lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 4444444444444 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 444444 11111111 2222222222 222222222 2 11 111 2222222 11 3 22222 1 1
lowQualScore : 3 4 9999999999999 3 444444444 6666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 5 55 2 4 4 55 444 2 55 44 888 1 3 5555555 1 3 333 22 000000 44444 22 1 77777777 22 55555 4444 2 22 5555555555 4 2 2 333 22 2 2 888888888 333 2 2 1 2 88 33 222 33 9999999 00 66 2 2 0 2 55 555 2 2 33 2 333 2 2 33 2 2 33 5555 77777 4 444 2 7 2 8 6
lowQualScore : . . ............. . ......... .... ............................................................ . . . .. . . . .. ... . .. .. ... . . ....... . . ... .. ...... ..... .. . ........ .. ..... .... . .. .......... . . . ... .. . . ......... ... . . . . .. .. ... .. ....... .. .. . . . . .. ... . . .. . ... . . .. . . .. .... ..... . ... . . . . .
lowQualScore : 3 2 3333333333333 1 777777777 5555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 3 99 4 7 7 66 111 2 00 88 222 8 6 9999999 8 6 222 55 333333 55555 55 8 66666666 55 22222 8888 0 99 5555555555 2 1 1 777 88 0 2 333333333 999 2 2 5 7 66 11 888 11 8888888 33 33 1 0 2 1 00 888 1 2 11 2 999 2 2 11 2 4 22 0000 22222 7 111 4 1 9 5 0
consensus : AAAGAA-TGGAACAAAA-CTCTTTGATGAA-------------GAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAA------A------------AT----CA---A-TCGT--------ATG---GT--TCATG-AATA-A-AATGTT-GAAA-TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--T---AT---TC-A-TG-AACCACT-T--TT---ATG--AA-C-----TGTC--A-GGAATCT-TT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-CA--TAA-AAG---TT-CTTAAAAGTCAT-GAAATATCATCT
Reference ( gi|5 ) : AAAGAA-TGGAACAAAAACTCTTTGATGAAA------------GAATCAT-GAAT--------CGTT----CATGAA------A------------AT----CA---A-TCGT--------ATG---GT--TCATA-AATA-A-AATGTT-GAA--TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC--AT--TT-----A--T-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---G----GCAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--T---AT---TC-A-TGAAACCAC--T--TT---ATG--AATC-----TGTC--A-GAAATCT-TT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-C---TAA-AAG---TT-CTTAAAAGTCAT-GAAATATTATCTG
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAACTCTTTGATGAA-------------GAATCAT-GAAT--------GGTT----CATGAA------GTGC---------AT----GA---A-T-GT---------TG-------TCATG-AATA-A-AATGTT-GAAAATTATT-CACG-AGG-AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T-AT--GA---GTTTAGTG--GAAT-A-T---GTTCA--T-G-------------------------AACCACT-T--TT---ATG--AAAC-----T-TC--A-GAATGCT-TT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A--T-G---AACTAA-TTAAA-TG-ACGA----AAAAT-CCAATAA-AAG---TT-CTTAAAAGTAATGGAAATATCATCT
gi|4 : AAAGAA-TGGA-CAA---CTCTTTGATGAAGATTTGATGTCATGAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAA-------------------------TA---A-T-----------------GT--TCATG-AATAGA-AATGTTTAAA--TGATTGCA-G-AG--AATT----CACTT-CAA--TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAA-T-AGTCT--TC--AT--T------A--T-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT-A---GA---G----TTAT-GAAT-A-----GTTCA--TTGA-A--T--TTT-AT---TC-A-TGAC-CCAC--T--TTG--ATG--A-CC-----TGTC--AAGAAATCT-T---AATG-AG--TC---A-TTC-A--T-GGTGAACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-CA--TAA-AAG---TT-CTT-AAAGTCAT-GGAATATCcgcaa
gi|6 : AAAGAA-TG-AACAAAA-CTCTTTGATGAA-------------GAA-CAT-GAAT---------GTT----CATGA-----------------------------------------------------------A-AATA-AGAATGTT-GAAA-TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTTACAA--TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATA-T-A---T--TC--TTCATT-----C--T-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T-TT--T----------TAT-GAA--A-T---GTTC---T-GA-A--T--TTTTAT---TC-AATGGAACCAC--T--TTT--ATG--AA-C-----TGTTTAA-GAATTCC-TT-TTATG-A---TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-CA--TAC-AAG---TT-CTTTAAAGTCAT-GAA
gi|7 : aAAAGAT-CGCGACAAAA-CT-TTTGATGAA-------------GAA-CAT-GAAT---------GTT----CATGAA--------------------T----CA------TGT--------ATG----T--TCTGA-AAGT-A-AATGTT-GAAA-TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AA-T-A------TC--TT--AT-----A--T-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T-ATACGA---G----TTATGGAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTG-AT---TC-A-T--AACCAC--T--TT---TTG--AA-C-----TGTC--A--AGATCT-TT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A----G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----TAAAT-C---ATA-AAG----T-CTTAGAAGACAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|14 : attAAAGAAATGGAACAAAA-CTCTGTGATGAA-------------GAATCAT--AAT---------GTT----CATGCA------ACCATTGAATGTCAT----GA---A-TCATGA------ATG----T--TCATG-AATA-G-ATTGTTTAAA--TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-ctcaagg
gi|19 : AAAGAA-TGGAACAAAA-CTCTTTGATGAA-------------GAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAA------CC-----------AT----TA---A-TTGTCATGAATCATGAATGT--TCATG-AATA-A-AATGTT-GAAA-TTATT-CA-G-AG--AATT---TCTCTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AA
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAACTCTTT-ATGGA-------------GAATCAT-GAAT------------------------------------------------------------------------GT--CCATG-GATC-A-AATGTT-AAAA-TTACT-GA-A-AG--AATT---TCACTT-CAA--TG--TAAA---GTT-G-A-------TAAC-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AAT---
gi|1 : AAGAA-TGGAAAAACAGATCTTTGATGAA-------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGAACCATGAATGTTCTA------------AT----GA---AGTCA---------ATGAATGTAATC-TG-AATA-A-AATTTT-GAA--ATTTT-CA-GGAG--AATTGTATCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA---G---T--TCTTAA--TT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA----T-AA--GA---A----TTAT-GAATCA-C---GTTGA--T-GACATTT--T---AT---TC-A-TG-AACCACT-T--TT---ATG--AA-C-----TGTCA-A-GATATCT-CT-T-CTG-AGA-TC---A-TTCAA--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----C-AGT-C---ATA-AAG---TT-CTTTAA---TAT-GAA
