CTCAGTCCAGA--CAG-TTTT-----------GATG-A--CAA--GC-AT--AATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCACCTATCA--------GTG--G-GTCAATCA----------------ATTT-C-T-TG------------T---TGT-----------------------------------TAC-----------------------AGT-------TGTGTCTGTG----T-GTGTA-GGG----GCGGGGA-----------------G----T--GTG--TGT-GT--T-A----GGGAGGGG-G-GTGG-G---TG-G--GTAG---GTG---TG---T-GATTGT-G----T-GTG-TGTC-------TGTA------------A-GTATC--------CATGC-AT-GTGT-----GTA-T----GT-ATGG---AG--GCA-T-GT-GTGTGT-C-TGT---G-TT-T---GT-G-T--GC--ATGAATGCAGT---TGCAGAT------------CT-G-TA-TGT-ATGTA-----------------------------TTTAA-GCA--TG------------TATGTCTGT--GTGCGT--A-TGA---ATTC---GTGCATGTGTGTG--TGG--GTATATATGTA--TGTACATGTGTGTGC---ATGTATGGTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TGGC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAAATGTTATTGGTA--gatgtat
gi|23 : gcaC-GTGCGTGCGTGC------------GC-G-TG-TGT-GTGTATGTGTG----TG--TCACA-G--------TGTGTAACNTTTGCGTGCG---CA----GCGTGC--GTGCGT--G-CG-------C---GTGTGTGTATGTG--Ttttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : g-C-GT-G-T--GT--GT--ATGC-GTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-G-TG-TGT-CTGTGCATGTGCC--TG--T-GT--G--------TGTGT-GCG--TGCGTGTG---CGT
gi|25 : AG------T--ATGCATTTG----TGAATG--TGT-GC-GT-A----TGCGTGCGCGCACGT-G---TG-T--GTTT---ATA---TAC-Act
gi|26 : -T-GC-ATGCAT-G-TGT-ACG------C-GT-G-C--CT--A-----------CCTGCGTGC------------GT-G-TG-TGT---------GTT----CG--T-AC--G--------TGTGT-GCA--TGggtacatgtaccatgctcatg
gi|27 : atttacT--A-TGACATATTCA--GTGCATATGTGTG--TGT--ATACATATGCAGGTGTAAGTGTGGGTAC---ATG
gi|28 : a-GT-G-C--GTGCATGAACAC-GTGCATGCGTGC------------GT-A-CG-CAT-ACATACAAGTA----TC--T-Gc
gi|29 : cgtgt--GCG-T-GC-ATGCAT-G-TGT-ATG-TC-T-CTGT-G-C--GT--ATGAATTC-GTGCATGtatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGAA-CCT---GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG----T-CGTGTA------T--ATCATTC-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAAGATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCGTA--GAGATTTT-----------GACGGAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT--TTAA-TGT-------ATTG-G-T-TG------------T---CGTGT-G---GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------TT-ATACAT--G----T--ATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTT---GTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTA-------CAC--ATGTATT--TA-A-GCATGC-AT-GCTT-----GCA-T----GT-GTGC---AC--ACA-T-GC-ATGCAT-A-CGT-ATA-TCTT-C-GT-G-C--GT--ATGAATTC-GTGCATGTGTGT------------GT-G-TA-TGT-ATATACATGTG----TG--T-AC--A--------TGTGT-ACA--TGCGTGCGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN--N-NNN---NNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGCTT-CGCT--GTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGTA-T-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TGGC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCGATGTCATTGGTA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : -C--GC--ATGCATGC-ATGCATGTATGT------------GT-G-TA-TGT-ATGTA
gi|31 : atgcaATGC-ATGTGTACATGC------------AT-G-TA-TAT-ATGTACATGTA----T
gi|4 : gcGTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTGT------G--ATTC-T--G----T--ATG--C----C-AT-A----TGAAGTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTNNNN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNN-------NNN--NNNNNNA--T--G-ATATGC-AT-GTTTTGATAGGA-TTTTGGT-GTAC---AT--GCA-T-GC-ATGTAT-G-TG--ATG-TGAT-G-GT-GAT--GT--ATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTG-TAGTGT-ATGATTATGTGA---TG--T-AA--GGTTGGTATTATGT-ACG--CACGTNNN---NNNNNNNNNNNN--NNNNNN--N-NNN---NNNN---NNNNNNNNNNNNN--NNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG-TT-CGCT--GTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGTA---TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTGTCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAGATGCTATTAGTATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATta
gi|5 : CTT--GAACGCTT---AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT------TT--TTCCCAT--AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA----T-T-TGTA----TCT--A-CTCTC-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A----AT-TC-TCTATA--TT-C-CAATC-GTC--CAG-TTTTTCCCCCCCTTGGACGGA--CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTATTGC-----TATCA-------GGTC--ATATTG--TAATTCT-TGTTAA----ATTGTG-T-TG------------G---TGGGG-T---GGG--------TGGG--GG---------------------------------------------TAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAAAGGTCTT--AAGCAT--G----C--ATG--TATGGT-GT-AATGTTGGA-GCATGTG-GT-----TG-T--GTCT---GTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAA-------TATCAATGTATT--TTAA-G---GC-AT----T-----TCA-T----GT-GTG--------GCATT-GCGATGCTT-G-TGT-GAT-TC-TGT-AT-GCC--AT--ATGAAGTC-ATGCATGCGGGC------------agtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAAC-CTC---GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG----TTC-TGTA----G-TTTATC-CTC-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAAA--ATC-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT-CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTT--------CTG-G-T-TGTTATAACTGTGTT---TGTGT-GTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-GTAGT-A----TGGAGGCA---ATGT-A---TG-T--ATCT---GTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAA-------TAC--ATGTATT--T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCATT----GCAGTGC---A-----A-T-GCAATGCATGG-TGT-ATG-TC-T---GTAG-C--GT--ATGAATTC-ATTCATGTGT-T------------GT-ATTA-TGTCCTGTACAT-TG----TG--T-GC--ATCTTT---TGTGT-ACA--TGTGTGTG---C---ATGTTTGTACATGCG---A-TGC---ATAC---ATGCATGtatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgtacatgcatgcatgt
gi|8 : TGCCAGCTT--GAAC-CTC---GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT------TG--TTC--AT--A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG----TTC-TGTA----G-TTTATC-CTC-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAAA--ATC-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT-CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTT--------CTG-G-T-TGTTATAACTGTGTT---TGTGT-GTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-GTAGT-A----TGGAGGCA---ATGT-A---TG-T--ATCT---GTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAA-------TAC--ATGTATT--T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCATT----GCAGTGC---A-----A-T-GCAATGCATGG-TGT-ATG-TC-T---GTAG-C--GT--ATGAATTC-ATTCATGTGT-T------------GT-ATTA-TGTCCTGTACAT-TG----TG--T-GC--ATCTTT---TGTGT-ACA--TGTGTGTG---C---ATGTTTGTACATGCG---A-TGC---ATAC---ATGCATGcat
gi|9 : TGCCAGCTT--GAAC-CTT---GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC---T---TGTTTATTGTTCATG--TTC--AT--A-AAT-----ATTGA-TTTTA--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTGTATTT-C-TGTA----G-T--ATC-TTC-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA---ATC-TCTA-A--TT-TTCAGTCCAGA--CAG-TTTT-----------GAC-GA--CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTGTT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAATTACTTGTGGTTACAATTGTG-TCTG------------TGTATGTGT-G---GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------GGG-------TAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAAG-----T--ATACAT--GCA--T--ATG--TGT-AT-GT-A----TGGAGGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTT---GTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTA-------TAC--TTGTATcat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 11 11 11111 22222222222 11 3333333 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 1111111 111 11111 333333333333 11111 1111 11111 11 1111111 11111111 333333333333 11111 11111 333333 33333333333 3333333333333333 111111 11111111 22222222222 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 33
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 0 66 3 33 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 66 66 6 66 3333333 66 77 1 8 666 8 4 5 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666 3333333 222 55555 444444444444 77777 66 4 99 4 9999 1 6666 77777 4 66 777 55 4 8 4 11 4 4 4 4444444 1 44444444 66 444444444444 5 4 5 11111 4 00000 4 99 7 3 8 2 5 555 99 2 444444 6 6 44 2 77 0 0 3 6 3 99999 99 3 3 33333333333 3 44 3 2222222222222222 77 2 222222 22222222 33 0 00000000000 66 4 2 888 2222222222 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 11 11 11 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... . .. . .. . . .. . . ..... . ........... .. .. . .. ....... .. .. . . ... . . . .. ......................................................................................................................... ....... ....... ... ..... ............ ..... .. . .. . .... . .... ..... . .. ... .. . . . .. . . . ....... . ........ .. ............ . . . ..... . ..... . .. . . . . . ... .. . ...... . . .. . .. . . . . . ..... .. . . ........... . .. . ................ .. . ...... ........ .. . ........... .. . . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . .. .. .. . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 1 99 6 88 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 44 99 5 99 1111111 99 99 9 9 111 2 6 0 99 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222 3333333 777 11111 888888888888 00000 11 4 00 4 4444 1 4444 44444 4 11 888 00 4 8 4 00 4 4 4 4444444 0 00000000 11 444444444444 0 4 7 11111 4 66666 0 44 3 3 6 9 7 000 66 9 555555 2 2 22 1 44 7 3 1 2 1 88888 55 3 1 00000000000 1 22 8 3333333333333333 33 7 999999 22222222 44 2 66666666666 11 1 6 888 5555555555 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 77 77 77 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GACGGA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGAC--AATCTGNTTCC-AC--CTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-T-----GTTG-TA-AATTGTG-T-TGT----TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------T--ATGCATG----TATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---T--A-GCATGC-AT-GCGT-----GCA-T----GTGTGC-A-CGC-A-TGC-AT-GCAT-GT---GT--ATG-TC-T---GT-G-C--GTATGAATTC-GTGCATGCGTGCGT-G-TA-TGT-AT--GTACATGTG-TGT-GC--G--------TGTGT-GCG--TGCGTG--CG-----CGATGTNTGC--G-TGC--GT--ATGCAT----GC-GTGCA--TGTATGTGTGG--G--TACGTATGTA--TGTACGTGTGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGGTAT-ATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GACGGA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGAC--AATCTGTTTCC-AC--CTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-T-----GT-------ATTGTG-T-TGT----TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------T--ATGCATG----TATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---T--A-GCATGC-AT-GCGT-----GCA-T----GTGTGC-A-CGC-A-TGC-AT-GCAT-GT---GT--ATG-TC-T-C-GT-G-C--GTATGAATNC-GTGCATGCGTGCGT-G-TA-TGT-AT--GTACATGTG-TGT-GC--G--------TGTGT-GCG--TGCGTG--CG-----CGATGTNTGT--G-TGC--GT--ATGCAT----NC-GTGCA--TGTATGTGTGG--G--TACGTATGTA--TGTACGTGTGTGTGC---ATGTATG--GTANTGTATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGGTA--ATGNCAANCCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCGA--CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGACCTAATC-GATTCC-AC--CTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC-------T-----GT-------GTTTTG-A-TGTGTAGTGT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGT-------TAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAA------TGTATGCATGGCATTGTGCTTGT-AT-GTGA----TGGA--CG-GCATGTAG---TG-TCAGTTTGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTATAAT---T--AAGCATGCCATCGCTT-----GCACT----GTGTGCCA-CAC-C-AGC-ATTGCAC-ATACCGTC-ATGCTC-T-TTGT-G-CCGATATGAATTC----CA-GC-TGCAT-A--------------ACA-GTG--AT-GC-------------TAT-GTG--TGC-TG--TA-----C-AT-TGTGC--A-TGC--TT--ATGCA------C-CTGCA--TG-----------------GCA---A--TGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGAC--AATCTGTT-CC-GC--CTATCA--------GTG--G-----ATCAATTAA-T-----GT-------ATTGTGTT-TGT----T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------GGTTTGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAAG-----T--ATGCATG------TG--TGT-AT-TT-A----TGGAGGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTAT--T---TA-A-GCACGC-AT-GCTT-----GCA-T----GTGTGC-A-CAT-A-TTG-AT-GCGT-AT---GT--ATG-T------GT-G-C--GTATGAATTT-TTGCAT--GTATGT-G-TA-TGT-AT--GTACA--TG-TGT-GC--A--------TGCGT-GCG--TGCATG--C------------ATGT--G-TAC------ATGCAT----GC-ATGCA--TGTATGTATGaggcaattatcaagatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----tat
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-GA--CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGAC---ATCTGGTTtataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCAT
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGTAT-G-TA-TGT-GT--GTATGTGTG-TGT-G---G--------TGTAT-GTG--T---TG--TG-----CGAGGGTTGC--GTTGC--GTGCGTGCGTGAGAGC-ATGCA--TGTATTTGCAGCAG--TGC-TATGTA--TGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCA--CGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT--GTG-TC--------------------TGC-GTGCGTGCGTGTGC-A-CA-TAC-AT--GTACATGCA-TGT-GCCAG--------TGTGT-ATG--TGCATG--CA-----AG-TGTATGT--G-TGC--AT--TTACAT-------GTATA--TGa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Agacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-A-CAC-A-TGC-AT-GCAT-GC---GT--ATG-TC-T-TTGT-G-C--GTATGAATCC-GTGCATGTGTGTAT-G----TGT-GT--GTACA--TG-TGT-GC--A--------TGCAT-GCA--TGCATG----------GATGGATG------GA--G---ATGGAT----GG-ATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GATG-A--CAA--GC-AT--AATTTTG--TATGGTAA-TGAC--AATCTGTT-CC-AC--CTATCA--------GTG--G-GTCAATCAATT----------------------TC-T-TGT----TGT--------------------------------TAC-----------------------AGT-------TGTGTCTGTG----T-GTGTA-GGG----GCGGGGA---------------G----TGTG--TGT-GT--T-A----GGGAGGGG-G-GTGG-G---TG-G--GTAGGTG---TG---T-GATTGT-G----T-GTG-TGTC-------TGTA---------A-GTAT--C---------CATGC-AT-GTGT-----GTA-T----GTATGG-A-GGC-A-TGT-GT-G--T-GT---CT--GTG-TT-T---GT-G-T--GCATGAATGCAGT---TGCAGATCT-G-TA-TGT-AT--GTA----TT-TAA-GC--A--------TGT-------------------------ATGTCTGT--G-TGC--GT--ATGAAT----TC-GTGCA--TGTGTGTGTGG--G--TATATATGTA--TGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGGTAT-TTATCAAGTCACTC
