lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 44444444444444
lowQualScore : 77 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 333 2 2 33 2 888888 888888 2 2 2 2 77 9999999 2 2 66666666666666 5 2 33 2 2 2 33 2
lowQualScore : .. . .......................................................................................................... . ... . . .. . ...... ...... . . . . .. ....... . . .............. . . .. . . . .. .
lowQualScore : 44 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 777 9 9 99 9 222222 222222 9 9 9 9 99 3333333 9 9 11111111111111 7 9 99 9 9 9 99 9
consensus : TGGGTGATTTTGGCG-AACAATAAGCCTATTCAC---TGGNTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTAAAAAAC-AATACAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TC-AGA------------A-T-CA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
Reference ( gi|6 ) : TGGCCGATTTTGGCG-AACAATAAGCCTATTCACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAAAAGC-AATACAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TC-A-C------------A-T-CA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCAGCATCATGAT
gi|9 : TGGGTGATTTTGGCG-AACAATAAGCCTATTCA----TGATTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAACA-AATACAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TT-AGA------------A-T-CA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGAAGCA
gi|7 : aagaTGGGTGATTTTG-CG-AACAATATGGCTATTCAC-----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTAAAAAAC-AATACAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TC-AGA------------A-T-CA--T-CTTCAG-ATTTTG-C--TCC--C-GGCAGCATCAT
gi|4 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AA---TAAGCCTATTCACt
gi|8 : aagaTGGGTGATTTTGGCG-AACAATATGCCTATTCACgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatatatataatacatagaccatacatcaaagcagaatatttaatcaaaatcatcgtcagaatttgcttcacgggcagcatcaatg
gi|5 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AACAATAAGCCTATTCACgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatataaaatacatagatcatacatcaaagcagaatacttaatcagaatcattgtcataatttgtttcacaggccgcatcatg
gi|19 : agaTGGCTGATTATGGCG-AACAATAAGCCTATTCAggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacataataatatctaatacattagattctacatcaaagcagaatcatcgtcagaaatttgttttcacgggcagcatcaa
gi|18 : aagaTGGGTGGTTTTGGCG-AACAATAAGCCTATTCACtg
gi|11 : aagaGAGTTTGGTG-AACAATTAGCCTATTga
gi|2 : GAGTTTGTTG-AACAATTGGCCTATTCACgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaataaaaacgaatgaatagatcgtacatcaaagcagaacatttaatcatcatcataatttgatcatcatcataatttgtttctcaggcagcattatgtattt
gi|20 : aaatttgagaatgggtgccccgaGATTTTGGCGGAACAATAAGCCTATTCACagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaataaaagcgaataaatagaatattacatcaaaacagaatttttaaccagaaccatcagcagagtttattttacaggcagaatcctata
gi|10 : ggtAAAAA---AATACAT-AGGATCA--T-CAA------T------C-A-A-AGC-AG--AAGA--------TTAA-TC-A-G------------A-TACACTT-CGTCAG-AAT----T--TTCA-gac
gi|11 : gaagatgggtgactttatcgagcgatttcgagtccgggagtcctattcacgatcagtaccgattcgatcgccggtaaatcgcattcattttacttattacaattataccgttctaaacatgtatcaaaatacactgcattAAAAACGAATGAAT-AG-ATCG--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AACA-------TTTAA-TC-A-TCATCATAATTTGA-T-CA--T-CATCAT-AATTTG-T--TTCT-CAGGCAGCATTATGtag
gi|2 : gagtttggtgaacaattagcctattgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaatAAAAGCGAATAAAT-AG-AATA--TTACA------T------C-A-A-AAC-AG--AATT-------TTTAA-CC-A-G------------AAC-CA--T-CAGCAG-AGTTTA-T--TTTA-CAGGCAGAATCtattt
gi|12 : aaatttgagaatgggtgccccgagagtttgttgaacaattggcctattcacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaatAAAC-AATACAC-AG-ATCA--T-ACA------TATACATC-A-A-AGC-AG--AATACCCGGTATTTAA-TC-A-G------------AAT-CA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCATCATCATGctata
gi|15 : AAAC-AATACAC-AG-ATCA--T-ACATGTACAT------C-A-A-AGC-AG--AATG-------TTTAA-------------------------------TCAG-AA--TG-T--TTCA-CAGGCAGCATCACGATt