gi|3 : tAAAA-TGGAACAAAA-CTCTTTGATGA--------------GAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAACCATG-A------------ATGTT-CATGAA-TCATGA------ATG---TT--TGAAG-AACA-A-GATGTT-GAA--ATATT-CA-G-AG--AATT---GCACTT-CAC--TA--TAAA----TT-C-A-------TAAATT-C---T--TC--A---TT-----A--TCTC----GA-----ACT--AAT---A-TTA----G-AT--GA--------GTAT-G-AT-A-T---G-TCAGGG-GA-ATTT--T---AT---TC-A-TG-AATCAC--T--TT---AT---AACT-----TGTCA-A-GGAATCT-TTATA-TG-AG--TC-------T-A--T-T---AACT-A-TT--A--G-A--A----CAAAT-CAT-TAA-AAG----T-CTTAAAtaa
gi|9 : GAA-TGGAACAAAA-CT-TTTGATGA--------------GAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAGTCATT-A------------ATTTCCCA---A-TTGA--------ATG-------TAACAGAATA-A-AATGTT-AAA--TTAGT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC---T--TC-----ATTT-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-AT-T--T---AT---TC-A-TG-AACCACT-T--TT---ATG--AA-------TGCCA-A-GAAATCT-TT-TAgtgcatatatctatgcttgcagg
gi|15 : AA-TGGAACAAAA-CTCTTTGATGAA-------------GAATCAT-GAAT---------GTT----CATGAACCATG-A------------ATGTT-CATGAA-TCATGA------ATG----T--TAATT-AATA-A-AATGTT-GAAA-TTATT-CA-G-AG--AATT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-C-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---A----TTAT-GAAT-A-C---GTTCA--T-tggaagt
gi|8 : AA-TTGAACAAAA-CTCTTTTATGTA-------------GATTCAT-GA-----------GTT----CATGGA------C-------------T----CA---A-------------A-G---GT--T--------G-A-AAT--T-GA----TAT--CA-GCAG--AATT---TCACTT-CAAG-TAATTAAA---ATT-T-C-------T-AA-T-A---T--TT---T--TTCCATAA--T-TCATG--A-----ACT--AAT---ACTTA--C-T-AT--GA---G----TTATAGAAT-A-T---GTTCA--T-GA-AATT--T---ATTTGTC-A-TG-AACCACTGT--TT---ATGAAAAAC-----TGTC--A-AGAATCT-TT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A--TAA---AACT-T-TT--C-TG-A--A----CAAA------TAA-AAGATTTT-CTTAA
gi|11 : atAAACTCTTTGATGAA-------------GAATTAT-GAAT---------GTT----CATG----------------------------A---A-TC----------ATG--------------ACC-G-AAT---------TTATT-CA-G-AG--AAGT---TCACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC----------------T-TCATG-AACC---ACT----------TT-----T-AT--GAACTG----TCAA-GAAT-C-T----TT----T-GA-G--T--C---AT---TC-A-TG-AGCTA------TT---ATG--AA
gi|13 : aacatttT----CA---A-T-AT--------AAA---GT--TCATA-AATA-----TTCT-TCA--TTATT-CATG-AACTAATA---TTACTA-TGAGTTA--TGAATATGTT-C-A-------TGAA-T-------------T--TT-----A--T-TCATG-AACC---ACT----------TT-----T-AT--GAACTG----TCAA-GAAT-C-T----TTTA--T-GA-G--T--C---AT---TC-A-TG-AACTA------TT---ATG--AAAA-----TATC--A-TAAAATT-CT-TA--A-AG----------TC-A--T-G---AA-T-A-TC--A-Tcaaattataaaagttcttaaaagtcatgaatatcatctcgcaggg
gi|12 : ct-AATC-A-AATGTT-AAA--TT---------AG--GACT---TCCTTT-CAG---A--TAA-----TG-C-A-------T-GT-T-A---T--TC--TT--TT-----A--A-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T-AT-------A----GTAT-G-AT-AGT---GTTCA--T-GA-AT-T--T---AT---TCGG-TGGAA-CA---T--TT---ATG--AATTGGGTGTGTC--A-GA---CT-TT-TA-TG-AG--TC---A-TTctcgcaggg
gi|10 : taattggagcaaactcttttgagattactgaatgtcgatAA--TTATT-CA-G-GG--AGGT---TCAATT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTAA--T-GA-ATTT--T---AT---TC-A-T-AAACCTCT-T--TT---ATG--AA-C-----TGTC--A-AGAATAT-TT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TC--A-TG-A--A-----AAAT-CA--TAA-AAT---TT-CTT-AAAGTCAT-G-AATACCATCT
gi|23 : tgaATT-CA-G-AG--AATT---T-ACTT-CAA--TA--TAAA---GTT-A-A--------AAA-T-A------TC--AT--TT-----A--T-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T-tgcagggg
gi|13 : aCTT-CAA--TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAA-T-A---T--TC--TTCATT-----A--T-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-ATTT--T---AT---TC-A-TG-AACCACT-T--TT---ATG--AA-C-----TGTC--A-AGAATCT-TT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----AATAT-CA--TAA-AA----TT-CTT-AAAGTCAT-G-AATATCATCT
gi|11 : --TA--TGAAT--GTT-C-A-------TGAA-TCA---TGACCGAAT--TT-----A--T-TCA-G-AG-----A----AGT-----TCA--C-T------------------T-CAAT-A-TAAAGTTCA--T-AA-A--TATT---CT---TC-A-TGAA-CCAC--T--TTT--ATG--AA-C-----TGTC--A-AGAATCT-TT-T---G-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AGCT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-TA--TAA-AAG---TT-CTTAAAAGTCAT-G-AATATCATCTcgcaggg
gi|18 : aacatttaaactctttgatgaagaat--TAAA---GTTTC-A-------TAAA-TCA---T--TC---TCATT-----A--T-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GAAT-A-T---GTTCA--T-GG-AATT--T---AT---TC-A-TG-AACCACT-T--TT---ATG--AA-C-----TGTC--A-AGAATCT-TT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-ATTT--A-TG-A--A----CAAACAT---TAATAAG---TT-CTT-ACAGTCAT-cgcaggg
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAG-T-A---T--GC---T--TC-----A--T-T-AT---A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T-AT--GA---G----TTAT-GGAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTT-AT---TC-A-TGGA-CCAT--T--TTT--ATG--AA-C-----TATC--A-AGAATCT-TT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACG-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-CA--TAA-AAG---GT-CTT-AAAGTCAT-G-AATATCATCT
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAG-T-A---T--GC---T--TC-----A--T-T-AT---A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TTAT--CA---G----TTAT-GG-T-A-T----TTCA--T-GA-A--T--TTT-AT---TC-A-TGGA-CCAC--T--TTTTTATG--AA-C-----TATC--A-AGAATCT-TT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A--T-G---AACG-A-TT--A-TG-A--A----CAAAC-A---TAA-AAG---GT-CTT-AAAGTCAT-G-AATATCATCTcgc
gi|21 : A--T-CA-A--T--T---AT---TT-A-TG-AACCACA-TTATT---ATG--GA-C-----TGTC--A--AGATCTGTT-TCATA-AG--TCTCAA-TTC-AATT-A---GACT-T-TT--ATTG-A--ATTTCCAAAC-A---TGATAAG---TT-CTTAAAcgcag
gi|25 : aaaatatttataaT-TT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-TG--TAA-AAG---TT-GTT-AAAGTCAT-GAAgt
gi|24 : T-TT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TGAA--A----CAATT-G---TAA-AAG---TTGTTTAAAGGTCAT-GAA