gi|23 : gcaC-GTGCGTGCGTGCGC-G-TG-TGT-GT--GTATGTGTG-TGTCACA-G--------TGTGTAACNTTTGCGTG--CG-----CA--GCGTGC--G-TGC--G----TGC------GC-GTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gGT-GT--G--------TGTAT-GCG--TGCATG--CG-----TGCT-TTTGT--G-TGCTTGT--GTGTGT----CT-GTGCA--TGTGCCTGTG------------TGTG--TGTGCGTGCGTGTGC---GT
gi|25 : cGT-AT-GCAT-TT---GTGAATG-T------GT-G-C--GTATGCGTGC-GCGCACGTGTGTGT-T-TA-TAT-ACAGGTACATGTct
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT--ACG------C-GT-G-C--CTA-----------CCTGCGTGCGT-G-TG-TGT-GTTCGTAC--GTG-TGT-GC--A--------TGaccatgctcatg
gi|27 : atttacAT----TCAGTGCA--T--ATGTGTGT--GTATACATATGCAGGTGTAAGTGTGGGTAC---ATG
gi|27 : atatgacatTATGT--G-TGT--GT--ATACAT----A---TGCAGGTGTAAGTGTGG--G--TACATc
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GCG--TGCATGAACA-----CG-TGCATGC--G-TGC--GT--ACGCAT----AC-ATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GC-G-TGC-AT-GCAT-GT---GT--ATG-TC-T-CTGT-G-C--GTATGAATTC-GTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GACGGAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGAC--AATCTGTTTCCCAC--CTATCA-------TGT---GTAT-AATT--TTAA-T-----GT-------ATTG-G-T-TGT----CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------TT-ATACATG----TATG--TGT-GT-GT-A----TGGAGACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTAT--T---TA-A-GCATGC-AT-GCTT-----GCA-T----GTGTGC-A-CAC-A-TGC-AT-GCAT-AC---GT--ATA-TCTT-C-GT-G-C--GTATGAATTC-GTGCATGTGTGTGT-G-TA-TGT-AT--ATACATGTG-TGT-AC--A--------TGTGT-ACA--TGCGTG--CGNNNNNNNNNNNNNNN--N-NNN--NN--NNNNNN----NN-NNNNN--NNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGGTA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : T--G-CAC--GC--ATGCAT----GC-ATGCA--TGTATGTGT----G--TATGTATGTA--
gi|31 : a-GCAT-----GCA-T----GTGTAC-A-TGC-A-TGT-AT-ATAT-GT---AC--ATG-T
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTGT------G--ATTC-TG----TATG--C----C-AT-A----TGAAGTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNNN--NNNAT--G-ATATGC-AT-GTTTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-A-TGC-A-TGC-AT-GTAT-GT---G---ATG-TGAT-G-GT-GAT--GTATATATGCCATGCATGTATGCATTG-TAGTGT-AT--GATTATGTGATGT-AA--GGTTGGTATTATGT-ACG--CACGTN--NN-----NNNNNNNNNN--N-NNN--NN--NNNNNN----NN-NNNNN--NNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAGTATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGACGGA--CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGA----AT-TGATGCT-ATTGCTATCA-------GGTC--ATATTG--TAATTCT-T-----GTTAA----ATTGTG-T-TG--------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------GGG-------TAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAAAGGTCTT--AAGCATG----CATG--TATGGT-GT-AATGTTGGA-GCATGTG-GT-----TG-T--GTCTGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTAT--T---TTAA-G---GC-AT----T-----TCA-T----GTGTG-----GC-ATTGCGAT-GCTT-GT---GTG-AT--TC-TGT-AT-GCC--ATATGAAGTC-ATGCATGCGGGCagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGAC---ATCTGCTTCT-AT--CTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG----TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCATG----CATG--TGT-GTAGT-A----TGGAGGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCA-T-------TGC-AGTGCAA-TGCAAT-GCATGGT---GT--ATG-TC-T---GTAG-C--GTATGAATTC-ATTCATGTGT-TGT-ATTA-TGTCCT--GTACAT-TG-TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-ACA--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGC--G---ATGCAT----AC-ATGCA--TGCATtatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgtacatgcatgcatgt
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGAC---ATCTGCTTCT-AT--CTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG----TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCATG----CATG--TGT-GTAGT-A----TGGAGGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCA-T-------TGC-AGTGCAA-TGCAAT-GCATGGT---GT--ATG-TC-T---GTAG-C--GTATGAATTC-ATTCATGTGT-TGT-ATTA-TGTCCT--GTACAT-TG-TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-ACA--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGC--G---ATGCAT----AC-ATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AG-A--AAT--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-GA--CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGAC--AATCTG-TTCC-AT--CTATCA--------GT---GAATCAATTAATTACTT-----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTA-TGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------GGG-------TAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAAG-----T--ATACATGCA--TATG--TGT-AT-GT-A----TGGAGGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTTGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTAT--T---
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 11 11 11111 222222222222222 3333333 111 1 88888888888888888888888888888888888888888888 222222222 1 222222222 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 11111 2222222222 1111111 11111 1111111 1111111 11111111 33333333 1111111111 11111 11 111111 11111111111111111111111111 11 22222222222 333333333333 111 2222222 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 7777 33 5 5 33 5 3 44444 5 777777777777777 66 6 66 3333333 66 77 1 8 666 4 5 66 44444444444444444444444444444444444444444444 444444444 0 444444444 66 0 33333 777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 4 999 11111 0 8888888888 44 2222222 44 3 44 6 3 7777 2 66 44 11111 44 3 44 0000000 555 3 3 9 3 7 3 3 3 1111111 1 44444444 55 666 22222222 4 5555555555 4 11111 3 99 6 3 9 3 6 555 6 666666 22 6 000000 1 2 0 55555555555555555555555555 00 33 66 2 99999999999 2 55555 1 000000000000 1 99999 333 6666 1 0 2222222 3 0 66 6 4 000 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... .... .. . . .. . . ..... . ............... .. . .. ....... .. .. . . ... . . .. ............................................ ......... . ......... .. . ..... ................................................ ...... . ... ..... . .......... .. ....... .. . .. . . .... . .. .. ..... .. . .. ....... ... . . . . . . . . ....... . ........ .. ... ........ . .......... . ..... . .. . . . . . ... . ...... .. . ...... . . . .......................... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . ..... ... .... . . ....... . . .. . . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 1111 88 0 0 88 0 2 11111 0 444444444444444 99 5 99 1111111 99 99 9 9 111 0 0 99 00000000000000000000000000000000000000000000 444444444 0 444444444 99 9 44444 666666666666666666666666666666666666666666666666 777777 9 000 77777 8 1111111111 66 2222222 66 3 66 7 3 1111 5 66 99 99999 66 3 66 8888888 888 3 6 8 6 3 6 6 6 8888888 0 55555555 00 444 33333333 4 4444444444 0 00000 6 11 7 3 2 1 2 444 2 222222 77 2 666666 5 9 2 77777777777777777777777777 00 55 33 7 22222222222 5 11111 4 555555555555 0 33333 111 1111 4 5 4444444 0 2 99 1 3 000 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-GA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGAC--AATCTG-TTCC-AC--CTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTGTTACAATTGTGT-T-GT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GTT--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---T--G-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---T--A-GCATGC-AT-GCNT-----GCA-T----GTGTGC-A-CGC-A-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-G------TA-TGT-ATGTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATGTNTG--CG-TGCGT--ATGCAT----GCGTGCATGTATGTGTGG--G--TACGTATGTA--TGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GACGGA--CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGAC--AATCTGNTTCC-AC--CTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTG-TA-AATTGTGT-T-GT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GTT--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---T--G-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---T--A-GCATGC-AT-GCGT-----GCA-T----GTGTGC-A-CGC-A-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-G------TA-TGT-ATGTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATGTNTG--CG-TGCGT--ATGCAT----GCGTGCATGTATGTGTGG--G--TACGTATGTA--TGTACGTGTGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCGA--CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGACCTAATC-GATTCC-AC--CTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC----TG--T-----GTTT-TG-A--TGTGT-A-GT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCG-GTT--------------------AGGTGTGTG--A-TTGTGTT---GTGATGCCCTGTAA------TGTATGCAT--GGCATT--GTGCTTGT-A--T-GTGA----TGGA--CG-GC-ATGTAG---T--G-TCAGTT-------TGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTATAAT---T--AAGCATGCCATCGCTT-----GCACT----GTGTGCCA-CAC-C-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A-----------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT-TGTG--CA-TGCTT--ATGCA------CCTGCATG-----------------GCA---A--TGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGAC--AATCTG-TTCC-GC--CTATCA--------GTG--G-----ATCAA-TTAA-T-----GT-------ATTGTGT-TTGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------G-GTTTGTGGGT-------------AGGTGTGTG--A-TTGTGTGT--GTG----CCTGTAAG-----T--ATGCAT--G----T----G--TGT-A--T-TT-A----TGGAGGCATGC-GTGT-G---TCTG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTAT--T---TA-A-GCACGC-AT-GCTT-----GCA-T----GTGTGC-A-CAT-A-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-G------TA-TGT-ATGTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATGTGTA--CA-TGC----ATGCAT----GCATGTATGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-GA--CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGAC---ATCTGGTTtataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCAT
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-G------TA-TGT-GTGTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGGGTTG--CGTTGCGTGCGTGCGTGAGAGCATGCATGTATTTGCAGCAG--TGC-TATGTA--TGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCA--CGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-A------CA-TAC-ATGTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TGTATG--TG-TGCAT--TTACAT----Ga
gi|16 : gcgtaatgacttcctTGTGT-----------------------G-TCT--------------------GCGTGCGTG----C-GTGTGCACATA----CATGTA-------C--ATGCAT--G----T--GCC--AGT-G--T-GT-A----T------GTGC-ATGC-A---A--G-T--GTA-------TGTG---TGC-AT-T--TAC-A----T-GTA-TA---------TGGAC----AA--ATA-AC--T---T--A-GGATtatatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|17 : gcgtaatgacttcctcattcatgCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Actacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-A-CAC-A-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---------TGT-GTGTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATGGATG------GAG---ATGGAT----GGATGGATGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AG-A--AAT--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-GA--CAA--GC-A--TAATTTTG--TATGGTAA-TGAC--AATCTG-TTCC-AC--CTATCA--------GT---GGGTCAATCAATTTCT-T-----GTTGTTACAGTTGTGTCT-GTG--TGTGTA-GGG---------GCG--GGGAG----TGTGT-----------------------GTGTTAGGGAGGGGGGTGGGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGT--GTG----TCTGTAAG-----T--ATCCAT--G----C--ATG--TGT-GTAT-GT-A----TGGAGGCATGT-GTGT-GTC-T--G-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-GATC-------TGTAT----GT--ATGTAT--T---T--A-A-------------------------------------GC-A-TGT-AT-GTCT-GT---GT-----------------G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GGGTATATA-TGT-ATGTACATGTG--TGT-GC--A--------TGTAT-G
gi|2 : gcaT--G----T--GTC--TGT-G--T-GT-G----TAGGGGCGGGGAGTGT-G---T--G-T--GTTAGGGAGGGGGG---TGG-GT-GG--GT-A-GG-T-GTG-TGAT-------TGTGT----G----TGTGT--C---T----GTAAGT-AT-CCAT-----GCA-T----GTGTGT-A-TGT-A-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-G------CA--GT--TGCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATGTCTG--TG-TGCGT--ATGAAT----TCGTGCATGTGTGTGTGG--G--TATATATGTA--TGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTCgtatggtatggtataaggagcaaatgaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaatcatatttggtaacatgctcttgcttcgctgttgtttgatgggcaacttttttgtattccttcccattttaagggtttttttgaaaaaaaaaattctggcagtcaaaatctttttactttctctccattactatgctaaatgttattggtatttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|23 : gcacatgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaactctctttgtttattgttcataaatataaattttatacttattatcactaaagaaaagctattcacaatcatagatatgtaattatgtctgtaatatcctctgcattagtgttacgcagacttgagaaatctctaactctcagtccagacagttttgatgacaagcataattttgtatggtaatgacaatctgttccacctatcagtgggtcaatcaatttcttgttgttacagtCGTGCGTGCGTGC------------GC-G------TG-TGT-GTGTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--GCGTG--CG-TGCG----TGC------GCGTGTGTGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-G------TG-TGT-CTGTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cgAG------T--ATGCATTTG----TGAATG--TGT-G--C-GT-A----TGCGTGCGCGC-ACGT-G---T--G-T--GTT-------TATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-A------TG-CGT-GCGCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATGggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : a-TGC-ATG--CATGTG--TAC-GC--G--------TGCCT-AC--C--TGCGTG--CG--------TGTGTG--TG-TTCGT--ACG--T----GTGTGCATGctcatg
gi|27 : atttacGTGCAT--ATGTGTGT--GTATACATATGCAGGTGTAAGTGTGGGTAC---ATG
gi|28 : atatgacatattcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TGCATG--CG-TGCGT--ACGCAT----ACATACAAGTATCTGTc
gi|29 : GC-G-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GACGGAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGAC--AATCTGTTTCCCAC--CTATCA-------TGT---GTAT-AATT---TTAA-T-----GT-------ATTG-GT-T-GT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------G-GTT--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------TT-ATACAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGACGTGT-GTGT-G---T--G-T--GTT-------TGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTAT--T---TA-A-GCATGC-AT-GCTT-----GCA-T----GTGTGC-A-CAC-A-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-G------TA-TGT-ATATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : CGC--ATGCAT----GCATGCATGTATGTGT----G--TATGTATGTA--