gi|4 : -AATACAT-AG-ACCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TCAA-A------------A-T-CA--T-CGTCAG-AATTTG-C--TTCA-CGGGCAGCATCAt
gi|8 : aagatgggtgattttggcgaataagcctattcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatatatat-AATACAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------CTTAA-TC-AGA------------A-T-CA--T-TGTCAT-AATTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGatg
gi|14 : gaagatgggtgattttggcgaacaatatgcctattcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatataa-AATTCAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--AATA-------TTTAA-TC-AGA------------A-T-CT--T-CGTCAG-AACTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCAT
gi|13 : aa-AATAAAT-AG-ATCA--T-ACA------T------C-AGA-AGC-AAGAAATA-------TTCAAATA-G-A------------A-T-CA--A-TTTCAG-AATTTG-TGTTTCA-CGGGCAGCATCATG
gi|5 : aa-AATACATTAG-ATTC--T-ACA------T------C-A-A-AGC-AG--A----------------------------------A-T-CA--T-CGTCAGAAATTTGTT--TTCA-CGGGCAGCATCAg
gi|3 : agatgggtgattttggcgaacaataagcctattcacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacataataatatctATACAT-AG-ATCA--T-GCA------T------C-A-A-AGC-AG--ACTA-------TTTAA-TC-AGA------------A-T-CA--T-CGTCAG-GCCTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGa
gi|1 : aagaagatgggtgactttatcgagcggagtgcctattcacgactcagggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATACAT-A--ATCACCT-GCA------T------CCA-ACAGCCAGGCACTA-------TTTAA-TC-AGA------------A-T-CA--TCCGTCAG--GCCTG-T--TTCACCAGGCCGCA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAGATGGGCGACTTTATCGAGCTGAGTGCCCACAGAGGG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAGATGGGTGACTTTAATCAAGCGGAGTGGACCCAC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAGAAGATGGGTGACTTTATCGAGCG
Alignments
lowQualScore : 2222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 111111
lowQualScore : 3 44 2222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 8888888 2 33 2 777777 000000 2 2 2 77 5555 8888888 8888888 5555 33 2 2 2 33 2 3
lowQualScore : . .. ....... ........................................................................................... ... ....... . .. . ...... ...... . . . .. .... ....... ....... .... .. . . . .. . .
lowQualScore : 1 22 4444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 7777777 7 77 7 777777 333333 7 7 7 33 7777 7777777 7777777 7777 77 7 7 7 77 7 9
consensus : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCAC----GACTCGGGGTA-CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAAAC--AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
Reference ( family-2808 ) : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCAC---TGGNTCGGGGTA-CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTAAAAAAC--AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
gi|1 : TGACTTTATCG-AA----GCGAGGCTATTCAC---CGACTCAGGGTA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAAGAAATATACATA--ATCACCT-GCA------TC-----CA-ACAGCCAGGCA----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--TCCGTCAG--GCCTG-T--TTCACCAGGCCGCA
gi|10 : acacagaagcatggtgccTAAAAAA----A-------TACATAGGATCA--T-CAA------T------CA-A-AG-CAG--A----AGA--------TTAATCA-------GA----TACACTT-CGTCAG-AAT----T--TTCA-Ccaat
gi|11 : gaagatgggtgactttatcgagcgatttcgagtccgggagtcctattcacgatcagtaccgattcgatcgccggtaaatcgcattcattttacttattacaattataccgttctaaacatgtatcaaaatacactgcatGAGTTTGGTG-AAC--AATTAGCCTATTGAT---TGtag
gi|11 : AAAAACG-AA-------TGAATAG-ATCG--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ACA-------TTTAATCATCATCATAATTTGATCA--T-CATCAT-AATTTG-T--TTCT-CAGGCAGCATTATGcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaataaaaacgaatgaatagatcgtacatcaaagcagaacatttaatcatcatcataatttgatcatcatcataatttgtttctcaggcagcattatgtattt
gi|12 : gagtttggtgaacaattagcctattgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaatAAAC--AA-------TACACAG-ATCA--T-ACA------TATACATCA-A-AG-CAG--A----ATACCCGGTATTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCATCATCATGtattt
gi|13 : --AA-------TAAATAG-ATCA--T-ACA------T------CAGA-AG-CAAGAA----ATA-------TTCAAATA-------GA----ATCA--A-TTTCAG-AATTTG-TGTTTCA-CGGGCAGCATCATGt
gi|14 : aa--AA-------TTCATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCT--T-CGTCAG-AACTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATg
gi|15 : aaAAAC--AA-------TACACAG-ATCA--T-ACATGTACAT------CA-A-AG-CAG--A----ATG-------TTTAATCA-------GA----A------------------TG-T--TTCA-CAGGCAGCATCACGAT
gi|18 : TGGGTGGTTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCAC---t
gi|19 : aagaTGGCTGATTATGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCAga
gi|2 : aagaGAGTTTGTTG-AAC--AATTGGCCTATTCAC---tg
gi|2 : aaatttgagaatgggtgccccgaAAAAGCG-AA-------TAAATAG-AATA--TTACA------T------CA-A-AA-CAG--A----ATT-------TTTAACCA-------GA----ACCA--T-CAGCAG-AGTTTA-T--TTTA-CAGGCAGAATCagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaataaaagcgaataaatagaatattacatcaaaacagaatttttaaccagaaccatcagcagagtttattttacaggcagaatcctata
gi|20 : aaatttgagaatgggtgccccgagagtttgttgaacaattggcctattcacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaatGGTGATTTTGGCGGAAC--AATAAGCCTATTCAC---ctata
gi|3 : TGGGTGACTTTATCG-AGCGGAGT--GCCTATTCAC----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NA-------TACATAG-ATCA--T-GCA------T------CA-A-AG-CAG--A----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-GCCTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGgac
gi|4 : aagaagaTGGGTGATTTTGGCG------AATAAGCCTATTCAC---
gi|4 : aagaAT--AA-------TACATAG-ACCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------AA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-C--TTCA-CGGGCAGCATCAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatatatataatacatagaccatacatcaaagcagaatatttaatcaaaatcatcgtcagaatttgcttcacgggcagcatcaatg
gi|5 : aagatgggtgattttggcgaataagcctattcacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatatatatTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCAC---GGNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATAA-------TA-ATAT-CTAA--T-ACA------T--------------TAG--ATTCTACA-------TCAAAGCA-------GA----ATCA--T-CGTCAGAAATTTGTT--TTCA-CGGGCAGCATCAatg
gi|6 : agaTGGCCGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCACCANNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAAAAGC--AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA--------C----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCAGCATCATGATa
gi|7 : TGGGTGATTTTG-CG-AAC--AATATGGCTATTCAC-----GANNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTAAAAAAC--AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CTTCAG-ATTTTG-C--TCC--C-GGCAGCATCAT
gi|8 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATATGCCTATTCA---------CGANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATATATAA---AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------CTTAATCA-------GA----ATCA--T-TGTCAT-AATTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGt
gi|9 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA----TGATTCGGGGTA-CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAACA--AA-------TACATAG-ATCA--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATTA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGAAGCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAGATGGGCGACTTTATCGAGCTGAGTGCCCACAGAGGG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAGATGGGTGACTTTAATCAAGCGGAGTGGACCCAC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAGAAGATGGGTGACTTTATCGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111
lowQualScore : 3 44 3 7777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 2 8888888 8888 33 33 2 777777 000000 2 2 2 77 5555 8888888 8888888 5555 33 2 2 2 33 2 3
lowQualScore : . .. . .... ........................................................................................ ........ . ....... .... .. .. . ...... ...... . . . .. .... ....... ....... .... .. . . . .. . .