gi|22 : T-TAATG-AG--TC---A-TTC-A--T-G---AACT-A-TT--A-TG-A--A----CAAAT-CA--TAA-AAG---TT-CTT-AAAGTCAT-G-AATATCATCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333 22222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 222222222 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 3 77777777777777777777777777777777777777 11111111111111111 6 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 0 1 22 1 1 666666666 22 333 4 3333 555 33 55 33 6 2 2 333 22 2 2 999999999 444 4 4 222 2 33 2 666 666666 7 4 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... . ...................................... ................. . .. ........................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . . .. . . ......... .. ... . .... ... .. .. .. . . . ... .. . . ......... ... . . ... . .. . ... ...... . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 1 55555555555555555555555555555555555555 55555555555555555 2 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 6 9 66 9 9 777777777 66 555 2 7777 888 11 33 11 7 2 2 999 99 1 4 222222222 111 7 7 999 4 22 4 555 888888 1 2 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------A---T----C---AATCGT--------ATG----T--TCATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTT-ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------A---T----C---AATCGT--------ATG---GT--TCATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--T---ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AGGA-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA-GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G----------------T----C---AAT-GA--------ATG----TAATC-TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA--T-GACA--T--TTT-ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA--T-GA-A--T--TTT-ATT---CA-TA-AACCTC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGA-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA--T-AA-A--TATT---CTT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGA-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaactAA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA--T-GA-A--T--TT--ATT---CGGTG-GAACA----T-TT--ATG-AA---TTGGGTGTGTC-AGA------C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactgaatgtcgatCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTT-ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA-G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCA---T----G---AATCATGA------ATG----T--TCATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-cgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA----------------------T----C---A--TGA--------ATG----T--TAATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA--T-
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA--T-GA-A--T--TTT-ATT---CA-TG-GACCAC-T-T-TTTTATG-AA---CTA------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTT-ATT---CA-TG-GACCAT-T-T-TT--ATG-AA---CTA------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GG-AATT--T---ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----CC-----------A---T----T---AATTGTCATGAATCATGAATGT--TCATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----GTGC---------A---T----G---AAT-GT---------TG-------TCATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G----------------------TT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATGAAA---CT-------TC-A-GA-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATGGA-------------------------------------------------------TCA----------AATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : A--T-CA-A--T--T---ATT---TA-TG-AACCACAT-TATT--ATG-GA---CTG------TC-AAG--AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : aaaatatttataaTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATG-A-G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATGA------------ATGTT----CATGAATCATGA------ATG---TT--TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAA-T-AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAA---ATTCTT--CA-TTATCTC----GA-----ACT--AAT---A-TTA----G---AT--GAG-T--A--T-G-AT-A-T---G-TCAGGG-GA-ATTT--T---ATT---CA-TG-AATCAC---T-TT--ATA-AC---TTG------TCAAGGA-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA-G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA---------------------------T---AAT-----------------GT--TCATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCA--TTGA-A--T--TTT-ATT---CA-TG-ACCCAC-T-T-TG--ATG-AC---CTG------TC-AAGA-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAAG------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------A---T----C---AATCGT--------ATG---GT--TCATAAA--TA-AAATGTTG-AA-TT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--T---ATT---CA-TGAAACCAC---T-TT--ATG-AAT--CTG------TC-AGAA-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA-G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------A---T--------------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC---T-GA-A--T--TTTTATT---CAATGGAACCAC-T-T-TT--ATG-AA---CTG------TTTAAGA-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA-G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA----------------------T----C---A--TGT--------ATG----T--TC-TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA--T-GA-A--T--TTG-ATT---CA-T--AACCAC-T-T-TT---TG-AA---CTG------TC-AAG--AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA-G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG-------------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------TAA-T-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG-AA------CT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA--T-GA-AATT--T---ATTTGTCA-TG-AACCAC-TGT-TT--ATG-AAAAACTG------TC-AAGA-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA--G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------A---TTTCCC---AATTGA--------ATG---TA--ACA-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--T-GA-AT-T--T---ATT---CA-TG-AACCAC-T-T-TT--ATG-AA----TG------CCAAGAA-AT--C--TTT-TA-TG-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111111111111 6 44 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 0 1 22 1 1 666666666 22 333 4 3333 555 33 55 33 6 2 2 333 55 2 1 33 2 444 4 4 6666 2 2 666 666666 2 2 2 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... ....................................................... . ................. . .. . ..................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . . .. . . ......... .. ... . .... ... .. .. .. . . . ... .. . . .. . ... . . .... . . ... ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55555555555555555 2 22 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 6 9 66 9 9 777777777 66 555 2 7777 888 11 33 11 7 1 1 777 00 4 2 22 4 111 7 7 1111 4 4 555 888888 4 4 4 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATCGN--AT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATCGT--AT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA----------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G-------------T----C------AAT-GA--AT-GTAAT-C--TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA--TGACATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-ATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TA-AACCTC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA--TAA-ATA--TT-CTT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaact--AT-GT--C-G-AT-AA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA--TGA-ATT--T--ATT---CGGTG-GAACA-----T-TTATG-AA---TTGGGTGTGTC-A--G-A-----C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactgaCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCAT----G------AATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--Tcgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--TGA--AT-GT--T-A-ATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA--T
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-GACCACTTT-T-TTATG-AA---CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-GACCAT--T-T-TTATG-AA---CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGG-AAT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATTA------------AT----TGTCATGAATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----GTGC---------AT----G------AAT-GT---T-G---T-C-ATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G-------------------TT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATGAAA---CT-------TC--A-G-A-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATG-------G------------AT----C-----------------------------------AAATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : AAA-A-T---ATTTA--TAA-ATCAATT-ATT---TA-TG-AACCACA-T-TATTATG-GA---CTG------TC-AA-G---AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : TT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAGAATCATGAATGTTCATG------------------------A-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--TGA--AT-GT--T-TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAAT--AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAA---ATTCTT--CA-TTATCTC----GA-----ACT--AAT---A-TTA----G---AT--GAG-T--A--T-G-AT-A-T---G-TCAGGGGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AATCAC----T-TTATA-AC---TTG------TC-AAGG-A-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----T------------A--------------------AT-GT--T-C-ATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCAT-TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-ACCCAC--T-T-TGATG-AC---CTG------TC-AA-G-A-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAA---------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATCGT--ATGGT--T-C-ATAAA--TA-AAATGTTG--AATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-A----TT-ATT---CA-TGAAACCAC----T-TTATG-AAT--CTG------TC-AG-A-A-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC---TGA-ATT--TTTATT---CAATGGAACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TTTAA-G-A-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--TGT--AT-GT--T-C--TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TG-ATT---CA-T--AACCAC--T-T-TT-TG-AA---CTG------TC-AA-G---AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA----------------G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------TAA-T-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG-AA------CT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA--TGA-AAT--TT-ATTTGTCA-TG-AACCAC--TGT-TTATG-AAAAACTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA-----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------ATTTCCC------AATTGA--AT-GT--AAC-A-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-A-T--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA----TG------CC-AA-GAA-AT--C--TTT-TA-TG-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111111111111 6 44 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 0 1 22 1 1 666666666 22 333 4 3333 555 33 55 33 6 2 2 333 55 2 1 33 2 444 4 4 6666 2 2 666 666666 2 2 2 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... ....................................................... . ................. . .. . ..................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . . .. . . ......... .. ... . .... ... .. .. .. . . . ... .. . . .. . ... . . .... . . ... ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55555555555555555 2 22 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 6 9 66 9 9 777777777 66 555 2 7777 888 11 33 11 7 1 1 777 00 4 2 22 4 111 7 7 1111 4 4 555 888888 4 4 4 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GNAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA----------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G-------------T----C------AAT---GAAT-GTAAT-C--TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA--TGACATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-ATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TA-AACCTC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA--TAA-ATA--TT-CTT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaact--GAAT-GT--C-G-AT-AA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA--TGA-ATT--T--ATT---CGGTG-GAACA-----T-TTATG-AA---TTGGGTGTGTC-A--G-A-----C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCAT----G------AATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--Tcgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-A-ATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA--T