gi|31 : atgca-GCAT-----GCA-T----GTGTAC-A-TGC-A-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG---ATG----CTTGTGT------G--ATTC-T--G----T--ATG--C------C-AT-A----TGAAGTCATGC-ATGC-G---G--GCT--ATT-------TCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNNN--NNNAT--G-ATATGC-AT-GTTTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-A-TGC-A-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTG------TAGTGT-ATGATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNNNNNN--NN-NNNNN--NNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGACGGA--CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGA----AT-TGATGCT-ATTGCTATCA-------GGTC--ATATTG--TAA-TTCT-T-----GTT---A-AATTGTGT-T-G-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------G-GGT--------------------AGGTG-GTG--A-T--TGAT---GTG----CCTGTAAAGGTCTT--AAGCAT--G----C--ATG--TATGG--T-GT-AATGTTGGA-GCATGT-G-GT-----T--G-T--GTC-------TGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTAT--T---TTAA-G---GC-AT----T-----TCA-T----GTGTG-----GC-ATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGC------------agtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGAC---ATCTGCTTCT-AT--CTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTGT-T-TG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-ATT--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G---GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---T--G-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCA-T-------TGC-AGTGCAA-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT-T------------GT-AT-----TA-TGTCCTGTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGCG---ATGCAT----ACATGCATGCATtatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgtacatgcatgcatgt
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--GA--C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGAC---ATCTGCTTCT-AT--CTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTGT-T-TG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-ATT--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G---GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---T--G-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---T--A-A---GC-AT-GTGT-----GCA-T-------TGC-AGTGCAA-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT-T------------GT-AT-----TA-TGTCCTGTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGCG---ATGCAT----ACATGCATGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AG-A--AAT--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-GA--CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGAC--AATCTG-TTCC-AT--CTATCA--------GT---GAATCAATTAA-TTACTT-----GTGGTTACAATTGTGTCT-GTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------G-GGT--------------------AGATGTAAG--A-TCGTGTGT--GTG----TCTGTAAG-----T--ATACAT--GCA--T--ATG--TGT-A--T-GT-A----TGGAGGCTTGT-GTGT-GTCCT--G-T--GTT-------TGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTAT--T---
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 11 11 11111 22222222222 3333333 111 555555555555555555555555555555555555 1 11111111 1 222222222 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 11111 2222222222 1111111 11111 1111111 1111111 11111111 22222 11111111111 111111 11 11111111 1111111111111 11 33333333333 222222222222 111 1111 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 0 66 3 33 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 99 5 888 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 8 66 999999999999999999999999999999999999 2 88 5 99999999 0 444444444 66 0 33333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 444444 4 999 11111 0 8888888888 44 6666666 44 3 44 6 3 7777 2 66 44 66666 3 44 0000000 555 3 3 9 3 7 3 3 3 1111111 1 44444444 44 555 88888 4 11111111111 222222 3 7 3 8 2 5 555 5 555 33 11 11111111 4 33 0 3333333333333 2 7777 11 66 77 3 33333333333 2 44444 2 999999999999 1 99999 333 7777777 44 4444 3 0 666 2 111 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... . .. . .. . . .. . . ..... . ........... .. . ... . .. ....... .. .. . . .. ... . . .. .................................... . .. . ........ . ......... .. . ..... ....................................................... ...... . ... ..... . .......... .. ....... .. . .. . . .... . .. .. ..... . .. ....... ... . . . . . . . . ....... . ........ .. ... ..... . ........... ...... . . . . . . ... . ... .. .. ........ . .. . ............. . .... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . ..... ... ....... .. .... . . ... . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 1 99 6 88 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 55 0 888 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 9 99 111111111111111111111111111111111111 4 88 0 44444444 0 444444444 99 9 44444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777777 9 000 77777 8 1111111111 66 3333333 66 3 66 7 3 1111 5 66 99 55555 3 66 8888888 888 3 6 8 6 3 6 6 6 8888888 0 55555555 66 888 66666 0 11111111111 666666 3 1 1 6 9 7 000 7 000 99 88 22222222 1 77 8 9999999999999 9 4444 44 99 33 1 66666666666 9 44444 2 111111111111 0 33333 111 4444444 22 3333 0 9 000 5 777 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---TA-A--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-G-TA-TGT-GTGTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATGTNTG--CG-TGCGT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTGTTACAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------T--ATGCAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--T---T--A--GCATGC-AT-GC-NT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-G-TA-TGT-ATGTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATGTNTG--CG-TGCGT--ATGCAT----GCGTGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC--------T-----GT-GTTTTGAT-GTG-T-AGT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCG-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-TTGTGTT---GTGATGCCCTGTAA------TGTATGCAT--GGCATT--GTGCTTGT-A--T-GTGA----TGGA--CG-GC-ATGTAG---TG-TCAGTT-------TGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTATAAT---T--AA-GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT-TGTG--CA-TGCTT--ATGCA------CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAA-TTAA-T-----GT-------ATTGTGTT-TGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------G-GTTTGTGGGT--------------------AGGTGTGTG--ATT-GTGTGT--GTG----CCTGTAAG-----T--ATGCAT--G--------TG--TGT-A--T-TT-A----TGGAGGCATGC-GTGT-GTC-TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTAT--T---TA-A--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-G-TA-TGT-ATGTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATGTGTA--CA-TGC----ATGCAT----GCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-G-TA-TGT-GTGTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGGGTTG--CGTTGCGTGCGTGCGTGAGAGCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-A-CA-TAC-ATGTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TGTATG--TG-TGCAT--TTACAT----Ga
gi|16 : gcgtaatgacttcctTGTGT-----------------------G-TC-------T--------------------GCGTGCGTG----C-GTGTGCACATA----CATGTA-------C--ATGCAT--G----T--GCC--AGT-G--T-GT-A----T------GTGC-ATGC-A---AG-T--GTA-------TGTG---TGC-AT-T--TAC-A----T-GTA-TA---------TGGAC----AA--ATA-AC--T---T--A--GGATtatatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|17 : gcgtaatgacttcctcattcatgCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Actacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G----TGT-GTGTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATGGATG------GAG---ATGGAT----GGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AG-A--AAT--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-A--TAATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA--------GT---GGGTCAATCAATTTCT-T-----GTTGTTACAGTTGTG-TCTGTG--TGTGTA-GGG---------GCG--GGGAG----TGTGT-----------------------GTGT-------TAGGGAGGGGGGTGGGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGT--GTG----TCTGTAAG-----T--ATCCAT--G----C--ATG--TGT-GTAT-GT-A----TGGAGGCATGT-GTGT-GTC-TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-GATC-------TGTAT----GT--ATGTAT--T---TA-A--GCATGT-AT-GT-CT-----G---T----GTGCGT-ATGAA-TTC-GT-GCAT-GT---GT-GTG---T--GG--GT-A---T--ATATGTAT---GTACAT--GTGT------------GT-G-CA-TGT-ATG
gi|2 : gcaT--G----T--GTC--TGT-G--T-GT-G----TAGGGGCGGGGAGTGT-G---TG-T--GTTAGGGAGGGGGG---TGG-GT-GG--GT-A-GG-T-GTG-TGAT-------TGTGT----G----TGTGT--C---T-----GTAAGT-AT-CC-AT-----GCA-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-G-CA--GT--TGCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATGTCTG--TG-TGCGT--ATGAAT----TCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTCgtatggtatggtataaggagcaaatgaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaatcatatttggtaacatgctcttgcttcgctgttgtttgatgggcaacttttttgtattccttcccattttaagggtttttttgaaaaaaaaaattctggcagtcaaaatctttttactttctctccattactatgctaaatgttattggtatttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|23 : gcacatgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaactctctttgtttattgttcataaatataaattttatacttattatcactaaagaaaagctattcacaatcatagatatgtaattatgtctgtaatatcctctgcattagtgttacgcagacttgagaaatctctaactctcagtccagacagttttgatgacaagcataattttgtatggtaatgacaatctgttccacctatcagtgggtcaatcaatttcttgttgttacagtCGTGCGTGCGTGC------------GC-G-TG-TGT-GTGTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--GCGTG--CG-TGCG----TGC------GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-G-TG-TGT-CTGTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cgAG------T--ATGCATTTG----TGAATG--TGT-G--C-GT-A----TGCGTGCGCGC-ACGT-G---TG-T--GTT-------TATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-A-TG-CGT-GCGCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATGggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : aAT--T---T--ACTGCATGC-AT-G---T-----GTA-C----GCGTGC-CTACC-TGC-GT-GCGT-GT---GT-GTG---T--TC--GT-A---C--GTGT-------GTGCATGctcatg
gi|27 : TATG--TG-TGTGT--ATACAT----A--TGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TGCATG--CG-TGCGT--ACGCAT----ACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT---TTAA-T-----GT-------ATTG-G-T-TGT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG---GTG----CCTGTAA------TT-ATACAT--G----T--ATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGACGTGT-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTAT--T---TA-A--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-G-TA-TGT-ATATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNNNNNN--NN-NNNNN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : CGC--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG---ATG----CTTGTGT------G--ATTC-T--G----T--ATG--C------C-AT-A----TGAAGTCATGC-ATGC-G---GGCT--ATT-------TCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNNN--NNNAT--G--ATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTG-TAGTGT-ATGATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNNNNNN--NN-NNNNN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-------GGTC--ATATTG--TAA-TTC---------TTGTTA-AATTGTG-T-TG-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------G-GG-------T--------------------AGGTG-GTG--A-T--TGAT---GTG----CCTGTAAAGGTCTT--AAGCAT--G----C--ATG--TATGG--T-GT-AATGTTGGA-GCATGT-G-GT-----TG-T--GTC-------TGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTAT--T---TTAA--G---GC-AT-----T-----TCA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGC------------agtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-AT-------T--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G---GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---TG-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---TA-A--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT-T------------GT-ATTA-TGTCCTGTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGCG---ATGCAT----ACATGCA--TGCATtatttctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgatatgcatgttttgataggattttggtgtacatgcatgcatgt
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-AT-------T--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G---GTA------TG---------T--ATGCAT--G----C--ATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---TG-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--T---TA-A--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT-T------------GT-ATTA-TGTCCTGTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATGTTTGTACA-TGCG---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAA-TTACTT-----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------G-GG-------T--------------------AGATGTAAG--A-TCGTGTGT--GTG----TCTGTAAG-----T--ATACAT--GCA--T--ATG--TGT-A--T-GT-A----TGGAGGCTTGT-GTGT-GTCCTG-T--GTT-------TGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTAT--T---