lowQualScore : 1 22 3 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999 7 7777777 3333 77 77 7 777777 333333 7 7 7 33 7777 7777777 7777777 7777 77 7 7 7 77 7 9
consensus : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
Reference ( family-2808 ) : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
gi|1 : TGACTTTATCG-AA----GCGAGGCTATTCACC----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-AAGAAATATACATA-----ATC--ACCT-GCA------TC-----CA-ACAGCCAGGCA----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--TCCGTCAG--GCCTG-T--TTCACCAGGCCGCA
gi|10 : acacagaagcatggtgccTAAAAA-----A----A-------TACATAGG---ATC--A--T-CAA------T------CA-A-AG-CAG--A----AGA--------TTAATCA-------GA----TACACTT-CGTCAG-AAT----T--TTCA-Ccaat
gi|11 : gaagatgggtgactttatcgagcgatttcgagtccgggagtcctattcacgatcagtaccgattcgatcgccggtaaatcgcattcattttacttattacaattataccgttctaaacatgtatcaaaatacactgcatGAGTTTGGTG-AAC--AATTAGCCTATTtag
gi|11 : AAAA-----ACGA-A-------TGAATAG----ATC--G--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ACA-------TTTAATCATCATCATAATTTGATCA--T-CATCAT-AATTTG-T--TTCT-CAGGCAGCATTATGgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaataaaaacgaatgaatagatcgtacatcaaagcagaacatttaatcatcatcataatttgatcatcatcataatttgtttctcaggcagcattatgtattt
gi|12 : gagtttggtgaacaattagcctattgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaatAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACA------TATACATCA-A-AG-CAG--A----ATACCCGGTATTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCATCATCATGtattt
gi|13 : -A-A-------TAAATAG----ATC--A--T-ACA------T------CAGA-AG-CAAGAA----ATA-------TTCAAATA-------GA----ATCA--A-TTTCAG-AATTTG-TGTTTCA-CGGGCAGCATCATGt
gi|14 : aa-A-A-------TTCATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCT--T-CGTCAG-AACTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATg
gi|15 : aaAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACATGTACAT------CA-A-AG-CAG--A----ATG-------TTTAATCA-------GA----A------------------TG-T--TTCA-CAGGCAGCATCACGAT
gi|18 : TGGGTGGTTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GAt
gi|19 : aagaTGGCTGATTATGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----G
gi|2 : aagaGAGTTTGTTG-AAC--AATTGGCCTATTCA-C----
gi|2 : aaatttgagaatgggtgccccgaAAAA-----GCGA-A-------TAAATAG----AAT--A--TTACA------T------CA-A-AA-CAG--A----ATT-------TTTAACCA-------GA----ACCA--T-CAGCAG-AGTTTA-T--TTTA-CAGGCAGAATCagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaataaaagcgaataaatagaatattacatcaaaacagaatttttaaccagaaccatcagcagagtttattttacaggcagaatcctata
gi|20 : aaatttgagaatgggtgccccgagagtttgttgaacaattggcctattcacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaatGGTGATTTTGGCGGAAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACctata
gi|3 : TGGGTGACTTTATCG-AGCGGAGT--GCCTATTCA-C----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NNA-------TACATAG----ATC--A--T-GCA------T------CA-A-AG-CAG--A----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-GCCTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATG
gi|4 : aagaagaTGGGTGATTTTGGCG-AA-----TAAGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATATATATAT-A-A-------TACATAG----ACC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------AA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-C--TTCA-CGGGCAGCATCA
gi|5 : aagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----G----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-N-------TACATAATAATATCTAA--T-ACA------T--------------TAG--ATTCTACA-------TCAAAGCA-------GA----ATCA--T-CGTCAGAAATTTGTT--TTCA-CGGGCAGCATCAatg
gi|6 : agaTGGCCGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-CCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAAAA-----GC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA--------C----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCAGCATCATGATa
gi|7 : TGGGTGATTTTG-CG-AAC--AATATGGCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CTTCAG-ATTTTG-C--TCC--C-GGCAGCATCAT