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-GACCACTTT-T-TTATG-AA---CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-GACCAT--T-T-TTATG-AA---CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGG-AAT--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATTA------------AT----TGTCATGAATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----G------------TG----C------A--T--GAAT-GTTGT-C-ATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G-------------------TT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATGAAA---CT-------TC--A-G-A-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATG-------G------------AT----C-----------------------------------AAATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : AAA-A-T---ATTTA--TAA-ATCAATT-ATT---TA-TG-AACCACA-T-TATTATG-GA---CTG------TC-AA-G---AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : TT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAGAATCATGAATGTTCATG------------------------A-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAAT--AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAA---ATTCTT--CA-TTATCTC----GA-----ACT--AAT---A-TTA----G---AT--GAG-T--A--T-G-AT-A-T---G-TCAGGGGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-AATCAC----T-TTATA-AC---TTG------TC-AAGG-A-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----T------------A--------------------AT-GT--T-C-ATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCAT-TGA-ATT--TT-ATT---CA-TG-ACCCAC--T-T-TGATG-AC---CTG------TC-AA-G-A-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAA---------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GTATGGT--T-C-ATAAA--TA-AAATGTTG--AATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-A----TT-ATT---CA-TGAAACCAC----T-TTATG-AAT--CTG------TC-AG-A-A-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC---TGA-ATT--TTTATT---CAATGGAACCAC--T-T-TTATG-AA---CTG------TTTAA-G-A-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GTAT-GT--T-C--TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA--TGA-ATT--TG-ATT---CA-T--AACCAC--T-T-TT-TG-AA---CTG------TC-AA-G---AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA----------------G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------TAA-T-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG-AA------CT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA--TGA-AAT--TT-ATTTGTCA-TG-AACCAC--TGT-TTATG-AAAAACTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA-----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------ATTTCCC------AATT--GAAT-GT--AAC-A-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA--TGA-A-T--TT-ATT---CA-TG-AACCAC--T-T-TTATG-AA----TG------CC-AA-GAA-AT--C--TTT-TA-TG-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111111111111 6 44 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 1 22 1 1 777777777 22 333 4 22 2 555 33 55 33 6 2 2 333 2 33 2 1 33 2 444 4 4 6666 2 666 2 666666 2 2 2 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... ....................................................... . ................. . .. . ..................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . .. . . ......... .. ... . .. . ... .. .. .. . . . ... . .. . . .. . ... . . .... . ... . ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55555555555555555 2 22 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 9 66 9 9 111111111 66 555 2 99 1 888 11 33 11 7 1 1 777 1 22 4 2 22 4 111 7 7 1111 4 555 4 888888 4 4 4 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA----------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G-------------T----C------AAT---GAAT-GTAAT-C--TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA-TG--ACATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-ATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TA-AACCTC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA-TA--A-ATA--TT-CT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaact--GAAT-GT--C-G-AT-AA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA-TG--A-ATT--T--AT---TCGGTG-GAACA-----T-TTATG---AA-TTGGGTGTGTC-A--G-A-----C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCAT----G------AATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-Tcgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-A-ATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA-T
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCACTTT-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCAT--T-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--G-AAT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATTA------------AT----TGTCATGAATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----G------------TG----C------A--T--GAAT-GTTGT-C-ATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G--------------------T---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATGA--AA-CT-------TC--A-G-A-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATG-------G------------AT----C-----------------------------------AAATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : AAA-A-T---ATTTA-TA--A-ATCAATT-AT---TTA-TG-AACCACA-T-TATTATG---GA-CTG------TC-AA-G---AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : TT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAGAATCATGAATGTTCATG------------------------A-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAAT--AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAAAT---TCTT--CA-TTATCTCG----A-----ACT--AAT---A-TTA--G-----AT--GAGT---A--T-GA-T-A-T---GT-CA-GGGGA-ATT--TT-AT---TCA-TG-AATCAC----T-TTATA---AC-TTG------TC-AAGG-A-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA---------------------------------T----AAT-GT--T-C-ATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCATTG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-ACCCAC--T-T-TGATG---AC-CTG------TC-AA-G-A-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAA---------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GTATGGT--T-C-ATAAA--TA-AAATGTTG--AATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A----TT-AT---TCA-TGAAACCAC----T-TTATG---AATCTG------TC-AG-A-A-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC--TG--A-ATT--TTTAT---TCAATGGAACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TTTAA-G-A-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GTAT-GT--T-C--TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TG-AT---TCA-T--AACCAC--T-T-TT-TG---AA-CTG------TC-AA-G---AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA----------------G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------T-AAT-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG--A-----ACT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-AAT--TT-ATTTGTCA-TG-AACCAC--TGT-TTATGAAAAA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA-----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------ATTTCCC------AATT--GAAT-GT--AAC-A-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A-T--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA--TG------CC-AA-GAA-AT--C--TTT-TA-TG-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111111111111 6 44 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 1 22 1 1 777777777 22 333 4 22 2 555 33 55 33 6 2 2 333 2 33 2 1 33 2 444 4 4 6666 2 666 2 666666 2 2 2 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... ....................................................... . ................. . .. . ..................