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 11 11 11111 22222222222 3333333 111 555555555555555555555555555555555555 1 11111111 1 222222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 111 11111 333333333 11111 11111 22222 1111111 1111111 11111111 11111111111111111 1111111111 111111 1111111111111 1111 22222222222 222222222222 2222222222222222222 1111 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 0 66 3 33 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 99 5 888 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 8 66 999999999999999999999999999999999999 2 77 5 99999999 0 444444444 66 0 55555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 555 44444 1 000000000 55555 55 6666 8 4 8888 33333 00000 4 55 3333333 777 4 4 9 4 8 4 4 4 3333333 1 22222222 4 55 55 4 4 55555555555555555 3 7 3 8 2 5 555 5 2222222222 5 000000 4 33 0 0 7777777777777 2 7 0000 33 66 66 2 99999999999 2 44444 2 666666666666 2 1 88888 5555555555555555555 77777 33 4444 3 0 666 2 111 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... . .. . .. . . .. . . ..... . ........... .. . ... . .. ....... .. .. . . .. ... . . .. .................................... . .. . ........ . ......... .. . ..... ....................................................... ....... ... ..... . ......... ..... .. .... . . .... ..... ..... . .. ....... ... . . . . . . . . ....... . ........ . .. .. . . ................. . . . . . . ... . .......... . ...... . .. . . ............. . . .... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . . ..... ................... ..... .. .... . . ... . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 1 99 6 88 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 55 0 888 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 9 99 111111111111111111111111111111111111 4 11 0 44444444 0 444444444 99 9 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 333 11111 9 333333333 99999 55 8888 0 0 5555 11111 22222 0 55 0000000 000 0 0 3 0 0 0 0 0 0000000 0 00000000 0 55 55 4 0 66666666666666666 6 2 1 6 9 7 000 7 6666666666 7 333333 1 77 2 1 9999999999999 5 5 7777 44 55 33 7 99999999999 7 11111 1 777777777777 7 0 44444 9999999999999999999 00000 99 3333 0 9 000 5 777 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAAG-----T--ATGCATG----CATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAA-TTAA-T-----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------T--ATGCATG----TATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGGCGTGC-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC--------T-----GT-GTTTTGAT-GTG-T-AGT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCG-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAA------TGTATGCATGGCATTGTGCTTGT-A--T-GTGA----TGGA--CG-GC-ATGTAG---TG-TCAGTT-------TGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTA-TAATTAA--GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A---------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT--TGTG--CA-TGC---------------TT--ATGCA------CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAA-TTAA-T-----GT-------ATTGTGTT-TGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------G-GTTTGTGGGT--------------------AGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAAG-----T--ATGCATG------TG--TGT-A--T-TT-A----TGGAGGCATGC-GTGT-GTC-TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-GTA-TGTA---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATG-TGTA--CA-TGC-------------------ATGCAT----GCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-GTA-TGTG---T--GTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGG-GTTG--CGTTGC---------------GTGCGTGCGTGAGAGCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-ACA-TACA---T--GTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TG-TATG--TG-TGC---------------AT--TTACAT----GTATa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Aatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---TGTG---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATG-GATG------GA---------------G---ATGGAT----GGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AG-A--AAT--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-A--TAATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA--------GT---GGGTCAATCAATTTCT-T-----GTTGTTACAGTTGTG-TCTGTG--TGTGTA-GGG---------GCG--GGGAG----TGTGT-----------------------GTGT-------TAGGGAGGGGGGTGGGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----TCTGTAAG-----T--ATCCATG----CATG--TGT-GTAT-GT-A----TGGAGGCATGT-GTGT-GTC-TG-T--GTT-------TGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-GATC-------TGTAT----GT--ATGTA-T--TTAA--GCATGT-AT-GT-CT-----G---T----GTGCGT-ATGAA-TTC-GT-GCAT-GT---GT-GTG---T--GG--GT-A---T--ATATGTAT---GTACAT--GTGT------------GT-GCA-TGTA---T--G
gi|2 : gcaTG----TGTC--TGT-G--T-GT-G----TAGGGGCGGGGAGTGT-G---TG-T--GTTAGGGAGGGGGG---TGG-GT-GG--GT-A-GG-T-GTG-TGAT-------TGTGT----GT--GTGTC-T--GTAA--GTATCC-AT-GC----------A-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-GCA--GT----T--GCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATG-TCTG--TG-TGC---------------GT--ATGAAT----TCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTCgtatggtatggtataaggagcaaatgaaagaaagacaatttttattcataatgtaattttaatcatatttggtaacatgctcttgcttcgctgttgtttgatgggcaacttttttgtattccttcccattttaagggtttttttgaaaaaaaaaattctggcagtcaaaatctttttactttctctccattactatgctaaatgttattggtatttatcaagtcactcatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|23 : gcacatgccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaaactctctttgtttattgttcataaatataaattttatacttattatcactaaagaaaagctattcacaatcatagatatgtaattatgtctgtaatatcctctgcattagtgttacgcagacttgagaaatctctaactctcagtccagacagttttgatgacaagcataattttgtatggtaatgacaatctgttccacctatcagtgggtcaatcaatttcttgttgttacagtCGTGCGTGCGTGC------------GC-GTG-TGTG---T--GTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--G-CGTG--CG-TGC---------------G----TGC------GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-GTG-TGTC---T--GTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cg--GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-ATG-CGTG---C--GCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATG-tct
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ACG---C------GT-G---C--CTA-----------CCTGCGTGC------------GT-GTG-TGTG---TTCGTAC--GTG--TGT-GC--A--------TGctcatg
gi|27 : atttac-TATG--TG-TGT---------------GT--ATACAT------ATGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TG-CATG--CG-TGC---------------GT--ACGCAT----ACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT---TTAA-T-----GT-------ATTG-G-T-TGT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------G-GT-------T--------------------AGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA------TT-ATACATG----TATG--TGT-G--T-GT-A----TGGAGACGTGT-GTGT-G---TG-T--GTT-------TGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GTA-TGTA---T--ATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : C---------------GC--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTGT------G--ATTC-TG----TATG--C------C-AT-A----TGAAGTCATGC-ATGC-G---GGCT--ATT-------TCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNN-N--NNNATGATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTGTAGTGTA---T--GATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-------GGTC--ATATTG--TAA-TTC---------TTGTTA-AATTGTG-T-TG-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------G-GG-------T--------------------AGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAAAGGTCTT--AAGCATG----CATG--TATGG--T-GT-AATGTTGGA-GCATGT-G-GT-----TG-T--GTC-------TGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTATT--TTAA--G---GC-AT----TT------CA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGCTAT---------TT-CTN-NNNN---N--NNNNNNNNN--NNN-NN--N--------NNNNN-NN--N--NNNNNN--NN-----NNATGATATG--CA-TGTTTTGATAGGATTTTGGT--GTACAT----GCATGCA--TGTagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-AT-------T--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCATG----CATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---TG-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAA-TTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------G-AT-------T--------------------ATGTGTGTG--C-T-GTA-G-GTA------TG---------T--ATGCATG----CATG--TGT-G--TAGT-A----TGGAGGCA----ATGT-A---TG-T--ATC-------TGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAA-TTACTT-----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------G-GG-------T--------------------AGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAAG-----T--ATACATGCA--TATG--TGT-A--T-GT-A----TGGAGGCTTGT-GTGT-GTCCTG-T--GTT-------TGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTA-T--TGAA--GTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 1111 11 11111 22222222222 3333333 111 55555555555555555555555555555555555 1 22222222 1 111111111 1111111 666666666666666666666666666666666 1111111 222222222222 11111111 1111111111 1 11111 1111111 1111 1111111 11111 111111 11 111111 11111111111111 1111 22222222222 222222222222 2222222222222222222 1111 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 66 4444 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 99 5 888 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 8 66 99999999999999999999999999999999999 2 77 5 00000000 0 888888888 66 5555555 777777777777777777777777777777777 3333333 999999999999 33333333 5555555555 4 4 2 8888 4 55 77 2 44444 4 55 777 4 4 88 4 8 4 4 4 4444444 4444 0000000 4 66 66 0 5 9999 11111 555555 4 77 3 9 3 6 555 6 555555 22 6 000000 3 2 0 99999999999999 2 8 1111 33 66 66 2 99999999999 2 44444 2 666666666666 2 1 88888 5555555555555555555 77777 33 4444 3 0 666 2 111 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 1 6 99 5 4444 6 1 222 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... .. .... . . .. . . ..... . ........... .. . ... . .. ....... .. .. . . .. ... . . .. ................................... . .. . ........ . ......... .. ....... ................................. ....... ............ ........ .......... . . . .... . .. .. . ..... . .. ... . . .. . . . . . ....... .... ....... . .. .. . . .... ..... ...... . .. . . . . ... . ...... .. . ...... . . . .............. . . .... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . . ..... ................... ..... .. .... . . ... . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . . . .. . .... . . ... . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 99 5555 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 55 0 888 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 9 99 11111111111111111111111111111111111 4 11 0 55555555 0 222222222 99 1111111 888888888888888888888888888888888 3333333 111111111111 22222222 3333333333 0 0 0 5555 0 55 77 3 77777 0 55 000 0 4 77 4 9 4 4 4 4444444 0000 1111111 4 11 11 9 0 0000 11111 888888 0 77 3 2 1 2 444 2 555555 77 2 666666 2 9 9 00000000000000 7 0 0000 77 55 33 7 99999999999 7 11111 1 777777777777 7 0 44444 9999999999999999999 00000 99 3333 0 9 000 5 777 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 0 7 22 7 2222 7 0 555 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-TT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TG---NATA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAAAAA-----AATT------C-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAA-T-----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TG---TATA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAAAAA-----AATT------C-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC-------T-----GT-GTTTTGAT-GTG-T-AGT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGT-------TAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAATG-----TATGCAT----GGC--ATTGTGC-TT-GTA----TGTGATGGACG-GCATGTAG---TG-TCAGTTTGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATC--AATGTA-TAATTAA--GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A---------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT--TGTG--CA-TGC---------------TT--ATGCA------CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAATTAA-T-----GT-------ATTGTGTT-TGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------GGTTTGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-----T-GTGT-AT-TTA----TG-GA--GGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TG---TATA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-GTA-TGTA---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATG-TGTA--CA-TGC-------------------ATGCAT----GCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-GTA-TGTG---T--GTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGG-GTTG--CGTTGC---------------GTGCGTGCGTGAGAGCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCTTT-CGCT--ATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-ACA-TACA---T--GTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TG-TATG--TG-TGC---------------AT--TTACAT----GTATa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Aatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGCTT-CGCT--TTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---TGTG---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATG-GATG------GA---------------G---ATGGAT----GGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-AT--AATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA--------GTG--G-GTCAATCAATTTC-TT----GTTGTTACAGTTGTG-T-C-----TGTGTG-TG---------TAGG--G-----------GC-----------------------GG----------GGAGTGTG----T-GTGT-------------TAG-G-----GAGG---------------GGG--GT-GGG----TG-G------GTAGGTGT-G------T--GATTGTG---TGT-GT-G-------------------TC-------TG-----------------------TAA--GTATCC-A------T-----GCA-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-GCA--GT----T--GCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATG-TCTG--TG-TGC---------------GT--ATGAAT----TCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGCTT-CGCT--GTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGTA-T-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAAAAA-----AATT------C-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTC
gi|23 : gcaCGTGCGTGCGTGC------------GC-GTG-TGTG---T--GTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--G-CGTG--CG-TGC---------------G----TGC------GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-GTG-TGTC---T--GTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cgA-G-----TATGCATTTGTG-A--AT-GTGT-GC-GTA----TG-CG--TGCGCGCACGT-G---TG-T--GTTTATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-ATG-CGTG---C--GCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATG-ggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ACG---C------GT-G---C--CTA-----------CCTGCGTGC------------GT-GTG-TGTG---TTCGTAC--GTG--TGT-GC--A--------TGctcatg