gi|8 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATATGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TACATATATA-----A--A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------CTTAATCA-------GA----ATCA--T-TGTCAT-AATTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGt
gi|9 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----GATTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAA-----CA-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATTA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGAAGCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAGATGGGCGACTTTATCGAGCTGAGTGCCCACAGAGGG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAGATGGGTGACTTTAATCAAGCGGAGTGGACCCAC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAGAAGATGGGTGACTTTATCGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111
lowQualScore : 3 44 3 7777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 2 8888888 8888 33 33 2 777777 000000 2 2 2 77 5555 8888888 8888888 5555 33 2 2 2 33 2 3
lowQualScore : . .. . .... ........................................................................................ ........ . ....... .... .. .. . ...... ...... . . . .. .... ....... ....... .... .. . . . .. . .
lowQualScore : 1 22 3 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999 7 7777777 3333 77 77 7 777777 333333 7 7 7 33 7777 7777777 7777777 7777 77 7 7 7 77 7 9
consensus : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
Reference ( family-2808 ) : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
gi|1 : TGACTTTATCG-AA----GCGAGGCTATTCACC----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-AAGAAATATACATA-----ATC--ACCT-GCA------TC-----CA-ACAGCCAGGCA----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--TCCGTCAG--GCCTG-T--TTCACCAGGCCGCA
gi|10 : acacagaagcatggtgccTAAAAA-----A----A-------TACATAGG---ATC--A--T-CAA------T------CA-A-AG-CAG--A----AGA--------TTAATCA-------GA----TACACTT-CGTCAG-AAT----T--TTCA-Ccaat
gi|11 : gaagatgggtgactttatcgagcgatttcgagtccgggagtcctattcacgatcagtaccgattcgatcgccggtaaatcgcattcattttacttattacaattataccgttctaaacatgtatcaaaatacactgcatGAGTTTGGTG-AAC--AATTAGCCTATTtag
gi|11 : AAAA-----ACGA-A-------TGAATAG----ATC--G--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ACA-------TTTAATCATCATCATAATTTGATCA--T-CATCAT-AATTTG-T--TTCT-CAGGCAGCATTATGgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaataaaaacgaatgaatagatcgtacatcaaagcagaacatttaatcatcatcataatttgatcatcatcataatttgtttctcaggcagcattatgtattt
gi|12 : gagtttggtgaacaattagcctattgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaatAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACA------TATACATCA-A-AG-CAG--A----ATACCCGGTATTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCATCATCATGtattt
gi|13 : -A-A-------TAAATAG----ATC--A--T-ACA------T------CAGA-AG-CAAGAA----ATA-------TTCAAATA-------GA----ATCA--A-TTTCAG-AATTTG-TGTTTCA-CGGGCAGCATCATGt
gi|14 : aa-A-A-------TTCATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCT--T-CGTCAG-AACTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATg
gi|15 : aaAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACATGTACAT------CA-A-AG-CAG--A----ATG-------TTTAATCA-------GA----A------------------TG-T--TTCA-CAGGCAGCATCACGAT
gi|18 : TGGGTGGTTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GAt
gi|19 : aagaTGGCTGATTATGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----G
gi|2 : aagaGAGTTTGTTG-AAC--AATTGGCCTATTCA-C----
gi|2 : aaatttgagaatgggtgccccgaAAAA-----GCGA-A-------TAAATAG----AAT--A--TTACA------T------CA-A-AA-CAG--A----ATT-------TTTAACCA-------GA----ACCA--T-CAGCAG-AGTTTA-T--TTTA-CAGGCAGAATCagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaataaaagcgaataaatagaatattacatcaaaacagaatttttaaccagaaccatcagcagagtttattttacaggcagaatcctata