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . .. . . ......... .. ... . .. . ... .. .. .. . . . ... . .. . . .. . ... . . .... . ... . ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55555555555555555 2 22 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 9 66 9 9 111111111 66 555 2 99 1 888 11 33 11 7 1 1 777 1 22 4 2 22 4 111 7 7 1111 4 555 4 888888 4 4 4 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA----------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G-------------T----C------AAT---GAAT-GTAAT-C--TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA-TG--ACATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-ATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TA-AACCTC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA-TA--A-ATA--TT-CT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaact--GAAT-GT--C-G-AT-AA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA-TG--A-ATT--T--AT---TCGGTG-GAACA-----T-TTATG---AA-TTGGGTGTGTC-A--G-A-----C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCAT----G------AATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-Tcgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-A-ATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA-T
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCACTTT-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCAT--T-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--G-AAT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATTA------------AT----TGTCATGAATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----G------------TG----C------A--T--GAAT-GTTGT-C-ATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G--------------------T---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATGA--AA-CT-------TC--A-G-A-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATG-------G------------AT----C-----------------------------------AAATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : AAA-A-T---ATTTA-TA--A-ATCAATT-AT---TTA-TG-AACCACA-T-TATTATG---GA-CTG------TC-AA-G---AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : TT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAGAATCATGAATGTTCATG------------------------A-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAAT--AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAAAT---TCTT--CA-TTATCTCG----A-----ACT--AAT---A-TTA--G-----AT--GAGT---A--T-GA-T-A-T---GT-CA-GGGGA-ATT--TT-AT---TCA-TG-AATCAC----T-TTATA---AC-TTG------TC-AAGG-A-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA---------------------------------T----AAT-GT--T-C-ATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCATTG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-ACCCAC--T-T-TGATG---AC-CTG------TC-AA-G-A-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAA---------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GTATGGT--T-C-ATAAA--TA-AAATGTTG--AATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A----TT-AT---TCA-TGAAACCAC----T-TTATG---AATCTG------TC-AG-A-A-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC--TG--A-ATT--TTTAT---TCAATGGAACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TTTAA-G-A-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GTAT-GT--T-C--TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TG-AT---TCA-T--AACCAC--T-T-TT-TG---AA-CTG------TC-AA-G---AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA----------------G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------T-AAT-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG--A-----ACT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-AAT--TT-ATTTGTCA-TG-AACCAC--TGT-TTATGAAAAA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA-----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------ATTTCCC------AATT--GAAT-GT--AAC-A-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A-T--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA--TG------CC-AA-GAA-AT--C--TTT-TA-TG-
blockSeqs : A A A . AATCATGAATGTTCATGA TGAATGTTCATGAACCA G . ACCATTGAATGTCATGAATCATGAATGTTCATG AG G GA G A G C C G . A G AT AAA T A ATATATA C TC T C TAATGTGGA AA TTA T AC C CAG AC TA CT G . G AAA T GG . T AA T TTG G A TTT A AAA T GGTGTG T G A . TC TG A G A AT TCA C . TGG A A T AA T CG TTTC CA T T ATT G A G G A
blockSeqs : . . . . GATTTGATGTCATGA . C . CCATTAATTGTCATGAATCATGAATGTTCATG . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . AAG . . C . . T . C . G . . . . . . T . . . A G AT . A . . . . . . G . . . . . G . . AT . . . . . . . . T T . . A . . A
blockSeqs : . . . . AGA . . . TCATTAATTTCCCAATTGAATGTAACAG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . GA . . . AATCAATCGTATGGTTCATA . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . GA . . . GTGCATGAATGTTGTCATG . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAC . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . GA . . . TCATGAATGTTTGAAG . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A
blockSeqs : . . . . GA . . . TCATGAATGTTAATT . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . TCATGTATGTTCTG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . TAATGTTCATG . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . GATC . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . AAT . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GA . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA .
blockSeqCons : *** ** *** **
originalCons : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
finalCons : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111111111111 6 44 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 33 2 2 2 2 5 2 444 2 2 55 333 1 3 6666666 1 22 1 1 777777777 22 333 4 22 2 555 33 55 33 6 2 2 333 2 33 2 1 33 2 444 4 4 6666 2 666 2 666666 2 2 2 2 55 22 2 2 2 55 555 2 2 666 2 2 2 33 2 33 4444 0 33 4 4 333 2 8 2 2 6
lowQualScore : . . . ... ....................................................... . ................. . .. . ..................................................... .. . .. . . . . . . ... . . .. ... . . ....... . .. . . ......... .. ... . .. . ... .. .. .. . . . ... . .. . . .. . ... . . .... . ... . ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . ... . . . .. . .. .... . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55555555555555555 2 22 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 77 5 5 5 5 0 5 444 2 2 00 333 9 8 2222222 9 66 9 9 111111111 66 555 2 99 1 888 11 33 11 7 1 1 777 1 22 4 2 22 4 111 7 7 1111 4 555 4 888888 4 4 4 4 66 99 0 0 0 00 888 1 2 999 2 2 2 11 2 11 7777 5 11 4 4 999 2 4 5 5 5
consensus : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
Reference ( family-2785 ) : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATCATCT
gi|1 : AAGAA-TGGAA---AAA-CAGATCTTTGATGAA----------------GAATCATTGAATGTTCACAATGTTGA-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTCTAATGAA-----G-------------T----C------AAT---GAAT-GTAAT-C--TGAA--TA-AAATTTTG-AAATT--T-T-CA-GGA-GAATTGTATCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CTA-------TAAA--GTTCTT--AA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA----T---AA--GAATT--A--T-GAATCA-C---GTTGA-TG--ACATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-ATAT--C--TCT-TC-TG-AGA-TC---A-TTCAA---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----C-AGTC--A-T-A-AAG---TT-CTTTAA----TAT-GA
gi|10 : tTG-AAATT-AT-T-CA-G-G-GAGGT---TCAATT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-C-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA-----G-T--AGA---A-TCA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTAA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TA-AACCTC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--A--TTT-TA-TG-TG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TC--A-TGA--A-----AAATC--A-TAA-AAT---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATACCATCTtaa
gi|11 : CTT-TGA-TG--AAGA---ATT---A-------TGAAT-GTTC-----A-TGAA-TCATG-AC------CG--AAT-----TTA--T-TCAGAG--AAGTTC-ACTT-CAAT-A-TAAAGTTCA-TA--A-ATA--TT-CT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-T---G-AG--TC---A-TTC-A---T-GAGCT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--A-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-G-AATATCATCTtgcagggg
gi|12 : aacatttaaact--GAAT-GT--C-G-AT-AA--TC-AAATGTT--AAATT-A-----------GGACT---TCCTTT-CAG--A--TAA-----TG-C-A-------TGT-T-ATTCTT-----TTAA-TAGTGTAATGTGGATT--AATTTAG-TTA--C-T---AT---AGT---A--T-GA-T-AGT---GTTCA-TG--A-ATT--T--AT---TCGGTG-GAACA-----T-TTATG---AA-TTGGGTGTGTC-A--G-A-----C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTcgcaggg
gi|13 : taattggagcaaactcttttgagattactCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----AATATC--A-TAA-AA----TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|14 : AAAGAAATGGAA-CAAAA-C---TCTGTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------T-AAT-GTTC--ATGCA-----ACCATTGAATGTCAT----G------AATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-GATTGTTT-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-Tcgcaggg
gi|15 : AA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCATGAATGTTCATGAACCATGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-A-ATTAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAC-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAATT--A--T-GAAT-A-C---GTTCA-T
gi|16 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-TT--AT--CAGTT--A--T-GG-T-A-T----TTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCACTTT-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AT--CC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAA-C--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCT
gi|17 : AA---GTT-C-A-------TAAGT-ATGCTT--CA-TTAT--------A-----ACT--AAT---A-CTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GGAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-GACCAT--T-T-TTATG---AA-CTA------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACG-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---GT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTcgcag
gi|18 : --TAAA---GTTTC-A-------TAAATCATTCT---CA-TTAT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--G-AAT--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TGAAG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-ATTT--A-TGA--A----CAAA-C--ATTAATAAG---TT-CTT-ACAGT-CAT-cgc
gi|19 : AAAGAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAACCATTA------------AT----TGTCATGAATCATGAAT-GT--T-C-ATGAA--TA-AAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCTCTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AA