gi|27 : atttac-TATG--TG-TGT---------------GT--ATACAT------ATGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TG-CATG--CG-TGC---------------GT--ACGCAT----ACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT--TTAA-T-----GT-------ATTG-G-T-TGT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-T-----TATACAT----G-T--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TG---TACA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GTA-TGTA---T--ATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGCTT-CGCT--GTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGTA-T-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------TT------C-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : C---------------GC--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTG----------TG-AT----T-C---T-GTAT-GCCATA----TG-AA--GTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NN---NNNN--N--N-NNNN-N--NNNATGATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTGTAGTGTA---T--GATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG-TT-CGCT--GTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGTA---TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT--------A-----AACT------CTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-------GGTC--ATATTG--TAATTC---------TTGTTA-AATTGTG-T-TG-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------GGG-------TAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAA-AGGTCTTAAGCAT----G-C--AT-GTATGGT-GTAATGTTG-GA---GCATGTG-GT-----TG-T--GTCTGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TG---AATA--TCAA-TGTATT--TTAA--G---GC-AT----TT------CA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGCTAT---------TT-CTN-NNNN---N--NNNNNNNNN--NNN-NN--N--------NNNNN-NN--N--NNNNNN--NN-----NNATGATATG--CA-TGTTTTGATAGGATTTTGGT--GTACAT----GCATGCA--TGTagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TG---AATA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAA-TTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TG---AATA--C--A-TGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAATTACTT-----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------GGG-------TAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAA-G-----TATACAT----G-CATAT-GTGT-AT-GTA----TG-GA--GGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTTGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TG---TATA--C--T-TGTA-T--TGAA--GTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 1111 11 11111 22222222222 3333333 111 555555555555555555 2222 22222222 1 111111111 1111111 666666666666666666666666666666666 1111111 222222222222 11111111 1111111111 1 11111 1111111 11111111 1111111 11111 111111 11 111111 11111111111111 1111 22222222222 222222222222 2222222222222222222 1111 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 66 4444 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 99 5 888 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 8 66 222222222222222222 6 0 1111 9 777 5 00000000 0 888888888 66 5555555 777777777777777777777777777777777 3333333 999999999999 33333333 5555555555 4 4 2 8888 4 55 77 2 44444 4 55 777 4 4 88 4 8 4 4 4 4444444 5 44444444 66 66 66 4444444 11111 555555 4 77 3 9 3 6 555 6 555555 22 6 000000 3 2 0 99999999999999 2 8 1111 33 66 66 2 99999999999 2 44444 2 666666666666 2 1 88888 5555555555555555555 77777 33 4444 3 0 666 2 111 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... .. .... . . .. . . ..... . ........... .. . ... . .. ....... .. .. . . .. ... . . .. .................. . . .... . ... . ........ . ......... .. ....... ................................. ....... ............ ........ .......... . . . .... . .. .. . ..... . .. ... . . .. . . . . . ....... . ........ .. .. .. ....... ..... ...... . .. . . . . ... . ...... .. . ...... . . . .............. . . .... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . . ..... ................... ..... .. .... . . ... . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 99 5555 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 55 0 888 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 9 99 555555555555555555 2 1 2222 2 222 0 55555555 0 222222222 99 1111111 888888888888888888888888888888888 3333333 111111111111 22222222 3333333333 0 0 0 5555 0 55 77 3 77777 0 55 000 0 4 77 4 9 4 4 4 4444444 3 00000000 11 11 11 5555555 11111 888888 0 77 3 2 1 2 444 2 555555 77 2 666666 2 9 9 00000000000000 7 0 0000 77 55 33 7 99999999999 7 11111 1 777777777777 7 0 44444 9999999999999999999 00000 99 3333 0 9 000 5 777 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC-------T----GT-GTTTTGAT-GTG-T-AGT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGT-------TAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAATG-----TATGCAT----GGC--ATTGTGC-TT-GTA----TGTGATGGACG-GCATGTAG---TG-TCAGTTTGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTATAATT--AA--GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A---------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT--TGTG--CA-TGC---------------TT--ATGCA------CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAATTAA-T----GT-------ATTGTGTT-TGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------GGTTTGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-----T-GTGT-AT-TTA----TG-GA--GGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-GTA-TGTA---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATG-TGTA--CA-TGC-------------------ATGCAT----GCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-GTA-TGTG---T--GTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGG-GTTG--CGTTGC---------------GTGCGTGCGTGAGAGCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-ACA-TACA---T--GTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TG-TATG--TG-TGC---------------AT--TTACAT----GTATa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Aatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---TGTG---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATG-GATG------GA---------------G---ATGGAT----GGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-AT--AATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA--------GTG--G-GTCAATCAATTTCTT----GTTGTTACAGTTGTG-T-C-----TGTGTG-TG---------TAGG--G-----------GC-----------------------GG----------GGAGTGTG----T-GTGT-------------TAG-G-----GAGG---------------GGG--GT-GGG----TG-G------GTAGGTGT-G------T--GATTGTG---TGT-GT-G-------------------TC-------TG--------------------T--AA--GTATCC-A------T-----GCA-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-GCA--GT----T--GCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATG-TCTG--TG-TGC---------------GT--ATGAAT----TCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTC
gi|23 : gcaCGTGCGTGCGTGC------------GC-GTG-TGTG---T--GTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--G-CGTG--CG-TGC---------------G----TGC------GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-GTG-TGTC---T--GTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cgA-G-----TATGCATTTGTG-A--AT-GTGT-GC-GTA----TG-CG--TGCGCGCACGT-G---TG-T--GTTTATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-ATG-CGTG---C--GCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATG-ggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ACG---C------GT-G---C--CTA-----------CCTGCGTGC------------GT-GTG-TGTG---TTCGTAC--GTG--TGT-GC--A--------TGctcatg
gi|27 : atttac-TATG--TG-TGT---------------GT--ATACAT------ATGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TG-CATG--CG-TGC---------------GT--ACGCAT----ACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT--TTAAT--------GT----ATTG-G-T-TGT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-T-----TATACAT----G-T--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GTA-TGTA---T--ATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : C---------------GC--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTG----------TG-AT----T-C---T-GTAT-GCCATA----TG-AA--GTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNNN--NN--NATGATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTGTAGTGTA---T--GATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-------GGTC--ATATTG------TAATT----CTTGTTA-AATTGTG-T-TG-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------GGG-------TAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAA-AGGTCTTAAGCAT----G-C--AT-GTATGGT-GTAATGTTG-GA---GCATGTG-GT-----TG-T--GTCTGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTAT--TTTAAG--GCAT---------TT------CA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGCTAT---------TT-CTN-NNNN---N--NNNNNNNNN--NNN-NN--N--------NNNNN-NN--N--NNNNNN--NN-----NNATGATATG--CA-TGTTTTGATAGGATTTTGGT--GTACAT----GCATGCA--TGTagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAATTACTT----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------GGG-------TAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAA-G-----TATACAT----G-CATAT-GTGT-AT-GTA----TG-GA--GGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTTGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTAT--TG--AA--GTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222 1 1 1111 3333333333 1111 11111 1111 11 11111 22222222222 3333333 111 555555555555555555 2222 22222222 1 111111111 1111111 666666666666666666666666666666666 1111111 222222222222 11111111 1111111111 1 11111 1111111 11111111 1111111 11111 111111 11 111111 11111111111111 1111 22222222222 222222222222 2222222222222222222 1111 111 3333333333 111 111 11111 11111 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 888888888888888888 66666 4 4 66 4 4 66 66 888 333333333333333333333333 5 0 0 5 5 8888 4 1111111111 5 66 5 2222 77 0 99999 66 4444 5 5 33 5 3 44444 5 33333333333 99 5 888 6 66 3333333 66 77 1 8 66 555 4 8 66 222222222222222222 6 0 1111 9 777 5 00000000 0 888888888 66 5555555 777777777777777777777777777777777 3333333 999999999999 33333333 5555555555 4 4 2 8888 4 55 77 2 44444 4 55 777 4 4 88 4 8 4 4 4 4444444 5 44444444 66 66 66 4444444 11111 555555 4 77 3 9 3 6 555 6 555555 22 6 000000 3 2 0 99999999999999 2 8 1111 33 66 66 2 99999999999 2 44444 2 666666666666 2 1 88888 5555555555555555555 77777 33 4444 3 0 666 2 111 1111111111 22 5 99 111 111 6 6 6 6 66666 77777 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. .................. ..... . . .. . . .. .. ... ........................ . . . . . .... . .......... . .. . .... .. . ..... .. .... . . .. . . ..... . ........... .. . ... . .. ....... .. .. . . .. ... . . .. .................. . . .... . ... . ........ . ......... .. ....... ................................. ....... ............ ........ .......... . . . .... . .. .. . ..... . .. ... . . .. . . . . . ....... . ........ .. .. .. ....... ..... ...... . .. . . . . ... . ...... .. . ...... . . . .............. . . .... .. .. .. . ........... . ..... . ............ . . ..... ................... ..... .. .... . . ... . ... .......... .. . .. ... ... . . . . ..... ..... .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 000000000000000000 99999 4 4 11 4 4 99 99 888 555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333 4 4444444444 0 99 0 1111 99 7 44444 99 5555 0 0 88 0 2 11111 0 88888888888 55 0 888 5 99 1111111 99 99 9 9 11 111 4 9 99 555555555555555555 2 1 2222 2 222 0 55555555 0 222222222 99 1111111 888888888888888888888888888888888 3333333 111111111111 22222222 3333333333 0 0 0 5555 0 55 77 3 77777 0 55 000 0 4 77 4 9 4 4 4 4444444 3 00000000 11 11 11 5555555 11111 888888 0 77 3 2 1 2 444 2 555555 77 2 666666 2 9 9 00000000000000 7 0 0000 77 55 33 7 99999999999 7 11111 1 777777777777 7 0 44444 9999999999999999999 00000 99 3333 0 9 000 5 777 2222222222 44 6 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCA--T--ATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTCCGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCAT--ATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCAATTTTTTTGTT--GTA-CAATC-------T----GT-GTTTTGAT-GTG-T-AGT----GT-TG-GGG--------GGGG--GGGGG---ATGTGTTTGGAACAGGGACTCGTGTCTGCGGT-------TAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAATG-----TATGCAT----GGC--ATTGTGC-TT-GTA----TGTGATGGACG-GCATGTAG---TG-TCAGTTTGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTATAATT--AA--GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A---------------ACA-GTG---AT-GC-------------TAT-GT--G--TGC-TG--TA-----C-AT--TGTG--CA-TGC---------------TT--ATGCA------CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATG--G-ACTGGATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTTATATTC--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA--------GTG--G-----ATCAATTAA-T----GT-------ATTGTGTT-TGT---T-TGTG-GGG---------AGG--AGGAGTGTATGTGTTGTGAGGG---------------GGTTTGTGGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-----T-GTGT-AT-TTA----TG-GA--GGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-GTA-TGTA---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCGT-GC--G--TGCATG--C--------ATG-TGTA--CA-TGC-------------------ATGCAT----GCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : tCAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACA--TACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAAATACC-TAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA----
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTCCA--GACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATT--TTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT---------ATTTTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTC-AAA-ATCATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TG----ATTT--ATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-GTA-TGTG---T--GTATGTGTG--TGT-G---G--------TGTAT-GT--G--T---TG--TG-----CGAGG-GTTG--CGTTGC---------------GTGCGTGCGTGAGAGCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTAT----CATTGGATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATG-----------------AGGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-ATTC--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGCT-CTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-ACA-TACA---T--GTACATGCA--TGT-GCCAG--------TGTGT-AT--G--TGCATG--CA-----AG-TG-TATG--TG-TGC---------------AT--TTACAT----GTATa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTA-----N--NNN--NN------N-NNNN---NNNNNNNNNNNN--NNCT-TATTGTTC--A--TAA-Aatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-TT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGTT-CTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---TGTG---T--GTACA--TG--TGT-GC--A--------TGCAT-GC--A--TGCATG----------GATG-GATG------GA---------------G---ATGGAT----GGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-A--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTC-ACA-ATCATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----A--T--ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--CT-CTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-AT--AATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA--------GTG--G-GTCAATCAATTTCTT----GTTGTTACAGTTGTG-T-C-----TGTGTG-TG---------TAGG--G-----------GC-----------------------GG----------GGAGTGTG----T-GTGT-------------TAG-G-----GAGG---------------GGG--GT-GGG----TG-G------GTAGGTGT-G------T--GATTGTG---TGT-GT-G-------------------TC-------TG--------------------T--AA--GTATCC-A------T-----GCA-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-GCA--GT----T--GCAGATCTG--TAT-GT--A--------TGTAT-TT--A--AGCATG--T--------ATG-TCTG--TG-TGC---------------GT--ATGAAT----TCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATG--GTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTC
gi|23 : gcaCGTGCGTGCGTGC------------GC-GTG-TGTG---T--GTATGTGTG--TGTCACA-G--------TGTGTAAC--NTTTGCGTG--CG-----CA--G-CGTG--CG-TGC---------------G----TGC------GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-GTG-TGTC---T--GTGCATGTGCCTGT-GT--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--TG-----CG
gi|25 : cgA-G-----TATGCATTTGTG-A--AT-GTGT-GC-GTA----TG-CG--TGCGCGCACGT-G---TG-T--GTTTATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-ATG-CGTG---C--GCGCACGTG--TGT-GT--T--------TATAT-ACAGG--TACATG--TA-----CCATG-ggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ACG---C------GT-G---C--CTA-----------CCTGCGTGC------------GT-GTG-TGTG---TTCGTAC--GTG--TGT-GC--A--------TGctcatg
gi|27 : atttac-TATG--TG-TGT---------------GT--ATACAT------ATGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G--------TGTGT-GC--G--TGCATGAACA-----CG-TG-CATG--CG-TGC---------------GT--ACGCAT----ACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTT--AATTAATTTTTA--TACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTC-AAATAAGCTAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-------T--ATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTTCG--TAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCA-------TGT---GTAT-AATT--TTAAT--------GT----ATTG-G-T-TGT---CGTGTG-GGG--------TAGA--GGGGG---A-GTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-T-----TATACAT----G-T--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GTA-TGTA---T--ATACATGTG--TGT-AC--A--------TGTGT-AC--A--TGCGTG--CGNNNNNNNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAGT-GTAAT-----TTT---T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGCG-TGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : C---------------GC--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTG----------TG-AT----T-C---T-GTAT-GCCATA----TG-AA--GTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNNN--NN--NATGATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTGTAGTGTA---T--GATTATGTGA-TGT-AA--GGTTGGTATTATGT-AC--G--CACGTN--NN-----NNNNN-NNNN--NN-NNN---------------NN--NNNNNN----NNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTAAT-TGTGTTAT---GAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTTT-ATTCAT-AT-GTAAT-----TTT--AT-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGCT-CTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--A--TACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTC-AAA-ACCATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA----TC-T--ACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATC-G--TCCAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-ATTT---TTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-------GGTC--ATATTG------TAATT----CTTGTTA-AATTGTG-T-TG-------GTG-GGG--------TGGG--TGG----------------------------------GGG-------TAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAA-AGGTCTTAAGCAT----G-C--AT-GTATGGT-GTAATGTTG-GA---GCATGTG-GT-----TG-T--GTCTGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTAT--TTTAAG--GCAT---------TT------CA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGCTAT---------TT-CTN-NNNN---N--NNNNNNNNN--NNN-NN--N--------NNNNN-NN--N--NNNNNN--NN-----NNATGATATG--CA-TGTTTTGATAGGATTTTGGT--GTACAT----GCATGCA--TGTagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A----T---A--TAATTTTT---TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT-----T-----TATC-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTA----G--TTTATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC----------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-----ATTTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTT-------TATCAGGTA--AATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAACTGTG-T-TTG---TGTGTGTGGG--------TGGG--GGTAG---ATGTGT-----------------------GAT-------TATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--TGT-GC--ATCTTT---TGTGT-AC--A--TGTGTG--TG-----C-ATG-TTTGTACA-TGC---------------G---ATGCAT----ACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-A--TACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTC-AAA-ATCACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTA----G--T--ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTCCA--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA--------GT---GAATCAATTAATTACTT----GTGGTTACAATTGTG-TCTGTGTATGTGTG-GGGGTGTTTGTTGGGAAGGGAG---A-GTGT-----------------------GGG-------TAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAA-G-----TATACAT----G-CATAT-GTGT-AT-GTA----TG-GA--GGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTTGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTAT--TG--AA--GTA
blockSeqs : . . G . T . A G T A . TA CA . . GT CC GTTCATAAATAT TTAAA . T . A . CG GC . AAGATTCAAAACCATAGA . T T C . ATTT G ATTT A GC . . . TG . TTTA . T GG T A CAG A TCCCCCCCTTG C G AAC A TT ATTTAT AT AG A A AT A G C TC GGTCATATT A TCTG T TAC T CTGTGTAT T GTGTTTGTT AA AGTGTAT TGTGAGGGGGTTTGTGGG ATTG TGTGTGCC AAGGTCT TTGTGAA . G C ATGT . . AT C GTCC C . TTT . . TT T T . G . . T ATCA . TA TG GTGCA TGATA TTTTG . CA T G . G . G TGA TT A TGCC A G CTTTTGTGTGCTTG T G GTCC TC TG CC C GGTTGGTAT A NTT A CGNNNNNNNN A G TACA TTTGATAGGATTTTGGT GAGAG GG AGCA G TGT T CAG NNNGTAATT GG A . . . . . . . . AATT GT . . T . . . T . T . G T . . T . G . TTGAAAAAAAAAATTC . A . A C T A . . . . TATTA C
blockSeqs : . . . . . . . . T A . A . . . . . AAATTTAAT NNN . . . . . . . . ATTCAAAATCATAGAT . T T . . T . GTTT . . . . . . . ATAT . . GG . A CAG . . T . . A . ATTT . AT A . . A . C . TATCAGGTA A TCTG T TAT . TGTT T T . AGAT GGT GCAT TGTGTGTC AG GCATA . . A . . . GT G GTC . . . . . AT . T . . . . T AC . . . GTGCA . T . CA . A . G . . T CT A AT A . CTATT . T GTCC . TG A . ATCTTT . AGG A AACACG . T TACA GTGC G . GG A CGC T . GGTATGGT NN A . . . . . . . . ATT . . . . . . . C . T . . T . . T . A . TTAAACTCTTTTTCT . . . . C C T . . . . TATT
blockSeqs : . . . . . . . . T C . T . . . . . NNNNNNNN TTA . . . . . . . . ATTCAAATAAGCTAGA . . . . . T . GTTT . . . . . . . TT . . . . A CGT . . C . . A . ATAA . TT A . . A . . . TATCAGGTA A . T TAT . TGTC . T . AGAT GGG ATCG TGGTGCC GG GTA . . A . . . GC C G . . . . . NN . . . . . . N AC . . . ATGC . T . TG . A . . . . T TC . C C . TG . T A . TC . . ATCTTT . G A TGCGA . A CGT AT G . GG A CAT T . NNNNNNNN GT . . . . . . . . . AAT . . . . . . . C . T . . G . . T . T . TTC . . . . . . C . . . . TAA
blockSeqs : . . . . . . . . T T . C . . . . . AGAATAT TA . . . . . . . . ATTCACAATCATAGA . . . . . . . TCT . . . . . . . AT . . . . A CAG . . C . . A . ATTT . TT A . . G . . . GTGGGTC A . T TAC . TTGT . T . GGA GAT ATG CGATGCT AG GCA . . . . . . GT T G . . . . . AT . . . . . . A NN . . . ATGC . T . CA . . . . . . T . . C A . TA . . G . TG . . CAG . G A TACCA . A CA GT G . NN N NNN N . CATTGG . . . . . . . . . . AT . . . . . . . C . G . . G . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T C . C . . . . . TGAAAT TT . . . . . . . . ATTCAAAATCACAGA . . . . . . . AT . . . . . . . AT . . . . A GT . . C . . A . ATAG . TC A . . A . . . TGTGTAT A . G TA . TTGT . T . AGA GAT CTG ATGTGCC AT GCA . . . . . . AT C G . . . . . AT . . . . . . A AC . . . ATGT . T . TG . . . . . . C . . T A . TG . . A . TG . . AG . G G NNNNN . C TG GT T . NN G NNN N . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . C . . . . . AAATAT TT . . . . . . . . TTATCTG . . . . . . . GT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AT . TC A . . . . . . GTGAATC . . . . . CT . T . . GGG CTG T TG GCA . . . . . . AT T G . . . . . . . . . . . . A AC . . . A . T . TG . . . . . . T . . C T . TA . . G . CG . . A . A G NNNNA . G TG GT G . . N
blockSeqs : . . . . . . . . . A . C . . . . . ATA TA . . . . . . . . TTATCTG . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . AT . TT . . . . . . . GTGG . . . . . TG . . . . GG TG G TG TC . . . . . . TT T A . . . . . . . . . . . . T AC . . . . . . . G . . . . . . T . . C A . AA . . G . TG . . G . A A CAAG . A CG NN A . .
blockSeqs : . . . . . . . ATA A . . . . . . . . . . . . . AT G AG G . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C A . CG . . C . TG . . A . G A CGCA . A TG GC N .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . C A . CG . . G . NN . . A . G G TGCA . N CG NN G .
blockSeqs : . . . . . . T . . C . . CG . . G . G . . G . A G TGCA . N NN G N .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . TG . . A . T . . T . G N CA . A NN G G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA . . A . T . . A . N G GA . T CA G A .
blockSeqs : . . . . . N . . . . G . A G TA . T . G A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . A . . . .
blockSeqs : N
blockSeqCons : ** ** *** N******* *** C***** *** *** AAATAT************ TTA** ** *** ATTCAAAATCATAGA********* GTTT****** **** ** ***** ** CAG** C* ATNN*** TT A** TGTCGGTN********** TNNT**** AGA**** GGT****************************** TGGTGCC***** AG****** GCA******* ** GT G**** ** ******* AC****** ** ATGC*** T***** *** T***** C***** G*** TG A********** G**** GG** CGT NATGTGGT** ** *** *** ***** AT*** ** **** ** ***** C* ** **** *****
originalCons : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATT---AATTAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTC-AAATATCATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTA----G--T--ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCG--GACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-ATTTATTTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-------TGTC--GTATCAATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-T-TGT---TGTGTG-GGG--------TGGG--GGGAG---ATGTGT-----------------------GGT-------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTAT--TT--AA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GC--G--------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCAT----GCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATG--GTANTGNATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTA-AT-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
finalCons : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATAC-----TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--ATAAATAT------------TAATTTTTA--TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATATTCAAAATCATAGA---------TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTAGTTT------ATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTCCAG--ACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GCATNN---TTTTG--TTTGGTAA-TGA--CA--AT-CTG-TT--CCACCTATCATGTCGGTN----------AATCAATTAATT----GTTGTTATAATTGTG-TTNNT----GTGTG-GGG--------TGGG--GGGAGA----GTGTGGT------------------------------TAGGTGTGTG--A-T-GTGTGGTGCC-----TGTAAG------TATGCATGCA-------T-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGTG----TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNATAC------ATGTAT--TT--AA--GCATGCATGC---TT-----GCAT-----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATGT-----CT--GT-GC-----GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--TGT-GCA----------TGTGT-GC--G--TGCGTG--CG-----CGATG-TNTG--CG-TGC---------------GT--ATGCATG----CATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATNATGTGGT--ATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTTT-ATTCATAAT-GTAAT-----TTTAT---C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGCT-CTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 2222222222222222 111 1111 1 111111 1 1 1111 11111 1111 11111 1111 11 1111111 22222222222 22 111 44444444444 2222 111 22222222 111111 1 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888 1111 1111111 222222222222 11111111 1111111111 1 11111 1111111 11111111 11111 111111 11 111111 11111111111111 1111 1111111 11111111 3333333333333 22222222222222222 1111 111 33333333 111 111 11111 22222 1111 11 11111 1111 11111 2222 9999999999999999999999999999999999 1 1 1 1 222 11 1 22222 1 333333333
lowQualScore : 66 5 5 66 5 888 5 5 3 55555555 777 555555 66 777 777 66 66 6666666666666666 5 666 4 4 66 4 4 66 66 888 8888 2 66 5 2 888888 5 0 0 5 5 8888 4 88888 5 66 5 2222 77 0 99999 66 4444 5 5 33 5 3 7777777 5 33333333333 99 5 888 6 66 5 66 00 66 3 1 8 66 555 4 8 66 88888888888 6 0 66 1111 0 222 5 44444444 444444 0 88888888 66 8888888888888888888888888888888888888888888 0000 6 3333333 999999999999 33333333 5555555555 4 4 2 8888 4 55 77 2 44444 4 55 777 4 4 88 4 8 4 4 4 4444444 5 44444444 4 66 66 0 5 9999 11111 555555 4 77 3 9 3 6 555 6 555555 22 6 000000 3 2 0 99999999999999 2 8 1111 33 66 66 444 1111111 77777777 2 55 66666 6666666666666 2 1 77 22222222222222222 11 33 4444 3 0 666 2 111 55555555 4 0 1 99 111 111 6 6 6 6 66666 66666 6 99 99 4444 55 66666 6 6 77 99 5 4444 6 1 6 6 3 66666 1 1111 4444444444444444444444444444444444 0 0 0 0 2 000 1 33 0 55555 0 222222222 0 1
lowQualScore : .. . . .. . ... . . . ........ ... ...... .. ... ... .. .. ................ . ... . . .. . . .. .. ... .... . .. . . ...... . . . . . .... . ..... . .. . .... .. . ..... .. .... . . .. . . ....... . ........... .. . ... . .. . .. .. .. . . . .. ... . . .. ........... . . .. .... . ... . ........ ...... . ........ .. ........................................... .... . ....... ............ ........ .......... . . . .... . .. .. . ..... . .. ... . . .. . . . . . ....... . ........ . .. .. . . .... ..... ...... . .. . . . . ... . ...... .. . ...... . . . .............. . . .... .. .. .. ... ....... ........ . .. ..... ............. . . .. ................. .. .. .... . . ... . ... ........ . . . .. ... ... . . . . ..... ..... . .. .. .... .. ..... . . .. .. . .... . . . . . ..... . .... .................................. . . . . . ... . .. . ..... . ......... . .