gi|20 : aaatttgagaatgggtgccccgagagtttgttgaacaattggcctattcacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaatGGTGATTTTGGCGGAAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACctata
gi|3 : TGGGTGACTTTATCG-AGCGGAGT--GCCTATTCA-C----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NNA-------TACATAG----ATC--A--T-GCA------T------CA-A-AG-CAG--A----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-GCCTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATG
gi|4 : aagaagaTGGGTGATTTTGGCG-AA-----TAAGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATATATATAT-A-A-------TACATAG----ACC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------AA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-C--TTCA-CGGGCAGCATCA
gi|5 : aagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----G----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-N-------TACATAATAATATCTAA--T-ACA------T--------------TAG--ATTCTACA-------TCAAAGCA-------GA----ATCA--T-CGTCAGAAATTTGTT--TTCA-CGGGCAGCATCAatg
gi|6 : agaTGGCCGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-CCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAAAA-----GC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA--------C----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCAGCATCATGATa
gi|7 : TGGGTGATTTTG-CG-AAC--AATATGGCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CTTCAG-ATTTTG-C--TCC--C-GGCAGCATCAT
gi|8 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATATGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TACATATATA-----A--A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------CTTAATCA-------GA----ATCA--T-TGTCAT-AATTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGt
gi|9 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----GATTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAA-----CA-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATTA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGAAGCA
blockSeqs : G GG . CANN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TATATAT N . TAAT TA . T TGTACA ATACAT G . . GA TTCT CCCGGTA TCATCAT TTTG CT . A T GT . A
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN ACG . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GCG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA NN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******* ** ****** **
originalCons : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
finalCons : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAGATGGGCGACTTTATCGAGCTGAGTGCCCACAGAGGG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAGATGGGTGACTTTAATCAAGCGGAGTGGACCCAC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAGAAGATGGGTGACTTTATCGAGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 111111
lowQualScore : 3 44 3 7777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 2 8888888 8888 33 33 2 777777 000000 2 2 2 77 5555 8888888 8888888 5555 33 2 2 2 33 2 3
lowQualScore : . .. . .... ........................................................................................ ........ . ....... .... .. .. . ...... ...... . . . .. .... ....... ....... .... .. . . . .. . .
lowQualScore : 1 22 3 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999999 7 7777777 3333 77 77 7 777777 333333 7 7 7 33 7777 7777777 7777777 7777 77 7 7 7 77 7 9
consensus : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
Reference ( family-2808 ) : TGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATGAT
gi|1 : TGACTTTATCG-AA----GCGAGGCTATTCACC----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-AAGAAATATACATA-----ATC--ACCT-GCA------TC-----CA-ACAGCCAGGCA----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--TCCGTCAG--GCCTG-T--TTCACCAGGCCGCA
gi|10 : acacagaagcatggtgccTAAAAA-----A----A-------TACATAGG---ATC--A--T-CAA------T------CA-A-AG-CAG--A----AGA--------TTAATCA-------GA----TACACTT-CGTCAG-AAT----T--TTCA-Ccaat
gi|11 : gaagatgggtgactttatcgagcgatttcgagtccgggagtcctattcacgatcagtaccgattcgatcgccggtaaatcgcattcattttacttattacaattataccgttctaaacatgtatcaaaatacactgcatGAGTTTGGTG-AAC--AATTAGCCTATTtag