gi|2 : AAAGAA-TGGAAACAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATGGTTC--ATGAA-----G------------TG----C------A--T--GAAT-GTTGT-C-ATGAA--TA-AAATGTTGAAAATT-AT-T-CACG-AGGAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-CAA-------TAAAT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACTAAAAT---ATTTAACC-T---AT--GAGTTTAG--TGGAAT-A-T---G--------------------T---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATGA--AA-CT-------TC--A-G-A-ATG-C--TTT-TA-TG-AGATCC---A-TTC-A---T-GAACTAA-TTAAA-TGACGA----AAAATCCAA-TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-AATGGAAATATCATCT
gi|20 : AAAGAA-TGAAA--AAAA-C---TCTTT-ATGGA----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTCC--ATG-------G------------AT----C-----------------------------------AAATGTTA-AAATT-AC-T-GA-A-A-GAATT---TCACTT-CAA-TG--TAAA---GTT-G-A-------TAACT-ATTCTT--CA-TTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---cgcaa
gi|21 : AAA-A-T---ATTTA-TA--A-ATCAATT-AT---TTA-TG-AACCACA-T-TATTATG---GA-CTG------TC-AA-G---AT--CTGTTT-CA-TA-AG--TCTCAA-TTC-AAT-T-AGACT-T-TT--ATTGA--ATTTCCAAA-C--A-TGATAAG---TT-CTTAAA
gi|22 : TT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-G-AATATCATCTgt
gi|23 : g-AT-T-CA-G-A-GAATT---T-ACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-A-A--------AAAT-A----T--CATTTAT-TCATG--A-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---cgcatggg
gi|24 : a--TTT-TA-CG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----ACAATT--G-TAA-AAG---TTGTTTAAAGGT-CAT-GA
gi|25 : --TTT-TA-TG-AG--TC---A-TTA-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATT--G-TAA-AAG---TT-GTT-AAAGT-CAT-GA
gi|3 : AAAA-TGGAA-CAAAA-C---TCTTTGATGAGAATCATGAATGTTCATG------------------------A-------------ACCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GAAT-GT--T-TGAAGAA--CA-AGATGTTG-AAAT--AT-T-CA-G-A-GAATT---GCACTT-CAC-TA--TAAA----TT-C-A-------TAAAT---TCTT--CA-TTATCTCG----A-----ACT--AAT---A-TTA--G-----AT--GAGT---A--T-GA-T-A-T---GT-CA-GGGGA-ATT--TT-AT---TCA-TG-AATCAC----T-TTATA---AC-TTG------TC-AAGG-A-AT--C--TTTATA-TG-AG--TC-------T-A---T-TAACT-A-TT--A--GA--A----CAAATC--ATTAA-AAG----T-CTT-AAAGTGCAT----ATATC
gi|4 : AAAGAA-TGGA--CAA---C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------ATTTGATGTCATGAATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA---------------------------------T----AAT-GT--T-C-ATGAA--TAGAAATGTTT-AAATG-AT-TGCA-G-A-GAATT----CACTT-CAA-TAG-TAAAAAAGTT-T---------TAAAT-AGTCTT--CA-TTAT-TCAGG-AA-----ACT--T-T---A-TTA--CCT---A---GAGTT--A--T-GAAT-A-----GTTCATTG--A-ATT--TT-AT---TCA-TG-ACCCAC--T-T-TGATG---AC-CTG------TC-AA-G-A-AA--T--CTT-AA-TG-AG--TC---A-TTC-ATGGT-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAA-AAG---TT-CTT-AAAGT-CAT-GGAATATCAtatgcttgcagg
gi|5 : AAAGAA-TGGAA-CAAAAAC---TCTTTGATGAAA---------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAATCGTTC--ATGAA-----A------------AT----C------AATC--GTATGGT--T-C-ATAAA--TA-AAATGTTG--AATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCAT-----TTAT-TCATG-AA-----ACT--AAT---A-TTA--C-T---AT--GAGGC--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A----TT-AT---TCA-TGAAACCAC----T-TTATG---AATCTG------TC-AG-A-A-AT--C--TTT-TAGTG-AG--TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC----TAA-AAG---TT-CTTAAAAGT-CAT-GAAATATTATCT
gi|6 : AAAGAA-TG-AA-CAAAA-C---TCTTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-----A------------AT----------------------------------A---A-GAATGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTTACAA-TA--TAAA---GTT-C-AATATATATATAT-ATTCTT--CA-TTCT-TCATG-AA------CT--AAT---A-TGA--G-T---TT-----TT--A--T-GAA--A-T---GTTC--TG--A-ATT--TTTAT---TCAATGGAACCAC--T-T-TTATG---AA-CTG------TTTAA-G-A-ATTCC--TTT-TA-TG-A---TC---A-TTC-A---T-GAACT-A-TT--A-TGA--A----CAAATC--A-TAC-AAG---TT-CTTTAAAGT-CAT-GAg
gi|7 : aAAAGAT-CGCGA-CAAAA-C---T-TTTGATGAA----------------G------------------------A-------------A-CA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAA-------------------T----C------A--T--GTAT-GT--T-C--TGAAAGTA-AA-TGTTG-AAATT-AT-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------T-AAT-A-TCTT---A--TAT-T--TG-GA-----CCT--AAT---A-ATG--A-T---ATACGAGTT--A--TGGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-ATT--TG-AT---TCA-T--AACCAC--T-T-TT-TG---AA-CTG------TC-AA-G---AT--C--TTT-TA-TG-GG--TCG--A---C-A-----GAACT-A-TT--A-TGA--A----TAAATC--A-TAA-AG-----T-CTTAGAAGA-CAT-G--ATATCATCTttcaattcttcggcagg
gi|8 : attAA-TTGAA-CAAAA-C---TCTTTTATGTA----------------G------------------------A-------------TTCA-----------------TGA---GTTC--ATG------------------------------------------------------GAC--TC-AAAGGTTG-AAATTGATAT-CA-GCA-GAATT---TCACTT-CAAGTAATTAAA---ATT-T-C-------T-AAT-ATTTTTTCCA-TAAT-TCATG--A-----ACT--AAT---ACTTA--C-T---AT--GAGTT--A--TAGAAT-A-T---GTTCA-TG--A-AAT--TT-ATTTGTCA-TG-AACCAC--TGT-TTATGAAAAA-CTG------TC-AA-G-A-AT--C--TTT-TA-TG-AG--TC---ACTTC-A---TAAAACT-T-TT--C-TGA--A----CAA-----A-TAA-AAGATTTT-CTTAActcaagg
gi|9 : atGAA-TGGAA-CAAAA-C---T-TTTGATGA-----------------G------------------------A-------------ATCA-----------------TGAAT-GTTC--ATGAGTCATTA------------ATTTCCC------AATT--GAAT-GT--AAC-A-GAA--TA-AAATGTT--AAATT-AG-T-CA-G-A-GAATT---TCACTT-CAA-TA--TAAA---GTT-C-A-------TAAAT-ATTCTT--CA-TT-T-TCATG--A-----ACT--AAT---T-TTA--C-T---AT--GAGTT--A--T-GAAT-A-T---GTTCA-TG--A-A-T--TT-AT---TCA-TG-AACCAC--T-T-TTATG---AA--TG------CC-AA-GAA-AT--C--TTT-TA-TG-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AAAGTCATGAATATCATCTCGCAGGGG