lowQualScore : 99 0 0 99 0 888 0 0 2 44444444 888 888888 11 888 888 11 11 9999999999999999 9 666 4 4 11 4 4 99 99 888 1111 5 99 0 4 222222 0 0 0 0 0 3333 4 66666 0 99 0 1111 99 7 44444 99 5555 0 0 88 0 2 5555555 0 88888888888 55 0 888 5 99 0 99 11 99 6 9 9 11 111 4 9 99 99999999999 5 1 99 2222 1 000 0 44444444 444444 0 11111111 99 4444444444444444444444444444444444444444444 6666 1 3333333 111111111111 22222222 3333333333 0 0 0 5555 0 55 77 3 77777 0 55 000 0 4 77 4 9 4 4 4 4444444 3 00000000 4 11 11 9 0 0000 11111 888888 0 77 3 2 1 2 444 2 555555 77 2 666666 2 9 9 00000000000000 7 0 0000 77 55 33 777 3333333 00000000 5 99 88888 2222222222222 7 0 99 22222222222222222 88 99 3333 0 9 000 5 777 00000000 3 8 0 22 777 777 7 7 7 7 77777 77777 7 22 22 2222 88 77777 7 7 77 22 7 2222 7 0 7 7 5 77777 0 2222 2222222222222222222222222222222222 0 0 0 0 5 222 2 88 0 00000 0 888888888 7 0
consensus : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATTAATTTTTATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTCAAA--AT-CATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTAGTT--TATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTC--C--AGACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TA-TTTTG--TTCGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCATGT--GGTNA-ATCAATTAATT----GTTGTTACAAT-TGTGTT----TG--TGTGT------G-GGG--------TGGG--GG--------------GAGAT-------------------G----TGT----GGTTAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-GT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--T---GT-------GC--A-----T-GTGT-GC--G--TGCGTG---CG-----CGATG-TNTG--CGTGC---------------GTATGCATGCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATGGT-TGG-ATNGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAA-TGTAAT-----TTT-A---T-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGC-TCTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
Reference ( family-2851 ) : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCN-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATTAATTTTTATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---ATA---TTCAAA--AT-CATAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTAGTT--TATC-CT--C-TGCATTAT----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-A--TT-CTCAGTC--C--AGACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TNNTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCATGTC-GGTNA-ATCAATTAATT----GTTGTTATAAT-TGTGTT----NN--TGTGT------G-GGG--------TGGG--GG--------------GAGA--------------------G----TGT----GGTTAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GGCGTGCGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGNAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACGCA-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CT--GT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGCGTGC------------GT-GTA-TGTG---T--GTACATGTG--T---GT-------GC--A-----T-GTGT-GC--G--TGCGTG---CG-----CGATG-TNTG--CGTGC---------------GTATGCATGCATGCA--TGTATGTGTGG--GTACGTATGTATGTACGTATGTGTGC---ATGTATNATGTGGTATGGTATAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAA-TGTAAT-----TTT-A---T-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGC-TCTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGNCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGNG----TTTTTTCGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTCTTT-CTTCCTCCTC--CCATTTC--TATG-CTAG-----ATGTT-ATTGG----TA-TATATCAAGTCGCTCCGCCCNTCAGTGGAT
gi|1 : ----C-TGTATTTCATATC-CT--CGTGCATTACAATCTGTTATTTGCAGACATAGTAGAAGAACAAAT--CATCAA-A--TT-CTCAGTC--CGAAGACAG-TTT------------GACCG-A---CTA--GCCA--TATTTTTG--T--GGTAAATGA--CCTAAT-CGA-TT--CCACCTATCA-----------AT---TTTTTT----GTTGT-ACAATCTGTGTT----TTGATGTGTAGTGTTG-GGG--------GGGG--GG--------------GGGATGTGTTTGGAACAGGGACTCG----TGTCTGCGGTTAGGTGTGTG--A-TTGTGTT-GTGATGCCCTGTAATG-----TATGCAT----GGC--ATTGTGC-TT-GTA----TGTGATGGACG-GCATGTAG---TG-TCAGTTTGTG---TGCCATAGAATGC-A-GTCT-GCAATATCATTACTATGCATTATAATCAATGTA-TAATTAA--GCATGCCATCGC-TT-----GCACT----GTGTGCCACACC-AGC-ATTGCAC-ATACCGTCATGCTCT--TT--GT-G---CCGATATGAAT-TC---CA-GC-TGC------------AT-A---------------ACA-GTG------AT-------GCT-A-----T-GTGT-GCT-G--TACAT-----------------TGTG--CATGC---------------TTATGCA--CCTGCA--TG---------------GCA---ATGGA---ATG-GAGC---ATGGATGGACTGG-ATCGTATAAAGAACAAATCTGAACTAAGAACATGGTATCAATTTTTTATTCATAATTGTAATAATAATTT-ATATT-C--ATTAATTTCTGCGGACTAACCTCGTACTGCTTCTTGCTTTCGCTCTATTGCTGCCCTATT-TGTCAGCTTTTTTTTAATATCCATCCCAATCTATCTACAGTGGCGTTTTTTTCAAAAAAAAACTAAAAATTATTCATC-------TGAGC-AGTCAAGAATCTCTTT-CCTCATCCTCTTCCATTTCCGTATGTCTAGCAACTGTGTTAATTGGAGGCAA-T-TATCAAG
gi|10 : tgtatcgtcTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCGCCTATCA------GTGG-ATCAATTAA-T----GT-------AT-TGTGTT----TG--TTTGT------G-GGG--------AGGA--GGAGTGTATGTGTTGTGAGG--------------------GGGTTTGT----GGGTAGGTGTGTG--ATT-GTGTGTGTG----CCTGTAA-G-----TATGCAT----G-----T-GTGT-AT-TTA----TG-GA--GGCATGCGTGT-GTC-TG-T--GTTTGTG---TGC-AT-GATTGC-A-AT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCACGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACATA-TTG-AT-GCGT-AT---GT-ATG-------T--GT-G---C--GTATGAAT-TTTTGCAT--GTAT------------GT-GTA-TGTA---T--GTACA--TG--T---GT-------GC--A-----T-GCGT-GC--G--TGCATG---C--------ATG-TGTA--CATGC-----------------ATGCATGCATGTA--TGTATGTATatcaccttctaatcttctgcctcataaatttagtgctacgagaaatgttagataaacaattgaagacattgtacaactccttccgcattggagacccgctttgagctcgaaaactccgttgctgcacaatcacaacgtgaggcaagtgatacgatcagaagcacttttctcattcagtagtttcatcttactcttggcacaatttttattttttta
gi|11 : CAGCTTTTGAATC-CTTCGGA-ACTTGATT-CC--TGTCACAGAAGAATTCAAATATTAGC-TC--TTGTTTGTTTATCACTG--TT----T------A-AATTGTAAATTACATTACATACTCTATTA-TCCTAC-TAAGAGA--AGA--AGTGAAT----TTCAAA--ATACCTAGTACCCTTGCGTA-GTA-A-CGTT----C-TGTA
gi|11 : TTG-----AGAA--ATTTAC-TCTA-A--TTTCTCAGTC--C--AGACAG-TCTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TTTTATTG--TAGGATAA-TGA--C---AT-CTG-tataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgtttgagaaatttactctaatttctcagtccagacagtcttgacgacaagcattttattgtaggataatgacatctggtt
gi|13 : cagcttttgaatccttcggaacttgattcctgtcacagaagaattcaaatattagctcttgtttgtttatcactgtttaaattgtaaattacattacatactctattatcctactaagagaagaagtgaatttcaaaatacctagtacccttgcgtagtaacgttctgtatataggtctcgtatattccttatcatgcaattctaaataacttgcgttaccagagtcaaggatctgt-------A---AAATA----A-AT--CT---TGTTTAT---TAGTTTC--ATTG----A-AAT-----ATT--TTTAAATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AAG--GCAGCAG---ATA---TTCAAA--AT-CATAG-AT--TTG-GTA-AAT-A-T--T----C-T-TGATT--TATC-CTGCC-TGCATgtt
gi|14 : ccttaagcacatgccactgaactgaactatccacctgggggggggtccccccccaaaGTGTGT------------AT-GTA-TGTG---T--GTATGTGTG--TGTGGT-------GT--A-----T-GTGT--T--G--TGCGAGGGTTG-----CGTTG-CGTG--CGTGC---------------GTGAG-A-GCATGCA--TGTATTTGCAGCAGTGC-TATGTATGTATGTATGTATGTCAGATGTATCAT-TGG-ATG
gi|15 : tgACGTATGCACGTACGCATGTGTGC---ATGTATGA---------------GGAACAAAG--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAA-TGTAAT-----TTT-AAT-T-C--AT--ATAT----GG--TGAC-----A-TGC-TCTTCT-TTCG--CTATTGTT----TGAT-GGTTAGCTTTTGTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGtgacattacaaaacctacag
gi|16 : C-AT-TCAT-GT---GT-GTG---T--CT--G-------------------CGTGCGTGCGTGT------------GC-ACA-TACA---T--GTACATGCA--T---GT-------GCCAG-----T-GTGT-AT--G--TGCATG---CA-----AG-TG-TATG--TGTGC---------------ATTTACATGTATa
gi|17 : gcgtaatgacttcctCATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATTACCA-TGTCA-------A---AAATA----T-CT--TT---TGCTTAN---NN--NNN--NN------N-NNN-----NNNNNNNNNNNNNCT-TATTGTTC--A--TAA-Aatggacaaataacttaggatctacagcttgga
gi|18 : AGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAA-TGTAAT-----TTT-A---TTC--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGT-TCTTGC-TTCG--CTTTTGTT----TGAT-TGTCAGCTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----Atattaatgaattcatgaattcaatgaaaatggtatcgcaatttgcatagcatct
gi|19 : GC-ACACA-TGC-AT-GCAT-GC---GT-ATG---T--CTTTGT-G---C--GTATGAAT-CCGTGCATGTGTGT------------AT-G---TGTG---T--GTACA--TG--T---GT-------GC--A-----T-GCAT-GC--A--TGCATG-----------GATG-GATG-----GA---------------G-ATGGATGGATGGA--TGTAT
gi|2 : CATGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AACT-----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AAT-----ATAAATTTT-ATACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA---AA--AG---CTA---TTCACA--AT-CATAG-A---TAT-GTA-ATT-A-TG-T----C-TGTAAT----ATC-CT--C-TGCATTAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--CT-CTCAGTC--C--AGACAG-TTTT-----------GAT-G-A---CAA--GC-A--TAATTTTG--TATGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCACCTATCA-GTG-GGTCA-ATCAATTTCTT----GTTGTTACAGT-TGTGTC----TG--TGTGT------G------------TAGG--GG---------------------------------------------C----GG---GGAGTGTG----T-GTGT-------------TAG-G-----GAGG---------------GGG--GT-GGG----TG-G------GTAGGTGT-G------T--GATTGTG---TGT-GT-G-------------------TC-------TG---------------------TAA--GTATCC-A------T-----GCA-T----GTGTGT-ATGTA-TGG-AG-GCAT-GT---GT-GTG---T--CT--GT-G-------------T-TTGTG--TGCATGA------------AT-GCA--GT----T--GCAGATCTG--T---AT-------GT--A-----T-GTAT-TT--A--AGCATG---T--------ATG-TCTG--TGTGC---------------GTATGAATTCGTGCA--TGTGTGTGTGG--GTATATATGTATGTACATGTGTGTGC---ATGTATGGTATGGTATGGTATAAGGAGCAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAA-TGTAAT-----TTTAA---T-C--AT--ATTT----GG--TAAC-----A-TGC-TCTTGC-TTCG--CTGTTGTT----TGAT-GGGCAACTTTTTTGT-AT-TCCTTCCCATTTTA-----AGGG----TTTTTTTGAAAAA-----AAAAAT------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATCTTTTTACTTTCTC--T--CCATTAC--TATG-CTAA-----ATGTT-ATTGG----TA-TTTATCAAGTCACTC