gi|11 : AAAA-----ACGA-A-------TGAATAG----ATC--G--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ACA-------TTTAATCATCATCATAATTTGATCA--T-CATCAT-AATTTG-T--TTCT-CAGGCAGCATTATGgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaataaaaacgaatgaatagatcgtacatcaaagcagaacatttaatcatcatcataatttgatcatcatcataatttgtttctcaggcagcattatgtattt
gi|12 : gagtttggtgaacaattagcctattgattgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaaaatAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACA------TATACATCA-A-AG-CAG--A----ATACCCGGTATTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCATCATCATGtattt
gi|13 : -A-A-------TAAATAG----ATC--A--T-ACA------T------CAGA-AG-CAAGAA----ATA-------TTCAAATA-------GA----ATCA--A-TTTCAG-AATTTG-TGTTTCA-CGGGCAGCATCATGt
gi|14 : aa-A-A-------TTCATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCT--T-CGTCAG-AACTTG-T--TTCA-CGGGCAGCATCATg
gi|15 : aaAA-----AC-A-A-------TACACAG----ATC--A--T-ACATGTACAT------CA-A-AG-CAG--A----ATG-------TTTAATCA-------GA----A------------------TG-T--TTCA-CAGGCAGCATCACGAT
gi|18 : TGGGTGGTTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----GAt
gi|19 : aagaTGGCTGATTATGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----G
gi|2 : aagaGAGTTTGTTG-AAC--AATTGGCCTATTCA-C----
gi|2 : aaatttgagaatgggtgccccgaAAAA-----GCGA-A-------TAAATAG----AAT--A--TTACA------T------CA-A-AA-CAG--A----ATT-------TTTAACCA-------GA----ACCA--T-CAGCAG-AGTTTA-T--TTTA-CAGGCAGAATCagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaataaaagcgaataaatagaatattacatcaaaacagaatttttaaccagaaccatcagcagagtttattttacaggcagaatcctata
gi|20 : aaatttgagaatgggtgccccgagagtttgttgaacaattggcctattcacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaataaatGGTGATTTTGGCGGAAC--AATAAGCCTATTCA-C----GACctata
gi|3 : TGGGTGACTTTATCG-AGCGGAGT--GCCTATTCA-C----GACTCAGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-NNA-------TACATAG----ATC--A--T-GCA------T------CA-A-AG-CAG--A----CTA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-GCCTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATG
gi|4 : aagaagaTGGGTGATTTTGGCG-AA-----TAAGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATATATATAT-A-A-------TACATAG----ACC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------AA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-C--TTCA-CGGGCAGCATCA
gi|5 : aagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-C----G----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN-N-N-------TACATAATAATATCTAA--T-ACA------T--------------TAG--ATTCTACA-------TCAAAGCA-------GA----ATCA--T-CGTCAGAAATTTGTT--TTCA-CGGGCAGCATCAatg
gi|6 : agaTGGCCGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-CCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAAAA-----GC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA--------C----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGCAGCATCATGATa
gi|7 : TGGGTGATTTTG-CG-AAC--AATATGGCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CCTAAAAA-----AC-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATCA-------GA----ATCA--T-CTTCAG-ATTTTG-C--TCC--C-GGCAGCATCAT
gi|8 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATATGCCTATTCA-C----GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TACATATATA-----A--A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------CTTAATCA-------GA----ATCA--T-TGTCAT-AATTTG-T--TTCA-CAGGCCGCATCATGt
gi|9 : gaagaTGGGTGATTTTGGCG-AAC--AATAAGCCTATTCA-T----GATTCGGGGTACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAA-----CA-A-A-------TACATAG----ATC--A--T-ACA------T------CA-A-AG-CAG--A----ATA-------TTTAATTA-------GA----ATCA--T-CGTCAG-AATTTG-T--TTCA-CAGGAAGCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAGAAGATGGGCGACTTTATCGAGCTGAGTGCCCACAGAGGG
Unaligned ( gi|17 ): AAAGAAGATGGGTGACTTTAATCAAGCGGAGTGGACCCAC
Unaligned ( gi|21 ): CAAAGAAGATGGGTGACTTTATCGAGCG