gi|23 : gcaCGTGCGTGCGTGC------------GC-GTG-TGTG---T--GTATGTGTG--T---GTC------AC--AG----T-GTGTAAC--NTTTGCGTG---CG-----CA--G-CGTG--CGTGC---------------G--TGC--GCGTGTG--TGTATGTGTatttttcctcaataatagtgctcgagaagttgtaaacaatattgatctacattgggcttagcaaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaagacttttttttctagaggtatctttcttggcaatgttttttttttttattcaagtctacattttttatttaaggaaaattaattatttatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataaactaatttttagggtaaattcctagtttaaatgaagttttt
gi|24 : gT--GT-G---T--GTATG-----CGTGCATGCGTGCTTTTGTGTGCTTGT-GTG-TGTC---T--GTGCATGTGCCT---GT-------GT--G-----T-GTGT-GC--G--TGCGTG---TG-----CG
gi|25 : cgA-G-----TATGCATTTGTG-A--AT-GTGT-GC-GTA----TG-CG--TGCGCGCACGT-G---TG-T--GTTTATA---TAC-Atct
gi|25 : --GTATGCAT-TTGTGAATGTGTGC------------GT-ATG-CGTG---C--GCGCACGTG--T---GT-------GT--T-----T-ATAT-ACAGG--TACATG---TA-----CCATG-ggtacatgtaccatgctcatg
gi|26 : a-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ACG---C------GT-G---C--CTA-----------CCTGCGTGC------------GT-GTG-TGTG---TTCGTAC--GTG--T---GT-------GC--A-----T-Gctcatg
gi|27 : atttac-TATG--TGTGT---------------GTATACAT--ATGCAGGTGTAAGTGTGG--GTACAT
gi|28 : atatgacatattcagtgcaC--G-----T-GTGT-GC--G--TGCATGAA-CA-----CG-TG-CATG--CGTGC---------------GTACGCATACATACA--AGTATCTGTgc
gi|29 : GCG-TGC-AT-GCAT-GT---GT-ATG---T--CTCTGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGatta
gi|3 : aaCATGCCAGCTT--GGA-A-CCT--GATAT---ATT-CCAGTGTCC-------A---AAATG----C-TTCATG---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A-AATTTA--ATTAATTTTTATACA-TATTA-TC--ACATAA-AGACGGAC--AG---ATA---TTCAAATAAG-C-TAG-A---TTG-GTA-ATT-A-TG-T----CGTGTA-----TATCATT--C-TAC-TTAT----TGTTAC--GCAGACTTGTG---AGAA--GATATC-TCTA-A--TT-CTCAGTT--C--GTAGAGATTTT-----------GAC-G-GAACCAATTGC-ATTTATTTTTGATTTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TTTCCCACCTATCATGT---GT---AT-AATT--TT----AATGT----AT-TG-GTT----GT--CGTGT------G-GGG--------TAGA--GG--------------GGGA--------------------G----TGT----GGTTAGGTGTGTG--A-T-GTGTG-GTG----CCTGTAA-T-----TATACAT----G-T--AT-GTGT-GT-GTA----TG-GA--GACGTGTGTGT-G---TG-T--GTTTGTG---TTC-AT-GAATAC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAC----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGC-AT-GC-TT-----GCA-T----GTGTGC-ACACA-TGC-AT-GCAT-AC---GT-ATA---T--CTTCGT-G---C--GTATGAAT-TCGTGCATGTGTGT------------GT-GTA-TGTA---T--ATACATGTG--T---GT-------AC--A-----T-GTGT-AC--A--TGCGTG---CGNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGAACAAAT--GAA---AGAA---AG-A-CAATTTT-TATTCATAG-TGTAAT-----TTT-----T-C--AT--ATTC----GG--TAAC-----A-TGC-GTGTGC-TTCG--CTGTTGGT----TGGT-GGGCAGCTTTTTTGT-AT-TCTTCCCCATTTTA-----AGAG----CTTTT------------------T------TC-------TG-GC-AGTCAA-AATATCTTT-CTTTCTTCT---CCATTTC--TATA-CTCG-----ATGTC-ATTGG----TA--ATGACAATCTGTTCCGCCTATCAGTGGAT
gi|30 : C---------------GCATGCATGCATGCA--TGTATGTGT----GTATGTATGTA
gi|31 : atgca-GC-AT-----GCA-T----GTGTAC-ATGCA-TGT-AT-ATAT-GT---AC-ATG---T--
gi|4 : GTGTGGCA-T--TGCG-ATG----CTTGTG----------TG-AT----T-C---T-GTAT-GCCATA----TG-AA--GTCATGCATGC-G---GGCT--ATTTCTN---NNN-NN-NNNNNN-N-NN-N-NNN-NNNN-------NNNNN----NN--NNNNN-N--NNNATGATATGC-AT-GT-TTTGATAGGA-TTTTGGTGTAC-ATGCA-TGC-AT-GTAT-GT---G--ATG---TGATG--GT-GA--T--GTATATATGCCATGCATGTATGC------------ATTGTAGTGTA---T--GATTATGTGA-T---GTAAGGTTGGT--A-----TTATGT-AC--G--CACGTN---NN-----NNNNN-NNNN--NNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNGTA--ATTGTGTTATGAACA--T--CGA---AAAA---AG-A-CCATTTT-TATTCAT-A-TGTAAT-----TTT-A---T-CGTAT--ATTT----GGT-TAAC-----A-TGC-TCTTG--TTCG--CTGTTG-T----TGATGGGGCAG-GTTTTTGT-A--TCCTTCCCA-TTTA-----GGTT----TTTTTTT-------------AAAC------TCTTTTTCTTG-TCAAGTCAA-AATCTTTTT-CTTCCTCCTC--CCATTCT--TAAG-CTAG-----ATGCT-ATTAG----TATTATATCAAGTCACTCCATTCCTCAATGAATatta
gi|5 : CTT--GAA-CGCTT--AA-AT---ATC-CGA-TGTCT-------A---CAATA----TATC--TT---TGTTTAT---TT--TTCCCAT------AGAAT-----ATTAATTT--ATACT-TATT---C--CG-TAT-AAA--GTA--AG---ATAAGATTCAAA--AC-CATAG-A---TTG--TA-ATT-G-TA-T----T-TGTA-TC--TACT-CT--C-TGCAATAT----TGT-AC--GGA-ACTTG-----A-----ATT--C-TCTATA--TT-C-CAATCGTC-----CAG-TTTTTCCCCCCCTTGGAC-GGA---CAA---C-A--TT-TTTGG--TTTGGTAAATGAATT--GATGCTA-TT--GC---TATCA-----GGTCATATTG--TAATT----CTTGTTA-AAT-TGTGTT----G------GT------G-GGG--------TGGG--TG--------------G-----------------------------------GGGTAGGTG-GTG--A-T--TGAT-GTG----CCTGTAA-AGGTCTTAAGCAT----G-C--AT-GTATGGT-GTAATGTTG-GA---GCATGTG-GT-----TG-T--GTCTGTATTTTGC-AT-GAATGCTA-GT-TGGCA-TATC-------TGAAT----ATCAATGTATT--TTAA--G---GC-AT----TT------CA-T----GTGTG----GCATTGCGAT-GCTT-GT---GTGAT----T--CT--GT-ATGCC--ATATGAAG-TCATGCATGCGGGCTAT---------TT-CTN-NNNN---N--NNNNNNNNN--N---NN-------NN--N-----N-NNNN-NN--N--NNNNNN---NN-----NNATGATATG--CATGTTTTGATAGGATTTTGGTGTACATGCATGCA--TGTagtgcttgggagatttaaacatattgtgtacgttagggcttagcgtaacatggtgacatcaacaatgaggagtgatgagaatagaaacttttttttttccaggatgttattttcttgcattttttttttaatatttagtctacattttcttttataggaaaattaatcgattggtttagaatttttattgaagtgatgagcatataaaataacttaaatttaaggagcaaatccctagtttaaattgaagttgtttgggctaataataa
gi|7 : agcATGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A---T-----AT-AATTTTT-TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT----TT------AT-C-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTAGTT--TATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC------------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-A--T--TTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTTTATCAGGTAA-ATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAAC-TGTGTT----TG--TGTGT------GTGGG--------TGGG--GG--------------TAGAT-------------------G----TGT----GATTATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--T---GT-------GC--ATCTTTT-GTGT-AC--A--TGTGTG---TG-----C-ATG-TTTGTACATGC---------------G-ATGCATACATGCA--TGCAT
gi|8 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTC--GA-AT---ATT-CCA-TG--C-------A---AAATA----C-TC--TT---TGTTTAT---TG--TTC--AT------A---T-----AT-AATTTTT-TACT-TATTA-TC--AC-TAA-AGA--GAA--AG---AT----TT------AT-C-TG------TTG-GTATATTTA-TG-TT---C-TGTAGTT--TATC-CT--C-TGCATTAT----TAGTAC--GGAGACTTG-----AGAA--AAT--C-TCTA-AGGTT-CTC------------CAG-CTTT-----------GA--G-A---C-A--GC-A--T--TTTTG--TTCGGT-A-TGA--C---AT-CTGCTT--CTATCTATTTTATCAGGTAA-ATCAATTAATTTCTGGTTGTTATAAC-TGTGTT----TG--TGTGT------GTGGG--------TGGG--GG--------------TAGAT-------------------G----TGT----GATTATGTGTGTG--C-T-GTA-G-----------GTAT-G-----TATGCAT----G-C--AT-GTGT-GTAGTA----TG-GA--GGCA---ATGT-A---TG-T--ATCTGTG---TGC-TT-GA--GC-ATAT-T-GCA-TATC-------TGAAT----AC--ATGTA-T--TTAA--GCATGT-GT-GCATT-----GCA--------GTGC-A---A-TGCAAT-GCATGGT---GT-ATG---T--CT--GTAG---C--GTATGAAT-TCATTCATGTGT---------------T-GTATTATGTCCT--GTACAT-TG--T---GT-------GC--ATCTTTT-GTGT-AC--A--TGTGTG---TG-----C-ATG-TTTGTACATGC---------------G-ATGCATACATGCA--TGCAT
gi|9 : TGCCAGCTT--GAA-C-CTT--GA-AT---ATT-CCA-TGTCA-------A---AAATA------TC--TT----GTTTAT---TG--TTC--ATGTTCATA-AAT-----ATTGATTTT-ATACT-TATTA-TC--GC-TAC-ATA--GAA--AG---TTA---TTCAAA--AT-CACAG-A---TTT-GAA-ATT-ACTG-TATTTC-TGTAGT----ATC-TT--C-TGCAATAG----TGTTAC--GCAGACTTG-----AGAA--A-T--C-TCTA-A--TT-TTCAGTC--C--AGACAG-TTTT-----------GAC-G-A---CAA--GC-A--TAGTTTTG--TTTGGTAA-TGA--C--AAT-CTG-TT--CCATCTATCA-GTG-AATCA-ATTAATTACTT----GTGGTTACAAT-TGTGTCTGTGTA--TGTGT------G-GGGGTGTTTGTTGGGAAGG--------------GAGA--------------------G----TGT----GGGTAGATGTAAG--A-TCGTGTGTGTG----TCTGTAA-G-----TATACAT----G-CATAT-GTGT-AT-GTA----TG-GA--GGCTTGTGTGT-GTCCTG-T--GTTTGTG----GC-AT-GAATGC-A-GT-T-GCA-TATC-------TGTAT----AC--TTGTA-T--TGAA--GTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TGAATGACCTCAAAAGGCTTTGTTTTTCATAGAGTTTTTTCTTTGGACAATTTTAGGTTTTTTCGTATTTGGGCGAAATTTCATTTATGTGTAAATATTATCATGTTTGGAATTATTTATTGAAGTGATGATCATATGATTAGATAAACATCTTGTTTAGACAATTCCTTAAATAAATGAGTTTTTTTTGGTGAATACTAGGAATAATATTATACTCCATGATTATTTAAGAAAACTTCCTTAAATGGCCAATTTAGTCCATTGTTGTTCATTTTGAAGTTATTATTTTACACTTCAAATTCTAGATAACTTCTAATTTTGATTCTGAATCAAAAAATAGCTACCGGTAGTTAAGCTCATATTTGGGACTCTTATTCATTTTCAAAATTGCCAAGGGGAATAACTCGGTTTTGCTGCTTATAAAGTAAATGACTCTGTTCTAACATAATTTTCACGAATAAATTTTTGTATAACTCATGTGTGACACAATTTTATTAAGCAAATCTTTTAAATATCATGAATATCTAAAAGTGTAGGCTTTTAAATGTTTAGAATTCTGGAGTCTTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGGGCTTTCAGCCGAAAACTGTGACATCACAAGGCTGGAATAGATGACCAATCAGCAAAGATATTTTTTTTTCCAGTGGTTATCTTGTTTTGGCAAAAGTCGTTATTTTCTATTATCTAAGTATAATCATTTTATATTTAAGGAAAAGTTATTCACTGTTCTAGACAATAATTCTATTGAAGCGATGGAACATGATAGAATAAGCTAAATTTTAGCGGCAAATTACCGTAAAGTTTTAAATGAATGTTACTCTTGGGCTGAAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTTAAAATTTAAATATACCTTTTCTATCTAAGGAAAATTATATCGTTAGAATTATTTATTGAAGTGATGACATAGTAGAATAATTATTTTTAGGGCAAATTCCTAGTTTAAATGAA
Unaligned ( gi|21 ): GTGATGACATCAGAAGATTTTTTTTTCCAGTGTTATCTTTCTTGGCAAATTTTATTTTTATTATCTAAGTATACATTTTATATTTAAGGAAAATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGGCTTTAGCAACTGTGACACACAGATGAGGGATGATGCATCAGAAGGACTTTTTTTCCAGATTTATTCTTTCTTGGGCAAATTTTTGTCTCTAT